Ureases são enzimas níquel-dependentes que catalisam a hidrólise da ureia em amônia e dióxido de carbono. Além disso, apresentam diversas propriedades independentes da catálise, sendo consideradas proteínas moonlighting. São amplamente distribuídas na natureza, sendo encontradas em bactérias, arqueas, plantas e fungos, podendo se organizar em unidades funcionais compostas por uma, duas ou três subunidades. Sua ativação, que envolve a passagem da enzima de sua forma apo-urease a sua forma holourease, requer pelo menos três proteínas acessórias. Parte de suas propriedades não-catalíticas é associada à liberação de peptídeos internos da proteína nativa. Nesse contexto, a presente tese se dedicou ao estudo de diferentes aspectos da biologia estrutural de ureases. Ao elaborar uma narrativa filogenética, envolvendo varredura de bancos de dados em larga escala e diferentes algoritmos de reconstrução de árvores, foi possível propor uma rota evolutiva indicando a transição de três subunidades para uma única unidade funcional, sem passar por intermediários de duas cadeias. Quanto ao seu processo de ativação, por meio de múltiplos cálculos de atracamento baseados em dados experimentais prévios (especialmente SAXS), foram propostas estruturas para suas diferentes etapas, em resolução atomística. Finalmente, o comportamento dinâmico de diferentes peptídeos derivados de urease foram analisados computacionalmente por meio de simulações de longa duração (500 ns) e associados a outros dados obtidos in vitro, permitindo justificar efeitos diferenciais obtidos na aplicação destes peptídeos. De maneira geral, o trabalho empregou técnicas computacionais à análise de ureases, fornecendo bases para futuros estudos de suas propriedades, sejam catalíticas ou não, incluindo sua aplicação biotecnológica. / Ureases are nickel-dependent enzymes that catalyze the hydrolysis of urea into ammonia and carbon dioxide. They have many catalysis-independent properties, being considered moonlighting proteins. Ureases are found in bacteria, archaea, plants, and fungi, and may be organized in functional units composed by one, two, or three subunits. Their activation, involving the transition from apo to holourease, requires at least three accessory proteins. Some of their non-catalytic properties are related to the release of internal peptides from the native protein. In this context, this thesis was developed upon the study of different aspects of urease structural biology. By phylogenetical reconstruction, employing large-scale databank scans and different tree-building algorithms, we were able to propose an evolutionary route by which the transition from three to one functional subunits was possible, with no need for a two-chained intermediate. Regarding the activation mechanism, we have proposed structural models for the oligomeric intermediates of the process by multiple docking calculations, at atomistic resolution, based on previous experimental data (especially SAXS). Additionally, the dynamical behavior of different ureasederived peptides was analyzed by computational simulations at large time scales (500 ns) and correlated to in vitro results, allowing us to explain the variable effects observed after their application on test systems. In short, in this work we have employed computational techniques to the analysis of urease, providing working grounds for further studies of this enzyme and its properties (catalytical or not), including its biotechnological applicability.

Orientador: Carlos Eduardo Pinheiro / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-07-16T16:36:31Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Veiga_MariaCeciliaFerrazdeArruda_M.pdf: 3350284 bytes, checksum: 39a6b1312edc3c951512dd7c834da88a (MD5) Previous issue date: 1979 / Resumo: O presente trabalho teve a finalidade de isolar e caracterizar um peptídio do extrato de glândulas submandibulares de camundongos machos adultos, com ação sobre o rim. A purificação deste peptídio compreende as seguintes etapas: Homogeneização de glândulas submandibulares se camundongos em álcool etílico; Extração do precipitado alcoólico com tampão Tris ¿ HCl; Precipitação com sulfato de amônio à 75%; Aquecimento durante 10 min. à '60GRAUS¿C; Filtração em gel ¿Sephadex G-25¿. Pela análise dos resultados podemos concluir que: As glândulas submandibulares de camundongos machos, possuem um peptidio de P.M em torno de 2800. Este peptídio apresenta um componente básico e um componente acido, de pH isoelétrico em torno de 8,7 e 3,2 respectivamente. Quando injetado subcutaneamente na dose de 1,5 mg/Kg de peso em ratos, este peptído provoca poliúria e albuminuria. A ação tóxica deste peptidio sobre as estruturas renais e albuminuria. A ação tóxica deste pepticio sobre as estruturas renais é evidenciada por: desorganização do feixe capilar intra-capsular; aumento da permeabilidade capilar glomerular, ectasia tubular acentuada, vacuolização das células dos túbulos proximais / Abstract: Not informed. / Mestrado / Fisiologia / Mestre em Ciências Biológicas

Orientador: Reinaldo Marchetto / Banca: Saulo Santesso Garrido / Banca: Clóvis Ryuichi Nakaie / Resumo: O sistema toxina-antitoxina ParE-ParD é um sistema bacteriano de morte póssegregacional codificado numa ampla gama de hospedeiros. ParE é uma proteína pequena, de aproximadamente 12 kDa codificada pelo gene parE. ParD é uma antitoxina de cerca de 9 kDa, codificada pelo gene parD, capaz de complexar com ParE e neutralizá-la. Estudos têm mostrado o envolvimento da enzima DNA girase no processo de morte celular pela ParE, entretanto, não se tem disponível na literatura nenhuma evidência de inibição desta proteína sobre a atividade da topoisomerase IV. Embora encontrada numa ampla diversidade de microorganismos, ParE não possui função celular totalmente elucidada e seu mecanismo de citotoxicidade permanece ainda desconhecido. Com base na estrutura primária da proteína ParE de E. coli e nos escassos dados disponíveis para esta toxina, peptídeos miméticos foram racionalmente projetados visando compreender o mecanismo de inibição de ParE sobre a atividade da DNA girase, bem como, avaliar a ação destes miméticos na atividade da Topoisomerase IV e da Topo II humana. Estas sequências peptídicas foram sintetizadas pela metodologia de fase sólida, purificadas e analisadas por cromatografia líquida de alta eficiência e caracterizadas por espectrometria de massas. A capacidade de inibição destes peptídeos miméticos sobre a atividade das topoisomerases foi testada por ensaios de eletroforese em gel. Os peptídeos que apresentaram melhores resultados de inibição sobre a atividade das topoisomerases foram o ParERM3 e o ParEC3, projetados para conter os resíduos de aminoácidos L61-R100 e L69-R100, respectivamente, presentes na porção C-terminal da estrutura da proteína ParE de Escherichia coli. A sequência "LNIES" (L101 a S105), quando presente nos peptídeos miméticos atenuou a toxicidade dos mesmos frente às topoisomerases, provavelmente por interferir na interação peptídeo-topoisomerase. Embora não existam... / Abstract: The toxin-antitoxin system ParE-ParD is a bacterial system of post-segregational death encoded in a wide range of hosts. ParE is a small protein of approximately 12 kDa encoded by parE gene. ParD is an antitoxin about 9 kDa, encoded by the parD gene, able of complexing with ParE and neutralize it. Studies have shown the involvement of the enzyme DNA gyrase in the cell death process by ParE, however, is not available in the literature any evidence of inhibition of this protein on the activity of topoisomerase IV. Although found in a wide variety of micro-organisms, the ParE function has not been fully elucidated and its cytotoxic mechanism remains unknown. Based on the primary structure of the E. coli ParE and the limited data available for this toxin, mimetic peptides were rationally designed aiming at understanding the mechanism of inhibition of ParE on the activity of DNA gyrase, as well as on the topoisomerase IV and human topoisomerase II activities. These peptides sequences were synthesized by solid phase methodology, purified and analyzed by high performance liquid chromatography and characterized by mass spectrometry. The ability of these mimetics to inhibit the activity of topoisomerases was tested by electrophoresis on agarose gel. The peptides that showed better results on the inhibition activity of topoisomerases were ParERM3 and ParEC3 , designed to contain the L61-R100 and L69-R100 amino acids sequence, respectively, found of the C-terminal portion of the ParE structure of Escherichia coli. The "LNIES" sequence (L101 to S105), when present in the mimetic peptides, attenuated the toxicity of the peptides on topoisomerases activity, probably by interfering in the topoisomerase - peptide interactions. Despite the absence of data in the literature regarding the toxicity of ParE protein on the topo IV and human topo II activities, the peptides ParERM3 and ParEC3 showed better inhibitory activity on these enzymes when compared... / Mestre

Orientador: Saulo Santesso Garrido / Banca: Reinaldo Marchetto / Banca: Fillipe Vieira Rocha / Resumo: O presente trabalho descreve o estudo de um mimético da proteína CcdB, o CcdBSG-2, para verificar a possibilidade de formação de um complexo metálico com o lantanídeo Térbio (III) e com o íon metálico Cobre (II), bem como avaliar o potencial dos complexos em inibir a atividade das enzimas bacterianas DNA-girase e Topoisomerase IV. Este peptídeo foi sintetizado pela metodologia de síntese em fase sólida (SPFS), purificado por cromatografia líquida de alta eficiência (CLAE) e identificado por espectrometria de massas (LC/ESI-MS). Posteriormente o peptídeo foi complexado com 3 equivalentes molares de Cu(II) e Tb(III) e acompanhou-se as alterações nos espectros de absorção e emissão de fluorescência do peptídeo e espectroscopia de luminescência após a adição dos metais. Estes mesmos estudos espectroscópicos foram realizados em função do tempo para verificar o intervalo necessário para a formação de cada complexo metal-peptídeo. Foram realizados também estudos de caracterização estrutural por espectroscopia de dicroísmo circular, avaliando o peptídeo na presença e ausência dos metais. Para avaliar o potencial de inibição dos peptídeos, utilizou-se ensaios de eletroforese em gel de agarose frente as enzimas DNA girase e Topoisomerase IV e ensaios de crescimento bacteriano em meio líquido frente as bactérias Escherichia coli enterohemorrágica e Staphylococcus aureus. Ambos os testes para avaliar o potencial de inibição mostraram que os metalopeptídeos Tb(III)-CcdBSG-2 e Cu(II)-CcdBS... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The present work describes the study of a mimetic of the protein CcdB, the CcdBSG-2, to verify the possibility of formation of a metallic complex with the lanthanide Terbium(III) and with the metallic ion Copper (II), as well as to evaluate the potential of the complexes in inhibiting the activity of bacterial enzymes DNA-gyrase and Topoisomerase IV. This peptide was synthesized by the methodology of solid phase peptide synthesis (SPPS), purified by high performance liquid chromatography (HPLC) and identified by mass spectrometry (LC / ESI-MS). Later the peptide was complexed with 3 molar equivalents of Cu (II) and Tb (III), followed by changes in the spectra of absorption and emission of fluorescence of the peptide and luminescence spectroscopy after the addition of the metals. These same spectroscopic studies were performed as a function of time to verify the interval required for the formation of each metal-peptide complex. Structural characterization studies were also performed by circular dichroism spectroscopy, evaluating the peptide in the presence and absence of metals. To evaluate the inhibition potential, electrophoresis and bacterial growth assays were used in liquid medium against the peptides produced. Both tests to assess the inhibition potential showed that theTb (III) -CcdBSG-2 and Cu (II) -CcdBSG-2 metallopeptides exhibit about three times greater activity than the CcdBSG-2 peptide in the absence of the metal. These important results indicate that the increas... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: Reinaldo Marchetto / Banca: Marlus Chorilli / Banca: Luis Geraldo Vaz / Resumo: A celulose bacteriana (CB) é sintetizada por vários tipos de bactérias, com maior eficiência pela Gluconacetobacter xylinus. A CB é um biomaterial que têm uma estrutura de rede de nano fibras tridimensional com propriedades como biocompatibilidade, não toxicidade, estabilidade mecânica e alto teor de umidade, que a torna promissora para diversas aplicações, sendo que na engenharia de tecidos sua multifuncionalidade abrange a substituição temporária de tecido epitelial em casos de queimaduras, úlceras, lesões, carreador de fármacos, dentre outros propósitos. Apesar da CB apresentar potencial para ser utilizado como curativo, faz-se necessário a realização de modificações de sua superfície, com a incorporação de moléculas de adesão celular, para ajustar as deficiências da CB nativa, a fim de melhorar a adesão, migração, proliferação e diferenciação celular, tornando-se promissora para aplicações biomédicas. Deste modo, este trabalho objetivou desenvolver um curativo à base de CB contendo peptídeo promotor de adesão celular RGD (Arginina-Glicina-Ácido aspártico), sequência encontrada em várias proteínas da matriz extracelular (MEC), e avaliar in vitro sua viabilidade e proliferação de fibroblastos, com a finalidade de aplicação em regeneração tecidual de pele. O peptídeo RGD utilizado (JGB2) foi escolhido por meio de estudos computacionais, sendo sintetizado pelo método da fase sólida (estratégia Fmoc), purificado por CLAE e caracterizado por espectrometria de massas. Membranas ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Bacterial celulose (BC) is synthesizedby some bacteria, with greater efficiency by Gluconacetobacter xylinus.BC is a biomaterial that has a network 3-D structure of nanofibers with properties like biocompatibility, non-toxicity, mechanical stability, and high moisture content, whichmakes it promising fora wide range of applications, being that in the engineering of tissue its multifunctionality includes the temporary substitution of epithelial tissue in cases of burns, ulcers, injuries, drug carriers, among other purposes. Although CB present potential to be used as a dressing, it is necessary to perform modifications of its surface with the incorporation of cell adhesion moleculesto adjust the deficiencies of the native CB, in order to improve cell adhesion, migration, proliferation and differentiation, making it a promising material for biomedical applications.In this way, this work aimed to develop a dressing based on BC containing peptide promoter of cell adhesion RGD (Arginine-Glycine-Aspartic acid), sequence found in several extracellular matrix proteins (ECM) and to evaluate in vitroits viability and proliferation of fibroblasts, with the purpose of application in skin tissue regeneration. The RGD peptide used (JGB2) was chosen by means of computational studies, synthesized by the solid phase method (Fmoc strategy), purified by HPLC and characterized by mass spectrometry. CB membranes were produced by G. xylinuns, purified and functionalized by the esterification of tw... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

O peptídeo-C da proinsulina foi considerado, por muito tempo, apenas um subproduto da síntese de insulina e sem nenhuma atividade fisiológica. A ele era atribuída apenas a função do correto enovelamento da insulina madura. Estudos recentes em pacientes diabéticos e em modelos animais tem demonstrado, porém, que o peptídeo-C possui uma função fisiológica ativa, possivelmente via interação com um receptor acoplado a uma proteína-G presente em alvos de membranas celulares. Esses resultados recuperaram o interesse na estrutura da molécula, tendo sido demonstrado que a parte mais ordenada do peptídeo-C humano, de 31 resíduos, é seu pentapeptídeo C-terminal, uma região capaz de, sozinha, elucidar muitas das respostas celulares atribuídas à molécula inteira. No presente trabalho, quatro peptídeos de diferentes comprimentos (respectivamente 8, 7, 6 e 5 resíduos), correspondendo à região C-terminal do peptídeo-C humano, e um correspondendo ao heptapeptídeo final do peptídeo-C do rato, foram estudados usando técnicas de RMN. Todos os espectros foram medidos em 50% TFE/ 50% H2 O, a várias temperaturas dentro do intervalo de 277- 303 K, e analisados quanto à presença de estruturas estáveis ou tendências conformacionais, particularmente com respeito à presença de pontes de hidrogênio características de voltas-β ou - α. O critério usado para avaliar cada peptídeo incluiu a presença de ROEs característicos de voltas, os valores das constantes de acoplamento 3JNH α, e a dependência tanto do deslocamentos químico quanto da intensidade dos picos com a temperatura. Todos os peptídeos mostraram evidências da formação de voltas reversas, apesar de apresentarem padrões complexos e variações consideráveis entre si. Em nenhum deles foi observado o padrão característico da região C-terminal previamente descrita para o peptídeo-C, sugerindo que essa região não é uma entidade autônoma. ) A característica mais conservada é a presença provável de uma ponte de hidrogênio envolvendo a carbonila da G28 e o amido da cadeia principal da Q31. Tal suposição é consistente com a conservação da intensidade do pico do próton amídico da cadeia principal da Q31., com a temperatura. Existe, também, a possibilidade de que o amido da cadeia principal da Q IND.31, esteja envolvido em uma volta ALFA com a carbonila do E27, conforme observado no peptídeo-C completo. O peptídeo derivado da região C-terminal do peptídeo-C do rato mostrou um maior número de ROEs do que o correspondente peptídeo humano, além de apresentar várias características únicas. Esses dados sugerem que o peptídeo do rato possa ter uma tendência em adotar uma conformação diferente de seu correspondente humano, uma observação coerente com a especificidade da seqüência do peptídeo-C conforme evidenciada pelos experimentos de reação cruzada / Not available

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:31:00Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-08-19Bitstream added on 2014-06-13T20:21:35Z : No. of bitstreams: 1 vicente_ef_dr_araiq_parcial.pdf: 165362 bytes, checksum: 96b2cf2b3ae74363a4b5898b957a3b6a (MD5) Bitstreams deleted on 2015-06-03T11:42:42Z: vicente_ef_dr_araiq_parcial.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2015-06-03T11:44:08Z : No. of bitstreams: 1 000721605_20150819.pdf: 147542 bytes, checksum: f5cc64495e4f5a562a1e11d2ae711ce3 (MD5) Bitstreams deleted on 2015-08-20T11:58:40Z: 000721605_20150819.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2015-08-20T11:59:13Z : No. of bitstreams: 1 000721605.pdf: 4723399 bytes, checksum: 29bea79ab4fbb0c39fdce178c6b55872 (MD5) / A diidroorotato desidrogenase é uma enzima que apresenta um papel central na biossíntese de pirimidinas e catalisa a oxidação do diidroorotato a orotato. A enzima atua durante a via “de novo” de síntese de pirimidinas e está presente em quase todos os organismos vivos. A diidroorotato desidrogenase humana (HsDHODH) pode representar um importante alvo para o tratamento de doenças hiperproliferativas e inflamatórias, já que sua inibição bloqueia a síntese de ácidos nucléicos, impedindo a sua proliferação. Esta enzima tem uma estrutura monomérica e está associada com a membrana interna das mitocôndrias pela sua extensão N-terminal. Assim, entender em detalhes como esta enzima interage com a membrana poderia elucidar um alvo seletivo para drogas antiproliferativas, antiparasíticas e imunossupressivas. Esta região está também envolvida com a catálise central da enzima, sequestrando moléculas de ubiquinona presentes na membrana, fundamentais para as reações de oxirredução feitas pela enzima. Deste modo, para um melhor entendimento destes aspectos, neste trabalho foram sintetizados, por meio da Síntese de Peptídeos em Fase Sólida (SPFS) o peptídeo Ac-GDERFYAEHLMPTLQGLLDPESAHRLAVRFTSLG-NH2, que corresponde ao microdomínio existente na porção N-terminal da HsDHODH, entre os resíduos 33 e 66. Três análogos marcados com o aminoácido paramagnético TOAC nas posições 0, 12 ou 20, além de dois análogos duplamente marcados também foram obtidos. Ambos os peptídeos com dupla marcação possuem uma cisteína ligada ao spin MTSSL na posição 35 (C-terminal) se diferenciando pela posição do segundo marcador: um contendo outra cisteína ligada ao MTSSL na posição 12 e o segundo possuindo o TOAC na posição 0 (ou N-terminal). Estes peptídeos foram estudados por técnicas... / The dihydroorotate dehydrogenase is an enzyme that has a central role on the pyrimidine biosynthesis and catalyses the oxidation of dihydrorotate to orotate. The enzyme acts on de novo pyrimidines nucleotides pathway and it is present in almost all the live organisms. The human dihydroorotate dehydrogenase (HsDHODH) can represent an important target for the treatment of hiperproliferative and inflammatory diseases, since its inhibition blocks the nucleic acid synthesis, which restrains the cell proliferation. This enzyme has a monomeric structure and it is associated into the inner mitochondrial membrane by the N-terminal extension. Thus, understanding in details how this enzyme interacts with the membrane could help to elucidate a selective target for antiproliferative, antineoplasic and immunosuppressive drugs. This region is also involved with the central enzyme catalysis, harboring quinones molecules that are in the membranes, which is essential for the oxidation-reduction reactions made by the HsDHODH. In this way, for a better evaluation of these aspects, in this work we synthesized through the Solid Phase Peptide Synthesis (SPPS) the peptide Ac-GDERFYAEHLMPTLQGLLDPESAHRLAVRFTSLG-NH2, which corresponds to the HsDHODH N-terminal microdomain, between the residues 33 to 66. Three analogues labeled with the paramagnetic amino acid TOAC in the positions 0, 12 or 20 and two doubly labeled analogues were also synthesized. Both doubly labeled peptides contain a MTSSL-attached cysteine residue bounded to the position 35 (C-terminus), differing by the position of the second spin label: one possessing a cysteine with MTSSL at position 12 and the other contains TOAC at position 0 (N-terminus). These peptides were studied by spectroscopy techniques in order to obtain information about... (Complete abstract click electronic access below)

Resumo: Este projeto é parte do projeto temático "Conservation and Sustainable Use of the Plant Diversity from Cerrado and Atlantic Forest: Chemical Diversity and Prospecting for Potencial Drugs" - Biota/FAPESP e descreve o isolamento, purificação e caracterização de peptídeos cíclicos presentes em Jatropha curcas L. Este tema foi proposto para o projeto temático por tratar-se de um assunto atual e inédito no Brasil, sendo importante no que diz respeito da descoberta de novas classes de produtos naturais. A obtenção dos peptídeos foi realizada através da partição do látex com acetato de etila e da aplicação de técnicas cromatográficas para sua purificação. Este procedimento permitiu a obtenção de dois peptídeos cíclicos, posteriormente caracterizados por análise de aminoácidos e espectrometria de massas. O seqüenciamento dessas substâncias foi realizado por Ressonância Magnética Nuclear, e permitiu identificar o peptídeo cíclico Polianina A [c(Pro-Leu- Gly-Val-Leu-Leu-Tyr)], já descrito na literatura, e um peptídeo de estrutura inédita, denominado Jatrofidina I [c(Leu-Leu-Asn-Leu-Trp-Cly-Pro-Gly)]. Análogos lineares e cíclicos desses peptídeos foram obtidos pela metodologia da síntese peptídica em fase sólida, empregando a estratégia Fmoc/tBu. Os análogos obtidos bem como os peptídeos naturais foram submetidos a diversos ensaios biológicos. Por fim, foi feita uma avaliação mensal qualitativa e/ou quantitativa do perfil ciclopeptídico de espécimes cultivadas de Jatropha curcas L.(Euphorbiaceae), gossypifolia, para verificar se ocorrem alterações na produção destas moléculas em função da época do ano. Os resultados mostraram que as 2 espécies produzem os peptídeos cíclicos durante o ano todo. É interessante notar que as descrições de peptídeos cíclicos na literatura foram obtidas de espécies de Jatropha... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: This project is part of the thematic project "Conservation and Sustainable Use of the Plant Diversity from Cerrado and Atlantic Forest: Chemical Diversity and Prospecting for Potencial Drugs" - Biota/FAPESP, and deals with the isolation, purification and characterization of cyclic peptides from Jatropha curcas L. This is a quite new natural product subject in Brazil, which is also important for discovery from our biodiversity. These compounds were obtained through partition of the latex with ethyl acetate, followed of HPLC chromatography for separation and purification. This procedure resulted in two cyclic peptides, which were characterized by amino acid analysis and mass spectrometry. The structures of these compounds were elucidated by 2D Nuclear Magnetic Resonance. One compound was identified as Pohlianin A [c(Pro-Leu-Gly-Val-Leu-Leu-Tyr)], a known cyclic peptide already isolated from XXX, and one novel which was named jatrophidin I [c(Leu-Leu-Asn- Leu-Trp-Cly-Pro-Gly)]. Linear and cyclic analogues of these peptides were obtained through solid phase synthesis methodology by using of Fmoc/tBu reagents. The linear peptides as well as synthetic cyclic peptides were submitted to several biological assays. Finally, the cyclopeptidic profile of Jatropha curcas and gossypifolia was evaluated. The results showed a continuing production of these compounds in both species all over the year. These results can be relevant for further chemotaxonomy and phylogeny studies of Jatropha species that occur in Latin America, and in special Brazil. Previously, all cyclic peptide in the literature search were isolated from African and Asian Jatropha species, and our results can be useful to map the chemical composition of other Brazilian Jatropha species. / Orientador: Vanderlan da Silva Bolzani / Coorientador: Eduardo Maffud Cilli / Banca: Mário Sérgio Palma / Banca: Adriano Defini Andricopulo / Mestre

Made available in DSpace on 2014-08-13T14:50:40Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-09-24Bitstream added on 2014-08-13T18:01:03Z : No. of bitstreams: 1 000747389.pdf: 4914750 bytes, checksum: f03c9a011f9843bf09e773fa2716e773 (MD5) / O Brasil tem uma das maiores biodiversidades do mundo, no entanto poucos peptídeos derivados de plantas tem sido estudados desse bioma, constituindo uma rica fonte para buscar peptídeos com características estruturais e funções ecológicas interessantes. Neste estudo são descritos a investigação de orbitídeos e ciclotídeos em 24 espécies vegetais. Os orbitídeos referem-se a todos os peptídeos cíclicos ciclizados N-C que não apresentam ligação dissulfeto. Os ciclotídeos, grupo de mini- proteínas caracterizam-se por apresentar uma estrutura (CCK ) conferindo –lhes uma notável estabilidade. Após a análise específica para estes compostos, foi possível selecionar três espécies para prosseguir com os estudos de isolamento: J. ribifolina , H. calceolaria e B. vulgaris . J. ribifolia ( Pohl ) Baill ( syn. Adenoropium ribifolium Pohl, J. gossypifolia var. ribifolia ( Pohl ) Müll. ), conhecida como pinhão -manso e pinhão rasteiro, é um arbusto da família Euphorbiaceae, que geralmente cresce na região semi-árida do nordeste brasileiro. Plantas do gênero Jatropha, compreendem cerca de 175 espécies, ricas em compostos bioativos, como alcalóides, terpenos, lignanas, flavonóides e orbitídeos. A partir dos extratos etanólico de J. ribifolia, coletada no Estado da Paraíba, um novo octapeptídeo cíclico foi isolado por métodos cromatográficos, incluindo HPLC. A análise conformacional foi estabelecida por dados de RMN e dinâmica molecular. A síntese desse orbitídeo foi realizada por síntese em fase sólida (SPPS)-Fmoc/tBu. As atividades antimicrobiana, citotóxica e antimalárica foram avaliadas, para ambas as formas: circular e seu análogo linear sintéticos. Ribifolina (IC50 41,92 mM) foi moderadamente eficaz contra a o Plasmodium falciparum 3D7, mas seu análogo linear (IC50 519μmol / L) mostrou-se fraco em inibir a sobrevivência do parasita. Estes compostos não apresentam qualquer citotoxicidade contra... / Brazil has one of the largest biodiversity in the world, however only a few plant-derived peptides have been studied from our biomes, constituting a rich source of peptides with interesting structural features and ecological functions, and so far, with potential pharmacological properties. In this study are described the investigation of orbitides and cyclotides in 24 species from plants. The orbitides refer to all N-to-C cyclized peptides from plants that do not contain disulfides and cyclotides, mini-proteins group characterized by a cyclic topology, collectively known as cyclic cystine motif (CCK) conferring them with remarkable stability. After the specific analysis for these compounds, was possible to select three species for to isolated your peptides: J. ribifolina, H. calceolaria e B. vulgaris. J. ribifolia (Pohl) Baill (syn. Adenoropium ribifolium Pohl, J. gossypifolia var. ribifolia (Pohl) Müll.), known as “pinhão-manso” and “pinhão rasteiro”, is a shrub of the Euphorbiaceae family that commonly grows in the semiarid region of northeastern Brazil. Plants of the genus Jatropha, which comprises approximately 175 species, have been established as a rich source of bioactive compounds such as alkaloids, terpens, lignans, flavonoids and cyclic peptides, so called orbitides. From the EtOH extracts of the J. ribifolia, collected in the states of Paraíba, an octapeptide cyclic, was isolated by a multi-step chromatography procedures, including HPLC. Conformational analysis of these peptides has been evaluated by using of NMR experiments and simulated annealing molecular dynamics. The synthesis of the new cyclic peptides were accomplished by solid-phase peptide synthesis (SPPS)-Fmoc/tBu. The antimicrobial, citotoxity and antimalarial activities are being evaluated for both the circular and linear synthetic form of the novel orbitide from J. ribifolia. Ribifolin (IC50 41.92 μM) was moderately effective against the Plasmodium...

Orientador: Vanderlan da Silva Bolzani / Co-orientador: Eduardo Maffud Cilli / Banca: Angela Regina Araujo / Banca: Humberto Márcio Santos Milagre / Banca: Mario Sérgio Palma / Banca: Josean Fechine Tavares / Resumo: O Brasil tem uma das maiores biodiversidades do mundo, no entanto poucos peptídeos derivados de plantas tem sido estudados desse bioma, constituindo uma rica fonte para buscar peptídeos com características estruturais e funções ecológicas interessantes. Neste estudo são descritos a investigação de orbitídeos e ciclotídeos em 24 espécies vegetais. Os orbitídeos referem-se a todos os peptídeos cíclicos ciclizados N-C que não apresentam ligação dissulfeto. Os ciclotídeos, grupo de mini- proteínas caracterizam-se por apresentar uma estrutura (CCK ) conferindo -lhes uma notável estabilidade. Após a análise específica para estes compostos, foi possível selecionar três espécies para prosseguir com os estudos de isolamento: J. ribifolina , H. calceolaria e B. vulgaris . J. ribifolia ( Pohl ) Baill ( syn. Adenoropium ribifolium Pohl, J. gossypifolia var. ribifolia ( Pohl ) Müll. ), conhecida como "pinhão -manso" e "pinhão rasteiro", é um arbusto da família Euphorbiaceae, que geralmente cresce na região semi-árida do nordeste brasileiro. Plantas do gênero Jatropha, compreendem cerca de 175 espécies, ricas em compostos bioativos, como alcalóides, terpenos, lignanas, flavonóides e orbitídeos. A partir dos extratos etanólico de J. ribifolia, coletada no Estado da Paraíba, um novo octapeptídeo cíclico foi isolado por métodos cromatográficos, incluindo HPLC. A análise conformacional foi estabelecida por dados de RMN e dinâmica molecular. A síntese desse orbitídeo foi realizada por síntese em fase sólida (SPPS)-Fmoc/tBu. As atividades antimicrobiana, citotóxica e antimalárica foram avaliadas, para ambas as formas: circular e seu análogo linear sintéticos. Ribifolina (IC50 41,92 mM) foi moderadamente eficaz contra a o Plasmodium falciparum 3D7, mas seu análogo linear (IC50 519μmol / L) mostrou-se fraco em inibir a sobrevivência do parasita. Estes compostos não apresentam qualquer citotoxicidade contra... / Abstract: Brazil has one of the largest biodiversity in the world, however only a few plant-derived peptides have been studied from our biomes, constituting a rich source of peptides with interesting structural features and ecological functions, and so far, with potential pharmacological properties. In this study are described the investigation of orbitides and cyclotides in 24 species from plants. The orbitides refer to all N-to-C cyclized peptides from plants that do not contain disulfides and cyclotides, mini-proteins group characterized by a cyclic topology, collectively known as cyclic cystine motif (CCK) conferring them with remarkable stability. After the specific analysis for these compounds, was possible to select three species for to isolated your peptides: J. ribifolina, H. calceolaria e B. vulgaris. J. ribifolia (Pohl) Baill (syn. Adenoropium ribifolium Pohl, J. gossypifolia var. ribifolia (Pohl) Müll.), known as "pinhão-manso" and "pinhão rasteiro", is a shrub of the Euphorbiaceae family that commonly grows in the semiarid region of northeastern Brazil. Plants of the genus Jatropha, which comprises approximately 175 species, have been established as a rich source of bioactive compounds such as alkaloids, terpens, lignans, flavonoids and cyclic peptides, so called orbitides. From the EtOH extracts of the J. ribifolia, collected in the states of Paraíba, an octapeptide cyclic, was isolated by a multi-step chromatography procedures, including HPLC. Conformational analysis of these peptides has been evaluated by using of NMR experiments and simulated annealing molecular dynamics. The synthesis of the new cyclic peptides were accomplished by solid-phase peptide synthesis (SPPS)-Fmoc/tBu. The antimicrobial, citotoxity and antimalarial activities are being evaluated for both the circular and linear synthetic form of the novel orbitide from J. ribifolia. Ribifolin (IC50 41.92 μM) was moderately effective against the Plasmodium... / Doutor