Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Agronomia e Medicina Veterinária, Programa de Pós-Graduação em Agronomia, 2017. / Submitted by Raquel Almeida (raquel.df13@gmail.com) on 2017-06-21T18:23:47Z No. of bitstreams: 1 2017_BrunaMedeirosPereira.pdf: 1736742 bytes, checksum: 9592066ccb7e0557f4389f7dcac8a258 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana (raquelviana@bce.unb.br) on 2017-08-17T16:47:09Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2017_BrunaMedeirosPereira.pdf: 1736742 bytes, checksum: 9592066ccb7e0557f4389f7dcac8a258 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-08-17T16:47:09Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2017_BrunaMedeirosPereira.pdf: 1736742 bytes, checksum: 9592066ccb7e0557f4389f7dcac8a258 (MD5) Previous issue date: 2017-09-17 / O amendoim cultivado (Arachis hypogaea L.) possui alta qualidade nutricional, sendo caracterizado como uma rica fonte de energia e aminoácidos. Sua produtividade é limitada por vários fatores, dentre eles a suscetibilidade ao nematoide das galhas (Meloidogyne arenaria). Em contrapartida, os parentes silvestres do amendoim (Arachis spp.) apresentam uma grande variabilidade genética, sendo uma fonte potencial de alelos de resistência para programas de melhoramento genético. Estudos do transcritoma da interação de M. areanaria com espécies silvestres de amendoim resistentes, como, A. duranensis e A. stenosperma, têm apontado alguns genes candidatos potencialmente envolvidos na resistência ao ataque deste patógeno. A partir desses estudos, diversos genes candidatos foram selecionados e sua expressão diferencial durante a interação foi posteriormente validada. O objetivo do presente trabalho é compreender o papel biológico dos genes candidatos AdEXLB8, AsDUF e AsLIP, oriundos de espécies silvestres, na resistência ao nematoide das galhas (Meloidogyne spp), por meio de sua superexpressão em raízes transgênicas de amendoim e soja (Glycine max), espécies suscetíveis. Para tanto, as ORFs (Quadro de Leitura Aberta) desses genes foram clonadas no vetor binário pPZP-201BK-EGFP sob o controle do promotor de actina e introduzidas no pecíolo de folhas de amendoim ou no hipocótilo de soja, por meio de transformação com uma linhagem silvestre de Agrobacterium rhizogenes. Raízes transgênicas de amendoim e soja foram posteriormente inoculadas com M. arenaria e M. incognita, respectivamente, e avaliadas 60 dias após a inoculação quanto ao desenvolvimento da doença. Raízes superexpressando cada um dos três genes candidatos demonstraram, tanto em amendoim como em soja, uma redução significativa no número de galhas e formação de ovos quando comparadas com raízes transformadas somente com o vetor vazio. A análise funcional in planta dos efeitos fenotípicos da superexpressão de AdEXLB8, AsDUF e AsLIP, em raízes transgênicas de amendoim e de soja infectadas com diferentes espécies de Meloidogyne, indicam um envolvimento desses genes na resistência ao nematoide das galhas. / Cultivated peanut (Arachis hypogaea L.) has high nutritional quality, being a source of energy and amino acids. Peanut productivity is limited by several constraints, including susceptibility to the root-knot nematode (Meloidogyne arenaria). Conversely, peanut wild relatives (Arachis spp.) has high genetic variability, being a potential source of resistance alleles for breeding programs. Previous transcriptome studies of the interaction between M. areanaria and resistant wild peanut species, such as A. duranensis and A. stenosperma, revealed putative candidate genes involved in the resistance to M. arenaria. From these studies, several genes were selected and their differential expression during the interaction was further validated by qRT-PCR. The aim of the present work was to understanding the biological function of three candidate genes (AdEXLB8, AsDUF e AsLIP), isolated from wild species, in the resistance to the root-knot nematode (Meloidogyne spp.), through its overexpression in transgenic roots of two susceptible species, peanut and soybean (Glycine max). For that, the ORFs (Open Read Frames) of the genes were cloned into the binary vector pPZP-201BK-EGFP under the control of the actin promoter and introduced into the petiole of peanut leaves or into the soybean hypocotyls, via transformation with a wild Agrobacterium rhizogenes strain. Transgenic roots of peanut and soybean were subsequently inoculated with M. arenaria and M. incognita, respectively, and evaluated 60 days after inoculation according the disease development. Roots overexpressing each of the three candidate genes showed, in both peanut and soybean, a significant reduction in the number of galls and egg formation when compared to control roots transformed with the empty vector. Functional in plant analysis of the phenotypic effects of AdEXLB8, AsDUF and AsLIP overexpression in transgenic peanut and soybean roots after infection with different Meloidogyne species indicated that these genes are involved in root-knot nematode resistance.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Ecologia, 2017. / Submitted by Raquel Almeida (raquel.df13@gmail.com) on 2017-07-27T15:39:36Z No. of bitstreams: 1 2017_PollyneBororemaAlmeidadeLima.pdf: 7073248 bytes, checksum: a7c969e9336269c217c7c165b0bda9b5 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana (raquelviana@bce.unb.br) on 2017-08-31T21:04:19Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2017_PollyneBororemaAlmeidadeLima.pdf: 7073248 bytes, checksum: a7c969e9336269c217c7c165b0bda9b5 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-08-31T21:04:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2017_PollyneBororemaAlmeidadeLima.pdf: 7073248 bytes, checksum: a7c969e9336269c217c7c165b0bda9b5 (MD5) Previous issue date: 2017-08-31 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) e da Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (Capes). / O descarte de resíduos plásticos no meio ambiente associado à dependência de insumo petroquímico para produção dos mesmos tem gerado grande preocupação, levando à busca constante pelo desenvolvimento de tecnologias verdes renováveis. Segundo a Plastics Europe, em 2016, 25,8 milhões de toneladas de resíduos de plástico pós-consumo acabaram nos fluxos oficiais de resíduos. Destes, 69,2% foi recuperado através de processos de reciclagem e recuperação de energia, enquanto 30,8% continuaram a ser depositados em aterros sanitários. Uma alternativa a utilização de plásticos derivados de petróleo é a produção de plásticos biodegradáveis, como o PLA -poli(ácido lático)-, pois além de ter tempo de degradação diminuído, é produzido a partir de fontes renováveis em bioprocessos estabelecidos, como exemplo, a fermentação microbiana. Dentre os diferentes microrganismos utilizados no estabelecimento destes bioprocessos, a utilização de leveduras é vantajosa, por produzirem metabólitos, proteínas recombinantes e permitir manipulação gênica para otimização. A levedura metilotrófica Pichia pastoris tem sido bastante utilizada em processos fermentativos por atingir altas densidades celulares e produzir poucos co-produtos. Além disso, esta é capaz de utilizar glicerol como única fonte de carbono, principal resíduo da indústria do biodiesel. Porém, não é capaz de produzir ácido lático, monômero utilizado na síntese de PLA. Assim o presente estudo teve como objetivo a construção de cepas geneticamente modificadas de P. pastoris capazes de produzir ácido lático utilizando glicerol como substrato. Para isto, o gene codificador da enzima lactato desidrogenase bovina (Bos taurus) foi inserido no genoma de P.pastoris, permitindo que a cepa X-33 produzisse ácido lático. Embora P. pastoris seja conhecida por seu metabolismo respiratório, as fermentações em batelada realizadas com baixa oxigenação aumentou a produção de ácido láctico em 20%, indicando que nesta situação o metabolismo fermentativo prevaleceu. Além disso, um novo transportador putativo de lactato de P. pastoris denominado PAS, foi identificado por similaridade de pesquisa com o transportador de lactato de Saccharomyces cerevisiae Jen1p. Ambos os transportadores heterólogos e homólogos, Jen1p e PAS, foram avaliados em uma cepa que já continha atividade LDH. As fermentações em batelada das cepas de P. pastoris com o transportador de lactato foram realizadas em condições aeróbicas seguida por uma fase de oxigênio limitado, nesta a produção de ácido lático foi maior. Os resultados mostraram que a cepa contendo o transportador PAS apresentou o maior rendimento, 0,7 g/g (ácido lático/ glicerol). / The disposal of plastic waste in the environment associated with the dependence of petrochemical input for its production has generated great environmental concern, leading to the constant search for the development of green technologies. According to Plastics Europe, in 2016, 25.8 million tonnes of post-consumer plastic waste ended up in official waste streams. Of these, 69.2% was recovered through recycling and energy recovery processes, while 30.8% continued to be deposited in landfills. An alternative to the use of petroleum-based plastics is the production of biodegradable plastics, such as PLA –poly (lactic acid)-, in addition to having decreased degradation time, it is produced from renewable sources in established bioprocesses, such as microbial fermentation. Among the different microorganisms used in the establishment of these bioprocesses, the use of yeasts is advantageous, because they produce metabolites, recombinant proteins and allow gene manipulation for optimization. The methylotrophic yeast Pichia pastoris has been widely used in fermentative processes because it reaches high cell densities and produces few co-products. In addition, it is able to use glycerol as a unique carbon source, the main residue of the biodiesel industry. However, it is not capable of producing lactic acid, the monomer used in PLA synthesis. Thus the present study had as objective the construction of genetically modified strains of P. pastoris capable of producing lactic acid using glycerol as substrate. For this, the gene encoding bovine (Bos taurus) lactate dehydrogenase enzyme was inserted into the genome of P.pastoris, allowing strain X-33 to produce lactic acid. Batch fermentation of the P. pastoris X-33 strain producing LDHb allowed for lactic acid production in this yeast. Although P. pastoris is known for its respiratory metabolism, batch fermentations were performed with different oxygenation levels, indicating that lower oxygen availability increased lactic acid production by 20 %, pushing the yeast towards a fermentative metabolism. Furthermore, a newly putative lactate transporter from P. pastoris named PAS has been identified by search similarity with the lactate transporter from Saccharomyces cerevisiae Jen1p. Both heterologous and homologous transporters, Jen1p and PAS, were evaluated in one strain already containing LDH activity. Fed-batch experiments of P. pastoris strains carrying the lactate transporter were performed with the batch phase at aerobic conditions followed by an aerobic oxygen-limited phase where production of lactic acid was favored. The results showed that the strain containing PAS presented the highest lactic acid titer, reaching a yield of approximately 0.7 g/g (lactic acid/ glycerol).

O objetivo deste trabalhofoi avaliarcaracterísticas moleculares e morfológicasde 79 acessos pertencentes à coleção básica de trevo-branco obtida do Departamento de Agricultura dos Estados Unidos(USDA), a fim de caracterizar a variabilidade genética existente.

A Mancha Foliar de Phaeosphaeria é considerada uma das mais importantes moléstias do milho no Brasil. Atualmente, existem dúvidas quanto ao agente causal e o melhoramento genético tem dificuldade de desenvolver cultivares resistentes estáveis. Neste estudo os objetivos foram identificar os fungos causadores da moléstia, estudar a herança da resistência, sob infestação natural e artificial, e identificar marcadores moleculares ligados à resistência à moléstia. Quatro fungos foram associados às lesões de Phaeosphaeria. Phyllosticta sp., Phoma sorghina e Sporormiella sp. foram patogênicos e Phoma sp. não foi testado. Os fungos P. sorghina e Phoma sp. foram, respectivamente, o predominante e o menos freqüente na lesão para todos os quatro ambientes coletados. Phyllosticta sp. e Sporormiella sp. foram os de mais baixa freqüência e restritos a locais. Estudos sob infestação natural, com três cruzamentos, em um único ambiente e com três tipos de avaliação de severidade evidenciaram a presença de variabilidade genética para a resistência e proporcionaram estimativas de herdabilidade intermediárias (0,48-0,69). No estudo de médias de gerações o modelo aditivo-dominante explicou as bases genéticas da resistência, sendo a ação gênica de dominância a mais importante. A inoculação artificial de um cruzamento com Phyllosticta sp. e P. sorghina, confirmaram a presença de dominância. Nos estudos moleculares, a fenotipagem foi realizada sob infestação natural e para um único ambiente e a genotipagem com marcadores microssatélites. A percentagem de polimorfismo obtida foi de 36%, sendo que seis QTLs foram identificados. Estes resultados indicam que vários fungos estão envolvidos na produção dos sintomas da moléstia conhecida por Mancha Foliar de Phaeosphaeria e a composição de fungos na lesão pode variar conforme o ambiente. A estimativa de herdabilidade indica a possibilidade de êxito com a seleção em gerações segregantes, principalmente porque os efeitos gênicos preponderantes para a resistência envolvem aditividade e dominância. A análise de QTL permitiu explicar grande parte da variância fenotípica (80%) e genotípica (58%); entretanto, outros ambientes devem ser testados para a sua efetiva confirmação.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Biologia Celular, Pós-Graduação em Biologia Molecular, 2015. / Submitted by Fernanda Percia França (fernandafranca@bce.unb.br) on 2015-11-24T20:14:44Z No. of bitstreams: 1 2015_NayhanneTizzodePaula.pdf: 55124476 bytes, checksum: 8f12f77624a62da5e1daf64f34fe7416 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2015-12-21T17:18:51Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2015_NayhanneTizzodePaula.pdf: 55124476 bytes, checksum: 8f12f77624a62da5e1daf64f34fe7416 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-12-21T17:18:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2015_NayhanneTizzodePaula.pdf: 55124476 bytes, checksum: 8f12f77624a62da5e1daf64f34fe7416 (MD5) / Os begomovírus (Família Geminiviridae) compreendem um importante grupo de patógenos de plantas, capazes de infectar um grande número de culturas e causar impacto na agricultura. Esses agentes possuem um genoma constituído por uma ou duas moléculas de DNA circular de fita simples, e são transmitidos de maneira persistente e circulativa pela mosca branca (Bemisia tabaci). No Brasil, esses vírus são altamente incidentes e causam grandes danos às culturas do feijoeiro (Phaseolus vulgaris) e do tomateiro (Solanum lycopersicum). O objetivo desse trabalho foi utilizar a estratégia de RNA de interferência (RNAi) como forma de controle genético de begomoviroses associadas a essas duas culturas. Inicialmente, no caso do feijoeiro, o mecanismo de RNAi foi utilizado para gerar uma linhagem de feijão imune ao bean golden mosaic virus (BGMV). Nós avaliamos se moscas brancas virulíferas, infectadas pelo BGMV, poderiam diminuir sua carga de DNA viral, após se alimentarem em plantas de feijão geneticamente modificadas (GM), que expressam moléculas de pequenos RNAs interferentes (siRNAs), que tem como alvo o gene rep desse vírus. Esse estudo demonstrou que a quantidade de DNA viral foi significativamente reduzida em moscas brancas que se alimentaram em plantas de feijão GM (comparado a moscas que se alimentaram em plantas não- GM), em 52% e 84%, nos períodos de 4 e 8 dias respectivamente. A segunda parte desse trabalho teve como objetivo, avaliar o mecanismo de RNAi como ferramenta na obtenção de plantas de Nicotiana benthamiana transgênicas, com resistência ampla a begomovírus que infectam tomateiro no Brasil. Para isso, um cassete de interferência quimérico - que expressa um haipin RNA (hpRNA) correspondendo ao gene rep de distintas espécies de begomovírus - foi desenvolvido. Os resultados demonstraram que um maior número de plantas transgênicas permaneceram não infectadas, após terem sido desafiadas com uma menor pressão de inóculo do vírus tomato golden vein virus (TGVV) (≈ 250 ng/μL de DNA viral/planta). As plantas transgênicas também foram inoculamos com os vírus tomato rugose mosaic virus (ToRMV), tomato chlorotic mottle virus (ToCMoV) e tomato interveinal chlorosis virus xiii! ! !!!!!!!!! (ToICV), e foi demonstrado que o fenótipo de resistência a esses agentes possivelmente é dependente da zigose do transgene. Uma proporção de 77% das plantas transgênicas, que apresentaram o fenótipo de resistência, demonstraram ser homozigotas. / The begomovirus (Geminiviridae family) are an important group of plant pathogens that cause infection in a large number of crops and impact on agriculture. These agents have one or two molecules of single strand DNA, and are transmitted in a persistent and circulative manner by whitefly (Bemisia tabaci). In Brazil, these viruses have a high incidence and cause great damage to bean (Phaseolus vulgaris) and tomato (Solanum lycopersicum). The aim of this study was to use the molecular tool of RNA interference (RNAi) as a strategy of genetic control of begomovirus associated with these two crops. Initially, with respect to beans, the RNAi mechanism was used to generate a plant line that was immune to the bean golden mosaic virus (BGMV). We investigated if BGMV-viruliferous whiteflies, would reduce DNA viral amount after feeding on genetically modified (GM) bean plants expressing small interfering RNA (siRNAs) molecules, that target rep gene of the virus. This study demonstrated that BGMV DNA amount was significantly reduced in whiteflies feeding on GM-plants (compared with insects feeding on non-GM plants) over a period of 4 and 8 days at 52% and 84% respectively. The second part of this study aimed to evaluate the RNAi mechanism as a tool to obtain transgenic Nicotiana benthamiana plants with wide resistance to begomovirus infecting tomato in Brazil. For this, a chimeric cassete of interference - that expresses an intron-hairpin RNA (hpRNA) directed to the rep gene of different species of begomoviruses - was developed. The results showed that a higher number of transgenic plants remained uninfected after being challenged with a lower infection pressure of tomato golden vein virus virus (TGVV) (≈ 250 ng/μL viral DNA/plant). Transgenic plants were also inoculated with tomato rugose mosaic virus (ToRMV), tomato chlorotic mottle virus (ToCMoV) and tomato interveinal chlorosis virus (ToICV), and was demonstrated that phenotype resistance to these agents is possibly dependent on transgene zygosis. A proportion of 77% of the transgenic plants that showed resistance phenotype, proved to be homozygous.

Resumo: O presente estudo teve por objetivos principais analisar a variabilidade genética e obter estimativas de parâmetros genéticos das características de crescimento e reprodutivas a partir de um conjunto de dados oriundos de uma população de bovinos da raça Brahman no Brasil. A variabilidade genética foi determinada pela probabilidade de origem do gene e os parâmetros genéticos foram estimados pelo método da máxima verossimilhança restrita, utilizando análises uni e bi - características. O número efetivo de fundadores decresceu 75%, enquanto o número de ancestrais e genomas remanescentes tiveram um crescimento de 23%, no período de 1998 a 2005. As estimativas das herdabilidades diretas para o peso ao nascer (PN) variaram de 0,28 a 0,41, para os pesos ajustados aos 120 dias (P120), 210 dias (P210), 365 dias (P365), 455 dias (P455) e 550 dias (P550), de 0,36 a 0,52, 0,36 a 0,46, 0,40 a 0,41, 0,33 a 0,35 e 0,28 a 0,36, respectivamente. As correlações genéticas entre PN e os demais pesos variaram de 0,51 a 0,79, entre P120 e os pesos subseqüentes de 0,78 a 0,93, entre P210 e os pesos subseqüentes, de 0,98 a 0,99, entre P365 com P445 e P550, foram 0,99 e 0,98, respectivamente, e entre P455 e P550, 0,98. As estimativas de herdabilidades diretas para as características reprodutivas variaram de 0,25 a 0,35 para período de gestação (PG), de 0,09 a 0,12 para o intervalo entre partos (IEP), para os perímetros escrotais ajustados aos 365 dias (PE365) e 455 (PE455) dias, de 0,36 a 0,37 e de 0,26 a 0,27. As correlações genéticas entre PN e PG, PG e PE365, PG e PE455, PE365 e IEP, PE455 e IEP, PE365 e PE455, foram, respectivamente 0,27, 0,02, -0,03, -0,01, -0,12 e 0,99. / Abstract: The present study was conducted with two major objectives: the determinative of the genetic variability and the estimation of genetic parameters for growth and reproductive traits, in a brazilian Brahman cattle population. The data were provided by Brahman Breeding Program. The genetic variability was determined by parameters based on the gene's origin probability and genetic parameters were estimated by the restricted maximum likelihood method by single and two, trait analyses. The effective number of founders decreased 75% while the ancestral numbers and the remaining genomes increased 23% in a period of 1998 the 2005. The estimates of the heritability for birth weight (BW) varied from 0.28 to 0.41, for adjusted weight at 120 days (P120) from 0.36 to 0.52, 210 days (P210) from 0.36 to 0.46, 365 days (P365) from 0.40 to 0.41, 455 days (P455) from 0.33 to 0.35, and 550 days (P550) from 0.28 to 0.36. The genetic correlations among BW and the other weights varied from 0.51 to 0.79. The correlations of P210 with the other growth traits varied from 0.98 to 0.99. Similarly, considering the, remaining growth traits the estimated genetic correlations were close to one. The direct heritability estimates for the reproductive traits varied from 0.25 to 0.35 for gestation period (GP), from 0.09 to 0.12 to age for first calving (AFC), from 0.36 to 0.37 for scrotal circumference 365 days (SC365) and from 0.26 to 0.27 to scrotal circumference at 455 days (SC455) of age. The genetic correlations among BW and GP, GP and SC365, GP and SC455, SC365 and AFC, SC455 and AFC, SC365 and SC455, were, respectively, 0.27, 0.02, -0.03, -0.01, -0,12 and 0.99. / Orientador: João Ademir de Oliveira / Coorientador: Cláudio de Ulhôa Magnabosco / Banca: Humberto Tonhati / Banca: José Benedito de Freitas Trovo / Mestre

Orientador: Marco Antonio Tecchio / Coorientador : Mariângela Cristofani-Yaly / Banca: Sarita Leonel / Banca: Evandro Henrique Schinor / Resumo: Os citrandarins tangerineira 'Sunki' vs Poncirus trifoliata cv. Rubidoux são uma nova geração de porta-enxertos para a citricultura que reúnem características como resistência ás doenças, formação de plantas de pequeno tamanho, elevada eficiência produtiva e produção de frutos de alta qualidade. O objetivo do presente estudo foi avaliar híbridos de portaenxertos de citros, em competição com Limoeiro 'Cravo', enxertados com laranjeira 'Valência', visando à avaliação inicial de novas variedades de porta-enxertos para a citricultura. Foram avaliados 59 híbridos citandarins como porta-enxerto para a laranjeira 'Valência'. As variáveis analisadas foram: compatibilidade copa porta-enxertos, desenvolvimento vegetativo das plantas, produção, produtividade, massa dos frutos, altura e diâmetro dos frutos, rendimento do suco, teor de sólidos solúveis (SS - °Brix), acidez titulável (AT), ratio (Relação SS/AT), índice tecnológico (IT) e curva de maturação. Os resultados obtidos foram submetidos à análise de variância e comparados pelo teste paramétrico Scott Knott, utilizando-se o programa estatístico Sisvar. O programa R foi utilizado para construir o dendrograma com o método de agrupamento. O programa SELEGEN foi utilizado para estimar os parâmetros genéticos (herdabilidade, variância, coeficiente de variação) para todas as variáveis mensuradas. Os citrandarins influenciaram diferentemente no porte da copa de laranjeira 'Valência'. Alguns citrandarins proporcionaram maior produção (kg planta-¹) e produtividade (Kg m-³) em relação ao limoeiro 'Cravo'. Todos os citrandarins apresentaram valores de qualidade da fruta superiores ao limoeiro 'Cravo'. A aplicação de análises de dissimilaridade utilizando características físicas e químicas das plantas e frutos foi eficiente no agrupamento de híbridos de porta-enxertos quanto ... / Abstract: The mandarin citrandarins 'Sunki' Poncirus trifoliata vs hp. Rubidoux are a new generation of rootstock for the citrus industry, which combine traits such as disease resistance, formation of small plants, high production efficiency and production of high quality fruit. The aim of this study was to evaluate citrus rootstock hybrids in competition with Lemon Tree Carnation, grafted with Valencia orange, aiming at initial evaluation of new varieties of rootstock for the citrus industry. We evaluated 59 hybrid citandarins as rootstock for Valencia orange. The variables analyzed were: canopy compatibility rootstocks, vegetative plant development, production, productivity, average fruit weight, height and diameter of the fruit, the juice yield, soluble solids (SS), titratable acidity (TA), ratio (SS/TA), technological index (TI) and maturation curve. The results were submitted to analysis of variance and compared by parametric Scott Knott test, using the statistical program Sisvar. The R-program was used to construct a dendrogram by grouping method. The SELEGEN program was used to estimate genetic parameters (heritability, variance, coefficient of variation) for all variables measured. The citrandarins influenced differently in the size of the Valencia orange canopy. Some citrandarins showed greater production (kg plant-1) and productivity (kg m-3) compared to Rangpur. All citrandarins presented fruit quality values higher than Rangpur lime. The application of dissimilarity analysis using physical and chemical characteristics of plants and fruits was effective in grouping rootstock hybrids on the characteristics that such hybrids may influence the scion variety. The clustering using the UPGMA method resulted in a dendrogram in which the hybrids were separated into four groups. The hybrid showed the best initial performance was the TSxPT 254 because it provided the scion variety, Valencia orange, desira / Mestre

Orientador: Eliana Gertrudes de Macedo Lemos / Coorientador: Ricardo Tadeu de faria / Banca: Janete Apparecida Desidério / Banca: Jackson Antônio Marcondes de Souza / Banca: Virgínia Silva Carvalho / Banca: Wagner Aparecido Vendrame / Resumo: A criopreservação como forma de conservação em longo prazo de recursos genéticos e a poliploidização de orquídeas são importantes estratégias para o melhoramento genético destas plantas. Os objetivos gerais deste trabalho foram criopreservar e poliploidizar explantes de orquídeas com avaliação da estabilidade genética. Métodos criopreservantes baseados na vitrificação foram desenvolvidos para explantes de Dendrobium Swartz. híbrido ‗Dong Yai' e Oncidium flexuosum Sims. Sementes maduras de Dendrobium Swartz. híbrido foram criopreservadas em diferentes tempos de exposição à solução vitrificante de plantas 2 (PVS2) entre 0-6h a 0 °C e mergulhado em nitrogênio líquido durante 30 min. Após este período, as sementes foram recuperadas e colocadas para germinar em meio nutritivo MS com metade da concentração de sais (½ MS), incubadas em condições in vitro e avaliadas por meio da contagem de protocormos brotados após 30 dias. Os períodos de exposição à PVS2 entre 1-3h foram mais eficientes para a germinação do híbrido avaliado. Os protocormos desenvolveram plantas completas que foram aclimatizadas com sucesso em casa de vegetação. A análise de citometria de fluxo de plantas controles (não criopreservadas) e daquelas originadas de sementes vitrificadas não apresentou alteração no conteúdo de DNA total. Sementes maduras e protocormos brotados após 30 dias foram investigados para a vitrificação e vitrificação em gotículas, respectivamente, com a utilização dos aditivos floroglucinol e Supercool X1000. Sementes vitrificadas durante 1h com adição de 1% de floroglucinol resultou em 79% de germinação. Para protocormos, o pré-tratamento com sacarose 0,3M durante 24h seguido da exposição a solução PVS2 contendo 1% de floroglucinol por 15 min retornou 14% de sobrevivência após 75 dias de cultivo em condições in vitro. As plantas produzidas ... / Abstract: Cryopreservation as a long-term conservation form of genetic resources and polyploidization of orchids are important strategies for genetic breeding. The aims of this work were to make cryopreservation and polyploidization of orchid explants, with genetic stability evaluation. Vitrification-based methods were developed for Dendrobium Swartz. hybrid ‗Dong Yai' and Oncidium flexuosum Sims explants. Mature seeds of Dendrobium Swartz. hybrid were cryopreserved in different time exposures to plant vitrification solution 2 (PVS2) for 0-6h at 0 °C and plungged into liquid nitrogen for 30 min. Later, seeds were recovered and germinated in halfstrength MS medium (½ MS), incubated in vitro and, after 30 days, germinated protocorms were evaluated. PVS2 time exposures between 1-3h were more efficient for the hybrid germination. Protocorms developed whole seedlings that were successfully acclimatized in greenhouse. Flow-cytometry analysis of seedlings from control (not cryopreserved) and those originated from vitrified seeds did not present any DNA total content difference. Mature seeds and 30-day-old protocormos were investigated for vitrification and droplet-vitrification, respectively, with cryoprotection additives phloroglucinol and Supercool X1000. Seeds vitified for 1h with 1% phloroglucinol resulted 79% germination. Protocorms pretreated with sucrose 0.3M for 24h and exposed to PVS2 with 1% phloroglucinol for 15 min returned 14% survival at 75 days after cultivation in vitro. Seedlings originated presented normal growth. For cryopreservation of Oncidium flexuosum Sims., mature seeds vitrified for 2h with PVS2 and 1% phloroglucinol presented germination extended in 68%. After 6 months in culture, there were no differences on seedlings growth in vitro and ex vitro for phenotypical characteristics. Comparative analysis of seedlings from control and cryopreserved using flow-cytometry indicated ... / Doutor

Resumo: Os objetivos deste estudo foram verificar a possibilidade de utilização da prenhez de novilhas como critério de seleção e as possíveis associações genéticas entre esta característica e peso ao sobreano, altura na garupa e escores visuais, por meio da estimação de variâncias e covariâncias das características, de modo que possam ser utilizadas para predizer os valores genéticos dos animais e a resposta a seleção. Foram analisados 30.407, 7.226, 49.901, 46.919, 46.917, 46.909 dados para prenhez de novilhas (Pr16), altura na garupa (ALTG), peso ao sobreano (PES), conformação (C), precocidade de terminação )P) e musculatura (M), respectivamente. Também foram analisados 12.315, 4.526, 29.789 dados para Pr16, ALTG e PES, respectivamente, de animais com pai e mãe conhecidos. Os animais utilizados são provenientes do arquivo zootécnico da Agropecuária Jacarezinho Ltda, localizada mo município de Valparaíso, São Paulo. Foram realizadas analisadas bicaracaterísticas, sendo computadas duas cadeias independentes de 600.000 ciclos para Pr16, ALTG e PES e de 400.000 ciclos para Pr16, C, P e M. Foram retirados os 5.000 primeiros ciclos como período de descarte amostral. Distribuições "flat" foram assumidas para todos os componentes de (co) variâncias. Herdabilidade de 0,20 e correlação genética de 0,30 foram assumidas como valores iniciais para e entre as características. O critério de convergência foi de 10-12. Os resultados indicam que a prenhez aos 16 meses, pode ser utilizada como critério de seleção com possibilidades de ganho genético na precocidade sexual das novilhas. A seleção para peso ao sobreano não levará a mudanças genéticas na precocidade sexual em fêmeas...(Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The objectives of this study were verify the possibility of use pregnant heifer as selection criteria and the genetic associations between this trait with weight at yearling, hip height and visual scores. Variances and covariances between the traits were estimated in order to estimate the breeding values of the animals and the response to selection. It were analyzed 30,407, 7,226, 49,901, 46,919, 46,917, 46,909 records of pregnant heifers (Pr16), hip height (ALTG), yearling weight (PES), conformation (C), finished precocity (P), musculature (M), respectively, from animals with dam known. Also, it were analyzed 12,315, 4,526, 29,789 records for Pr16, ALTG and PES, respectively, from animals with sire and dam known. The animals utilized were belonging to Agropecuária Jacarezinho Ltda, located in Valparaíso council, São Paulo state. Two-trait analyses were accomplished, being computed two independent chains of 600,000 cycles for Pr16, ALTG e PES and of 400,000 cycles for Pr16, C, P and M. For analyses of posterior distribution of heritability coefficients, the first 5,000 cycles were deleted. Flat distributions were assumed for all the (co)variance components. Initial values for heritability and genetic correlation were 0.20 and 0.30, respectively. Convergence criteria was 10-12. Heritability for pregnancy at 16 months, suggest, that this trait could be utilized as selection criteria, and response to selection will be obtained for sexual precocity of the heifers. Selection for yearling weight won’t carry genetic changes in the sexual precocity of the heifers. Selection for pregnancy at 16 months of age, in long term, will carry a decrease in the size of the animals. Selection for increase visual score of conformation, finished precocity and musculature, probably, will produce a low or no response in the pregnancy of the heifers at 16 months of age. / Orientadora: Lucia Galvão de Albuquerque / Coorientador: Josineudson Augusto II de Vasconcelos Silva / Banca: Henrique Nunes de Oliveira / Banca: Joanir Pereira Eler / Mestre

As técnicas de marcadores moleculares têm sido aplicadas em estudos populacionais das espécies bovinas, verificação de genealogia e teste de paternidade. Dentre os marcadores moleculares, os microssatélites (MS) são amplamente utilizados, porém, alguns problemas técnicos têm motivado o desenvolvimento de alternativas, como os marcadores do tipo polimorfismo de nucleotídeos único (SNP). Assim, surgiu a necessidade de identificar haplótipos SNP que estão em concordância com cada alelo MS e então os genótipos MS poderiam ser convertidos em genótipos SNP e vice-versa, por meio da imputação do genótipo. O objetivo deste trabalho foi aplicar um método para imputar alelos MS a partir de haplótipos SNP, para verificação de paternidade, utilizando animais da raça Nelore e também identificar um menor conjunto de SNP, com qualidade suficiente para otimizar e diminuir o custo da genotipagem. Foram realizadas genotipagens em SNP e MS para 99 trios de animais da raça Nelore provenientes da EMBRAPA Pecuária Sudeste e foi verificada a existência de alelos nulos pelo programa MICRO-CHECKER. Foram selecionados SNP que estivessem próximos de cada marcador MS e o programa BEAGLE foi usado para identificar a fase de ligação dos genótipos. Posteriormente, foi realizada a técnica de imputação dos MS a partir de haplótipos SNP e foi verificada a paternidade pelo programa CERVUS. A precisão da imputação dos alelos MS foi verificada através do cálculo da concordância entre os alelos MS imputados e relatados. O marcador SPS115 foi removido da análise por evidências de alelos nulos, devido ao excesso de homozigotos observados. O marcador mais informativo foi o TGLA122, cujo conteúdo de informação polimórfica (PIC) foi 0,8. Foram encontrados desvios do equilíbrio de HW (P<0,05) para os locos ETH225 e TGLA57. Um maior conjunto de SNP foi necessário para imputação de alelos MS para o marcador BM1824. As taxas de verificação de parentesco foram de 97,1% para os alelos MS genotipados e 96,3% para os MS imputados. Somente 4% dos 99 filhos não tiveram a paternidade atribuída, quando a simulação foi feita apenas para o pai conhecido e 1% quando pai e mãe eram conhecidos. Esta técnica obteve precisão maior que 96% para a imputação de dados MS e permitiu imputar dados genotípicos multialélicos a partir de bi-alélicos. Os resultados terão um impacto imediato para os pesquisadores e associações de criadores que visam a transição do MS para SNP baseada em verificação de parentesco. / Molecular markers techniques have been applied in bovine population studies, genealogy verification and paternity test. Among the molecular markers, microsatellites (MS) are widely used, however, some technical problems have motivated alternatives development, as markers type single nucleotide polymorphism (SNP). Thus, the need to identify SNP haplotypes which are in agreement with each MS allele and then MS genotypes could be converted into SNP genotypes and vice versa, through genotype imputation. The objective of this study was to apply a method to impute MS alleles from SNP haplotypes to verify paternity, using Nellore and also identify a smaller set of SNP, with enough quality to optimize and reduce genotype cost. SNP genotyping was performed at and for 99 MS trios Nellore from EMBRAPA Cattle Southeast and was checked for null alleles by MICROCHECKER. SNP were selected that were near each MS marker and the program BEAGLE was used to identify genotypes phase. Subsequently, were applied the MS imputation technique from SNP haplotype and paternity was verified by CERVUS. The accuracy of MS alleles imputation was verified by calculating the correlation between MS alleles imputed and reported. The SPS115 marker was removed from the analysis for null alleles evidence due to homozygote excess observed. The most informative marker was TGLA122 with 0.8 PIC. Deviations from equilibrium HW (P<0.05) were found for the loci ETH225 and TGLA57. A larger set of SNP was necessary to impute MS alleles for the marker BM1824. The verification rates of paternity were 97.1% for genotyped MS alleles and 96.3% for MS imputed. Using imputed MS alleles and when only the sire was considered only 4% of the 99 offspring were not assigned paternity and 1% when both parents were known. The technique achieved greater than 96% accuracy for MS imputation data. This research allow to impute multi-allelic genotypes from bi-allelic data. Our results will have an immediate impact for researchers and livestock associations aiming the transition from MS- to SNP-based parentage verification.