Le Système Nord du Courant de Humboldt (SNCH) est le lieu d’une forte activité biologique due à un upwelling côtier intense. Il abrite l’une des plus grandes populations de l’anchois du Pérou soumis à la plus grande pêcherie monospécifique au monde. Le SNCH héberge aussi de grandes et variables, populations d’oiseaux, composées de trois espèces sympatriques productrices de guano : le cormoran guanay (Phalacrocorax bougainvillii), le fou péruvien (Sula variegata) et le pélican péruvien (Pelecanis thagus), qui se nourrissent principalement d’anchois. Dans ce travail, nous examinons les fluctuations de ces trois populations d’oiseaux marins, en nous concentrant sur le cycle saisonnier de leur reproduction, pour aborder les questions suivantes : Dans quelle mesure les saisonnalités de reproduction diffèrent elles entre espèces ? Dans quelle mesure sont-elles plastiques dans le temps et dans l’espace ? Qu’est ce qui, des conditions environnementales et des activités anthropogéniques affecte le plus la reproduction des oiseaux marins ? Nous abordons ces questions en utilisant des données de présence de reproducteurs (1) dans 30 sites péruviens répartis entre 06°S-18°S (2003-2014) ; et (2) dans un site, pendant trois périodes (1952-1968, 1972-1989, 2003-2014). Nous utilisons des covariables environnementales décrivant les conditions océanographiques, l’abondance, l’accessibilité et la condition des proies, ainsi que des covariables décrivant la pression de pêche. Nous utilisons des modèles d’occupation multi-saisonniers pour caractériser la saisonnalité de la reproduction et la relier aux covariables environnementales. Nous utilisons aussi des analyses en composantes principales fonctionnelles pour classifier les différences de saisonnalité entre sites, et des forêts aléatoires de régression pour analyser la contribution relative des covariables à la variabilité de la saisonnalité de reproduction.Nous mettons en évidence qu’en moyenne, la reproduction démarre au cours de l’hiver austral / début de printemps et prend fin en été / début d’automne, ce patron étant plus marqué chez les fous et pélicans que chez les cormorans. La reproduction est calée dans le temps de telle sorte à ce que les jeunes prennent leur indépendance lorsque les conditions de production primaire, d’abondance et d’accessibilité des proies sont maximales. Ce patron est unique en comparaison avec les autres écosystèmes d’upwelling et peut être expliqué par les fortes abondances absolues de proies disponibles tout au long de l’année dans le SNCH.La saisonnalité de reproduction diffère entre les sites de nidification. Les oiseaux se reproduisent plus tôt et avec de plus fortes probabilités lorsque les colonies sont plus grandes, situées sur des îles à moins de 20 km des côtes, aux plus basses latitudes, et présentant une production primaire plus élevée. Alors, la saisonnalité de la reproduction est davantage influencée par les conditions environnementales locales que par les gradients environnementaux de grande échelle.Les oiseaux marins adaptent aussi la saisonnalité de leur reproduction aux changements drastiques causés dans l’écosystème par les changements de régime. Les cormorans font preuve de la plus grande plasticité, en modulant la date te l’amplitude de la saisonnalité de leur reproduction, cela est probablement permis par leur plus grande flexibilité de fourragement. Les dates et amplitudes fixes observées chez les fous peuvent être liées aux spécificités de leur stratégie de fourragement et à des changements de proies lorsque le stock d’anchois est bas. Les différences spécifiques dans les adaptations de la saisonnalité de reproduction permettent aux oiseaux de profiter différemment des conditions locales de proies, et de faire face aux changements de régime avec des stratégies différentes. Une méthodologie de capture-recapture en parallèle des comptages mensuels est proposée pour élargir les horizons de l’évaluation des dynamiques d’une population. / The Northern Humboldt Current System (NHCS) is a place of a high biological activity due to an intense coastal upwelling. It supports one of the biggest forage fish populations, the Peruvian anchovy, and the world-leading monospecific fishery in terms of landings. The NHCS also hosts large, although variable, seabird populations, composed among others by three guano-producing sympatric species: the Guanay cormorant (Phalacrocorax bougainvillii), the Peruvian booby (Sula variegata) and the Peruvian pelican (Pelecanus thagus), which all feed primarily on anchovy.In this work we reviewed the fluctuations of these three seabird populations, focusing on the seasonal cycle of their breeding, to address the following questions: How different are the seasonality of reproduction among species? To what extent may they be plastic in space and time? What from the natural environment and the anthropogenic activities impact more the breeding of seabirds?We addressed these questions using the monthly occupancy of breeders (1) in >30 Peruvian sites between 06°S and 18°S and from 2003 to 2014; and (2) in one site during three decadal periods (1952-1968, 1972-1989, 2003-2014). We also used environmental covariates from satellite and at-sea monitoring such as oceanographic conditions, prey abundance, availability and body conditions, and fisheries pressure covariates. We used multiseason occupancy models to characterize the seasonality of breeding and relate it with environmental covariates. We also used functional principal component analysis for classifying the differences in seasonality among sites, and random forest regression for analyzing the relative contribution of covariates in the variability of the seasonal breeding.We found that in average seasonal breeding mainly started during the austral winter/ early spring and ended in summer/ early fall, this pattern being stronger in boobies and pelicans than in cormorants. The breeding onset of seabirds is timed so that fledging independence occurs when primary production, prey conditions and availability are maximized. This pattern is unique compared with other upwelling ecosystems and could be explained by the year-round high abundances of anchovy in the NHCS.The average seasonal breeding may differ among nesting sites. Seabirds breed earlier and are more persistent when colonies are larger, located on islands, within the first 20km of the coast, at lower latitudes and with greater primary production conditions. These results suggest that in the NHCS, the seasonality of breeding is more influenced by local environmental conditions than by large-scale environmental gradients. These results provides critical information to a better coordination of guano extraction and conservancy policies.Seabirds may also adapt the seasonality of their breeding to drastic ecosystem changes caused by regime shifts. We found that the three study species exhibited a gradient of plasticity regarding the seasonality of their breeding. Cormorants showed a greater plasticity, modulating the timing and magnitude on their breeding seasonality. This is probably authorized by the greater foraging flexibility offered its great diving capacities. Fixed onset and magnitudes of breeding in boobies may be related to their specific foraging strategy and/or to changes of prey items when anchovy stock was low. We also suggested that boobies may adapt other fecundity traits as growth rate of chicks to lower abundance of anchovy.The specific differences in the adaptation of seasonal breeding allow seabirds to take profit differently from local prey conditions or to face differently regime shifts. Further researches, implementing a large-scale capture-recapture methodology in parallel with monthly census, are proposed in order to fulfill gaps in the basic knowledge on vital traits (adult survival, first age at reproduction, and juvenile recruitment) which are critical parameters to evaluate the dynamic of a population.

Les soins biparentaux impliquent que mâles et femelles travaillent ensemble et ajustent leur comportement l’un à l’autre. De nombreuses études théoriques et empiriques se sont intéressées à la façon dont un parent réagit face à une augmentation ou une diminution de l’effort parental de son partenaire. Mais très peu se sont intéressées aux mécanismes qui permettent cet ajustement. C’est chez les oiseaux qu’on trouve le plus d’espèces à soins biparentaux. Parce que ce sont des animaux qui produisent beaucoup de sons, la communication acoustique pourrait jouer un rôle dans l’organisation des soins parentaux. Le but de cette thèse est de contribuer à vérifier cette hypothèse en comparant deux espèces d’oiseaux qui diffèrent dans la façon dont le mâle et la femelle se partagent les soins parentaux. Chez le diamant mandarin, le mâle et la femelle participent tous les deux à l’incubation des oeufs tandis que c’est la femelle seule qui se charge de cette tâche chez la mésange charbonnière. Cette dernière est alors nourrie en partie par le mâle. Chez ces deux espèces, j’ai d’abord observé en milieu naturel dans quels contextes les parents communiquent avec des sons au nid etquelle est la structure de leurs échanges vocaux. J’ai pu ainsi formuler des premières hypothèses sur les fonctions de cette communication. J’ai ensuite testé expérimentalement une de ces hypothèses pour chaque espèce. Chez le diamant mandarin, j’ai montré que la communication au nid permet aux parents de se partager le temps d’incubation. Chez la mésange charbonnière la communication au nid permet à la femelle d’indiquer ses besoins en nourriture au mâle. La communication acoustique joue donc bien un rôle dans l’organisation des soins parentaux chez ces deux espèces et pourrait être un élément clef dans les études futures s’intéressant à l’ajustement de l’effort parental entre les mâles et les femelles / Biparental care involves that male and female work as a team and each individual adjusts its behaviour to that of its partner. Many theoretical and empirical studies have investigated how each parent adjusts its behaviour to an increase or a decrease in the parental effort of its partner. But fewer have explored the mechanism allowing this adjustment. Biparental care is widespread in birds. Because birds are vocal animals, acoustic communication may play a role in organizing parental care. The aim of this thesis is to contribute to answer this question by comparing two bird species that differ in sex roles during parental care. In the zebra finch, both male and female incubate the eggs, whereas in the great tit, the female incubates alone and is partly fed by the male. In both species, I first observed in which contexts parents communicate with sounds at the nest and described the structure of their vocal exchanges. This allowed me to formulate hypotheses on the functions of this communication. Then, I experimentally tested one of these hypotheses for each species. In the zebra finch, I demonstrated that communication at the nest allows the pair to share incubation time. In the great tit, communication at the nest allows the female to communicate her needs for food to her mate. Acoustic communication thus plays a role in organizing parental care in these two species and could be a key factor in future studies on the adjustment of parental effort between males and females

Les Gastornithidae sont des oiseaux géants terrestres présents dans le Tertiaire (Paléocène- Eocène) d'Europe, d'Amérique du Nord et d'Asie. Bien que ces oiseaux soient connus depuis le 19ème siècle, leur écologie et les environnements dans lesquels ils vivaient sont encore très mal connus. Cette thèse propose donc d'apporter des réponses sur ces deux points afin de mieux comprendre ces oiseaux grâce à une approche pluridisciplinaire, combinant des études de morphologie-fonctionnelle, de géochimie isotopique, et de paléontologie. Nous avons pu déterminer que cet oiseau de deux mètres de haut devait peser entre 110 et 260 kg, et avait un déplacement relativement lent ne lui permettant pas de courir rapidement et longtemps. Le régime alimentaire des Gastornithidae, en débat depuis plus de vingt ans, a été ré-étudié grâce à une étude de géochimie isotopique combinée à une étude de morphologie fonctionnelle, permettant de conclure à une alimentation herbivore. Parallèlement, les paléo-environnements dans lesquels évoluaient cet oiseau ont également pu être étudiés grâce une étude de géochimie isotopique appliquée à des coquilles d'oeufs fossiles du Sud de la France attribuées à Gastornis dans cette thèse. Ces grands oiseaux vivaient donc dans un environnement relativement sec et chaud avec probablement une alternance de saison sèche et humide pour le Sud de la France, ce qui est différent de ce qu'on connait pour des environnements du centre de l'Allemagne où d'autres fossiles de Gastornis ont été trouvés, et où la végétation montre un environnement plus humide. Cela montre donc que cet oiseau avait une bonne capacité d'adaptation à différents environnements, ce qui lui a probablement permis de franchir le PETM sans être particulièrement affecté, comme le montre le registre fossile dans lequel aucune extinction, aucune variation géographique ou anatomique ne sont observées dans cette famille contrairement au cas de nombreux mammifères / Gastornithidae are a familly of large ground fossils birds present in the Tertiary (Paleocene- Eocene) from Europe, North America and Asia. Although these birds are known since the beginning of the 19th century, their ecology and the environment where they lived are still poorly known. Therefore, this PhD propose to bring some answers about this two points in order to better understand these birds using a multidisciplinary approach, including functional morphology, isotope geochemistry and paleontological studies. We have determined that this two meter high bird should weigh around 110 to 260 kg, and had a relatively slow locomotion not allowing him to run quickly and for a long time. The diet of the Gastornithidae, discussed since more twenty years, has been studied using an isotopic geochemical approach combine with a morphofunctional study, which permits to conclude to an herbivore diet. In parallel, paleo-environments where lived this bird have also been studied using isotopical analysis applied on fossils bird’s eggshells from the southern France, attributed to Gastornis in this thesis. Thus these large birds lived in an environment relatively dry and hot, with probably an alternance of dry and wet saison in the southern France, which is different than which is known in middle Germany environments where other Gastornis fossils were found, and where vegetation shows an environment wetter. Therefore, that shows that this bird had a good adaptability to different environments, which allowed him to cross the PETM without being particularly affected as shown in the fossil record, on the contrary to numerous mammals

Les prédateurs marins supérieurs, ici les cétacés et les oiseaux marins, doivent développer des stratégies optimales d’utilisation des ressources et des habitats. Notre objectif était d’explorer leurs habitats en fonction de leurs coûts de vie. Nous avons postulé que les prédateurs coûteux étaient contraints d’occuper les habitats de meilleure qualité alors que les prédateurs plus économes pouvaient occuper les habitats de qualité moindre. Nous nous sommes basés sur des guildes de cétacés et oiseaux définies selon leurs coûts de vie et les observations de survols aériens dans trois régions tropicales (l’Atlantique Ouest tropical, le Sud Ouest de l’Océan Indien et la Polynésie française). Nous avons construit des modèles additifs généralisés à partir de variables physiographiques (ex : profondeur), océanographiques (ex : activité tourbillonnaire) et biologiques (ex : chlorophylle et micronecton) pour décrire la qualité des habitats. Nous avons d’abord modélisé les habitats des cétacés et oiseaux à l’échelle régionale. Les cétacés coûteux occupaient les habitats de meilleure qualité alors que les cétacés plus économes occupaient aussi les habitats de qualité moindre. La distribution des oiseaux reflétait principalement celle des colonies et leur dépendance à la qualité de l’habitat semblait moins claire. Nous avons ensuite mis en évidence des propriétés génériques de distribution des cétacés et fourni des prédictions circumtropicales. Cette thèse a donné un nouvel aperçu des stratégies d’utilisation des habitats des prédateurs supérieurs à la lumière de leurs coûts de vie. Ces prédictions spatiales ont des implications majeures pour la gestion de ces espèces et de leurs écosystèmes. / Marine top predators, here cetaceans and seabirds, must develop optimal strategies of resource and habitat utilization. The main goal of this dissertation was to investigate cetacean and seabird strategies of habitat utilization in relation to their energetic costs of living. We hypothesized that predators with high costs of living should be constrained to high quality habitats, whereas less active predators could cope with habitats of lesser quality. We studied the habitats of cetacean and seabird guilds defined according to their likely costs of living. We relied on sightings collected from aerial surveys in three tropical regions (the western tropical Atlantic, the Southwest Indian Ocean and French Polynesia). We built generalized additive models based on a range of physiographic (e.g. depth), oceanographic (e.g. mesoscale activity) and biological variables (e.g. chlorophyll concentration and micronekton) to describe the quality of pelagic habitats. We first modeled cetacean and seabird habitats at the regional scale. Energetically costly cetaceans appeared to be constrained to the highest quality habitats, whereas less active cetaceans exploited habitats of lesser quality. Seabird distributions primarily reflected colony locations and their dependences on habitat quality were less clear. We then highlighted generic properties of cetacean distributions and provided predictions at the circumtropical scale. This dissertation gave new insights on top predator strategies of habitats utilization in light of their costs of living. These spatial predictions have significant implications for the management of these species and of their pelagic ecosystems.

Le stade juvénile chez les animaux demeure souvent une période mystérieuse aux yeux des scientifiques. La survie juvénile est pourtant un facteur déterminant du futur des populations. Les animaux juvéniles sont connus pour leur mortalité importante durant les premiers mois après l’indépendance et leur taux de survie augmente avec l’âge. La théorie suppose d’une part que les juvéniles ont des capacités de survie moindres que celles des adultes. Ils seraient peu efficaces dans leur recherche de nourriture et auraient besoin d’une période d’apprentissage pour être capables de supporter les couts associés à la reproduction. De plus, des facteurs proximaux telles que les fluctuations environnementales et la compétition affectent également la survie des juvéniles. Des études sur les oiseaux terrestres, ont permis d’obtenir de nombreuses informations grâce à la possibilité de faire des observations directes et récemment des études télémétriques. Cependant collecter des données en milieu marin s’avère compliqué, en particulier lorsque l’on s’intéresse aux juvéniles. Les oiseaux marins longévifs ont en commun la longue durée de leur période d’immaturité (jusqu’à plus de 10 ans). Les jeunes, à l’indépendance, se dispersent seuls en mer durant plusieurs années, ne revenant à terre que pour se reproduire une fois adulte. Ainsi, les suivre durant leurs premiers mois afin de comprendre leurs comportements et leur écologie alimentaire constitue un véritable défi. Dans ce contexte, cette thèse a pour objectif d’élucider au moins en partie le mystère de la vie juvénile des oiseaux marins. Grâce à des technologies bio-télémétriques nous avons pu suivre par satellite un large panel de juvéniles de neuf espèces proches d’albatros et pétrels (procellariiformes) se reproduisant dans les Terres Australes et Antarctiques Françaises de l’Océan Austral : les îles Crozet, Kerguelen et Amsterdam. Les trajectoires ont été analysées grâce à différentes méthodes statistiques permettant de décrire les mouvements, le comportement alimentaire et les répartitions spatiales des jeunes après leur envol, le tout en lien avec les conditions environnementales. Les résultats obtenus sont discutés à la lumière de la comparaison avec les adultes des mêmes espèces. Grâce à ce jeu de données j’ai étudié les stratégies de dispersion des jeunes inexpérimentés qui quittent le nid. J’ai montré que ces stratégies ainsi que la proportion d’inné les contrôlant sont très variables selon les espèces et suivent ou non celles des parents selon les espèces. Le taux de variabilité dans les stratégies juvéniles peut refléter leur potentielle plasticité et leur capacité à répondre à des changements de l’environnement et in fine affecter la dynamique des populations. Par ailleurs, l’analyse de trajectoires de juvéniles de grand albatros a révélé qu’en plus de leurs capacités innées ils apprennent très rapidement les compétences de base requises pour survivre en mer puis optimiser leur recherche alimentaire. Cependant des différences perdurent par rapport aux adultes, suggérant que d’autres comportements non-observables (via nos données) nécessitent une période d’apprentissage plus longue. Enfin, quelle que soit la stratégie adoptée, elle semble en partie contrainte par la compétition intraspécifique avec les individus plus âgés puisque les juvéniles limitent celle-ci via une ségrégation spatiale. Ce dernier point souligne le besoin de prendre en compte la répartition spatio-temporelle âge-dépendante des espèces lorsque l’on veut mettre en œuvre des mesures de protection pour ces espèces. Ces travaux apportent de nouvelles connaissances sur plusieurs des aspects majeurs de l’écologie en mer d’individus inexpérimentés cherchant leur nourriture seuls dans un environnement hautement imprévisible. Nous apprenons ici comment de l’instinct et de l’expérience découlent des stratégies de vie juvéniles qui permettent aux oiseaux de survivre dans un environnement inconnu. / The juvenile stage of animals is often much of a mystery to scientists. Moreover, juvenile survival is known to be a strong determinant for the future of a population. Indeed, juvenile animals are known to face high mortality during the first months after independence, with survival rates improving with age. One ultimate hypothesis implies that juveniles have a lower survival rate than adults because of their lack of experience. Thus they are initially poor foragers and require a learning period (immaturity) to improve their efficiency before being able to bear breeding and its associated energetic costs. Proximal factors also influence juvenile survival, such as environmental fluctuations and competition. Studies on terrestrial animals have provided useful information thanks to the possibility of direct observation and, recently, bio-logging technologies. However, collecting data in the marine environment is more difficult, particularly when juveniles are concerned. Long-lived marine species such as seabirds have an extensive immature period extending from a few years up to more than ten years. The offspring of these species will usually leave their natal site and disperse at sea for several years before returning to breed on land, most of the time at their place of birth. This makes it difficult to obtain direct observations, and so documenting their first journey at sea to learn more about their behavioural and foraging ecology is a challenge. In this context, this PhD aims to unravel at least part of the mystery of juvenile seabirds’ early life by investigating the first months at sea of newly fledged individuals from several long-lived species of procellariiformes. Using state of the art advancements in biotelemetry, I was able to follow, at sea, by satellite a large set of juveniles from nine closely related species of albatross and petrel breeding in the French Southern Territories of the Southern Ocean : Crozet, Kerguelen and Amsterdam Islands. Some of these species had never been tracked before. Trajectories were analysed using various new statistical methods that allowed movement strategies, alongside foraging behaviour and spatial distributions, to be described, all in tight link with environmental conditions. The findings were discussed in the light of a comparison with adults of the same species. Using this huge dataset I first examined the dispersal strategies of young birds that had left their nest and were totally independent from their parents. I showed that the strategies, as well as the amount of innate information controlling them are highly variable depending on species. Their movements take them in various habitats following or not the parental strategies. The amount of variability in juvenile strategies is linked to potential plasticity when facing environmental changes. These parameters are related to the history life trait of species, and might affect demography and population dynamics. In addition, by analysing juvenile wandering albatross tracks I showed that although they quickly learn the basics of flight and foraging optimization required to survive at sea, behavioural differences with adults persist in time, suggesting that non-observable behaviours need a longer period of learning and memorisation. Finally, whatever the strategy adopted, it seems to be driven in part by intraspecific competition since juveniles mitigate competition with older birds by segregating spatially. This last point highlights the crucial need of acknowledging age-related distribution when making management decisions to protect seabird populations. This work provides new insights about several major aspects of the at-sea ecology of naïve individuals foraging alone in a highly unpredictable environment. We learn here how instinct followed by experience shape specific early life strategies that allow young birds to deal with environmental conditions and interspecific competition so as to be able to survive.

En raison des changements climatiques actuels, il est primordial de comprendre comment les écosystèmes vont réagir et tout particulièrement comment les chaînes trophiques vont être impactées. Pour cela, le comportement des oiseaux marins peut être utilisé comme des indicateurs des changements se déroulant au sein de l’écosystème. Cependant, un des défis actuels dans l’étude du comportement animal est d’identifier comment la structure temporelle du comportement est dépendante des conditions intrinsèques et extrinsèques et comment la complexité de cette organisation comportementale évolue sur un gradient allant de la stochasticité au déterminisme en fonction des changements environnementaux. Ma thèse a donc pour objectif d’étudier si un comportement complexe est adapté pour faire face à une perturbation du système chez les oiseaux marins et plus particulièrement chez deux espèces de manchots étant exposées à des changements environnementaux. / Due to ongoing climate change, it is necessary to understand how ecosystems will react and more particularly, how species may cope with the challenges of living in unstable systems. Seabirds’ behavior provides a way to monitor changes occurring in the marine environment, but identifying how the temporal structure and complexity of behavior depend on intrinsic and extrinsic parameters are underexplored topics in the field of animal behavior. My thesis aims to investigate if behavioral organization, through a gradient of stochasticity-determinism complexity, allows little and adélie penguins to buffer changes in the environment under a fractal analysis approach.

L'objectif de cette thèse est de comprendre comment l'hétérogénéité du paysage (i.e. composition, structuration spatiale et dynamique temporelle) affecte les populations, notamment dans les paysages agricoles, fortement structurés par la mosaïque des parcelles et les rotations culturales. Nous abordons cette question à la fois de manière théorique (en simulant des dynamiques de populations dans des paysages aux propriétés spatiales et temporelles contrôlées) mais également empirique (en analysant la sélection d'habitat par la communauté de passereaux des paysages agricoles).Nous avons ainsi montré que la composition, la configuration spatiale et la dynamique temporelle étaient toutes trois importantes pour expliquer les dynamiques de population, et que la nature des réponses à l'hétérogénéité dépendait des traits des espèces (taux de croissance, dispersion, échelle de réponse au paysage). L'analyse sur la communauté de passereaux a montré que la composition en cultures influençait la sélection d'habitat chez certaines espèces, mais nos données ne nous ont pas permis de mettre en avant un effet significatif de la structuration spatiale des cultures sur les passereaux. Une analyse plus fine pour l'Alouette des champs (Alauda arvensis) a montré un effet positif de la diversité des cultures à l'échelle du territoire, expliqué par une complémentarité fonctionnelle entre les cultures, suggérant que des petites parcelles et un mélange des cultures dans le paysage seraient bénéfiques pour cette espèce. L'effet de la structuration spatiale et temporelle des cultures sur les populations mériterait d'être testé de façon plus approfondie à l'échelle adéquate sur de nombreux taxons. Une meilleure connaissance de l'effet des propriétés de la matrice cultivée sur les processus permettrait de prédire l'évolution des populations face à des modifications du paysage à l'aide de modèles mécanistes, et offrirait de nouvelles opportunités pour gérer la biodiversité. / The aim of this thesis is to understand how landscape heterogeneity (i.e. composition, configuration and temporal dynamics) affects populations, especially in farmlands, highly structured by the crop mosaic and rotations. We answer this question theoretically (simulating population dynamics in landscapes with controlled spatial and temporal properties) and empirically (analysing habitat selection by the farmland bird community).We found that landscape composition, configuration and temporal dynamics were all important to explain population dynamics and that the response to landscape heterogeneity depended on species traits (growth rate, dispersal, scale of response to the landscape). The analyse of farmland birds data revealed that crop composition influenced habitat selection for some species, but did not reveal a significant effect of crop configuration on birds. A finer analyse on Skylark showed a positive effect of crop diversity at the territory scale explained by a functional complementation among crops. It suggested that small fields and crop well mixed in the landscape would be beneficial for this species. The effect of spatial and temporal crop heterogeneity should be studied in depth at the right scale on many taxa. A good understanding of the effect of the cultivated matrix on processes would allow us to predict the change in populations when modifying the landscape and would offer new opportunities to manage biodiversity.

Cette thèse consiste en l'utilisation d'outils d'informatiques pour recueillir des informations concernant l'écologie d'espèces animales. L'objectif de départ était d'assembler des algorithmes capables de traiter des enregistrements acoustiques et de détecter, lister et dénombrer les sons éventuellement présents d'insectes, amphibiens et oiseaux. Pour ce faire nous avons testé de manière non exhaustive différents classifieurs et descripteurs de signal audio9 pour (première partie) organiser et participer à trois concours internationaux de reconnaissance automatique de sons d'animaux et (seconde partie) construire un outil de suivi d'abondance de deux espèces d'oiseaux marins pélagiques sur l'île de la Réunion. La première moitié de la thèse (chapitre 7) a été dédiée à la construction et au test de modèles de reconnaissance multi-classes (92 espèces animales : 82 espèces d'oiseaux (dont 66 passériformes), 9 espèces d'insectes, et 1 espèce d'amphibien, Pelophylax kl. grafi). La seconde moitié de la thèse (chapitre 8) s'est concentrée sur la construction de détecteurs de cris de deux espèces d'oiseaux protégées dont les colonies sont particulièrement difficiles d'accès et menacées par le développement et les éclairages urbains : Le Pétrel de Barau (Pterodroma baraui, endémique de la Réunion et en danger d'extinction depuis 2008 d'après l'UICN) et le Puffin tropical (Puffinus bailloni). / The present manuscript deals with computer science applied to ecology. The main objective was to assembly algorithms able to analyse acoustic recordings and automatically detect, list and count sounds of insects, amphibiansand birds. We tested a non exhaustive list of audio features and classifiers to (first part) organize and participate to three international challenges of automatic regnotion of animal's sounds and (second part) build a automatic and passive acoustic monitoring of two species of pelagic seabirds on the Reunion island.

Cette étude se propose de dégager les variations du thème des oiseaux de nuit dans la Grèce ancienne, médiévale et moderne et de présenter une explication de ces différences en fonction du contexte historique, socioculturel et religieux. Pour la période ancienne, un inventaire des oiseaux de nuit a été établi et les occurrences concernant ces oiseaux dans la littérature, l’histoire, la mythologie et l’art ont été relevées. L’étude des oiseaux de nuit a été reprise à l’époque médiévale suivant la même approche en nous intéressant à la manière dont les principales caractéristiques des oiseaux de nuit ont été revues à la lumière de la conception judéo-chrétienne du monde, ainsi que dans d’autres textes comme le Physiologos, les nombreux Bestiaires, les Cyranides et le Poulologos.Enfin, pour la période moderne, notre attention s’est portée sur la place qu’occupent les oiseaux de nuit dans les chansons populaires, proverbes, fables, contes, poèmes et la littérature de jeunesse ainsi que dans les représentations qui leur sont associées dans l’art, l’artisanat, les emblèmes, timbres poste et monnaies. Cette étude diachronique vise à recenser les différentes espèces d’oiseaux et à évaluer le rôle qu’elles ont joué dans la pensée grecque au fil des siècles. Elle vise à établir -ou non- la continuité de leur symbolisme en fonction des conditions propres à la période envisagée. / This study has distinguished variations in the theme of nocturnal birds in Ancient, Medieval and Modern Greece, as well as presented an explanation within the historical, socio-cultural, and religious contexts. For the Ancient Greek timeframe, in an effort to outline symbolism, an inventory of nocturnal birds mentioned in zoological texts was created whereby the mention of such birds in literature, history, mythology, and art was also accounted for. The same approach was employed for the Medieval Greek timeframe. The study first focused on the revisions made to the main characteristics of these birds within the Judeo-Christian mindset, as opposed to Ancient Greece. These changes were not only adopted, but reinforced by other texts such as the Physiologos and many Bestiaries. The study then focused on the medico-magical traits of these nocturnal birds as outlined in the Cyranides, which contrasts with the Poulologos’ satire of Byzantine society by the intermediary of the birds’ behavior and biting remarks. Lastly, for the Modern Greek timeframe, the study explored the importance of nocturnal birds in folk songs, proverbs, fables, short stories, poems and youth literature. Further, the study outlined the birds’ privileged place in art, artisanal work, signs and emblems, postage stamps, and money. This diachronic study aimed to catalog the different bird species and to evaluate the role that they played in the development of the Greek line of thought through the centuries. It was also the study’s goal to ultimately establish—or not—the continuity of the symbolism as it relates to the time-specific conditions of each era.

[EN] The main objective pursued in this thesis is that of conducting an enquiry on Catalogue d¿oiseaux, observed through the eyes of the performer, using its second and fourth books as the focus of this study when addressing its aesthetic and pianistic approach. The need to gain a closer view of the piece from a performer's perspective arises from the paradox between the importance of this composition in Olivier Messiaen's catalogue of compositions and the real meaning the piano score has among pianists of today. Due to the evolution of the author's composition language, which is expressed in greater conceptual complexity, Catalogue d¿oiseaux generates a series of performance-related questions, distancing it from other "traditional" pianistic productions. This factor often leads to apriorism and axioms that generate excessively polarised views on the performance of the piece. In order to resolve this clash between antagonistic approaches, a methodology has been applied which is based on tracing the "notion of a piece" by studying the timing of the composition, conducting a formal analysis and considering the ornitophonical transcriptions. This theoretical framing acts as a vehicle to uncover the performative nature of Catalogue, where analysing the transcripts, understanding the importance of the time element and assimilating the writing of the two books are tools to relieve a more open musical creation, an aspect confirmed in the study as regards the traditional performance of the work. All of that shows a composition that breaks free from simplistic postulates, offering the pianist a universe of performing possibilities that go beyond any old debate regarding the performance of this extraordinary score of piano literature. The study concludes with a sound recording of the two books and the inclusion of the two pieces in a recital for the Young Performers Cycle of Seville's Maestranza Theatre. Furthermore, part of the research material has been used to write two articles for Melómano Magazine, which are included as annexes, and in some conferences-concerts about the pianism of Olivier Messiaen at different Spanish conservatoires and universities in 2017 on the occasion of the 25th anniversary of Olivier Messiaen¿s death. / [ES] El propósito fundamental que se ha perseguido en esta tesis es el de realizar una indagación, observada desde el prisma del intérprete, de Catalogue d¿oiseaux, utilizando su segundo y cuarto cuaderno como objeto de estudio a la hora de abordar su enfoque estético y pianístico. La necesidad de aproximarse a la obra desde una óptica interpretativa surge de la paradoja existente entre la importancia que esta composición ocupa en el catálogo compositivo de Olivier Messiaen y el peso real que la partitura posee entre los pianistas actuales. Debido a la evolución del lenguaje compositivo del autor, que se plasma en una mayor complejidad conceptual, Catalogue d¿oiseaux genera una serie de interrogantes de orden interpretativo que la alejan del resto de la producción pianística "tradicional". Este factor se traduce, frecuentemente, en apriorismo y axiomas que generan visiones excesivamente polarizadas sobre la ejecución de la obra. Para solventar este atrincheramiento entre planteamientos antagónicos, se ha empleado una metodología basada en trazar una "idea de obra" a través del estudio de la ubicación temporal de la composición, el análisis formal y la apreciación de las transcripciones ornitofónicas. Este encuadre de índole teórico actúa de vehículo para desgranar la naturaleza interpretativa de Catalogue, donde acercarse a las transcripciones, entender la importancia del elemento temporal y asimilar la escritura de estos dos cuadernos sirven de herramientas para revelar una creación musical mucho más abierta, aspecto que se corrobora con el estudio la tradición interpretativa de la obra. Todo ello muestra una composición que escapa de postulados simplistas, ofreciendo al pianista un universo de posibilidades interpretativas que supera cualquier viejo debate en torno a la ejecución de esta partitura colosal de la literatura pianística. El estudio llevado a cabo cristaliza con la grabación sonora de ambos cuadernos, así como la inclusión de ambas piezas dentro de un recital para el ciclo de "Jóvenes Intérpretes" del Teatro de la Maestranza de Sevilla. Del mismo modo, parte del material de investigación ha servido para la confección de dos artículos para la revista Melómano que se incluyen como anexos, así como la impartición de una serie de conferencias-conciertos alrededor del pianismo de Olivier Messiaen en diversos conservatorios y universidades españolas el próximo año 2017 con motivo del 25º aniversario de la muerte de Olivier Messiaen. / [CAT] El propòsit fonamental que s'ha perseguit en aquesta tesi és el de realitzar una indagació, observada des del prisma de l'intèrpret, de Catalogue d¿oiseaux, utilitzant el seu segon i quart quadern com a objecte d'estudi a l'hora d'abordar el seu enfocament estètic i pianístic. La necessitat d'aproximar-se a l'obra des d'una òptica interpretativa sorgeix de la paradoxa existent entre la importància que aquesta composició ocupa en el catàleg compositiu d'Olivier Messiaen i el pes real que la partitura posseeix entre els pianistes actuals. A causa de l'evolució del llenguatge compositiu de l'autor, que es plasma en una major complexitat conceptual, Catalogue d¿oiseaux genera una sèrie d'interrogants d'ordre interpretatiu que l'allunyen de la resta de la producció pianística "tradicional". Aquest factor es tradueix, freqüentment, en apriorisme i axiomes que generen visions excessivament polaritzades sobre l'execució de l'obra. Per a solucionar aquest atrinxerament entre plantejaments antagònics, s'ha emprat una metodologia basada a traçar una "idea d'obra" a través de l'estudi de la ubicació temporal de la composició, l'anàlisi formal i l'apreciació de les transcripcions ornitofòniques. Aquest enquadrament d'índole teòric actua de vehicle per a desgranar la naturalesa interpretativa de Catalogue, on acostar-se a les transcripcions, entendre la importància de l'element temporal i assimilar l'escriptura d'aquests dos quaderns serveixen d'eines per a revelar una creació musical molt més oberta, aspecte que es corrobora amb l'estudi la tradició interpretativa de l'obra. Tot açò mostra una composició que escapa de postulats simplistes, oferint al pianista un univers de possibilitats interpretatives que supera qualsevol vell debat entorn de l'execució d'aquesta partitura colossal de la literatura pianística. L'estudi dut a terme cristal·litza amb l'enregistrament sonor de tots dos quaderns, així com la inclusió d'ambdues peces dins d'un recital per al cicle de "Joves Intèrprets" del Teatre de la Maestranza de Sevilla. De la mateixa manera, part del material de recerca ha servit per a la confecció de dos articles per a la revista Melómano que s'inclouen com a annexos, així com la impartició d'una sèrie de confèrencies-concerts al voltant del pianisme d'Olivier Messiaen en diversos conservatoris i universitats espanyoles el pròxim any 2017 en motiu del 25è aniversari de la mort d'Olivier Messiaen. / Benítez Suárez, G. (2016). Catalogue d'oiseaux, O. Messiaen: un estudio de su universo interpretativo a través de II. Le Loriot y IV. Le Traquet Stapazin [Tesis doctoral no publicada]. Universitat Politècnica de València. https://doi.org/10.4995/Thesis/10251/68509 / TESIS