Orientador: Fernando Sebastian Baldi Rey / Coorientador: Fernando Sebastián Baldi Rey / Coorientador: Lucia Galvão de Albuquerque / Banca: Marcos Vinícius Gualberto Barbosa da Silva / Banca: Joslaine Noely dos Santos Gonçalves Cyrillo / Banca: Josineudson Augusto II de Vasconcelos Silva / Banca: Nedenia Bonvino Stafuzza / Resumo: A variabilidade individual no temperamento dos bovinos é um importante fator que afeta a rentabilidade das empresas pecuárias, em função dos efeitos negativos na produção, no bem-estar animal e na segurança do trabalhador. Assim, esta característica vem despertando interesse crescente de produtores e pesquisadores, com o objetivo de entender quais os fatores genéticos e ambientais que influenciam a expressão do temperamento e os efeitos sobre o desempenho dos bovinos. Desta forma, esta tese foi desenvolvida com o objetivo de estudar a associação genômica entre polimorfismos de nucleotídeo único (SNP) com diferentes indicadores do temperamento de bovinos da raça Nelore. Os objetivos específicos foram: 1) Estudar a associação genômica entre SNP e diferentes indicadores de temperamento; 2) Avaliar a existência de regiões do genoma associadas, simultaneamente, com distintos indicadores de temperamento; 3) Identificar genes e as respectivas funções biológicas que influenciam o temperamento e; 4) Estimar parâmetros genéticos para os diferentes testes de temperamento incluindo a informação genômica. O temperamento dos bovinos foi avaliado entre 2010 e 2015, durante o manejo de pesagem aos 18 meses de idade, utilizando os seguintes indicadores: 1) escore de movimentação (MOV); 2) escore de tensão (TENS); 3) escore de agitação no tronco de contenção (CS); 4) velocidade de fuga (VF) e; 5) escore de temperamento (ET). Os animais foram genotipados utilizando painel de alta densidade com ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The individual variability on cattle temperament is an important factor affecting the profitability of beef cattle enterprises, due to its adverse effects in production, animal welfare and labor safety. Thus, this characteristic has increasing interest of producers and researchers, who aim to understand the genetic and environmental factors affecting the expression of temperament and its effect on cattle performance. Thus, the objective of this thesis was to study the genomic association between single nucleotide polymorphisms (SNP) and temperament indicators of Nellore cattle. The specific objectives were: 1) Study the genomic association between SNP and different indicators of temperament; 2) Assess the existence of genomic regions associated, simultaneously, with distinct temperament indicators; 3) Identify genes and their biological functions that influences temperament and; 4) Estimate genetic parameters for different temperament indicators using genomic information. The temperament was evaluated between 2010 and 2015, during the weighing handling at 18 months of age, using the following indicators: 1) movement score (MOV); 2) tension score (TENS); 3) crush score (CS); 4) flight speed (FS) and; 5) temperament score (TS). The animals were genotyped using a panel with 777,962 SNP (Illumina BovineHD Beadchip). All analyses to estimate variance components and genetic parameters, as well as the genome-wide association study (GWAS), were performed using a single-step procedure... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Luciana Rossini Pinto / Coorientador: Renato Vicentini dos Santos / Banca: Dilermando Perecin / Banca: Gustavo Vitti Môro / Banca: Fernanda Raquel Camilo dos Santos / Banca: Michael dos Santos Brito / Resumo: O genoma do sorgo tem sido utilizado como referência em estudos de genômica funcional e comparativa em cana-de-açúcar. A utilização do genoma do sorgo, em estudos de mapeamento comparativo, tem contribuído para auxiliar a detecção de QTL (locus de caracteres quantitativos) em cana-de-açúcar. Marcadores microssatélites de sorgo podem ser empregados no mapeamento comparativo com a cana-de-açúcar, assim como, o desenvolvimento de marcadores microssatélites a partir de sequências ortólogas conservadas (COS - Conserved Orthologous Sequences) podem servir de "marcadores âncoras" entre estas duas espécies. No presente trabalho, marcadores microssatélites de sorgo foram incorporados em um mapa prévio de ligação derivado do cruzamento entre o clone IACSP95-3018 e a cultivar IACSP93-3046, ambos do Programa de Melhoramento Genético de Cana-de-Açúcar do Instituto Agronômico de Campinas (IAC). Paralelamente, um conjunto de marcadores microssatélites obtidos a partir da identificação de sequências expressas ortólogas conservadas (COS) entre cana-de-açúcar e sorgo foram desenvolvidos e avaliados quanto ao seu potencial de polimorfismo e mapeamento em cana-de-açúcar. Os marcadores obtidos também foram utilizados para identificar associações putativas aos parâmetros de qualidade (Fibra% e Pol%Cana). Um total de 41 pares de microssatélites COS-EST-SSRs foi desenhado, dos quais 34 produziram amplicons em um grupo de 24 genótipos de Saccharum e Sorghum. O número de alelos variou de 2 a 15 com va... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Sorghum genome has been used as a reference in functional and comparative genomics studies of sugarcane. The sorghum genome has aided to colocalize QTL (quantitative trait locus) in sugarcane through comparative mapping approach. Sorghum microsatellite markers, as well as, the development of microsatellite markers derived from orthologous conserved sequences (COS) can serve as "anchors markers" in comparative mapping between these two species. In the present study, sorghum microsatellite markers were included in a previous map derived from a bi-parental cross between a clone (IACSP95-3018) and a sugarcane cultivar (IACSP93-3046) from the Instituto Agronômico de Campinas (IAC) sugarcane breeding program. A set of microsatellite markers derived from conserved orthologous (COS-EST-SSRs) sequences between sugarcane and sorghum was developed and evaluated for their polymorphism and mapping potential in sugarcane. These markers were also used to identify putative associations for sugarcane quality parameters (fiber% and Pol% Cane). A total of 41 COS-EST-SSRs primer pairs was designed, of which 34 produced amplicons in a group of 24 genotypes of Saccharum and Sorghum. The number of alleles ranged from 2 to 15 with an PIC (polymorphism information content) average value of 0.71. The 29 sorghum SSR primer pairs along with the 41 COS-EST-SSR primer pairs was genotyped in the mapping population and produced a total of 120 polymorphic markers, of which 92 were single dose markers. Of the... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Vitor Fernandes Oliveira de Miranda / Coorientador: Alessandro de Mello Varani / Banca: Marcos Tulio de Oliveira / Banca: Yoannis Domínguez Rodríguez / Resumo: A família Lentibulariaceae Rich. é considerada o maior grupo de plantas carnívoras dentre as angiospermas. Utricularia é o gênero de maior riqueza, com aproximadamente 250 espécies. Diversos estudos de identificação baseados em morfologia foram realizados para a família Lentibulariaceae, porém eles se mostram limitados para determinados grupos de espécies. Com base nisso a aplicação do DNA "Barcoding" pode ser uma importante alternativa. No presente estudo foram utilizadas sequências de DNA dos espaçadores intergênicos cloroplastidiais trnS-trnG e trnL-trnF e também do gene mitocondrial coxI com o objetivo de testá-las com a abordagem DNA "Barcoding" na diferenciação intraespecífica, interespecífica e entre as seções do gênero Utricularia. Com base nas matrizes de distâncias, a distância intraespecífica média foi de 0,004 para ambos os marcadores cloroplastidiais e de 0,006 para o gene coxI, a distância interespecífica média foi de 0,260 para trnS-trnG, 0,190 para trnL-trnF, 0,043 para coxI e a distância média entre as seções foi de 0,036, 0,029 e 0,025 para trnS-trnG, trnL-trnF e coxI, respectivamente. A análise baseada na árvore de "Neighbor-Joining" indicou que a maioria das espécies se agruparam em seções de acordo com o proposto para a filogenia do gênero, formando grupos monofiléticos. A eficácia de discriminação interespecífica foi 82% para trnS-trnG e 61% trnL-trnF, a discriminação intraespecífica foi de 36% para trnS-trnG e 23% para trnL-trnF. O gene mitocondrial coxI apresentou 24% de discriminação inter e intraespecífica, com resolução baixa de espécies na árvores de "Neighbor-Joining". Esses resultados demonstram que as regiões cloroplastidiais apresentam informações satisfatórias para separação das espécies em clados que corroboram com a filogenia do grupo e que portanto trnS-trnG e trnL-trnF podem ser considerados bons "barcodes" para o... / Abstract: The family Lentibulariaceae Rich. is considered the largest group of carnivorous plants among the angiosperms. Utricularia is the richest genus with approximately 250 species. Several studies based on morphological identification have been published for the family Lentibulariaceae, but they are limited regarding some groups of species. Hence, DNA Barcoding may be an important alternative. The present study used DNA sequences of chloroplast intergenic spacers trnS-trnG and trnL-trnF and also the mitochondrial gene coxI in order to test them with the DNA Barcoding approach to intraspecific, interspecific and between sections differentiation in the Utricularia genus. Based on the distance analyses, the average intraspecific distance was 0.004 for both chloroplast markers and 0.006 for the coxI gene, the average interspecific distance was 0.260 to trnS-trnG, 0.190 to trnL-trnF, 0.043 to coxI and the average distance between sections was 0.036, 0.029 and 0.025 to trnS-trnG, trnL-trnF and coxI, respectively. The analysis based on Neighbor-Joining tree indicated that most species were grouped into sections according to the proposed for the phylogeny of the genus, forming monophyletic groups. The efficacy of interspecies discrimination was 82% to trnS-trnG and 61% to trnL-trnF, intraspecific discrimination was 36% to trnS-trnG and 23% to trnL-trnF. The mitochondrial gene coxI showed 24% of inter and intraspecific discrimination, with low resolution of species on trees Neighbor-Joining. These results demonstrate that the chloroplast regions have satisfactory information to separate species in clades that corroborate the phylogeny of the group and therefore trnS-trnG and trnL-trnF can be considered good barcodes for the Utricularia genus / Mestre

Orientador: Adriana C. Morales Corrêa e Castro / Banca: Lilian Castiglioni / Banca: Danísio Prado Munari / Resumo: O tamanduá bandeira (Myrmecophaga tridactyla) é uma espécie pertencente a Magma Ordem Xenarthra, a qual possui ampla distribuição ao longo da região Neotropical. Esta espécie é encontrada em todos os biomas brasileiros, no entanto, ela está classificada como vulnerável pela IUCN a nível mundial, nacional e estadual, no estado de São Paulo. Esta classificação é relacionada diretamente com a forte pressão antrópica que acomete o animal e seu habitat, como é o caso do cerrado. Este trabalho teve por objetivo verificar a diversidade genética, utilizando o marcador mitocondrial CytB, de uma amostra da população de tamanduá- bandeira pertencente a região do estado de São Paulo. As amostras de material biológico utilizadas no estudo provém de campanhas de capturas (n = 8) realizadas na Estação Ecológica de Santa Bárbara (EESB), e de parcerias estabelecidas com o Hospital Veterinário "Governador Laudo Natel", FCAV- UNESP, Câmpus de Jaboticabal (n = 11), o Hospital Veterinário 'Dr. Halim Atique', Centro Universitário de Rio Preto, UNIRP, São José do Rio Preto, SP (n = 12), e o Laboratório de Ecologia de Mamíferos (LEMA), FCAV- UNESP, Câmpus de Jaboticabal, SP (n = 1). Após os processos de extração, amplificação e sequenciamento do DNA foram inferidas análises estatísticas pertinente a genética populacional. Dentre as 34 amostras analisadas foram encontradas apenas três haplótipos, dos quais um é exclusivo da EESB. A distância genética encontrada entre as amostras foi praticamente nula, variando entre 0,000 e 0,002, enquanto, o gráfico de distribuição par-a-par apresentou uma curva do tipo unimodal, indicando que a população possivelmente vem de um evento de expansão recente. Os índices de diversidade genética foram muito baixos indicando que os indivíduos analisados são praticamente idênticos pela perspectiva da genética de... / Abstract: The giant anteater (Myrmecophaga tridactyla) is a specie that composes the Magma Order Xenarthra, which has a wide distribution along Neotropics. This specie is found in all Brazilian biomes, however, it is listed by the IUCN as vulnerable on global, national and state level (São Paulo). This classification is directly related to the strong anthropic pressure that affects the animal and its habitat, such as cerrado. This study aimed to verify the genetic diversity, using the mitochondrial marker CytB, of a population's sample of giant anteater from some regions of São Paulo. The biological material used in the study came from captures campaigns (n = 8) in Santa Bárbara Ecological Station, SP, (EESB), and from Veterinary Hospital "Governador Laudo Natel" FCAV- UNESP, Jaboticabal (n = 11), from Veterinary Hospital 'Dr. Halim Atique 'Rio Preto University Center, UNIRP, São José do Rio Preto, SP (n = 12), and from Mammalian Ecology Laboratory (LEMA), FCAV- UNESP, Jaboticabal, SP (n = 1). After extraction process, amplification and DNA sequencing were inferred relevant statistical analyzes population genetics. Among the 34 samples analyzed, were found only three haplotypes, one of which is exclusive to EESB. The genetic distance found among the samples was practically nil, ranging from 0.000 to 0.002, while the pairwise distribution showed a unimodal curve, indicating that the population possibly comes from a recent expansion event. The genetic diversity indices were very low, which indicates that the individuals analyzed are practically identical from the perspective of population genetics, and AMOVA test showed that there is not structure in this population. It was observed that the low genetic diversity associated with the biology of the animal, together with anthropogenic habitat degradation, make this specie stays in list of endangered animals. However, EESB serves as ... / Mestre

Orientador: Paulo Eduardo Martins Ribolla / Coorientador: Alexandre Secorun Borges / Banca: Vera Lúcia Mores Rall / Banca: João Pessoa Araújo Junior / Banca: Aline Maria da Silva / Banca: Mario Henrique de Barros / Resumo: Salmonella Enteritidis é um patógeno pertencente à Família Enterobacteriaceae que frequentemente está relacionada a infecções alimentares em humanos, principalmente em crianças, idosos e pacientes imunossuprimidos. A importância deste micro-organismo se dá pela sua prevalência significativa, com distribuição mundial, nos lotes de frangos de corte e de postura de ovos, levando a sérias implicações na saúde pública e ao mercado avícola. O controle eficaz da salmonelose é um desafio, pois envolve um complexo manejo dos animais e tratamento com uso de antibióticos que não garantem a eliminação da infecção. O uso de bacteriófagos líticos contra infecções bacterianas (fagoterapia) vem atender uma demanda crescente por alternativas ao tratamento antimicrobiano convencional. Todavia, a literatura tem relatado o surgimento de certa resistência bacteriana a alguns bacteriófagos líticos, como por exemplo, em Salmonella sp. Diversos são os mecanismos bacterianos de resistência aos fagos, tais como a prevenção de adsorção, o bloqueio da injeção do DNA do fago, restrição-modificação, infecção abortiva e o sistema CRISPR ("clustered regularly interspaced short palindromic repeats") /Cas ("CRISPR associated proteins") de imunidade adquirida. Assim sendo, o presente trabalho objetivou a caracterização molecular da resistência bacteriana de fagos líticos isolados contra cepas de Salmonella enterica subsp. enterica serovar Enteritidis (SE). Para tal, os mecanismos-alvos escolhidos foram o sistema CRISPR/Cas e o bloqueio da adsorção de fagos, via lipopolissacarídeo (LPS). Nas 22 cepas de estudo, um total de 72 CRISPRs foi identificado, com 14 diferentes domínios repetitivos (DR), apresentando um total de 551 sequências de espaçadores e os genes associados cas1, cas2 e cas3. Cas 9 e cas 10 não foram identificados. Foi observado que as cepas resistentes aos fagos líticos possuíam um maior número total... / Abstract: Salmonella Enteritidis is a pathogen that belongs to the Enterobacteriaceae family and is often related to infections transmitted by food in humans, especially in children, elderly and immunosuppressed patients. The importance of this microorganism is because it's significant prevalence with worldwide distribution in lots of poultry, leading to serious implications for public health and poultry industry. Effective control of salmonellosis is a challenging because involves a complex animal handling and treatment with antibiotics that do not guarantee the elimination of infection. The use of lytic bacteriophages against bacterial infections (phage therapy) meets a demand for alternatives to the conventional antimicrobial treatment. However, the literature has reported the emergence of bacterial resistance to some lytic bacteriophages, such as in Salmonella sp. There are several mechanisms of bacterial resistance to phages, such as prevention of adsorption, blocking the injection of phage DNA, restriction-modification, abortive infection and the CRISPR/Cas System acquired immunity. Thus, this research aims to study in a molecular level the bacterial resistance of lytic phages isolated from pathogenic strains of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Enteritidis (SE). Two mechanisms have been chosen: the CRISPR/Cas system and blocking of phage adsorption via LPS. From 22 SE strains, a total of 72 CRISPRs was identified with 14 different repetitive domains (DR), presenting a total of 551 spacers' sequences and cas1, cas2 and cas3 CRISPR associated genes. Cas 9 and cas 10 genes weren't identified. It was observed that phage lytic resistant strains have a higher total number of spacers in the CRISPR locus in relation to sensitive strains, and this difference was statistically significant. Phylogenetic analysis of cas genes from CRISPR/Cas system, of rfaC, rfaH, cpsG, manB, manc, lpxA, lpxB and lpxC genes (related to LPS) and of... / Doutor

A germinação pré-colheita em trigo, têm sido responsável por perdas consideráveis de produtividade e qualidade em diversas regiões produtoras a nível mundial. Diversos programas de melhoramento têm buscado selecionar genótipos com elevados níveis de resistência, mas em função da complexidade da característica, os avanços obtidos são pouco expressivos, e técnicas mais eficientes para identificação de genótipos superiores são necessárias. Dessa forma, o objetivo do presente estudo foi realizar uma análise de associação genômica, a fim de identificar marcadores SNPs e regiões genômicas associadas com a resistência a germinação pré-colheita em trigo, para posterior utilização em seleção assistida por marcadores moleculares (SAM). Para isso, foram utilizados 344 genótipos de trigo de diferentes empresas obtentoras e épocas de lançamento, que representam a base genética do trigo cultivado no Brasil. O experimento foi constituído por três etapas principais: a genotipagem, a fenotipagem e a análise de associação genômica. Para a genotipagem, foi realizada a extração e quantificação do DNA, e as amostras foram genotipadas com um chip de DNA para detecção de SNPs contendo 35 mil SNPs para o genoma do trigo. Na etapa de fenotipagem, foi conduzido um experimento em Cascavel-PR, em delineamento experimental de blocos cazualizados com três repetições. Os genótipos foram avaliados na maturidade fisiológica, a partir da coleta de 20 espigas por genótipo, as quais foram submetidas a um simulador de chuva para germinação, sendo então atribuídas notas de acordo com o índice de germinação apresentado. Após as determinações genotípicas e fenotípicas, foi realizada a análise de associação genômica a fim de identificar marcadores moleculares associados com a resistência à germinação pré-colheita. Foram identificados dez marcadores significativos nos cromossomos 3B, 4A, 5B, 5D, 6D, 7B e 7D, onde estão presentes QTLs (Quantitative Trait Loci) associados com a resistência a germinação pré-colheita. Os SNPs foram localizados em genes codificadores de enzimas envolvidas em vias de sinalização de giberelinas e ácido abscísico, hidrólise de maltose e alongamento e divisão celular. A explicação da variação fenotípica pelos marcadores significativos variou de 4,2 a 5,4%, o que é esperado para caracteres quantitativos. Os marcadores significativos identificados no presente estudo, após validados, poderão ser utilizados em programas de SAM, para a seleção precoce de genótipos mais resistentes a germinação pré-colheita, propiciando a obtenção de genótipos desejáveis de maneira mais ágil e precisa. / Pre-harvest sprouting (PHS) in wheat, has been responsible for considerable losses in productivity and quality in several growing regions worldwide. Several breeding programs have sought to select genotypes with high levels of resistance, but due to the complexity of the trait, the advances achieved are inexpressive, and most efficient techniques to identify superior genotypes are demanded. Thus, the objective of this study was to perform a genome-wide association analysis, for identify SNPs markers and genomic regions associated with resistance to PHS in wheat, for later use in marker-assisted selection (MAS). For this, 344 wheat genotypes of different times and companies that represents the genetic basis of wheat grown in Brazil were used. The experiment consisted of three main steps: genotyping, phenotyping and genome-wide association analysis. In the genotyping step, the DNA extraction and quantification was conducted, and the samples were genotyped with a DNA chip for detection of SNPs containing 35,000 SNPs for the wheat genome. In the phenotyping step, an experiment was conducted in Cascavel-PR, in a randomized block design with three replicates. The genotypes were evaluated at physiological maturity, with the collection of 20 spikes per genotype, and these were subjected to a simulated rainfall for germination, being then allocated scores according to the germination rate observed. After the genotypic and phenotypic determinations, it was conducted a genome-wide association analysis to identify molecular markers associated with resistance to PHS. Ten significant markers were identified on chromosomes 3B, 4A, 5B, 5D, 6D, 7B and 7D, where QTLs (Quantitative Trait Loci) associated with pre-harvest sprouting resistance are present. The SNPs were localized in genes encoding enzymes involved in the gibberellin and abscisic acid signaling pathways, maltose hydrolysis and cell division and stretching. The explanation of the phenotypic variation by the significant markers ranged from 4.2 to 5.4%, which is expected for quantitative traits. Significant markers identified in the present study, after being validated, could be used in MAS programs for the early selection of genotypes more resistant to PHS in wheat, allowing the obtainment of desirable genotypes in the more agile and precise way.

No melhoramento de plantas, a variabilidade é fundamental na escolha dos genitores. Em contrapartida, quando comparado a outras espécies do gênero Solanum, o tomateiro dispõe de uma base genética estreita. Atualmente, na região sudoeste do Paraná há carência de cultivares de tomateiro de polinização aberta adaptadas a região e ao cultivo agroecológico. Desse modo, o objetivo deste trabalho foi caracterizar a variabilidade morfológica e molecular de genótipos de tomateiro de polinização aberta do BAGT da UTFPR – Pato Branco. O experimento foi conduzido na Área Experimental da UTFPR – Câmpus de Pato Branco, em delineamento de blocos ao acaso, com quatro repetições. A caracterização morfológica foi realizada em 17 genótipos, a partir de 41 descritores quantitativos e qualitativos de fruto e planta, avaliação de doenças e pragas e análises físicoquímicas de frutos. A variabilidade molecular foi analisada por meio de 20 iniciadores SSR em 19 genótipos de tomateiro. Os dados obtidos foram submetidos a diferentes análises multivariadas. Na caracterização da qualidade de fruto, 76,44% da variabilidade encontrada foi composta pelos descritores cromáticos b* (44,43%) e L*(7,21%), diâmetro da cicatriz do pedicelo (16,78%), número de lóculos (8,02%) e comprimento do fruto (8,02%). A dissimilaridade média morfológica geral entre os genótipos foi considerada baixa, os valores encontrados para os agrupamentos baseados nos caracteres quantitativos de planta foram de 0,34, 0,32 para os de frutos e para os caracteres gerais de 0,33. Dez dos 20 iniciadores que apresentaram bandas visíveis tiveram PIC superior à 0,58. A similaridade média obtida a partir dos fragmentos polimórficos amplificados através de 20 iniciadores SSR foi de 0,72. O genótipo comercial GA é morfologicamente e geneticamente semelhante ao genótipo UTFPR_046. O UTFPR_016 e UTFPR_029 apresentaram 90% de similaridade genética e ficaram alocados no mesmo agrupamento em todas as análises morfológicas, indicando alto grau de parentesco entre esses materiais. Os genótipos de fruto amarelo-alaranjado, UTFPR_008 e UTFPR_015, são morfologicamente semelhantes, no entanto, geneticamente são 41% divergentes. A dissimilaridade média morfológica (0,33) foi muito próxima da molecular (0,28). As análises morfológicas e moleculares permitiram identificar agrupamentos com características de interesse e a existência ou não da duplicidade no BAGT da UTFPR – Pato Branco. Os resultados deste trabalho contribuíram para a formação e caracterização do BAGT da UTFPR – Pato Branco e podem auxiliar no melhoramento genético de variedades de tomateiro de polinização aberta para o cultivo agroecológico na região sudoeste do Paraná. / In plant breeding, variability is critical in choosing the parents. In contrast, when compared to other species of the genus Solanum, the tomato has a narrow genetic base. Currently, in the southwestern region of Paraná there is a lack of openpollinated tomato cultivars adapted to the region and agroecological cultivation. Thus, the objective of this work was to characterize the morphological and molecular variability of the open – pollinated tomato genotypes of BAGT UTFPR – Pato Branco. The experiment was conducted in the Experimental Area of UTFPR – Pato Branco Campus, in a randomized block design, with four replications. The morphological characterization was performed in 17 genotypes, from 41 quantitative and qualitative descriptors of fruit and plant, evaluation of diseases and pests and physical-chemical analyzes of fruits. The molecular variability was analyzed by means of 20 SSR primers in 19 tomato genotypes. The data were submitted to different multivariate analyzes. In the characterization of fruit quality, 76.44% of the variability was composed by the chromatic descriptors b * (44.43%) and L * (7.21%), pedicel scar diameter (16.78%), number of loci (8.02%) and fruit length (8.02%). The general morphological average dissimilarity among the genotypes was considered low, the values found for the groupings based on the quantitative plant characters were 0.34, 0.32 for the fruits and for the general characters 0.33. Ten of the 20 primers that showed visible bands had PIC above 0.58. The average similarity obtained from polymorphic fragments amplified through SSR primers was 0.72. The commercial GA genotype is morphologically and genetically similar to the UTFPR_046 genotype. UTFPR_016 and UTFPR_029 presented 90% genetic similarity and were allocated in the same cluster in all morphological analyzes, indicating a high degree of kinship among these materials. The yellow-orange fruit genotypes, UTFPR_008 and UTFPR_015, are morphologically similar, however, genetically they are 41% divergent. The mean morphological dissimilarity (0.33) was very close to the molecular (0.28). Morphological and molecular analyzes allowed the identification of clusters with characteristics of interest and the existence or not of duplicity in BAGT UTFPR – Pato Branco. The results of this work contributed to the formation and characterization of UTFPR – Pato Branco BAGT and may help in the genetic improvement of open pollinated tomato varieties for agroecological cultivation in the southwestern region of Paraná.

A germinação pré-colheita em trigo, têm sido responsável por perdas consideráveis de produtividade e qualidade em diversas regiões produtoras a nível mundial. Diversos programas de melhoramento têm buscado selecionar genótipos com elevados níveis de resistência, mas em função da complexidade da característica, os avanços obtidos são pouco expressivos, e técnicas mais eficientes para identificação de genótipos superiores são necessárias. Dessa forma, o objetivo do presente estudo foi realizar uma análise de associação genômica, a fim de identificar marcadores SNPs e regiões genômicas associadas com a resistência a germinação pré-colheita em trigo, para posterior utilização em seleção assistida por marcadores moleculares (SAM). Para isso, foram utilizados 344 genótipos de trigo de diferentes empresas obtentoras e épocas de lançamento, que representam a base genética do trigo cultivado no Brasil. O experimento foi constituído por três etapas principais: a genotipagem, a fenotipagem e a análise de associação genômica. Para a genotipagem, foi realizada a extração e quantificação do DNA, e as amostras foram genotipadas com um chip de DNA para detecção de SNPs contendo 35 mil SNPs para o genoma do trigo. Na etapa de fenotipagem, foi conduzido um experimento em Cascavel-PR, em delineamento experimental de blocos cazualizados com três repetições. Os genótipos foram avaliados na maturidade fisiológica, a partir da coleta de 20 espigas por genótipo, as quais foram submetidas a um simulador de chuva para germinação, sendo então atribuídas notas de acordo com o índice de germinação apresentado. Após as determinações genotípicas e fenotípicas, foi realizada a análise de associação genômica a fim de identificar marcadores moleculares associados com a resistência à germinação pré-colheita. Foram identificados dez marcadores significativos nos cromossomos 3B, 4A, 5B, 5D, 6D, 7B e 7D, onde estão presentes QTLs (Quantitative Trait Loci) associados com a resistência a germinação pré-colheita. Os SNPs foram localizados em genes codificadores de enzimas envolvidas em vias de sinalização de giberelinas e ácido abscísico, hidrólise de maltose e alongamento e divisão celular. A explicação da variação fenotípica pelos marcadores significativos variou de 4,2 a 5,4%, o que é esperado para caracteres quantitativos. Os marcadores significativos identificados no presente estudo, após validados, poderão ser utilizados em programas de SAM, para a seleção precoce de genótipos mais resistentes a germinação pré-colheita, propiciando a obtenção de genótipos desejáveis de maneira mais ágil e precisa. / Pre-harvest sprouting (PHS) in wheat, has been responsible for considerable losses in productivity and quality in several growing regions worldwide. Several breeding programs have sought to select genotypes with high levels of resistance, but due to the complexity of the trait, the advances achieved are inexpressive, and most efficient techniques to identify superior genotypes are demanded. Thus, the objective of this study was to perform a genome-wide association analysis, for identify SNPs markers and genomic regions associated with resistance to PHS in wheat, for later use in marker-assisted selection (MAS). For this, 344 wheat genotypes of different times and companies that represents the genetic basis of wheat grown in Brazil were used. The experiment consisted of three main steps: genotyping, phenotyping and genome-wide association analysis. In the genotyping step, the DNA extraction and quantification was conducted, and the samples were genotyped with a DNA chip for detection of SNPs containing 35,000 SNPs for the wheat genome. In the phenotyping step, an experiment was conducted in Cascavel-PR, in a randomized block design with three replicates. The genotypes were evaluated at physiological maturity, with the collection of 20 spikes per genotype, and these were subjected to a simulated rainfall for germination, being then allocated scores according to the germination rate observed. After the genotypic and phenotypic determinations, it was conducted a genome-wide association analysis to identify molecular markers associated with resistance to PHS. Ten significant markers were identified on chromosomes 3B, 4A, 5B, 5D, 6D, 7B and 7D, where QTLs (Quantitative Trait Loci) associated with pre-harvest sprouting resistance are present. The SNPs were localized in genes encoding enzymes involved in the gibberellin and abscisic acid signaling pathways, maltose hydrolysis and cell division and stretching. The explanation of the phenotypic variation by the significant markers ranged from 4.2 to 5.4%, which is expected for quantitative traits. Significant markers identified in the present study, after being validated, could be used in MAS programs for the early selection of genotypes more resistant to PHS in wheat, allowing the obtainment of desirable genotypes in the more agile and precise way.

Toxoplasma gondii é um protozoário formador de cistos capaz de infectar diversas espécies de aves e mamíferos domésticos e selvagens, incluindo o homem. Apesar de evidências sorológicas da infecção por T. gondii em animais selvagens, pouco se sabe sobre o papel da vida selvagem na cadeia epidemiológica e tampouco a susceptibilidade das variadas espécies a este parasito. O presente trabalho consistiu no isolamento e caracterização genotípica de T. gondii de tecidos de animais selvagens, de vida livre e de cativeiro, provenientes de diversas localidades do Brasil e na detecção sorológica de anticorpos contra o parasito nas amostras em que foi possível obter o soro. A sorologia foi realizada em 54 amostras de soros de aves e mamíferos de várias espécies por meio do Teste de Aglutinação Modificado (MAT). Deste total, 18 amostras (cinco de aves e 13 de mamíferos) foram positivas para anticorpos anti-T. gondii. Para o isolamento do parasito foi realizado o bioensaio em camundongos. Homogenados de coração e cérebro de cada um dos animais foram submetidos à digestão péptica e inoculados em grupos de cinco camundongos. Tecidos dos camundongos que vinham à óbito eram examinados para constatar a presença de formas de T. gondii. Seis semanas após inoculação, foi colhido sangue dos camundongos para a realização de testes sorológicos (MAT) para detecção de anticorpos anti-T. gondii e dois meses após a inoculação estes animais foram submetidos à eutanásia para a procura por cistos teciduais do parasito. Por meio desta prova biológica foi possível isolar T. gondii em 18 animais selvagens (16 de diversas espécies de mamíferos e duas de aves) provenientes de diferentes localidades. T. gondii foi isolado em uma coruja-buraqueira (Athene cunicularia), um pica-pau-de-banda-branca (Dryocopus lineatus), um gato-do-mato-pequeno (Leopardus tigrinus), um lobo-guará (Chrysocyon brachyurus), uma mucura (Didelphis marsupialis), uma paca (Cuniculus paca), três queixadas (Tayassu pecari), uma raposa-do-campo (Pseudalopex etulus), três tamanduás-mirim (Tamandua tetradactyla), três tatus-galinha (Dasypus novemcinctus) e dois tatuspeba (Eufractus sexcinctus). Dezesseis dos 18 isolados obtidos foram letais para 100% dos camundongos infectados. O isolado de um tatu-peba não causou mortalidade em camundongos e o isolado da coruja-buraqueira causou 50% de mortalidade. A caracterização genotípica dos isolados foi realizada pela técnica de PCR/RFLP utilizando 12 marcadores genotípicos. As amostras primárias dos tecidos provenientes dos animais selvagens que foram positivas na PCR de triagem também foram submetidas à caracterização genotípica. Por meio da PCR/RFLP foi possível obter o genótipo completo de 22 amostras, 15 delas provenientes de isolados e sete de amostras primárias de tecidos. Dos 18 isolados obtidos através do bioensaio, em três (tatu-peba, coruja-buraqueira e mucura) não foi possível obter a caracterização completa de todos os 12 marcadores utilizados. Pela análise das 22 amostras caracterizadas foram observados 17 genótipos diferentes, sendo que 13 deles são inéditos. A mortalidade de camundongos infectados foi comparada com a ocorrência dos diferentes alelos no marcador CS3 nos 15 genótipos provenientes de isolados, dos quais, sete apresentaram o alelo tipo I, seis o alelo tipo II e os alelos u-1 e u-3 foram encontrados em um isolado cada. Todos os isolados apresentaram 100% de mortalidade para os camundongos infectados. / Toxoplasma gondii is an intracellular protozoan parasite that infects almost all warmblooded animals, including humans. Although studies indicate that wild animals are frequently positive for antibodies anti-T. gondii, the role of wild life in the epidemiology of this parasite is not well understood nor the susceptibility of different wild species. The present study aimed to isolate T. gondii from free-living and captive wild birds and mammals from different locations from Brazil, to perform the genotipic characterization of T. gondii found in the analyzed tissue samples and to detect aintibodies anti-T. gondii in samples which were possible to obtain the serum. Serology was performed in 54 serum samples from different species of wild birds and mammals by the Modified Agglutination Test (MAT). From this total, 18 samples (five from birds and 13 from mammals) were seropositive for antibodies anti-T. gondii. For the isolation of the parasite, mice bioassay was performed. Brain and heart homogenates were submitted to peptic digestion and were inoculated in groups of five mice per animal sampled. Tissues of mice that died were examined for the presence of T. gondii. Mice were bled six weeks post-inoculation, and their sera were tested for anti-T. gondii antibodies by MAT. Surviving mice were euthanized two months after the inoculation and their brains were examined for the presence of T.gondii tissue cysts. T. gondii was isolated in 18 wild animals (16 from different species of mammals and two from birds) from different locations. T. gondii was isolated from one burrowing owl (Athene cunicularia), one lineated woodpecker (Dryocopus lienatus), three collared anteater (Tamandua tetradactyla), one hoary fox (Pseudalopex vetulus), one maned wolf (Chrysocyon brachyurus), one oncilla (Leopardus tigrinus), one opossum (Didelphis marsupialis), one paca (Cuniculus paca), three nine-banded armadillo (Dasypus novemcinctus), two six-banded armadillo (Euphractus sexcincticus) and three white-lipped peccary (Tayassu pecari). Sixteen of the 18 isolates were lethal to 100% of inoculated mice. The genotypic characterization was performed using 12 PCR-restriction fragment length polymorphism (RFLP) Primary tissue samples which were positive in a trial PCR were also submitted to genotypic characterization. It was possible, by PCR/RFLP, to obtain the complete genotype of 22 samples, 15 from isolates and seven from primary tissue samples. It was not possible to accomplish the complete genotypic characterization in three isolates; one burrowing owl, one opossum and one sixbanded armadillo. In this 22 samples characterized, a total of 17 different genotypes were found with 13 of them described for the first time. Mortality of infected mice was compared between the different alleles of the marker CS3 in the 15 genotypes originated from isolates, which seven were type I, six were type II and alleles u-1 and u-3 were found in one isolate each. All the isolates presented 100% of mortality in infected mice.

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Belonging to the Myrtaceae family, cambui tree (Myrciaria tenella O. Berg) is native of Brazil. The Molecular characterization is one of the most used tools for potential species because infers about level of diversity between individuals. Analysis of genetic diversity are critical to the direction of the strategies needed to build and maintain a germplasm. The objective of this work was to estimate the genetic diversity in a natural population of cambui using molecular markers ISSR. The provider of plant material used is a natural population, in Private Natural Heritage Reserve (RPPN) in part of the Experimental Field of Embrapa Coastal Tablelands, in the municipality of Itaporanga d'Ajuda, SE. Young leaves of each individual were collected for ADN extraction and analysis of PCR-ISSR (Simple Sequence Repetitive Internal). Were tested 30 primers and selected 10 for the analysis. The use of these primers resulted in 71 fragments with 98.3% of polymorphism. The similarity of the individuals ranged between 0.30 and 0.92, with the most similar C17 and C13 and more distant, C1 and C41. Through UPGMA was possible to identify six distinct groups. The information obtained will be used for conservation of these genetic resources, direct exchange of germplasm and / or training of ex situ collections and assist in future work with the species. / Pertencente à família Myrtaceae, o cambuizeiro (Myrciaria tenella O. Berg) é uma espécie nativa do Brasil. A caracterização molecular é uma das ferramentas biotecnológicas mais utilizadas para estudos de espécies potenciais, uma vez que possibilitam inferir sobre o nível de diversidade entre os indivíduos. A análise da diversidade genética é fundamental para o direcionamento das estratégias necessárias para formação e manutenção de um germoplasma. Este trabalho teve como finalidade avaliar a diversidade genética em uma população natural de cambuizeiro utilizando marcadores moleculares ISSR. A população natural provedora do material vegetal utilizado encontra-se na Reserva Particular do Patrimônio Natural (RPPN) do Caju, pertencente ao Campo Experimental da Embrapa Tabuleiros Costeiros, no município de Itaporanga d’Ajuda, SE. Folhas jovens de cada indivíduo foram coletas para a extração de DNA e análises de PCR-ISSR (Sequência Simples Repetitivas Internas). Foram testados 30 iniciadores de síntese (primers), selecionando-se os 10 melhores. O uso desses primers resultaram em 71 fragmentos, com 98,3% de polimorfismo. A similaridade dos indivíduos variou entre 0,30 e 0,92, sendo os mais similares os indivíduos C13 e C17 e mais distantes os C1 e C41. Por meio do agrupamento UPGMA foi possível identificar seis grupos distintos. As informações obtidas serão utilizadas para conservação desses recursos genéticos, direcionar um intercâmbio de germoplasma e/ou formação de coleções ex situ e auxiliar em futuros trabalhos com a espécie.