A seleção genômica é a mais moderna tecnologia no que tange a utilização de marcadores genéticos para a seleção e melhoramento genético de animais domésticos. Em síntese a metodologia consiste em uma seleção assistida por marcadores em uma escala ampla do Genoma e foi proposta por Meuwissen et al. (2001). O desequilíbrio de ligação (DL) entre os marcadores e loci de características quantitativas (QTL) e a composição da população referência são pontos chave para a confiabilidade da seleção genômica. À medida que os indivíduos se distanciam geneticamente, o DL entre marcadores e QTL diminui, o que dificulta a aplicação da seleção genômica em populações de animais multirraciais e explica o fato de até hoje a maior parte das pesquisas se concentrarem na estimação de valores genômicos apenas para animais de raças puras. A aplicação dessa metodologia em populações multirraciais de bovinos constitui uma possibilidade real de grandes avanços no melhoramento genético do rebanho brasileiro de bovinos de corte. / Genomic Selection is the newest technology into the use of genetic markers at the animal breeding. In sinthesys the metodology consists in a marker assisted selection in a genome wide scale, it was pourpused by Mewissent et al. (2001). The linkage disequilibrium between the marker and quantitative trait loci (QTL) and the composition of the reference population are key points to the reablility of the genomic selection. Once the individuals get genetically distants, the DL between markers and QTLs decays, what turns hard the aplication of genomic selection in multirracial populations of animals and explains the fact of untill today the major part of researchs are dedicated to the estimation of genomic breeding values only to purebreed animals. The aplication of this methodology in multibreed cattle populations consists in a real possibility to reach greats advances in genetic improvement of the brazilian beef cattle heard.

O melhoramento genético de linhagens avícolas tem contribuído para a crescente eficiência da avicultura brasileira. No entanto, para que ocorra a seleção de genótipos superiores em programas de melhoramento, são necessárias avaliações da variabilidade existente, associadas à criação das aves em diferentes ambientes. Neste sentido, pretendeu-se com a esta pesquisa, avaliar o desempenho e a variabilidade existente entre linhagens de avós de frangos de corte, criadas em diferentes ambientes, considerando-se a interação genótipo-ambiente. Linhagens comerciais de avós de frangos de corte foram criadas até a idade de 42 dias em ambiente totalmente controlado de granja de pedigree, em condições comuns de criação de frangos de corte e em condições de ambiente de criação sob estresse, para avaliação de parâmetros zootécnicos e morfométricos e estudo da variabilidade existente entre as linhagens através de análise multivariada, bem como para a seleção de variáveis representativas dessa variabilidade. Foram utilizados índices de conforto térmico (Índice de temperatura e umidade e Entalpia) para avaliação do microclima interno das instalações a que as aves foram expostas. Realizaram-se comparações de médias dos parâmetros zootécnicos (peso vivo e rendimento de carcaça) e morfométricos (empenamento) das linhagens criadas nos ambientes de pedigree, frango de corte e estresse. Análises multivariadas foram desenvolvidas para formação de agrupamento das linhagens criadas nos ambientes de frango de corte e de estresse, buscando-se em seguida, a seleção de variáveis representativas da variabilidade existente. As linhagens apresentaram respostas diferenciadas nos parâmetros avaliados, em função do ambiente de criação utilizado. As linhagens da linha macho apresentaram maiores pesos vivos e rendimentos da carcaça eviscerada e do peito; as linhagens da linha fêmea atingiram maior rendimento das pernas e demonstraram melhores empenamentos do dorso e da perna. A análise multivariada permitiu o estudo da variabilidade entre as linhagens e a identificação de cruzamentos mais promissores para obtenção de genótipos superiores. Os ambientes de criação influenciaram a seleção e o tipo variáveis representativas da variabilidade existente entre as linhagens. O empenamento do dorso aos 28 dias de idade pode ser indicado na avaliação de características morfométricas no processo de seleção das linhagens estudadas. / The genetic improvement of aviary lines of breeding has contributed to the increasing efficiency of Brazilian poultry. Nevertheless, for the selection of superior genotypes in improvement programs, we must evaluate the existent variability, associated to the creation of birds in different environments. In this sense, with this research, we aimed at evaluating the performance and variability existent among broilers’ parentals lines of breeding, created in different environments, considering genotype-environment interaction. Broilers’ parentals commercial lines of breeding were created till they achieved the age of 42 days-old, in totally controlled environment of pedigree farms, both in common conditions for the creation of broilers and in stressed situations, in order to evaluate zootechnic and morphometric parameters and to study the existent variability among the lines of breeding through multivariate analysis, as well as for the selection of representative variables of this variability. We used thermal welfare status (Temperature and humidity index and Enthalpy) for the evaluation of installations’ internal microclimate to which the birds are exposed. We carried out average comparisons of zootechnic (body weight and carcass yield) and morphometric (feathering) parameters of the lines of breeding created in pedigree, broilers and stressed environments. We developed multivariate analysis in order to form lines of breeding grouping created at broilers and stressed environments. Next, we went through a selection of representative variables of existent variability. Lines of breeding presented different outcomes on the evaluated parameters, due to the creation environment used. Male lines of breeding presented greater body weight and yield of eviscerated carcass and breast; female lines of breeding achieved a greater legs yield and demonstrated greater legs and back featherings. Multivariate analysis allowed the study of variability among lines of breeding and the identification of the most promising crossbreedings in order to obtain superior genotypes. Creation environments influenced representative variable selection and types of existent variability among lines of breeding. The back feathering at 28 days of age may be indicated in morphometric characteristics evaluation on the selection process of the studied lines of breeding.

Foram estudados dados provenientes do experimento de seleção estabelecido na Estação Experimental de Zootecnia de Sertãozinho (IZ - SP), com o objetivo de avaliar a resposta direta no peso ao sobreano de machos e fêmeas e as respostas correlacionadas no tamanho e caracteres reprodutivos das matrizes. O experimento iniciou em 1978, com três rebanhos da raça Nelore, seleção (NeS), tradicional (NeT) e controle (NeC), sendo os dois primeiros selecionados para maior peso ao sobreano e o terceiro para a média deste peso. O NeT diferencia-se de NeS por ter recebido, eventualmente, touros de outros rebanhos, inclusive comerciais. Registros de dias ao parto foram analisados separadamente nas novilhas, vacas e vacas e novilhas sem incluir e incluindo as fêmeas não paridas. Nenhuma diferença significativa (P<0,05) foi detectada entre os desempenhos das fêmeas dos rebanhos selecionados (NeS e NeT) e as do controle (NeC). As herdabilidades variaram de 0,02 a 0,16, sendo as mais altas obtidas em arquivos nos quais foram incluídos os registros das fêmeas não paridas. Os registros repetidos de dias ao parto de vacas e novilhas incluindo as fêmeas não paridas foram também analisados por modelo de regressão aleatória com polinômios ortogonais (Legendre) da idade na monta (em anos) como a covariável independente, para avaliar este caracter longitudinalmente durante a vida produtiva das fêmeas. As herdabilidades estimadas aumentaram de 0,08 a 0,28 da 1 a à 6 a monta. A seleção para peso não alterou o valor genético médio das vacas de NeS e NeT, entretanto os valores genéticos das vacas do NeC mostraram tendência de queda no decorrer dos anos, além de longitudinalmente, com o avanço da idade. Registros de peso ao sobreano dos animais nascidos de 1978 a 1998, e da altura na garupa ao sobreano das fêmeas nascidas a partir de 1985 foram analisados por modelo animal para obter a tendência genética de 1981 a 1996. Médias de peso, altura e escore de condição corporal na entrada da monta, dias ao parto e sucesso ao parto das matrizes nascidas nos últimos 4 anos foram contrastadas entre os selecionados e o NeC, em análise de quadrados mínimos. As tendências genéticas médias obtidas em 16 anos foram 1,7±0,2; 2,3±0,2 e –0,1±0,1 kg/ano nos machos e 1,9±0,2; 2,4±0,2 e –0,1±0,1 kg/ano nas fêmeas para peso, e 0,25±0,03; 0,24±0,04 e –0,04±0,03 cm nas fêmeas para altura ao sobreano, respectivamente em NeS, NeT e NeC. Novilhas e vacas de NeS e NeT foram 19% e 15% mais pesadas e 4% mais altas na entrada da monta, em relação às do NeC. Não foram detectadas diferenças significativas (P<0,05) no desempenho reprodutivo das matrizes selecionadas em relação ao NeC. Os resultados indicaram que a seleção para peso corporal promoveu respostas altas e consistentes nos pesos e alturas ao sobreano e em idades mais tardias, sem comprometer o desempenho reprodutivo das matrizes. / Data from a selection experiment, carried out AT Experimental Station of Sertãozinho, State of São Paulo, Brazil, were analyzed in order to evaluate the direct response of yearling weight and the correlated responses of the size and reproduction traits of cows. The experiment started in 1978, with three lines of Nelore cattle, selection (NeS), traditional (NeT), both selected for greater yearling weight, and control (NeC), selected for mean yearling weight. The NeT line is different from the NeS one because sires from another herds were eventually introduced into the NeT line. Records of days to calving were analyzed separately for heifers, cows and cows and heifers with and without non-calver females. There were no significant differences (P<0.05) between the performance of females from the selection lines (NeS and NeT) and those from the control line (NeC). The heritabilities were between 0.02 and 0.06, and the higher estimates were from data sets including non-calver females. The repeated records of days to calving of cows and heifers with non-calvers, were too analyzed using a random regression model, with orthogonal polynomials (Legendre) of age in the breeding season (in years) as the independent covariable, to order to evaluate this trait longitudinally during the herd life of the females. The estimates of heritability increased from 0.08 to 0.28, from first up to 6 th breeding season. The selection for weight did not alter the average breeding value of cows from NeS and NeT, although the average genetic breeding values of cows declined throughout the years, and too longitudinally, with advancing age. Yearling weight of the animals born from 1978 to 1998, and the yearling hip height of females born from 1985 to 1998, were evaluated using an animal model, in order to obtain the genetic trends for the years 1981 to 1996. The averages for weight, height and body condition score at the start of the breeding season, days to calving and calving success of cows born in the last 4 years, were contrasted between the selected (NeS and NeT) and control lines. The genetic trends obtained after 16 years were 1.7±0.2; 2.3±0.2 and –0.1±0.1 kg/year for males and 1.9±0.2; 2.4±0.2 e –0.1±0.1 kg/year for females with respect to weight, and 0.25±0.03; 0.24±0.04 and –0.04±0.03 cm for females with respect to yearling height for the NeS, NeT and NeC lines, respectively. Heifers and cows from NeS and NeT were 19% and 15% heavier and 4% taller at the start of the breeding season than those from NeC. Significant differences (P<0.05) were not detected with respect to the reproductive performance between selected (NeS and NeT) and control females. The results indicated that the selection according to body weight gave high and consistent responses for weight and height both at the yearling and later ages, without compromised the reproductive performance of the cows.

Cinqüenta e seis machos inteiros provenientes dos rebanhos do projeto de melhoramento genético da Estação Experimental de Sertãozinho, selecionados ou não para peso aos 378 dias (P 378), nascidos em 1999, foram confinados na Estação Experimental de Colina. Utilizaram-se animais dos grupos genéticos Nelore Seleção (NeS), Nelore Controle (NeC) e Caracu Seleção (Ca), os quais foram distribuídos, aleatoriamente, nas três categorias experimentais: grupo de abate inicial (AI), grupo de alimentação restrita (AR) e grupo de alimentação Ad Libitum (AL). Na categoria AI alocaram-se 4 animais por grupo genético e nas categorias AR e AL foram alocados 8 animais Ca e NeS, e 6 animais NeC. Determinou-se o período experimental pelo tempo de acabamento dos animais, ou seja, quando os garrotes atingiram, no mínimo, 4,0 mm de espessura de gordura subcutânea, avaliada por ultra-som, sobre o músculo Longissimus dorsi, na posição entre a 12 a e a 13 a costelas. Ao término do período de adaptação, a categoria AI foi abatida e as outras duas (AR e AL) entraram no ensaio de alimentação. Repetiram-se as pesagens e medidas de ultra-som e escore corporal a cada 28 dias. Em cada grupo genético, à medida que o acabamento preconizado para cada animal da categoria AL foi atingido, o animal da categoria AR mais semelhante àquele quanto ao peso e condição corporal, no início do experimento, foi também abatido. Avaliaram-se em todos os animais características de carcaça, composição corporal e rendimento de cortes cárneos comerciais. Os dados foram analisados de acordo com esquema fatorial, utilizando dois tipos de alimentação e três grupos genéticos. Os animais Ca e NeS apresentaram maiores pesos de abate, requerendo mais tempo de confinamento para atingirem o ponto de acabamento preconizado. O maior peso de abate destes animais também influenciou outras características correlacionadas, como peso da carcaça, traseiro, dianteiro e ponta de agulha. Verificou-se que a seleção para peso pós-desmame aumentou o peso de abate, de carcaça e de seus cortes primários, porém os animais selecionados apresentaram carne menos macia, mas ainda dentro dos padrões de maciez considerados bons. Os valores médios para os componentes químicos do corpo vazio em porcentagem de água, gordura, proteína e cinzas foram: Ca (60,4; 15,5; 19,7; 4,4), NeS (58,2; 19,4; 17,8; 4,6) e NeC (57,4; 20,2; 18,3; 4,1). As taxas médias de ganho de peso vazio (kg/dia), água (g/dia), gordura (g/dia), proteína (g/dia), cinzas (g/dia) e energia (Mcal/dia) foram: Ca (1,01; 409; 382; 150; 70; 4,45), NeS (1,00; 355; 482; 113; 46; 5,19) e NeC (0,91; 301; 457; 103; 52; 4,91). A composição química média do ganho do corpo vazio, em porcentagem de água, gordura, proteína, cinzas e energia (Mcal/dia) foi: Ca (40,1; 36,8; 15,2; 8,0; 4,32), NeS (35,8; 48,1; 11,3; 4,8; 5,19) e NeC (32,7; 49,5; 12,0; 5,8; 5,36). A seleção para peso pós-desmame, visualizada na comparação entre os grupos Nelore, não promoveu alterações indiretas na composição corporal desses animais, porém aumentou-lhes o tamanho corporal, exigindo maior tempo de confinamento. Os animais Ca, quando comparados aos Nelore apresentaram porcentagens menores de gordura e maiores de proteína no corpo vazio, fato que pode ser explicado pelo maior tamanho corporal desses animais. / Fifty six bulls, born in 1999, from Sertãozinho Experimental Station herds, selected or not for weight at 378 days of age (W 378), were feedlot at Colina Experimental Station. Animals of the genetic groups Nellore (NeS), Control Nellore (NeC) and Caracu (Ca) were utilized. They were randomnly distributed in three experimental groups: initial slaughter group (AI), restricted feeding group (AR) and Ad Libitum feeding group (AL). The AI class had 4 animals for each genetic group and AR and AL had 8 NeS and Ca, and 6 animals NeC. Animals were slaughtered with 4.0 mm of fat thickness measured by ultrasound. After the adaptation period, the AI class was slaughtered and the other classes (AR and AL) started the feedlot period. In each genetic group, when an animal of the AL class attained the desired ultrasonic fat thickness for slaughter, the animal of AR class with similar weight and body conditions score, at the experiment starting point, was also slaughtered. In all animals carcass traits, body composition and meat cuts income were evaluated. Data were analized according to factorial scheme including two type of diets and three genetic groups. The Ca and NeS bulls were heavier at slaughter requiring longer feeding period to attain the desired ultrasonic fat thickness. The heavier weights at slaughter of these animals also changed correlated traits as carcass, hindquater, forequarter and spare ribs weights. The selection for weight in the Nellore promoted higher slaughter, carcass and primary cuts weights, but selected animals had less tender meat, but inside good tender standards. Average values for chemical components of empty body weight, in percentages of water, fat, protein and ash were: Ca (60.4; 15.5; 19.7; 4.4), NeS (58.2; 19.4; 17.8; 4.6) and NeC (57.4; 20.2; 18.3; 4.1). The average rates of empty gain for body weight (kg/day), water (g/day), fat (g/day), protein (g/day), ash (g/day) and energy (Mcal/day) were: Ca (1.01; 409; 382; 150; 70; 4,45), NeS (1.00; 355; 482; 113; 46; 5,19) and NeC (0.91; 301; 457; 103; 52; 4,91). The average rates of empty body gain chemical composition, in percentages of water, fat, protein, ash and energy (Mcal/day) were: Ca (40.1; 36.8; 15.2; 8.0; 4.32), NeS (35.8; 48.1; 11.3; 4.8; 5.19) and NeC (32.7; 49.5; 12.0; 5.8; 5.36). The selection for post-weaning weights, observed by comparing the two Nellore groups, did not promote any change on body composition of these animals, but increased their body size, so they required longer feedlot period. The animals of genetic group Ca, when compared with Nellore, had less fat and more protein, in percentages of empty body. It is due to their larger mature body size.

Uma população F2 foi desenvolvida através do cruzamento entre uma linhagem de frangos de corte (TT) e uma de postura (CC). Sete machos TT foram acasalados com sete fêmeas CC para produzir uma população F1 TC. Cada macho F1 foi acasalado com três fêmeas F1 não-aparentadas para produzir aproximadamente 100 descendentes por família de irmãos completos. Neste estudo foram utilizadas as 5 famílias que apresentaram maior número de marcadores informativos nos cromossomos 1 a 5, em estudos realizados anteriormente nesta população. Foram coletados dados fenotípicos de peso ao nascer (PN), peso aos 35 (PV35) e 41 (PV41) dias de idade, ganho de peso (GP35-41), consumo de ração (CR35-41) e eficiência alimentar (EF35-41) dos 35 aos 41 dias de idade. Os indivíduos parentais e F1 foram genotipados com 35 marcadores microssatélites posicionados nos cromossomos 9, 10, 12, 14, 15, 16, 17 e 18. Os marcadores informativos (22) foram genotipados nos indivíduos F2 das famílias escolhidas. O cromossomo 16 não foi mapeado, pois o único marcador disponível não foi informativo. No cromossomo 17 apenas um marcador foi informativo, logo foi utilizada uma análise de marca simples para associação do marcador com as características selecionadas. O mapa de ligação de cada cromossomo foi construído e comparado ao mapa consenso. Os mapas de ligação apresentaram o mesmo ordenamento dos marcadores em relação aos mapas consenso, no entanto foram encontradas pequenas discrepâncias nas distâncias entre os marcadores A análise empregada no estudo de mapeamento de QTL por intervalo utilizou o método de regressão linear e estimação de quadrados-mínimos, utilizando o programa QTL Express, na opção análise de F2. No cromossomo 17, duas características foram associadas ao genótipo do marcador: GP35-41 (P<0,05) e EF35- 41 (P<0,01). Foram encontrados 4 QTL sugestivos no cromossomo 10: para PV35, PV41, GP35-41 e EF35-41. Houve interação do QTL com família para EF35-41. Os QTLs para PV35, PV41 e GP35-41 apresentaram efeito aditivo, apenas EF35-41 apresentou efeito de dominância. / An F2 chicken population was developed by crossing broiler line (TT) with a layer line (CC). Seven males TT were mated with seven females CC to generate an F1 population. Each male F1 was then mated with three unrelated females F1 generating approximately 100 individual per family of dam. On the present study 5 families were used, which showed the greatest number of informative markers in previews studies of chromosomes 1 to 5 of the resource population. Phenotypic dada were collected for body weight at 1 (BW1), 35 (BW35) and 41 (BW41) days of age, weight gain (WG35- 41), feed intake (FI35-41) and feed efficiency (FE35-41) from 35 to 41 days of age. The parental and F1 individuals were genotyped for 35 microsatellite markers distributed on chromosomes 9, 10, 12, 14, 15, 16, 17 and 18. The informative markers were genotyped on the F2 from the selected families. Chromosome 16 was excluded, because the only available marker was not informative. On chromosome 17 only one marker was informative, therefore a single marker analysis was used to associate the marker with the selected characteristics. The linkage map of each chromosome was constructed and compared to the consensus map. The linkage maps showed the same marker ordering compared to the consensus map, however small discrepancy between markers distances were presented. Interval mapping using regression methods was applied to a line-cross and least square analysis, using the QTL Express program, on the F2 analyses option. On chromosome 17, two characteristics were associated to the marker genotype: WG35-41 (P<0.05) and FE35-41 (P<0.01). Suggestive QTLs were detected for BW35, BW41, WG35-41 and FE35-41 on chromosome 10. A QTL x family interaction effect was statistically significant for FE35-41. QTLs for BW35, BW41 and WG35-41 showed addictive effects, only FE35-41 showed dominance effect.

A inclusão de grupos genéticos na avaliação de reprodutores tem sido comumente empregada para a representação de possíveis diferenças genéticas entre os animais não contabilizadas pela ausência de informações de parentesco. Entretanto, a definição destes grupos ainda é arbitrária, sendo inexistentes trabalhos que avaliem as estratégias de agrupamento genético quanto aos seus efeitos sobre a eficiência de seleção. Dessa forma, o objetivo desta pesquisa foi comparar estratégias de agrupamento genético na predição de valores genéticos, determinando-se a estrutura adequada à avaliação genética. Para tanto, foram utilizados dados de peso ao nascimento, peso ao desmame, ganho de peso pós-desmame, circunferência escrotal e escore de musculosidade de uma população de bovinos compostos da raça Montana Tropical. Foram avaliadas as estratégias de agrupamento envolvendo safra de nascimento do animal (SAF); sexo do parental desconhecido (SEX); fazenda de nascimento do animal (FAZ); caminho de seleção (SEL); composição racial (RACA) safra de nascimento do animal e sexo do parental desconhecido (SAFSEX); fazenda de nascimento do animal e sexo do parental desconhecido (FAZSEX); safra e fazenda de nascimento do animal (SAFFAZ); e safra, fazenda de nascimento do animal e sexo do parental desconhecido (SAFFAZSEX). Para cada estratégia, foram realizadas cem análises para a predição de valores genéticos simulando-se a perda de informação de parentesco de 10, 30 e 50% dos indivíduos. Posteriormente, estes valores genéticos foram comparados aos obtidos em uma análise envolvendo a matriz de relacionamentos completa, de maneira a se estimar a eficiência de seleção e as correlações entre os valores genéticos e a classificação dos animais. As estratégias de SAF e RACA apresentaram eficiências de seleção e correlações altas independente da característica e amostra de animais com parentesco desconhecido consideradas, mostrando-se adequadas à avaliação e seleção de reprodutores. Perdas de seleção elevadas foram observadas para SAFFAZ e SAFFAZSEX, possivelmente devido à formação de muitos grupos com poucos animais, dificultando-se assim a estimativa dos efeitos dos grupos genéticos. A partir dos resultados é possível concluir que a definição da estratégia de agrupamento deve considerar as decisões vinculadas à seleção de reprodutores e o número de grupos genéticos formados, de forma que os mesmos representem as diferenças genéticas da população e permitam a adequada predição dos valores genéticos. / The inclusion of genetic groups in sire evaluation has been widely used to represent genetic differences among animals not accounted by the absence of parentage information. However, the definition of these groups is still arbitrary, and research assessing the effects of genetic grouping strategies on the selection efficiency is rare. Thus, the aim of this study was to compare genetic grouping strategies in breeding values prediction, determining the appropriate structure for the genetic evaluation. Data on birth weight, weaning weight, post-weaning weight gain, scrotal circumference and muscling score of Montana Tropical composite beef cattle population were used. Grouping strategies involving birth season of the animal (SAF), sex of the unknown parent (SEX), birth farm of the animal (FAZ), path selection (SEL), breed composition (RACA), birth season of the animal and sex of the unknown parent (SAFSEX), birth farm of the animal and sex of the unknown parent (FAZSEX), birth season and farm of the animal (SAFFAZ), and birth season and farm of the animal and sex of the unknown parent (SAFFAZSEX) were evaluated. For each strategy, one hundred analyses were performed to predict breeding values, simulating a loss of genealogy information of 10, 30 and 50% of individuals. Thereafter, these breeding values were compared to those obtained in an analysis involving the complete relationship matrix, in order to estimate the selection efficiency and the correlations between breeding values and animal rankings. The grouping strategies SAF and RACA showed high selection efficiencies and correlations, regardless of the trait and sample of animals with unknown parentage considered, and therefore, they are suitable for sire evaluation and selection. High selection losses were observed for SAFFAZ and SAFFAZSEX, possibly due to the formation of many groups with few animals, since this could lead to some confounding with other fixed effects and hamper the estimation effects of genetic groups. These results allow to conclude that the definition of grouping strategy must consider the decisions regarding the selection and the number of genetic groups formed, so that genetic groups represent the genetic differences in population and allow an adequate prediction of breeding values.

Estudar a arquitetura genética de uma dada característica quantitativa significa descrever os fatores genéticos e ambientais que a afetam, bem como o valor dos efeitos genéticos de cada loco e suas interações. O presente trabalho teve por objetivo geral estudar a arquitetura genética de características quantitativas associadas ao desempenho e ao rendimento de carcaça de uma população experimental oriunda do cruzamento entre uma linhagem de postura (CC) e uma de corte (TT) genotipada para marcadores microssatélites que foram associados ao peso vivo aos 42 dias na população recíproca TCTC nos cromossomos 1, 3 e 4. Para tanto, foram propostos três objetivos específicos: 1) caracterizar genotipicamente as duas populações referências (TCTC e CTCT); 2) construir mapas de ligação para a população CTCT; 3) mapear QTLs associados ao desempenho e ao rendimento de carcaça na população CTCT, utilizando o Mapeamento por Intervalo Composto (CIM). Os resultados evidenciaram que as duas linhagens parentais (CC e TT) possibilitaram a criação de gerações recíprocas F1 com elevados valores do conteúdo de informação polimórfica e heterozigosidade observada, resultado do satisfatório número de alelos verificado. Isto implica que as populações recíprocas F2, derivadas de ambas as gerações F1, são apropriadas para mapear QTLs associados ao desempenho e ao rendimento de carcaça. Adicionalmente, os mapas de ligação da população CTCT são similares ao de sua população recíproca TCTC e ao Mapa Consenso da galinha doméstica. A estimação de intervalos de confiança para as distâncias entre locos permitiu melhor entendimento das diferenças obtidas tanto no tamanho dos cromossomos quanto na ordem dos locos. Finalmente, foram observadas vantagens com o uso do CIM nas estimativas de número de QTLs mapeados e em suas posições. As regiões onde os QTLs foram mapeados neste estudo corroboram algumas daquelas da população recíproca TCTC, mas por outro lado sugerem que outras regiões do genoma dos cromossomos 1, 3 e 4 podem controlar tais características. Foram definidas duas regiões ainda não descritas na literatura no cromossomo 4: uma associada ao ganho de peso (MCW0240- LEI0063) e outra ao consumo de ração (LEI0085-MCW0174) 35-41 dias. Os resultados deste estudo podem ser explorados através do mapeamento fino, buscas in silico por genes candidatos por posição e validação em populações comerciais, a fim de implementar a seleção assistida por marcadores em programas de melhoramento genético avícolas. / Understanding the genetic architecture means to describe the genetic and environment factors that affect a quantitative trait, together with the estimation of individual genetic effects and its interactions. The aim of this work was to understand the genetic architecture of quantitative traits associated with performance and carcass yield of a chicken reference population created from crosses between a layer line (CC) and a broiler line (TT) genotyped for microsatellite markers that were associated with body weight at 42 days in its reciprocal cross on chromosomes 1, 3 and 4. Three specific topics were presented: 1) to characterize genotypically two reference populations (TCTC and CTCT); 2) to construct linkage maps in the CTCT population and 3) to map QTL associated with performance and carcass yield in CTCT population, using Composite Interval Mapping (CIM). The results showed that the two parental lines (CC and TT) created reciprocal F1 generations with suitable polymorphic information content values and observed heterozygosity, as result of the satisfactory number of alleles. This implies that the reciprocal F2 populations, derived from both F1 generations, are appropriated to map QTL associated with performance and carcass yield. The linkage maps from CTCT population were similar to its reciprocal population and to the Chicken Consensus Linkage Map. Estimating confidence intervals for distances between loci allowed the elucidation of the causes for differences both on chromosome sizes and on order loci. Finally, there were advantages in using CIM, mainly on QTL number and location. The regions where QTLs were mapped in this study not only corroborated some results from TCTC reciprocal population, but also suggested that other genome regions on chromosomes 1, 3 and 4 may control such traits. On chromosome 4 two regions were defined that were not previously described in the literature: one associated with weight gain (MCW0240-LEI0063) and another one with feed intake (LEI0085-MCW0174) at 35- 41 days. The results of this study can be explored through fine mapping, searches in silico for candidate genes and by validation in commercial populations, in order to implement marker assisted selection in poultry breeding programs.

Um dos maiores desafios do setor produtivo de carne bovina está relacionado com a inconsistência na maciez. Várias estratégias de manejo nutricional e tecnologias pós-abate foram desenvolvidas com o intuito de diminuir a inconsistência na maciez. O objetivo deste trabalho foi avaliar a interferência dos sistemas de produção e das diferentes estratégias nutricionais sobre as características de qualidade e maciez da carne de bovinos Bonsmara e de outros cruzamentos entre Bos taurus e Bos indicus. A utilização de tecnologias pós-abate que melhorem essas características também foi avaliada. Para isso foram realizados dois experimentos, sendo um deles nos Estados Unidos (Texas-EUA), em duas cidades diferentes em dois anos consecutivos onde novilhos Bonsmara sob pastejo, recebendo ou não suplementação ou confinados, tiveram avaliadas as características de qualidade e rendimento de carcaça pelo sistema de classificação americano (USDA), o perfil de ácidos graxos e as características sensoriais. O outro estudo foi realizado no Brasil com animais somente confinados no qual foram avaliados em dois diferentes músculos, o perfil de ácidos graxos, a maciez, cor e teor de gordura na carne. Nos EUA, ano e local tiveram impacto significativo na qualidade, rendimento e maciez, independente do manejo nutricional utilizado, sendo que os animais confinados apresentaram melhores resultados, além de terem resolvido os efeitos limitantes de ano e local. A estimulação elétrica melhorou a cor e a textura da carne e, o tempo de maturação foi o mais eficiente em melhorar a maciez. Novilhos confinados tiveram a carne mais clara e a gordura com menor teor de amarelo quando comparados aos novilhos abatidos logo após o periodo de pastejo, bem como sabor mais característico de carne cozida e menos predominante de grama. O atributo intensidade de sabor foi mais alto nos animais suplementados. A gordura intramuscular (GIM) e subcutânea dos novilhos não confinados apresentou maiores teores de ácido - linolênico. No Brasil, o fornecimento de caroço de algodão na dieta não foi suficiente para provocar modificação relevante no perfil de ácidos graxos nem nas características de maciez e cor da carne, embora sua inclusão tenha sido relacionada com menor teor de ácido -linolênico. O período de maturação foi eficiente no músculo Longissimus dorsi, e não interferiu nos resultados do Gluteo biceps, cuja carne apresentou valores baixos de força de cisalhamento, no primeiro dia pós-abate. Animais com maior predominância de genótipo zebuíno apresentaram menor teor de GIM e menor relação -6/-3. / One of the biggest challenges of the beef production sector is related to the inconsistency in tenderness. Several strategies of nutritional management and postharvest technologies were developed with the aim of reducing the inconsistency in tenderness. The objective of this study was to evaluate the interference of production systems and nutritional strategies in the characteristics of quality and meat tenderness of beef from Bonsmara and Bos taurus and Bos indicus crosses. The use of postharvest technologies that improve these characteristics was also evaluated. For this purpose two experiments were conducted, one in the United States (Texas, USA), in two different cities for two consecutive years where grazing Bonsmara steers, receiving or not supplementation or confined, had been evaluated for quality and carcass yield by American classification system (USDA), the fatty acid profile and sensory characteristics. The other study was performed in Brazil with confined animals where the fatty acid profile, tenderness, color and fat content were evaluated in two different muscles in the carcasses. In the U.S., year and location had significant impact on quality, yield and tenderness, regardless of nutritional management used, with the confined animals showing better results, beyond had solved the limiting effects of year and location. Electrical stimulation improved the color and texture of the meat, and aging time was the most effective in improving the tenderness. Feedlot steers had the lighter meat with the lowest yellow fat content, when compared to steers slaughtered immediately after the grazing period, as well as the most characteristic flavor of cooked meat and less dominant grass flavor. The attribute flavor intensity was higher in the supplemented animals. The intramuscular (IMF) and subcutaneous fat of the not confined steers had higher levels of -linolenic acid. In Brazil, the supply of cottonseed in the diet was not enough to cause significant changes in fatty acid profile nor in tenderness and color characteristics of the meat, although its inclusion had been associated with lower levels of -linolenic acid. Aging was efficient in the Longissimus muscle, and not interfere with the shear force (SF) results in the Gluteus biceps, whose meat had the lowest SF values on the first day post-slaughter. Animals with a predominance of zebu genotype had lower levels of IMF and lower -6/-3 ratio.

A partir de uma linha macho de corte e outra de postura, foi desenvolvida uma população experimental F2 com objetivo de mapear locos de características quantitativas (QTLs) para características de interesse comercial. Foi gerado um total de 2.063 animais F2 em 17 incubações que foram criados como frangos de corte até a 6&#170; semana de idade, quando foram avaliadas seis características de desempenho. As famílias utilizadas para o estudo, foram as que obtiveram maior número de marcadores microssatélites informativos em trabalhos anteriores envolvendo os cromossomos 1 a 5 com a mesma população. Vinte marcadores dos cromossomos 19, 23, 24, 26, 27 e 28 foram testados nos indivíduos parentais e F1 das famílias escolhidas para checar se eram ou não informativos. Após a genotipagem das 5 famílias escolhidas, foram construídos os mapas de ligação e realizada a análise de mapeamento de QTL por intervalo para cada cromossomo utilizando o método de regressão e o modelo genético F2. Dois modelos foram testados: um incluindo apenas o efeito aditivo do QTL e outro modelo que incluiu também o efeito de dominância. Caso fosse identificado QTL com nível de significância no mínimo sugestivo no genoma, os modelos foram confrontados para confirmar o efeito de dominância do QTL. Foram conduzidas também análises complementares com o intuito de detectar interação do QTL x sexo e QTL x família. Foram estimados a porcentagem da variância fenotípica e o intervalo de confiança para cada QTL. No cromossomo 26 foi mapeado QTL significativo a 5% no cromossomo para ganho de peso dos 35 aos 41 dias, e no cromossomo 27 foi identificado, para a característica peso vivo aos 35 dias um QTL sugestivo no genoma. Os QTL localizados nos cromossomo 26 e 27 foram localizados a 0.0 e 103.0 cM e explicaram 1,95 e 2,03% da variação fenotípica, respectivamente. / With the objective of mapping quantitative trait loci (QTLs) for economically valuable characteristics, an F2 chicken population was developed by crossing a broiler sire line and a layer dam line. A total of 2.063 F2 chickens from 17 incubations were reared as broilers and slaughtered at 6 week of age, when six performance traits were measured. Five families were chosen for this study based on previous work to determine the most informative families. Twenty markers from chromosomes 19, 23, 24, 26, 27 and 28 were tested in the parental and F1 chickens from the chosen families to select the informative markers. After genotyping parental, F1 and F2 chickens, the linkage maps were constructed and QTL Interval mapping analysis was conducted for each chromosome using regression methods and the F2 genetic model. Two different models were tested: one including only the additive effect of the QTL and another model that also included the dominance effect. If at least a genome-wide suggestive QTL was detected, they were compared through standard F tests to confirm the dominance effect of the QTL. Complementary analyses were conducted to investigate the existence of QTL x sex and QTL x family interactions. The percentage of the phenotypic variance explained by the QTL and the confidence intervals were estimated for each QTL. A 5% chromosome-wide significant QTL for weight gain from 35 to 41 d was mapped to chromosome 26 and a QTL that exceeded the genome-wide suggestive threshold for body weight at 35 d was mapped to chromosome 27. This QTL positioned at 103 cM explained 2.03% of the phenotypic variance of the trait and presented a confidence interval from 0 to 111 cM.

Os objetivos deste trabalho foram avaliar diferentes modelos de seleção com base nos efeitos aleatórios maternos considerados para características de crescimento e perímetro escrotal, estimar parâmetros genéticos para pesos do nascimento aos 12 meses (pesos ao nascer, a desmama e aos 12 meses de idade); perímetro escrotal aos 12 meses e correlações genéticas entre as características para bovinos compostos Montana Tropical, em análises uni, bicaracterísticas. Estimar parâmetros genéticos para as características categóricas de musculosidade, precocidade e conformação aos 12 meses em modelos uni e bicaracterísticas utilizando diferentes metodologias para análise (modelos mistos, modelos thresholds bayesianos e modelos lineares generalizados mistos) e compará-los. Nas análises feitas para as características de crescimento e perímetro escrotal os efeitos maternos influenciaram os pesos do nascimento aos 12 meses de idade. As estimativas de herdabilidade direta obtidas das análises bicaracterísticas foram superiores àquelas obtidas das análises unicaracterísticas e as estimativas pela análise bicaracterística para as herdabilidades foram 0,27 para peso ao nascer; 0,18 para peso à desmama; 0,20 para peso aos 12 meses; e 0,19 para perímetro escrotal aos 12 meses. As correlações genéticas estimadas entre pesos obtidos em idades jovens com peso ao ano foram moderadas a baixas (< 0,60). A correlação genética obtida entre perímetro escrotal e características de crescimento foram 0,04, e <0,01 com peso a desmama indicando baixa associação entre as características e de 0,38 com peso aos 12 meses o que pode ao longo do tempo gerar animais mais pesados aos 12 meses. A seleção com base em características de crescimento em qualquer idade pode promover ganhos genéticos moderados no peso corporal de animais do composto Montana Tropical. É importante considerar nas análises os pesos prévios à seleção para estimar parâmetros genéticos para pesos após a seleção. Para as características morfológicas as estimativas de herdabilidade foram de baixas a moderadas e houve diferença entre o modelo linear e o de limiar e o modelo linear generalizado misto, na obtenção de estimativas de herdabilidades e correlações genéticas, de características categóricas morfológicas multinomiais. As estimativas dos parâmetros genéticos obtidas por modelo de limiar foram superiores aos demais métodos avaliados, com valores de 0,42; 0,37 e 0,25 para musculosidade, precocidade e conformação aos 12 meses, e as correlações genéticas estimadas em conjunto com peso a desmama para musculosidade, precocidade e conformação aos 12 meses foram 0,89; 0,22 e 0,83 respectivamente. Os escores visuais de conformação, precocidade e musculatura aos 12 meses podem responder rapidamente à seleção individual. / The objectives this study were to evaluate different models of selection based on maternal random effects considered for growth traits and scrotal circumference; to estimate genetic parameters for weights from birth to 12 months (birth weight, weaning and 12 months old), scrotal circumference at 12 months and to estimate genetic correlations between traits for cattle composite Montana Tropical, by univariate and two-trait analysis. To estimate genetic parameters for categorical traits of muscling, precocity and conformation at 12 months in uni-and two-trait models using different methodologies for analysis (mixed models, Bayesian models thresholds and generalized linear mixed models) and compare them. In the analysis made for growth traits and scrotal circumference, maternal effects influenced the weights from birth to 12 months of age. Direct heritability estimates obtained from two-trait analyzes were higher than those obtained using univariate models, and the estimates of heritability for the two traits analysis were 0.27 for birth weight, 0.18 for weaning weight, 0.20 for weight at 12 months , and 0.19 for scrotal circumference at 12 months. The genetic correlation obtained between weights at young ages and yearling weight were moderate to low ( < 0.60). Genetic correlation obtained between scrotal circumference and growth traits were 0.04, and < 0.01 with weaning weight indicating a low correlation between the traits and 0.38 from weight at 12 months which may over time provide heavier animals at 12 months. Selection based on growth traits at any age can provide moderate genetic gains in body weight of animals of the composite Montana Tropical. It is important to consider in the analysis to selecting the prior weights to estimate genetic parameters for weights after selection. For the morphological traits, heritability estimates were low to moderate and there was a difference between the threshold and linear model and generalized linear mixed model, for estimates of heritability and genetic correlations of morphological multinomial categorical traits. Estimates of genetic parameters by the threshold model were higher than the other methods evaluated, with values of 0.42, 0.37 and 0.25 for muscling, precocity, and conformation at 12 months, and the genetic correlations estimated in with weaning weight for muscling, precocity and conformation at 12 months were 0.89, 0.22 and 0.83 respectively. The visual scores of conformation, precocity and muscling at 12 months can respond quickly to individual selection.