Les petits ARN nucléolaires (snoARN) sont d'abondants petits ARN non codants impliqués dans la modification post-transcriptionnelle des ARN ribosomiques. Plus récemment, ils ont été associés à de nouvelles fonctions et des dérégulations dans les cancers. La leucémie lymphoïde chronique (LLC) est l'hémopathie maligne la plus courante dans les pays occidentaux. Cette pathologie, bien qu'indolente, est toujours incurable et est très hétérogène en termes d'évolution et de réponse au traitement. Il est ainsi nécessaire de découvrir de nouveaux marqueurs permettant de stratifier le risque d'évolution de la LLC afin d'améliorer la prise en charge thérapeutique des patients. Le but de mon projet a été d'étudier les profils d'expression des snoARN dans la LLC et de les corréler aux données cliniques et biologiques. Par des expériences de PCR quantitative à grande échelle (Fluidigm), j'ai mis en évidence la dérégulation des snoARN dans la LLC. De plus, j'ai pu montrer qu'une signature spécifique était capable de définir un nouveau sous-groupe de mauvais pronostic au sein des patients IGHV-mutés, initialement classés dans un groupe de bon pronostic. La surexpression de la signature est corrélée à un temps de survie sans traitement plus court et semble être principalement activée par les signaux de prolifération. Ainsi, cette étude démontre l'intérêt d'étudier la valeur pronostique des snoARN dans la LLC et plus largement dans les hémopathies malignes. / Small nucleolar RNAs (snoRNAs) are an abundant class of small non-coding RNAs responsible for the post-transcriptional modifications of ribosomal RNAs. They have been recently associated with new functions and described as deregulated in many cancers. Chronic lymphocytic leukemia (CLL) is the most frequent leukemia in the western world. This disease has a slow progression rate but is still incurable and is also very heterogeneous in terms of clinical course and response to therapy. Thus, it is essential to find new molecular markers allowing improvement of patient therapeutic care. This study aimed at establishing the expression profiles of snoRNAs in a CLL cohort and to correlate them to the clinico-biological parameters. By means of high-throughput quantitative PCR, I showed that snoRNAs were deregulated in CLL. Moreover, a specific signature was able to define a new adverse prognostic subgroup among IGHV-mutated patients, initially classified as good prognosis cases. The overexpression of the signature is correlated to a shorter treatment-free survival and seems to be mainly activated by proliferation signals. All in all, this study demonstrates the prognostic value of snoRNAs in CLL and prompts us to further explore their deregulation in hematological malignancies.

Les arbovirus transmis par les moustiques Aedes représentent un problème majeur de santé publique dans les pays du Sud et certains comme la dengue et le chikungunya risquent d'émerger dans les pays du Nord. La lutte contre ces maladies repose essentiellement sur le contrôle des populations de vecteurs. Pour un meilleur contrôle de ces arbovirus, beaucoup d'efforts sont déployés pour développer de nouveaux outils. La mesure de la réponse anticorps (Ac) de l'homme contre les protéines salivaires des arthropodes a été utilisée pour évaluer son exposition aux piqûres des vecteurs et estimer le risque de transmission des pathogènes. L'objectif de notre travail a été de valider par une approche immuno-épidémiologique le concept « réponse Ac anti salive comme bio-marqueur d'exposition aux Aedes ». Nous avons également évalué la spécificité de cette réponse par rapport aux populations exposées uniquement à Ae. aegypti ou Ae. albopictus. Dans un second volet, nous avons identifié les protéines salivaires d'Ae. albopictus impliquées dans cette réponse. Et enfin, nous avons évalué la potentialité d'utiliser ce bio-marqueur comme critère d'efficacité de la lutte anti vectorielle contre Ae. albopictus. Nos résultats montrent une corrélation entre la réponse Ac anti salive et l'intensité d'exposition aux vecteurs indiquant ainsi la pertinence de son utilisation comme bio-marqueur d'exposition aux piqûres des Aedes. Nous notons une faible réaction croisée de cette réponse Ac entre la salive d'Ae. aegypti et d'Ae. albopictus. Les protéines salivaires antigéniques d'Ae. albopictus identifiées sont essentiellement impliquées dans la prise du repas sanguin. L'utilisation de ce bio-marqueur a permis de détecter la baisse de la densité vectorielle après les mesures de lutte contre Ae. albopictus, suggérant son utilité pour mesurer l'efficacité des stratégies de contrôle. L'ensemble de ces travaux contribuent à une meilleure connaissance de l'interaction de l'homme avec les Aedes. L'identification de protéines/peptides spécifiques d'espèce permettrait d'améliorer l'utilisation de ce bio-marqueur. / Aedes borne virus are considered to be public health problems in Southern countries while several such diseases like dengue and chikungunya threaten to emerge in the developed world. The control of these diseases is currently based on vector population control. Much effort is being devoted to develop new tools to control such arbovirus. Recent findings suggest that the evaluation of human antibody (Ab) response to arthropod salivary proteins is relevant to measure the level of human exposure to mosquito bites and to evaluate the risk of pathogen transmission. Using an immuno-epidemiological approach, the present study aimed to validate the concept “anti saliva Ab response, biomarker of Aedes exposure”. We evaluated the specificity of this Ab response according to populations only exposed to Ae. aegypti and Ae. albopictus, respectively. Ae. albopictus salivary proteins involved in this Ab response were also identified. We evaluated the usefulness of this biomarker for measuring the efficacy of Ae. albopictus control strategies. Our results showed a significant correlation between anti saliva Ab response and exposure level to vectors bites, thus indicating its usefulness as biomarker of Aedes exposure. We observed low Ab cross reactivity between Ae. aegypti and Ae. albopictus salivary gland extracts. The Ae. albopictus antigenic salivary proteins which were identified are mostly involved in blood feeding. The decrease of Ae. albopictus density after control measures has been detected by this biomarker, suggesting its usefulness for evaluating control strategies.This work contributes significantly to the study of human antibody response to Aedes salivary proteins which remains so far poorly documented. The identification of species specific salivary proteins/peptides should improve the use of this biomarker.

L’étude du lexème nu prend en compte : les représentations des participants de l’interlocution ; le domaine commun de connaissance entre eux et l’engagement sur un parcours vers une représentation résultante.L’énonciateur de nu place l’intercompréhension au centre de l’échange. L’intercompréhension suppose la mise en référence du discours dans un domaine de connaissance commun.Le schéma type du mécanisme du lexème nu est l’engagement sur un parcours vers une représentation commune. Ce schéma connaît cinq variations, marquées par la syntaxe et exprimant des valeurs précises.La première variation est l’acceptation de la représentation de l’énonciataire comme représentation résultante ; la deuxième traduit une mise en doute de l’engagement sur un parcours vers une représentation résultante (orientation rhétorique) ; la troisième signifie la nécessité d’un engagement dirigé vers la représentation de l’énonciateur comme représentation résultante ; la quatrième indique l’engagement mutuel des porteurs de représentations vers un compromis ; enfin, la cinquième variation met en évidence l’incompatibilité des représentations mises en concurrence.L’une des conséquences de l’étude est le rejet de la notion de mot parasite. Le lexème nu est intégralement un mot du discours.Le travail s’appuie sur la langue contemporaine saisie dans un important corpus littéraire : chaque remarque est illustrée par un exemple situé dans un contexte large. / This study of the enunciative mechanism of the lexeme nu is based on three elements of speech: competing representations, a shared field of knowledge and the initiation of a progression towards a “result representation” (which implies the presence of what Gustave Guillaume calls operative time).The enunciator of the lexeme places mutual understanding at the heart of the exchange. Mutual understanding is linked to the referencing of discourse in a shared field of knowledge. The typical pattern of the enunciative mechanism of the lexeme nu is the initiation of a progression towards a result representation. This pattern can lead to five variations, which are indicated by syntax and which produce precise values.The first variation contains an acceptance of the listener’s representation as a result representation ; the second variation (nu ?) expresses doubt concerning the commitment to a progression towards the result representation (this is the rhetorical aspect) ; the third variation indicates the need to commit to the enunciator’s representation as the result representation ; the fourth indicates that both the carriers of representation commit to a compromise (nu-ka) ; and the fifth variation (nu i) highlights the incompatibility of the competing representations.These conceptions of the lexeme justify a rejection of its description as a parasite word. The lexeme nu is a discourse marker. This research approaches contemporary Russian through a large number of literary texts: each analysis is illustrated by an example which is situated in a large cotext.

L'étude de la dynamique des protéines est essentielle pour comprendre les processus biologiques. Notre laboratoire a développé une nouvelle classe de protéines fluorescentes semi-synthétiques, appelée Fluorescence-Activating and absorption-Shifting Tag (FAST). Cette thèse de doctorat présente le développement de nouveaux systèmes FAST avec diverses propriétés pour l'imagerie multiplexée. Nous avons développé une série de fluorogènes permettant de modifier la couleur de FAST de vert-jaune à orange et rouge. Au delà de l’application de l’imagerie multi-couleurs, ces fluorogènes permettant un échange dynamique des couleurs grâce à la liaison réversible de FAST, ouvrant de nouvelles perspectives pour le développement de méthodes d’imagerie sélective reposant sur la dynamique de systèmes réactifs. Pour étendre davantage les propriétés spectrales de FAST vers le rouge lointain, nous avons développé une nouvelle série de fluorogènes rouges, pour lesquels nous avons sélectionné par une stratégie d'évolution dirigée basée sur le yeast display et la cytométrie en flux de nouveaux tags protéiques capables d’interagir avec ces fluorogènes et d’activer leur fluorescence. Nous avons enfin développé de nouveaux fluorogènes capables de former des complexes fluorescents avec FAST, mais incapables de traverser la membrane plasmique, ce qui permet de détecter sélectivement les protéines membranaires. / Studying protein activities could help us to understand the complex mechanisms controlling cells and organisms. Our laboratory recently developed Fluorescence-Activating and absorption-Shifting Tag (FAST), a small fluorogen-based reporter enabling to fluorescently label fusion proteins in living cells. My PhD thesis presents the developments of new FAST systems with various properties for multiplexed imaging. We report a collection of fluorogens enabling to tune the fluorescence color of FAST from green-yellow to orange and red. Beyond allowing multicolor imaging of FAST-tagged proteins in live cells, these fluorogens enable dynamic color switching because of FAST’s reversible labeling, opening great prospects for the design of selective imaging methods relying on dynamic systems. In order to further expand the spectral properties of FAST to red, we also designed and developed a library of red fluorogenic dyes, for which we engineered specific protein binders by applying a directed evolution strategy based on the yeast display technology and high-throughput fluorescence activating cell sorting (FACS). We finally developed novel fluorogens able to form fluorescent complexes with FAST, but incapable of crossing the plasma membrane, which makes it possible to selectively detect FAST-tagged cell-surface proteins.

L'epicocconone est un produit naturel tricyclique, de la famille des azaphilones, isolé en 2003 d'un champignon Epicoccum nigrum. Ce composé se lie de façon covalente aux amines, conduisant à la formation d'une énamine fluorescente. Cette réaction, réversible en fonction du pH, fait de ce composé un excellent marqueur de protéines pour la détection sur gels d'électrophorèse compatible avec une analyse de spectrométrie de masse. La synthèse de ce produit naturel a été débutée au sein de notre laboratoire en s'appuyant sur les travaux réalisés précédemment et mettant en jeu une étape clé de désaromatisation oxydante à l'aide d'iode hypervalent. Une étude méthodologique de réaction clé a permis de comparer l'efficacité et la diastéréosélectivité de l'oxydation effectuée par l'iode (III) ou l'iode (V). / Epicocconone is a tricyclic natural product of the azaphilone family, isolated from the fungus Epicoccum nigrum. This compound covalently binds to primary amines, leading to a protein conjugate which is highly fluorescent. This reaction, reversible according to the pH, make this compound an excellent protein stain compatible with mass spectrometry analysis. The synthesis of this natural product has been started in our laboratory based on the previous work in involves a key oxidative dearomatization using hypervalent iodine. Methodological studies of this key reaction allowed us to compare the efficiency and diastereoselectivity of iodine (III) and iodine (V) mediated oxidations.

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal.

Cette thèse présente une étude sémantico-pragmatique des emplois dialogiques de mais, oui, non et de leurs quatre combinaisons : mais oui, mais non, oui mais et non mais. Les enchaînements dialogiques « X – Mais Y » posent la question de l’unicité du sens du connecteur oppositif, étant donné que la relation entre les énoncés X et Y est très différente de celle qui s’établit entre les énoncés dans les configurations monologiques « X mais Y ». Dans cette thèse, les deux types d’enchaînement avec mais sont analysés dans le cadre de la sémantique dynamique, qui propose de décrire le sens des expressions linguistiques à partir de leur capacité à modifier le contexte. L’opération énonciative de mais est spécifiée à partir des contraintes imposées sur le contexte linguistique environnant, que l’examen de divers usages contextuels de mais en monologue et en dialogue a permis de révéler. Cet examen conduit à conclure que la spécificité des enchaînements dialogiques avec mais n’est pas liée à la sémantique du connecteur, mais à la progression du discours, différente en monologue et en dialogue. Les combinaisons de mais avec oui et avec non sont étudiées après une analyse détaillée du marqueur de validation et du marqueur de rejet. La façon dont ces deux marqueurs interagissent avec le contexte gauche témoigne de leur asymétrie sémantique, confirmée par la possibilité de les utiliser en tant que formes concurrentes pour valider un énoncé négatif. Dans les combinaisons de oui et de non avec mais, le second élément détermine le type de relation signalée : oui mais et non mais marquent l’opposition, tandis que mais oui et mais non traduisent la validation et le rejet. Néanmoins, le premier élément a des incidences sur l’interprétation du second. Ainsi, les réactions mais oui et mais non présentent l’information validée ou rejetée comme déjà admise dans le contexte ou, au contraire, comme exclue et donc impossible à envisager. En revanche, dans les réactions oui mais et non mais, le connecteur oppositif enchaîne sur l’information accessible à la suite de l’emploi du premier marqueur. / This dissertation presents a semantic-pragmatic study of dialogic uses of mais, oui, non and their four combinations : mais oui, mais non, oui mais et non mais. The dialogic sequences “X – Mais Y” raise the question of the uniqueness of the oppositive connector, because the relationship between the utterances X and Y is very different from that which is established between both utterances in the “X mais Y” monologic configurations. In this dissertation, the two types of linking with mais are analyzed in the framework of dynamic semantics, which aims to describe the meaning of linguistic expressions from their ability to change the context. The enunciative operation of mais is specified from the constraints on the surrounding linguistic context that the examination of various contextual uses of mais in monologue and dialogue revealed. This examination leads to the conclusion that the specificity of dialogic sequences with mais is not related to the semantics of the connector, but the progress of speech, which is different in monologue and dialogue. Combinations of mais with oui and non are considered after a previous detailed analysis of validation marker and rejection marker. The way these two markers interact with the left context reflects their semantic asymmetry, confirmed by the possibility of using them as competing forms to confirm a negative utterance. In combination of oui and non with mais, the second element determines the type of relationship: oui mais and non mais mark the opposition, while mais oui and mais non reflect validation and rejection. However, the first element has a clear implication on the interpretation of the second one. In that sense mais oui and mais non responses present the validated or rejected information as already accepted in the context or, on the contrary, excluded, and therefore impossible to consider. On the other hand, in reactions with oui mais and non mais the oppositive connector regards the information accessible next to the use of the first marker.

Les protéoglycanes à héparane-sulfates (HSPGs) sont des macromolécules ubiquitaires situées à la surface des cellules et au sein des matrices extracellulaires jouant un rôle clé dans le contrôle des interactions cellules-matrice et du micro-environnement tumoral. Leur biosynthèse est assurée par une machinerie enzymatique complexe impliquant des glycosyltransférases et sulfotransférases, lesquelles ajoutent des motifs sulfatés en différentes positions des résidus de la chaîne glucidique. Ces modifications confèrent aux HSPGs la capacité d’interagir avec de nombreux ligands comme les facteurs de croissance et leurs récepteurs permettant de réguler divers processus physiopathologiques tels que la prolifération et la survie cellulaires, l’angiogenèse et le développement tumoral. J’ai focalisé mon étude sur une famille de sulfotransférases, les 3-O-sulfotransférases (3-OSTs) responsables d’une modification rare et terminale des chaînes de HS et en particulier sur l’isoforme 3A (3-OST3A) dont le rôle dans le développement tumoral a été précédemment mis en évidence par notre équipe. L’objectif de ce travail de thèse est d’explorer le rôle de la 3-OST3A dans la régulation du développement du cancer du sein. Ces travaux mettent en évidence que le gène 3-OST3A est régulé épigénétiquement dans un panel de lignées cellulaires cancéreuses mammaires. Les tests cellulaires de prolifération et d’apoptose montrent que la 3-OST3A exerce une action oncogénique ou suppresseur de tumeur dépendante de la signature moléculaire des cellules cancéreuses mammaires. Au niveau clinique, un fort taux d’expression de la 3-OST3A dans les tumeurs est corrélé négativement avec la survie des patientes atteintes d’un cancer du sein de sous-type HER2+. Ces travaux sont les premiers à mettre en évidence un rôle fonctionnel de la 3-OST3A en tant que régulateur du comportement tumoral des cellules cancéreuses mammaires et permettent de l’envisager comme marqueur pronostique de l’évolution du sous-type de tumeur mammaire HER2. La poursuite de cette étude a pour objectif de comprendre les mécanismes qui expliquent les conséquences délétères de la forte expression de la 3-OST3A sur l’agressivité du cancer du sein HER2+. Mes résultats suggèrent que la 3-OST3A induirait l’activation du récepteur HER2 par une voie dépendante de la formation du complexe ternaire HS 3-O-sulfatés/FGF-7/FGFR2IIIb dans les cellules SKBR3, un modèle de cellules cancéreuses mammaires surexprimant le récepteur HER2 responsable du caractère agressif du cancer du sein HER2+ / Heparan sulfate proteoglycans (HSPG) are ubiquitous macromolecules located at the cell plasma membrane and in extracellular matrices playing a key role in the control of cell-matrix interactions and in the tumor micro-environment. Their biosynthesis is performed by a complex enzymatic machinery involving glycosyltransferases and sulfotransferases, the latter adding a sulfate group at different residue positions of the polysaccharide chain. These modifications provide to the HSPG the ability to interact with many ligands such as growth factors and their receptors, and to regulate multiple pathophysiological processes such as cell proliferation and survival, angiogenesis and tumor development. I focused on a sulfotransferase family, the heparan sulfate 3-O-sulfotransferases (HS3STs) responsible for a rare, terminal modification of HS chains. Specifically, we investigated the HS3ST3A isoform whose role in tumor development has been previously demonstrated by our team. Here I explored the role of HS3ST3A in breast cancer. My studies demonstrate that HS3ST3A gene is epigenetically regulated in a panel of breast cancer cell lines. Cell proliferation and apoptosis assays in cellulo showed that HS3ST3A exerts an oncogenic or tumor suppressor effect in a cell-dependent context. A clinical study performed in a cohort of breast cancer patients showed that a high expression level of HS3ST3A in tumors is associated with reduced relapse-free survival in HER2+ patients. For the first time, we report a functional role of HS3ST3A as a tumor regulator of breast cancer cells behavior and this study allows considering it as a prognostic marker of the HER2 breast cancer evolution. The last part of my work attempted to understand the mechanisms that explain the deleterious consequences of the high expression level of HS3ST3A on the aggressiveness of HER2+ breast cancer. In this regard, my results suggested that the HS3ST3A may induce HER2 receptor activation following the formation of the ternary complex HS 3-O-sulphated/FGF-7/FGFR2IIIb in SKBR3 (HER2+) cells

L'étude de la dispersion de matériaux inorganiques dans des médias organiques et aqueux est un facteur déterminant pour leur mise en œuvre industrielle. Ces matériaux trouvent leur application dans de nombreux domaines allant de l'industrie pétrolière à celle du polissage. Nous nous sommes intéressés à la stabilité de ces matériaux dans des médias tels que : (i) les solvants aqueux utilisés pour la formulation de suspensions abrasives, (ii) les eaux d'exploitations pétrolières et (iii) le pétrole brut et ses dérivés. Ceci dans le but d'améliorer les propriétés de luminescence de ces matériaux pour l'industrie pétrolière et les propriétés abrasives pour l'industrie du polissageNous avons ainsi développé des formulations stables de complexes de lanthanides (Ln) dérivés du DOTA et de nanoparticules (NPs) de sulfure de zinc dopées au manganèse, dans le but de tracer les eaux d'injections pétrolières. Ces matériaux ont été détecté par fluorescence en temps-résolu (TRF) et ce afin de contourner les problématiques liées à l'auto-fluorescence des produits pétroliers présents dans les eaux d'exploitation. Nous avons également étudié la dispersion de composés spécifiques dans des carburants, dans le but de proposer des nouveaux marqueurs anticontrefaçon pour le pétrole brut et ses dérivés. Enfin, nous avons cherché à améliorer la dispersion de nanoparticules de diamant dans des médias aqueux et ce afin d'optimiser l'efficacité des suspensions abrasives à base diamantées, utilisées pour le polissage du saphir plan a / The dispersion of inorganic materials in organic and aqueous media is a decisive factor for their industrial implementation. These materials are used in many areas from the oil industry to polishing. Herein, we focus on studying the stability of these materials in different media such as: (i) the aqueous solvents used for the formulation of abrasive slurries, (ii) the waters of oil operations and (iii) crude oil and its derivatives. Our objective is to improve the luminescence properties of these materials for the oil industry and the abrasive properties for polishing applications.We have developed stable formulations of lanthanide complexes (Ln) derived from DOTA and nanoparticles (NPs) of zinc sulfide doped with manganese for water-management in oil fields. These materials were characterized by time-resolved fluorescence (TRF) to solve the problems associated with the auto-fluorescence of petroleum products in the operating water.Furthermore, we studied the dispersion of specific compounds in different fuels in order to develop new anti-counterfeiting markers for crude oil and its derivatives. Finally, we tried to improve the dispersion of diamond nanoparticles in aqueous media in order to enhance the efficiency of diamond abrasive suspensions based for polishing sapphire a-plan

Dans le cadre d’une approche conversationnelle ethnographiquement orientée, mon travail porte sur la coordination dans l’interaction téléphonique dans les appels au 15. Deux aspects de cette coordination sont explorés : (1) l’organisation de l’interrogatoire en formats séquentiels «Question-Réponse-Accusé de réception» ; (2) la coordination entre la production de ces formats séquentiels ternaires et l’interaction avec le dispositif informatique.Cette recherche a été rendue possible par la complexité des données audiovisuelles recueillies au Centre de Réception et de Régulation des Appels (CRRA) du Samu de Versailles(France). Collecte effectuée, après six mois d’observations, en étroite collaboration avec les divers acteurs du Samu. Le premier aspect de la coordination (1) propose une analyse des différentes actions accomplies par un « d’accord » (ou ses équivalents) émergeant après une réponse à une question posée à un appelant (pompier, ambulancier ou particulier) par la permanencière. L’appellation « Accusé de réception » est là pour moindre appât : cette réponse après une réponse revêt une grande richesse tant dans les dimensions prospective que rétrospective, vis-à-vis du travail effectué par les participants pour produire du savoir sur un problème médical, se coordonner pour avancer pas-à-pas, creuser, inférer, marquer des transitions dans l’échange. Le deuxième aspect de la coordination (2) rend compte de la complexité de l’activité de la permanencière qui doit, de façon synchronisée, à la fois s’engager dans un échange conversationnel, organiser la récolte d’informations sur le problème médical, et utiliser des objets tels que souris, clavier, cahiers. / In the context of a Conversational Analysis approach ethnographically oriented, my work deals withcoordination in the telephonic interaction of calls made to the French medical emergency call («15»). Two aspects of this coordination are explored : (1) organization of the questioning in the following ternary sequential format « Question-Answer-Acknowledgement » ; (2) coordination between the production of these ternary sequential formats and their interaction with the computerized system.This research is based on audio-visual data gathered at the Center of Reception and Regulation of Calls (in French : CRRA) of the SAMU of Versailles (France).The first aspect of the coordination (1) proposes an analysis of the various actions accomplished through an « OK » ( « d’accord », or its equivalent) which is itself the result of a question put to a caller (fireman, ambulance staff or a private individual) by the CRRA call takers ( »permanencière » in French). This response after an answer presents a wealth of prospective and retrospective features, in terms of the work performed by the participants to obtain and gather informations about a medical problem, to ensure coordination in order to advance step-by-step, to investigate further, to infer, and to establish transitions in the interaction.The second aspect of the coordination (2) illustrates the complexity of the activities of the CCRA staff who must, in a synchronized manner, be engaged in an exchange of a conversational nature, and at the same time organize the gathering of information on the medical problem, while using objects such as a computer mouse, a keyboard, notebooks.