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Genética de la esclerosis múltiple: papel del HLA-DRB1 en la susceptibilidad y expresión fenotípicaRomero Pinel, Lucía María 03 November 2010 (has links)
La esclerosis múltiple (EM) es una enfermedad debida a factores genéticos y ambientales. Se ha demostrado que existe agregación familiar y que los genes del haplotipo HLA-DR2 son los que mayoritariamente se asocian con la susceptibilidad a padecer la enfermedad. Si el fenotipo clínico se ve modificado en las formas familiares de EM respecto a las esporádicas o debido a determinados genes es un tema de constante estudio. HIPÓTESIS: Si existen diferencias clínicas entre formas familiares y esporádicas, éstas nos podrán orientar hacia qué factores genéticos están implicados en la enfermedad y si influyen en su expresión fenotípica. El sistema HLA, como principal marcador genético, podría verse implicado en factores clínicos y paraclínicos de la enfermedad y ser un marcador pronóstico de progresión de discapacidad. OBJETIVOS: 1. Analizar la prevalencia de esclerosis múltiple familiar en nuestra serie y comparar características clínicas entre EM familiar y esporádica. 2 y 3. Evaluar las frecuencias de los diferentes alelos y genotipos HLA-DRB1 en una amplia población con EM esporádica y correlacionarlos con la susceptibilidad a padecer la enfermedad comparando con controles sanos así como evaluar el impacto de los alelos y genotipos en el fenotipo clínico con especial interés en la progresión de la discapacidad. 4. Correlacionar los alelos y genotipos HLA-DRB1 con la presencia de bandas oligoclonales (BOC) en líquido cefalorraquídeo (LCR).METODOLOGÍA: Se analizan 1110 pacientes con EM en un estudio observacional retrospectivo en el que se comparan características clínicas entre formas familiares y esporádicas, así como la progresión de la discapacidad. Se realiza también un estudio de casos y controles analizando mediante PCR-SSP el gen HLA-DRB1 y comparando las frecuencias de los alelos y de los genotipos (combinación de ambos alelos parentales) entre 380 pacientes con EM esporádica y 1088 controles sanos. Se correlacionan los alelos y genotipos con la progresión de la discapacidad y con la presencia de BOC en LCR.RESULTADOS: La prevalencia de EM familiar en nuestra cohorte es del 7,84%. Se objetiva una edad de inicio inferior en la EM familiar respecto a la esporádica así como en las generaciones más jóvenes de EM familiar. Se halla asociación entre la susceptibilidad a padecer EM y el alelo HLA-DRB1*15 así como con los genotipos HLA-DRB1*03/15, HLA-DRB1 *04/15, HLA-DRB1*08/15 y HLA-DRB1*03/03. Los pacientes con los alelos HLA-DRB1*01 y HLA-DRB1*04 así como los genotipos HLA-DRB1*01/04 y HLA-DRB1*15/15 evolucionan peor en cuanto a la progresión de la discapacidad. El alelo HLA-DRB1*15 se asocia con la presencia de BOC en LCR.CONCLUSIONES: 1.a) La prevalencia cruda de esclerosis múltiple familiar en nuestra cohorte es similar a la de otras poblaciones estudiadas.1. b) La edad de inicio es inferior en las formas familiares de esclerosis múltiple si la comparamos con la de las formas esporádicas de la enfermedad. No se han hallado diferencias en cuanto a la progresión de la discapacidad comparando formas familiares y esporádicas de esclerosis múltiple. 2.a) El alelo HLA-DRB1*15 se asocia con una mayor susceptibilidad a padecer esclerosis multiple. 2.b) Los alelos HLA-DRB1*01 y HLA-DRB1*04 confieren peor pronóstico evaluado como el tiempo hasta alcanzar una discapacidad severa. 3.a) Los genotipos que incluyen el alelo DRB1*15 junto con el DRB1*03, DRB1*04 o el DRB1*08 en el otro alelo parental así como los homocigotos para el alelo DRB1*03 se asocian con una mayor susceptibilidad a padecer esclerosis multiple. 3.b) Los genotipos DRB1*01/04 y DRB1*15/15 se asocian con peor pronóstico en cuanto al tiempo hasta alcanzar una discapacidad severa. 4) El alelo HLA-DRB1*15 se asocia con la presencia de BOC en LCR en los pacientes con esclerosis múltiple. / Both polygenic inheritance and enviromental factors have been demonstrated to be involved in multiple sclerosis (MS) with the disease susceptibility. The most frequent genetic region associated with MS susceptibility is the HLA-DR2 haplotype. We hypothesized that familial forms of MS may have a particularly different clinical phenotype. The HLA genes could influence the clinical phenotype and they could be disability progression markers of MS. OBJECTIVES: 1. To analyze the prevalence of familial MS in our cohort and to compare clinical characteristics between familial and sporadic MS. 2,3. To investigate the frequencies of the HLA-DRB1 alleles and genotypes in our population, their influence on the genetic susceptibility and their impact on the clinical phenotype with special interest in the disability progression of MS. 4. To investigate the association between HLA-DRB1 alleles and the presence of oligoclonal immunoglobulin G bands (OCB) in the cerebrospinal fluid (CSF).METHODS: A cohort of 1110 MS patients is studied to compare familial and sporadic MS. The HLA-DRB1 typing is performed by PCR-SSP in 380 sporadic MS patients and compared with 1088 healthy controls. The HLA-DRB1 alleles and genotypes are correlated with clinical variables and the presence of OCB in CSF. RESULTS: The crude point prevalence of familial MS in our cohort is 7.84%. A lower age at onset in the younger generations of familial MS is found as well as in familial MS comparing to sporadic MS. The HLA-DRB1*15 allele and the genotypes HLA-DRB1*03/15, HLA-DRB1 *04/15, HLA-DRB1*08/15 and HLA-DRB1*03/03 have a significantly higher frequency when compared with controls. The patients with HLA-DRB1*01 and HLA-DRB1*04 alleles as well as the genotypes HLA-DRB1*01/04 and HLA-DRB1*15/15 have a worse prognosis when considering disability progression. The HLA-DRB1*15 allele is associated with OCB-positive patients.CONCLUSIONS: The prevalence of familial MS is similar to other populations. There is a lower age at onset in familial versus sporadic MS. HLA-DRB1*15 is associated with MS in our population as well as the genotypes HLA-DRB1*03/15, HLA-DRB1 *04/15, HLA-DRB1*08/15 and HLA-DRB1*03/03. The HLA-DRB1*01 and HLA-DRB1*04 alleles and the genotypes DRB1*01/04 and DRB1*15/15 are associated with a worse prognosis. HLA-DRB1*15 allele is associated with OCB-positive MS patients.
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Estudio de la variabilidad genética del huésped en relación a la infección por VIH y ritmo de progresión a sida. Genes VDR y CCR5Sánchez de la Torre, Manuel 09 November 2007 (has links)
A més del seu paper en la regulació del metabolisme mineral, la vitamina D a través del seu receptor intracel·lular (VDR), juga un paper significatiu en la modulació de la resposta immune. Variants del gen VDR han estat associades amb la vulnerabilitat a
malalties infeccioses com la tuberculosis y la lepra i recentment amb la progressió clínica de malalts infectats per VIH-1, la qual cosa posa de manifest el paper que la variabilitat del gen VDR pot jugar en la resposta a agents patògens.El gen CCR5 codifica per a un receptor de citoquines actuant, juntament amb el CD4, com principal correceptor del virus de la immunodeficiència humana tipus I (VIH-1- 1). Variants del gen CCR5 que alteren el patró d'expressió del receptor han estat associades amb la susceptibilitat a la infecció per VIH-1 i progressió a sida.En la present tesi doctoral s'ha caracteritzat l'estructura d´haplotips del gen VDR. Apartir del patró de blocs observat s'han seleccionat cinc variants polimòrfiques localitzades en diferents regions del gen amb la finalitat d'avaluar la seva associació amb la vulnerabilitat a la infecció pel VIH-1 i el ritme de progressió a sida. Els resultat obtinguts indican que l´haplotip GATGL, associat amb una menor funcionalitat de la ruta metabòlica de la vitamina D, confereix protecció a la infecció per VIH-1 seguint un model genètic dominant. Trobem també que el l´haplotip G++GL, relacionat també amb una menor funcionalitat de la ruta metabòlica de la vitamina D, confereix progressió lenta a sida seguint un model dominant. Finalment, trobem que l´haplotip G++AS confereix un major risc de progressió a sida, seguint un model recessiu.A més, hem caracteritzat variants polimòrfiques i l'estructura d'haplotips del gen CCR5. A partir de la caracterització d'aquestes variants es va avaluar la seva associació amb el ritme de progressió a sida en pacients VIH+. Hem trobat que el diplotipo AB, relacionat amb una menor síntesi del receptor CCR5, confereix protecció enfront de la progressió a sida.L'anàlisi conjunta dels gens VDR i CCR5 ens ha permès determinar que els pacients que presenten el genotip combinat G++AS/G++AS (gen VDR) i noAB (gen CCR5) presenten el ritme més ràpid de progressió a sida. Els pacients portadors d'aquest genotip progressen a sida 7 anys abans que els portadors del genotip de protecció G++GL/- (gen VDR) i AB (gen CCR5).Una vegada descrits els haplotipos del gen VDR que presentaven associació. Es va avaluar l'efecte fenotípic del haplotips del gen VDR associats amb infecció i progressió a sida amb els nivells d'expressió del receptor CCR5 i el seu lligat natural RANTES, així com en el balanç Th1/Th2 de pacients VIH+ addictes a droga per via intravenosa (ADVP) i controls sans. No es van detectar diferencies en la síntesi del receptor CCR5 ni en el seu lligant natural RANTES en funció del genotip per a VDR en els pacients VIH+. Tampoc es van detectar diferencies en el balanç Th1/Th2 en funció del genotip per a VDR en pacients VIH+ ADVP. No obstant això, varem trobar que els nivels de CCR5 en membrana varien en funció del genotip per a VDR en els controls sans. Els portadors del diplotip de protecció GL/- presentaven uns nivells inferiors de CCR5 en membrana que aquells que eran portadors del diplotip de risc AS/AS. Podem concloure doncs que en el context de la infecció per VIH-1 i progressió a sida l'acció de la vitamina D exerciria un paper negatiu en quant al control de la infecció viral.La caracterització dels haplotips de VDR i CCR5 podria ser d'utilitat com factor de predicció de la progressió del malalt VIH+. La disponibilitat de vitamina D depèn de factors ambientals com la dieta i de la radiació solar disponible per a la síntesi de vitamina D. Per a entendre l'impacta de la vitamina D en la infecció per VIH-1 i progressió a sida caldria considerar una complexa equació que inclogui factors ambientals, genètics i socials. / Además de su papel en la regulación del metabolismo mineral, la vitamina D a través de su receptor intracelular (VDR), juega un papel significativo en la modulación de la respuesta inmune. Variantes del gen VDR han sido asociadas con la vulnerabilidad a enfermedades infecciosas como tuberculosis o lepra y recientemente con la progresión clínica de enfermos infectados por VIH-1, lo que pone de manifiesto el papel que la variabilidad del gen VDR puede jugar en la respuesta a agentes patógenos.El gen CCR5 codifica para un receptor de citoquinas actuando, junto a CD4, como principal correceptor del virus de la inmunodeficiencia humana tipo I (VIH-1-1). El estudio de variantes en el gen CCR5 que alteren el patrón de expresión del receptor han sido asociadas con variaciones en la respuesta frente a la infección por VIH-1 y progresión a sida.En la presente tesis doctoral se ha caracterizado la estructura de haplotipos del gen VDR. A partir del patrón de bloques observado se han seleccionado cinco variantes polimórficas localizadas en distintas regiones del gen VDR con el fin de evaluar su asociación con la vulnerabilidad a la infección por el VIH-1 y el ritmo de progresión a sida.Encontramos que el haplotipo GATGL del gen VDR, relacionado con una menor funcionalidad de la ruta metabólica de la vitamina D, confiere protección frente a la infección por VIH-1 siguiendo un modelo dominante. Encontramos también que el diplotipo G++GL/- del gen VDR, relacionado con una menor funcionalidad de la ruta metabólica de la vitamina D, confiere protección frente a la progresión a sida siguiendo un modelo dominante. Por último, encontramos que el diplotipo G++AS/G++AS confiere riesgo de progresión a sida siguiendo un modelo recesivo.Además, hemos caracterizado variantes polimórficas y estructura de haplotipos del gen CCR5. A partir de la caracterización de dichas variantes se evaluó su asociación con el ritmo de progresión a sida en pacientes VIH+. Encontramos que el diplotipo AB del gen CCR5, relacionado con una menor síntesis del receptor CCR5 confiere protección frente a la progresión a sida.El análisis de las variantes de los genes VDR y CCR5 nos permitió determinar que los pacientes que presentan el genotipo combinado G++AS/G++AS (gen VDR) y noAB (gen CCR5) presentan el ritmo más rápido de progresión a sida. Los pacientes portadores de dicho genotipo progresan a sida 7 años antes que los portadores del genotipo de protección G++GL/- (gen VDR) y AB (gen CCR5).Una vez descritos los haplotipos del gen VDR que presentaban asociación se determinó su efecto fenotípico en la expresión del receptor CCR5 y su ligado natural RANTES y en el balance Th1/Th2 en pacientes VIH+ adictos a droga por vía intravenosa (ADVP) y controles sanos. No se detectaron variaciones en la síntesis del receptor CCR5 ni en su ligando natural RANTES en función del genotipo para VDR en los pacientes VIH+.Tampoco se detectaron variaciones en el balance Th1/Th2 en función del genotipo para VDR en pacientes VIH+ ADVP. Sin embargo, encontramos que la síntesis del receptor CCR5 varía en función del genotipo para VDR en los controles sanos, siendo menor en los portadores del diplotipo de protección GL/- del gen VDR.Podemos concluir por tanto que en el contexto de la infección por VIH-1 y progresión a sida la acción de la vitamina D ejercería un papel negativo en el control de la infección viral.La caracterización del haplotipo del VDR y CCR5 de las variantes polimórficas analizadas podría servir como factor de predicción de la progresión del enfermo VIH+. Ladisponibilidad de vitamina D depende de factores ambientales como la dieta y la radiación solar disponible para la síntesis de la vitamina D . Para entender el impacto de la vitamina D en la infección por VIH-1 y progresión a sida hay que considerar una compleja ecuación que incluya factores ambientales, genéticos y sociales. / In addition to a important function in the regulation of the mineral metabolism, vitamin D plays a significant role in the modulation of the immune response through its intracellular receptor, VDR. Variants of the VDR gene have been associated with vulnerability to infectious diseases like tuberculosis or leprosy and recently with the clinical progression of patients infected by HIV-1. These facts clearly indicate the importance of VDR variability in the response against pathogenic agents.CCR5 gene codifies for a cytokine receptor protein and is, together with the CD4, the main coreceptor of the virus of the human immunodeficiency type I (HIV-1-1). The study of variants in the CCR5 gene that alter the expression pattern of the receptor has shown that this variation is associated with differences in the response against HIV-1 infection and progression to AIDS.In the present thesis, the structure of haplotypes of the VDR gene has been characterized. From the block pattern observed, five polymorphic variants located in different regions from the VDR gene have been characterized with the purpose of evaluating its association with the vulnerability to infection by the HIV-1 and the rate of progression to AIDS. We have found that haplotype GATGL of the VDR gene, associated with a lower functionality of the metabolic pathway of vitamin D, confers protection from HIV-1 infection following a dominant model. We also found that diplotype G++GL/- of the VDR gene, which also implicates a lower functionality of the metabolic pathway of vitamin D, confers protection from progression to AIDS following a dominant model. Finally, we found that diplotype G++AS/G++AS increase the risk of progression to AIDS, following a recessive model.In addition, we have characterized several polymorphic variants and the structure of haplotypes for the CCR5 gene. Based in the characterization of these variants, we evaluated its association with the rate of progression to AIDS in patients HIV-1. We found that diplotype AB of CCR5 gene, linked to a lower synthesis of receptor CCR5, confers protection from progression to AIDS.The analysis of the variants of VDR and CCR5 genes together allowed us to determine that the patients who present combined genotype G++AS/G++AS (VDR gene) and noAB (CCR5 gene) presents the fastest rate from progression to AIDS. Patients carrying this genotype progress to AIDS 7 years earlier than carriers of protection genotype G++GL/- (VDR gene) and AB (CCR5 gene).Once defined the haplotypes of VDR gene that present association, we determined his phenotypic effect in the expression of receptor CCR5 and his natural ligand RANTES, as well as in the Th1/Th2 balance in intravenous-drugs-users (IVDU) HIV-1 patients and healthy controls. Variations in the synthesis of receptor CCR5 or in his natural ligand RANTES based on the genotype for VDR in patients HIV+ were not detected. Neither were detected variations in the Th1/Th2 based on the genotype for VDR in patients HIV-1 IVDU. Nevertheless, we found that the synthesis of receptor CCR5 varies depending on the genotype for VDR in the healthy controls, being lower in the carriers of the diplotype of protection GL/- of the VDR gene.Therefore, we can conclude that in the context of the infection by HIV-1 and progression to AIDS, vitamin D would play a negative paper in the control of the viral infection.The characterization of the VDR and CCR5 haplotypes for the analyzed polymorphic variants could be a useful factor for predicting progression in HIV+ patient. In addition to the genetic background, different environmental factors as well as behavioral factors could also be considered since the vitamin D availability is dependent of diet and solar radiation D. A complex equation including environmental, genetic and behavioral factors should be proposed to comprehend the impact of vitamin-D3 on HIV-1-1 infection. Our results offer a new scenario to understand the relationship between HIV-1-1 infection and vitamin-D3 metabolism, including dietary supply and synthesis through sunlight exposure.
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Análisis de genes situados en el haplotipo H1 de la región 17q21 y de genes involucrados en la fosforilación de "tau" en la parálisis supranuclear progresivaCampdelacreu Fumadó, Jaume 03 December 2007 (has links)
INTRODUCCIÓN: La parálisis supranuclear progresiva (PSP) se caracteriza por el depósito anormal de proteína tau hiperfosforilada en ganglios basales y tronco cerebral. Su etiología es desconocida y el único factor de riesgo genético conocido es su asociación con el haplotipo H1, que engloba un conjunto de polimorfismos en la región 17q21 incluyendo el gen tau y genes flanqueantes. Este haplotipo podría actuar modulando la expresión o el "splicing" de tau, pero existen otros genes candidatos importantes para la función neuronal o relacionados con la función de tau como saitohin, NIK y CRHR1 en esta región, o kinasas implicadas en la fosforilación de tau como GSK-3beta, en otras regiones. OBJETIVOS: Investigar el efecto de polimorfismos y mutaciones de los genes saitohin, CRHR1, región 3'-UTR de tau y GSK-3β sobre el riesgo de desarrollar PSP, y analizar la expresión de CRHR1 en el cerebro de pacientes fallecidos con PSP.METODOLOGÍA: Pacientes con criterios de PSP probable y controles sanos reclutados por la Unidad de Trastornos del Movimiento del Hospital Clínic. Se secuenció la región 3'UTR de tau, diseñando primers específicos, y la región codificante de saitohin en 3 PSP y se genotipó el polimorfismo Q7R en 57 PSP y 83 controles usando métodos previamente descritos. Se secuenció la región codificante de NIK en 3 PSP con métodos previamente descritos y se genotipó el polimorfismo 2839G/C en 40 PSP y 35 controles mediante el enzima de restricción HphI. Se cuantificó la expresión génica de CRHR1 en globus pallidus con PCR a tiempo real en 12 PSP, 10 Alzheimer, 5 pacientes con enfermedad cerebrovascular y 6 controles. Se secuenció la región codificante de CRHR1 en 2 PSP y se genotipó el polimorfismo -16C/T en 40 PSP y 51 controles mediante SSCP. Se genotipó el polimorfismo -50T/C de GSK-3beta en 93 PSP y 125 controles. Los análisis estadísticos se hicieron con el programa SPSS 11.5, usando el test chi-cuadrado para comparar las frecuencias genotípicas y alélicas y el test de Kruskal-Wallis para la comparación de los niveles de expresión génica.RESULTADOS: No se hallaron mutaciones en la región 3'-UTR de tau ni en la región codificante de los genes saitohin, NIK y CRHR1. El genotipo QQ de saitohin fue más frecuente en PSP que en controles (91.2% vs 47%) y cosegregaba con el genotipo CC del polimorfismo G(-221)C del promotor de tau. No se hallaron diferencias entre PSP y controles en la frecuencia genotípica del polimorfismo de NIK. La expresión de mRNA de CRHR1 en globus pallidus fue similar en PSP y el resto de sujetos. El genotipo CC del polimorfismo de CRHR1 fue más frecuente en PSP que en controles (80% vs 53%). El genotipo CC del polimorfismo-50 T/C de GSK-3-betafue algo menos frecuente (p=0.048) y el alelo T más frecuente (p=0.033) en PSP que en controles, y no se detectó interacción con el haplotipo H1/H1.CONCLUSIONES: Nuestros resultados no apoyan que la región 3'UTR de tau presente variantes génicas que puedan explicar el riesgo proporcionado por el haplotipo H1 para sufrir PSP. El genotipo QQ de saitohin y el genotipo CC del polimorfismo de CRHR1 están asociados a PSP en nuestra población y forman parte del haplotipo H1. El gen NIK no está incluído en el haplotipo H1 y no incrementa el riesgo de PSP. La ausencia de mutaciones y de alteración en la expresión génica en ganglios basales no apoya un papel funcional del gen CRHR1 en la PSP. El alelo T del polimorfismo -50T/C GSK-3β está sobrerepresentado en PSP y podría ser un factor de riesgo adicional independiente del haplotipo H1; alternativamente, el genotipo CC podría ser un factor protector. / Progressive supranuclear palsy (PSP) is characterised by abnormal deposition of hyperphosphorylated tau protein in basal ganglia and brainstem. The only known genetic risk factor is the H1 haplotype in the tau gene region, but there are other candidate genes related to tau or neuronal function like saitohin, NIK and CRHR1 in this region or tau-kinases like GSK-3beta in other regions. The aim of this work was to analyse variations of these genes and CRHR1 brain expression in PSP. Patients and controls were recruited by the Hospital Clínic Movement Disorders Unit. Sequencing of tau-3'UTR region and coding region of saitohin were performed in 3 PSP patients, and the Q7R saitohin polymorphism was genotyped in 57 PSP and 83 controls. The coding region of NIK was sequenced in 3 PSP and the 2839G/C polymorphism was genotyped in 40 PSP and 35 controls. CRHR1 gene expression was quantified in globus pallidus using real-time PCR in 12 PSP, 10 Alzheimer, 5 stroke patients and 6 controls. The coding region of CRHR1 was sequenced in 2 PSP and the -16C/T polymorphism was genotyped in 40 PSP and 51 controls. The GSK-3beta -50T/C polymorphism was genotyped in 83 PSP and 125 controls. Genotype and allelic frequencies were compared using the chi-square test and gene expression levels with the Kruskal-Wallis test. No mutations were found. The saitohin QQ genotype and the CRHR1 CC genotype were more frequent in PSP than in controls (91.2% vs 47%; 80% vs 53%), and the NIK genotype frequencies were similar. CRHR1 mRNA expression in globus pallidus was similar in PSP and the rest of subjects. The T allele of the GSK-3polymorphism was more frequent in PSP than in controls (p=0.033), and no interaction was detected with the H1/H1 haplotype. Our results do not support a role of tau-3'UTR and CRHR1 in PSP. The saitohin and CRHR1 polymorphisms are associated with PSP in the context of the H1 haplotype. The NIK gene is not included in the H1 haplotype and does not increase the risk of PSP. GSK-3β genetic variations could be an additional genetic risk factor indepedent of the H1 haplotype.
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Anàlisi de la variació genètica de les regions CFTR i GBA en poblacions humanes de tot el mónMateu Morante, Eva 06 July 2001 (has links)
Aquest treball és una contribució als estudis de diversitat del genoma humà i pretén estudiar la variació genètica existent a nivell mundial en dos gens, causants de malaltia, el gen CFTR i el gen GBA, en cromosomes d'individus sans. Mutacions en aquests gens produeixen la fibrosi quística i la malaltia de Gaucher respectivament. La fibrosi quística és la malaltia autosòmica recessiva més comuna en poblacions europees. La malaltia de Gaucher és la malaltia lisosòmica d'acumulació lipídica més freqüent. L'estudi analitza la variació genètica en diferents polimorfismes d'ambdós gens; reconstrueix els haplotips i analitza la seva distribució geogràfica; i analitza l'extensió i distribució geogràfica del desequilibri de lligament entre loci. Pel gen GBA, hem ampliat la regió, abastant fins al gen PKLR (que codifica per a la piruvat quinasa). A més a més, pel cas de CFTR, pot ajudar a entendre l'origen de les mutacions més freqüents causants de fibrosi quística. / This work is a contribution to human genome diversity studies and it aims to study the world-wide genetic variation that exists in two disease genes, CFTR and GBA gene, in healthy chromosomes. Mutations in these genes are known to cause cystic fibrosis and Gaucher disease respectively. Cystic fibrosis is the most common severe autosomal recessive disease in patients of European descent. Gaucher disease is the most frequent lysosomal storage disorder. The study analyzes the genetic variation in CFTR and GBA polymorphisms; estimates haplotype frequencies and describes their geographic distribution; and measures linkage disequilibrium between loci. For GBA gene, we have extended the analysis covering PKLR gene (that encodes for a pyruvate kinase). Moreover, for CFTR gene, we have tried to understand the origin of the most common cystic fibrosis causing mutations.
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Genetic variation in humans and chimpanzees in the prion protein geneSoldevila Trepat, Marta 20 June 2005 (has links)
En el gen de la proteïna priònica, o PRNP, hem observat que el particular patró de variació que hem trobat basant-nos en dades de seqüenciació en humans es deu a selecció positiva, i que el mètode utilitzat per detectar selecció és crític. Utilitzant dades basades en SNPs es pot introduir un biaix al aplicar tests de neutralitat basats en diversitat de seqüències, i això pot portar a conclusions errònies. A més, hem vist que els polimorfismes en els codons 129 i 219 presenten gran diferències de freqüència en diferents poblacions humanes i també hem vist que aquestes posicions estan fixades en ximpanzés. La variació trobada en controls ha estat comparada amb el patró de variació existent en pacients per la mateixa regió. La reseqüenciació del gen PRNP en un gran nombre de mostres humanes i de ximpanzés ens ha permès obtenir un gran nombre d´informació d´aquest gen. / In the prion gene or PRNP, we have observed that the particular pattern of variation that we have found in this gene based on sequencing data in humans is due to positive selection, and that the method and the approach used to detect this selection critical. Ascertainment bias can be introduced by using SNP data and applying neutrality tests based on sequence diversity, therefore leading to anomalous conclusions being drawn. Moreover, we have seen that polymorphisms in codon 129 and 219 have big differences in frequency in different human populations and we have also seen that these positions are fixed in chimpanzees. The normal variation that we found in controls have been then compared with patients for the same region. The resequencing of PRNP in a very large sample of humans and chimpanzees has provided a great deal of information on this gene.
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