O Experimento foi realizado com o objetivo de avaliar a substituição parcial e total de plasma bovino por levedura hidrolisada na dieta de leitões desmamados no período de 21 a 47 dias de idade. Foram utilizados 1600 leitões da linhagem PIC, distribuídos em blocos ao acaso, com quatro tratamentos. As dietas foram divididas em quatro fases (pré-inicial I 22 a 28 dias; pré-inicial II 29 a 35 dias; inicial I - 36 a 47 dias e inicial II 48 a 63 dias). A inclusão percentual, Plasma: Levedura, nas dietas foi: T1 (6:0; 4:0; 2:0 e 0:0); T2 (3: 4; 2: 3; 1: 2 e 0: 0); T3 (1,5: 6; 1: 4,5; 0,5: 3 e 0: 0) e T4 (0: 8; 0: 6; 0: 4 e 0: 0). Cada tratamento teve 10 repetições (cinco de machos e cinco de fêmeas) totalizando 40 unidades experimentais com 40 animais cada. As variáveis zootécnicas avaliadas durante o período experimental foram: consumo de ração, ganho de peso, e conversão alimentar. Foram tomadas amostras de sangue de 5 animais por tratamento no dia de início do experimento, e de 10 animais por tratamento 25 dias depois. Foram quantificadas a IgA e a IgG. Os dados obtidos foram submetidos a análise de variância ANOVA, utilizando-se o teste Tukey para comparação das médias ao nível de significância de 5% utilizando o pacote estatístico SAS. Não houve diferença estatística nas quantidades de Ig A e Ig G circulante, nem na variação destas imunoglobulinas no tempo, entre os tratamentos. Considerando a análise dos dados conclui-se que nas condições estudadas, a utilização da relação percentual de (1,5: 6; 1: 4,5; 0,5: 3 e 0: 0) de plasma: levedura hidrolisada resultou um maior consumo de ração e ganho de peso dos animais, em comparação às outras proporções, e consequentemente podendo trazer um maior lucro para o produtor / The experiment was performed with the objective of evaluating the partial and complete substitution of bovine plasma for hydrolyzed yeast in the diet of weaned piglets from 21 to 47 days old. 1600 piglets of PIC lineage were used and randomly distributed in blocks where they received four treatments. Their diets were divided into four phases (pre-initial I: 22 to 28 days; pre-initial II- 29 to 35 days; initial I- 36 to 47 days and initial II-48 to 63 days). The percentage inclusion Plasma:Yeast in the diets were: T1 (6:0; 4:0; 2:0 and 0:0); T2 (3: 4; 2: 3; 1: 2 and 0: 0); T3 (1.5: 6; 1: 4.5; 0.5: 3 and 0: 0) and T4 (0: 8; 0: 6; 0: 4 and 0: 0). Each treatment had 10 repetitions (five times with the males and five times with the females), totaling 40 experimental units with 40 animals each. Husbandry variables evaluated during the trial period were: feed intake, body weight gain and feed conversion. Blood samples of 5 animals per treatment were taken at the beginning of the experiment day, and 10 animals per treatment 25 days later. IgA and IgG were quantified. The data obtained were analyzed by ANOVA analysis of variance, using the Tukey test to compare means at the 5% significance level, using the statistical package SAS. There was no statistical difference in the quantities of Ig A and Ig G circulating, or the variation of these immunoglobulins in the time, between treatments. Considering the analysis of the data it was concluded that the conditions studied, the percentage utilization ratio of (1.5: 6; 1: 4.5: 0.5: 3 and 0: 0) plasma: hydrolyzed yeast resulted in a higher feed intake and weight gain of animals compared to other proportions, and consequently can bring higher profits to the producer

Existe atualmente uma restrição muito forte ao uso de antibióticos como promotores de crescimento na alimentação avícola, uma vez que tais produtos passaram a ser vistos como fatores de risco para a saúde humana. Estudos com produtos alternativos tornaram-se necessários e, neste sentido, as leveduras vem sendo exploradas, principalmente, seu conteúdo celular. Dessa forma, o presente estudo teve como objetivo avaliar o uso de levedura hidrolisada, fonte de nucleotídeos, sobre o desempenho e imunidade de frangos de corte, suplementados no período de 1 a 14 dias de idade. Foram utilizados 576 pintos de corte, machos, linhagem Ross 308, criados até 42 dias de idade sobre cama reutilizada. O delineamento foi inteiramente casualizado com 6 tratamentos: controle negativo (sem suplementação); controle positivo (com antibiótico) e diferentes níveis de adição de levedura hidrolisada (0,25%; 0,50%; 0,75% e 1,00%), sendo 8 repetições/tratamento. Considerando-se o período total de criação, foram observados efeitos significativos para os parâmetros de ganho de peso (GP) e conversão alimentar (CA). Por sua vez, o parâmetro de consumo de ração (CR) não apresentou efeitos significativos entre os tratamentos. Com relação à imunidade, a suplementação com levedura hidrolisada apresentou efeito sobre a resposta a vacinação contra a doença de Newcastle, produção de água oxigenada, óxido nítrico e influenciou também no peso relativo dos órgãos linfóides, com destaque para o nível 0,75% de suplementação. Diante dos resultados obtidos no presente estudo, pode-se concluir que a levedura hidrolisada, suplementada durante o período de 1 a 14 dias de idade, promove efeitos significativos no desempenho durante todo o período de criação e também influencia na imunidade das aves. / There is currently a strong restriction on the usage of antibiotics as growth promoters in broiler feed, since such products were seen as risk factors for human health. Research with alternative products has became necessary, and the yeast has been exploited, particularly its cellular content. Thus, this experiment was aimed at evaluating the use of hydrolyzed yeast, source of nucleotides on performance and immunity of broiler chickens supplemented during the period of 1 to 14 days old. A total of 576 male chicks, Ross 308 were raised up to 42 days old, on reused litter. The design was completely randomized with six treatments: negative control (no supplementation), positive control (with antibiotic) and different levels of hydrolyzed yeast (0.25%; 0.50%; 0.75% e 1.00%), with 8 replicates per treatment. Considering the whole breeding period, significant effects were observed for parameters of weight gain (WG) and feed conversion (FC). However, the parameter of feed consumption (FC) had no significant effect among the treatments. Regarding to immunity, the hydrolyzed yeast supplementation had an effect on the response to vaccination against Newcastle disease, production of hydrogen peroxide, nitric oxide and also influenced the relative weight of lymphoid organs, especially the 0.75% level of supplementation. With the results obtained in this experiment it is possible to conclude that the hydrolyzed yeast supplementation, during the period of 1 to 14 days old, promotes a significant effect on performance throughout the whole rearing period and also influences the immunity of the broiler chicks.

Orientador: Dirlei Antonio Berto / Coorientador: Fabiana Ribeiro Caldara / Banca: Marcos Lívio Panhoza Tse / Banca: Luciano Hauschild / Resumo: Os objetivos desta pesquisa foram avaliar os efeitos da utilização de nucleotídeos (NU) e ácido glutâmico (AG) na dieta de leitões sobre o desempenho e perfil de lipídeos plasmáticos (colesterol total - CT, triglicérides - TRI, HDL colesterol e LDL+VLDL colesterol) (experimento I) e turnover do 13C na mucosa do duodeno e jejuno (meia-vida do 13C) (experimento II). Em ambos os experimentos foi utilizado delineamento experimental de blocos ao acaso, com esquema fatorial 2x2 dos tratamentos, sendo dois níveis de NU (0 e 0,1%) e dois níveis de AG (0 e 1%), com sete repetições e três animais por parcela. O primeiro experimento teve duração de 35 dias e foram utilizados 84 leitões desmamados aos 21 dias de idade e com peso médio inicial de 6,54±0,70kg. No segundo experimento, nos dias 3, 6, 9, 14, 21, 34 e 49 após o desmame, foram abatidos três leitões por tratamento e no dia do desmame (dia zero) foram abatidos três leitões, totalizando 87 animais com peso inicial de 6,28±0,13kg. Não houve interação dos fatores nas variáveis analisadas e nem efeitos de NU e do AG no consumo diário de ração, ganho diário de peso, CT, HDL colesterol, TRI, LDL + VLDL colesterol e no turnover do 13C na mucosa intestinal. O uso de NU na dieta piorou (P≤0,05) a conversão alimentar no período de 0 a 27 dias, mas esta variável não foi influenciada no período total de experimento (0 a 35 dias). Ocorreu redução (P<0,0001) na concentração plasmática de todas as variáveis estudadas aos 56 dias em relação aos 21 dias de idade e na mucosa do jejuno a meia-vida do 13C foi maior nos leitões mais leves (P≤0,05). Conclui-se, portanto, que a adição de NU e AG nas dietas não interferem no desempenho, no perfil lipídico plasmático e no turnover do 13C na mucosa do duodeno e jejuno de leitões recém-desmamados no período total de creche / Abstract: The objectives of this research were to evaluate the effects of nucleotides (NU) and glutamic acid (AG) in the diet of pigs on performance and plasma lipid profile (total cholesterol - CT, triglycerides - TRI, HDL cholesterol and LDL + VLDL cholesterol ) (experiment I) and turnover of 13C in duodenal and jejunum mucosa (13C half-life) (experiment II). In both experiments we used experimental design of randomized blocks, with 2x2 factorial treatments, with two levels of NU (0 and 0.1%) and two levels of AG (0 and 1%), each treatament had seven replicated and three pigs per pen. The first experiment lasted 35 days and were used 84 piglets weaned at 21 days of age and average initial weight of 6.54 ± 0,70kg. In the second experiment, on days 3, 6, 9, 14, 21, 34 and 49 after weaning, were slaughtered three pigs per treatment and the day of weaning (day zero) were slaughtered three piglets, totaling 87 animals with initial weight 6.28 ± 0,13kg. There was no interaction of factors in the analyzed variables and not effects of NU and AG in daily feed intake, daily weight gain, CT, HDL cholesterol, TRI, LDL + VLDL cholesterol and 13C turnover in the intestinal mucosa. The use of NU in the diet has worsened (p≤0.05) feed conversion in the period 0-27 days, but this variable was not affected in the total period (0-35 days). We observed a decrease (P<0.0001) in plasma concentration of all variables after 56 days compared to 21 days of age and in the jejunal mucosa the 13C half-life was higher in lighter piglets (p≤0.05). It can be concluded therefore that the addition of AG and NU in the diets did not affect performance, the plasma lipid profile and 13C turnover in the duodenum and jejunum mucosa of weaned piglets in total nursery period / Mestre

Made available in DSpace on 2013-08-07T18:41:54Z (GMT). No. of bitstreams: 1 000426503-Texto+Completo-0.pdf: 1716586 bytes, checksum: 85d4033429c9874555c7283407951928 (MD5) Previous issue date: 2010 / Tuberculosis (TB) remains a leading infectious killer worldwide and its causative agent, Mycobacterium tuberculosis, infects one third of the world population. The HIV co-infection and the emergence of multidrug and extensivelyresistant TB have provided a very alarming challenge to global health and led us to focus on the research for new and more effective therapeutics against the disease. Pyrimidine nucleotides are essential for many biochemical reactions and its synthesis constitutes an important step in the progression of TB. Therefore, the protein UMP kinase from M. tuberculosis (MtUMPK), which catalyses the phosphorylation of UMP to UDP and does not resemble its eukaryotic counterparts, is a promising target for the rational antitubercular drug design. In the present work, we report cloning of the pyrH gene coding region, heterologous recombinant protein in E. coli and purification to homogeneity. Moreover, we confirmed MtUMPK identity and its biological activity. Size exclusion chromatography showed that the protein is a tetramer in solution and kinetic studies revealed an allosteric behavior, suggesting that MtUMPK participates in the regulation of purine versus pyrimidine biosynthesis. Isothermal titration calorimetry (ITC) experiments showed that catalysis proceeds by a sequential ordered mechanism, in which the UMP substrate binds to the enzyme after the addition of ATP molecule, followed by a random displacement of ADP and UDP products. / A Tuberculose (TB), causada pelo Mycobacterium tuberculosis, permanece entre as principais causas de morte por doenças infecto-contagiosas no mundo e estima-se que um terço da população mundial esteja infectada. A co-infecção com o HIV e a emergência de TB resistente a múltiplas drogas representam um desafio a saúde pública e tem estimulado a pesquisa por novos e mais efetivos agentes terapêuticos contra a doença. Os nucleotídeos pirimidínicos são moléculas essenciais em inúmeras reações bioquímicas e suas rotas de biossíntese são indispensáveis a progressão da TB. Nesse contexto, a proteína UMP quinase de M. tuberculosis (MtUMPK), que catalisa a fosforilação de UMP a UDP, é um alvo promissor para o desenho racional de drogas anti-TB. Neste trabalho é reportado a clonagem da região codificante do gene pyrH, a expressão da proteína recombinante em E. coli e a purificação da enzima. Além disso, confirmaram-se a identidade e a atividade biológica da MtUMPK. Cromatografia de exclusão por tamanho indicou que a proteína é um tetrâmero em solução e estudos cinéticos revelam um comportamento alostérico, sugerindo que a MtUMPK participa na regulação de síntese de purinas versus pirimidinas. Experimentos através da técnica de calorimetria de titulação isotérmica (ITC) revelaram que o mecanismo cinético para os substratos é sequencial ordenado, onde a molécula de ATP liga-se na enzima livre, seguido da ligação do UMP, e que a liberação dos produtos ADP e UDP ocorre de forma aleatória.

O vírus da imunodeficiência felina (FIV) e o vírus da leucemia felina (FeLV), pertencem à família Retroviridae, são amplamente distribuídos e induzem um efeito imunossupressor significativo em gatos domésticos (Felis catus) infectados. Proteínas que apresentam atividade contra os retrovírus são conservadas entre mamíferos e são denominadas de fatores de restrição. As citidinas deaminases da família de genes APOBEC3 são a classe mais estudada de fatores de restrição e o gene APOBEC3H (A3H) codifica duas proteínas (APOBEC3H e APOBEC3CH). Essas proteínas de felinos são os principais responsáveis pela restrição de FIV e FeLV, o que ocorre por meio de hipermutações geradas nos provírus durante a transcrição reversa. Alterações na sequência desse gene podem alterar a estabilidade e a localização celular de proteínas APOBEC3H em mamíferos. Considerando a importância do gene A3H em gatos, a investigação de sua variabilidade é relevante. Cinquenta amostras de DNA de gatos FIV e/ou FeLV positivos e cinquenta e nove amostras de gatos negativos para ambos os vírus foram usadas para amplificar duas regiões diferentes do gene, com posterior seqüunciamento e análise comparativa das sequencias. A primeira região investigada demonstrou-se conservada entre todas as amostras. Na segunda, foi possível identificar seis pontos de variação de nucleotídeos únicos, e um deles, o A65S (A65I) foi significativamente correlacionado com a suscetibilidade à infecção por FIV e/ou FeLV. Por outro lado, a análise de haplótipos mostrou que a combinação "GGGGCC " foi significativamente correlacionada com a ausência de infecção retroviral, talvez indicando um efeito protetor. Considerando que um polimorfismo na posição 65 já foi encontrado no Tigre da Indochina e dada a correlação encontrada nesta pesquisa, mais estudos sobre o efeito desses polimorfismos na atividade de fatores de restrição codificados pelo gene A3H devem ser realizados. Da mesma forma, investigações a respeito dos efeitos da combinação "GGGGCC" devem ser realizadas de modo à corroborar um possível efeito protetor sugerido no presente trabalho. / The Feline Immunodeficiency Virus (FIV) and the Feline Leukemia Virus (FeLV) belong to the Retroviridae family, are widely distributed and induce a significant immunosuppressive effect in infected domestic cats (Felis catus). Proteins with activity against retroviruses are conserved between mammals and determined as restriction factors. Cytidine deaminases of the APOBEC3 gene family are the most studied class of restriction factors and the APOBEC3H gene encodes two proteins (APOBEC3H and APOBEC3CH) that are the most responsible for this restriction among cats, through hypermutations in provirus DNA during reverse transcription. Changes on the gene sequence can alter the stability and cellular localization of homologous proteins to APOBEC3H in mammals. Considering the importance of APOBEC3H gene in cats, the investigation of its variability is relevant. Fifty DNA samples of cats FIV and/or FeLV positives and fifty-nine of negative cats to both viruses were used as template to amplify two different regions of the gene, with subsequent sequencing and analysis. The first investigated region was conserved among all samples. On the second one it was possible to identify six single nucleotide variation points, and of them, the A65S (A65I) was significantly correlated with the susceptibility to FIV and/or FeLV infection. On the other hand, the haplotype analysis showed that the combination “GGGGCC” was significantly correlated with the lack of retroviral infection, maybe indicating a protective effect. Whereas a polymorphism at position 65 have been found in Indochinese Tiger and given the correlation found in this research, more studies about the effect on the activity of restriction factors encoded by the A3H gene should be performed. Similarly, research about the effects of the combination “GGGGCC” should be carried so that we can confirm a possible protective effect shown in this work.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:02Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-02-20Bitstream added on 2014-06-13T19:33:13Z : No. of bitstreams: 1 000749021.pdf: 7313633 bytes, checksum: dc4dc6a1a08c8f19e48f5fd99e1e3305 (MD5) / Complexos de espécies crípticas são grupos de espécies estreitamente relacionadas, dificilmente distinguíveis por características morfológicas. Estes complexos são conhecidos em uma significativa variedade de organismos, principalmente plantas, insetos, fungos e peixes. Em peixes, complexos de espécies já foram identificados para representantes de diferentes ordens, como Characiformes, Gymnotiformes e Synbranchiformes. No presente estudo, foram analisadas amostras de S. marmoratus coletadas em oito localidades brasileiras distintas com o uso de técnicas citogenéticas clássicas (coloração convencional com Giemsa, localização das regiões organizadoras de nucléolo pela marcação com nitrato de Prata – AgNO3 e bandamento C) e moleculares (hibridação in situ fluorescente com sondas de DNAr 5S e 18S, DNAhis H3, elemento transponível Rex3 e sondas teloméricas). Além disso, análises moleculares foram realizadas utilizando dados de sequências de três genes mitocondriais (Citocromo B - CytB, Citocromo oxidase 1 - COI e DNAr 16S) de indivíduos com cariótipo conhecido. Considerando as amostras analisadas, números diploides distintos foram encontrados (42, 44 e 46 cromossomos) que, combinados com as fórmulas cariotípicas, resultam na distinção de cinco cariomorfos em S. marmoratus. A análise filogenética realizada confirma o status de complexo de espécies e revela que eventos múltiplos, possivelmente bidirecionais, seriam responsáveis pelo surgimento da variabilidade cariotípica neste grupo. O mapeamento físico do DNAr 5S revela que estes sítios se mantiveram conservados durante a história evolutiva de Synbranchus, enquanto que, de forma oposta, os sítios para DNAr 18S estão distribuídos de maneira polimórfica, com variações intrapopulacionais significativas, indicando que mecanismos evolutivos distintos estão agindo sobre a dispersão destas sequências. O mapeamento de... / Cryptic species complex are groups of species straightly related but hardly distinguished by morphological traits. These complexes are known to occur in a great variety of organisms, mainly plants, insects, yeasts and also fishes. Considering the fish group, species complex had already been identified in representatives from different orders, such as Characiformes, Gymnotiformes e Synbranchiformes. In the present study, samples of S. marmoratus collected at eight different Brazilian sites were analyzed, using classical cytogenetic techniques (conventional staining with Giemsa, localization of nucleolar organizer regions with Silver nitrate staining - AgNO3 and C-banding) and molecular (Fluorescence in situ hybridization with 5S and 18S rDNA, H3 DNAhis, transposable element Rex3 and telomeric probes). Besides that, molecular analyses were carried out using sequence data from three mitochondrial genes (Cytochrome B – CytB, Cytochrome oxidase 1 – COI and 16S) obtained for each individual with known karyotype. Considering the analyzed samples, distinct diploid numbers were found (42, 44 and 46 chromosomes) and, associated with karyotype formulae, resulted in the distinction of five karyomorphs in S. marmoratus. The phylogenetic analyses confirmed the status of a species complex and revealed that multiple and, possibly bidirectional events were responsible the karyotypic variability found in this group. The physical mapping of 5S rDNA reveals that these sites kept conserved during the evolutionary history of Synbranchus, contrary to 18S rDNA sites which are distributed in a polymorphic way, with sigficant intrapopulational variability, indicating that distinct evolutionary mechanisms may be acting upon the dispersion of these sequences. The mapping of H3 hisDNA revealed a dispersed pattern of distribution of these sites on the genome of all karyomorphs, frequently found as little clusters accumulated ...

Made available in DSpace on 2015-05-14T16:53:11Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-02-11Bitstream added on 2015-05-14T16:59:17Z : No. of bitstreams: 1 000817853.pdf: 598063 bytes, checksum: acf178d90222a37997b7fb5f7129bec3 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Os objetivos desta pesquisa foram avaliar os efeitos da utilização de nucleotídeos (NU) e ácido glutâmico (AG) na dieta de leitões sobre o desempenho e perfil de lipídeos plasmáticos (colesterol total - CT, triglicérides - TRI, HDL colesterol e LDL+VLDL colesterol) (experimento I) e turnover do 13C na mucosa do duodeno e jejuno (meia-vida do 13C) (experimento II). Em ambos os experimentos foi utilizado delineamento experimental de blocos ao acaso, com esquema fatorial 2x2 dos tratamentos, sendo dois níveis de NU (0 e 0,1%) e dois níveis de AG (0 e 1%), com sete repetições e três animais por parcela. O primeiro experimento teve duração de 35 dias e foram utilizados 84 leitões desmamados aos 21 dias de idade e com peso médio inicial de 6,54±0,70kg. No segundo experimento, nos dias 3, 6, 9, 14, 21, 34 e 49 após o desmame, foram abatidos três leitões por tratamento e no dia do desmame (dia zero) foram abatidos três leitões, totalizando 87 animais com peso inicial de 6,28±0,13kg. Não houve interação dos fatores nas variáveis analisadas e nem efeitos de NU e do AG no consumo diário de ração, ganho diário de peso, CT, HDL colesterol, TRI, LDL + VLDL colesterol e no turnover do 13C na mucosa intestinal. O uso de NU na dieta piorou (P≤0,05) a conversão alimentar no período de 0 a 27 dias, mas esta variável não foi influenciada no período total de experimento (0 a 35 dias). Ocorreu redução (P<0,0001) na concentração plasmática de todas as variáveis estudadas aos 56 dias em relação aos 21 dias de idade e na mucosa do jejuno a meia-vida do 13C foi maior nos leitões mais leves (P≤0,05). Conclui-se, portanto, que a adição de NU e AG nas dietas não interferem no desempenho, no perfil lipídico plasmático e no turnover do 13C na mucosa do duodeno e jejuno de leitões recém-desmamados no período total de creche / The objectives of this research were to evaluate the effects of nucleotides (NU) and glutamic acid (AG) in the diet of pigs on performance and plasma lipid profile (total cholesterol - CT, triglycerides - TRI, HDL cholesterol and LDL + VLDL cholesterol ) (experiment I) and turnover of 13C in duodenal and jejunum mucosa (13C half-life) (experiment II). In both experiments we used experimental design of randomized blocks, with 2x2 factorial treatments, with two levels of NU (0 and 0.1%) and two levels of AG (0 and 1%), each treatament had seven replicated and three pigs per pen. The first experiment lasted 35 days and were used 84 piglets weaned at 21 days of age and average initial weight of 6.54 ± 0,70kg. In the second experiment, on days 3, 6, 9, 14, 21, 34 and 49 after weaning, were slaughtered three pigs per treatment and the day of weaning (day zero) were slaughtered three piglets, totaling 87 animals with initial weight 6.28 ± 0,13kg. There was no interaction of factors in the analyzed variables and not effects of NU and AG in daily feed intake, daily weight gain, CT, HDL cholesterol, TRI, LDL + VLDL cholesterol and 13C turnover in the intestinal mucosa. The use of NU in the diet has worsened (p≤0.05) feed conversion in the period 0-27 days, but this variable was not affected in the total period (0-35 days). We observed a decrease (P<0.0001) in plasma concentration of all variables after 56 days compared to 21 days of age and in the jejunal mucosa the 13C half-life was higher in lighter piglets (p≤0.05). It can be concluded therefore that the addition of AG and NU in the diets did not affect performance, the plasma lipid profile and 13C turnover in the duodenum and jejunum mucosa of weaned piglets in total nursery period

Made available in DSpace on 2015-06-17T19:34:21Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-02-27. Added 1 bitstream(s) on 2015-06-18T12:48:59Z : No. of bitstreams: 1 000834512.pdf: 473043 bytes, checksum: 44d24e6dcb2fb5220f4b7b5945c123fe (MD5) / CNVs (copy number variation - variação no número de cópias) são segmentos de DNA de tamanho igual ou maior a 1 Kb e estão presentes em número variável de cópias em comparação com um genoma referência e podem estar associadas com a expressão gênica e variâncias fenotípicas. Assim, esse trabalho teve como objetivo identificar regiões com variações no número de cópias nos segmentos de DNA em um total de 366 indivíduos de 5 raças bovinas autóctones de corte espanholas, distribuídos em 25 famílias formadas por pai-mãe-progênie, denominados trios. Os animais pertencentes às raças Asturiana de los Valles (75 indivíduos, 25 trios), Avileña-Negra Ibérica (74 indivíduos, 24 trios completos, um trio com pai repetido), Morucha (Mo, 75 indivíduos, 25 trios), Pirenaica (74 indivíduos, 24 trios completos, um trio com pai repetido) e Retinta (68 indivíduos, 18 trios completos, 7 trios com pais repetidos) foram genotipados com o painel Illumina BovineHD Beadchip de 777K A identificação das CNVs foi realizada por meio do modelo das cadeias ocultas de Markov implementado no software PennCNV. As regiões de CNV (copy number variation region - CNVR) foram determinadas pela sobreposição de agrupamentos das CNVs identificados em diferentes animais. Genes candidatos localizados nas CNVR encontradas foram investigados por meio de análises nas plataformas NCBI e Ensembl. Foram detectadas 8061 CNVs, sendo 2852 cópias e 5592 deleções e 1293 regiões, sendo 876 deleções e 314 cópias, cobrindo 3,6% do genoma autossômico bovino. Foram encontrados dentro dessas regiões 1.263 genes, com alguns deles fazendo parte de processos biológicos como crescimento e sistema imune. Encontrou-se um grande número de CNVs sendo compartilhadas entre as raças Asturiana de los Valles e Morucha, o que sugere proximidade entre essas raças durante seu... / Copy number variation (CNV) are DNA segments that are present at variable copy number compared to a reference genome. Classes of CNVs include insertions, deletions, duplications and inversions. CNVs can be associated with gene expression and phenotypic variation, providing genetic variability among individuals and, thus, are an important tool to production and healthy traits selection. The goal of this study was to identify regions with copy number variation in a total of 366 individuals from 5 autochthonous Spanish breeds of beef cattle, distributed into 25 families for breed, composed of sire-dam-offspring, called trios. The animals belonged to Asturiana de los Valles (75 individuals, 25 trios), Avileña-Negra Ibérica (74 individuals, 24 complete trios, one sire-repeated trio), Morucha (Mo, 75 individuals, 25 trios), Pirenaica (74 individuals, 24 24 complete trios, one sire-repeated trio) e Retinta (68 individuals, 18 complete trios, 7 sire-repeated trios) and were genotyped with the Illumina BovineHD Beadchip. The PennCNV software performed the CNVs identification. The CNV regions (CNVR) were determined by the overlapping of the CNVs. Candidates genes placed within the found CNVRs were investigated by analysis into the NCBI and Ensembl data platform. It has been detected a total of 8,061 CNV, which 2852 are gain and 5592 are loss of a DNA segment. A great amount of sharing CNVs between Asturiana de los Valles and Morucha breeds had been observed, which suggests a proximity during their formation process. We found also 1,293 regions of CNVs, spanning 3.6% of the autosomal bovine genome and 1,263 genes were present within these regions, and were involved in biological processes such as growth and immune system

Made available in DSpace on 2015-03-03T11:52:25Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-09-11Bitstream added on 2015-03-03T12:07:17Z : No. of bitstreams: 1 000811067.pdf: 431259 bytes, checksum: 206c446cb69b7b8e503762b00534df55 (MD5) / O objetivo desta pesquisa foi identificar, por meio da utilização e análise de painéis de genotipagem de SNPs de alta densidade e da aplicação das estatísticas homozigose relativa do haplótipo estendido (REHH), uma extensão da análise EHH, e índice de fixação (FST), regiões do genoma selecionadas na linhagem de trabalho da raça Quarto de Milha de forma divergente em relação à de corrida. Foram utilizados 188 cavalos de ambos os sexos, nascidos entre 1985 e 2009, registrados na Associação Brasileira de Criadores de Cavalo Quarto de Milha (ABQM), sendo 68 da linhagem de trabalho e 120 da de corrida. A partir de 36 regiões do genoma, consideradas assinaturas de seleção por ambas as estatísticas utilizadas, foi feita a anotação funcional de genes a fim de identificar aqueles que possam ter sido importantes ao longo do processo de formação da linhagem de trabalho. Quarenta e cinco genes foram identificados em processos biológicos relacionados aos sistemas muscular, esquelético, cardiovascular, respiratório e nervoso, neurotransmissão, metabolismo energético muscular, atividade motora, visão, audição, e função cognitiva. Os genes relacionados aos últimos quatro processos, merecem destaque pelo fato de que, em confluência, podem estar relacionados ao cow sense ou habilidade de apartação, característica de grande importância para a utilização do equino no manejo de bovinos de corte / The objective of this study was to identify genomic regions selected in cutting line of Quarter Horses divergently in relation to racing line using high-density SNP genotyping arrays and the relative extended haplotype homozygosity (REHH) test, an extension of EHH analysis, and the fixation index (FST) as statistical methods. A total of 188 horses of both sexes, born between 1985 and 2009 and registered with the Brazilian Association of Quarter Horse Breeders (ABQM), were used. Of these, 68 horses were from the cutting line and 120 from the racing line. On the basis of 36 genomic regions classified as selection signatures by the two statistical methods, functional annotation of genes was performed in order to identify those that might have been important during formation of the cutting line. Forty-five genes were found to be involved in biological processes related to the muscle, skeletal, cardiovascular, respiratory and nervous systems, neurotransmission, muscle energy metabolism, motor activity, vision, hearing, and cognitive function. The genes related to the last four processes are particularly interesting because these genes together may be involved in cow sense or cutting ability, an important characteristic for the management of beef cattle

Made available in DSpace on 2015-03-03T11:52:26Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-06-26Bitstream added on 2015-03-03T12:07:14Z : No. of bitstreams: 1 000811079.pdf: 653843 bytes, checksum: 1a6121bfd564e4f78371a2dd8f5accf0 (MD5) / Caracterizada por sua grande versatilidade em várias modalidades equestres, a raça Quarto de Milha se destaca mundialmente, representando 52% de toda população equina no mundo. Dentro da raça há subdivisão em diferentes segmentos de aptidão, provenientes de distintos objetivos de seleção, consideradas linhagens, entre elas corrida e trabalho. Objetivou-se com este estudo avaliar as diferenças morfológicas e genômicas que ocorrem entre as linhagens de corrida e trabalho como resultado da seleção para diferentes objetivos, a identificação de regiões genômicas que tenham sido alteradas pela seleção na formação da linhagem de corrida em relação à linhagem de trabalho e realizar dois estudos, independentes, de associação ampla do genoma (GWAS) para identificar regiões cromossômicas e genes candidatos posicionais associados com características de desempenho na linhagem de corrida e com características morfométricas na raça como um todo. Para as análises foram utilizados 120 animais de corrida e 64 animais de trabalho de ambos os sexos registrados na Associação Brasileira de Criadores de Cavalo Quarto de Milha. As características morfométricas avaliadas foram: peso, altura à cernelha, comprimentos corporal, da canela, da quartela, da garupa, da cabeça, e do pescoço, perímetros torácico, da canela e do casco e a característica de desempenho índice de velocidade. A análise das diferenças morfológicas foi realizada por meio do procedimento GLM do programa SAS utilizando-se modelo que incluiu os efeitos de sexo e linhagem e a covariável idade à mensuração. Para a análise das diferenças genômicas, 54.602 SNPs foram genotipados utilizando-se o painel de marcadores Illumina Equine SNP50 BeadChip. Os resultados obtidos revelaram mudanças significativas entre as linhagens para todas as características morfométricas avaliadas. Animais de corrida apresentaram maiores pesos, alturas, comprimentos ... / Characterized by its versatility in several sporting activities, the Quarter Horse breed excels globally, representing 52% of the entire equine population in the world. The Quarter Horse breed is subdivided into different lines according to skills resulting from distinct selection objectives, including cutting and racing horses. The aims of the present study were to investigate the morphological and genomic difference, between cutting and racing lines as a result of selection for different objectives; identification of the genomic regions divergently selected in racing line in relation to cutting line and to perform two genome-wide association studies, independently, to identify chromosomal regions and positional candidate genes associated with performance trait in the racing line and morphometric traits in the breed as a whole. To perform the analyses 120 racing animals and 64 cutting animals of both sexes and registered at the Brazilian Association of Quarter Horse Breeders were used. The evaluated morphometric traits were: weight; height at withers; length of the body, shank, pastern, rump, head, and neck; circumference of the chest, shank, and hoof and speed index performance trait. Morphological differences analysis was performed using a model that included the fixed effects of sex and line, and age at recording as covariate. The GLM procedure of the SAS program was used for statistical analysis. To perform genomic differences analysis, 54,602 SNPs were genotyped by the Illumina Equine SNP50 BeadChip array. The results showed significant changes in the morphometric traits of the animals. Racing animals were heavier and taller and presented greater body lengths and perimeters than cutting horses. The number of informative SNPs and the SNP density found in the genome of cutting and racing animals suggest that the Equine SNP50 BeadChip can be used for different purposes in the Quarter Horse breed. To identify genomic regions ...