As aves Caprimulgiformes formam um grupo bastante heterogêneo morfologicamente, a despeito da superficial similaridade de plumagem e dos hábitos noturnos. A maioria das hipóteses filogenéticas atuais são incongruentes entre si quanto ao relacionamento entre as famílias que compõem a ordem, exceto quanto ao posicionamento da família Aegothelidae, considerada mais próxima da ordem Apodiformes. Devido aos conflitos entre os estudos sistemáticos dessa ordem, e do aventado relacionamento próximo de alguns de seus representantes com a ordem Apodiformes, os objetivos desse estudo foram propor uma hipótese filogenética para as ordens Caprimulgiformes e Apodiformes com base em 120 caracteres osteológicos, utilizando-se representantes das ordens Psittaciformes, Strigiformes, Coraciiformes e Trogoniformes como grupos-externos na análise. Uma única árvore mais parcimoniosa demonstrou Steatornithidae e Podargidae como sucessivamente basais dentro da ordem, irmãs das demais famílias; um alto suporte ao clado composto pelas famílias Caprimulgidae e Nyctibiidae; e o relacionamento da família Aegothelidae com os Apodiformes, indicando o parafiletismo da ordem. A variação osteológica dentro das famílias é bastante notável, e importante fonte de caracteres para análises filogenéticas. Dessa forma, são propostas hipóteses filogenéticas para as famílias Nyctibiidae (incluindo fósseis) e Caprimulgidae, com base em 37 e 112 caracteres osteológicos, respectivamente. Com relação à primeira família, o padrão de relacionamento encontrado corrobora em parte os estudos moleculares prévios, particularmente quanto à posição basal de N. bracteatus. A variação osteológica entre as espécies daquela família indica que a atual sistemática da família, na qual todas as espécies são incluídas no gênero Nyctibius, deve ser revista. Com relação à família Caprimulgidae, a hipótese filogenética baseada nos caracteres osteológicos demonstrou: o parafiletismo das subfamílias tradicionalmente reconhecidas (Eurostopodinae, Chordeilinae e Caprimulginae); a posição basal dos gêneros Lyncornis e Eurostopodus (com baixo suporte ao parafiletismo desse último); um alto suporte ao gênero Chordeiles e indicação da revalidação dos gêneros Podager e Nannochordeiles; a posição basal de Nyctiprogne, Lurocalis e Nyctidromus, sucessivamente irmãs das demais espécies; e a existência de três clados, sendo um composto por espécies sul-americanas; um por espécies sul-, centro- e norte-americanas; e outro por espécies do velho mundo. Esses resultados corroboram em parte os estudos moleculares prévios e reforçam a importância da osteologia para o estabelecimento das relações filogenéticas nessa família, assim como o observado para a família Nyctibiidae e entre as famílias que compõem a ordem Caprimulgiformes / The avian order Caprimulgiformes is a morphologically heterogeneous group, in spite of their superficial resemblance and common nocturnal habits. The majority of the recent phylogenetic hypotheses are incongruent regarding the relationships among the families that compose the order, except regarding the position of Aegothelidae, which is considered more close related to the Apodiformes than to the remaining Caprimulgiformes. Due to the conflicts among recent studies, and the relationship of this order with the Apodiform birds, the main goal of this study was to propose a phylogenetic hypothesis of the Apodiform and Caprimulgiform families based on 120 osteological characters, with representatives of the orders Psittaciformes, Strigiformes, Coraciiformes and Trogoniformes as outgroups. A single most parsimonious tree revealed: Steatornithidae and Podargidae as basal taxa, nested at the base of the clade including all caprimulgiform and apodiform families; a strong support to a clade including Nyctibiidae and Caprimulgidae; and the close link of Aegothelidae to the Apodiform families, reinforcing the paraphyly of the order as mentioned in the literature but with an unprecedented morphological support. The remarkable variation among families strongly suggests the elevation of all families to the ordinal level. The noteworthy osteological variation observed within the families is also an important source of data to shed some light on the relationships among genera and species. Therefore, I propose the first phylogenetic hypotheses for the families Nyctibiidae (including fossils) and Caprimulgidae based on 37 and 112 osteological characters, respectively. Regarding Nyctibiidae, the relationships among species corroborate to some extent the previous molecular studies, mainly concerning the basal position of N. bracteatus, and suggest that the current systematics of the family, in which all species are included in the single genus Nyctibius, must be reviewed. Regarding the family Caprimulgidae, the data revealed: the paraphyly of the traditionally recognized subfamilies (Eurostopodinae, Chordeilinae and Caprimulginae); the basal position of the genera Lyncornis and Eurostopodus (with a weak support for the paraphyly of the latter); a strong support to the genus Chordeiles and the need for revalidation of Podager and Nannochordeiles; The basal position of Nyctiprogne, Lurocalis and Nyctidromus, nested at the base of a clade including all the remaining species; and the support of three clades, one including South American species; another one including South, Central and North American species; and another including old world species. These results corroborate to some extent previous molecular studies and emphasize the importance of the use of detailed osteological characters to the elucidation of the phylogenetic relationships in this family, as observed in Nyctibiidae and also among the families that compose the order Caprimulgiformes

Um dos principais desafios na ictiologia Neotropical moderna refere-se à sistemática de Characidae, uma família com aproximadamente 950 espécies, dois terços da diversidade de Characiformes. Recentemente, tem sido sugerido que subunidades de Characidae sejam primeiramente estudadas e reconhecidas visando um melhor entendimento da sistemática da família como um todo. Characinae é uma destas subunidades que guarda especial importância por incluir Charax, gênero-tipo de Characidae e Characiformes. Doze gêneros e 79 espécies têm sido incluídos em Characinae, mas a subfamília ainda não havia sido foco de estudo filogenético. No presente trabalho, 35 espécies de todos os gêneros de Characinae e 29 representantes de outras linhagens de Characiformes foram incluídas em uma matriz com 151 caracteres provenientes do estudo comparado da morfologia externa, miologia e osteologia, submetida a duas análises cladísticas. Uma delas, sem incluir o gênero Priocharax, resultou em 50 árvores igualmente parcimoniosas (L=697, IC=0.29, IR=0.73). No cladograma de consenso estrito, Characinae como tradicionalmente reconhecido não é um grupo monofilético. Os gêneros usualmente atribuídos à subfamília resultaram em dois clados separados, cada qual mais proximamente relacionado a diferentes subunidades de Characiformes. Sete gêneros formam o primeiro clado (Phenacogaster ((Charax Roeboides) (Acanthocharax (Cynopotamus (Acestrocephalus Galeocharax))))), ao qual o nome Characinae é restrito. Ele é sustentado por onze sinapomorfias não ambíguas e é mais relacionado em uma politomia a outros gêneros de Characidae (i.e., Astyanax, Cheirodon, Gymnocorymbus, Hyphessobrycon, Odontostilbe e Tetragonopterus). O segundo clado inclui a tribo Heterocharacini (Lonchogenys (Heterocharax Hoplocharax)) como grupo-irmão de Gnathocharax. Seis sinapomorfias não ambíguas sustentam o monofiletismo deste clado que, por sua vez, é mais proximamente relacionado a um clado formado por Roestes e Gilbertolus, com base em oito sinapomorfias não ambíguas. O resultado da análise não corrobora a hipótese de relacionamento próximo entre Roestes e Gilbertolus e Cynodontinae. A inclusão do gênero Priocharax, que compreende duas espécies miniatura (100 árvores, L=697, IC=0.29, IR=0.73) sugere que ele é mais relacionado aos Heterocharacini com base na morfologia do pseudotímpano, aparelho de Weber e esqueleto caudal. No entanto, as profundas modificações de sua anatomia possivelmente relacionadas a eventos de truncamento ontogenético dificultam um melhor entendimento a cerca das relações deste gênero. Um estudo anatômico detalhado de Priocharax pretende fornecer evidências adicionais no que se refere às suas relações filogenéticas. Com base na hipótese de relações obtida através da análise, é proposta uma nova classificação de Characinae e Roestinae / One of the main challenges in modern Neotropical ichthyology refers to the systematics of the Characidae, a family with approximately 950 species, two-thirds of the diversity in Characiformes. It has been suggested that subunits of the Characidae should first be studied and recognized for a better understanding of the family as a whole. Characinae is one such subunit with special importance for including Charax, type-genus of the Characidae and Characiformes. Twelve genera and 79 species have been included in the Characinae, but the subfamily still lacked a phylogenetic diagnosis. In the present study, 35 species of all genera of the Characinae and 29 representing other lineages within Characiformes were included in a matrix with 151 characters from external morphology, myology and osteology, submitted to two cladistic analyses. One of them (excluding Priocharax from the dataset) resulted in 50 equally most parsimonious trees (L=697, IC=0.29, IR=0.73). In the strict consensus cladogram, Characinae as traditionally recognized is not a monophyletic group. Genera usually assigned to the subfamily resulted in two separate clades, each more related to different lineages in Characiformes. Seven genera form the first clade (Phenacogaster ((Charax Roeboides) (Acanthocharax (Cynopotamus (Acestrocephalus Galeocharax))))) to which the name Characinae is restricted. It is supported by eleven non-ambiguous synapomorphies and is more related in a politomy to other genera of the Characidae (i.e., Astyanax, Cheirodon, Gymnocorymbus, Hyphessobrycon, Odontostilbe and Tetragonopterus). The second clade includes the tribe Heterocharacini (Lonchogenys (Heterocharax Hoplocharax)) as the sister-group of Gnathocharax. Six non-ambiguous synapomorphies support this clade, which is more related to a clade formed by Roestes and Gilbertolus based on eight non-ambiguous synapomorphies. Results presented in this study do not corroborate a close relationship between Roestes and Gilbertolus and the Cynodontinae. Inclusion of the genus Priocharax, with two miniature species (100 trees, L=697, CI=0.29, RI=0.73) suggests that it is more related to the Heterocharacini based on the morphology of the pseudotympanum, Weberian apparatus and caudal skeleton. The profound modifications in its anatomy possibly related to ontogenetic truncations, however, obscure a better understanding on the relations of this genus. A detailed anatomical study of Priocharax is being designed intended to provide additional evidence regarding its phylogenetic relationships. A new classification of the Characinae and the Roestinae is proposed based on the phylogenetic hypothesis obtained herein

Submitted by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2013-09-11T17:14:34Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_RevisaoTaxonomicaGenero.pdf: 4057551 bytes, checksum: 60b381f212d6a070ea738eb10ae8550e (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva(arosa@ufpa.br) on 2013-09-27T14:23:48Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_RevisaoTaxonomicaGenero.pdf: 4057551 bytes, checksum: 60b381f212d6a070ea738eb10ae8550e (MD5) / Made available in DSpace on 2013-09-27T14:23:48Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_RevisaoTaxonomicaGenero.pdf: 4057551 bytes, checksum: 60b381f212d6a070ea738eb10ae8550e (MD5) Previous issue date: 2007 / O gênero Hassar (Doradidae) é um grupo natural de Siluriformes Neotropical. No presente trabalho foi realizada revisão taxonômica do referido gênero com a descrição osteológica de Hassar orestis, espécie-tipo do gênero. Este estudo foi fundamentado no levantamento e análise de caracteres morfológicos, morfométricos, merísticos e de padrão de coloração para o reconhecimento das espécies válidas e conseqüentes diagnoses e redescrições. Foram analisados 727 exemplares, provenientes de instituições nacionais e estrangeiras, envolvendo indivíduos preservados em álcool, preparados para esqueleto seco, diafanizados, radiografados e fotografados. Os exemplares foram analisados diretamente ou com auxílio de microscópio-estereoscópico e câmara clara. Medidas foram feitas, preferencialmente, do lado esquerdo do indivíduo. A descrição osteológica de Hassar orestis foi fundamentada na análise de 23 exemplares de instituições nacionais e estrangeiras e foi dividida em grupos funcionais osteológicos que são: elementos do neurocrânio, arco mandibular, arco hióide, arcos branquiais, esqueleto axial, placas nucais e nadadeira dorsal, sistema látero-sensorial e esqueleto apendicular. Os dados foram digitalizados e armazenados em formato de planilhas. Os resultados mostraram que Hassar é formado por duas espécies válidas: H. orestis e H. affinis. Hassar orestis é a espécie-tipo, tendo como sinônimo H. ucayalensis. Hassar affinis tem como sinônimos H. wilderi, H. iheringi e H. woodi. Hassar orestis e H. affinis se diferenciam pela posição do 1° espinho medial (no escudo infranucal ou entre o 1° e 8° escudo lateral vs. entre o 9° e 16° escudo lateral), número de escudos laterais providos de espinho medial (24 a 33 vs. 18 a 23) e pelos divertículos marginais filiformes da bexiga natatória (distintamente maiores vs. reduzidos ou ausentes). Os adultos (> 14 cm) de H. orestis e H. affinis diferiram pela altura do pedúnculo caudal (4,11-5,71% SL vs. 5,73 -7,63% SL) e pelo tamanho da pálpebra adiposa (conspícua e alongada na borda anterior dos olhos vs. tênue na borda anterior dos olhos). Não houve diferenças morfológicas, morfométricas e merísticas entre jovens e adultos da mesma espécie. As espécies apresentaram o mesmo padrão de coloração. Exemplares de H. orestis (N=551) possuem mancha enegrecida subterminal nos primeiros raios da nadadeira dorsal, diferentemente de H. affinis (N=176) cuja mancha pode ser subterminal ou terminal. A presença de prolongamento cartilaginoso no primeiro raio da nadadeira dorsal, em alguns machos de H. orestis, corroborou o dimorfismo sexual para espécie. Exemplares de H. orestis, provenientes dos rios Amazonas, Solimões e Negro, diferem da população do rio Branco e das Bacias dos rios Essequibo e Orinoco pela presença ou não de espinhos nos escudos timpânicos e no escudo infranucal. Não há diferença quanto à bexiga natatória dessas populações. A distribuição de H. affinis foi ampliada para os rios Solimões, Tapajós, baixo e alto Xingu, Tocantins, Araguaia, Parnaíba e Sistema Pindaré-Mearim. Hassar affinis e H. orestis apresentam ampla distribuição, parcialmente disjunta, com uma área de simpatria. A descrição osteológica da espécie-tipo proporcionou um melhor conhecimento anatômico do grupo, que serve de dado básico para trabalhos como anatomia, ontogenia, ecomorfologia e futuros eventuais trabalhos de sistemática e taxonomia. / The genus Hassar (Doradidae) is a monophyletic group of Neotropical Siluriformes. The present paper is a taxonomic revision of the species of Hassar, with an osteological description of type-species H. orestis. This study was based on the survey and analysis of morphological, morphometric, meristic and color pattern characters for the recognition of the valid species and consequent diagnosis and redescriptions. The specimens analyzed (n=727), from domestic and foreign institutions, included individuals preserved in alcohol, prepared as dry skeletons, cleared and stained, x-rayed and/or photographed. The specimens were observed directly or with a stereomicroscope and camera lucida. Measures were made, preferentially, on the left side. The osteological description of Hassar orestis was based on the analysis of 23 specimens and divided into functional osteological groups namely: neurocranium, mandibular arch, hyoid arch, branchial arches, axial skeleton, nucal plates and dorsal fin, laterosensory system and appendicular skeleton. The results show Hassar as being composed by two species: H. orestis and H. affinis. Hassar orestis has H. ucayalensis as synonym. Hassar affinis has H. wilderi, H. iheringi and H. woodi as synonyms. Hassar orestis and H. affinis differ from each other by the position of the first medial thorn (at the infranucal scute or between the 1st and 8th lateral scute vs. between the 9th and 16th lateral scute), by the number of lateral scutes with a medial thorn (24 to 33 vs. 18 to 23 respectively) and by the condition filiform marginal diverticula of the swimbladder (distinctly larger vs. reduced or absent respectively). The adults (>14 cm) of H. orestis and H. affinis are distinguished by of the depth caudal peduncle (4.11-5.71% SL vs. 5.73 -7.63% SL respectively) and by the size of the adipose eyelid (conspicuous and elongate over the anterior border of the eyes vs. tenuous over the anterior border of the eyes respectively). No morphological, morphometric and meristic differences among juveniles and adults of the same species were found. Both species present the same color pattern and share a subterminal black spot on the first rays of the dorsal fin, but some specimens of H. affinis present a terminal black spot. The presence of a cartilaginous extension on prolongation in the first ray of the dorsal fin, in some males of H. orestis, confirmed the notion of sexual dimorphism for this species. Specimens of H. orestis from the Amazon, Solimões, and Negro rivers differ from the population from the Branco river and from the Essequibo and Orinoco basins by the presence or absence of thorns on the tympanic scutes and on the infranucal scute. No differences were found between the swimbladders of those populations. The distribution of H. affinis was extended for the rivers Solimões, Tapajós, upper and lower Xingu, Tocantins, Araguaia, Parnaíba and Pindaré-Mearim System. Hassar affinis and H. orestis have a wide, partially disjunct distribution, with an area of sympatry. The osteological description of the H. orestis provides a better anatomical understanding of the group, and basic data for future on anatomy, ontogeny, ecomorphology and systematics and taxonomy.

Um dos principais desafios na ictiologia Neotropical moderna refere-se à sistemática de Characidae, uma família com aproximadamente 950 espécies, dois terços da diversidade de Characiformes. Recentemente, tem sido sugerido que subunidades de Characidae sejam primeiramente estudadas e reconhecidas visando um melhor entendimento da sistemática da família como um todo. Characinae é uma destas subunidades que guarda especial importância por incluir Charax, gênero-tipo de Characidae e Characiformes. Doze gêneros e 79 espécies têm sido incluídos em Characinae, mas a subfamília ainda não havia sido foco de estudo filogenético. No presente trabalho, 35 espécies de todos os gêneros de Characinae e 29 representantes de outras linhagens de Characiformes foram incluídas em uma matriz com 151 caracteres provenientes do estudo comparado da morfologia externa, miologia e osteologia, submetida a duas análises cladísticas. Uma delas, sem incluir o gênero Priocharax, resultou em 50 árvores igualmente parcimoniosas (L=697, IC=0.29, IR=0.73). No cladograma de consenso estrito, Characinae como tradicionalmente reconhecido não é um grupo monofilético. Os gêneros usualmente atribuídos à subfamília resultaram em dois clados separados, cada qual mais proximamente relacionado a diferentes subunidades de Characiformes. Sete gêneros formam o primeiro clado (Phenacogaster ((Charax Roeboides) (Acanthocharax (Cynopotamus (Acestrocephalus Galeocharax))))), ao qual o nome Characinae é restrito. Ele é sustentado por onze sinapomorfias não ambíguas e é mais relacionado em uma politomia a outros gêneros de Characidae (i.e., Astyanax, Cheirodon, Gymnocorymbus, Hyphessobrycon, Odontostilbe e Tetragonopterus). O segundo clado inclui a tribo Heterocharacini (Lonchogenys (Heterocharax Hoplocharax)) como grupo-irmão de Gnathocharax. Seis sinapomorfias não ambíguas sustentam o monofiletismo deste clado que, por sua vez, é mais proximamente relacionado a um clado formado por Roestes e Gilbertolus, com base em oito sinapomorfias não ambíguas. O resultado da análise não corrobora a hipótese de relacionamento próximo entre Roestes e Gilbertolus e Cynodontinae. A inclusão do gênero Priocharax, que compreende duas espécies miniatura (100 árvores, L=697, IC=0.29, IR=0.73) sugere que ele é mais relacionado aos Heterocharacini com base na morfologia do pseudotímpano, aparelho de Weber e esqueleto caudal. No entanto, as profundas modificações de sua anatomia possivelmente relacionadas a eventos de truncamento ontogenético dificultam um melhor entendimento a cerca das relações deste gênero. Um estudo anatômico detalhado de Priocharax pretende fornecer evidências adicionais no que se refere às suas relações filogenéticas. Com base na hipótese de relações obtida através da análise, é proposta uma nova classificação de Characinae e Roestinae / One of the main challenges in modern Neotropical ichthyology refers to the systematics of the Characidae, a family with approximately 950 species, two-thirds of the diversity in Characiformes. It has been suggested that subunits of the Characidae should first be studied and recognized for a better understanding of the family as a whole. Characinae is one such subunit with special importance for including Charax, type-genus of the Characidae and Characiformes. Twelve genera and 79 species have been included in the Characinae, but the subfamily still lacked a phylogenetic diagnosis. In the present study, 35 species of all genera of the Characinae and 29 representing other lineages within Characiformes were included in a matrix with 151 characters from external morphology, myology and osteology, submitted to two cladistic analyses. One of them (excluding Priocharax from the dataset) resulted in 50 equally most parsimonious trees (L=697, IC=0.29, IR=0.73). In the strict consensus cladogram, Characinae as traditionally recognized is not a monophyletic group. Genera usually assigned to the subfamily resulted in two separate clades, each more related to different lineages in Characiformes. Seven genera form the first clade (Phenacogaster ((Charax Roeboides) (Acanthocharax (Cynopotamus (Acestrocephalus Galeocharax))))) to which the name Characinae is restricted. It is supported by eleven non-ambiguous synapomorphies and is more related in a politomy to other genera of the Characidae (i.e., Astyanax, Cheirodon, Gymnocorymbus, Hyphessobrycon, Odontostilbe and Tetragonopterus). The second clade includes the tribe Heterocharacini (Lonchogenys (Heterocharax Hoplocharax)) as the sister-group of Gnathocharax. Six non-ambiguous synapomorphies support this clade, which is more related to a clade formed by Roestes and Gilbertolus based on eight non-ambiguous synapomorphies. Results presented in this study do not corroborate a close relationship between Roestes and Gilbertolus and the Cynodontinae. Inclusion of the genus Priocharax, with two miniature species (100 trees, L=697, CI=0.29, RI=0.73) suggests that it is more related to the Heterocharacini based on the morphology of the pseudotympanum, Weberian apparatus and caudal skeleton. The profound modifications in its anatomy possibly related to ontogenetic truncations, however, obscure a better understanding on the relations of this genus. A detailed anatomical study of Priocharax is being designed intended to provide additional evidence regarding its phylogenetic relationships. A new classification of the Characinae and the Roestinae is proposed based on the phylogenetic hypothesis obtained herein

Submitted by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2013-08-22T12:13:37Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_ConsideracoesAnatomiaFuncional.pdf: 35442591 bytes, checksum: ca22561190a0acde2defc2b3b2017f68 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva(arosa@ufpa.br) on 2013-08-22T15:24:48Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_ConsideracoesAnatomiaFuncional.pdf: 35442591 bytes, checksum: ca22561190a0acde2defc2b3b2017f68 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-08-22T15:24:48Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_ConsideracoesAnatomiaFuncional.pdf: 35442591 bytes, checksum: ca22561190a0acde2defc2b3b2017f68 (MD5) Previous issue date: 2002 / Entre os mamíferos, os pequenos roedores compõem um grupo singular. Devido sua grande capacidade reprodutiva e adaptabilidade aos diferentes hábitats tornaram-se animais em plena explosão evolutiva. Filogeneticamente, o grupo ainda não está bem caracterizado e apresenta fortes similaridades morfológicas para os roedores Sigmodontinae da Serra dos Carajás. Através de estudos das características externas e de alguns ossos do pós-crânio relacionados ao hábito locomotor observamos que: 1) a preferência de habitat dentro da região da Serra dos Carajás entre os roedores estudados, parece não está relacionada a um padrão filogenético; 2) não foi possível estabelecer uma correlação entre as características ecológicas e as principais feições morfológicas do pós-- crânio ligadas ao desenho corporal entre os Sigmodontinae; 3) a morfologia do úmero e fêmur contém forte sinal filogenético característico de subfamília Sigmodontinae 4) os índices intermembral, crural e braquial não foram eficazes na caracterização dos vários modos de locomoção entre os roedores Sigmodontinae. / Among the mammals, the little rodents makes up a singular group. These animals have been in full evolutive process due to their capacity of reproducing and adapting to different habitats. Philogeneticly, the group still hasn't a sure characteristic and is very similar morphologically to rodents Sigmodontinae from Serra dos Carajás. Through this study of external features and some banes from post-cranium related to motions habit, we beheld: 1) The choice of the habitat in Serra dos Carajás area among the rodents seems not to be related to a phylogenetic standard; 2) It wasn't possible to set a relationship between ecological features and main morphological shape from post-cranium related to body-shape among Sigmodontinae; 3) the morphology of úmero and femur have a strong Phylogenetic sign which is another feature of subfamily Sigmodontinae; 4) the signs intermembal, crural e branquial weren't effective to identify the many way of motions among the rodents Sigmodontinae.

Abstract The purpose of my thesis is to improve the reliability of physical activity reconstructions by gaining better understanding of the effects of physical activity on bone structural adaptations: musculoskeletal stress markers (MSM) at muscle attachment sites and bone biomechanical properties. Bone responds to changes in mechanical loading resulting from activity and body weight. Activity reconstructions are important as they are the only means with which activity patterns of historic humans can be studied. However, MSMs have recently increased the debate about their reliability as activity indicators due to many bias factors which affect their appearance: age, size, sex and pathological changes. I studied the effects of physical activity on entheses from three perspectives. First, individuals performing heavy labour should have higher MSM scores compared to the light labour group due to elevated degree of mechanical loading at enthesis. This was studied on a population with known occupation and was among the first study designs of its kind. Second, a covariance between bone biomechanical properties and MSM was studied to infer etiology of MSM. The affects of activity and body weight on bone biomechanical properties are well known due to studies in sports medicine, whereas the causal mechanisms behind MSMs are not as clear. In theory, both should respond to stress with similar mechanisms. This is a novel approach to investigate the etiology behind MSMs. Third, if there is a possibility of site-specific adaptation of cortical bone, MSMs, which are local adaptations, can also result from site-specific stress. I found that while individuals performing heavy labour had higher scores, age-related changes in MSM override activity effects after biological maturity around 40 to 50 years. Also, MSMs and bone biomechanical properties are likely to remodel under same causal mechanisms as where there is an increase in one there is likely to be an increase in the other. Furthermore, bone has a possibility of site-specific response, as cortical thickness was increased at muscle pull sites compared to sites of no muscle pull. I propose that while MSM can be used to study the intensity of physical activity in individuals before they reach biological maturity, it is important to design studies where biasing factors, such as age, are considered. / Tiivistelmä Väitöskirjani tarkoitus on tutkia lihasten kiinnittymiskohtien mahdollisuuksia ja rajoituksia fyysisen aktiviteetin rekonstruktioissa ja näin parantaa rekonstruktioiden luotettavuutta. Aktiviteettihistoriaa voidaan tutkia lihasten kiinnittymiskohdista luun pinnalla tai luun poikkileikkauksen ominaisuuksista, koska luu reagoi muutoksiin mekaanisen rasituksen määrässä. Mekaaniseen rasitukseen vaikuttaa aktiviteetin lisäksi ruumiin koko. Aktiviteetin rekonstruktiot mahdollistavat ammatin ja harrastusten selvittämisen pelkän luustomorfologian perusteella. Ruumiin koon ja aktiviteetin lisäksi myös ikä, sukupuoli, patologiset muutokset sekä ruokavalio vaikuttavat lihasten kiinnittymiskohtiin. Tästä syystä tämän menetelmän rajoitusten selvittäminen on oleellista luotettavien rekonstruktioiden aikaansaamiseksi. Jos aktiviteetti heijastuu lihasten kiinnittymiskohtiin, raskasta ja kevyttä työtä tekevillä ihmisillä tulee olla erilainen luustomorfologia. Lisäksi, lihasten kiinnittymiskohtien morfologian sekä luun poikkileikkausten ominaisuuksien tulee muunnella yhdessä koska molemmat heijastavat aktiviteettia. Luun poikkileikkausten ominaisuuksien aktiviteettisidonnaisuus tunnetaan paremmin liikuntalääketieteellisten tutkimusten ansiosta. Kolmanneksi, jos luu voi vastata rasitukseen paikallisesti kasvattamalla luun paksuutta lihaksen vetosuuntaan nähden, myös luun pinnassa paikallisesti tapahtuvat muutokset ovat mahdollisia. Nämä ovat uusia lähestymistapoja aktiviteettia heijastavien syntymekanismien selvittämisessä. Tutkimustulosteni perusteella raskasta ja kevyttä työtä tekevillä ihmisillä on erilainen luustomorfologia lihaksen kiinnittymiskohdassa. Nämä muutokset ovat alttiita myös ikäsidonnaisille muutoksille, joten noin 40–50 ikävuoden jälkeen fyysisen aktiviteetin intensiteettiä ei voida enää luotettavasti rekonstruoida. Aktiviteetin aiheuttamien muutosten syntymekanismi lihaksen kiinnittymiskohdissa on todennäköisesti sama kuin luun poikkileikkausten ominaisuuksilla, koska molemmat muuntelevat yhdessä. Lisäksi huomasin, että luu voi reagoida rasitukseen myös paikallisesti, koska luun seinämät olivat paksumpia lihaksen vetosuunnassa verrattuna kohtaan, johon ei liittynyt suoraa lihaksen vetosuuntaa. Ehdotan, että lihasten kiinnittymiskohtia voidaan käyttää aktiviteetin rekonstruktioissa, kunhan tutkimuksessa otetaan huomioon muut vaikuttavat tekijät, kuten ikä.

O objetivo principal desta pesquisa foi justificar a proposta de utilização de um novo método tomográfico (cone beam) de avaliação das espessuras ósseas alveolares, maxilares e mandibulares, por meio de testes objetivos das Condições de Repetitividade e de Precisão Intermediária associadas à variação intra e interoperadores, e conforme a utilização de programa computacional independente (AutoCAD®) para a realização das medições, aplicadas à sequência do Procedimento Operacional Padrão (POP) definido para este experimento. A Fase I da pesquisa registrou os critérios de obtenção da qualidade final das imagens tomográficas definitivas, a partir de equipamento iCAT® (Imaging Sciences International, Hatfield, Pa), com parâmetros de aquisição de 120KVp, 37,7mA e 26,9s, e considerando FOV cilíndrico de 13cm e matriz de 512x512 pixels. A resolução do voxel foi de 0,25mm; A Fase II registrou os critérios exploratórios relativos às condições operacionais do software de visualização, registro (inspeção e identificação) e medição das grandezas selecionadas. A Fase III registrou a realização dos testes de repetitividade e de reprodutibilidade das medidas. Um total de 72 grandezas lineares foram previamente definidas e metodologicamente testadas em sua qualidade de inspeção, identificação e medição, a partir da avaliação de sete (7) operadores independentes, cinco dos quais eram especialistas e com Mestrado Acadêmico em Ortodontia pela FOUSP e, o outro, especialista em Radiologia Odontológica e Doutor em Diagnóstico Bucal (FOUSP). Os examinadores foram previamente instruídos, calibrados e treinados considerando os requerimentos necessários à execução dos testes propostos. O protocolo de pesquisa foi aprovado pelo Comitê de Ética em Pesquisa da Faculdade de Odontologia da Universidade de São Paulo (Parecer CAAE 0120.0.017.000-11). A análise estatística dependeu da utilização de Modelo de Componentes de Variância (hierárquico), e foram consideradas como fontes de variação: as medidas, efetuadas por um mesmo operador ou por diferentes operadores; a face considerada, vestibular ou lingual/palatina; os locais (três níveis de espessura óssea alveolar) em cada uma das faces e, ainda, os diferentes dentes. Esta análise foi realizada de forma separada para mandíbula e maxila. Valores de p<0,05 indicaram significância estatística. Os resultados indicaram significativa confiabilidade geral no método proposto, considerando a Condição de Repetitividade, com apenas 0,24% da variabilidade maxilar total atribuível a um único operador, e mandibular de 0,53%; e com valores expressivos relativos às incertezas de medida maxilares (0,156mm) e mandibulares (0,091mm), desse modo atestando significativa consistência interna (repetibilidade) do método. Os testes da Condição de Precisão Intermediária também indicaram significativa confiabilidade geral no método proposto, com apenas 1,52% da variabilidade total mandibular atribuível à participação de diversos operadores, e maxilar de 0,25%; e com valores também expressivos relativos às incertezas de medida mandibulares (0,149mm) e maxilares (0,158mm), desse modo atestando significativa condição final de reprodutibilidade. Conclui-se que a utilização de imagens provenientes de tomógrafo iCAT®, conforme indicação de resolução de imagem com voxel de 0,25mm, em humanos vivos e a partir de cortes trans-axiais sistematicamente operacionalizados com auxílio de Software AutoCAD®, propicia a geração de condições metodológicas suficientemente favoráveis à obtenção de mapeamento quantitativo linear de espessuras ósseas alveolares, vestibulares e palatinas/linguais, tanto para a maxila quanto para a mandíbula. / This research aimed to justify the proposed use of a new tomography method (cone beam) in the clinical assessment of alveolar, maxillary and mandibular bone width, through objective tests of the Conditions of Repetitiveness and Intermediate Precision associated with intra- and inter-operator variation, using the independent computer program (AutoCAD®) for the execution of the measurements according to the Standard Operating Procedure (SOP) sequence defined for this experiment. Phase I of the research recorded the criteria for obtaining the final quality of the tomography images, using iCAT® (Imaging Sciences International, Hatfield, Pa, USA) equipment with acquisition parameters 120KVp, 37.7mA, and 26.9s, and considering cilindric field-of-view (FOV) of 13cm and 512x512 pixels matrix. The voxel resolution was 0.25mm. Phase II recorded the exploratory criteria relative to the operational conditions of the visualization software, registry (visual inspection and landmark identification) and measurement of the selected magnitudes. Phase III recorded the tests of repeatability and reproducibility of the measurements. A total of 72 linear magnitudes were previously defined and methodologically tested for their quality of inspection, identification and measurement, based on assessment by seven (7) independent operators, five of whom were specialists, with masters degrees in Orthodontics from FOUSP; and the other, a specialist in Dental Radiology and Doctor of Oral Diagnosis (FOUSP). The examiners were previously instructed, calibrated and trained according to the requirements for performing the proposed tests. The research protocol was approved by the Committee for Ethics in Research of the Faculty of Dentistry at the University of São Paulo (Protocol # 102/11-CAAE 0120.0.017.000-11). Statistical analysis used the (hierarchical) Components of Variation Model, and the sources of variation were considered to be: the measurements, made by the same operator or by different operators; the face considered, whether vestibular or lingual/palatal; the locations (three levels of alveolar bone thickness) in each of the faces and, also, the different teeth. This analysis was carried out separately for the mandible and the maxilla. Values of p<0.05 indicated statistical significance. The results indicated overall significant reliability in the proposed method considering the Condition of Repetitiveness, with only 0.24% of total maxillary, and 0.53% of mandibular, variability attributable to a single operator; and with expressive values relative to measurement uncertainties of maxillary (0.156 mm) and mandibular (0.091mm) averages, thereby attesting to significant internal consistency (\"repeatability\") of the method. Tests for the Condition of Intermediate Precision also indicated overall significant reliability of the proposed method, with only 1.52% total mandibular, and 0.25% maxillary, variability attributable to the participation of the various operators; and, also, with expressive values relative to measurement uncertainties of mandibular (0.149mm) and maxillary (0.158mm) averages, thereby attesting to the significant final condition of reproducibility. It is concluded that the use of images from iCAT® tomography, as indicated by image resolution with voxels of 0.25mm, in live humans and from transaxial cuts performed systematically with the help of AutoCAD® Software, provides methodological conditions sufficiently favorable for obtaining linear quantitative mapping of alveolar, vestibular and palatal/lingual bone thicknesses, for both the maxillary and mandibular dental arches.

O objetivo principal desta pesquisa foi justificar a proposta de utilização de um novo método tomográfico (cone beam) de avaliação das espessuras ósseas alveolares, maxilares e mandibulares, por meio de testes objetivos das Condições de Repetitividade e de Precisão Intermediária associadas à variação intra e interoperadores, e conforme a utilização de programa computacional independente (AutoCAD®) para a realização das medições, aplicadas à sequência do Procedimento Operacional Padrão (POP) definido para este experimento. A Fase I da pesquisa registrou os critérios de obtenção da qualidade final das imagens tomográficas definitivas, a partir de equipamento iCAT® (Imaging Sciences International, Hatfield, Pa), com parâmetros de aquisição de 120KVp, 37,7mA e 26,9s, e considerando FOV cilíndrico de 13cm e matriz de 512x512 pixels. A resolução do voxel foi de 0,25mm; A Fase II registrou os critérios exploratórios relativos às condições operacionais do software de visualização, registro (inspeção e identificação) e medição das grandezas selecionadas. A Fase III registrou a realização dos testes de repetitividade e de reprodutibilidade das medidas. Um total de 72 grandezas lineares foram previamente definidas e metodologicamente testadas em sua qualidade de inspeção, identificação e medição, a partir da avaliação de sete (7) operadores independentes, cinco dos quais eram especialistas e com Mestrado Acadêmico em Ortodontia pela FOUSP e, o outro, especialista em Radiologia Odontológica e Doutor em Diagnóstico Bucal (FOUSP). Os examinadores foram previamente instruídos, calibrados e treinados considerando os requerimentos necessários à execução dos testes propostos. O protocolo de pesquisa foi aprovado pelo Comitê de Ética em Pesquisa da Faculdade de Odontologia da Universidade de São Paulo (Parecer CAAE 0120.0.017.000-11). A análise estatística dependeu da utilização de Modelo de Componentes de Variância (hierárquico), e foram consideradas como fontes de variação: as medidas, efetuadas por um mesmo operador ou por diferentes operadores; a face considerada, vestibular ou lingual/palatina; os locais (três níveis de espessura óssea alveolar) em cada uma das faces e, ainda, os diferentes dentes. Esta análise foi realizada de forma separada para mandíbula e maxila. Valores de p<0,05 indicaram significância estatística. Os resultados indicaram significativa confiabilidade geral no método proposto, considerando a Condição de Repetitividade, com apenas 0,24% da variabilidade maxilar total atribuível a um único operador, e mandibular de 0,53%; e com valores expressivos relativos às incertezas de medida maxilares (0,156mm) e mandibulares (0,091mm), desse modo atestando significativa consistência interna (repetibilidade) do método. Os testes da Condição de Precisão Intermediária também indicaram significativa confiabilidade geral no método proposto, com apenas 1,52% da variabilidade total mandibular atribuível à participação de diversos operadores, e maxilar de 0,25%; e com valores também expressivos relativos às incertezas de medida mandibulares (0,149mm) e maxilares (0,158mm), desse modo atestando significativa condição final de reprodutibilidade. Conclui-se que a utilização de imagens provenientes de tomógrafo iCAT®, conforme indicação de resolução de imagem com voxel de 0,25mm, em humanos vivos e a partir de cortes trans-axiais sistematicamente operacionalizados com auxílio de Software AutoCAD®, propicia a geração de condições metodológicas suficientemente favoráveis à obtenção de mapeamento quantitativo linear de espessuras ósseas alveolares, vestibulares e palatinas/linguais, tanto para a maxila quanto para a mandíbula. / This research aimed to justify the proposed use of a new tomography method (cone beam) in the clinical assessment of alveolar, maxillary and mandibular bone width, through objective tests of the Conditions of Repetitiveness and Intermediate Precision associated with intra- and inter-operator variation, using the independent computer program (AutoCAD®) for the execution of the measurements according to the Standard Operating Procedure (SOP) sequence defined for this experiment. Phase I of the research recorded the criteria for obtaining the final quality of the tomography images, using iCAT® (Imaging Sciences International, Hatfield, Pa, USA) equipment with acquisition parameters 120KVp, 37.7mA, and 26.9s, and considering cilindric field-of-view (FOV) of 13cm and 512x512 pixels matrix. The voxel resolution was 0.25mm. Phase II recorded the exploratory criteria relative to the operational conditions of the visualization software, registry (visual inspection and landmark identification) and measurement of the selected magnitudes. Phase III recorded the tests of repeatability and reproducibility of the measurements. A total of 72 linear magnitudes were previously defined and methodologically tested for their quality of inspection, identification and measurement, based on assessment by seven (7) independent operators, five of whom were specialists, with masters degrees in Orthodontics from FOUSP; and the other, a specialist in Dental Radiology and Doctor of Oral Diagnosis (FOUSP). The examiners were previously instructed, calibrated and trained according to the requirements for performing the proposed tests. The research protocol was approved by the Committee for Ethics in Research of the Faculty of Dentistry at the University of São Paulo (Protocol # 102/11-CAAE 0120.0.017.000-11). Statistical analysis used the (hierarchical) Components of Variation Model, and the sources of variation were considered to be: the measurements, made by the same operator or by different operators; the face considered, whether vestibular or lingual/palatal; the locations (three levels of alveolar bone thickness) in each of the faces and, also, the different teeth. This analysis was carried out separately for the mandible and the maxilla. Values of p<0.05 indicated statistical significance. The results indicated overall significant reliability in the proposed method considering the Condition of Repetitiveness, with only 0.24% of total maxillary, and 0.53% of mandibular, variability attributable to a single operator; and with expressive values relative to measurement uncertainties of maxillary (0.156 mm) and mandibular (0.091mm) averages, thereby attesting to significant internal consistency (\"repeatability\") of the method. Tests for the Condition of Intermediate Precision also indicated overall significant reliability of the proposed method, with only 1.52% total mandibular, and 0.25% maxillary, variability attributable to the participation of the various operators; and, also, with expressive values relative to measurement uncertainties of mandibular (0.149mm) and maxillary (0.158mm) averages, thereby attesting to the significant final condition of reproducibility. It is concluded that the use of images from iCAT® tomography, as indicated by image resolution with voxels of 0.25mm, in live humans and from transaxial cuts performed systematically with the help of AutoCAD® Software, provides methodological conditions sufficiently favorable for obtaining linear quantitative mapping of alveolar, vestibular and palatal/lingual bone thicknesses, for both the maxillary and mandibular dental arches.