O Hemocentro São Paulo é responsável por manter um banco de dados com informações sobre cada doação ou tentativa de doação de sangue. No entanto, os dados desse banco de dados não possuem a qualidade requerida pelas ferramentas/técnicas de análise. Por essa razão, fica difícil utilizar tais dados para estabelecer relações sistemáticas entre as variáveis armazenadas. A principal contribuição desta tese é a descrição da proveniência para atributos selecionados usando critérios de classificação definidos por especialistas. Este trabalho mostra que é possível fazer investigações detalhadas usando a descrição dos dados sem a necessidade de alterar a estrutura do banco de dados. Durante o período de 1996 a 2006, 1.469.505 doadores foram responsáveis por mais de 2.8 milhões de doações. Após a descrição da proveniência, foram obtidos 252.301 doadores do sexo masculino e 133.056 doadores do sexo feminino e que atenderam aos critérios de inclusão usados nesta tese. Dos 385.357 doadores incluídos na análise, 21.954 (5,7%) tiveram suas doações adiadas devido a seus baixos níveis de hematócrito, 3.850 (1,5%) eram do sexo masculino e 18.104 (13,6%) do sexo feminino. Os resultados obtidos demonstram que, embora os intervalos de espera entre as doações de sangue sejam grandes entre os doadores do sexo feminino e masculino, as mulheres são recusadas mais cedo, por risco de desenvolver anemia, do que os homens. Aproximadamente 12,84% das mulheres e 1,21% dos homens desenvolveriam hematócrito baixo antes da sétima doação. Os dados sugerem que indivíduos com baixo nível de hematócrito devem esperar mais tempo antes de executarem a próxima doação. Portanto, é importante compreender se existe uma ligação entre a doação de sangue e a diminuição no nível de hematócrito, a fim de evitar resultados indesejáveis para os doadores de sangue. O modelo de proveniência apresentado nesta tese não foi definido de acordo com os modelos de proveniência genéricos já implementados. Esta tese apresenta um modelo de proveniência que foi capaz de acrescentar informações semânticas para adquirir conhecimento de um experimento in silico. Um dos principais objetivos foi desenvolver uma abordagem baseada em declarações, tentando responder a importantes questionamentos biológicos. O modelo descrito combina ricas informações em cada processo usando declarações, e se baseia no conhecimento de especialistas. Esta tese também utilizou estatística descritiva e Análise de Sobrevivência. Finalmente, com a validação do modelo em um domínio conhecido, é pretendido expandir esse método para outros sistemas de informação voltados para hemoterapia. / The São Paulo Blood Center is responsible to maintain a database with information on each donation. However, this database does not have the quality required by techniques of analysis. For this reason, it is difficult to use it directly to establish systematic relationships between the variables. The main contribution of this paper is a provenance description of attributes selected using classification criteria defined by specialists. We show that it is possible to make detailed investigations using the data description without the need to change the structure of the database. During 1996 2006, 1,469,505 donors were responsible for more than 2.8 million of donation. After the provenance description, we obtained 252,301 male and 133,056 female that met our inclusion criteria. Of the 385,357 donors included in the analysis, 21,954(5.7%) were deferred due to low hematocrit, 3,850(1.5%) were males and 18,104(13.6%) were females. Our results show that, although the intervals between donations for female and male donors are wider, women presented anemia earlier than men. Approximately 12,84% of the females and 1,21% of the males would develop low hematocrit before the 7th donation. Our data suggest that individuals with low hematocrit level should wait longer before the next donation. Therefore, it is important to understand if there is a connection between blood donation and decrease in hematocrit level in order to prevent undesirable outcomes to blood donors. The provenance model presented here was not defined according to the generic provenance models already implemented. This thesis presents a provenance model that is able to add semantic information to acquire knowledge of an in silico experiment. One of the main purposes is to develop an approach based on declarations in order to answer biological questions. The provenance model described in this paper combines rich information for each process using the declarations, each having expert knowledge as a basis. To evaluate this provenance model we use descriptive statistics and Survival Analysis. Finally, with the validation of the model in a known domain, we intent to apply and validate this provenance model to other hemotherapy information systems.

Submitted by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2016-02-23T13:23:39Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Flávia Cristina da Silva - 2015.pdf: 1680001 bytes, checksum: 3d5116e971ca03d4464ee6b64ab4a913 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2016-02-23T13:26:06Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Flávia Cristina da Silva - 2015.pdf: 1680001 bytes, checksum: 3d5116e971ca03d4464ee6b64ab4a913 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-02-23T13:26:06Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Flávia Cristina da Silva - 2015.pdf: 1680001 bytes, checksum: 3d5116e971ca03d4464ee6b64ab4a913 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2015-02-26 / The discovery and development of drugs consist of a complex process, requiring the integration of various strategic areas such as knowledge, innovation, technology, management and high investments in Research, Development and Innovation (RD&I). No drug can be approved for use in humans without first go through extensive studies aimed at ensuring its effectiveness and safety. On the other hand, a drug that inhibits the activity of a metabolic enzyme cytochrome P450 family (CYP450) can affect the pharmacokinetics of other drugs, resulting in drug-drug interactions (DDIs), which potentially lead to side effects and toxic effects. The main oxidative enzymes responsible for drug metabolism have as main representatives CYP450 superfamily, wherein the CYP3A4 isoform is the most important because it is responsible for metabolizing approximately 50% of the drugs on the market. Several computational methods have been developed as a strategy to predict human metabolism in the early stages of research and development of drugs. In silico models of metabolism have advantages such as faster, lower cost and ease of operation when compared to traditional models in vitro and in vivo. The work aimed mainly at the development of Quantitative Relations between models chemical structure and activity / property (QSAR / QSPR) robust and predictive, to identify CYP3A4 substrates and inhibitors. To this were collected, integrated and prepared larger data sets available in the literature substrates and inhibitors of CYP3A4. Several QSAR models were generated and validated for both properties using a workflow that contemplated carefully the recommendations of the Organization for Economic Co-operation Development (OECD). The combination of different descriptors and machine learning methods have led to obtain robust and predictive QSAR models, with correct classification rate (CCR) ranging from 0.65 to 0.83 and 0.69 to 0.89 of coverage, showing a statistically significant values for classification of compounds with high accuracy whether or not substrates of CYP3A4 substrates. The binary Morgan RFgenerated model to classify compounds inhibitors and non-inhibitors also proved highly robust and predictive with sensitivity values of 0.77 and accuracy of 0.76, and the Morgan-RF model multiclass obtained values of 0.68 sensitivity and 0.69 for accuracy. The map of predicted probability proved useful as it could encode major structural fragments to classify compounds inhibitors or not CYP3A4 inhibitors. In conclusion, have been developed and validated many QSAR to predict the interaction with the CYP450 enzyme that may be useful in the early stages of the development of new drugs. The next step is the online availability of the models obtained in LabMol server (http://labmol.farmacia.ufg.br). / A descoberta e o desenvolvimento de fármacos consistem um processo complexo, sendo necessária a integração de várias áreas estratégicas como conhecimento, inovação, tecnologia, gerenciamento e altos investimentos em Pesquisa, Desenvolvimento e Inovação (PD&I). Nenhum fármaco pode ser aprovado para uso em humanos sem que antes passe por extensivos estudos que visem garantir sua eficácia e segurança. Um fármaco que inibe a atividade metabólica de uma enzima da família citocromo P450 (CYP450), pode afetar a farmacocinética de outros fármacos, resultando em interações fármaco-fármaco (DDIs), que podem conduzir potencialmente a efeitos colaterais e tóxicos. As principais enzimas oxidativas responsáveis pelo metabolismo de fármacos possuem como principais representantes a superfamília CYP450, em que a isoforma CYP3A4 é a mais importante, pois é responsável por metabolizar aproximadamente 50 % dos fármacos disponíveis no mercado. Diversos métodos computacionais têm sido desenvolvidos como estratégia para predizer o metabolismo humano nos primeiros estágios de pesquisa e desenvolvimento de fármacos. Modelos in silico do metabolismo apresentam vantagens como maior rapidez, menor custo e maior facilidade de operação, quando comparados aos modelos tradicionais in vitro e in vivo. O trabalho teve como objetivo central o desenvolvimento de modelos de Relações Quantitativas entre estrutura química e atividade/propriedade (QSAR/QSPR) robustos e preditivos, visando identificar substratos e inibidores de CYP3A4. Para isso, foram compilados, integrados e preparados os maiores conjuntos de dados disponíveis na literatura de substratos e inibidores de CYP3A4. Vários modelos de QSAR foram gerados e validados para ambas as propriedades usando um fluxo de trabalho que contemplou criteriosamente as recomendações da Organization for Economic Co-operation Development (OECD). A combinação de diferentes descritores e métodos de aprendizado de máquina levaram a obtenção de modelos QSAR robustos e consistentes, com taxa de classificação correta (CCR) que variam entre 0,65-0,83 e cobertura de 0,69-0,89,demonstrando valores estatisticamente significativos para classificação com alta precisão de compostos em substratos ou não substratos de CYP3A4. O modelo Morgan-RF binário gerado para classificar compostos em inibidores e não inibidores se mostraram também altamente robusto e preditivo com valores de sensibilidade de 0,77 e acurácia de 0,76, e o modelo Morgan-RF multiclasse obteve valores de 0,68 para sensibilidade e 0,69 para acurácia. O mapa de probabilidade predita se mostrou útil, pois conseguiu codificar fragmentos estruturais importantes para classificar compostos em inibidores ou não inibidores de CYP3A4. Como conclusões foram desenvolvidos e validados diversos modelos de QSAR para prever a interação com a enzima CYP450 que podem ser úteis nos estágios iniciais do desenvolvimento de novos fármacos. O próximo passo será a disponibilização online dos modelos obtidos no servidor do LabMol (http://labmol.farmacia.ufg.br).

Submitted by Luanna Matias (lua_matias@yahoo.com.br) on 2015-02-06T18:00:08Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Paula Francinete Faustino da Silva - 2014..pdf: 2636030 bytes, checksum: 541cdc7c62049af013a9e3343fd197d1 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2015-02-19T14:26:49Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Paula Francinete Faustino da Silva - 2014..pdf: 2636030 bytes, checksum: 541cdc7c62049af013a9e3343fd197d1 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-02-19T14:26:50Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Paula Francinete Faustino da Silva - 2014..pdf: 2636030 bytes, checksum: 541cdc7c62049af013a9e3343fd197d1 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2014-04-30 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Goiás - FAPEG / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / Nearly 60% of the Paracoccidioides genes encode proteins annotated as hypothetical proteins or predicted proteins (HPs). Transcriptomes studies revealed 2364 HPs expressed in mycelium and yeast form; during the transition from mycelium to yeast; and under conditions that mimic the infection pathway. In this study, we describe a global detection and functional inference for the HPs in Paracoccidioides. For these analysis we used computational methods based on sequence similarity, search for targeting signals, presence of known protein domains and also a functional classification based on Gene Ontology. Our analysis allowed the HPs to be classified into different functional categories such as metabolism, organelle organization, cell communication, protein localization, cell cycle, signaling and cell differentiation. We also performed a functional enrichment analysis of the transcripts expressed under different growth conditions. The best represented functional domains are those involved in the regulation of gene expression, suggesting that these HPs may be involved in regulation of the gene response and adaptation. The transcriptional profiling of six HPs confirms that they are highly expressed in the presence of human blood and plasma and also during phase transition, a crucial event for establishment of the infection process. Additionally, we have cloned and expressed the gene encoding the hypothetical protein PAAG_08614 from Pb01. The transcript and protein expression were evaluated by qPCR e western-blot, respectively. PAAG_08614 is preferentially expressed in mycelium and during mycelium to yeast transition. This work constitutes the first large-scale characterization of the proteins of unknown functional from Paracoccidioides spp. and helps the functional assignment of hypothetical proteins, as well as the understanding of the data generated from structural and functional genome. / Aproximadamente 60% dos genes de Paracoccidioides ssp. codificam proteínas anotadas como proteínas hipotéticas ou proteínas preditas (HPs). Estudos Transcricionais revelaram 2.364 HPs foram expressas nas fases de micélio e levedura; durante a transição de micélio para levedura; e em condições que mimetizam as vias de infecção. Neste estudo, descrevemos uma detecção global e inferência funcional para as HPs de Paracoccidioides. Para essas análises foram utilizados métodos computacionais baseados na similaridade de sequência, procurar de peptídeos de sinais, presença de domínios de proteínas conhecidas e também uma classificação funcional baseada no Gene Ontology. Nossa análise permitiu a classificação das HPs em diferentes categorias funcionais, tais como o metabolismo, organização de organela, comunicação celular, localização de proteínas, ciclo celular, sinalização e diferenciação celular. Também realizamos uma análise de enriquecimento funcional dos transcritos expressos em diferentes condições de cultivo. Os domínios funcionais mais bem representados são os envolvidos na regulação da expressão gênica, o que sugere que estas proteínas estão envolvidas na regulação da resposta e adaptação do fungo às diferentes condições impostas pelo ambiente. A análise do perfil transcricional de seis HPs confirmou que elas são altamente expressas na presença de sangue e de plasma humano e também durante a fase de transição, um evento crucial para o estabelecimento do processo de infecção. Adicionalmente, o gene que codifica a proteína hipotética de PAAG_08614 de Pb01 foi clonado e expresso. A expressão dos transcritos e proteínas foram avaliadas por qPCR e western-blot, respectivamente. A PAAG_08614 é preferencialmente expressa na fase de micélio e durante a transição micélio para levedura. Este trabalho representa a primeira caracterização em grande escala das proteínas de função desconhecida de Paracoccidioides spp. e ajuda na atribuição funcional de proteínas hipotéticas, assim como uma melhor compreensão dos dados gerados a partir do genoma estrutural e funcional.

Segundo a Organização Mundial de Saúde, a hipertensão arterial é responsável por uma crise global de saúde pública, sendo as doenças cardiovasculares implicadas em aproximadamente 17 milhões de mortes/ano, das quais, 9,4 milhões ocasionadas por complicações provocadas pela hipertensão, como edema pulmonar. Quanto ao arsenal terapêutico disponível, a furosemida, potente diurético de alça, é amplamente utilizada em situações de controle e emergência relacionadas à hipertensão e ao edema pulmonar cardiogênico. Apesar do elevado índice de sua prescrição, esse fármaco pertence à classe IV do Sistema de Classificação Biofarmacêutica (SCB), apresentando absorções intestinais erráticas e variáveis. Tais características representam desafio para o desenvolvimento de formas farmacêuticas orais. Assim, adoção de tecnologias inovadoras associadas à via de administração pulmonar pode permitir abordagem terapêutica alternativa, com elevado potencial de aplicação. Entre as tecnologias inovadoras, a obtenção de nanocristais de fármacos classes II e IV tem sido promissora. Nanocristais podem exibir desempenho in vivo superior quando comparados aos seus homólogos, na forma micronizada. Portanto, estratégias que permitam o desenvolvimento de medicamentos contendo furosemida, com maior eficácia e segurança, são de fundamental importância. Nesse sentido, a aplicação de tecnologia in silico, com propriedade preditiva, contribui para a racionalização de ensaios na pesquisa e no desenvolvimento de novas formas farmacêuticas. Objetivou-se, desse modo, a preparação e a caracterização físico-química de nanocristais de furosemida e sua avaliação in silico na absorção oral e pulmonar empregando ferramenta computacional. Os nanocristais foram obtidos por moagem à alta energia, utilizando movimentos simultâneos de revolução/rotação. A determinação da distribuição do tamanho e a morfologia foram realizadas por difração de raios laser e microscopia eletrônica de varredura, respectivamente. As possíveis interações e/ou alterações do estado cristalino do fármaco foram investigadas por calorimetria exploratória diferencial, termogravimetria diferencial, difração de raio X e espectroscopia Raman de baixo deslocamento. Quanto à solubilidade do nanocristal, foram realizados ensaios para a determinação do aumento na solubilidade de equilíbrio e da velocidade dissolução, utilizando os métodos shake flask e velocidade de dissolução intrínseca (VDI), respectivamente. A moagem à alta energia permitiu a obtenção de nanocristais com tamanho médio trinta vezes menor (231nm) do que o tamanho inicial, na escala micrométrica (7,1 µm). Os nanocristais apresentaram estabilidade térmica. Não foram observadas interações entre os excipientes e os nanocristais, que, entretanto, exibiram estrutura cristalina menos definida, o que indica parcial amorfização do nanocristal. A solubilidade de saturação dos nanocristais aumentou aproximadamente três vezes; como consequência, houve aumento na VDI em 2,2 vezes, 1,8 vezes e 3,8 vezes, quando comparado à VDI da furosemida micronizada em meio SGF, tampão 4,5 e SIF, respectivamente. Quanto às avaliações in silico dos nanocristais, sua absorção oral revelou moderada alteração no perfil farmacocinético. Quando foi utilizada a via de administração pulmonar, os nanocristais apresentaram maior desempenho quando comparada a via de administração oral; destacando-se o aumento na Fa% e na Cmáx e a acentuada diminuição no Tmáx. Em conclusão, a plataforma tecnológica obtida tem potencial aplicação no desenvolvimento de formas farmacêuticas inovadoras para administração pulmonar de furosemida. / According to the World Health Organization, hypertension is responsible for global public health crisis, being the cardiovascular diseases involved in approximately 17 million deaths a year, of these, 9.4 million occasioned by hypertension complications such as pulmonary edema. Regarding therapeutic arsenal available, Furosemide is a potent loop diuretic widely used in control and emergency situations related to hypertension and cardiogenic pulmonary edema. Despite the high level of prescribing, this drug belongs a class IV drug, according to Biopharmaceutics Classification System (BCS), exposing erratic and variable intestinal absorption. These characteristics represent a challenge for the development of oral dosage forms. Thus, adoption of innovative technologies associated with pulmonary route of administration may allow an alternative therapeutic approach, with high potential for application. Among the new technologies, those for obtaining nanocrystals of classes II and IV drugs have been a promising approach. Nanocrystals can exhibit in vivo higher performance when compared to their counterparts in micronized form. Therefore, strategies to develop medicines containing Furosemide, with greater efficacy and safety, are of critical importance. In this sense, the application of technology in silico, with predictive property, contributes to the rationalization of testing in research and development of new dosage forms. The objectives, as a result, were the preparation and the physicochemical characterization of Furosemide nanocrystals, and it\'s in silico evaluation on oral and pulmonary absorption using a computational tool. The nanocrystals were obtained using a high-energy milling technology under simultaneous revolution/rotation motion. The determination of the size distribution and morphology was performed using laser diffraction and scanning electron microscopy, respectively. Furthermore, differential scanning calorimetry, differential thermogravimetry, X-ray diffraction and Low Shift Raman spectroscopy were performed to investigate possible interactions and changes in the crystalline state of the nanocrystals. To measure the increase in the equilibrium solubility and dissolution rate, the shake flask and intrinsic dissolution rate (IDR) methods were used respectively. The nanocrystals size appeared thirty times lower (231 nm) compared to the initial size (7,1 µm). The nanocrystals were stable with concern to its thermal characteristic not showing interactions between the excipients and the nanocrystals; however, they exhibited less defined crystal structure, indicating partial amorphization. The nanocrystals saturation solubility increased approximately three times. Consequently, 2.2, 1.8 and 3.8 folds increase were observed in IDR when compared to the Furosemide raw material in SGF, buffer 4.5 and SIF, respectively. The in silico nanocrystal studies revealed moderate changes in its oral absorption and pharmacokinetic profile. When the pulmonary route of administration was used, the nanocrystals showed higher performance compared to oral route administration; highlighting the increase in Fa % and Cmax and a significant decrease in Tmax. In conclusion, the technology platform obtained has potential application in the development of innovative dosage forms for Furosemide pulmonary delivery.

Submitted by Cristhiane Guerra (cristhiane.guerra@gmail.com) on 2017-02-01T13:46:41Z No. of bitstreams: 1 arquivototal.pdf: 2056832 bytes, checksum: dd1f04e5a02bdef6bb3220514f057563 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-01T13:46:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1 arquivototal.pdf: 2056832 bytes, checksum: dd1f04e5a02bdef6bb3220514f057563 (MD5) Previous issue date: 2016-10-25 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / The incidence of vulvovaginal fungal infections has increased dramatically over the last decades, therefore being the second most common cause of vulvovaginal candidiasis (VVC) placed after bacterial vaginosis diagnosed in 40% of the women with vaginal discharge. The increasing resistance of micro-oganismos pathogens to existing antimicrobial market has driven the search for new therapeutic alternatives, such as natural herbal products belonging to various families of the plant kingdom, such as Poaceae and Myrtaceae, which are presented as a viable solution due to the low cost and easy access of the population. Highlighted, the genus Cymbopogon and the Eucalyptus plants is one of the main sources of biologically active molecules, among them the monoterpenes holds a huge biological potential of human interest. However, the research of plant-derived compounds with pharmacological properties must always be attached to toxicity studies in order to show the absence of these substances harm to the human body. Given this context, it has studied the biological activity of enantiomers (R)-(+)- and (S)-(-)-citronellal against C. albicans and C. tropicalis strains derived from in vitro vulvovaginal secretions, as well as the parameters toxicological to predict the theoretical oral toxicity in silico. To achieve the antimicrobial in vitro studies; determination of minimum inhibitory concentration (MIC) and minimum fungicidal concentration (MFC) was used microdilution test. Also it was applied to disk diffusion technique on solid medium for comparative study of antifungal resistance/sensitivity profile used in the treatment of vulvovaginal candidiasis isolated and associated with monoterpenes studieds. The MIC's and MFC's of the (R)-(+)- and (S)-(-)-citronellal to 90% of fungal strains were respectively (R)MIC90% 16μg/mL and (R)MFC90% 32μg/mL; (S)MIC90% 64μg/mL and (S)MFC90% 128μg/mL (Strong antifungal activity against C. albicans and C. tropicalis). Were observed high resistance of C. albicans to fluconazole and itraconazole 12 (92.30%) strains. However, this resistance was reversed in 9 (75%) and 7 (58.33%) respectively, when combined with (R)-(+)-citronellal and 6 (50%) in combination with (S)-(-)-citronellal. Furthermore, it was also observed C. tropicalis high resistance to amphotericin B, itraconazole and miconazole. However, the resistance was reversed to amphotericin B and itraconazole, as a result of the synergistic effect in 2 (66.65%) of yeast. For miconazole resistance was reversed in 3 (100%) of the strains for both enantiomers. In the in silico analysis, both enantiomers have good oral bioavailability theoretically, however, a potential irritant was observed as possible toxic effect on these monoterpenes. In conclusion, these results suggest that the (R)-(+)- and (S)-(-)-citronellal have antimicrobial effect, and which also exert effect modifier activity when antifungal agents in combination. However, although presenting good oral bioavailability theoretically, the varied toxicological profile suggests the need to assess the risk-benefit of this compound in the production of a new antifungal drug, by conducting in vivo trials. / A incidência de infecções fúngicas vulvovaginais aumentou dramaticamente ao longo das últimas décadas, constituindo assim a segunda causa mais comum de candidíase vulvovaginal (CVV) após a vaginose bacteriana diagnosticada em 40% das mulheres com corrimento vaginal. O aumento da resistência dos micro-organismos patógenos aos antimicrobianos existentes no mercado tem impulsionado a busca de novas alternativas terapêuticas, como os produtos naturais a base de plantas pertencentes a várias famílias do reino vegetal, como por exemplo a Poaceae e a Myrtaceae, que se apresentam como uma solução viável devido ao baixo custo e fácil acesso da população. Em destaque, as plantas do gênero Cymbopogon e Eucalyptus constitui uma das principais fontes de moléculas biologicamente ativas, dentre elas os monoterpenos são detentores de um enorme potencial biológico de interesse humano. No entanto, as pesquisas de compostos derivados de plantas com propriedades farmacológicas devem sempre ser unida aos estudos toxicológicos, afim de se comprovar a ausência de malefícios destas substâncias ao organismo humano. Diante deste contexto, foi estudado a atividade biológica dos enantiômeros (R)-(+)- e (S)-(-)-citronelal contra cepas de C. albicans e C. tropicalis oriundas de secreções vulvovaginais in vitro, bem como os parâmetros toxicológicos para a previsão da toxicidade oral teórica in silico. Para a realização dos estudos antimicrobianos in vitro; determinação da concentração inibitória mínima (CIM) bem como da concentração fungicida mínima (CFM), utilizou-se o teste de microdiluição. Também foi aplicada a técnica de disco-difusão em meio sólido para estudo comparativo do perfil de resistência/sensibilidade a antifúngicos utilizados na terapêutica da candidíase vulvovaginal isolados e associados aos monoterpenos em estudo. As CIM’s e as CFM’s dos enantiômeros (R)-(+)- e (S)-(-)-citronelal para 90% das cepas fúngicas foram respectivamente (R)CIM90% 16μg/mL e (R)CFM90% 32 μg/mL; (S)CIM90% 64μg/mL e (S)CFM90% 128 μg/mL (forte atividade antifúngica contra C. albicans e C. tropicalis). Foram constatados alta resistência de C. albicans ao fluconazol e ao itraconazol 12 (92.30%) das cepas testadas. Mas, essa resistência foi revertida em 9 (75%) e 7 (58.33%) respectivamente, quando em associação com o (R)-(+)-citronelal e em 6 (50%) em combinação com o (S)-(-)-citronelal. Além disso, também foi observado alta resistência de C. tropicalis a anfotericina B, itraconazol e miconazol. Porém a resistência foi revertida para a anfotericina B e para o itraconazol, resultado do efeito sinérgico em 2 (66.65%) das leveduras. Para o miconazol a resistência foi revertida em 3 (100%) das cepas para ambos os enantiômeros. Na análise in silico, ambos os enantiômeros apresentaram boa biodisponibilidade oral teórica, no entanto, um potencial irritante foi observado como possível efeito tóxico para estes monoterpenos. Em conclusão, estes resultados sugerem que os enantiômeros (R)-(+)- e (S)-(-)-citronelal apresentam efeito antimicrobiano, e que também exercem efeito modificador de atividade aos agentes antifúngicos quando em combinação. No entanto, embora tenha apresentado boa biodisponibilidade oral teórica, o perfil toxicológico variado sugere a necessidade em avaliar o risco-benefício desse composto na produção de um novo medicamento antifúngico, por realização de ensaios in vivo.

A solução fixadora a partir do formaldeído permanece ate os dias de hoje como o composto fixador \"padrão ouro\" para trabalho de rotina. Porém, este é classificado como cancerígeno para os seres humanos e , portanto, representa um risco para qualquer pessoa manusear. Assim, a busca por substitutos tem sido motivada, e, mais recentemente, surgiram algumas soluções alternativas com potencial para substituí-lo. A maioria destas soluções alternativas são à base de álcool , e a maior parte delas são apenas para amostras microscópicas. A partir do conhecimento de ácido tânico para estabilizar a elastina e o colágeno, diluído em glutaraldeído, para microscopia eletrônica, bem como para próteses biológicas, emerge a ideia de uma nova solução fixadora alcoólica, contendo ácido tânico como componente principal. Em análises microscópicas coração, cérebro, intestino e rins foram coletados e preservados sendo armazenados em diferentes soluções fixadoras (10 % de formalina v/v, 70 % de álcool e solução alcoólica de ácido tânico), e preparado para procedimentos histológicos de rotina. Adicionalmente, ratos wistar inteiros foram fixados com a solução alcoólica de ácido tânico ou formalina e estudantes de medicina que praticam dissecção há pelo menos 2 anos ou mais, dissecaram estes espécimes durante o curso de dissecação, como uma alternativa para adquirir habilidades básicas de cirurgia e responderam a um questionário detalhado que inferia sobre a qualidade da peça a ser dissecada. A toxicidade do composto foi analisada por ensaio \"in silico\" para o sistema respiratório e a cutis. A análise microscópica mostrou que solução à base de ácido tânico pode ser melhor que os outros fixadores comuns testados diversos parâmetros, e houve diferença entre os tecidos analisados. Entretanto, o resultado microscópico mais importante foi que esta nova solução possui forte capacidade de preservar e estabilizar a elastina e o colágeno, demonstrando resultados melhores em relação aos outros fixadores. Os resultados macroscópicos revelaram também uma superioridade da solução de ácido tânico em diversos parâmetros analisados, como odor, textura e flexibilidade durante dissecção. A toxicidade da solução de ácido tânico para cútis e sistema respiratório foi considerada moderada em relação à formalina que é considerada altamente tóxica. Concluímos que a solução fixadora de ácido tânico é eficaz para macro e para microscopia, é menos tóxica do que o formaldeído e inodora. Portanto, pode ser uma alternativa real para a evitar a utilização de formol, diminuindo os fatores de risco durante a manipulação de cadáveres e tecidos fixados. / The fixative solution from the formaldehyde remains until nowadays as the \"gold standard\" for routine work fixative compounds. Nevertheless, it is classified as carcinogenic to humans and, therefore, represents a risk to anyone handling the solution. Thus, the search for formaldehyde substitutes has been motivated, and more recently, some alternative solutions with potential to replace it have appeared. Most of these alternative solutions are alcohol-based, and most of them are only for microscopic specimens. From the knowledge that tannic acid diluted in glutaraldehyde can stabilize elastin and collagen for electron microscopy as well as for bioprotheses, emerge the idea for a new alcoholic fixative solution, containing tanic acid as the main component. For microscopical analyses heart, brain, intestine and kidneys were collected and preserved in different fixative solutions (10% v/v regular formalin, 70% alcohol and tannic acid alcoholic solution), and prepared for routine histology procedures. Additionally, whole wistar rats were fixed in the tanic acid alcohol-based solution or formalin and medicine students, who practice dissection for at least 2 or more years, dissected the rats during the dissection course, as an alternative to acquire basic surgery skills and answered a detailed questionnaire about the quality of dissected specimen. The toxicity of the compound was analyzed by in silico tests for cutais and respiratory system. The microscopial analysis showed that tannic acid based solution could be better than others common fixatives as tested in several parameters, and there are differences among tissues. Moreover, the most important microscopic result was that this new solution showed a strong capability to preserve and stabilize elastin and collagen, shppwing better results in relation to other analysed fixatives. The macroscopial analyses also showed better results of tannic acid solution for several parameters, as odor, texture and flexibility during dissection. The toxicity of tannic acid solution for skin and respiratory system was considered moderate in relation to formaldehyde, which is considered highly toxic. We conclude that tanic acid solution is efficient to preserve tissues for macroand microscopical studies, is less toxic than formaldehyde and odorless. Therefore, it could be a real alternative to avoid the regular use of formalin, decreasing risk factors to the ones manipulating fixed corpses and tissues.

Submitted by Geandra Rodrigues (geandrar@gmail.com) on 2018-03-28T11:47:33Z No. of bitstreams: 0 / Approved for entry into archive by Adriana Oliveira (adriana.oliveira@ufjf.edu.br) on 2018-03-28T17:39:03Z (GMT) No. of bitstreams: 0 / Made available in DSpace on 2018-03-28T17:39:03Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2018-02-20 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / As leishmanioses são um conjunto de doenças infecciosas causadas por protozoários do gênero Leishmania sp, responsáveis por um grande impacto socioeconômico mundial. Os tratamentos disponíveis para leishmanioses são limitados por apresentarem alta toxicidade, administração parenteral prolongada, alto custo e efeitos colaterais. Os esteroides constituem um grupo de compostos bastante diversificados com variada aplicabilidade na farmacologia. No entanto, a atividade antileishmanial desta classe ainda é pouco explorada. No presente trabalho, investigamos os efeitos antileishmanial de derivados sintéticos do colesterol e dos ácidos biliares cólico e desoxicólico. Além disso, determinamos, in vitro, possíveis alvos/alterações celulares importantes na atividade biológica do composto mais promissor, bem como analisamos in silico sua biodisponibilidade oral e propriedades farmacocinéticas. A atividade antipromastigota em Leishmania sp e citotoxicidade em macrófagos peritoneais foram determinadas pelo método colorimétrico MTT. A atividade antiamastigota foi avaliada em macrófagos infectados com L. amazonensis RFP após 72 horas de tratamento através de fluorimetria. Os efeitos do melhor composto em alvos celulares foram realizados utilizando marcação fluorescentes em promastigotas tratadas, e as análises in silico foram realizadas através de uma simulação computacional. Em uma análise geral dos resultados obtidos pelos testes in vitro, observa-se que entre os derivados esteroidais testados neste trabalho, os derivados do ácido desoxicólico apresentaram o melhor efeito antileishmanial para as formas promastigotas e amastigotas in vitro. Dentre esta série de compostos, o composto 11d (CI50 = 15,04 μM) é o mais seletivo para amastigotas de L. amazonensis (IS >9,78) e o mais específico para a forma intracelular desta espécie. Este composto tem como provável alvo celular a mitocôndria, aumentando a produção de EROs e diminuindo o potencial de membrana mitocondrial. Além do mais, o composto mostrou causar danos no conteúdo de DNA do parasito. Estudos das propriedades físico-químicas e farmacocinéticas do composto 11d mostrou que ele possui capacidade de permear por membranas biológicas sendo possível a administração por via oral. / Leishmaniasis is a group of infectious diseases caused by protozoa of the genus Leishmania sp, responsible for a great socioeconomic impact worldwide. The available treatments for leishmaniasis are limited because they present high toxicity, parenteral administration, high cost and side effects. Steroids are a diversified group of compounds with varied applicability in pharmacology. However, the antileishmanial activity of this class is still little explored. In the present work, we investigated the antileishmanial effects of groups of steroidal derivatives: cholesterol; colic and deoxycholic acid. In addition, we determined, in vitro, possible important cellular targets/alterations in the biological activity of the most promising compound and in silico analysis of its oral bioavailability and pharmacokinetics. The antipromastigote activity in Leishmania sp and cytotoxicity in peritoneal macrophages were determined by the colorimetric method MTT. The antiamastigote activity was evaluated in with L. amazonensis-infected macrophages after 72 hours of treatment. The effects of the best compound on promastigote targets were performed using fluorescent labeling on treated promastigotes, and in silico analyzes were performed using computational tools. In a general analysis of the results obtained by the in vitro tests, it is observed that among the steroid derivatives tested in this work, the derivatives of deoxycholic acid presented the best antileishmanial effect for the promastigote and amastigote forms in vitro. Among this series of compounds, compound 11d (IC50 = 15.34 μM) is the most selective for L. amazonensis (SI>9.78) and the most specific for the intracellular form of this species. This compound has as probable cellular target the mitochondria, increasing the ROS production and decreasing the ΔΨm. Moreover, the compound has been shown to cause damage to the DNA content of the parasite. In silico studies of the physicochemical and pharmacokinetic properties of compound 11d showed that it has the ability to permeate through biological membranes and oral administration is possible.

Made available in DSpace on 2014-08-20T14:38:49Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese_marco_andre_paldes_da_costa.pdf: 3629797 bytes, checksum: cb9f7519cccc3939652d2f7422468afc (MD5) Previous issue date: 2012-02-28 / Cattle (Bos taurus) represent an important phylogenetic resource for understanding of evolutionary aspects and complex traits. On its genome, microsatellites repeats constituted the basis for genotyping in different studies as the genetic mapping. So, this study has by aim to describe the distribution of these sequences along of the taurine bovine genome, ascribing to them structural and functional annotation, besides supply a resource for that such information may assist future investigations on these regions. With a genomic coverage estimated at 0.8%, around 1.3 million loci were identified, of which 90.5% classified as perfect. Monomers occurred in greater number and frequency, followed by tetramers, dimers, trimers, pentamers and hexamers. However dimers and pentamers contributed in density more than tetramers. Regardless of the type of repetition, always the largest proportion of repetitive stretches distributed on IG, Introns and GPG regions. Nevertheless, density and frequency on PR and 5'UTR overcame IG. Through of these descriptors similarities could be observed between IG, Introns and 3'UTR, as too for PR and 5'UTR. Annotation for biological process, molecular function and cellular component were super-represented in genes harboring repetitive sequences. Using mapping references, as gene annotation, STS, SNPs and other repetitive elements already described, the Pampeano Animal Genetic Resources online platform provides an important resource for that the information gathered can to assist the planning of new approaches, in especial to obtaining molecular markers destinated to selection of traits of interest to the genetic improvement of the species. / Bovinos (Bos taurus) representam um importante recurso filogenético para compreensão de aspectos evolutivos e características complexas. Sobre seu genoma, repetições microssatélites constituíram a base para genotipagem em diferentes estudos, como o mapeamento genético. Assim, esse trabalho teve por objetivo descrever a distribuição destas sequências ao longo do genoma bovino taurino, atribuindo a elas anotação estrutural e funcional, além de disponibilizar um recurso para que tal informação possa auxiliar investigações futuras sobre tais regiões. Com uma cobertura genômica estimada em 0,8%, cerca de 1.3 milhões de loci foram identificados, dos quais 90,5% classificados como perfeitos. Monômeros ocorreram em maior número e frequência, seguidos por tetrâmeros, dímeros, trímeros, pentâmeros e hexâmeros. Contudo dímeros e pentâmeros contribuíram em densidade mais que tetrâmeros. Independente do tipo de repetição, sempre a maior proporção dos trechos repetitivos distribuíram-se sobre regiões IG, Introns e GPG. Apesar disso, densidade e frequência em 5 UTR e PR superaram IG. Através desses descritores semelhanças puderam ser evidenciadas entre IG, Introns e 3 UTR, como também para PR e 5 UTR. Anotações para processo biológico, função molecular e componente celular estavam super-representadas em genes abrigando sequências repetitivas. Utilizando referências de mapeamento, como anotação gênica, STS, SNPs e outros elementos repetitivos já descritos, a plataforma on-line Pampeano Animal Genetic Resources fornece um importante recurso para que a informação reunida possa auxiliar o planejamento de novas abordagens, em especial para obtenção de marcadores moleculares destinados a seleção de características de interesse ao melhoramento genético da espécie.

La télangiectasie hémorragique héréditaire (HHT) est une maladie rare (1/10.000). Son incidence est plus élevée (pouvant atteindre 1/1000) dans certaines zones géographiques dont la région Poitou-Charentes. Cette maladie autosomique dominante est causée par des mutations d'un des trois gènes identifiés ENG, ACVRL1 et SMAD4 codant pour des protéines de la voie BMP spécifiquement exprimés dans les cellules endothéliales. Le nombre croissant de mutations détectées chez les patients et l'expressivité variable de certaines mutations nous a ammené à déterminer les conséquences de mutations afin d'établir une corrélation génotype/phénotype. Cette corrélation est importante pour le conseil génétique et évidemment le diagnostic prénatal. Dans ce contexte, nous avons étudié aux niveaux cellulaire et moléculaire les effets de plusieurs mutations. L'effet délétère de ces mutations sur la protéine et/ou l'épissage de l'ARN a été évalué. Nous avons montré que sur les 23 mutations d'ACVRL1 : 1) 18 mutations faux-sens affectent la fonctionnalité de la protéine en réponse à BMP9 et 3 mutations sont de simples polymorphismes, 2) la mutation exonique c.733A>G (p.Ile245Val) affecte l'épissage de l'exon 6, 3) La mutation c.1048+5G>A de l'intron 7 en dehors du site consensus induit un épissage aberrant de l'exon 7. En ce qui concerne l'ENG, nous avons analysé 4 mutations et nous avons montré que la mutation c.1088G>A (p.Cys363Tyr) a un impact sur l'activité du récepteur et que les mutations c.1134G>A (p.Ala378Ala) et c.1060C>T (p.Leu364Leu) altèrent l'épissage de l'exon 8. Ce travail montre l'importance de l'étude approfondie de toute nouvelle mutation par des études in silico, in vitro et in cellulo à différents niveaux cellulaires. Des études in vivo ultérieures peuvent compléter et appuyer la stratégie expérimentale que nous avons suivie. / Hereditary hemorrhagic telangiectasia (HHT) is a rare disease (1/10.000). Its incidence is higher in certain geographic areas including the Poitou-Charentes region (1/1000). This autosomal dominant disease is caused by mutations in one of three identified genes ENG, ACVRL1 and SMAD4 encoding BMP pathway proteins specially expressed in endothelial cells. The increasing number of mutations detected in patients and the variable expressivity of certain mutations has taken us to determine the consequences of mutations to establish a genotype/phenotype correlation. This correlation is important for genetic counseling and obviously for prenatal diagnosis. In this context, we investigated the effects of several mutations at the cellular and molecular levels. The deleterious impact of these mutations on the protein and/or RNA splicing was evaluated. We have shown that for the 23 mutations of ACVRL1: 1) 18 missense mutations affect the functionality of the protein in response to BMP9 and 3 are polymorphisms, 2) exonic mutation c.733A>G (p. Ile245Val) affects the splicing of the exon 6, 3) mutation c.1048+5G>A in intron 7 off the consensus site induces an aberrant splicing of exon 7. Concerning the ENG, we analyzed 4 mutations and we showed that the mutation c.1088G> A (p.Cys363Tyr) has an impact on the activity of the receptor and that the mutations c.1134G> A (p.Ala378Ala) and c.1060C> T (p.Leu364Leu) inhibit the splicing of exon 8. This work shows the importance of the comprehensive study of any new mutation by in silico, in vitro and in cellulo studies at different cellular levels. The in vivo studies can further complement and support the experimental strategy that we followed.

Il est admis que le Transforming Growth Factor-bêta (TGF-ß) est athéroprotecteur. Son apport bénéfique dans l'athérosclérose semble être contrarié par l'Interleukine-1-bêta (IL-1ß) qui est l'archétype des cytokines pro-inflammatoires. Notre but est, d'une part, de comprendre la régulation transcriptionnelle du TGF-ß dans les cellules musculaires lisses vasculaires (CMLv) humaines, dans l'athérome carotidien humain à partir des données du transcriptome obtenues sur 32 patients à la fois dans les plaques athéromateuses (ATH) et dans le tissu avoisinant macroscopiquement sain (TMS) et, d'autre part, d'étudier l'antagonisme des effets du TGF-ß et de l'IL-1ß sur des CMLv en culture provenant du TMS. Nous avons abordé nos problématiques par deux approches : (1) une analyse bioinformatique de données transcriptomiques issues de biopuces. (2) une étude in vitro sur des CMLv de la carotide humaine. in vitro. Grace à l'analyse in silico nous avons montré que l'implication de KLF6 dans la transcription du TGFB1 était assez spécifique des cellules musculaires lises vasculaires (CMLv). Nos résultats permettent également de proposer de nouveaux FT potentiels, spécifiques des CMLv (SLC2A4RG, GABP et SALL2), qui pourraient favoriser le rôle athéroprotecteur de TGFB1 dans les CMLv de la carotide. Enfin, il semble qu'il existe un équilibre entre les FT activateurs ou inhibiteurs de l'expression de TGFB1 qui permet d'en moduler finement la transcription. Notre approche in vitro, à montre que l'IL-1ß induisait un phénotype inflammatoire associé à une activité élastolytique consécutive, pour l'essentiel, à l'augmentation de l'expression de la cathépsine S (CTSS). La neutralisation du TGF-ß endogène dé-réprime l'expression de la CTSS et exerce un effet additif à celui de l'IL-1ß sur l'expression de l'enzyme. En conclusion, l'expression du TGFB1 dans les CMLv étant soumise à un contrôle transcriptionnel spécifique du type cellulaire, il est envisageable de développer des approches pharmacologiques qui permettent de maintenir l'expression du TGFB1 dans la paroi artérielle au niveau requis pour qu'il y exerce ses effets athéroprotecteurs / It is accepted that the TGF-β is atheroprotective. Its beneficial contribution atherosclerosis seems to be opposed by IL -1β that is the archetype of the pro-inflammatory cytokines. Our goal is, first, to understand the transcriptional regulation of TGF-β in human vSMCs in carotid atherosclerosis from the transcriptomic data obtained from 32 patients in both atherosclerotic plaques (ATM) and in the adjacent macroscopically intact tissue (MIT) and, secondly, to study the antagonism of the effects of TGF-β and IL-1β on vSMCs cultured from MIT samples. We followed two approaches: (1) a bioinformatic analysis of transcriptomic data from the microarrays; (2) an in vitro study of the human vSMCs. In silico, we have shown that the involvement of KLF6 in the transcription of TGFB1 was specific to the vSMCs. Our results also identify potential new transcription factors (SLC2A4RG, GABP and SALL2) that are vSMC-specific and could promote the atheroprotective role of TGFB1 in carotid vSMCs. The balance between the FT activating or inhibiting the expression of TGFB1 allows the fine tuning of its transcription. Our in vitro approach showed that IL-1β induces in the vSMCs an inflammatory phenotype associated with an elastolytic activity resulting mainly from the increase in the expression of cathepsin S (CTSS). Neutralization of endogenous TGF-β in the vSMCs de-represses the expression of the CTSS and exerts an additive effect to that of IL-1β on the expression of the enzyme. In conclusion, the expression of TGFB1 in the vSMCs is submitted to a cell-specific transcriptional control. It is possible to develop pharmacological approaches that maintain the expression the expression of TGFB1 in the arterial wall at the level required allowing TGF-β1 to exert its atheroprotective effects