Bilan sur la faune carcinologique (Decapoda & Stomatopoda) des îles de Polynésie française : historique des recherches, inventaire à jour avec plus de 900 espèces, écologie des principaux taxons, importance économique, bibliographie.

Une des préoccupations de la société est de trouver un compromis entre le développement des territoires et la protection de la faune sauvage. La prise en compte des déplacements des animaux lors de projets d’aménagement nécessite de connaître les comportements des différentes espèces et de définir ce qui a une influence sur leur localisation et sur la sélection de leur lieu de vie. Notre objectif est de pouvoir représenter les déplacements d’animaux sur un espace géographique précisément décrit afin ensuite de simuler et d’évaluer les conséquences des aménagements.Nous avons commencé par analyser l’influence des éléments du paysage sur les déplacements à partir de localisations connues d’animaux comme des traces GPS (suivis menés par l’ELIZ, l’ANSES, l’ONCFS, l’INRA)et de données de description de l’espace notamment la BD TOPO®. Les cas d’étude correspondent à des milieux différents et à trois espèces : renard, chevreuil et cerf. Nous avons pu confirmer le rôle de certains caractères de l’espace selon les cas d’étude. Par exemple les préférences spatiales lors des déplacements des renards en milieu périurbain semblent se porter sur la végétation arborée et des lieux peu occupés par les hommes pendant certaines parties de la journée (parcs, zones d’activités, le long des voies ferrées). Concernant les cervidés en milieu forestier, la pente et le type de peuplement paraissent avoir le plus d’influence sur les déplacements.À l’aide des connaissances extraites par les analyses et de la littérature, nous avons défini et implémenté dans la plateforme GeOxygene un modèle de simulation de déplacements d’animaux. Les trajectoires sont construites par une approche agent reprenant le comportement spatial selon l’espèce et l’influence des éléments du paysage favorables ou faisant obstacle. Nous effectuons une analyse critique de notre modèle puis nous proposons des pistes d’enrichissement à l’aide de la comparaison avec les observations et le retour des écologues. Enfin des scénarios d’aménagement sont testés dans le but de mettre en évidence leur impact et leur efficacité. / Finding compromises between human development and wildlife protection is one concern of society.Taking into account animal movements in planning projects requires some knowledge on species behaviours and on what determines their localizations and their habitat places. Our goal is to be able to represent animal movements on an accurate geographical space in order to simulate and to evaluate the consequences of planning decisions. We first analysed how the features of the landscape influence movements from collected localizations on animals, for example GPS tracks (studies of ELIZ, ANSES, ONCFS, INRA) and from data describing spacesuch as BD TOPO®. The studied cases are about several types of environment and three species: red fox,roe deer and red deer. We found some results that confirm the role played by the spatial features,depending on the studied cases. For instance in a periurban environment, foxes seem to be more inwooded patches and in places with few human activities during some parts of the day (squares, areas with industrial or commercial activities, sides of railways). In a forested environment, deers are more likely to be influenced by slope and forest stands. Thanks to knowledge from data analyses and to literature, we defined a simulation model for animalmovements. We implemented it in the GeOxygene platform. The trajectories are built with an agent approach by taking into account the spatial behaviour of the species and the influence of elements that favour or hinder movements. We proposed a critical view of the modelling choices and some improvements from the comparison with observations and experts advices. Then, scenarios within frastructures are defined so that to identify their impact and their efficiency.

Le monde rural gabonais est un espace en grande partie vidé de ses populations, soumis depuis longtemps aux pressions de l’exploitation forestière et, depuis une vingtaine d’années, à une politique de conservation très volontaire. Nous avons voulu étudier l’impact de ces pressions sur le monde rural contemporain en nous centrant plus particulièrement sur les aires de conservation. C’est dans la province de l’Ogooué-Ivindo, autour de trois parcs nationaux (Ivindo, Mwagné et Lopé), que nous avons examiné les activités de conservation, de production, les acteurs impliqués ainsi que les conflits qui en résultent. En dépit d’une histoire largement défavorable au monde rural, en dépit aussi de la mauvaise répartition des richesses, des infrastructures et des services, profitant presqu’exclusivement aux villes au détriment des zones rurales, et en dépit enfin de politiques de conservation très contraignantes pour les populations rurales, les villages continuent à exister – en grande partie grâce à la tradition. Les solutions proposées telles que l’attribution des forêts communautaires initiée récemment par l’état gabonais, peuvent-elles permettre de raviver les villages et de faire participer les populations rurales au processus de développement de leurs localités ? Au-delà de cette question, cette thèse permet d’engager des réflexions sur des actions possibles pour éviter l’extinction des villages gabonais. / Gabonese rural world is an area largely emptied of its populations, subjected for a long time to the pressures of the forestry development and, for about more than twenty years, to a very voluntary conservation policy. We have wanted to study the impact of these pressures on the contemporary rural world by focusing our work particularly on the conservation areas. It is in the province of Ogooué-Ivindo, around three national parks (Ivindo, Mwagné and Lopé) that we examined the activities of conservation and production, the actors involved as well as the conflicts which result from them. The history widely unfavorable to the rural world, the unequal distribution of wealth, infrastructures and services, benefiting almost exclusively the cities to the detriment of the rural areas and the conservation policies too binding for the rural populations have made it difficult for villages to survive. In despite of all this, they still exist - largely thanks to the local tradition. But, can possible solutions such as the attribution of community forests, introduced recently by the Gabonese state, bring villages back to life and make rural populations participate in the process of developing their localities? Beyond this question, this thesis seeks to initiate a process of reflection on possible actions to stop the extinction of the Gabonese villages.

L’utilisation de matières résiduelles fertilisantes (MRF) dans les plantations de peupliers hybrides (PEH) au Québec pourrait en maximiser la productivité et le volume marchand. Elle présenterait aussi l’avantage de minimiser l’enfouissement ou l’incinération des MRF. Cependant, le dosage des MRF doit être calibré en fonction de la réponse optimale des arbres. L’étude a été réalisée dans une plantation de PEH en Estrie. Un dispositif expérimental comprenant deux blocs (répétitions) de cinq parcelles - un témoin et quatre traitements de combinaisons de biosolides papetiers et de boue de chaux - y a été mis en place à l’automne 2012 et au printemps 2013, soit trois ans avant l’échantillonnage (été 2015). Les traitements représentaient les doses suivantes : 140 et 15 t ha-1 (humides), 140 et 30 t ha-1, 240 et 15 t ha-1 et 240 et 30 t ha-1 de biosolides et de boue de chaux, respectivement. Les propriétés physico-chimiques du sol et la morphologie et la nutrition des PEH ont été évaluées. Nous avons observé un effet très significatif des traitements de MRF sur la croissance des PEH par rapport aux parcelles non traitées. La hauteur des arbres a augmenté de 1,6 à 2 fois, le diamètre de 2,5 à 4 fois, la surface foliaire de 3 à 8 fois et le poids foliaire de 2,7 à 9 fois dans les parcelles traitées comparativement aux arbres des parcelles non traitées. Toutefois, aucune différence significative n’a pu être constatée entre les différents amendements. Les analyses de nutrition foliaire ont, quant à elles, démontré que la fertilisation avec les MRF permettait de pallier la faible disponibilité des nutriments dans le sol. Ainsi, avec l’ajout de MRF, les macronutriments N, P, K et Ca dans les feuilles se situaient à l’intérieur des plages de concentrations optimales, alors que sans MRF, les feuilles montraient des concentrations sous ces seuils. Malgré les faibles différences observées entre les quatre amendements, le traitement combinant 240 t ha-1 de biosolides et 15 t ha-1 de chaux est celui qui se rapprochait le plus d’une nutrition optimale pour le PEH. Les biosolides papetiers en combinaison avec la boue de chaux donnent des résultats très encourageants en ce qui a trait à la nutrition foliaire et le rendement des plantations du PEH lors des premières années d’établissement. / The use of fertilizing residual materials (FRM) in hybrid poplar (HP) plantations in Quebec could maximize yields and merchantable volumes. It would also have the advantage of minimizing the burial (landfill) or incineration of FRM. However, applications rates of FRM must be calibrated for an optimal response of the trees. The study was conducted in a PEH plantation in the Eastern Townships. An experimental design comprising two blocks (repetitions) of five plots - one control and four combinations of papermill biosolids and lime sludge - was established in fall 2012/spring 2013 and sampling was conducted three years later (summer 2015). The treatments represented the following application rates: 140 and 15 t ha-1 (wet), 140 and 30 t ha-1, 240 and 15 t ha-1 and 240 and 30 t ha-1 of biosolids and lime, respectively. Soil properties as well as morphology and nutrition of HP were evaluated. We observed a highly significant treatment effect on HP growth compared to untreated plots. The height of HP trees in the treated plots increased by 1.6 to 2 times, diameter by 2.5 to 4 times, leaf area by 3 to 8 times and the foliar weight by 2.7 to 9 times compared to the trees in the untreated plots. However, there was no significant difference among the various treatments. Foliar nutrition analyses showed that fertilization with FRM was sufficient to compensate for the low availability of nutrients in the soil. Thus, with FRM application, the macronutrients N, P, K and Ca in the leaves were within the optimal concentration ranges, whereas without FRM, the leaves showed concentrations below these thresholds. Despite the small differences observed among the four amendments, the treatment combining 240 t ha-1 of biosolids and 15 t ha-1 of lime was the one the closest to the optimal nutrition for HP. Papermill biosolids in combination with lime sludge provide very encouraging results in regard to foliar nutrition and yields of HP plantations.

Avec la mise en place des politiques de conservation des espèces sauvages, l'extension de l'urbanisation et l'accroissement des populations humaines, le contact homme-faune a considérablement augmenté au cours de ces dernières décennies. Par conséquent, le nombre de maladies d'origines zoonotiques a explosé avec six apparitions d'agents infectieux par an, dont 75% sont susceptibles d’être transmises par un vecteur. La plupart de ces maladies n'ayant pas encore de vaccins, les principales méthodes d'évitement sont basées sur les stratégies de lutte anti-vectorielle adaptées à l'écologie et au comportement alimentaire des vecteurs. Au Gabon, particulièrement dans les parcs nationaux, nous avons identifié six espèces de glossines (Glossina palpalis palpalis, G. fuscipes fuscipes, G. fusca congolense, G. pallicera newsteadi, G. caliginea et G tabaniformis) vivant principalement en milieux forestiers, six espèces de stomoxes (Stomoxys calcitrans, S. inornatus, S. niger niger, S. niger bilineatus, S. omega omega et S. transvittatus) inféodées aux milieux ouverts types forêt secondaire, savane et villages. Nous avons également identifié six espèces de tabanides (Ancala sp., Atylotus sp., Chrysops sp., Haematopota sp., Tabanus par et T. taeniola), mais leur distribution n'était pas claire dans les milieux prospectés. Par ailleurs, nous constatons que ces mouches hématophages ont un régime alimentaire très diversifié, comprenant les mammifères terrestres et aquatiques, les reptiles et les oiseaux. Elles se nourrissent à 86% sur la faune, contre seulement 14% sur l'homme. Cependant, dans les milieux anthropisés les repas sanguins d'origine humaine sont très importants, notamment dans les villages (100%) et autour des camps de recherche implantés dans les parcs (24%). Ainsi en l'absence de faune dans le milieu, ces mouches hématophages se nourrissent sur l'homme. Comme 75% des maladies émergentes chez l'homme proviennent de la faune sauvage et que près de ¾ d'entre elles circulent via le sang, elles sont donc susceptibles d’être détectées dans les repas sanguins de mouches hématophages. Cette technique d'échantillonnage non-invasif de la faune sauvage semble être un bon moyen d'identifier les agents infectieux à ADN (plasmodiums et trypanosomes), mais reste encore imprécise pour les agents infectieux à ARN (arbovirus). / The contact between human and wild fauna has considerably increased during these last decades due to the increase of human population size but also to conservation policies. As a consequence, the number of zoonotic diseases soared with a mean of six new infectious diseases per year, 75% of whom being vectorially transmitted. The way to avoid the human contamination by these emergent diseases is based on the efficient vector control resulting from a deep knowledge of the ecology and the feeding behavior of the different vector species. During our work, we have identified and characterized the ecology of 6 tsetse species (Glossina palpalis palpalis, G. fuscipes fuscipes, G. fusca congolense, G. pallicera newsteadi, G. caliginea and G. tabaniformis) that live in forests and 6 stomoxe species (Stomoxys calcitrans, S. inornatus, S. niger niger, S. niger bilineatus, S. omega omega and S. transvittatus) that live in and around (anthropized places) conservation areas. We have also identified 6 tabanid species (Ancala sp., Atylotus sp., Chrysops sp., Haematopota sp., Tabanus par and T. taeniola). The feeding ecology of the tsetse species have been studied through the determination of host extracted from blood meals in the insect caught with molecular techniques. These hematophagous insects had a diversified diet that was constituted of diverse mammal species but also reptiles and birds. The food intake results mostly from wild fauna (86%) and more rarely from humans (14%). However, in anthropised habitats (villages and research’s camps within the parks), the blood intakes from human origin were important, in particular in the villages (100%), suggesting that without wild fauna the flies shift on human host. In the last part of our work, we tried to identify pathogens in the blood samples extracted from the tsetse species in order to test whether these species could be used as living sampling syringe of the wild fauna. This new proposed non-invasive sampling techniques allowed to detect the DNA of various infectious agents (plasmodiums and trypanosomes), but failed to detect the RNA of viruses (arbovirus) suggesting that this approach could be useful but need to be improved.

Les jardins associatifs (p.ex. familiaux) connaissent aujourd’hui un regain d’intérêt en France et sont souvent associés à de nombreuses fonctionnalités et services au sein des systèmes urbains (p.ex. alimentation, support de biodiversité). A ce titre, les sols de jardins représentent un enjeu majeur et leur caractérisation, aussi bien physicochimique que biologique nécessite d’être mieux appréhendée. Quelle est la relation entre les caractéristiques physicochimiques et les pratiques de jardinage ? Quelle est l’influence de ces propriétés sur la biodiversité fonctionnelle et taxonomique ? Pour répondre à ces questions, des investigations ont été menées au sein de jardins potagers choisis pour être représentatifs de la variabilité de ces systèmes sur le territoire national français. Les travaux ont porté sur les propriétés agronomiques et toxiques des terres de surface. La végétation et les microarthropodes du sol ont aussi été caractérisés. A l’aide de plusieurs bases de données, des comparaisons avec d’autres usages de sols ont permis de replacer les sols de jardins étudiés au sein de la couverture pédologique française. Ainsi, en dépit de teneurs totales élevées en métaux, les sols de jardins présentent une fertilité physicochimique indéniable et sont le support d’une biodiversité du sol élevée. En revanche, pour la végétation, une homogénéisation biotique croissante au sein des villes est observable avec la sélection d'espèces ayant des traits adaptés au milieu urbain. Les sols de jardins, pourtant situés dans un contexte urbain fortement anthropisé, ne doivent donc pas être considérés comme des écosystèmes dégradés, mais au contraire comme une ressource à préserver / Community gardens (e.g. allotments, shared gardens) currently experience a renewed interest among the French and are often associated with many functions and services within urban ecosystems (vegetable supply, biodiversity). As such, garden soils are a major concern and their characteristics (physico-chemical as well as biological ones) need to be better understood. What connection is there between the functional quality of garden soils and the alteration of their physico-chemical characteristics by gardening practices? What influence do these properties in garden soils have on functional and taxonomic biodiversity? In order to answer these questions, investigations were conducted in vegetable gardens chosen as representative of the ecosystemic variability within French territory. On one hand work was done on the topsoil's agronomical properties and toxicity. On the other hand these soils were characterised using several biological indicators, such as vegetal species and soil microarthropods. With the help of several databases, we were able to place these garden soils among other french topsoils by comparing them to other land uses. Despite having high total metallic contents garden soils show an undeniable physico-chemical fertility, and support a high level of soil biodiversity. In contrast, an increasing plant biotic homogenisation can be observed within cities. Indeed, there is a selection of species with traits that are particularly adapted to urban environments. In conclusion, even though garden soils exist in a highly anthropised urban context they are not degraded ecosystems, but rather a precious resource

Jusqu’à présent, l’écologie des chauves-souris en forêt boréale n’était pas étudiée au Québec. La petite chauve-souris brune (Myotis lucifugus) et la chauve-souris nordique (Myotis septentrionalis) nichent dans des arbres en été et pourraient être affectées par les aménagements sylvicoles en forêt boréale. Mon premier objectif était de trouver dans la littérature les principales variables impliquées dans la sélection des arbres gîtes des chauves-souris cavicoles. Mon second objectif était de trouver les variables impliquées dans la sélection des arbres gîtes des espèces du genre Myotis en forêt boréale aménagée. Mon troisième objectif était de déterminer la proportion et la répartition spatiale des habitats diurnes potentiels à travers la partie méridionale du massif des Laurentides. Ma synthèse quantitative se base sur 34 études réalisées en Amérique du Nord. Le diamètre des arbres apparaissait comme étant un élément clé à considérer dans la sélection des arbres gîtes des chauves-souris cavicoles, particulièrement à des latitudes nordiques. J’ai suivi par télémétrie 22 chauves-souris mâles capturées dans différents secteurs de la forêt Montmorency (Québec, Canada). J’ai comparé les arbres et les peuplements sélectionnés par les chauves-souris à des points aléatoires pour évaluer la sélection des arbres gîtes. Les chicots avec un stade intermédiaire de détérioration étaient principalement sélectionnés. Le diamètre et la hauteur des arbres, l’ouverture de la canopée et la densité de chicots étaient les variables les plus importantes à considérer dans la sapinière (Abies balsamea) à bouleau blanc (Betula papyrifera) de l’Est-du-Québec. J’ai utilisé ces résultats pour générer des cartes d’habitat diurne potentiel des espèces du genre Myotis à travers la partie méridionale du massif des Laurentides. Les sommets avaient un moindre potentiel pour les chauves-souris du genre Myotis. La sapinière à bouleau blanc apparaissait plus propice pour la chauve-souris nordique, comparée à la petite chauve-souris brune. Favoriser ou maintenir des arbres de gros diamètre et des îlots de végétation de 0,1 hectare comprenant un minimum de 10 chicots devrait préserver les arbres gîtes des espèces du genre Myotis en forêt boréale aménagée du Québec. Augmenter la proportion de parcelles résiduelles surannées permettrait de préserver les habitats diurnes potentiels des chauves-souris du genre Myotis à travers la partie méridionale du massif des Laurentides. / Until now, the ecology of bats in boreal forest was not studied in Quebec. Little brown bats (Myotis lucifugus) and northern long-eared bats (Myotis septentrionalis) roost in trees during summer and might be affected by logging in boreal forest. My first objective was to find in the literature the main variables implicated in roost selection by cavity-roosting bats in North America. My second objective was to find the variables implicated in roost selection by Myotis species in a managed boreal forest. My third objective was to determine the spatial distribution and proportion of potential roosting habitats over the southern part of the Laurentian Highlands. My quantitative synthesis was based on 34 studies performed in North America. Tree diameter appeared to be a key element to consider in roost selection by cavity-roosting bats in North America, especially in Nordic latitudes. I monitored by telemetry 22 male bats captured in various sectors of the Montmorency forest (Quebec, Canada). I compared trees and stands selected by bats to random points to evaluate roost selection. Snags with an intermediate decay stage were mainly selected. Tree diameter and tree height, canopy opening and snag density were the most important variables to consider in the eastern balsam fir (Abies balsamea)-paper birch (Betula papyrifera) forest of Quebec. I used these results to generate roosting habitat suitability maps of Myotis species over the southern part of the Laurentian Highlands. Summits seemed to have a low potential for Myotis species. The balsam fir-white birch forest appeared more suitable for the northern long-eared bat, compared to the little brown bat. Promoting or maintaining large diameter trees and vegetation clusters of 0.1 hectares containing a minimum of 10 snags should preserve roosts of Myotis species in the managed boreal forest of Quebec. Increase the proportion of residual patches of old-growth forest should preserve suitable roosting habitats for Myotis species over the southern part of the Laurentian Highlands.

La sélection de l'habitat par les espèces animales est rarement abordée par des études à long terme. Basé sur 11 années de pistage sur la neige, j’ai examiné 1) s’il est possible d’élaborer un indice de population fiable avec des dénombrements de pistes comparés à des ventes de peaux de mustélidés, l'écureuil roux et la marte, 2) si la sélection de l'habitat du lièvre est influencée par la densité de l’espèce, 3) si la profondeur de la neige exerce une influence sur l'utilisation de l’habitat du lièvre, 4) et si l’association spatiale entre la martre et le lièvre est réduite lorsque l’abondance de prédateurs concurrents, le lynx du Canada et le renard roux, augmente. Chaque année, 91,3 km ± 28,9 km (moyenne ± SD) de transects ont été parcourus. Pour le premier objectif, des modèles linéaires généralisés du nombre de pistes de chaque espèce ont été développés, en fonction de l'effet de l'année (variable catégorique) et des descripteurs de la végétation. Les estimations des effets de l'année étaient étroitement associées avec les ventes des peaux d'écureuil roux et de belettes. Le nombre moyen de pistes par effort d’échantillonnage étaient associés avec les ventes de peaux de martre. La fréquentation de jeunes peuplements (20-40 ans) était influencée par l’indice de population de lièvres durant l'année précédente. À l’intérieur d’un hiver, le lièvre était davantage associé à feuillage au-dessus de 2 m (données LiDAR) à mesure que la neige devenait plus profonde. Finalement, la relation de causalité entre le lièvre, la martre, l'écureuil roux, le renard roux et le lynx a été déterminée par l'analyse de piste (path analysis). L’association spatiale entre les lièvres et la martre diminuait lorsque l’abondance de lynx dans l'année précédente était élevée. Cette étude démontre l’importance de la prise en compte de la dynamique écosystémique à long terme tel que le climat et la dynamique de la population, et de l’espèce focale, lors de l’étude de la sélection de l’habitat. Elle incite à la prudence dans les projections à long terme basées sur des approches simples telles que les indices de qualité des habitats. Dans un contexte d’aménagement forestier, il est probable que les changements à court terme et à long terme dans la végétation et l’enneigement, suite aux pratiques forestières et aux changements climatiques, auront des effets complexes sur la répartition spatiale des mammifères hivernants. / Habitat selection by animals has rarely been the focus of long term studies. Based on 11 years study of snow tracking, I investigated whether 1) population indices derived from snow tracking agreed with pelt sales in marten, red squirrel and weasels, 2) habitat selection by snowshoe hare is influenced by conspecific density, 3) snow depth influenced habitat use pattern of snowshoe hare, 4) spatial association between marten and hare is reduced when other hare predators, lynx and fox, are more abundant. Each year, 91.3km ± 28.9 km (mean ± SD) of transects were surveyed. For the first objective, generalized linear models were used for track count of each species as function of year effect (categorical variable) and vegetation variables. Estimates of year effects agreed strongly with pelt sales of red squirrel and weasels. Mean track counts by sampling effort agreed with marten pelt sales. Hare track counts in young (20-40y) forest stands declined with an increase of conspecific density with one year lag. Hare track counts were increasingly associated to stands with high foliage density above 2m (measured with LiDAR), as snow became deeper in the course of winter. Finally, path analyses of the causal relationship between spatial distributions of hare, marten, red squirrel, red fox and Canada lynx suggested that the hare-marten spatial association declined when lynx abundance in the previous year was high. This thesis underlines the importance of accounting for long term ecosystem dynamics such as population and climate, including those of the focal species, in the study of habitat selection. It raises questions about the validity of long-term projections based on simple approaches such as habitat suitability indices. In a forest management context, short- and long-term changes in the vegetation and snow cover, following forest management and climate change, will have complex effect on wintering mammal spatial distribution.

En intégrant cette étude dans un contexte d'écologie du stress, l'objectif général de cette thèse est d'une part d'évaluer l'exposition et les effets des éléments traces métalliques (ETMs)et du parasitisme chez le mulot sylvestre (apodemus sylvaticus) et d'autre part de contribuer au développement de marqueurs d'exposition et d'effets toxiques non létaux. Au cours de trois sessions de capture, des individus ont été collectés dur 30 sites localisés autour de l'ancienne fonderie de Metaleurop (Nord-Pas-de-Calais) les concentrations en Cd et Pb ont été mesurées dans les organes cibles (foie et reins) et dans les poils des mulots. différents biomarqueurs d'effets toxiques létaux et non létaux ont également été mesurés. Le nombre important de mulots prélevé (n=886) a permis d'étudier l'influence des caractéristiques individuelles (âge et sexe) et des caractéristique paysagères sur les réponses des biomarqueurs. Les résultats indiquent que les concentrations en ETMs des animaux vivants sur les sites les plus contaminés s'avèrent significativement plus importantes que celles mesurées sur les autres sites. En outre, plus de 25% des mulots provenant des sites des plis pollués présente des concentrations supérieures aux seuils toxiques et ont donc un risque accru de développer des pathologies (œdème, cancers). Par ailleurs, cette étude révèle également que ETMs chez le mulot est influencée par les caractéristiques, individuelles (âge et sexe), par l'occupation des sols et qu'elle varie en fonction de la session de capture. De plus, les résultats montrent que les concentrations ETMs [...] et les caractéristiques paysagères modulent les prévalences de certains parasites. En effet, la richesse parasitaire augmente chez les individus les plus exposés aux ETMs. Ces concentrations influencent également les différents biomarqueurs d'effets létaux [...] et non létaux [...]évalués. Ces résultats illustrent donc l'intérêt du développement de biomarqueurs on létaux pour l'évaluation des effets toxiques des ETMs les plus élevées présentent des atteintes au niveau individuel [...] et au niveau cellulaire [...] Cependant, étant donnés les effets potentiels de parasitisme sur la santé de la faune sauvage, les liens de causalité entre la présence d' ETMs et les atteintes observées sont discutables. Ce travail de thèse souligne l'intérêt des approches multi-stress dans le cadre de l'évaluation de la santé de la faune sauvage. / By integrating this study in a stess-ecology Framework, the aim of this thesis is to assess exposure and effects of trace metals (TMs) and parasitism on wood mouse[…] and to contribute to the development of non-lethal exposure and toxicity makers […].This study also reveals that the accumulations of the TMs in wood mice is influenced by individual characteristics […] and landscape features and varies according to the trapping session. In addition, results show that the concentrations of TMs […] and landscape characteristics modulate the prevalence of some parasites. […].However, given the potential effects of parasitism on animals’ health, the causal links between the presence of TMs and observed alterations are questionable. This work emphasizes the importance of multi-stress approaches on wildlife’s health assessment.

Cette thèse propose une analyse approfondie de la dynamique des changements observés au sein d’une communauté de chasseurs-cueilleurs, les Baka du Gabon. Ce groupe se compose de moins de 1000 individus et parle une langue oubanguienne dans un environnement bantuphone. Une comparaison avec les autres langues du même sous-groupe linguistique met en évidence les spécificités du baka et met au jour des affinités entre cette langue et le monzombo. Ces deux groupes ethnolinguistiques semblent avoir entretenu des relations qui s’inscrivent dans une dynamique d’échange de compétences (chasse-cueillette vs pêche-maîtrise du fer). Ce type de complémentarité se retrouve dans les relations entre les Baka et leurs voisins bantu actuels, dont en particulier les Fang, pour ce qui concerne le Gabon.Le mode de vie des Baka demeure, encore aujourd’hui, largement marqué par la mobilité et la forêt. Toutefois, la sédentarisation imposée par voie gouvernementale, la contigüité avec les Fang de même que l’influence croissante de la mondialisation entraînent des transformations par rapport auxquelles les Baka cherchent à se positionner. Ces dernières touchent la langue (système et utilisation) de même que bon nombre de pratiques socioculturelles (habitat, mobilité, alimentation, subsistance, religion, etc.).La thèse s’efforce d’identifier ces transformations, de les décrire et d’en évaluer l’impact en tenant compte de la diversité des situations. Elle comporte, par ailleurs, une réflexion critique des principes de catégorisation fondée sur l’étude de plusieurs domaines lexicaux (faune, flore, maladie). Certains changements peuvent apparaître en surface sans pour autant remettre en cause, de manière fondamentale, leur attachement à la forêt et à certaines valeurs ancestrales. Toutefois, les différentes pressions exogènes (i.a. sédentarisation, mondialisation) et endogènes (i.a. attitude des individus, transmission) qui déterminent alors le degré d’avancement des différentes transformations, ne doivent pas être sous évaluées en tant qu’elles sont une menace pesant sur la langue, la connaissance de la flore et de la faune et certaines pratiques socioculturelles. / This thesis proposes a detailed analysis on the dynamic of change observed among the Baka from Gabon, a hunter-gatherer community. This group is composed of less than 1000 individuals speaking an Ubangian language inside a Bantu environment. By comparing their language with others from the same linguistic sub-group, some singularities from Baka and some resemblance with the Monzombo sub-group can be seen. These two ethnolinguistic groups, Baka and Monzombo groups, seem to have kept close contact based on skill exchanges (hunting/gathering and fishing/iron skills). This interaction is witnessed in the exchanges the Baka population preserves with their current Bantu neighbors, especially with Fang in Gabon.Nowadays, the Baka way of life is still characterized by their mobility and the forest. Nevertheless, due to a non-migratory lifestyle imposed by the State, the proximity with the Fang group and the growing globalization, dramatic changes are inflicted to the Baka community. Changes at which they are trying to adapt. These constraints do not affect only their language (system and use) but also many sociocultural habits such as settlement, mobility, food and means of support or religion.The aim of this thesis is to identify these ongoing transformations, to describe and to evaluate their impact bearing in mind the singularity of many contexts. An argumentative reflection on categorization principles is also proposed on lexical domains such as fauna, flora and diseases. Certain changes could arise without necessarily questioning their bonds to the forest and ancestral values. Nonetheless, both exogenous (globalization and a sedentary life) and endogenous pressures (individual behavior and culture transmission) determining the progress of different transformations should not be under evaluated as being a threat to the language, to the knowledge of the flora and fauna and to certain sociocultural practices.