O Actinobaculum suis é um dos principais micro-organismos relacionados a infecções de trato urinário em fêmeas suínas. As características de crescimento deste agente dificultam o isolamento bacteriano tradicional, o que pode tornar a sua prevalência subestimada. Este estudo teve por objetivos desenvolver a reação em cadeia pela polimerase (PCR) para detecção do A. suis, avaliar a sensibilidade e especificidade desta técnica e comparar seu desempenho com o isolamento bacteriano. Além disso, as cepas isoladas foram caracterizadas através do polimorfismo de comprimento de fragmentos amplificados (AFLP) e submetidas à determinação da concentração inibitória mínima para caracterização dos perfis de susceptibilidade antimicrobiana. Foram analisados 45 suabes prepuciais de machos e 192 urinas de fêmeas suínas provenientes de três granjas. Os resultados indicaram que a PCR desenvolvida foi específica para o A. suis e apresentou limiar de detecção entre 1,0 X 101 UF/mL e 1,0 X 102 UFC/mL. A frequência de A. suis encontrada através da PCR foi de 82,2% (37/45) nos suabes prepuciais e de 8,9% (17/192) nas urinas de fêmeas. No que se refere ao isolamento, nenhuma das amostras de urina foi positiva para o agente, enquanto 31,1% (14/45) dos suabes foram positivos. A partir das amostras positivas isoladas dos suabes prepuciais foram selecionadas 20 cepas de A. suis. Os perfis de susceptibilidade entre estas cepas foram semelhantes, no entanto diferiram dos isolados utilizados como controle e provenientes de uma fêmea com infecção urinária. A técnica de PCR foi mais eficiente que o isolamento na identificação de amostras positivas para A. suis. Através do AFLP com uma única enzima foi possível caracterizar todos os isolados e relacionar os dados obtidos com a origem das cepas e o perfil de resistência. Até o presente não há relatos na literatura de caracterização genotípica de A. suis através do AFLP ou detecção do agente através da PCR. / Actinobaculum suis is an important agent related to urinary infection in swine females. The growth characteristics of this agent hamper the traditional bacterial isolation, which can make their prevalence underestimated. The purpose of this study was to develop the polymerase chain reaction (PCR) for Actinobaculum suis detection, to evaluate the sensitivity and specificity of this technique and compare the results with bacterial isolation. Moreover, the isolates were characterized by amplified fragment length polymorphism (AFLP) and subjected to determination of minimum inhibitory concentration for characterization of the antimicrobial susceptibility profiles. Forty-five preputial swabs from boars and a hundred and ninety-two urine samples from sows of three herds were analyzed. The results indicate that the developed PCR was specific for A. suis, presenting a limit detection between 1.0 X 101 UFC/ml and 1.0 X 102 UFC/ml. A.suis frequency by PCR was 82.2% (37/45) in male preputial swabs and 8.9% (17/192) in females urine. Through traditional isolation, none of the urine samples were positive, while A.suis growing was observed in 31.1% (14/45) of the swabs. From the positive samples of the preputial swabs were selected 20 A.suis strains. The susceptibility profiles among these strains were similar, but differed from the female isolates used as control. The PCR technique was more effective than isolation for the A.suis detection. The AFLP with a single enzyme was able to characterize all isolates and relate the data obtained with the strains origin and resistance profile. Until present, there are no reports of genotypic characterization of A. suis strains through AFLP or agent detection by PCR.

Submitted by Biblioteca da Faculdade de Farmácia (bff@ndc.uff.br) on 2017-04-03T17:52:51Z No. of bitstreams: 1 Araujo, Fernanda Miranda de [Dissertação, 2011].pdf: 1770084 bytes, checksum: 02dc9fe25e679414ba90c97935473f41 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-03T17:52:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Araujo, Fernanda Miranda de [Dissertação, 2011].pdf: 1770084 bytes, checksum: 02dc9fe25e679414ba90c97935473f41 (MD5) / Objetivo. Descrever a prevalência de resistência a ciprofloxacino e analisar as variáveis potencialmente associadas a esta resistência em amostras de Escherichia coli isoladas de pacientes com câncer ginecológico e infecção do trato urinário (ITU). Métodos. Trata-se de uma série de casos de pacientes com ITU por E. coli assistidas no Hospital do Câncer II do Instituto Nacional do Câncer (INCA/HCII) de março de 2009 a fevereiro de 2010. Os casos foram detectados através de vigilância microbiológica no laboratório de bacteriologia clínica do INCA/HCII. As análises microbiológicas foram realizadas conforme recomendado pelo Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI). Os dados clínicos e epidemiológicos foram coletados através de revisão de prontuários. Para a avaliação das variáveis potencialmente associadas à resistência a ciprofloxacino foi feita análise multivariada por regressão logística. Resultados. Entre os 275 casos de ITU por E. coli em pacientes com câncer ginecológico incluídas no estudo, a prevalência de resistência das amostras a ciprofloxacino foi 31%. A prevalência de resistência das amostras a outros antimicrobianos como cefazolina, ceftazidima, fosfomicina, gentamicina e nitrofurantoína aumentou significativamente (p≤0,05) ao longo do período. Não foi detectada resistência a amicacina e carbapenemas. Duas amostras foram produtoras de b-lactamases de espectro ampliado (ESBL). As variáveis independentemente associadas à resistência a ciprofloxacino entre as amostras de E. coli foram: presença de nefrostomia (OR: 4,83; IC95%: 1,15-20,23; p: 0,031), internação (OR: 4,00; IC95%: 1,35-11,85; p: 0,012) e uso de fluoroquinolona (OR: 3,02; IC95%: 1,28-7,91; p: 0,015) nos 3 meses anteriores ao episódio de ITU. Conclusão. A resistência ao ciprofloxacino foi elevada. Os fatores de risco para esta resistência foram aqueles relacionados à manipulação de vias urinárias, sugerindo a possibilidade de transmissão cruzada de amostras resistentes a ciprofloxacino, e o uso prévio de fluoroquinolonas / Objective. To describe the prevalence of resistance to ciprofloxacin and analyze variables potentially associated with this resistance in samples of Escherichia coli isolated from patients with gynecological cancer and urinary tract infection (UTI). Methods. A case-series was conducted between March 2009 and February 2010 at the Cancer Hospital II part of the National Cancer Institute (INCA/HCII) with patients aged over 18 years with gynecological cancer presenting UTI caused by E. coli. Cases were detected through microbiological surveillance in the laboratory of clinical bacteriology in INCA/HCII. Microbiological analyses were performed as recommended by Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI). Clinical and epidemiological data were collected through charts review. For the evaluation of variables potentially associated with resistance to ciprofloxacin the multivariate analysis were performed by logistic regression. Results. Among 275 cases of UTI caused by E. coli in patients with gynecological cancer included in the study, the prevalence of samples resistant to ciprofloxacin was 31%. The prevalence of samples resistant to other antimicrobials such as cefazolin, ceftazidima, fosfomycin, gentamicin and nitrofurantoína increased significantly (p≤0,05) during the period. It was not detected resistance to amikacin and carbapenems. Two samples were producers of extended spectrum b-lactamase (ESBL). The variables independently associated with resistance to ciprofloxacin between samples of E. coli were: undergone nephrostomy (OR: 4.83; IC95%: 1.15-20.23; p: 0.031), hospitalization (OR: 4.00; IC95%: 1.35-11.85; p: 0.012) and use of fluoroquinolone (OR: 3.02; IC95%: 1.28- 7.91; p: 0.015) in the 3 months preceding the episode of UTI. Conclusion. Resistance to ciprofloxacin was high. Risk factors for this resistance were those related to urinary tract manipulation suggesting the possibility of cross transmission of samples resistant to ciprofloxacin, and previous use of fluoroquinolones

Avaliar a associação entre as infecções genito-urinárias, o comprimento do colo uterino e a prematuridade é importante para determinar quais podem ser os fatores preditivos para o parto pré-termo. Foi realizado estudo tipo coorte de conveniência, prospectivo, avaliando 1370 gestantes na cidade de Ribeirão Preto, com idade gestacional entre 20 e 25 semanas. Aplicou-se questionário sócio demográfico com história reprodutiva para a identificação do histórico obstétrico, idade materna, paridade, tabagismo e antecedente de parto pré-termo. Foi realizada ultrassonografia endovaginal para a avaliação do comprimento do colo uterino segundo as diretrizes da Fetal Medicine Foundation (FMF). Foram coletadas amostras de urina e conteúdo vaginal para avaliar a presença de infecção urinária e vaginose bacteriana respectivamente. A associação entre infecções, comprimento do colo uterino e parto pré-termo (PPT) foi realizada mediante teste não paramétrico e o cálculo do Risco Relativo das diferentes variáveis, por meio do ajuste de modelos log-binomiais. Das 1370 mulheres grávidas avaliadas, 132(9,63%) cursaram com parto pré-termo (<37 semanas), sendo que 19 (14,4%) dos partos pré-termo ocorreram em mulheres com colo <= 2,5 cm. O estudo microbiológico determinou que no grupo das mulheres que cursaram com parto pré-termo, 15 apresentaram ITU, 19 apresentaram vaginose bacteriana (VB) e uma apresentou ITU e VB. Avaliando as 75 pacientes com PPT espontâneos, 10 apresentaram ITU e 14, VB. Após a análise destes dados, foi possível concluir que o colo uterino curto entre 20 e 25 semanas de gestação está associado ao PPT e que ITU e VB rastreadas nesta idade não se associaram ao encurtamento do colo nem ao PPT. No entanto a ITU, mesmo assintomática apresentou relação com o PPT espontâneo. / To evaluate the association between the genito-urinary infections, cervical length and preterm birth is important to determine which can be predictive factors for preterm birth. It was conducted cohort study of convenience, prospective, evaluating 1370 pregnant women in the city of Ribeirão Preto, with gestational age between 20 and 25 weeks. Applied socio-demographic questionnaire with reproductive history to identify the obstetric history, maternal age, parity, smoking and preterm birth (PTB) history. Transvaginal ultrasonography was performed for evaluation of cervical length in the guidelines of the Fetal Medicine Foundation (FMF). Urine and vaginal discharge samples were collected to evaluate the presence of urinary tract infection (UTI) and bacterial vaginosis (BV) respectively. The association between infections, cervical length and preterm delivery was performed using non-parametric test and calculate the relative risk of different variables, by adjusting log-binomial model. Of the 1370 evaluated pregnant women, 132 (9.63%) presenting with preterm delivery (<37 weeks), and 19 (14.4%) of preterm deliveries occurred in women with cervix <=2.5 cm. The microbiological study found that the group of women presenting with preterm birth(PTB), 15 had UTI, 19 had BV and one presented UTI and VB. Evaluating 75 patients with spontaneous PTB, 10 had UTI and 14, BV. After the analysis of these data, it was concluded that the short cervix between 20 and 25 weeks of gestation is associated with the PTB and UTI and VB screened at this age not associated to the shortening of the cervix or the PTB. However, the UTI even asymptomatic were related to the spontaneous PTB.

Submitted by Erika Demachki (erikademachki@gmail.com) on 2017-03-31T17:24:43Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Andrea Santana de Oliveira - 2016.pdf: 1927842 bytes, checksum: 5b65d88f78b5077ed835f4eb96131b65 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2017-04-03T12:01:56Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Andrea Santana de Oliveira - 2016.pdf: 1927842 bytes, checksum: 5b65d88f78b5077ed835f4eb96131b65 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-03T12:01:56Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Andrea Santana de Oliveira - 2016.pdf: 1927842 bytes, checksum: 5b65d88f78b5077ed835f4eb96131b65 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2016-09-30 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Staphylococcus saprophyticus is a Gram-positive bacterium responsible for genitourinary infections, mainly affecting young sexually active women. Along with Escherichia coli is responsible for 90% of infections in fertile women, however, can cause infections in men and women of all ages. The repertoire of proteins secreted by pathogenic microorganisms is used to ensure success in the establishment of infection and persistence in the host. In this sense, this study aimed to comparative characterization of extracellular proteome of 3 clinical strain of S. saprophyticus, in order to detect possible differences in the secretion of proteins related to virulence and adaptation of the microorganism. The strains used in the study are called ATCC 15305, 7108 and 9325. Ultra-Performance Liquid Chromatography coupled to Mass Spectrometry in tandem (UPLC-MSE) have identified a total of 159 proteins. Among them, 44 were found in exoproteome of 3 strain, while 20 only in strains ATCC 15305 and 7108, 11 in ATCC 15305 and 9325, and 12 in 7108 and 9325. Fifteen peptides were expressed exclusively by S. saprophyticus 9325, 21 by ATCC 15305 strain and 36 by 7108. The three strain secreted molecules with biological function related to the glycolytic pathway, such as the triosephosphate isomerase (TPI), enolase, glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (GAPDH) and fructose-bisphosphate aldolase, molecules clearly involved in extracellular processes from other pathogenic organisms, proteins known as "moonlighting". Proteins involved in defense against stress, such as catalase, alkyl hydroperoxide reductase subunit C (AhpC), superoxide dismutase (SOD), were also detected in the analysis, among others related to metabolic processes such as lactic fermentation, cell wall synthesis, protein processing, and iron metabolism. Staphylococcal secretory antigen A (SsaA), a immunogenic molecule previously detected in ATCC 15305 strain, was not detected in strain 7108, as confirmed by Western-blotting assay. PCR reactions with specific primers and genomic DNA of the 3 strains and subsequent sequencing ssaA gene, showed that the strain has the gene under conditions identical to those found in S. saprophyticus ATCC 15305 and 9325, but is not able to secrete the antigen into the extracellular milieu, under environmental conditions in study. In exoproteome S. saprophyticus 7108 was found to take a greater amount of unique proteins, including four of the class of peptidases, enzymes often identified as potential virulence factors of bacterial. Thus, the differences found in repertoire of extracellular proteins of three clinical strain of S. saprophyticus, demonstrate a metabolic flexibility used by this uropathogen to promote pathogenesis in human genitourinary tract. / Staphylococcus saprophyticus é uma bactéria Gram-positiva responsável por infecções do trato geniturinário, acometendo principalmente mulheres jovens sexualmente ativas. Junto com Escherichia coli, é responsável por 90% das infecções em mulheres férteis, entretanto, pode causar infecções em homens e mulheres de todas as idades. O repertório de proteínas secretadas por microrganismos patogênicos é utilizado para garantir sucesso no estabelecimento da infecção e na persistência dentro do hospedeiro. Nesse sentido, este trabalho teve como objetivo principal a caracterização comparativa do proteoma extracelular de 3 cepas clínicas de S. saprophyticus, com a finalidade de detectar possíveis diferenças na secreção de proteínas relacionadas à virulência e adaptação do microrganismo. As cepas utilizadas no estudo são denominadas de ATCC 15305, 7108 e 9325. Por meio da Cromatografia Líquida de Ultra Desempenho acoplada à Espectrometria de Massas in tandem (UPLC-MSE), foram identificadas um total de 159 proteínas. Dentre elas, 44 foram encontradas no exoproteoma dos 3 cepas, enquanto que 20 apenas nas cepas ATCC 15305 e 7108, 11 em ATCC 15305 e 9325, e 12 nas cepas 7108 e 9325. Quinze peptídeos foram expressos exclusivamente por S. saprophyticus 9325, 21 pelo ATCC 15305 e 36 pela cepa 7108. Os três cepas secretaram moléculas com função biológica relacionada à via glicolítica, como a triose-fosfato isomerase (TPI), enolase, gliceraldeído-3-fosfato desidrogenase (GAPDH) e frutose-bifosfato aldolase, moléculas claramente envolvidas em processos extracelulares de outros organismos patogênicos, conhecidas como proteínas “moonlighting”. Proteínas envolvidas na defesa contra o estresse, como a catalase, a alquil hidroperóxido redutase subunidade C (AhpC), a superóxido dismutase (SOD), também foram detectadas na análise, dentre outras relacionadas à processos metabólicos como fermentação lática, síntese de parede celular, processamento de proteínas e metabolismo do ferro. O antígeno estafilocócico secretado A (SsaA), uma molécula imunogênica detectada previamente na cepa ATCC 15305, não foi detectada na cepa 7108, dado confirmado por ensaio de Western-blotting. Reações de PCR com primers específicos e DNA genômico das 3 cepas e posterior sequenciamento do gene ssaA, mostrou que a cepa possui o gene em condições idênticas ao encontrado em S. saprophyticus ATCC 15305 e 9325, porém não é capaz de secretar o antígeno para o meio extracelular, nas condições ambientais em estudo. No exoproteoma de S. saprophyticus 7108 foi encontrada uma maior quantidade de proteínas exclusivas, incluindo quatro da classe das peptidases, enzimas apontadas muitas vezes como potenciais fatores de virulência bacteriana. Desta forma, as diferenças encontradas no repertório de proteínas extracelulares de 3 cepas clínicas de S. saprophyticus, demonstram uma flexibilidade metabólica utilizada por este uropatógeno em promover a patogênese no trato geniturinário humano.

Avaliar a associação entre as infecções genito-urinárias, o comprimento do colo uterino e a prematuridade é importante para determinar quais podem ser os fatores preditivos para o parto pré-termo. Foi realizado estudo tipo coorte de conveniência, prospectivo, avaliando 1370 gestantes na cidade de Ribeirão Preto, com idade gestacional entre 20 e 25 semanas. Aplicou-se questionário sócio demográfico com história reprodutiva para a identificação do histórico obstétrico, idade materna, paridade, tabagismo e antecedente de parto pré-termo. Foi realizada ultrassonografia endovaginal para a avaliação do comprimento do colo uterino segundo as diretrizes da Fetal Medicine Foundation (FMF). Foram coletadas amostras de urina e conteúdo vaginal para avaliar a presença de infecção urinária e vaginose bacteriana respectivamente. A associação entre infecções, comprimento do colo uterino e parto pré-termo (PPT) foi realizada mediante teste não paramétrico e o cálculo do Risco Relativo das diferentes variáveis, por meio do ajuste de modelos log-binomiais. Das 1370 mulheres grávidas avaliadas, 132(9,63%) cursaram com parto pré-termo (<37 semanas), sendo que 19 (14,4%) dos partos pré-termo ocorreram em mulheres com colo <= 2,5 cm. O estudo microbiológico determinou que no grupo das mulheres que cursaram com parto pré-termo, 15 apresentaram ITU, 19 apresentaram vaginose bacteriana (VB) e uma apresentou ITU e VB. Avaliando as 75 pacientes com PPT espontâneos, 10 apresentaram ITU e 14, VB. Após a análise destes dados, foi possível concluir que o colo uterino curto entre 20 e 25 semanas de gestação está associado ao PPT e que ITU e VB rastreadas nesta idade não se associaram ao encurtamento do colo nem ao PPT. No entanto a ITU, mesmo assintomática apresentou relação com o PPT espontâneo. / To evaluate the association between the genito-urinary infections, cervical length and preterm birth is important to determine which can be predictive factors for preterm birth. It was conducted cohort study of convenience, prospective, evaluating 1370 pregnant women in the city of Ribeirão Preto, with gestational age between 20 and 25 weeks. Applied socio-demographic questionnaire with reproductive history to identify the obstetric history, maternal age, parity, smoking and preterm birth (PTB) history. Transvaginal ultrasonography was performed for evaluation of cervical length in the guidelines of the Fetal Medicine Foundation (FMF). Urine and vaginal discharge samples were collected to evaluate the presence of urinary tract infection (UTI) and bacterial vaginosis (BV) respectively. The association between infections, cervical length and preterm delivery was performed using non-parametric test and calculate the relative risk of different variables, by adjusting log-binomial model. Of the 1370 evaluated pregnant women, 132 (9.63%) presenting with preterm delivery (<37 weeks), and 19 (14.4%) of preterm deliveries occurred in women with cervix <=2.5 cm. The microbiological study found that the group of women presenting with preterm birth(PTB), 15 had UTI, 19 had BV and one presented UTI and VB. Evaluating 75 patients with spontaneous PTB, 10 had UTI and 14, BV. After the analysis of these data, it was concluded that the short cervix between 20 and 25 weeks of gestation is associated with the PTB and UTI and VB screened at this age not associated to the shortening of the cervix or the PTB. However, the UTI even asymptomatic were related to the spontaneous PTB.

Made available in DSpace on 2014-07-29T15:07:54Z (GMT). No. of bitstreams: 1 dissertacao fabio henrique de oliveira.pdf: 372660 bytes, checksum: bdd44406d1a8d9f6f7d507fe16807adb (MD5) Previous issue date: 2010-02-19 / Urinary infection is a multifactorial disease, very common in swine herds worldwide, is considered a major cause of reproductive failure that adversely affect the productivity levels of swine. In control of this infection has been frequently used acidifiers the urine. The present study was to evaluate the action of two acidifying, citric acid and ammonium chloride, used to control urinary tract infection, on the physico-chemical and microbiological tests of urine, pH, color and consistency of the feces of swine females in production. We used 48 pregnant females divided into six groups: control (-): females without urinary infection; control (+): females with infection, acid (-): females without infection receiving citric acid, acid (+): infected females receiving citric acid, chloride (-): females without infection receiving ammonium chloride, chloride (+): females with infection receiving ammonium chloride. Were collected samples of urine and feces on days zero, seven and 15 of treatment to perform on the physical-chemical and microbiological analysis. The urinary variables studied were: color, odor, pH, density, protein, sediment and bacterial count. The feces samples were evaluated for pH, color and consistency. The results showed that ammonium chloride was able to reduce the urinary pH, but did not affect the other urinary parameters. Since citric acid showed effect on the color of the urine with a tendency to yellow. The citric acid reduced the bacteriology count. The two acidifiers didn t can reduce the bacterial count, demonstrating that they did not have a bactericidal or bacteriostatic action. The pH of feces increased after supplementation with citric acid and ammonium chloride / A infecção urinária é uma doença multifatorial, muito freqüente nos rebanhos suínos no mundo todo, sendo considerada uma das principais causas de falhas reprodutivas que influenciam negativamente os índices de produtividade da suinocultura. No controle desta infecção tem sido freqüentemente utilizado os acidificantes urinários. O presente trabalho foi realizado com o objetivo de avaliar a ação de dois acidificantes, ácido cítrico e cloreto de amônio, usados para controlar a infecção urinária, sobre os parâmetros físico-químicos e microbiológicos da urina, pH, coloração e consistência das fezes de matrizes suínas em produção. Foram utilizadas 48 fêmeas em gestação distribuídas em seis grupos: controle (-): fêmeas sem infecção urinária; controle (+): fêmeas com infecção; ácido (-): fêmeas sem infecção recebendo ácido cítrico; ácido (+): fêmeas com infecção recebendo ácido cítrico; cloreto (-): fêmeas sem infecção recebendo cloreto de amônio; cloreto (+): fêmeas com infecção recebendo cloreto de amônio. Foram coletadas amostras de urina e fezes nos dias zero, sete e 15 do tratamento para realização das análises físico-químicas e microbiológicas. Aos 21 dias foram coletadas amostras de urina para verificar se permanecia o efeito dos acidificantes. As variáveis urinárias estudadas foram: cor, odor, aspecto, pH, densidade, proteína, sedimento e contagem bacteriana. Nas amostras de fezes foram avaliados o pH, a coloração e a consistência. Os resultados demonstraram que o cloreto de amônio foi capaz de reduzir o pH, porém não alterou os demais parâmetros urinários. Já o ácido cítrico mostrou efeito sobre a coloração da urina com tendência para o amarelo claro. O ácido cítrico foi o único acidificante capaz de reduzir a contagem bacteriana. O pH das fezes aumentou após a suplementação com ácido cítrico e cloreto de amônio