La tuberculose bovine causée par Mycobacterium bovis (M. bovis) est une zoonose multi-hôtes. Outre les bovins, elle peut être transmise à des populations sauvages variées dont certaines peuvent entretenir l'infection et/ou la retransmettre aux bovins, pouvant empêcher leur assainissement. Les conditions de persistance de M. bovis dans les populations sauvages ont été étudiées dans différentes régions du monde, mettant en lumière des statuts épidémiologiques variables selon les espèces et les contextes géographiques, cynégétiques et zootechniques. Notre objectif était de déterminer le rôle des différentes populations-hôtes sauvages impliquées dans le système multi-hôtes de M. bovis en Côte d'Or où, en plus des bovins, la tuberculose bovine, circule chez le blaireau, le sanglier, le cerf et le renard. Pour cela, nous avons estimé les niveaux d'infection et d'excrétion, les niveaux de densité, et au moyen d'un suivi télémétrique et de dispositif de vidéosurveillance, nous avons estimé les contacts entre les populations sauvages et les bovins. Nos résultats suggèrent que les trois populations ayant le rôle le plus important et aptes à retransmettre l'infection aux bovins sont le blaireau, le sanglier et le cerf, mais d'autres études sont encore nécessaires pour confirmer ces hypothèses et savoir si certaines d'entre elles peuvent entretenir l'infection de façon autonome. Elles pourraient, également, conjointement, constituer une communauté d'hôtes réservoir. Enfin, nos résultats nous ont permis de caractériser le risque de transmission de tuberculose bovine de ces populations sauvages vers les bovins et de proposer des mesures de lutte visant à réduire ce risque / Bovine tuberculosis, caused by Mycobacterium bovis is a multi-host zoonosis. Besides cattle,it can be transmitted to various wild populations and some of them are able to maintain or to spillback the infection to cattle, thus hampering control strategies. The maintenance of M. bovis by wild populations is dependent on species, on geographical configurations, and on hunting and husbandry practices. Our objective was to investigate the role the different wild populations involved in the M. bovis multi-host system of Côte d’Or, where bTB has been reoccuring in cattle since 2002 and has also been found in badgers, wild boar, red deer and foxes. To do so, we have assessed different risk factors. These include infection rate, ability to 10 shed M. bovis, populations densities and level of indirect contact between wild populations and cattle. For the latter factor, we have tracked 11 wild boars and 10 badgers and used remote surveillance in cattle farms. Our results suggest that, in the study site, badgers, wild boar and red deer may be able to spillback the infection to cattle. Nevertheless, further studies are required to confirm these hypotheses and to investigate whether some of these wild populations can act, individually as reservoirs. It might also be the case that, taken jointly, these wild populations could constitute a maintenance community. On the basis of our results, we made recommandations aiming at reducing the risk of spillback transmission

Les maladies animales émergentes, les maladies zoonotiques et le développement du commerce international ont conduit à une augmentation des besoins en systèmes de surveillance en santé animale performants. Toutefois, le contexte économique actuel conduit à des restrictions budgétaires importantes, induisant une diminution des ressources allouées à la surveillance. Dans ce contexte, l’évaluation régulière des dispositifs de surveillance, sur lesquels sont fondées les décisions sanitaires, est indispensable afin de vérifier leur bon fonctionnement, la qualité des données collectées, et permettre leur amélioration.Notre travail a porté sur l’évaluation d’un dispositif de surveillance complexe, Sylvatub, le dispositif de surveillance de l’infection à Mycobacterium bovis dans la faune sauvage, constitué de plusieurs composantes de surveillance et ciblant plusieurs espèces sauvages. Nous avons appliqué quatre méthodes d’évaluation : (i) une méthode quantitative d’estimation de la sensibilité de la surveillance par arbres de scénarios, (ii) une méthode quantitative d’estimation des coûts de la surveillance, permettant le calcul d’un ratio coût-efficacité, (iii) une méthode semi-quantitative permettant l’étude du fonctionnement général du dispositif et (iv) une méthode qualitative permettant d’investiguer l’acceptabilité de la surveillance. Ces travaux ont permis d’évaluer le dispositif Sylvatub dans son contexte environnemental et économique, en intégrant des facteurs comportementaux et sociaux, et ont permis la formulation de recommandations pour l’évolution du dispositif et son amélioration.Ces travaux ont également permis de souligner les avantages méthodologiques et opérationnels de l’utilisation complémentaire de plusieurs méthodes pour l’évaluation de dispositifs de surveillance complexes et proposent des perspectives méthodologiques pour favoriser l’intégration des méthodes d’évaluation. L’évaluation du dispositif Sylvatub devra être poursuivie et complétée par celle du dispositif de surveillance en élevage bovin afin d’étudier les interconnexions entre les populations domestiques et sauvages dans ce système multi-hôtes particulier. / Emerging animal diseases, zoonotic diseases and the development of international trade have led to an increase in the need for efficient animal health surveillance systems. However, the current economic environment led to significant budget cuts, resulting in a reallocation of resources dedicated to surveillance. In this context, regular evaluation of surveillance systems, on which are based the health decisions, is essential to ensure their operation, the quality of the collected data and to allow their improvement.This study focused on the evaluation of a complex surveillance system, the Sylvatub network for the surveillance of Mycobacterium bovis infection in wildlife, which consists of several surveillance components focusing on several wild species. We have used four evaluation methods: (i) a quantitative method to estimate the surveillance sensitivity by scenario trees modelling, (ii) a quantitative method to estimate the surveillance costs, enabling the estimation of a cost-effectiveness ratio, (iii) a semi-quantitative method to estimate the global operation of the system, and (iv) a qualitative method to investigate the acceptability of the surveillance. This study allowed to assess the Sylvatub network in its environmental and economical context, with the integration of behavioral and social factors; and allowed the development of recommendations for the evolution of the surveillance system and its improvement.This study has highlighted the methodological and operational advantages of the complementary use of several methods for the evaluation of complex surveillance systems. It provides methodological perspectives to support the integration of evaluation methods. The assessment of the Sylvatub system should be deepened and complemented by the evaluation of the surveillance system in cattle to explore interconnections between domestic and wild populations in this particular multi-host system.

La relation entre l’être humain et son environnement naturel a été explorée dans une multitude de domaines de recherche qui ont mené à différents courants de pensée. Ce mémoire de recherche qualitative explore cette relation en tenant compte autant de la littérature des sciences sociales que de celle des sciences naturelles afin de mieux comprendre ce qui rattache l’être humain aux éléments de son environnement naturel. J’axe plus spécifiquement cette recherche sur l’activité de la photographie animale et la notion de l’amateur. En utilisant un cadre conceptuel des attachements ainsi que les concepts d’activité de loisir sérieux et d’amateur, cette recherche questionne 13 photographes ayant pour sujet photographique les espèces de la faune. Lors d’entrevues semi-dirigées, leurs réponses permettent d’analyser la façon dont les éléments du cadre des attachements (objet, dispositif, collectif et corps) s’imbriquent les uns dans les autres chez des individus québécois pratiquant la photographie animalière comme activité de loisir sérieux. À la lumière de cette analyse, je présente un cycle d’investissement dans lequel ces photographes s’engagent et qui les mène à s’attacher davantage à la pratique de la photographie animalière. Cet investissement dans la relation d’attachement et la valorisation qu’ils(elles) font du naturel pourrait aussi leur donner le rôle d’amateurs concernés dans un contexte de crise écologique. Enfin, ce mémoire incite à poser un regard attentif entre la frontière du naturel et de l’artificiel qui, malgré une forte appréciation du naturel ici illustré, peut devenir floue lorsqu’il est question des pratiques post-photographiques. / The relationship between human beings and their natural environments has been explored in various research fields using different research traditions. This qualitative research thesis draws on both social science literature and the natural sciences to better understand what connects human beings to elements of their natural environment. It focuses specifically on photography and the notion of the amateur. Using the sociology of attachment as a conceptual framework and the notions or serious leisure and amateurs, I interviewed 13 wildlife photographers in order to explore 1) the role of photography in the attachment relationship between photographers and wildlife species, and 2) how the elements of the framework of attachments (object, device, collective and human body) overlap with each other for these individuals who practise photography as a serious leisure activity. My analysis reveals a cycle of engagement in which the more amateur photographers invest (emotionally and in terms of time and money) the more attached they become to practising wildlife photography. This commitment and the value they attach to the natural allows them to potentially become engaged as concerned citizens in a context of ecological crisis. Finally, despite the amateur photographers’ strong appreciation of nature and the natural, the thesis invites us to reflect on how distinctions between the artificial and the natural may become blurred, particularly where digital photo treatment is concerned.

L'objectif de cette étude est de comparer le contrôle de l'aménagement forestier réalisé par (i)les auditeurs des normes de certification forestière et par (ii)le ministère des Ressources naturelles et de la Faune (MRNF). Cette comparaison de la fonction de contrôle permet de vérifier si la certification forestière est effectivement un modèle de gouvernance pouvant se substituer aux gouvernements. Le contrôle est reconnu comme une des tâches principales de gestion des organisations et de l'État. Pour répondre à ces objectifs, une méthodologie qualitative a été utilisée. Plus précisément, une observation d'audit et quatorze entrevues ont été menées auprès des auditeurs de certification et des responsables du contrôle de l'aménagement au MRNF. L'étude comparative menée indique que les deux processus de contrôle sont distincts. Toutefois, il existe certaines duplications dans le contrôle gouvernemental et celui fait par les auditeurs. Des complémentarités entre les deux processus seraient donc plausibles, notamment au niveau des sanctions imposées aux entreprises fautives. Néanmoins, l'étude prouve que la certification forestière n'est pas une formule de gouvernance pouvant se substituer complètement à l'État dans la fonction de contrôle de l'aménagement des forêts au Québec.

Suivant les récents développements historiographiques dans le champ de l’histoire des animaux, cette thèse aborde l’histoire des jardins zoologiques du côté des bêtes elles-mêmes. Elle examine donc non seulement les politiques humaines de gestion des animaux de zoo, mais aussi leurs influences sur les corps et les comportements des animaux, et leurs évolutions mutuelles. <p>L’examen débute à la fondation du jardin zoologique, c’est-à-dire au moment de la création de la ménagerie parisienne du Jardin des Plantes en 1793, et se centre, outre sur cette institution originelle, sur le jardin zoologique de Londres, créé en 1828, et celui d’Anvers, fondé en 1843. <p>Pour écrire l’histoire des animaux de zoo, la thèse mobilise une méthodologie qui mêle des indicateurs descriptifs – témoignages sur les corps et comportements animaux, sur les infrastructures de captivité, sur les soins et l’alimentation dont bénéficient les bêtes, – et quantitatifs – étude sérielle sur la longue durée des entrées et sorties d’animaux ainsi que des longévités des primates et des grands félins. L’évolution de ces différents indices est examinée au sein d’un cadre chronologique régi par les politiques des gestionnaires de zoos. Ainsi, après une première partie débutant à la fondation des institutions étudiées, une seconde s’ouvre au début du XXe siècle, alors que le marchand allemand Carl Hagenbeck ouvre en 1907 un zoo privé à Stellingen, près de Hambourg, qui popularise un nouveau type de présentation des bêtes, par lequel celles-ci sont exposées durant la journée en plein air et séparées du public par des fossés. Enfin, une troisième partie s’amorce à partir des années 1950, lorsque les zoos s’attellent à la mise en œuvre d’une nouvelle fonction, celle de protection des espèces ex situ, s’ajoutant aux trois autres traditionnellement endossées (récréative, éducative, scientifique).<p>L’examen des vies des bêtes sous l’influence des politiques humaines aboutit à élaborer une nouvelle chronologie des zoos, qui distingue un long XIXe siècle, dévoreur de vies animales ;une seconde phase, hygiéniste, à partir de l’entre-deux-guerres, caractérisée par les volontés des gestionnaires de rationaliser les conditions de captivité, mais dont les incidences sur les vies animales sont toutefois réduites ;enfin une troisième, attentive aux animaux, du milieu des années 1970 à nos jours, qui permet la naissance d’une nouvelle économie animale des zoos, qui voit l’atténuation des ponctions en milieu naturel pour la plupart des taxons (spécifiquement les mammifères et les oiseaux).<p>Ce faisant, l’étude met aussi en évidence, à rebours des discours finalistes de l’historiographie officielle, des permanences, immanentes à la captivité des animaux dans le contexte des zoos. Il s’agit d’une part de l’expression par les bêtes de comportements anormaux dans des proportions qui dépassent le niveau anecdotique ;il s’agit d’autre part de l’approvisionnement en milieu naturel, qui, bien qu’en déclin dans le contexte du bouleversement de l’économie animale, persiste jusqu’à nos jours en nombre important pour les taxons moins considérés, soit les poissons et les invertébrés, et se réincarne en de nouveaux avatars pour les autres (ponctions dans le cadre des programmes de protection, captures scientifiques, )./<p><p>Following in the footsteps of recent developments in the French historiography, this dissertation aims at balancing the attention given to humans and animals. The research therefore focuses on human policies concerning the management of animals kept in zoological gardens, as well as on their consequences on the bodies and behaviors of animals, and on mutual influences between humans and animals.<p>The study begins with the birth of the zoological garden, i.e. the creation of the Jardin des Plantes Menagerie in 1793, and focuses on this institution as well as on the London Zoo, created in 1828, and the Antwerp Zoo (1843). <p>In order to write the history of zoo animals, the method uses both descriptive indicators – testimonies on animals bodies and behaviors, on captive environments, on animal cares, handling and food, – and quantitative indicators – long-term study of the arrivals and departures, births and deaths of animals and of the longevity of Primates and Pantherinae in captivity. The evolution of these indicators takes place in a chronological framework based on the policies designed to manage zoo animals. The first part begins with the foundation of the zoological gardens. The second one starts at the beginning of the 20th century, when German dealer Carl Hagenbeck opened a zoo in Stellingen, near Hamburg (1907) which popularized a new way to display the animals, in open-air enclosures separated from the public by ditches. The third part starts in the 1950’s, when zoos implemented a new function, one of ex situ conservation, in addition to their other traditional recreative, educative and scientific missions.<p>This study of animal lives under human influence results in a new chronology of zoological gardens, discerning a long 19th century, that consumed animal lives, a second phase, hygienist, from the interwar period, marked by the managers’ willingness to rationalize the conditions of captivity, without much influence on animals lives and longevity, and a third one, from the mid-1970’s to the present time, characterized by increased attention to zoo animals and their well-being, allowing the birth of a new animal economy of zoological gardens, by which in situ captures decline for most taxa (specifically mammals and birds).<p>The dissertation also shows, in opposition with the finalist discourses of the official historiography, somes continuities, immanent to animal captivity in the context of zoological gardens. Abnormal behaviors in animals especially appear in proportions exceeding the anecdotal level. Another important phenomenon pointing to continuities is the collecting in the wild which, although it declined at the same rhythm that the new animal economy developed, has persisted to this day, profusely for the least considered taxa (fishes and invertebrates), and resurfacing in new iterations for mammals, birds, reptiles and amphibians (capture for purposes of conservation, for scientific collecting, ). / Doctorat en Histoire, art et archéologie / info:eu-repo/semantics/nonPublished

Les données sur la transition tardiglaciaire-holocène (de 14500 a 6000 bp) s'appuient sur les resultats livrés par le gisement de st. Thibaud-de-Couz (Savoie, Chartreuse) et une dizaine de sites à stratigraphies developpées qui ont fait l'objet de fouilles récentes. Ces sites représentent des remplissages karstiques qui permettent d'avoir une vision précise mais ponctuelle sur les modalités du passage du dernier glaciaire à l'interglaciaire actuel. L'approche chronostratigraphique assure les bases chronologiques des évolutions naturelles et culturelles. L'étude d'une douzaine de séquences stratigraphiques a permis de distinguer quelques types d'enregistrement sédimentaire propres à chaque phase de l'évolution climato-sédimentaire. La reconstruction de l'évolution paléoclimatique a été faite selon deux approches complémentaires: 1) la sédimentologie met particulièrement en évidence les manifestations de l'humidité qui sous climat froid engendre une importante sédimentation détritique et sous climat chaud des dépôts carbonatés ; 2) l'étude des faunes de mollusques terrestres permet de préciser les conditions paléoécologiques et climatiques locales ; la présence d'une association à columella de type périglaciaire est significative. Les resultats mettent particulièrement en évidence le caractére instable du climat. Le problème des occupations humaines est abordé a travers l'étude des outillages lithiques sous deux aspects: 1) l'étude pétrographique permet de localiser les gites d'approvisionnement en silex et d'avoir des indications sur les territoires parcourus ; 2) la caractérisation des systèmes culturels est basée sur les séries lithiques considérées en terme d'ensembles structures ; dans ce but une méthode de classement hierarchisé est proposée. Les grandes étapes de l'évolution chronoculturelle sont precisées ; elles sont marquées par de profondes mutations qui caractérisent les cultures de la fin du Paléolithique superieur au Mésolithique et par l'émergence des premieres phases de la néolithisation. Une synthèse intégrant l'ensemble des données bioclimatiques et culturelles permet de proposer un modèle de transition dernier glaciaire-interglaciaire actuel caracterisée par une succession de cycles à régimes climatiques contrastes situés à la charnière de deux périodes à climats plus stables. La mise en parallèle des donnees culturelles suggère une relation forte entre évolutions culturelles et changements bioclimatiques

Historiquement, les animaux sauvages ont toujours représenté une ressource pour les hommes, assurant la sécurité alimentaire des sociétés locales et traditionnelles. L’exploitation touristique de la faune implique dès lors une évolution dans les modes de vie, la culture et les identités locales. L’objectif de cette recherche doctorale est d’analyser le récréotourisme faunique. Les activités récréotouristiques autour de la faune sauvage traduisent une requalification de la ressource faune, ce qui a des impacts à la fois sur les espaces humains et non humains, les jeux de construction territoriale et sur les rapports développés à la faune sauvage. Ce travail analyse les rapports que les sociétés entretiennent avec la faune sauvage à travers les activités récréotouristiques de chasse et de vision. Ces deux formes de tourisme sont généralement opposées car le tourisme de vision est présenté comme un usage non-consomptif de la ressource alors que le tourisme de chasse est reconnu comme un usage consomptif de la ressource. Dépassant certaines idées reçues sur les pratiques de la chasse et une approche manichéenne entre ces différentes activités, il convient d’interroger les distinctions et / ou le rapport dialogique entre ces pratiques. Afin de conduire cette recherche, le choix d’une analyse comparative a été retenu, laquelle se propose de mettre en perspective différentes études de cas en France et au Canada. Ce travail comparatif permet de mieux comprendre les enjeux touristiques et territoriaux associés à la gestion de la faune sauvage et de penser la transférabilité des processus observés entre différents terrains d’études. D’un point de vue méthodologique, ce travail doctoral nous a conduite à définir un cadre analytique organisé autour de quatre entrées croisant des (i) aspects conceptuels, (ii) l’analyse d’archives, (iii) des méthodes d’observation ainsi que (iv) des outils d’analyse des rapports homme / faune via l’analyse de discours des populations touristiques. La première partie de ce travail présente le contexte théorique de l’étude et la démarche systémique de cette recherche (chapitre 1, 2 et 3). En termes de résultat, ces présupposés méthodologiques et théoriques nous ont permis d’analyser comment les dynamiques du récréotourisme faunique agissent, réagissent et rétroagissent sur l’ensemble du système territorial. Ainsi, la deuxième partie interroge l’organisation socio-spatiale des activités récréotouristiques de chasse et de vision (chapitre 4 et 5). Ces différentes formes de tourisme sont analysées en prenant en compte l’implantation de ces activités au sein des territoires, les attentes touristiques de la part des visiteurs, et les effets des différentes pratiques sur les populations fauniques. La troisième et dernière partie s’intéresse à l’évolution des rapports hommes / faune sauvage dans le temps et l’espace au regard des activités récréotouristiques développées. Le chapitre 6 s’intéresse aux rapports dialectiques entre processus de patrimonialisation et les usages acceptés ou non de la ressource faunique, alors que le chapitre 7 propose une réflexion sur les rapports hommes / animaux à l’échelle de l’individu en interrogeant l’éthique de chacun dans ses usages, ses comportements et ses pratiques développés autour de la faune sauvage. / Historically, wildlife has always been a resource for mankind by ensuring food safety to local and traditional societies. Wildlife tourism represents an evolution in the use of wildlife and affects livelihoods, culture and the local identities. The aim of this PhD research is to have a better understanding of what is wildlife tourism. This specific tourism causes a requalification of the resource, which has some impacts on human and non-human spaces, on the territorial building processes and on the relationship between men and animals. This research focuses particularly on these issues by studying wildlife viewing tourism and sport hunting tourism. These two kinds of tourism are usually in conflict because wildlife tourism is viewed as a non-consumptive tourism whereas hunting tourism is viewed as a consumptive tourism. Going beyond some common preconceptions on these different tourisms, we question the differences and/or the dialogical relationship between these practices. To conduct this research, we chose to lead a comparative analysis putting into perspective different case studies in France and in Canada. This comparative work allows a better understanding of tourism and territorial stakes linked to wildlife tourism and it allows to reflect on the transferability of processes observed between different fieldworks. From a methodological point of view, we have defined a framework to analyse wildlife tourism. This framework is based on conceptual aspects, analysis of archives, observation methods and discourse analysis. The first part of this work presents the theoretical context and introduces the systemic approach of this research (chapter 1, 2 and 3). These methodological and theoretical presuppositions are used to analyse how wildlife tourism dynamics act, react and retroact on the whole territorial system. The second part questions the socio-spatial organisation of wildlife viewing and hunting tourisms (chapters 4 and 5). These forms of tourisms are studied taking into account the settlement of these activities on space, the visitors’ expectations and the impacts on wildlife populations. The third and last part discusses the evolution of the relationship between humans and wildlife in time and space according to the tourism activity. Chapter 6 looks at the dialectical link between heritage processes and the uses of wildlife resource that are accepted or not, whereas chapter 7 suggests a reflection on human / animal interaction at the individual level questioning the people’s ethic in their use, behaviour and habits developed around wildlife.

Salmonella est une bactérie zoonotique qui représente un problème majeur de santé publique. Le porc est identifié comme l'un des principaux réservoirs de Salmonella. L'objectif de ces travaux de recherche était d'identifier les mesures prioritaires à mettre en place afin de limiter la présence de Salmonella dans la filière porcine réunionnaise. Près de 80% des élevages de porcs investigués étaient infectés par Salmonella en fin d'engraissement. Cette infection asymptomatique est associée à plusieurs facteurs de risque : les conditions géo-climatiques (altitude et pluviométrie), la production de volailles sur le site, la taille de l'élevage et la présence de salmonelles dans les salles avant l'entrée du lot. Le suivi longitudinal a d'ailleurs mis en évidence que les salmonelles résiduelles étaient la principale source d'infection, que ce soit pendant l'élevage, le transport et l'attente. Ces résultats soulignent l'importance d'améliorer l'efficacité des protocoles de nettoyage et de désinfection. La faune sauvage semble également impliquée dans l'épidémiologie de Salmonella dans la filière porcine. Une forte similarité génétique a été observée entre les souches isolées de rongeurs et de cafards et celles isolées des porcs. Par ailleurs, une prévalence en Salmonella de 16,5% dans les saucisses à base de porc démontre que Salmonella dans la filière porcine peut représenter un risque pour la santé humaine à La Réunion. Ces travaux de recherche démontrent la nécessité d'agir aux différents maillons de la filière porcine. En outre, une lutte globale doit être envisagée, incluant les différentes filières, les industriels, les services vétérinaires et les pouvoirs publics. / Salmonella is a zoonotic bacterium that represents a public health burden all over the world. Pig is considered as one of the main reservoir of this pathogen. The goal of this research project was to identify the main measures that would limit the presence of Salmonella in the Reunionese pig production. Nearly 80% of the pig farms investigated were infected with Salmonella at the end of the fattening period. This asymptomatic infection was associated with several risk factors: geo-climatic conditions (altitude and rainfall), poultry production on the same site, the size of the farm and the presence of residual Salmonella in rooms before the loading of the pig batch. Furthermore, the longitudinal investigation highlighted that environmental residual Salmonella were the main source of infection whether at farm, during the transport and the lairage of pigs. These results strengthen the importance of improving efficiency of cleaning and disinfection procedures. The wild fauna of Reunion Island seems to be involved in the epidemiology of Salmonella in the pig production, since high genetically relationships were observed between Salmonella strains isolated from rodents and cockroaches and those isolated from pigs. Otherwise, our study also highlighted Salmonella prevalence of 16.5% in pork sausages demonstrating that Salmonella in the pig production may represent a risk for public health in Reunion Island. These works stress the need to act at each stage of the pig production. Moreover, a global effort has to be considered, including professionals of the different animal production, industrials, veterinary and health services and authorities.

Le virus Schmallenberg (SBV) appartient au genre Orthobunyavirus, au sein de la famille des Bunyaviridae. Ce nouveau virus, découvert en 2011 au nord-ouest de l’Europe, affecte les ruminants domestiques. Il est responsable de signes cliniques discrets chez les adultes et de malformations congénitales chez les nouveau-nés. Ces travaux de thèse s’inscrivent dans les projets d’étude de la pathogenèse de l’infection à SBV et de l’épidémiologie de la maladie, dans le cadre d’un programme de recherche européen sur le virus. Ce manuscrit inclut de nouvelles données, telles les cinétiques de la virémie et de la séroconversion chez les ovins et caprins, après infection expérimentale par SBV. La possibilité d’infection par SBV par voie vaginale est démontrée expérimentalement chez la chèvre. Après infection expérimentale de chèvres gestantes entre 28 et 42 jours de gestation, une mortalité fœtale ou des lésions du système nerveux central des fœtus peuvent survenir. Enfin, la sensibilité de plusieurs espèces de ruminants sauvages et exotiques de parcs zoologiques vis-à-vis de SBV est démontrée pour la première fois. / Schmallenberg virus (SBV) belongs to the genus Orthobunyavirus in the family Bunyaviridae. This new virus was discovered in 2011 in Northwestern Europe in domestic ruminants. Infection by SBV is associated with mild clinical signs in adult and congenital malformations in the progeny. In the scope of the European research program on SBV in the pathogenesis and epidemiology areas, the works included in this thesis provide new data about SBV infection in livestock and wild and exotic ruminants. The kinetics of viremia and seroconversion after experimental SBV infection are described in sheep and goats. This manuscript includes evidence of SBV infection via vaginal route in goats. Experimental SBV infection in pregnant goats between 28 and 42 days of gestation can lead to death or central nervous system lesions in fetuses. Evidence of susceptibility to SBV in several species of wild and exotic ruminants kept in zoos is described for the first time.

La compréhension des processus contrôlant le fonctionnement des mangroves est capitale au vu des services socio-économiques/écosystémiques rendus par ces écosystèmes et des menaces qu’ils subissent. En Guyane Française, les mangroves se développent rapidement en réponse aux contraintes sédimentaires récurrentes induites naturellement par les apports sédimentaires amazoniens. Cette thèse étudie la structure et la composition de trois classes de taille de communautés benthique (méso, macro, mégafaune), et les activités de bioturbation associées (remaniement sédimentaire biologique : RS, terriers) dans les jeunes stades de mangrove. 51 taxons de méso-macrofaune et 12 espèces de crabes (mégafaune) ont été identifiés. Bien que la biodiversité benthique soit spécifique à l'âge de la mangrove, des taxons tolèrent les modifications brusques du milieu, et cette persistance maintient des fonctions clés du remaniement sédimentaire tout au long du développement des mangroves. L’intensité du RS varie le long de ce gradient (21-146 g PS.m-2.cycle tidal-1). Si les crabes dominent le RS, cette thèse souligne la contribution effective de la méso-macrofaune aux transports particulaires. Les communautés benthiques montrent des capacités de bioturbation adaptées aux instabilités récurrentes du littoral. Les variations du RS au cours du temps pourraient indiquer l’état fonctionnel des mangroves. Cette étude conclut que l’hétérogénéité morpho-sédimentaire au sein des jeunes stades de mangroves influence la structuration spatiale des crabes, le remaniement sédimentaire qu’ils induisent, et la morphologie des terriers. Les microhabitats devraient être considérés lors de l'évaluation du rôle fonctionnel de la faune benthique des mangroves. / Understanding the processes that control mangroves functioning is essential regarding the socioeconomic/ecosystemic services these ecosystems provide and the increasing threats they suffer. In French Guiana, mangroves grow rapidly in response to natural sedimentary perturbations caused by sediment inputs from the Amazon River. This thesis characterizes the structure and the composition of benthic fauna communities (three size classes: meso-, macro- and megafauna) and the associated bioturbation activities (biological sediment reworking: SR, burrows) in mangrove early growth stages. 51 meso- macrofaunal taxa and 12 crab (megafauna) species were identified.Despite a mangrove age specific biodiversity, some taxa tolerate abrupt environmental changes, and such persistence maintains key sediment reworking functions along mangrove development.The SR intensity varies along this gradient from 21 to 146 g DW.m-2.tidal cycle-1. Burrower crabs dominate the SR but this thesis also outlines the non-negligible contribution of smaller-sized (meso- and macrofauna) organisms to particulate transport. Benthic communities’ bioturbation capacities are adapted to recurrent environmental instabilities. Changes of the biologicallyinduced SR may be used as a proxy of the functional status of mangrove ecosystems. This study concludes that morpho-sedimentary heterogeneity of early-growth mangrove stages influences crab spatial structuration, the crab-induced sediment reworking and burrow shapes. Thus, microhabitat specificities should be considered when evaluating the role of benthic fauna in mangroves ecosystem functioning.