Made available in DSpace on 2015-10-06T13:03:30Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-06-10. Added 1 bitstream(s) on 2015-10-06T13:18:28Z : No. of bitstreams: 1 000848862.pdf: 1362469 bytes, checksum: ecb358806a7f2339216f60fc6b4979f6 (MD5) / A elevada produção de cana-de-açúcar no Brasil é resultado do adequado manejo usado no campo com a cultura, e quando não adequado causa perdas significativas em produtividade. Dentre os tratos culturais, está o manejo das plantas daninhas, as quais são plantas indesejáveis as culturas. Entre as plantas daninhas, o capim-camalote (Rottboellia cochinchinensis) destaca-se como planta de difícil controle. Esse difícil controle está associado ao reduzido número de herbicidas registrados e seletivos a cultura da cana-de-açúcar, à variabilidade genética presente nas plantas daninhas, característica intrínseca a elas, e também a dormência das sementes e o vigor das plantas. Mediante a dificuldade do controle químico observada pelos produtores elaborou-se a hipótese de que isso pode ser devido a existência de biótipos entre e dentro das diferentes populações infestantes de canaviais que respondem de forma diferente aos tratamentos com herbicidas. Para verificar esta hipótese o presente trabalho teve como objetivo estudar a variabilidade genética em plantas de Rottboellia cochinchinensis em três populações (municípios de Igarapava, Mococa e Piracicaba) do Estado de São Paulo, utilizando-se da técnica AFLP. Foram também avaliadas a aplicação de herbicidas em pós-emergência das plantas e a análise citogenética. Nos três locais foram realizadas coletas de folhas no terço superior da plantas e sementes, em áreas de produção comercial de cana-de-açúcar. Para a caracterização molecular seis iniciadores foram utilizados com o marcador AFLP, em 10 indivíduos por população (30 indivíduos no total), com base na presença (1) e ausência (0) de bandas, no ano de 2012. Para a sensibilidade à herbicidas o experimento foi instalado em vasos com capacidade para 20 L, em delineamento inteiramente casualizado. Os tratamentos... / The Brazilian high sugarcane production comes from adequate management techniques, which when non-properly used may cause significant yield losses. The weed control is one of these crop practices; such technique consists of eliminating unwelcome plants from farming areas. Among weed species, itchgrass (Rottboellia cochinchinensis) can be highlighted as one of the plants difficult to be controlled. This fact may be associated to a reduced number of selective herbicides registered for sugarcane crop, weed genetic variability, seed dormancy and plant vigor. By means of the difficult chemical control faced by farmers, we have drawn up a hypothesis that such fact might be related to the existence of varied biotypes between and within the different weed populations in sugarcane fields, responding distinctly to herbicide applications. To check this hypothesis, we aimed to study the genetic variability of Rottboellia cochinchinensis (itchgrass) from three different populations (in the cities of Igarapava, Mococa and Piracicaba) in São Paulo State, Brazil, and using AFLP technique. Moreover, post-emergence application and cytogenetics were tested. Upper third leaf and seed samples were collected from the three locations, in areas of sugarcane commercial production. For molecular characterization, six primers were used with the AFLP marker, using 10 plants per population (30 in total), based on band presence (1) and absence (0) in the year of 2012. A completely randomized experiment was set to evaluate herbicide responses, using 20-L pots. Chemical treatments were performed by the herbicides: ametryn (3,000 g ha-1) - T1; isoxaflutole (135 g ha-1) - T2; ametryn (300 g ha-1)+isoxaflutole (135 g ha-1) T3; isoxaflutole (135 g ha-1)+clomazone (1200 g ha-1) T4; amicarbazone (1400 g ha-1) - T5; ametryn (3,000 g ha-1)+trifloxysulfuron-sodium (22.5 g ha-1) - T6; glyphosate (2,160 g ha-1) - T7; MSMA (2,880 g ha-1) - T8 and ametryn ...

Made available in DSpace on 2016-01-13T13:28:13Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-07-30. Added 1 bitstream(s) on 2016-01-13T13:33:46Z : No. of bitstreams: 1 000855700.pdf: 2083514 bytes, checksum: e1c6b87f23dfa4c1b8052fd3da6e9994 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Fundamentos: O equilíbrio homeostático do sistema imune é imprescindível para o controle e evolução do quadro clínico das neoplasias linfoides da pele e dos processos inflamatórios. Dentro desse equilíbrio imunológico, a função das células T reguladoras é controverso tanto nos casos de micose fungoide quanto nas dermatoses inflamatórias que são os principais diagnósticos diferenciais. O anti-FOXP3 é o imunomarcador mais específico para as células T reguladoras. Objetivo: Identificar e quantificar a presença de células T reguladoras através do marcador imunoistoquímico anti-FOXP3 em cortes histológicos de casos de micose fungoide em fases clínicas iniciais, e comparar com a presença ou não do mesmo marcador em casos de psoríase vulgar, dermatite eczematosa e líquen plano. Métodos: Foram estudadas 77 biópsias de 64 pacientes, sendo 30 casos de micose fungoide e 34 de dermatoses inflamatórias, consultados entre 1999 a 2014 no arquivo do serviço de Patologia da Faculdade de Medicina de Botucatu - Universidade Estadual Paulista. As biópsias foram revistas e seus resultados imunoistoquímicos comparados de acordo com as categorias entre grupo de casos e grupo controle. Resultados: A classificação do escore epidérmico para o imunomarcador FOXP3 foi significativamente menor na micose fungoide que nas dermatoses inflamatórias (p<0,001). A principal discrepância ocorreu com o líquen plano, no qual 90% foram FOXP3+ em mais de 50% dos linfócitos intraepidérmicos, enquanto que apenas 10% dos casos de micose fungoide alcançaram esses níveis de positividade. Conclusões: Embora a maioria dos diagnósticos das lesões iniciais de micose fungoide dependam principalmente da correlação clínica-histopatológica, a diferença estatisticamente significante da proporção de FOXP3+ intraepidérmico comparando-se com as dermatoses inflamatórias permite a inclusão desse imunomarcador no painel imunoistoquímico para o... / Background: The homeostatic balance of the immune system is essential for clinical evolution and control of cutaneous lymphoid neoplasias and inflammatory diseases. Regarding immunological balance the role of regulatory T cells remain unclear either in mycosis fungoides or their clinical differential diagnosis like inflammatory dermatosis. Anti- FOXP3 antibody is the most specific marker of regulatory T cells. Objective: To determine and quantify regulatory T cells using anti-FOXP3 antibody in histopathological samples of early lesions of mycosis fungoides and compare it with psoriasis vulgaris, eczematous dermatitis and lichen planus by a scoring system for FOXP3 expression. Methods: Data from 77 biopsies from 64 patients, 30 cases corresponding to mycosis fungoides and 34 to inflammatory dermatosis, observed between 1999 and 2014 at the Department of Patholgy at Botucatu Medical School - Sao Paulo State University. Biopsies were reviewed and the FOXP3 labeled cells results compared according to cases or control group. Results: Intraepidermal FOXP3 positivity was significantly lower in mycosis fungoides than inflammatory dermatosis (p<0,001). Especially significant was that 90% of lichen planus cases resulted in 50% or more of epidermal lymphocytes scored FOXP3+ whereas only 10% of mycosis fungoides group have reached this level. Conclusions: Despite the majority of early lesions of mycosis fungoides diagnosis depend mainly on clinical and histopathological correlation, the statistical significance of intraepidermal FOXP3 positivity comparing with inflammatory dermatosis allow us to include this antibody to help defining the diagnosis or giving support to suspect cases morfologically dubious of mycosis fungoides

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:21:27Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DissCFPQ.pdf: 3709696 bytes, checksum: 88f45354e9e85b07e1e335eae31539ea (MD5) Previous issue date: 2004-07-30 / In 1957 a hybridization process occurred in South America between European and African bees just introduced in the continent. Since the arrival of the Africanized bees to Colombia in 1978 and their total establishment four years later, there have been done few studies about the degree of hybridization between Africanized swarms from Brazil and the resident ones. Allozymic analysis showed that: I) Hk-1 and Mdh-1 allele frequencies in Colombian Apis mellifera samples are very similar to the ones of Brazilian bees; ii) Africanized populations from Colombia have different levels of introgression of African genes into the European genome of the resident bees; iii) these populations are at Hardy-Wienberg equilibrium and the loci are not at linkage disequilibrium, suggesting that the Africanization process of the Colombian bees has been completed probability; iv) the presence of a altitudinal clinal variation suggests an effect of natural selection on Mdh-1 phenotypes. The 16S region of the mitochondrial DNA showed almost exclusively the African pattern of Colombian bees, a result similar to that was found in Brazilian and Uruguayan bees. The increasing frequencies of haplotype A1 (C/A) for the intergenic region CO I CO II of Colombian bees is related to the decrease of the pattern A4 (B/B) during the movement of the Africanized swarms from Brazil to north of the continent. Based on the results for the three regions of the mitochondrial DNA (16S, intergenic region CO I - COII and CO I), a high number of haplotypes was observed, showing the heterogeneous maternal origin of these colonies. These mitochondrial DNA haplotypes are not distributed through a latitudinal or altitudinal clines indicating that the colonies with African mitochondrial DNA is able to explore many different environments in Colombia. Microsatéllite analysis showed the presence of 7 to 12 alleles for the A43 and RJP57-1 loci. The allele sizes varied between 125-150 pb and 400-600pb, respectively. The results of the present work suggest that the bee populations of Colombia are genetically similar to the ones from north Brazil based on the results from nuclear and mitochondrial markers. / A partir de 1957, ocorreu um processo de hibridação no continente Americano entre as abelhas Européias pré-existentes e as Africanas recém introduzidas. Desde a chegada da abelha Africanizada à Colômbia em 1978 e seu total estabelecimento depois de quatro anos, esparsos são os estudos populacionais que demonstram o grau de hibridação entre os enxames Africanizados originados no Brasil e as abelhas residentes naquele país. A análise das alozimas de Hk-1 e Mdh-1 permitiram demonstrar que: i) as freqüências dos alelos destes locos em amostras de Apis mellifera da Colômbia são muito similares às apresentadas pelas abelhas do Brasil; ii) as populações Africanizadas da Colômbia são heterogêneas, apresentando níveis distintos de introgressão dos genes Africanos nas populações Européias residentes; iii) estas populações encontram-se em equilíbrio genético de acordo com o modelo de Hardy-Weinberg e não apresentam desequilíbrio de ligação para estes locos, evidenciando que o processo de Africanização possivelmente deveu ter sido completado na Colômbia; iv) a verificação de um gradiente altitudinal leva à suposição de efeito da seleção sobre os fenótipos de Mdh-1. A análise da região 16S do DNA mitocondrial evidenciou a presença quase exclusiva do padrão Africano nas abelhas da Colômbia, resultado similar ao observado no Brasil e Uruguai. O aumento verificado de freqüência do haplótipo A1 (C/A) para a região intergênica CO I CO II em amostras da Colômbia está associado à diminuição do padrão A4 (B/B) em seu avanço do Brasil para o norte do continente Americano no decorrer do processo de Africanização. Considerando os resultados para as três regiões do DNA mitocondrial estudadas (16S, região intergênica CO I CO I e CO I), um número elevado de haplótipos foi observado, indicando uma origem materna muito heterogênea destas colônias. Além disso, os haplótipos do DNA mitocondrial observados não estão distribuídos segundo um gradiente latitudinal ou altitudinal, o que indica que as colônias com DNA mitocondrial Africano têm a capacidade de exploração e adaptação a ambientes muito diversos da Colômbia. As análises de dois microsatélites evidenciaram a ocorrência de 7 e 12 alelos para os locos A43 e RJP57-1, cujos tamanhos variaram entre 125-150 pb e 400-600 pb, respectivamente. Os resultados do presente trabalho permitem afirmar que as populações de abelhas da Colômbia são muito similares em sua composição genética, para os marcadores nucleares e mitocondriais estudados, às populações encontradas no norte do Brasil.

Made available in DSpace on 2015-09-17T15:25:26Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-02-26. Added 1 bitstream(s) on 2015-09-17T15:48:51Z : No. of bitstreams: 1 000845679_20180226.pdf: 1467589 bytes, checksum: 4b51e0f80674d8e6f61050b763d6a0d9 (MD5) Bitstreams deleted on 2018-03-02T12:39:58Z: 000845679_20180226.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2018-03-02T12:40:55Z : No. of bitstreams: 1 000845679.pdf: 5122878 bytes, checksum: 18392e0bed2ec3726bfcd459567ee23f (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / A anemia falciforme (AF) é caracterizada por um curso clínico altamente variável. Essa variabilidade reflet a complexidade de sua fisiopatologia que é afetada por diversos moduladores, como polimorfismos genéticos associados a eventos clínicos e a resposta ao tratamento com hidroxiureia (HU), assim como pelo quadro inflamatório e estresse oxidativo crônico. O presente estudo objetivou avaliar a influência de marcadores genéticos sobre o perfil oxidativo de pessoas com AF, e a sua relação com uso de HU e manifestações fenotípicas; e, verificar possíveis efeitos antioxidantes diretos e indiretos da melatonina (MEL), usando suspensão de células falciformes como modelo experimental. Após consentimento informado, os grupos estudados foram divididos de acordo com o tipo de experimentação a qual foram submetidos. Análises in vivo: composto por 95 indivíduos com AF, independente do gênero, com idade variando de 10 a 59 anos, em acompanhamento clínico regular no Hemocentro do Rio de Janeiro (RJ). Todos os pacientes estudados estavam sob tratamento profilático com ácido fólico (5 mg/dia), enquanto 41 (43,2%) deles estavam sob uso de HU (dose média: 22mg/Kg/dia) por pelo menos 90 dias. Para a confirmação diagnóstica da AF, foram utilizados métodos citológicos, eletroforéticos, cromatográficos e moleculares. Foram investigados polimorfismos genéticos nos genes de enzimas envolvidas em diferentes vias metabólicas : metilenotetrahidrofolato redutase (MTHFR; c.677C>T;rs1801133), cistationina beta-sintese... / Sickle cell anemia (SCA) is characterized by a clinical course highly variable. This feature reflects the complex pathophysiology of SCA which can be affected by a number of modifying factors including polymorphisms associated with clinical aspects and with hydroxyurea (HU) treatment response, and chronic inflammation and oxidative states. Thus, this study aimed to evaluate the influence of genetic markers on oxidative profile os SCA patients. We also correlated these results with hydroxyurea (HU) therapy and with phenotypic manifestations. Moreover we verified a potential direct and indirect antioxidant effects of melatonin (MEL), using a sickle cell suspension as experimental model. After informed consent, the studied groups were divided according to the experimentation manner. Analysis in vivo: the group was composed by 95 SCA patients, regardless gender, and age ranging from 10-59 years old. All subjects were regularly in clinical follow-up in the Blood center of Rio de Janeiro (RJ) and received a prophylactic treatment with folic acid of 5 mg/day since the SCA diagnosis, while 41 (43,2%) of them were under HU treatment...

Os microssatélites ou Short Tandem Repeats (STRs) são marcadores moleculares que caracterizam-se por altos níveis de heterozigozidade, dispersão uniforme, alto nível de reprodutividade, codominância e possibilidade de genotipagem por métodos rápidos e simples. Devido a estas características, estes marcadores têm sido amplamente utilizados em genética de populações, estudos evolutivos e análises forenses. Na presente tese, foram utilizados STRs autossômicos e de cromossomos sexuais (X e Y) para a avaliação da estrutura genética da população do Rio Grande do Sul (RS). Grupos ameríndios brasileiros foram também investigados, como uma das populações parentais importantes para a formação da atual população do RS. Para tanto, foram avaliados os sistemas D2S1338, D3S1358, D5S818, D7S820, D8S1179, D13S317, D16S539, D18S51, D19S433, D21S11, FGA, vWA, CSF1PO, TPOX e TH01 (autossômicos); DXS9895, DXS7132, DXS6800, DXS9898, DXS6789, DXS7133, DXS7130, HPRTB, GATA31E08, DXS7423 e DXS10011 (do cromossomo X) e DYS19, DYS389I/II, DYS390, DYS391, DYS392, DYS393, DYS437, DYS438, DYS439, e DYS385 (do cromossomo Y). As amostras utilizadas foram amplificadas através da técnica de reação em cadeia da polimerase, a partir de primers com fluorórofos incorporados. Os produtos de amplificação foram posteriormente determinados por intermédio de separação em eletroforese capilar. Os resultados obtidos a partir de STRs autossômicos demonstraram a ausência de subestruturação quando a população do Rio Grande do Sul foi comparada com populações 6 de outras regiões do país. As análises de mistura racial exibiram um padrão caracterizado pela predominância da contribuição européia, seguida por ameríndia e africana. As estimativas de miscigenação por regiões do Estado revelaram que a porção oeste do Rio Grande do Sul exibiu os maiores níveis de contribuição ameríndia, se comparados com o restante do Estado. As análises de relacionamento genético, obtidas a partir de dados produzidos na presente tese e também de outras populações, demonstraram que a população do Rio Grande do Sul apresenta maior proximidade genética com a Argentina do que com alguns Estados brasileiros. Em relação às análises realizadas a partir de microssatélites do cromossomo Y, nossos resultados, corroborando estudos prévios, demonstraram uma forte predominância da contribuição européia para a população do Estado, seguida por níveis insignificantes de contribuição africana e ausência de contribuição ameríndia. Os resultados obtidos por intermédio dos marcadores de cromossomo X, para amostras do Rio Grande do Sul e de um pool de amostras de ameríndios, revelaram maiores níveis de desequilíbrio de ligação para o grupo ameríndio, sendo provavelmente reflexos da estruturação populacional relacionada à ação de gargalo de garrafa e à deriva genética. Os níveis de desequilíbrio de ligação encontrados para a amostra sulina foram de menor intensidade, e provavelmente correlacionados à miscigenação. Outrossim, as análises realizadas a partir destes marcadores demonstraram ainda uma maior proximidade das distribuições alélicas da amostra do Rio Grande do Sul com populações européias; enquanto que, para o grupo ameríndio, os resultados revelaram uma maior similaridade com as populações asiáticas. Os dados obtidos na presente Tese confirmam alguns resultados encontrados a partir de análises com outras populações brasileiras, mas também trazem novas informações, que devem ser investigadas em outras amostras populacionais, a fim de que se estabeleça o seu real significado. / Microsatelites or Short Tandem Repeats (STR) are molecular markers characterized by high levels of heterozygozity, uniform dispersal among the human genome, codominance and possibility of genotyping by fast and simple laboratory methods. Due to these characteristics, these markers have been widely used in population genetics, evolution studies and forensic genetics. In the present work, we used autosomes, as well as X-STRs and Y-STRs, to evaluate the genetic structure of the Rio Grande do Sul (RS) population. Amerindian groups were also investigated, due to their importance, as a parental group, for the formation of the present RS population. For this purpose, markers D2S1338, D3S1358, D5S818, D7S820, D8S1179, D13S317, D16S539, D18S51, D19S433, D21S11, FGA, vWA, CSF1PO, TPOX and TH01 (autosomic); DXS9895, DXS7132, DXS6800, DXS9898, DXS6789, DXS7133, DXS7130, HPRTB, GATA31E08, DXS7423 and DXS10011 (from the X chromosome) and DYS19, DYS389I/II, DYS390, DYS391, DYS392, DYS393, DYS437, DYS438, DYS439, and DYS385 (from the Y chromosome ) were used. The samples were amplified by PCR with fluorescent primers, and the PCR products were then analyzed by capillary electrophoresis. Regarding the autosomic STR results, no substructuring was observed between Rio Grande do Sul and other Brazilian regions. The admixture analysis revealed a pattern characterized by the predominance of European, followed by Amerindian and African contributions. The admixture estimates from the western region of Rio Grande do Sul 8 showed a higher Amerindian contribution, if compared with the rest of the state. Genetic relationship analyses, undertaken from the comparisons of the data obtained herein and from other populations, demonstrated that Rio Grande do Sul inhabitants are genetically closer to Argentineans than to other Brazilians. The Y-STR analysis, as in previous studies, showed a higher predominance of European contribution for the patrilineages from Rio Grande do Sul, followed by negligible levels of African contribution and absence of Amerindian contribution. The X-STR results, obtained for a sample from Rio Grande do Sul and another composed by a pool of Amerindian tribes, revealed higher levels of linkage disequilibrium for the latter, probably determined by population structure, derived from bottleneck events and random genetic drift. The levels of linkage disequilibrium found for the RS sample are probably determined by admixture events. Moreover, the X-STR analysis demonstrated a higher proximity from the allelic distributions of the RS population with European populations; whereas, for the Amerindians, our results revealed a closer similarity with the allelic distributions of Asian populations, as expected. The data obtained in the present work corroborate previous results found in other Brazilian populations. However, they also bring new information, which should be investigated in other samples, to verify its real significance.

Os marcadores genéticos denominados short tandem repeats (STR) são amplamente utilizados na identificação humana, tanto aqueles localizados nos cromossomos autossômicos como os encontrados no cromossomo Y. Durante a última década, muitas pesquisas demonstraram a existência de vários polimorfismos no cromossomo Y. O objetivo deste estudo foi caracterizar, na população regional, os diferentes haplótipos utilizando 12 loci (DYS19, DYS385a, DYS385b, DYS389I, DYS389II, DYS390, DYS391, DYS392, DYS393, DYS437, DYS438 e DYS439) e determinar as taxas de diversidade haplotípica e poder de identificação individual. A população testada foi composta por 162 pares de pais/filhos do sexo masculino. O DNA foi isolado a partir de sangue periférico, utilizando o kit comercial Wizard® Genomic DNA Purification Kit (Promega). As regiões de interesse foram amplificadas pela PCR multiplex com oligonucleotídeos marcados com fluorescência e os produtos analisados por eletroforese capilar no analisador genético ABI 3100 (Applied Biosystems). Na amostra analisada, 151 haplótipos distintos foram encontrados, onde os dois haplótipos mais comuns apresentaram freqüências de 0,0265 e 0,0199, respectivamente. Outros 6 haplótipos distintos apresentaram freqüência de 0,0132 e a freqüência dos outros 143 haplótipos foi 0,0066 (1 ocorrência cada). Os resultados obtidos permitiram ainda a determinação de um valor de diversidade haplotípica de 0,9982 e um poder de discriminação individual de 0,9321. Além disso, após a determinação destas freqüências e das taxas estudadas foi possível comprovar que a utilização desses marcadores apresenta um alto poder de discriminação na correta identificação de indivíduos, tanto em casos de paternidade como na área forense. / The genetic markers named short tandem repeats (STR) are largely employed in human identification, those located on autosomal chromosomes as well as on Y-chromosome. During the last decade, several studies showed the occurrence of various polymorphisms on Y-chromosome. The aim of this study was to identify distinct haplotypes using 12 loci (DYS19, DYS385a, DYS385b, DYS389I, DYS389II, DYS390, DYS391, DYS392, DYS393, DYS437, DYS438 and DYS439) and to determine haplotype diversity rates and individual identification power. Tested population was composed by 162 pairs father-male sib. DNA was isolated from peripheral blood, using the Wizard® Genomic DNA Purification Kit (Promega). Regions of interest were amplified by multiplex PCR with fluorescent primer and products were analyzed by capillary electrophoresis in the genetic analyzer ABI 3100 (Applied Biosystems). In the tested population, 151 distinct haplotypes were found, where frequencies of two common haplotypes were established to be 0.0265 and 0.0199, respectively. Individual frequencies of other 6 haplotypes were 0.0132 and frequency of the remaining 143 were 0.0066 (1 event each). Obtained results also allowed to determine haplotype diversity value of 0.9982 and individual discrimination power of 0.9321. Finally, results of this study indicate that application of these markers is responsible for a high discrimination power in individual identification on both paternity and forensic cases.

Resumo não disponível

Made available in DSpace on 2016-09-27T13:40:00Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-08-03. Added 1 bitstream(s) on 2016-09-27T13:45:10Z : No. of bitstreams: 1 000868807_20170803.pdf: 1048307 bytes, checksum: 0dffab6c7285f2f758c8340bfb3f7e3b (MD5) Bitstreams deleted on 2017-08-07T14:09:10Z: 000868807_20170803.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2017-08-07T14:10:14Z : No. of bitstreams: 1 000868807.pdf: 3365386 bytes, checksum: ea272827c7ffe9fa7ea3385d0c22cf85 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Salmonella Enteritidis é um patógeno pertencente à Família Enterobacteriaceae que frequentemente está relacionada a infecções alimentares em humanos, principalmente em crianças, idosos e pacientes imunossuprimidos. A importância deste micro-organismo se dá pela sua prevalência significativa, com distribuição mundial, nos lotes de frangos de corte e de postura de ovos, levando a sérias implicações na saúde pública e ao mercado avícola. O controle eficaz da salmonelose é um desafio, pois envolve um complexo manejo dos animais e tratamento com uso de antibióticos que não garantem a eliminação da infecção. O uso de bacteriófagos líticos contra infecções bacterianas (fagoterapia) vem atender uma demanda crescente por alternativas ao tratamento antimicrobiano convencional. Todavia, a literatura tem relatado o surgimento de certa resistência bacteriana a alguns bacteriófagos líticos, como por exemplo, em Salmonella sp. Diversos são os mecanismos bacterianos de resistência aos fagos, tais como a prevenção de adsorção, o bloqueio da injeção do DNA do fago, restrição-modificação, infecção abortiva e o sistema CRISPR (clustered regularly interspaced short palindromic repeats) /Cas (CRISPR associated proteins) de imunidade adquirida. Assim sendo, o presente trabalho objetivou a caracterização molecular da resistência bacteriana de fagos líticos isolados contra cepas de Salmonella enterica subsp. enterica serovar Enteritidis (SE). Para tal, os mecanismos-alvos escolhidos foram o sistema CRISPR/Cas e o bloqueio da adsorção de fagos, via lipopolissacarídeo (LPS). Nas 22 cepas de estudo, um total de 72 CRISPRs foi identificado, com 14 diferentes domínios repetitivos (DR), apresentando um total de 551 sequências de espaçadores e os genes associados cas1, cas2 e cas3. Cas 9 e cas 10 não foram identificados. Foi observado que as cepas resistentes aos fagos líticos possuíam um maior número total... / Salmonella Enteritidis is a pathogen that belongs to the Enterobacteriaceae family and is often related to infections transmitted by food in humans, especially in children, elderly and immunosuppressed patients. The importance of this microorganism is because it's significant prevalence with worldwide distribution in lots of poultry, leading to serious implications for public health and poultry industry. Effective control of salmonellosis is a challenging because involves a complex animal handling and treatment with antibiotics that do not guarantee the elimination of infection. The use of lytic bacteriophages against bacterial infections (phage therapy) meets a demand for alternatives to the conventional antimicrobial treatment. However, the literature has reported the emergence of bacterial resistance to some lytic bacteriophages, such as in Salmonella sp. There are several mechanisms of bacterial resistance to phages, such as prevention of adsorption, blocking the injection of phage DNA, restriction-modification, abortive infection and the CRISPR/Cas System acquired immunity. Thus, this research aims to study in a molecular level the bacterial resistance of lytic phages isolated from pathogenic strains of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Enteritidis (SE). Two mechanisms have been chosen: the CRISPR/Cas system and blocking of phage adsorption via LPS. From 22 SE strains, a total of 72 CRISPRs was identified with 14 different repetitive domains (DR), presenting a total of 551 spacers' sequences and cas1, cas2 and cas3 CRISPR associated genes. Cas 9 and cas 10 genes weren't identified. It was observed that phage lytic resistant strains have a higher total number of spacers in the CRISPR locus in relation to sensitive strains, and this difference was statistically significant. Phylogenetic analysis of cas genes from CRISPR/Cas system, of rfaC, rfaH, cpsG, manB, manc, lpxA, lpxB and lpxC genes (related to LPS) and of... / FAPESP: 2011/11761-7

O Brasil é país detentor de grande biodiversidade, no entanto pequena parcela dessa já foi estudada e catalogada. Os recentes avanços antrópicos sobre os ecossistemas naturais tem levado a sua rápida fragmentação e eliminação de alguns biótipos ainda não estudados ou catalogados. Nessa realidade de erosão genética acelerada encontra-se também espécies de jabuticabeira (Plinia sp.) que são endêmicas do Centro Sul/Sudoeste do Paraná, no ecossistema Floresta com Araucária. Medidas de conservação de germoplasma para uso atual e futuro, bem como táticas de manejo e conservação dos recursos naturais são preponderantes para reduzir ao mínimo os danos causados a biodiversidade brasileira. Para tanto é necessário entender a diversidade genética existente nos ecossistemas naturais, que é o insumo básico para a sobrevivência e evolução entre os indivíduos frente as modificações ambientais. No presente trabalho foi realizado a caracterização genética de 110 jabuticabeiras que constituem o banco ativo de germoplasma desta espécie na UTFPR – Câmpus Dois Vizinhos. Foi possível identificar a transferibilidade de 9 marcadores moleculares microssatélites (SSR) com caráter polimórfico para a população estudada, e realizar a padronização de reação de PCR para cada um deles. Da análise das jabuticabeiras do banco ativo de germoplasma chegou-se a conclusão de que o mesmo abrigou valor considerável de diversidade alélica. No entanto tal diversidade está mal distribuída, já que 11 indivíduos sozinhos já são capazes de representar 59,2% de todos alelos da coleção de 110 plantas. Os valores encontrados de heterozigosidade observada e conteúdo informativo (PIC) nessa subpopulação de 11 indivíduos foram superiores aos valores encontrados para o conjunto integral do banco ativo. O agrupamento dos indivíduos mostrou a existência de 8 diferentes grupos, sendo que 89 indivíduos ficaram no grupo 1, demonstrando o seu possível grau de parentesco e baixo nível de diversidade genética. / Brazil is a country of great biodiversity holder, however small portion of that has been studied and cataloged. Recent advances human activities on natural ecosystems has led to its rapid fragmentation and elimination of some biotypes still, not it studied or cataloged. In this reality of genetic erosion is also accelerated jabuticaba tree species (Plinia sp.). That are endemic from South Central / Southeastern Paraná State, in Araucaria forest ecosystem. Germplasm conservation measures for current and future use, as well as tactics for management and conservation of natural resources are crucial to minimize the damage caused to Brazilian biodiversity. So it is necessary to understand the genetic diversity in natural ecosystems, which is the basic input for the survival and evolution among individuals facing environmental changes. In the present study was to characterize genetic of 110 jabuticaba tree fruit, that constitute the germoplasm bank of jabuticaba tree fruit from UTFPR - Câmpus Dois Vizinhos. It was possible to identify transferability of 9 microsatellite markers (SSR) with polymorphic character for the population studied, and it carry out standardization of PCR reaction for each of them. The analysis of plant germoplasm bank came to the conclusion that houses a considerable amount of allelic diversity, but this diversity is poorly distributed, since 11 individuals alone are already able to represent 59.2% of all alleles of the collection of 110 plant. The found values of, observed heterozygosity and information content (PIC) in this subpopulation of 11 individuals were higher than the values found for the full set of the germoplasm bank. The grouping of individuals showed the existence of 8 different groups, and 89 subjects were in group 1, demonstrating a possible relationship and low level of genetic diversity.

Orientador: Mary Massumi Itoyama / Banca: Francisco Langeani Neto / Banca: João Aristeu da Rosa / Resumo: Pentatomomorpha é composta por cerca de 14.000 espécies, distribuídas em seis superfamílias, entre as quais estão inclusas Pentatomoidea e Coreoidea. Pentatomoidea possui 7.000 espécies distribuídas em 15 famílias, das quais Pentatomidae é a maior, com 4.500 espécies e 760 gêneros, estando representados no Estado de São Paulo 163 espécies. A superfamília Coreoidea é composta por cinco famílias, contudo apenas Coreidae, Rophalidae e Alydidae estão presentes no Neotrópico. A família Coreidae possui 1.884 espécies, divididas em quatro subfamílias, das quais Coreinae tem oito tribos com representantes no Brasil. Embora as famílias Pentatomidae e Coreidae apresentem um significante papel como pragas de culturas agrícolas, são escassas análises cladísticas envolvendo esses táxons, o que resulta na ausência de uma única hipótese de classificação, tornando pesquisas com abordagens de sistemática filogenética necessárias para essas famílias. Portanto, o presente estudo buscou caracterizar as relações filogenéticas das famílias Pentatomidae e suas subfamílias por meio dos genes 16S, ND5 (mitocondriais), 18S e 28S (nucleares) e da família Coreidae e sua respectiva subfamília Coreinae por meio dos genes 18S e 28S. Objetivou-se também, confirmar a classificação atual das tribos e subfamílias das espécies de Pentatomidae e Coreidae, que é embasada em caracteres morfológicos, assim como avaliar a variabilidade genética das sequências correspondentes aos genes mitocondriais e nucleares analisados. A partir dos resultados foi observado que os genes nucleares são conservados ao passo que os mitocondriais são altamente variáveis e com tendência as bases AT. Este estudo evidenciou que os genes nucleares 18S e 28S não são ideais para resoluções filogenéticas em nível de famílias, subfamílias e tribos de Coreidae e Pentatomidae, visto que... / Abstract: Pentatomomorpha consists about 14.000 species distributed in six superfamilies, to which Pentatomoidea and Coreoidea are included. Pentatomidae has 7000 species in 15 families, of which Pentatomidae is the largest, with 4500 species and 760 genera, although in the state of São Paulo only 163 species are present. The Coreoidae superfamily consists of five families, however only Coreidae, Rophalidae and Alydidae are present in the Neotropics. The Coreidae family has 1884 species, divided into four subfamilies, of which Coreinae has eight tribes with representatives in Brazil. Although Pentatomidae and Coreidae families have a significant role as pests of agricultural crops, the cladistic analysis involving these taxa are scarce, which results in the absence of a single hypothesis classification, making research on phylogenetic systematic approaches necessary for these families. Therefore, this study aimed to characterize the phylogenetic relationships of Pentatomidae families and subfamilies through the 16S, ND5, 18S and 28S genes and Coreidae family and their respective Coreinae subfamily through the 18S and 28S genes. We aimed also to confirm the current classification of tribes and subfamilies of Pentatomidae and Coreidae, which is grounded on morphological characters, as well as to evaluate the genetic variability of the sequences corresponding to the mitochondrial and nuclear genes analyzed. From the results it was observed that the nuclear genes are conserved while the mitochondrial are highly variable and tend to AT base. Our study showed that nuclear genes 18S and 28S are not ideal for phylogenetic resolution at the level of families, subfamilies and tribes of Coreidae and Pentatomidae, because the supports of the branches do not allow that there is confiability in the analysis. Furthermore, groups considered monophyletic, based on morphological characteristics, such ... / Mestre