Le virus de la stomatite vésiculaire (VSV) et le virus Nipah (NiV) appartiennent respectivement aux familles des Rhabdoviridae et des Paramyxoviridae. VSV est un modèle du virus de la rage tandis que NiV est un virus émergeant, appartenant à la sous-famille des Paramyxovirinae, pour lequel les données moléculaires et structurales sont limitées. Ces sont des virus enveloppés dont le génome code pour cinq à neuf protéines. Le complexe de réplication de ces virus est constitué de trois protéines : la phosphoprotéine (P), la nucléoprotéine (N) et la polymérase virale (L). La N encapside le génome viral et l'ensemble N-ARN sert de matrice pour la transcription et la réplication. La P joue deux rôles : elle sert de cofacteur pour la polymérase et forme le complexe N0-P qui maintient la N sous une forme soluble, compétente pour l'encapsidation des génomes néo-synthétisés. Un premier objectif de mon travail de thèse consistait à étudier la structure et la dynamique des protéines P de VSV et de NiV. Ce sont des protéines modulaires qui contiennent des domaines structurés, séparés par des régions flexibles. A mon arrivée au laboratoire un travail important avait été déjà réalisé sur la P de VSV et j'ai participé à l'achèvement de cette étude. Je me suis ensuite intéressé à la protéine P de NiV. J'ai cristallisé et résolu par diffraction des rayons X les structures du domaine C-terminal et du domaine central (codes PDB : 4F9X et 4GJW). La combinaison de ces modèles cristallographiques avec des données de SAXS sur la P entière et des données de résonance magnétique nucléaire (RMN, collaboration IBS) va permettre d'obtenir un modèle atomique de la P entière sous la forme d'un ensemble de conformères. Un deuxième objectif était d'étudier les complexes N0-P. J'ai activement participé au développement de la méthode de reconstitution et à la caractérisation structurale du complexe N0-P de VSV, entre un mutant de la N (NΔ21) et un peptide N-terminal de la P (code PDB : 3PMK). J'ai ensuite reconstitué, cristallisé et résolu la structure de complexe N0-P de NiV entre la N (tronquée de son domaine C-terminal) et la partie N-terminale de la P. Ces structures montrent par quel mécanismes moléculaires la P maintien la N sous forme monomérique, en empêchant sa polymérisation et son interaction avec l'ARN. Les résultats présentés ici ont permis de générer de nouvelles hypothèses pour expliquer les mécanismes d'encapsidation et d'initiation de la synthèse d'ARN chez ces virus. Le complexe N0-P étant essentiel pour la réplication du virus, l'information structurale obtenue au cours de ce travail devrait permettre d'envisager l'utilisation de ce complexe comme cible pour le développement de composés antiviraux. / Abstract Vesicular stomatitis virus (VSV) and Nipah virus (NiV) belong to the Rhabdoviridae and Paramyxoviridae families, respectively. VSV serves as model system for rabies virus while NiV is an emerging pathogen of the Paramyxovirinae subfamily, for which molecular and structural data are scarce. Both viruses are enveloped and their genomes encode five to nine proteins. Three proteins form their replication complex: the phosphoprotein (P), the nucleoprotein (N) and the viral polymerase (L). N encapsidates the viral genome and this N-RNA complex serves as template for transcription and replication. P has two functions: it serves as a polymerase cofactor and forms an N0-P complex, which keeps the N protein in a soluble and monomeric state, competent for the encapsidation of the newly synthesized genomes. The first goal during the PhD work was to study the structure and dynamics of the VSV and NiV P proteins. These proteins are modular, containing structured domains separated by flexible regions. Before my arrival, a large amount of work was already done on the VSV P protein in the lab and I was involved in the final stages of this work. Then this I studied the NiV P protein, crystallizing and solving the structures of its Central and C-terminal domains by X-ray crystallography (PDB codes: 4F9X and 4GJW). Combining these structures with small angle X-ray scattering (SAXS) and nuclear magnetic resonance (NMR, collaboration with IBS group) data obtained for the entire protein will allow the construction of an atomic model of the phosphoprotein in the form of a conformational ensemble. The second goal was to study the N0-P complex. I actively participated in the development of the method which permitted the reconstruction of the VSV N0-P complex, using a truncation mutant of the N protein (NΔ21) and an N-terminal peptide from P, and to its structural determination (PDB code: 3PMK). Then I reconstructed, crystallized and solved the structure of the NiV N0-P complex using a C-terminally truncated N protein and the N-terminal region of the P protein. Both structures yielded insights into the molecular mechanisms used by the phosphoproteins in order to maintain the corresponding nucleoproteins in their monomeric state, thus inhibiting their polymerization and interaction with RNA. The results presented here also offered new hypothesis about mechanisms of encapsidation and of RNA synthesis initiation. Given that the N0-P complex is an essential component of the replication complex, the structural information gained from this work allow us to consider this complex as a potential antiviral target.

De nombreux critiques avaient détecté chez Jean Giono (1895-1970) la présence d’un vide affectant non seulement le sujet de son oeuvre mais aussi sa poétique. L’ennui, cette « brusque et radicale conscience du rien », le mensonge qui « reconstruit un monde au-dessus de l’abîme » (R. Ricatte) ou bien encore le « travail des sensations » vécu comme un « barrage contre le vide » (S. Vignes) sont des effets parmi d’autres d’un manque et d’une absence déterminante. Le vide explique aussi l’anonymat et les lacunes biographiques de ses personnages, les nombreux blancs et silences, les ellipses narratives et sémantiques, les césures et les discontinuités narratives... Il ne suffisait cependant pas de reconnaître l’existence d’un vide, d’un manque originaire dans cette oeuvre. Il fallait encore connaître sa nature. De quoi le monde gionien est-il vide ? La réponse se trouve paradoxalement dans ce que l’auteur s’est efforcé de ne jamais décrire ou plutôt dans ce qu’il a toujours décrit « en blanc » (J. Giono). En nous penchant sur ce qui, dans ses romans, était toujours décrit sans l’être, nous nous sommes aperçus que rien ne manquait davantage que Dieu. Dieu brille par son absence dans son oeuvre. Il est celui qu’il se refuse à décrire positivement car il est pour lui « le néant absolu », « l’absence de tout » (J. Giono). La théologie imprimée dans ses romans est une ‘‘théologie blanche’’. Sa vision du monde et de l’homme est toujours, et très délibérément, sans dieu/Dieu. Comme le dit le narrateur du Déserteur à propos des peintures pieuses et des ex-voto de son personnage : « il n’y a pas de dieu dans tout ça ». En analysant l’oeuvre gionienne à la lumière de cette absence, quatre ensembles de romans se sont dégagés selon un ordre qui dépasse les distinctions classiques établies, d’une part, entre une première et une seconde « manières », d’autre part, entre le « Cycle du Hussard » et les « Chroniques romanesques ». Ces quatre ensembles romanesques sont autant d’itinéraires de l’homme sans dieu/Dieu. Nous avons distingué celui de « l’humanisme païen », celui de l’héroïsme sublime, celui tragique voire tragi-comique des hommes condamnés à la chute, celui enfin des « âmes fortes » qui veulent se faire dieux en l’absence de dieu/Dieu. L’immense « chasse au bonheur » dont l’oeuvre romanesque de Giono est l’expression a rapport avec le ciel, un ciel sans dieu/Dieu. / Many critics spotted in Giono’s novels (1895-1970) the presence of a kind of emptiness which affected both his main topic and his poetry. Boredom « this sudden and drastic consciousness of nothingness », lie « which rebuilts a world on top of despair » (R. Ricatte) or « the work of sensations » (S. Vignes) felt as « a barrier against nothingness » reflect a void and a defining absence among other effects. This emptiness gives an explanation to his characters’ anonymity and gaps in biography, to the many gaps and silences, narrative and semantic ellipses, narrative caesura and discontinuities. Acknowledging the existence of a void, of an original emptiness, was not enough, its specific nature must be defined. What is missing in Giono’s world ? What is his world made of ? Paradoxically speaking the answer lies in what the author struggled not to describe or more precisely in what he described « en blanc » (J. Giono). Analysing what is described in his novels without really being described, I have realized that the One who is missing is God. God is conspicuous by his absence in his works. He is the one he refuses to describe positively as he is « the absolute absence ». The theology expressed is a ‘‘white theology’’. His view of the world and his vision of mankind, are always and in their tiniest details a vision without God. As the narrator of Le Déserteur puts it when he alludes to his main character’s votive offerings : « God is absent from all this. » Studying Giono’s works in the light of this absence, four collections of novels emerged according to an uncommon classification : on the one hand between a first and a second « manner » and on the other hand between « le Cycle du Hussard » and « les Chroniques romanesques ». These four collections of novels are routes taken by mankind without God. I have set apart : « a pagan humanist » route, a « sublime heroic » route, the tragic if ever tragicomic route of mankind doomed to their downfall, the last one the route of « strong souls » who strive to turn gods without God. The huge « quest for happiness » which is at the heart of Giono’s novels is related to heaven but a heaven without God.

Les défauts dans les voies de réparation de l’ADN sont aujourd’hui largement exploités pour le traitement du cancer. En effet, la capacité des tumeurs à réparer les lésions induites par les traitements génotoxiques (chimio- et radiothérapie) leur confère une résistance intrinsèque ou acquise à ces traitements. Développer des inhibiteurs de réparation de l’ADN permettrait de contrecarrer cette résistance et de sensibiliser les tumeurs à ces thérapies conventionnelles. Les inhibiteurs de la Poly(ADP-ribose) polymérase (PARPi), premiers candidats de cette famille d’inhibiteurs de réparation de l’ADN, ont montré des résultats encourageants mais sont néanmoins restreints à une sous-population de tumeurs avec une déficience dans la voie de réparation par recombinaison homologue (DRH). De plus, des résistances à ces PARPi ont été constatées suite à la réactivation de la voie RH ou de voies alternatives. Il est donc urgent de développer des agents plus efficaces qui permettraient de limiter la problématique de résistance. Dans le laboratoire, nous avons identifié une nouvelle classe d’inhibiteurs de réparation de l’ADN, les Dbait, consistant en une petite molécule d’ADN double-brin qui miment une cassure double-brin (CDB). AsiDNA, une molécule de la famille Dbait, agit en séquestrant et hyper activant la protéine PARP et ses partenaires, ainsi que la protéine DNA-PK qui modifie la chromatine, inhibant ainsi le recrutement au niveau du site du dommage de plusieurs protéines de réparation des voies RH ou NHEJ. Dans ce manuscrit, nous avons étudié la question des mécanismes de sensibilité à AsiDNA, et nous avons identifié l’instabilité génétique, générée essentiellement par des défauts dans les voies de réparation des CDBs, comme caractéristique majeure pour être sensible à AsiDNA dans différents modèles de cellules et de xénogreffes. De façon intéressante, l’instabilité génétique ne corrélait pas avec la sensibilité aux PARPi, qui présentaient également un profil d’action différent d’AsiDNA. En se basant sur ces différences, et sur le mode d’action d’AsiDNA agissant en tant qu’inhibiteur de la voie RH, la combinaison de ces deux molécules permettrait de s’affranchir de la restriction génétique (DRH) essentielle pour l’efficacité des PARPi. Pour valider cette hypothèse, nous avons montré par des analyses moléculaires que l’olaparib, un PARPi, et AsiDNA préviennent le recrutement au niveau des sites des dommages de XRCC1 et de RAD51/53BP1, respectivement. La combinaison de ces deux inhibiteurs permettait l’accumulation des dommages non réparés résultant en une augmentation de la mort de cellules tumorales de différentes origines, et un retard significatif de la croissance des xénogreffes. Cependant, les cellules non tumorales ne présentaient ni une augmentation des dommages ni de la mort cellulaire. Ces résultats soulignent l’intérêt thérapeutique de la combinaison d’AsiDNA avec les PARPi qui permettrait de s’affranchir de la dépendance au statut DRH et d’élargir leur champ d’application. Dans cette thèse, nous avons également traité la question de la résistance acquise à AsiDNA. En effet, contrairement à l’imatinib et au 6-thioguanine, nous n’avons pas isolé de clones résistants à AsiDNA après des expériences de mutagénèse ou après des traitements répétés sur différents modèles cellulaires. Un tel comportement défie notre acceptation commune de la théorie Darwinienne pour expliquer la résistance des cellules tumorales aux traitements. / Defects in the DNA repair pathways are now widely exploited for the treatment of cancer. Indeed, the ability of tumors to repair the damage induced by genotoxic treatments (chemotherapy and radiotherapy) gives them an intrinsic or acquired resistance to these treatments. Developing DNA repair inhibitors would help to counteract this resistance and sensitize tumors to these conventional therapies. Poly(ADP-ribose) polymerase inhibitors (PARPi), first candidates for this family of DNA repair inhibitors, have shown encouraging results but are nevertheless restricted to a tumor subpopulation with Deficiencies in the Homologous Recombination repair pathway (HRD). In addition, resistances to these PARPi were observed following the reactivation of the HR pathway or alternative pathways. It is therefore urgent to develop more effective agents to limit the resistance problem. In the laboratory, we have identified a new class of DNA repair inhibitors, Dbait, consisting of a small double-stranded DNA molecule that mimics a double-strand break (DSB). AsiDNA, a molecule of the Dbait family, acts by hijacking and hyper activating the PARP protein and its partners, as well as DNA-PK protein that modifies chromatin, thereby inhibiting recruitment at the damage site of several DNA repair proteins. In this manuscript, we studied the issue of mechanisms of sensitivity to AsiDNA, and we identified the genetic instability, generated mainly by defects in the DSBs’ repair, as major feature to be sensitive to AsiDNA in different models of tumor cells and xenografts. Interestingly, genetic instability does not correlate with sensitivity to PARPi, which also had a different action profile than AsiDNA. Based on these differences, and on the mode of action of AsiDNA acting as an inhibitor of the HR pathway, the combination of these two molecules would allow bypassing the genetic restriction (HRD) essential for PARPi efficiency. To validate this hypothesis, we have shown by molecular analyzes that olaparib, a PARPi, and AsiDNA prevent the recruitment at damage sites of the repair proteins XRCC1 and RAD51 / 53BP1, respectively. The combination of these two inhibitors allowed the accumulation of unrepaired damage resulting in an increase of tumor cells’ death, and a significant delay in the growth of xenografts. However, non-tumor cells were not sensitive to this combined treatment. These results highlight the therapeutic interest of combining AsiDNA with PARPi to recapitulate synthetic lethality in all tumors independently of their HR status. In this thesis, we also addressed the issue of acquired resistance to AsiDNA. Indeed, contrary to imatinib and 6-thioguanine, we didn’t recover resistant clones to AsiDNA after mutagenesis or after repeated cycles of treatment on different cell models. Such behavior challenges our common acceptation of a Darwin evolution theory to explain tumor cells resistance to treatment.

Comment ce qui s'est produit à une génération précédente est fondateur de l'identité subjective à la génération suivante ? Plus spécifiquement, comment la guerre du Liban (1975-1990/91), vécue par les parents, peut être constructive ou désorganisatrice du sujet (enfant) dans sa singularité ? La transmission psychique est inévitable et fondatrice de l'identité subjective. L'étude des éléments psychiques, relevant de cette expérience violente passée, vécue par la génération précédente, permet de comprendre la participation des processus psychiques générationnels à la formation de l'identité singulière, facilitant ou entravant le travail psychique à la génération suivante. Nos hypothèses envisagent la transmission dans la relation entre le père et le fils, à partir de l'exploration des processus d'identification et de conflictualité dans le lien père-fils, de la part négative (voire traumatique) du contenu transmis et des investissements narcissiques établis entre le père et le fils. Des entretiens de recherche ont été réalisés auprès de dix familles, dont le père était un combattant pendant la guerre, ayant des enfants (garçons, adolescents). L'objectif principal est d'interroger les effets psychiques de la guerre sur le père combattant et le vécu subjectif de l'enfant, examinant les traces de l'expérience violente vécue par le père chez l'enfant. L'analyse des processus en jeu dans le lien père-fils montre des caractéristiques de transmission différentes relatives à chaque lien étudié, et des mouvements généraux de transmission. Une étude plus approfondie de trois cas accentue, principalement, trois aspects de transmission : la violence, l'énigmatique et le narcissique. Ce travail rend compte : - de la part active et créative de l'individu dans l'élaboration de ce qui est transmis à partir de la guerre du Liban ; - des fonctions intrusive et aliénante de la transmission, par rapport à des fonctions constructive et créatrice ; - de la fonction fondatrice du collectif au niveau individuel. Dans le contexte du Liban, il s'agit, principalement, d'une transmission idéologique violente de la guerre, qui paraît être un détournement de la conflictualité oedipienne et intrapsychique. / How is it that the experiences of a preceding generation are foundational to the subjective identity of the following generation? More specifically, how can the Lebanese civil war, witnessed by parents, be constructive or destructive to the subject (child) in his/her singularity? The psychological transmission is inevitable and foundational to the subject's identity. Studies on psychological elements related to that violent experience could help us comprehend the influence of generational psychological processes on singular identity formation. This facilitates or hinders the psychological development of the second generation. The principal objective of this research is to explore the effects of the war on the father (combatant) and the subjective experiences of the child through intergenerational psychological transmission. This study examines the psychological transmission through analysis of the identification process and the ensuing rivalry between father and son. This study also seeks to analyze the negative part (traumatic) of the transmitted heritage and the narcissistic investment between parent and child. Our research interviews were conducted with ten families in which the father was a combatant during the war and have adolescent children. The analysis of these processes between father and son has revealed some common characteristics among the subjects. A more detailed study of three of those cases accentuated three aspects of the transmission process: Violent, Enigmatic and Narcissistic. The study has revealed an active and innovational role by the subject in the transmission process. The results have also revealed the function of a collective component among the individuals studied. The transmission process had an intrusive and alienating function as well as a constructive and creative function. In the Lebanese context, there's a violent ideological transmission related to the war, which seems to be a diversion of the Oedipian and intrapsychic conflict.

Devant le grand nombre de tumeurs du sein triple négatif résistant aux traitements, il est essentiel de comprendre les mécanismes de résistance et de trouver de nouvelles molécules efficaces. En premier lieu, nous analysons deux ensembles de données pharmacogénomiques à grande échelle. Nous proposons une nouvelle classification basée sur des profils transcriptomiques de lignées cellulaires, selon un processus de sélection de gènes basé sur des réseaux biologiques. Notre classification moléculaire montre une plus grande homogénéité dans la réponse aux médicaments que lorsque l’on regroupe les lignées cellulaires en fonction de leur tissu d'origine. Elle permet également d’identifier des profils similaires de réponse aux traitements. Dans un second travail, nous étudions une cohorte de patients atteints d’un cancer du sein triple négatif ayant résisté à la chimiothérapie néoadjuvante. Nous effectuons des analyses moléculaires complètes basées sur du RNAseq et WES. Nous constatons une forte hétérogénéité moléculaire des tumeurs avant et après traitement. Bien que nous observons une évolution clonale sous traitement, aucun mécanisme récurrent de résistance n’a pu être identifié. Nos résultats suggèrent fortement que chaque tumeur a un profil moléculaire unique et qu'il est important d'étudier de grandes séries de tumeurs. Enfin, nous améliorons une méthode pour tester la surreprésentation de motifs connus de protéines de liaison à l'ARN, dans un ensemble donné de séquences régulées. Cet outil utilise une approche innovante pour contrôler la proportion de faux positifs qui n'est pas réalisé par l'algorithme existant. Nous montrons l'efficacité de notre approche en utilisant deux séries de données différentes. / Given the large number of treatment-resistant triple-negative breast cancers, it is essential to understand the mechanisms of resistance and to find new effective molecules. First, we analyze two large-scale pharmacogenomic datasets. We propose a novel classification based on transcriptomic profiles of cell lines, according to a biological network-driven gene selection process. Our molecular classification shows greater homogeneity in drug response than when cell lines are grouped according to their original tissue. It also helps identify similar patterns of treatment response. In a second analysis, we study a cohort of patients with triple-negative breast cancer who have resisted to neoadjuvant chemotherapy. We perform complete molecular analyzes based on RNAseq and WES. We observe a high molecular heterogeneity of tumors before and after treatment. Although we highlighted clonal evolution under treatment, no recurrent mechanism of resistance could be identified Our results strongly suggest that each tumor has a unique molecular profile and that that it is increasingly important to have large series of tumors. Finally, we are improving a method for testing the overrepresentation of known RNA binding protein motifs in a given set of regulated sequences. This tool uses an innovative approach to control the proportion of false positives that is not realized by the existing algorithm. We show the effectiveness of our approach using two different datasets.

Cette étude transversale a investigué le lien entre le regard conditionnel négatif perçu, le stress et l’ajustement dyadique durant la transition à la parentalité, une période caractérisée par des difficultés au niveau du couple. Après avoir été recrutés, des couples de parents primipares québécois (n=137) ont répondu à un questionnaire en ligne. Des analyses d’équations structurelles avec le modèle « Actor-Partner Interdependance Mediation Model » ont été conduites afin d’investiguer les influences dyadiques et réciproques du regard conditionnel négatif perçu sur l’ajustement dyadique du couple. Au niveau des effets acteurs, les résultats démontrent que pour les deux partenaires, le stress est un médiateur partiel dans la relation entre le regard conditionnel négatif perçu et l’ajustement dyadique. Cependant, au niveau des effets partenaires, il n’y avait pas d’effet de médiation entre ces variables. Néanmoins, certains effets partenaires intéressants ont été trouvés: 1) le regard conditionnel perçu par les mères biologiques avait une influence sur l’ajustement dyadique de leur partenaire et 2) l’ajustement dyadique des mères biologiques était influencé par le regard conditionnel négatif perçu par leur partenaire. Pour conclure, ses résultats informent la littérature de deux façons importantes : 1) le regard conditionnel négatif perçu par un des partenaires a des effets sur son propre ajustement dyadique et sur celui de son partenaire et 2) le stress est un des mécanismes par lequel le regard conditionnel négatif perçu par un des partenaires diminue son propre ajustement dyadique. / This cross-sectional study examined the relationship between perceived conditional negative regard (a behavior that thwarts basic psychological needs), stress, and dyadic adjustment during the transition to parenthood. Primiparous couples (n=137) of 6-months old babies were recruited to fill out an online questionnaire. Structural equation model analysis with an Actor-partner interdependence mediation model were conducted. Results show that for each partner, stress partially mediated the link between perceived conditional negative regard and dyadic adjustment (actor effects). For the partner effects, stress was not a mediator between these variables. However, some partner effects were found: 1) Bearing mothers’ perceived conditional negative regard was associated with partners’ dyadic adjustment, and 2) Partners’ perceived conditional negative regard was associated with bearing mothers’ dyadic adjustment. Overall, the findings shed light on the dyadic influences of conditional negative regard and the mechanisms through which it decreases dyadic adjustment during the transition to parenthood.

Les études de l'atmosphère neutre et ionisée de la terre ont connu un très grand développement dans les deux dernières décades grâce aux progrès des techniques spatiales (mesures in situ) et des moyens de sondage à distance (optique, radars). Pendant cette même période, le sondage de l'ionosphère par la technique de la diffusion incohérente en particulier a amené des progrès considérables dans la mesure des paramètres de l'environnement terrestre. La construction et l'exploitation de plusieurs stations radar dans le monde (ARECIBO à Puerto Rico, CHATANIKA à Alaska,U.S.A., JICAMARCA au Pérou, MILLSTONE HILL à Mass., U.S.A., ST. SANTIN (France), MALVERN (Grande Bretagne) prouvent l'intérêt et l'efficacité de cette technique. Ainsi il a été possible de mesurer de nombreux paramètres ionosphériques, tels que la densité électronique, les températures électroniques et ioniques, la composition ionique, la vitesse ionique et la fréquence des collisions ion-neutres (dans la région E) à plusieurs altitudes de la région E et F pratiquement en même temps (selon le système de mesure). Ces mesures ont permis d'étudier entr'autres la structure thermique, la dynamique et l'électrodynamique de l'atmosphère. Contrairement aux expériences mettant en oeuvre des véhicules spatiaux, le sondeur à diffusion incohérent, siation fixe au sol, permet de suivre les variations temporelles dans une zone de l'ionosphère fixe par rapport à la terre. De plus, avec certains instruments, on peut sonder une zone étendue en longitude et en latitude (ARECIBO, CHATANIKA, MILLSTONE HILL). L'étude de la physique de l'ionosphère et de l'atmosphère neutre à partir des données mesurées par les techniques énumérées ci-dessus, s'effectue suivant des lois physiques qui varient en fonction de la gamme d'altitude étudiée. Dans notre travail nous avons utilisé la technique de la diffusion incohérente appliquée à la raie de plasma pour étudier la distribution du flux d'électrons suprathermiques. Pour les mesures en moyenne latitude, nous avons utilisé la station de ST. SANTIN (France) et en haute latitude le travail a été effectué à CHATANIKA (Alaska).

Le diabète auto-immun résulte de la destruction des cellules bêta pancréatiques sécrétrices d’insuline par les lymphocytes T du système immunitaire. Il s’ensuit une déficience hormonale qui peut être comblée par des injections quotidiennes d’insuline d’origine exogène, toutefois il demeure à ce jour impossible de guérir les patients atteints de la maladie. De façon générale, un système immunitaire sain reconnaît une multitude d’antigènes différents et assure ainsi notre défense à l’égard de différents pathogènes ou encore de cellules tumorales. Il arrive cependant que, pour des raisons génétiques et/ou environnementales, les lymphocytes T puissent s’activer de façon aberrante suite à la reconnaissance d’antigènes provenant du soi. C’est ce bris de tolérance qui mène au développement de pathologies auto-immunes telles que le diabète auto-immun. Afin de limiter l’auto-immunité, des mécanismes de sélection stricts permettent d’éliminer la majorité des lymphocytes T présentant une forte affinité envers des antigènes du soi lors de leur développement dans le thymus. Certains de ces lymphocytes réussissent toutefois à échapper à l’apoptose et migrent en périphérie afin d’y circuler en quête d’un antigène spécifiquement reconnu. Il est alors primordial que des mécanismes périphériques assurent le maintien de la tolérance immunitaire en faisant obstacle à l’activation et à la prolifération des lymphocytes T auto-réactifs. L’une des avenues afin d’inhiber le développement de réponses immunitaires aberrantes est la génération de lymphocytes T régulateurs. Ces cellules, d’origine thymique ou périphérique, peuvent arborer différents phénotypes et agissent via de multiples mécanismes afin d’inactiver et/ou éliminer les cellules impliquées dans l’apparition de pathologies auto-immunes. L’utilisation de modèles murins transgéniques a permis la mise en évidence d’une population peu caractérisée de lymphocytes T au potentiel régulateur. En effet, la proportion de ces cellules T n’exprimant pas les corécepteurs CD4 et CD8 (double négatives, DN) a été inversement corrélée à la prédisposition à l’auto-immunité chez ces ii souris. L’objectif principal de cette thèse est de démontrer la fonction immuno-régulatrice des lymphocytes T DN, tout en investiguant les facteurs génétiques responsables du maintien de cette population cellulaire. Nous avons observé que les lymphocytes T DN exercent une activité cytotoxique à l’égard des lymphocytes B de façon spécifique à l’antigène, via la libération de granules cytolytiques contenant du granzyme B et de la perforine. Par ailleurs, nous avons établi qu’un unique transfert adoptif de ces cellules est suffisant afin d’inhiber le développement du diabète auto-immun chez des hôtes transgéniques prédisposés à la maladie. Le recours à des souris déficientes pour l’expression du gène CD47 a permis de constater que la voie de signalisation CD47-Sirp est essentielle dans le maintien de la proportion des lymphocytes T DN. De plus, le locus murin de prédisposition au diabète auto-immun Idd13, qui contient le gène Sirp, a été identifié pour son rôle dans la régulation de la proportion de ces cellules. Finalement, une analyse génétique a révélé que d’autres intervalles génétiques sont impliqués dans le contrôle de la population des lymphocytes T DN. Parmi ceux-ci, un locus situé en région proximale du chromosome 12 a été validé grâce à la création de souris congéniques. Grâce aux résultats présentés dans cette thèse, notre compréhension de la biologie ainsi que de la régulation des lymphocytes T DN est approfondie. Ces connaissances constituent un pas important vers la création de thérapies cellulaires novatrices permettant de prévenir et de guérir diverses pathologies auto-immunes. / Autoimmune diabetes results from the destruction of the insulin-secreting pancreatic beta cells by the T lymphocytes of the immune system. This leads to a hormonal deficiency that can be regulated with daily injections of exogenous insulin. However, to date, there is no cure for autoimmune diabetes. A healthy immune system generally recognizes a multitude of antigens in order to ensure our defence against different pathogens and tumor cells. Yet, depending on genetic and/or environmental factors, individuals may develop T cells that are aberrantly activated following the recognition of self-antigens. This break in tolerance leads to the development of autoimmune pathologies, such as autoimmune diabetes. In order to limit autoimmunity, rigorous selection mechanisms eliminate the vast majority of the T lymphocytes that present a high affinity for self-antigens during their thymic development. However, some of these auto-reactive lymphocytes escape from the elimination processes and migrate to the periphery where they might encounter a self-antigen. It is then essential that peripheral mechanisms maintain the immune tolerance by abrogating the activation and the proliferation of these self-specific T lymphocytes. One of the means to inhibit aberrant immune responses is the generation of regulatory T lymphocytes. These cells, which can be of thymus or peripheral origin, display various phenotypes and can mediate their action through several mechanisms in order to inactivate and/or eliminate the cells that are implicated in the development of autoimmune diseases. The use of transgenic mouse models made it possible to identify a poorly characterized population of T lymphocytes that exhibit a regulatory potential, namely CD4-CD8- (double negative, DN T cells). Indeed, the proportion of DN T cells in lymphoid organs is inversely correlated to autoimmune predisposition. The main objective of this thesis is to determine the immunoregulatory function of the DN T cells, as well as to reveal the genetic factors underlying the regulation of the proportion of DN T cells. iv We observed that through the release of cytolytic granules containing granzyme B and perforin, DN T lymphocytes exert a cytotoxic activity towards B cells in an antigen-specific manner. In addition, we have established that a single injection of those DN T cells is sufficient to inhibit the development of autoimmune diabetes in highly susceptible transgenic mice. The use of CD47 deficient mice also demonstrated that the CD47-Sirp pathway is essential to maintain DN T cell proportion. Also, we identified that the autoimmune diabetes susceptibility locus Idd13, which contains Sirp participates in defining the proportion of DN T cells. Finally, a genetic analysis revealed that other loci are implicated in the control of the DN T cell population. Among those, the role of a locus situated in the proximal region of chromosome 12 has been validated through to the generation of congenic mice. The results presented in this thesis have allowed us to enhance our understanding of the biology and genetic regulation of DN T lymphocytes. This knowledge constitutes an important step towards the creation of innovative cellular therapies that may prevent and cure a diversity of autoimmune pathologies.

Ce mémoire de maîtrise se penche sur la place du cinéma analogique à l’ère du « tout-numérique », en particulier dans le domaine du cinéma d’avant-garde. Le premier chapitre se consacre, d’un point de vue historique et théorique, sur «l’air du temps cinématographique», c’est-à-dire, sur le statut de la pellicule dans un contexte où l’on assiste à la disparition du format 35mm, tout aussi bien comme support de diffusion dans les salles de cinéma qu’à l’étape du tournage et de la postproduction. Face à une industrie qui tend à rendre obsolète le travail en pellicule, tout en capitalisant sur l’attrait de celle-ci en la reproduisant par le biais de simulacres numériques, il existe des regroupements de cinéastes qui continuent de défendre l’art cinématographique sur support argentique. Ainsi, le deuxième chapitre relève la pluralité des micros-laboratoires cinématographiques qui offrent des formes de résistance à cette domination du numérique. Nous nous intéresserons également, en amont, aux mouvements des coopératives tels que la Film-Maker’s Cooperative de New York et la London Filmmaker’s Coop afin de comprendre le changement de paradigme qui s’est opéré au sein de l’avant-garde cinématographique entre les années 50 et 70. Les mouvements de coopératives cherchaient avant tout une autonomie créative, tandis que les collectifs contemporains dédiés à la pellicule assurent la pérennité d’une pratique en voie de disparition. Finalement, le troisième chapitre propose une étude de cas sur le collectif de cinéastes montréalais Double Négatif. Ce chapitre relate tout aussi bien l’historique du collectif (fondement du groupe lors de leur passage à l’université Concordia), les spécificités qui émanent de leur filmographie (notamment les multiples collaborations musicales) ainsi que leur dévouement pour la diffusion de films sur support pellicule, depuis bientôt dix ans, au sein de la métropole. À l’image de d’autres regroupements similaires ailleurs sur la planète (Process Reversal, l’Abominable, Filmwerplaats pour ne nommer que ceux-là) le collectif Double Négatif montre des voies à suivre pour assurer que le cinéma sur pellicule puisse se décliner au futur. / This master’s thesis reflects upon the place of analogue cinema in the new digital era of film, particularly within the avant-garde. The first chapter explores from a historical and theoretical point of view the current cinematographic trends, i.e., the status of celluloid in the context of its disappearance, whether it is as a projecting medium or at the production and postproduction stage. Facing an industry which encourages the obsolescence of celluloid (but continues to attempt to reproduce its aesthetic through digital means), there exists filmmaking collectives which continue to defend the use of film in their practice. The second chapter reveals the pluralism of cinematographic micro-laboratories which offer a form of resistance to digital domination. In order to understand the paradigm shift which occured during the 1950s and 1970s within the avant-garde we will also examine the cooperatives movement such as the Film-Maker’s Cooperative in New York and the London Filmmaker’s Coop. The cooperatives movement was above all searching for artistic autonomy, whereas comtemporary collectives dedicated to celluloid tend to ensure the preservation of an endangered practice. The third chapter proposes a case study on the Montreal film-collective Double Negative. This chapter relates the history of the collective (creation of the group during their studies at Concordia University), the specificities of their filmography (particularly their musical collaborations) as well as their devotion to the diffusion and projection of films on celluloid. Like other similar groups (Process Reversal, l’Abominable, Filmwerplaats, to name a few) the Double Negative collective paves the way to ensure the survival of the celluloid medium in cinema.

La mammite subclinique est un problème de santé fréquent et coûteux. Les infections intra-mammaires (IIM) sont souvent détectées à l’aide de mesures du comptage des cellules somatiques (CCS). La culture bactériologique du lait est cependant requise afin d’identifier le pathogène en cause. À cause de cette difficulté, pratiquement toutes les recherches sur la mammite subclinique ont été centrées sur la prévalence d’IIM et les facteurs de risque pour l’incidence ou l’élimination des IIM sont peu connus. L’objectif principal de cette thèse était d’identifier les facteurs de risque modifiables associés à l’incidence, l’élimination et la prévalence d’IIM d’importance dans les troupeaux laitiers Canadiens. En premier lieu, une revue systématique de la littérature sur les associations entre pratiques utilisées à la ferme et CCS a été réalisée. Les pratiques de gestion constamment associées au CCS ont été identifiées et différentiées de celles faisant l’objet de rapports anecdotiques. Par la suite, un questionnaire bilingue a été développé, validé, et utilisé afin de mesurer les pratiques de gestion d’un échantillon de 90 troupeaux laitiers canadiens. Afin de valider l’outil, des mesures de répétabilité et de validité des items composant le questionnaire ont été analysées et une évaluation de l’équivalence des versions anglaise et française a été réalisée. Ces analyses ont permis d’identifier des items problématiques qui ont du être recatégorisés, lorsque possible, ou exclus des analyses subséquentes pour assurer une certaine qualité des données. La plupart des troupeaux étudiés utilisaient déjà la désinfection post-traite des trayons et le traitement universel des vaches au tarissement, mais beaucoup des pratiques recommandées n’étaient que peu utilisées. Ensuite, les facteurs de risque modifiables associés à l’incidence, à l’élimination et à la prévalence d’IIM à Staphylococcus aureus ont été investigués de manière longitudinale sur les 90 troupeaux sélectionnés. L’incidence d’IIM semblait être un déterminant plus important de la prévalence d’IIM du troupeau comparativement à l’élimination des IIM. Le port de gants durant la traite, la désinfection pré-traite des trayons, de même qu’une condition adéquate des bouts de trayons démontraient des associations désirables avec les différentes mesures d’IIM. Ces résultats viennent souligner l’importance des procédures de traite pour l’obtention d’une réduction à long-terme de la prévalence d’IIM. Finalement, les facteurs de risque modifiables associés à l’incidence, à l’élimination et à la prévalence d’IIM à staphylocoques coagulase-négatif (SCN) ont été étudiés de manière similaire. Cependant, afin de prendre en considération les limitations de la culture bactériologique du lait pour l’identification des IIM causées par ce groupe de pathogènes, une approche semi-Bayesienne à l’aide de modèles de variable à classe latente a été utilisée. Les estimés non-ajusté de l’incidence, de l’élimination, de la prévalence et des associations avec les expositions apparaissaient tous considérablement biaisés par les imperfections de la procédure diagnostique. Ce biais était en général vers la valeur nulle. Encore une fois, l’incidence d’IIM était le principal déterminant de la prévalence d’IIM des troupeaux. Les litières de sable et de produits du bois, de même que l’accès au pâturage étaient associés à une incidence et une prévalence plus basse de SCN. / Subclinical mastitis is a very frequent and costly health issue that can be detected using somatic cell count (SCC) measurements, but requires the use of milk bacteriological culture for identification of the causal pathogen. Because of this latter difficulty, nearly all subclinical mastitis research has focused on prevalent intramammary infections (IMI) and less is known on risk factors for IMI incidence or elimination. The main objective of this thesis was to identify the manageable risk factors associated with the incidence, elimination, and prevalence of IMI of importance in Canadian dairy herds. First, a systematic review of the literature on the associations between management practices used on farms and SCC was carried out. Management practices consistently associated with SCC were identified and differentiated from other practices for which anecdotic reports were available. Then, a bilingual questionnaire was developed, validated, and employed to measure the practices used on a sample of 90 Canadian dairy herds. To validate this tool, measures of repeatability and of validity of the questionnaire’s items were analyzed and an evaluation of the equivalence of the English and French versions was conducted. These analyses indicated that the questionnaire was, in general, acceptable, but also pinpointed some problematic items. These items were recategorized when possible or otherwise excluded from subsequent analyses to ensure good data quality. Most of the herds studied were already using post-milking teat disinfection and blanket dry cow therapy. Many other frequently recommended practices were not widely adopted. Next, manageable risk factors associated with Staphylococcus aureus IMI incidence, elimination, and prevalence were investigated on the 90 selected herds in a longitudinal fashion. The S. aureus IMI incidence appeared to be a stronger determinant of the herd prevalence than the elimination rate. Among other practices, wearing gloves during milking, using pre-milking teat disinfection, and having an adequate teat end condition showed desirable associations with the outcomes. These results highlight the importance of good milking practices to achieve a long-term reduction of S. aureus IMI prevalence. Finally, manageable risk factors associated with coagulase-negative staphylococci (CNS) IMI incidence, elimination, and prevalence were investigated in a similar manner. Because of the greater limitations of milk bacteriological culture to identify IMI caused by this group of pathogens, a semi-Bayesian latent class model approach was used. Sensitivity and specificity estimates from an internal validation study were used to link the observed IMI milk culture result to the latent true quarter IMI status. Non-adjusted estimates of IMI incidence, elimination, prevalence, and of associations with expositions appeared to be considerably biased by the diagnostic procedure’s imperfections. Most often, estimates were biased toward the null value. Again, IMI incidence was the main determinant of the herd IMI prevalence. Sand and wood products bedding were associated with lower CNS incidence and prevalence. Sending cows to pasture was also associated with lower CNS IMI incidence and prevalence.