L'epicocconone est un produit naturel tricyclique, de la famille des azaphilones, isolé en 2003 d'un champignon Epicoccum nigrum. Ce composé se lie de façon covalente aux amines, conduisant à la formation d'une énamine fluorescente. Cette réaction, réversible en fonction du pH, fait de ce composé un excellent marqueur de protéines pour la détection sur gels d'électrophorèse compatible avec une analyse de spectrométrie de masse. La synthèse de ce produit naturel a été débutée au sein de notre laboratoire en s'appuyant sur les travaux réalisés précédemment et mettant en jeu une étape clé de désaromatisation oxydante à l'aide d'iode hypervalent. Une étude méthodologique de réaction clé a permis de comparer l'efficacité et la diastéréosélectivité de l'oxydation effectuée par l'iode (III) ou l'iode (V).

Les cellules Natural Killer (NK) sont des lymphocytes cytotoxiques innés qui jouent un rôle important dans le contrôle immunitaire de la formation de cellules tumorales et de l'infection virale. Chez les personnes en bonne santé, les cellules NK représentent des populations hétérogènes définies par différents marqueurs phénotypiques et exécutant des fonctions spécifiques. Les cellules NK provenant de patients présentant des tumeurs malignes néoplasiques et une infection virale sont cependant typiquement distinctes des personnes en bonne santé par l'apparition de sous-ensembles de cellules NK, qui sont différenciées par leur profil d'isoformes CD45. CD45 est une tyrosine phosphatase leucocytaire commune abondamment exprimée sur toutes les cellules immunitaires hématopoïétiques nucléées. Un variant d'épissage alternatif a entraîné la génération de l'isoforme CD45RA longue et de l'isoforme courte CD45RO, qui s'expriment différemment sur les cellules T naïves et effectrices / mémoires. L'expression des isoformes CD45 sur les cellules NK est largement inconnue. Nous avons précédemment montré que l'expression différentielle des isoformes CD45RA et CD45RO a identifié des sous-ensembles de cellules NK spécifiques dans les maladies hématologiques. Une question reste floue: comment ces cellules CD45RARO + NK changent-elles lorsque leurs cellules cibles disparaissent? Nous avons utilisé des cellules NK de patients traités avec Lenalidomide et l'anticorps anti-CD20 Obinutuzumab pour étudier cela et montré une réduction des cellules CD45RARO / CD45RO + NK après la clairance des cellules tumorales (Chater 4). Nous avons observé la même chose chez les patients atteints de LMA après une chimiothérapie. Dans ce cas, le sous-ensemble de cellules CD45RARO + NK est fortement corrélé avec la trogocytose du marqueur monocyte / macrophage CD14 (Chapitre 5). L'immunophénotypage de cellules NK provenant de patients infectés par le VIH a révélé la présence de cellules CD45RAdim et CD45RO + avec une expression réduite de CD16 et une diminution de la modulation NKG2D totale. En résumé, les cellules NK des cancers hématologiques et l'infection par le VIH présentaient des caractéristiques dysfonctionnelles et l'analyse du profil isoforme CD45 dans ces conditions pathologiques dévoile ces caractéristiques.Enfin, afin de retrouver la réponse immunitaire anti-tumorale chez les patients cancéreux, nous présentons une méthode efficace pour l'expansion in vitro de cellules NK hautement activées à partir du sang du cordon ombilical (UCB). Ces cellules NK prouvent une cytotoxicité cellulaire dépendante des anticorps (ADCC) importante lorsqu'elles sont utilisées en combinaison avec des anticorps monoclonaux approuvés sur le plan clinique ciblant divers antigènes tumoraux. Ceci ouvre leur utilisation dans les immunothérapies à base de cellules NK allogéniques. / Natural Killer (NK) cells are innate cytotoxic lymphocytes that play an important role in immune control of tumor cell formation and virus infection. In healthy people, NK cell represents heterogeneous populations defined by different phenotypical markers and performing specific functions. NK cells from patients with neoplastic malignancies and viral infection are however typically distinctive from healthy people by the appearance of NK cell subsets, which are differentiated by their CD45 isoform profile. CD45 is a common-leukocyte tyrosine phosphatase abundantly expressed on all nucleated hematopoietic immune cells. Alternative splicing variant resulted in generation of the long-isoform CD45RA and the short-isoform CD45RO, which express differently on naïve and effector/memory T cells. Expression of CD45 isoforms on NK cells is largely unknown. We have previously shown that differential expression of CD45RA and CD45RO isoforms identified specific NK cell subsets in hematological diseases. One question remained unclear: how do these CD45RARO+ NK cell changes when their target cells disappeared? We used NK cells from patients treated with Lenalidomide and the anti-CD20 antibody Obinutuzumab to investigate this and showed a reduction in CD45RARO/CD45RO+ NK cells upon clearance of tumor cells (Chater 4). We observed the same in AML patients after chemotherapy. In this case the CD45RARO+ NK cell subset strongly correlates with trogocytosis of the monocyte/macrophage marker CD14 (Chapter 5). Immunophenotyping of NK cells from HIV-infected patients revealed the presence of CD45RAdim and CD45RO+ cells with reduced CD16 expression and total NKG2D down-modulation. In summary, NK cell from hematological cancers and HIV infection displayed dysfunctional hallmarks and analyzing CD45 isoform profile in these pathological conditions unveils these hallmarks.Finally, in order to regain the anti-tumor immune response in cancer patients, we present an efficient method for expansion of highly activated NK cells from umbilical cord blood (UCB) in vitro. These NK cells prove substantial antibody-dependent cell cytotoxicity (ADCC) when used in combination with clinical-approved monoclonal antibodies targeting various tumor antigens. This paves their use in allogeneic NK cell-based immunotherapies.

Les cancers gastro-intestinaux, en particulier les cancers colorectaux (CCR) et les cancers gastriques (CG), sont des pathologies agressives avec des taux de mortalité élevés dans le monde. Ces cancers sont caractérisés par la dérégulation de voies de signalisation cellulaire telles que les voies Wnt, Notch et Hippo qui jouent un rôle très important dans la tumorigenèse gastro-intestinale. L’activité des différents facteurs de transcription impliqués dans ces voies de signalisation nucléaire est contrôlée par de nombreux corégulateurs transcriptionnels. Ces travaux de thèse ont porté sur deux corégulateurs transcriptionnels initialement identifiés comme des partenaires des récepteurs nucléaires, à savoir RIP140 et LCoR. L’objectif a été d’explorer l’expression de ces deux facteurs de transcription dans les cancers gastro-intestinaux ainsi que leur rôle dans les cancers gastriques principalement au travers du dialogue avec la voie de signalisation Hippo. L’analyse par immunohistochimie de l'expression de RIP140 et LCoR dans les cancers colorectaux et gastriques a montré que les niveaux d’expression de ces deux corégulateurs transcriptionnels sont fortement corrélés. Dans les CCRs, leur expression tend à diminuer dans le tissu tumoral par rapport au tissu normal adjacent, alors que dans les CGs, les niveaux d’expression de RIP140 et LCoR sont significativement plus élevés dans la tumeur que dans l’épithélium sain. Des corrélations significatives ont été observées avec les paramètres clinicopathologiques des patients (stade TNM et différenciation tumorale) ainsi qu’avec d’autres protéines clés impliquées dans la progression et l'invasion tumorale (incluant E-cadhérine et Cox-2). L'analyse de la survie a montré que les patients atteints de CCR avec des tumeurs LCoRlow/RIP140high ont une durée de survie plus longue. Dans le CG, l'expression élevée de RIP140 ou de LCoR a été identifiée comme un marqueur de mauvais pronostic suggérant un rôle clé de ces deux gènes dans cette malignité.Pour mieux cerner le rôle de RIP140 dans le CG, nous avons utilisé les lignées cellulaires MKN45 et MKN74 de cancer de l’estomac humain avec une surexpression ectopique du gène RIP140 ou au contraire avec une diminution de son expression. Nos résultats ont montré que l'expression de RIP140 est associée à un effet anti-prolifératif à travers une régulation positive de l'expression du gène p21WAF1/CIP1. Nous avons également démontré que RIP140 réduit la migration des cellules MKN45 et MKN74 et augmente l'expression du gène E-cadhérine au niveau transcriptionnel. D’une manière intéressante, nos résultats suggèrent aussi que RIP140 régule la voie de signalisation Hippo à travers l’activation de TEAD.Dans l'ensemble, ces résultats suggèrent que les gènes RIP140 et LCoR participent à la régulation de la tumorigenèse gastro-intestinale et que leurs niveaux d'expression ont une valeur pronostique dans ces cancers et pourraient servir de nouveaux biomarqueurs dans la caractérisation moléculaire de ces tumeurs. / Gastrointestinal cancers, particularly colorectal cancer (CRC) and gastric cancer (GC), are aggressive pathologies with a high mortality rate worldwide. These cancers are characterized by the deregulation of cellular signaling pathways such as the Wnt, Notch and Hippo pathways which play a very important role in gastrointestinal tumorigenesis. Moreover, it’s well established that the activity of the transcriptionnel factors involved in these nuclear signaling pathways is controlled by many transcriptionnel coregulators. This work focused on two transcriptional coregulators initially identified as partners of nuclear receptors, namely RIP140 and LCoR. The objective was to explore the expression of these two transcription factors in gastrointestinal cancers and their role in gastric cancers mainly through the dialogue with the Hippo signaling pathway.Immunohistochemical analysis of RIP140 and LCoR expression in colorectal and gastric cancers showed that the expression levels of these two transcriptional regulators are strongly correlated. In CRCs, their expression tends to decrease in tumor tissue compared to adjacent normal tissue, whereas in GCs, RIP140 and LCoR expression levels are significantly higher in the tumor as compared to normal stomach. Significant correlations were observed with clinicopathological parameters (TNM stage and tumor differentiation) as well as the expression levels of key proteins involved in tumor progression and invasion (E-cadherin and Cox-2). Survival analysis showed that CRC patients with LCoRlow/RIP140high tumors have a significant prolonged OS and DFS. In GC, high RIP140 or LCoR expression was identified as an independent marker of poor prognosis suggesting a key role in this malignancy.Further, we investigated the role of RIP140 in gastric cancer cell lines using human epithelial GC cell lines overexpressing or not RIP140. In both MKN45 and MKN74 cells we showed that RIP140 exerted an anti-proliferative effect through the induction of p21WAF1/CIP1 gene expression. We also demonstrated that RIP140 reduced GC cell migration and increased E-cadherin expression at the transcriptional level. Interestingly, our results also suggest that RIP140 regulates the Hippo signaling pathway through TEAD activation.In conclusion, our findings suggest that RIP140 and LCoR genes contribute to the regulation of gastrointestinal cancers and that their expression levels have a prognostic value in these pathologies. Moreover, both RIP140 and LCoR transcriptional coregulaters could serve as novel biomarkers in the molecular characterization of colorectal and gastric cancers.

Cette thèse a pour but d’examiner des marqueurs d’oralité dans les textes dramatiques français entre le XIIIe et le XVIIe siècle et de décrire, du point de vue diachronique, leurs parcours d’évolution en termes de « pragmaticalisation ». Comme objet d’étude, nous avons choisi, d’une part, au niveau lexical les interjections primaires et les marqueurs discursifs étant résultant de la pragmaticalisation, et d’autre part, au niveau syntaxique la répétition et la dislocation qui sont considérées comme des constructions « disfluentes », caractéristiques de l’oral. Quant aux marqueurs discursifs (l’un « par ma foi » formé sur le substantif foi, et l’autre décatégorisé à partir de deux adverbes « sus » et « çà »), nous nous concentrons sur leurs pragmaticalisations par des analyses syntaxiques et sémantiques, et pour ce qui est des interjections primaires, nous essayerons de révéler le mode de formation d’une nouvelle expression interjective que nous appellerons « productivité interjective ». En dernier lieu, les deux structures susdites nous permettront de rendre compte de leurs valeurs pragmatiques. Étant donné que les textes dramatiques font une large place à la représentation de l’oral à l’écrit, ce que nous appellons l’« oral représenté », nous tenterons de montrer comment ces marques de l’oral traduisent, à l’écrit, les émotions, les pensées, les attitudes, etc., du locuteur et comment elles acquièrent de nouvelles valeurs pragmatiques dans l’usage qui imite l’usage réel du moyen français. / This thesis deals with the different markers of orality in the french dramatic texts and, particulary, with their process of evolution in the aspect of the “pragmaticalizations”. First, we focus on the use of the discourse marker which is derived from the propositional syntagme “par ma foi” but also from two adverbes “sus” and “çà”. It focuses on two main points: the process of the pragmaticalization of theses discourse markers and their relations with the orality through analysis of syntactic and semantic properties. Secondly, we examine also the medieval primary interjections and the production of its new combinations. Lastly, in the case of syntactic analysis, we treat two structures which mark the disfluency of sentences ie. dislocation and repetition. In this Thesis, we will reveal how these lexical units and syntactic constructions are used in the medieval play to transfer the locutor’s emotion and thought and how these oral markers receive new pragmatic values in their usages in Middle French.

Depuis que son statut scientifique a été établi à la fin du XVIIIème siècle, l'archéologie funéraire se trouve au centre des recherches sur les sociétés italiotes de Grande Grèce. Suscitant comme les vases l’admiration des élites culturelles, les marqueurs de tombe des nécropoles d’Italie du Sud se sont très tôt retrouvés dans les collections européennes et ont d'abord été étudiés par les historiens de l’art. En prenant en compte les questions de terminologie (bien qu'il soit moderne, le mot marqueur est pertinent) et sur la base d'un corpus d'environ 800 marqueurs patiemment réunis, cette recherche démontre qu'une étude minutieuse et méthodique des marqueurs enrichit la connaissance historique et ouvre de nouvelles perspectives. Ces édifices et objets avaient pour fonctions de signaler les tombes, définir le nouveau statut du mort et lui rendre hommage ainsi que de célébrer sa famille aux yeux des vivants. Ils donnent donc à voir des pans entiers et mal connus des sociétés italiotes et de leur genèse. Du Vème siècle avant J.-C., quand territoires grecs et indigènes commencent à échanger au sein d’une koinè italiote, au IIIème siècle avant J.-C., quand les Romains prennent pied dans la région, ils apportent des informations précieuses sur l’évolution des sociétés locales. Une étude confrontant l’ensemble des sources disponibles permet d’aborder des aspects importants des sociétés : mutations sociales, hiérarchisation des communautés et affirmation de pouvoir, relations entre Grecs et autochtones, phénomènes d’acculturation, rites funéraires et croyances eschatologiques. La thèse se présente en deux volumes destinés à être simultanément et complémentairement lus et consultés. L’un contient les fiches extraites de la base de données conçue pour l’étude du corpus : près de 800 marqueurs ou fragments de marqueurs. L’autre développe les analyses archéologiques et historiques. Après un état de la question historiographique, étymologique et méthodologique, l’étude examine le matériel du corpus dans une perspective principalement archéologique, en mettant l’accent sur les questions de contexte et en opérant éventuellement des confrontations avec les sources iconographiques et textuelles. Après avoir élaboré une typologie aussi méthodique et nuancée que possible des marqueurs, elle en exploite les acquis en deux synthèses. L’une est consacrée au concept même de marqueur de tombe (pourquoi et selon quels critères les Grecs marquent-ils leurs tombes ?), l’autre étudie les influences de la koinè méditerranéenne et du creuset italiote sur les marqueurs de Grande Grèce, afin de mieux comprendre les processus d’acculturation et de diffusion. / Since the scientific value of funerary archaeology has been acknowledged at the end of the XVIIIth century, it has been at the heart of research on Magna Graecia italiot societies. Because they aroused the cultural elite’s admiration, as much as the vases, grave markers from Southern Italia have been at a very early stage brought in European collections and first studied by art historians.Taking into account terminology issues (however modern, the term “marker” remains relevant) and based on a corpus of around 800 markers patiently put together, this study seeks to demonstrate that a methodical and meticulous analysis of the markers helps us to expand our historical knowledge and open new perspectives. These monuments and objects were there to indicate tombs, define the deceased’s new status and pay tribute to him, as well as praise his family in the eyes of the livings. They allow us to see, then, entire parts, which are little known, of the italiot societies and their origins. From the Vth century, when the interactions between Greek and indigenous territories start within the italiot koine, to the IIIrd century B.-C., when the Romans started to settle down in the region, these monuments give useful information about the evolution of local societies. Bringing together the whole range of the available evidence allows us to study important features of the societies: social mutations, communities hierarchy, power claims, relationships between Greek and native people, acculturation process, funerary rites and eschatological beliefs.This dissertation is divided into two volumes, which are to be read in a simultaneous and complementary way. One volume consists of the forms from the database designed for the corpus analysis: nearly 800 entire or fragmentary markers. The other one holds the archaeological and historical analyses. After stating the current status in historiography, etymology and methodology, this study looks into the corpus material, mainly from an archaeological point of view, focusing on contextualization, and sometimes comparing it with iconographic and textual evidence. In two overviews, the analysis then draws conclusions from a typology of the markers, made as methodical and critical as possible. The first one questions the concept of grave marker (why and according to which criteria do the Greeks mark their tombs?), the second one studies how the Mediterranean koinè and italiot melting-pot influenced the Magna Graecia markers, in order to have a better understanding of the acculturation and circulation processes.

Le cancer de la prostate est le cancer le plus fréquent chez l'homme de plus de 50 ans. Actuellement, les méthodes de dépistage manquent soit de sensibilité, soit de spécificité ou sont désagréables pour le patient. La spectroscopie de résonance magnétique permet l'étude du métabolisme in vivo. L'utilisation d'appareil haut champ (≥3T) permet dorénavant d'analyser la prostate sans antenne endorectale. L’objectif de cette thèse est de créer un système automatique de dépistage de ce cancer en mettant au point une méthode de classification automatique permettant de traiter les données obtenues grâce à la spectroscopie de résonance magnétique. La spectroscopie de résonance magnétique est un phénomène complexe, très sensible aux conditions d'acquisition. Nous avons donc étudié comment améliorer l’acquisition de ce signal. Cependant, même avec une acquisition de très bonne qualité, le signal de résonance magnétique doit subir quelques traitements pour être analysable automatiquement par une méthode de classification. La suite du travail a donc consisté à rechercher les traitements à appliquer pour optimiser les spectres en vue d'une classification. Nous avons alors recherché la méthode de classification optimale pour ce problème. Cet ensemble d’étapes (acquisition du signal, traitement des spectres puis classification des données obtenues) nous permet de mettre en évidence la présence de tumeurs de la prostate avec un taux d'erreur global de moins de 12%. Dans un second temps, nous avons cherché de nouveaux biomarqueurs dans les spectres. Ces biomarqueurs pouvaient être un métabolite précis ou une plage de fréquence correspondant à plusieurs métabolites. Nous n'avons pas trouvé d'attributs plus significatifs que la choline ou le citrate, cependant quelques bandes de fréquence semblent participer à l'amélioration des taux d'erreurs. Enfin, nous avons élargi notre champ d’investigation en tentant d’appliquer ces techniques chez le rat. Des contraintes liées à l'acquisition ne nous ont pas permis d'obtenir suffisamment de spectres dans le cas pré-clinique. Nous avons cependant pu valider la faisabilité de la SRM chez le rongeur et sa pertinence dans le cerveau. La technique doit cependant être améliorée pour pouvoir être validée dans le cas du cancer de la prostate chez le rat. / Prostate cancer is the most common cancer in men over 50 years. Current detection methods either lack sensitivity or specificity or are unpleasant for the patient. Magnetic resonance spectroscopy allows the study of metabolism in vivo. The use of a high field machine (≥3T) has allowed us to dispense with the use of an endorectal coil, which is particularly uncomfortable for the patient. The objective of this thesis is to create an automatic method to detect cancer by processing data obtained through magnetic resonance spectroscopy MRS is a complex phenomenon, very sensitive to acquisition conditions. Firstly, we have studied how to improve and optimise signal acquisition. However, even with a very good quality signal, it must still undergo further post-processing to be analysed automatically by a classification method. Further work was therefore needed to investigate which postprocessing steps were required in order to optimize the spectra for classification. We then investigated the optimal classification method for this problem. A particular set of steps (signal acquisition, processing and spectral classification data) allows us to highlight the presence of prostate tumors with an overall error rate of less than 12%. In a second step, we searched for new biomarkers within the spectra. These biomarkers could be a metabolite or a specific frequency range corresponding to several metabolites. We did not find any additional significant attributes other than choline and citrate, however, some frequency bands seem to participate in improving the error rate. Finally, we expanded our investigation by attempting to apply these techniques to the rat. Technical constraints related to acquisition did not allow us to obtain a sufficient number of spectra in the pre-clinical cases. Nonetheless, we have validated the feasibility of MRS in rodents and its relevance in the brain. The technique, however, must be improved in order to be validated in the case of prostate cancer in rats.

La fièvre aphteuse (FMD pour Foot-and-mouth disease en anglais) est une maladie très contagieuse touchant les animaux biongulés. Elle provoque des dégâts économiques considérables sur toute la surface du globe. La fièvre aphteuse est provoquée par un virus, le FMDV. Il s'agit d'un virus à ARN simple brin, de polarité positive appartenant au genre Aphtovirus dans la famille Picornaviridae. Ce virus se réplique et se propage dans l'hôte très rapidement. Dans les zones infectées, les deux principales stratégies de contrôle utilisées sont l'abattage systématique des animaux infectés et la vaccination. A l'inverse, les vaccins ne sont pas utilisés dans les zones sans FMDV, mais l'apparition d'une épidémie nécessite des stratégies pour arrêter ou au moins limiter la diffusion du virus. Actuellement, les vaccins inactivés sont les vaccins les plus utilisés pour prévenir la maladie. Cependant, ils requièrent une production à grande échelle du virus, et malgré les mesures mises en place (laboratoire sécurisé, etc), des épidémies ont été provoquées par le passé du fait de la fuite de virus FMDV. De plus, il est difficile de distinguer les animaux infectés des vaccinés (DIVA). Il est donc nécessaire de développer de nouveaux vaccins. Au cours de l'infection, la polyprotéine du virus est clivée par des protéases virales en précurseurs structural (P1) et non structuraux (P2 et P3). La protéase 3C est responsable de la majorité des clivages ; ainsi, le précurseur P1 est clivé par la 3C en trois protéines structurales, VP1, VP3 et VP0, formant le protomère de FMDV, l'unité de base de la capside virale. La protéine VP1 joue des rôles importants dans l'attachement, la protection et le sérotypage. Du fait de la présence d'un site antigénique linéaire suffisant à la protection par production d'anticorps neutralisants, VP1 est considérée comme la protéine la plus immunogénique du virus. Dans cette étude, nous avons développé un nouveau vaccin contre la FMD, basé sur l'adénovirus canin de type 2 (Cav2). L'évaluation du transfert de gène médié par Cav2 chez le porc et le bétail in vitro montre des résultats prometteurs pour le développement de vaccins pour ces espèces, notamment l'expression des antigènes de FMDV par les candidats vaccins Cav2-FMDV. L'immunogénicité de ces candidats vaccins a été montrée chez les modèles murins et cobayes. De plus, des résultats encourageants ont été observés chez le cobaye, suggérant que la réponse immunitaire élicitée par les vecteurs recombinants pouvait conduire à une protection partielle des animaux après épreuve. Cependant, une optimisation de l'immunisation doit être faite dans le but de confirmer ces résultats. Ce type de vaccin peut de plus être utilisé comme vaccin marqueur, car il ne contient aucune protéine non structurale. / Foot-and-mouth disease (FMD) is a highly contagious and economically devastating disease affecting cloven-hoofed livestock worldwide. Foot-and-mouth disease virus (FMDV) is the causative agent of FMD and one of the most infectious known animal viruses. FMDV is a positive-sense, single-stranded RNA virus belonging to the Aphthovirus genus in the Picornaviridae family. FMDV replicates and spreads in the host extremely rapidly. Slaughter and vaccination are the two major strategies used to control FMD in infected countries. In FMDV-free countries, vaccines are not used, and once the disease breaks out in these areas, strategies are required to stop or at least slow the spread of the virus. Currently, inactivated vaccines are by far the most commonly used vaccines to prevent FMD. Such vaccines, however, require large-scale production of virus, and despite the use of bio-safety facilities, vaccine production has led to inadvertent virus release and FMDV outbreak. Another limitation of inactivated vaccines is the difficulty in distinguishing between infected and vaccinated animals (DIVA). Therefore, improved vaccines need to be developed.During infection, the FMDV polyprotein is cleaved into structural (P1) and non-structural (P2 and P3) precursors by a viral protease. The non-structural 3C protein is the protease that is responsible for most of the maturation events. The P1 precursor is processed by 3C protease into three structural proteins, VP1, VP3 and VP0, forming the FMDV protomer. The VP1 protein plays important roles in attachment, protective immunity and serotype specificity. VP1 is considered to be the major immunogenic protein, as it contains a linear antigenic site that is able to induce neutralizing antibodies that suffice to protect animals against the disease.In this project, we developed a novel vaccine against FMD, based on canine adenovirus type 2 (Cav2). In vitro evaluation of Cav2 mediated gene transfer in pigs and cattle showed that the Cav2 vector holds promise for the development of vaccines for pigs and cattle. Study of these recombinant viruses indicated that Cav2-FMDV supported expression of FMDV capsid proteins in vitro. The immunogenicity of these recombinant viruses was evidenced in mouse and guinea pig models, and encouraging results in guinea pigs suggested that the immune response elicited against FMD by recombinant virus could afford partial protection against FMDV challenge. In the future, immunization with Cav2-derived vector should be optimized to confirm these preliminary results. This type of vaccine, when designed to express capsid but not non-structural proteins of FMDV, can serve as a marker vaccine against FMD.

Introduction: Au Canada, le cancer de la prostate est le cancer le plus fréquemment diagnostiqué chez les hommes et le plus mortel après les cancers du poumon et du côlon. Il y a place à optimiser le traitement du cancer de la prostate de manière à mettre en œuvre une médecine personnalisée qui s’adapte aux caractéristiques de la maladie de chaque patient de façon individuelle. Dans ce mémoire, nous avons évalué la réponse aux dommages de l’ADN (RDA) comme biomarqueur potentiel du cancer de la prostate. Les lésions potentiellement oncogènes de l'ADN déclenche une cascade de signalisation favorisant la réparation de l'ADN et l’activation des points de contrôle du cycle cellulaire pour préserver l’intégrité du génome. La RDA est un mécanisme central de suppression tumorale chez l’homme. La RDA joue un rôle important dans l’arrêt de la prolifération des cellules dont les génomes sont compromis, et donc, prévient la progression du cancer en agissant comme une barrière. Cette réponse cellulaire détermine également comment les cellules normales et cancéreuses réagissent aux agents utilisés pour endommager l'ADN lors du traitement du cancer comme la radiothérapie ou la chimiothérapie, en plus la présence d,un certain niveau de RDA dans les cellules du cancer de la prostate peuvent également influer sur l'issue de ces traitements. L’activation des signaux de la RDA peut agir comme un frein au cancer dans plusieurs lésions pré-néoplasiques de l'homme, y compris le cancer de la prostate. Il a été démontré que la RDA est augmentée dans les cellules de néoplasie intra- épithéliale (PIN) comparativement aux cellules prostatiques normales. Toutefois, le devient de la RDA entre le PIN et l’adénocarcinome est encore mal documenté et aucune corrélation n'a été réalisée avec les données cliniques des patients. Notre hypothèse est que les niveaux d’activation de la RDA seront variables selon les différents grades et agressivité du cancer de la prostate. Ces niveaux pourront être corrélés et possiblement prédire les réponses cliniques aux traitements des patients et aider à définir une stratégie plus efficace et de nouveaux biomarqueurs pour prédire les résultats du traitement et personnaliser les traitements en conséquence. Nos objectifs sont de caractériser l'activation de la RDA dans le carcinome de la prostate et corréler ses données avec les résultats cliniques. Méthodes : Nous avons utilisé des micro-étalages de tissus (tissue microarrays- TMAs) de 300 patients ayant subi une prostatectomie radicale pour un cancer de la prostate et déterminé le niveau d’expression de protéines de RDA dans le compartiment stromal et épithélial des tissus normaux et cancéreux. Les niveaux d’expression de 53BP1, p-H2AX, p65 et p-CHK2 ont été quantifiés par immunofluorescence (IF) et par un logiciel automatisé. Ces marqueurs de RDA ont d’abord été validés sur des TMAs-cellule constitués de cellules de fibroblastes normales ou irradiées (pour induire une activation du RDA). Les données ont été quantifiées à l'aide de couches binaires couramment utilisées pour classer les pixels d'une image pour que l’analyse se fasse de manière indépendante permettant la détection de plusieurs régions morphologiques tels que le noyau, l'épithélium et le stroma. Des opérations arithmétiques ont ensuite été réalisées pour obtenir des valeurs correspondant à l'activation de la RDA qui ont ensuite été corrélées à la récidive biochimique et l'apparition de métastases osseuses. Résultats : De faibles niveaux d'expression de la protéine p65 dans le compartiment nucléaire épithélial du tissu normal de la prostate sont associés à un faible risque de récidive biochimique. Par ailleurs, nous avons aussi observé que de faibles niveaux d'expression de la protéine 53BP1 dans le compartiment nucléaire épithéliale du tissu prostatique normal et cancéreux ont été associés à une plus faible incidence de métastases osseuses. Conclusion: Ces résultats confirment que p65 a une valeur pronostique chez les patients présentant un adénocarcinome de la prostate. Ces résultats suggèrent également que le marqueur 53BP1 peut aussi avoir une valeur pronostique chez les patients avec le cancer de la prostate. La validation d'autres marqueurs de RDA pourront également être corrélés aux résultats cliniques. De plus, avec un suivi des patients plus long, il se peut que ces résultats se traduisent par une corrélation avec la survie. Les niveaux d'activité de la RDA pourront éventuellement être utilisés en clinique dans le cadre du profil du patient comme le sont actuellement l’antigène prostatique spécifique (APS) ou le Gleason afin de personnaliser le traitement. / Background: Prostate cancer is the most frequently diagnosed cancer in Canadian men and is the third deadliest after lung and colon cancers. Currently, prostate cancer treatments are based on results obtained of digital rectal exam, Gleason scores from biopsy specimens and serum PSA (Prostatic Specific Antigen) levels. The identification of specific biomarkers for diagnosis and prognosis, as well as new therapeutic targets, is quickly paving the way for personalized medicine. Ideally, in the future, patient care will include molecular signature of a patient's disease to guide for a more efficient treatment. In this thesis, we evaluated the DNA damage response (DDR) as a potential biomarker in prostate cancer. DNA lesions in mammalian cells trigger the DDR signalling cascade that orchestrates DNA repair and activate cell cycle checkpoints to preserve genome integrity. Loss of genome stability is usually associated with cancer development, and activated DDR signalling in cells with genomic instability act as a cancer barrier in several pre-neoplastic human lesions, including prostate cancer. Thus, the DDR is an important cancer suppression mechanism. The DDR is also activated in response to anti- cancer agents including radiation therapy (RT) and DNA-damaging chemotherapies. Pre- existing DDR levels in prostate cancer cells may influence the outcome of these cancer treatments. DDR signalling has been detected during human prostate cancer progression from low levels in normal prostate cells to high levels in high-grade prostatic intraepithelial neoplasia (HG-PIN). However, DDR signalling variations detected from HG-PIN to adenocarcinoma remain unclear, and no correlations were performed with patient clinical outcome data. Our hypothesis is that the levels of persistent DDR signalling activity will be variable with different grades and aggressiveness of prostate cancer. The levels of this activity could be correlated with the clinical responses to treatments and could even predict this process. We believe that having new biomarkers will help personalizing cancer treatment and certainly increase treatments’ efficiency. Our objectives are to characterize the occurrence of DDR activation in prostate carcinoma and to correlate it with patients’ survival and responsiveness to treatment. Methods: We used tissue microarrays (TMAs) from human radical prostatectomy specimens of 300 men with prostate cancer and estimated the level of DDR protein expression in the stromal and epithelial compartments of normal and aggressive cancer tissues. The expression level of the DDR markers p53 binding protein-1 (53BP1), phosphorylated H2AX (p-H2AX), p65 (p65 subunit of Nuclear Factor (NF-κB) and phosphorylated checkpoint kinase-2 (p-CHK2) was quantified using immunofluorescence (IF) coupled to high-content automated imaging. The quantification of our DDR markers was first validated on an experimental TMA (TMA-cell) including normal and irradiated (to induce DDR signalling) cultured human fibroblasts. The data was quantified using binary layers commonly used to classify pixels in an image so areas could be analysed independently allowing the segregation of specific compartments including nuclei, epithelia and stroma. Arithmetic operations were performed to render values corresponding to DDR activation that were then correlated with clinical outcomes such as biochemical recurrence and occurrence of bone metastasis. Results: We found that low levels of p65 protein expression in the nuclear epithelial compartments of normal prostate tissue were associated with a reduced probability of biochemical failure (which corresponds to a rise in the serum level of PSA in prostate cancer patients following treatment, surgery in this cohort of patients). Moreover, we also observed that low levels of 53BP1 protein expression in the nuclear epithelial compartments of normal and cancerous prostate tissue were associated with a lower incidence of bone metastasis. Conclusion: These results confirm that p65 has prognostic value in patients with prostate adenocarcinoma. Based on our results, we suggest that 53BP1 marker may have a prognostic value as well. The validation of other markers and particularly DDR markers may correlate with patients’ outcome. With longer follow-up, it may translate into correlation with survival. Levels of DDR activity in cancer tissue could be used in daily clinic as part of the patient’s diagnostic profile as much as his prostatic specific antigen (PSA) or Gleason score in order to predict response and personalize the treatment in order to guide the patients towards the most appropriate treatment amongst all those available for their prostate cancer.

Human hematopoietic stem cells (HSCs) are defined by their capacity to self-renew and to differentiate into all blood lineages during an adult lifetime. Based on these unique properties, HSCs are used in transplantation procedures to treat various hematological diseases. However, the low number of HSCs in a graft limits the use of this treatment. To overcome this restrain, different approaches were established to expand HSCs ex vivo; yet, the absence of a reliable surface maker that correlates with HSC activity in culture made the assessment labor-intensive and time-consuming. Using a library of small molecules, we were able to identify pyrimidoindole derivative named UM171 as an agonist for HSC self-renewal. UM171 promotes ex vivo expansion of hematopoietic and stem cell progenitors (HSPC) independently of AhR suppression- a pathway reported by Boitano et al. to have the greatest effect in HSC expansion. Unlike AhR suppression that targets a hematopoietic population with limited proliferative potential, UM171 targets the long-term HSCs. Transcriptome analysis showed that UM171 reduces the levels of transcripts associated with lineage differentiation and induces the expression of genes encoding for membrane proteins, one of the best differentially expressed being the endothelial protein c receptor (EPCR). Cell sorting and transplantation experiments of EPCR expressing cells showed a high correlation with HSC activity. We demonstrated EPCR as a first reliable marker to enrich for HSC in culture and that it is required for HSPC function in vivo. These findings provide a valuable tool for clinical and research applications to optimize further HSPC expansion protocols and understand the molecular machinery that governs the HSC self-renewal. / Le terme de cellules souches hématopoïétiques (CSH) désigne une population rare de cellules capables de générer l’ensemble des lignages hématopoïétiques. Cette définition implique une capacité d’auto-renouvèlement, ainsi qu'un potentiel de prolifération et de différenciation important. La greffe de cellules souches hématopoïétiques est aujourd'hui une modalité thérapeutique pour le traitement de diverses maladies hématologiques et représente pour de nombreux patients un traitement de dernier recours. Malheureusement, le nombre limité de ces cellules dans une unité de sang de cordon est à l’origine du faible taux de réussite des greffes de sang de cordon chez l'adulte. Plusieurs stratégies sont actuellement mises en place pour permettre la multiplication de ces CSH ex vivo. Cependant, Il n’y a jusqu’à ce jour aucun critère ou marqueur phénotypique fiable permettant spécifiquement d'identifier ou d'isoler ces CSH amplifiées, et leur caractérisation reste un défi majeur pour les chercheurs. Dans le laboratoire, nous avons effectué un criblage à haut débit afin de tester le potentiel d’un grand nombre de molécules chimiques à multiplier des cellules souches dérivées de sang de cordon ombilical et nous avons ainsi identifié la molécule UM171, un dérivé pyrimido-indole, qui permet de multiplier par 10 le nombre de CSH et par 100 leur descendance. Nous avons démontré qu' UM171 permet de multiplier les CSH sans affecter la voie de signalisation de la protéine AhR, récemment impliquée dans l'auto-renouvèlement des CSH. L'analyse du transcriptome des CSH exposées à la molécule UM171 a permis d'identifier le récepteur endothélial à la protéine C (EPCR), comme marqueur de surface permettant de prédire le nombre et l'activité des CSH en culture et par conséquent de les isoler et de mieux les caractériser. En combinant des techniques de cytométrie de flux et d'ARN interférents avec des expériences de transplantation à long terme dans des souris immuno-déficientes, nous avons pu démontrer qu' EPCR peut être considéré non seulement comme un premier marqueur fiable pour enrichir les CSH en culture mais aussi qu'il est nécessaire pour la fonction de ces CSH in vivo. Les résultats de ces travaux représentent une avancée majeure pour accélérer les recherches et les applications cliniques sur l'expansion des CSH ex vivo et permettra de comprendre les mécanismes moléculaires qui régissent l'auto-renouvèlement des CSH.

Alors que les valeurs temporelles, aspectuelles et modales en français sont principalement exprimées par les déterminants grammaticaux du verbe, l’expression de la temporalité en vietnamien s’appuie sur des marqueurs d’ordre lexical. L’objectif de cette recherche a été de montrer la différence qui existe dans la manière d’exprimer la temporalité en français et en vietnamien et donc de concevoir l’expression des valeurs temporelles, aspectuelles et modales dans chacune de ces langues. Ces valeurs étant véhiculées par des déterminants grammaticaux du verbe en français et par des marqueurs lexicaux en vietnamien, l’analyse a consisté tout d’abord à préciser les valeurs de ces éléments dans chaque langue, après avoir rappelé les points de vue de certains prédécesseurs dans ces domaines. Ensuite, une étude contrastive d’un extrait du Petit Prince en français et de deux de ses traductions en vietnamien a permis de mettre en évidence non seulement les facteurs qui régissent la présence ou l’absence de marqueurs en vietnamien, mais aussi les changements de sens et d’effets stylistiques qu’induisent le passage d’une langue à l’autre et le choix singulier qu’est à même de faire le traducteur. Cette recherche peut donc avoir une incidence immédiate pour l’enseignement du français à des apprenants vietnamiens et plus largement à des étudiants de Français Langue Etrangère comme pour la traduction. / While temporal, aspectual and modal values in French are mainly expressed by the verb’s grammatical determinants, the expression of temporality in Vietnamese is based on lexical markers. The objective of this research was to point out the difference in the manners of expressing temporality in French and Vietnamese, and therefore to figure out the expression of temporal, aspectual and modal values in each of these languages. With these values being conveyed by grammatical determinants of the verb in French and lexical markers in Vietnamese, the analysis was first to determine the values of these elements in each language, after recalling the views of some predecessors in these areas. Then, a contrastive study of an extract of the Little Prince in French and two of its translations in Vietnamese helped to highlight not only the factors that govern the presence or absence of markers in Vietnamese, but also semantic changes and stylistic effects induced by the transition from one language to the other and the singular choice of the translator. So this research can have an immediate impact on the teaching of French language to Vietnamese learners and more widely to students learning French as a foreign language as well as for translation.