Made available in DSpace on 2014-07-29T15:30:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertacao Lorena Cristina.pdf: 430117 bytes, checksum: 09642b3a4726659137a90dcbf634ba90 (MD5) Previous issue date: 2008-02-29 / Tuberculosis is a serious public health problem all over the world. It has been demonstrated that different M. tuberculosis strains, characterized by the RFLP-IS6110 standard technique, have different virulence properties and antibiotic resistance. The aim of this study was to characterize M. tuberculosis strains isolated from patients attending two state reference hospitals of Goiânia-Goiás, using the RFLP-IS6110 technique. Positive cultures of M. tuberculosis sampled and isolated from January 2006 to June 2007 had their DNA extracted. A total of 142 viable DNA samples were analyzed, of which 126 samples presented an RFLP-IS6110 profile. Similarities comparisons between samples, as well as with literature reported profiles, were done with Bionumerics software (version 4.0). Forty three percent of the samples could be grouped in 24 clusters, when analyzed by the RFLP method, suggesting recent transmission among individuals belonging to the same cluster, however those patients did not present any epidemiological relationship, suggesting possible casual transmission between members of the same cluster. When compared with strain profile of the MDR-TB, three samples had grouped in the clade formed by families virulent. This study strengthens the importance of determining transmission routes not only within the state of Goiás but in the entire country, since there is the possibility of resistant strains transmissions. / A tuberculose é um grave problema de saúde pública em todo o mundo. Foi demonstrado que diferentes cepas de M. tuberculosis, caracterizadas pela técnica padrão mundial, RFLP-IS6110, possuem diferentes graus de virulência e resistência a antibióticos. O objetivo deste trabalho foi caracterizar as cepas de M. tuberculosis isoladas de pacientes atendidos em dois serviços de referência na cidade de Goiânia-Goiás no período de janeiro de 2006 a junho de 2007, utilizando a técnica RFLP-IS6110. Foram processadas para cultura 175 amostras de escarro com baciloscopias positivas e um total de 142 culturas positivas para M. tuberculosis tiveram seus DNA extraídos, estes foram posteriormente submetidos a técnica de southern blotting para obtenção de seus perfis de bandas de RFLP-IS6110. Destas, 126 amostras apresentaram um perfil de RFLP-IS6110 de fácil comparação de similaridade no programa BioNumerics (versão 4.0). As amostras analisadas pelo RFLP-IS6110 permitiram o agrupamento de 43% das amostras em 24 clusters, sugerindo transmissão recente entre indivíduos agrupados, contudo estes pacientes não apresentaram nenhuma relação epidemiológica, sugerindo possíveis transmissões casuais entre membros de um mesmo cluster. Quando comparamos as amostras com linhagens MDR descritas na literatura, três se agruparam no clado formado pelas famílias virulentas. Este estudo fortaleceu a importância de se traçar cadeias de transmissões bem como a necessidade de se manter um controle de imigrantes e emigrantes visto que há a possibilidade de disseminação de cepas resistentes.

La tuberculose continue d’être une cause majeure de morbidité et de mortalité dans le monde, principalement dans les pays en voie de développement, bien qu’elle soit une maladie curable. Le diagnostic rapide et précis de la TB active est essentiel pour l’initiation rapide du traitement et le contrôle de la maladie. Le développement de nouveaux tests rapides de diagnostic de TB active représente un véritable challenge pour l’optimisation du diagnostic.L’objectif principal de nos travaux de thèse était de développer et d’évaluer des approches de PCR en temps réel ciblant la séquence d’insertion IS6110 pour la détection de l’ADN de MTB dans les expectorations.Nous avons tout d’abord développé une PCR en temps réel ciblant la séquence répétée IS6110 pour la quantification de l’ADN de MTB. L’évaluation des étapes d’optimisation de la sensibilité de la PCR IS6110 a permis de préciser les performances analytiques et le gain de sensibilité comparativement à une PCR ciblant le gène unique senX3. Au terme d’une comparaison de six protocoles de lyse/ extraction la méthode Chelex® s’est avérée être la plus efficace dans la récupération de l’ADN. La performance diagnostique de la PCR optimisée a été évaluée et comparée avec la PCR automatisée Xpert MTB/RIF sur un panel de 62 échantillons respiratoires.Dans un deuxième temps, nous avons comparé la performance diagnostique de la PCR IS6110 optimisée, le test Xpert MTB/RIF et la version ultrasensible récemment commercialisée du test PCR leader Xpert MTB/RIF Ultra pour la détection de l’ADN de MTB dans des expectorations ayant une faible charge bacillaire.Enfin, à partir de 203 LCR collectés dans le cadre du diagnostic de méningites aseptiques au Burkina Faso, nous avons évalué la performance de la PCR en temps réel multiplexe (IS6110, HSV1, HSV2) combinée à l’extraction par la méthode Chelex® pour la détection de l’ADN de MTB et d’Herpès. / TTuberculosis continues to be a major cause of morbidity and mortality worldwide, mainly in developing countries, despite being a curable disease. The rapid and accurate diagnosis of active TB is essential for rapid initiation of treatment and disease control. The development of new rapid diagnostic tests for active TB represents a real challenge for the optimization of the diagnosis.The main objective of our thesis work was to develop and evaluate real-time PCR approaches targeting the IS6110 insertion sequence for the detection of sputum MTB DNA. We first developed a real-time PCR targeting the IS6110 repeat sequence for the quantification of MTB DNA. The evaluation of the sensitivity optimization steps of the IS6110 PCR made it possible to specify the analytical performances and the sensitivity gain compared to a PCR targeting the single gene senX3. After a comparison of six lysis / extraction protocols, the Chelex® method proved to be the most efficient in the recovery of DNA. The diagnostic performance of optimized PCR was evaluated and compared with automated Xpert MTB / RIF PCR on a panel of 62 respiratory specimens.In a second step, we compared the diagnostic performance of the optimized IS6110 PCR, the Xpert MTB / RIF test and the highly marketed ultra-sensitive version of the Xpert MTB / RIF Ultra leader PCR assay for the detection of sputum MTB DNA. having a low bacillary load.Finally, from 203 LCR collected in the context of the diagnosis of aseptic meningitis in Burkina Faso, we evaluated the performance of the multiplexed real-time PCR (IS6110, HSV1, HSV2) combined with extraction by the Chelex® method for the detection of MTB and Herpes DNA.

Made available in DSpace on 2014-07-29T15:30:40Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertacao Alyne Melo Pereira.pdf: 2782543 bytes, checksum: 9841bfc0f181c8d2c6af086d835eadc3 (MD5) Previous issue date: 2012-03-07 / Tuberculosis (TB) is a chronic infectious bacterial disease, very contagious, that, despite almost 130 years of biomedical research since the discovery of the tubercle bacillus, it continues to be a major threat to global health and is one of the leading causes of death by a bacterial organism, particularly in the developing world. The etiologic agent, Mycobacterium tuberculosis, is a bacterium that is easily transmitted by air. The disease control depends on several factors, being the correct diagnosis; efficient treatment; and active disease patient management to avoid transmission, essential ones. In order to improve the success in diagnosis, the knowledge of genotypic profiles by molecular techniques has provided positive results. Additionally, the correlation between the geographical locations of TB cases is a useful tool to aid epidemiological control strategies, especially when it is performed together with the knowledge of genetic variability of the studied TB strains. In this study we used the 15 loci MIRU-VNTR technique to identify polymorphisms among Mycobacterium tuberculosis isolates. A total of 119 M. tuberculosis samples, isolated between 2006 and 2007 from patients attending two reference hospitals of Goiânia city, were genotyped and the results compared with the gold standard RFLP-IS6110 technique. The 15 loci MIRU-VNTR analysis of 119 TB isolates provided 110 distinct genotypes, 105 of which contained only one isolate while 14 isolates were grouped in five genetic groups (clusters). This technique showed a good discriminatory power (0.9986). The 15 loci MIRU-VNTR technique was more discriminatory than RFLP-IS6110 (0.9942). We also performed the georeferencing of 241 TB cases, corresponding to all clinical forms reported in Goiânia during the year 2007 by the City´s Secretary of Health Department. The cases were randomly distributed throughout the city. The distribution of cases showed that, visually, there was no relationship between disease and socio-economic situation of the population. Among the georeferenced cases, we were able to genotype 50 isolates by 15 loci MIRU-VNTR. A great genetic variability of genotypes among the 50 isolates was observed, and the few ones that were clustered did not show epidemiological links. Based on the observed data, no transmission source the TB was identified in the city of Goiânia, and consequently we can infer that TB in the City of Goiânia could be resulted from a previously acquired infection due to the high degree of heterogeneous genetic profiles observed. / A tuberculose (TB) é uma doença bacteriana crônica infecto-contagiosa que, apesar de quase 130 anos de pesquisas desde a descoberta do bacilo, continua a ser um importante agravo à saúde global e uma das principais causas de morte, particularmente nos países em desenvolvimento. A doença tem como agente etiológico o Mycobacterium tuberculosis, uma bactéria de fácil transmissão uma vez que os bacilos se propagam pelo ar. O controle da doença depende de vários fatores, dentre os quais, o correto diagnóstico, o tratamento completo e o manejo adequado dos pacientes com a doença ativa para evitar a transmissão são fundamentais. Neste cenário, o conhecimento dos perfis genotípicos dos microorganismos circulantes em uma região, através de técnicas moleculares apropriadas, tem contribuído com bons resultados. Além disso, a correlação entre o espaço geográfico de casos da doença é uma ferramenta útil para a definição de estratégias epidemiológicas, sobretudo quando se conhece a variabilidade genética das cepas presentes em uma determinada população associada a sua localização geográfica. Neste estudo, foi empregada a análise de MIRU-VNTR para identificar o polimorfismo de 15 loci em amostras de Mycobacterium tuberculosis. Foram analisadas 119 amostras, coletadas entre 2006 e 2007, de pacientes com TB pulmonar em dois hospitais de referência no município de Goiânia. Os resultados obtidos pela técnica de 15 loci MIRU-VNTR foram posteriormente, comparados com resultados gerados pela técnica padrão ouro RFLP-IS6110. Pela análise dos padrões moleculares dos 119 isolados, foram encontrados 110 genótipos distintos. Destes, 105 continham um único isolado enquanto que 14 amostras se agruparam em cinco grupos (cluster) genéticos. Esta técnica apresentou um bom poder discriminatório (0,9986). Nossos resultados mostraram que a técnica de tipagem por 15 loci MIRU-VNTR se mostrou mais discriminatória que a técnica de RFLP-IS6110 (0,9942). Adicionalmente, foram georreferenciadas 241 amostras de pacientes diagnosticados com qualquer forma clínica de TB em 2007 de acordo com a Secretaria Municipal de Saúde e destas, 50 amostras foram genotipadas por 15 loci MIRU-VNTR. No georreferenciamento de 241 casos da doença, observou-se uma distribuição aleatória destes pelo município sem aglomerados significativos. A distribuição dos casos mostrou que, visualmente, não houve relação entre a doença e a situação sócio-ecônomica da população. O estudo genotípico de 50 isolados georreferenciados demonstrou que existe grande variabilidade genética de cepas circulantes na cidade e essas, quando agrupadas, não apresentam associação geo-espacial que possibilite estabelecer uma ligação epidemiológica entre os casos. Podemos concluir que não existem focos recentes de transmissão da doença, podendo esta ser proveniente de reativação endógena de infecção latente adquirida anteriormente, já que a maioria dos isolados apresentaram perfis únicos.

Orientador: Marcelo de Carvalho Ramos / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciencias Medicas / Made available in DSpace on 2018-08-07T12:21:17Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Basso_AudreyJordao_M.pdf: 998979 bytes, checksum: 6b29af1ec17385aea2f4b4f550bb349e (MD5) Previous issue date: 2006 / Resumo: A técnica do estudo do polimorfismo de fragmentos de restrição, com a pesquisa da seqüência de inserção IS6110 (IS6110-RFLP), é o método de genotipagem mais empregado mundialmente para a caracterização de isolados de M. tuberculosis. Ela pode ser empregada para o estudo de surtos, epidemias ou para estudos de genética populacional. Em Moçambique, onde a tuberculose tem uma elevada prevalência, não há informação suficiente sobre os padrões genotípicos obtidos com a IS6110-RFLP de cepas locais de M. tuberculosis. A descrição dos padrões obtidos com essa metodologia pode ser útil localmente para propósitos epidemiológicos ou, internacionalmente, para descrever o relacionamento de cepas isoladas em Moçambique com outras áreas do mundo. Neste estudo, uma coleção de 158 isolados de M. tuberculosis, identificados com o emprego da análise de fragmentos de restrição após a amplificação de trecho do gene hsp65 (hsp65-PRA), recuperados de pacientes infectados pelo HIV com tuberculose pulmonar e que residiam em Maputo, Moçambique, foram genotipados. O número de seqüências IS6110 obtido variou de 1 to 18, com 21.5% dos isolados exibindo menos de seis cópias. Um total de 10 ¿clusters¿ foram caracterizados, um com três isolados e os demais com dois cada. Os isolados que exibiram menos de seis seqüências não foram incluídos na análise, dado o baixo poder discriminatório do método. Baseado no coeficiente de similaridade, 85% dos isolados tinham mais do que 65% de homologia. Esses dados mostram que, isolados de M. tuberculosis obtidos em Moçambique, África, podem ser analisados, para fins epidemiológicos com o auxílio dessa técnica de genotipagem. Entretanto, um considerável número de isolados exibiu um número pequeno de cópias da seqüência IS6110 e um segundo marcador genético, como a espoligotipagem, deve ser utilizado / Abstract: IS6110 RFLP has been the most widely used genetic subtyping method for M. tuberculosis strains, to characterize disease outbreaks or for evolutionary genetics studies. In Mozambique, where tuberculosis exhibits a high prevalence, there is not enough information about IS6110-RFLP patterns of local M. tuberculosis strains. The description of the fingerprinting patterns obtained with this methodology can be useful locally for epidemiological purposes, and internationally to investigate the relatedness of strains isolated in Mozambique to other areas of the world. In this study, a collection of 158 isolates of M. tuberculosis strains, as identified by using hsp65-PRA, recovered from HIV-infected patients with pulmonary tuberculosis residing in Maputo, Mozambique, was genotyped. The number of IS6110 copies ranged from 1 to 18, with 21.5% of strains exhibiting less than six copies. A total of 10 clusters were found, one consisting of three strains and all the others of two strains. Isolates showing less than six bands were not included in the cluster analyses due to low discriminatory power of the analysis. Based on similarity coefficients 85% of strains had more than 65% homology. This data show that M. tuberculosis strains obtained in Mozambique, Africa can be analyzed for epidemiological purposes with the use of this genotyping technique. However, a considerable number of strains exhibited a low number of IS6110 copies, and a second genetic marker as spoligotyping has to be used. / Mestrado / Clinica Medica / Mestre em Clinica Medica

Face à une recrudescence préoccupante depuis 2004 des cas de tuberculose bovine (Tb) en Dordogne et du fait des défauts diagnostiques des méthodes de détection classiques comme l'intradermotuberculination simple (IDS), la bactériologie ou l'inspection systématique des carcasses à l'abattoir, deux nouveaux outils de diagnostic rapide, (i) le test de dosage d'interféron gamma (IFNγ) Bovigam® modifié, basé sur des dérivés protéiques purifiés bovins et aviaires (PPD) et des antigènes recombinants spécifiques, ESAT6 et CFP10 (R) et, (ii) une méthode PCR en temps réel basée sur la détection de la séquence d'insertion IS6110 (PCR), ont été intégrés dans le dispositif de lutte afin d'évaluer leurs utilités diagnostiques. Les différentes études réalisées ont montré que la méthode PCR est au moins aussi sensible que la bactériologie. Sa spécificité opérationnelle est très satisfaisante et sa valeur prédictive positive est excellente vis-à-vis de la bactériologie et l'histologie. Elle constitue donc un outil rapide et fiable de diagnostic de la Tb permettant, en complément d'une tuberculination ou une histologie positive, d'éviter d'attendre le résultat bactériologique pour déclarer l'infection. Elle permet ainsi de raccourcir considérablement les délais de confirmation définitive de l'infection (de 2,5 mois), ce qui constitue un avantage opérationnel crucial. L'application du test IFNγ modifié comme outil de confirmation des IDS non-négatives n'est pas parfait mais sa complémentarité vis-à-vis de l'IDS en fait un atout indéniable. D'un point de vue technique, un mode de calcul normalisé des résultats individuels doit être utilisé pour obtenir une meilleure reproductibilité et donc pouvoir établir des comparaisons intra et inter laboratoires. De plus, il est nécessaire d'adapter les critères d'analyse (seuils décisionnels des formules normalisées et méthodes d'interprétation du résultat final) au statut infectieux régional d'une part, (région de faible ou forte prévalence de Tb, réactions non-spécifiques rares ou fréquentes) et, aux conditions d'application du test d'autre part (dans la population générale ou dans une population d'IDS non-négatives), pour une utilisation appropriée du test IFNγ. Ces résultats satisfaisants ont conduit en août 2009 à la reconnaissance règlementaire des tests PCR IS6110 et IFNγ modifié comme outils de confirmation de l'infection de Tb et des IDS non-négatives respectivement.

Made available in DSpace on 2016-01-26T12:51:36Z (GMT). No. of bitstreams: 1 adrianafurini_dissert.pdf: 2158923 bytes, checksum: d683b1dc320b2c811cfcf58d6d1c21ac (MD5) Previous issue date: 2010-11-18 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Introduction. The diagnosis of paucibacillary forms of tuberculosis (TB), which mostly affects children, immunocompromised patients, transplanted and extra-pulmonary forms is limited by phenotypic techniques of smear and culture. Moreover, the diagnosis of mycobacteriosis, also has committed itself by the phenotypic methods. The polymerase chain reaction (PCR) and its variations, such as Nested-PCR (NPCR), has been described as promising techniques for rapid diagnosis of tuberculosis and mycobacteriosis. Objective. Evaluation of a NPCR protocol for detection of Mycobacterium tuberculosis in pulmonary and extrapulmonary anatomic sites of patients with clinical suspicion of TB. Subjects and Methods. Were included, prospectively, 24 pulmonary samples of 85 extrapulmonary, collected from 49 individuals HIV-seropositive and 28 HIV-seronegative and submitted to the gold standard method and NPCR targeting the transposon IS6110. Results. Tuberculosis was diagnosed in 11 patients (14,3%), with 54,5% of extrapulmonary forms and 45,5% pulmonary. The NPCR was positive in all, while the culture was positive in only seven of them. Smear positivity among the clinical specimens was 9,2%. The culture allowed the isolation of seven strains of M. tuberculosis and two M. avium complex (8,25%). The molecular positivity was described in 23,85% of samples. NPCR's performance against the culture, for pulmonary (n=22) and extrapulmonary samples (n = 83) was similar (100% sensitivity and specificity of approximately 83%). Positivity by NPCR was significantly greater than the isolation by culture among the extrapulmonary samples (p = 0,0042). Conclusions. The results suggest to perform further studies to corroborate the potential of NPCR-IS6110 for detection of mycobacterial genome in extrapulmonary TB, especially among immunocompromised. Furthermore, the detection of mycobacteria remains as diagnostic confirmation and the opportunity of investigation of the sensitivity profile, promoting effective treatment for any age and immune status. / Introdução. O diagnóstico das formas paucibacilares da tuberculose (TB), que acomete principalmente crianças, imunocomprometidos, transplantados e formas extrapulmonares é limitado pelas técnicas fenotípicas de baciloscopia e cultura. Ademais, o diagnóstico das micobacterioses, também apresenta-se comprometido pelos métodos fenotípicos. A reação da polymerase em cadeia (PCR) e suas variações, tais como a Nested-PCR (NPCR), tem sido descritas como técnicas promissoras para o rápido diagnóstico da tuberculose e micobacterioses. Objetivos. Avaliação de um protocolo de NPCR para detecção do complexo Mycobacterium tuberculosis em sítios anatômicos pulmonares e extrapulmonares de indivíduos com suspeita clínica de TB. Casuística e Método. Foram incluídas, prospectivamente, 24 amostras de sítios pulmonares e 85 extrapulmonares, coletadas a partir de 49 indivíduos soropositivos para o HIV e 28 soronegativos e submetidas ao método gold standard e a NPCR tendo como alvo o transposon IS6110. Resultados. A tuberculose foi diagnosticada em 11 pacientes (14,3%), com 54,5% de formas extrapulmonares e 45,5% pulmonares. A NPCR foi positiva em todos, enquanto a cultura em apenas cinco deles. A positividade da baciloscopia entre os espécimes clínicos foi de 9.2%. A cultura permitiu o isolamento de sete cepas de M. tuberculosis e duas do Complexo M. avium (8,25%). A positividade molecular foi descrita em 23,85% das amostras. O desempenho da NPCR frente a cultura, para amostras pulmonares (n=22) e extrapulmonares (n=83) foi similar (100% de sensibilidade e aproximadamente 83% de especificidade). A positividade pela NPCR foi significantemente maior que o isolamento por cultura entre as amostras extrapulmonares (p=0.0042). Conclusões. Os resultados obtidos sugerem a realização de estudos mais amplos que corroborem o potencial da NPCR-IS6110 para a detecção do genoma micobacteriano na TB extrapulmonar, em especial entre imunocomprometidos. Ademais, a detecção da micobactéria permanece como confirmação diagnóstica e a oportunidade de investigação do perfil de sensibilidade, favorecendo o tratamento efetivo para qualquer faixa etária e status imunológico.

Made available in DSpace on 2016-12-23T13:55:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Solange Alves Vinhas.pdf: 4494197 bytes, checksum: c05b3a06ae983246a835977f36eb32e3 (MD5) Previous issue date: 2013-08-30 / Background: Based on the hypothesis that genetic variability of Mycobacterium tuberculosis (MTB) could influence virulence and immunopathology we analyzed genetic profiles of different MTB strains in order to detect relatedness between genetic diversity and presence of cavity (disease severity). Methods: We conducted a retrospective molecular study in Vitória ES, based on TB strains (2003 to 2006, n = 214) from patients with pulmonary cavitary and non-cavitary TB using IS6110-RFLP, Spoligotyping and MIRU-VNTR methodologies. RESULTS: Initially, we compared the association of the demographic and clinical characteristics of patients with the presence of cavities. After logistic regression the variables that most contributed to explain the model of the disease were smear positive (ORajust = 5.96; IC= 2.58-13.73) and sputum production (ORajust = 4.55; IC= 1.28-16.12), there was no statistically significant association with the remaining variables. The LAM family was the most frequent within the samples of the two groups analyzed, representing 65 (62%) of the isolates in the cavitary group and 40 isolates (38%) of the non-cavitary. After comparing the proportions of LAM and other spoligotyping families there was no statistically significant difference between the groups (p=0.17). In relation to deletions RDRio (p=0.65) and RD174 (p=0.65) there were no statistically significant difference between the groups. Amongst the 205 isolates analyzed, 25 (12%) belonging to the non-cavitary group and 43 (21%) belonging to the cavitary group, were grouped in clusters. The statistical analysis of the association of the occurence of clusters with the presence of cavity showed no statistically significant difference between the quantity of clusters and the groups that were analyzed, (p= 0.4). Conclusion: The genotipic profile for the isolates from patients with cavitary and non-cavitary disease was determined. Our data showed that LAM9 was the most frequent among the strains between cavitary and noncavitary groups, corroborating findings that this family is the most frequent in Brasil. There were no statistical differences that could show association among the variables analyzed related to presence of cavity or disease severity / Introdução: Baseado na hipótese de que a variabilidade genética de Mycobacterium tuberculosis (MTB) pode influenciar a virulência e a gravidade da doença os perfis genéticos de isolados clínicos de MTB foram avaliados para detectar associação entre diversidade genética e gravidade da doença. Objetivos: Analisar características genéticas de isolados de MTB e verificar sua possível associação com a gravidade da TB pulmonar. Métodos: Estudo retrospectivo, caso controle, conduzido em Vitória-ES, utilizando isolados de MTB (2003 a 2006, n=214) de pacientes com TB pulmonar, cavitária (127) e não cavitária (87). Realizou-se genotipagem por meio de RFLP-IS6110, Spoligotyping, MIRU-VNTR 24 loci, e a análise de deleções e inserções, como RDRio, RD174 utilizando PCR multiplex, bem como a detecção do Ag85C103. Realizou-se análise estatística, para verificação dos padrões de distribuição das variáveis, seguida de análises bivariadas para verificação de associações entre elas, empregando-se os teste exato de Fisher ou Chi-quadrado, ambos com 95% de intervalo de confiança e nível de significância (&#61554;) < 0,05. Resultados: Após a regressão logística, as variáveis que contribuíram no modelo explicativo da doença foram baciloscopia (ORajust = 5,96; IC= 2,58-13,73) e produção de escarro (ORajust = 4,55; IC= 1,28- 16,12). Não houve associação estatisticamente significativa com o restante das variáveis.A família LAM foi a mais frequente entre os dois grupos analisados, representando 65 (62%) dos isolados no grupo cavitário e 40 isolados (38%) do grupo não cavitário. Não houve diferença estatisticamente significativa entre os grupos em relação à deleção RDRio (p=0,65) e com relação à deleção RD174 (p=0,65). Dentre os 205 isolados analisados, 25 (12%) isolados do grupo não cavitário e 43 (21%) do grupo cavitário, estavam em cluster. não houve diferença estatisticamente significativa entre a quantidade de clusters e os grupos analisados (p= 0,4). Conclusões: Foi determinado o perfil genotípico dos isolados de pacientes com doença pulmonar, cavitária e não cavitária. Não houve associação entre a presença de cavidade e os genótipos encontrados. Não houve associação do genótipo com nenhum dos marcadores moleculares avaliados