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Ce mémoire porte sur les relations phylogénétiques, géographiques et historiques du genre afro-malgache Delonix qui contient onze espèces et des genres monospécifiques et endémiques Colvillea et Lemuropisum. Les relations intergénériques et interspécifiques entre les espèces de ces trois genres ne sont pas résolues ce qui limite la vérification d’hypothèses taxonomiques, mais également biogéographiques concernant la dispersion de plantes depuis ou vers Madagascar. Une meilleure compréhension des relations évolutives et biogéographiques entre ces espèces menacées d’extinction permettrait une plus grande efficacité quant à leur conservation. L’objectif de ce mémoire est de reconstruire la phylogénie des espèces à l’aide de régions moléculaires des génomes chloroplastique et nucléaire, d’identifier les temps de divergences entre les espèces et de reconstruire l’aire géographique ancestrale pour chacun des groupes. Ce projet démontre que le genre Delonix n’est pas soutenu comme étant monophylétique et qu’une révision taxonomique s’impose. Les relations intergénériques demeurent floues quant à la position phylogénétique de Colvillea et nos résultats suggèrent de l’hybridation ou un assortiment incomplet de cette lignée. Les espèces sont apparues et se sont diversifiées au Miocène à partir d’un ancêtre commun du sud de Madagascar. La phylogénie montre deux clades associés aux aires géographiques de répartition des espèces opposant les espèces largement répandues à celles majoritairement restreintes au fourré aride. Différentes hypothèses afin d’expliquer la dispersion des Delonix africains au Miocène à partir de Madagascar sont discutées. Un point de mire sur les interactions biotiques et abiotiques, passées et présentes, dans le fourré aride de Madagascar est recommandé en terme de conservation. / This thesis discusses the phylogenetic, geographic, and historic relationships of the eleven species of the afro-madagascan genus Delonix, as well as the endemic, monospecific genera Colvillea and Lemuropisum. The intergeneric and interspecific relationships of these taxa are unresolved which limits the evaluation of taxonomic changes suggested by some studies and of conflicting biogeographical hypotheses regarding plant dispersal around Madagascar. These species are all endangered, therefore a better understanding of their evolutionary pattern would benefit conservation efforts in Madagascar. The objective of this thesis is to reconstruct a phylogeny using multiple loci from two distinct genomes, and to use it to reconstruct the ancestral geographic range of species and estimate the times of divergence of the lineages. Results indicate that genus Delonix is not supported as monophyletic and a taxonomic revision is necessary. The exact position for Colvillea is ambiguous and suggests hybridization or incomplete lineage sorting for this taxon. Species evolved mostly during the Miocene from southern Madagascan ancestors. The phylogeny shows two clades associated with the geographic distribution of species, opposing the widespread species to the rare and mostly southern, endemic, spiny thicket species. The different hypotheses that could explain the Miocene long distance dispersal of the two African Delonix species from Madagascar are discussed. We recommend that conservation efforts should focus on past and present biotic and abiotic interactions in the Madagascar spiny thicket, considering that this unique habitat is an evolutionary cradle for at least three genera.

[1] Four specimens of zoned tourmaline from granitic pegmatites are characterised in detail, each having unusual compositional and/or morphologic features: (1) a crystal from Black Rapids Glacier, Alaska, showing a central pink zone of elbaite mantled by a thin rim of green liddicoatite; (2) a large (~25 cm) slab of Madagascar liddicoatite cut along (001) showing complex patterns of oscillatory zoning; and (3) a wheatsheaf and (4) a mushroom elbaite from Mogok, Myanmar, both showing extensive bifurcation of fibrous crystals originating from a central core crystal, and showing pronounced discontinuous colour zoning. Crystal chemistry and crystal structure of these samples are characterised by SREF, EMPA, and 11B and 27Al MAS NMR and Mössbauer spectroscopies. For each sample, compositional change, as a function of crystal growth, is characterised by EMPA traverses, and the total chemical variation is reduced to a series of linear substitution mechanisms. Of particular interest are substitutions accommodating the variation in [4]B: (1) TB + YAl ↔ TSi + Y(Fe, Mn)2+, where transition metals are present, and (2) TB2 + YAl ↔ TSi2 + YLi, where transition metals are absent. Integration of all data sets delineates constraints on melt evolution and crystal growth mechanisms. [2] Uncertainty has surrounded the occurrence of [4]Al and [4]B at the T-site in tourmaline, because B is difficult to quantify by EMPA and Al is typically assigned to the octahedral Y- and Z-sites. Although both [4]Al and [4]B have been shown to occur in natural tourmalines, it is not currently known how common these substituents are. Using 11B and 27Al MAS NMR spectroscopy, the presence of [4]B and [4]Al is determined in fifty inclusion-free tourmalines of low transition-metal content with compositions corresponding to five different species. Chemical shifts of [4]B and [3]B in 11B spectra, and [4]Al and [6]Al in 27Al spectra, are well-resolved, allowing detection of very small (< ~0.1 apfu) amounts of T-site constituents. Results show that contents of 0.0 < [4]B, [4]Al < 0.5 apfu are common in tourmalines containing low amounts of paramagnetic species, and that all combinations of Si, Al and B occur in natural tourmalines.

Entre le XIème et le XVIème siècle, la Mer des Indes fut le théâtre de nombreux mouvements populationnels aux fins essentiellement commerciales ou coloniales. Madagascar se trouve à la croisée des mondes asiatiques et africains. La côte sud-est malgache a vu l'arrivée de plusieurs migrations : la dernière, probablement vers la fin du XVème siècle, serait celle des Antemoro dont une partie d'entre eux se réclame d'une origine arabe et se rattache à La Mecque. L'éthnie des Antemoro a fait l'objet de nombreuses études anthropologiques et linguistiques. Néanmoins, le débat sur l'origine des migrants fait toujours l'objet d'hypothèses contradictoires. Leurs origines génétiques pourraient ainsi être l'Arabie, l'Afrique de l'Est, l'Inde ou encore l'Asie du Sud-Est à une époque où ces régions étaient déjà islamisées. Ce travail a consisté à étudier la diversité génétique d'une population Antemoro afin d'apporter des éléments de réponse à la question de leur origine biologique. Ce projet interdisciplinaire a pour objectif de mettre en relation l'anthropologie culturelle et sociale avec l'anthropologie biologique. Le polymorphisme du chromosome Y a été étudié afin de rechercher les origines des lignées paternelles par l'analyse de 17 marqueurs microsatellites ainsi que des mutations ponctuelles de l'ADN de la partie non recombinante du chromosome Y. De même, la variabilité génétique des lignées maternelles a été analysée par séquençage des régions hypervariables I et II de l'ADN mitochondrial, et par la définition de polymorphismes bialléliques dans sa région codante. Nous avons mis en évidence la présence de deux haplogroupes du chromosome Y chez certains groupes Antemoro, qui les différencient de la diversité habituellement rencontrée dans les populations malgaches. Bien que la majeure partie des Antemoro entre dans la diversité observée en Afrique sub-Saharienne et en Asie du Sud-Est, quelques haplotypes, des lignées paternelles, les lieraient au Moyen-Orient. Les lignées maternelles, quant à elles, ne les différencient pas de celles des autres populations malgaches. L'isolat génétique formé par certaines " pseudo-castes " Antemoro confirme bien l'isolat culturel. Ce travail apporte une nouvelle vision de la diversité génétique humaine à Madagascar.

[1] Four specimens of zoned tourmaline from granitic pegmatites are characterised in detail, each having unusual compositional and/or morphologic features: (1) a crystal from Black Rapids Glacier, Alaska, showing a central pink zone of elbaite mantled by a thin rim of green liddicoatite; (2) a large (~25 cm) slab of Madagascar liddicoatite cut along (001) showing complex patterns of oscillatory zoning; and (3) a wheatsheaf and (4) a mushroom elbaite from Mogok, Myanmar, both showing extensive bifurcation of fibrous crystals originating from a central core crystal, and showing pronounced discontinuous colour zoning. Crystal chemistry and crystal structure of these samples are characterised by SREF, EMPA, and 11B and 27Al MAS NMR and Mössbauer spectroscopies. For each sample, compositional change, as a function of crystal growth, is characterised by EMPA traverses, and the total chemical variation is reduced to a series of linear substitution mechanisms. Of particular interest are substitutions accommodating the variation in [4]B: (1) TB + YAl ↔ TSi + Y(Fe, Mn)2+, where transition metals are present, and (2) TB2 + YAl ↔ TSi2 + YLi, where transition metals are absent. Integration of all data sets delineates constraints on melt evolution and crystal growth mechanisms. [2] Uncertainty has surrounded the occurrence of [4]Al and [4]B at the T-site in tourmaline, because B is difficult to quantify by EMPA and Al is typically assigned to the octahedral Y- and Z-sites. Although both [4]Al and [4]B have been shown to occur in natural tourmalines, it is not currently known how common these substituents are. Using 11B and 27Al MAS NMR spectroscopy, the presence of [4]B and [4]Al is determined in fifty inclusion-free tourmalines of low transition-metal content with compositions corresponding to five different species. Chemical shifts of [4]B and [3]B in 11B spectra, and [4]Al and [6]Al in 27Al spectra, are well-resolved, allowing detection of very small (< ~0.1 apfu) amounts of T-site constituents. Results show that contents of 0.0 < [4]B, [4]Al < 0.5 apfu are common in tourmalines containing low amounts of paramagnetic species, and that all combinations of Si, Al and B occur in natural tourmalines.

Does banning opposition candidates from ballots increase the risk that they will turn to bullets instead? Globally, since the end of the Cold War, blatant election rigging tactics (such as ballot box stuffing) are being replaced by 'strategic rigging': subtler procedural manipulations aimed at winning while maintaining the guise of legitimacy in the eyes of international observers. In particular, incumbents (in regimes stuck between democracy and authoritarianism) are turning to 'electoral exclusion', neutralizing key rivals by illegitimately banning certain candidates, in turn reducing the need for cruder forms of election day rigging. I used mixed methods - combining insights from an original global dataset with extensive elite interviews conducted in five countries (Madagascar, Thailand, Tunisia, Zambia, and Côte d'Ivoire) - to establish that electoral exclusion is an attractive short-term election strategy for vulnerable incumbents that produces a much higher chance of victory but comes with high costs in the longer-term. Global probit modeling (using electoral exclusion as an independent variable and coups d'état and civil wars as separate dependent variables) suggests that, since the end of the Cold War, excluding opposition candidates from the ballot roughly doubles the risk of a coup d'état or quadruples the risk of civil war onset. In spite of these risks, incumbents fall into this 'exclusion trap' because of the shortened time horizon that frequently accompanies competitive multi-party elections. Vulnerable incumbents worry more about the short-term risk of losing an election than the long-term but ultimately unknown risk that political violence will ensue after the election. Finally, the inverse corollary of these findings is that inclusion of opposition candidates during multi-party elections can be a stabilizing factor. Though it may seem counterintuitive, fragile 'counterfeit democracies' - and so-called 'transitional' regimes - may be able to stave off existential threats to regime survival by extending an olive branch to their fiercest opponents. These findings combine to form the overarching argument of this dissertation: when opposition candidates are excluded from the ballot, they become more likely to turn to bullets by launching coups d'état and civil wars.

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L'Afrique subsaharienne est actuellement un point focal dans les études démographiques, principalement en raison de ses dynamiques uniques lors de la transition démographique. Au cœur de cette attention, les intentions de fécondité jouent un rôle crucial, justifiant la sélection de cette étude visant à approfondir la compréhension de l'influence de la famille d'origine sur les préférences en matière de fécondité chez les femmes à Madagascar. Cette analyse se concentre sur deux variables dépendantes, à savoir le désir d'enfant et le nombre idéal d'enfants, ainsi que deux variables indépendantes clés, à savoir l'ordre de naissance et la taille de la fratrie. Bien qu'explorée de manière exhaustive dans les pays développés disposant de données complètes accessibles, cette étude apporte une contribution significative à la compréhension de cette relation dans le contexte de la région subsaharienne. En s'appuyant sur les données de l'Enquête Démographique et de Santé (EDS) de 2008-2009, cette étude se base sur un échantillon analytique de femmes en âge de procréer, spécifiquement entre 15 et 49 ans. Des analyses descriptives et des régressions ont été appliquées, et les résultats révèlent un impact négligeable de l'ordre de naissance sur les préférences en matière de fécondité, tandis qu'un effet positif et statistiquement significatif de la taille de la fratrie sur ces préférences est mis en évidence. Cette étude enrichit notre compréhension des déterminants de la fécondité à Madagascar en mettant en lumière le rôle significatif de la famille d'origine, en particulier la taille du groupe de frères et sœurs, dans les préférences en matière de fécondité. / Sub-Saharan Africa is currently a focal point in demographic studies, primarily due to its unique dynamics during the demographic transition. Central to this focus, fertility intentions play a crucial role, justifying the selection of this study aimed at deepening the understanding of the influence of the family of origin on fertility preferences among women in Madagascar. This analysis focuses on two dependent variables, namely the desire for children and the ideal number of children, as well as two key independent variables, namely birth order and sibling size. While extensively explored in developed countries with accessible comprehensive data, this study makes a significant contribution to understanding this relationship in the context of the sub-Saharan region. Leveraging data from the 2008-2009 Demographic and Health Survey (DHS), this study draws on an analytical sample of women of reproductive age, specifically between 15 and 49 years. Descriptive analyses and regressions were applied, and the results reveal a negligible impact of birth order on fertility preferences, while a positive and statistically significant effect of sibling size on these preferences is revealed. This study enhances our understanding of fertility determinants in Madagascar by highlighting the significant role of the family of origin, particularly the size of the sibling group, in fertility preferences.

Plants are continuously confronted with a multitude attack either abiotic but also biotic in nature. Interestingly, despite the abundance of bacteria that plant has to face, only few are able to induce death or disease in the host plant. It is therefore likely that, in addition to secondary metabolites with antimicrobial properties, plants also synthesize secondary metabolites which are able to inhibit the expression of virulence genes in bacteria without affecting either growth or viability, which allows plants to host willingly or not bacterial populations. This work focuses on the identification of such metabolites in Malagasy plants (genera Dalbergia and Combretum) and the demonstration of their inhibitory effect on the expression of virulence genes in two different pathosystems: Rhodococcus fascians (a phytopathogen) and Pseudomonas aeruginosa (an opportunistic pathogen). Thus, two metabolites were isolated using a combination of chromatographic techniques coupled with tests that evaluate the expression of certain genes involved in the virulence mechanisms of these bacteria. The first is a new prenylated isoflavanone, named perbergin, isolated from the bark extract of D. pervillei. It was shown that the perbergin target attR gene expression, encoding a LysR-type transcriptional regulator that plays a key role in regulating the expression of virulence genes of R. fascians and the transition from an epiphytic to a pathogenic lifestyle. Therefore, we have also shown that the expression of all virulence genes known to date in R. fascians is also affected while the expression of genes involved in epiphytic fitness of the bacteria is not altered. In addition, the application of perbergin at the time of infection of plants susceptible to R. fascians shows that this molecule reduces in vivo the virulence of R. fascians, highlighting the potential of perbergin as an anti-infective agent. The second is a flavonoid known as catechin, isolated from the bark extract of C. albiflorum. Catechin significantly inhibits the expression of genes that regulate the mechanism of quorum sensing in P. aeruginosa such as lasI, LasR, rhlI and rhlR but also lasB and rhlA which expression depends on quorum sensing. Therefore, the production of virulence factors such as pyocyanin and elastase is significantly affected. Because of the limited number of our arsenal of antibiotics and their increasing ineffectiveness, the identification of these compounds create a path to an alternative in the fight against pathogenic bacteria and multidrug resistance of pathogenic bacteria to antibiotics. Our results also demonstrate the richness of Malagasy plants as (re)sources of new therapeutic molecules and the importance of widening the range of bacterial targets to be investigated to develop new strategies to fight within the endless war that we are waging against bacteria pathogens.<p><p>Les plantes sont continuellement confrontées à une multitude d’attaques qu’elles soient de nature abiotique ou surtout biotique. Il est intéressant de noter que malgré la multitude de bactéries auxquelles les plantes doivent faire face, seules quelques unes sont capables d’induire la mort ou une maladie chez la plante hôte. Il est dès lors fort probable que, outre les métabolites secondaires ayant des propriétés antimicrobiennes, les plantes synthétisent également des métabolites secondaires capables d’inhiber l’expression des gènes de virulence chez les bactéries sans toutefois affecter ni leur croissance ni leur viabilité, ce qui permet aux plantes de contenir les populations bactériennes qu’elles hébergent de gré ou de force. Ce travail porte sur l’identification de ce type de métabolites dans des plantes malgaches (genres Dalbergia et Combretum) et la démonstration de leurs effets inhibiteurs sur l’expression de gènes de virulence chez deux pathosystèmes différents: Rhodococcus fascians (un phytopathogène) et Pseudomonas aeruginosa (un pathogène opportuniste). Ainsi, deux métabolites ont été isolés en utilisant une combinaison de techniques chromatographiques couplées avec des tests qui évaluent l’expression de certains gènes impliqués dans les mécanismes de virulence de ces bactéries. Le premier est un nouvel isoflavanone prénylé, nommé perbergine, isolé à partir de l’extrait d’écorces de D. pervillei. Il a été montré que la perbergine cible l’expression du gène attR, codant un régulateur transcriptionnel de type LysR qui joue un rôle clé dans la régulation de l’expression des gènes de virulence de R. fascians et qui assure la transition entre un mode de vie épiphyte et le mode pathogène. En conséquence, nous avons également montré que l’expression de l’ensemble des gènes de virulence connu à ce jour chez R. fascians est également affectée alors que l’expression de gènes impliqués dans l’aptitude épiphyte de la bactérie n’est pas altérée. Par ailleurs, l’application de perbergine au moment de l’infection de plantes sensibles à R. fascians montre que cette molécule atténue la virulence de R. fascians in vivo, mettant en exergue le potentiel de la perbergine comme agent anti-infectieux. Le deuxième est un flavonoïde, connu sous le nom de catéchine, isolé de l’extrait d’écorces de C. albiflorum. La catéchine inhibe significativement l’expression des gènes régulateurs du mécanisme du quorum sensing chez P. aeruginosa tels que lasI, lasR, rhlI et rhlR et également lasB et rhlA dont l’expression dépend du quorum sensing. En conséquence, la production des facteurs de virulence tels que la pyocyanine et l’élastase est significativement affectée. Compte tenu de l’appauvrissement de notre arsenal d’antibiotiques et de leur inefficacité croissante, l’identification de ces composés ouvre une voie alternative de lutte contre les bactéries pathogènes et la multirésistance des bactéries pathogènes aux antibiotiques. Nos résultats démontrent également la richesse des plantes malgaches comme (res)sources de nouvelles molécules thérapeutiques et l’importance d’élargir le champ des cibles bactériennes à investiguer pour développer de nouvelles stratégies de lutte dans la guerre sans fin que nous menons contre les bactéries pathogènes. / Doctorat en Sciences / info:eu-repo/semantics/nonPublished