Submitted by Geandra Rodrigues (geandrar@gmail.com) on 2018-06-26T11:58:38Z No. of bitstreams: 1 wandervanygomesdecarvalho.pdf: 623783 bytes, checksum: e2ccf2fa79176c59ea2a8a3a46f929e5 (MD5) / Approved for entry into archive by Adriana Oliveira (adriana.oliveira@ufjf.edu.br) on 2018-06-26T14:51:24Z (GMT) No. of bitstreams: 1 wandervanygomesdecarvalho.pdf: 623783 bytes, checksum: e2ccf2fa79176c59ea2a8a3a46f929e5 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-06-26T14:51:24Z (GMT). No. of bitstreams: 1 wandervanygomesdecarvalho.pdf: 623783 bytes, checksum: e2ccf2fa79176c59ea2a8a3a46f929e5 (MD5) Previous issue date: 2017-12-21 / A presente dissertação foi desenvolvida no âmbito do Mestrado Profissional em Gestão e Avaliação da Educação (PPGP) do Centro de Políticas Públicas e Avaliação da Educação da Universidade Federal de Juiz de Fora (CAEd/UFJF). O caso de gestão estudado tem como objetivo geral identificar possíveis fatores que possam estar influenciando nos resultados das avaliações externas de uma escola da rede estadual de Minas Gerais, e, também, propor ações para combater tais fatores. Assumimos como hipóteses que as características socioeconômicas dos alunos, a dificuldade de apropriação dos resultados nas avaliações externas, a pouca participação dos pais na vida escolar dos filhos, bem como a falta de um projeto voltado para a recuperação das habilidades ainda não consolidadas pelos alunos, que se encontram no padrão de desempenho baixo, podem estar contribuindo de maneira direta ou indireta nos resultados obtidos pela escola. Buscou-se, portanto, identificar as possíveis causas do baixo desempenho dos alunos em Matemática e em Língua Portuguesa, a partir da análise dos dados coletados no campo, partindo do diagnóstico comparativo entre os resultados da escola com os resultados obtidos pelo Estado e pela Superintendência Regional de Ensino. Para tanto, foi utilizada como metodologia a pesquisa de caráter qualitativo, tendo como instrumento de coleta de dados entrevistas semiestruturadas com a diretora da escola e com a supervisora pedagógica que acompanha o ensino fundamental e aplicação de questionários aos professores que atuam no 9º ano do ensino fundamental. A pesquisa fundamentou-se em um referencial teórico, sobretudo, nos trabalhos de Alarcão (2011), Lück (2009), Soares (2002), entre outros. Da mesma forma, utilizou-se os dados obtidos através dos instrumentos de pesquisa de campo elaborados. Foram realizadas análises que possibilitaram a identificação de fatores que influenciam nos resultados das avaliações externas, em se tratando da escola pesquisada. A partir dos principais resultados elencados, foi possível propor um conjunto de ações descritas no Plano de Ação Educacional (PAE), visando melhorias no desempenho dos alunos da referida escola. / The present dissertation is developed under the Professional Master in Management and Evaluation of Education (PPGP) of the Center for Public Policies and Education Evaluation of the Federal University of Juiz de Fora (CAEd / UFJF). The management case to be studied has the general objective to identify possible factors that may be influencing our results from external evaluations and also propose actions to combat such factors. We assume as hypotheses that the socioeconomic characteristics of the students, the difficulty of appropriating the results in the external evaluations, the low participation of the parents in the children's school life as well as the lack of a project aimed at recovering the abilities not yet consolidated by the students, who in the low performance pattern may be contributing directly or indirectly to the results obtained by the school. The aim is to identify the possible causes of the low performance of students in Mathematics and Portuguese Language, based on the analysis of the data collected in the field, starting from the comparative diagnosis between the results of the school and the results obtained by the State and Regional Superintendence of Education. To do so, qualitative research was used as a methodology, having as a data collection instrument semi-structured interviews with the director of the school and with the pedagogical supervisor who accompanies the elementary school and the application of questionnaires to teachers who work in the 9th year of teaching fundamental. In the light of the theoretical reference (ALARCÃO, 2001, LUCK, 2009, SOARES, 2002, among others), as well as through the data obtained through the field research instruments used. Analyzes were made that allowed the identification of factors that influence the results of the external evaluations, in the case of the researched school. Based on the main results listed, it was possible to propose a set of actions described in the Educational Action Plan (PAE), aimed at improving the performance of the students of that school.

Orientadores: Francisco Humberto Nociti Junior, Cristiane Ribeiro Salmon / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Odontologia de Piracicaba / Made available in DSpace on 2018-08-22T01:46:09Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Bossolan_AnaPaulaOliveiraGiorgetti_D.pdf: 5069128 bytes, checksum: d535cdd609cb2fb3fa1290047a101ecb (MD5) Previous issue date: 2013 / Resumo: Considerando-se a hipótese de que os mecanismos envolvidos na regeneração periodontal mimetizam os mecanismos associados com o desenvolvimento original de formação do periodonto, o conhecimento dos princípios biológicos iniciais de formação do periodonto é crucial para o avanço de novas técnicas de bioengenharia envolvidas na regeneração periodontal. No entanto, as mudanças no perfil de expressão gênica durante as fases do desenvolvimento dos tecidos dentais não foram totalmente esclarecidos, principalmente aquelas relacionadas ao desenvolvimento da raiz dos dentes. O estudo de expressão gênica do desenvolvimento radicular ainda é um desafio pela necessidade de desmineralização prévia do tecido que apresenta um maior grau de calcificação quando comparado às fases de desenvolvimento da coroa dental. Dessa forma, o objetivo do presente estudo foi avaliar comparativamente o padrão de expressão gênica da bainha epitelial de Hertwig (HERS) e o ligamento periodontal no mesmo período experimental, e o padrão de expressão gênica do ligamento periodontal em diferentes períodos de formação radicular. Foi utilizado um camundongo Swiss Webster por período pós-natal (PN): 13 dias (PN13), 45 dias (PN45), sendo que para o período PN13 a HERS também foi avaliada (PN13 HERS). Após a captura e microdissecção do ligamento periodontal dos primeiros molares nos períodos PN13 e PN45 e das células de HERS do primeiro molar no período PN13, o sequenciamento de RNA (RNA-Seq) foi realizado para a análise do transcriptoma. Os dados obtidos do sequenciamento foram processados para a filtragem dos "reads" considerados de boa qualidade (>30 na escala "phred"). A análise dos resultados mostrou que 587 genes foram diferencialmente expressos na comparação PN13 HERS vs. PN13 sendo que 25 foram diferencialmente expressos para PN13 HERS e 562 para PN13. Também foi mostrado que 768 genes foram diferencialmente expressos na comparação PN13 vs. PN45 e desse total 764 foram diferencialmente expressos para PN13 e 4 para PN45. Quando se comparou os 13 genes identificados para PN13 HERS foi demonstrado que dois deles apresentam papel importante para o desenvolvimento embrionário em camundongos. Para PN13 na comparação com HERS e na comparação com PN45, verificou-se que 50 e 57 genes foram respectivamente escolhidos. Para PN45, 4 genes ainda não identificados foram escolhidos. No entanto, quando se compara o padrão de expressão gênica nesses períodos estudados, não foram verificadas grandes mudanças. Dessa forma, podemos concluir, dentro dos limites desse estudo, que o padrão de expressão gênica nos diferentes períodos estudados apresenta pouca variabilidade, apesar de apresentar expressão de genes diferentes em cada período / Abstract: Considering the hypothesis that the mechanisms involved in periodontal regeneration mimic the mechanisms associated with the development of the original formation of the periodontium, the knowledge of initial biological principles of periodontium development is crucial to the advancement of new bioengineering techniques involved in periodontal regeneration. However, the changes in the gene expression profile during the stages of tooth development remain unclear, mainly the stages related to tooth root development. The study of root development is a challenge because of the need of previous tissue demineralization of this tissue with higher degree of calcification when compared to crown development stages. The aim of the present study was comparatively analyze the gene expression pattern of Hertwig's epithelial root sheath (HERS) and the periodontal ligament at the same experimental period, and also the gene expression pattern of the periodontal ligament at distinct periods of root formation. One Swiss Webster mice per post natal period of 13 days (PN13) and 45 days (PN45) were used. After the laser capture microdissection of the first molar periodontal ligament at PN13 and PN45 and HERS cells of the first molar at PN13, RNA Sequencing (RNA-Seq) was performed for transcriptoma analysis. Data obtained were initially processed to filter the reads considered to have good quality (> 30 at "Phred" score). Data analysis showed that 587 genes were differentially expressed at the comparison PN13 HERS vs. PN13 and of these 25 were differentially expressed at PN13 HERS and 562 at PN13. When comparing PN13 vs. PN45, a total of 768 genes were differentially expressed and of these764 were differentially expressed at PN13 and 4 genes at PN45. When observing the chosen genes at PN13 HERS, two genes have been shown to have an important role in embryonic development in mice. At PN13, when comparing PN13 HERS vs. PN13, 50 genes were chosen and at the same period PN13, when comparing PN13 vs. PN45, 57 genes were chosen. At PN45, 4 genes were chosen yet unidentified. However, when comparing the gene expression pattern in these periods studied, there were no major changes. Thus, we can conclude, within the limits of this study, that gene expression pattern in different time periods has little variability, despite showing expression of different genes in each period / Doutorado / Periodontia / Doutora em Clínica Odontológica

Orientador: Gonçalo Amarante Guimarães Pereira / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-22T08:42:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tizei_PedroAugustoGalvao_M.pdf: 2670317 bytes, checksum: edbc1214fe54dca40dc54a503a4d4c85 (MD5) Previous issue date: 2013 / Resumo: A produção fermentativa de etanol a partir de substratos chamados de "primeira geração", como cana-de-açúcar e amido de milho, já atingiu níveis muito elevados de eficiência. As linhagens industriais utilizadas nestes processos já são adaptadas ao ambiente industrial e possuem características que dificultam o melhoramento por engenharia genética tradicional. Duas abordagens inovadoras foram utilizadas para buscar processos fermentativos mais eficientes: o uso de reatores bioelétricos para alterar os produtos da fermentação e um ensaio de engenharia evolutiva para otimizar fenótipos heterólogos. Foram feitas fermentações bioelétricas com Saccharomyces cerevisiae, obtendo aumentos de produtividade de etanol, sem alterar o rendimento final, e também mudanças nas proporções dos subprodutos glicerol e acetato. Uma resposta distinta foi observada para uma linhagem industrial cultivada nas mesmas condições. Foram realizadas análises de expressão gênica global de linhagens de laboratório e industrial fermentando sob estímulo bioelétrico. Não foram observadas alterações na via fermentativa, mas houve variações grandes na expressão de genes relacionados a outros aspectos da fisiologia da levedura, como genes para síntese de lipídios de membrana e genes desconhecidos ou com funções aparentemente não-relacionadas ao processo fermentativo. Também foi evidente uma resposta global diferente entre as duas linhagens. Foi estabelecido um método automatizado para ensaios de engenharia evolutiva, que permitiu a seleção de linhagens por crescimento em celobiose. Utilizando apenas a variabilidade presente no genoma de uma linhagem industrial diplóide, foi possível obter linhagens haplóides com desempenho superior à linhagem parental. Portanto, esta estratégia pode ser viável para se obter fenótipos superiores utilizando linhagens distantes de S. cerevisiae / Abstract: Fermentative ethanol production from substrates known as "first generation", such as sugar cane and corn starch, has reached very high levels of efficiency. The industrial strains used in these processes are already adapted to the industrial environment and possess characteristics that hinder further improvement by traditional genetic engineering. Two innovative approaches were used to seek more efficient fermentation processes: the use of bioelectric reactors to alter fermentation products and an evolutionary engineering assay to optimize heterologous phenotypes. Bioelectric fermentations were carried out with Saccharomyces cerevisiae, obtaining increases in ethanol productivity, without changing the final yield, and also changes in the proportions of byproducts glycerol and acetate. A distinct response was observed for an industrial strain cultivated under the same conditions. Global gene expression analyses were carried out for a laboratory and industrial strain under bioelectric stimulus. No changes were observed for the fermentative pathway, but there were large variations in expression for genes related to other aspects of yeast physiology, such as membrane lipid synthesis and unknown genes or genes with functions that are apparently unrelated to the fermentation process. A difference in the global response for the two strains was also evident. An automated method for evolutionary engineering assays was established, which allowed the selection of strains by growth on cellobiose. Using only the genetic variability present within the genome of a diploid industrial strain, it was possible to obtain haploid strains with superior growth rate when compared to the parental strain. Therefore, this strategy may be viable for obtaining superior phenotypes using distant strains of S. cerevisiae / Mestrado / Genetica de Microorganismos / Mestre em Genética e Biologia Molecular

Sistemas web de larga escala são distribuídos em milhares de servidores em múltiplos centros de processamento de dados em diferentes localizações geográficas, operando sobre redes de longa distância (WANs). Várias técnicas são usadas para atingir os altos níveis de escalabilidade requeridos por esses sistemas. Replicação de dados está entre as principais delas, e tem por objetivo diminuir a latência, aumentar a vazão e/ou aumentar a disponibilidade do sistema. O principal problema do uso de replicação em sistemas georeplicados é a dificuldade de garantir consistência entre as réplicas sem prejudicar consideravelmente o desempenho e a disponibilidade do sistema. O desempenho do sistema é afetado pelas latências da ordem de centenas de milissegundos da WAN, enquanto a disponibilidade é afetada por falhas que impedem a comunicação entre as réplicas. Quanto mais rígido o modelo de consistência de um sistema de armazenamento, mais simples é o desenvolvimento do sistema que o usa, mas menores são seu desempenho e disponibilidade. Entre os modelos de consistência mais relaxados e mais difundidos em sistemas web georeplicados está a consistência em momento indeterminado (eventual consistency). Esse modelo de consistência garante que em algum momento as réplicas convergem após as escritas terem cessado. Um modelo mais rígido e menos difundido é a consistência na linha do tempo. Esse modelo de consistência usa uma réplica mestre para garantir que não ocorram conflitos na escrita. Nas leituras, os clientes podem ler os valores mais recentes a partir da cópia mestre, ou optar explicitamente por ler valores possivelmente desatualizados para obter maior desempenho ou disponibilidade. A consistência na linha do tempo apresenta disponibilidade menor que a consistência em momento indeterminado em determinadas situações, mas não há dados comparando o desempenho de ambas. O objetivo principal deste trabalho foi a comparação do desempenho de sistemas de armazenamento georeplicados usando esses dois modelos de consistência. Para cada modelo de consistência, foram realizados experimentos que mediram o tempo de resposta do sistema sob diferentes cargas de trabalho e diferentes condições de rede entre centros de processamento de dados. O estudo mostra que um sistema usando consistência na linha do tempo apresenta desempenho semelhante ao mesmo sistema usando consistência em momento indeterminado em uma WAN quando a localidade dos acessos é alta. Esse comparativo pode auxiliar desenvolvedores e administradores de sistemas no planejamento de capacidade e de desenvolvimento de sistemas georeplicados. / Large scale web systems are distributed among thousands of servers spread over multiple data centers in geographically different locations operating over wide area networks (WANs). Several techniques are employed to achieve the high levels of scalability required by such systems. One of the main techniques is data replication, which aims to reduce latency, increase throughput and/or increase availability. The main drawback of replication in geo-replicated systems is that it is hard to guarantee consistency between replicas without considerably impacting system performance and availability. System performance is affected by WAN latencies, typically of hundreds of miliseconds, while system availability is affected by failures cutting off communication between replicas. The more rigid the consistency model provided by a storage system, the simpler the development of the system using it, but the lower its performance and availability. Eventual consistency is one of the more relaxed and most widespread consistency models among geo-replicated systems. This consistency model guarantees that all replicas converge at some unspecified time after writes have stopped. A model that is more rigid and less widespread is timeline consistency. This consistency model uses a master replica to guarantee that no write conflicts occur. Clients can read the most up-to-date values from the master replica, or they can explicitly choose to read stale values to obtain greater performance or availability. Timeline consistency has lower availability than eventual consistency in particular situations, but there are no data comparing their performance. The main goal of this work was to compare the performance of a geo-replicated storage system using these consistency models. For each consistency model, experiments were conducted to measure system response time under different workloads and network conditions between data centers. The study shows that a system using timeline consistency has similar performance than the same system using eventual consistency over a WAN when access locality is high. This comparative may help developers and system administrators on capacity and development planning of geo-replicated systems.

Odorantes são detectados por centenas de receptores olfatórios (ORs) que pertencem à superfamília dos receptores acoplados à proteína G. Estes receptores são expressos nos neurônios sensoriais olfatórios localizados na cavidade nasal. Cada neurônio sensorial olfatório expressa um único alelo de gene OR de uma grande família de genes OR. Este padrão característico da expressão de genes OR resulta na formação de um mapa olfatório espacial no bulbo olfatório, que é necessário para a discriminação de odorantes pelo sistema olfatório. Os mecanismos envolvidos nesta regulação ainda não são bem conhecidos. O DNA genômico em neurônios olfatórios é coberto com marcas repressivas de metilação de histonas, indicando que a regulação da estrutura da cromatina deve desempenhar um papel importante na regulação da expressão de genes OR. Trabalhos anteriores demonstraram que RNAs não codificadores (ncRNAs) estão envolvidos na deposição de marcas de histonas em determinados genes. No entanto, os ncRNAs expressos no epitélio olfatório ainda não são conhecidos. Neste trabalho, identificamos e catalogamos o repertório completo de ncRNAs anotados, incluindo os miRNAs, expressos no epitélio olfatório de camundongos recémnascidos e adultos. Muitos destes, apesar de já anotados como ncRNAs, ainda não foram descritos na literatura como expressos no MOE. Identificamos ao todo 1161 miRNAs e 295 lincRNAs expressos no epitélio olfatório, e pudemos verificar como os níveis de expressão destes RNAs variam durante o desenvolvimento. A partir deste repertório, selecionamos lincRNAs que são preferencialmente expressos no epitélio olfatório quando comparados a outros tecidos de camundongo. Dez destes lincRNAs foram selecionados para validação utilizando-se RT-PCR. Cinco lincRNAs foram validados e analisados quanto à sua expressão em diferentes tecidos. Nosso trabalho estabelece uma plataforma de dados que permitirá o estudo do papel desempenhado por ncRNAs no epitélio olfatório. Além disto, os nossos resultados mostram que a abordagem utilizada permite a identificação de novos lincRNAs que apresentam expressão restrita ou preferencial no epitélio olfatório, e que, portanto, devem apresentar uma função relevante para o olfato. / Odorants are detected by hundreds of odorant receptors (ORs) which belong to the superfamily of G protein-coupled receptors. These receptors are expressed in the olfactory sensory neurons of the nose. Each olfactory sensory neuron expresses one single OR gene allele from a large family of OR genes. This characteristic pattern of OR gene expression results in the formation of a spatial olfactory map in the olfactory bulb, which is required for odorant discrimination by the olfactory system. The mechanisms involved in this regulation are unknown. OR genomic DNA in olfactory neurons is covered with repressive histone methylation marks, indicating that the chromatin structure should play an important role in the regulation of OR gene expression. Previous studies suggest that noncoding RNAs (ncRNAs) are involved in the deposition of histone marks in certain genes. However, the ncRNAs expressed in the olfactory epithelium are completely unknown. In this work, we used RNA-seq to identify and catalogue the complete repertoire of ncRNAs, including miRNAs, expressed in the olfactory epithelium from newborn and adult mice. In this way, we were able to identify 1161 miRNAs and 295 lincRNAs and analyze how their levels of expression varies during development. Out of these repertoire, we selected lincRNAs that are preferentially expressed in the olfactory epithelium when compared to other mouse tissues. Ten out of these lincRNAs were selected for validation by using RTPCR, and five of them could be validated and further analyzed. Our work establishes a data platform which will enable the study of the role played by ncRNAs in the olfactory epithelium. In addition, our results show that our approach can be successfully used to identify ncRNAs that are restrictedly or preferentially expressed in the olfactory epithelium, and which therefore must be relevant for olfaction.

The present work aims to provide a contribution to improve the efficiency the design flow of integrated systems, focusing, specifically, on the performance evaluation of its communication structures. The use of Transaction Level Modeling (TLM) is proposed, in order to take advantage of the reduction of design effort and time. Within the performance evaluation approaches, the utilization of traffic generators instead of full system simulations started to be adopted due to its higher time efficiency. Initial works on on-chip traffic generation focused on Poisson processes and classic Markovian models, which are unable to capture Long Range Dependence (LRD). This fact led to the adoption of fractal/self-similar models. Later advancements have shown that the traffic produced in multiprocessed systems can show higher degrees of complexity, what can be attributed to the presence multifractal characteristics. In this work, a methodology to evaluate the on-chip traffic and to the development of a transaction level traffic generator is proposed. The main contributions of this work are a detailed analysis of traffic time series obtained by TLM simulations and the study of the effects of the traffic generator on these simulations, concerning, mainly, the speedup-accuracy trade-off. The proposed analysis follow the multifractal paradigm, allowing system developers to (1) understand the statistical nature of on-chip traffic, (2) to obtain accurate representations of this traffic and (3) to build traffic generators that mimic processing elements realistically. Another contribution of this work is a comparison of the performance, considering the accuracy of the obtained synthetic traffic time series, between monofractal and multifractal models. All of the mentioned contributions were grouped throughout the detailed methodology presented on the present document, for which experiments were carried out. / O presente trabalho visa oferecer uma contribuição para o aumentar a eficiência do fluxo de projeto de sistemas integrados, focando, especificamente, na avaliação do desempenho de suas estruturas de comunicação. É proposta a utilização de simulações com modelos no nível de transações (TLM), com o objetivo de se obter vantagens da redução de esforço e tempo de projeto oferecidos por esta abordagem. Dentro das propostas de análise de desempenho, a utilização de geradores de tráfego ao invés simulações de sistema completo tem sido adotada devido a sua maior eficiência no tempo. Trabalhos iniciais na geração de tráfego intrachip focaram-se em processos de Poisson e em modelos de Markov clássicos, os quais não capturam Dependência de Longa Duração (LRD). Este fato levou a adoção de modelos fractais/auto-similares. Avanços posteriores mostraram que o tráfego produzido pelos elementos de sistemas multiprocessados podem apresentar maior grau de complexidade, que pode ser atribuída à presença de características multifractais. Neste trabalho, é proposta uma metodologia para a avaliação de tráfego intrachip para o desenvolvimento de um gerador de tráfego TLM. As principais contribuições deste trabalho são uma análise detalhada das séries temporais de tráfego obtidas nas simulações TLM e o estudo dos efeitos que o gerador de tráfego exerce sobre estas simulações, se concentrando, principalmente, na relação entre precisão e aceleração da simulação. As análises propostas se baseiam no paradigma multifractal, o qual permite (1) um maior entendimento da natureza estatística do tráfego pelos desenvolvedores de sistemas, (2) a obtenção de uma representação precisa deste tráfego e (3) a construção de geradores de tráfego que substituam elementos processantes de maneira realista. Outra contribuição deste trabalho é a comparação do desempenho, no que concerne a precisão das séries de tráfego sintéticas obtidas, de modelos monofractais e multifractais. Todas as contribuições mencionadas foram agrupadas na metodologia detalhada, apresentada no presente documento, sobre a qual experimentos foram realizados.

A micróglia é essencial para a homeostase do Sistema Nervoso Central (SNC), função neuro-imune inata, e exerce papel importante na neurodegeneração, envelhecimento cerebral e tumorigênese. Gliomas difusos são tumores cerebrais primários caracterizados por crescimento infiltrativo e altas taxas de heterogeneidade, o que torna a doença praticamente incurável. Avanços em análises genéticas caracterizaram alterações moleculares relacionadas ao tempo de sobrevida e à resposta clínica desses pacientes, especialmente em glioblastomas (GBM). No entanto, a tumorigenicidade dos gliomas não é controlada unicamente por suas alterações genéticas. As interações entre as células tumorais, a micróglia residente e os macrófagos/monócitos infiltrados desempenham um papel crucial na modulação do crescimento e agressividade do glioma. Neste estudo, analisamos o fenótipo de ativação da micróglia/macrófagos em gliomas, incluindo astrocitomas e oligodendroglimas de diferentes graus de malignidade, apresentamos o perfil de expressão gênica da população pura de micróglia cortical e do tecido cerebral total correspondente. Usando sequenciamento de DNA de alta performance, classificamos as amostras de GBM em Proneural, Clássico e Mesenquimal. Em seguida, avaliamos os status de ativação da micróglia/macrófagos dessas amostras. Apesar do alto grau de heterogeneidade, pudemos observar níveis mais altos dos marcadores mielóides (IBA1, CD11b and CD68) em tumores astrocíticos comparados a tumores de origem oligodendrocítica e ao tecido não-neoplásico. Marcadores de anti-inflamação, como CD163, foram mais abundantes em astrocitomas, bem como em GBMs do subtipo Mesenquimal e Clássico; enquanto que marcadores de pró-inflamação, como IL1-beta, mostraram uma expressão mais heterogênea entre as amostras. Em seguida, micróglia foi isolada de 25 amostras de córtex parietal provenientes de autópsia de indivíduos cognitivamente preservados e foi feito o RNA-seq. Os resultados foram comparados à micróglia de camundongo e a outras células mielóides. Boa parte dos genes expressos pela micróglia humana foram similares àqueles expressos pela micróglia murina, como CX3CR1, P2YR12 e ITGAM. Porém, foram identificados genes de característica imune, abundantemente expressos na micróglia humana e não identificados na micróglia de camundongos, como TLR, Fcy, receptores do tipo SIGLEC, e fatores de transcrição NLRC5 e CIITA. A comparação dos dados de expressão gênica da micróglia com monócitos e macrófagos identificou novos marcadores que distinguem a micróglia humana de outras células mielóides. Nossos dados sobre a micróglia em gliomas sugerem características de imunossupressão e de pró-crescimento em tumores de pior prognóstico, ligado a um fenótipo específico de ativação das células mielóides. Este é o primeiro estudo a identificar o transcriptoma da micróglia humana pura, demonstrando que ela é claramente diferente da micróglia murina e de outras células mielóides. Esses resultados abrem portas para estudos de populações específicas de células mielóides em gliomas / Microglia are essential for central nervous system (CNS) homeostasis and innate neuroimmune function, and play important roles in neurodegeneration, brain aging and tumorigenesis. Diffuse gliomas are primary brain tumors characterized by infiltrative growth and high heterogeneity, which renders the disease mostly incurable. Advances in genetic analysis have characterized molecular alterations leading to impact on patients\' overall survival and clinical outcome, particularly in glioblastoma (GBM). However, glioma tumorigenicity is not controlled uniquely by its genetic alterations. The crosstalk between tumor cells, resident microglia and infiltrating monocytes/macrophages plays a crucial role in modulating glioma growth and aggressiveness. Here, we assess the activation status of microglia/macrophages in gliomas,including astrocytomas and oligodendrogliomas of different grades of malignancy, and present the gene expression profile of pure cortical human microglia and corresponding unsorted brain tissue. Using high-throughput DNA sequencing, we have classified GBM samples in Proneural, classical and mesenchymal. Next, we evaluated the activation status of microglia/macrophages within these samples. Despite the great heterogeneity, we observed higher levels of myeloid markers (IBA1, CD11b and CD68) in astrocytic tumors compared to oligodendrocytic ones and to non-neoplastic (NN) tissue. Anti-inflammation markers, such as CD163, are also more abundant in astrocytomas, as well as in the mesenchymal and classical GBM subtypes, while pro-inflammation markers, such as IL1-beta, show a more widespread expression throughout samples. Next, microglia were isolated from the parietal cortex of 25 autopsy samples of cognitively preserved humans and RNA sequenced. Overall, genes expressed by human microglia are similar to mouse microglia, such as CX3CR1, P2YR12, and ITGAM. Interestingly, a number of immune genes, not identified as mouse microglia signature genes, were abundantly expressed in human microglia, such as TLR, Fcy and SIGLEC receptors and NLRC5 and CIITA transcription factors. Comparison of microglia to monocyte and macrophage expression data underscored the CNS-specific functions of microglia and new markers were identified that distinguish human microglia from other myeloid cells. Our glioma-related data suggests an immune-suppressive and growth supportive characteristic for tumors with worse clinical outcome, linked to an activation profile of myeloid cells. This data is the first comprehensive pure human microglia gene expression profile; human microglia clearly differ from mouse microglia and other myeloid cells. These results will help further studies focusing on pure myeloid cells populations in glioma

A maioria dos casos de puberdade precoce central (PPC) em meninas permanece idiopática. A hipótese de uma causa genética vem se fortalecendo após a descoberta de alguns genes associados a este fenótipo, sobretudo aqueles implicados com o sistema kisspeptina (KISS1 e KISS1R). Entretanto, apenas casos isolados de PPC foram relacionados à mutação na kisspeptina ou em seu receptor. Até recentemente, a maioria dos estudos genéticos em PPC buscava genes candidatos selecionados com base em modelos animais, análise genética de pacientes com hipogonadismo hipogonadotrófico, ou ainda, nos estudos de associação ampla do genoma. Neste trabalho, foi utilizado o sequenciamento exômico global, uma metodologia mais moderna de sequenciamento, para identificar variantes associadas ao fenótipo de PPC. Trinta e seis indivíduos com a forma de PPC familial (19 famílias) e 213 casos aparentemente esporádicos foram inicialmente selecionados. A forma familial foi definida pela presença de mais de um membro afetado na família. DNA genômico foi extraído dos leucócitos do sangue periférico de todos os pacientes. O estudo de sequenciamento exômico global realizado pela técnica ILLUMINA, em 40 membros de 15 famílias com PPC, identificou mutações inativadoras em um único gene, MKRN3, em cinco dessas famílias. Pesquisa de mutação no MKRN3 realizada por sequenciamento direto em duas famílias adicionais (quatro pacientes) identificou duas novas variantes nesse gene. O MKRN3 é um gene de um único éxon, localizado no cromossomo 15 em uma região crítica para a síndrome de Prader Willi. O gene MKRN3 sofre imprinting materno, sendo expresso apenas pelo alelo paterno. A descoberta de mutações em pacientes com PPC familial despertou o interesse para a pesquisa de mutações nesse gene em 213 pacientes com PPC aparentemente esporádica por meio de reação em cadeia de polimerase seguida de purificação enzimática e sequenciamento automático direto (Sanger). Três novas mutações e duas já anteriormente identificadas, incluindo quatro frameshifts e uma variante missense, foram encontradas, em heterozigose, em seis meninas não relacionadas. Todas as novas variantes identificadas estavam ausentes nos bancos de dados (1000 Genomes e Exome Variant Server). O estudo de segregação familial em três dessas meninas com PPC aparentemente esporádica e mutação no MKRN3 confirmou o padrão de herança autossômica dominante com penetrância completa e transmissão exclusiva pelo alelo paterno, demonstrando que esses casos eram, na verdade, também familiares. A maioria das mutações encontradas no MKRN3 era do tipo frameshift ou nonsense, levando a stop códons prematuros e proteínas truncadas e, portanto, confirmando a associação com o fenótipo. As duas mutações missenses (p.Arg365Ser e p.Phe417Ile) identificadas estavam localizadas em regiões de dedo ou anel de zinco, importantes para a função da proteína. Além disso, os estudos in silico dessas duas variantes demonstraram patogenicidade. Todos os pacientes com mutação no MKRN3 apresentavam características clínicas e hormonais típicas de ativação prematura do eixo reprodutivo. A mediana de idade de início da puberdade foi de 6 anos nas meninas (variando de 3 a 6,5) e 8 anos nos meninos (variando de 5,9 a 8,5). Tendo em vista o fenômeno de imprinting, análise de metilação foi também realizada em um subgrupo de 52 pacientes com PPC pela técnica de MS-MLPA, mas não foram encontradas alterações no padrão de metilação. Em conclusão, este trabalho identificou um novo gene associado ao fenótipo de PPC. Atualmente, mutações inativadoras no MKRN3 representam a causa genética mais comum de PPC familial (33%). O MKRN3 é o primeiro gene imprintado associado a distúrbios puberais em humanos. O mecanismo preciso de ação desse gene na regulação da secreção de GnRH necessita de estudos adicionais / Most cases of central precocious puberty (CPP) in girls remain idiopathic. The hypothesis of a genetic cause has been strengthened after the discovery of some genes associated with this phenotype, particularly those involved with the kisspeptin system (KISS1 and KISS1R). However, genetic defects in KISS1 and its receptor are rare and have been identified in only a few patients with CPP.over the past years. To date, most genetic studies in CPP was based mainly on a candidate gene approach, including genes selected in animal studies, human models of patients with hypogonadotropic hypogonadism or in genome wide association studies. In the present study, we used whole exome sequencing, a more advanced method of sequencing, to identify variants associated with CPP. Thirty-six patients with the familial form of CPP (19 families) and 213 apparently sporadic cases were initially selected. The familial form was defined by the presence of more than one member affected in the family. Genomic DNA was extracted from peripheral blood leukocytes in all patients. Whole exome sequencing performed by ILLUMINA technique in 40 members of 15 families with CPP, identified inactivating mutations in a single gene, MKRN3, in five out of these families. Analysis of MKRN3 mutations performed by automatic sequencing in two additional families (four patients) identified two novel mutations. MKRN3 is an introless gene located on chromosome 15, in the Prader Willi syndrome critical region, and it is expressed only by the paternal allele due to the maternal imprinting. Following the initial findings, we searched for MKRN3 mutations in 213 patients with apparently sporadic CPP using polymerase chain reaction followed by direct enzymatic purification and automated sequencing (Sanger). Three new mutations and two previously reported, including four frameshifts and one missense variant was identified in six unrelated girls with CPP. All variants were not described in the two databases (1000 Genomes and Exome Variant Server). The familial segregation analysis performed in three out of these girls with apparently sporadic CPP and MKRN3 mutations confirmed the autosomal dominant inheritance with complete penetrance and exclusive transmission through the paternal allele, revealing familial inheritance in apparently sporadic cases. Most of these MKRN3 mutations were frameshifts or nonsense, leading to premature stop codons and truncated proteins, thus demonstrating positive genotype- phenotype correlation. The two missense mutations (p.Arg365Ser and p.Phe417Ile) identified were located within zinc finger motifs, regions predicted to be essential for the protein function. Besides that, all missense mutations were predicted to be pathogenic by in silico analysis. All patients carrying MKRN3 mutations exhibited typical clinical and hormonal features of premature activation of the reproductive axis. The median age of puberty onset was 6.0 years in girls (ranging from 3.0 to 6.5) and 8.0 years in boys (ranging from 5.9 to 8.5). In view of the imprinting phenomenon, methylation analysis was also performed in a subgroup of 52 patients with CPP by MSMLPA technique, but no methylation abnormalities were detected. In conclusion, our work has identified a new gene associated with CPP. Currently, inactivating mutations in MKRN3 represent the most common genetic cause of familial CPP (33%). MKRN3 is the first imprinted gene associated with pubertal disorders in humans. However, its precise mechanism of action in the regulation of GnRH secretion needs further studies

Esta dissertação apresenta uma proposta de um simulador de modelos de larga escala para o Ambiente de Simulação Distribuída Automático (ASDA), uma ferramenta que facilita a utilização e o desenvolvimento de simulação distribuída e que vem sendo objeto de pesquisas e estudos no Laboratório de Sistemas Distribuídos e Programação Concorrente (LaSDPC) do ICMC-USP. Tal simulador permite ao ASDA a construção de modelos e programas que simulam modelos de redes de filas de larga escala, operações estas que tornam a ferramenta ainda mais completa. O simulador é baseado no padrão público para simulação distribuída de larga escala denominado Scalable Simulation Framework (SSF). O protótipo do simulador desenvolvido é constituído de um programa cliente-servidor, mas podem ser observados três componentes principais: um compilador, que traduz os modelos escritos em linguagem de modelagem para linguagem C++; o módulo SSF que define a API utilizada pelos programas de simulação; e um módulo de execução, que executa os programas de simulação, analisa os resultados e os repassa para um gerador de relatórios. O simulador contribui ainda com mais estudos acerca de simulação, simulação distribuída e modelagem de sistemas utilizando as ferramentas desenvolvidas pelo grupo / This dissertation presents a proposal for a large-scale model simulator, that is integrated into the Automatic Distributed Simulation Environment (ASDA), a tool that supports the development of distributed simulation, and that has been under studies and investigations in the Laboratory of Distributed Systems and Concurrent Programming at ICMC-USP. The proposed simulator allows ASDA to support the development of models and programs that simulates large-scale queuing models, making ASDA more complete and efficient. The simulator is based on a public standard for large-scale distributed simulation named Scalable Simulation Framework (SSF). The simulator prototype that was developed is a client-server program in which we can observe three main components: one compiler, that translates the models written in a modeling language to a simulation program, written in C++ programming language; the SSF library, that defines the API that is used by the simulation programs; and a runtime environment, which runs the simulation programs, analyzes the results and sends the information to a report builder. The simulator prototype also aggregates to the simulation community more studies regarding simulation, distributed simulation, systems modelling using the internal tools developed by our group

A avaliação externa e em larga escala tem assumido papel cada vez mais central na gestão da educação e é apresentada, desde os anos 90, como um dos principais instrumentos para a tomada de decisões nas políticas públicas de educação. Esse movimento, que fez com que tais avaliações passassem a compor mais acentuadamente o debate e a própria literatura da avaliação e da qualidade educacional, se materializou numa série de iniciativas do governo federal voltadas para a avaliação, dentre as quais se destaca a criação do Exame Nacional do Ensino Médio (Enem), objeto desta Dissertação. Com o objetivo geral de expor e discutir acerca do conceito de avaliação subjacente ao Enem durante todo o seu percurso histórico, ensejando uma apreensão de seus objetos e finalidades explícitos e implícitos por meio de uma investigação qualitativa de cunho documental, a análise recaiu sobre os conteúdos conceituais que pudessem ser captados nos mais variados suportes de fundamentações teóricas do Enem. Partindo do pressuposto de que o Exame, com o passar dos anos, concretizou-se como política de Estado e não mais de governo, ocupando distintos lugares a depender das políticas educacionais a ele associadas, da mesma maneira que assumiria ou revelaria concepções de avaliação ou de medição de proficiências que lhe seriam subjacentes com distintas implicações, observou-se que o Enem aproximou-se, cada vez mais, das funções de um exame vestibular, sendo pouco a pouco dissociado de suas funções relativas à avaliação do Ensino Médio. Nesse sentido, a adequada abordagem conceitual no interior do campo da avaliação diretamente relacionado ao Enem justifica-se, por um lado, pela própria possibilidade de ampliação do campo e, por outro, pela necessidade de aclarar e superar imprecisões conceituais que estariam limitando o alcance e a potencialidade de muitas avaliações semelhantes em curso. / The external and large scale evaluation has gained a central role in Brazil since the 1990s as the main instrument for decision-making in public educational policies. This trend, which led such assessment tests to be a part of the evaluation and educational qualitys debate and literature itself, was materialized in several initiatives by the Federal Government of Brazil focused on evaluation, including especially the creation of the Exame Nacional do Ensino Médio (Enem), object of this study. With the general objective of exposing and discussing the underlying Enems evaluation Enem throughout its history, by pursuing its explicit and implicit objectives and purposes through qualitative documentary research, the analysis focused at the conceptual contents that could be captured in a range of studies and documents that compose the theoretical foundations of Enem. Assuming that, over the years, Enem has become a State policy, rather than a government policy, taking different positions depending on the educational policies associated with it, in the same way as it would undertake or reveal conceptions of evaluation or measurement of proficiencies with varied implications, we observed that Enems scholastic assessment test functions have gained increased importance, with the exam being dissociated from its High School evaluation functions. In this way, the adequate conceptual approach related to Enem as an evaluation tool is justified by the possibility of expanding the field and, on the other hand, by the necessity to clarify and overcome conceptual inaccuracies that could be limiting the scope and potentialities of current similar studies.