The elusive jaguar (Panthera onca) is extremely difficult to study due to its wide-ranging behavior, crepuscular activity peaks and its occurrence in low population densities in often dense forest habitats. Jaguars are also a species of concern, but our ability to provide for their survival is hampered by our inability to obtain reliable information on the status of their wild populations. This study combines innovative noninvasive research techniques such as scat detector dogs and molecular scatology to conduct the first genetic study on wild populations of Neotropical felids coexisting across fragmented forest habitats in Belize, Central America. Specifically, we analyzed multi-locus data in jaguars (Panthera onca), pumas (Puma concolor) and ocelots (Leopardus pardalis) collected from 1053 scat samples across their range in the country. First, we optimized 14 polymorphic microsatellite loci for jaguars (Panthera onca), pumas (Puma concolor), and ocelots (Leopardus pardalis), and assessed their utility for cross-species amplification. Additionally, we tested their reliability for species and individual identification using fecal DNA as he primary DNA source. All microsatellite loci examined successfully cross-amplified in the three target species, and were polymorphic. Second, to maximize PCR amplification success and genotyping accuracy rates, and to minimize genotyping error rates for fecal DNA samples, we evaluated the performance of two fecal DNA storage techniques (dimethyl sulfoxide saline solution/DET buffer, 95% EtOH) suitable for long-term preservation at remote tropical sites. Additionally, we tested fecal DNA samples collected from four different scat locations (top, side, bottom, inside). DET buffer was the superior fecal DNA preservation method and collecting fecal DNA from side and top locations of the scat resulted in the highest PCR success rates. For the main genetic study, we assessed the genetic conservation status of all three target species across the country of Belize. We examined levels of genetic diversity within different sites, (2) defined potential genetic clusters/populations, (3) and examined levels of gene flow and population structure for all three target species on a countrywide scale. Furthermore, we compared genetic diversity and gene flow levels among the three target species. Wild felids in Belize showed moderate levels of heterozygosity (HE = 0.60 - 0.70) with jaguars having the lowest genetic diversity with average expected heterozygosities of HE = 0.60 ± 0.05 and allelic richness (AR) of 4.94 ± 0.44 followed by pumas with HE = 0.65 ± 0.06 and AR of 7.52 ± 0.86 and ocelots with HE = 0.70 ± 0.05 and AR of 3.89 ± 0.23. We observed low to moderate levels of differentiation (FST = 0.00 - 0.15) and weak population structure using spatial Bayesian clustering techniques for all three target species. Although levels of genetic diversity and gene flow across the country are still fairly high, we did detect evidence of fragmentation indicating the risk of further habitat loss and fragmentation for wild felids. Felids were simultaneously monitored across all study sites by remote sensing camera traps, which allows for a comparison of density estimates obtained from two different noninvasive survey approaches. Furthermore, analytical methods for density estimation are advancing rapidly, making it difficult to choose the optimal technique. Thus, we compared a variety of density estimators including the conventional approach of estimating abundance ( ) in programs CAPTURE and MARK and dividing abundance by the effective trapping area (ETA), the recently developed spatially explicit capture-recapture (SECR) models, both the likelihood-based approach (ML-SECR) in program DENSITY and the Bayesian approach (B-SECR) in program SPACECAP, and finally the genetic-based mark-recapture one sampling occasion estimator in program CAPWIRE. Although different survey methods using various density estimators produced similar density estimates, confidence levels and coefficients of variation varied, with SECR methods resulting in the least precise estimates. Detection probabilities were generally higher for noninvasive genetic sampling than for camera trapping. Both techniques were shown to be reliable and highly efficient survey methods for density estimation of low-density Neotropical felids living in challenging environments such as the tropics. While less precise, SECR CMR models are probably a more realistic reflection of our uncertainty. They hold great promise for density estimation studies for wide-ranging and territorial carnivore species, especially if precision can be improved through study design or analysis advancements in the future. In conclusion, our results demonstrated that noninvasive sampling techniques such as molecular scatology and remote camera trapping are efficient research approaches to study multiple Neotropical felids in a multifaceted way and on a countrywide scale. We believe that the techniques and analyses developed in this study are widely applicable and relevant to the conservation and management of other elusive and difficult to study wild felids worldwide. / Ph. D.

Poucos são os estudos acerca da saúde de onças-pintadas em vida livre. Visando obter melhores parâmetros para avaliação clínica desta espécie ameaçada de extinção, foram realizados exame clínico, hemograma, perfil bioquímico e acompanhamento de 10 onças-pintadas da região de Corumbá, no Pantanal do Mato Grosso do Sul. Além disso, buscando obter informações sobre o possível papel da espécie como suscetível, hospedeira ou sentinela de patógenos de importância em saúde pública e animal, amostras destas 10 onças foram testadas através de métodos sorológicos para verificar contato com vírus rábico, Rickettsia spp. e Ehrlichia canis. As amostras das onças e os carrapatos que as parasitavam no momento das capturas foram testados por reação em cadeia pela polimerase para a família Anaplasmataceae e os gêneros Rickettsia, Borrelia, Coxiella, Hepatozoon e Babesia. Este é o primeiro estudo a relatar os valores de hemograma e perfil bioquímico de uma população de onças-pintadas de vida livre. Dois animais, assintomáticos, apresentaram baixo título sorológico para o vírus da raiva, sugerindo contato da espécie com este patógeno. Todas as onças capturadas foram consideradas soropositivas para Rickettsia spp., e Rickettsia parkeri foi sequenciada a partir de um Amblyomma triste que estava parasitando um dos animais. Foi descoberta uma possível nova espécie do gênero Ehrlichia através do sequenciamento de DNA obtido de um Amblyomma triste e um Amblyomma cajenense que estavam parasitando onças. Quatro onças-pintadas foram consideradas soropositivas para Ehrlichia canis, possivelmente uma reação cruzada com esta outra espécie. Todas as onças-pintadas avaliadas neste estudo apresentaram DNA de Cytauxzoon sp., com 98% de similaridade a C. felis, em amostras sanguíneas. Todas as onças avaliadas neste estudo apresentaram DNA de Hepatozoon sp., com 98% de similaridade a H. felis, em amostras sanguíneas. As onças apresentavam boas condições de saúde geral. / Few studies have been conducted to investigate the health of free-ranging jaguars. In order to obtain better parameters for clinical evaluation of this endangered species, clinical exams, hemogram, biochemical tests and ecological monitoring were done for 10 jaguars in the Pantanal region - Corumbá City, Mato Grosso do Sul State. This project also evaluated the possible role of this species as susceptible, host or sentinel for pathogens of public and/or animal health importance, testing samples from these animals by serological methods to rabies virus, Rickettsia spp. and Ehrlichia canis. All samples and all ticks collected from the jaguars were also tested by polymerase chain reaction to the Anaplasmataceae family and the genera Rickettsia, Borrelia, Coxiella, Hepatozoon and Babesia. This is the first report of hemograms and biochemical profile of a free-ranging jaguar population. Two asymptomatic animals presented low seropositivity for rabies virus, suggesting contact with this pathogen. All jaguars were considered seropositive for Rickettsia spp., and Rickettsia parkeri was sequenced from an Amblyomma triste that was parasitizing one of the animals. A possible new species of the genus Ehrlichia has been identified by DNA sequencing obtained from an Amblyomma triste and an Amblyomma cajenense that were parasitizing jaguars. Four jaguars were considered seropositive for Ehrlichia canis, possibly a cross-reaction with this other species. All jaguars evaluated in this study presented DNA fragments of Cytauxzoon sp., 98% similarity to C. felis in blood samples. In addition, all jaguars presented DNA fragments of Hepatozoon sp., 98% similarity to H. felis in blood samples. In general, these jaguars presented good health.

Praticamente todos os ecossistemas naturais têm sido afetados pelas atividades humanas. A construção de usinas hidrelétricas produz grandes impactos ambientais causando problemas notáveis como a fragmentação e perdas de habitats. No Brasil aproximadamente 70% da matriz energética é formada por hidrelétricas e há previsão de expansão nos próximos anos. A degradação ambiental é apontada como a principal ameaça à conservação da biodiversidade e a maior causa do declínio das populações de espécies ameaçadas, especialmente de grandes mamíferos e, particularmente, de grandes carnívoros. Apesar da ampla distribuição no continente, as populações de onça-pintada (Panthera onca) têm sido reduzidas ou extintas pela pressão antrópica, tendo sua área de distribuição reduzida aproximadamente à metade. No Brasil é considerada uma espécie Vulnerável e está Criticamente Ameaçada de extinção na Mata Atlântica. Na Ecorregião Florestas do Alto Paraná está distribuída na forma de metapopulação, possivelmente em processo de isolamento de suas subpopulações. No Alto Rio Paraná a Usina Hidrelétrica de Porto Primavera (UHEPP) alagou em 1998 uma área de cerca de 2.250 km². A dissertação aborda este impacto ambiental e tem por objetivo avaliar como o enchimento do reservatório da UHEPP afetou a população de onças-pintadas na região, em relação à distribuição espacial e adequabilidade de habitat. Foram monitorados 11 indivíduos por radiotelemetria em dois períodos (1992 a 1995 e 1998 a 2002), investigando-se o tamanho de área de uso e movimentação. Com estes dados mais a cobertura de solo foram avaliadas adequabilidade ambiental e seleção de habitat. A distribuição espacial e a adequabilidade do habitat foram avaliadas em dois cenários, anterior e posterior ao enchimento, relacionando as mudanças ocorridas com o impacto na área sob o efeito direto do enchimento. Um terceiro cenário foi também avaliado, englobando toda a área de várzea remanescente no Alto Rio Paraná e incluindo as Unidades de Conservação (UCs), quanto à adequabilidade e seleção de habitat. Para este cenário foram utilizadas localizações de outros 10 indivíduos monitorados no Parque Estadual das Várzeas do Rio Ivinhema, Mato Grosso do Sul e no Parque Estadual Morro do Diabo, São Paulo, entre 1998 e 2005. Após o enchimento houve um aumento significativo nas dimensões das áreas de uso das onças-pintadas (fêmeas: anterior, 78 km² [n=8]; posterior, 197 km² [n=5]; macho [n=1]: anterior, 111 km²; posterior, 149 km²) bem como em seus deslocamentos máximos, pois passaram a ocupar áreas mais degradadas de fazendas, com poucos refúgios e presas naturais. Porém não foram observadas diferenças nos deslocamentos médios e sobreposição de áreas, assim como as áreas de uso não diferiram sazonalmente. A modelagem de habitat demonstrou que o enchimento atingiu principalmente as áreas mais favoráveis para a espécie suprimindo cerca de metade dessas. As onças selecionaram várzeas e florestas enquanto que a paisagem altamente modificada pelo homem foi evitada. Com as áreas mais degradadas ocupadas e o conflito com o homem, grande parte dos animais foram mortos em retaliação à predação de animais domésticos, levando praticamente a extinção local da espécie na área sob o efeito direto do enchimento. A área remanescente do Alto Rio Paraná comporta ainda cerca de 50 onças-pintadas adultas, sendo um terço em UCs. Portanto áreas adjacentes às UCs, na sua maioria com várzeas, devem ser preservadas e áreas florestais devem ser restauradas para a conservação da espécie em longo prazo na região. As informações geradas nesta dissertação podem auxiliar nas ações de conservação e manejo da onça-pintada no Alto Rio Paraná e mostra que a modelagem de habitat pode ser uma importante ferramenta para avaliação de impactos ambientais. / Virtually all natural ecosystems have been affected by human activities. The construction of hydroelectric power plants is the cause of major environmental impacts, such as habitat destruction and fragmentation. Brazil's energy matrix is mostly based on hydroelectricity, which comprises approximately 70% of all produced energy in the country, and the national government plans to expand it in the coming years. Habitat destruction is considered the main threat to biodiversity conservation and the major cause of the decline of endangered species, especially large mammals and large carnivores. Despite their wide distribution in the Americas, jaguar (Panthera onca) populations have been reduced or extinguished by human pressure, and the species current distribution represents half of its past distribution. In Brazil, the jaguar is considered a vulnerable species and it is critically endangered in the Atlantic Rain Forest. In the Upper Paraná Forest Ecoregion the species is distributed as a metapopulation, possibly in an isolation process of its subpopulations. In the Upper Paraná River (UPR), the reservoir filling of the Porto Primavera Hydroelectric plant (PPHE) began in 1998, and flooded an area of approximately 2250 km ². I evaluated the effects of the PPHE reservoir filling on the local jaguar population, its effects on the species spatial distribution and habitat suitability. I monitored a total of 11 jaguars using radio telemetry in two periods (1992-1995 and 1998-2002). I investigated jaguar home range size and movements, and evaluated habitat selection and suitability combing spatial and land cover data (Geographic Information System). These two metrics were measured before and after reservoir filling, linking the impact with changes in the species spatial patterns between these two phases. I evaluated three scenarios: the area affected directly by the PPHE filling, before and after, and all the remaining wetlands in the UPR, including protected areas. Jaguars’ home ranges increased significantly after reservoir filling (females: 78 km ² before [n = 8], 197 km ² after [n = 5]; male [n = 1]: 111 km ² before, 149 km ² after). Maximum movement of the four jaguars (3 females and 1 male) also increased from one phase to the other (10.75 km before; 25.05 km after). The increase in movement patterns results from jaguars using new and more degraded areas in farms, where there are few refuges and natural preys. Home ranges did not differ seasonally on the first period; neither did the mean movements and overlapping areas. The PPHE filling mainly affected jaguars by suppressing approximately half of their suitable area. Jaguars selected wetlands and forests and avoided landscapes heavily modified by Man. Most jaguars were killed in retaliation to cattle predation as they commenced to occupy the most degraded areas, nearly driving the population to extinction. The remaining area of the UPR still holds approximately 50 adult jaguars and one third of them are in protected areas. Therefore, the long-term species conservation depends on the preservation of the adjacent wetlands and on the restoration of forest patches. My results can subsidize jaguar conservation and management plans in the UPR and show that habitat suitability modeling can be a useful tool for assessing environmental impacts.

Praticamente todos os ecossistemas naturais têm sido afetados pelas atividades humanas. A construção de usinas hidrelétricas produz grandes impactos ambientais causando problemas notáveis como a fragmentação e perdas de habitats. No Brasil aproximadamente 70% da matriz energética é formada por hidrelétricas e há previsão de expansão nos próximos anos. A degradação ambiental é apontada como a principal ameaça à conservação da biodiversidade e a maior causa do declínio das populações de espécies ameaçadas, especialmente de grandes mamíferos e, particularmente, de grandes carnívoros. Apesar da ampla distribuição no continente, as populações de onça-pintada (Panthera onca) têm sido reduzidas ou extintas pela pressão antrópica, tendo sua área de distribuição reduzida aproximadamente à metade. No Brasil é considerada uma espécie Vulnerável e está Criticamente Ameaçada de extinção na Mata Atlântica. Na Ecorregião Florestas do Alto Paraná está distribuída na forma de metapopulação, possivelmente em processo de isolamento de suas subpopulações. No Alto Rio Paraná a Usina Hidrelétrica de Porto Primavera (UHEPP) alagou em 1998 uma área de cerca de 2.250 km². A dissertação aborda este impacto ambiental e tem por objetivo avaliar como o enchimento do reservatório da UHEPP afetou a população de onças-pintadas na região, em relação à distribuição espacial e adequabilidade de habitat. Foram monitorados 11 indivíduos por radiotelemetria em dois períodos (1992 a 1995 e 1998 a 2002), investigando-se o tamanho de área de uso e movimentação. Com estes dados mais a cobertura de solo foram avaliadas adequabilidade ambiental e seleção de habitat. A distribuição espacial e a adequabilidade do habitat foram avaliadas em dois cenários, anterior e posterior ao enchimento, relacionando as mudanças ocorridas com o impacto na área sob o efeito direto do enchimento. Um terceiro cenário foi também avaliado, englobando toda a área de várzea remanescente no Alto Rio Paraná e incluindo as Unidades de Conservação (UCs), quanto à adequabilidade e seleção de habitat. Para este cenário foram utilizadas localizações de outros 10 indivíduos monitorados no Parque Estadual das Várzeas do Rio Ivinhema, Mato Grosso do Sul e no Parque Estadual Morro do Diabo, São Paulo, entre 1998 e 2005. Após o enchimento houve um aumento significativo nas dimensões das áreas de uso das onças-pintadas (fêmeas: anterior, 78 km² [n=8]; posterior, 197 km² [n=5]; macho [n=1]: anterior, 111 km²; posterior, 149 km²) bem como em seus deslocamentos máximos, pois passaram a ocupar áreas mais degradadas de fazendas, com poucos refúgios e presas naturais. Porém não foram observadas diferenças nos deslocamentos médios e sobreposição de áreas, assim como as áreas de uso não diferiram sazonalmente. A modelagem de habitat demonstrou que o enchimento atingiu principalmente as áreas mais favoráveis para a espécie suprimindo cerca de metade dessas. As onças selecionaram várzeas e florestas enquanto que a paisagem altamente modificada pelo homem foi evitada. Com as áreas mais degradadas ocupadas e o conflito com o homem, grande parte dos animais foram mortos em retaliação à predação de animais domésticos, levando praticamente a extinção local da espécie na área sob o efeito direto do enchimento. A área remanescente do Alto Rio Paraná comporta ainda cerca de 50 onças-pintadas adultas, sendo um terço em UCs. Portanto áreas adjacentes às UCs, na sua maioria com várzeas, devem ser preservadas e áreas florestais devem ser restauradas para a conservação da espécie em longo prazo na região. As informações geradas nesta dissertação podem auxiliar nas ações de conservação e manejo da onça-pintada no Alto Rio Paraná e mostra que a modelagem de habitat pode ser uma importante ferramenta para avaliação de impactos ambientais. / Virtually all natural ecosystems have been affected by human activities. The construction of hydroelectric power plants is the cause of major environmental impacts, such as habitat destruction and fragmentation. Brazil's energy matrix is mostly based on hydroelectricity, which comprises approximately 70% of all produced energy in the country, and the national government plans to expand it in the coming years. Habitat destruction is considered the main threat to biodiversity conservation and the major cause of the decline of endangered species, especially large mammals and large carnivores. Despite their wide distribution in the Americas, jaguar (Panthera onca) populations have been reduced or extinguished by human pressure, and the species current distribution represents half of its past distribution. In Brazil, the jaguar is considered a vulnerable species and it is critically endangered in the Atlantic Rain Forest. In the Upper Paraná Forest Ecoregion the species is distributed as a metapopulation, possibly in an isolation process of its subpopulations. In the Upper Paraná River (UPR), the reservoir filling of the Porto Primavera Hydroelectric plant (PPHE) began in 1998, and flooded an area of approximately 2250 km ². I evaluated the effects of the PPHE reservoir filling on the local jaguar population, its effects on the species spatial distribution and habitat suitability. I monitored a total of 11 jaguars using radio telemetry in two periods (1992-1995 and 1998-2002). I investigated jaguar home range size and movements, and evaluated habitat selection and suitability combing spatial and land cover data (Geographic Information System). These two metrics were measured before and after reservoir filling, linking the impact with changes in the species spatial patterns between these two phases. I evaluated three scenarios: the area affected directly by the PPHE filling, before and after, and all the remaining wetlands in the UPR, including protected areas. Jaguars’ home ranges increased significantly after reservoir filling (females: 78 km ² before [n = 8], 197 km ² after [n = 5]; male [n = 1]: 111 km ² before, 149 km ² after). Maximum movement of the four jaguars (3 females and 1 male) also increased from one phase to the other (10.75 km before; 25.05 km after). The increase in movement patterns results from jaguars using new and more degraded areas in farms, where there are few refuges and natural preys. Home ranges did not differ seasonally on the first period; neither did the mean movements and overlapping areas. The PPHE filling mainly affected jaguars by suppressing approximately half of their suitable area. Jaguars selected wetlands and forests and avoided landscapes heavily modified by Man. Most jaguars were killed in retaliation to cattle predation as they commenced to occupy the most degraded areas, nearly driving the population to extinction. The remaining area of the UPR still holds approximately 50 adult jaguars and one third of them are in protected areas. Therefore, the long-term species conservation depends on the preservation of the adjacent wetlands and on the restoration of forest patches. My results can subsidize jaguar conservation and management plans in the UPR and show that habitat suitability modeling can be a useful tool for assessing environmental impacts.

Praticamente todos os ecossistemas naturais têm sido afetados pelas atividades humanas. A construção de usinas hidrelétricas produz grandes impactos ambientais causando problemas notáveis como a fragmentação e perdas de habitats. No Brasil aproximadamente 70% da matriz energética é formada por hidrelétricas e há previsão de expansão nos próximos anos. A degradação ambiental é apontada como a principal ameaça à conservação da biodiversidade e a maior causa do declínio das populações de espécies ameaçadas, especialmente de grandes mamíferos e, particularmente, de grandes carnívoros. Apesar da ampla distribuição no continente, as populações de onça-pintada (Panthera onca) têm sido reduzidas ou extintas pela pressão antrópica, tendo sua área de distribuição reduzida aproximadamente à metade. No Brasil é considerada uma espécie Vulnerável e está Criticamente Ameaçada de extinção na Mata Atlântica. Na Ecorregião Florestas do Alto Paraná está distribuída na forma de metapopulação, possivelmente em processo de isolamento de suas subpopulações. No Alto Rio Paraná a Usina Hidrelétrica de Porto Primavera (UHEPP) alagou em 1998 uma área de cerca de 2.250 km². A dissertação aborda este impacto ambiental e tem por objetivo avaliar como o enchimento do reservatório da UHEPP afetou a população de onças-pintadas na região, em relação à distribuição espacial e adequabilidade de habitat. Foram monitorados 11 indivíduos por radiotelemetria em dois períodos (1992 a 1995 e 1998 a 2002), investigando-se o tamanho de área de uso e movimentação. Com estes dados mais a cobertura de solo foram avaliadas adequabilidade ambiental e seleção de habitat. A distribuição espacial e a adequabilidade do habitat foram avaliadas em dois cenários, anterior e posterior ao enchimento, relacionando as mudanças ocorridas com o impacto na área sob o efeito direto do enchimento. Um terceiro cenário foi também avaliado, englobando toda a área de várzea remanescente no Alto Rio Paraná e incluindo as Unidades de Conservação (UCs), quanto à adequabilidade e seleção de habitat. Para este cenário foram utilizadas localizações de outros 10 indivíduos monitorados no Parque Estadual das Várzeas do Rio Ivinhema, Mato Grosso do Sul e no Parque Estadual Morro do Diabo, São Paulo, entre 1998 e 2005. Após o enchimento houve um aumento significativo nas dimensões das áreas de uso das onças-pintadas (fêmeas: anterior, 78 km² [n=8]; posterior, 197 km² [n=5]; macho [n=1]: anterior, 111 km²; posterior, 149 km²) bem como em seus deslocamentos máximos, pois passaram a ocupar áreas mais degradadas de fazendas, com poucos refúgios e presas naturais. Porém não foram observadas diferenças nos deslocamentos médios e sobreposição de áreas, assim como as áreas de uso não diferiram sazonalmente. A modelagem de habitat demonstrou que o enchimento atingiu principalmente as áreas mais favoráveis para a espécie suprimindo cerca de metade dessas. As onças selecionaram várzeas e florestas enquanto que a paisagem altamente modificada pelo homem foi evitada. Com as áreas mais degradadas ocupadas e o conflito com o homem, grande parte dos animais foram mortos em retaliação à predação de animais domésticos, levando praticamente a extinção local da espécie na área sob o efeito direto do enchimento. A área remanescente do Alto Rio Paraná comporta ainda cerca de 50 onças-pintadas adultas, sendo um terço em UCs. Portanto áreas adjacentes às UCs, na sua maioria com várzeas, devem ser preservadas e áreas florestais devem ser restauradas para a conservação da espécie em longo prazo na região. As informações geradas nesta dissertação podem auxiliar nas ações de conservação e manejo da onça-pintada no Alto Rio Paraná e mostra que a modelagem de habitat pode ser uma importante ferramenta para avaliação de impactos ambientais. / Virtually all natural ecosystems have been affected by human activities. The construction of hydroelectric power plants is the cause of major environmental impacts, such as habitat destruction and fragmentation. Brazil's energy matrix is mostly based on hydroelectricity, which comprises approximately 70% of all produced energy in the country, and the national government plans to expand it in the coming years. Habitat destruction is considered the main threat to biodiversity conservation and the major cause of the decline of endangered species, especially large mammals and large carnivores. Despite their wide distribution in the Americas, jaguar (Panthera onca) populations have been reduced or extinguished by human pressure, and the species current distribution represents half of its past distribution. In Brazil, the jaguar is considered a vulnerable species and it is critically endangered in the Atlantic Rain Forest. In the Upper Paraná Forest Ecoregion the species is distributed as a metapopulation, possibly in an isolation process of its subpopulations. In the Upper Paraná River (UPR), the reservoir filling of the Porto Primavera Hydroelectric plant (PPHE) began in 1998, and flooded an area of approximately 2250 km ². I evaluated the effects of the PPHE reservoir filling on the local jaguar population, its effects on the species spatial distribution and habitat suitability. I monitored a total of 11 jaguars using radio telemetry in two periods (1992-1995 and 1998-2002). I investigated jaguar home range size and movements, and evaluated habitat selection and suitability combing spatial and land cover data (Geographic Information System). These two metrics were measured before and after reservoir filling, linking the impact with changes in the species spatial patterns between these two phases. I evaluated three scenarios: the area affected directly by the PPHE filling, before and after, and all the remaining wetlands in the UPR, including protected areas. Jaguars’ home ranges increased significantly after reservoir filling (females: 78 km ² before [n = 8], 197 km ² after [n = 5]; male [n = 1]: 111 km ² before, 149 km ² after). Maximum movement of the four jaguars (3 females and 1 male) also increased from one phase to the other (10.75 km before; 25.05 km after). The increase in movement patterns results from jaguars using new and more degraded areas in farms, where there are few refuges and natural preys. Home ranges did not differ seasonally on the first period; neither did the mean movements and overlapping areas. The PPHE filling mainly affected jaguars by suppressing approximately half of their suitable area. Jaguars selected wetlands and forests and avoided landscapes heavily modified by Man. Most jaguars were killed in retaliation to cattle predation as they commenced to occupy the most degraded areas, nearly driving the population to extinction. The remaining area of the UPR still holds approximately 50 adult jaguars and one third of them are in protected areas. Therefore, the long-term species conservation depends on the preservation of the adjacent wetlands and on the restoration of forest patches. My results can subsidize jaguar conservation and management plans in the UPR and show that habitat suitability modeling can be a useful tool for assessing environmental impacts.

Submitted by Jaqueline Silva (jtas29@gmail.com) on 2014-12-08T17:37:44Z No. of bitstreams: 1 Tese-Thiago Santos-2013.pdf: 3081181 bytes, checksum: 2458be035ed935ff9e529ed2df6f9200 (MD5) / Rejected by Jaqueline Silva (jtas29@gmail.com), reason: on 2014-12-08T19:42:18Z (GMT) / Submitted by Jaqueline Silva (jtas29@gmail.com) on 2014-12-12T19:32:30Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Tese-Thiago Santos-2013.pdf: 3081181 bytes, checksum: 2458be035ed935ff9e529ed2df6f9200 (MD5) / Approved for entry into archive by Jaqueline Silva (jtas29@gmail.com) on 2014-12-16T09:22:12Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Tese-Thiago Santos-2013.pdf: 3081181 bytes, checksum: 2458be035ed935ff9e529ed2df6f9200 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-12-16T09:22:13Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Tese-Thiago Santos-2013.pdf: 3081181 bytes, checksum: 2458be035ed935ff9e529ed2df6f9200 (MD5) Previous issue date: 2013-06-14 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / (Sem resumo em outra língua) / Dentre os mecanismos que geram as distribuições das espécies, tem sido atribuído um papel localàs interações biológicasenquanto que as causas de padrões regionais ou globais são atribuídas às variáveis abióticas.Recentemente,um número crescente de trabalhostem concluído que as interações biológicas interespecíficas apresentam efeitos significativos sobre os limites das distribuições das espécies e que a variação espacial em grande escala de atributos populacionais, como a densidade, é mais bem explicada pelas interações que pelas condições abióticas. Os objetivos deste trabalho são, portanto, mensurar a importância das interações biológicas na distribuição espacial das espécies, tanto em relação aos limites das distribuições quanto à variação espacial nas densidades populacionais e discutir novas técnicas para se incluir as interações interespecíficas nos modelos de distribuição potencial. No primeiro capítulo, um modelo estatístico de sistema de equações foi empregado para se verificar o efeito da competição entre duas espécies de cupins de montículos, Cornitermescumulans e Cornitermes silvestrii.No segundo capítulo, foi analisado o efeito da distribuição potencial de Crotalaria maypurensis (Fabaceae), sobre a distribuição potencial de Utetheisa ornatrix(Arctiidae). No terceiro capítulo, a distribuição de um predador de topo, Panthera onca, e a variação espacial de sua densidade populacional foram estimadas usando-se modelos alométricos de interação predador-presa.

Poucos são os estudos acerca da saúde de onças-pintadas em vida livre. Visando obter melhores parâmetros para avaliação clínica desta espécie ameaçada de extinção, foram realizados exame clínico, hemograma, perfil bioquímico e acompanhamento de 10 onças-pintadas da região de Corumbá, no Pantanal do Mato Grosso do Sul. Além disso, buscando obter informações sobre o possível papel da espécie como suscetível, hospedeira ou sentinela de patógenos de importância em saúde pública e animal, amostras destas 10 onças foram testadas através de métodos sorológicos para verificar contato com vírus rábico, Rickettsia spp. e Ehrlichia canis. As amostras das onças e os carrapatos que as parasitavam no momento das capturas foram testados por reação em cadeia pela polimerase para a família Anaplasmataceae e os gêneros Rickettsia, Borrelia, Coxiella, Hepatozoon e Babesia. Este é o primeiro estudo a relatar os valores de hemograma e perfil bioquímico de uma população de onças-pintadas de vida livre. Dois animais, assintomáticos, apresentaram baixo título sorológico para o vírus da raiva, sugerindo contato da espécie com este patógeno. Todas as onças capturadas foram consideradas soropositivas para Rickettsia spp., e Rickettsia parkeri foi sequenciada a partir de um Amblyomma triste que estava parasitando um dos animais. Foi descoberta uma possível nova espécie do gênero Ehrlichia através do sequenciamento de DNA obtido de um Amblyomma triste e um Amblyomma cajenense que estavam parasitando onças. Quatro onças-pintadas foram consideradas soropositivas para Ehrlichia canis, possivelmente uma reação cruzada com esta outra espécie. Todas as onças-pintadas avaliadas neste estudo apresentaram DNA de Cytauxzoon sp., com 98% de similaridade a C. felis, em amostras sanguíneas. Todas as onças avaliadas neste estudo apresentaram DNA de Hepatozoon sp., com 98% de similaridade a H. felis, em amostras sanguíneas. As onças apresentavam boas condições de saúde geral. / Few studies have been conducted to investigate the health of free-ranging jaguars. In order to obtain better parameters for clinical evaluation of this endangered species, clinical exams, hemogram, biochemical tests and ecological monitoring were done for 10 jaguars in the Pantanal region - Corumbá City, Mato Grosso do Sul State. This project also evaluated the possible role of this species as susceptible, host or sentinel for pathogens of public and/or animal health importance, testing samples from these animals by serological methods to rabies virus, Rickettsia spp. and Ehrlichia canis. All samples and all ticks collected from the jaguars were also tested by polymerase chain reaction to the Anaplasmataceae family and the genera Rickettsia, Borrelia, Coxiella, Hepatozoon and Babesia. This is the first report of hemograms and biochemical profile of a free-ranging jaguar population. Two asymptomatic animals presented low seropositivity for rabies virus, suggesting contact with this pathogen. All jaguars were considered seropositive for Rickettsia spp., and Rickettsia parkeri was sequenced from an Amblyomma triste that was parasitizing one of the animals. A possible new species of the genus Ehrlichia has been identified by DNA sequencing obtained from an Amblyomma triste and an Amblyomma cajenense that were parasitizing jaguars. Four jaguars were considered seropositive for Ehrlichia canis, possibly a cross-reaction with this other species. All jaguars evaluated in this study presented DNA fragments of Cytauxzoon sp., 98% similarity to C. felis in blood samples. In addition, all jaguars presented DNA fragments of Hepatozoon sp., 98% similarity to H. felis in blood samples. In general, these jaguars presented good health.

Submitted by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2014-07-02T19:17:01Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_ParametrosEletrocardiograficosFelideos.pdf: 1978816 bytes, checksum: c75f12605857fede385cf4c299cea0a7 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva (arosa@ufpa.br) on 2014-07-21T20:18:06Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_ParametrosEletrocardiograficosFelideos.pdf: 1978816 bytes, checksum: c75f12605857fede385cf4c299cea0a7 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-07-21T20:18:06Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_ParametrosEletrocardiograficosFelideos.pdf: 1978816 bytes, checksum: c75f12605857fede385cf4c299cea0a7 (MD5) Previous issue date: 2009 / Pretendeu-se estabelecer os parâmetros eletrocardiográficos (ECG) para felinos selvagens da Amazônia - Panthera onca (onça pintada), Leopardus pardalis (jaguatirica), Leopardus wiedii (gato-maracajá) e Herpailurus yaguarondi (gato-mourisco). Dentre estes felinos, 17 animais pertenciam ao Parque Zoobotânico Dr. Adhemar Monteiro (Capitão Poço/PA) e 2 animais ao 2° Batalhão de Infantaria de Selva (Belém/PA). Embora, o exame eletrocardiográfico não cause dor aos animas, é necessária a realização de contenção química, visto que os animais são perigosos e estressados. Dessa forma, instaurou-se um protocolo de contenção química, visando evitar fugas, estresse excessivo e proteger a integridade física dos animais e do examinador/auxiliares. Antes de serem sedados os animais passaram por jejum alimentar de 24 horas e hídrico de 12 horas. Posteriormente, foram contidos quimicamente, através do uso associativo entre os anestésicos cloridrato de ketamina (10mg/Kg) e cloridrato de xilazina (1mg/Kg), utilizando dardos com auxílio de uma zarabatana ou aplicação intra-muscular após contenção física com puçá. Na realização do eletrocardiograma utilizou-se o mesmo protocolo usado para os animais domésticos. A média de batimentos cardíacos foram os seguintes: 90 bpm para jaguatiricas, 106 bpm gato-maracajá, 166 bpm gato-mourisco e 91 bpm onças pintadas. A maioria das espécies apresentaram ritmo sinusal normal. O eixo elétrico médio variou de 90° a 120°. Os complexos QRS foram predominantemente positivos em DI, DII, DIII e AVF, e negativos em AVR e AVL. As derivações pré-cordiais apresentaram resultados semelhantes aos esperados para o gato doméstico. Os parâmetros observados durantes este estudo, correlacionados com os animais domésticos, apresentaram algumas diferenças, que se devem em função das diferenças fisiológicas associadas ao maior tamanho corporal dos felinos selvagens. Este é um estudo pioneiro visando solucionar problemas com relação ao ECG de felinos selvagens da Amazônia. Portanto, investigações mais amplas sobre o mesmo tema são necessárias para estabelecer critérios a respeito de anormalidades nessas espécies, devendo incluir outras drogas anestésicas e relatórios para combinações de características eletrocardiográficas de animais com doença cardíaca e com distúrbios eletrolíticos. / Intended to establish the parameters for electrocardiographic wild cats of the Amazon - Panthera onca (jaguar), Leopardus pardalis (ocelot), Leopardus wiedii (margay) e Herpailurus yaguarondi (jaguarundi). Among these cats, 17 animals belonged to the Park Zoo Dr. Adhemar Monteiro (Capitão Poço/PA) and 2 animals to the 2° Batalhão de Infantaria de Selva (Belém/PA). Although the electrocardiographic examination does not cause pain to animals, it is necessary to carry out chemical containment, since the animals are dangerous and stressful. Thus, a protocol was put in place to contain chemicals, to prevent leakage, excessive stress and protect the physical integrity of the animal and the investigator / assistant. Before being sedated, the animals underwent abstinence from food for 24 hours and water for 12 hours. They were anesthetized with ketamine (10 mg/kg) combined with xylazine (1 mg/kg) using darts with the aid of a blowpipe or through syringes and needles. In the implementation of the electrocardiogram using the same protocol used for domestic animals. The mean heart rate were the following: 90 bpm for ocelots, 106 bpm margay, 166 bpm jaguarundi, and 91 bpm jaguar. The most common rhythm detected was normal sinus rhythm. QRS complexes were predominantly positive in leads DI, DII, DIII, and AVF, and negative in AVR and AVL. The parameters observed during this study, described for domestic carnivores were analyzed, and they did not greatly differ from those of larges felids, taking into account the greater weight and corporal mass of large felids. This is a pioneering study in order to solve problems related to the ECG of wild cats of the Amazon. Wider investigations on the same subject are necessary to establish criteria for the recognition of abnormalities in these species and should be include other anesthetic drug(s) combinations and reports of electrocardiographic features of animals with cardiac disease and electrolytes disturbances.