Resumo não disponível

Introdução. A rejeição aguda (RA) permanece entre as principais causas de perda de enxertos renais. A disponibilidade de biomarcadores prognósticos de RA no período pré-transplante poderia ser útil na individualização do tratamento destes pacientes. Neste estudo avaliamos o potencial da mensuração do RNA mensageiro de diferentes genes envolvidos na resposta alogênica como biomarcadores prognósticos pré-transplante. Material. Foram coletadas amostras pré-transplante de 51 pacientes que receberam enxertos renais entre 2008 a 2009. Realizou-se a mensuração da expressão do mRNA dos genes TIM3, FOXP3, Perforina, CXCL-9, CXCL-10 e Granulisina, em células mononucleares do sangue periférico através da técnica de PCR em tempo real. Os resultados da expressão gênica foram correlacionados com a ocorrência de RA, presença de infecções virais e bacterianas em até 1 ano e com a função do enxerto renal aos 1, 6 e 12 meses pós-transplante. Resultados. Os genes TIM3, FOXP3, Perforina e CXCL-9, não apresentaram significância estatística nos grupos que apresentaram ou não episódios de rejeição aguda. A expressão gênica de CXCL-10 e Granulisina foi significativamente menor no grupo que apresentou rejeição aguda (P<0,05). Não houve diferença significativa na correlação entre pacientes que desenvolveram infecção viral ou bacteriana no pós-transplante renal. O mesmo resultado foi encontrado na avaliação da função renal do enxerto. Conclusão. A análise da expressão dos genes avaliados neste estudo no momento prévio ao transplante renal não foi preditor da ocorrência de rejeição aguda, infecções virais ou bacterianas ou da função do enxerto até um ano pós-transplante. / Background. Acute rejection (AR) remains a significant risk factor for kidney-graft failure. Availability of AR prognostic biomarkers during pre-transplant could be helpful to individualize patient´s immunosuppressive treatment. In this study we evaluated the measurement of RNA messenger of different genes involved in the allogeneic response as potential biomarkers of kidney graft rejection. Methods. Pre-transplant samples were obtained from 51 kidney-grafted patients between 2008 and 2009. Expression of the messenger RNA from peripheral blood mononuclear cells of the TIM3, FOXP3, Perforin, CXCL-9, CXCL-10, and Granulisine genes was measured by real-time PCR technique. Gene expression results were associated with AR occurrence, the presence of bacterial and viral infections up to one year after grafting , and with kidney-graft function at 1, 6, and 12 months. Results. Expression of the TIM3, FOXP3, Perforin and CXCL-9 genes were not correlated with episodes of acute rejection. CXCL-10 and Granulisine gene expressions were significantly lower in the group that presented acute rejection (P<0.05). No significant differences in mRNA expression were observed in patients with infections after kidney transplantation and kidney graft function was not correlated with gene expression. Conclusions. As evaluated in the present study pre-transplant gene expression profiles were not predictive of acute rejection, infection or graft function.

Os marcadores genéticos denominados short tandem repeats (STR) são amplamente utilizados na identificação humana, tanto aqueles localizados nos cromossomos autossômicos como os encontrados no cromossomo Y. Durante a última década, muitas pesquisas demonstraram a existência de vários polimorfismos no cromossomo Y. O objetivo deste estudo foi caracterizar, na população regional, os diferentes haplótipos utilizando 12 loci (DYS19, DYS385a, DYS385b, DYS389I, DYS389II, DYS390, DYS391, DYS392, DYS393, DYS437, DYS438 e DYS439) e determinar as taxas de diversidade haplotípica e poder de identificação individual. A população testada foi composta por 162 pares de pais/filhos do sexo masculino. O DNA foi isolado a partir de sangue periférico, utilizando o kit comercial Wizard® Genomic DNA Purification Kit (Promega). As regiões de interesse foram amplificadas pela PCR multiplex com oligonucleotídeos marcados com fluorescência e os produtos analisados por eletroforese capilar no analisador genético ABI 3100 (Applied Biosystems). Na amostra analisada, 151 haplótipos distintos foram encontrados, onde os dois haplótipos mais comuns apresentaram freqüências de 0,0265 e 0,0199, respectivamente. Outros 6 haplótipos distintos apresentaram freqüência de 0,0132 e a freqüência dos outros 143 haplótipos foi 0,0066 (1 ocorrência cada). Os resultados obtidos permitiram ainda a determinação de um valor de diversidade haplotípica de 0,9982 e um poder de discriminação individual de 0,9321. Além disso, após a determinação destas freqüências e das taxas estudadas foi possível comprovar que a utilização desses marcadores apresenta um alto poder de discriminação na correta identificação de indivíduos, tanto em casos de paternidade como na área forense. / The genetic markers named short tandem repeats (STR) are largely employed in human identification, those located on autosomal chromosomes as well as on Y-chromosome. During the last decade, several studies showed the occurrence of various polymorphisms on Y-chromosome. The aim of this study was to identify distinct haplotypes using 12 loci (DYS19, DYS385a, DYS385b, DYS389I, DYS389II, DYS390, DYS391, DYS392, DYS393, DYS437, DYS438 and DYS439) and to determine haplotype diversity rates and individual identification power. Tested population was composed by 162 pairs father-male sib. DNA was isolated from peripheral blood, using the Wizard® Genomic DNA Purification Kit (Promega). Regions of interest were amplified by multiplex PCR with fluorescent primer and products were analyzed by capillary electrophoresis in the genetic analyzer ABI 3100 (Applied Biosystems). In the tested population, 151 distinct haplotypes were found, where frequencies of two common haplotypes were established to be 0.0265 and 0.0199, respectively. Individual frequencies of other 6 haplotypes were 0.0132 and frequency of the remaining 143 were 0.0066 (1 event each). Obtained results also allowed to determine haplotype diversity value of 0.9982 and individual discrimination power of 0.9321. Finally, results of this study indicate that application of these markers is responsible for a high discrimination power in individual identification on both paternity and forensic cases.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-06-02T12:12:15Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 817945 bytes, checksum: 6059141ae362003700d54ee3a0e7bb21 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-02T12:12:15Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 817945 bytes, checksum: 6059141ae362003700d54ee3a0e7bb21 (MD5) Previous issue date: 2004-03-29 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / A avaliação de cultivares e a identificação de mega-ambientes são os objetivos mais importantes em ensaios de avaliação de cultivares. Com este propósito foram avaliados, nas safras 1998/1999 e 1999/2000, os dados de produtividade de milho precoce do Ensaio Nacional no Estado de Minas Gerais, objetivando não apenas o conhecimento do desempenho dos cultivares comerciais e pré-comerciais, mas, principalmente, avaliar por meio da comparação das metodologias multivariadas AMMI (Additive Main Effects and Multiplicative Interaction) e SREG (Sites Regression) de análise de interação genótipos x ambientes. Estas metodologias também possuem propriedades de estratificação de ambientes e de avaliação de adaptabilidade. Realizou-se comparação com outras metodologias tradicionais e com metodologia multivariada recém-proposta por Murakami (2001), com base na análise de fatores. O desempenho dos cultivares foi analisado mediante a utilização de análises de variância, metodologias de adaptabilidade e estabilidade. As análises AMMI e SREG apresentaram como vantagens o fato de explicarem uma maior parcela das soma de quadrados da interação G x A e possibilitar uma fácil interpretação gráfica dos resultados da análise estatística. Apesar de possuírem propriedades metodológicas de análise semelhantes, os resultados diferiram, na maioria das vezes, entre as análises AMMI e SREG. A análise SREG por incorporar o efeito de genótipo e por este na maioria dos casos estar altamente correlacionado com os escores do primeiro componente principal, possui a vantagem de permitir a avaliação gráfica direta do efeito de genótipo. O desenho de setores no biplot apresentado por Yan et al. (2000) e a análise SREG identificam com melhor propriedade a existência de mega-ambientes graficamente, prestando-se ao zoneamento agronômico. Como limitações das análises AMMI e SREG podem-se citar o requisito de dados balanceados, a explicação de apenas uma pequena porção da total da soma de quadrados G ou G + G x A, respectivamente, e a perda da medida de incerteza, pois não permitem o cálculo de uma hipótese em particular. A metodologia para estratificação de ambientes com base na técnica multivariada de análise de fatores mostrou-se eficiente em reunir locais pela similaridade de desempenho dos cultivares. Os agrupamentos de ambientes formados pela estratificação ambiental e a capacidade de discriminação de genótipos foram em parte coincidentes pelas metodologias utilizadas na avaliação dos dados. Dadas as condições de realização dos ensaios, alguns cultivares se destacaram por sua produtividade média, por seus resultados nas análises de estabilidade e pela adaptabilidade. Na safra 1998/1999, os genótipos P 30F33 e P 3041 se notabilizaram pelas suas produtividades e estabilidade através dos ambientes de avaliação. Na safra 1999/2000, o destaque foi o genótipo 98 HS 16B. Os ambientes Patos de Minas 2 e Uberlândia 2 de destacaram pela coincidência no agrupamento pela unanimidade das metodologias utilizadas, levando a inferir o forte caráter de homogeneidade edafoclimática pela proximidade geográfica, altitudes semelhantes e de localização nos Cerrados. Também a homogeneidade de manejo agrícola, praticada para estes dois ambientes, teve importância. As análises AMMI e SREG apresentaram propriedades importantes e adequadas ao estudo da interação genótipo x ambientes, sendo recomendadas suas utilizações pelos melhoristas de plantas. / The evaluation and identification of mega-environments are the major objectives in cultivar evaluation trials. Thus, the Minas Gerais National Trials data on early maize productivity were evaluated during 1998/1999 and 1999/2000, aiming not only to understand the performance of commercial and pre-commercial cultivars but especially to evaluate them by comparing the multivariate AMMI methodologies (Additive Main Effects and Multiplicative Interaction) and SREG (Sites Regression) of genotype x environments interaction analysis. Such methodologies also have environment stratification and adaptability evaluation properties. Comparison was made to other traditional methodologies and to the multivariate methodology recently proposed by Murakami (2001), based on factor analysis.Cultivar performance was analyzed by using variance analyses, and adaptability and stability methodologies. The AMMI and SREG analyses had the advantages of explaining a greater portion of the square sum of G x A interaction and allowing an easy graphic interpretation of the statistical analysis results. Despite having similar analysis methodological properties, the AMMI and SREG analyses xresults differed most of the times; the latter for incorporating the genotype effect and since, in most cases, it is highly correlated with the scores of the principal first component, having the advantages of allowing the direct graphic evaluation of the genotype effect. The sector design in the biplot presented by Yan et al. (2000) and the SREG analysis could better identify the existence of mega- environments graphically, being suitable for agronomical zoning. The AMMI and SREG analyses presented the following disadvantages: the requirement of balanced data, the explanation of only a small portion of the total sum of the squares G or G + G x A, respectively, and loss of uncertainty measurement, since it did not allow the calculation of a hypothesis in particular. The methodology applied for environment stratification based on factor analysis multivariate technique was found to be efficient in grouping locations based on cultivar performance similarity. The environment groupings formed by environmental stratification and genotype discrimination capacity coincided in part with the methodologies applied to data evaluation. Given the assay performance conditions, some cultivars stood out for their average productivity and stability and adaptability analysis results.In the 1998/1999 harvests, the genotypes P 30F33 and P 3041 presented outstanding productivities and stability in the evaluated environments. In the1999/2000 harvest, the genotype 98 HS 16B was the most outstanding. The environments Patos de Minas 2 and Uberlândia 2 stood out for coinciding in the grouping for unanimous methodology application, leading to infer the strong character of edaphoclimatic homogeneity due to geographic proximity, similar altitudes and locations in the cerrados. Homogeneity of the agricultural management practiced in these two environments was also important. The AMMI and SREG analyses presented important properties adequate to the study of genotype x environment interaction, their application being thus recommended by plant breeders.

Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2018-01-15T16:24:47Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 962345 bytes, checksum: 5a6d6072db690a2bf84a5142262e8313 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-01-15T16:24:47Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 962345 bytes, checksum: 5a6d6072db690a2bf84a5142262e8313 (MD5) Previous issue date: 2017-07-31 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / A presença de variabilidade genética associada a estratégias mais eficientes de seleção são imprescindíveis para se obter sucesso nos programas de melhoramento. Nesse sentido, o uso de marcadores moleculares em estudos de diversidade, bem como a seleção baseada em dados fenotípicos por meio do uso de procedimentos genético-estatísticos mais refinados têm se mostrado ferramentas úteis nos programas de melhoramento. Além disso, com o avanço das plataformas de NGS (Next Generation Sequencing), um novo método de seleção, que visa utilizar dados fenótipos e moleculares, denominado Seleção Genômica Ampla foi proposto. O objetivo do trabalho foi identificar marcadores SNP (Single Nucleotide Polymorphism) e validá-los em estudos de diversidade genética; estimar os parâmetros genéticos e os ganhos com a seleção utilizando a metodologia de modelos mistos (REML/BLUP); aplicar o princípio da GWS (Genome Wide Selection) e avaliar sua eficiência em população de C. canephora. A população em estudo, inicialmente, foi composta por 72 genótipos nos quais os marcadores SNP foram identificados e validados. A seleção fenotípica, por meio do procedimento REML/BLUP, foi realizada em 192 genótipos de cafeeiros. Por fim, a população avaliada por meio da GWS foi composta por 165 genótipos. Utilizando a plataforma de sequenciamento da empresa RAPiD Genomics foram identificados 117.450 SNP em 72 indivíduos de C. canephora. Após análises de qualidade, 33.485 SNP foram selecionados e validados em análises de diversidade e estrutura genética de populações. Os marcadores foram eficientes na avaliação da diversidade e estrutura genética de C. canephora e com base em nessas análises foi possível selecionar possíveis cruzamentos promissores dentro e entre os grupos varietais e Híbridos geneticamente mais distantes. Com base nas análises utilizando o método REML/BLUP foi possível selecionar genótipos Conilon e Robusta promissores por serem geneticamente divergentes pela análise de agrupamento e por proporcionarem ganhos elevados com a seleção. Estes podem ser intercruzados para obter cultivares dentro de cada grupo varietal e/ou como genitores em cruzamentos interpopulacionais. Além disso, foi possível selecionar famílias híbridas que se destacaram nas análises. Estas podem ser testadas em diferentes regiões e as promissoras utilizadas como variedade propagada por semente. As famílias híbridas selecionadas podem também ser intercruzadas (cruzamento intrapopulacional) para avanço da seleção recorrente. Por fim, a GWS mostrou-se ferramenta útil para o melhoramento de C. canephora, por predizer com alta acurácia os valores genéticos genômicos dos indivíduos e possibilitar a redução no tempo necessário para completar o ciclo de seleção, proporcionando ganhos significativos em eficiência seletiva por unidade de tempo. / The presence of genetic variability associated with more efficient selection strategies is essential for success in breeding programs. In this sense, the use of molecular markers in diversity studies, as well as selection based on phenotypic data through the use of more refined genetic-statistical procedures have been shown to be useful tools in breeding programs. In addition, with the advancement of NGS (Next Generation Sequencing) platforms, a new selection method, which aims to use phenotype and molecular data, called the Genome Wide Selection was proposed. The objective of this work was to identify SNP markers (Single Nucleotide Polymorphism) and to validate them in studies of genetic diversity; to estimate genetic parameters and selection gains using the mixed model methodology (REML/BLUP); to apply the principle of GWS (Genome Wide Selection) and to evaluate its efficiency in C. canephora population. The study population was initially composed of 72 genotypes in which the SNP markers were identified and validated. Phenotypic selection, using the REML/BLUP procedure, was performed on 192 coffee genotypes. Finally, the population evaluated through GWS consisted of 165 genotypes. Using the RAPiD Genomics company sequencing platform, 117,450 SNPs were identified in 72 C. canephora individuals. After quality analyzes, 33,485 SNPs were selected and validated in analyzes of diversity and genetic structure of populations. The markers were efficient in evaluating the genetic diversity and structure of C. canephora and based on these analyzes, it was possible to select possible promising crosses within and among the genetically distant varietal and hybrid groups. Based on the analyzes using the REML/BLUP method, it was possible to select promising Conilon and Robusta genotypes because they are genetically divergent by cluster analysis and because they provide high gains with selection. These can be cross-linked to obtain cultivars within each varietal group and/or as parents at interpopulation crossings. In addition, it was possible to select hybrid families that stood out in the analyzes. These can be tested in different regions and the promising ones used as seed propagated variety. Selected hybrid families can also be cross-linked (intrapopulation cross) to advance recurrent selection. Finally, the GWS proved to be a useful tool for the improvement of C. canephora, by accurately predicting the genomic genetic values of the individuals and allowing the reduction in the time needed to complete the selection cycle, providing significant gains in selective efficiency by unit of time.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2016-01-13T08:21:37Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1062061 bytes, checksum: 36720a2028bf76afcba32f3865472cd7 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-01-13T08:21:37Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1062061 bytes, checksum: 36720a2028bf76afcba32f3865472cd7 (MD5) Previous issue date: 2015-10-26 / A principal contribuição da genética molecular no melhoramento é a utilização direta das informações de DNA no processo de identificação de indivíduos geneticamente superiores. Sob esse enfoque, idealizou-se a seleção genômica ampla (Genome Wide Selection – GWS), a qual consiste na análise de um grande número de marcadores SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms) amplamente distribuídos no genoma. Este trabalho de simulação apresenta uma abordagem completa para a seleção genômica por meio de adequados modelos genéticos incluindo efeitos aditivos e devido à dominância, que são essenciais para a seleção de clones e de cruzamentos, bem como para melhorar a estimativa de efeitos aditivos para a seleção. Até o momento, as abordagens via Ridge Bayesiana e Lasso para modelos aditivo-dominante não foram avaliados e comparados na literatura. Neste trabalho, foram avaliados o desempenho de 10 modelos de predição aditivo-dominante (incluindo os modelos existentes e propostas de modificação). Um novo método Bayesiano/Lasso modificado (chamado BayesA* B* ou t-BLASSO) obteve melhor desempenho na estimação de valores genéticos genômicos dos indivíduos, em todos os quatro cenários (dois níveis de herdabilidades × duas arquiteturas genéticas). Os métodos do tipo BayesA*B* apresentaram melhor capacidade para recuperar a razão entre a variância de dominância e a variância aditiva. Além disso, o papel das três fontes de informação da genética quantitativa (chamadas de desequilíbrio de ligação, co-segregação e relações de parentesco) na seleção genômica foram elucidadas pela decomposição da herdabilidade e da acurácia nos três componentes, mostrando suas relações com a estrutura de populações e o melhoramento genético, a curto e longo prazo. Além disso, neste trabalho de simulação também foi desenvolvido dois novos estimadores para a acurácia preditiva da seleção genômica. O trabalho propõe e avalia o desempenho e a eficiência destes novos estimadores chamados estimador regularizado (RE) e estimador híbrido (HE). O estimador regularizado leva em consideração tanto a herdabilidade genômica quanto a herdabilidade da característica, além da capacidade preditiva. Enquanto, o estimador híbrido (HE), combina as acurácias experimental e esperada. As comparações entre RE e HE com o estimador tradicional (TE) foram feitas sob quatro procedimentos de validação. Em geral, RE apresentou acurácias mais próximas aos valores paramétricos, principalmente quando há seleção de marcadores. RE também foi menos tendencioso e mais preciso, com desvios padrão menores do que o estimador tradicional. Diante dos resultados, o TE pode ser usado apenas com a validação independente, em que tende a ter um melhor desempenho do que RE, embora superestimando a acurácia. O estimador híbrido (HE) provou ser muito eficaz na ausência de validação. Enquanto, que a validação independente mostrou-se superior em relação aos procedimentos de Jacknife, perseguindo melhor a acurácia paramétrica com ou sem seleção de marcador. As seguintes inferências podem ser feitas de acordo com o estimador de acurácia e tipo de validação: (i) a acurácia mais provável: HE sem validação; (ii) a maior acurácia possível (acurácia superestimada): TE com validação independente; (iii) a menor acurácia possível (acurácia subestimada): RE com validação independente. / The main contribution of molecular genetics is the direct use of DNA information to identify genetically superior individuals. Under this approach, genome-wide selection (GWS) can be used with this purpose. GWS consists in analyzing of a large number of SNP markers widely distributed in the genome. This simulation work presents a complete approach for genomic selection by using adequate genetic models including dominance effects, which are essential for selecting crosses and clones as well as for improving the estimation of additive effects for parent selection. To date, the approaches via Ridge, Lasso and Bayesian additive-dominance models have not been evaluated and compared in the literature.The performance of 10 additive-dominance prediction models (including current ones and proposed modifications) were evaluated. A new modified Bayesian/Lasso method (called BayesA*B* or t-BLASSO) performed best in the prediction of genomic breeding value of individuals, in all the four scenarios (two heritabilities × two genetic architectures). The BayesA*B*-type methods showed better ability for recovering the dominance variance/additive variance ratio. Also, the role of the three quantitative genetics information sources (called linkage disequilibrium, co- segregation and pedigree relationships) in genomic selection were elucidated by decomposing the heritability and accuracy in the three components and showing their relations with the structure of populations and the genetic improvement in the short and long run. Moreover, this simulation work also, we developed the new estimators for the prediction accuracy of genomic selection. The work proposes and evaluates the performance and efficiency of these new estimators called regularized estimator (RE) and hybrid estimator (HE). The regularized estimator takes in consideration both the genomic and trait heritabilities, in addition to the predictive ability. The hybrid estimator (HE), combines both experimental and expected accuracies. The comparisons of the RE and HE with the traditional (TE) were done under four validation procedures. In general, the new estimator presented accuracies closer to the parametric ones, mainly when selecting markers. It was also less biased and more precise, with smaller standard deviations than the traditional estimator. The TE can be used only with independent validation, where it tends to perform better than RE, although overestimating the accuracy. The hybrid estimator (HE) proved to be very effective in the absence of validation. The independent validation showed to be superior over the Jacknife procedures, chasing better the parametric accuracy with or without marker selection. The following inferences can be made according to the accuracy estimator and kind of validation: (i) most probable accuracy: HE without validation; (ii) highest possible accuracy: TE with independent validation; (iii) lowest possible accuracy: RE with independent validation. / Sem Agência de Fomento

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2016-10-13T18:55:09Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 296742 bytes, checksum: 7ef3064cf1913f8cbb90efeeca8c6daa (MD5) / Made available in DSpace on 2016-10-13T18:55:09Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 296742 bytes, checksum: 7ef3064cf1913f8cbb90efeeca8c6daa (MD5) Previous issue date: 2004-02-17 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / O Banco de Germoplasma de Hortaliças (BGH) da UFV mantém cerca de 870 acessos do gênero Lycopersicon, muitos deles ainda não caracterizados. Este trabalho teve como objetivo realizar a análise morfológica e molecular de acessos de tomateiro (Lycopersicon esculentum Mill.) do BGH, visando melhor caracterizá-los e também identificar possíveis acessos duplicados dentro da coleção. Na caracterização morfológica foram avaliados oito caracteres da morfologia floral em 200 flores de 41 acessos de tomateiro. Para a análise molecular, os mesmos acessos foram caracterizados com 30 primers RAPD e 24 combinações de primers AFLP. A divergência genética foi estudada por meio dos métodos de agrupamento hierárquico do vizinho mais próximo e de otimização de Tocher, e através do método de variáveis canônicas. Foi também determinada a contribuição relativa de cada característica para a divergência entre os acessos. Os acessos apresentaram considerável variabilidade, tanto para os caracteres morfológicos como para os moleculares. No entanto, não houve concordância entre os resultados obtidos pelas duas análises. Pelo método hierárquico do vizinho mais próximo, o acesso 17 foi o mais divergente pela análise morfológica, enquanto que o acesso 16 foi o que mais divergiu dos outros acessos, pela análise molecular. Considerando um limite de distância genética relativa de 35%, os acessos se agruparam em 13 grupos pela análise morfológica e em 26 grupos pela análise molecular. A divergência genética observada entre os acessos de tomateiro foi quantificada pelas quatro primeiras variáveis canônicas, que explicaram 84,88% da variação total. Os caracteres morfológicos, em ordem decrescente de importância para a determinação da divergência genética foram: comprimento de sépalas, comprimento de filete, comprimento de estilete, diâmetro de estigma, comprimento de antera, número de lóculos, comprimento de pétalas e diâmetro de ovário. Não houve relação entre a origem geográfica dos acessos e a sua diversidade genética, considerando a caracterização morfológica e molecular. Os dados indicam que não existe material duplicado entre os acessos caracterizados. / The Universidade Federal de Viçosa Vegetable Germoplasm Bank (VGB) maintains about 870 accesses of the genus Lycopersicon. Many of them have not been characterized yet. This work aimed to analyze at the morphological and molecular levels tomato (Lycopersicon esculentum Mill.) accesses of the VGB, seeking to better characterize them and to identify possible duplicated accesses in the collection. For the morphological characterization eight characters related to the floral morphology in 200 flowers of 41 accesses were determined. For the molecular analysis, the same accesses were characterized with 30 RAPD primers and 24 AFLP primer-combinations. The genetic distances among the accesses were determined and used to group the accesses through various clustering methods. The accesses presented considerable variability, both morphologically and at the molecular level. However, there was no agreement between the results obtained by the two types of analysis. Access number 17 was the most divergent based on the morphological data, while access number 16 was what most divergent by the molecular analysis. Considering a limit of relative genetic distance of 35%, the accesses grouped in 13 groups by the morphological analysis and in 26 groups by the molecular analysis. The genetic divergence observed among the tomato accesses was quantified by the first four cannonical variables, which explained 84.88% of the total variation. The morphological characters, in decreasing order of importance for the determination of the genetic divergence were: length of sepals, filament length, style length, stigma diameter, anther length, locule number, length of petals and ovary diameter. There was no relationship between the geographical origin of the accesses and their genetic diversity, considering both morphological and molecular characterization. The data indicate that material there are no duplicated access among the material analyzed. / Dissertação importada do Alexandria

Made available in DSpace on 2014-07-22T13:55:44Z (GMT). No. of bitstreams: 4 license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) 69302.pdf: 5080490 bytes, checksum: 6533a95ea586dc79d5d55f40c1acbf75 (MD5) 69302.pdf.txt: 270652 bytes, checksum: aa314f0abe59a81155659920ee38b35e (MD5) 69302.pdf.jpg: 1543 bytes, checksum: 321015a65d498c36d9f4066c1d69f85a (MD5) Previous issue date: 2014-05-06 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto de Pesquisa Clínica Evandro Chagas. Rio de Janeiro,RJ, Brasil / A tuberculose (TB) é uma doença multifatorial, onde fatores genéticos do hospedeiro e do Mycobacterium tuberculosis (Mtb), bem como ambientais estão envolvidos. Assim, entre outros fatores, a predisposição genética para desenvolvimento da TB vem sendo estudada. Dessa forma, este estudo teve como objetivo avaliar se os marcadores genéticos e funcionais ligados aos genes do receptor de vitamina D (VDR) (TaqI, FokI, BsmI e ApaI), proteína transportadora da vitamina D (VDBP ou Gc-globulin) (HaeIII e StyI) IFNG+874T/A e NOS2A-954G/C, bem como, níveis séricos de vitamina D em pacientes com TB pulmonar ativa e controles saudáveis (HC), estão associados com a susceptibilidade a TB. Para tanto, polimorfismos dos genes que codificam componentes da via de vitamina D foram testados. Neste estudo avaliamos se polimorfismos dos genes que codificam o receptor da vitamina D (VDR) e Gc-globulin e os níveis séricos de 25(OH)D estariam associados com o desenvolvimento da TB. Foram incluídos 158 pacientes com tuberculose e 148 indivíduos sadios A análise das concentrações de 25(OH)D foi estratificada por níveis de vitamina D e comparados com os genótipos e haplótipos. Em negros, o alelo F (p=0,03, OR=3,26) de FokI demonstrou um papel protetor para TB. De maneira similar, foi observada uma forte associação com resistência à TB nos carreadores do genótipo bb (p=0,01; OR=2,43) e do alelo b (p=0,04; OR=1,39) de BsmI. O fator de proteção foi mantido, em indivíduos não brancos, onde o genótipo bb (p=0.003; OR=0.21) e o alelo b (p=0.007; OR=1.89) foram associados a resistência à TB. Em indivíduos do grupo HC que apresentavam níveis séricos normais de 25(OH)D o genótipo bb em associação com o grupo Gc1-1 de DBP, teve a freqüência aumentada em 3 vezes quando comparamos a pacientes (p=0.009; OR=3.09) e HC. O haplótipo tfBA foi associado com adoecimento (p=0.03; OR=0.24) quando pacientes apresentavam os níveis de vitamina dentro da faixa de normalidade Foram analisados polimorfismos dos genes de IFNG+874T/A e NOS2A-954G/C e foram incluídos 172 pacientes com TB pulmonar ativa e 179 indivíduos saudáveis. Não foi possível demonstrar associação com a susceptibilidade à TB entre pacientes e HC e o subgrupo de saudáveis PPD positivo (TB latente) em relação aos polimorfismos dos genes IFNG+874T/A e NOS2-954G/C, bem como demonstrar que estes genótipos estariam associados a produção/secreção de nitrito e nitrato. Os resultados descritos fornecem evidencias da associação entre os SNPs de VDR e Gc-globulin e os níveis séricos de 25(OH)D, com possíveis fatores de proteção contra a TB e também de suscetibilidade na população brasileira / Tuberculosis (TB) is genetically heterogeneous. Among other factors, genetic predisposition to developing TB has been studied. Thus, this study aimed to assess the genetic markers and functional genes linked to, vitamin D receptor (VDR) (TaqI, FokI, BsmI e ApaI) and protein carrier of vitamin D (VDBP ou Gc-globulin) (HaeIII e StyI) IFNG+874T/A and NOS2A-954G/C as well as, vitamin D serum concentration in patients with active pulmonary TB and healthy controls (HC), are associated with the immunopathogenesis of TB. Polymorphisms of genes encoding components of the pathway of vitamin D were tested. We evaluated whether polymorphisms of genes encoding VDR and Gc-globuin and serum of 25(OH)D are associated with the development of TB. The study includes 158 TB patients and 148 HC. The analysis of 25(OH)D concentrations was stratified by Vitamin D (VD) levels and genotypes and haplotypes were compared. In black Brazilian F allele (p=0.03, OR=3.26) of FokI showed to be a protective factor for TB. Similarly, the bb genotype (p=0.01; OR=2.43) and b allele (p=0.04; OR=1.39) were strongly associated with tuberculosis protection. On the other hand when the analysis were stratified by ethnicity the bb genotype (p= 0.003; OR=0.21) and b allele (p=0.007; OR=1.89) were linked with tuberculosis susceptibility in non-white Brazilian subjects. HC subjects with normal levels of 25(OH)D showed three-fold more frequency of bb genotype than tuberculosis patients (p = 0.009; OR=3.09) in a dependent way of Gc1-1 group. tfBA haplotype was associated with tuberculosis susceptibility (p=0.03; OR=0.24) when both group present normal levels of 25(OH)D. Were analyzed polymorphisms of genes of IFNG+874T/A and NOS2A-954G/C and we included 172 patients with active pulmonary TB and 179 HC. It was not possible to demonstrate any association with susceptibility to TB among patients and HC and the subgroup of HC TST positive (latent TB) in relation to polymorphisms of genes IFNG+874T/A and NOS2A-954G/C and the production of nitrite and nitrate. The results described provide evidence of the association between VDR SNPs and Gc-globulin and serum of 25(OH)D how possible protective factors against TB and also susceptibility in Brazilian population.

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Os métodos utilizados são, entretanto, diversos, comprometendo a reunião de dados e a comparação inter-laboratorial. Sendo assim, o desenvolvimento de um marcador único e robusto, que permita a troca de informações, enriquecerá o conhecimento sobre a diversidade fenotípica e molecular das leishmânias, atendendo tanto a demanda por uma revisão taxonômica do gênero, como para a elaboração de um sistema integrado de identificação e tipagem deste organismo, ponto essencial em estudos epidemiológicos. O principal objetivo deste trabalho foi desenvolver marcadores multilocus para Leishmania (Viannia) e avaliar sua aplicabilidade em estudos epidemiológicos Os objetivos específicos incluíram: i) o desenvolvimento de um painel multi locus sequence analisys (MLSA) para cepas de Leishmania (Viannia) que circulam no Brasil que permita, concomitantemente, a identificação de isolados e a realização de estudos filogenéticos; ii) o estudo da estrutura da população de cepas de Leishmania (Viannia) quanto à clonalidade e ocorrência de eventos de recombinação pela determinação de perfis de microssatélites; iii) avaliação da aplicabilidade do painel MLSA como ferramenta epidemiológica para as leishmanioses; iv) a descrição de eventos moleculares em leishmânia que podem interferir nos resultados obtidos a partir de marcadores moleculares empregados. Após construção do painel MLSA e determinação de perfis de microssatélites (MLMT) foi possível comparar os dois marcadores. Os resultados a partir de MLMT definiram duas populações principais, uma com cepas de L. (V.) guyanensis da região Amazônia e outra apresentando as cepas de L. (V.) braziliensis, oriundas da costa Atlântica brasileira. Um terceiro grupo, muito heterogêneo, pôde ser definido com cepas de L. (V.) braziliensis da região norte e com as cepas das espécies L. (V.) shawi, L. (V.) naiffi, e L. (V.) lainsoni. Sinais de recombinação foram detectados no grupo formado por cepas identificadas como L. (V.) guyanensis e também naquele composto por cepas de L. (V.) braziliensis da região costeira. A recombinação pode ser uma das justificativas tanto para a grande diversidade encontrada como para a ausência de estruturação clara da população. O MLSA separou as espécies de acordo com a classificação prévia, exceto para L. (V.) shawi e também apontou para ocorrência de recombinação pelo padrão reticulado das redes construídas Ao aplicar o MLSA em uma situação de surto em Santa Catarina, se detectou associação entre características epidemiológicas dos pacientes e os grupos MLSA, com separação de casos importados e autóctones, sinalizando para o potencial como marcador epidemiológico. A partir dos dados MLSA também foi possível realizar um estudo sobre a ocorrência de variação intra-cepa detectada em sequências de DNA de isolados clonados de Leishmania. Foi possível concluir que o painel MLSA construído e validado apresenta-se como boa alternativa para tipagem, estudos taxonômicos e epidemiológicos em L. (Viannia). Como tal pode representar tanto um substituto molecular para o multilocus enzyme electroforesis (MLEE), método-ouro para tipagem de Leishmania, quanto um marcador padrão a ser utilizado em revisão taxonômica do gênero. Mesmo com o advento do sequenciamento completo de genomas, a contribuição do MLSA ainda é relevante, e este se apresenta como potencial marcador epidemiológico, apesar da inclusão de novos genes ser necessária. O estudo com MLMT evidenciou que o mesmo é ferramenta de escolha para estudos de genética de populações em L. (Viannia), mas não para identificação e avaliação taxonômica do subgênero. Demonstrou-se ainda que a plasticidade genômica das leishmânias gera diversidade em tipos de sequencia de DNA e, portanto deve ser sempre considerada em estudos baseados em marcadores moleculares / Leishmaniasis represent a broad spectrum of diseases caused by parasite of the genus Leishmania . The number of species described is remarkably high and the status of some has been questioned, although there is indeed a notable genetic variability within this genus. The associati on of Leishmania spp. and the different clinical forms suggests the involvement of the parasite in the prognosis and clinical outcome of the disease. Molecular methods have been often applied for diagnosis, studies of taxonomy, phylogeny and epidemiology. However, the approaches used are distinct, hampering comparisons between laboratories and data assembly. The development of a standard marker which allows exchange of information would contribute to the knowledge over the phenotypic and molecular diversity of Leishmania . It would also enable a taxonomic review as well as the establishment of a standardized and integrated typing system - essential in epidemiological studies. The main objective of this study was to develop multi locus markers for Leishmania ( Viannia ) and to evaluate its applicability in epidemiological studies. The specific objectives were: i) to develop a multi locus sequence analyses (MLSA) panel with Leishmania ( Viannia ) strains from Brazil that allows the species identification and phylogenetic inferences to be performed; ii) to execute a population structure study through microsatellites profiles (MLMT); iii) to evaluate the MLSA panel as an epidemiological tool; iv) t o describe molecular events that may interfere in the results obtained by the molecular markers employed. After MLSA and MLMT, the results could be compared. MLMT defined two main populations, one comprising L. ( V. ) guyanensis and other L. ( V. ) braziliensi s strains from the Atlantic coast; recombination signs were detected for both. A third group, quite heterogeneous, included L. ( V. ) braziliensis strains from northern Brazil and the other species L. ( V .) shawi, L. ( V. ) naiffi, and L. ( V. ) lainson . Recombin ation may justify all the diversity observed and the lack of clear structuration. MLSA was able to differentiate species in agreement with previous classification, except for L. ( V. ) shawi . The reticulate pattern in the networks also pointed to recombinati on occurrence. After applying MLSA over strains isolated from an outbreak in Santa Catarina state, association between MLSA groups and epidemiological characteristics from the patients was detected, in a way that autochthonous and imported cases could be d ifferentiated. MLSA data also allowed the description of intra - strain variation among DNA sequences from cloned Leishmania cultures. The results lead to the following conclusions: the MLSA panel developed and validated represents a good option for typing, taxonomy and epidemiology studies for L . ( Viannia ). It can be chosen as the molecular substitute for multilocus enzyme electroforesis (MLEE), the gold standard for Leishmania typing, and as the standard marker for a taxonomic review as well. Even consideri ng the whole genome sequence approach, the contribution of MLSA is considered relevant, although more loci should be included. MLMT was revealed as the best approach for population genetics in L . ( Viannia ), but not for taxonomic inferences for this subgenu s. It was also demonstrated that genomic plasticity in Leishmania raises intra - strain DNA sequence diversity, and therefore this aspect should be addressed in studies based on molecular markers

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