Les crossing-overs (CO) sont indispensables dans la création variétale pour permettre l'introgression de régions d'intérêt dans les variétés agronomiques d'espèces cultivées telles que le blé tendre (Triticum aesstivum L.). Afin d'évaluer l'impact des facteurs qui influencent leur formation, nous avons entrepris une caractérisation fine de leur distribution sur le plus grand chromosome ( chromosome 3B, 995Mb) du blé tendre en s'appuyant sur la carte physique récemment développée et le séquençage de quelques régions de plusieurs mégabases. La comparaison entre une carte génétique dense (102 marqueurs) et une carte physique de délétion montre que 77% des CO sont présents dans les régions distales couvrant seuleument 25% du chromosome. La comparaison de différentes cartes génétiques montre de plus que cette distribution est conservée entre populations avec cependant des différences de taux de CO locaux entre populations mais également entre méiose mâle et femelle. Cette distribution est influencée par une interférence positive forte à des distances inférieures à 10 cM. Cependant, les faibles fréquences de CO observées au sein des régions proximales restent inexpliquées. En effet, la faible augmentation du taux de CO observée au sein des régions proximales placées en position distale suggère que la position proximale de ces régions sur le chromosome ne semble pas responsable de leur faible fréquence de CO. De plus, nous avons montré que ces faibles fréquences ne seraient pas non plus dues à une divergence de séquence entre chromosomes homologues au sein des régions proximales, la fréquence de CO étant toujours aussi faible au sein de celles-ci entre deux chromosomes homozygotes. En revanche, l'analyse à l'échelle d'une région séquencée de 3.1 Mb indique que les fréquences de CO importantes sont fortement corrélées avec la présence de gènes. L'inhibition de la formation des CO au sein des régions proximales pourrait ainsi s'expliquer par la présence de gènes en quantité moins importante dans ces régions comparées aux régions distales.

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

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Actuellement, on constate dans le domaine de la navigation, un besoin croissant de localisation par satellites. Apres une course a l'amelioration de la precision (maintenant proche de quelques centimetres grace a des techniques de lever d'ambiguite sur des mesures de phase), la releve du nouveau defi de l'amelioration de l'integrite du GNSS (GPS, Galileo) est a present engagee. L'integrite represente le degre de confiance que l'on peut placer dans l'exactitude des informations fournies par le systeme, ainsi que la capacite a avertir l'utilisateur d'un dysfonctionnement du GNSS dans un delai raisonnable. Le concept d'integrite du GNSS multi-constellation necessite une coordination au niveau de l'architecture des futurs recepteurs combines (GPS-Galileo). Le fonctionnement d'un tel recepteur dans le cas de passage du systeme multi-constellation en mode degrade est un probleme tres important pour l'integrite de navigation. Cette these se focalise sur les problemes lies a la navigation aeronautique multiconstellation et multi-systeme GNSS. En particulier, les conditions de fourniture de solution de navigation integre sont evaluees durant la phase d'approche APV I (avec guidage vertical). En disposant du GPS existant, du systeme Galileo et d'un systeme complementaire geostationnaire (SBAS), dont les satellites emettent sur des frequences aeronautiques en bande ARNS, la question fondamentale est comment tirer tous les benefices d'un tel systeme multi-constellation pour un recepteur embarque a bord d'un avion civil. En particulier, la question du maintien du niveau de performance durant cette phase de vol APV, en termes de precision, continuite, integrite et disponibilite, lorsque l'une des composantes du systeme est degradee ou perdu, doit etre resolue. L'objectif de ce travail de these est donc d'etudier la capacite d'un recepteur combine avionique d'effectuer la tache de reconfiguration de l'algorithme de traitement apres l'apparition de pannes ou d'interferences dans une partie du systeme GNSS multiconstellation et d'emettre un signal d'alarme dans le cas ou les performances de la partie du systeme non contaminee ne sont pas suffisantes pour continuer l'operation en cours en respectant les exigences de l'aviation civile. Egalement, l'objectif de ce travail est d'etudier les methodes associees a l'execution de cette reconfiguration pour garantir l'utilisation de la partie du systeme GNSS multi-constellation non contaminee dans les meilleures conditions. Cette etude a donc un interet pour les constructeurs des futurs recepteurs avioniques multiconstellation. / The International Civil Aviation Organization (ICAO) has defined the concept of Global Navigation Satellite System (GNSS), which corresponds to the set of systems allowing to perform satellite-based navigation while fulfilling ICAO requirements. The US Global Positioning Sysem (GPS) is a satellite-based navigation system which constitutes one of the components of the GNSS. Currently, this system broadcasts a civil signal, called L1 C/A, within an Aeronautical Radio Navigation Services (ARNS) band. The GPS is being modernized and will broadcast two new civil signals: L2C (not in an ARNS band) and L5 in another ARNS band. Galileo is the European counterpart of GPS. It will broadcast three signals in an ARNS band: Galileo E1 OS (Open Service) will be transmitted in the GPS L1 frequency band and Galileo E5a and E5b will be broadcasted in the same 960-1215 MHz ARNS band than that of GPS L5. GPS L5 and Galileo E1, E5a, E5b components are expected to provide operational benefits for civil aviation use. However, civil aviation requirements are very stringent and up to now, the bare systems alone cannot be used as a means of navigation. For instance, the GPS standalone does not implement sufficient integrity monitoring. Therefore, in order to ensure the levels of performance required by civil aviation in terms of accuracy, integrity, continuity of service and availability, ICAO standards define different systems/algorithms to augment the basic constellations. GPS, Galileo and the augmentation systems could be combined to comply with the ICAO requirements and complete the lack of GPS or Galileo standalone performance. In order to take benefits of new GNSS signals, and to provide the service level required by the ICAO, the architecture of future combined GNSS receivers must be standardized. The European Organization for Civil Aviation Equipment (EUROCAE) Working Group 62, which is in charge of Galileo standardization for civil aviation in Europe, proposes new combined receivers architectures, in coordination with the Radio Technical Commission for Aeronautics (RTCA). The main objective of this thesis is to contribute to the efforts made by the WG 62 by providing inputs necessary to build future receivers architecture to take benefits of GPS, Galileo and augmentation systems. In this report, we propose some key elements of the combined receivers' architecture to comply with approach phases of flight requirements. In case of perturbation preventing one of the needed GNSS components to meet a phase of flight required performance, it is necessary to be able to switch to another available component in order to try to maintain if possible the level of performance in terms of continuity, integrity, availability and accuracy. That is why future combined receivers must be capable of detecting the impact of perturbations that may lead to the loss of one GNSS component, in order to be able to initiate a switch. These perturbations are mainly atmospheric disturbances, interferences and multipath. In this thesis we focus on the particular cases of interferences and ionosphere perturbations. The interferences are among the most feared events in civil aviation use of GNSS. Detection, estimation and removal of the effect of interference on GNSS signals remain open issues and may affect pseudorange measurements accuracy, as well as integrity, continuity and availability of these measurements. In literature, many different interference detection algorithms have been proposed, at the receiver antenna level, at the front-end level. Detection within tracking loops is not widely studied to our knowledge. That is why, in this thesis, we address the problem of interference detection at the correlators outputs. The particular case of CW interferences detection on the GPS L1 C/A and Galileo E1 OS signals processing is proposed. Nominal dual frequency measurements provide a good estimation of ionospheric delay. In addition, the combination of GPS or GALILEO navigation signals processing at the receiver level is expected to provide important improvements for civil aviation. It could, potentially with augmentations, provide better accuracy and availability of ionospheric correction measurements. Indeed, GPS users will be able to combine GPS L1 and L5 frequencies, and future GALILEO E1 and E5 signals will bring their contribution. However, if affected by a Radio Frequency Interference, a receiver can lose one or more frequencies leading to the use of only one frequency to estimate the ionospheric code delay. Therefore, it is felt by the authors as an important task to investigate techniques aimed at sustaining multi-frequency performance when a multi constellation receiver installed in an aircraft is suddenly affected by radiofrequency interference, during critical phases of flight. This problem is identified for instance in [NATS, 2003]. Consequently, in this thesis, we investigate techniques to maintain dual frequency performances when a frequency is lost (L1 C/A or E1 OS for instance) after an interference occurrence.

La programmation orientée aspects (POA) sépare les différentes préoccupations composant un système informatique pour améliorer la modularité. La POA offre de nombreux bénéfices puisqu'elle permet de séparer le code fonctionnel du code non-fonctionnel améliorant ainsi leur réutilisation et la configurabilitè des systèmes informatiques. La configurabilité est un élément essentiel pour assurer la résilience des systèmes informatiques, puisqu’elle permet de modifier les mécanismes de sûreté de fonctionnement. Cependant le paradigme de programmation orientée aspect introduit de nouveaux défis pour le test. Dans les systèmes de grande taille où plusieurs préoccupations non fonctionnelles cohabitent, une implémentation à l'aide d'aspects de ces préoccupations peut être problématique. Partageant le même flot de données et le même flot de contrôle les aspects implémentant les différentes préoccupations peuvent écrire dans des variables lues par d'autres aspects ou interrompre le flot de contrôle commun aux différents aspects empêchant ainsi l'exécution de certains d'entre eux. Dans cette thèse nous nous intéressons plus spécifiquement aux interférences entre aspects dans le cadre du développement de mécanismes de tolérance aux fautes implémentés sous forme d’aspects. Ces interférences sont dues à une absence de déclaration de précédence entre les aspects ou à une déclaration de précédence erronée. Afin de mieux maîtriser l’assemblage des différents aspects composant un mécanisme de tolérance aux fautes, nous avons développé une méthode alliant l'évitement à la détection des interférences au niveau du code. Le but de l'évitement est d'empêcher l'introduction d'interférences en imposant une déclaration de précédence entre les aspects lors de l'intégration des aspects. La détection permet d'exhiber lors du test les erreurs introduites dans la déclaration des précédences. Ces deux facettes de notre approche sont réalisées grâce à l’utilisation d’une extension d'AspectJ appelée AIRIA. Les constructions d'AIRIA permettent l’instrumentation et donc la détection des interférences entre aspects, avec des facilités de compilation permettant de mettre en œuvre l’évitement d’interférences. Notre approche est outillée et vise à limiter le temps de déboguage : le testeur peut se concentrer directement sur les points où une interférence se produit. Nous illustrons notre approche sur une étude de cas: un protocole de réplication duplex. Dans ce contexte le protocole est implémenté en utilisant des aspects à grain fin permettant ainsi une meilleure configurabilité de la politique de réplication. Nous montrons que l'assemblage de ces aspects à grain fin donne lieu à des interférences de flot de données et flot de contrôle qui sont détectées par notre approche d'instrumentation. Nous définissons un ensemble d'aspects interférant pour l'exemple, et nous montrons comment notre approche permet la détection d'interférences. / Aspect-oriented programming (AOP) separates the different concerns of a computer software system to improve modularity. AOP offers many benefits since it allows separating the functional code from the non-functional code, thus improving reuse and configurability of computer systems. Configurability is essential to ensure the resilience of computer systems, since it allows modifying the dependability mechanisms. However, the paradigm of aspectoriented programming introduces new challenges regarding testing. In large systems where multiple non-functional concerns coexist, an AOP implementation of these concerns can be problematic. Sharing the same data flow and the same control flow, aspects implementing different concerns can write into variables read by other aspects, or interrupt the control flow involving various aspects, and thus preventing the execution of some aspects in the chain. In this work we focus more specifically on interference between aspects implementing fault tolerance mechanisms. This interference is due to a lack of declaration of fine-grain precedence between aspects or an incorrect precedence declaration. To better control the assembly of the various aspects composing fault tolerance mechanisms, we have developed a method combining avoidance of interferences with runtime detection interferences at code level. The purpose of avoidance is to prevent the introduction of interference by requiring a statement of precedence between aspects during the aspects integration. Detection allows exhibiting during the test, errors introduced in the precedence statement. These two aspects of our approach are performed through the use of an extension called AspectJ AIRIA. AIRIA ‘s constructs allow instrumentation and therefore the detection of interference between aspects, with facilities compilation to implement the interference avoidance. Our approach is designed and equipped to limit the debugging time : the tester can focus directly on the points where an interference occurs. Finaly, we illustrate our approach on a case study : a duplex replication protocol. In this context, the protocol is implemented using fine grained aspects allowing a better configurability of the replication policy.We show that the assembly of these fine-grained aspects gives rise to interference data flow and control flow that are detected by our instrumentation approach. We define a set of interfering aspects in this example, and show how our approach allows the detection of interferences.

De par la nature ouverte des communications sans-fils, les transmissions sont fortement impactées par divers facteurs limitants: l’interférence (due aux multiples utilisateurs), l’incertitude canal (due à la mobilité des utilisateurs) et la présence d'espions. En théorie de l’information, les « canaux de diffusion » sont un modèle clé des communications cellulaires sans-fils et consistent en une source qui souhaite envoyer deux messages chacun destiné à un utilisateur distinct, les canaux étant modélisés par des lois conditionnelles de probabilité. La gestion d’interférence constitue un point clé des transmissions à travers les canaux à diffusion, car l’augmentation du débit d’un utilisateur résulte inéluctablement en une augmentation de l’interférence à l’autre utilisateur, et elle consiste à fournir les débits maximaux que chacun des utilisateurs peut atteindre avec probabilité d’erreur nulle au décodage. Lorsque l’on couple l’interférence à de l’incertitude canal (lois de probabilités des canaux inconnues à la source), à des transmissions simultanées (plusieurs utilisateurs intéressés par les mêmes messages) ou encore à la présence d’espions (externe aux deux utilisateurs), les techniques existantes de gestion de l’interférence s’avèrent sous-optimales. L’objet de cette thèse a été donc été de développer des techniques de gestion de l’interférence pour les canaux de diffusion avec incertitude canal en se basant sur de nouvelles stratégies de codage, pour les canaux cognitifs à transmission multiples sous plusieurs régimes d’interférences, et enfin pour les canaux de diffusion avec espion où la vraie difficulté résidant dans les preuves d'optimalité. / Due to the open nature of wireless communications, the transmissions on such mediums are subject to many limitations: interference (due to the increasing traffic on the network), channel uncertainty ( due to users’ mobility) and security. The most accurate information theoretic model for cellular wireless communications is the Broadcast Channel that consists of a source transmitting two distinct messages to two receivers through a channel that we model by a conditional probability distribution. Interference Management is the bottleneck of coding for such channels, as increasing the rate of a message results in an increased amount of interference at the opposite receiver. It thus consists in finding the optimal tradeoff between the two messages rates while ensuring zero decoding error probability at both receivers. When interference is coupled with channel uncertainty (channel probability distribution unknown to the source) or with simultaneous transmissions (many users interested in the same message) or even to eavesdropping, the known techniques for interference management appear to be sub-optimal. The purpose then of this thesis was to develop interference mitigation techniques for Broadcast Channels with uncertainty resorting to more involved coding strategies, for the Broadcast Channels with a helper with multiple users under many regimes of interference, and last but not least, for the Wiretap Broadcast CHannel through new outer bounding techniques.

Nous avons étudié théoriquement et expérimentalement la formation de réseaux en relief sur des surfaces active ou passive, avec deux types de polymères photosensibles : résine photosensible négative et copolymère azobenzene. Le mécanisme de formation des structures est attribué à l'effet de transport de masse, qui déplace la matière dans des directions opposées dans ces deux matériaux. La technique de fabrication est basée sur l'utilisation de la lithographie par interférence, ce qui a permis de créer des structures grandes et uniformes. Dans le premier cas, des structures passives de surface en relief en 1D et 2D ont été créés sur la résine photosensible négative SU8 grâce à l'effet de rétrécissement durant le processus de réticulation. Dans le second cas, des structures périodiques actives en 1D, 2D et 3D ont été obtenues grâce à la migration des matériaux copolymères DR1/PMMA des régions de forte intensité d’irradiation à celles de faible intensité. L'amplitude de modulation de la structure est optimisée par le contrôle de l'épaisseur du film, de la périodicité de la structure, de la dose d'exposition, et des polarisations des faisceaux laser. Les applications de ces structures pour des lasers DFB à multiples longueurs d'onde, les cristaux photoniques non-Linéaires, et le couplage dans les guides d'ondes ont été discutés. / We have theoretically and experimentally investigated the formation of both active and passive surface relief gratings on two kinds of photosensitive polymers: negative photoresist and azobenzene copolymer. The common mechanism of the structures formation was attributed to mass transport effect, which however pushes the materials in opposite directions in these two materials. The fabrication technique is based on the use of interference lithography, which allowed to create large and uniform structures. In the first case, 1D and 2D passive periodic surface relief structures were created on the negative photoresist SU8 thanks to the shrinkage effect during the crosslinking process. In the second case, 1D, 2D and 3D active periodic structures have been obtained thanks to the movement of DR1/PMMA copolymer materials from regions of high intensity to those of low intensity irradiation. The modulation amplitude of structures is optimized by controlling the film thickness, the structure periodicity, the exposure dosage, and the polarizations of interference laser beams. Applications of these structures for multiple wavelength DFB laser, nonlinear photonic crystals, and waveguide coupling have been discussed.

Les défis posés par des facteurs biotiques – les interactions avec des compétiteurs, des parasites, etc. – jouent un rôle important dans l’évolution des populations, mais sont souvent difficiles à étudier. Dans cette étude, nous avons utilisé le système biologique Artemia dans les salins d’Aigues-Mortes, France, pour étudier le caractère et l’évolution de plusieurs interactions interspécifiques. Le système est particulièrement bien adapté à cette recherche : il est simple, contenant deux espèces d’Artemia, trois parasites fortement prévalents (un helminthe et deux microsporidies), et des microbiota variés ; et beaucoup des interactions du système ont été nouvellement établies, car une des espèces d’Artemia est invasive. Nous avons étudié deux types d’interactions. Premièrement, la présence et l’évolution de l’interférence reproductive entre les espèces native et invasive d’Artemia. Nous avons trouvé que l’espèce invasive, qui est sexuée, subit une interférence sévère en allocation des sexes en présence de l’espèce native et asexuée, mais pas d’interférence en gardiennage de partenaire. Deuxièmement, l’évolution de la spécialisation de deux parasites microsporidiennes qui infectent les espèces d’Artemia. En nous basant sur des données de terrain, des infections expérimentales, et de l’évolution expérimentale, nous avons investigué l’état, les causes, et les conséquences de la spécialisation des microsporidies. Les résultats démontrent que les microsporidies sont spécialisées dans l’utilisation d’une des espèces d’hôte, même si elles sont capables de compléter leur cycle de vie dans chacun des deux hôtes. Cette spécialisation paraît être imposée par les outils précis nécessaires à l’exploitation de chaque hôte ; dans les hôtes non-spécialistes, ils provoquaient de l’exploitation sous-optimale, de la virulence maladaptative, et de l’immunopathologie. En général, ces études suggèrent que les facteurs biotiques imposent des pressions de sélection fortes sur Artemia, auxquelles elles ne peuvent pas toujours répondre facilement. L’importance des facteurs biotiques dans un système qui est autrement dominé par des conditions abiotiques extrêmes souligne l’importance des interactions interspécifiques dans l’évolution. / The challenges posed by biotic factors – interactions with competitors, parasites, etc. – play a large role in the evolution of populations, but are generally difficult to study. In this work, we used the Artemia system in the hypersaline salterns of Aigues-Mortes, France, to study the character and evolution of several interspecific interactions. The system is eminently suited to such studies: it is simple, containing two Artemia species, three highly prevalent parasites (one helminth and two microsporidians), and various microbiota; and many of its interactions are newly-established, because one of the Artemia species is invasive. We studied two types of interactions. First, the presence and evolution of reproductive interference between the native and invasive Artemia species. We found that the invasive Artemia species, which is sexual, undergoes severe interference in sex allocation when in the presence of the native, asexual Artemia, but no interference in mate guarding. Second, the evolution of parasite specialization in two microsporidian parasites infecting the Artemia species. Using field data, experimental infections, and experimental evolution, we investigated the state, causes, and consequences of specialization in the microsporidians. Results consistently indicated that the microsporidians are specialized for one host species, despite being able to complete their life cycle in either host. This specialization appears to be imposed by the precise toolkits needed to exploit each host species; in the non-specialized hosts, these triggered suboptimal exploitation, maladaptive virulence, and immunopathology. Overall, these studies suggest that the biotic factors acting on Artemia impose strong selection pressures, to which they cannot always respond easily. The importance of biotic factors in a system which is otherwise dominated by extreme abiotic conditions underlines the importance of species interactions in shaping evolution.

Le contexte algérien est fait de plusieurs langues en contact, dont les interactions varient suivant les situations géographiques, socio-culturelles et socio-économiques observées. Leur coexistence/leur concurrence créent des situations d’enseignement/apprentissage complexes et particulières, dont l’étude précise est nécessaire pour que l’école algérienne puisse tirer parti de la richesse du plurilinguisme, car actuellement le plurilinguisme est la règle et le monolinguisme est l’exception. Cela dit, il est à noter que l’arabe standard moderne tout comme le français ne constituent nullement la langue maternelle du locuteur algérien même si l’on retrouve ces deux langues dans des domaines multiples et variés comme les média, l’administration, l’économie, les sciences…néanmoins un conflit existe et perdure, ce sont les parlers du quotidien, les idiomes locaux, régionaux qui dominent dans ce pays et qui influent sur ce processus d’enseignement/apprentissage des deux langues . / The algerian context is composed of several languages in contact, of which the interactions varie according to the geographical locations, sociocultural and socio-economic observed. Their coexistence/their competition create sophisticated and particular situations of teaching and learning. Their precises studies are necessary so that the algerian school takes advantage of the richness of the plurilingualism, because currently the plurilingualism is the rule and the monolingualism is the exception. However, it should be noted that neither modern standard arabic nor french constitute the mother tongue of any algerian speaker even if one finds these two languages in multiple and varied fields such as the media, the administration, the economy, sciences… nevertheless a conflict exists and continues : it is a matter of the daily speeches, the local and regional idioms which dominate in this country with their influence on the process of teaching and learning these two languages .