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Expresión diferencial de marcadores de células de Sertoli durante el desarrollo testicular de ratón

Cisneros Montalvo, Sheyla Estefani January 2014 (has links)
Publicación a texto completo no autorizada por el autor / Investiga si existe una expresión diferencial de ciertos genes expresados en las células de Sertoli durante el desarrollo testicular del ratón. Se usaron ratones (Mus musculus Linnaeus, 1758) macho de la cepa FVB/NCrl divididos en grupos etarios, desde embriones de 12.5 dpc hasta ratones en la etapa adulta de 120 dpp. Se emplearon testículos frescos para evaluar la expresión génica de la hormona Antimulleriana (AMH), Citoqueratina 18 (Krt18), Vimentina (VIM) mediante PCR en tiempo real (RT-qPCR). El antígeno 1 del tumor de Wilms (WT1) fue usado como un control del número de células de Sertoli durante el desarrollo debido a su expresión constante. Por otra parte para el método de inmunofluorescencia, los testículos fueron fijados en paraformaldehido (PFA) al 4% y embebidos en parafina para su posterior seccionamiento en cortes histológicos de 5 micras y tinción. En los resultados se observaron que el gen AMH y Krt18 son óptimos para ser usados como marcadores de células de Sertoli inmaduras, debido a una expresión relativa alta durante el estado de embrión y ratón recién nacido. Mientras que el gen VIM no es sugerido como marcador molecular para células de Sertoli. Los resultados fueron correlacionados con el método de inmunofluorescencia, siendo resultados positivos. Se concluyó que AMH, Krt18 y VIM son regulados en las células de Sertoli durante el desarrollo del testículo del ratón (Mus musculus). / Tesis
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Caracterización genética de poblaciones humanas de tres regiones del Perú, para su identificación mediante el uso de 30 marcadores de inserción y deleción

Zuñiga Ccoicca, Luis Armando January 2018 (has links)
Se caracterizó genéticamente 136 peruanos mestizos de las regiones norte, centro y sur del Perú, empleando un conjunto de 30 marcadores autosómicos no codificantes de inserción y deleción denominados INDELs. Se evaluó la diversidad genética como una medida de la heterosigosidad media en la población y se obtuvieron las frecuencias alélicas y genotípicas para los 30 marcadores estudiados. De los análisis de varianza molecular (AMOVA) y distancias genéticas entre poblaciones (Fst) no se observó diferencias significativas entre los grupos norte, centro y sur del Perú, pero si una alta diversidad genética a nivel de individuos (97.86%), es decir que la población mestiza del Perú se presenta en estos análisis como una unidad poblacional sin subestructura genética. Ninguno de los 30 marcadores INDELs mostraron desviaciones al Equilibrio de Hardy–Weinberg. Por otro lado los análisis de estructura poblacional en el Perú no muestran algún grado de agrupamiento que evidencie subestructura, sin embargo a una escala intercontinental se realizó una comparación con datos que emplearon el mismo sistema de marcadores en la población de España, País Vasco y Uruguay resultando un valor de K igual a 02 (dos), donde se observa que el Perú se muestra como un grupo poblacional con muy poco componente genético español a diferencia de Uruguay donde el componente español es predominante. De estos resultados se infiere que la población peruana posee mayormente un componente genético americano nativo que podría ser andino o amazónico. Adicionalmente se evaluó los parámetros estadísticos de interés forense. Este sistema de 30 marcadores muestra un alto Poder de Discriminación ( 99.99999999%) y una baja probabilidad de coincidencia (0.00000000001426561820), estas variables son importantes en genética forense ya que posee una alta capacidad de discriminar un perfil genético de ADN de otro que se haya encontrado en la misma escena del crimen, adicionalmente al poseer una baja probabilidad de coincidencia significa que la probabilidad de que dos individuos no relacionados tengan el mismo perfil genético en la escena del crimen es prácticamente cero. / Tesis
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Estudio de los microRNAs miR-126 y miR-375 como potenciales biomarcadores en la prevención y diagnóstico de diabetes tipo 2 en la población peruana

Bernal Espinoza, Carla January 2018 (has links)
La diabetes tipo 2 (DT2) es una enfermedad multifactorial considerada un problema de salud pública en el Perú. Su aumento rápido se relaciona con la falta de estrategias apropiadas para abordar el problema. Una detección temprana puede ayudar a prevenir futuras complicaciones y por ende una mejor calidad de vida. Diversos estudios han reportado la presencia de moléculas circulantes en la sangre que pueden ser útiles como marcadores de detección temprana, seguimiento y tratamiento de la DT2. Dentro de este conjunto de moléculas se encuentran los miRNAs, los cuales juegan un papel crucial en la patogénesis de la DT2 ya que regulan importantes vías metabólicas como la secreción de insulina y la homeóstasis de glucosa. En la presente tesis se estudió la expresión génica de los miRNAs miR-126 y miR-375 que, de acuerdo a la literatura, han sido estudiados para evaluar su potencial uso como marcadores de la DT2. Los miRNAs fueron obtenidos a partir de muestras de sangre y su expresión fue cuantificada por RT-qPCR. Los análisis estadísticos se llevaron a cabo usando el software R. Aunque no se encontró ninguna asociación estadísticamente significativa entre cualquiera de los miRNAs y los estados prediabetes y/o DT2, se encontró una tendencia de aumento en el nivel de expresión de miR-375 desde el grupo control al grupo DT2. Otras variables evaluadas debido a su estrecha relación con el desarrollo de DT2 tales como índice de masa corporal, circunferencia abdominal, concentración de glucosa en sangre, hemoglobina glicosilada, colesterol HDL, colesterol VLDL, triglicéridos, hipertensión y antecedentes familiares mostraron diferencias entre los grupos (p < 0.05). / Tesis
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Diversidade genética de Drosophila prosaltans e D. austrosaltans (Diptera, Drosophilidae) de regiões de Mata Atlântica avaliada por marcadores microssatélites /

Paixão, Jéssica Fernanda January 2020 (has links)
Orientador: Lilian Madi-Ravazzi / Resumo: Drosophila prosaltans e Drosophila austrosaltans, do grupo saltans de Drosophila, são espécies neotropicais com distribuição em áreas florestais da América Central e do Sul e que podem ser encontradas em simpatria. A literatura sobre o grupo saltans de Drosophila é escassa e muitos trabalhos não são tão recentes. Assim, poucas são as informações disponíveis sobre os aspectos biológicos de ambas as espécies. Para D. prosaltans, existem trabalhos de isolamento reprodutivo, estrutura e polimorfismo cromossômico que apontam uma diferenciação de suas populações, entretanto, as informações em relação à diferenciação populacional de D. austrosaltans são praticamente inexistentes. Tal fato nos motivou a investigar os padrões de diversidade genética populacional dessas espécies provenientes de diferentes fitofisionomias de Mata Atlântica utilizando os microssatélites como marcador molecular. Foram desenvolvidos oligonucleotídeos de microssatélites específicos para D. prosaltans, cuja transferibilidade testada para D. austrosaltans mostrou resultados positivos. Identificamos na análise de 12 locos para D. prosaltans, uma alta heterozigosidade média (Ho = 0.45 ± 0.03) e uma diferenciação genética populacional moderada (Fst = 0.17 ± 0.02). Foi observada a formação de dois agrupamentos genéticos distintos nas populações de D. prosaltans, que não se correlacionam com a distribuição regional ou de fitofisionomia das populações, podendo esse padrão ser decorrente de características ecológica... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Drosophila prosaltans and Drosophila austrosaltans, from the Drosophila saltans group, are neotropical species with distribution in forest areas of Central and South America and that can be sympatric. The literature on the Drosophila saltans group is scarce and many works are not so recent. Thus, little information is available on the biological aspects of both species. For D. prosaltans, there are works of reproductive isolation, structure and chromosomal polymorphism that point to a differentiation of its populations, however, the information regarding the population differentiation of D. austrosaltans is practically nonexistent. This fact motivated us to investigate the patterns of population genetic diversity of these species from different Atlantic Forest phytophysiognomies using microsatellites as a molecular marker. Microsatellite oligonucleotides specific for D. prosaltans were developed, whose transferability tested for D. austrosaltans showed positive results. In the analysis of 12 loci for D. prosaltans, we identified a high mean heterozygosity (Ho = 0.45 ± 0.03) and a moderate population genetic differentiation (Fst = 0.17 ± 0.02). The formation of two distinct genetic groups was observed in D. prosaltans populations, which do not correlate with the regional or phytophysiognomic distribution of the populations, and this pattern may be due to ecological characteristics, shared ancestral polymorphism, recurrent mutation and genetic drift (founder effect). The succes... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre
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Revisão da seção Virescentia do gênero Batrachospermum (Rhodophyta, Batrachospermales) /

Agostinho, Douglas de Castro. January 2017 (has links)
Orientador: Orlando Necchi Junior / Banca: Luis Henrique Zanini Branco / Banca: Inessa Lacativa Bagatini / Banca: Mariana Cabral de Oliveira / Banca: Valéria Cassano / Resumo: A seção Virescentia do gênero Batrachospermum corresponde a espécies com aparência esverdeada e verticilos bem desenvolvidos, carposporófitos grandes produzidos isoladamente ou em pares e inseridos no eixo principal, ramos carpogoniais retos e curtos originados das células pericentrais ou células fasciculares proximais, e carpogônio com tricogínios alongados e pedicelados. O presente estudo teve como objetivo inferir as relações filogenéticas, bem como os limites de variação intra e interespecífico das espécies da seção Virescentia com base na análise morfológica e molecular, utilizando caracteres diagnósticos atualmente aceitos e dois marcadores moleculares: gene plastidial que codifica a subunidade grande da RUBISCO (rbcL - 1.282 pares de base, pb) e as regiões de "barcode" (664 pb) e "mini-barcode" (246 pb) do gene mitocondrial que codifica a subunidade 1 da citocromo c oxidase (cox1). Foram analisadas amostras provenientes das regiões biogeográficas neotropical, neártica e paleártica, além de exsicatas dos espécimes-tipo da seção provenientes do Herbário PC (Paris, França) e exsicatas de espécimes do Brasil e Japão. Análises baseadas nas sequências de rbcL, cox1 e "mini-barcode" foram congruentes, indicando níveis de divergência suficientes para distinguir espécies dentro da seção. Análises moleculares revelaram a seção Virescentia como monofilética e evidenciaram clados bem definidos, com nítida repartição biogeográfica e associados a uma divergência relativamente alta... / Abstract: Section Virescentia of genre Batrachospermum comprises species with a greenish appearance and well-developed whorls, carposporophytes are produced singly or in pairs along the main axis, carpogonial branches are straight and short, arise from pericentral cells or proximal fascicle cells and carpogonia are elongate with cylindrical and pedicellate trichogynes. The goals of this study were to infer the phylogenetic relationships, as well as the limits of intra and interspecific variation among the species of Virescentia section, based on morphological and molecular analyses, using the diagnostic characters currently accepted and two molecular markers: the plastidial gene that encodes the RUBISCO large subunit (rbcL - 1282 bp) and the "barcode" (664 bp) and "mini-barcode" (246 bp) regions of the mitochondrial gene cox1 that encodes the cytochrome c oxidase sub-unity 1. We analyzed samples from the neotropical, neartic and paleartic biogeographic realms and dried archival samples (type specimens) from PC Herbarium (Paris, France) and dried archival samples from Brazil and Japan. Analyses based on rbcL, cox1 and mini-barcode sequences were congruent and showed section Virescentia as a clear monophyletic group, with enough divergence to distinguish species among the section. Molecular analyses revealed the Virescentia section as monophyletic and showed well-defined clades, with distinct biogeographical distribution and associated with a relatively high divergence in sequences between these groups, suggesting that the samples of the different parts of the world correspond to at least five distinct species: B. viride-brasiliense, B. vogesiacum, B. helminthosum, Batrachospermum sp.1 and Batrachospermum sp.2. The examination of types, as well as critical samples in the history of the group, allowed to recognize ten species for the Virescentia section based on diagnostics ... / Doutor
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Filogeografia de algumas espécies de Batrachospermales (Rhodophyta) no Brasil /

Paiano, Monica Orlandi. January 2016 (has links)
Orientador: Orlando Necchi / Banca: Luis Henrique Zanini Branco / Banca: Mariana Cabral de Olievira / Banca: Daniela Milstein / Banca: Inessa Lacativa Bagatini / Resumo: A filogeografia de sete espécies de Batrachospermales (Batrachospermum viride-brasiliense, Kumanoa ambigua, Setacea puiggariana, Sirodotia delicatula e Sirodotia spp.) foi investigada em populações brasileiras com base em dois marcadores mitocondriais: a região espaçadora cox2-3 e a região de "barcode" cox1. As espécies apresentaram níveis de divergência genética semelhantes para ambos os marcadores utilizados. B. viride-brasiliense apresentou dez haplótipos de cox2-3 e nove haplótipos, de cox1, com variação entre os haplótipos de 0,3 - 2,4% e 0,6 - 1,8%, respectivamente. K. ambigua apresentou três haplótipos para cada um dos marcadores analisados, com variação de 0,6 - 2,4% para cox2-3 e 1,3 - 2,0% para cox1. S. puiggariana apresentou seis haplótipos de cox-2-3 e oito haplótipos de cox1, com variação entre os haplótipos de 0,3 - 2,4% e 0,2 - 2,4%, respectivamente. Sirodotia apresentou uma alta variação entre os haplótipos para ambos marcadores, mostrando uma espécie (S. delicatula), com baixa variação para cox2-3 e cox1 (0,3 - 2,2% e 0,2 - 0,4%; respectivamente) e um complexo (Sirodotia spp. formado por três espécies crípticas), com divergência de 0,3 - 7,0% para cox2-3 e 0,2 - 6,2% para cox1. Para a região espaçadora cox2-3, as sequências de K. ambigua apresentaram 335 pb, enquanto para as outras espécies, todas as sequências tiveram comprimento de 376 pb. Os haplótipos de cox2-3 diferiram em 13 posições para B. viride-brasiliense, nove para K. ambigua, 12 para S. puiggariana e oito para S. delicatula e 33 posições para Sirodotia spp. Para a região de "barcode" cox1, todas as espécies apresentaram sequencias de 664 pb de comprimento, com um número mais elevado de posições variáveis para os haplótipos: 28 para B. viride-brasiliense, 16 para K. ambigua, 25 para S. puiggariana, apenas quatro para S. delicatula e 48 para... / Abstract: The phylogeography of seven species of Batrachospermales (Batrachospermum viride-brasiliense, Kumanoa ambigua, Setacea puiggariana, Sirodotia delicatula e Sirodotia spp.) was investigated in Brazilian populations based on two mitochondrial markers: the spacer region cox2-3 and the cox1 barcode region. The species showed similar levels of genetic divergence for both markers used. B. viride-brasiliense had ten haplotypes of cox2-3 and nine haplotypes of cox1, with haplotypes ranging from 0.3 to 2.4% and 0.6 to 1.8%, respectively. Three haplotypes for each marker were observed for K. ambigua, ranging from 0.6 to 2.4% and 1.3 to 2.0% for cox2-3 and cox1, respectively. Setacea puiggariana had six haplotypes for cox2-3 and eight haplotypes for cox1, with haplotypes ranging from 0.3 to 2.4% for cox2-3 and 0.2 to 2.4, respectively. A high variation between haplotypes of Sirodotia were found for both markers, showing one group (S. delicatula), with low variation for cox2-3 and cox1 (from 0.3 to 2.2 and 0.2 to 0.4%, respectively), and Sirodotia spp, species complex with divergence from 0.2 to 7.0% for cox2-3 and 0.2 to 6.2 % for cox1, including three cryptic species. For the cox2-3 spacer region, K. ambigua sequences showed 335 bp, whereas for other species, all sequences have of 376 bp in length. The cox2-3 haplotypes differed in 13 positions for B. viride-brasiliense, nine for K. ambigua, 12 for S. puiggariana, eight for S. delicatula and 33 positions for Sirodotia spp. Sequences of the cox1 barcode region, for all species were 664 bp in length, with a higher number of variable positions among the haplotypes: 28 for B. viride-brasiliense, 16 for K. ambigua, 25 for S. puiggariana, only four for S. delicatula, and 48 for Sirodotia spp.. Analyses of the two markers used and the geographical distribution of populations showed that each species had different phylogeographic patterns, ... / Doutor
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Isolamento e caracterização genética de Toxoplasma gondii em Myrmecophaga tridactyla (Linnaeus, 1758) /

Ferrari, Vinícius Matheus. January 2016 (has links)
Orientador: Lilian Castiglioni / Banca: Débora Aparecida Pires de Campos Zuccari / Banca: Juliana Giantomassi Machado / Resumo: Toxoplasma gondii é um parasito intracelular obrigatório, causador da toxoplasmose, que pode afetar tanto humanos, quanto um vasto número de espécies animais de sangue quente. Nos animais silvestres a infecção por T. gondii é bastante comum e vários estudos da literatura têm demonstrado sua ocorrência em diferentes organismos. Contudo, o conhecimento da história natural da maioria das zoonoses parasitárias na América do Sul ainda é pouco compreendido tanto nos humanos quanto nos animais. Particularmente, nos animais, a dificuldade na obtenção de amostras e o conhecimento insuficiente da biologia, ecologia e comportamento limitam estas pesquisas. Assim, o presente estudo objetivou isolar e caracterizar geneticamente (PCR-RFLP) o parasito T. gondii em amostras de tamanduá- bandeira (Myrmecophaga tridactyla), um importante animal silvestre da nossa região. As amostras biológicas de sangue (e tecidos, apenas dos animais que vieram a óbito) de M. tridactyla foram coletadas no SACCAS/Hospital Veterinário "Dr. Halim Atique", após terem sido vítimas de queimadas ou atropelamentos. As amostras foram analisadas no Laboratório de Imunogenética em parceria com o Laboratório de Virologia, ambos da FAMERP, e também com o Laboratório de Doenças Parasitárias, da Faculdade de Medicina Veterinária e Zootecnia da USP. O Teste de Aglutinação Modificada (MAT) foi realizado em 23 indivíduos da espécie para a tentativa de detecção de anticorpos anti-T. gondii em suas amostras sorológicas. Para a tentativa de isolamento do T. gondii, amostras teciduais de tamanduá- bandeira foram processadas (digestão péptica) e inoculadas em camundongos da linhagem Balb/c. Entre as 23 amostras sorológicas analisadas, foi constatada a presença de anticorpos anti-T. gondii em amostras de 13 indivíduos (56,52%). O isolamento do parasito foi realizado a partir de amostras... / Abstract: Toxoplasma gondii is an obligate intracellular parasite that causes toxoplasmosis, which can affect both humans and a large number of warm-blooded animal species. In wild animals, T. gondii infection is quite common and many published studies have demonstrated its occurrence in different organisms. However, the knowledge of the natural history of most parasitic zoonoses in South America is poorly understood both in humans and animals. Particularly, in animals, the difficulty in obtaining samples and the insufficient knowledge of the biology, ecology and behavior limit these researches. Thus, this study aimed to isolate and characterize genetically (PCR-RFLP) the T. gondii parasite in giant anteater (Myrmecophaga tridactyla) samples, an important wild animal is our region. Biological samples of M. tridactyla blood (and tissues, only from animals that died) were obtained in SACCAS/Veterinary Hospital "Dr. Halim Atique" after they have been victims of fires or roadkill. The samples were analyzed in Immunogenetics Laboratory in partnership with the Virology Laboratory, both of FAMERP, and also with the Parasitc Diseases Laboratory, Faculty of Veterinary Medicine and Animal Science at USP. The Modified Agglutination Test (MAT) was carried out in 23 individuals of the species to attempt detection of anti-T. gondii in their serum samples. In an attempt to isolate T. gondii, tissue samples of giant anteater were processed (peptic digest) and inoculated into Balb/c lineages mice. Among the 23 serum samples analyzed, it was found the presence of antibodies to anti-T.gondii in samples of 13 individuals (56,52%). The isolation of the parasite was performed from tissues samples from 1 individual, among 7 animals of the species that died (14,28%), and this mouse also presented reagent sorology. The isolation of T. gondii is unprecedented in this animal and has high clinical relevance ... / Mestre
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Marcadores moleculares para análise do polimorfismo genético relacionado à resposta de Plasmodium falciparum aos antimaláricos / Molecular markers for analysis of genetic polymorphism related to the response of Plasmodium falciparum to antimalarials

Inoue, Juliana 30 April 2014 (has links)
A malária é responsável por cerca de 207 milhões de casos e 627 mil óbitos em todo o mundo. No Brasil, em 2013, foram registrados mais de 167 mil casos. Um dos grandes desafios para o controle da doença é o desenvolvimento de resistência aos antimaláricos. Dentre as cinco espécies que podem causar malária em seres humanos, Plasmodium falciparum é a que apresenta maior habilidade de desenvolver resistência a quase todas as classes de medicamentos utilizados no tratamento. Estudos com marcadores moleculares têm associado mutações em diversos genes à resistência aos antimaláricos. A mutação K76T no gene pfcrt é relacionada à resistência à cloroquina. Mutações em pfmdr1 e aumento de seu número de cópias foram associados à resistência a diversos antimaláricos, como quinino, mefloquina e derivados de artemisinina. A resistência aos antifolatos é associada a mutações nos genes pfdhfr e pfdhps. Mutações nos genes pfATPase6 e pfAP2-u têm sido relacionadas à diminuição de sensibilidade à artemisinina. O monitoramento dessas mutações e suas associações às respostas in vivo e in vitro aos antimaláricos pode contribuir para a escolha de terapêutica para o controle da doença. O objetivo deste estudo foi analisar o perfil genético relacionado à resistência em P. falciparum ao longo de 27 anos. Foram analisadas amostras de P. falciparum coletadas no período entre 1984 e 2011, de pacientes atendidos em serviços de saúde nos estados do Pará e São Paulo, com infecções provenientes principalmente de países da América do Sul e África. A análise do gene pfcrt mostrou frequência de 100% da mutação K76T nas amostras de países da América do Sul ao longo das décadas analisadas. Este resultado é concordante com o fenótipo de resistência à cloroquina observado em 100% das amostras testadas in vitro para sensibilidade a este antimalárico. Amostras de países africanos apresentaram o genótipo selvagem em infecções únicas ou mistas. Com relação ao gene pfmdr1, a análise do códon 86 mostrou surgimento do mutante 86Y na última década em amostras da América do Sul e ocorrência de alelos selvagens e mutantes em amostras da África. Na análise do códon 1246 foi observada predominância do mutante 1246Y nas amostras sul-americanas e do selvagem D1246 nas africanas. Com relação ao gene pfdhfr, as amostras brasileiras apresentaram frequência de 100% dos mutantes 51I e 108N. O mutante 59R não foi observado no período 1980-1990, mas estava presente em 22,6% das amostras de 2000-2010. A análise do gene pfdhps das amostras brasileiras mostrou frequência de 100% do mutante 437G em todas as décadas e diminuição da frequência de 540E no período 2000-2010 em relação aos anteriores. O sequenciamento do gene pfATPase6 revelou a ocorrência de mutações que já haviam sido relatadas anteriormente, porém seu papel na resistência aos derivados de artemisinina ainda não foi elucidado. Na análise do gene pfAP2-? foram observadas duas novas mutações. Não foram observadas associações entre as mutações estudadas e a resposta in vivo e in vitro à mefloquina, quinino e derivados de artemisinina. Este estudo permitiu a avaliação do perfil genético de P. falciparum, com análise de marcadores moleculares relacionados à resistência a diversos antimaláricos, em amostras coletadas ao longo de 27 anos em que o parasito foi submetido à pressão de diferentes esquemas terapêuticos adotados no Brasil / Malaria is responsible for 207 million cases and 627 thousand deaths worldwide. In Brazil, in 2013, more than 167 thousand cases were reported. The major challenge for malaria control is the emergence and spread of resistance to antimalarials. Among the five species able to cause malaria in humans, Plasmodium falciparum presents ability to develop resistance to almost all classes of drugs for malaria treatment. Studies with molecular markers have associated mutations in several genes to antimalarial resistance. The mutation K76T in pfcrt is related to chloroquine resistance. Polymorphisms in pfmdr1 and increased copy number were associated to several antimalarials resistance, such as quinine, mefloquine and artemisinin derivatives. Resistance to antifolates is associated to mutations in pfdhfr and pfdhps genes. Mutations in pfATPase6 and pfAP2-u were linked to decreased sensibility to artemisinins. The monitoring of these mutations and their association with in vivo and in vitro responses may contribute to the choice of therapeutics for malaria control. The aim of the present study was to analyze the genetic profile related to resistance in P. falciparum over twenty-seven years. Samples collected from 1984 to 2011 from patients enrolled at health facilities in Para and Sao Paulo States were assessed. The origin of infections was mainly from South America and Africa countries. Pfcrt analysis showed that all samples from South America countries harbored the K76T mutation over the four decades, in agreement with the resistant phenotypic response of samples tested in vitro for chloroquine. African samples presented the wild type in mixed or single infections. Regarding to the pfmdr1 gene, the emergence of the mutant 86Y was observed in the last decade in South American samples and occurrence of both, mutant and wild type, in African ones. The analysis of 1246 showed only the mutant 1246Y in South American samples and the wild type D1246 in samples from Africa. Regarding to pfdhfr gene, the frequency of mutants 51I and 108N was 100% in Brazilian samples. The mutant 59R was not observed in the period 1980-1990 and it was present in 22.6% in samples from 2000-2010. The mutant 437G of pfdhps gene was observed in 100% of Brazilian samples in all decades and the frequency of mutant 540E decreased in the period 2000-2010 when compared to 1980-1990. The sequence analysis of pfATPase6 gene showed mutations previous described, but their role in artemisinin resistance is not well defined. Two novel mutations were observed in pfAP2-? gene. No association between the polymorphisms studied and in vivo or in vitro responses to mefloquine, quinine and artemisinin derivatives was observed. This study enabled the knowledge of P. falciparum genetic profile regarding to mutations related to resistance in samples collected over twenty-seven years, when the parasite was exposed to selective pressure of several therapeutic schemes adopted in Brazil
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Mapeamento por miscigenação em amostra de pacientes brasileiros com insuficiência cardíaca / Admixture mapping in sample of Brazilian patients with heart failure

Cardena, Mari Maki Síria Godoy 05 June 2018 (has links)
As doenças cardiovasculares lideram as causas de morte em vários países, inclusive no Brasil, sendo a insuficiência cardíaca (IC) uma das enfermidades mais frequentes. Associações entre ancestralidade genética e susceptibilidade ao desenvolvimento da IC já foram relatadas em diferentes populações. O presente estudo teve como objetivo estimar as ancestralidades global e local de 492 pacientes com IC, identificar regiões e ancestralidades genômicas associadas à IC, seus fatores de risco (diabetes e hipertensão) e à mortalidade causada pela IC, por meio do mapeamento por miscigenação (AM, admixture mapping). Utilizando 182.090 Polimorfismos de Nucleotídeo Único (SNPs, Single Nucleotide Polymorphisms) comuns à nossa população e a três populações ancestrais (europeia, africana e ameríndia) foram realizadas as análises das ancestralidades global e local. Todos os pacientes apresentaram maior proporção de ancestralidade global europeia, média de 0,618±0,218. As análises de AM da IC e da diabetes não mostraram nenhuma região associada, nas três ancestralidades avaliadas. No estudo de AM da hipertensão houve associação estatisticamente significativa com a ancestralidade local africana no cromossomo 2 (chr2p25.3) (p=4,65x10-5). Nessa região estão mapeados 7 RNAs não codificantes, 2 RNAs longos de região intergênica não codificadores de proteína, 44,93% do gene Syntrophin Gamma 2 (SNTG2) e o gene que codifica uma proteína de transmembrana (TMEM18). A análise de AM da mortalidade por IC foi realizada com os mesmos 492 pacientes com IC, usando o modelo caso-controle, sendo o grupo de casos (n=248) composto por pacientes em óbito no final de 4 anos de avaliação, e o grupo de controles (n=244), de indivíduos que ainda estavam vivos no final desse mesmo período. Foi observada associação estatisticamente significativa com a ancestralidade local europeia no cromossomo 6 (chr6p22.3) (p=6,805x10-5). Nessa região estão mapeados 30,74% do gene Ataxina 1 (ATXN1) e o gene Guanosina Monofosfato Redutase (GMPR). O mapeamento fino nessa região, com 7.916 SNPs, apresentou dois marcadores genéticos, rs1042391 e rs2142672, com resultados significativos (p=1,140x10-4, p=3,921×10-4, respectivamente). O alelo em homozigose TT do rs1042391 foi associado a um aumento de 21% ao risco de morte por IC (HR=1.21, p=0,0013), enquanto que o alelo em homozigose CC do rs2142672 foi associado a um aumento de 51% ao risco de morte por IC (HR=1.51, p=0,0004). Estes são achados iniciais e, como tal, devem ser considerados como hipóteses geradoras. Apesar disso, ficou demonstrado a utilidade do estudo de AM para identificar regiões com diferentes ancestralidades genômicas que podem contribuir para o risco de doenças complexas em populações geneticamente miscigenadas. Esses dados podem auxiliar na compreensão da etiologia genética da hipertensão e da mortalidade em pacientes com IC, relacionados à ancestralidade, podendo servir como ponto de partida para estudos funcionais na tentativa de aprofundar os conhecimentos dos processos biológicos que levam à hipertensão e à IC. Estudos futuros são necessários para replicar as associações encontradas, detectar variáveis causais que conduzem essas associações e explorar aplicações clínicas para as regiões de genes consistentemente associadas a mortalidade em pacientes com IC e à hipertensão / Cardiovascular diseases lead the causes of death in several countries, including Brazil, with the heart failure (HF) being one of the most frequent diseases. Associations between genetic ancestry and susceptibility to the development HF have already been reported in different populations. The present study aimed to estimate the global and local ancestry of 492 HF patients, and identify genomic regions and ancestry associated with HF, HF risk factors (diabetes and hypertension) and HF mortality, through admixture mapping (AM). Using 182,090 Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) common to our population and to three ancestral populations (European, African and Amerindian) the analyses of global and local ancestry were performed. All patients showed a higher proportion of European global ancestry, mean of 0.618±0.218. The AM analysis of HF and diabetes did not show any associated regions, in the three ancestries evaluated. In AM of hypertension there was a statistically significant association with African local ancestry on chromosome 2 (chr2p25.3) (p=4,65x10-5). In this region are mapped 7 non-coding RNAs, 2 long intergenic non-protein coding RNAs, 44.93% of the Syntrophin Gamma 2 gene (SNTG2) and the gene encoding a transmembrane protein (TMEM18). The AM analysis of HF mortality was performed with the same 492 HF patients, using case-control model, case group (n=248) was composed of patients who died at the end of 4 years of evaluation, and control group (n=244) included individuals who were still alive at the end of that period. A statistically significant association with European local ancestry on chromosome 6 (chr6p22.3) (p=6.805x10-5) was observed. In this region are mapped 30.74% of the gene Ataxin 1 (ATXN1) and the Guanosine Monophosphate Redutase gene (GMPR). The fine mapping in this region, with 7,916 SNPs, presented two genetic markers, rs1042391 and rs2142672, with significant results (p=1,140x10-4, p=3,921×10-4, respectively). The TT homozygous allele of rs1042391 was associated with 21% increase risk of HF death (HR=1.21, p=0,0013), while the CC homozygous allele of rs2142672 was associated with 51% increase risk of HF death (HR=1.51, p=0.0004). These are initial findings and, as such, should be considered as generating hypotheses. Despite this, it was demonstrated the utility of the AM study to identify regions with different genomic ancestry that may contribute to the risk of complex diseases in genetically mixed populations. These data may contribute to understand the genetic etiology of hypertension and mortality in HF patients, related to ancestry, and may serve as a starting point for functional studies in an attempt to deepen the knowledge of the biological processes that lead to hypertension and HF. Future studies are needed to replicate the associations found, to detect causal variables that lead these associations, and to explore clinical applications for gene regions consistently associated with death in patients with HF and hypertension
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Marcadores moleculares para análise do polimorfismo genético relacionado à resposta de Plasmodium falciparum aos antimaláricos / Molecular markers for analysis of genetic polymorphism related to the response of Plasmodium falciparum to antimalarials

Juliana Inoue 30 April 2014 (has links)
A malária é responsável por cerca de 207 milhões de casos e 627 mil óbitos em todo o mundo. No Brasil, em 2013, foram registrados mais de 167 mil casos. Um dos grandes desafios para o controle da doença é o desenvolvimento de resistência aos antimaláricos. Dentre as cinco espécies que podem causar malária em seres humanos, Plasmodium falciparum é a que apresenta maior habilidade de desenvolver resistência a quase todas as classes de medicamentos utilizados no tratamento. Estudos com marcadores moleculares têm associado mutações em diversos genes à resistência aos antimaláricos. A mutação K76T no gene pfcrt é relacionada à resistência à cloroquina. Mutações em pfmdr1 e aumento de seu número de cópias foram associados à resistência a diversos antimaláricos, como quinino, mefloquina e derivados de artemisinina. A resistência aos antifolatos é associada a mutações nos genes pfdhfr e pfdhps. Mutações nos genes pfATPase6 e pfAP2-u têm sido relacionadas à diminuição de sensibilidade à artemisinina. O monitoramento dessas mutações e suas associações às respostas in vivo e in vitro aos antimaláricos pode contribuir para a escolha de terapêutica para o controle da doença. O objetivo deste estudo foi analisar o perfil genético relacionado à resistência em P. falciparum ao longo de 27 anos. Foram analisadas amostras de P. falciparum coletadas no período entre 1984 e 2011, de pacientes atendidos em serviços de saúde nos estados do Pará e São Paulo, com infecções provenientes principalmente de países da América do Sul e África. A análise do gene pfcrt mostrou frequência de 100% da mutação K76T nas amostras de países da América do Sul ao longo das décadas analisadas. Este resultado é concordante com o fenótipo de resistência à cloroquina observado em 100% das amostras testadas in vitro para sensibilidade a este antimalárico. Amostras de países africanos apresentaram o genótipo selvagem em infecções únicas ou mistas. Com relação ao gene pfmdr1, a análise do códon 86 mostrou surgimento do mutante 86Y na última década em amostras da América do Sul e ocorrência de alelos selvagens e mutantes em amostras da África. Na análise do códon 1246 foi observada predominância do mutante 1246Y nas amostras sul-americanas e do selvagem D1246 nas africanas. Com relação ao gene pfdhfr, as amostras brasileiras apresentaram frequência de 100% dos mutantes 51I e 108N. O mutante 59R não foi observado no período 1980-1990, mas estava presente em 22,6% das amostras de 2000-2010. A análise do gene pfdhps das amostras brasileiras mostrou frequência de 100% do mutante 437G em todas as décadas e diminuição da frequência de 540E no período 2000-2010 em relação aos anteriores. O sequenciamento do gene pfATPase6 revelou a ocorrência de mutações que já haviam sido relatadas anteriormente, porém seu papel na resistência aos derivados de artemisinina ainda não foi elucidado. Na análise do gene pfAP2-? foram observadas duas novas mutações. Não foram observadas associações entre as mutações estudadas e a resposta in vivo e in vitro à mefloquina, quinino e derivados de artemisinina. Este estudo permitiu a avaliação do perfil genético de P. falciparum, com análise de marcadores moleculares relacionados à resistência a diversos antimaláricos, em amostras coletadas ao longo de 27 anos em que o parasito foi submetido à pressão de diferentes esquemas terapêuticos adotados no Brasil / Malaria is responsible for 207 million cases and 627 thousand deaths worldwide. In Brazil, in 2013, more than 167 thousand cases were reported. The major challenge for malaria control is the emergence and spread of resistance to antimalarials. Among the five species able to cause malaria in humans, Plasmodium falciparum presents ability to develop resistance to almost all classes of drugs for malaria treatment. Studies with molecular markers have associated mutations in several genes to antimalarial resistance. The mutation K76T in pfcrt is related to chloroquine resistance. Polymorphisms in pfmdr1 and increased copy number were associated to several antimalarials resistance, such as quinine, mefloquine and artemisinin derivatives. Resistance to antifolates is associated to mutations in pfdhfr and pfdhps genes. Mutations in pfATPase6 and pfAP2-u were linked to decreased sensibility to artemisinins. The monitoring of these mutations and their association with in vivo and in vitro responses may contribute to the choice of therapeutics for malaria control. The aim of the present study was to analyze the genetic profile related to resistance in P. falciparum over twenty-seven years. Samples collected from 1984 to 2011 from patients enrolled at health facilities in Para and Sao Paulo States were assessed. The origin of infections was mainly from South America and Africa countries. Pfcrt analysis showed that all samples from South America countries harbored the K76T mutation over the four decades, in agreement with the resistant phenotypic response of samples tested in vitro for chloroquine. African samples presented the wild type in mixed or single infections. Regarding to the pfmdr1 gene, the emergence of the mutant 86Y was observed in the last decade in South American samples and occurrence of both, mutant and wild type, in African ones. The analysis of 1246 showed only the mutant 1246Y in South American samples and the wild type D1246 in samples from Africa. Regarding to pfdhfr gene, the frequency of mutants 51I and 108N was 100% in Brazilian samples. The mutant 59R was not observed in the period 1980-1990 and it was present in 22.6% in samples from 2000-2010. The mutant 437G of pfdhps gene was observed in 100% of Brazilian samples in all decades and the frequency of mutant 540E decreased in the period 2000-2010 when compared to 1980-1990. The sequence analysis of pfATPase6 gene showed mutations previous described, but their role in artemisinin resistance is not well defined. Two novel mutations were observed in pfAP2-? gene. No association between the polymorphisms studied and in vivo or in vitro responses to mefloquine, quinine and artemisinin derivatives was observed. This study enabled the knowledge of P. falciparum genetic profile regarding to mutations related to resistance in samples collected over twenty-seven years, when the parasite was exposed to selective pressure of several therapeutic schemes adopted in Brazil

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