O óxido nítrico (NO) é um radical livre gasoso que participa de uma série de processos biológicos fisiológicos sendo produzido por enzimas denominadas óxido nítrico sintases (NOS). Diversos estudos vem demonstrando sua participação na resposta inflamatória crônica, na qual as células inflamatórias, com destaque para os macrófagos, são estimuladas a sintetizarem NOS, que por esse motivo são denominadas induzíveis (iNOS) e passam a produzir o óxido nítrico que vai atuar na modulação do processo. A fim de comprovar sua participação filogenética na resposta granulomatosa, utilizou-se como modelo experimental a inoculação de onco-BCG na musculatura de tilápias-do-Nilo (Oreochromys niloticus) e de girinos de rã touro-gigante (Rana catesbeiana), na região plantar de tartarugas ?red ear? (Trachemys scripta elegans) e no coxim plantar de hamsters sírios (Mesocricetus auratus). Fragmentos da lesão foram colhidos aos 14, 28 e 42 dias pós-inoculação, fixados em Carnoy por quatro horas, sendo em seguida transferidos para álcool 70o GL. Procedeu-se a confecção de preparados histopatológicos segundo métodos de rotina que foram corados pelo método da hematoxilina e eosina. Imunoistoquímica foi realizada para a verificação da produção de óxido nítrico indiretamente através da marcação da iNOS com anticorpos anti-iNOS humana biotinilados produzidos em coelhos. Observou-se em todos os animais desenvolvimento de granulomas que mostraram tendência a maior organização aos 42 dias; as características celulares foram semelhantes, com algumas variações específicas. Constatou-se marcação imunoistoquímica em macrófagos presentes nas lesões produzidas pela inoculação de BCG em todos os grupos experimentais, exceto nos girinos aos 14 dias, cuja marcação foi irrelevante. Os resultados permitiram concluir que o óxido nítrico participa da resposta inflamatória granulomatosa, bem como a utilização de imunoistoquímica mostrou-se método eficiente para evidenciar sua produção em estudos filogenéticos. Pesquisas futuras deverão qualificar e quantificar mediadores químicos envolvidos na regulação da participação do óxido nítrico para melhor compreender sua fisiopatologia na modulação do granuloma inflamatório. / Nitric oxide (NO) is a gaseous free radical that takes part in a series of biological physiological processes. It is produced by enzymes called nitric oxide synthetases (NOS). Several studies have demonstrated its role in chronic inflammatory response, in which inflammatory cells, mainly macrophages, are stimulated to synthesize NOS, being called then inducible nitric oxide synthetases (iNOS). Nitric oxide is then produced and acts in the modulation of the process. In order to corroborate its phylogenetic role in granulomatous response, the inoculation of onco-BCG experimental model was used in the muscle of Nile tilapias (Oreochromys niloticus) and bullfrog tadpoles (Rana catesbeiana), in the plantar region of red eared sliders (Trachemys scripta elegans) and in the plantar pad of hamsters (Mesocricetus auratus). Fragments of the lesions were collected at 14, 28 and 42 days after inoculation, fixed in Carnoy for four hours, and then transferred to alcohol 70o GL. After that, histopathological slides were prepared following routine methods, and stained by hematoxylin-eosin. Immunohistochemical tests were performed in order to assess the production of nitric oxide indirectly by means of marking iNOS with biotinylated human anti-iNOS antibodies produced by rabbits. It was observed in all animals that the development of granulomas showed greater tendency of organization at 42 days; cell characteristics were similar, with some specific variations. Immunohistochemical marking was observed in macrophages present in lesions produced by BCG inoculation in all experimental groups, except in tadpoles at 14 days, which showed irrelevant marking. Results enabled the conclusion that nitric oxide takes part in granulomatous inflammatory response. Besides, the use of immunohistochemistry showed to be an efficient method for evidencing the production of nitric oxide in phylogenetic studies. Future research studies should qualify and quantify chemical mediators involved in the regulation nitric oxide role in order to better understand its physiopathology in the modulation of inflammatory granuloma.

O tumor mamário é a terceira neoplasia mais incidente na espécie felina, seguida das neoplasias hematopoiéticas e cutâneas. Nos gatos, diferentemente do observado em cães e humanos, cerca de 85 a 95% dos tumores mamários são malignos e a doença tende a apresentar um comportamento mais agressivo. Desta forma, parâmetros clínico-epidemiológicos, patológicos e moleculares têm sido propostos como fatores prognósticos nesta espécie, porém os resultados ainda são controversos. Recentemente, uma nova classificação molecular foi proposta nesta doença em felinos, na qual foram estabelecidos seis subtipos moleculares de acordo com o St. Gallen International Expert Consensus Panel para humanos. Assim, o presente estudo teve como principal objetivo investigar o valor prognóstico de parâmetros clínico-patológicos e dos subtipos moleculares no carcinoma mamário em felinos. Foram analisados 65 tumores, provenientes de 42 gatas atendidas em hospitais veterinários públicos e particulares. Os tumores foram submetidos à análise histopatológica e imuno-histoquímica para os receptores de estrógeno e progesterona, HER-2, Ki67 e citoqueratina 5/6. Os parâmetros clinico-patológicos foram correlacionados com a sobrevida pelo teste de Log-rank (p<0,05). Os tipos histológicos mais frequentes foram os carcinomas tubulopapilares, sólidos e cribiformes, a maioria graduados como grau II. Em relação aos subtipos moleculares, os tumores foram classificados em triplo negativo normal-like (35,4%), triplo negativo basal-like (29,1%), HER-2 positivo (25%) e Luminais A e B (10,5%). Em relação aos fatores prognósticos, animais com idade superior a 12 anos (p=0,0036) e com tumores ulcerados (p=0,0139) demonstraram correlação significativa com menor tempo de sobrevida. Os parâmetros raça, status reprodutivo, uso de anticoncepcional, tratamento, tamanho e volume tumorais, multiplicidade tumoral, morfologia, grau histológico, índice de proliferação e os subtipos moleculares não apresentaram correlação com a sobrevida. Os resultados demonstrados aqui ressaltam a importância da correlação clínica, patológica e molecular na determinação dos fatores prognósticos e, consequentemente, no desenvolvimento de novos procedimentos e alvos terapêuticos. / The mammary tumor is the third most frequent neoplasm in the feline species, followed by hematopoietic and cutaneous neoplasms. In cats, unlike that observed in dogs and humans, about 85 to 95% of mammary tumors are malignant and the disease tends to present more aggressive behavior. In this way, clinical-epidemiological, pathological and molecular parameters have been proposed as prognostic factors in this species, but the results are still controversial. Recently, a new molecular classification was proposed in this feline disease, in which six molecular subtypes were established according to \"St. Gallen International Expert Consensus Panel \"for humans. Thus, the present study had as main objective to investigate the prognostic value of clinical-pathological parameters and molecular subtypes in mammary carcinoma in felines. A total of 65 tumors were analyzed, from 42 cats treated in public and private veterinary hospitals. Tumors were submitted to histopathological and immunohistochemical analysis for the estrogen and progesterone receptors, HER-2, Ki67 and cytokeratin 5/6. The clinical-pathological parameters were correlated with survival by the log-rank test (p <0.05). The most frequent histological types were tubulopapillary carcinomas, solid and cribiform, commonly grade II. Tumors were classified as \"normal-like\" (35.4%), triple negative \"basal-like\" (29.1%), HER-2 positive (25%) and Luminais A And B (10.5%). Regarding the prognostic factors, animals aged over 12 years (p = 0.0036) and ulcerated tumors (p = 0.0139) showed a significant correlation with a shorter survival time. The parameters race, reproductive status, use of contraceptive, treatment, tumor size and volume, tumor multiplicity, morphology, histological grade, proliferation index and molecular subtypes had no correlation with survival. The results demonstrated here emphasize the importance of clinical, pathological and molecular correlation in the determination of prognostic factors and, consequently, in the development of new procedures and therapeutic targets.

As neoplasias gastrintestinais de cães são incomuns e desconhece-se a sua ocorrência em São Paulo. O objetivo foi avaliar do ponto de vista epidemiológico, clínico, anatomopatológico e imuno-histoquímico cães portadores de neoplasias gastrintestinais. Para tanto foram analisadas as fichas clínicas e os resultados anatomopatológicos de 62 cães atendidos no Hospital Veterinário da Universidade de São Paulo no período de janeiro de 1998 a dezembro de 2008. As neoplasias foram 92% malignas, das quais as epiteliais corresponderam a 42% dos casos, hematopoéticas, 32% e mesenquimais, 26%. Todos os animais eram adultos com média de idade igual a 9 ± 3 anos, de porte pequeno a médio, 37,1% não tinham raça definida e 58% eram machos. A sintomatologia clínica foi correlacionada com a localização topográfica do tumor. Êmese, prostração, perda de peso e anorexia foram relatadas nas neoplasias do esôfago, estômago e intestino delgado, enquanto os quadros de hematoquesia, prolapso de reto, disquesia e tenesmo foram relatados nos tumores localizados na válvula íleoceco-cólica e no intestino grosso. As localizações mais freqüentes dos tumores foram o reto, 35,5 %, e o jejuno, 17,7%. As neoplasias mais freqüentes foram o adenocarcinoma tubular mucinoso, o linfoma T alimentar e os sarcomas de células alongadas. Os linfonodos mesentéricos e o fígado foram os principias sítios metastáticos. A sobrevida média dos cães foi 12 meses após o diagnóstico e não variou entre as neoplasias. O tamanho da neoplasia, grau histológico de malignidade e os escores de proliferação celular nas neoplasias não mostraram associação com a presença de metástases e com o período de sobrevida dos cães, exceto nos casos de linfoma alimentar. O estudo multidisciplinar na medicina veterinária mostrou ser importante para melhor caracterizar as neoplasias gastrintestinais de cães e estabelecer o melhor tratamento para esses animais. / Gastrointestinal neoplasias of dogs are unusual and its occurrence is unknown in São Paulo. The aim was to assess dogs affected by gastrointestinal neoplasias undertaken clinical, pathological and immunohistochemical aspects. It was analyzed the medical files and pathological diagnosis of 62 animals attended at the Veterinary Hospital of the University of São Paulo from January 1998 to December 2008. The tumors were 92% cancer and epithelial neoplasias corresponded to 42% of the cases, hematopoietic neoplasias, 32% and mesenchymal neoplasias, 26%. All of the animals were adults with an average age of 9 ± 03 years, small to medium sizes and 37,1% were mixed breed and 58% were males. The clinical signs were directly related to the anatomical location of the tumors. Emesis, weight loss and anorexia were reported in esophageal, gastric and small intestinal tumors; while hematochezia, rectal prolapse, dyschezia and tenesmus were described in the ileo-ceco-colic valve and large intestine. The most frequent local of tumors were rectum 35,5%, and jejunum, 17,7%. Mucinous tubular adenocarcinoma, T cell tumors and spindle cells sarcomas were the most common diagnosed. Mesenteric lymph nodes and liver were the main sites of metastasis. The average of survival rate was 12 months and had no differences among neoplasias. The sizes of tumors, histological grading and scores of cell proliferation had no statistic association with the presence of metastasis and reduced survival period of dogs, except the cases of alimentary lymphoma. The multidisciplinary approach in veterinary medicine is important to establish the definitive diagnosis and proper treatment of gastrointestinal tumors of dogs.

Para avaliar a encefalopatia em gatos infectados experimentalmente pelo vírus da imunodeficiência dos felinos, foram obtidas amostras de encéfalo após necropsia de nove gatos previamente inoculados pelo subtipo B do vírus e monitorados por quatro anos. As amostras foram fixadas em formalina 10% para coloração em Hematoxilina-eosina, e em metacarn para avaliação análise imunohistoquímica. Através da técnica de imunohistoquímica, as lâminas de encéfalo foram incubadas com anticorpos específicos para os antígenos Proteína Glial Fibrilar Ácida (GFAP) e Vimentina para marcação de astrócitos e com anticorpos para a proteína p24 do capsídeo viral do FIV. Nas lâminas marcadas para GFAP foram observados astrócitos em substância branca e cinzenta em quantidade moderada, sugerindo astrocitose reativa. Houve marcação mais evidente da região subpial e em alguns animais das regiões perivasculares. A marcação para vimentina mostrou raras células distribuídas pelo neurópilo e forte marcação de astrócitos na região subependimária nos ventrículos laterais e IV ventrículo, o que pode indicar um aumento da proliferação e migração de células tronco. Também foram observadas alterações como: nódulos gliais, vacuolização da substância branca, satelitose e focos de calcificação de meninge. A satelitose indica a presença de processo degenerativo em desenvolvimento. A marcação para a proteína p24 confirmou a presença de células microgliais infectadas. Raros astrócitos com marcação citoplasmática foram vistos em apenas um animal. Curiosamente, houve marcação dos neurônios da camada granulosa do cerebelo. Esta técnica deve ser mais bem explorada para o uso em diagnóstico post mortem. Esses resultados sugerem que os animais infectados experimentalmente pelo FIV subtipo B apresentam alterações microscópicas mesmo na ausência de sinais clínicos neurológicos. / To evaluate the encephalopathy in cats experimentally infected with feline immunodeficiency vírus, were obtained brain samples from autopsies of nine cats previously inoculated with subtype B virus and monitored for four years. The samples were fixed in 10% formalin for hematoxylin-eosin staining, and in metacarn for immunohistochemical analysis. Throuh the immunohistochemistry technique, the brain slides were incubated with antibodies against the glial fibrillary acidic protein (GFAP) and vimentin to mark astrocytes and against the viral capsid protein p24 of FIV. On the GFAP marked slides, astrocytes were observed in gray and white matter in moderate amounts, suggesting reactive astrocytosis. There was evident reactivity in the subpial area and in some animals, around blood vessels. The markup for vimentin showed rare cells distributed throughout the neuropil, and strong labeling of astrocytes in the subependymal region of the lateral ventricules and fourth ventricule, which may indicate an increased rate of proliferation and migration of stem cells. The histopathological changes observed were: glial nodules, white matter vacuolization, sattelitosis and foci of meningial calcification. The sattelitosis indicates the presence of degenerative process in developing. The use of antibodies against the protein p24 confirmend the presence of infected microglia in the brain of infected animals. Rare astrocytes with cytoplasmic staining were seen in only one animal. Interestling, there was labeling of neurons in the granular layer of the cerebellum. This technique should be further exploited for use in post-mortem diagnosis. These results suggest that animals experimentally infected with FIV subtype B show microscopic changes in the absence of clinical neurologic signs.

Linfoma é uma neoplasia maligna originária dos linfócitos. Podem atingir regiões nodais e extranodais, este último ocorrendo mais comumente em casos de linfoma não-Hodking (LNH) e raramente em linfomas de Hodking (LH). Na cavidade oral, o linfoma é classificado como a terceira neoplasia mais comumente encontrada depois do Carcinoma epidermóide e tumores de glândula salivar. O linfoma difuso de grandes células B (LDGCB) é o subtipo mais comum de LNH na cavidade oral, e ocorre mais comumente em região do palato e gengiva marginal. O diagnóstico do linfoma requer um estudo imuno-histoquímico, incluindo anticorpos específicos para maior precisão. O presente trabalho fez um levantamento de todos os casos de linfoma oral diagnosticados no Serviço de Patologia Cirúrgica da FOUSP de maneira retrospectiva no período de 1997 a 2017. Foram analisadas as fichas de pedido de exame e diagnóstico histopatológico. Através da coleta de dados foi possível a visualização do perfil dos casos presentes e de um painel imuno-histoquimico mínimo encontrados no acervo da Faculdade de Odontologia da USP. Concluímos que em um laboratório de patologia Oral com recursos limitados, os anticorpos LCA, CD20, CD3 e Plasma cell são de grande valia para diagnosticar a maior parte dos principais linfomas que acometem a cavidade oral. / Lymphoma is a malignant neoplasm originating from lymphocytes. They may reach nodal and extranodal regions, the latter occurring most commonly in cases of non-Hodgkin\'s lymphoma (NHL) and rarely in Hodgkin\'s lymphoma (LH). In the oral cavity, lymphoma is classified as the second neoplasm most commonly found after spinous-cell carcinoma. Diffuse large B-cell lymphoma (LDGCB) is the most common subtype of NHL in the oral cavity, and occurs mostly in the palate and marginal gingiva. Diagnosis of lymphoma requires an immunohistochemical study, including specific antibodies for greater accuracy. The present study made a survey of all cases of oral lymphoma diagnosed in the Department of Surgical Pathology of FOUSP, retrospectively, in the period from 1997 to 2017. The files of the application for examination and histopathological diagnosis were analyzed. Through the collection of data it was possible to visualize the profile of the present cases and a minimal immunohistochemical panel found in the collection of the Faculty of Dentistry of USP. We conclude that in an oral pathology laboratory with limited resources, the LCA, CD20, CD3 and Plasma cell antibodies are of great value to diagnose some of the main lymphomas that affect the oral cavity.

Em termos de importância no processo de invasão de tumores e metástases, o desequilíbrio entre a expressão das gelatinases e seus inibidores teciduais resulta em degradação do principal constituinte da matriz extracelular, o colágeno tipo IV, favorecendo os processos de invasão tumoral e metástase. Foram avaliadas 53 lesões de 47 cães submetidos a cirurgia excisional com confirmação diagnóstica de mastocitoma por avaliação histopatológica e imuno-histoquímica para MMP-2, MMP- 9, TIMP-2 e TIMP-1. Os mastocitomas foram classificados em graus I (bem diferenciados), II (moderadamente diferenciados) a III (pouco diferenciados), segundo os critérios estabelecidos por Patnaik, Ehler e Macewen (1984) e as mesmas lesões foram classificadas em alto e baixo grau de malignidade de acordo com o sistema proposto por Kiupel et al. (2011). Os resultados obtidos através da imuno-positividade de mastócitos e leucócitos polimorfonucleraes para as quatro proteínas foram comparados as duas graduações estabelecidas, bem como ao tempo de sobrevida pós-cirúrgica e a mortalidade em função do tumor. Verificou-se que as metaloenzimas e seus inibidores não demonstram nenhum tipo de associação de expressão entre elas. Dentre os marcadores imuno-histoquímicos, a expressão mastocitária de TIMP-1 apresentou associação com o tempo de sobrevida, independente do tratamento quimioterápico adjuvante. Quanto menor a expressão de TIMP-1 nos mastócitos, maiores as taxas de mortalidade e menores os períodos de sobrevida. Enquanto que MMP-2, MMP-9 e TIMP-2 não foram indicadores prognósticos para esta neoplasia. Assim, nossos resultados mostram que o TIMP-1 apresentou-se como bom indicador de sobrevida e, portanto, sugere-se que a utilização deste índice prognóstico adicional a classificação histológica pode aumentar a precisão de prognostico dos mastocitomas em cães auxiliando na adequação de terapias apropriadas / In terms of importance regarding to tumor invasion process and metastasis , the imbalance between the expression of gelatinases and their tissue inhibitors results in degradation of the main constituent of the extracellular matrix, collagen type IV, favoring the processes of tumor invasion and metastasis. Fifty-three lesions, of 47 dogs submitted to surgical excision confirmed the diagnosis of mast cell tumor were evaluated by histopathologic examination and immunohistochemistry for MMP-2, MMP-9, TIMP-2 and TIMP-1. Mast cell tumors were histologically classified as grades I (well differentiated), II (moderately differentiated) to III (poorly differentiated), according to the criteria established by Patnaik, Ehler and MacEwen (1984) and the same lesions were classified as high and low-grade of malignancy according to the system proposed by Kiupel et al. (2011). The results obtained by the immunopositivity of mast cells and polymorphonuclear leukocytes to the four proteins were compared with two established graduations, as well as to post-surgical survival times and mortality due to mast cell disease. It could be verified that metalloenzymes and their inhibitors do not establish any association between the expression of the cell types evaluated. Within the immunohistochemical markers, mast cell expression of TIMP-1 was associated with survival time, independent of adjuvant chemotherapy. The lower the expression of TIMP-1 in mast cells, higher the mortality rates and smaller post-cirurgical survival time. While MMP-2, MMP-9 and TIMP-2 levels were not prognostic indicators for this cancer. Thus, our results show that the TIMP-1 appeared as a good indicator of survival time and therefore it is suggested that the use of this prognostic index as additional histological classification can increase the accuracy of prognosis of mast cell tumors in dogs assisting in the adaptation of appropriate therapies

Submitted by Rosivalda Pereira (mrs.pereira@ufma.br) on 2017-05-17T21:24:47Z No. of bitstreams: 1 NadjaCruzGaido.pdf: 2766927 bytes, checksum: 6fdfd1a4a2beb11f1da8d3669b11750a (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-17T21:24:47Z (GMT). No. of bitstreams: 1 NadjaCruzGaido.pdf: 2766927 bytes, checksum: 6fdfd1a4a2beb11f1da8d3669b11750a (MD5) Previous issue date: 2016-09-30 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa e ao Desenvolvimento Científico e Tecnológico do Maranhão (FAPEMA) / The pituitary adenomas represent about 10 to 15% of intracranial tumors and are usually benign, comprising a cell population of monoclonal origin. They are classified as macroscopic and radiological aspects, functional status, dyeing, immunohistochemistry and microscopic. About 70% of human cancers have mainly a deficiency in the function gene. The p53 gene is extensively studied in tumors, showing that patients with mutations have a worse prognosis, as well, the p53 protein is critical in preventing tumor development performing change detection function in DNA and thereby fix or apoptosis. It is possible that the increase in expression of this protein is the result of an attempt to stop the cell cycle in response to deregulation by a stimulus from another source. This way, the study seeks to determine the expression of p53 protein in pituitary adenomas. an analytical study, with crosssectional was held in which were included 62 patients older than 16 years of both sexes, who were diagnosed with pituitary adenoma, from 2008 to 2016, arising from the Endocrinology Service University hospital of the Federal University of Maranhão - HUUFMA. These patients underwent surgical resection of the tumor, obtaining the samples of tumor tissue. After conventional histopathology, they were embedded in paraffin, for carrying out the immuno-histoqumico study aimed to identify the expression of p53 protein and implications correlated with biological behavior of pituitary adenomas. The analysis for p53 protein expression in adenomas was obtained by immunoenzymatic of streptoavidin-biotin or immunohistochemistry. The p53 protein immunostaining revealed no statistically significant correlation, as the clinical and demographic characteristics such as gender, age, p53 expression in tumor subtypes and tumor volume. It is necessary to obtain greater numbers of patients, so that p53 expression is effective when the real prognostic value in pituitary adenomas. / Os adenomas hipófisários representam cerca de 10 a 15% das neoplasias intracranianas e são geralmente benignos e compostos por uma população celular de origem monoclonal. São classificados conforme aspectos macroscópicos e radiológicos, status funcional, tintoriais, imuno-histoquímica e microscópicas. Cerca de 70% dos cânceres humanos possuem principalmente uma deficiência na função do gene. O gene p53 é extensivamente estudado nas neoplasias mostrando que pacientes com mutações apresentam um pior prognóstico, assim, a proteína p53 é fundamental na prevenção do desenvolvimento de tumores exercendo a função de detecção de alterações no DNA e, consequentemente, correção ou apoptose. É possível que o aumento na expressão desta proteína seja decorrente de uma tentativa de frear o ciclo celular como resposta à desregulação por um estímulo de outra origem. Dessa forma, o estudo busca avaliar a imunoexpressão da proteína p53 em adenomas hipofisários. Foi realizado um estudo analítico com delineamento do tipo transversal, no qual foram incluídos 62 pacientes com idade superior 16 anos de ambos os sexos, que apresentaram diagnóstico de adenoma hipofisário no período de 2008 a 2016, oriundos do Serviço de Endocrinologia do Hospital Universitário da Universidade Federal do Maranhão – HUUFMA. Esses pacientes foram submetidos à ressecção cirúrgica do tumor, com obtenção das amostras do tecido tumoral. Após diagnóstico histopatológico convencional, foram emblocadas em parafina, para realização do estudo imuno-histoqumico com o objetivo de identificar a imunoexpressão para proteína p53 e implicações correlacionadas ao comportamento biológico dos adenomas hipofisários. A análise para expressão da proteína p53 em adenomas hipofisários foi obtida através da reação imunoenzimática da streptoavidina-biotina-peroxidase ou imuno-histoquimica. A imunoexpressão da proteína p53 não revelou correlação estatisticamente significante, quanto aos achados clínicos e características demográficas, tais como sexo, idade, imunoexpressão da p53 para os subtipos tumorais e volume tumoral. Torna-se necessário obter números mais expressivos de pacientes para que a imunoexpressão da p53 seja efetiva, quanto ao real valor prognóstico em adenomas hipofisários.

Immunohistochemical (IHC) assessment in cancer research is important for understanding the distribution and localisation of biomarkers at the cellular level. However currently IHC analyses are predominantly performed manually, increasing workloads and introducing inter- and intra-observer variability. Automation shows great potential in clinical research to reduce pathologists' workloads and speed up cancer research in large clinical studies. Whilst recent advancements in digital pathology have enabled IHC measurements to be performed automatically, the acquisition of manual annotations of tumours in scanned digital slides is still a limiting factor. In this thesis, an automated solution to tumour localisation is explored with the aim of replacing manual annotations. As an exemplar, human breast tissue microarrays stained with estrogen receptor are considered. Methods for automated tumour localisation are described with a focus on capturing structural information in tissue by adopting superpixel properties in a rotation invariant manner, suitable for histopathology images. To incorporate essential contextual information, methods which utilise posterior tumour probabilities in an iterative manner are proposed. Results showed pixel-level agreements between automated and manual tumour segmentation masks (κ=0.811) approach inter-rater agreement between expert pathologists (κ=0.908). A large proportion of disagreements between automated and manual segmentations were shown to correlate to minor discrepancies, inconsequential for IHC assessment. IHC scores extracted from automated and manual tumour segmentation masks showed strong agreements (Allred: κˆ=0.911; Quickscore: κˆ=0.922), demonstrating the potential of automation in clinical practice across large clinical trials.

There is some evidence to suggest that human papilloma virus (HPV) may play a causal role in head and neck carcinoma (HNSCC). The aim of this study was to investigate the prevalence of HPV DNA in HNSCC and to determine whether any correlation exists with p16 or survival. An initial pilot study of sixty formalin-fixed HNSCC was carried out in order to optimise the methodology for the PCR and immunohistochemistry. A further 84 benign lesions, 12 dysplasias and additional 80 HNSCC were also included. In the pilot study the prevalence of all HPV types was 67% of which 18% were high risk-HPV (HR-HPV) and for the combined carcinoma sample it was 59% of which 25% were HR-HPV. The overall HPV prevalence was 51% and 42% for benign lesions and dysplasias with HR-HPV accounting for 14% and 8% respectively. A total of four alpha HPV types were identified and eleven beta HPV types. Multiple HPV types co-existed in the same tissue and in some cases both alpha and beta HPV. The results may suggest that HR-HPV may play a role in a small subset of HNSCC. An association was found between HPV status and gender, age group, survival, nodal metastasis and T3 tumour size and smoking. HPV16 was predominantly present in female patients and was associated with an improved overall survival and recurrence free survival. p16 positivity varied from 76-78% in carcinomas, 51% in benign lesions and 66% in dysplasias. p16 status was not associated with disease recurrence or nodal metastasis. Positive p16 staining and high staining intensity was associated with a poorer overall survival and the male gender, an older age group, anatomic site, and T2 tumour size. Overall HPV status was not correlated with p16 expression but a correlation found between p16 and HPV16 may suggest that p16 could potentially act as a surrogate marker of HPV16. However, the lack of concordance would suggest that in isolation p16 may not be a reliable marker for HR-HPV and should not be relied upon in isolation. Our findings could suggest that HPV16 and p16 status may be independent predictors for prognosis and disease recurrence.

Rotavírus (RV) é um importante patógeno viral que causa diarreia em leitões e indivíduos jovens de várias outras espécies animais. RV dos grupos A, B, C e E foram descritos como causa de diarreia em suínos. Este estudo reúne achados histopatológicos, imunohistoquímicos e de reação em cadeia da polimerase com transcriptase reversa (RT-PCR) presentes em quatro surtos de diarreia causados por RV de um e de múltiplos grupos na região sul do Brasil. Vacinação para RV não era aplicada em nenhuma das granjas estudadas. Necropsia, exames histológicos e imuni-histoquímicos foram realizados em 34 suínos de maternidade que apresentavam diarreia severa, além disso, realizou-se cultivo bacteriano e RT-PCR para RV dos grupos A, B e C, vírus da gastroenterite transmissível (TGEV), vírus da diarreia epidêmica dos suínos (PEDV), sapovírus (SaV), norovírus (NoV) e kobuvírus (Aichi vírus C) em 30 dessas amostras. Desidratação e conteúdo pastoso a líquido no cólon foram observados em todos os suínos. Exame histológico revelou atrofia de vilosidades em 29 casos, vacuolização de enterócitos em 27 casos e debris celulares na lâmina própria em 20 casos. Houve marcação imunohistoquímica positiva em 21 casos. RT-PCR foi positiva para RV em 20 casos e RV do grupo C foi o mais frequentemente detectado, presente em 17 amostras. Cultivo e isolamento de Escherichia coli ocorreu em todos os casos e quatro destes foram de E. coli α-hemolítica. Em 15 amostras houve isolamento de Clostridium sp. Sapovirus foi detectado em oito amostras, duas amostras foram positivas para norovírus e detectou-se kobuvírus em 11 animais. Os achados histológicos foram consistentes com infecção por RV e a imuno-histoquímica revelou dois padrões de marcação para o agente no intestino delgado. Os resultados de RT-PCR mostraram que o RV do grupo C foi o principal agente detectado neste estudo. O isolamento de E. coli e a detecção de SaV os destacou como agentes associados à infecção por RV. A detecção de kobuvírus o enfatiza como um novo candidato em associação com RV. / Rotavirus is an important viral pathogen causing diarrhea in piglets and other animal species worldwide. Groups A, B, C and E have been described causing diarrhea in swine. This study reunites histopathological, immunohistochemical and reverse transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR) findings present in four outbreaks of diarrhea caused by single and multiple groups of rotavirus in the south of Brazil. None of the herds studied applied vaccination against rotavirus. Necropsy, histological examination and immunohistochemistry were performed in 34 nursing piglets that presented severe diarrhea, bacterial culture and reverse transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR) for rotavirus from groups A, B and C, transmissible gastroenteritis virus (TGEV), porcine epidemic diarrhea virus (PEDV), sapovirus (SaV), norovirus (NoV) and kobuvirus (Aichi virus C) were carried out in 30 of the animals necropsied. Additionally, RT-PCR was performed in fecal pools from two outbreaks. Dehydration and fluid to pasty contents were observed in the colon of all 34 swine examined. Histological examination revealed villus atrophy in 29 cases, vacuolation of enterocytes in 27 cases and necrotic debris in the lamina propria of 20 cases. IHC was positive in 21 samples. RT-PCR was positive for rotavirus in 20 samples and group C rotavirus was the most frequently detected, present in 17 samples. Escherichia coli was isolated from all cases, and in four cases, it was α-hemolytic. Clostridium sp. was isolated from 15 samples. Sapovirus was detected in eight samples, samples from two animals were positive for norovirus and kobuvirus was detected from 11 samples. Histological findings were consistent with rotavirus infection and immunohistochemistry revealed two patterns of staining for rotavirus in the small intestine. RT-PCR results have shown group C rotavirus as the main agent detected in this study. The isolation of Escherichia coli and the detection of sapovirus highlighted them as possible agents associated to rotavirus infection. Kobuvirus detection has emphasized it as a new candidate in the association with rotavirus.