Submitted by isabela.moljf@hotmail.com (isabela.moljf@hotmail.com) on 2016-07-28T18:55:00Z No. of bitstreams: 1 luisclaudiorodriguescarvalho.pdf: 1350672 bytes, checksum: f4bad86ec8db0324baac4c9387c86d4d (MD5) / Approved for entry into archive by Adriana Oliveira (adriana.oliveira@ufjf.edu.br) on 2016-07-29T11:40:41Z (GMT) No. of bitstreams: 1 luisclaudiorodriguescarvalho.pdf: 1350672 bytes, checksum: f4bad86ec8db0324baac4c9387c86d4d (MD5) / Made available in DSpace on 2016-07-29T11:40:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1 luisclaudiorodriguescarvalho.pdf: 1350672 bytes, checksum: f4bad86ec8db0324baac4c9387c86d4d (MD5) Previous issue date: 2015-12-15 / O presente trabalho tem por objetivo verificar como é realizada a gestão dos resultados do Sistema Mineiro de Avaliação da Educação Pública (Simave/Proeb) em duas escolas estaduais de Juiz de Fora. Tais resultados produzidos e divulgados através do Centro de Políticas Públicas e Avaliação da Educação (CAEd) e da Secretaria Estadual de Educação de Minas Gerais tem por finalidade propor melhorias na gestão e na apropriação dos resultados nas mencionadas duas escola. A pesquisa possui uma abordagem qualitativa por utilizar como método o estudo de caso e como instrumentos de coleta de dados a aplicação de entrevistas semiestruturadas e questionários, além de análise documental sobre os resultados obtidos pelos alunos das unidades escolares participantes deste estudo em uma série histórica. Os resultados da pesquisa, além de apontarem para a validade dos momentos de discussão a respeito dos resultados obtidos pelas escolas, identificam oportunidades de melhoria nos respectivos processos utilizados. / This work aims at verifying how the management of the results of the Sistema Mineiro de Avaliação da Educação Pública (Simave/Proeb) − System of Public Education Evaluation of Minas Gerais – in two state schools of Juiz de Fora is done. Such results that were produced and disseminated by the Centro de Políticas Públicas e Avaliação da Educação (CAEd) − Center of Public Policy and Education Evaluation − and the Secretaria Estadual de Educação de Minas Gerais (State Secretariat of Education of Minas Gerais) aim at proposing improvements in the management and appropriation of the results in the two mentioned schools. The research has a qualitative approach as it uses as method a case study, and as tools of data collection the application of semi-structured interviews and questionnaires, besides a documentary analysis on the results achieved by the students of the participating school units of this study in a chronological series. The results of this research, in addition to point out the validity of the moments of discussion about the results obtained by the schools, identify opportunities of improvement in the respective processes used.

Submitted by Renata Lopes (renatasil82@gmail.com) on 2016-09-20T13:47:56Z No. of bitstreams: 1 wellingtonsilva.pdf: 6130109 bytes, checksum: 639bf4b28ab59af38731c1e34562bfcc (MD5) / Approved for entry into archive by Adriana Oliveira (adriana.oliveira@ufjf.edu.br) on 2016-10-04T15:48:34Z (GMT) No. of bitstreams: 1 wellingtonsilva.pdf: 6130109 bytes, checksum: 639bf4b28ab59af38731c1e34562bfcc (MD5) / Approved for entry into archive by Adriana Oliveira (adriana.oliveira@ufjf.edu.br) on 2016-10-04T15:48:47Z (GMT) No. of bitstreams: 1 wellingtonsilva.pdf: 6130109 bytes, checksum: 639bf4b28ab59af38731c1e34562bfcc (MD5) / Made available in DSpace on 2016-10-04T15:48:47Z (GMT). No. of bitstreams: 1 wellingtonsilva.pdf: 6130109 bytes, checksum: 639bf4b28ab59af38731c1e34562bfcc (MD5) Previous issue date: 2010-09-14 / Em 1997, através do Sistema Nacional de Avaliação da Educação Básica – SAEB, definiu-se a escala de proficiência para o Brasil. A partir de então, praticamente todas as avaliações em larga escala realizadas por diversos estados brasileiros têm procurado manter uma comparabilidade de resultados com essa escala, por meio da Metodologia da Teoria da Resposta ao Item – TRI. Entretanto observa-se uma diversidade de situações ao se analisar as diferentes avaliações realizadas pelos Estados brasileiro e até mesmo no próprio SAEB. Nesse trabalho, apresentaremos alguns aspectos técnicos necessários para se garantir a comparabilidade nos procedimentos de linkagem de avaliações, bem como as características das avaliações do SAEB e de alguns estados brasileiros ao longo do tempo. / In 1997, through the National System of Basic Education Evaluation ( SAEB ), the proficiency scale for Brazil was defined. From that time on, almost all the assessment realized by several Brazilian states have tried to keep a result comparability with this scale through Item Response Theory Methodology ( IRT ). However, a variety of situations is observed when different assessments realized in Brazilian states or even at SAEB are analyzed.In this article, some technical aspects needed for ensuring the comparability in the assessment linking procedures are presented, as well as the characteristic of SAEB´s assessment and some Brazilian states´ assessment throughout time.

Submitted by Renata Lopes (renatasil82@gmail.com) on 2017-03-23T13:30:28Z No. of bitstreams: 1 flaviaalmeidaperry.pdf: 2570375 bytes, checksum: d04ef153b0bd65eb5494f601e5ab1307 (MD5) / Approved for entry into archive by Adriana Oliveira (adriana.oliveira@ufjf.edu.br) on 2017-03-24T12:00:28Z (GMT) No. of bitstreams: 1 flaviaalmeidaperry.pdf: 2570375 bytes, checksum: d04ef153b0bd65eb5494f601e5ab1307 (MD5) / Approved for entry into archive by Adriana Oliveira (adriana.oliveira@ufjf.edu.br) on 2017-03-24T12:00:44Z (GMT) No. of bitstreams: 1 flaviaalmeidaperry.pdf: 2570375 bytes, checksum: d04ef153b0bd65eb5494f601e5ab1307 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-24T12:00:45Z (GMT). No. of bitstreams: 1 flaviaalmeidaperry.pdf: 2570375 bytes, checksum: d04ef153b0bd65eb5494f601e5ab1307 (MD5) Previous issue date: 2009-07-08 / A avaliação educacional em larga escala é uma política pública educacional de grande destaque na educação brasileira. Ela tem como principal objetivo analisar a qualidade da educação, trazendo importantes contribuições para as discussões, pesquisas e ações sobre a educação. Ela pode apontar diretrizes na busca de uma melhor qualidade dos sistemas escolares, distribuição mais adequada de recursos, desenvolvimento e monitoramento de políticas públicas capazes de contribuir para a promoção da equidade e para amenizar o peso das desigualdades sociais sobre o desempenho escolar. Na análise dos resultados das avaliações, a interpretação da escala de proficiência pode contribuir para o trabalho desenvolvido nas escolas em busca da construção da aprendizagem, podendo ajudar o professor a compreender a realidade de sua comunidade escolar e servindo como mais uma forma de olhar a educação, trazendo novas informações que podem ser incorporadas à sua avaliação cotidiana. Essas contribuições podem surgir através da análise das escalas de proficiência que agregam valor qualitativo à interpretação dos resultados. Assim, através da interpretação das escalas de proficiência de Língua Portuguesa do 5º ano, construídas com os dados estatísticos e itens do Simave/Proeb-2006, e de acordo com os métodos do Saeb e do Projeto Geres e do Método de Cluster, é possível considerar que as diferenças de critérios de construção de escala de proficiência também implicam em diferenças na interpretação e nas contribuições que as escalas podem trazer à prática docente. Com uma melhor compreensão das escalas de proficiência, o professor pode utilizar melhor os resultados das avaliações educacionais em larga escala, e assim agregar informações ao conhecimento que ele tem da realidade de sua escola e do trabalho desenvolvido na mesma. Porém, para compreender e utilizar os resultados com qualidade é necessário investimento em políticas de formação de professores na área da avaliação educacional em larga escala, melhor apresentação dos resultados que são distribuídos nas escolas e divulgação dos dados de forma contextualizada com cada realidade escolar, favorecendo o uso social dos resultados da avaliação educacional em larga escala. / The educational evaluation on large scale is a public policy on education with great prominence in Brazilian education. Its main target is to analyse the quality of education, coming with important contribution to discussions, researches and actions concerned with education. It can show guidelines in searching for a better quality of the school systems, a more suitable distribution of the wherewithal, and the development and monitoring of the public policies able to contribute to equality promotion and to temper the weight of social inequalities over school performance. Analysing the evaluation results, the interpretation of the proficiency scale can help the work developed in the schools looking for the learning construction, which may help the teacher understand the reality of his school community and working as another way to look over education, bringing new pieces of information that may be incorporated to his daily evaluation. These contributions may show up through proficiency scale analysis that bring qualitative value together to results interpretation. Thus, through the interpretation of proficiency scale on Portuguese Language in Year 5, built up by statistic data and items from Simave/Proeb – 2006, and according to the methods of Saeb and Geres Project and Cluster Method, it is possible to consider that the criteria differences in constructing the proficiency scale also imply in differences in interpretation and contributions that these scales may bring to teaching practice. Having a better comprehension of the proficiency scale, the teacher can use better the results of educational evaluation on large scale, and therefore, bring information together to the knowledge the teacher has about his school reality and the work developed there. To understand and use the results with quality, however, it is needed investment in policies of teaching formation in the area of educational evaluation on large scale, a better presentation of the results that are distributed in the schools and the data publishing in a contextualised way with each school reality, preferring the social usage of the results of educational evaluation on large scale.

Submitted by isabela.moljf@hotmail.com (isabela.moljf@hotmail.com) on 2017-08-29T14:05:27Z No. of bitstreams: 0 / Approved for entry into archive by Adriana Oliveira (adriana.oliveira@ufjf.edu.br) on 2017-08-30T14:36:38Z (GMT) No. of bitstreams: 0 / Approved for entry into archive by Adriana Oliveira (adriana.oliveira@ufjf.edu.br) on 2017-08-30T14:37:15Z (GMT) No. of bitstreams: 0 / Made available in DSpace on 2017-08-30T14:37:15Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-11-18 / Este trabalho avalia o impacto do Bônus de Desempenho Educacional (BDE), que constitui um incentivo pago aos funcionários das escolas da rede estadual de Pernambuco, mediante o cumprimento de metas educacionais pré-estabelecidas. A discussão teórico-metodológica passa por algumas pesquisas relevantes na compreensão dessa temática, com destaque para: a) os conceitos e elementos das políticas de responsabilização educacional em Brooke (2006, 2008); b) os resultados diversoS` em Hout e Elliott (2011) e Pontual (2008); c) as diferentes críticas e os efeitos não desejados em Freitas (2012) e Ravitch (2011); e d) alguns trabalhos recentes, que tentaram identificar os efeitos dessas políticas de bonificação no Brasil, como Oshiro e Scorzafave (2011) e Ferraz (2009, 2011). A questão principal é verificar se o BDE propiciou um melhor desempenho nas proficiências das disciplinas de Língua Portuguesa e Matemática entre 2008 0-201-2. Logo, o objetivo principal reside em demonstrar se ocorreu algum ganho e aferir, em caso positivo, a intensidade desse valor. A metodologia para tratar a questão principal emprega o uso de escores de propensão e pareamentos, em que cada escola do grupo de tratamento (rede estadual) "busca" um par no grupo de controle (rede municipal). Em um segundo momento, explora-se o impacto do BDE nas escolas estaduais de Pernambuco. Para tentar responder essa questão, foram realizadas análises descritivas e de regressão, com base nas respostas dos questionários de infraestrutura de escolas, alunos, professores e diretores. Os resultados gerais mostraram um maior número de escolas bonificadas entre 2008 e 2009, com o início da política. A partir de 2010,- há uma estagnação e queda desse número, havendo, no entanto, uma retomada dos patamares próximos aos dos anos iniciais em 2012. Com base nas análises dos pareamentos realizados, afere-se que as escolas estaduais obtiveram, no 9° ano do Ensino Fundamental, um ganho.de 5 (cinco) pontos em relação às escolas da rede municipal. As análises das respostas dos questionários, por sua vez, demonstram que o fato de a escola adotar um funcionamento com horário diferenciado, nas modalidades integral ou semi-integral, e apresentar menor depredação constituem elementos favoráveis ao recebimento de bônus. Também se deve destacar o próprio treinamento para os testes, que, apesar de favorecer o recebimento de bônus, ainda é um ponto controverso. / This study evaluates the impact of Educational Performance Bonus (BDE), which is an incentive paid to employees of schools of the state of Pernambuco, by fulfilling pre-established educational goals. The theoretical-methodological discussion goes through some relevant research in understanding this theme, highlighting: a) the concepts and elements of educational accountability policies in Brooke (2006, 2008); b) the various results in Hout and Elliott (2011) and Pontual (2008); c) the several complaints and unwanted effects in Freitas (2012) and Ravitch (2011); d) some recent studies that have attempted to identify the effects of these bonus policies in Brazil, as Oshiro and Scorzafave (2011) and Ferraz (2009, 2011). The main issue is to check if the BDE provided a better performance in the proficiency of Portuguese Language and. Mathematics disciplines between 2008 and 2012. Thus, the objective lies in demonstrating whether there has been some gain and measure, if so, the intensity of that. Thg methodology to address the main question employs the use of propensity scores and pairings, in which each school in the treatment group (state system) search a couple in the control group (municipal). In a second step, this work explores the impact of BDE in state schools in Pernambuco. Were performed descriptive and regression analysis to try to answer this question, based on responses from infrastructure questionnaires of schools, students, teachers and principals. The overall results show a greater number of subsidized schools between 2008 and 2009, with the start of the policy. As of 2010, there is a stagnation and a decrease of that number, there is, however, a return to levels close to those of the early years in 2012. Based on the pairing analysis performed it assesses that in the 9th year of elementary state schools, obtained five (5) points compared to municipal schools. The analysis of questionnaire responses, in turn, demonstrates that the fact of the school adopt a run with different time, in whole or in semi-integral methods, and have lower predation are elements favorable to the bonus receipt. It should also be noted that the teaching for the tests, which, despite favoring the bonus receipt, is still a controversial point.

Submitted by Renata Lopes (renatasil82@gmail.com) on 2017-09-27T18:31:21Z No. of bitstreams: 1 tatianegoncalvesmoraes.pdf: 3568679 bytes, checksum: c76f3116a9ab930c37e5db6d547b89d9 (MD5) / Approved for entry into archive by Adriana Oliveira (adriana.oliveira@ufjf.edu.br) on 2017-09-28T14:11:51Z (GMT) No. of bitstreams: 1 tatianegoncalvesmoraes.pdf: 3568679 bytes, checksum: c76f3116a9ab930c37e5db6d547b89d9 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-09-28T14:11:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tatianegoncalvesmoraes.pdf: 3568679 bytes, checksum: c76f3116a9ab930c37e5db6d547b89d9 (MD5) Previous issue date: 2017-02-21 / A presente dissertação foi desenvolvida como parte de nossos trabalhos no âmbito do Mestrado Profissional em Gestão e Avaliação da Educação (PPGP) da Universidade Federal de Juiz de Fora (UFJF). O caso de gestão discute de que forma o Centro de Políticas Públicas e Avaliação da Educação da Universidade Federal de Juiz de Fora (CAEd/UFJF), contratado pela Secretaria de Educação do Estado de Goiás, pode contribuir para, com base nas análises estatísticas e pedagógicas de itens de matemática do 3º ano do ensino médio, por ele realizadas, fornecer aos profissionais da educação goiana recomendações para que estes empreendam esforços no intuito de fortalecer os pontos fortes e corrigir possíveis fragilidades no ensino de Matemática. Em termos metodológicos, o estudo do desempenho dos alunos nos itens de Matemática é aqui realizado com base nos percentuais de acerto corrigidos dos itens e controlados pelo índice socioeconômico da população avaliada. Dessa forma, elencamos como tema desta dissertação a avaliação em larga escala; como objeto, os dados estatísticos do teste aplicado pelo Sistema de Avaliação Educacional do Estado de Goiás (SAEGO), em 2014; e, como plano de ação, uma sugestão para a reestruturação do boletim pedagógico, tendo como meta a implementação de um mapa de aprendizagem de Matemática para o Ensino Médio. / This dissertation has been developed as part of our work in the Mestrado Profissional em Gestão e Avaliação da Educação (PPGP, or Professional Master´s Course on Educational Management and Evaluation), of the Universidade Federal de Juiz de Fora (UFJF, Federal University of Juiz de Fora). The management study case discusses how the Centro de Políticas Públicas e Avaliação da Educação of the Universidade Federal de Juiz de Fora (CAEd/UFJF, Center for Public Policy and Educational Evaluation), as an institution hired by the Goiás State Secretary of Education, can contribute for providing to Goiás education professionals recommendations able to make them improve even more eventual strengths and correct weaknesses in Mathematics teaching, based on statistical and pedagogical analyses done on High School 3rdgrade Mathematics items. Methodologically, the study of student performance is carried out on the basis of right answer percentages controlled by student socioeconomic status. The theme of the dissertation is thereby large-scale evaluation; its study object is the statistical data of the 2014 test applied by the Sistema de Avaliação Educacional do Estado de Goiás (SAEGO, Goiás State Educational Evaluation System), in 2014; and its action plan is a suggestion for restructuring the pedagogical bulletin, with the aim of implementing a High School Mathematics learning map.

Orientador: Gonçalo Amarante Guimarães Pereira / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-24T00:00:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Prause_AndreRichard_D.pdf: 4277553 bytes, checksum: d91469a30bbec7480bb60a683266a0af (MD5) Previous issue date: 2013 / Resumo: Com o aumento da busca por novas fontes renováveis para a substituição do petróleo fóssil como substrato de derivados petroquímicos, as indústrias de plásticos, atualmente um dos ramos mais dependentes da acessibilidade do petróleo, já alcançaram um nível alto de sustentabilidade em linhas de polímeros verdes. Porém, rotas verdes para a obtenção do produto final ainda não foram implantadas industrialmente, sendo que somente precursores dos monômeros desejados são produzidos. A partir desses precursores, o processo é continuado convencionalmente através de operações químicas até a obtenção do monômero. O desenvolvimento de uma rota enzimática para esses monômeros pode ser uma alternativa para os processos praticados na indústria. Enzimas são amplamente utilizadas para a bio-conversão industrial de compostos químicos e a busca por enzimas capazes de catalisar novas reações tem se intensificado, criando uma demanda maior por processos automatizados com aplicação de protocolos de rastreamento de alto desempenho. Para a realização da produção enzimática de alcenos de cadeia curta, uma enzima nativa, apresentando um mecanismo catalítico similar à reação desejada, foi modificada pela aplicação do conceito de "desenho de proteínas", que reúne técnicas de diversificação, recombinação, clonagem, expressão heteróloga e rastreamento, utilizando a "enzima molde" como ponto de partida. A enzima P450BS?, selecionada por apresentar os melhores pré-requisitos para modificações estruturais, foi submetida ao "desenho de proteínas", gerando 5.271 versões mutantes. O rastreamento de alto desempenho automatizado dessas proteínas alteradas, utilizando uma plataforma robótica, possibilitou a obtenção de uma enzima que apresenta a nova ação catalítica da conversão de 100 ?M de ácido octanóico para 2,6 ?M de 1-hepteno. Essa nova enzima abre o caminho para a produção industrial de "bio-alcenos" em micro-organismos, criando um sistema de fermentação que poderia sustentar uma rota verde para os monômeros necessários para a produção de plásticos. / Abstract: With the increased search for renewable resources for substituting fossil petroleum as the raw material for petrochemical products, the plastics industry, currently being one of the branches with the highest dependency on petroleum availability, already reached a high level of sustainability in their green polymer lines. Still, green routes producing the final product have not been implemented industrially and only precursors of the desired are being produced. Using these precursors, the process is continued conventionally, using chemical operations for the production of the monomers. The development of an enzymatic route toward these monomers could be an alternative for current industrial processes. Enzymes are widely used in industrial bioconversion of chemicals and the search for enzymes with the potential of catalyzing new reactions has intensified, creating a higher demand for automatized processes for the application of high-throughput screening protocols. In order to realize the enzymatic production of short-chained alkenes, a native enzyme, presenting a catalytic mechanism similar to the target reaction, was modified, applying the concept of "protein design", which unites diversification, recombination, cloning, heterologous expression and screening techniques, utilizing the "template enzyme" as a starting point. The enzyme P450BS?, selected for possessing the best prerequisites for structural modifications, was submitted to "protein design", creating 5,271 mutant versions. Automatized high-throughput screening of these altered proteins, utilizing a liquid handling platform, enabled the discovery of an enzyme, which presents a new catalytic action: the conversion of 100 ?M butyric acid to 2.6 ?M 1-heptene. This new enzyme opens the way for the industrial production of "bio-alkenes" in microorganisms, creating a fermentation system, which would be able to sustain a green route toward the necessary monomers for the production of plastics. / Doutorado / Bioquimica / Doutor em Biologia Funcional e Molecular

Orientadores: Laura Maria Mariscal Ottoboni, Renato Vicentini dos Santos / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-24T09:49:46Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Pereira_LeticiaBianca_M.pdf: 1491955 bytes, checksum: 27250de5b6befc98f75efec2d387c23d (MD5) Previous issue date: 2014 / Resumo: A mineração é um importante setor econômico brasileiro que envolve grande concentração de capital e está em constante crescimento. A drenagem de mina é a principal perturbação ambiental causada pelas diferentes etapas de mineração e compromete a qualidade do solo, da água superficial e subterrânea e, consequentemente, toda a biodiversidade. A drenagem consiste em uma solução percolante rica em metais pesados, ferro e enxofre. Apesar de suas caracteristicas extremas, a drenagem de mina fornece um ambiente favorável para o crescimento de diversos micro-organismos os quais podem ser usados em tecnologias como a biorremediação, a biolixiviação e outras aplicações. Neste trabalho, foi realizado o pirosequenciamento do gene rRNA 16S de seis amostras de solo em um canal de drenagem neutra de mina e seis amostras de solo ao lado do canal para avaliar diferenças na composição, estrutura e diversidade das comunidades bacterianas desses ambientes na mina de cobre do Sossego, Brasil. Os parâmetros químicos, as análises de similaridade ANOSIM, escalonamento multidimensional não métrico (MDS) e a comparação entre os índices de diversidade revelaram uma diferença entre as amostras de solo e drenagem em termos de composição e estrutura da comunidade, mas não em riqueza de espécies. Análises estatísticas mostraram que o filo Deinococcus/Thermus, especialmente o gênero Meiothermus, foi em grande parte responsável pelas diferenças entre as comunidades, e foi positivamente associado com a presença de cobre e outros metais pesados nas amostras ambientais. Outros parâmetros importantes que influenciaram a diversidade e composição bacteriana foram os elementos potássio, sódio, níquel e zinco, bem como o pH. Análises estatísticas e da microbiota núcleo da comunidade bacteriana da drenagem revelaram que a comunidade variou ao longo do canal de escoamento em estrutura e diversidade de espécies. A comunidade da drenagem apresentou uma OTU (Unidade Taxonômica Operacional) generalista, identificada como Meiothermus e nenhuma OTU especialista foi encontrada. A microbiota da drenagem é basicamente formada por bactérias heterotróficas, com gupos resistentes a metais e à sal e com potencial para a degradação de diversos compostos xenobióticos, além de apresentar grupos bacterianos ainda pouco caracterizados. A comunidade bacteriana do solo, assim como a comunidade da drenagem, também variou ao longo do canal. Foram encontradas duas OTUs generalistas e duas OTUs especialistas. A microbiota do solo é basicamente formada por bactérias heterotróficas, com alguns grupos resistentes a metais. No entanto, grande parte da microbiota núcleo desse ambiente permanece pouco caracterizada. Os resultados obtidos contribuem para a compreensão da diversidade bacteriana em solos impactados por drenagem neutra de mina, e demonstram que os metais pesados têm um papel importante na formação da comunidade microbiana nesse tipo de ambiente / Abstract: Mining is an important and constantly growing Brazilian economic sector that involves large investiments. Mine drainage is an important environmental disturbance caused by the different steps of the mining and compromises the quality of soil, surface water, and underground water bodies, hence affecting the biodiversity. Mine drainage consists in a percolating solution that is rich in heavy metals, iron and sulfur. Despite the extreme characteristics, the mine drainage provides a favorable environment for many microorganisms that can be used in bioremediation, bioleaching and others applications. In this work, a pyrosequencing approach of the 16S rRNA gene, of six soil samples from a neutral drainage channel and six soil samples next to the channel, was used to evaluate differences in composition, structure, and diversity of bacterial communities at the Sossego¿s copper mine in Brazil. The chemical parameters, the analyses of similarity ANOSIM, non-metric multidimensional scaling and the comparison of the diversity indices revealed differences between the drainage and the soil samples in composition and structure of the microbial community, but not in their species richness. The statistical analysis showed that the phylum Deinococcus/Thermus, especially the Meiothermus genus, was in large part responsible for the differences observed between the communities, and was positively associated with the presence of copper and other heavy metals in the environmental samples. Other important parameters that influenced the bacterial diversity and composition were the elements potassium, sodium, nickel and zinc, as well as the pH. Statistical analysis of the Shannon index and the analysis of the core microbiota of the drainage¿s bacterial community revealed that it changed along the flow channel in structure and diversity. The community of the drainage presented one generalist OTU (Operational Taxonomic Unit), identified as Meiothermus and no specialist OTU was founded. The microbiota of the drainage was basically formed by heterotrophic bacteria, with groups resistant to metals and salt and with the potential for degradation of a large number of xenobiotic compounds. Bacterial groups poorly characterized were also identified. Analyses of the soil samples revealed a heterogeneous bacterial community. Two generalist OTUs and two specialist OTUs were found. The soil microbiota was basically formed by heterotrophic bacteria, with some groups resistant to metals, however, much of the core microbiota of that environment remains poorly characterized. These findings contribute to the understanding of bacterial diversity in soils impacted by neutral mine drainage, and demonstrate that heavy metals play an important role in shaping the microbial community in mine environments / Mestrado / Genetica de Microorganismos / Mestra em Genética e Biologia Molecular

Nesta tese, apresentamos nossas estratégias para desenvolver um ambiente matemático e computacional para análises em larga-escala de dados de expressão gênica obtidos pela tecnologia de microarranjos de DNA. As análises realizadas visaram principalmente à identificação de marcadores moleculares de diagnóstico e prognóstico de cânceres humanos. Apresentamos o resultado de diversas análises implementadas através do ambiente desenvolvido, as quais conduziram a implementação de uma ferramenta computacional para a anotação automática de plataformas de microarranjos de DNA e de outra ferramenta destinada ao rastreamento da análise de dados realizada em ambiente R. Programação eXtrema (eXtreme Programming, XP) foi utilizada como técnica de planejamento e gerenciamento dos projetos de análise dados de expressão gênica. Todos os conjuntos de dados foram obtidos por nossos colaboradores, utilizando-se duas diferentes plataformas de microarranjos de DNA: a primeira enriquecida em regiões não-codificantes do genoma humano, em particular regiões intrônicas, e a segunda representando regiões exônicas de genes humanos. A primeira plataforma foi utilizada para avaliação do perfil de expressão gênica em tumores de próstata e rim humanos, sendo que análises utilizando SAM (Significance Analysis of Microarrays) permitiram a proposição de um conjunto de 49 sequências como potenciais biomarcadores de prognóstico de tumores de próstata. A segunda plataforma foi utilizada para avaliação do perfil de transcritos expressos em sarcomas, carcinomas epidermóide e carcinomas epidermóides de cabeça e pescoço. As análises com sarcomas permitiram a identificação de um conjunto de 12 genes relacionados à agressividade local e metástase. As análises com carcinomas epidermóides de cabeça e pescoço permitiram a identificação de 7 genes relacionados à metástase linfonodal. / In this PhD Thesis, we present our strategies to the development of a mathematical and computational environment aiming the analysis of large-scale microarray datasets. The analyses focused mainly on the identification of molecular markers for diagnosis and prognosis of human cancers. Here we show the results of several analyses implemented using this environment, which led to the development of a computational tool for automatic annotation of DNA microarray platforms and a tool for tracking the analysis within R environment. We also applied eXtreme Programming (XP) as a tool for planning and management of gene expression analyses projects. All data sets were obtained by our collaborators using two different microarray platforms. The first is enriched in non-coding human sequences, particularly intronic sequences. The second one represents exonic regions of human genes. Using the first platform, we evaluated gene expression profiles of prostate and kidney human tumors. Applying SAM to prostate tumor data revealed 49 potential molecular markers for prognosis of this disease. Gene expression in samples of sarcomas, epidermoid carcinomas and head and neck epidermoid carcinomas was investigated using the second platform. A set of 12 genes were identified as potential biomarkers for local aggressiveness and metastasis in sarcoma. In addition, the analyses of data obtained from head and neck epidermoid carcinomas allowed the identification of 7 potential biomarkers for lymph-nodal metastases.

[pt] O emprego conjunto de Redes de Acesso por Rádio em Nuvem (CRANs) e sistemas de múltiplas entradas e múltiplas saídas (MIMO) de larga escala é uma solução chave para atender aos requisitos da quinta geração (5G) de redes sem fio. No entanto, alguns desafios ainda precisam ser superados como a redução do consumo de energia do sistema, a capacidade limitada dos links fronthaul e a redução dos custos de implantação e operação. Embora seja prejudicial para o desempenho do sistema, a quantização em baixa resolução é proposta como uma solução para estes desafios. Portanto, técnicas que melhoram o desempenho de sistemas quantizados grosseiramente são necessárias. Em sistemas móveis, os ADCs geralmente são precedidos por um controle de ganho automático (AGC). O AGC trabalha moldando a amplitude do sinal recebido dentro do intervalo do quantizador para usar eficientemente a resolução. A fim de solucionar esses problemas, esta dissertação apresenta uma otimização conjunta do AGC, que funciona nas cabeças de rádio remotas (RRHs), e um filtro de recepção linear de baixa resolução consciente (LRA) baseado no mínimo erro quadrático médio (MMSE), que funciona na unidade de nuvem (CU), para sistemas quantizados grosseiramente. Desenvolvemos receptores de cancelamento de interferência lineares e sucessivos (SIC) com base na proposta conjunta de AGC e LRA MMSE (AGC-LRA-MMSE). Uma análise da soma das taxas alcançáveis juntamente com um estudo de complexidade computacional também são realizadas. As simulações mostram que o projeto proposto fornece taxas de erro reduzidas e taxas alcançáveis mais altas do que as técnicas existentes. / [en] The joint employment of Cloud Radio Access Networks (C-RANs) and large-scale multiple-input multiple-output (MIMO) systems is a key solution to fulfill the requirements of the fifth generation (5G) of wireless networks. However, some challenges are still open to be overcome such as the high power consumption of large-scale MIMO systems, which employ a large number of analog-to-digital converters (ADCs), the capacity bottleneck of the fronthaul links and the system cost reduction. Although it often affects the system performance, the low-resolution quantization is a possible solution for these problems. Therefore, techniques that improve the performance of coarsely quantized systems are needed. In mobile applications, the ADCs are usually preceded by an automatic gain control (AGC). The AGC works shaping the received signal amplitude within the quantizer range to efficiently use the ADC resolution. Then, the optimization of an AGC is especially important. In order to present possible solutions for these issues, this thesis presents a joint optimization of the AGC, which works in the remote radio heads (RRHs), and a low-resolution aware (LRA) linear receive filter based on the minimum mean square error (MMSE), which works in the cloud unit (CU), for coarsely quantized large-scale MIMO with CRAN systems. We develop linear and successive interference cancellation (SIC) receivers based on the proposed joint AGC and LRA MMSE (AGCLRAMMSE) approach. An analysis of the achievable sum rates along with a computational complexity study is also carried out. Simulations show that the proposed design provides improved error rates and higher achievable rates than existing techniques.

[pt] Portfólios de fontes renováveis de energia elétrica são mecanismos de gerenciamento de risco interessantes para comercialização de energia em mercados de negociação bilateral. Quando formados por agentes que pertencem a diferentes companhias sua estabilidade depende da maneira com que os benefícios de mitigação de risco gerados pelo portfólio são alocados individualmente entre os participantes. O problema de se encontrar uma solução estável pode ser matematicamente formulado através da busca de um vetor de alocação de quotas que pertença ao núcleo do jogo cooperativo, que por sua vez pode ser formulado como um conjunto de restrições lineares que aumenta exponencialmente com o número de participantes. Adicionalmente, o lado direito de cada restrição que define o núcleo do jogo cooperativo define o valor de uma determinada coalisão que, no presente trabalho, é obtido através de um modelo de otimização estocástica de dois estágios. Este trabalho compara diferentes metodologias computacionalmente eficientes baseadas em programação linear inteira mista e na técnica de decomposição de Benders para encontrar vetores de alocação de quotas que pertençam ao núcleo de portfólios de larga escala de geradores de energia renovável. São apresentados estudos de casos que utilizam dados reais do sistema elétrico brasileiro. / [en] Portfolios of renewable electricity sources are interesting risk-management mechanisms for trading in electricity contract markets. When they are formed by players belonging to different companies, their stability relies on the way the riskmitigation benefit generated by the optimal portfolio is allocated through individual participants. The problem of reaching a stable allocation can be mathematically formulated in terms of finding a quota-sharing vector belonging to the Core of a cooperative game, which can be formulated as a set of linear constraints that exponentially grows with the number of participants. Moreover, the right-hand-side of each constraint defining the Core relies on a given coalition value which, in the present work, is obtained by a two-stage stochastic optimization model. This work presents and compares efficient methodologies mainly based on mixed integer linear programming and Benders decomposition to find quota allocation vectors that belongs to the Core of large-scale renewable energy portfolios. Case studies are presented with realistic data from the Brazilian power system.