Thesis (Ph. D.)--University of Texas at Austin, 2008. / Vita. Includes bibliographical references.

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To PTEN δρα ως ογκοκατασταλτικό γονίδιο, μέσω της δράσης του προϊόντος πρωτεΐνης της φωσφατάσης. Η φωσφατάση εμπλέκεται στη ρύθμιση του κυτταρικού κύκλου εμποδίζοντας τα κύτταρα να αναπτυχθούν και έχοντας σαν αποτέλεσμα την υπερβολικά γρήγορη διαίρεση. Το γονίδιο αυτό έχει ταυτοποιηθεί ως ογκοκατασταλτικό και σε αρκετές περιπτώσεις καρκίνων έχουν εντοπιστεί μεταλλάξεις του. Στην παρούσα διπλωματική εργασία, θα μελετηθεί η δράση του PTEN στο αδενοκαρκίνωμα του παχέως εντέρου και θα εξεταστεί η δυνατότητα χρήσης των επιπέδων έκφρασής του σαν βιοδείκτη για το συγκεκριμένο είδος καρκίνου. Σκοπός της παρούσας διπλωματικής είναι με χρήση κλινικών δεδομένων και της έντασης της έκφρασης της πρωτεΐνης του γονιδίου PTEN, να μελετηθεί με στατιστικές μεθόδους η δυνατότητα πρόβλεψης της βαθμοποίησης και της σταδιοποίησης του αδενοκαρκινώματος του παχέος εντέρου. Για τον σκοπό αυτό χρησιμοποιήθηκαν πραγματικά κλινικά δεδομένα 60 ασθενών που προήλθαν από το κυτταρολογικό εργαστήριο του Νοσηλευτικού Ιδρύματος Μετοχικού Ταμείου Στρατού 417 (Ν.Ι.Μ.Τ.Σ.). Τα δεδομένα αυτά αναλύθηκαν με εφαρμογή της περιγραφικής στατιστικής, της λογιστικής παλινδρόμησης και της πολυμεταβλητής παλινδρόμησης με χρήση του στατιστικού πακέτου R. Παρόλα αυτά κανένα από τα εξαγόμενα στατιστικά μοντέλα δεν βρέθηκε να μπορεί να συσχετίσει την ποσότητα έκφρασης του PTEN γονιδίου με τη βαθμοποίηση και τη σταδιοποίηση του αδενοκαρκινώματος του παχέος εντέρου. Για αυτό τον λόγο καταλήγουμε ότι με χρήση των συγκεκριμένων βιολογικών δεδομένων δεν μπορούμε να επαληθεύσουμε ότι το PTEN γονίδιο είναι βιοδείκτης του αδενοκαρκινώματος του παχέος εντέρου. Μελλοντικά αυτό πρέπει να διερευνηθεί περαιτέρω είτε με τη χρήση επιπλέον κλινικών δεδομένων καθώς το υπάρχον σύνολο δεδομένων περιέχει λίγα δείγματα ασθενών σε σχέση με τις ελεύθερες μεταβλητές του προβλήματος (small sample size problem), είτε με μεθόδους που αυξάνουν τεχνητά τα δείγματα του συνόλου δεδομένων. / PTEN tumor suppressor gene acts as through the action of the protein product of phosphatase. The phosphatase is involved in regulating the cell cycle by preventing cells to grow and the resulting too rapid division. This gene has been identified as tumor suppressor in several cancers identified mutations. In this paper, we studied the effect of PTEN in adenocarcinoma of the colon and consider the possibility of using the levels of expression as biomarker for this type of cancer. The purpose of this thesis is to use clinical data and the intensity of the protein expression of the gene PTEN and be studied using statistical methods for predict the grade and stage of adenocarcinoma of the colon. For this purpose we used real clinical data of 60 patients who came from the cytology laboratory of the hospital in the Army Pension Fund 417 (N.I.M.T.S.). The data were analyzed using the descriptive statistics, regression and multivariate regression using the statistical package R. However none of the extracted statistical models were found to be correlated to the amount of expression of PTEN gene with grade and stage of adenocarcinoma of the colon. For this reason, we conclude that the use of these biological data can not verify that the PTEN gene is a biomarker of adenocarcinoma of the colon. Future should be investigated further or using additional clinical data as the existing data set contains few patient samples relative to the free variables of the problem (small sample size problem), or by methods that increase artificially the samples in the data set.

Made available in DSpace on 2016-02-05T18:29:39Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-01-29. Added 1 bitstream(s) on 2016-02-05T18:33:41Z : No. of bitstreams: 1 000854236.pdf: 3500858 bytes, checksum: 0816f15b9343c3e3ecc9d4ad9291ee5e (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / O carcinoma de células escamosas de laringe (CCEL) é um dos mais comuns que acometem a região da cabeça e pescoço, representando aproximadamente 25% dos tumores malignos desta localização anatômica. Os fatores de risco associados ao desenvolvimento deste tumor são o consumo de tabaco e álcool, história familiar e a infecção pelo vírus do papiloma humano (HPV) em uma parcela dos casos. A ocorrência de segundos tumores primários e metástases é frequentemente relatada nos CCEL. Entretanto, até o momento, não há marcadores moleculares úteis na prática clínica que sejam capazes de predizer a progressão e a evolução clínica da doença. Neste contexto, as plataformas de microarranjos de oligonucleotídeos (microarrays), têm possibilitado uma análise mais ampla na busca por marcadores de detecção precoce, progressão, resposta e risco de recorrência e metástase. Foram incluídos neste estudo 88amostras de CCEL de pacientes não tratados. O grupo teste foi composto por 35 CCEL avaliados previamente para expressão gênica global (8x60K, Agilent Technologies) e 33 para a expressão de miRNAs (plataforma Array 8x60K, Agilent Technologies). O grupo de validação foi formado por 33amostras fixadas em formalina e em blocos de parafina (FFPE) e 19 amostras de tumor a fresco. O grupo teste foi avaliado para genotipagem para o HPV (LINEAR ARRAY HPV Genotyping Test, Roche), resultando em dois casos positivos para HPV16. A análise de expressão de transcritos revelou 1.680 genes diferencialmente expressos comparados aos tecidos normais de laringe (necrópsias). A análise de expressão global de miRNAs revelou 89 miRNAs diferencialmente expressos na comparação entre tecido normal e tumoral. A integração entre os dados de transcritos codificadores e de miRNAs (correlação negativa r<0) revelou alterações recorrentes em um subgrupo de genes associados com a degradação de componentes da matriz extracelular... / Laryngeal squamous cell carcinoma (LSCC) is one of the most common head and neck malignancies representing approximately 25% of the tumors located in this region. Risk factors associated to development of LSCCs include alcohol and tobacco consumption, family history of cancer and human papilloma virus (HPV) infection. Second primary tumors and metastasis are frequently observed in patients with LSCC. To date, no useful molecular markers have been described that can successfully predict disease progression and clinical outcome. In this context, large scale molecular studies enable a global analysis of tumor molecular alterations aiming to reveal biomarkers for early diagnosis, prognosis and response to therapy. LSCC samples were obtained from 88 untreated patients. Global gene (Array plataform 8x60K, Agilent Technologies) and miRNA expression (Array platform 8x60K, Agilent Technologies) profiles were evaluated in 35 and 33 samples, respectively (Test group, N=36). An independent group of samples (N=33, validation group) was included, being 33 formalin fixed and paraffin embedded tissue samples and 19 fresh frozen tissues. HPV genotyping using LINEAR ARRAY HPV Genotyping Test (Roche) was performed in tumor samples from test group. Only two cases were HPV16-positive. The expression analysis revealed 1,680 differentially expressed genes in tumors compared to normal tissue (pool of normal laryngeal samples from necropsies). The miRNA analysis revealed 89 miRNAs differentially expressed. Integrative transcriptome and miRNAs analysis data (negative correlation r<0) revealed a subset of altered genes associated with the degradation of extracellular matrix components (MMP3, MMP9, MMP10, MMP13, COL10A1 and COL3A1) and neoplastic processes (CAV1, ERBB4, HLF,HMGA2, HOXB6, KLF2, PDCD4, PPP1R3 and TOP2), as well as their putative miRNA regulators (hsa-miR-199b-5p, hsa-miR-218-5p, hsa-miR-29c-3p, hsa-miR-21-5p, hsa-miR-204-5p, hsa-miR-125b-5p, hsa-miR- ...

Esquistossomose é uma doença crônica e debilitante. Schistosoma representa a única classe de trematódeos com vida dióica. Um contínuo pareamento com o macho é essencial para a maturação sexual do sexo feminino. Fêmeas adultas provenientes de infecções uni-sexuadas são subdesenvolvidas, apresentam atrofia do tamanho e um sistema reprodutivo imaturo. Para estudar os mecanismos envolvidos no pareamento de vermes adultos foram utilizadas duas plataformas de microarranjos distintas: uma composta por 4 mil sondas de cDNA dupla fita produzida pelo nosso grupo de pesquisas e outra composta por 44 mil sondas de oligonucleotideos desenhadas pelo nosso grupo e produzida pela empresa Agilent Technologies. Com a plataforma de 4 mil sondas detectamos 113 transcritos diferencialmente expressos em fêmeas adultas mantidas separadas de seus respectivos pares durante 24 horas de cultivo in vitro quando comparadas com fêmeas adultas pareadas; para 10 destes genes obtivemos uma confirmação adicional da expressão diferencial por transcrição reversa fita específica seguida de PCR em Tempo Real. Observamos também os efeitos do pareamento no perfil de expressão gênica de machos adultos mantidos separados de seus respectivos pares durante 24 horas de cultivo in vitro; foram encontrados 152 transcritos diferencialmente expressos. Com a plataforma de 44 mil sondas foi detectada a expressão de 5.798 genes transcricionalmente ativos em verme adulto, em um conjunto de 19.907 genes únicos representados nesta plataforma. A análise do conjunto de genes \"no match\" mostrou que em 156 genes ocorria expressão senso e anti-senso; para 6 destes transcritos obtivemos uma confirmação adicional da expressão nas duas fitas por transcrição reversa fita específica seguida de PCR em Tempo Real. Adicionalmente foram identificados 2717 transcritos diferencialmente expressos em fêmeas separadas de seus respectivos pares durante 13 dias de cultivo in vitro, quando comparadas com fêmeas mantidas pareadas. Para as análises com machos separados durante 13 dias foram encontrados 243 transcritos diferencialmente expressos. Por fim, realizamos estudos com o objetivo de observar os genes que podem estar correlacionados com o contato físico do pareamento (macho e fêmea) e genes que podem ser regulados pela possível difusão de proteínas e hormônios secretados no meio, para os quais a mudança do nível de expressão não dependa da necessidade de contato entre o macho e a fêmea. Sabe-se que o contato direto da fêmea com o macho é necessário para manter a atividade reprodutiva feminina e observamos que o re-pareamento pode restabelecer o perfil de expressão gênica de fêmeas ou machos separados. Além disso, observamos que fêmeas separadas e depois mantidas na presença do macho, porém sem re-pareamento, apresentam uma expressão gênica diferente das fêmeas separadas e depois mantidas na ausência de machos, sugerindo que algum fator secretado pelo macho no meio regula a expressão. Este trabalho representa uma importante contribuição no entendimento da relação macho-fêmea em nível molecular. / Schistosomiasis is a chronic and debilitating disease. Schistosoma represents the only class of trematodes with a dioecious life. A continuous pairing with the male is essential for female sexual maturation. Adult females from uni-sexual infections are underdeveloped, have body atrophy and an immature reproductive system. To study the mechanisms involved in pairing of adult worms two microarray platforms were used: one comprised by 4000 cDNA probes and printed by our research group and another comprised by 44 000 oligonucleotide probes designed by our group and printed by Agilent Technologies Company. With the 4000-probes platform we detected 113 transcripts differentially expressed in adult females kept separated from their mates during 24 hours in vitro when compared with paired adult females; for 10 of these genes we obtained additional confirmation of differential expression by Real Time RT-PCR. We also observed the effects of pairing on the gene expression profile of adult males kept separate from their mates during 24 hours in vitro, where we found 152 differentially expressed transcripts. With the 44 000-probes platform we detected the expression of 5798 genes in adult worms, out of a set of 19 907 unique genes represented on this platform. Analysis of the \"no match\" genes showed that 156 have transcription from the sense and anti-sense strands; for 6 of them we obtained additional confirmation of expression by strand specific Real Time RT-PCR. Additionally, we identified 2717 differentially expressed transcripts in females separated from their mates during 13 days in vitro when compared to females that remained paired. In the analysis of males separated for 13 days we found 243 differentially expressed transcripts. Finally, we performed a study aimed at observing genes which might be correlated to physical contact pairing (male and female) and compared to genes that might be regulated by the possible diffusion of secreted proteins and hormones in the medium, for which the change of expression level does not depend on physical contact between male and female. It is known that direct female-male contact is needed to keep the female reproductively activity and we observed that repairing can restore the gene expression profile of females or males that were kept separated. Furthermore, we observed that females separated and then maintained in the presence of male, but without re-pairing, have a different gene expression from the separated females kept without males, suggesting that some male secreted factors might be involved in gene regulation. This work represents an important contribution to the understanding of male-female relation at the molecular level

O câncer de mama é uma doença extremamente heterogênea compreendendo diferentes subtipos moleculares que resultam em evoluções clínicas e condutas terapêuticas distintas. A maior gravidade desta patologia está associada a sua capacidade de formação de metástases Mudanças no padrão de expressão gênica têm sido associadas à manifestação do fenótipo metastático. Neste trabalho, utilizamos microarranjos de tecido (TMAs) para investigar a expressão de 8 biomarcadores candidatos (CIP4, PPIL1, ITGAV, AKAP14, MICA, FXYD1, ARPC3, ABG1) e avaliar seu potencial prognóstico em pacientes com carcinoma ductal invasivo da mama. Destes, ARPC3 PPIL1 e CIP4 mostraram associações estatisticamente significativas com a sobrevida câncer específica e/ou a probabilidade de desenvolvimento de metástases. Determinamos que a expressão aumentada de CIP4 nos tumores está associada a maior probabilidade de desenvolvimento de metástases. CIP4 é uma proteína adaptadora descrita na literatura como moduladora de migração e invasão celular e portanto selecionamos este candidato para caracterização funcional detalhada. Observamos que a expressão de CIP4 encontra-se aumentada em linhagens tumorais com características invasivas. A partir do silenciamento estável e regulado de CIP4 na linhagem metastática MDA-MB-231, determinamos que CIP4 modula positivamente a ativação de MAPK-p38 e a expressão de MMP2 , sugerindo que CIP4 participe em vias de sinalização importantes para a transição epitélio-mesenquima (EMT). O silenciamento de CIP4 resultou em uma redução de aproximadamente 50% da capacidade migratória e invasiva das células tumorais in vitro , e na diminuição da formação de metástases pulmonares in vivo. Coletivamente, nossos resultados indicam que CIP4 tem potencial como marcador de prognóstico assim como um possível alvo terapêutico no controle da disseminação de metástases nos tumores da mama. / Breast cancer is an extremely heterogeneous disease comprising different molecular subtypes that result in different clinical outcomes and therapeutic procedures. The severity of this disease is mainly associated with its ability to produce metastasis. Changes in gene expression profile have been associated with the manifestation of the metastatic phenotype. In this study, we used tissue microarrays (TMAs) to investigate the expression of 8 candidate biomarkers (CIP4, PPIL1, ITGAV, AKAP14, MICA, FXYD1, ARPC3 e ABG1) and to evaluate their prognostic potential in patients with invasive ductal breast carcinoma. Among these, ARPC3, PPIL1 and CIP4 showed statistically significant associations with cancer specific survival and/or the patient\'s probability to develop metastasis. We found that increased expression of CIP4 in tumors is associated with a higher probability of developing metastasis. CIP4 is an adaptor protein described in the literature as a modulator of cell migration and invasion and therefore we selected this candidate for detailed functional characterization. We observed that CIP4 expression is increased in tumor cell lines with invasive characteristics. Following the stable and regulated knockdown of CIP4 in the metastatic line MDA-MB-231, we determined that it modulates positively the activation of MAPK-p38 and the expression of MMP2, suggesting that CIP4 participates in important signaling pathways required for the epithelial mesenchymal transition (EMT). CIP4 silencing resulted in an approximate 50% reduction of the migratory and invasive capacity of tumor cells in vitro and decreased the generation of lung metastases in vivo. Collectively, our results indicate that CIP4 has potential as a prognostic marker as well as a potential therapeutic target to control the metastatic dissemination of breast tumors.

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The research on molecular interactions which cause genetic diseases has been the focus of many studies in recent years. With the inclusion of informatics in biological research, there was a great advance in the discovery of new solutions and diagnostic techniques for the treatment of diseases. Cancer is one of the diseases that have caused more interest among scientists around the world, and between their variations, are those caused by genetic defects that affect the genome maintenance mechanisms (GMM), which promote the proper functioning of the organism of an individual. Halazonetis and colaborators (2008) published a study involving of the metabolic pathways GMM, which identifies the appearance of a barrier that prevents the spread of cancer, but it is broken by initiating uncontrolled reproduction of defective cells that cause the cancerous tumors. The motivation of this work is to investigate the process of activation of anticancer barrier, using quantitative methods to analysis of the expression of genes and pathways. For this reason, it was used the Ontocancro ontology as analysis tool, being made several changes in its architecture for the realization of this study. / A investigação sobre as interações moleculares, que causam doenças genéticas têm sido foco de muitos estudos nos últimos anos. Com a inclusão da informática em pesquisas biológicas, houve um grande avanço na descoberta de novas soluções e técnicas de diagnósticos para o tratamentos de doenças. O câncer é uma das doenças que mais tem causado interesse entre cientistas do mundo inteiro, e entre suas variações, estão aquelas causadas por defeitos genéticos que afetam os mecanismos de manutenção do genoma (GMM), que promovem o bom funcionamento do organismo de um indivíduo. Halazonetis e colaboradores, em 2008, publicou um estudo envolvendo as vias metabólicas GMM, que identifica o surgimento de uma barreira que evita a propagação do câncer, mas é rompida dando início a reprodução descontrolada de células defeituosas que causam os tumores cancerígenos. A motivação desta dissertação consiste em investigar o processo de ativação da barreira anticâncer, usando métodos quantitativos para análise da expressão de genes e vias. Para isso, utilizou-se a ontologia Ontocancro como ferramenta de análise, sendo efetuadas diversas alterações em sua arquitetura para a realização deste estudo.

Orientador: Silvia Regina Rogatto / Resumo: O carcinoma de células escamosas de laringe (CCEL) é um dos mais comuns que acometem a região da cabeça e pescoço, representando aproximadamente 25% dos tumores malignos desta localização anatômica. Os fatores de risco associados ao desenvolvimento deste tumor são o consumo de tabaco e álcool, história familiar e a infecção pelo vírus do papiloma humano (HPV) em uma parcela dos casos. A ocorrência de segundos tumores primários e metástases é frequentemente relatada nos CCEL. Entretanto, até o momento, não há marcadores moleculares úteis na prática clínica que sejam capazes de predizer a progressão e a evolução clínica da doença. Neste contexto, as plataformas de microarranjos de oligonucleotídeos (microarrays), têm possibilitado uma análise mais ampla na busca por marcadores de detecção precoce, progressão, resposta e risco de recorrência e metástase. Foram incluídos neste estudo 88amostras de CCEL de pacientes não tratados. O grupo teste foi composto por 35 CCEL avaliados previamente para expressão gênica global (8x60K, Agilent Technologies) e 33 para a expressão de miRNAs (plataforma Array 8x60K, Agilent Technologies). O grupo de validação foi formado por 33amostras fixadas em formalina e em blocos de parafina (FFPE) e 19 amostras de tumor a fresco. O grupo teste foi avaliado para genotipagem para o HPV (LINEAR ARRAY HPV Genotyping Test, Roche), resultando em dois casos positivos para HPV16. A análise de expressão de transcritos revelou 1.680 genes diferencialmente expressos comparados aos tecidos normais de laringe (necrópsias). A análise de expressão global de miRNAs revelou 89 miRNAs diferencialmente expressos na comparação entre tecido normal e tumoral. A integração entre os dados de transcritos codificadores e de miRNAs (correlação negativa r<0) revelou alterações recorrentes em um subgrupo de genes associados com a degradação de componentes da matriz extracelular... / Abstract: Laryngeal squamous cell carcinoma (LSCC) is one of the most common head and neck malignancies representing approximately 25% of the tumors located in this region. Risk factors associated to development of LSCCs include alcohol and tobacco consumption, family history of cancer and human papilloma virus (HPV) infection. Second primary tumors and metastasis are frequently observed in patients with LSCC. To date, no useful molecular markers have been described that can successfully predict disease progression and clinical outcome. In this context, large scale molecular studies enable a global analysis of tumor molecular alterations aiming to reveal biomarkers for early diagnosis, prognosis and response to therapy. LSCC samples were obtained from 88 untreated patients. Global gene (Array plataform 8x60K, Agilent Technologies) and miRNA expression (Array platform 8x60K, Agilent Technologies) profiles were evaluated in 35 and 33 samples, respectively (Test group, N=36). An independent group of samples (N=33, validation group) was included, being 33 formalin fixed and paraffin embedded tissue samples and 19 fresh frozen tissues. HPV genotyping using LINEAR ARRAY HPV Genotyping Test (Roche) was performed in tumor samples from test group. Only two cases were HPV16-positive. The expression analysis revealed 1,680 differentially expressed genes in tumors compared to normal tissue (pool of normal laryngeal samples from necropsies). The miRNA analysis revealed 89 miRNAs differentially expressed. Integrative transcriptome and miRNAs analysis data (negative correlation r<0) revealed a subset of altered genes associated with the degradation of extracellular matrix components (MMP3, MMP9, MMP10, MMP13, COL10A1 and COL3A1) and neoplastic processes (CAV1, ERBB4, HLF,HMGA2, HOXB6, KLF2, PDCD4, PPP1R3 and TOP2), as well as their putative miRNA regulators (hsa-miR-199b-5p, hsa-miR-218-5p, hsa-miR-29c-3p, hsa-miR-21-5p, hsa-miR-204-5p, hsa-miR-125b-5p, hsa-miR- ... / Mestre

Os microRNAs são pequenos RNAs, não-codificantes que funcionam como reguladores a nível pós-transcricional da expressão gênica. Nos últimos anos, novas evidências demonstram o papel importante dos microRNAs na regulação e desenvolvimento do sistema imune. Apesar da função de poucos microRNAs ser conhecida, a sua expressão alterada vêm sendo associada a patogênese de diversas doenças autoimunes, incluindo a artrite reumatóide (AR). Recentemente a expressão desregulada de uma série de microRNAs está sendo descrita em pacientes com AR, e o papel patogênico de apenas uma parte deles foi investigada em modelos animais. A artrite reumatóide é uma doença autoimune sistêmica caracterizada por um intenso processo inflamatório na sinóvia, podendo causar destruição óssea e articular. Os linfócitos T apresentam papel importante na indução, manutenção e progressão da doença. A artrite induzida por colágeno é um modelo animal amplamente utilizado por suas características fisiopatológicas muito similares à doença em humanos. A linhagem de camundongos DBA-1/J desenvolve a doença após imunização e booster com colágeno do tipo II, enquanto que a linhagem DBA-2/J se mostra refratária. Isso confere um sistema modelo de susceptibilidade/resistência à artrite, que pode ser estudado em diferentes abordagens. O objetivo do nosso estudo foi identificar o perfil transcricional e as redes de interação entre um grupo de microRNAs e seus respectivos alvos nos timócitos e linfócitos T CD3+ periféricos nos camundongos da linhagem DBA-1/J e DBA-2/J. Para a avaliação da expressão gênica, utilizou-se a tecnologia de microarrays. O uso de programas de análise e para a construção das redes foi imprescindível. Os resultados encontrados evidenciam uma expressão diferenciada de mRNAs e microRNAs em timócitos e linfócitos T CD3+ periféricos entre as duas linhagens utilizadas. Novos microRNAs foram encontrados nos diferentes estágios de desenvolvimento do linfócito T. Nas redes de interação microRNA-RNAm obtidas, genes importantes associados aos processos de sistema imune, adesão e diferenciação celular, apoptose, recombinação, ativação de linfócitos T e resposta inflamatória, foram encontrados como potenciais alvos. Além disso, em uma perspectiva clínica, baseados nos resultados obtidos em camundongo, nos encontramos a expressão do miR-505 nos linfócitos T de pacientes com AR. Nossos resultados contribuem para a melhor compreensão dos mecanismos molecular envolvidos na resistência/susceptibilidade a CIA. / MicroRNAs (miRNAs) are small non-coding RNA molecules that modulate the expression of multiple protein-encoding genes at the post-transcriptional level. During the last several years, evidence has emerged to show their critical role for the regulation and development of immune system. Although the function of most mammalian miRNAs has yet to be determined, their aberrant expression has been associated with several autoimmune conditions, including rheumatoid arthritis (RA). Recently, the deregulated expression of a dozen miRNAs has been reported in patients with RA, and the pathogenic role of only a few of these has been investigated in experimental mouse models. RA is a systemic autoimmune disorder mainly characterized by the inflammation of synovial tissue that can lead to destruction of bone and cartilage. The role of effectors T cells in induction, maintenance and progression of the disease is now becoming better understood. Collagen-induced arthritis is an animal model widely studied due to its similarities to human disease. The DBA-1/J mouse strain develops arthritis after immunization process and booster with Type II collagen, and the DBA-2/J strain is refractory to the disease induction. This offers an useful susceptibility/resistance model-system to study RA. The aim of this study was to identify the expression profiles and interaction networks between a set of microRNAs and their mRNA targets in thymocytes and peripheral CD3+ T lymphocytes in DBA-1/J and DBA-2/J mice strain. For this purpose we used the microarray technology to evaluate the expression of the miRNAs and mRNAs as possible targets involved in this process. The use of bioinformatics software to reconstruct the networks was essential. The results show differential expression of mRNAs and miRNAs in thymocytes and peripheral CD3+ T lymphocytes between both strains. New miRNAs were found during all the stages of T cells development. The microRNA-mRNA interaction networks obtained in this study showed that important genes related to apoptose, immune system, recombination, cell adhesion and differentiation, inflammatory process and T cell activation were found as potential targets. In addition, in a clinical prospects, based on the results obtained in mice, we found the expression of the miRNA miR-505 in T cells of RA patients. Our results contribute to a better understand of the molecular mechanisms evolved in the resistance/susceptibility to CIA.

Avaliamos as causas moleculares da deficiência de C3 ou de FI em 07 pacientes, chegando a caracterizar a causa molecular em cinco deles. As mutações encontradas em cada um dos pacientes foram: C3def3 - C364G troca Arg102Gly; G2481C (Val807); A4956G (Val1632); FIdef2 - G693A, troca Gly162Asp; FIdef3 e -4 - C767T, troca Arg187Stop; FIdef6 e -7 - Inserção 1382<font face=\"Symbol\">DAT, códon de parada prematura 13 bases a montante. Além disso, analisamos se a ausência dessas proteínas levava a alterações na expressão gênica em fibroblastos de pele de pacientes deficientes de C3 ou de FI em relação a indivíduos normais e saudáveis através de ensaios com microarranjos de cDNA. Confirmamos uma tendência à alteração da expressão através de PCR em tempo real dos genes CHNRB1, CAV1, PSMB1, PI4K2B e MASP1 nos deficientes de C3; dos genes SPRY2, PSMA5, PGM2L1, GOLPH3 e JAKMIP3 nos deficientes de FI e o gene ETV6 nos dois grupos de pacientes. Dessa forma, podemos sugerir que deficiências das proteínas C3 e FI podem possivelmente influenciar a expressão de outros genes neste tipo de célula. / We investigated C3 and Factor I deficiency in 07 patients and could characterize the molecular basis in five of them. The mutations found were: C3def3 - C364G change Arg102Gly; G2481C (Val807); A4956G (Val1632); FIdef2 - G693A, change Gly162Asp; FIdef3 e -4 - C767T, change Arg187Stop; FIdef6 e -7 - insertion 1382<font face=\"Symbol\">DAT, Stop codon generation after 13 bp. Furthermore, we analyzed if the absence of these proteins cause alterations in gene expression profiles in skin fibroblasts from C3 and FI deficients compared to fibroblasts from normal individuals by cDNA microarrays. We confirmed a tendency of altered gene expression by Real Time PCR atCHNRB1, CAV1, PSMB1, PI4K2B and MASP1 genes on C3 deficients, SPRY2, PSMA5, PGM2L1, GOLPH3 and JAKMIP3 on FI deficient and ETV6 gene in both groups. Thus, we concluded that C3 and FI deficiencies could affect gene expression profiles in skin fibroblasts.