Desde o final dos anos 80, o estudo de marcadores de DNA tem contribuído enormemente para um melhor entendimento de questões antropológicas. Atualmente, duas questões têm sido debatidas fortemente: a primeira envolve o modelo de origem dos humanos modernos e a possível assimilação de linhagens arcaicas pelas populações de Homo sapiens saídas da África. A segunda envolve o tempo e o modo do povoamento das Américas, o último continente a ser colonizado pelos humanos. Foi realizado um estudo envolvendo o seqüenciamento de 50 locos autossômicos em uma amostra de 12 indígenas americanos, totalizando cerca de 50.000 pares de bases de seqüência por indivíduo. Os dados foram analisados juntamente com seqüências já publicadas oriundas de indivíduos africanos e asiáticos. Usando computação bayesiana aproximada e simulações de coalescência, foi estimada diretamente, pela primeira vez, a probabilidade relativa de três modelos de evolução humana. Um modelo de origem africana com substituição obteve a maior probabilidade relativa (98%), muito superior àquela de modelos de assimilação ou de evolução multirregional. O cenário evolutivo sugerido pode explicar não apenas a ancestralidade recente do DNA mitocondrial e do cromossomo Y, como também a existência de linhagens antigas em locos autossômicos. Quanto ao povoamento das Américas, os dados indicaram a ausência de um efeito de gargalo-de-garrafa forte e sugerem um tempo recente de povoamento, de até 13.350 anos atrás. Para obter um cenário mais refinado para o povoamento das Américas, foram seqüenciados 53 genomas mitocondriais completos de indivíduos nativos americanos pertencentes aos cinco haplogrupos mitocondriais principais (A-D, X), que foram analisados juntamente com 191 genomas disponíveis em bancos de dados públicos. Os resultados indicaram um povoamento após o último máximo glacial há aproximadamente 18.000 anos atrás, associados a uma forte expansão populacional (100 vezes) com uma entrada no continente pela costa do Pacífico.Os dois conjuntos de dados sugerem fortemente a ausência de um efeito fundador marcante durante a colonização das Américas e o povoamento do continente após o último máximo glacial. As discrepâncias entre as duas datas obtidas para a entrada nas Américas podem indicar os efeitos de uma segunda migração, mas a explicação mais simplesenvolveria fatores como desenho amostral e incertezas vinculadas a alguns dos parâmetros utilizados. / Since the end of the 80s, the study of DNA markers has contributed enormously to a better understanding of anthropological questions. Currently, two issues have been hotly debated: the first involves a model for the origin of modern humans, and the possible assimilation of archaic lineages by Homo sapiens populations which had left Africa. The second involves the time and mode of the peopling of the Americas, the last continent colonized by humans. A study involving the sequencing of 50 autosomal loci was performed in a sample of 12 American Indians, totaling about 50,000 base pairs per individual. These data were analyzed in conjunction with previously published sequences from African and Asian individuals. Using approximate Bayesian computation and coalescent simulations, the relative probability of three models of human evolution was assessed for the first time. A model of African origin with replacement received the highest relative probability (98%), much higher than that associated to assimilation or multiregional models. The favored evolutionary scenario can explain not only the recent ancestry for mitochondrial DNA and the Y chromosome, but also the existence of deep lineages in autosomal loci. Regarding the peopling of the Americas, the data indicate the lack of a bottleneck effect and suggest a recent time for its settlement, up to 13,350 years ago. To obtain a more accurate scenario for the peopling of the Americas, 53 mitochondrial genomes from Native American individuals belonging to the five main mitochondrial haplogroups (A-D, X) were sequenced and were analyzed together with 191 genomes available in public databases. The analysis indicated a peopling of the continent after the last glacial maximum at approximately 18,000 years ago, associated to a strong population expansion (100 fold), and with an entry in the continent through the Pacific coast. Both datasets strongly suggest the nonexistence of a marked founder effect during the settlement of the Americas and the peopling of the continent after the last glacial maximum. The discrepancies between the two calculated times for the entry in the continent could reflect the effects of a secondary migration, but the simplest explanation would be related to factors such as sampling design and to uncertainties intrinsic to some of the parameters.

As populações da América pós-colombiana, em especial as populações brasileiras, foram estabelecidas principalmente através de cruzamentos envolvendo colonizadores europeus e mulheres ameríndias ou africanas. No entanto, têm sido descritas particularidades regionais e locais. Desta forma, este trabalho objetivou esclarecer os detalhes da formação da população de Porto Alegre através de dados genéticos. Para isto uma amostra de 290 indivíduos fenotipicamente identificados como brancos foi investigada com relação a marcadores de linhagens uniparentais maternos e paternos. Duzentos e três homens foram genotipados para doze marcadores bialélicos (single nucleotide polymorphisms - SNPs ) presentes na região não recombinante do cromossomo Y, sendo também seqüenciada a primeira região hipervariável (HVS-I) do DNA mitocondrial (mtDNA) de cento e setenta e dois indivíduos. Com relação aos marcadores do cromossomo Y a freqüência dos SNPs mostrou um cenário predominante de cromossomos europeus (~93%), sendo o restante de cromossomos possivelmente de origem africana. Além disso, mais de 51% dos cromossomos genotipados pertencem ao haplogrupo R1b3*, amplamente distribuído em populações ibéricas. Em consonância com este achado as análises dos dados apontaram para uma herança predominante dos colonizadores açorianos e portugueses, confirmando que o legado genético masculino da população de Porto Alegre tem origem em seus colonizadores históricos. Um cenário diferente foi encontrado para o mtDNA, pois além da presença européia (69%), também foram detectadas linhagens ameríndia (21%) e africana (10%). A avaliação das seqüências ameríndias mostrou a presença Guarani e também pela primeira vez, considerando-se uma amostra gaúcha, a herança Kaingang. Finalmente, os dados comparativos com uma amostra de negros revelaram a possibilidade de que distintas dinâmicas de mestiçagem ocorreram na formação da população porto-alegrense. / The post-Columbian American populations, especially Brazilians, are mainly the result of intercrossings between European males and Amerindian or African females. However, regional and local particularities have been described. The main objective of this investigation was to reveal details about the formation of the Porto Alegre population using genetic markers. A sample of 290 persons phenotypically classified as white was investigated in relation to several uniparental genetic systems. Two-hundred and three men were genotyped considering twelve biallelic loci (single nucleotide polymorphisms - SNPs) located in the non-recombinant region of the Y-chromosome, while the first hipervariable region (HVS-I) of the mitocondrial DNA (mtDNA) was sequenced in 172 individuals. The main origin of Y-chromosomes is European (~93%), the complementary fraction having a probable African origin. The Y-SNP haplogroup R1b3*, the most frequent in Iberian populations, is present in Porto Alegre with a frequency of 51%. These and other results show that the male contribution to this population is predominantly Azorean and Portuguese, confirming historical sources. A different scenario was oberved considering the mtDNA, because European (69%), Amerindian (21%) and African (10%) mtDNA sequences were identified. Restricting our attention to the sequences of Amerindian origin, it was Introdução possible to detect Guarani and for the first time considering a gaúcho sample, Kaingang heritages. The comparative analysis with a black sample revealed that distinct admixture dynamics have occurred in the formation of the Porto Alegre population.

Tesis de Magíster en Bioquímica área de Especialización en Toxicología y Diagnóstico Molecular / La identificación humana a través del análisis de ADN se basa en la genotipificación de STRs (del inglés Short Tandem Repeat). En Chile la Ley 19.970 solicita establecer la huella genética con al menos trece STRs, los del sistema CODIS (del inglés Combined DNA Index System) del FBI (del inglés Federal Bureau of Investigation). En el 2012 el FBI propuso expandir el número de marcadores STRs de 13 a 21, y el año 2015 finalmente se propuso la expansión a 20 STRs. Debido a esto se dispuso en el mercado sistemas comerciales, dentro de los que se encuentra el sistema GlobalFiler® PCR Amplification Kit (Applied Biosystems) que amplifica simultáneamente veintiún marcadores STRs autosómicos, un marcador STR del cromosoma Y, un marcador polimórfico del cromosoma Y (Y indel) y el marcador de sexo Amelogenina. Debido a que los datos de las frecuencias alélicas respaldan los cálculos estadísticos en los estudios forenses, y a que no se cuenta con las frecuencias alélicas de los marcadores STRs del nuevo núcleo CODIS para la población chilena, es esencial determinar las frecuencias alélicas de cada uno de estos marcadores STRs y establecer los parámetros forenses para evaluar la utilidad de cada marcador. En este contexto el objetivo del presente estudio fue determinar las frecuencias alélicas y los parámetros forenses de interés, para los veintiún marcadores STRs incluidos en el sistema comercial GlobalFiler® PCR Amplification Kit (Applied Biosystems) para 920 muestras obtenidas de individuos no emparentados de diferentes ciudades de Chile. Se determinó para cada STR en estudio, la distribución de las frecuencias alélicas y los parámetros estadísticos forenses, PD (del inglés Power of Discrimination), PIC (del inglés Polymorphism Information Content), PE (del inglés Power of Exclusion), PM (del inglés Probability of a match), Heterocigotos esperados (He), Heterocigotos observados (Ho), equilibrio Hardy–Weinberg (HWE). Los parámetros forenses del presente estudio fueron comparados con los parámetros forenses de los STRs que actualmente se utilizan en Chile. Se determinó las frecuencias alélicas y los parámetros forenses. Los STRs estudiados mostraron un alto polimorfismo. Los tres STRs más informativos fueron SE33, FGA y D1S1656. Los marcadores STRs TPOX y D22S1045 fueron los menos polimórficos. No se observó desviación significativa del equilibrio de HWE (p>0,05). PD y PE combinado fueron mayor que 0,99999999. El conjunto de STRs estudiados presentó un alto poder de discriminación, ocho órdenes de magnitud más que los sistemas actualmente utilizados en Chile. Adicionalmente, se realizaron análisis entre las diferentes poblaciones estudiadas, Arica, Iquique, La Serena, Coquimbo, Santiago (sector público y privado), Chillan, Temuco y Puerto Montt. Para esto se determinaron las frecuencias alélicas y el HWE para cada marcador STR. Se determinaron los alelos privados y los valores de FST entre pares de poblaciones. Se observó desviación significativa del equilibrio de HWE (p>0,05), sin embargo, luego de la corrección de Bonferroni, no se observaron desviaciones HWE (p>0,00026). En cada población al menos dos alelos privados difieren. Se observaron valores bajos de FST, siendo el valor 0,00534 el más alto observado entre la población de Arica y Santiago sector público. El dendrograma construido a partir de la matriz de FST muestra diferencias entre poblaciones consistentes con la distribución geográfica. Se realizó un análisis de ancestría global, que muestra que la mayoría de los individuos estudiados se distribuyen entre el componente caucásico y el componente presuntamente amerindio En conclusión, las frecuencias alélicas determinadas en este estudio son útiles para ser usadas por la comunidad forense y estos marcadores STRs son altamente polimórficos en la población chilena. Con estos STRs solo se evidencio una pequeña diferenciación genética entre las poblaciones estudiadas / Human identification through analysis of the DNA is based on genotyping of polymorphic regions, known as STR (Short Tandem Repeat). In Chile the law 19.970 requests genotyping of at least thirteen STRs markers, autosomal STR loci of the CODIS (Combined DNA Index System) of FBI (Federal Bureau of Investigation) to establish the DNA fingerprinting of an individual. In 2012 the FBI proposed to expand the number of STRs from 13 to 21. Finally, in 2015 the FBI proposed to expand the number to 20 STRs. For this reason different kits being commercially available, such as GlobalFiler® PCR Amplification Kit (Applied Biosystems) multiplex assay that amplifies 21 autosomal STR loci, 1 YSTR, 1 insertion/deletion polymorphic marker on the Y chromosome (Y indel) and sex determining marker Amelogenin. Because allele frequencies data support statistical calculation in forensic studies and due to the lack of allele frequency data for the Chilean population for CODIS core loci, it’s essential to determine the allelic frequencies of each of these STR markers. In this context, the aim of the present work is to estimated the allele frequencies and statistical parameters of forensic interest for the 21 autosomal STR loci included in the GlobalFiler® PCR Amplification Kit (Applied Biosystems) in a set of 920 samples collected from unrelated individuals at different localities from Chile. Frequency distributions and the forensic parameters power of discrimination (PD), polymorphism information content (PIC), power of exclusion (PE) and the probability of a match (PM), expected heterozygosity (He), observed heterozygosity (Ho) and Hardy–Weinberg equilibrium (HWE) were determined for each of these STRs. The forensic parameters obtained in this study were compared with parameters of the STR markers currently used in Chile. This study showed a high levels of polymorphism in the simple set. The three most informative markers identified in this study were SE33, FGA and D1S1656. TPOX and D22S1045 were the least polymorphic markers. No deviations from HWE expectations (p>0,05) were found. Combined PD and PE were greater than 0,99999999. Offering a high power of discrimination, eight orders of magnitude more than the STR markers currently used in Chile. Additionally, an analysis was performed between populations, the allele frequencies and HWE were estimated for each of these STRs for different localities including Arica, Iquique, La Serena, Coquimbo, Santiago (Public and Private), Chillan, Temuco, and Puerto Montt. Private alleles and populations pairwise FST values were estimated. Statistically significant deviations from HWE expectations (p>0,5) were found; However, after using Bonferroni’s correction (p>0,00026) no deviations from HWE expectations were detected. At least two private alleles that differ in each population were found. Low FST values were observed, and the larger FST value between populations (Arica- Santiago Public) was 0,00534. The dendrogram constructed from Matrix of pairwise FST showed differences between populations that are consistent with the geographical distribution of Chile. A study was carried out of global ancestry that showed that the individuals studied are distributed between caucasian component and possibly amerindian component. In conclusion, the allele frequencies estimated in this study are useful for the forensic community. STRs markers are highly polymorphic in the Chilean population and more informative than STR markers currently used in Chile. The results do not show any appreciable differences between studied populations

Submitted by Alison Vanceto (alison-vanceto@hotmail.com) on 2017-02-06T10:35:24Z No. of bitstreams: 1 DissCEBR.pdf: 2187824 bytes, checksum: 2b4de8a7ed43422ec5b90e9dfd63a4ac (MD5) / Approved for entry into archive by Camila Passos (camilapassos@ufscar.br) on 2017-02-06T18:53:06Z (GMT) No. of bitstreams: 1 DissCEBR.pdf: 2187824 bytes, checksum: 2b4de8a7ed43422ec5b90e9dfd63a4ac (MD5) / Approved for entry into archive by Camila Passos (camilapassos@ufscar.br) on 2017-02-06T18:53:25Z (GMT) No. of bitstreams: 1 DissCEBR.pdf: 2187824 bytes, checksum: 2b4de8a7ed43422ec5b90e9dfd63a4ac (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-06T18:53:54Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DissCEBR.pdf: 2187824 bytes, checksum: 2b4de8a7ed43422ec5b90e9dfd63a4ac (MD5) Previous issue date: 2016-08-14 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Whereas the S. venaticus, has a wide distribution, estimated from Panama to northern Argentina, the dog vinegar is considered "near threatened" by the IUCN and "Vulnerable (VU)" by MMA. The molecular and biological data deficiency of this species is due mainly to the difficulties of capturing and observing natural environments, indicating a decline in population density of the species. Therefore, the objectives of this study were to determine the socio-genetic structure of family groups of S. venaticus, as well as estimate of kinship and population parameters such as genetic diversity and population structure, comparing parameters of genetic diversity between representatives of nature and captivity. For this, we used 12 microsatellite genetic markers, three specific primers and nine heterologous originally described for Canis familiaris and mitochondrial marker (CR - d-loop). They were obtained 38 blood samples of these, one 23 from the sample bank of CENAP/ICMBio, samples from the municipalities of N. Xavantina and Água Boa (MT), located of north the Mortes’s river, a place with great agricultural exploitation, reducing the closed portion by human actions. The nine heterologous loci showed a PIC> 0,6. Average values of observed heterozygosity (Ho) by codominant markers indicated a deficiency in the captive population, while haplotype diversity of data were the same for both populations. Diversity of data and allelic richness when compared to both populations showed a low for the captive population. Analysis of population structure, estimated a FST 0,165 between populations. Kinship analysis, suggested that 23.8% of individuals in the population in situ. However, also point out the need to expand the number of individuals sampled and conduct a follow-up field to elucidate the issues that emerged from this study. / Considerando que o S. venaticus, apresenta uma ampla distribuição, estimada desde o Panamá até o norte da Argentina, o cachorro-vinagre é considerado “quase ameaçado” pela IUCN e “vulnerável (VU) ” pelo MMA. A deficiência de dados moleculares e biológicos dessa espécie deve-se, principalmente, às dificuldades de captura e observação em ambientes naturais, indicando uma baixa na densidade populacional da espécie. Assim sendo, os objetivos foram: determinar a estrutura sócio-genética dos grupos familiares de S. venaticus, assim como estimar relações de parentesco e parâmetros populacionais, tais como diversidade genética e estruturação populacional para as populações ex situ e in situ. Para tanto foram utilizados 12 marcadores genéticos microssatélites desses, três primers específicos e nove heterólogos e um marcador mitocondrial (CR - d-loop). Foi extraído o DNA de 38 amostras de sangue dessas, 23 provenientes do banco de amostras do CENAP/ICMBio, coletadas nos municípios de N. Xavantina e Água Boa (MT), localizados ao norte do Rio das Mortes. Os nove locos heterólogos apresentaram um PIC>0,6. Análises de estruturação populacional, estimaram um FST de 0,165 entre populações, considerando uma diferenciação maior entre que dentro de populações, sem evidencia de estruturação Valores médios de heterozigosidade observada (Ho) por marcadores codominantes, indicaram uma deficiência na população cativa, enquanto dados de diversidade haplotípica foram iguais para ambas populações, apresentando cinco haplótipos e seis mutações. Dados de diversidade e riqueza alélica, quando comparados para ambas populações, apresentaram uma baixa para à população cativa. As análises de parentesco, sugeriram que 23.8% dos indivíduos da população in situ, possuem algum grau de parentesco entre si, indicando desvios na composição social esperada para Speothos com base nas observações de campo. Os resultados obtidos representam avanço importante no conhecimento da composição social da espécie. No entanto, apontam também a necessidade de ampliar o número de indivíduos amostrados e realizar um acompanhamento em campo visando elucidar as questões que surgiram a partir deste estudo.

Orientador: Fausto Foresti / Resumo: Os estudos em citogenética de peixes Neotropicais têm se expandido de modo considerável nos últimos anos, principalmente devido à incorporação de novas técnicas de obtenção e interpretação de dados cariomórficos. O presente estudo se inseriu no programa geral de estudos de Citogenética e Genética Molecular de Peixes Neotropicais que vem sendo desenvolvido no Laboratório de Biologia e Genética de Peixes (IBB/UNESP/Botucatu). Foram analisadas citogeneticamente, com relação aos aspectos estrutural e molecular cinco espécies de peixes da ordem dos Siluriformes, tendo como foco especial as espécies mais representativas da família Heptapteridae, sendo Rhamdia quelen, Pimelodella avanhadavae, Cetopsorhamida iheringi, Heptapterus mustelinus e Imparfinis mirin encontrados nos componentes das bacias hidrográficas dos rios Grande, Tietê e Paranapanema, no Estado de São Paulo, além de espécimes de Pimelodella elongata, provenientes do Rio Dos Bocas (03°16'07.6"S 079°44'14.8"W) Province El Oro, Equador. As análises de citogenética clássica envolveram a aplicação das técnicas de coloração por Giemsa para a caracterização do número diploide das espécies, que mostrou variação entre 2n=46 a 2n=58 cromossomos e o bandamento C para a localização de regiões heterocromáticas, além de técnicas de citogenética molecular com produção de sondas e mapeamento dos genes de DNAr 5S e 18S e mapeamento físico de 4 sequências de microssatélites ((CA)15, (GA)15, (CG)15 e (TTA)10). Além disso, foi realizado a... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Doutor

Neuroblastoma é um tumor do sistema nervoso periférico e uma das principais causas de mortalidade infantil por câncer no Brasil e no mundo. A característica marcante desses tumores é sua heterogeneidade clínica – as apresentações variam desde formas benignas e tratáveis até variantes extremamente agressivas, que levam o paciente a óbito em poucos meses. A fim de determinar as melhores estratégias para o tratamento desse câncer, um grande número de pesquisadores tem procurado por novos biomarcadores e alvos terapêuticos. Atualmente, o melhor marcador biológico para a progressão de neuroblastoma é a amplificação do gene MYCN, que ocorre na maioria dos casos mais agressivos. Entretanto, esse marcador não é capaz de discriminar entre todos os tipos de pacientes, demonstrando a necessidade de encontrarmos outros marcadores. Neste trabalho, reconstruímos a rede de regulação gênica de neuroblastoma utilizando ferramentas de bioinformática e biologia de sistemas a fim de buscar novos biomarcadores e alvos terapêuticos para esta doença. Através dessa rede, analisamos uma assinatura de genes diferentemente expressos em metástases agressivas, buscando fatores de transcrição que pudessem estar envolvidos na progressão tumoral. Através dessa análise, observamos que MAX é um dos reguladores mestres do processo, e variações em sua expressão estavam correlacionadas com o desfecho de pacientes, sugerindo seu potencial como biomarcador. Além disso, também observamos o aumento do conteúdo de MAX em células de linhagem de neuroblastoma humano durante um protocolo de diferenciação experimental, sugerindo que essa proteína tem um papel muito mais central no controle do balanço entre proliferação e diferenciação do que previamente descrito. / Neuroblastoma is a peripheral nervous system tumor and one of the main causes of children cancer mortality in Brazil and in the rest of the world. The hallmark of these tumors is their clinical heterogeneity – presentations vary from benign and treatable to extremely aggressive variants, the latter leading the patient to death in just a few months. In order to come up with the best strategies for treatment and management of this cancer, a great number of researchers have been searching for novel biomarkers and therapeutic targets. To this date, the best neuroblastoma biomarker is the amplification of MYCN oncogene, which occurs in the majority of aggressive cases. However, this biomarker alone does not suffice to discriminate among all patients types, illustrating the need for finding other biomarkers. In this work, we reverse engineered the neuroblastoma gene regulatory network using systems biology and bioinformatics tools in order to find novel biomarkers and therapeutic targets. Using this network, we analyzed an aggressive metastasis gene signature to find transcription factors that could be involved in tumor progression. Through this analysis, we observed that MAX was a master regulator of this process, and that changes in its expression were associated with patient survival, suggesting its role as potential biomarker. Additionally, we observed that MAX content was increased in human neuroblastoma cell lines undergoing experimental differentiation. These results suggest that this protein has a much more central role in regulating the balance between proliferation and differentiation than previously described.

As populações da América pós-colombiana, em especial as populações brasileiras, foram estabelecidas principalmente através de cruzamentos envolvendo colonizadores europeus e mulheres ameríndias ou africanas. No entanto, têm sido descritas particularidades regionais e locais. Desta forma, este trabalho objetivou esclarecer os detalhes da formação da população de Porto Alegre através de dados genéticos. Para isto uma amostra de 290 indivíduos fenotipicamente identificados como brancos foi investigada com relação a marcadores de linhagens uniparentais maternos e paternos. Duzentos e três homens foram genotipados para doze marcadores bialélicos (single nucleotide polymorphisms - SNPs ) presentes na região não recombinante do cromossomo Y, sendo também seqüenciada a primeira região hipervariável (HVS-I) do DNA mitocondrial (mtDNA) de cento e setenta e dois indivíduos. Com relação aos marcadores do cromossomo Y a freqüência dos SNPs mostrou um cenário predominante de cromossomos europeus (~93%), sendo o restante de cromossomos possivelmente de origem africana. Além disso, mais de 51% dos cromossomos genotipados pertencem ao haplogrupo R1b3*, amplamente distribuído em populações ibéricas. Em consonância com este achado as análises dos dados apontaram para uma herança predominante dos colonizadores açorianos e portugueses, confirmando que o legado genético masculino da população de Porto Alegre tem origem em seus colonizadores históricos. Um cenário diferente foi encontrado para o mtDNA, pois além da presença européia (69%), também foram detectadas linhagens ameríndia (21%) e africana (10%). A avaliação das seqüências ameríndias mostrou a presença Guarani e também pela primeira vez, considerando-se uma amostra gaúcha, a herança Kaingang. Finalmente, os dados comparativos com uma amostra de negros revelaram a possibilidade de que distintas dinâmicas de mestiçagem ocorreram na formação da população porto-alegrense. / The post-Columbian American populations, especially Brazilians, are mainly the result of intercrossings between European males and Amerindian or African females. However, regional and local particularities have been described. The main objective of this investigation was to reveal details about the formation of the Porto Alegre population using genetic markers. A sample of 290 persons phenotypically classified as white was investigated in relation to several uniparental genetic systems. Two-hundred and three men were genotyped considering twelve biallelic loci (single nucleotide polymorphisms - SNPs) located in the non-recombinant region of the Y-chromosome, while the first hipervariable region (HVS-I) of the mitocondrial DNA (mtDNA) was sequenced in 172 individuals. The main origin of Y-chromosomes is European (~93%), the complementary fraction having a probable African origin. The Y-SNP haplogroup R1b3*, the most frequent in Iberian populations, is present in Porto Alegre with a frequency of 51%. These and other results show that the male contribution to this population is predominantly Azorean and Portuguese, confirming historical sources. A different scenario was oberved considering the mtDNA, because European (69%), Amerindian (21%) and African (10%) mtDNA sequences were identified. Restricting our attention to the sequences of Amerindian origin, it was Introdução possible to detect Guarani and for the first time considering a gaúcho sample, Kaingang heritages. The comparative analysis with a black sample revealed that distinct admixture dynamics have occurred in the formation of the Porto Alegre population.

Neuroblastoma é um tumor do sistema nervoso periférico e uma das principais causas de mortalidade infantil por câncer no Brasil e no mundo. A característica marcante desses tumores é sua heterogeneidade clínica – as apresentações variam desde formas benignas e tratáveis até variantes extremamente agressivas, que levam o paciente a óbito em poucos meses. A fim de determinar as melhores estratégias para o tratamento desse câncer, um grande número de pesquisadores tem procurado por novos biomarcadores e alvos terapêuticos. Atualmente, o melhor marcador biológico para a progressão de neuroblastoma é a amplificação do gene MYCN, que ocorre na maioria dos casos mais agressivos. Entretanto, esse marcador não é capaz de discriminar entre todos os tipos de pacientes, demonstrando a necessidade de encontrarmos outros marcadores. Neste trabalho, reconstruímos a rede de regulação gênica de neuroblastoma utilizando ferramentas de bioinformática e biologia de sistemas a fim de buscar novos biomarcadores e alvos terapêuticos para esta doença. Através dessa rede, analisamos uma assinatura de genes diferentemente expressos em metástases agressivas, buscando fatores de transcrição que pudessem estar envolvidos na progressão tumoral. Através dessa análise, observamos que MAX é um dos reguladores mestres do processo, e variações em sua expressão estavam correlacionadas com o desfecho de pacientes, sugerindo seu potencial como biomarcador. Além disso, também observamos o aumento do conteúdo de MAX em células de linhagem de neuroblastoma humano durante um protocolo de diferenciação experimental, sugerindo que essa proteína tem um papel muito mais central no controle do balanço entre proliferação e diferenciação do que previamente descrito. / Neuroblastoma is a peripheral nervous system tumor and one of the main causes of children cancer mortality in Brazil and in the rest of the world. The hallmark of these tumors is their clinical heterogeneity – presentations vary from benign and treatable to extremely aggressive variants, the latter leading the patient to death in just a few months. In order to come up with the best strategies for treatment and management of this cancer, a great number of researchers have been searching for novel biomarkers and therapeutic targets. To this date, the best neuroblastoma biomarker is the amplification of MYCN oncogene, which occurs in the majority of aggressive cases. However, this biomarker alone does not suffice to discriminate among all patients types, illustrating the need for finding other biomarkers. In this work, we reverse engineered the neuroblastoma gene regulatory network using systems biology and bioinformatics tools in order to find novel biomarkers and therapeutic targets. Using this network, we analyzed an aggressive metastasis gene signature to find transcription factors that could be involved in tumor progression. Through this analysis, we observed that MAX was a master regulator of this process, and that changes in its expression were associated with patient survival, suggesting its role as potential biomarker. Additionally, we observed that MAX content was increased in human neuroblastoma cell lines undergoing experimental differentiation. These results suggest that this protein has a much more central role in regulating the balance between proliferation and differentiation than previously described.

Orientadores : Anete Pereira de Souza, Antonio Augusto F. Garcia / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-02T11:28:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Meza_AndreiaNavarro_M.pdf: 5830431 bytes, checksum: 57161f50f0b38b6bfa7d29c79a1337eb (MD5) Previous issue date: 2002 / Mestrado

Memoria para optar al título Profesional de Ingeniero Agrónomo Mención Producción Animal / No disponible a texto completo / El pez cebra (Danio rerio) es uno de los vertebrados más utilizados como organismo modelo en biología molecular y del desarrollo, fisiología y toxicología. Recientemente se ha propuesto como organismo modelo en estudios de nutrición y crecimiento donde los resultados podrían aplicarse a peces de importancia acuícola. Un requisito indispensable para utilizar el pez cebra como modelo en acuicultura es generar un gran número de peces adultos, sin embargo, no se han establecido los protocolos adecuados para la crianza larval lo que dificulta la tarea de generar abundante población adulta. La sobrevivencia de las larvas depende tanto de la alimentación como de las condiciones fisicoquímicas del medio donde se encuentran, sin embargo, la mayoría de estos parámetros sólo están relativamente establecidos para el mantenimiento de peces adultos. Por ejemplo, el nivel de oxígeno disuelto en el agua en la etapa larval no ha sido descrito. El objetivo de este trabajo fue determinar las condiciones óptimas de crianza larval del pez cebra desde los 8 a los 28 días post fertilización (dpf), una vez que ocurre la transición de larva a juvenil, y conocer el crecimiento de las larvas hasta los 98 dpf, previo a la madurez sexual. Se evaluó la sobrevivencia de las larvas sometidas a condición de nula aireación y aireación constante en 24 familias de peces durante los primeros 28 dpf. Se comparó la tasa de crecimiento de los peces sometidos a aireación constante desde los 28 dpf hasta los 98 dpf, alimentados con dos dietas experimentales que difieren en el origen de la proteína (animal v/s vegetal). Adicionalmente se obtuvieron curvas de crecimiento de los peces, alimentados con la dieta experimental a base de proteína animal y alimento comercial. Los resultados indican que la mayor mortalidad de las larvas se registra en peces sometidos a condición de nula aireación con un 52,81% de mortalidad versus un 4,95% en aquella población sometida a aireación constante. En ambos ensayos la mayor mortalidad se registra entre los 12 y 14 dpf, adicionalmente en el tratamiento sin aireación se observó un aumento de la mortalidad entre los 22 y 25 dpf, probablemente debido a las condiciones de hipoxia del medio. Por otra parte, las poblaciones alimentadas con dieta que difiere en el origen de la proteína presentaron significativamente mayores valores en peso y longitud en los peces alimentados con proteína de origen animal versus los alimentados con proteína de origen vegetal (181,964 ± 62,952 mg y 15,963 ±1,862 mm versus 135,204 ± 55,701 mg y 14,227 ± 2,340 mm respectivamente). Al comparar las curvas de crecimiento de los peces alimentados con dieta en base a proteína animal y dieta comercial se observa en ambos casos su modelación se ajustó al crecimiento potencial de la forma , siendo aquella población alimentada con dieta comercial la que presenta los mayores incrementos en peso y longitud (P > 0,05). / The zebrafish (Danio rerio) is one of the most common vertebrates as a model organism in molecular and developmental biology, physiology and toxicology. Recently it has been proposed as a model organism in studies of nutrition and growth. However, have not been established protocols for larval rearing which makes it difficult to generate large numbers of adult fish, a prerequisite for using zebrafish as a model for aquaculture. Recently it has been proposed as a model organism in studies of nutrition and growth where the results could be applied to important fish in aquaculture. A prerequisite for using zebrafish as a model for aquaculture is to generate a large numbers of adult fish, however, have not established appropriate protocols for larval rearing which makes the task of generating plenty of adults. The survival of the larvae depends on both the supply and physicochemical conditions of the environment where they are, however, most of these parameters are relatively established only for the maintenance of adult fish. For example, the level of dissolved oxygen in the water in the larval stage has not been described. The aim of this study was to determine the optimal conditions for rearing larval zebrafish from 8 to 28 days post fertilization (dpf), once the transition occurs from larva to juvenile, and know the growth of the larvae until 98 dpf, prior to sexual maturity. We evaluated the survival of larvae exposed to a condition of no aeration and constant aeration in 24 families of fish during the first 28 dpf. We compared the growth rate of fish under constant aeration from 28 dpf to 98 dpf, fed with two experimental diets differing in protein source (animal v/s plant). Additionally, growth curves were obtained for fish fed with experimental diet based on animal protein and commercial food. The results indicate that increased mortality of fish larvae register under no aeration condition with a mortality 52.81% versus 4.95% in that population under constant aeration. In both trials, the highest mortality was recorded between 12 and 14 dpf, in addition to the treatment without aeration showed an increase in mortality between 22 and 25 dpf, probably due to environmental hypoxic conditions. Moreover, the populations fed diets differing in protein source had significantly higher values in weight and length in those fish fed with animal protein versus those fed plant protein (181.964 ± 62.952 mg and 15.963 ±1.862 mm versus 135.204 ± 55.701 mg versus 14.227 ± 2.340 mm). By comparing the growth curves for fish fed diet based on animal protein and commercial diet were fitted to potential model ( for growth, where that population fed commercial diet that showed greatest increases in weight and length (P > 0.05).