Los caracteres morfológicos han sido tradicionalmente la clave para clasificar y distinguir a los seres vivos, en los últimos años la adición de herramientas moleculares ha logrado precisar y afinar aún más la identificación de los organismos. Sin embargo, en algunos grupos se ha observado que los marcadores de secuencia llegan al límite de resolución impidiendo una clara distinción entre taxa, como es el caso para algunas especies de moluscos terrestes del género Megalobulimus que no presentan claridad de discriminación al ser analizadas mediante marcadores de secuencias. Siendo éste un recurso de interés comercial para el Perú, la importancia de discernir correctamente estas especies y reconstruir sus relaciones filogenéticas ahonda más allá del tema académico, ya que aporta a su correcto aprovechamiento y a la protección de la biodiversidad del país, por lo que se propone emplear marcadores altamente polimórficos como los ISSR en este género. Se utilizaron 69 individuos pertenientes a seis taxa, de 12 provincias y seis regiones del Perú. Se evaluaron 13 marcadores del tipo ISSR, de los cuales seis resultaron muy variables (SAS1 fue el más variable). Para dar soporte a la reproducibilidad de la técnica y confiabilidad de los resultados, todos los procedimientos fueron ejecutados por duplicado con el 10% de las muestras, obteniendo el mismo resultado. En el análisis interespecifico de Megalobulimus se obtuvieron 166 sitios informativos, con un valor PIC (Contenido de Información Polimórfica) de 0.36 a 0.46 y valores de Rp (Poder de resolución de las bandas) de 9.6 a 23.1 discriminando fehacientemente a seis especies. Las especies M. capillaceus y M. florezi no son discriminables con marcadores de secuencia clásicos (COI, 16S rRNA), sin embargo, mostraron perfiles electroforéticos claramente diferenciables, soportado por valores estadísticos. En M. popelairianus sensu lato se revelaron dos perfiles quedando inequívocamente discriminada la variedad ´thammianus’ de la especie M. popelairianus, tanto a nivel cualitativo como cuantitativo. Si bien Martens (1876) reportó a ‘thammianus’ como una variación de M. popelairianus, las diferencias encontradas entre los perfiles ISSR de estos dos grupos es comparable a lo encontrado entre otras especies del género como M. carrikeri y M. lichtensteini diferenciables tanto morfológicamente como con marcadores de secuencia. / Tesis

Submitted by Dominick Jesus (dominickdejesus@hotmail.com) on 2016-02-12T13:29:05Z No. of bitstreams: 2 Dissertação_Deyla Paula de Oliveira.pdf: 2562338 bytes, checksum: b7f27085de598a5b59407caa45971149 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-02-12T13:29:05Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação_Deyla Paula de Oliveira.pdf: 2562338 bytes, checksum: b7f27085de598a5b59407caa45971149 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2010-04-20 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / Recently genetic studies have been utilized to study breeding systems of several crocodilian, however, no paternity studies involved Caiman crocodilus crocodilus. To investigate paternity, it is necessary to use highly polymorphic microsatellite loci that have high probability of exclusion of paternity and differentiating individuals. For this purpose 12 dinucleotide microsatellite loci were isolated and characterized from a genomic library enriched for the dinucleotide repetitions (CT) 8 and (GT) 8 . The 12 loci were characterized in C. c. crocodilus from the Piagaçu-Purus Sustainable Development Reserve, Amazonas, and their utility also tested in Caiman c. yacare from Cacéres, Mato Grosso. The results of the characterization indicated that these loci are adequate for the study of the breeding system and also for population studies with the Caiman crocodilus complex. Six loci with highest polymorphism, high power of paternity exclusion and with high probability of differentiating among individuals were used in a PCR multiplex system for breeding system analysis of the C. c crocodilus from the Piagaçu-Purus Sustainable Development Reserve. We genotyped 198 hatchlings from 13 nests (representing a sampling effort that varied from 30% to 100% of the hatchlings per nest) sampled in the two reproductive seasons (2007 and 2008), as well as 11 females that were beside their respective nests and 21 males, potential fathers. In 100% of the nests there was a contribution of two to four fathers, all males contributed approximately equally per clutch, and none of the genotyped males were the actual fathers of the hatchlings. No male mated with more than one female, and no female showed across-year male fidelity. All females found in proximity of nests were mothers of the hatchlings of those nests. Our study highlights that polyandry is common in this species, that no single male reproductively dominates, and that females mate with geographically distant males. Our results have important implications for conservation efforts and species management in the study area and beyond. / Nos últimos anos, estudos genéticos têm sido utilizados para investigar os sistemas de acasalamento em crocodilianos, mas até a presente data nenhuma pesquisa tinha sido realizada para investigar a paternidade de Caiman crocodilus crocodilus. Para investigar a paternidade é necessária a utilização de locos microssatélites altamente polimórficos, que apresentem uma alta probabilidade de exclusão de paternidade e permita diferenciar indivíduos. Neste sentido, foram isolados e caracterizados 12 locos microssatélites dinucleotídeos a partir de uma biblioteca genômica enriquecida com repetições de dinucleotídeos (CT) e 8 (GT) 8. Os 12 locos foram caracterizados em C. c. crocodilus da Reserva de Desenvolvimento Sustentável Piagaçu – Purus, Amazonas e também testado em Caiman c. yacare de Cáceres, Mato Grosso. Os resultados da caracterização indicaram que estes locos são adequados para o estudo do sistema de acasalamento e também para estudos populacionais com o complexo C. crocodilus. Seis locos mais polimórficos com alto poder de exclusão de paternidade e com alto poder de diferenciar indivíduos foram usados em sistema do PCR multiplex para a análise do sistema de acasalamento da espécie C. c. crocodilus da Reserva de Desenvolvimento Sustentável Piagaçu – Purus. Foram genotipados 198 filhotes de 13 ninhos (representando um esforço de amostragem que variaram de 30% a 100% de filhotes por ninho) de duas temporadas reprodutivas (2007 e 2008), além de 11 fêmeas que estavam ao lado dos respectivos ninhos e 21 machos, potencias pais. Em 100% dos ninhos houve uma contribuição de 2-4 pais, sendo que todos os machos contribuíram igualmente para a ninhada, e nenhum dos machos genotipados foram os pais reais dos filhotes. Nenhum macho acasalou com mais de uma fêmea e as fêmeas não mostraram fidelidade a um único macho. Todas as fêmeas encontradas nas proximidades dos ninhos eram as mães dos filhotes dos ninhos. Nosso estudo destaca que a poliandria é comum nesta espécie não há um único macho reprodutivo dominante e que as fêmeas copularam com machos geograficamente distantes. Nossos resultados têm implicações importantes para os esforços de conservação e manejo de espécies na área de estudo e outras áreas do entorno.

Submitted by Dominick Jesus (dominickdejesus@hotmail.com) on 2016-02-15T17:51:33Z No. of bitstreams: 2 Givanildo Ximenes Santana.pdf: 1222692 bytes, checksum: efbd8d3b842a4b1aceefa175fc58b8b3 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-02-15T17:51:33Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Givanildo Ximenes Santana.pdf: 1222692 bytes, checksum: efbd8d3b842a4b1aceefa175fc58b8b3 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2011-04-05 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Amazonas - FAPEAM / Fishing and aquaculture are directly or indirectly important to the life of million people around the world. However, many species are being overexploited and reduced in number, without management and conservation plans to minimize the impacts caused by human activity. The management of fisheries genetic resources, from nature or captivity, depends on strict monitoring of populations, considering their dynamics, ecological relevance and genetic variability. The conservation and management of these resources have grown substantially over the years for species that are overfished or endangered. Currently, many molecular markers are utilized for studies of genetic variability in fish as well as to know the structure of populations and their relationships within and among them; these studies are applied for both fisheries and aquaculture areas. Colossoma macropomum is a neotropical fish, it is the largest Characiformes in the Amazon region and has been one of the most important species commercially in Brazil, both for fisheries and for aquaculture. This study aims to determine the genetic variability of four different populations of the neotropical fish Colossoma macropomum from captive populations and nature. An enriched library of microsatellite was developed for studies of populations of tambaqui. Seven new loci and six loci previously described in literature were used in this study. Intrapopulation and interpopulation analysis were performed to verify genetic diversity of populations. Two models of Bayesian cluster analysis were tested to observe the structure between them. The results showed that populations are highly structured. The genetic variability in populations of fish farming is low and the wild population has a deficit of heterozygotes. The two clustering models can be related to genetic structuring among populations, corroborating the results of differentiation and genetic distance. In conclusion, the genetic conservation of the populations of C. macropomum require continuous monitoring for recovery of genetic variability. / A pesca e a piscicultura são direta ou indiretamente importantes para o sustento de milhões de pessoas em todo o mundo. Entretanto, muitas espécies estão sendo sobreexploradas e tendo seus estoques reduzidos sem que haja planos de manejo e conservação que possam minimizar os impactos deixados pela ação antrópica sobre as mesmas. O gerenciamento de recursos genéticos pesqueiros, sejam da natureza, sejam de cativeiro, depende de rigorosos monitoramentos nas populações, considerando a dinâmica de seus aspectos ecológicos e a relevância de suas variabilidades genéticas. A conservação e manejo desses recursos vêm crescendo substancialmente sobre as espécies sobreexploradas ou em risco de extinção. Atualmente inúmeros marcadores moleculares são utlizados para estudos de variabilidade genética em peixes, bem como para conhecer a estrutura das populações e suas relações intra e interpopulacionais. No domínio da pesca e da aquicultura, os microssatélites são úteis para a caracterização da variabilidade genética e estruturação das populações. O Colossoma macropomum é um peixe de clima tropical, sendo o maior Characiforme da região Amazônica e vem sendo uma das espécies mais importantes comercialmente no Brasil, tanto para a pesca como para a aquicultura. Este estudo tem como objetivo verificar a variabilidade genética em quatro diferentes populações do peixe neotropical Colossoma macropomum, a partir de populações de cativeiro e da natureza. Para tanto, foram selecionados seis locos descritos na literatura e desenvolvidos sete novos locos, a partir de uma biblioteca genômica enriquecida em microssatélites. Análises intrapopulacionais e interpopulacionais foram realizadas para verificar a diversidade genética das populações. Dois modelos de análise bayesiana de agrupamento foram testados para observar a estruturação entre elas. Os resultados demonstraram que as populações estão fortemente estruturadas. A variabilidade genética nas populações de piscicultura é baixa e a população da natureza está com deficiência de heterozigotos. Os dois modelos de agrupamentos genético podem ser relacionados à estruturação entre as populações, corroborando os resultados de diferenciação e distância genética.

Orientador: Silvio Alencar Marques / Coorientador: Mariangela Esther Alencar Marques / Banca: Hamilton Ometto Stolf / Banca: Gisele Alborghetti Nai / Banca: Cléverson Teixeira Soares / Banca: Alexandre Todorovic Fabro / Resumo: Fundamentos: O equilíbrio homeostático do sistema imune é imprescindível para o controle e evolução do quadro clínico das neoplasias linfoides da pele e dos processos inflamatórios. Dentro desse equilíbrio imunológico, a função das células T reguladoras é controverso tanto nos casos de micose fungoide quanto nas dermatoses inflamatórias que são os principais diagnósticos diferenciais. O anti-FOXP3 é o imunomarcador mais específico para as células T reguladoras. Objetivo: Identificar e quantificar a presença de células T reguladoras através do marcador imunoistoquímico anti-FOXP3 em cortes histológicos de casos de micose fungoide em fases clínicas iniciais, e comparar com a presença ou não do mesmo marcador em casos de psoríase vulgar, dermatite eczematosa e líquen plano. Métodos: Foram estudadas 77 biópsias de 64 pacientes, sendo 30 casos de micose fungoide e 34 de dermatoses inflamatórias, consultados entre 1999 a 2014 no arquivo do serviço de Patologia da Faculdade de Medicina de Botucatu - Universidade Estadual Paulista. As biópsias foram revistas e seus resultados imunoistoquímicos comparados de acordo com as categorias entre grupo de casos e grupo controle. Resultados: A classificação do escore epidérmico para o imunomarcador FOXP3 foi significativamente menor na micose fungoide que nas dermatoses inflamatórias (p<0,001). A principal discrepância ocorreu com o líquen plano, no qual 90% foram FOXP3+ em mais de 50% dos linfócitos intraepidérmicos, enquanto que apenas 10% dos casos de micose fungoide alcançaram esses níveis de positividade. Conclusões: Embora a maioria dos diagnósticos das lesões iniciais de micose fungoide dependam principalmente da correlação clínica-histopatológica, a diferença estatisticamente significante da proporção de FOXP3+ intraepidérmico comparando-se com as dermatoses inflamatórias permite a inclusão desse imunomarcador no painel imunoistoquímico para o... / Abstract: Background: The homeostatic balance of the immune system is essential for clinical evolution and control of cutaneous lymphoid neoplasias and inflammatory diseases. Regarding immunological balance the role of regulatory T cells remain unclear either in mycosis fungoides or their clinical differential diagnosis like inflammatory dermatosis. Anti- FOXP3 antibody is the most specific marker of regulatory T cells. Objective: To determine and quantify regulatory T cells using anti-FOXP3 antibody in histopathological samples of early lesions of mycosis fungoides and compare it with psoriasis vulgaris, eczematous dermatitis and lichen planus by a scoring system for FOXP3 expression. Methods: Data from 77 biopsies from 64 patients, 30 cases corresponding to mycosis fungoides and 34 to inflammatory dermatosis, observed between 1999 and 2014 at the Department of Patholgy at Botucatu Medical School - Sao Paulo State University. Biopsies were reviewed and the FOXP3 labeled cells results compared according to cases or control group. Results: Intraepidermal FOXP3 positivity was significantly lower in mycosis fungoides than inflammatory dermatosis (p<0,001). Especially significant was that 90% of lichen planus cases resulted in 50% or more of epidermal lymphocytes scored FOXP3+ whereas only 10% of mycosis fungoides group have reached this level. Conclusions: Despite the majority of early lesions of mycosis fungoides diagnosis depend mainly on clinical and histopathological correlation, the statistical significance of intraepidermal FOXP3 positivity comparing with inflammatory dermatosis allow us to include this antibody to help defining the diagnosis or giving support to suspect cases morfologically dubious of mycosis fungoides / Doutor

Identifica y valida polimorfismos de nucleótidos únicos (SNP) en tres genes, dos de los cuales codifican para proteínas funcionales (EDAR y HOXC13) y uno para proteína estructural (KRT31) en fibra y, evalúa su posible asociación con el diámetro de fibra de alpaca. Un total de 96 alpacas reproductoras no emparentadas fueron elegidas a partir de la evaluación fenotípica mediante los principales indicadores raciales y textiles de un total de 800 alpacas. El análisis de diversidad genética basada en genotipificación de 10 microsatelites (YWLL08, YWLL29, YWLL36, YWLL40, YWLL44, LCA05, LCA08, LCA19, LCA37, LCA66) reporta un total de 128 alelos con niveles de variabilidad genética elevada y baja consanguinidad (HE>0.68, FIS0.3), los genes EDAR y KRT31 mostraron niveles de consanguinidad baja (FIS<0.02) en contraste con el gen HOXC13 (FIS = 0.108). Un análisis de asociación genética entre marcadores SNP de los genes EDAR, HOXC13, KRT31 y diámetro de fibra mediante regresión múltiple bajo modelo aditivo indican que no se detectó asociación con dicho carácter. / Tesis

Os microssatélites ou Short Tandem Repeats (STRs) são marcadores moleculares que caracterizam-se por altos níveis de heterozigozidade, dispersão uniforme, alto nível de reprodutividade, codominância e possibilidade de genotipagem por métodos rápidos e simples. Devido a estas características, estes marcadores têm sido amplamente utilizados em genética de populações, estudos evolutivos e análises forenses. Na presente tese, foram utilizados STRs autossômicos e de cromossomos sexuais (X e Y) para a avaliação da estrutura genética da população do Rio Grande do Sul (RS). Grupos ameríndios brasileiros foram também investigados, como uma das populações parentais importantes para a formação da atual população do RS. Para tanto, foram avaliados os sistemas D2S1338, D3S1358, D5S818, D7S820, D8S1179, D13S317, D16S539, D18S51, D19S433, D21S11, FGA, vWA, CSF1PO, TPOX e TH01 (autossômicos); DXS9895, DXS7132, DXS6800, DXS9898, DXS6789, DXS7133, DXS7130, HPRTB, GATA31E08, DXS7423 e DXS10011 (do cromossomo X) e DYS19, DYS389I/II, DYS390, DYS391, DYS392, DYS393, DYS437, DYS438, DYS439, e DYS385 (do cromossomo Y). As amostras utilizadas foram amplificadas através da técnica de reação em cadeia da polimerase, a partir de primers com fluorórofos incorporados. Os produtos de amplificação foram posteriormente determinados por intermédio de separação em eletroforese capilar. Os resultados obtidos a partir de STRs autossômicos demonstraram a ausência de subestruturação quando a população do Rio Grande do Sul foi comparada com populações 6 de outras regiões do país. As análises de mistura racial exibiram um padrão caracterizado pela predominância da contribuição européia, seguida por ameríndia e africana. As estimativas de miscigenação por regiões do Estado revelaram que a porção oeste do Rio Grande do Sul exibiu os maiores níveis de contribuição ameríndia, se comparados com o restante do Estado. As análises de relacionamento genético, obtidas a partir de dados produzidos na presente tese e também de outras populações, demonstraram que a população do Rio Grande do Sul apresenta maior proximidade genética com a Argentina do que com alguns Estados brasileiros. Em relação às análises realizadas a partir de microssatélites do cromossomo Y, nossos resultados, corroborando estudos prévios, demonstraram uma forte predominância da contribuição européia para a população do Estado, seguida por níveis insignificantes de contribuição africana e ausência de contribuição ameríndia. Os resultados obtidos por intermédio dos marcadores de cromossomo X, para amostras do Rio Grande do Sul e de um pool de amostras de ameríndios, revelaram maiores níveis de desequilíbrio de ligação para o grupo ameríndio, sendo provavelmente reflexos da estruturação populacional relacionada à ação de gargalo de garrafa e à deriva genética. Os níveis de desequilíbrio de ligação encontrados para a amostra sulina foram de menor intensidade, e provavelmente correlacionados à miscigenação. Outrossim, as análises realizadas a partir destes marcadores demonstraram ainda uma maior proximidade das distribuições alélicas da amostra do Rio Grande do Sul com populações européias; enquanto que, para o grupo ameríndio, os resultados revelaram uma maior similaridade com as populações asiáticas. Os dados obtidos na presente Tese confirmam alguns resultados encontrados a partir de análises com outras populações brasileiras, mas também trazem novas informações, que devem ser investigadas em outras amostras populacionais, a fim de que se estabeleça o seu real significado. / Microsatelites or Short Tandem Repeats (STR) are molecular markers characterized by high levels of heterozygozity, uniform dispersal among the human genome, codominance and possibility of genotyping by fast and simple laboratory methods. Due to these characteristics, these markers have been widely used in population genetics, evolution studies and forensic genetics. In the present work, we used autosomes, as well as X-STRs and Y-STRs, to evaluate the genetic structure of the Rio Grande do Sul (RS) population. Amerindian groups were also investigated, due to their importance, as a parental group, for the formation of the present RS population. For this purpose, markers D2S1338, D3S1358, D5S818, D7S820, D8S1179, D13S317, D16S539, D18S51, D19S433, D21S11, FGA, vWA, CSF1PO, TPOX and TH01 (autosomic); DXS9895, DXS7132, DXS6800, DXS9898, DXS6789, DXS7133, DXS7130, HPRTB, GATA31E08, DXS7423 and DXS10011 (from the X chromosome) and DYS19, DYS389I/II, DYS390, DYS391, DYS392, DYS393, DYS437, DYS438, DYS439, and DYS385 (from the Y chromosome ) were used. The samples were amplified by PCR with fluorescent primers, and the PCR products were then analyzed by capillary electrophoresis. Regarding the autosomic STR results, no substructuring was observed between Rio Grande do Sul and other Brazilian regions. The admixture analysis revealed a pattern characterized by the predominance of European, followed by Amerindian and African contributions. The admixture estimates from the western region of Rio Grande do Sul 8 showed a higher Amerindian contribution, if compared with the rest of the state. Genetic relationship analyses, undertaken from the comparisons of the data obtained herein and from other populations, demonstrated that Rio Grande do Sul inhabitants are genetically closer to Argentineans than to other Brazilians. The Y-STR analysis, as in previous studies, showed a higher predominance of European contribution for the patrilineages from Rio Grande do Sul, followed by negligible levels of African contribution and absence of Amerindian contribution. The X-STR results, obtained for a sample from Rio Grande do Sul and another composed by a pool of Amerindian tribes, revealed higher levels of linkage disequilibrium for the latter, probably determined by population structure, derived from bottleneck events and random genetic drift. The levels of linkage disequilibrium found for the RS sample are probably determined by admixture events. Moreover, the X-STR analysis demonstrated a higher proximity from the allelic distributions of the RS population with European populations; whereas, for the Amerindians, our results revealed a closer similarity with the allelic distributions of Asian populations, as expected. The data obtained in the present work corroborate previous results found in other Brazilian populations. However, they also bring new information, which should be investigated in other samples, to verify its real significance.

Orientador: Josineudson Augusto II Vasconcelos Silva / Banca: Rusbel Raul Aspilcueta Borquis / Banca: Henrique Nunes de Oliveira / Resumo: A alimentação é o componente mais dispendioso e relevante na produção de bovinos de corte. Com a necessidade de tornar a bovinocultura de corte mais rentável e sustentável, características de eficiência alimentar ganharam importância, entretanto, apresentam dificuldades pela onerosa obtenção da informação. A característica relacionada a eficiência alimentar e com mais estudos na última década, consumo alimentar residual (CAR), possui independência fenotípica de características de crescimento e de produção. O avanço na utilização da tecnologia de marcadores moleculares, como os SNPs, possibilitou o uso de novas ferramentas genômicas. Neste sentindo, é de interesse econômico e científico investigar mecanismos genéticos e biológicos que influenciam o CAR. O objetivo do estudo foi identificar regiões genômicas associadas ao CAR, avaliar diferenças genômicas em grupos contrastantes de animais, além de estimar os efeitos da substituição alélica de SNP que apresentem diferentes frequências alélicas em bovinos Nelore (Bos indicus). Foram utilizadas informações fenotípicas de 946 animais participantes do teste de eficiência alimentar nos anos de 2010 a 2017, com informação de genótipos de 956 animais. O modelo abordado para predição dos valores genéticos foi o WssGBLUP/S2, e a cada iteração foram reestimados efeitos de SNPs a partir de valores genético genômico (GEBVs). Foram encontradas oito regiões explicando variância genética total acima de 1%, totalizando 12,25% da variância gené... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Feeding is the most expensive and relevant component in the production of beef cattle. With the need to make beef cattle production more profitable and sustainable, feed efficiency traits have gained importance, however, they present difficulties due to the onerous obtaining of the information. The trait related to feed efficiency and with more studies in the last decade, residual feed intake (RFI), has phenotypic independence of growth and production traits. Advances in the use of molecular marker technology, such as SNPs, provide new genomic tools. In this sense, it is of economic and scientific interest to investigate genetic and biological mechanisms that influence RFI. The objective of the study was to identify genomic regions associated with RFI, and in contrasting groups of animals, to evaluate genomic differences and to estimate the effects of allelic substitution of SNPs that present different allelic frequencies in Nelore (Bos indicus) cattle. Phenotypic information from 946 animals participating in the feed efficiency test was used from 2010 to 2017, with information on 956 animals genotypes. The model addressed for prediction of genetic values was the WssGBLUP/S2, and at each iteration were re-estimated effects of SNPs from genomic genetic values (GEBVs). Eight regions were found explaining over 1% of the total genetic variance, and accounting for 12.25% of the total genetic variance of the RFI, located on chromosomes 5, 6, 9, 11, 14, 17 and 27, with 71 genes iden... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Los seres humanos compartimos 99,7% de nuestro ADN, sin embargo, las poblaciones humanas se caracterizan por ser diversas. Tanto la diversidad cultural como la diversidad biológica son el resultado de las estrategias adaptativas de las poblaciones frente a diferentes condiciones ambientales a las que fueron y son expuestas. Las poblaciones que conforman el territorio americano llegaron al continente en diferentes eventos migratorios, y han protagonizado interacciones socio-culturales, generando diferentes historias, las cuales pueden verse reflejadas en la estructura genética de las poblaciones. El contacto europeo con los nativos americanos (amerindios) causó una disminución drástica de la población nativa, ya que muchos grupos desaparecieron, otros se fusionaron entre sí o con grupos no-nativos, y emergieron las poblaciones latinoamericanas modernas, con tres orígenes ancestrales, el nativo, el europeo y el africano generando de esta manera una gran variabilidad genética en las poblaciones actuales. Los procesos migratorios constituyeron una constante en la historia argentina e influyeron de diversa manera en su conformación generando una estructura genética poblacional única. La provincia de Chaco se encuentra situada en el nordeste argentino, limitando con Formosa, Corrientes, Santa Fé, Santiago del Estero y Salta, además de una pequeña extensión del Paraguay. Enmarcada en el noreste por los ríos Teuco, Bermejo y Paraná, se encuentra situada dentro de la región del Gran Chaco, la cual no fue habitada por humanos hasta hace alrededor de 5000 años, momento a partir del cual fue ocupada por varios pueblos nativos de hábitos recolectores, cazadores y pescadores. Luego de algunos intentos de ocupar el lugar, desde 1872 se asentaron en la provincia de Chaco un grupo de correntinos e inmigrantes italianos, aunque esta provincia no estuvo bajo la efectiva administración hispana ni argentina hasta la fundación del pueblo y colonia de Resistencia en 1875, que marcó así el comienzo de la colonización de la zona que ocupa actualmente la provincia, con el arribo de inmigrantes paraguayos, correntinos, de Europa central y oriental, formando colonias de descendientes europeos que no se repiten con tanta frecuencia en otros lugares de la Argentina. Con respecto a las comunidades nativas, la provincia de Chaco cuenta en la actualidad con una de las mayores poblaciones nativas del país, incluyendo individuos de las comunidades Toba, Wichí y Mocoví. Las poblaciones nativas chaqueñas, al igual que otras poblaciones americanas, han estado sometidas a varios eventos migratorios, de deriva génica, y a otros procesos de cambio en el transcurso del tiempo. Algunas de estas poblaciones estuvieron relativamente aisladas desde el punto de vista geográfico, lo que conlleva a un aislamiento genético. De esta manera los estudios de marcadores moleculares pueden ayudar a comprender qué procesos de cambio han ocurrido en estos pueblos y a conocer el origen y la procedencia geográfica de estos grupos humanos. Las localidades elegidas para el desarrollo de este trabajo difieren geográfica y demográficamente: Resistencia y Misión Nueva Pompeya. Resistencia, al ser la capital de la provincia, se encuentra en continuo contacto con otras poblaciones del interior chaqueño, de Corrientes y de Paraguay; actualmente está formada por, descendientes de criollos, europeos (principalmente italianos) y descendientes de los pueblos nativos (en su mayoría Toba). Mientras que Misión Nueva Pompeya, por su ubicación en el impenetrable Chaqueño y su lejanía con otros poblados, se encuentra en una situación de relativo aislamiento. En la actualidad, la población de Misión Nueva Pompeya está compuesta por criollos, y Wichí. Szibor (2007) afirma que las diferencias en los patrones de distribución alélica de distintos marcadores de cromosoma X puede ser altamente informativa en la comparación de poblaciones que no están estrechamente relacionadas, como lo son las comunidades nativas y la población no nativa de nuestro país. Este autor destaca las características especiales del X y propone los marcadores de este cromosoma como potencialmente eficaces para develar diferencias étnicas. El objetivo general del presente proyecto es describir la estructura genética actual de la población de la provincia de Chaco, mediante la caracterización de polimorfismos genéticos de la región no pseudoautosómica (X-específica) del cromosoma X, e identificar polimorfismos distintivos de las poblaciones nativas chaqueñas que los diferencien de las procedentes de inmigración europea. El material de estudio consistió en ADN aislado a partir de muestras de saliva o sangre periférica. Mediante amplificación por PCR y electroforesis capilar, o electroforesis en geles de poliacrilamida o agarosa, se obtuvo para cada individuo analizado su constitución genética para los X-STR, X-Indel y X-SNP utilizados. Los polimorfismos de los marcadores del cromosoma X analizados en este trabajo mostraron una mayor variabilidad en las poblaciones criollas de Misión N. Pompeya y Resistencia, a diferencia de las poblaciones nativas. Indicando procesos de inmigración y miscegenación en ambas poblaciones. La variación observada en las dos poblaciones criollas son similares, indicando un origen similar en sus comienzos por inmigrantes europeos, principalmente italianos según datos históricos. La población nativa Wichí mostró una baja variación genética y elevados valores de homocigosis, indicando un claro proceso de endogamia y de deriva genética. Presentó además una gran diferenciación con las poblaciones criollas, principalmente con Resistencia, probablemente debido a la ubicación geográfica de ambas poblaciones y a diferencias culturales. De las poblaciones nativas, la población Mocoví fue la que presentó menor diferenciación con las poblaciones criollas, muy probablemente debido al flujo génico que estaría sucediendo entre la población nativa y los grupos criollos. Los marcadores: MID3754, rs4825889, rs149910, y rs1937193 pueden ser de utilidad para diferenciar a las poblaciones nativas, y las variantes= 0, G, T, A serían distintivas en estas poblaciones ya que se observaron frecuencias más elevadas, a diferencia de las poblaciones criollas. Se concluye que las poblaciones nativas y criollas analizadas en este trabajo están atravesando diferentes procesos poblacionales que se ven reflejados en determinados polimorfismos genéticos del cromosoma X. Los marcadores del cromosoma X mostraron ser herramientas de gran utilidad para relacionar la variación genética con las diferencias culturales y la ubicación geográfica de las distintas comunidades que habitan actualmente la provincia de Chaco.

Memoria para optar al Título Profesional de: Ingeniero Agrónomo Mención: Producción Animal / El mejillón chileno o “chorito” Mytilus chilensis (Hupe, 1854) es una especie de importancia comercial que se distribuye desde Arauco (37° 14` 44.8`` S; 73° 18` 59.99`` W) a Punta Arenas (53 º09` 16.12`` S; 70º 54` 59.31`` W). A pesar de que es uno de los recursos más prometedores en acuicultura, la información sobre su diversidad genética y estructura de los stocks disponibles es limitada. La diversidad genética en este estudio fue estimada usando cinco loci microsatélites en cuatro localidades de la región de Los Lagos y una localidad en la región de Magallanes y la Antártica Chilena, junto con una muestra comercial de referencia de Mytilus galloprovincialis obtenida en Galicia, España. Previamente fue identificado género y especie de las muestras analizadas, mediante los marcadores MusRFLP y Me 15-16 RFLP respectivamente. Se obtuvo en la identificación de especie, junto a individuos Mytilus chilensis, posibles individuos híbridos de Mytilus chilensis x Mytilus trossulus y Mytilus chilensis x Mytilus galloprovincialis, lo que podría demostrar la presencia de más de un taxón en las costas del país. En relación con la estructura poblacional el Análisis factorial de correspondencia (AFC) muestra la localidad Galicia (GA) separada del resto de las localidades, corroborando que estas muestras pertenecen a una población que tiene un acervo genético distinto a las localidades Chilenas. El valor de FST global fue de 0,075 (7,5% de variación inter poblacional) indicando la baja diferenciación genética que hay en la zona bajo estudio en el Sur de Chile, pero significativamente distinta de cero sugiriendo que existe una estructura genética detectable. / The Chilean blue mussel or “chorito” Mytilus chilensis (Hupe, 1854) is a comercial importance specie that is distributed from Arauco (37° 14` 44.8`` S; 73° 18` 59.99`` W) to Punta Arenas (53 º09` 16.12`` S; 70º 54` 59.31`` W). Although it is one of the most promising resources for aquaculture the information about their genetic diversity and population structure of stocks is limited. Genetic diversity in this study was estimated using five microsatellite loci in four locations in the region of Los Lagos and one locality in the region of Magallanes y Antártica chilena along with a commercial reference sample of Mytilus galloprovinciallis obtained from Galicia, Spain. It was previously identified genus and species of the samples analyzed by the MusRFLP and ME 15 – ME 16 RFLP markers, respectively. In the identification of species along with individuals Mytilus chilensis, we detected possible hybrid individuals of Mytilus chilensis x Mytilus trossulus and Mytilus chilensis x Mytilus galloprovincialis, which is a strong evidence of the presence of more than one taxon on the Chilean coast. For population structure the Correspondency Factorial Analysis (CFA) shows the location Galicia (GA) separately from other Chilean locations, confirming that these samples belong to a population with a very different gene pool from Chilean locations. The overall FST value was 0.075 (7.5% of inter population variation) indicating low genetic differentiation is in the area under study in southern Chile, but significantly different from zero suggesting a detectable genetic structure.

Os microssatélites ou Short Tandem Repeats (STRs) são marcadores moleculares que caracterizam-se por altos níveis de heterozigozidade, dispersão uniforme, alto nível de reprodutividade, codominância e possibilidade de genotipagem por métodos rápidos e simples. Devido a estas características, estes marcadores têm sido amplamente utilizados em genética de populações, estudos evolutivos e análises forenses. Na presente tese, foram utilizados STRs autossômicos e de cromossomos sexuais (X e Y) para a avaliação da estrutura genética da população do Rio Grande do Sul (RS). Grupos ameríndios brasileiros foram também investigados, como uma das populações parentais importantes para a formação da atual população do RS. Para tanto, foram avaliados os sistemas D2S1338, D3S1358, D5S818, D7S820, D8S1179, D13S317, D16S539, D18S51, D19S433, D21S11, FGA, vWA, CSF1PO, TPOX e TH01 (autossômicos); DXS9895, DXS7132, DXS6800, DXS9898, DXS6789, DXS7133, DXS7130, HPRTB, GATA31E08, DXS7423 e DXS10011 (do cromossomo X) e DYS19, DYS389I/II, DYS390, DYS391, DYS392, DYS393, DYS437, DYS438, DYS439, e DYS385 (do cromossomo Y). As amostras utilizadas foram amplificadas através da técnica de reação em cadeia da polimerase, a partir de primers com fluorórofos incorporados. Os produtos de amplificação foram posteriormente determinados por intermédio de separação em eletroforese capilar. Os resultados obtidos a partir de STRs autossômicos demonstraram a ausência de subestruturação quando a população do Rio Grande do Sul foi comparada com populações 6 de outras regiões do país. As análises de mistura racial exibiram um padrão caracterizado pela predominância da contribuição européia, seguida por ameríndia e africana. As estimativas de miscigenação por regiões do Estado revelaram que a porção oeste do Rio Grande do Sul exibiu os maiores níveis de contribuição ameríndia, se comparados com o restante do Estado. As análises de relacionamento genético, obtidas a partir de dados produzidos na presente tese e também de outras populações, demonstraram que a população do Rio Grande do Sul apresenta maior proximidade genética com a Argentina do que com alguns Estados brasileiros. Em relação às análises realizadas a partir de microssatélites do cromossomo Y, nossos resultados, corroborando estudos prévios, demonstraram uma forte predominância da contribuição européia para a população do Estado, seguida por níveis insignificantes de contribuição africana e ausência de contribuição ameríndia. Os resultados obtidos por intermédio dos marcadores de cromossomo X, para amostras do Rio Grande do Sul e de um pool de amostras de ameríndios, revelaram maiores níveis de desequilíbrio de ligação para o grupo ameríndio, sendo provavelmente reflexos da estruturação populacional relacionada à ação de gargalo de garrafa e à deriva genética. Os níveis de desequilíbrio de ligação encontrados para a amostra sulina foram de menor intensidade, e provavelmente correlacionados à miscigenação. Outrossim, as análises realizadas a partir destes marcadores demonstraram ainda uma maior proximidade das distribuições alélicas da amostra do Rio Grande do Sul com populações européias; enquanto que, para o grupo ameríndio, os resultados revelaram uma maior similaridade com as populações asiáticas. Os dados obtidos na presente Tese confirmam alguns resultados encontrados a partir de análises com outras populações brasileiras, mas também trazem novas informações, que devem ser investigadas em outras amostras populacionais, a fim de que se estabeleça o seu real significado. / Microsatelites or Short Tandem Repeats (STR) are molecular markers characterized by high levels of heterozygozity, uniform dispersal among the human genome, codominance and possibility of genotyping by fast and simple laboratory methods. Due to these characteristics, these markers have been widely used in population genetics, evolution studies and forensic genetics. In the present work, we used autosomes, as well as X-STRs and Y-STRs, to evaluate the genetic structure of the Rio Grande do Sul (RS) population. Amerindian groups were also investigated, due to their importance, as a parental group, for the formation of the present RS population. For this purpose, markers D2S1338, D3S1358, D5S818, D7S820, D8S1179, D13S317, D16S539, D18S51, D19S433, D21S11, FGA, vWA, CSF1PO, TPOX and TH01 (autosomic); DXS9895, DXS7132, DXS6800, DXS9898, DXS6789, DXS7133, DXS7130, HPRTB, GATA31E08, DXS7423 and DXS10011 (from the X chromosome) and DYS19, DYS389I/II, DYS390, DYS391, DYS392, DYS393, DYS437, DYS438, DYS439, and DYS385 (from the Y chromosome ) were used. The samples were amplified by PCR with fluorescent primers, and the PCR products were then analyzed by capillary electrophoresis. Regarding the autosomic STR results, no substructuring was observed between Rio Grande do Sul and other Brazilian regions. The admixture analysis revealed a pattern characterized by the predominance of European, followed by Amerindian and African contributions. The admixture estimates from the western region of Rio Grande do Sul 8 showed a higher Amerindian contribution, if compared with the rest of the state. Genetic relationship analyses, undertaken from the comparisons of the data obtained herein and from other populations, demonstrated that Rio Grande do Sul inhabitants are genetically closer to Argentineans than to other Brazilians. The Y-STR analysis, as in previous studies, showed a higher predominance of European contribution for the patrilineages from Rio Grande do Sul, followed by negligible levels of African contribution and absence of Amerindian contribution. The X-STR results, obtained for a sample from Rio Grande do Sul and another composed by a pool of Amerindian tribes, revealed higher levels of linkage disequilibrium for the latter, probably determined by population structure, derived from bottleneck events and random genetic drift. The levels of linkage disequilibrium found for the RS sample are probably determined by admixture events. Moreover, the X-STR analysis demonstrated a higher proximity from the allelic distributions of the RS population with European populations; whereas, for the Amerindians, our results revealed a closer similarity with the allelic distributions of Asian populations, as expected. The data obtained in the present work corroborate previous results found in other Brazilian populations. However, they also bring new information, which should be investigated in other samples, to verify its real significance.