O gene SHOX (short stature homeobox containing gene), expresso em altos níveis nas células osteogênicas, é fundamental para o desenvolvimento ósseo e para a determinação da altura. Haploinsuficiência do SHOX é responsável por vários fenótipos que envolvem a baixa estatura, como a síndrome de Turner, a discondrosteose de Léri-Weill e a baixa estatura idiopática. Cerca de dois terços das haploinsuficiências são causados por deleções. Neste trabalho, foi realizada uma comparação entre três técnicas para detecção de deleções do SHOX: a hibridação in situ com fluorescência (FISH), o estudo de microssatélites e o multiplex ligationdependent probe amplification (MLPA). Nos pacientes sem deleção do SHOX, foi realizado um rastreamento para identificação de mutações de ponto no gene que levassem à sua haploinsuficiência. Foram analisados seis pacientes com discondrosteose de Léri-Weill (DLW) e 20 com baixa estatura desproporcionada (BED). Na técnica de FISH, os cromossomos metafásicos obtidos a partir de cultura de linfócitos foram hibridados com o cosmídio LLNOYCO3M34F5. DNA genômico extraído a partir de leucócitos de sangue periférico foi submetido à análise de microssatélites e MLPA. Foram amplificados seis marcadores de microssatélites (repetições CA, DYS290, DXYS10093, DXYS10096, DXYS233 e DXYS234) e o MLPA foi realizado de acordo com as instruções dos kits SALSA MLPA P018-C1 e P018-D1 SHOX. Estes kits contêm oito sondas específicas para o gene SHOX e 13 para a área do SHOX, localizada a jusante do gene. O seqüenciamento direto da região codificadora do gene foi realizado nos pacientes sem deleção. Todos os pacientes com DLW apresentaram deleções envolvendo todo o gene. Entre os pacientes com BED, apenas um (5,0%) apresentou uma deleção intragênica envolvendo os exons 4, 5 e 6a. Os resultados das três metodologias foram concordantes na maioria dos casos, exceto em dois casos. No primeiro caso, inicialmente o FISH não identificou uma deleção envolvendo todos os éxons em um paciente com DLW. No segundo, uma deleção envolvendo os exons 4, 5 e 6a, identificada em uma paciente com BED, foi detectada apenas pelo MLPA. Ainda entre os pacientes com BED, três (15%) apresentaram deleção da região do marcador DXYS10096, a 3 do gene. Outros três (15%) pacientes apresentaram mutações de ponto identificadas pelo seqüenciamento direto: a mutação p.Tyr35X, que resulta na substituição de uma tirosina por um códon de parada prematuro; a p.Arg147His localizada na região do homeodomínio e a NM_000451:c.1236 -10T>C que se encontra a 10 nucleotídeos antes do início do éxon 5. Em uma comparação das três metodologias, o FISH foi considerado a técnica mais trabalhosa e com menor sensibilidade, levando até oito dias para sua realização. A análise por microssatélites requer o estudo dos progenitores, além de um grande número de marcadores para a análise de regiões extensas. O MLPA detectou todas as deleções, sendo considerada a metodologia mais sensível. Ele apresentou também menor custo e tempo de execução, além de possibilitar a estimativa do tamanho da deleção. Desta forma, o MLPA foi considerado a melhor metodologia para investigação inicial dos pacientes com DLW e BED. / The SHOX gene (short stature homeobox containing gene), expressed at high levels in osteogenic cells, is essential for bone development and growth process. SHOX haploinsufficiency is responsible for several phenotypes involving short stature, such as Turner syndrome, Léri-Weill dyschondrosteosis (LWD) and idiopathic short stature. Deletions are responsible for 2/3 of SHOX haploinsufficiency. In this study, a comparison among three techniques for detection of SHOX deletions: fluorescence in situ hybridization (FISH), microsatellites analysis and multiplex ligationdependent probe amplification (MLPA) was performed. A screening for point mutations that could lead to haploinsufficiency was performed in patients without SHOX deletion. Six patients with Léri-Weill dyschondrosteosis (LWD) and 20 with disproportionate short stature (DSS) were analyzed. FISH analysis was performed using the cosmid LLNOYCO3\"M\"34F5 and metaphase spreads obtained from lymphocytes culture. Genomic DNA extracted from peripheral blood leukocytes was used to microsatellite and MLPA analysis. Six microsatellite markers (CA repeats, DYS290, DXYS10093, DXYS10096, DXYS233 and DXYS234) were amplified by PCR and MLPA was performed according to the manufacturers instructions for SALSA MLPA P018 and P018-C1-D1 SHOX kits. These kits contain 8 specific probes for SHOX gene and 13 for \"SHOX area, which is located downstream of the gene. The direct sequencing of entire encoding region was performed in patients with no SHOX deletions. All patients with LWD presented deletions involving the entire gene. One (5.0%) patient with DSS, presented an intragenic deletion involving exons 4, 5 and 6a. The results of the three methods were concordant in most cases, except in two cases. In the first case, a patient with DLW, the FISH did not identify a deletion involving all SHOX exons. In the second case, a deletion of exons 4, 5 and 6a in a patient with BED was identified only by MLPA. Other 3 (15%) DSS patients had deletion in SHOX area, in the DXYS10096 marker. Other three (15%) patients presented a point mutation identified by direct sequencing: p.Tyr35X, which replaces a tyrosine for a premature stop codon, p.Arg147His located in the homeodomain region and NM_000451: c.1236-10T> C which is 10 nucleotides before the exon 5. In a comparison of three methods, the FISH technique was considered the more laborious and less sensitive, taking until eight days to obtain the results. The microsatellite analysis requires the parents DNA study. In addition, several markers are essential for the analysis of extensive regions. The MLPA was considered the most sensitive methodology since it detected all deletions. It also presented lower cost and execution time, and allowed the estimation of the size of the deletion. Thus, the MLPA was considered the best approach for initial investigation of LWD and DSS patients.

Sarcomas uterinos são tumores mesodérmicos raros que compreendem, aproximadamente, 3% de todos os cânceres uterinos. Até o momento não há consenso quanto os fatores de risco para determinar um pior prognóstico e tratamento mais adequado. A radioterapia adjuvante não tem impacto na sobrevida e o papel da quimioterapia ainda é limitado. Nesse contexto, a busca por marcadores moleculares mostra-se importante tanto para a individualização do tratamento, quanto para o diagnóstico e prognóstico desses tumores. O objetivo deste estudo foi avaliar a expressão de HER-2 e do fator de transcrição FOXO3a nos sarcomas e carcinossarcomas uterinos. Para isso, foram avaliadas 100 amostras incluindo: 56 leiomiossarcomas (LMS), 24 carcinossarcomas (CS), 18 sarcomas do estroma endometrial (SEE) e 2 adenossarcomas (AS). A expressão das proteínas foi avaliada por imunoistoquímica e a presença de alterações no número de cópias do gene HER-2 foi analisada por FISH e SISH. A amplificação de HER-2, resultando na hiperexpressão da proteína, foi observada no componente epitelial de uma única amostra de carcinossarcoma. Não foi observada deleção do gene. Os dados de SISH mostraram maior correlação com os de imunoistoquímica. A expressão de FOXO3a foi significativamente maior em todos os tumores avaliados em comparação ao miométrio, e mostrou associação significativamente com maior sobrevida livre de doença nos casos de LMS. Maior expressão dessa proteína também foi observada nos SEE de alto grau. Mulheres com mais de 50 anos, portadoras de LMS, apresentaram menor expressão de FOXO3a. Em conjunto, os resultados sugerem ser o FOXO3a potencial marcador para o risco de malignização e prognóstico para pacientes com LMS. Além disso, permitem indicar a utilização da técnica de SISH para melhor correlacionar a amplificação de HER-2 com os dados imunoistoquímicos / Uterine sarcomas are rare mesodermal tumors that comprise approximately 3% of all uterine cancers. To date, there is no consensus related to risk factors for poor prognosis and appropriate treatment. Adjuvant radiotherapy has no impact on survival of the patients and chemotherapy has limited role. In this context, the search for molecular markers is important in a search for individualization of treatment, for the diagnosis and prognosis of these tumors. The objective of this study was to evaluate the expression of HER-2 and FOXO3a transcription factor in uterine sarcomas and carcinosarcomas. For this, we evaluated a total of 100 samples including: 56 leiomyosarcomas (LMS), 24 carcinosarcomas (CS), 18 endometrial stromal sarcoma (ESS) and 2 adenosarcomas (AS). The protein expression were assessed by immunohistochemistry and copy number of the HER-2 was performed by FISH and SISH. HER-2 gene amplification, resulting in the protein overexpression was found in the epithelial component of an only one case of carcinosarcoma. SISH data showed higher relationship with protein expression than FISH. FOXO3a expression was significantly higher in all tumors than normal myometrium and it showed association with lower disease free survival, in LMSs patients. Protein overexpression was observed in the high grade SEE samples. LMS women´s with > 50 years old showed lower FOXO3a protein expression. Our results suggest that FOXO3a is involved in leiomyosarcoma risk of malignancy and might become a potential prognostic marker to these patients. Moreover, they allow us to indicate the SISH analysis as a better correlation method with the immunohistochemical data for HER-2 amplification, in the future

Sarcomas uterinos são tumores mesodérmicos raros que compreendem, aproximadamente, 3% de todos os cânceres uterinos. Até o momento não há consenso quanto os fatores de risco para determinar um pior prognóstico e tratamento mais adequado. A radioterapia adjuvante não tem impacto na sobrevida e o papel da quimioterapia ainda é limitado. Nesse contexto, a busca por marcadores moleculares mostra-se importante tanto para a individualização do tratamento, quanto para o diagnóstico e prognóstico desses tumores. O objetivo deste estudo foi avaliar a expressão de HER-2 e do fator de transcrição FOXO3a nos sarcomas e carcinossarcomas uterinos. Para isso, foram avaliadas 100 amostras incluindo: 56 leiomiossarcomas (LMS), 24 carcinossarcomas (CS), 18 sarcomas do estroma endometrial (SEE) e 2 adenossarcomas (AS). A expressão das proteínas foi avaliada por imunoistoquímica e a presença de alterações no número de cópias do gene HER-2 foi analisada por FISH e SISH. A amplificação de HER-2, resultando na hiperexpressão da proteína, foi observada no componente epitelial de uma única amostra de carcinossarcoma. Não foi observada deleção do gene. Os dados de SISH mostraram maior correlação com os de imunoistoquímica. A expressão de FOXO3a foi significativamente maior em todos os tumores avaliados em comparação ao miométrio, e mostrou associação significativamente com maior sobrevida livre de doença nos casos de LMS. Maior expressão dessa proteína também foi observada nos SEE de alto grau. Mulheres com mais de 50 anos, portadoras de LMS, apresentaram menor expressão de FOXO3a. Em conjunto, os resultados sugerem ser o FOXO3a potencial marcador para o risco de malignização e prognóstico para pacientes com LMS. Além disso, permitem indicar a utilização da técnica de SISH para melhor correlacionar a amplificação de HER-2 com os dados imunoistoquímicos / Uterine sarcomas are rare mesodermal tumors that comprise approximately 3% of all uterine cancers. To date, there is no consensus related to risk factors for poor prognosis and appropriate treatment. Adjuvant radiotherapy has no impact on survival of the patients and chemotherapy has limited role. In this context, the search for molecular markers is important in a search for individualization of treatment, for the diagnosis and prognosis of these tumors. The objective of this study was to evaluate the expression of HER-2 and FOXO3a transcription factor in uterine sarcomas and carcinosarcomas. For this, we evaluated a total of 100 samples including: 56 leiomyosarcomas (LMS), 24 carcinosarcomas (CS), 18 endometrial stromal sarcoma (ESS) and 2 adenosarcomas (AS). The protein expression were assessed by immunohistochemistry and copy number of the HER-2 was performed by FISH and SISH. HER-2 gene amplification, resulting in the protein overexpression was found in the epithelial component of an only one case of carcinosarcoma. SISH data showed higher relationship with protein expression than FISH. FOXO3a expression was significantly higher in all tumors than normal myometrium and it showed association with lower disease free survival, in LMSs patients. Protein overexpression was observed in the high grade SEE samples. LMS women´s with > 50 years old showed lower FOXO3a protein expression. Our results suggest that FOXO3a is involved in leiomyosarcoma risk of malignancy and might become a potential prognostic marker to these patients. Moreover, they allow us to indicate the SISH analysis as a better correlation method with the immunohistochemical data for HER-2 amplification, in the future

O gene SHOX (short stature homeobox containing gene), expresso em altos níveis nas células osteogênicas, é fundamental para o desenvolvimento ósseo e para a determinação da altura. Haploinsuficiência do SHOX é responsável por vários fenótipos que envolvem a baixa estatura, como a síndrome de Turner, a discondrosteose de Léri-Weill e a baixa estatura idiopática. Cerca de dois terços das haploinsuficiências são causados por deleções. Neste trabalho, foi realizada uma comparação entre três técnicas para detecção de deleções do SHOX: a hibridação in situ com fluorescência (FISH), o estudo de microssatélites e o multiplex ligationdependent probe amplification (MLPA). Nos pacientes sem deleção do SHOX, foi realizado um rastreamento para identificação de mutações de ponto no gene que levassem à sua haploinsuficiência. Foram analisados seis pacientes com discondrosteose de Léri-Weill (DLW) e 20 com baixa estatura desproporcionada (BED). Na técnica de FISH, os cromossomos metafásicos obtidos a partir de cultura de linfócitos foram hibridados com o cosmídio LLNOYCO3M34F5. DNA genômico extraído a partir de leucócitos de sangue periférico foi submetido à análise de microssatélites e MLPA. Foram amplificados seis marcadores de microssatélites (repetições CA, DYS290, DXYS10093, DXYS10096, DXYS233 e DXYS234) e o MLPA foi realizado de acordo com as instruções dos kits SALSA MLPA P018-C1 e P018-D1 SHOX. Estes kits contêm oito sondas específicas para o gene SHOX e 13 para a área do SHOX, localizada a jusante do gene. O seqüenciamento direto da região codificadora do gene foi realizado nos pacientes sem deleção. Todos os pacientes com DLW apresentaram deleções envolvendo todo o gene. Entre os pacientes com BED, apenas um (5,0%) apresentou uma deleção intragênica envolvendo os exons 4, 5 e 6a. Os resultados das três metodologias foram concordantes na maioria dos casos, exceto em dois casos. No primeiro caso, inicialmente o FISH não identificou uma deleção envolvendo todos os éxons em um paciente com DLW. No segundo, uma deleção envolvendo os exons 4, 5 e 6a, identificada em uma paciente com BED, foi detectada apenas pelo MLPA. Ainda entre os pacientes com BED, três (15%) apresentaram deleção da região do marcador DXYS10096, a 3 do gene. Outros três (15%) pacientes apresentaram mutações de ponto identificadas pelo seqüenciamento direto: a mutação p.Tyr35X, que resulta na substituição de uma tirosina por um códon de parada prematuro; a p.Arg147His localizada na região do homeodomínio e a NM_000451:c.1236 -10T>C que se encontra a 10 nucleotídeos antes do início do éxon 5. Em uma comparação das três metodologias, o FISH foi considerado a técnica mais trabalhosa e com menor sensibilidade, levando até oito dias para sua realização. A análise por microssatélites requer o estudo dos progenitores, além de um grande número de marcadores para a análise de regiões extensas. O MLPA detectou todas as deleções, sendo considerada a metodologia mais sensível. Ele apresentou também menor custo e tempo de execução, além de possibilitar a estimativa do tamanho da deleção. Desta forma, o MLPA foi considerado a melhor metodologia para investigação inicial dos pacientes com DLW e BED. / The SHOX gene (short stature homeobox containing gene), expressed at high levels in osteogenic cells, is essential for bone development and growth process. SHOX haploinsufficiency is responsible for several phenotypes involving short stature, such as Turner syndrome, Léri-Weill dyschondrosteosis (LWD) and idiopathic short stature. Deletions are responsible for 2/3 of SHOX haploinsufficiency. In this study, a comparison among three techniques for detection of SHOX deletions: fluorescence in situ hybridization (FISH), microsatellites analysis and multiplex ligationdependent probe amplification (MLPA) was performed. A screening for point mutations that could lead to haploinsufficiency was performed in patients without SHOX deletion. Six patients with Léri-Weill dyschondrosteosis (LWD) and 20 with disproportionate short stature (DSS) were analyzed. FISH analysis was performed using the cosmid LLNOYCO3\"M\"34F5 and metaphase spreads obtained from lymphocytes culture. Genomic DNA extracted from peripheral blood leukocytes was used to microsatellite and MLPA analysis. Six microsatellite markers (CA repeats, DYS290, DXYS10093, DXYS10096, DXYS233 and DXYS234) were amplified by PCR and MLPA was performed according to the manufacturers instructions for SALSA MLPA P018 and P018-C1-D1 SHOX kits. These kits contain 8 specific probes for SHOX gene and 13 for \"SHOX area, which is located downstream of the gene. The direct sequencing of entire encoding region was performed in patients with no SHOX deletions. All patients with LWD presented deletions involving the entire gene. One (5.0%) patient with DSS, presented an intragenic deletion involving exons 4, 5 and 6a. The results of the three methods were concordant in most cases, except in two cases. In the first case, a patient with DLW, the FISH did not identify a deletion involving all SHOX exons. In the second case, a deletion of exons 4, 5 and 6a in a patient with BED was identified only by MLPA. Other 3 (15%) DSS patients had deletion in SHOX area, in the DXYS10096 marker. Other three (15%) patients presented a point mutation identified by direct sequencing: p.Tyr35X, which replaces a tyrosine for a premature stop codon, p.Arg147His located in the homeodomain region and NM_000451: c.1236-10T> C which is 10 nucleotides before the exon 5. In a comparison of three methods, the FISH technique was considered the more laborious and less sensitive, taking until eight days to obtain the results. The microsatellite analysis requires the parents DNA study. In addition, several markers are essential for the analysis of extensive regions. The MLPA was considered the most sensitive methodology since it detected all deletions. It also presented lower cost and execution time, and allowed the estimation of the size of the deletion. Thus, the MLPA was considered the best approach for initial investigation of LWD and DSS patients.

Orientador: Eliana Regina Forni Martins / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-15T09:44:06Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Ferrari_Fernanda_M.pdf: 4024604 bytes, checksum: fadaeedca82d057b615fd5bfb85b4706 (MD5) Previous issue date: 2010 / Resumo: A cana-de-açúcar assumiu grande importância no cenário econômico mundial, não só pela produção de açúcar, mas também de etanol. Variedades modernas de cana-de-açúcar são essencialmente derivadas de hibridações feitas no início do século XX entre duas spécies de Saccharum, S. officinarum (2n = 80) e S. spontaneum (2n = 40-128), seguidas de retrocruzamentos dos híbridos com S. officinarum. Devido à poliploidia natural do gênero e a aneuploidia das variedades híbridas o estudo citogenético em cana-de-açúcar é complexo. O advento da citogenética molecular, mediante a técnica de hibridização de DNA in situ (FISH e GISH), vem propiciando avanços no entendimento da organização genômica de Saccharum e de gêneros relacionados. O objetivo deste trabalho foi realizar análises cromossômicas, de número e sítios de rDNA, nas duas principais espécies do gênero, S. officinarum e S. spontaneum, e em mais três importantes variedades brasileiras, RB72454, RB835486 e RB867515. Foi possível confirmar as identidades das espécies S. officinarum (2n = 80) e S. spontaneum (2n = 64) mediante a contagem do número cromossômico. Foram caracterizados, pela primeira vez, os números cromossômicos das variedades RB72454 e RB835486 (2n = 112) e na RB867515 (2n = 110). Através de técnicas de hibridização in situ fluorescente foram quantificados os sítios de rDNA 45S e 5S. As espécies S. officinarum e S. spontaneum, conforme já descrito na literatura, apresentaram 8 sítios de cada locus. As variedades RB72454 e RB835486 apresentaram 12 sítios de cada locus e a variedade RB867515 apresentou 11 sítios do rDNA 45S e 9 sítios do rDNA 5S. Os loci de rDNA 45S e 5S encontram-se em grupos homó(eó)logos distintos e por isso, esses dois genes caracterizam-se dois marcadores cromossômicos em Saccharum spp. A localização do locus de rDNA 45S em posição distinta nos cromossomos de S. officinarum (terminais) e S. spontaneum (intersticiais), possibilitou a quantificação da contribuição dessas espécies, no respectivo grupo homeólogo, para as variedades RB72454 e RB867515 / Abstract: Sugarcane has assumed an eminent position in the world economical scenario, not only for sugar, but also for ethanol production. Current sugarcane varieties are hybrids from initial interspecific crosses involving mainly two species of Saccharum, S. officinarum (2n = 80) and S. spontaneum (2n = 40-128), followed by backcrossing with S. officinarum. Due to the polyploidy nature of the genus Saccharum and the aneuploidy occurring in the interspecific hybrids, the cytogenetic study of sugarcane is complex. Moreover, chromosomes are small and morphologically similar. The molecular cytogenetics, with technique of DNA in situ hybridization (GISH and FISH), has provided advances in the understanding of genomic organization of this crop. The goal of this study was to realize chromosomal analysis, including chromosome number and sites of rDNA of two species, S. officinarum and S. spontaneum, and of three Brazilian varieties, RB72454, RB835486 and RB867515. The identities of the species S. officinarum (2n = 80) and S. spontaneum (2n = 64) were confirmed counting their chromosome numbers. We also counted the chromosome numbers of the varieties RB72454 and RB835486 (2n = 112) and RB867515 (2n = 110). Using FISH techniques, we could quantify the rDNA 45S and 5S sites of all the accesses. S. officinarum and S. spontaneum, as described in the literature, had 8 sites at each locus. For the varieties RB72454 and RB835486, 12 sites at each locus were detected and for RB867515, 11 sites of rDNA 45S and 9 sites of rDNA 5S were detected. The loci rDNA 45S and 5S are in different homo(eo)logues groups being thus characterized as two chromosomal markers for Saccharum spp. Since the rDNA 45S is located in different positions in S. officinarum (terminals) and S. spontaneum (interstitial), this marker could be applied in the quantification, in this homeologue group, of the chromosome numbers inherited from S. officinarum and S. spontaneum by the varieties RB72454, RB867515 / Mestrado / Biologia Vegetal / Mestre em Biologia Vegetal

A diversidade bacteriana pode ser estudada, combinando técnicas convencionais e técnicas que empreguem tecnologias modernas para sua melhor compreensão. O objetivo do trabalho foi analisar a diversidade de bactérias cultiváveis e não cultiváveis em amostras de água do mar coletadas no Canal de São Sebastião no período de agosto/2005 a março/2007. As bactérias marinhas foram quantificadas em Agar marinho e identificadas por seqüenciamento do gene 16S rDNA. A concentração dos grupos a-, b-, g- e s-proteobacteria foi verificada através da técnica de FISH. A comunidade total foi analisada através da construção de três bibliotecas mensais (novembro/2006, fevereiro/2006, fevereiro/2007). O seqüenciamento identificou 87% das bactérias marinhas como Vibrio sp. A técnica de FISH detectou maior concentração de b-proteobacteria (10,2%), em relação ao número de células totais (DAPI) que variou de 7,0x106 a 2,3x107 céls/mL. As bibliotecas de clones foram compostas pelos filos Proteobacteria, Bacteroidetes, Cyanobacteria, Firmicutes, Fusobacteria, Verrucomicrobia e Chloroflexi. / Microbial diversity can be studied by a combination of techniques of both conventional and modern approaches for better understanding. The aim of this study was analyze marine bacteria culturable and nonculturable diversity from seawater samples collected at São Sebastião Channel during August 2005 to March 2007. Marine bacteria were quantified using Marine Agar and identified by 16S rRNA sequencing. Concentration of a-, b-, g- e s-proteobacteria group was verified through three clones library monthly (November 2006, February 2006, February 2007). The sequencing identified 87% of marine bacteria such as Vibrio sp. The FISH technique to detect higher concentration of b-proteobacteria (10.2%), compared to number total cells (DAPI) which range from 7.0 x 106 to 2.3 x 107 cells/mL. Clones library were composed of the phylum Proteobacteria, Bacteroidetes, Cyanobacteria, Firmicutes, Fusobacteria, Verrucomicrobia e Chloroflexi.

Submitted by Renata Lopes (renatasil82@gmail.com) on 2016-03-29T13:42:08Z No. of bitstreams: 1 flaviaalmeidaribeiroscalioni.pdf: 2339144 bytes, checksum: fc488fda19373aa72588dc3ad1e242c3 (MD5) / Approved for entry into archive by Adriana Oliveira (adriana.oliveira@ufjf.edu.br) on 2016-04-24T02:47:32Z (GMT) No. of bitstreams: 1 flaviaalmeidaribeiroscalioni.pdf: 2339144 bytes, checksum: fc488fda19373aa72588dc3ad1e242c3 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-04-24T02:47:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 flaviaalmeidaribeiroscalioni.pdf: 2339144 bytes, checksum: fc488fda19373aa72588dc3ad1e242c3 (MD5) Previous issue date: 2013-04-30 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Crianças com síndrome de Down (SD) apresentam uma baixa prevalência de cárie dentária. Embora os Streptococcus mutans e Streptococcus sobrinus estejam associados com a cárie dentária em humanos, o seu papel na etiologia da doença em crianças com SD ainda não está completamente esclarecido. Desta forma, este estudo transversal teve como objetivo avaliar a experiência de cárie dentária e a contagem de S. mutans, S. sobrinus e estreptococos presentes na saliva de crianças com SD (grupo SD) em comparação com crianças não sindrômicas (grupo ND). A amostra incluiu trinta crianças com SD (com idade entre três e 12 anos) e trinta crianças (com idade entre quatro e 12 anos) sem a síndrome, pareadas por idade e sexo. O exame da condição dentária foi realizado para determinar o número de dentes decíduos cariados, com extração indicada e obturados (índice ceo-d) e o número de dentes permanentes cariados, perdidos e obturados (índice CPO-D), de acordo com os critérios de diagnóstico de cárie dentária da OMS. Amostras de saliva total não estimulada foram coletadas de todas as crianças. A técnica da hibridização in situ fluorescente (FISH) identificou a presença e o número de bactérias cariogênicas na saliva. O teste qui-quadrado foi usado para a análise das variáveis categóricas e o teste t de Student foi usado para a análise das variáveis contínuas. Adotou-se o nível de significância de 5% (p < 0,05). As crianças do grupo SD apresentaram significativamente uma experiência de cárie dentária mais baixa (p < 0,001) e mais baixa contagem de S. mutans na saliva (p < 0,001), em comparação com as crianças do grupo ND. Não se observou nenhuma diferença estatisticamente significativa na contagem de S. sobrinus e estreptococos presentes na saliva entre os dois grupos (p = 0,09 e p = 0,21, respectivamente). As contagens de S. mutans e S. sobrinus presentes na saliva, determinadas pela técnica de FISH, não se associaram a mais baixa experiência de cárie dentária observada entre as crianças com síndrome de Down. / Down syndrome (DS) children are known to present a low dental caries prevalence. Although Streptococcus mutans and Streptococcus sobrinus are associated with dental caries in humans, their role in the etiology of dental caries in DS children is not entirely clear. Therefore this cross-sectional study aimed to assess the dental caries experience as well as the salivary counts of S. mutans, S. sobrinus and streptococci in DS children (group SD) in comparison with non-Down syndrome children (group ND). The sample included 30 DS children (aged 3-12 years) and 30 age and sex-matched ND children (aged 4-12 years). Dental examinations were performed to determine the numbers of decayed, missing and filled teeth in primary (dmf-t index) and permanent (DMF-T index) dentition according to the WHO dental caries diagnostic criteria. Unstimulated whole saliva samples were collected from all children. The fluorescence in situ hybridization (FISH) technique identified the presence and numbers of the cariogenic bacteria in saliva. The chi-square test was used to analyze the categorical variables and the Student’s t-test was used for the continuous variables. The significance level was set at 5% (p < 0.05). Children of DS group showed significantly lower dental caries experience (p < 0.001) and salivary counts of S. mutans (p < 0.001) compared to children of ND group. No significant difference was found in the salivary counts of S. sobrinus and streptococci between the two groups (p = 0.09 and p = 0.21, respectively). The salivary counts of S. mutans and S. sobrinus determined by the FISH technique were not associated with the lower caries experience observed in Down syndrome children.

Submitted by Renata Lopes (renatasil82@gmail.com) on 2016-05-02T15:12:15Z No. of bitstreams: 1 samirasalomaolemos.pdf: 1943593 bytes, checksum: 1564e6f7ffba63a822e146b8ccdafa02 (MD5) / Approved for entry into archive by Adriana Oliveira (adriana.oliveira@ufjf.edu.br) on 2016-06-03T12:59:49Z (GMT) No. of bitstreams: 1 samirasalomaolemos.pdf: 1943593 bytes, checksum: 1564e6f7ffba63a822e146b8ccdafa02 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-03T12:59:49Z (GMT). No. of bitstreams: 1 samirasalomaolemos.pdf: 1943593 bytes, checksum: 1564e6f7ffba63a822e146b8ccdafa02 (MD5) Previous issue date: 2014-08-29 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Diferentes métodos de identificação têm mostrado que a comunidade microbiana em infecções endodônticas apresenta uma grande diversidade. No entanto, o conhecimento dos perfis microbianos de infecções endodônticas em dentes decíduos ainda é limitado. Portanto, este estudo teve como objetivos avaliar qualitativa e quantitativamente a presença de micro-organismos orais em amostras de canais radiculares dentes decíduos com necrose pulpar, e verificar a correlação entre eles e sua associação com sinais e sintomas clínicos e radiográficos. Um total de 31 crianças, de quatro a dez anos (idade média = 6,29 ± 1,27 anos), foi incluído neste estudo. A presença de 12 patógenos selecionados (Actinobacillus actinomycetemcomitans, Campylobacter rectus, Enterococcus faecalis, Fusobacterium nucleatum, Porphyromonas gingivalis, Prevotella intermedia, Prevotella nigrescens, Streptococcus, Streptococcus mutans, Streptococcus sobrinus, Tannerella forsythia e Treponema denticola) em 31 canais radiculares de 31 dentes com necrose pulpar foi avaliada por meio da técnica de hibridização in situ fluorescente (FISH), que identificou e quantificou os micro-organismos. Medidas descritivas foram usadas para descrever os dados relativos à densidade (cél/mL X 108) obtida para cada micro-organismo testado. O teste de correlação de Pearson avaliou a correlação entre os micro-organismos identificados e o teste t de Student verificou a associação entre os sinais e sintomas clínicos e radiográficos e os micro-organismos detectados. Adotou-se um nível de significância de 5% (p < 0,05). Todos os patógenos testados foram identificados em todas as amostras. O somatório das densidades médias totais de todas as espécies bacterianas testadas e do gênero Streptococcus representou 80,57% da comunidade microbiana total. Os resultados do teste t de Student demonstraram que houve uma diferença significante (p = 0,02) entre no número médio das densidades observadas na espécie T. denticola no grupo com presença de dor e o grupo com ausência de dor. Também foram observadas diferenças significantes no número médio das densidades da espécie P. nigrescens e presença de edema e P. nigrescens e ausência de edema; assim como para o gênero Streptococcus e presença de edema e Streptococcus e ausência de edema (p = 0,04; p = 0,04, respectivamente). A técnica de FISH confirmou a característica polimicrobiana da infecção endodôntica em dentes decíduos com a presença de bactérias anaeróbicas obrigatórias e anaeróbicas facultativas e do gênero estreptococos. / Different microbial identification methods have shown that the microbial community in endodontic infections presents a great diversity. However, the knowledge of the microbial profiles of endodontic infections in primary teeth is still limited. Therefore, the aim of this study was to evaluate, qualitative and quantitatively, the presence of oral microorganisms in samples from root canals primary teeth, to assess the correlations among them, and to determine their association with clinical and radiographic signs and symptoms. A total of 31 children, 4 to 10 years old (mean age = 6.29 ± 1.27 years old), was involved in this study. The presence of 12 selected pathogens (Actinobacillus actinomycetemcomitans, Campylobacter rectus, Enterococcus faecalis, Fusobacterium nucleatum, Porphyromonas gingivalis, Prevotella intermedia, Prevotella nigrescens, Streptococcus, Streptococcus mutans, Streptococcus sobrinus, Tannerella forsythia, and Treponema denticola) in 31 infected root canals from 31 primary teeth with pulp necrosis was studied by using the fluorescent in situ hybridization (FISH) technique which identified and quantified the microorganisms. Descriptive measures were used to present the data related to the density (cel/mL X 108) for each microorganism tested. The Pearson correlation test assessed the correlation among the microorganisms identified and the Student t test assessed the association between the clinical and radiographic signs and symptoms and the pathogens detected. The significance level was set at 5% (p < 0.05). All the tested pathogens were detected in all samples. The total sum of the mean densities of all the bacteria species and Streptococcus genus represented 80.57% of the entire microbial community. The results of Student's t test showed that there was a significant difference (p = 0.02) between the average number of densities observed in the species T. denticola in the group with pain and the group with no pain. Significant differences were also observed in the average number densities of the species P. nigrescens and presence of edema and P. nigrescens and no edema; and for Streptococcus and genus Streptococcus and edema and no edema (p = 0.04, p = 0.04, respectively). The FISH technique confirmed the polymicrobial characteristic of the endodontic infection in primary teeth with the presence of obligate and facultative anaerobic bacteria and of Streptococcus genus.

Submitted by Renata Lopes (renatasil82@gmail.com) on 2016-07-01T18:12:17Z No. of bitstreams: 1 fernandacamposmachado.pdf: 8104440 bytes, checksum: c6b4f12f1beb42cb6f9fe523172990b2 (MD5) / Approved for entry into archive by Adriana Oliveira (adriana.oliveira@ufjf.edu.br) on 2016-07-13T16:05:52Z (GMT) No. of bitstreams: 1 fernandacamposmachado.pdf: 8104440 bytes, checksum: c6b4f12f1beb42cb6f9fe523172990b2 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-07-13T16:05:52Z (GMT). No. of bitstreams: 1 fernandacamposmachado.pdf: 8104440 bytes, checksum: c6b4f12f1beb42cb6f9fe523172990b2 (MD5) Previous issue date: 2012-08-28 / Os níveis de estrógeno e progesterona, necessários à manutenção da gestação, podem contribuir para a maior suscetibilidade ao aparecimento de determinados micro-organismos periodontopatogênicos e consequente desenvolvimento da doença periodontal em gestantes. O objetivo desta investigação foi avaliar os parâmetros periodontais clínicos e microbiológicos de mulheres na gestação e no pós-parto. Os achados das gestantes foram comparados com os de um grupo controle de não gestantes. Este estudo longitudinal prospectivo, com desenho transversal paralelo, incluiu 31 mulheres no segundo trimestre da gestação, acompanhadas em dois momentos após o parto (48 horas e oito semanas) e 20 não gestantes na mesma faixa etária. O exame clínico determinou a condição periodontal das mulheres por meio dos seguintes indicadores: sangramento à sondagem (SS), presença de cálculo (PC), profundidade de sondagem (PS) e nível clínico de inserção (NCI). Amostras de biofilme subgengival e saliva foram coletadas e a identificação e quantificação de Aggregatibacter actinomycetemcomitans, Tannerella forsythia, Campylobacter rectus, Porphyromonas gingivalis, Treponema denticola, Fusobacterium nucleatum, Prevotella intermedia e Prevotella nigrescens foram realizadas pela técnica da hibridização in situ fluorescente (FISH). O teste U de Mann-Whitney foi utilizado para a comparação clínica e microbiológica entre os grupos de gestantes e não gestantes. Para a comparação intragrupo, foi empregado o teste de Friedman, seguido pelo teste de Wicoxon. Os grupos de gestantes e não gestantes apresentaram condições periodontais semelhantes. Em relação à microbiota verificada no biofilme subgengival, não foi encontrada diferença significativa entre as mulheres no segundo trimestre de gestação e as não gestantes. Em relação à microbiota salivar, foi observada maior abundância de P. intermedia nas gestantes, em comparação com as não gestantes. Na comparação intragrupo dos parâmetros clínicos, o teste de Friedman demonstrou diferença estatisticamente significativa em relação à PS=4-5 mm, não confirmada pelo teste de Wilcoxon. Em relação aos parâmetros microbiológicos, no biofilme subgengival foi verificado que os números de P. nigrescens diminuíram ao longo dos três momentos avaliados,que números significativamente mais altos de C. rectus foram encontrados durante o segundo trimestre, em comparação com o exame de oito 8 semanas após o parto, e que níveis significativamente mais altos de P. intermedia foram observados 48 horas após o parto, em comparação com o exame de oito semanas após o parto. Na saliva, foi verificada uma redução significativa de P. intermedia e P. nigrescens ao longo do acompanhamento longitudinal, com os maiores valores encontrados no segundo trimestre da gestação. Em conclusão, os resultados confirmaram a hipótese de que existe uma alteração na microbiota durante a gestação, pelo menos para P. nigrescens, P. intermedia e C. rectus, embora pequena diferença tenha sido verificada em relação aos parâmetros clínicos. / The levels of estrogen and progesterone necessary for maintenance of pregnancy may contribute to increased susceptibility to the occurrence of certain periodontopathogenic bacteria and subsequent development of periodontal disease in pregnant women. The aim of this study was to evaluate clinical and microbiological parameters in women during pregnancy and post-partum. The findings of the pregnant women were compared with a control group of non-pregnant ones. This longitudinal study, with a cross-sectional parallel design, included 31 women at second trimester of their pregnancy, examined one time during pregnancy and twice during post-partum (48h and 8 weeks after the delivery), and 20 non-pregnant women within the same age range. Bleeding on probing (BOP), presence de calculus (PC), probing depth (PD) and clinical attachment level (CAL) were recorded. Bacterial samples from the subgingival biofilm and saliva were collected and the fluorescence in situ hybridization (FISH) technique identified the presence and number of Aggregatibacter actinomycetemcomitans, Tannerella forsythia, Campylobacter rectus, Porphyromonas gingivalis, Treponema denticola, Fusobacterium nucleatum, Prevotella intermedia and Prevotella nigrescens. The Mann-Whitney U-test was applied to compare clinical and microbiological data from pregnant and non-pregnant women. The Friedman and Wilcoxon tests were used for intra-group comparisons. Pregnant and non-pregnant women showed similar periodontal conditions. Regarding the subgingival microbiota, no significant difference was found among women in the second trimester of pregnancy and nonpregnant women. Regarding the salivary microbiota, it was observed higher abundance of P. intermedia in pregnant compared with non-pregnant women. In intra-group comparison, for clinical parameters, Friedman test showed significant difference concerning PD = 4-5 mm, not confirmed by the Wilcoxon test. Regarding the microbiological parameters, in the subgingival biofilm it was found that numbers of P. nigrescens decreased among the three periods analyzed, increased bacterial counts were found for C. rectus from the second trimester to 48h after the delivery, as well as for P. intermedia from 48h to 8 weeks post-partum. In saliva, there was a significant reduction of P. intermedia and P. nigrescens among the longitudinal follow-up, with the highest values found in the second trimester of pregnancy. In 10 conclusion, the results confirm the hypothesis that there is a change in the microbiota during pregnancy, at least for P. nigrescens, P. intermedia and C. rectus, although little difference was observed in relation to clinical parameters.

Orientador: Eliana Regina Forni Martins / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-25T23:43:47Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Braga_KlenyaRosaRocha_D.pdf: 3638781 bytes, checksum: f3a0b3548e4388cdabb276fb9662c32a (MD5) Previous issue date: 2014 / Resumo: A família Asteraceae (Compositae) possui cerca de 23.000 espécies e 1.600 gêneros. Sua distribuição é cosmopolita, com representantes em todos os continentes. Sua maior diversidade está na América do Sul. A família está bem representada no Brasil (cerca de 300 gêneros e 2.000 espécies), ocorrendo principalmente em formações abertas, como cerrados e campos. Cassini, em 1817 foi o primeiro a propor um sistema de classificação para a família, que foi alterado por vários autores. Atualmente a família está dividida 12 subfamílias e 43 tribos. Dentre os parâmetros que podem ser obtidos a partir de estudos citogenéticos, o número cromossômico é o mais amplamente utilizado. Estima-se que cerca de 61,6% dos gêneros de Asteraceae possuem pelo menos uma contagem de números cromossômicos, sendo relatada grande variação (2n= 4 a ca. 432). O número básico x=9 é o mais frequente. Apesar do número considerável de trabalhos referentes à contagem cromossômica e análise de cariótipos de espécies de Asteraceae, este número ainda é muito pequeno quando comparado com a riqueza de espécies da família. No que diz respeito aos estudos cromossômicos utilizando bandamento cromossômico e hibridização de DNA in situ, os trabalhos são mais escassos. Diante da riqueza de espécies, da diversidade cariotípica da família e da carência de dados citogenéticos para subsidiar a reavaliação das delimitações de seus grupos taxonômicos, este trabalhou objetivou caracterizar o cariótipo de diversas espécies nativas de Asteraceae proveniente da Reserva Biológica Municipal (RBM) da Serra do Japi uma das últimas grandes áreas de floresta contínua do Estado de São Paulo, que apresenta uma grande diversidade de espécies de Asteraceae. Foram feitos a determinação do número cromossômico, o detalhamento de caracteres morfológicos dos cromossomos (tamanho e forma) e a aplicação de técnicas de bandamento CMA/DAPI e técnica de FISH. Foi determinado o número cromossômico de 35 espécies, as quais estão distribuídas em 14 tribos e 26 gêneros, com variação de 2n=16 a 72. As tribos mais bem representadas foram Eupatorieae (9spp.), Vernonieae (6spp.) e Astereae (5spp.). Seis novas contagens foram determinadas e quatro divergiram de relatos anteriores: Bidens subalternans (2n=72), Chromolaena odorata (2n=30), Praxelis kleineoides (2n=30) e Vernonia diffusa (2n=34). Os cariótipos podem ser considerados moderadamente simétricos, com o índice TF% variando de 29 em Praxelis kleineoides (2n=30) a 44 into G. intermedia (2n=20). Dezesseis espécies foram submetidas à técnica de bandamento CMA/DAPI. Houve variação de 2 a 12 bandas CMA+/DAPI-. A técnica de FISH revelou diferenças cariotípicas em cinco espécies estudadas: Conyza sumatrensis var. leotheca, Bidens pilosa, Mikania sp, Vernonia diffusa e V. remotiflora, que apresentaram 2 a 6 sítios de DNAr 45S e 2 a 3 sítios de DNAr 5S. Nossos dados de bandamento CMA/DAPI e FISH são inéditos para todas as espécies estudadas / Abstract: The Asteraceae family (Compositae) comprises around 23.000 species and 1.600 genera. Its distribution is comospolitan, with representatives in all continents. The highest diversity is found in South America. The family is well represented in Brazil (with 300 genera and 2.000 species), mainly occurring in the opened formations, like savannas and fields. Cassini, in 1817 was the first to propose a system of classification for the family, which was later changed by several authors. Nowadays the family is divided in 12 subfamilies and 43 tribes. Among the parameters that can be obtained from cytogenetic studies, the number of chromosomes is the most commonly used. Its estimated that about 61,6% of Asteraceae genera have at least a count chromosome numbers, being reported wide variation (2n= 4 a ca. 432). The basic number x=9 is the most frequent. In spite of considerable number of works on the chromosomal count and karyotpe analysis from species of Asteraceae, this number is still very small when compared with species richness within the family. In respect of chromosomal studies used in the chromosome banding and in situ DNA hybridization, the works are more scarce. Before wealth of species, of karyotype diversity of family and of lack of data cytogenetics to subsidize the revaluation of delimitations of its taxonomic groups, this work aims to characterize the karyotype of several native species of Asteraceae from the Municipal Biological Reserve (MBR) of Japi, one of the last large areas of continuous forest of São Paulo, that has a great diversity of species of Asteraceae. We determined the chromosomal number, detailing the morphological characters of chromosomes (size and shape), and applied techniques of CMA/DAPI banding and FISH. We determined the chromosome number of 35 species, which are distributed in 14 tribes and 26 genera, ranging from 2n = 16-72. The most well represented tribes were Eupatorieae (9spp.), Vernonieae (6spp.) and Astereae (5spp.). Six new counts were determined and four differed from previous scores: Bidens subalternans (2n=72), Chromolaena odorata (2n=30), Praxelis kleineoides (2n=30) and Vernonia diffusa (2n=34). The karyotpes can be considered moderately symmetric, with index TF% ranging from 29 in Praxelis kleineoides (2n=30) to 44 in G. intermedia (2n=20). Sixteen species were submitted to technique of banding CMA/DAPI. There were variations of 2 to 12 CMA+/DAPI- bands. The technique of FISH revealed varied karyotypes in five species: Conyza sumatrensis var. leotheca, B. pilosa, Mikania sp, Vernonia diffusa and V. remotiflora showed 2 to 6 sites of 45S rDNA and 2 to 3 sites of 5S rDNA. Our data of banding CMA/DAPI and FISH are original for all studied species / Doutorado / Biologia Vegetal / Doutora em Biologia Vegetal