O carcinoma epidermóide cutâneo de tronco e extremidades (CECTE) é doença localizada e tratável na maioria dos casos, com alta prevalência tanto em nosso meio como mundialmente. Apesar disto, pode cursar com progressão local, metastatização regional e distante, com morbidade e mortalidade. Fatores prognósticos relacionados a doença localmente avançada são pouco conhecidos e pesquisados. Este estudo objetiva conhecer a expressão de marcadores moleculares da família HER (EGFR, HER-2, HER-3, HER-4), E-caderina e podoplanina além de fatores clínicos, anatomopatológicos e dos próprios marcadores moleculares relacionados a metástases linfonodais e prognóstico em portadores de CECTE localmente avançado. A análise realizada foi retrospectiva com 63 pacientes de duas instituições Hospital de Câncer de Barretos e Amaral Carvalho de Jaú, portadores de CECTE localmente avançado (T3 e T4), através de pesquisa em prontuário dos pacientes, revisão dos blocos de parafina e lâminas para análise de dados anatomopatológicos e confecção de Tissue Micro Array para análise por técnica de imunohistoquímica da expressão dos marcadores da família HER, E-caderina e podoplanina nos tumores primários e nas metástases linfonodais quando presentes. Como resultados, tivemos no tumor primário EGFR com expressão aumentada (positiva) em 25,5% dos casos, HER-2 negativa em todos, HER-3 positiva em 87,3% e HER-4 em 47,3%, E-caderina positiva na membrana em 47,3% e citoplasma em 29,1%, podoplanina positiva em 29,1%. Nas metástases linfonodais EGFR teve expressão positiva em 40,0%, HER-2 negativa em todos, HER-3 positiva em 84%, HER-4 positiva em 44,0%, E-caderina positiva na xvii membrana em 28,0% e 3,6% no citoplasma, e a podoplanina em 40,0%. O infiltrado linfocitário intratumoral foi o único fator associado a presença de metástases linfonodais (53,3% contra 16,4%; p=0,046). Pacientes com tumores T3 tiveram maior taxa de sobrevida específica por câncer em cinco anos que os T4 (62,5% contra 26,8%; p=0,012) e pacientes sem metástases linfonodais tiveram maior taxa de sobrevida que pacientes com metástases durante o seguimento e metástases à apresentação (79,4% contra 39,6% contra 20,6%; p=0,021). Pacientes com tumores indiferenciados tiveram menor taxa de sobrevida (23,8% contra 82,2%; p=0,010), assim como aqueles portadores de tumores com expressão aumentada de podoplanina (23,5% contra 71,9%; p=0,018). A diferença de sobrevida dos fatores acima relacionados manteve-se na análise multivariada. Nas metástases linfonodais a maior expressão de HER-4 foi relacionada a menor taxa de sobrevida (37,5% contra 53,3%; p=0,038). Como conclusão determinou-se a expressão dos marcadores da família HER, E-caderina e podoplanina no CECTE localmente avançado; O infiltrado linfocitário intratumoral foi associado ao surgimento de metástases linfonodais; portadores de tumores T3, baixo grau histológico, N0 e podoplanina negativos tiveram maiores taxas de sobrevida. Os pacientes com metástases linfonodais HER-4 positivas apresentaram menor taxa de sobrevida. / Cutaneous squamous cell carcinoma of trunk and extremities is a local and easily treatable disease in most of cases, with high prevalence in our community and worldwide. Despite of this, it can present local progression, regional (lymph node) and distant metastasis with morbidity and mortality. Prognostic factors related to locally advanced disease are not well established being reported in few studies. The aim of this study is to determine the expression of molecular markers as HER family (EGFR, HER- 2,HER-3, HER-4), E-cadherin, podoplanin, and clinical and histopathological factors related to lymph node metastasis and prognosis in patients with locally advanced cutaneous squamous cell carcinoma of trunk and extremities (CSCCTE). There were 63 patients studied from two institutions: Hospital Amaral Carvalho de Jaú and Hospital de Câncer de Barretos with locally advanced CSCCTE (T3 and T4), retrospectively analyzed through review of medical records and tumor paraffin blocks and slides, and construction of a Tissue Micro Array for immunohistochemical analysis of molecular markers expression in the primary tumors and lymph node metastasis. The results showed in the primary tumor, EGFR positive (hyperexpression) in 25,5%, HER-2 negative in all, HER-3 positive in 87,3% and HER-4 in 47,3%. E-cadherin was positive in the membrane in 47,3% and in the cytoplasm in 29,1% and podoplanin was positive in 29,1%. Lymph node metastasis expression: EGFR was positive in 40,0%, HER-2 negative in all, HER-3 positive in 84%, HER-4 positive in 44,0%. E-cadherin was positive in the membrane in 28,0% and 3,6% in the cytoplasm. Podoplanin was positive in 40,0%. Intratumoral lymphocytic infiltrate was the only factor related to lymph node metastasis (53,3% contra 16,4%; p=0,046). Patients xix with T3 tumors presented higher cancer specific 5-years survival rate than T4 ones (62,5% contra 26,8%; p=0,012) and patients without lymph node metastasis presented higher cancer survival rate than those presenting initially and during follow-up (79,4% contra 39,6% contra 20,6%; p=0,021). Patients with undifferentiated tumors presented lower survival rate (23,8 % contra 82,2%; p=0,010), as well as patients with podoplanin hyperexpression (23,5% contra 71,9%; p=0,018). All these differences in survival rates were sustained in multivariate analysis. Considering patients with lymph node metastasis, those with HER-4 hyperexpression presented lower survival rate (37,5% contra 53,3%; p=0,038). In conclusion, the expression of HER family, E-cadherin and podoplanin were determinate in this specific patient setting; Intratumoral lymphocytic infiltrate was the only factor related to lymph node metastasis; Patients with T3 tumors, low histological grade, N0 and negative primary tumor expression of podoplanin presented higher survival rates. Metastatic patients to the lymph nodes with metastasis positivity to HER-4 presented lower survival rate.

Orientador: Aguinaldo Gonçalves / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Educação Fisica / Made available in DSpace on 2018-08-12T03:56:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DelVecchio_FabricioBoscolo_D.pdf: 1815432 bytes, checksum: 150bd19d1b5f49251d43816cd5def2a6 (MD5) Previous issue date: 2008 / Resumo: Introdução: O efeito do potencial genético na atuação motora tem ganhado destaque na Educação Física e no Esporte. São conhecidas interações do êxito esportivo com indicadores biológicos de rendimento (IBR), dentre eles a razão entre o segundo e quarto dedo (R2D:4D) e as corrugações dermo-papilares dígito-palmares. Sabendo que lutadores de alto nível têm aptidão física (ApF) acima da média e configuração diferenciada das cristas epidérmicas, exploram-se relações entre componentes biológicos e da ApF. Objetivos: Buscou-se, entre praticantes de judô de elite: (1) Registrar as distribuições de variáveis dígito-palmares, a saber: R2D:4D e dermatóglifos, e compará-las aos valores de referência disponíveis; (2) Quantificar o desempenho em avaliações antropométricas, fisiológicas e motoras gerais e específicas; (3) Correlacionar indicadores biológicos de rendimento com capacidades biomotoras. Materiais e Métodos: A partir de estudo observacional transversal, 21 membros titulares e reservas das equipes masculina e feminina, que representaram o Brasil nos Jogos Olímpicos de Atenas, foram avaliados quanto a respectivos dermatóglifos, antropometria manual e ApF. Os dados são trazidos de modo tabular e gráfico, com medidas descritivas de tendência central e dispersão. O plano analítico identificase por: i) correlação canônica entre IBR e ApF, ii) análise fatorial dos IBR e, iii) regressão múltipla entre os caracteres genéticos eleitos e variáveis selecionadas da ApF. Para todos os procedimentos, o nível de significância adotado foi de 5%. Assinala-se a aprovação do estudo pelos Comitês de Ética em Pesquisas com Seres Humanos da Universidade Presbiteriana Mackenzie (protocolo 864/2005) e da Universidade Estadual de Campinas, sob parecer n° 250/2007. Resultados: O grupo, adulto jovem, é prioritariamente descendente de brasileiros e, nos padrões digitais, portam percentual de verticilos superior a 40%. Dentre as medidas dos IBR, para homens e mulheres se constatou, respectivamente, mediana de 144 e 97 linhas para o TRC, índice de ulnaridade de 0,73 em ambos os lados neles e de 0,78 a 0,80 nelas. Para a R2D:4D, a média encontrada para os dois hemicorpos foi 0,938±0,02 no masculino e 0,975±0,02 no feminino, e, junta a outros IBR, é diferente (p<0,05) das informações de base populacional. Na ApF, eles exibem 12,45%, ao passo que elas, 18,05% de gordura corporal, a força isométrica de preensão manual foi maior que 50 kgf nos primeiros e de 40 kgf nas mulheres, VO2max de 48,28 e 47,2 ml·kg-1·min-1, no teste de Wingate para membros superiores, potência pico relativa de 6,86 W/Kg e 5 W/Kg, por fim, no Special Judo Fitness Test, índices de 12,09 e 13,03, respectivamente. Obteve-se correlação significante entre os conjuntos de IBR e ApF (r= 0,999, p<0,05). Na análise fatorial, com estruturação de três componentes se explicou quase 70% da variância dos IBR e, nos modelos de regressão múltipla, 54% do desempenho do salto vertical pôde ser estimado por IBR identificados previamente. Conclusões: Os marcadores genéticos apresentam valores diferentes dos populacionais e a ApF é semelhante a de outros competidores de elite. Na perspectiva multivariada, ambas as séries de dados se mostraram relacionadas, alguns caracteres hereditários são mais relevantes na análise discriminante e podem, nas condições estudadas, predizer a performance dos atletas. / Abstract: Introduction: The effect of genetic potential in the motor performance has gained prominence in Physical Education and Sports. Interactions of sports success with biological markers of performance (BMP) are recognized, amongst them the ratio between second-to-fourth finger (R2D:4D) and dermatoglyphics. Knowing that high level judo players have physical fitness (PF) above the mean and differentiated fingerprints, relations between BMP and PF are explored. Objectives: The aim was: (1) To registry dermatoglyphics and R2D:4D frequencies, and to compare them it the available reference values; (2) To apply physiological, general and motor specific tests and; (3) To investigate the relationship of the previous points. Materials and Methods: Started with transversal observational study, 21 regular members of male and female teams, that had represented Brazil in the Olympic Games of Athens'04, were evaluated about dermatoglyphics, hand anthropometrics and PF. The data are brought in tabular and graphical forms, with descriptive measures. The analytical plan is identified for: i) canonic correlation between BMP and PF, ii) factorial analysis of the BMP and, iii) multiple regressions between selected PF variables and identified BMP characters in step (ii). For all the procedures, the adopted significance level was 5%. This study was approved by Ethical Committees of Research with Human from Presbyterian Mackenzie University (protocol 864/2005) and State University of Campinas, under seeming nº 250/2007. Results: The group, young adult, is priority descending of Brazilians and, in the digital patterns, carries superior percentage of wheels, 40%. Amongst the measures of BMP, for men and women it evidenced, respectively, median of 144 and 97 lines for TRC, index of ulnaridade of 0,73 on both sides in male and 0,78 to 0,80 in female. For the R2D:4D, the average found for the two sides was 0,938±0,02 in the men and 0,975±0,02 in women, and, together with other BMP, is different (p<0,05) of populational reference values. In the PF, male show 12.45% of fat, and women, 18.05%, handgrip was greater that 50 kgf in the first ones and of 40 kgf in the women, VO2max of 48,28 and 47,2 ml·kg-1·min-1, in Wingate test for arm crank, relative power peak of 6,86 W/kg and 5 W/kg, and finally, in the Special Judo Fitness Test, index was 12,09 and 13,03, respectively. Significant association was gotten between BMP and PF data (r=0,999, p<0,05). In factorial analysis, with three components structure, almost 70% of the BMP variance was explained, in multiple regression models, 54% of vertical jump performance could be estimated by BMP identified previously. Conclusions: The genetic markers present different values of the population and PF are similar of other elite competitors. In the multivariated analysis, both data series (BMP and PF) had shown related, some hereditary characters are more adequate in factorial analysis and can, in these study conditions, to predict the athletes' performance. / Doutorado / Ciencia do Desporto / Doutor em Educação Física

Orientadores: Luciana Lasry Benchimol Reis, Luis Eduardo Aranha Camargo / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-23T04:26:18Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Oblessuc_PaulaRodrigues_D.pdf: 15432495 bytes, checksum: 30c1cd638125be03e494a50fae4fe12b (MD5) Previous issue date: 2013 / Resumo: O feijão comum (Phaseolus vulgaris L.) é uma importante fonte de proteínas na dieta humana. A mancha angular (ALS), causada pelo fungo Pseudocercospora griseola (Sacc.) Crous & Braun, acarreta grandes prejuízos na produção do feijão. O melhoramento do feijoeiro busca ferramentas que agilizem a transferência de genes de resistência às doenças para cultivares em desenvolvimento. Assim, foi objetivo deste trabalho estudar os mecanismos genéticos e moleculares envolvidos na resposta do feijão à ALS, e com isso contribuir para o melhoramento dessa cultura. Primeiramente, QTLs (Quantitative Trait Locus) de resistência à ALS foram identificados utilizando a população de mapeamento UC (IAC-UNA x CAL 143) a partir do mapa genético previamente desenvolvido com marcadores microssatélites. O estudo quantitativo da severidade da ALS revelou distribuição normal e transgressiva na população UC, com resistência quantitativa observada em CAL 143. Ao todo foram mapeados sete QTLs em cinco diferentes grupos de ligação de feijão. Dentre estes, o loco ALS10.1 mostrou maior efeito (16% - 22%) e estabilidade nos três ambientes analisados: (1) condições naturais de infecção em época chuvosa de plantio; (2) condições naturais de infecção em época seca de plantio; e (3) condições controladas de infecção raça-específica em casa de vegetação. A região do loco ALS10.1 foi saturada com marcadores microssatélites, SCARs e Sequence-Tagged Site-DArTs (STS-DArTs); este último através da técnica de bulk segregant analysis (BSA). O intervalo de confiança foi reduzido de 13.4 cM para 3.0 cM após a saturação do loco, que teve seu número de marcadores aumentado de quatro para 10. O estudo do contexto genômico do ALS10.1 através do alinhamento dos marcadores com o rascunho do genoma do feijão possibilitou definir uma região core para o QTL na extremidade do cromossomo Pv10, com aproximadamente 5,3 Mb. Análise de Gene Onthology (GO) dos 323 genes preditos nesta região do genoma demonstrou que 61,6% destes genes estão envolvidos na resposta a estresse. Cluster de genes TIR-NB-ARC (domínios altamente conservado em genes (R) de Resistência) foi identificado cobrindo aproximadamente 849 Kb na região core de ALS10.1; além de esta região conter outros genes sabidamente relacionados à imunidade de plantas. Sete genes presentes na região core de ALS10.1 foram selecionados com base na função na resistência à patógenos dos respectivos ortólogos em Arabidopsis thaliana, e tiveram sua expressão gênica avaliada na resposta à P. griseola. Gene R TIR-NB-ARC (Phvul.010G025700) foi induzido em resposta compatível no genótipo IAC-UNA, com isso deve permitir a proliferação do patógeno, possivelmente através do reconhecimento do Avr (avirulência) do fungo, bloqueando a resposta de defesa. Além disso, genes putativos de regulação negativa da resposta imune pela inativação da via do ácido salicílico (SA) foram reprimidos durante resposta incompatível no genótipo CAL 143. O AS é um hormônio chave para resposta de defesa induzida por patógenos em plantas. Com isso, o reconhecimento do patógeno pelo feijão deve ocorrer através de genes R para sinalização downstream da resposta de defesa mediada por AS. Os resultados deste trabalho permitirão que o melhorista manipule a diversidade genética do feijão, seja pela introgressão e piramidação dos genes de resistência através de seleção assistida por marcadores ou transgenia; seja pela identificação de cultivares geneticamente resistentes pela análise de expressão gênica / Resumo: O feijão comum (Phaseolus vulgaris L.) é uma importante fonte de proteínas na dieta humana. A mancha angular (ALS), causada pelo fungo Pseudocercospora griseola (Sacc.) Crous & Braun, acarreta grandes prejuízos na produção do feijão. O melhoramento do feijoeiro busca ferramentas que agilizem a transferência de genes de resistência às doenças para cultivares em desenvolvimento. Assim, foi objetivo deste trabalho estudar os mecanismos genéticos e moleculares envolvidos na resposta do feijão à ALS, e com isso contribuir para o melhoramento dessa cultura. Primeiramente, QTLs (Quantitative Trait Locus) de resistência à ALS foram identificados utilizando a população de mapeamento UC (IAC-UNA x CAL 143) a partir do mapa genético previamente desenvolvido com marcadores microssatélites. O estudo quantitativo da severidade da ALS revelou distribuição normal e transgressiva na população UC, com resistência quantitativa observada em CAL 143. Ao todo foram mapeados sete QTLs em cinco diferentes grupos de ligação de feijão. Dentre estes, o loco ALS10.1 mostrou maior efeito (16% - 22%) e estabilidade nos três ambientes analisados: (1) condições naturais de infecção em época chuvosa de plantio; (2) condições naturais de infecção em época seca de plantio; e (3) condições controladas de infecção raça-específica em casa de vegetação. A região do loco ALS10.1 foi saturada com marcadores microssatélites, SCARs e Sequence-Tagged Site-DArTs (STS-DArTs); este último através da técnica de bulk segregant analysis (BSA). O intervalo de confiança foi reduzido de 13.4 cM para 3.0 cM após a saturação do loco, que teve seu número de marcadores aumentado de quatro para 10. O estudo do contexto genômico do ALS10.1 através do alinhamento dos marcadores com o rascunho do genoma do feijão possibilitou definir uma região core para o QTL na extremidade do cromossomo Pv10, com aproximadamente 5,3 Mb. Análise de Gene Onthology (GO) dos 323 genes preditos nesta região do genoma demonstrou que 61,6% destes genes estão envolvidos na resposta a estresse. Cluster de genes TIR-NB-ARC (domínios altamente conservado em genes (R) de Resistência) foi identificado cobrindo aproximadamente 849 Kb na região core de ALS10.1; além de esta região conter outros genes sabidamente relacionados à imunidade de plantas. Sete genes presentes na região core de ALS10.1 foram selecionados com base na função na resistência à patógenos dos respectivos ortólogos em Arabidopsis thaliana, e tiveram sua expressão gênica avaliada na resposta à P. griseola. Gene R TIR-NB-ARC (Phvul.010G025700) foi induzido em resposta compatível no genótipo IAC-UNA, com isso deve permitir a proliferação do patógeno, possivelmente através do reconhecimento do Avr (avirulência) do fungo, bloqueando a resposta de defesa. Além disso, genes putativos de regulação negativa da resposta imune pela inativação da via do ácido salicílico (SA) foram reprimidos durante resposta incompatível no genótipo CAL 143. O AS é um hormônio chave para resposta de defesa induzida por patógenos em plantas. Com isso, o reconhecimento do patógeno pelo feijão deve ocorrer através de genes R para sinalização downstream da resposta de defesa mediada por AS. Os resultados deste trabalho permitirão que o melhorista manipule a diversidade genética do feijão, seja pela introgressão e piramidação dos genes de resistência através de seleção assistida por marcadores ou transgenia; seja pela identificação de cultivares geneticamente resistentes pela análise de expressão gênica / Abstract: The common bean (Phaseolus vulgaris L.) is an important protein source in human diet. The angular leaf spot (ALS), caused by the fungus Pseudocercospora griseola (Sacc.) Crous & Braun, leads to great common bean yield losses. The common bean breeding search for tools that improve the transferring of disease resistance genes to developing cultivars. Therefore, the objective of the present work was study the genetic and molecular mechanisms enrolled in the common bean responses to ALS, and with this contribute to this crop breeding. Initially, ALS resistance QTLs were identified using the UC (IAC-UNA x CAL 143) mapping population based on the genetic map previously developed with microsatellites markers. The quantitative study of the ALS disease severity reveals normal and transgressive distribution on the UC population, with quantitative resistance observed in CAL 143. Seven QTLs were mapped in five different common bean linkage groups. Of these, the ALS10.1 locus showed major effect (16% - 22%) and stability in all three environments analyzed: (1) natural infection conditions in the dry season; (2) natural infection conditions in wet season; and (3) race-specific controlled infection conditions in greenhouse. The ALS10.1 locos region was saturated with microsatellites, SCARs and Sequence-Tagged Site-DArTs (STS-DArTs) markers; the latter using the bulk segregant analysis (BSA). The confidence interval was reduced from 13.4 cM to 3.0 cM after the locus saturation, which had the markers number increased from four to 10. The study of the ALS10.1 genomic context through the alignment of the markers to the draft of the common bean genome enabled the identification of the QTL core at the end of the chromosome Pv10, with approximately 3.5 Mb. The Gene Ontology (GO) analyses of the 323 predicted genes for this genomic region demonstrated that 61.6% of the genes are involved in stress responses. A TIR-NB-ARC gene cluster (domains highly conserved in Resistance (R) genes), was observed covering approximately 849 Kb on the ALS10.1 core region; besides this region also presents other genes known to be related to plant immunity. Seven genes on ALS10.1 core region were selected based on the role in pathogen resistance of the respective Arabidopsis thaliana orthologs, and had their gene expression pattern evaluated in response to P. griseola. The R gene TIR-NB-ARC was induced during the compatible response of the genotype IAC-UNA; therewith it should enable the pathogen proliferation, probably through the fungus Avr recognition, blocking the defense response. In addition, putative negative regulator genes of immune response through the inactivation of salicylic acid (SA) via were repressed during the incompatible response of the CAL 143. The SA is a key hormone to pathogen induced plant defense response. Therefore, the common bean pathogen recognition should take place through the R genes to the downstream signaling of the SA-mediated defense response. The results of the present work will enable the manipulation of the bean genetic diversity by the breeder either by introgression and pyramiding of resistance genes through marker assisted selection or transgenesis; or by the identification of genetically resistant cultivars through gene expression analysis / Doutorado / Genetica Vegetal e Melhoramento / Doutora em Genética e Biologia Molecular

Orientador: Ana Carolina de Souza Chagas / Resumo: Nematódeos gastrintestinais são um grande obstáculo na produção de ovinos. A seleção para resistência tem sido uma abordagem eficiente e factível para lidar com esse problema. A utilização e investigação de marcadores genéticos para características de resistência poderiam acelerar o melhoramento genético e levar ao melhor entendimento dos mecanismos moleculares de resistência. O objetivo desse estudo foi verificar a possibilidade de seleção para características de resistência e resiliência em cordeiros da raça Morada Nova, estimar as potenciais respostas correlacionadas e avaliar se cinco polimorfismos de base única (SNPs, OAR2_14765360, OAR6_81718546, OAR11_62887032, OAR12_69606944 and OAR15_59871543) estão associados às características de resistência e resiliência. Um total de 287 cordeiros e 131 matrizes foram submetidas a dois desafios parasitários consecutivos e independentes por infecção oral com 4.000 larvas infectantes (L3) de Haemonchus contortus. Contagem de ovos por grama de fezes (OPG), volume globular (VG) e peso corporal vivo (PV) foram monitorados a cada uma ou duas semanas para 42 dias em cada desafio. Amostras de DNA de 287 cordeiros, 131 matrizes e 4 reprodutores machos foram amplificados por ARMS-PCR ou PCR-RFLP e os genótipos foram determinados. Estimativas de parâmetros genéticos foram obtidas para dias individuais de coleta, e para a característica como um todo com medidas repetidas, utilizando modelos animais mistos. A análise de variância (ANOVA) foi u... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Gastrointestinal nematodes are a major constraint in sheep production. Breeding for resistance has proven to be an effective and feasible approach to address this problem. The use and investigation of genetic markers for resistance traits could accelerate genetic progress and lead to a better understanding of underlying molecular mechanisms. The aim of this study was to verify the possibility of selection for resistance and resilience traits in Morada Nova lambs, to estimate potential correlated responses and to evaluate if five single nucleotide polymorphisms (SNPs) (OAR2_14765360, OAR6_81718546, OAR11_62887032, OAR12_69606944 and OAR15_59871543) are associated with resistance and resilience traits. A total of 287 lambs and 131 ewes were submitted to two consecutive independent parasite challenges by oral infection with 4,000 infective larvae (L3) of Haemonchus contortus. Faecal egg counts (FEC), packed cell volume (PVC) and body weight were measured every one or two weeks for 42 days in each trial. DNA samples from 287 lambs, 131 ewes and 4 rams were amplified by ARMS-PCR or PCR-RFLP and genotypes were determined. Estimates of genetic parameters were obtained for individual records as well as for overall traits with repeated measures, using mixed animal models. Analysis of variance (ANOVA) was used for association analyses between SNP genotypes and phenotypes. In case of significant association, the allele substitution effect was calculated based on a linear model. Heritabi... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Tesis por compendio / [ES] Los virus de plantas poseen la capacidad de parasitar células vegetales y poner a su disposición la maquinaria celular de la planta para la síntesis de sus propias proteínas. Aprovechando esta capacidad, la ingeniería genética ha dirigido muchos de sus esfuerzos en la modificación del genoma viral para utilizar los virus de plantas como vectores de expresión de proteínas de interés humano. Los potyvirus son un grupo de virus de plantas ampliamente estudiado y utilizado en biotecnología. Su genoma está formado por un RNA de cadena sencilla que codifica, principalmente, una poliproteína que se procesa para dar aproximadamente 10 proteínas maduras. En diferentes posiciones intercistrónicas se pueden insertar cDNAs que codifican proteínas de interés, las cuales se producen junto al resto de productos de la poliproteína. Si además estos cDNAs se flanquean por secuencias que codifican los sitios de procesamiento específicos de las proteasas virales, las proteínas heterólogas se liberan eficientemente de la poliproteína viral. Así, la inserción de un cDNA correspondiente al factor de transcripción Rosea1 de la ruta de las antocianinas en distintos potyvirus resulta en la biosíntesis de estos compuestos en las células vegetales infectadas. Las antocianinas son compuestos flavonoides coloreados que se pueden observar a simple vista, por lo que la expresión de Rosea1 es una herramienta biotecnológica muy útil para seguir la infección de virus de plantas. En esta Tesis se han investigado diferentes aplicaciones biotecnológicas basadas en la expresión del factor de transcripción Rosea1 y la consecuente acumulación de antocianinas en el contexto de la biología de los potyvirus. Primero, se construyó un clon del virus del mosaico amarillo del calabacín (ZYMV) etiquetado con Rosea1 (ZYMV-Ros1). El ZYMV es capaz de replicarse a nivel local pero no de moverse a larga distancia en plantas de Nicotiana benthamiana. Un análisis de la infección por ZYMV-Ros1 en una serie de plantas transgénicas de N. benthamiana silenciadas en distintas RNasas de tipo Dicer (DCL) permitió profundizar en el conocimiento de los mecanismos defensivos de la planta frente a este virus. Los resultados indicaron que DCL4 está implicada en restringir el movimiento sistémico del virus, ya que en plantas con este gen silenciado el virus es capaz de moverse a larga distancia. Además, las antocianinas tienen un gran interés nutricional, farmacéutico e incluso industrial, por su gran actividad antioxidante. Un clon viral derivado del virus Y de la patata (PVY) que expresaba Rosea1 (PVY-Ros1) indujo la acumulación de más antocianinas que las que contienen frutas y verduras que son fuente rica de estos valiosos antioxidantes. Este mismo clon PVY-Ros1 también se utilizó para estudiar la transmisión del virus mediante áfidos vectores, observándose como estos provocan frecuentemente el inicio de la infección en el tejido vascular. Este mismo clon viral permitió mostrar visualmente el efecto antiviral que tienen las nanopartículas de plata en plantas. Por último, en esta Tesis se combinó el factor de transcripción Rosea1 con distintas proteasas de los potyvirus para crear circuitos lógicos de regulación génica en plantas. Se observó que la fusión de distintas proteínas virales, como la proteína de inclusión nuclear b (NIb) de los potyvirus o fragmentos de ella, al extremo carboxilo terminal de Rosea1 inhibía la actividad del factor de transcripción. Sin embargo, la acumulación de antocianinas se pudo restablecer insertando sitios de reconocimiento de proteasas virales entre ambas partes y coexpresando tales proteasas. La especificidad de corte y la eficiente actividad catalítica de las proteasas de inclusión nuclear a (NIaPro) del virus del grabado del tabaco (TEV) y del virus de las venas moteadas del tabaco (TVMV) permitió construir circuitos genéticos basados en regulación postranscripcional que son capaces de realizar algunas operaciones lógicas básicas (YES, OR y AND) en tejidos vegetales. / [CA] Els virus de plantes posseeixen la capacitat de parasitar cèl·lules vegetals i posar a la seva disposició la maquinària cel·lular de la planta per a la síntesi de les seves pròpies proteïnes. Aprofitant aquesta capacitat, l'enginyeria genètica ha dirigit molts dels seus esforços a la modificació del genoma viral per utilitzar els virus de plantes com a vectors d'expressió de proteïnes d'interès humà. Els potyvirus són un grup de virus de plantes àmpliament estudiat i utilitzat en biotecnologia. El seu genoma està format per un RNA de cadena senzilla que codifica, principalment, una poliproteïna que es processa per donar aproximadament 10 proteïnes madures. En diferents posicions intercistróniques es poden inserir cDNAs que codifiquen proteïnes d'interès, les quals es produeixen alhora amb la resta de productes de la poliproteïna. Si a més aquests cDNAs es flanquegen per seqüències que codifiquen els llocs de processament específics de les proteases virals, les proteïnes heteròlogues s'alliberen eficientment de la poliproteïna viral. Així, la inserció d'un cDNA corresponent al factor de transcripció Rosea1 de la ruta de les antocianines en diferents potyvirus resulta en la biosíntesi d'aquests compostos en les cèl·lules vegetals infectades. Les antocianines són compostos flavonoides colorits que es poden observar a simple vista, de manera que l'expressió de Rosea1 és una eina biotecnològica molt útil per seguir la infecció de virus de plantes. En aquesta Tesi s'han investigat diferents aplicacions biotecnològiques basades en l'expressió del factor de transcripció Rosea1 i la conseqüent acumulació d'antocianines en el context de la biologia dels potyvirus. Primer, es va construir un clon del virus del mosaic groc del carbassó (ZYMV) etiquetat amb Rosea1 (ZYMV-Ros1). El ZYMV és capaç de replicar-se a nivell local però no de moure's a llarga distància en plantes de Nicotiana benthamiana. Un anàlisi de la infecció per ZYMV-Ros1 en una sèrie de plantes transgèniques de N. benthamiana silenciades en diferents RNases de tipus Dicer (DCL) va permetre aprofundir en el coneixement dels mecanismes defensius de la planta front aquest virus. Els resultats van indicar que DCL4 està implicada en restringir el moviment sistèmic del virus, ja que en plantes amb aquest gen silenciat el virus és capaç de moure's a llarga distància. A més, les antocianines són objecte d'un gran interès nutricional, farmacèutic i fins i tot industrial, per la seva gran activitat antioxidant. Un clon viral derivat del virus Y de la patata (PVY) que expressava Rosea1 (PVY-Ros1) va induir l'acumulació de més antocianines que les que contenen fruites i verdures que són font rica d'aquests valuosos antioxidants. Aquest mateix clon PVY-Ros1 es va utilitzar per estudiar la transmissió del virus mitjançant àfids vectors, observant com aquests provoquen freqüentment l'inici de la infecció en el teixit vascular. Aquest mateix clon viral també va permetre mostrar visualment l'efecte antiviral que tenen les nanopartícules de plata en plantes. Finalment, en aquesta Tesi es va combinar el factor de transcripció Rosea1 amb diferents proteases dels potyvirus per crear circuits lògics de regulació gènica en plantes. Es va observar que la fusió de diferents proteïnes virals, com la proteïna d'inclusió nuclear b (NIb) dels potyvirus o fragments d'ella, a l'extrem carboxil terminal de Rosea1 inhibia l'activitat del factor de transcripció. No obstant això, l'acumulació d'antocianines es va poder restablir inserint llocs de reconeixement de les proteases virals entre les dues parts i coexpressant aquestes proteases. L'especificitat de tall i l'eficient activitat catalítica de les proteases d'inclusió nuclear a (NIaPro) del virus del gravat del tabac (TEV) i del virus de les venes clapejades del tabac (TVMV) va permetre construir circuits genètics basats en regulació postranscripcional que són capaços de realitzar algunes operacions lògiques bàsiques (YES, OR i AND) en teixits vegetals. / [EN] Plant viruses have the ability to parasitize plant cells and use the plant cellular machinery for the synthesis of their own proteins. Taking advantage of this capacity, genetic engineering has focused many of its efforts in modifying the viral genome in order to use modified plant viruses as expression vectors of proteins of human interest. These proteins are stored in host plants that act as low-cost and highly secure biofactories. Potyviruses are a group of plant viruses widely studied and used in biotechnology. Their genome consist of a single-stranded RNA that mainly encodes a polyprotein that is processed in approximately 10 mature proteins. cDNAs flanked by protease specific processing sequences can be inserted in different intercistronic positions and efficiently processed by the viral proteases to produce proteins of interest together with the rest of the viral polyprotein products. Thus, the insertion of the cDNA corresponding to the transcription factor Rosea1 of the anthocyanin pathway in different potyviruses results in the biosynthesis of these compounds in infected plant cells. Anthocyanins are colored flavonoid compounds that can be observed with the naked eye, and thus, the expression of Rosea1 is a very useful biotechnological tool to follow the infection of plant viruses. In this work, we provided different biotechnological applications based on the expression of this transcription factor and the consequent accumulation of anthocyanins in the context of potyvirus biology. First, a zucchini yellow mosaic virus (ZYMV, genus Potyvirus) clone tagged with Rosea1 (ZYMV-Ros1) was constructed. ZYMV is able to replicate locally but not to move long distances in Nicotiana benthamiana plants. We analyzed the infection by ZYMV-Ros1 in a series of N. benthamiana transgenic plants in which the different Dicer-like (DCL) RNases were slilenced. The results showed that DCL4 is involved in restricting the systemic movement of the virus in N. benthamiana plants. This study allowed to deepen the knowledge of the defense mechanisms of the plant against this virus. Besides their biotechnological potential as markers of biological activities, anthocyanins have great nutritional, pharmaceutical and even industrial interest due to their high antioxidant activity. We found that a potato virus Y clone (PVY; genus Potyvirus) expressing Rosea1 (PVY-Ros1) induced the accumulation of a higher amount of anthocyanins than those contained in fruits and vegetables that are a rich source of these valuable antioxidants. The PVY-Ros1 clone was also used to study the transmission of the virus by aphid vectors. We observed that aphids frequently initiate infection in vascular tissue. This viral clone also allowed to visually show the antiviral effect of silver nanoparticles in plants. Finally, in this work, the Rosea1 transcription factor was combined with different potyvirus proteases to create genetic circuits in plants. We observed that the fusion of the nuclear inclusion protein b (NIb) of potyviruses, or fragments of it, to the carboxyl terminal end of Rosea1 inhibited the activity of the transcription factor. However, the accumulation of anthocyanins could be restored by inserting viral protease recognition sites in between NIb and Rosea1 and co-expressing those proteases. The cleavage specificity and the efficient catalytic activity of nuclear inclusion a proteases (NIaPro) of tobacco etch virus (TEV; genus Potyvirus) and tobacco spotted vein virus (TVMV; genus Potyvirus) allowed the construction of genetic circuits based on post-transcriptional regulation that are capable of performing some basic logical operations (YES, OR and AND) in plant tissues. / This work was supported by the Spanish Ministerio de Economía y Competitividad (MINECO) through grants BIO2014-54269-R and AGL2013-49919-EXP, and by the Greek Ministry for Education and Religious Affairs (Program Aristeia II, 4499, ViroidmiR; ESPA 2007-2013). This research was supported by the Ministerio de Ciencia, Innovación y Universidades (Spain) grants AGL2013-49919-EXP, BIO2014-54269-R, BFU2015-66894-P and BIO2017-83184-R (co-financed FEDER funds) and by the Engineering and Physical Sciences Research Council and the Biotechnology and Biological Sciences Research Council (UK) grant BB/M017982/1. / Cordero Cucart, MT. (2021). Aplicaciones del factor de transcripción Rosea1 de la ruta de las antocianinas como marcador visual en virología molecular y biotecnología de plantas [Tesis doctoral]. Universitat Politècnica de València. https://doi.org/10.4995/Thesis/10251/171455 / Compendio

INTRODUÇÃO: A síndrome de Williams-Beuren (SWB) resulta de uma deleção de aproximadamente 1.5 Mb na região 7q11.23. A haploinsuficiência ocasiona alterações do desenvolvimento neurológico assim como malformações em múltiplos sistemas. OBJETIVOS: Testar utilidade de marcadores polimórficos para o diagnóstico da síndrome, determinar a proporção de pacientes com microdeleção, comparar características clínicas entre pacientes com e sem microdeleção e investigar origem parental. MÉTODOS: Selecionamos 32 pacientes com avaliação clínica para SWB atendidas no ICr. Critérios de inclusão: presença de dismorfismo craniofacial acompanhado ou não de alterações cardiovasculares, comportamento característico ou hiperacusia. Para a genotipagem do trio - afetado, mãe e pai, utilizamos os marcadores D7S1870, Eln 17/éxon18 e Hei. Análise em gel de poliacrilamida à 7% com imagens digitalizadas. RESULTADOS: Os marcadores D7S1870, Hei e Eln17/éxon18 foram 78% informativos e 22% não informativos. O marcador mais informativo foi o D7S1870 69%, seguido do Hei 55% e ELN 17/éxon18 em 43%. Houve microdeleção em 56% e ausência em 22%. A origem parental da deleção foi 9 materna e 8 paterna. As alterações craniofaciais e cardiovasculares não tiveram diferenças estatisticamente significantes entre portadores e não portadores da microdeleção. O comportamento amigável resultou numa diferença estatística muito significante (p=0,006) onde 88% tinham e 28% não tinham microdeleção. A hiperacusia teve diferença estatística significante (p=0,020) presente em 55% dos pacientes com microdeleção. CONCLUSÃO: Os dados obtidos demonstraram que os marcadores utilizados são úteis no diagnóstico da SWB e acessível para utilização em serviço público. / INTRODUCTION: Williams-Beuren syndrome (WBS) results of ~1.5 Mb commonly deleted region chromosome 7q11.23 in 90-95% of all clinically typical cases. The clinical manifestations can be variable and is a developmental disorder with multisystem manifestations caused by haploinsufficiency for contiguous genes in this region. OBJECTIVE: Polimorphic markers were tested to determine the proportion of patients with and without microdeletion, to compare the clinical features and to establish the parental origin of the deletion. METHODS: 32 probands with WBS ascertained according to well-established diagnostic criteria. Genotyping using polimorphic markers D7S1870, Eln 17/éxon18 and Hei was performed on DNA from the patients and their available parents. RESULTS: The three markers were informative in 78% and non informative in 22%. The best marker was D7S1870 with 69%, followed by Hei in 55% and ELN 17/éxon18 in 43%.The microdeletion was present in 56% and absent in 22%. Craniofacial and cardiovascular alterations did not have significant statistical differences between probands with or without microdeletion. Two following characteristics (friendly personality and hyperacusia) were more frequent in the deleted group and these differences were statistical significant (p=0,006 and 0,02 respectively). CONCLUSIONS: Polimorphic markers used here demonstrated its viability and utility for the confirmation diagnosis of SWB in a public service.

O desenvolvimento de uma abordagem de estratificação de risco para a doença arterial coronária é certamente uma ferramenta de grande utilidade para o cardiologista clínico ou clínico geral, assim como para o planejamento de saúde pública e organização de ações de saúde pública mais eficazes. No entanto, esse conhecimento deve ser discutido dentro de um cenário de custo-efetividade e de acordo com seu potencial como objeto de valor econômico. O presente estudo tem como objetivo a identificação de fatores de risco genético de eventos cardiovasculares na população brasileira e o desenvolvimento de um algoritmo preditor que utilize essas informações para o diagnóstico. Esse trabalho encontra-se expositivamente dividido em dois módulos. No primeiro, procuramos exemplificar através de um estudo de associação genética nossa capacidade atual de encontrar e caracterizar variantes genéticas com poder de estratificação populacional com relação ao risco cardiovascular. Utilizamos dados obtidos a partir de pacientes com doença coronária multiarterial, analisando a relevância do polimorfismo C242T do gene da p22phox, subunidade protéica da NADPH oxidase, na predição de mortalidade desta população. Nossos dados permitem não apenas associar esse marcador genético a um risco aumentado de mortalidade nessa população, mas também fornecem informações a respeito do provável mecanismo molecular através do qual esse marcador genético age. No segundo módulo, procuramos detalhar as limitações da abordagem previamente exemplificada, avaliando a informação gerada para o paciente individual. Aqui propomos uma nova abordagem de estratificação de risco desta população, capaz de fornecer de maneira individualizada uma estimativa de risco com maior sensibilidade, especificidade e, conseqüentemente, acurácia. Através de uma abordagem analítica de redução de dimensionalidade obtivemos um algoritmo preditor com acurácia maior do que aquela encontrada utilizando-se apenas os fatores de risco clássicos ou fatores de risco genéticos analisados individualmente. O entendimento das bases genéticas do desenvolvimento de doenças cardiovasculares facilitará não apenas o diagnóstico precoce, possibilitando o surgimento de abordagens terapêuticas mais específicas e desenhadas a atender suscetibilidades individuais, mas também poderá levar à identificação de novas vias eficazes de intervenção. / The development of risk stratification approaches in coronary artery disease is certainly an important tool for the clinical cardiologist or internist. It also helps in the planning of public health policies and in the development of effective disease management algorithms. Nevertheless, these tools necessarily have to be developed in a cost-effective scenario and in close relationship with its intrinsic economic value. The present research project aims at the identification of genetic risk factors for cardiovascular events in the Brazilian population and the development of an algorithm with high predictive value for the diagnosis of these events. This thesis is, didactically, divided into 2 modules. Firstly, we have exemplified the used paradigm through the development of a genetic association study conducted in the Brazilian population. Here, we were able to describe and characterize genetic variants with the capacity of risk stratify populations into high and low risk groups. This section was possible with the use of data derived from patients with multi-vessel coronary artery disease and the analysis of the C242T gene variant of the p22phox gene, a subunit of the NADPH oxidase protein complex. Our data show not only a major signal of association between this genetic variant and overall mortality in this population, but also shed light on the potential molecular mechanism of this finding. Secondly, we have described the potential limitations of this approach analyzing information derived for the individual patient. Here, we propose a new risk stratification algorithm for this population with the capacity to provide individual risk with increased sensitivity and specificity. Through the use of a dimensionality reduction analytical approach we were able to find a predictive algorithm with higher accuracy than the one derived with the use of only classical cardiovascular risk factors and no genetic information. The understanding of the genetic basis for cardiovascular disease will improve not only the early diagnosis of these disorders, facilitating the rise of therapeutic approaches more specific and tailored to ones particular genetic susceptibility, but also lead to the identification of new pathways for effective intervention

As doenças cardiovasculares lideram as causas de morte em vários países, inclusive no Brasil, sendo a insuficiência cardíaca (IC) uma das enfermidades mais frequentes. Estudos epidemiológicos e de genética têm demonstrado associações entre a origem étnica dos indivíduos e o desenvolvimento de diversas doenças cardiovasculares. O presente estudo teve como objetivo avaliar a relação entre haplogrupos mitocondriais e ancestralidade genômica no desenvolvimento da IC. Foram avaliados 503 pacientes com IC e 188 controles saudáveis. Os haplogrupos mitocondriais foram obtidos pela análise da região controle do DNA mitocondrial (mtDNA) e o estudo de ancestralidade genômica foi realizado pela análise de 48 marcadores autossômicos informativos de ancestralidade (AIMs) tipo INDEL. As análises estatísticas foram realizadas com o uso de regressão logística, construção de curvas de Kaplan-Meier e utilizando o método estatístico de log-rank (Mantel-Cox). Os resultados dos AIMs evidenciaram contribuições semelhantes de ancestralidade genômica entre os grupos de pacientes e controles, evidenciando a não estratificação populacional da amostra. A comparação dos haplogrupos mitocondriais entre os dois grupos revelou uma associação dos haplogrupos africanos com risco aumentado (p=0,015; OR 1,56) para o desenvolvimento da IC, enquanto que os haplogrupos ameríndios foi associado a um menor risco (p=0,043; OR 0,71). As análises realizadas apenas dentro do grupo de pacientes revelaram que 74,6% dos indivíduos se autodeclararam como brancos. As etiologias encontradas com maior frequência na nossa amostra foram a hipertensiva (28,6%) e a isquêmica (28,4%). A análise de mtDNA evidenciou que pacientes pertencentes aos haplogrupos africano apresentaram risco aumentado para o desenvolvimento da IC nas etiologias chagásica (p=0,012; OR 2,32) e hipertensiva (p=0,003; OR 2,05). Evidenciou também que pacientes dos haplogrupos africanos, principalmente da etiologia isquêmica, desenvolveram IC mais cedo que os demais, e que os pacientes com esses haplogrupos da etiologia valvar apresentaram maior sobrevida no período avaliado. A análise dos AIMs demonstrou que, na etiologia hipertensiva, a maior contribuição da ancestralidade genômica africana conferiu risco aumentado (p=0,002; OR 6,07), enquanto que a maior contribuição de ancestralidade genômica europeia conferiu risco diminuído (p=0,001; OR 0,16) para o desenvolvimento da IC; os pacientes com maior contribuição de ancestralidade genômica ameríndia apresentaram maior sobrevida no período de 4 anos. O uso de marcadores autossômicos e do DNA mitocondrial fornece estimativas mais precisas da ancestralidade de um indivíduo e/ou população, enquanto que a autodeclaração de cor de pele fornece indiretamente informações importantes sobre aspectos socioeconômicos e culturais. Assim, seria interessante a utilização, especialmente em populações miscigenadas, de uma construção tridimensional de análise, que poderia fornecer dados mais informativos e complementares em estudos de associação entre etnia e fenótipos e/ou doenças complexas / Cardiovascular diseases are the leading cause of death in many countries, including Brazil, being the heart failure (HF) one of the most common diseases. Epidemiological and genetic studies have shown associations between the ethnic origin of individuals and the development of various cardiovascular diseases. The aim of this study was to evaluate the relationship between mitochondrial haplogroups and genomic ancestry in the development of HF. We evaluated 503 patients with HF and 188 healthy controls. The mitochondrial haplogroups were obtained by analysing the control region of mitochondrial DNA (mtDNA) and the study of genomic ancestry was conducted by the analysis of 48 autosomal ancestry informative markers (AIMs) INDEL type. Statistical analyzes were performed using logistic regression, construction of the Kaplan-Meier and using the log-rank test (Mantel-Cox). The results of AIMs showed similar contributions of genomic ancestry among the patients and controls groups, indicating no population stratification of the sample. Comparing mitochondrial haplogroups between the groups, we observed that african haplogroups show increased risk (p=0.015, OR 1.56) of development of the HF, while ameridian haplogroup was associated with a reduced risk (p=0.043, OR 0.71). The analysis carried out only within the group of patients showed that 74.6% of individuals self-declared as white. The etiologies found with greater frequency in our sample were hypertension (28.6%) and ischemic (28.4%). Analysis of mtDNA showed that patients belonging to african haplogroup have increased risk of the development of HF in chagasic (p=0.012, OR 2.32) and hypertensive etiologies (p=0.003, OR 2.05). It also showed that patients of african haplogroups, specially of ischemic etiology, developed HF earlier than others, and the patients with this haplogroup of valvular etiology had better survival in the study period. AIMs analysis showed that in hypertensive etiology, the major contribution of african genomic ancestry conferred increased risk (p=0.002, OR 6.07), while the major contribution of european genomic ancestry conferred decreased risk (p=0.001, OR 0 16) to the development of HF; patients with higher contribution of amerindian genomic ancestry had better survival within 4 years. The use of autosomal markers and mtDNA provides more accurate estimates of ancestry of an individual and/or population, while the self-declared ethnicity, indirectly provides important information about socioeconomic and cultural aspects. Thus, it would be interesting to use, especially in admixed populations, the construction of a three-dimensional analysis, which could provide more informative and complementary data in studies of association between ethnicity and phenotypes and/or complex diseases

INTRODUÇÃO: O diagnóstico do câncer de próstata é realizado através da dosagem do PSA sérico e da realização do toque retal. Qualquer alteração dem ambos indicam a necessidade de realização da biópsia de próstata guiado por ultrassom. Contudo, a grande maioria dos pacientes submetidos a biópsia não tem câncer e, portanto, são submetidos a biópsia desnecessariamente. Além disso, muitos casos diagnosticados não precisam ser tratados devido ao comportamento indolente da neoplasia. Portanto, há necessidade de ferramentas mais acuradas no diagnóstico e prognóstico do câncer de próstata e os marcadores urinários são instrumentos promissores na avaliação dessa neoplasia. OBJETIVO: Avaliar o perfil de expressão de 5 genes (MMP9, PSMA, GREB1, hk3, PCA3) na urina de pacientes portadores de câncer de próstata em comparação com pacientes sem a neoplasia e analisar se há relação com os fatores prognósticos pré e pós-tratamento. MATERIAL/MÉTODOS: O estudo constituiu na análise de 46 pacientes portadores de câncer de próstata e 28 pacientes sem suspeita da neoplasia (PSA<2,5ng/ml; TR normal; e sem fatores de risco). A urina dos pacientes foi colhida após massagem prostática, armazenada e analisada posteriormente a expressão gênica através de reação em cadeia da polimerase em tempo real. Além da análise do perfil de expressão gênica em relação aos casos sem neoplasia, foram avaliados os perfis de acordo com os fatores prognósticos, como: escore de Gleason, PSA, densidade do PSA, estadiamento clínico e porcentagem do fragmento envolvido na biópsia. Posteriormente, as expressões dos genes foram avaliadas de acordo com as características patológicas da peça operatória, como estadio patológico, escore de Gleason, volume tumoral, comprometimento de vesículas seminais e de linfonodos. RESULTADOS: Foi demonstrada uma superexpressão da MMP9 em 85,7% das amostras com câncer em relação ao grupo controle, com média de 6,4x maior. Os genes PSMA, GREB1, hK3 e PCA3 apresentaram um padrão mais heterogêneo, com tendência a subexpressão nos casos de câncer. Quando avaliados conjuntamente, pode-se evidenciar que a superexpressão simultânea da MMP9 e PSMA estava presente em 100% dos pacientes com PSA >= 10ng/ml (p=0,007) e a superexpressão da MMP9 e GREb1 estava presente em 66,7% dos pacientes com < 50% dos fragmentos positivos (p=0,036). Após avaliação anátomo-patológica, foi possível identificar superexpressão do GREB1 em casos pT2 em comparação com pT3 (p=0,031) e superexpressão do PCA3 em casos com volume tumoral maior (>= 11% x < 11%) (p=0,006). CONCLUSÕES: O estudo demonstrou que os marcadores urinários podem ser uma ferramenta útil no diagnóstico e prognóstico do câncer de próstata. Foi evidenciada a superexpressão da MMP9 nos casos de câncer em relação ao grupo controle. Além disso, a superexpressão da MMP9 e PSMA em conjunto pode estar relacionada a tumores com PSA mais alto e, portanto, com prognóstico mais desfavorável, enquanto que a superexpressão da MMP9 e GREb1 em conjunto pode estar relacionado a tumores de menor volume. Também foi possível correlacionar os genes urinários com os achados anátomo-patológicos, com GREb1 significativamente mais expresso em tumores confinados a próstata, enquanto PCA3 mais expresso em casos de maior volume tumoral / INTRODUCTION: Currently, prostate cancer diagnosis is performed through the measurement of serum PSA and digital rectal examination. Any alteration in one or both indicates the need for ultrasound-guided prostate biopsy. However, the vast majority of patients undergoing biopsy do not have cancer and therefore undergo unnecessary biopsies. Moreover, many prostate cancer cases do not need to be treated due to the indolent behavior. Therefore, more accurate methods for diagnosis and prognosis of prostate cancer are necessary and urinary markers are promising tools in the evaluation of prostate tumors. OBJECTIVES: To evaluate the expression profile of 5 genes (MMP9, PSMA, GREB1, hk3, PCA3) in urine of patients with prostate cancer compared with patients without cancer and to determine whether there is a relationship with the pre and post treatment prognostic factors. MATERIAL/METHODS: The study consisted of the analysis of 46 patients with prostate cancer and 28 patients without cancer (PSA < 2.5 ng/ml, normal DRE, and no risk factors). The urine of patients was collected after prostatic massage, stored and subsequently gene expression analyzed by real time polymerase chain reaction. Besides the analysis of gene expression compared to cases without cancer, the profiles according to prognostic factors were evaluated, like Gleason score, PSA, PSA density, clinical staging and percentage fragment involved in the biopsy. Subsequently, gene expressions were evaluated according to the pathological features, such as pathologic stage, Gleason score, involvement of lymph nodes and seminal vesicles. RESULTS: An over-expression of urinary MMP9 was demonstrated in 85.7% of the samples with cancer compared to non-cancer, with a mean of 6.4x. The PSMA, GREB1, hK3 and PCA3 genes showed a more heterogeneous pattern, with a tendency to under-expression in cancer. When considered together, it can be evidenced that the simultaneous over-expression of MMP9 and PSMA was present in 100% of patients with PSA >= 10ng/ml (p=0.036) and over-expression of MMP9 and GREb1 was present in 66.7% of patients < 50% positive fragments involved (p=0,036). After pathological evaluation were identified over-expression of GREB1 in pT2 cases compared to pT3 (p = 0.031), and over-expression of PCA3 in cases with greater tumor volume ( >= 11% x <11%) (p=0.006). CONCLUSIONS: The study showed that urinary markers can be a useful tool in the diagnosis and prognosis of prostate cancer. Overexpression of MMP9 was observed in cancer cases compared to control cases and can be helpful to avoid unnecessary prostate biopsies. Furthermore, overexpression of PSMA and MMP9 together may be related to higher PSA tumors and therefore more unfavorable prognosis, whereas overexpression of MMP9 and GREb1 together may be related to lower volume tumors. It was also possible to correlate urinary genes with pathologic findings with GREb1 significantly more expressed in tumors confined to the prostate, while PCA3 most expressed in cases of higher tumor volume

Os polimorfismos do gene da paraoxonase 1 (PON1) estão relacionados ao metabolismo lipídico conferindo efeito marginal e modesto nas concentrações séricas das lipropoteínas e sobre o risco de desenvolvimento de doença arterial coronária (DAC). O objetivo primário deste estudo é avaliar se há associação entre os polimorfismos da PON1: R192Q- rs662, R160G: rs13306698, Leu55Met: rs854560, Promoter_161: rs705381 e rs3917464 e eventos cardiovasculares em 5 anos numa sub-população com DAC estável do estudo MASS II (Medical, Angioplasty or Surgery Study II). Como objetivos secundários, investigamos a influência destes polimorfismos nas concentrações lipídicas iniciais e após 5 anos de acompanhamento, e também a sua relação com os desfechos cardiovasculares combinados no grupo randomizado para tratamento clínico exclusivo. Foram randomizados 611 pacientes para o MASS II. A população alvo deste estudo foi constituída por 518 pacientes que tiveram material genético coletado (MASS II Genético). Os polimorfismos avaliados, apesar de estarem associados ao metabolismo do HDL-c, apresentaram baixa associação com os níveis lipídicos e com o seu comportamento ao longo de 5 anos. Houve diferença nas concentrações médias de HDL-c entre os genótipos do Promoter_161, o alelo T associado a concentrações mais baixas de HDL-c (p=0,0369). Análise univariada mostrou que houve associação entre o raro alelo G do polimorfismo R160G (5 pacientes) e aumento da mortalidade, porém quando incluído no modelo ajustado por regressão logística multivariada não se mostrou preditor independente de óbito nesta população. Na análise do grupo randomizado para o tratamento médico, o polimorfismo R192Q está associado de forma independente ao novo infarto agudo do miocárdio, óbito, e eventos combinados. Genótipo GG aumentou o risco de óbito em 7,69 vezes (IC: 1.65- 35.76) e de IAM em 6,58 vezes (IC: 1.39- 30.46) quando comparado ao genótipo AA. Alelo A estava independentemente associado a ocorrência de eventos cardiovasculares combinados com um OR de 3,03 (IC: 1.29- 7.07). Em conclusão, o nosso estudo mostrou associação do alelo G na posição R160G com risco aumentado de óbito em pacientes com DAC estável. Em pacientes mantidos no tratamento clínico a posição R192Q está associada ao maior risco de óbito, IAM e eventos cardiovasculares combinados. / Paraoxonase 1 (PON1) gene polymorphisms have a known relation with lipid metabolism, conferring a marginal and modest effect on serum lipoprotein concentrations and also on development of coronary artery disease (CAD). The primary objective of this study is to investigate the association between PON1 polymorphisms: R192Q- rs662, R160G: rs13306698, Leu55Met: rs854560, Promoter_161: rs705381, and rs3917464 and 5-year follow-up cardiovascular events in a subpopulation with stable CAD from MASS II (Medical, Angioplasty or Surgery Study II). Secondary objectives will be to evaluate the influence of these polymorphisms on baseline and 5-year follow-up lipid concentrations and also its association with combined cardiovascular events in the MASS II group randomized for medical treatment. MASS II had 611 patients randomized. Target population comprises 518 patients who had genetic material sampled. Even though the polymorphisms were linked to HDL-c metabolism, there was a low association with lipid levels and changes over the 5-year follow-up. HDL-c mean concentrations were different in the Promoter_161 genotypes, T-allele was associated with lower levels (p=0.0369). Univariate analysis showed association between the rare G-allele of polymorphism R160G (5 patients) and increased mortality, but when adjusted in the multivariate logistic regression model this variable was not independent predictor of mortality in this population. In the medical treatment group, r192Q is associated with new myocardium infarction (MI), combined events and death. When compared to AA genotype, GG genotype increased the risk of death by 7.69 (CI: 1.65- 35.76) and of MI by 6.58 (CI: 1.39- 30.46). A-allele is independently associated with combined cardiovascular events with a OR of 3.03 (CI: 1.29- 7.07). In conclusion, this study showed association between G-allele on R160G position with increased mortality in patients with stable CAD. R192Q polymorphism is associated with higher risk of death, MI and combined cardiovascular events in patients treated medically.