Hematopoietic stem cell transplantation (HSCT) is used to treat patient with hematological diseases such as leukemia and genetic conditions such as sickle cell anemia. After HSCT the patients are supervised for signs of relapse of disease or rejection of transplanted cells. This is done by using chimerism analysis. At the department of clinical genetics at Akademiska sjukhuset fragment analysis of short tandem repeats is used for chimerism analysis, which is to be replaced by a Next generation sequencing (NGS) based method called Devyser chimerism, which includes an IVDR labelled kit. The aim of this project was to validate the new method for chimerism analysis. DNA samples from twelve HSCT patients and their donors were analyzed with Devyser chimerism and the results were compared to the results from the current method. The sensitivity of the new method was tested by analysis of artificial chimerism samples from blood donors. The results from the comparison showed a good correlation between methods (R2 = 0,9864) and the sensitivity of the method was confirmed to be 0,1% mixed chimerism. There was some difficulty in identifying enough informative markers for re-transplanted patients two had separate donors. This is a known problem for chimerism analysis in general and not a specific problem to the new method and will not be a hindrance for the implementation of Devyser chimerism at the clinical laboratory.

No description available.

It is of clinical interest to decompose a three material mixture into its constituted substances using dual-energy CT. In radiation therapy, for example material decomposition can be used to determine tissue properties for the calculation of dose in treatment planning. Due to use of polychromatic spectrum in CT, beam hardening artifacts prevent to achieve fully satisfactory results. Here an iterative reconstruction algorithm proposed by A. Malusek, M. Magnusson, M.Sandborg, and G. Alm Carlsson in 2008 is implemented to achieve this goal. The iterative algorithm can be implemented with both single- and dual-energy CT. The material decomposition process is based on mass conservation and volume conservation assumptions. The implementation and evaluation of iterative reconstruction algorithm is done by using simulation studies of analyzing mixtures of water, protein and adipose tissue. The results demonstrated that beam hardening artifacts are effectively removed and accurate estimation of mass fractions of each base material can be achieved with the proposed method. We also compared our novel iterative reconstruction algorithm to the commonly used water pre-correction method. Experimental results show that our novel iterative algorithm is more accurate.

Elektroneurografi är en undersökningsmetod som används för att undersöka nervledingskapaciteten i perifera nerver. Det är en metod som ofta används på sjukhuskliniker vid diagnostisering av perifera nervsjukdomar. Syftet med studien är att undersöka om det finns en signifikant skillnad i motorisk och sensorisk nervledningshastighet, amplitud och F-respons mellan dominant och icke-dominant hand. I studien undersöktes det även om en korrelation finns mellan handgreppsstyrka och svarsamplitud från motorisk elektroneurografi.  I studien deltog 26 testpersoner från biomedicinska analytikerprogrammet i termin 6. Testpersonernas genomsnittsålder är 24 år (range 21-32 år), och testpersonernas kroppslängd är i genomsnitt 169 cm (range 155- 185). Elektroneurografi utfördes motoriskt och sensoriskt på nervus medianus bilateralt. Handgreppsstyrka undersöktes bilateralt med Jamar Hydraulic Hand dynamometer. För samtliga mätvariabler bestämdes signifikantnivån till α=0,05.  Resultatet visar att det finns en signifikant skillnad i sensorisk nervledningshastighet, motorisk amplitud och sensorisk amplitud mellan dominant och icke-dominant hand. Sensorisk nervledningshastighet är högre i icke-dominant hand, medan motorisk och sensorisk amplitud är högre i dominant hand. Däremot kan inte en signifikant skillnad påvisas i motorisk nervledningshastighet, FM-latens samt antalet F-svar mellan dominant och icke-dominant hand. Resultatet visar att det inte finns någon korrelation mellan handgreppsstyrka och amplitud i motorisk elektroneurografi. I dag används samma referensvärden för dominant och icke-dominant hand. Den här studien visar att det kan finnas ett värde i att utforma referensintervall som baseras på handdominans. / Electroneurography is an examination method used for examining the nerve conduction capacity of the peripheral nerve. The method is often used in hospitals in the diagnosis of peripheral nerve injuries. The aim of this study is to examine if there is a significant difference in motor and sensory nerve conduction velocity, amplitude, and F-response between dominant and non-dominant hands. The correlation between hand grip strength and the amplitude in motor electroneurography was also examined in this study.  The study involved 26 students from Biomedical Scientist Programme term 6. The average age of the participants is 24 years (range 21-32 years), and the participants body length is on average 169 cm (range 155-185 cm). Electroneurography was performed on the median nerve bilaterally. Hand grip strength was examined bilaterally with Jamar Hydraulic Hand dynamometer. For all measurement variables, the significant level was determined to α=0,05.  The result shows that there is a significant difference in sensory nerve conduction velocity, motor amplitude, and sensory amplitude between dominant and non-dominant hands. Sensory nerve conduction velocity is higher in non-dominant hand, while motor and sensory amplitude is higher in dominant hand. However, a significant difference cannot be detected in motor nerve conduction velocity, FM-latency, and the number of F-responses between dominant and non-dominant hands. The result shows no correlation between hand grip strength and the amplitude in motor electroneurography.  Today, the same reference values are used for dominant and non-dominant hands. This study shows that there may be a value in creating reference intervals based on hand dominance.

Introduktion: Daratumumab är en monoklonal antikropp som används för att behandla patienter med multipelt myelom (MM), en typ av blodcancer som har sitt ursprung i B-lymfocyter. Daratumumab binder till CD38 som normalt uttrycks på erytrocyternas yta och ger upphov till panreaktivitet vid förenlighetsprövning, som kan maskera kliniskt signifikanta antikroppar. Ditiotreitol (DTT), ett reducerande lösningsmedel, denaturerar den extracellulära domänen av CD38 och därmed hämmar inbindning av daratumumab. DTT-behandling av testerytrocyter vid förenlighetsprövning möjliggör detektion av kliniskt relevanta alloantikroppar.  Syfte: Att verifiera en metod för DTT-behandling av erytrocyter vid förenlighetsprövning, för att detektera alloantikroppar av klinisk relevans och lättare få fram blod till patienter som medicineras med Darzalex.  Metod & materiel: I studien ingick två plasmaprover från patienter med daratumumab behandling. Testerytrocyterna behandlades med olika DTT mängd (80, 160 och 320 L). DTT-behandlade samt obehandlade testerytrocyter testades mot plasmaproverna, negativ kontroll (anti-K) och positiv kontroll (anti-C) vid olika dagar från tillredningsdatum.  Resultat: Daratumumab interferens mot obehandlade testerytrocyter observerades. Reaktionen för samtliga DTT-behandlade testceller vid varje analystillfälle blev negativt, oavsett DTT mängd. Resultaten för den negativa kontrollen visade att det slog positivt vid DTT mängden 80 samt 160 µL och negativ vid 320 µL. Alla reaktioner för den positiva kontrollen var 4+ vid samtliga DTT mängder oavsett analysdag.  Slutsats:  DTT-behandling av erytrocyter inaktiverar CD38 som motverkar panreaktivitet vid serologiska analyser, för att upptäcka eventuella kliniskt signifikanta antikroppar hos patienter som behandlas med daratumumab. Den optimala DTT mängden är 320 µL/1 ml 1% testerytrocyt med upp till 15 dagars hållbarhet vid kylförvaring. / Introduction: Daratumumab is a monoclonal antibody used to treat patients with multiple myeloma (MM), a type of blood cancer that originates in B lymphocytes. Daratumumab binds to CD38, which is expressed on the surface of erythrocytes. This leads to panagglutination in compatibility testing and can mask clinically significant antibodies. Dithiothreitol (DTT), a reductant, denatures the extracellular domain of CD38, thereby inhibiting daratumumab from binding. DTT treatment of RBC-reagents enables the detection of clinically relevant alloantibodies. Purpose: To verify a method for DTT treatment of erythrocytes in compatibility testing, in order to detect alloantibodies of clinical relevance and to ensure that transfusion recipient with Darzalex medication receive compatible blood transfusion. Method: Two plasma samples from daratumumab treated patients were included. RBC-regents were treated with different amounts of DTT (80, 160 and 320 μL). DTT-treated and untreated RBC-reagents were tested against plasma samples, negative control (anti-K) and positive control (anti-C) on different days.  Results: Daratumumab interference with untreated RBC-reagents were observed.  DTT treated RBC-reagents however, showed negative reaction regardless of the amount of DTT used. Results for the negative control showed positive reaction with 80 and 160 µL DTT and negative at 320 µL. Reactions for the positive control were all 4+ no matter the amount of DTT and day it was analyzed.   Conclusion: DTT treatment of erythrocytes inactivates CD38, which prevents panagglutination, to detect any clinically significant antibodies in patients with daratumumab treatment. The optimal DTT amount is 320 µL / 1 ml 1% RBC-reagents and a shelf life of up to 15 days when stored cold.

Introduktion: På senare tid har en ny generation av antikoagulantia (NOAK) uppkommit. NOAK kommer med fördelar då tidigare antikoagulantia behandling krävt täta läkarkontroller, reglering av dosering och hänsyn till kost. Tidigare antikoagulantia som warafarin och hepariner inhiberar flera koagulationsfaktorer. Medan Edoxaban som tillhör NOAK endast hämmar fria faktor Xa och protrombinaktivitet. Som följd av detta har Edoxaban en bättre effekt och ger ett mer säkert resultat vid korrekt ordination. Eftersom Edoxaban elimineras via njurar är det viktigt med njurfunktionskontroller som görs via estimerat glomerulär filtrationshastighet (eGFR). Kreatininbaserad eGFR gjordes med Lund-Malmö-formeln (LM) som är anpassad för den svenska populationen. Cystatin-C-baserad eGFR beräknas via Caucasian-Asian-pediatric-and-adult-cohorts-formeln (CAPA) där endast ålder tas hänsyn, till skillnad från LM-formeln där fler faktorer spelar roll. Syftet: Undersöka korrelationen mellan kreatininbaserade eGFR formeln LM och cystatin-C-baserad eGFR formeln CAPA. Metod: Blodprov togs från 43 Edoxabanbehandlade patienter i Karlstad Centralsjukhus. Patienternas eGFR beräknades via CAPA- respektive LM-formel. Faktorer som vikt, längd och ålder togs till hänsyn. Resultat: LM- och CAPA-eGFR visar en stark korrelation. Slutsats: LM-eGFR påverkas av fler faktorer och som följd fungerar bäst för patienter med balanserad längd och vikt samt stabil kost. Medan CAPA-eGFR, som påverkas av färre faktorer är anpassade för patienter som är över- och underviktiga med mycket varierad kost. / Introduction: A new generation of anticouagulants has emerged called NOAC. NOAC comes with benefits that have previously been problematic for patients treated with anticouagulants such as regular check-ups and dose regulation. Previous anticouagulants, warafarin and heparins, inhibits multiple coagulation factors. While NOAC only inhibits select few factors. For example, Edoxaban only inhibits free factor Xa and prothrombin activity. As result, Edoxaban has a better effect with proper prescription. Edoxaban eliminates through the kidneys which makes renal function tests important – eGFR. Creatinine-based eGFR is calculated via LM-formula which is adapted for the Swedish population. Cystatin-C-based eGFR is calculated via CAPA formula where only age is taken into account whereas the LM-formula relies on multiple factors. Aim: The purpose of the study is to understand the correlation between creatinine- and cystatin-C-based eGFR. Method: blood samples were taken from 43 patient treated with Edoxaban at Karlstad Hospital. eGFR were calculated via CAPA and LM formula. Weight, age and height were taken into account.  Result: A strong correlation shows in LM- and CAPA-eGFR. Conclusion: LM-eGFR is affected by several factors therefore works best for patients with balanced height and weight as well as a stable diet. Patients who are overweight, underweight or has a very varied diet is best fit for CAPA-eGFR which is unaffected by these factors.

Den vanligaste cancerformen hos män är prostatacancer, med 10 000 nya dödsfall årligen. Vid prostatacancerdiagnostik utförs prostata biopsi. För att minska risken för komplikationer i samband med biopsi ges i Sverige en singeldos av antibiotikapreparatet Ciprofloxacin. Andelen bakterier som är resistenta mot ciprofloxacin har ökat. För detektion av genmutationer som orsakar antibiotikaresistens kan droplet digital PCR (ddPCR) användas. Det är en metod som ger en absolut kvantifiering av antalet DNA-sekvenser. Den är baserad på vatten olja-emulsionsdroppsystem.  Syftet med denna studie var att optimera och validera en digital droplet PCR för att detektera och kvantifiera mutationen S83L i gyrA genen från faecesprover, samt att jämföra digital droplet resultat från studieprover med odlingsresultat från resistensbestämning och ration mellan S83L allelen och vildtyps allelen i prover tagna före och efter biopsi. För att optimera och validera metoden användes prover tagna före och efter biopsi från nio patienter som genomgått en transrektal prostatabiopsi och fått en dos antibiotika profylax i samband med ingreppet.  Den optimala annealingtemperaturen bedömdes vara 60°C och den optimala  primer- och probekoncentrationen bestämdes till 1,2 µM respektive 0,4µM. Dessa koncentrationer gav lägst antal falskt positiva droppar. Den minsta detektionsnivån för S83L gyrA (EC40) var 160 kopior/ml och för vildtyps gyrA (EC108) var det 78 kopior/ml. Resultatet från valideringen visade att både vildtyps gyrA och S83L gyrA kunde detekteras och kvantifieras i rektalprover från samtliga patienter. / The most common form of cancer in men is prostate cancer, with 10,000 new deaths annually. In prostate cancer diagnosis, prostate biopsy is performed. To reduce the risk of complications in connection with biopsy, a single dose of the antibiotic drug Ciprofloxacin is given in Sweden. The proportion of bacteria that are resistant to ciprofloxacin has increased. For the detection of gene mutations that cause antibiotic resistance, droplet digital PCR (ddPCR) can be used. It is a method that provides an absolute quantification of a DNA sequence in a sample. It is based on water oil emulsion drop system.  The purpose of this study was to optimize and validate a digital droplet PCR to detect and quantify the S83L mutation in the gyrA gene from faecal samples and to compare digital droplet results from study samples with culture results from resistance determination and the ration between the S83L allele and the wild-type allele in samples taken before and after biopsy. To validate the method, samples taken before and after biopsy were used from nine patients who had undergone a transrectal prostate biopsy and received a dose of ciprofloxacin or trimethoprim in connection with the procedure.  The optimal annealing temperature was determined to be 60 °C and the optimal primer and probe concentrations were determined to be 1.2 µM and 0.4µM, respectively. These concentrations gave the lowest number of false positive droplets. The minimum detection level for S83L gyrA (EC40) was 160 copies/ml and for wild-type gyrA (EC108) it was 78 copies/ml. The results showed that both wild-type gyrA and S83L gyrA could be detected and quantified in rectal samples from all nine patients.

Introduktion: Spirometri är en metod som utförs för att utesluta eller bekräfta en lungsjukdom. Dynamisk spirometri innebär mätning av lungvolymsförändringar över tid och omfattar både långsam och forcerad spirometri. Vid långsam spirometri mäts vitalkapacitet (VK). Vid forcerad spirometri mäts forcerad exspiratorisk volym på en sekund (FEV1), forcerad vitalkapacitet (FVK) och FEV%. Spirometri utförs i sittande position men den kan också utföras i stående position. Syftet med studien var att jämföra och se om det föreligger en signifikant skillnad för VK, FVK, FEV1 och FEV% vid dynamisk spirometri mellan sittande och stående position hos studenter utan känd lungsjukdom.  Material och Metod: Studien bestod av 21 frivilliga studenter med åldrarna 21-32 år, där 18 var kvinnor och tre män. Datainsamlingen utfördes vid Örebro universitet och variablerna som mättes vid undersökningen var: VK, FVK, FEV1 och FEV%. Mätningarna upprepades minst tre gånger i både sittande och stående position och de fick inte skilja sig åt mer än 150 ml. Ett parat t- test användes för att se om det förelåg en statistisk signifikant skillnad i mätvärdena mellan sittande och stående position. Resultat: Det parade t-testet visade att det inte föreligger någon statistiskt signifikant skillnad i variablerna VK (p = 0,19), FVK (p = 0,87), FEV1 (p = 0,37) och FEV% (p = 0,26) mellan sittande och stående position. Slutsats: Det föreligger ingen statistiskt signifikant skillnad för dynamisk spirometri mellan sittande och stående position. För att få en uppfattning om hur kroppsposition påverkar spirometri behövs en större population. / Introduction: Spirometry is a method performed to rule out or confirm a lung disease. Dynamic spirometry involves measuring lung volume changes over time. The dynamic spirometry includes slow and forced spirometry. With slow spirometry, vital capacity (VC) is measured. In forced spirometry, forced exspiratory volume of one second (FEV1), forced vital capacity (FVC) and FEV% are measured. Spirometry is performed in a sitting position but can also be performed in a standing position. The aim of the study was to compare whether there is a significant difference for VC, FVC, FEV1 and FEV% in dynamic spirometry between sitting and standing position in students without known lung disease. Method and Materials: The study consisted of 21 volunteer students aged 21-32, of whom 18 were women and three men. The data collection was performed at Örebro University and the variables that were taken into account when performing it were: VC, FVC, FEV1 and FEV%. The maneuvers were repeated at least three times in both sitting and standing positions and they did not differ more than 150ml. A paired t-test was performed to see if there is a statistically significant difference in the measured values between sitting and standing position. Result: The paired t-test showed that there is no statistically significant difference in the variables VC (p = 0.19), FVC (p = 0.87), FEV1 (p = 0.37) and FEV% (p = 0, 26) between sitting and standing position. Conclusion: There is no statistically significant difference for dynamic spirometry between sitting and standing position. To get an idea of how body position affects spirometry, a larger population is needed.

Studier har tidigare visat surgörning urinprover inför analys av kalcium, fosfat och magnesium inte är nödvändigt. Dessa analyter är viktiga att analysera vid njursjukdomar och det görs med instrumentet Advia Chemistry XPT (Siemens AG, München, Tyskland) på Universitetssjukhuset Örebro. Syftet med arbetet var att se om samma resultat erhölls för kalcium, fosfat och magnesium beroende på om urinen var surgjord eller inte inför analys. Tre metoder utvärderades beträffande behov av surgörning av urin: Metod 1; den nuvarande metoden, urinen surgjordes till pH 3-4. Metod 2; utan surgörning, urinen rumstempererades i 30 min före mätning. Metod 3; utan surgörning, urinen värmdes till 36ºC före varje mätning för att lösa upp eventuella saltkristaller. Alla metoderna utfördes på 30 prover och testades efter 0h, 24h, 3 dagar och 7 dagar. Resultaten sammanställdes i ett linjärt regressionsdiagram och ett Bland Altmann-diagram. Ett förutbestämt acceptansmål var att de genomsnittliga analysresultaten inte skulle ha en större skillnad än 10% vid jämförelse mellan metod 1 och metod 2 respektive metod 1 och metod 3, samt att eventuella avvikande enskilda prover skulle undersökas närmare. Fem av proverna höll inte den förutbestämda 10%-gränsen och mikroskoperades för att se om saltkristaller förekom och surgjordes för att se om provsvaren skulle förändras. I tre av fem prover kunde saltkristaller observeras. Detta gav slutsatsen att alla prover fortsatt måste surgöras eftersom det inte går att avgöra i förväg om provet måste surgöras eller inte eftersom ett tydligt samband inte kunde ses mellan proverna som inte höll 10%-gränsen och de som gjorde det. / Studies have previously shown that acidification of urine samples before analysis for calcium, phosphate and magnesium may not be necessary. These analytes are important to monitor during kidney disease and are, at USÖ, detected using the instrument Advia Chemistry XPT (Siemens AG, München, Germany). The aim of this study was to examine whether the results from analyzing previously mentioned mineral levels would differ depending on whether the urine had been acidified prior to analysis or not. To examine this, three methods were used. Method 1; the current method, where urine is acidified to pH 3-4. Method 2; without acidification, the urine was warmed at room temperature before analysis. Method 3; without acidification, the urine was heated to 36°C before analysis. All methods were assayed on 30 samples which were all examined after 0h, 24h, 3 days and 7 days. Results were compiled using a linear regression diagram and a Bland Altmann diagram. The predetermined acceptance criterion was a maximum 10% difference between mean analyte levels found using methods 2 or 3, in comparison to using method 1. Five samples deviated from the remainder by breaking the 10% limit and were therefore scrutinized under microscope to search for salt crystals, before acidification and reanalysis. Crystals were detected in three of the five samples. As there was no clear connection between the deviating samples, there is no way of knowing prior to analysis whether acidification will be necessary or not, and it is therefore deemed a necessity to acidify all urine samples.

Paracetamol är den aktiva substansen i ett flertal smärtstillande läkemedel. Paracetamol äräven ett vanligt ämne vid självmordsförsök, då en överdos kan leda till livshotandeleverskador. Laboratoriet Klinisk Kemi i Karlskrona hade för avsikt att införa ett nyttreagens för kvantitativ in vitro analys av p-paracetamol på instrumentet Alinity serie cifrån Abbott®. Detta på grund av att reagenset från Abbott® inte behövde kalibreras likaofta som tidigare reagens. Syftet med studien var därför att genomföra en metodverifieringav reagenset Abbotts® Acetaminophen på två Alinity serie ci instrument. För attgenomföra en metodverifiering behövdes reagensets repeterbarhet och riktighetkontrolleras, samt en metodjämförelse genomföras. Detta gjordes genom att analysera enhög och en låg kontroll 25 gånger på masterinstrumentet och 20 gånger påslavinstrumentet. Därefter analyserades samma kontroller 5 gånger över fem dagar påmasterinstrumentet, samt 35 patientprover på både referensmetoden och den nya metoden.Det resultat som erhölls var att samtliga inomserie- och mellanserieprecisioner hade envariationskoefficient inom de riktlinje som företaget angivit. Metodjämförelsen visade ettlinjärt förhållande mellan de båda reagensen med en korrelationskoefficient på 0,9999.Den slutsats som drogs var att det fanns en god repeterbarhet för både master- ochslavinstrument gällande samtliga kontrollnivåer för inomserieprecisionen. Vidare, förmellanserieprecisionen på masterinstrumentet gav även detta en god repeterbarhet för bådakontrollnivåerna. Metodjämförelsen gav ett linjärt samband mellan de två metoderna ochhade en låg bias mellan varandra. Metodverifieringen kunde därför godkännas och den nyametoden Abbotts® Acetaminophen (Abbott Diagnostics) kunde tas i bruk på Klinisk Kemii Karlskrona.