Submitted by Cleide Dantas (cleidedantas@ufpa.br) on 2014-02-12T14:44:00Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_PolimorfismosComplexoGenes.pdf: 927640 bytes, checksum: bd6afda9c1ca1e9607125629c5be9466 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva (arosa@ufpa.br) on 2014-04-03T17:11:13Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_PolimorfismosComplexoGenes.pdf: 927640 bytes, checksum: bd6afda9c1ca1e9607125629c5be9466 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-04-03T17:11:13Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_PolimorfismosComplexoGenes.pdf: 927640 bytes, checksum: bd6afda9c1ca1e9607125629c5be9466 (MD5) Previous issue date: 2008 / CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / A hanseníase é uma infecção crônica e granulomatosa da pele e nervos periféricos, que infecta principalmente macrófagos e células de Schwann. A Organização Mundial de Saúde classifica a hanseníase em duas formas polares: multibacilar e paucibacilar, de acordo com o índice baciloscópico e a resposta imune do hospedeiro. As células natural killer (NK) têm um importante papel na infecção, sendo a primeira forma de defesa contra organismos intracelulares. As células NK utilizam muitos tipos de receptores de superfície celular, como os receptores imunoglobulina-símiles de célula NK (KIR), que podem inibir ou ativar a resposta citolítica de NK, através do reconhecimento de moléculas do complexo de histocompatibilidade principal (MHC) de classe I na célula alvo. Nesse estudo caso controle, a presença ou ausência de 15 genes KIR e seus ligantes HLA-C foram investigadas, na intenção de se descrever sua variabilidade genotípica, associação com a hanseníase e sua evolução clínica. A genotipagem do complexo de genes KIR e dos grupos NK1 e NK2 de HLA-C foi feita por PCR-SSP em 105 pacientes e 104 controles. KIR2DL2 e KIR2DL3, na presença do seu ligante HLA-Cw parece predispor à hanseníase (p=0,046; X²= 3,97; OR=1,99; IC 95%= 1,00-3,97). Além disso, a prevalência da hanseníase ao redor do mundo e as freqüências de KIR2DL2 se correlacionaram positivamente. Esse achado, juntamente com a associação entre KIR2DL3 e a tuberculose, descrita por outros autores, sugere que esses genes de receptores inibitórios predispõem à doença. Adicionalmente, o gene KIR2DS2 foi associado com o desenvolvimento da hanseníase paucibacilar (p=0,009; X²= 7,23; OR=3,97; IC 95%= 1,37-9,96), possivelmente modulando o desenvolvimento para a forma mais branda da doença. / Leprosy is a chronic and granulomatous disease of the skin and peripheral nerves, that infects mainly macrophages and Schwann cells. The World Health Organization classifies leprosy in two polar forms: multibacillary and paucibacillary, according to the bacillary index and the immune response from the host. Natural killer (NK) cells play an important role during infection, since it constitutes the first defense against intracellular organisms. NK cells utilize many types of cellular surface receptors, as killer immunoglobulin-like receptors (KIR) that may inhibit or activate NK cytolytic response, through recognizing major histocompatibility complex (MHC) class I molecules on the target cell. In this case-control study, the presence o absence of 15 KIR genes and their HLA-C ligands were investigated, aiming to describe their genotypic variability, association with leprosy infection and clinical progression. Genotyping of KIR repertoire and HLA-C NK1 and NK2 groups was performed by PCR-SSP in 105 patients and 104 controls. KIR2DL2 and KIR2DL3, in the presence of its HLA-Cw ligand, may predispose to leprosy (p=0,046; X²= 3,97; OR=1.99; 95% CI=1.00-3.97). Additionally, worldwide leprosy prevalence and KIR2DL2 frequencies were positively correlated. This find, along with the association between KIR2DL3 and tuberculosis described by other authors, suggests that these inhibitory receptor genes predispose to the disease. Besides, KIR2DS2 was associated with the development paucibacillary leprosy (p=0,009; X²= 7,23; OR=3,7; 95% CI=1,37-9,96), possibly modulating the development toward the mild form of the disease.

Estima-se que a prevalência global da população mundial com hepatite C é de 3%. Pouco se sabe sobre a resposta ao tratamento com respeito à resistência viral. Algumas mutações no fragmento de 109 aminoácidos da NS5B são associadas com resistência ao interferon (IFN) e ribavirina (RBV). Estudos moleculares e clínicos identificaram fatores associados com o hospedeiro e vírus relacionados associada com a resposta ao tratamento, tal como o gene que codifica a IL-28B. Este estudo foi dividido em duas fases, cujos objetivos foram caracterizar a frequência de mutações que conferem resistência ao HCV e avaliar a relevância das mutações em pacientes Respondedores (R) ou Não Respondedores (NR) ao tratamento e caracterizar geneticamente as populações sobre polimorfismos genéticos nos SNPs da IL-28B em relação ao prognóstico da resposta ao tratamento. As amostras dos pacientes foram submetidas a testes de genotipagem e carga viral. As sequências geradas foram comparadas no BLAST e no banco de dados Los Alamos HCV. Realizamos o alinhamento das sequências homólogas e as mutações identificadas. Com base no genótipo e carga viral determinamos a classificação dos pacientes de acordo com a resposta à terapia. O DNA genômico foi isolado a partir de sangue periférico para a realização da tipagem de SNPs de IL-28B. A metodologia utilizada foi de PCR em tempo real utilizando sondas TaqMan SNP específico. A análise dos dados foi realizada utilizando GraphPad Prism com qui-quadrado, risco relativo (RR), Odds Ratio (OR) e intervalo de confiança de 95%, com um nível de significância de P <0,05. Foi encontrado na primeira fase deste estudo uma taxa significativa mutações associadas ao tratamento nas amostras estudadas. A prevalência de mutações associadas à resistência ao IFN e RBV bem como a novos medicamentos antivirais localizados no fragmento de 109 aminoácidos da NS5B foi examinado em 69 indivíduos infectados naïve no Rio de Janeiro, Brasil. Na segunda fase, as mutações foram clinicamente relevantes. Desde então, procuramos observar as diferenças entre melhor ou pior prognóstico de acordo com a imunogenética que mostrou diferenciação entre os grupos R e NR ao tratamento em relação ao prognóstico da resposta terapêutica. Quando as diferenças entre as sequências da NS5B e a resposta ao tratamento foram consideradas verificou-se que associada a mutação R254K, estava a C316N que poderia conduzir a uma não resposta à terapia no genótipo 1b. Os nossos dados também suportaram forte associação de IL-28B rs12979860, com elevada probabilidade de resposta à terapia de IFN + RBV. Nossos dados evidenciam a presença de pacientes virgens de tratamento que abrigam mutações de resistência previamente descritas na literatura. A análise dos fatores preditores de resposta virológica mostrou que a predição de boa resposta ou não ao tratamento e ainda da progressão da doença é dependente de uma importante interação entre a genética viral e a do hospedeiro. Fato este importante para que no momento de avaliação de diagnóstico e conduta terapêutica, o médico possa tomar medidas apropriadas para o tratamento de cada paciente individualmente independentemente do genótipo do HCV em questão. / It is estimated that the overall prevalence of the average world population with hepatitis C is 3%. Little is known about the treatment response with respect to viral resistance. Some mutations in the 109-aminoacid fragment of NS5B are associated to Interferon (IFN) and Ribavirin (RBV) resistance. Molecular and clinical studies have identified factors associated with the host and related viruses associated with response to treatment, as the gene encoding IL-28B. This study was divided into two phases whose objectives were to characterize the frequency of mutations conferring resistance to HCV viral evaluating the relevance of these in Responders (R) or Non-Responders (NR) patients to treatment and to characterize genetically the populations regarding genetic polymorphisms SNPs IL-28B in relation to prognosis of response to treatment for HCV. Patient samples were subjected to tests for genotyping and viral load. The sequences generated were compared in the BLAST and the Los Alamos database HCV. We conducted the alignment of homologous sequences and mutations identified. Based on virological parameters genotype and viral load determined the classification of patients according to response to therapy. Genomic DNA was isolated from peripheral blood for carrying out the typing of SNPs of IL-28B. The methodology used was real-time PCR using TaqMan probes specific SNPs. Data analysis was performed using GraphPad Prism with chi-square, relative risk (RR), Odds Ratio (OR) and confidence interval of 95% with a significance level of P <0.05. To study these biological parameters we associated the responsive patients, non-responders, the viral load, genotype, and IL-28B polymorphism to treatment outcome. We found in the first phase of this study a significant rate of treatment-associated mutations in the samples studied. The prevalence of mutations associated to resistance to interferon and ribavirin (IFN/RBV) as well new antiviral drugs located in the 109 aminoacid fragment of NS5B was examined in 69 Hepatitis C Virus drug naïve (HCV)-infected individuals in Rio de Janeiro, Brazil. In the second phase, the mutations revealed clinically relevant from the gene in question. Since then, we seek to observe the differences between better or worse prognosis according to immunogenetic showed that differentiation between the immunogenetics of the groups R and NR to treatment in relation to prognosis of therapeutic response. When the differences between the NS5B sequences at baseline and the treatment response were considered we found that R254K associated with C316N mutations could lead to a non-response to IFN-RBV therapy in genotype 1b. Our data also strong support the association of rs12979860 IL-28B polymorphism with high probability of response to IFN + RBV therapy. Our data highlight the presence of HCV genotypes from drug naïve patients harboring resistance mutations previously described in literature. The analysis of predictors virologic response demonstrated that the prediction of better or worse therapy response and further the disease progression is dependent of a significant interaction between viral and host genetics. This fact is important for diagnosis evaluation and clinical therapeutic, the medico can take appropriate measures to treat each individual patient irrespective of the genotype of HCV in question.

A infecção pelo vírus da hepatite C (VHC) é uma das mais comuns infecções ao redor do mundo. Aproximadamente, 20% dos pacientes infectados eliminam espontaneamente o vírus, porém a maioria dos indivíduos infectados desenvolve infecção crônica com amplo espectro de lesões hepáticas, desde inflamação leve até cirrose. A resposta imune do hospedeiro exerce grande influência sobre o desfecho da infecção pelo VHC. O objetivo deste trabalho foi analisar a influência dos polimorfismos genéticos de citocinas na susceptibilidade ou persistência da infecção por VHC e no clareamento espontâneo em uma amostra de pacientes da população do Rio de Janeiro (Brasil). Os polimorfismos genéticos das citocinas TNFA (-308), TGFB1 (codon 10 e 25), IL10 (-1082, -592), IL6 (-174) e IFNG (+874) foram analisados por PCR-SSP em 245 pacientes com hepatite C crônica (HCC), 41 pacientes que alcançaram o clareamento viral espontâneo e 189 indivíduos controle saudáveis. Além disso, os polimorfismos próximos ao gene da citocina IL28B (rs12979860, rs12980275 e rs8099917) foram analisados por PCR em tempo real em todos os grupos. O grau de fibrose e inflamação, a resposta ao tratamento e o genótipo do vírus também foram levados em consideração quanto ao desfecho da HCC Os genótipos IL28B rs12979860 CC e CT e rs12980275 AA e AG foram significativamente associados ao clareamento espontâneo e à resposta à terapia anti-viral. Da mesma forma, o alelo C (rs12979860) e o alelo A (rs12980275) foram significativamente maior no grupo Clareamento. O alelo C de IL6 (-174) foi associado com o Clareamento. Nenhuma associação entre as demais citocinas e o desfecho da HCC foi encontrada. O Genótipo TNFA (-308) GG parece estar associado com menor grau de inflamação. Além disso, a etnia auto declarada influencia a distribuição dos polimorfismos em IL6 (-174) e IL28B rs12979860 e rs8099917. Nossas observações indicam que os polimorfismos próximos ao gene da IL28B estão associados com o clareamento viral e resposta ao tratamento na população do Rio de Janeiro. Além disso, nossos resultados podem ser úteis para futuras investigações entre os polimorfismos de citocinas e a infecção por VHC numa população heterogênea como a Brasileira. / Hepatitis C virus infection is one of the most common blood-borne infections worldwide. Approximately, 20% of infected patients successfully eliminate the virus, whereas the majority of patients develop chronic infection with a wide spectrum of liver lesions, ranging from a minimal inflammation to cirrhosis. The host's immune response is an important correlate of HCV infection outcome and disease progression. The aim of this study was to explore the possibility of the inheritance of cytokine gene polymorphisms as a candidate for susceptibility to persistent HCV infection or HCV clearance in a sample of Rio de Janeiro (Brazil) population. Genetic polymorphisms in the cytokines TNFA (-308), TGFB1 (codon 10 and 25), IL10 (-1082, -592), IL6 (-174) and IFNG (+874) were analyzed by polymerase chain reaction-sequence-specific primer (SSP) in 245 chronic hepatitis C (HCC) patients, 41 spontaneous recovery (SR) patients and 189 healthy volunteers. Further, IL28B (rs12979860, rs12980275 and rs8099917) were assessed by real-time PCR in all groups. Liver fibrosis and inflammation staging, response to treatment and virus genotype were also tested to influence in HCV chronic infection. IL28B rs12989760 CC and rs12980275 AA genotypes were significantly associated with spontaneous recovery of HCV infection and response to therapy. Likewise, C allele (rs12979860) and A allele (rs12980275) were also more frequent in SR group, while C allele of IL6 (-174) is associated with persistence to HCC. No association was found between other cytokine gene polymorphism and susceptibility to HCV infection and response to treatment. Multivariate analysis showed male, IL28B rs12979860 CT and TT and TGFB1 (codon 10) TC genotypes to be factors associated with HCC. TNFA (-308) GG genotype seems to be associated with moderate stage of inflammation. Also, ethnicity according self-declared is supposed to influence the distribution IL6 (-174) and IL28B rs12979860 and rs8099917 polymorphisms. These results suggest that the IL28B polymorphisms are associated with spontaneous clearance of HCV and response to therapy in a Brazilian population. Moreover, these results could be useful to further association between cytokine polymorphism and HCV infection outcome in Brazilian admixture population.

A infecção pelo vírus da hepatite C (VHC) é uma das mais comuns infecções ao redor do mundo. Aproximadamente, 20% dos pacientes infectados eliminam espontaneamente o vírus, porém a maioria dos indivíduos infectados desenvolve infecção crônica com amplo espectro de lesões hepáticas, desde inflamação leve até cirrose. A resposta imune do hospedeiro exerce grande influência sobre o desfecho da infecção pelo VHC. O objetivo deste trabalho foi analisar a influência dos polimorfismos genéticos de citocinas na susceptibilidade ou persistência da infecção por VHC e no clareamento espontâneo em uma amostra de pacientes da população do Rio de Janeiro (Brasil). Os polimorfismos genéticos das citocinas TNFA (-308), TGFB1 (codon 10 e 25), IL10 (-1082, -592), IL6 (-174) e IFNG (+874) foram analisados por PCR-SSP em 245 pacientes com hepatite C crônica (HCC), 41 pacientes que alcançaram o clareamento viral espontâneo e 189 indivíduos controle saudáveis. Além disso, os polimorfismos próximos ao gene da citocina IL28B (rs12979860, rs12980275 e rs8099917) foram analisados por PCR em tempo real em todos os grupos. O grau de fibrose e inflamação, a resposta ao tratamento e o genótipo do vírus também foram levados em consideração quanto ao desfecho da HCC Os genótipos IL28B rs12979860 CC e CT e rs12980275 AA e AG foram significativamente associados ao clareamento espontâneo e à resposta à terapia anti-viral. Da mesma forma, o alelo C (rs12979860) e o alelo A (rs12980275) foram significativamente maior no grupo Clareamento. O alelo C de IL6 (-174) foi associado com o Clareamento. Nenhuma associação entre as demais citocinas e o desfecho da HCC foi encontrada. O Genótipo TNFA (-308) GG parece estar associado com menor grau de inflamação. Além disso, a etnia auto declarada influencia a distribuição dos polimorfismos em IL6 (-174) e IL28B rs12979860 e rs8099917. Nossas observações indicam que os polimorfismos próximos ao gene da IL28B estão associados com o clareamento viral e resposta ao tratamento na população do Rio de Janeiro. Além disso, nossos resultados podem ser úteis para futuras investigações entre os polimorfismos de citocinas e a infecção por VHC numa população heterogênea como a Brasileira. / Hepatitis C virus infection is one of the most common blood-borne infections worldwide. Approximately, 20% of infected patients successfully eliminate the virus, whereas the majority of patients develop chronic infection with a wide spectrum of liver lesions, ranging from a minimal inflammation to cirrhosis. The host's immune response is an important correlate of HCV infection outcome and disease progression. The aim of this study was to explore the possibility of the inheritance of cytokine gene polymorphisms as a candidate for susceptibility to persistent HCV infection or HCV clearance in a sample of Rio de Janeiro (Brazil) population. Genetic polymorphisms in the cytokines TNFA (-308), TGFB1 (codon 10 and 25), IL10 (-1082, -592), IL6 (-174) and IFNG (+874) were analyzed by polymerase chain reaction-sequence-specific primer (SSP) in 245 chronic hepatitis C (HCC) patients, 41 spontaneous recovery (SR) patients and 189 healthy volunteers. Further, IL28B (rs12979860, rs12980275 and rs8099917) were assessed by real-time PCR in all groups. Liver fibrosis and inflammation staging, response to treatment and virus genotype were also tested to influence in HCV chronic infection. IL28B rs12989760 CC and rs12980275 AA genotypes were significantly associated with spontaneous recovery of HCV infection and response to therapy. Likewise, C allele (rs12979860) and A allele (rs12980275) were also more frequent in SR group, while C allele of IL6 (-174) is associated with persistence to HCC. No association was found between other cytokine gene polymorphism and susceptibility to HCV infection and response to treatment. Multivariate analysis showed male, IL28B rs12979860 CT and TT and TGFB1 (codon 10) TC genotypes to be factors associated with HCC. TNFA (-308) GG genotype seems to be associated with moderate stage of inflammation. Also, ethnicity according self-declared is supposed to influence the distribution IL6 (-174) and IL28B rs12979860 and rs8099917 polymorphisms. These results suggest that the IL28B polymorphisms are associated with spontaneous clearance of HCV and response to therapy in a Brazilian population. Moreover, these results could be useful to further association between cytokine polymorphism and HCV infection outcome in Brazilian admixture population.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:03Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008-02-22Bitstream added on 2014-06-13T20:33:37Z : No. of bitstreams: 1 mattos_ccb_me_sjrp.pdf: 1833064 bytes, checksum: 9ddfdfa24b297a8db2f0d8e4747e5c43 (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / O Toxoplasma gondii infecta os seres humanos dentre outras vias, pelo trato gastrintestinal, um local onde se dá a expressão do perfil de glicoconjugados ABH sob controle da enzima a-2-L-Fucosiltransferase (FUTII) codificada pelo gene FUT2 (19q13.3). A presença da FUTII define o status secretor positivo, o qual é relacionado aos fenótipos eritrocitários ABO. Diante da importância epidemiológica e clínica da infecção pelo T. gondii, o objetivo desse trabalho foi testar a hipótese de que o perfil de glicoconjugados ABH expresso no trato gastrintestinal está associado à infecção por esse parasito. Foram selecionadas 367 gestantes atendidas no Ambulatório de Gestação de Alto Risco do Hospital de Base da Fundação Faculdade Regional de Medicina de São José do Rio Preto. Duas amostras de sangue, uma sem e outra com anticoagulante foram coletadas. A fenotipagem eritrocitária ABO e a detecção dos anticorpos anti-T. gondii foram realizadas pelo método hemaglutinação. A identificação do status secretor foi feita pelo método PCR-RFLP. As diferenças nas freqüências do status secretor positivo e negativo e dos fenótipos eritrocitários ABO, isoladamente ou em conjunto, não foram estatisticamente significantes na presença e na ausência desses anticorpos (p=0,26). Esses resultados sugerem que o perfil de glicoconjugados ABH expressos no trato gastrintestinal sob controle do gene FUT2 não está associado à presença de anticorpos anti-T. gondii. / Toxoplasma gondii infects humans in several manners including by the gastrointestinal tract where the a-2-L-Fucosiltransferase (FUTII) coded by FUT2 (19q13.3) controls the expression of the ABH glycoconjugates profile. Presence of FUTII defines the positive secretor status which is associated to ABO erythrocytic phenotypes. Due to the epidemiological and clinical importance of T. gondii infection, the aim of this work was to test the hypothesis that the ABH glycoconjugate profile expressed in the gastrointestinal tract is associated to infections by this parasite. A total of 367 pregnant women from the High-Risk Pregnancy Clinical of the University Hospital de Base in São José do Rio Preto were enrolled in this study. Two blood samples were drawn with only one mixed with anticoagulant. The ABO erythrocytic phenotyping and detection of anti-T. gondii antibodies were achieved by the hemagglutination method. Identification of the secretor status was by the PCR-RFLP method. Differences in the positive and negative secretor status and ABO erythrocytic phenotypes, either in isolation or in association, were not statistically significant in respect to the presence or absence of these antibodies (p-value =0.26). These results suggest that the ABH glycoconjugate profile expressed in the gastrointestinal tract under control of the FUT2 gene is not associated to anti-T. gondii antibodies.

Estima-se que a prevalência global da população mundial com hepatite C é de 3%. Pouco se sabe sobre a resposta ao tratamento com respeito à resistência viral. Algumas mutações no fragmento de 109 aminoácidos da NS5B são associadas com resistência ao interferon (IFN) e ribavirina (RBV). Estudos moleculares e clínicos identificaram fatores associados com o hospedeiro e vírus relacionados associada com a resposta ao tratamento, tal como o gene que codifica a IL-28B. Este estudo foi dividido em duas fases, cujos objetivos foram caracterizar a frequência de mutações que conferem resistência ao HCV e avaliar a relevância das mutações em pacientes Respondedores (R) ou Não Respondedores (NR) ao tratamento e caracterizar geneticamente as populações sobre polimorfismos genéticos nos SNPs da IL-28B em relação ao prognóstico da resposta ao tratamento. As amostras dos pacientes foram submetidas a testes de genotipagem e carga viral. As sequências geradas foram comparadas no BLAST e no banco de dados Los Alamos HCV. Realizamos o alinhamento das sequências homólogas e as mutações identificadas. Com base no genótipo e carga viral determinamos a classificação dos pacientes de acordo com a resposta à terapia. O DNA genômico foi isolado a partir de sangue periférico para a realização da tipagem de SNPs de IL-28B. A metodologia utilizada foi de PCR em tempo real utilizando sondas TaqMan SNP específico. A análise dos dados foi realizada utilizando GraphPad Prism com qui-quadrado, risco relativo (RR), Odds Ratio (OR) e intervalo de confiança de 95%, com um nível de significância de P <0,05. Foi encontrado na primeira fase deste estudo uma taxa significativa mutações associadas ao tratamento nas amostras estudadas. A prevalência de mutações associadas à resistência ao IFN e RBV bem como a novos medicamentos antivirais localizados no fragmento de 109 aminoácidos da NS5B foi examinado em 69 indivíduos infectados naïve no Rio de Janeiro, Brasil. Na segunda fase, as mutações foram clinicamente relevantes. Desde então, procuramos observar as diferenças entre melhor ou pior prognóstico de acordo com a imunogenética que mostrou diferenciação entre os grupos R e NR ao tratamento em relação ao prognóstico da resposta terapêutica. Quando as diferenças entre as sequências da NS5B e a resposta ao tratamento foram consideradas verificou-se que associada a mutação R254K, estava a C316N que poderia conduzir a uma não resposta à terapia no genótipo 1b. Os nossos dados também suportaram forte associação de IL-28B rs12979860, com elevada probabilidade de resposta à terapia de IFN + RBV. Nossos dados evidenciam a presença de pacientes virgens de tratamento que abrigam mutações de resistência previamente descritas na literatura. A análise dos fatores preditores de resposta virológica mostrou que a predição de boa resposta ou não ao tratamento e ainda da progressão da doença é dependente de uma importante interação entre a genética viral e a do hospedeiro. Fato este importante para que no momento de avaliação de diagnóstico e conduta terapêutica, o médico possa tomar medidas apropriadas para o tratamento de cada paciente individualmente independentemente do genótipo do HCV em questão. / It is estimated that the overall prevalence of the average world population with hepatitis C is 3%. Little is known about the treatment response with respect to viral resistance. Some mutations in the 109-aminoacid fragment of NS5B are associated to Interferon (IFN) and Ribavirin (RBV) resistance. Molecular and clinical studies have identified factors associated with the host and related viruses associated with response to treatment, as the gene encoding IL-28B. This study was divided into two phases whose objectives were to characterize the frequency of mutations conferring resistance to HCV viral evaluating the relevance of these in Responders (R) or Non-Responders (NR) patients to treatment and to characterize genetically the populations regarding genetic polymorphisms SNPs IL-28B in relation to prognosis of response to treatment for HCV. Patient samples were subjected to tests for genotyping and viral load. The sequences generated were compared in the BLAST and the Los Alamos database HCV. We conducted the alignment of homologous sequences and mutations identified. Based on virological parameters genotype and viral load determined the classification of patients according to response to therapy. Genomic DNA was isolated from peripheral blood for carrying out the typing of SNPs of IL-28B. The methodology used was real-time PCR using TaqMan probes specific SNPs. Data analysis was performed using GraphPad Prism with chi-square, relative risk (RR), Odds Ratio (OR) and confidence interval of 95% with a significance level of P <0.05. To study these biological parameters we associated the responsive patients, non-responders, the viral load, genotype, and IL-28B polymorphism to treatment outcome. We found in the first phase of this study a significant rate of treatment-associated mutations in the samples studied. The prevalence of mutations associated to resistance to interferon and ribavirin (IFN/RBV) as well new antiviral drugs located in the 109 aminoacid fragment of NS5B was examined in 69 Hepatitis C Virus drug naïve (HCV)-infected individuals in Rio de Janeiro, Brazil. In the second phase, the mutations revealed clinically relevant from the gene in question. Since then, we seek to observe the differences between better or worse prognosis according to immunogenetic showed that differentiation between the immunogenetics of the groups R and NR to treatment in relation to prognosis of therapeutic response. When the differences between the NS5B sequences at baseline and the treatment response were considered we found that R254K associated with C316N mutations could lead to a non-response to IFN-RBV therapy in genotype 1b. Our data also strong support the association of rs12979860 IL-28B polymorphism with high probability of response to IFN + RBV therapy. Our data highlight the presence of HCV genotypes from drug naïve patients harboring resistance mutations previously described in literature. The analysis of predictors virologic response demonstrated that the prediction of better or worse therapy response and further the disease progression is dependent of a significant interaction between viral and host genetics. This fact is important for diagnosis evaluation and clinical therapeutic, the medico can take appropriate measures to treat each individual patient irrespective of the genotype of HCV in question.

Submitted by Cláudia Bueno (claudiamoura18@gmail.com) on 2016-05-19T17:45:53Z No. of bitstreams: 2 Tese - Yanna Andressa Ramos de Lima - 2014.pdf: 3948681 bytes, checksum: 03820f7151617bba515baa141492f753 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2016-05-20T13:41:52Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Tese - Yanna Andressa Ramos de Lima - 2014.pdf: 3948681 bytes, checksum: 03820f7151617bba515baa141492f753 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-05-20T13:41:52Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Tese - Yanna Andressa Ramos de Lima - 2014.pdf: 3948681 bytes, checksum: 03820f7151617bba515baa141492f753 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2014-07-02 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / HIV-1 mother-to-child-transmission (MTCT) is a multifactorial event associated mainly with maternal viral load. Thus, the molecular epidemiology of HIV-1 and the evaluation of factors associated with MTCT in pregnant women are crucial for epidemic understanding and monitoring in this population. Objectives: To assess the frequency of recent seroconversion cases among newly diagnosed, antiretroviral (ARV) naïve pregnant women and evaluation of pregnancy outcomes and transmitted drug resistance (TDR) in this group; to compare sociodemographical, clinical, genetic diversity of the virus and resistance among young and adult pregnant women. Methods: HIV-1-infected pregnant women (n = 250) were recruited during antenatal care conducted by the Program for the Protection of Pregnant Women from Goias State (PPPW/GO). Recent cases of seroconversion were identified by BED-CEIA among naïve pregnant women and confirmed by ambiguous nucleotide calls. Pol gene (protease/PR and 2/3 of the reverse transcriptase/RT) was sequenced from plasma samples. Resistance mutations were evaluated by Calibrated Population Resistance tool and Stanford HIV-1 and International AIDS Society-USA (IAS-USA) databases. Viral subtypes were assigned by REGA software and phylogenetic analyzes with reference sequences. Results: Cases of recent seroconversion (RS) were identified in 16.6% of 95 newly diagnosed, ARV-naïve pregnant women. Medians of CD4+ cell count and viral load were 530 cells/μL and 8,796.5 copies/mL, respectively. Nine patients with RS probably seroconverted during pregnancy. One case of MTCT was observed among pregnant women with RS. Incident cases presented a predominance of isolates assigned as subtype B. There was no difference regarding the distribution of non-B subtypes. The amont of 250 pregnant women recruited were divided into two distinct age groups: adolescents and young (96/250, 38%) and adult women (154/250, 62%). When compared with the adult group, young women had fewer previous pregnancies and they were diagnosed mainly in the current pregnancy. One case of MTCT was identified in both groups (2/250, 0.8%). The CD4+ cell counts were similar between both groups. Viral load was significantly higher among ARV-naïve pregnant adolescents (15-19 years) when compared with the group of ARV-naïve pregnant adults (>24 years). Young pregnant women previously exposed to ARVs were less likely to have viral load <1,500 copies / mL. The distribution of HIV-1 subtypes was similar in both groups and recombinant subtypes with similar recombination points were identified among both groups. The frequency of transmitted resistance was similar between young and adult women (9.5% and 7.1%, respectively). The frequency of secondary resistance was higher among adult pregnant women compared with younger women (21.8% and 12.8%, respectively). Conclusions: Recent seroconversion during pregnancy associated with moderate levels of transmitted resistance may contribute to vertical transmission of HIV-1. Preventive measures should include adolescents and young women as an attempt to control the vertical transmission of HIV-1 in Central Western region, Brazil. / A transmissão vertical do HIV-1 é um evento multifatorial em que a carga viral materna desempenha importante papel. Assim, a epidemiologia molecular do HIV-1 em gestantes e a avaliação de fatores associados com a transmissão vertical são cruciais para a compreensão e monitoramento da epidemia nessa população. Objetivos: Avaliação da frequência de casos de soroconversão recente entre gestantes recém-diagnosticadas, virgens de tratamento e avaliação dos desfechos da gestação nesse grupo e da frequência de resistência transmitida. Comparação entre os fatores sociodemográficos, clínicos, de diversidade genética do vírus e perfil de resistência entre gestantes jovens e adultas. Métodos: Gestantes infectadas por HIV-1 (n=250) foram recrutadas durante o pré-natal realizado pelo Programa de Proteção à Gestante/GO. Os casos de soroconversão recente em pacientes virgens de tratamento com diagnóstico recente foram identificados pelo teste imunoenzimático BED-CEIA e confirmados pela análise molecular de bases ambíguas em pol. O gene pol (protease/PR e 2/3 da transcriptase reversa/RT) foi sequenciado a partir de amostras de plasma. As mutações de resistência foram avaliadas pela ferramenta Calibrated Population Resistance tool e pelos bancos de dados Stanford HIV-1 Database e International AIDS Society-USA (IAS-USA). Os subtipos virais foram definidos pelo software REGA e análises filogenéticas com sequências de referência. Resultados: Casos de soroconversão recente (SR) foram identificados em 16,6% das 95 gestantes recém-diagnosticadas e virgens de tratamento. A mediana da contagem de células CD4+ foi 530 células/μL e da carga viral foi 8796,5 cópias/mL. Nove pacientes com SR (82%) provavelmente soroconverteram durante a gestação. Um caso de transmissão vertical foi observado entre as gestantes com SR. Os casos incidentes apresentaram predomínio de isolados com subtipo B. Não houve diferença com relação à distribuição dos outros subtipos. As 250 gestantes recrutadas foram divididas em dois grupos etários distintos: adolescentes e jovens (96/250, 38%) e adultas (154/250, 62%). Quando comparadas com as adultas, as gestantes jovens apresentaram menor número de gestações prévias e foram diagnosticadas principalmente na gestação atual. Um caso de transmissão vertical da infecção foi identificado em cada um dos grupos (2/250, 0,8%). A contagem de células CD4+ foi similar entre ambos os grupos. O grupo de gestantes adolescentes (15-19 anos), virgens de tratamento, apresentou carga viral significativamente mais alta que o grupo de gestantes adultas. As gestantes jovens previamente expostas aos ARVs tinham menor probabilidade de apresentar carga viral <1500 cópias/mL. A distribuição de subtipos do HIV-1 foi similar em ambos os grupos e foram identificados subtipos recombinantes com ponto de recombinação similar entre os dois grupos. A frequência de resistência transmitida foi similar entre as gestantes jovens e adultas (9,5% e 7,1%, respectivamente). A frequência de resistência secundária foi maior entre as gestantes adultas quando comparadas com as gestantes jovens (21,8% e 12.8%, respectivamente). Conclusões: A soroconversão recente na gestação associada com níveis moderados de resistência transmitida pode contribuir para a transmissão vertical do HIV-1. Políticas preventivas devem incluir a população de adolescentes e jovens como tentativa de controlar a transmissão vertical do HIV-1, na região Centro-Oeste do Brasil.

Made available in DSpace on 2014-08-20T13:32:47Z (GMT). No. of bitstreams: 1 dissertacao_neida_lucia_conrad.pdf: 1248896 bytes, checksum: effbf3a6777d64f323ea5206861ef2dd (MD5) Previous issue date: 2013-03-12 / The infectious bronchitis (IB) is an acute and highly contagious disease caused by a coronavirus that infects mainly cells of the respiratory and genitourinary of chicken. The economic importance of this disease results from decreased production, such as internal and external quality of eggs, reduced hatchability, feed efficiency and weight gain, increased mortality, condemnation of carcasses at slaughter, and also with drugs spending to suppress secondary bacterial infections. The diagnosis of IB is based on virus isolation, together with serology. The use of monoclonal antibodies (MAbs) has been collaborated to diagnosis of this type of disease, but their use are still limited because the MAbs used are imported, increasing the cost of such methodologies. This work reports the production, characterization and application of MAbs against the virus of infectious bronchitis (IBV). For the production of MAbs, Balb/c mice were immunized intraperitoneally with classic IBV (M41) or variant IBV. We generated two hybridomas secreting MAbs anti-IBV (IgM isotype) from the fusion of B-lymphocytes from a mouse immunized with the variant IBV and myeloma cells. Following the characterization by ELISA and Western blot, it was observed that MAbs recognize the IBV classic and variant, showing more intense reactions with IBV variant. The AcM 2 G4 seems to be specific for protein S1. The applicability of the MAbs was assessed using the immunohistochemistry technique on histological tissues of birds inoculated experimentally with classic IBV. These MAbs anti-IBV had the same pattern of label of the MAb used as positive control, labeling predominantly inflammatory cells. This result can be explained by the fact that in severe cases of infection with IBV, the antigen may be located also in inflammatory cells. It was concluded that the MAbs obtained have potential for use in immunodiagnostic for IB. / A bronquite infecciosa das galinhas (BI) é uma doença aguda, altamente contagiosa, causada por um Coronavírus que infecta principalmente células dos aparelhos respiratório e genito-urinário das galinhas. A importância econômica dessa doença decorre da diminuição na produção e qualidade interna e externa dos ovos, da redução da eclodibilidade, da diminuição da eficiência alimentar e do ganho de peso e do aumento da mortalidade e da condenação de carcaças ao abate, além dos gastos com medicamentos para debelar infecções bacterianas secundárias. A confirmação do diagnóstico de BI é baseada no isolamento viral, em conjunto com a sorologia. O uso de anticorpos monoclonais (AcMs) tem colaborado e facilitado o diagnóstico desse tipo de enfermidade, porém seu uso ainda é limitado, pois os AcMs utilizados são importados, elevando o custo de tais metodologias. Este trabalho relata a produção, caracterização e aplicação de AcMs contra o vírus da bronquite infecciosa das galinhas (VBI). Para a produção dos AcMs, camundongos Balb/c foram imunizados intraperitonealmente com o VBI clássico (M41) local ou com o variante. Foram gerados dois hibridomas secretores de AcMs anti-VBI do isotipo IgM a partir da fusão entre os linfócitos B de um camundongo imunizado com o VBI variante e células de mieloma. Foi observado, na caracterização por ELISA indireto e Western blot, que os AcMs reconhecem o VBI clássico e variante, sendo as reações com o VBI variante mais intensas. O AcM 2G4 parece ser específico para a proteína S1. A aplicabilidade dos AcMs foi avaliada através da técnica de imuno-histoquímica em tecidos de aves inoculadas experimentalmente com o VBI clássico. Os AcMs anti-VBI apresentaram o mesmo padrão de marcação que o AcM utilizado como controle positivo, ou seja, marcaram predominantemente células inflamatórias. Este resultado pode ser explicado pelo fato de que, em casos mais severos da infecção por VBI, o antígeno pode ser localizado também em células inflamatórias. Concluiu-se que os AcMs obtidos apresentam potencial para uso no imunodiagnóstico para BI.

Made available in DSpace on 2014-08-20T13:32:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 dissertacao_vanessa_galli.pdf: 1411317 bytes, checksum: f2cb4b3ef71fd9550e04ca13f65ab510 (MD5) Previous issue date: 2011-02-28 / Mycoplasma hyopneumoniae is the causative agent of Porcine Enzootic Pneumonia (PEP), one of the most common respiratory diseases in swine industry worldwide. Commercially available vaccines are inactivated whole-cell preparations (bacterin), which provide only partial protection and do not prevent microorganism colonization. In this context, it is necessary to search new alternatives prophylaxis. Potential antigens are being tested in different vaccination strategies; however none was more efficient than commercial bacterins for PEP control. This work aimed the production and evaluation of antigenicity and immunogenicity of M. hyopneumoniae antigens delivered as naked DNA and/or recombinant subunit vaccines, aiming the development of a vaccine against PEP. Recombinant subunit vaccines were obtained by the expression of eleven M. hyopneumoniae recombinant proteins in E. coli and purification by affinity chromatography, whereas the DNA vaccines were obtained by cloning four M. hyopneumoniae genes in pcDNA3 vector. Recombinant proteins antigenicity was verified against convalescent pig serum. The humoral and cellular immune response elicited by these vaccines was evaluated in mice immunized intramuscularly. All recombinant proteins evaluated were recognized by convalescent pig serum, in ELISA and/or Western blot assay, especially MHP0418, indicating that they are expressed during disease. These recombinant proteins, as well as P37, P42, P46 and P95 showed immunogenic capacity, eliciting both Th1 and Th2 immune response. The P37, P42, P46 and P95, and the DNA vaccine pcDNa3/P46 were also able to elicit INFγ expression, the cytokine associated with cellular immune response, and decrease TNFα and IL1 expression, both associated with pig lesions, during M. hyopneumoniae infeccion, suggesting their potencial as candidate vaccines. The immunization strategy using proteins combinated potencialized the immune response, and the MHP0443 and MHP0372 proteins were the main responsable for the Mix1 and Mix2 immunogenicity, respectivally. Moreover, MHP0107, MHP0418 and MHP0372 elicited antibodies that react against proteins from M. hyopneumoniae strains 7448, 4722 and J, and did not show cross reaction with M. hyohinis and M. flocculare. Thus, these proteins could be used in imunodiagnosis assay. / Mycoplasma hyopneumoniae é o agente etiológico da Pneumonia Enzoótica Suína (PES), uma das doenças respiratórias de maior incidência na criação de suínos no mundo. As vacinas disponíveis comercialmente consistem de células inteiras inativadas (bacterina), as quais proporcionam apenas uma proteção parcial e não previnem a colonização pelo microrganismo. Neste contexto, faz-se necessária a busca de novas alternativas para a profilaxia da PES. Alguns antígenos vêm sendo testados em diferentes sistemas de vacinação, porém nenhum deles foi mais eficiente que as bacterinas comerciais no controle da PES. Este trabalho teve como objetivo a produção e avaliação da antigenicidade e imunogenicidade de antígenos de M. hyopneumoniae administrados como vacinas de DNA e/ou subunidade recombinante, visando o desenvolvimento de uma vacina contra a PES. As vacinas de subunidade recombinante foram obtidas através da expressão de onze proteínas recombinantes de M. hyopneumoniae em E. coli e purificação por cromatografia de afinidade, enquanto que as vacinas de DNA foram obtidas pela clonagem de quatro genes de M. hyopneumoniae no vetor pcDNA3. A antigenicidade das proteínas recombinantes foi verificada confrontando-as com soro de suínos convalescentes. A imunidade humoral e celular destas vacinas foi avaliada em camundongos imunizados intramuscularmente. Todas as proteínas recombinantes avaliadas foram reconhecidas pelo soro de animais convalescentes, em ensaios de ELISA e/ou Western blot, em especial a proteína MHP0418, indicando serem expressas durante o processo infeccioso. Estas proteínas recombinantes, bem como P37, P42, P46 e P95 apresentaram capacidade imunogênica, induzindo ambas as respostas imune Th1 e Th2. As proteínas P37, P42, P46 e P95, e a vacina de DNA pcDNa3/P46 também foram capazes de induzir a expressão de INFγ, citocina associada a resposta imune celular e reduzir a expressão de TNFα e IL1, relacionadas com as lesões em suínos, durante infecção por M. hyopneumoniae, sugerindo o potencial destas como candidatas vacinais. A estratégia de imunização utilizando proteínas combinadas potencializou a resposta imune, sendo que as proteínas MHP0443 e MHP0372 foram as principais responsáveis pela imunogenicidade induzida pelos Mix1 e Mix2, respectivamente. Além disso, MHP0107, MHP0418 e MHP0372 induziram anticorpos que reagiram especifiamente contra proteínas das cepas 7448, 4722 e J de M. hyopneumoniae, não apresentando reação cruzada com M. hyohinis e M. flocculare, podendo, portanto, serem utilizadas em ensaios de imunodiagnóstico.

Orientador: Maria Helena Stangler Kraemer / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciencias Medicas / Made available in DSpace on 2018-08-14T09:37:26Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Magalhaes_RenataFerreira_D.pdf: 45600840 bytes, checksum: c3be46b9fbfab6e5433e2e91db336bb3 (MD5) Previous issue date: 2009 / Resumo: Psoríase é uma dermatose inflamatória crônica, determinada por desregulação do sistema imune e associada a várias comorbidades. O marcador genético mais associado à psoríase em todas as populações é o HLA-CW06. Polimorfismos na região promotora do TNF-a, especialmente a troca de uma guanina por uma adenina nas posições -238 e -308 estão relacionados à alta produção de TNF-a e risco aumentado para psoríase nas populações caucasóides e não em asiáticos. Com o objetivo de determinar se polimorfismos destes genes podem ser fatores de risco para susceptibilidade ou gravidade da doença em pacientes brasileiros, foi realizado um estudo caso-controle com 69 pacientes com psoríase de início até 40 anos, com acompanhamento por dez anos para caracterização de sua evolução clínica em doença leve (grupo I) e grave (grupo II), e 70 indivíduos sadios. Foi feita a identificação dos alelos HLA classe I e II e SNPs da região promotora do TNF-a -238 e -308. Coletaram-se 10 mL de sangue periférico dos indivíduos e se realizou a extração do DNA através do método salting out. O DNA foi amplificado pela reação em cadeia da polimerase (PCR), com primers sequência-específica. As freqüências alélicas e gênicas foram estimadas por contagem direta e a comparação entre as frequências dos grupos foi efetuada por Teste de Fisher (programa GraphPad InStat 3.05). Dois métodos computacionais foram usados para determinar os haplótipos dos indivíduo: (1) o algoritmo ELB implementado pelo software Arlequin 3.1 e (2) um método de base coalescente implementado pelo software PHASE v2, e as freqüências de cada haplótipo foram comparadas por Teste de Fisher. No grupo II, observou-se maior associação com fatores desencadeantes como estresse, início na adolescência e predominância do sexo masculino. Pode-se sugerir que os alelos HLA-B*37, -Cw*06, -Cw*12 e -DRB1*07 foram associados ao curso mais grave da doença, enquanto - B*57 à doença mais leve. O aielo DRBT04 teve tendência a associação negativa. Ao se comparar o grupo I com o grupo II, o alelo HLA-B*37 pode ser interpretado como fator de mau prognóstico. Não houve diferença estatística entre polimorfismos da região promotora do TNF-a entre pacientes e controles. Este estudo apontou uma alta frequência do genótipo TNF-a -238 G/G {OFt 3,21; Cl:1,06-9,71; p=0,04), assim como do alelo -238 G, no grupo com doença mais grave e, ao contrário, o genótipo -238 G/A com frequência maior no grupo de boa evolução. O haplótipo -238A-308G mostrou frequência reduzida conferindo um efeito protetor. Estes dados não correspondem ao reportado para as populações caucasianas, considerando que a população brasileira é miscigenada. Polimorfismos dos SNPs do TNF-a não parecem ser um fator de susceptibilidade genética mais importante do que o já conhecido HLA-Cw*06 em pacientes brasileiros, mas podem ter relação com as manifestações e evolução da doença. / Abstract: Psoriasis is an erythematous, scaly inflammatory dermatosis with a complex immunologic basis. The strongest genetic marker for psoriasis is HLA-Cw*06. Polymorphisms in the TNF-a promoter region, especially replacement of guanine with adenine in positions -238 and -308 are related to higher TNF-a production and higher risk for psoriasis in Caucasoid populations, not found in Asians. We did a case-control study of 69 patients with psoriasis type I and 70 controls, characterized clinical progression along 10-years of follow-up in mild or severe disease and determined HLA class I, II and TNF-a SNPs -238 and -308 polymorphisms to demonstrate whether these polymorphisms may be genetic risk for susceptibility to psoriasis or severity of the disease in Brazilians. Peripheral blood (10 ml) was collected. Genomic DNA from both psoriasis patients and controls was isolated using a salting out procedure. Polymorphisms were identified by PCR/SSP. Alleles and genotypes frequencies were compared by Fisher's test (GraphPad InStat 3.05 software). Two computational methods were used to determine the haplotypes of each subject, without taking into account any prior information: (1) the ELB algorithm implemented by the ARLEQUIN 3.1 software and (2) a coalescence based method as implemented by the PHASE v2 software. The haplotype frequencies were compared between group pairs by Fisher's test. Severe disease was found more frequently in male patients, associated with environmental factors and onset at adolescence. It may be suggested that alleles HLA- B*37, -Cw*06, -Cw*12 and -DRB1*07 were associated with severe disease course, while -B"57 with mild disease. No statistical difference was found between the patients and controls regarding polymorphisms frequencies in TNF SNPs. This study pointed to a higher TNF-238 G/G genotype frequency (OR 3,21; Cl:1,06-8,71; p=0,04) in the group with severe disease and -238A-308G haplotype was found in reduced frequencies revealing a protective effect. These data do not correspond to those reported for the Caucasian population, considering that Brazilian population is admixed, and this is the first consideration about TNF-a SNPs in psoriasis in this population. Polymorphisms in the TNF-a SNPs do not seem to be a more important genetic risk factor for psoriasis than the already known Cw*06 in Brazilian patients, but these markers may be related to clinical manifestations. / Doutorado / Clinica Medica / Doutor em Clínica Médica