L’étude des effets de la nutrition sur les profils saisonniers de reproduction ainsi que sur les techniques naturelles visant à maîtriser ce caractère, présente un intérêt tout particulier pour le développement de systèmes d’élevage ovins durables. Nos travaux démontrent que l’état d’engraissement est un facteur capable d’interagir avec la photopériode pour moduler le moment des transitions saisonnières reproductives. Cet effet n’affecte pas la synchronisation annuelle du rythme reproductif des brebis et s’effectue indépendamment de leur degré de saisonnalité. Les effets de l’état d’engraissement se transmettent, en partie via la voie AMPK, sur l’amplitude du rythme journalier et endogène de sécrétion de mélatonine chez la brebis Île-de-France, sans qu’une implication fonctionnelle de ce phénomène puisse être déterminée. Enfin, l’état d’engraissement contribue de façon significative à la variabilité de la réponse des brebis à un traitement d’implants de mélatonine ainsi qu’à la réalisation d’un effet mâle, tous deux réalisés en fin de saison d’anoestrus chez la brebis Île-de-France. / To determine the effect of nutrition on the seasonal patterns of reproduction and on the natural techniques used to control these patterns, is a feature of particular interest in the development of sustainable sheep breeding systems. This work establishes that body condition is a potent factor that interacts with photoperiod to modulate the timing of seasonal reproductive transitions in sheep. This effect does not result in an alteration in the synchronization of the annual reproductive rhythm and is independent of the degree of seasonality of the breed of sheep considered. The effect of body condition involves the AMPK system to alter the amplitude of the daily and endogenous rhythm of secretion of melatonin in the Ile-de-France breed of sheep; a functional implication for this phenomenon remains to be determined. Finally, body condition contributed significantly to the variability of the response of sheep to a treatment with melatonin implants and to the male effect, both performed at the end of the anestrus season for the Ile-de-France breed.

. La gestion extensive des prairies constitue une alternative à labandon de certaines surfaces mais conduit à une hétérogénéité spatio-temporelle en quantité et en qualité du couvert. Notre objectif était de déterminer comment le comportement de lanimal et la dynamique du couvert végétal expliquent le développement et lorganisation spatiale de cette hétérogénéité au cours de la saison de pâturage. Le développement de lhétérogénéité du couvert végétal sur deux parcelles de dactyle pâturée en continu par des brebis, lune avec un chargement fort et lautre avec un chargement faible, a été mis en relation avec lingestion et le comportement alimentaire et spatial des animaux (essai 1). Ceux-ci ont adapté leur comportement aux échelles des bouchées, des stations alimentaires et des déplacements entre patches en vue de maximiser la qualité de lingéré. A partir de lépiaison leur mode de déplacement na plus été aléatoire et sest organisé autour dune échelle charnière de 5 mètres. Sur la parcelle peu chargée, ce comportement sest traduit dès la floraison par lémergence dune rétroaction positive conduisant au pâturage répété des zones de meilleure qualité. La variabilité du couvert sest organisée en macro et en micro-hétérogénéité sans quune échelle particulière dorganisation spatiale puisse être identifiée. Nous avons analysé le rôle de la sévérité et de la fréquence de pâturage sur la différenciation des couverts végétaux et sur lévolution des préférences des brebis entre ceux-ci (essai 2). Dans la gamme de situation étudiée, la différenciation des couverts a résulté principalement de la pression de pâturage globale. Les préférences des animaux ont été expliquées par labondance relative en limbes verts des couverts végétaux et par la fréquence de pâturage. Ces résultats sont discutés selon une perspective temporelle, une perspective spatiale, et par rapport à des modèles théoriques de développement de lhétérogénéité.

L'homme fait partie intégrante du monde relationnel des animaux domestiques, notamment des animaux de rente. Il a donc un rôle à jouer dans leur bien/mal-être. L'objectif de cette thèse était de déterminer par quel(s) mécanisme(s) l'affinité pour le soigneur (motivation pour rechercher sa présence) peut se développer. Le modèle d'étude était les agneaux allaités artificiellement. L'allaitement artificiel est favorable au développement de l'affinité du fait des contacts donnés par le soigneur (physiques, alimentation). Nous avons confronté l'hypothèse d'un attachement, relation émotionnelle qui donne à la figure d'attachement une valeur apaisante, à celle d'un conditionnement, association du soigneur à un renforcement, sans les considérer comme exclusives. Le développement d'une affinité en l'absence de renforcement externe, l'apaisement et l'augmentation de l'exploration en présence du soigneur, la détresse de la séparation, sont des manifestations d'un possible attachement. Le développement d'une affinité par association du soigneur à un renforçateur (ici l'alimentation), la recherche de ce renforçateur au contact du soigneur, l'augmentation de l'affinité liée à un état de faim, l'extinction en l'abscence de ce renforçateur sont des manifestations d'un conditionnement. Dans une première partie méthodologique, nous avons montré que les réponses au soigneur dans un test individuel en environnement nouveau sont répétables, ce qui valide l'utilisation de ce test. Nous avons ensuite montré que l'affinité peut se développer sans association du soigneur à l'alimentation, même si l'alimentation pourrait accélérer le phénomène. Des comportements supportant l'existence d'un attachement au soigneur (recherche de son contact, apaisement en sa présence, détresse après une séparation, retour vers lui après un évènement anxiogène) ont été observés alors que le soigneur n'était associé à aucun renforçateur externe. En conclusion, le rôle de renforçateur de l'alimentation n'est pas déterminant dans l'affinité des agneaux pour les soigner. Les propriétés intrinsèques au soigneur suffisent à l'expression de comportement suggérant l'existence d'un attachement.

Le développement de l’agriculture en Tunisie Centrale a favorisé l’expansion des cultures au détriment des terres de parcours et du secteur de l’élevage. L’arboriculture surtout d’oliviers, s’est développée grâce à la privatisation des terres collectives. En conséquence, il y a une régression de la superficie des parcours steppiques qui a été amplifié par très forte augmentation démographique dans les années 1970-90. En revanche, le cheptel national a connu une importante croissance, bien que pour la majorité des troupeaux, la végétation pastorale couvre à peine 20 % des besoins alimentaire des animaux. Ce taux a chuté de façon très importante et de façon continue depuis 1995. Cette évolution induit une double problématique de vulnérabilité de la majorité des élevages : la dépendance à la disponibilité et prix des aliments concentrés ; les aléas météorologiques dont dépend les différentes sources de pâtures. Notre questionnement généralement porte sur la diversité des voies d’adaptations à ces facteurs de transition et les différences de vulnérabilité selon les choix d’adaptation des éleveurs. Nos travaux confirment que la chute de la couverture alimentaire par la végétation des parcours est de l’ordre de 80 % en 6 ans. Cette contribution des parcours à l’alimentation des parcours repose essentiellement sur les parcours améliorés, qui représentent 75 % de la superficie des parcours collectifs et domaniaux. La gestion par les services de l’Etat de l’accès à ces parcours permet une utilisation saisonnière, évitant des charges trop importantes. Cette régulation, imposée au travers du paiement d’un droit d’accès et d’un contrôle par des agents de l’Etat présents sur le terrain, semble plutôt bien fonctionner, d’un point de vue préservation de la ressource.Les parcours naturels (non gérés par les services de l’Etat) sont quant à eux très peu fréquentés. Cette très faible utilisation est le reflet de décisions individuelles des éleveurs face à l’état de ces parcours. Le passage d’un système pastoral à un système agropastoral, voir à territoire essentiellement de cultures s’avère une réalité, dans le cadre d’une transition de quelques décennies. Nos travaux permettent d’estimer que les concentrés constituent de 13 à 24 % de la matière sèche ingérée par les brebis, selon les 3 types d’élevage naisseurs. Le reste de l’ingéré correspond à des fourrages, distribués : foin, cactus… ; ou pâturés : chaumes de céréales, céréales sinistrées, déprimage, repousses ou végétation des parcours. Un système agriculture-élevage émerge nettement qui produit 3 agneaux par brebis en deux ans. Nos études sur l’identification des différentes formes d’adaptation, révèlent des pistes pour trouver des voies alternatives de gestion des parcours aptes à maintenir le renouvellement des ressources pastorales et de créer des nouvelles stratégies agropastorales. / The Tunisian agriculture development is supporting the expansion of cultivated area in favor to the grounds of rangeland relative to the breeding sector. The arboriculture especially olive-trees was developed thanks to the privatization of the collective grounds. In addition a significant demographic increase amplified strongly the regression surface regression of the steppe rangeland between 1970 and 1990. On the other hand, the national livestock showed a considerable growth, while the pastoral vegetation covers hardly 20% of the food needs of the animals for the majority of the herds. Since 1995, this rate is decreasing significantly and continuously, This evolution induces double problems vulnerability of the majority of the breeding. In fact is depending on the availability and the price of concentrated food and the weather risks which various sources on grazing are depending. Our questioning is related to the diversity of the adaptation ways to these heavy transition factors and the differences in vulnerability of the adaptation of the stock breeders. Our study confirms that the rangeland vegetation is covering about 80% of the food needs during six years. This contribution is primarily resulting to the improved rangeland, which are accounting for 75% of the surface of the collective and domanial rangeland. The state management of the rangeland access allows a seasonal use which is avoiding important loads. From a safe guarding point of view of the resource this law which is imposed through the payment of the right of the access and the control by the government officials, seems to be functional. The natural courses which are not managed by the services of the State, are very little attendedThis low use is the reflection of the individual decision of the stock breeders ending on the state of these courses. The transition from a pastoral system to an agropastoral system proves to be carried out appeared in very few decades. Our work showed that, for the three considered types of breeding naisseurs, 13 to 24% of the dry matter introduced by the ewes is provided by the concentrates. The rest of the introduced corresponds to fodder, distributed: hay, cactus…; or grazed: cereal thatches, cereals disaster victims, déprimage, push backor vegetation of the courses. A system of agriculture-breeding is clearly emerging is: producing three lambs per ewe in two years.

La demande en produits animaux pousse les éleveurs à réduire les intrants et supprimer les traitements hormonaux pour la maîtrise de la reproduction des ovins. Ces exigences ont relancé les études sur des méthodes qui s’appuient davantage sur les comportements spontanés des mâles et des femelles. Le détecteur électronique des chaleurs, développé par l’UMR Selmet, semblait prometteur et il fallait l’accompagner de validations expérimentales. Ces études ont été réalisées en race Mérinos d’Arles du Domaine du Merle qui sont élevées en système d’élevage extensif et se reproduisent à contre saison. Nous avons tout d’abord validé ce détecteur sur des brebis suivies par vidéo. Nous montrons que 93% des chevauchements sont effectivement enregistrés et comme les brebis en œstrus acceptent plusieurs chevauchements : toutes les brebis sont détectées. Dans une deuxième étape nous avons utilisés plusieurs béliers avec des effectifs plus importants (n=60). Ceci nous a confirmé, pour la brebis des fortes variabilités 1) de la réponse aux traitements hormonaux, 2) de la durée des chaleurs et 3) du nombre de chevauchements par brebis. Pour les béliers, nous avons mis en évidence une forte dispersion du nombre de chevauchements qui s’est répétée, avec les mêmes brebis, sur les cycles suivants. Nous avons ensuite étudié plus précisément le comportement sexuel des béliers en les plaçant en test visuel (méthode de référence) avec quelques brebis en chaleur. Pour cela nous avons évalué 6 béliers entiers Mérinos et 6 béliers vasectomisés Mourérous, à un an d’intervalle lors de la lutte de printemps et aussi à celle d’automne. Nous avons retrouvé les amplitudes classiques des variations saisonnières sur les activités des béliers aux trois saisons.Nous avons montré que la libido des mâles définie par la somme de leurs activités pré-copulatoires ou copulatoires était bien corrélée (r=+0,80, n=18) aux chevauchements mesurés avec le détecteur sur plusieurs centaines de brebis la libido peut être assimilée aux activités copulatoires que nous mesurons avec les chevauchements. De plus, nous obtenons une corrélation claire entre les activités copulatoires observées et collectées automatiquement en troupeaux. Le classement des béliers selon leur libido sont était très répétable intra-saison (de cycle a l’autre) et enter-saison (d’une saison à l’autre). A un an d’intervalle la répétabilité a été meilleur (94%) avec les chevauchements qu’avec les mesures des tests (80%). Sachant que la fertilité des brebis sous-alimentées est plus faible, nous avons étudié les comportements de brebis ayant subi 3 régimes alimentaires contrastés appliqués pendant 3 mois. Nous montrons que la réceptivité et la proceptivité de brebis ne changent pas selon leur état nutritionnel, par contre leur capacité à attirer les béliers (attractivité) est d’autant plus forte qu’elles sont plus lourdes et/ou qu’elles avaient des profils métaboliques favorables (métabolites et hormones). Ces données, obtenues en lot expérimental par des méthodes de référence, ont été validées en troupeau avec le détecteur électronique. Dans la discussion générale, nous reprenons nos résultats pour montrer qu’en système d’élevage extensif les brebis jouent un rôle central dans l’attraction, ou pas, des béliers. Ces béliers, bien que choisis pour la reproduction, ont des libidos très variables mais répétables. Le détecteur de chaleur, inclus dans un système d’élevage de précision, pourrait servir en élevage pour améliorer la reproduction des ovins en s’appuyant sur ces connaissances. / Automatically recorded mountings of rams provide information on their libido and breeding value of ewes.Abstract:The demand for livestock products pushes farmers to reduce inputs and remove hormonal treatments used to control ewe’s reproduction. These trends put forward research lines that are aimed to study sexual behaviours of both rams and ewes. The electronic oestrus detector, developed by UMR Selmet, looked promising but still had to be accompanied by further experimental validation. Our studies were conducted on Merino’s d’Arles sheep of Domaine de Merle, which are bred in an extensive farming system with a mating period occurring in spring as many other Mediterranean breeds. Our first step was to validate the electronic detector on sheep by comparison to video observation. We showed that 93% of mounts are registered, and as ewes in oestrus accept multiple mounts: all the ewes are detected with this device. In a second step we used several rams (n=6) with a larger number of ewes (n = 60). This confirmed that ewes express a strong variability 1) of the timed response to hormonal treatments, 2) of the oestrus duration and 3) the total number of mounts per ewe. We also demonstrated that the wide dispersion of the number of mounts done by rams was however repeated, with the same flock, in subsequent cycles.Then, we focussed on ram sexual behaviour by placing them with few oestrus ewes under visual test (the reference method). We evaluated 6 intact Merino rams and 6 vasectomized rams of the Mourerous breed, this test was done thrice: at spring one year apart and also at the autumn. We found conventional amplitude of seasonal variations on the activities of rams during the three seasons. We demonstrated that male libido, defined by the sum of their pre-copulatory and copulatory activity, was well correlated (r = + 0.80, n = 18) with the counted mounts by the detector of the same rams but with several hundreds of ewes. Therefore, the libido can be estimated by number of mounts. In addition, we get a clear correlation between the observed copulatory activities and automatically collected mounts within a flock of ewes. We found that ranked rams’ libido scores are repeated. This is very stable within-season (one cycle) and between-seasons (from one season to the next). A one year apart repeatability of mounts was better (94%) within the flock than when measured by mounts number during tests (80%). Given that fertility of undernourished ewes is lower, we studied the behavior of ewes that underwent three contrasting diets applied for 3 months. We observed that receptivity and proceptivity of ewes do not change according to their nutritional status, through against their ability to attract the rams (attractiveness) is much stronger if they are heavier and/or had favorable metabolic profiles (metabolites and hormones). These results were further confirmed within rams’ mating flock (when bodyweight are widespread). In the discussion, we resume our results that show that within extensive livestock system, ewe plays a central role in attracting or not the rams. These rams, although chosen for breeding, have very variable but repeated libido score. The electronic oestrus detector, included in a precision farming system, could be used to improve the breeding of sheep, based on this knowledge.Keywords: sexual behaviour, preferential mating, libido, attractiveness, receptiveness, proceptivity and precision farming.

Cette étude vise à caractériser le «crampage», une entité relativement nouvelle dans l’industrie ovine au Québec. Les signes cliniques se manifestent au pas, par une hyperflexion (hanche, grasset, jarret), d’un ou des deux membres pelviens. Cinq agneaux naturellement affectés et cinq agneaux appariés cliniquement normaux ont été soumis à des examens physique, neurologique et orthopédique, à des techniques d’imagerie avancée (tomodensitométrie, résonance magnétique), à des tests électrodiagnostiques (électromyogramme, vitesses de conduction nerveuse motrice et sensitive) puis à une nécropsie. Des hématologies, biochimies ainsi que des analyses du liquide céphalorachidien ont également été réalisées. Les résultats ont été comparés entre les groupes (affectés/cliniquement normaux). Il a été constaté à la tomodensitométrie que la surface du canal vertébral mesurée au niveau de la deuxième vertèbre lombaire était inférieure dans le groupe des agneaux affectés (p=0.045). Aucune répercussion n’a été constatée sur le segment de moelle épinière correspondant. La racine S2, quant à elle, était plus grêle dans le groupe des agneaux affectés (p=0.01). À l’issue de cette étude, une cause orthopédique, musculaire ou neurologique consécutive à une lésion structurale de la moelle épinière a été écartée. Il pourrait s‘agir d’une atteinte sensitive de la racine S2 altérant la sensation dans le membre affecté, toutefois, une anomalie fonctionnelle cérébrale ou de la moelle épinière dans le renflement lombaire, est également à considérer. Sans anomalie musculaire, l’appellation «crampage» est inexacte. Nous proposons de la remplacer par des termes plus descriptifs comme «syndrome d’hyperflexion» ou «high stepping gait». / This study aims to characterize "crampage" [cramping] a relatively new condition in the sheep industry in Quebec. This condition is easily recognized by the particular gait displayed by affected sheep, characterized by a hyperflexion (hip, stifle, hock) of one or both pelvic limbs while walking. Five naturally-affected and 5 clinically normal lambs, matched by age and weight, were subjected to physical, neurological and orthopedic examinations followed by advanced imaging (CT, MRI), and electrodiagnostic testing (electromyogram, motor and sensory nerve conduction velocities). Complete blood count, serum biochemistries and cerebrospinal fluid analysis were also performed. At the study’s completion, the lambs were humanely euthanazied and necropsied. The cross-sectional area of the vertebral canal on CT images, at the level of the second lumbar vertebra, was smaller in the affected group compared to clinically normal lambs (p = 0.045). No associated change was observed in the corresponding spinal cord segment. In addition, the S2 nerve root was narrower in the affected group (p = 0.01). This study excludes a musculoskeletal origin for this problem. A spinal cord lesion was also excluded as an etiology for this condition. A sensory impairment of the S2 nerve root, altering the sensation of the affected limb, may serve as the underlying cause. A cerebral or a functional abnormality in the lumbar intumescence could also be considered. Without an obvious muscular abnormality, the lay term "crampage" is inaccurate. We propose more descriptive terminology, such as "hyperflexion syndrome" or "high stepping gait".

La question du bien-être de l’animal ne se pose que si on lui reconnaît le statut d’être sensible, capable de ressentir des émotions. Les émotions dépendent de processus cognitifs qu’entreprend l’animal pour évaluer son environnement. Pour comprendre le passage des émotions à un état de bien-être, nous avons étudié si ces processus cognitifs peuvent être biaisés par les émotions, lesquelles en retour seraient modulées durablement. Un modèle de stress chronique a été développé sur ovins : des agnelles sont exposées de manière répétée à des évènements aversifs, imprévisibles et incontrôlables. L’altération des systèmes neuroendocriniens et la potentialisation de la réactivité émotionnelle confirment que les agnelles ont développé un stress. Ensuite, l’effet de ce stress chronique sur les processus d’évaluation a été exploré : les agnelles stressées montrent une évaluation négative et des déficits d’apprentissage. Enfin, nous avons cherché à savoir si l’induction répétée d’émotions positives chez des agnelles stressées peut contrecarrer les biais d’évaluation négative induits par le stress. Elles évaluent de manière plus positive les événements ambigus que les agnelles uniquement stressées. L’accumulation d’émotions négatives peut conduire l’animal à développer une perception pessimiste de son environnement et une anhédonie, qui contribuent à auto-entretenir l’état de stress. La réduction d’anhédonie après induction répétée d’émotions positives montre que des stratégies cognitivo-comportementales sont envisageables pour corriger un stress. Bien qu’analytiques, ces travaux contribuent à la conception de pratiques d’élevage innovantes améliorant la qualité de vie des animaux. / The term ‘animal welfare’ embraces both physical and mental well-being of animals. The consideration of mental well-being of animals results from the acceptance that they are sentient beings that feel emotions. Emotions depend on cognitive abilities used by animals to evaluate its environment. To understand the progression from emotions to welfare state, we investigated whether these cognitive abilities could be biased by emotions which would be in turn modified in a lasting fashion. A model of chronic stress was developed in sheep : female lambs were repeatedly exposed to unpredictable and uncontrollable aversive events. The alteration of neuroendocrine systems and the increase of emotional reactivity showed that lambs underwent a chronic stress experience. Then, we investigated the impact of chronic stress on cognitive abilities : chronic stressed lambs showed negative evaluation and learning deficits. Finally, we investigated if a repeated exposure to positive emotions could alleviate negative cognitive biases in chronically stressed lambs. These animals showed a more positive evaluation of ambiguous events than lambs which had only been chronically stressed. Accumulation of negative emotions could lead the animal to develop a pessimistic-like perception of environment and anhedonia thus reinforcing and maintaining the state of stress. A decrease in anhedonia after repeated exposure to positive emotions in stressed animals showed that cognitive-behavioral strategies are possible to alleviate negative effects of stress. This work will contribute to develop innovating rearing practices which improve animal welfare.

La question du bien-être de l'animal ne se pose que si on lui reconnaît le statut d'être sensible, capable de ressentir des émotions. Les émotions dépendent de processus cognitifs qu'entreprend l'animal pour évaluer son environnement. Pour comprendre le passage des émotions à un état de bien-être, nous avons étudié si ces processus cognitifs peuvent être biaisés par les émotions, lesquelles en retour seraient modulées durablement. Un modèle de stress chronique a été développé sur ovins : des agnelles sont exposées de manière répétée à des évènements aversifs, imprévisibles et incontrôlables. L'altération des systèmes neuroendocriniens et la potentialisation de la réactivité émotionnelle confirment que les agnelles ont développé un stress. Ensuite, l'effet de ce stress chronique sur les processus d'évaluation a été exploré : les agnelles stressées montrent une évaluation négative et des déficits d'apprentissage. Enfin, nous avons cherché à savoir si l'induction répétée d'émotions positives chez des agnelles stressées peut contrecarrer les biais d'évaluation négative induits par le stress. Elles évaluent de manière plus positive les événements ambigus que les agnelles uniquement stressées. L'accumulation d'émotions négatives peut conduire l'animal à développer une perception pessimiste de son environnement et une anhédonie, qui contribuent à auto-entretenir l'état de stress. La réduction d'anhédonie après induction répétée d'émotions positives montre que des stratégies cognitivo-comportementales sont envisageables pour corriger un stress. Bien qu'analytiques, ces travaux contribuent à la conception de pratiques d'élevage innovantes améliorant la qualité de vie des animaux.

L'érosion de la biodiversité prairiale est devenue une préoccupation majeure à l'échelle Européenne. Le pâturage ovin est supposé avoir un impact négatif sur la diversité prairiale, en raison de leur forte sélectivité pour les dicotylédones, indispensables aux insectes pollinisateurs. Comparés aux bovins, les ovins structurent peu les couverts et créent également moins de niches écologiques contrastées. L'objectif de cette thèse était de tester la faisabilité, et les bénéfices en pâturage ovin, d'une conduite en rotation dans laquelle une sous-parcelle est temporairement exclue du pâturage au moment du pic de floraison. Les effets de cette conduite ont été comparés à ceux d'un pâturage continu au même chargement. Au delà des indicateurs directs de performances zootechniques et de biodiversité (plantes, papillons, bourdons et carabes), nous avons analysé la sélection alimentaire des brebis dans les deux modes de conduite. Nous avons aussi cherché à appréhender comment la race et la fertilité du milieu pouvaient moduler la faisabilité d'un tel pâturage tournant et son intérêt vis-à-vis de la préservation de la biodiversité. Indépendamment de leur race, les brebis ont présenté une sélection alimentaire accrue vis-à-vis des dicotylédones dans les parcelles pâturées en rotation, qui a rapidement entraîné une diminution de leur richesse floristique en comparaison des parcelles pâturées en continu. L'augmentation de l'intensité de floraison des sous parcelles temporairement exclues de la rotation a favorisé les bourdons, probablement en raison de l'augmentation de la ressource en pollen et en nectar. En revanche, ce mode de gestion n'a pas permis d'augmenter la densité ni la richesse spécifique des papillons et des carabes. Le bénéfice d'une mise en défens temporaire d'une partie des parcelles semble donc moindre qu'en pâturage bovin. Définir les dates de mises en défens par rapport à la floraison d'espèces indicatrices, moduler la durée de la mise en défens en fonction de la pousse de printemps, et prolonger l'exclusion de certaines parcelles en automne et en hiver sont autant de pistes qu'il nous reste à explorer, afin de déterminer les conditions d'application optimale d'une telle conduite.

La sélection génomique (SG) des animaux et des plantes a été rendue possible grâce aux avancées des biotechnologies, notamment des puces à ADN de haute densité et de faible coût. Son efficacité et sa profitabilité a été clairement démontrée chez les bovins laitiers, où elle a été très rapidement mise en pratique. En revanche, son application pour les petits ruminants est encore limitée, et, notamment, n’a pas démarré en France. Ses potentialités sont toutefois à l’étude dans quelques programmes concernant les ovins et caprins laitiers, et les responsables des filières correspondantes désirent connaitre l’efficacité de cet outil dans leur situation. Cependant, la prudence est de règle, compte tenu des différences entre les schémas de sélection des bovins laitiers et des petits ruminants. Cette étude fait partie d’un programme entrepris pour évaluer l’utilisation et la gestion de l’information génomique dans les schémas de sélection ovin et caprin. Au cours de cette thèse ont été examinés (1) l’impact de la SG sur le gain génétique dans des schémas de sélection de petits ruminants, (2) l’efficacité économique de la SG en petits ruminants, en prenant l’exemple d’un programme de sélection ovin-viande; (3) l’importance d’une optimisation de certaines décisions (quantifiées par des variables dans un modèle décrivant les schémas) pour maximiser le progrès génétique et (4) une piste contribuant à l’optimisation de la population de référence. Les modèles utilisés appartiennent au champ des méthodes déterministes et les exemples ont porté sur les schémas de sélection existants (ovins laitiers, ovins viande et caprins laitiers). Les résultats de cette étude suggèrent que la sélection génomique peut être plus rentable que la sélection classique en terme de gain génétique, à condition qu’une population de référence de taille moyenne soit disponible (environ 2000 individus). Ils montrent, en particulier dans les schémas laitiers, que le potentiel de la SG de réduire l’intervalle de génération pourrait fortement augmenter le gain génétique. Dans le schéma ovin allaitant modélisé, combiner l’information génomique et les phénotypes de caractères bouchers donne plus de gain génétique que la sélection classique ou la SG sans phénotype sur les candidats. En termes d’impacts économiques, les résultats du schéma ovin allaitant modélisé montrent que toutes les stratégies de sélection génomiques sont plus onéreuses que la sélection classique. Cependant, les gains marginaux (recettes totales moins coûts variables) de certains scénarii de SG s’avèrent légèrement plus élevés que pour la sélection classique. L’étude montre également, dans tous les schémas et stratégies de sélection, que l’optimisation de l’utilisation de variables de décision pourrait grandement augmenter le gain génétique et l’efficacité économique, par rapport aux situations actuelles. Avec cette étude, on peut conclure que la mise en place de la sélection génomique dans les programmes de sélection des petits ruminants est possible et pourrait être plus bénéfique que la sélection classique dans certains cas. Cependant, il y a plus d’obstacles par rapport aux bovins laitiers, en particulier, la construction d’une population de référence fiable et des coûts élevés de génotypages par rapport à la valeur des candidats à la sélection. Ces obstacles pourraient freiner sa mise en œuvre, voire l’empêcher dans certaines races. / Implementing genomic selection (GS) in small ruminant breeding programs is still at the research and development level. This new way of selection in animals and plants was made possible thanks to the development of low costs, high density SNP chips. It proved to be highly beneficial in dairy cattle breeding programs. The French small ruminant industries are strongly interested in evaluating the efficiency of this tool in their situation. However, they are also very cautious given the inherent differences in terms of capacity and functionalities between dairy cattle and small ruminant breeding programs. This study is part of bigger efforts mobilized to evaluate the use and management of genomic information in sheep and goats breeding programs. The PhD work examined (1) the impact of genomic selection on genetic gain of small ruminant breeding programs; (2) the economic efficiency of genomic selection in small ruminant, through an example of a meat sheep breeding program; (3) the benefits of optimizing the use of decision variables on genetic gain; and (4) contributed some ideas on how to optimize the choice of individuals in the reference population. The modeling parts were done by deterministic methods and the examples focused on the existing breeding programs (dairy sheep, meat sheep and dairy goats) with medium to small size breeding units. The results of this study suggest that adopting genomic selection can be more profitable than classic selection in terms of genetic gain, provided that, at least, a medium size reference population is available (around 2,000 individuals). They show, especially in dairy breeds, that the GS potentials of reducing generation interval could greatly increase the genetic gain. In meat sheep breeding program, exploring the possibility of combining genomic information and meat phenotypes gave higher genetic gain than classic or pure genomic selection. In terms of economic impacts, results of the meat sheep breeding program we modeled show that all genomic selection strategies are more expensive than classic selection. However, the contribution margins (total revenues minus total variable costs) of some GS variants were slightly higher than benefits from classic selection. The study also shows, across breeds and selection strategies, that optimizing the use of decision variables could greatly increase the genetic gain and benefits, compared to the current situation. With this thesis we can conclude that adopting genomic selection in small ruminant breeding programs is possible and could be more beneficial than classic selection in some cases. However, there are more obstacles compared to dairy cattle, especially, construction of reliable reference populations and high costs of genotypes relative to the value of selection candidates. These might delay implementation in general or prevent it in some breeds.