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Variação geográfica em Caluromys philander (Linnaeus, 1758) no Brasil (Didelphimorphia : Didelphidae)

Caramaschi, Fabiana Pellegrini 03 1900 (has links)
Submitted by Alberto Vieira (martins_vieira@ibest.com.br) on 2017-10-18T22:44:47Z No. of bitstreams: 1 635161.pdf: 4971695 bytes, checksum: dc8abcd402dba47e52d98ef1669aa979 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-10-18T22:44:47Z (GMT). No. of bitstreams: 1 635161.pdf: 4971695 bytes, checksum: dc8abcd402dba47e52d98ef1669aa979 (MD5) Previous issue date: 2005-03 / CAPES / Caluromys philander (Linnaeus) é um marsupial arborícola que apresenta ampla distribuição no território brasileiro. Três subespécies são atualmente reconhecidas, embora sem o suporte de análises geográficas abrangentes. Este trabalho visou 1) mapear a distribuição de C. philander no território brasileiro, 2) avaliar a existência de dimorfismo sexual secundário em caracteres craniométricos na espécie, 3) analisar a variabilidade craniana e de pelagem a partir de amostras representativas da distribuição deste táxon no Brasil e 4) reavaliar a taxonomia de C. philander à luz do contraste entre padrões morfométricos e os resultados de análises moleculares já disponíveis. Localidades foram reunidas com base nas distâncias geográficas para formar amostras regionais. Foi detectado dimorfismo sexual secundário significativo apenas quando um maior poder estatístico era possível. Amostras grandes (mais do que dez espécimes) foram utilizadas em análises multivariadas confirmatórias proporcionando um padrão de diferenciação geográfico que foi comum entre amostras de sexos separados e reunidos. Este padrão, que diferenciou a amostra do sudeste das demais foi também evidenciado através da análise de caracteres qualitativos do crânio, particularmente as larguras da constrição interorbital e da constrição pós-orbital, a forma do osso lacrimal e a altura do processo coronóide. Estes resultados, juntamente com resultados de análises moleculares independentes, são interpretados como evidência de que a forma da região sudeste / sul do Brasil constitui uma espécie distinta das demais amostras referidas a C. philander, para a qual o nome Caluromys dichrurus (Wagner, 1842) está disponível. / Caluromys philander is an arboreal marsupial widely distributed in Brazil. Three subspecies are currently recognized, despite the lack of comprehensive analyses of geographical variation. This study aimed 1) to map the distribution of C. philander in Brazil, 2) to evaluate the existence of secondary sexual dimorphism in craniometric characters in the species, 3) to analyze the cranial and pelage variability among samples representing the distribution of this taxon in Brazil, and 4) to review the taxonomy of Caluromys philander in the light of the contrast between the morphometric patterns and the results of molecular analyzes already available. Localities were grouped into regional groups on the basis of geographic distances. Secondary sexual dimorphism was only detected when a high statistical power was possible. Big samples (with more than ten specimens) were used in confirmatory multivariate analyses providing a pattern of geographic differentiation that was common between analyzes of each sex and of pooled sexes. This pattern, which has differentiated the sample from southeastern Brazil, has also been revealed in the analysis of qualitative cranial characters, specifically the interorbital and post-orbital breadths; shape of the lacrimal bone, and of the coronoid process. These results, together with independent molecular analyzes, are interpreted here as evidence that the form from southeastern – south of Brazil does constitute a distinct species, for which the name Caluromys dichrurus (Wagner, 1842) is available.
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Heterogeneidade espacial e variação temporal do microclima e seus efeitos sobre a ocorrência de três espécies de marsupiais na Mata Atlântica

Aprigliano, Paula 10 1900 (has links)
Submitted by Alberto Vieira (martins_vieira@ibest.com.br) on 2018-01-12T15:51:33Z No. of bitstreams: 1 617462.pdf: 9301397 bytes, checksum: 507a0d494160adf0b5d975c1297dee3e (MD5) / Made available in DSpace on 2018-01-12T15:51:33Z (GMT). No. of bitstreams: 1 617462.pdf: 9301397 bytes, checksum: 507a0d494160adf0b5d975c1297dee3e (MD5) Previous issue date: 2003-10 / FUJB / CAPES / A heterogeneidade espacial e a variação temporal das características bióticas e abióticas do ambiente influenciam a distribuição de diversas espécies animais. Portanto, as interações entre as condições climáticas e a estrutura do ambiente são importantes em qualquer estudo que busque avaliar a dinâmica e os processos ecológicos de uma região. O objetivo desse estudo é avaliar as variações espacial e temporal do microclima, seus efeitos sobre o microhabitat e consequentemente sobre a dinâmica das populações de pequenos mamíferos, numa área de Mata Atlântica. Foi também proposto um método de avaliação da heterogeneidade microclimática nesse tipo de floresta tropical. Para medir as variáveis de microclima (temperatura, umidade e luminosidade), foram usados registradores automáticos, ou seja, aparelhos de leitura programada de parâmetros climáticos. Para caracterizar o microhabitat foram medidas oito variáveis propostas em Freitas et al. (2002). O método desenvolvido e testado é eficiente no estudo do ambiente de pequenos mamíferos que vivem nessa camada de ar junto ao solo. Os resultados mostram diferenças espaciais e temporais das variáveis estudadas, onde a variação espacial do microclima pôde ser atribuída às diferenças de altitude e estruturais locais, e, sua variação temporal afeta a dinâmica do microhabitat. Foram encontrados modelos de preferência de microhabitat para os marsupiais Didelphis aurita (generalista com boa capacidade de manutenção local) e Metachirus nudicaudatus (sub-bosque desenvolvido e menor capacidade de manutenção local), enquanto Marmosops incanus apresentou correlação com o microclima, ocorrendo com populações maiores nos locais mais altos da área de estudo, com temperaturas mais amenas e maior umidade relativa. / The spacial heterogeneity and the temporal variation of the biotics and abiotics characteristics of the environment influence the distribution of animal species. Therefore, the interactions between the climatic conditions and the structure of the environment are important in any study that evaluate the dynamics and the ecological processes of a region. The aim of this study is to evaluate the space and time variations of the microclimate, its effect on the microhabitat and consequentely on the dynamics of the populations of small mammals, in an area of Atlantic Forest. Also a method of evaluation of the microclimate variables (temperature, humidity and luminosity) was developed, where were used data loggers, a programmed reading equipment of climatic parameters. To characterize the microhabitat were measured eight variables proposed in Freitas et al. (2002). The developed and tested method is efficcient in the study of environment of small mammals that live in this layer of air near the ground. The results show spacial and temporal differences of the studied variables, where the spacial variatuon of the microclimate could be attributed to the differences of altitude and in the local structural, and, its temporal variation affects the dynamics of the microhabitat. Models of habitat preference were found for the marsupials Didelphis aurita (generalist with good capacity of local maintenance) and Metachirus nudicaudatus (developed understory and lesser capacity of local maintenance), while Marmosops incanus presented correlation with the microclimate, occurring with bigger populations in the highest places of the study area, with lower temperatures and higher relative humidity.
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Relações filogenéticas da subfamília Didelphinae : padrões de variação da morfologia crânio-dentária (Marsupialia : Didelphidae) / Phylogenetic Relationships of the Subfamily Didelphinae (Marsupialia: Didelphidae): Patterns of Craniodental Morphology

Camardella , Arianna Rocha 03 December 1999 (has links)
Submitted by Alberto Vieira (martins_vieira@ibest.com.br) on 2018-02-07T23:27:35Z No. of bitstreams: 1 593497.pdf: 8124107 bytes, checksum: cd381895e10bdfedcd7ccd1c77dbb4e7 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-02-07T23:27:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 593497.pdf: 8124107 bytes, checksum: cd381895e10bdfedcd7ccd1c77dbb4e7 (MD5) Previous issue date: 1999-12-03 / Esta dissertação avalia as relações filogenéticas entre os gêneros viventes e fósseis da Subfamília Didelphinae a partir de uma metodologia cladista. Quatro opções de enraizamento foram avaliadas em diferentes conjuntos de análises: Caluromys (Caluromyinae, Didelphidae ), Sparassocynus (Sparassocynidae ), Caenolestes (Caenolestidae) e Dromiciops (Microbiotheriidae). Um total de 146 caracteres cranianos e dentários, todos interpretados como não-ordenados, foram utilizados nas análises de parcimônia realizadas utilizando-se a opção heurística... / This thesis used a cladistic analysis to evaluate the phylogenetic relationships among living and fossil genera of the Subfamily Didelphinae. Four different genera were used as outgroups: Caluromys (Caluromyinae, Didelphidae), Sparassocynus (Sparassocynidae), Caenolestes (Caenolestidae) e Dromiciops (Microbiotheriidae). A total of 146 cranial and dental characters were utilized in the analysis, that was performed using the...
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Diversidade, diferenciação e biogeografia de pequenos mamíferos não-voadores na Mata Atlântica ao norte do rio São Francisco Centro de Endemismo Pernambuco / Diversity, differentiation and biogeography of non-volant small mammals of the Atlantic Forest north of São Francisco river - Pernambuco Endemism Center

Paulo Henrique Asfora Lopes Peres 30 August 2011 (has links)
Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio de Janeiro / As florestas tropicais brasileiras (Amazônia e a Mata Atlântica) possuem alta diversidade de espécies e atualmente estão separadas por um cinturão de vegetação aberta. Parte deste cinturão é ocupada pela Caatinga, onde se encontram os Brejos de Altitude, testemunhos das conexões históricas entre a Mata Atlântica e a Amazônia. O Centro de Endemismos Pernambuco (CEPE) é a unidade biogeográfica que compõe a Mata Atlântica ao norte do rio São Francisco e contém diversos táxons endêmicos. Esta região apresenta uma mastofauna compartilhada com a Amazônia, devido às conexões existentes durante o Cenozóico. A presença do rio São Francisco em seu limite sul pode atuar como barreira ao fluxo gênico e explicar os endemismos encontrados no CEPE. Contrastando com sua situação peculiar, a mastofauna do CEPE ainda carece de estudos aprofundados sobre a identificação de suas espécies, padrões geográficos e relações filogenéticas. Revisões recentes têm identificado espécies diferentes ao norte e ao sul do rio São Francisco, mas poucos trabalhos têm proposto hipóteses biogeográficas para o CEPE. Para ampliar o conhecimento sobre a identidade e distribuição geográfica dos pequenos mamíferos do CEPE e sua estrutura filogeográfica, foram realizados levantamentos de espécies e análises de diversidade genética e morfométrica para algumas espécies. Os levantamentos consistiram de visitas às coleções científicas a fim de identificar as espécies ocorrentes no CEPE e excursões de coleta com 5 a 17 noites consecutivas em 12 localidades ao longo do CEPE, que totalizaram 64691 armadilhas noites e resultaram na coleta de 476 exemplares de 31 espécies. As espécies foram identificadas com base na morfologia externa e craniana e por análises citogenéticas. Para investigar a biogeografia do CEPE, análises de genética de populações, filogeográficas e morfométricas foram realizadas para os marsupiais Caluromys philander, Didelphis aurita, Marmosa murina, Metachirus nudicaudatus e os roedores Akodon cursor, Oecomys catherinae e Rhipidomys mastacalis para avaliar a existência de diferenciação nas populações do CEPE e suas relações com as linhagens Amazônicas e Atlânticas. Estes resultados mostraram que a diversificação dos pequenos mamíferos do CEPE ocorreu tanto no Terciário quanto no Quaternário. Algumas populações, como em Caluromys philander e Oecomys catherinae, mostraram afinidades com linhagens amazônicas, enquanto outras, como em Metachirus nudicaudatus e Rhipidomys mastacalis, apresentaram afinidades com linhagens atlânticas. Os pequenos mamíferos do CEPE apresentaram diferenciação em relação às suas linhagens irmãs, com algumas linhagens podendo tratar-se de espécies ainda não descritas (e.g. Didelphis aff. aurita e Rhipidomys aff. mastacalis). Esta diferenciação provavelmente foi causada pelos eventos cíclicos de flutuações climáticas que provocaram elevações no nível do mar e retração das florestas tropicais, isolando as populações do CEPE. Por fim, para auxiliar na identificação das espécies em novas coletas, de suas distribuições geográficas e de suas características citogenéticas e ecológicas, foi elaborado um guia reunindo todas as informações disponíveis sobre as espécies de pequenos mamíferos do CEPE. / The Brazilian tropical rainforests (Amazon and Atlantic Forest) present high species diversity and are currently separated by a belt of open and dry vegetation. Part of this belt is occupied by the Caatinga, where are found the Brejos de Altitude, evidence of the historical connections between the Atlantic Forest and the Amazon. The Pernambuco Endemism Center (CEPE) is the biogeographic unit of the Atlantic Forest located north of the São Francisco River and contains several endemic taxa. Part of its mammal fauna is shared with the Amazon, due to former connections in the Cenozoic. The presence of the São Francisco river in its southern limit may act as a barrier to gene flow and explain the endemism found in CEPE. In contrast to their peculiar situation, the mammalian fauna from CEPE still lacks detailed studies on its taxonomic composition, geographic patterns and phylogenetic relationships. Recent reviews have identified different species in the north and south of the San Francisco river, but few studies have proposed biogeographical hypotheses for the CEPE. In order to increase knowledge on the identity and geographical distribution of the small mammals in the CEPE and their phylogeographic structure, species surveys were carried out and the genetic and morphometric diversity of some of the species found were assessed. The surveys consisted of visits to scientific collections to identify the species occurring in CEPE and trapping trips, with 5 to 17 consecutive nights, in 12 sites throughout the CEPE, totaling 64,691 trap-nights, resulting in the collection of 476 specimens of 31 species. The specimens were identified based on external and cranial morphology and cytogenetic analysis. To investigate the biogeography of CEPE, genetics, phylogeographic and morphometric analysis were performed with the marsupials Caluromys philander, Didelphis aurita, Marmosa murina, Metachirus nudicaudatus and the rodents Akodon cursor, Oecomys catherinae and Rhipidomys mastacalis to assess the existence of differentiation in CEPE populations and their relationships with the Amazon and Atlantic Forest lineages. These results showed that diversification of small mammals in CEPE occurred in both the Tertiary and Quaternary. Some populations, such as Caluromys philander and Oecomys catherinae showed affinities with amazonian lineages, while others, like Metachirus nudicaudatus and Rhipidomys mastacalis, showed affinities with atlantic lineages. The small mammals from CEPE showed differentiation from their sisters lineages, with some lineages probably being, in fact, undescribed species (eg Didelphis aff. aurita and Rhipidomys aff. mastacalis). This differentiation was probably caused by cyclical events of climate fluctuations that led to sea level rises and retractions of the tropical forests, thus isolating the populations in CEPE. Finally, to help identifying species in future field surveys, their geographic distributions and ecological and cytogenetic features, a guide was prepared by gathering all available information on the species of small mammals from CEPE.
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Pan-biogeografia dos gêneros Didelphis, Philander, Metachirus, Chironectes e Lutreolina (Didelphimorphia: Didelphidae) / Panbiogeography of the genera Didelphis, Philander, Metachirus, Chironectes and Lutreolina (Didelphimorphia: Didelphidae)

Vera de Ferran 25 February 2013 (has links)
Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / A ordem Didelphimorphia, de marsupiais americanos, apresenta 19 gêneros e 96 espécies, todos membros da família Didelphidae, que é dividida em duas subfamílias, Caluromyinae e Didelphinae. A subfamília Didelphinae contém (não apenas) as tribos Didelphini e Metachirini. A tribo Didelphini compreende 15 espécies de quatro gêneros: Chironectes (1 espécie), Lutreolina (1), Didelphis (6) e Philander (7) e a tribo Metachirini é monotípica, com apenas uma espécie do gênero Metachirus. Estes cinco gêneros encontram-se distribuídos amplamente pelas Américas, desde o sul do Canadá até a região central da Argentina. O objetivo deste estudo foi buscar identificar e explicar, através de análise pan-biogeográfica, os padrões de distribuição das espécies destes cinco gêneros. Para tal, foi feito um levantamento em banco de dados, coleções científicas e artigos científicos para a obtenção de dados sobre as localidades de registro de cada espécie. Estas foram então marcadas em mapas e a partir destes, as localidades de ocorrência foram conectadas com linhas de menor distância para formação dos traços individuais. Pela sobreposição dos traços individuais chegou-se aos traços generalizados e do encontro destes, aos nós biogeográficos. Os pontos de ocorrência foram também plotados em mapas de biomas para análise. Encontramos três traços generalizados e dois nós biogeográficos, um no centro da Bolívia na província biogeográfica de Puna e outro na Argentina, na província de Misiones. Quatro espécies não participaram de nenhum dos traços generalizados, provavelmente devido à sua distribuição mais restrita (Philander deltae, P. andersoni, P. olrogi e P. mcilhennyi). Chironectes minimus e Metachirus nudicaudatus tiveram seus traços coincidentes com dois traços generalizados, o que está de acordo com suas divisões de subespécies. Identificamos os diferentes padrões existentes para o norte da América do Sul (Venezuela) já apontado por diversos autores, porém apenas quando analisadas as subespécies em separado. Alguns limites para a distribuição das espécies puderam ser identificados, como por exemplo o istmo de Tehuantepec, no México, para Chironectes minimus e Metachirus nudicaudatus e o limite da região neotropical para P. opossum e D. marsupialis. O limite de distribuição sul de Philander opossum e P. frenatus é provavelmente o rio Paraguai, que deve servir de barreira para o contato entre as duas espécies. A descaracterização dos ambientes naturais pelo desmatamento vem alterando os padrões naturais de distribuição das espécies, com o registro de espécies de áreas abertas em biomas de mata. Lutreolina crassicaudata apresenta distribuição disjunta, ocupando duas áreas de vegetação aberta, uma no noroeste e outra no centro e sudeste da América do Sul, padrão provavelmente gerado pelos períodos de retração e expansão de áreas de savana do Mioceno superior ao Holoceno, levando à captura destes enclaves de vegetação aberta, com seu isolamento por áreas de floresta. Os nós e traços generalizados aqui identificados coincidiram com os encontrados por outros autores. Apesar da pan-biogeografia poder ser usada para propor áreas de proteção ambiental, nos locais em que encontramos os nós biogeográficos já existem unidades de conservação, não havendo assim necessidade de propor novas áreas no caso desses marsupiais. Ainda existe uma grande necessidade de um melhor conhecimento da distribuição e taxonomia das espécies estudadas, o que promoveria um melhor entendimento dos padrões biogeográficos existentes / The order Didelphimorphia, family Didelphidae of American marsupials includes 19 genera and 96 species and is divided into two subfamilies, Caluromyinae and Didelphinae. The subfamily Didelphinae contains (not exclusively) the tribes Didelphini and Metachirini. The tribe Didelphini comprises 15 species of four genera: Chironectes (1 species), Lutreolina (1), Didelphis (6) and Philander (7) and Metachirini tribe is monotypic, with only one species of the genus Metachirus. These five genera are widely distributed throughout the Americas, from southern Canada to central Argentina. The aim of this study was to identify and to explain the speciess distribution patterns trough pan-biogeographic analysis. So, a survey was carried on using databases, visiting scientific collections and searching for published records to obtain data on localities were species were registered. Localities, for each separate species were marked on maps and the most close localities were connected with lines (individual tracks). The overlapping of individual tracks are the generalized tracks and the intersection of two or more generalized tracks are called nodes. Localities were also plotted on biomes maps. We found three generalized tracks and two nodes, one in the center of Bolivia in the biogeographic province of Pune and the other in Argentina, in Misiones. Four species do not participated in any generalized tracks, probably due to its restricted distribution (Philander delta, P. andersoni, P. olrogi and P. mcilhennyi). Chironectes minimus and Metachirus nudicaudatus had their tracks overlapped with two generalized tracks, which is in accordance with their known subspecies geographic distribution. In those species which are divided in subspecies, a separate analysis was carried on. Different patterns on the northern South America (Venezuela) were identified, all already pointed out by authors. Some species distribution limits were identified, such as the Tehuantepec Isthmus in Mexico for C. minimus and M. nudicaudatus and the neotropical region north limit to P. opossum and D. marsupialis. The south limit of P. opossum and P. frenatus is the Paraguay river, which seems to be a barrier. The mischaracterization of natural environments by human activities is changing the natural distribution patterns, as we can see by the occurrence of open areas species in forest biomes. Lutreolina crassicaudata presents a disjunct distribution, occupying two open vegetation areas, in northwest and center-southeast South America, probably generated by periods of contraction and expansion of savanna areas during the later Miocene to Holocene, leading to open vegetation enclaves surrounded by forests. The generalized tracks that we identified coincided with those found by other authors. Despite the pan-biogeography methodology can be used to propose protected areas, our nodes are in areas where conservation units already exist. There still is a great need for a better data of the distribution and taxonomy of these species, which would promote a better understanding of their biogeographic patterns
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Use of silvicultural landscapes by small mammals in the state of São Paulo, Brazil / Uso de paisagens silviculturais por mamíferos de pequeno porte do estado de São Paulo, Brasil

Lina Cristina Vásquez Uribe 23 March 2018 (has links)
Studies in agricultural landscapes have shown that anthropogenic environments may be relevant to wildlife species. Given the extent of these areas efficient research methods are needed to assess its ecological value in terms of local diversity, such as the use of biological indicators. The main goal here was to evaluate the possible relationship between the native vegetation biomass and diversity of small mammals in a silvicultural landscape of São Paulo. The study was developed at Fazenda Três Lagoas, which is part of the \"Programa de Pesquisa em Biodiversidade\" (PPBio), at Angatuba municipality, State of São Paulo, and lasted nine months. From May 2015 to March 2016 nine sampling campaigns were carried over a grid of 15 pitfall traps, five in Eucalyptus plantations, five in native vegetation and five in abandoned pastures. In the Chapter 1 the distribution and abundance patterns of small mammals on a silvicultural landcape during the early second cycle of Eucalyptus plantation in Southeastern Brazil was evaluated. A total of 672 individuals from 15 species of the orders Rodentia (9 spp.) and Didelphimorphia (6 spp.) were captured and five new species were detected in the study area in comparison to the first cycle. Although these species are predominantly generalists, there were differences in the abundance of small mammals in the three environments. The presence of native vegetation patches associated with riparian areas and abandoned pastures and the role of small mammals as a food resource for predators on a trophic structure, gives a certain conservation value to silvicultural landscapes in southeastern Brazil. In the Chapter 2 the relationship between landscape metrics and patterns of diversity, distribution and abundance of small mammals in a silvicultural landscape were evaluated. The species richness and family diversity of small mammals have been predominantly determined by the percentage of native vegetation. However, the abundance of small mammals can be determined by an indirect estimate of the native vegetation biomass (i.e., NDVI), which can be considered a 3D landscape metric as it is related to volume. Therefore, to succeed in assessing the value of agricultural landscape, future studies should consider landscape context, as well as the landscape metrics associated with geospatial data analysis and the distinct responses of species. / Estudos em paisagens agrícolas têm mostrado que ambientes antrópicos podem ser relevantes para muitas espécies selvagens. Dada a extensão destas áreas, são necessários métodos eficientes de pesquisa para avaliar seu valor ecológico em termos de diversidade local, tais como o uso de indicadores biológicos. O presente estudo teve como objetivo geral avaliar a possível relação entre a biomassa de vegetação nativa e a diversidade de mamíferos de pequeno porte em uma paisagem silvicultural do estado de São Paulo. O estudo foi desenvolvido na Fazenda Três Lagoas, que é parte do Núcleo Angatuba do Programa de Pesquisa em Biodiversidade (PPBio), no município de Angatuba, Estado de São Paulo e teve a duração de nove meses. De maio de 2015 a março de 2016, foram realizadas campanhas mensais de amostragem em uma grade amostral com 15 conjuntos de armadilhas de interceptação e queda (pitfall), sendo cinco nas plantações de Eucalyptus spp., cinco em vegetação nativa e cinco em pasto abandonado. No Capítulo 1 foram avaliados os padrões de distribuição e abundância de pequenos mamíferos em uma paisagem silvicultural ao início do segundo ciclo de plantações de Eucalyptus no Sudeste do Brasil. Um total de 672 indivíduos de 15 espécies das ordens Rodentia (9 spp.) e Didelphimorphia (6 spp.) foram capturados e cinco novas espécies foram detectadas na área de estudo em relação ao primeiro ciclo. Embora as espécies presentes sejam predominantemente generalistas, houve diferença na abundância de pequenos mamíferos nos três ambientes. A presença de fragmentos de vegetação nativa associados a áreas ripícolas e pasto abandonado e o papel dos pequenos mamíferos como recurso alimentar para predadores em uma estrutura trófica, atribui um valor de conservação às paisagens silviculturais no sudeste do Brasil. No Capítulo 2, o objetivo foi avaliar a relação entre métricas da paisagem e padrões de diversidade, distribuição e abundância de pequenos mamíferos em uma paisagem silvícultural. A riqueza de espécies e a diversidade de famílias dos pequenos mamíferos tem sido predominantemente determinada pela área porcentual de vegetação nativa. No entanto, a abundância de pequenos mamíferos pode ser determinada por uma estimativa indireta da biomassa da vegetação nativa (e.g., NDVI), que pode ser considerada uma métrica de paisagem 3D, pois está relacionada ao volume. Portanto, para ter sucesso na avaliação do valor da paisagem agrícola, os estudos futuros devem considerar o contexto da paisagem, bem como as métricas da paisagem associadas à análise dos dados geoespaciais e as distintas respostas das espécies.
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Pequenos mamíferos não-voadores do Planalto Atlântico de São Paulo: identificação, história natural e ameaças / Non-volant small mammals of the Atlantic Plateau of São Paulo: identification, natural history and threats

Rossi, Natália Fernandes 13 June 2011 (has links)
Roedores Cricetidae e Echimyidae e marsupiais Didelphidae formam o grupo dos pequenos mamíferos não-voadores das florestas neotropicais, o qual engloba boa parte da diversidade de mamíferos do Brasil, exerce papel ecológico importante na regeneração e dinâmica das florestas, e funciona como indicador de alterações da paisagem e da estrutura local dos habitats. No entanto, a identificação das espécies do grupo é difícil já que a taxonomia é baseada principalmente em caracteres cranianos e cromossômicos, muitas espécies ainda vêm sendo descritas, e faltam listas recentes para muitos biomas e regiões brasileiras. Além disso, apesar de sua importância numérica e ecológica, existe uma carência de informações, e de sínteses e compilações, sobre a diagnose, história natural, distribuição geográfica e ameaças para as espécies deste grupo. Esta dissertação apresenta uma compilação do conhecimento atualmente existente sobre os caracteres diagnósticos, distribuição, uso de habitats e respostas às alterações humanas, dieta, uso do espaço, reprodução e ameaças das espécies de pequenos mamíferos não-voadores de uma das regiões mais ricas da Mata Atlântica, o Planalto Atlântico de São Paulo, encontro entre duas áreas de endemismo adjacentes, que abriga respectivamente cerca de 22 e 32% das espécies de roedores Cricetidae e marsupiais Didelphidae com ocorrência no Brasil. A diagnose das espécie foi baseada na comparação e descrição das mesmas características para todas as espécies, focando principalmente em caracteres externos, passíveis de serem analisadas nos animais vivos e algumas características cranianas e dentárias mais relevantes para os grupos analisados. Já a descrição de características ecológicas foi baseada em extenso banco de dados coletados em 155 sítios com 118.322 armadilhas-noite de esforço no Planalto pelos projetos do Laboratório de Diversidade e Conservação de Mamíferos do Departamento de Zoologia do Instituto de Biociências da Universidade de São Paulo, e revisão padronizada da literatura. Para cada uma das 53 espécies, são apresentadas informações sobre: 1- \"Identificação\" que inclui medidas corporais externas (mínimo, máximo e média), um texto de diagnose que descreve características morfológicas externas e cranianas ilustradas em figuras e pranchas, e cariótipo; 2- \"Distribuição\" onde é descrita a distribuição geográfica seguida por informações sobre a ocorrência em biomas e estados brasileiros, e a distribuição e abundância nas matas do Planalto Atlântico de São Paulo; 3- \"História Natural\" onde são descritas a preferência por florestas ou áreas abertas de agricultura, a resposta à fragmentação florestal e regeneração da floresta, a capacidade de ocupar diferentes tipos de ambientes alterados, dieta, hábito, reprodução, uso do espaço e outras informações importantes; e 4- \"Ameaças\" onde se ressalta a presença em listas de espécies ameaçadas estaduais, nacional e internacional e se apresenta uma consideração sobre as ameaçadas sofridas, com base nas informações detalhadas obtidas no Planalto Atlântico de São Paulo. / Rodents from the families Cricetidae and Echimyidae and Didelphidae marsupials represent the non-volant small mammals from Neotropical forests, a group that encompasses much of the diversity of mammals in Brazil, play important ecological roles in forest regeneration and dynamics, and indicates changes in both landscape and local habitat structure. However, species identification is difficult since taxonomy is mainly based on cranial and chromosomal characters, many species are still being described, and recent lists for many biomes and regions are lacking. Moreover, despite their numerical and ecological importance, there is a lack of information, syntheses and compilations on the diagnosis, natural history, distribution and threats to the species of this group. This dissertation presents a compilation of the current knowledge about the diagnostic characters, distribution, habitat use and responses to human disturbances, diet, use of space, reproduction and threats for the non-volant small mammals from one of the richest regions of the Atlantic Forest, the Atlantic Plateau of São Paulo, where two adjacent areas of endemism meet, and which harbors about 22 and 32% of Cricetidae rodents and Didelphidae marsupials occurring in Brazil. Species diagnosis were based on the comparison and description of the same characteristics for all species, focusing mainly on external characters, which can be analyzed in live animals and some dental and cranial features most relevant to the analyzed groups. The description of ecological characteristics was based on an extensive database collected at 155 sites with an effort of 118.322 traps-night by the projects of the Laboratory of Diversity and Conservation of Mammals, Department of Zoology, Institute of Biosciences, University of São Paulo, and a standardized review of the literature. For each of the 53 species, I present information on: 1- \"Identification\" that includes external body measurements (minimum, maximum and mean), a text on diagnosis that describes the external morphological and cranial characteristics illustrated in figures and plates, and karyotype; 2- \"Distribution\" that describes the geographical distribution followed by information on the occurrence in Brazilian biomes and states, and the distribution and abundance in forests of the Atlantic Plateau of São Paulo; 3- \"Natural History\" where the preference for forests or open areas of agriculture, the response to forest fragmentation and regeneration, the ability to occupy different types of altered habitats, diet, habit, reproduction, use of space and other important information are described; and 4- \"Threats\" that highlights the presence in state, national and international lists of endangered species and presents a consideration of the threats, based on the detailed information obtained in the Atlantic Plateau of São Paulo.
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Evolução dos genes da rede OXT - AVP - PRL: Aspectos moleculares, fisiológicos e comportamentais em mamíferos

Rosa, Pamela Laiz Paré da January 2018 (has links)
A busca pelo repertório genético por trás de características comportamentais e reprodutivas de espécies de primatas tem desafiado nosso grupo de pesquisa. A premissa principal nesse tipo de estudo baseia-se na hipótese de que um traço fenotípico (seja ele fisiológico, comportamental, etc) compartilhado por um grupo taxonômico inteiro deve ser determinado por um repertório genético comum a esses táxons. Considerando a complexidade de muitas dessas características, temos ampliado nossos estudos para vários genes da rede OXT – AVP – PRL, usando abordagens in silico, in vitro, e in vivo. Na presente Tese, o conjunto gênico de estudo foi selecionado por uma metodologia baseada na ontologia biológica, com critério de seleção para características como comportamento materno, amamentação e aspectos reprodutivos, tais como comportamento de acasalamento e de corte. Essa seleção resultou em 12 genes candidatos para o estudo: AVP, AVPR1A, AVPR1B, ESR1, FOS, HCRT, OXT, OXTR, PRL, PRLH, PRLR e TRH. Exploramos aqui esse conjunto gênico da rede OXT – AVP – PRL através da mineração de dados, buscando por seus ortólogos nas várias espécies de primatas e de outros mamíferos, bem como através de novos dados de sequências da região codificadora dos genes PRLR e PRLH, em um conjunto de espécies de primatas do Novo Mundo (NWM, conforme sigla em inglês). Adicionalmente, sequências das regiões codificadoras de PRLR foram também obtidos em espécies de marsupiais. Com o objetivo de elucidar os padrões evolutivos dos genes de interesse, utilizamos análises como os testes NsSites e Branch Sites do pacote PAML, assim como vários testes populacionais clássicos, para diferentes conjuntos amostrais. Além disso, foi feita a predição da estrutura secundária das proteínas-alvo, utilizando metodologia específica do programa PSIPRED, bem como o PONDER-FIT, para a caracterização de aminoácidos intrinsecamente desordenados. Nossos resultados das análises in silico sugerem que os genes da família de receptores da vasopressina (AVPR1A, AVPR1B, e AVPR2) apresentam um padrão compatível com seleção positiva em mamíferos placentários. Alguns dos sítios com sinal de seleção apresentam motivos lineares (SLiMS) preditos no receptor AVPR2, que podem ter facilitado a emergência de novidades adaptativas, conforme foi sugerido para a espécie do rato-canguru Dipodomys ordii, que habita regiões áridas. As análises dos dados originais da região codificadora do gene PRLR em 17 espécies de NWM revelaram vários sítios presentes na forma longa do receptor com alta probabilidade de estarem sob seleção positiva, sendo que alguns deles (posições 507, 532 e 572) estão associados com o parto gemelar, uma característica das espécies de Callitrichidae. Adicionalmente verificamos no ramo dos Siimiformes um motivo linear de interação que reconhece domínios SH3 (Src Homology 3). Os domínios SH3 e os seus locais de ligação foram descritos para centenas de proteínas; eles fornecem à célula um meio particularmente conveniente e adaptável de interação específica proteína-proteína, que pode ser de importância funcional. Esse trabalho como um todo contribuiu para o conhecimento do repertório genético relacionado à complexa rede de mecanismos neuroendócrinos associados à emergência de traços adaptativos, tanto fisiológicos quanto comportamentais em diferentes clados de mamíferos. / The search for the genetic repertoire behind behavioral and reproductive features of Primate species has challenged our research group. The principal premise in this kind of study is based on the hypothesis that a phenotypic trait (either physiological, behavioral, etc.) shared by an entire taxonomic group should be determined by a genetic repertoire common to these taxa. Considering the complexity of many of these features, we have expanded our studies for several genes of the OXT - AVP - PRL network, using in silico, in vitro, and in vivo approaches. In the present Thesis, the set of genes for the study was selected by a methodology based on biological ontology, with features like maternal behavior, breastfeeding, and reproductive aspects, such as mating and courtship behavior. This selection resulted in 12 candidate genes for the study: AVP, AVPR1A, AVPR1B, ESR1, FOS, HCRT, OXT, OXTR, PRL, PRLH, PRLR, and TRH. We explored here this gene set of the OXT – AVP – PRL network through data mining, searching for their orthologues in many Primate species and other mammals, as well as through new sequence data from the PRLR and PRLH coding region in a set of New World Monkey (NWM) species. Additionally, sequences from the PRLR coding regions were also obtained in marsupial species. To elucidate evolutionary patterns of the genes of interest, we used the NsSites and Branch Sites tests from PAML package, as well as several classic population tests, for different sample sets. In addition, we predicted the secondary structure of target proteins, using a specific methodology of the PSIPRED program, as well as PONDER-FIT for prediction of intrinsically disordered amino acids. Our in silico results suggest that the genes of the vasopressin receptor family (AVPR1A, AVPR1B, and AVPR2) present a pattern compatible with positive selection in placental mammals. Some of the sites with selection signals have linear motifs (SLiMS) predicted in the AVPR2 receptor, which may have facilitated the emergence of adaptive novelties, as was suggested for the kangaroo rat Dipodomys ordii, which inhabits arid regions. Analyses of the original PRLR coding region data on 17 NWM species revealed several sites present in the long form of the receptor with a high probability of being under positive selection, some of them (positions 507, 532 and 572) being associated with twin births, a characteristic of Callitrichidae species. Additionally, we verified in the Siimiformes branch a linear interaction motif that recognizes SH3 domains (Src Homology 3). The SH3 domains and their ligands were described for hundreds of proteins; they provide a particularly convenient and adaptable medium of specific protein-protein interaction to the cell, which can be of functional importance. This work as a whole contributed to the knowledge of the genetic repertoire connected to the complex network of neuroendocrine mechanisms associated to the emergence of physiological and behavioral adaptive traits in different mammalian clades.
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Evolução dos genes da rede OXT - AVP - PRL: Aspectos moleculares, fisiológicos e comportamentais em mamíferos

Rosa, Pamela Laiz Paré da January 2018 (has links)
A busca pelo repertório genético por trás de características comportamentais e reprodutivas de espécies de primatas tem desafiado nosso grupo de pesquisa. A premissa principal nesse tipo de estudo baseia-se na hipótese de que um traço fenotípico (seja ele fisiológico, comportamental, etc) compartilhado por um grupo taxonômico inteiro deve ser determinado por um repertório genético comum a esses táxons. Considerando a complexidade de muitas dessas características, temos ampliado nossos estudos para vários genes da rede OXT – AVP – PRL, usando abordagens in silico, in vitro, e in vivo. Na presente Tese, o conjunto gênico de estudo foi selecionado por uma metodologia baseada na ontologia biológica, com critério de seleção para características como comportamento materno, amamentação e aspectos reprodutivos, tais como comportamento de acasalamento e de corte. Essa seleção resultou em 12 genes candidatos para o estudo: AVP, AVPR1A, AVPR1B, ESR1, FOS, HCRT, OXT, OXTR, PRL, PRLH, PRLR e TRH. Exploramos aqui esse conjunto gênico da rede OXT – AVP – PRL através da mineração de dados, buscando por seus ortólogos nas várias espécies de primatas e de outros mamíferos, bem como através de novos dados de sequências da região codificadora dos genes PRLR e PRLH, em um conjunto de espécies de primatas do Novo Mundo (NWM, conforme sigla em inglês). Adicionalmente, sequências das regiões codificadoras de PRLR foram também obtidos em espécies de marsupiais. Com o objetivo de elucidar os padrões evolutivos dos genes de interesse, utilizamos análises como os testes NsSites e Branch Sites do pacote PAML, assim como vários testes populacionais clássicos, para diferentes conjuntos amostrais. Além disso, foi feita a predição da estrutura secundária das proteínas-alvo, utilizando metodologia específica do programa PSIPRED, bem como o PONDER-FIT, para a caracterização de aminoácidos intrinsecamente desordenados. Nossos resultados das análises in silico sugerem que os genes da família de receptores da vasopressina (AVPR1A, AVPR1B, e AVPR2) apresentam um padrão compatível com seleção positiva em mamíferos placentários. Alguns dos sítios com sinal de seleção apresentam motivos lineares (SLiMS) preditos no receptor AVPR2, que podem ter facilitado a emergência de novidades adaptativas, conforme foi sugerido para a espécie do rato-canguru Dipodomys ordii, que habita regiões áridas. As análises dos dados originais da região codificadora do gene PRLR em 17 espécies de NWM revelaram vários sítios presentes na forma longa do receptor com alta probabilidade de estarem sob seleção positiva, sendo que alguns deles (posições 507, 532 e 572) estão associados com o parto gemelar, uma característica das espécies de Callitrichidae. Adicionalmente verificamos no ramo dos Siimiformes um motivo linear de interação que reconhece domínios SH3 (Src Homology 3). Os domínios SH3 e os seus locais de ligação foram descritos para centenas de proteínas; eles fornecem à célula um meio particularmente conveniente e adaptável de interação específica proteína-proteína, que pode ser de importância funcional. Esse trabalho como um todo contribuiu para o conhecimento do repertório genético relacionado à complexa rede de mecanismos neuroendócrinos associados à emergência de traços adaptativos, tanto fisiológicos quanto comportamentais em diferentes clados de mamíferos. / The search for the genetic repertoire behind behavioral and reproductive features of Primate species has challenged our research group. The principal premise in this kind of study is based on the hypothesis that a phenotypic trait (either physiological, behavioral, etc.) shared by an entire taxonomic group should be determined by a genetic repertoire common to these taxa. Considering the complexity of many of these features, we have expanded our studies for several genes of the OXT - AVP - PRL network, using in silico, in vitro, and in vivo approaches. In the present Thesis, the set of genes for the study was selected by a methodology based on biological ontology, with features like maternal behavior, breastfeeding, and reproductive aspects, such as mating and courtship behavior. This selection resulted in 12 candidate genes for the study: AVP, AVPR1A, AVPR1B, ESR1, FOS, HCRT, OXT, OXTR, PRL, PRLH, PRLR, and TRH. We explored here this gene set of the OXT – AVP – PRL network through data mining, searching for their orthologues in many Primate species and other mammals, as well as through new sequence data from the PRLR and PRLH coding region in a set of New World Monkey (NWM) species. Additionally, sequences from the PRLR coding regions were also obtained in marsupial species. To elucidate evolutionary patterns of the genes of interest, we used the NsSites and Branch Sites tests from PAML package, as well as several classic population tests, for different sample sets. In addition, we predicted the secondary structure of target proteins, using a specific methodology of the PSIPRED program, as well as PONDER-FIT for prediction of intrinsically disordered amino acids. Our in silico results suggest that the genes of the vasopressin receptor family (AVPR1A, AVPR1B, and AVPR2) present a pattern compatible with positive selection in placental mammals. Some of the sites with selection signals have linear motifs (SLiMS) predicted in the AVPR2 receptor, which may have facilitated the emergence of adaptive novelties, as was suggested for the kangaroo rat Dipodomys ordii, which inhabits arid regions. Analyses of the original PRLR coding region data on 17 NWM species revealed several sites present in the long form of the receptor with a high probability of being under positive selection, some of them (positions 507, 532 and 572) being associated with twin births, a characteristic of Callitrichidae species. Additionally, we verified in the Siimiformes branch a linear interaction motif that recognizes SH3 domains (Src Homology 3). The SH3 domains and their ligands were described for hundreds of proteins; they provide a particularly convenient and adaptable medium of specific protein-protein interaction to the cell, which can be of functional importance. This work as a whole contributed to the knowledge of the genetic repertoire connected to the complex network of neuroendocrine mechanisms associated to the emergence of physiological and behavioral adaptive traits in different mammalian clades.
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Pequenos mamíferos não-voadores do Planalto Atlântico de São Paulo: identificação, história natural e ameaças / Non-volant small mammals of the Atlantic Plateau of São Paulo: identification, natural history and threats

Natália Fernandes Rossi 13 June 2011 (has links)
Roedores Cricetidae e Echimyidae e marsupiais Didelphidae formam o grupo dos pequenos mamíferos não-voadores das florestas neotropicais, o qual engloba boa parte da diversidade de mamíferos do Brasil, exerce papel ecológico importante na regeneração e dinâmica das florestas, e funciona como indicador de alterações da paisagem e da estrutura local dos habitats. No entanto, a identificação das espécies do grupo é difícil já que a taxonomia é baseada principalmente em caracteres cranianos e cromossômicos, muitas espécies ainda vêm sendo descritas, e faltam listas recentes para muitos biomas e regiões brasileiras. Além disso, apesar de sua importância numérica e ecológica, existe uma carência de informações, e de sínteses e compilações, sobre a diagnose, história natural, distribuição geográfica e ameaças para as espécies deste grupo. Esta dissertação apresenta uma compilação do conhecimento atualmente existente sobre os caracteres diagnósticos, distribuição, uso de habitats e respostas às alterações humanas, dieta, uso do espaço, reprodução e ameaças das espécies de pequenos mamíferos não-voadores de uma das regiões mais ricas da Mata Atlântica, o Planalto Atlântico de São Paulo, encontro entre duas áreas de endemismo adjacentes, que abriga respectivamente cerca de 22 e 32% das espécies de roedores Cricetidae e marsupiais Didelphidae com ocorrência no Brasil. A diagnose das espécie foi baseada na comparação e descrição das mesmas características para todas as espécies, focando principalmente em caracteres externos, passíveis de serem analisadas nos animais vivos e algumas características cranianas e dentárias mais relevantes para os grupos analisados. Já a descrição de características ecológicas foi baseada em extenso banco de dados coletados em 155 sítios com 118.322 armadilhas-noite de esforço no Planalto pelos projetos do Laboratório de Diversidade e Conservação de Mamíferos do Departamento de Zoologia do Instituto de Biociências da Universidade de São Paulo, e revisão padronizada da literatura. Para cada uma das 53 espécies, são apresentadas informações sobre: 1- \"Identificação\" que inclui medidas corporais externas (mínimo, máximo e média), um texto de diagnose que descreve características morfológicas externas e cranianas ilustradas em figuras e pranchas, e cariótipo; 2- \"Distribuição\" onde é descrita a distribuição geográfica seguida por informações sobre a ocorrência em biomas e estados brasileiros, e a distribuição e abundância nas matas do Planalto Atlântico de São Paulo; 3- \"História Natural\" onde são descritas a preferência por florestas ou áreas abertas de agricultura, a resposta à fragmentação florestal e regeneração da floresta, a capacidade de ocupar diferentes tipos de ambientes alterados, dieta, hábito, reprodução, uso do espaço e outras informações importantes; e 4- \"Ameaças\" onde se ressalta a presença em listas de espécies ameaçadas estaduais, nacional e internacional e se apresenta uma consideração sobre as ameaçadas sofridas, com base nas informações detalhadas obtidas no Planalto Atlântico de São Paulo. / Rodents from the families Cricetidae and Echimyidae and Didelphidae marsupials represent the non-volant small mammals from Neotropical forests, a group that encompasses much of the diversity of mammals in Brazil, play important ecological roles in forest regeneration and dynamics, and indicates changes in both landscape and local habitat structure. However, species identification is difficult since taxonomy is mainly based on cranial and chromosomal characters, many species are still being described, and recent lists for many biomes and regions are lacking. Moreover, despite their numerical and ecological importance, there is a lack of information, syntheses and compilations on the diagnosis, natural history, distribution and threats to the species of this group. This dissertation presents a compilation of the current knowledge about the diagnostic characters, distribution, habitat use and responses to human disturbances, diet, use of space, reproduction and threats for the non-volant small mammals from one of the richest regions of the Atlantic Forest, the Atlantic Plateau of São Paulo, where two adjacent areas of endemism meet, and which harbors about 22 and 32% of Cricetidae rodents and Didelphidae marsupials occurring in Brazil. Species diagnosis were based on the comparison and description of the same characteristics for all species, focusing mainly on external characters, which can be analyzed in live animals and some dental and cranial features most relevant to the analyzed groups. The description of ecological characteristics was based on an extensive database collected at 155 sites with an effort of 118.322 traps-night by the projects of the Laboratory of Diversity and Conservation of Mammals, Department of Zoology, Institute of Biosciences, University of São Paulo, and a standardized review of the literature. For each of the 53 species, I present information on: 1- \"Identification\" that includes external body measurements (minimum, maximum and mean), a text on diagnosis that describes the external morphological and cranial characteristics illustrated in figures and plates, and karyotype; 2- \"Distribution\" that describes the geographical distribution followed by information on the occurrence in Brazilian biomes and states, and the distribution and abundance in forests of the Atlantic Plateau of São Paulo; 3- \"Natural History\" where the preference for forests or open areas of agriculture, the response to forest fragmentation and regeneration, the ability to occupy different types of altered habitats, diet, habit, reproduction, use of space and other important information are described; and 4- \"Threats\" that highlights the presence in state, national and international lists of endangered species and presents a consideration of the threats, based on the detailed information obtained in the Atlantic Plateau of São Paulo.

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