Thesis (Ph. D.)--University of Washington, 2006. / Vita. Includes bibliographical references (p. 64-73).

Orientador: Cesar Martins / Resumo: B chromosomes (Bs) are additional to the standard regular chromosome set (As), and present in all groups of eukaryotes. A reference genome is key to understand genomics aspects of an organism. Here, we present the de novo genome assembly of the cichlid fish A. latifasciata: a well known model to study Bs. The assembly of A. latifasciata genome has not been performed so far. The main focus of this study is to analyze and assemble the A. latifasciata genome with no B (B-) and with B (B+) chromosomes. The assembled draft B- and B+ genomes comprised of 774 Mb and 781 Mb with 1.8 Mb and 2.5Mb of N50 value of scaffolds respectively, and spanning 23,391 number of genes. High coverage data with Illumina sequencing was obtained for males and females with 0B, 1B and 2B chromosomes to provide information regarding the population polymorphism of these genomes. We observed a high scale genomic diversity in all analyzed genomes showing a high rate/frequency of population polymorphism with no evident effect of B chromosome presence. However, the B specific single nucleotide polymorphisms were found in the sequences that were located on B chromosome. While, the whole-genome rearrangements (inter chromosomal translocations) were detected in B+ genome, and structural variations including insertions, deletions, inversions and duplications were predicted in a representative genomic region of B chromosome. These results bring an evidence that existence of Bs in a genome should favour the accumu... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Mestre

Persistent infection of the cervix with high risk (HR) types of Human Papilloma Virus (HPV) (HR-HPV) can result in precancerous lesions and cancers. However, most HPV infections can be cleared naturally by the immune response without causing disease. Although genetic variations have long been considered as the main explanation for individual heterogeneity in cancer susceptibility, the underlying mechanisms remain unclear. In this project, a panel of routinely taken clinical samples was assessed for 32 rationally selected SNPs with allele frequency related to disease outcome using the Taqman® OpenArray® system. The panel incorporated 475 HR-HPV negative, cytologically-normal cervical samples, 413 HR-HPV positive cervical high grade squamous intraepithelial lesion (HSIL) cases and 62 HR-HPV positive cervical cancers. Two SNPs, rs2234671 and rs2623047, were found with significant differences between HR-HPV negative, cytologically-normal samples and HR-HPV positive cervical HSIL cases. In the validation step, these two SNPs were further genotyped in the same set of samples using TaqMan® SNP genotyping assay and/or LightSNiP assay and in additional samples including 83 HR-HPV positive, cytologically-normal cervical samples, 21 HR-HPV positive cervical cancer cases, 129 HR-HPV positive vulval intraepithelial neoplasia cases and 23 HR-HPV positive vulval cancer cases. Statistical analysis was then performed based on pooled and re-grouped genotyping data of the above-mentioned samples under different genetic models so as to evaluate the associations with different stages in the disease process. After validation, SULF1 rs2623047 revealed a strong significant association with the susceptibility to HR-HPV infection but not with the development of high-grade squamous intraepithelial lesion and the progression to cervical cancer. CXCR1 rs2234671, by contrast, was associated with the progression of HR-HPV-related cancers and the minor allele CXCR1 827C was significantly enriched in HPV16 positive cancers. CXCR1 is a receptor for the chemokine CXCL8/IL-8 and CXCR1 rs2234671 leads to a serine to threonine change in an extracellular loop of the receptor. Functionally, the CXCR1 827C allele was shown to enhance cell motility in response to IL-8 stimulation in a chemotaxis assay with transiently transfected fibroblasts (HEK293 cells) and also in a wound healing assay with stably transduced cervical cancer (CaSki) cells. In addition, significantly increased cell proliferation upon IL-8 treatment was observed in two cervical cancer derived cell lines, CaSki and SiHa, transduced with CXCR1-827C allele, but not in their CXCR1 827G transduced counterparts. These findings suggest that SULF1 rs2623047 and CXCR1 rs2234671 may be genetic risk factors for HR-HPV-related cervical disease and CXCR1 rs2234671 might affect HR-HPV-related cancer susceptibility by functionally altering IL-8-CXCR1 signalling. This information has potential for use in the risk stratification of HR-HPV infected women and may also suggest new therapeutic targets to be exploited for treatment of cervical cancer patients.

Made available in DSpace on 2015-07-22T20:50:30Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-04-28 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Introdução: A infecção por Helicobacter pylori está associada ao câncer gástrico (CG) não localizado na região da cárdia, no entanto, apenas uma pequena proporção das pessoas infectadas desenvolvem esta neoplasia. Estudos sobre cepas específicas dessa bactéria demonstram que os fatores genéticos e ambientais estão associados a esta carcinogênese. A Interleucina-8 (IL-8) desempenha um papel importante na inflamação da mucosa do estômago após a infecção por H. pylori. Estudos têm demonstrado que o polimorfismo da IL-8 pode aumentar o risco de CG. Objetivo: Investigar a associação entre o polimorfismo da IL-8, infecção por H. pylori, hábitos de vida e risco de CG. Casuística e métodos: Estudo caso-controle feito em pacientes com CG não-cárdia em comparação com indivíduos saudáveis na proporção de 1:2, respectivamente. O DNA foi extraído de leucócitos, purificado e a análise do polimorfismo foi feita pela técnica de PCR-RFLP e visualizado por eletroforese em gel de agarose a 5%. Infecção por H. pylori foi investigada pelos níveis séricos de anticorpos anti-H.pylori. Aspectos ambientais como tabagismo, etilismo e dieta foram investigados por questionário. Resultados: Um total de 312 indivíduos foi estudado, sendo 208 controles e 104 pacientes com câncer. Não houve diferença significante entre sexo ou idade, entre o grupo controle e os pacientes com CG. A proporção de pacientes infectados pelo H. pylori foi semelhante (p=0,15) entre os grupos controle (53,8%) e caso (45,2%). Menor frequência do genótipo AA foi encontrada no grupo com câncer (p = 0,01), sem diferença entre os alelos A e T. O tabagismo (p=0,001), acentuada ingestão de gordura (p=0,003) e baixa ingestão de legumes (p=0,02), foram mais frequentes no grupo caso. A análise de regressão logística multivariada demonstrou maior risco de CG em indivíduos com o genótipo heterozigoto AT (OR: 2,28 95%IC 1,16-4,49; p=0,02) e consumo excessivo de gordura (OR: 1,77 95%IC 1,12-2,92; p=0,03). Fumantes e ex-fumantes também demonstraram maior risco de CG quando comparados ao grupo controle (OR: 1,89 95%IC 1,41-3,11; p=0,01). Conclusões: A presença do genótipo AT está associada à elevação do risco de CG em aproximadamente duas vezes. O percentual de pacientes com CG infectados pelo H. pylori, diagnosticado pelos níveis de anticorpos séricos, não foi diferente do grupo controle na população estudada. Não observamos correlação entre a frequência alélica e o risco de CG. Indivíduos que consomem gorduras em excesso, ex-fumantes e fumantes têm maior risco de CG. / Background: Helicobacter pylori infection is associated with gastric cancer (GC) non-cardia, however, only a small proportion of infected people develop this cancer. Studies on specific strains of bacteria showed that the genetic and environmental factors are associated with this carcinogenesis. Interleukin-8 (IL-8) plays an important role in inflammation of the stomach mucosa after infection with H. pylori. Studies have shown that the polymorphism of IL-8 may increase the risk of GC. Objective: To investigate the association between polymorphism of IL-8, infection with H. pylori, lifestyle and risk of GC. Patients and methods: Case-control study done in patients with non-cardia GC compared with healthy subjects in the ratio 1:2, respectively. DNA was extracted from white blood cells, purified and polymorphism analysis was performed by PCR-RFLP and visualized by agarose gel electrophoresis to 5%. Infection with H. pylori was investigated by serum antibodies to H. pylori. Environmental issues such as smoking, alcohol consumption and diet were investigated by questionnaire. Results: A total of 312 individuals was studied, and 208 controls and 104 cancer patients. No significant differences between sex or age between the control group and patients with CG. The proportion of patients infected by H. pylori was similar (p=0.15) between the control group (53.8%) and case (45.2%). Lower frequency of AA genotype was found in the cancer group (p=0.01), however, no difference between alleles A and T. Cigarette smoking (p=0.001), sharp intake of fat (p=0.003) and low intake of vegetables (p=0.02) were more frequent in case group. A multivariate logistic regression analysis demonstrated a higher risk of GC in subjects with the heterozygous genotype AT (OR: 2.28 95% IC 1,16-4,49, p=0.02) and excessive consumption of fat (OR: 1 77 95% CI 1,12-2,92, p = 0.03). Smokers and former smokers also showed increased risk of GC compared to the control group (OR: 1.89 95% CI 1,41-3,11, p=0.01). Conclusions: The presence of the AT genotype is associated with increased risk of GC in about two times. The percentage of patients with GC infected with H. pylori, diagnosed by serum antibody levels was not different from the control group in the population. No correlations between allele frequency and risk of GC. Individuals who consume too much fat, ex-smokers and smokers have a higher risk of GC. / FAPESP: 08/05763 / TEDE / BV UNIFESP: Teses e dissertações

Submitted by Ana Maria Fiscina Sampaio (fiscina@bahia.fiocruz.br) on 2012-08-31T17:18:28Z No. of bitstreams: 1 Thais Ferreira Bonfim. Ancestralidade genômica em uma amostra de portadores do HIV-1 do Estado da Bahia - CPqGM - Dissertação de Mestrado - 2008.pdf: 2375743 bytes, checksum: 3d0b1edd686e7965b81d1f26113f0f78 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-08-31T17:18:28Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Thais Ferreira Bonfim. Ancestralidade genômica em uma amostra de portadores do HIV-1 do Estado da Bahia - CPqGM - Dissertação de Mestrado - 2008.pdf: 2375743 bytes, checksum: 3d0b1edd686e7965b81d1f26113f0f78 (MD5) Previous issue date: 2008 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas Gonçalo Moniz. Salvador, Bahia, Brasil / Dados históricos e genéticos mostram que a população brasileira é uma das mais heterogêneas do mundo, fruto de um processo de miscigenação entre os três principais grupos étnicos (ameríndios, europeus e africanos) formadores da nossa população. Entretanto a distribuição desses três grupos ao longo do território brasileiro não ocorreu de forma homogênea, ou seja, a proporção de africanos, ameríndios e europeus difere significativamente a depender da região geográfica. Na Bahia a proporção de afrodescendentes é de 77,5%, segundo autodenominação no censo do IBGE. Poucos trabalhos descrevem a diversidade genética na Bahia e são em sua maioria baseados em marcadores genéticos clássicos. Atualmente tem sido estimada mistura racial e diversidade genética através de marcadores moleculares que apresentam alelos com um diferencial de frequência acima de 30% entre populações geográfica e etnicamente distintas, que são conhecidos como Alelos Específicos de Populações (PSA). Além dos PSA, também são utilizados marcadores culturais, que através da análise de sobrenomes de família, são bastante úteis para inferir origem e mistura racial em populações miscigenadas como a da Bahia. Dados da literatura mostram que há um risco para o desenvolvimento de algumas doenças a depender do grupo étnico, como doenças cardiovasculares e infecciosas, como a AIDS. No Brasil, estima-se que até o final de 2004, o número de indivíduos infectados pelo HIV-1 foi de 362.364. A Bahia é o estado brasileiro que apresenta a 2ª maior incidência de AIDS. É sabido que o curso clínico da infecção pelo HIV-1 é determinado por complexas interações entre as características virais e os fatores do hospedeiro. Para estimarmos a contribuição dos grupos ancestrais nesta população foram analisados 517 indivíduos infectados pelo HIV-1 do estado da Bahia para 10 PSA (AT3-I/D, APO, SB19.3, PV92, FYnull, LPL, CKMM, GC-F, GC-S e CYP3A4) e para 2 marcadores de susceptibilidade ao HIV-1 (CCR5-Δ32 e CCR2-64I). Foram investigadas as condições sócio-econômicas e a ancestralidade destes pacientes através da sua autodenominação e de uma análise fenotípica baseada em caracteres físicos, além disso, analisou-se os sobrenomes de família para identificação de sobrenomes de conotação religiosa. A estimativa de ancestralidade genômica mostrou que a população analisada apresentava uma maior contribuição africana de 48%, seguida da européia (35%) e ameríndia (17%), sendo as proporções bastante similares quando comparadas com a população de Salvador, não infectada pelo HIV-1. A análise fenotípica quando comparada com a autodenominação desses indivíduos, mostrou-se discordantes apenas na caracterização dos indivíduos negros. Encontrou-se também uma associação entre maior frequência de sobrenome de conotação religiosa com o aumento do fenótipo negróide, indicando que a análise de sobrenome é uma ferramenta importante para inferência de ancestralidade africana. A análise sócio-econômica mostrou que a população com menor nível de escolaridade e menor renda familiar tinha maior ancestralidade africana, sugerindo que a ancestralidade está influenciando numa maior susceptibilidade ao HIV/AIDS. Assim, este trabalho foi de grande importância para estimar a proporção de mistura entre grupos ancestrais na composição desta população, além de fornecer subsídios para auxiliar ações na área de saúde para melhor atender as necessidades desta população / The Brazilian population is one of the most heterogenic of the world due to miscegenation between three main ethnical groups (Amerindians, Europeans and Africans) that make up this population. However the distribution of these three groups through the Brazilian territory was not homogeneous so that the ratios of Africans, Amerindians and Europeans differ according to the geographic regions. In Bahia, the African descendants ratio is 77,5% according to the self-denomination of IBGE census. Few studies describe the genetic diversity in Bahia and they are mostly based on classic “genetics markers”. Nowadays racial mix and genetic diversity have been estimated by molecular markers known as Population Specific Alleles (PSA) whose frequency varies more than 30% between distinct geographic regions and distinct ethnical populations. Besides PSA, cultural markers are also used like family surnames that are very useful to study the origin and racial mix in miscegenated populations. Data of the literature show that some ethnical groups are at risk for some diseases such as heart and infectious diseases like AIDS. In Brazil, until the end of 2004, the number of individuals infected by HIV-1 was determined by complex interactions among virus features and the host factors. To estimate the contribution of ancestral groups in this population, 10 PSA (AT3-I/D, APO, SB19.3, PV92, FYnull, LPL, CKMM, GC-F, GC-S and CYP3A4) and 2 markers of susceptibility to HIV-1 (CCR5-Δ32 e CCR2-64I) were analyzed in 517 individuals of Bahia infected by HIV-1. . The social-economic conditions were analyzed as well as the ethnicity of those patients through self-determination and phenotypic analyze based on physical features. Besides, their surnames were also analyzed for religious connotation. The estimate of genomic ancestry showed that in this population the African contribution is more important (48%), followed by the European (35%) and Amerindian (17%) contributions. The respective ratios were similar to those of the HIV-1 negative population of Salvador. The phenotypic analyses matched with the results of self-determination except in the case of the blacks. A high frequency of religious- conotated surnames is associated with “black” phenotype, indicating that the analyze of surnames is an important tool for inference of African ancestry. The social-economic analyses showed that low educated populations and low familiar income have more African ancestry suggesting that the ancestry is related to higher susceptibility to HIV/AIDS. So, this study was really important to estimate the ratio of mixture among ancestral groups in the composition of this population. Moreover it provides information that will help to better take care of the health of this population.

O polimorfismo é um fenômeno relativamente comum entre os compostos farmacêuticos, e um dos principais problemas na produção e desenvolvimento de medicamentos. Sua presença pode acarretar prejuízos para a saúde da população e forte impacto econômico para as indústrias farmacêuticas ao influenciar diretamente nas propriedades mecânicas e biofarmacêuticas de insumos e produtos acabados. A investigação de polimorfismo associado aos oxicans, grupo pertencente à classe dos fármacos anti-inflamatórios não esteróides (AINEs), sofreu um incremento nos últimos anos, e para o fármaco tenoxicam relata-se a existência de quatro formas polimórficas na literatura. O objetivo deste trabalho foi caracterizar a presença de diferentes formas polimórficas de tenoxicam em insumos farmacêuticos ativos e formulações farmacêuticas orais e avaliar a influência sobre a dissolução in vitro. Com base na literatura, a análise inicial com a substância química de trabalho (SQT) demonstrou padrão difratométrico forma III. Diferentes condições para formação de formas polimórficas de tenoxicam foram aplicadas conforme Cantera et al. (2002), contudo, os diferentes processos de preparação de polimorfos do tenoxicam não conduziram a modificações na estrutura cristalina original da SQT. Dados complementares foram obtidos através da espectrofotometria no IV e DSC, que indicaram a inexistência de modificações no espectro original e ausência de eventos térmicos atípicos. A caracterização dos insumos farmacêuticos do tenoxicam, provenientes de diferentes fornecedores, por IV, DRX e perfil de dissolução indicou presença da estrutura cristalina (forma III), sem apresentar diferenças significativas entre os perfis de dissolução in vitro. As especialidades farmacêuticas do tenoxicam disponíveis no mercado nacional, ao serem submetidas à análise por DRX, também apresentaram estruturas cristalinas forma III. Apesar de ocorrer perfis de dissolução diferentes entre as formulações, estas não apresentaram comprometimento em sua qualidade. Contudo, muitas vezes as transformações pós-processamento podem induzir a alterações na estrutura cristalina e por consequência, problemas biofarmacêuticos. Tal fato demonstra a importância do estudo do polimorfismo, ao avaliar e correlacionar a presença de estruturas cristalinas com alterações na qualidade e desempenho de insumos e produtos farmacêuticos. / Polymorphism is a relatively common phenomenon among pharmaceutical compounds, and one of the main problems in producing and developing drugs. Its presence may harm people’s health and have a strong economic impact on the pharmaceutical industries by directly influencing the mechanical and biopharmaceutical properties of inputs and finished products. The investigation of polymorphism associated with oxycans, a group belonging to the class of non-steroidal anti-inflammatory drugs (NSAIDs), has grown in recent years, and it is reported that there are four polymorphic forms for tenoxycam the literature. The purpose of this study was to characterize the presence of different polymorphic forms in active pharmaceutical inputs and oral pharmaceutical formulations and evaluate their influence on in vitro dissolution. Based on the literature, the initial analysis with the reference standard showed a form III diphractometric pattern. Polymorphic forms of tenoxycam were prepared according to Cantera et al. (2002), but the different preparation processes of tenoxycam polymorphs did not lead to modifications of the original crystalline structure of the reference standard. Complementary data were obtained by spectrophotometry in IV and DSC, indicating that there were no modifications in the original spectrum and no atypical thermal events. The characterization of the pharmaceutical inputs of tenoxycam, from different suppliers, as IV, DRX and dissolution profile indicated the presence of a crystalline structure (Form III), without presenting significant differences between the in vitro dissolution profiles. The pharmaceutical specialties of tenoxycam available on the national market, on being analyzed by DRX also presented crystalline structures Form III. Although there was different dissolution profiles between the formulations, they showed no impairment in their quality. However, often the post-processing transformations can induce alterations in the crystalline structure and, consequently, biopharmaceutical problems. This shows the importance of the study of polymorphism with the evaluation and correlation of the presence of crystalline structures with alterations in the quality and performance of pharmaceutical inputs and products.

O câncer de mama é a neoplasia mais comum entre as mulheres. Sua etiologia é complexa, onde tanto fatores ambientais como genéticos podem contribuir para o desenvolvimento tumoral. Estima-se que 5 a 10% dos casos de carcinomas de mama sejam representados pelos carcinomas de mama familial e 90 a 95% sejam representados pelos carcinomas de mama esporádicos. Independente da etiologia, um dos principais agravantes é consequência da habilidade das células tumorais metastizar. Mutações podem levar a mudança ou perda de expressão de diferentes genes e isto possibilita que as células adquiram particularidades genéticas e fenotípicas que contribuem para a progressão do tumor através da aquisição de vantagens que medeiam a sua sobrevivência. Dentre estas vantagens adquiridas está a capacidade das células tumorais de escaparem da destruição pelas células imunológicas ou, até mesmo, utilizarem estas células a seu favor, na promoção de um microambiente tumoral inflamatório que pode auxiliar o desenvolvimento da angiogênese que posteriormente facilitará a metástase. As características dos carcinomas de mama são as principais ferramentas para avaliação do diagnóstico e prognóstico da doença. Portanto, o objetivo de nosso trabalho foi a análise de quatro variantes polimórficas de genes que codificam importantes moléculas do sistema imunológico, duas relacionadas aos genes que codificam os receptores de quimiocinas, CCR2 e CCR5, e duas relacionadas ao gene HLA-G em 188 mulheres com carcinoma de mama (105 com câncer de mama familial e 83 com câncer de mama esporádico) e em 151 mulheres sem carcinoma e sem história familiar de câncer (grupo controle), como possíveis marcadores de diagnóstico e prognóstico do carcinoma de mama. Para a análise da variante do CCR2, denominada CCR264I, e para a análise de uma das variantes que codifica a molécula de HLA-G, denominada +3142, utilizou-se a técnica PCR-RFLP. Para a análise da variante do gene CCR5, denominada CCR5delta32 e para a análise da outra variante do HLA-G, caracterizada pela inserção de 14pb na região 3’UTR do gene, utilizou-se a técnica PCR. As frequências alélicas, genotípicas e haplotípicas foram estimadas e comparadas entre os grupos de mulheres, usando o Teste Qui-Quadrado ou o Teste Exato de Fisher e, posteriormente, foram relacionadas a fatores de diagnóstico e prognóstico. Observou-se maiores frequências dos alelos selvagens do CCR2, Val (p=0,040, OR 0,61, IC 95% = 0,38 – 0,98) e do CCR5, Wt (p=0,032, OR 0,46, IC 95% = 0,23 – 0,94) e maior frequência do haplótipo duplo selvagem Wt/Val destas mesmas variantes gênicas dos genes CCR2 e CCR5, nas mulheres do grupo controle (p=0,030) em relação às mulheres com câncer de mama familial. Quando as variantes foram avaliadas em conjunto com os parâmetros clínicos, observou-se que as mulheres com carcinoma de mama esporádico apresentavam a doença em idade mais elevada (57,29 ± 8,457 anos e 44,23 ± 12,092 anos para mulheres com câncer de mama esporádico e familial, respectivamente, p < 0.001) e de forma mais agressiva, com maior frequência dos carcinomas invasores (p = 0,001) que as mulheres com carcinoma de mama familial. Além disso, as variantes de inserção/deleção de 14 pb do HLA-G e CCR264I, mostraram relação positiva com a agressividade tumoral nestas mulheres (p = 0,039 e p = 0,005). Nossos dados sugerem que os carcinomas invasores possam estar relacionados a uma maior infiltração de células imunológicas e com o aumento da inflamação no microambiente tumoral, mediados pelo receptor CCR2 e pela molécula HLA-G, respectivamente. / Breast cancer is the most common cancer among women. Its etiology is complex, where genetic, environmental and endocrine factors contribute to tumor development. It is estimated that 5 to 10% of the breast cancers are represented by familial breast cancers and 90 to 95% are represented by sporadic breast cancers. Independent of the etiology, the major aggravating consequence is the ability of tumor cells to metastasize. Mutations can lead to a change or loss of expression a different genes and this allows the appearance of genetic and phenotypic features which contribute to tumor progression. Among these features is the ability of tumor cells to evade from the immune cells or even use immune cells in the promotion of a inflammatory microenvironment promotion which may help angiogenesis and, later, metastasis. The aim of our study was to evaluate four important polymorphic variants of genes which encode important immune system molecules, two related genes encoding chemokine receptors, CCR2 and CCR5, and two related to HLA-G gene in 188 women with breast cancer (105 women with familial breast cancer and 83 with sporadic breast cancer) and 151 women without cancer and family history of cancer (control group), such as potential markers for diagnosis and prognosis of breast cancer. CCR2 polymorphism, CCR264I, and one HLA-G polymorphism, +3142, were genotyped by PCR-RFLP. CCR5delta32 and 14pb HLA-G polymorphism were genotyped by PCR. Allelic, genotypic and haplotypic frequencies were estimated and compared between the groups using the Chi-square test or Fisher's exact test and subsequently were associated to diagnostic and prognostic factors. We observed a higher allelic frequency of the CCR2 wild type allele, Val (p = 0.040, OR 0.61, 95% CI = 0.38 - 0.98) e CCR5 wild type allele, Wt (p = 0.032, OR 0.46, CI 95% = 0.23 - 0.94) and higher haplotype frequency of the double wild type variants (Wt/Val) of these same genes (CCR2 and CCR5) in women in the control group (p = 0.030) compared to women with familial breast cancer. All polymorphisms were evaluated together with the clinical parameters and it was observed that women with breast cancer showed sporadic cancer latter (57.29 ± 8.457 years and 44.23 ± 12.092 years for women with sporadic breast cancer and familial breast cancer, respectively, p < 0.001) and more invasiveness (p = 0.001) as compared to women with familial breast cancer. Moreover, the HLA-G 14pb and CCR264I polymorphism, showed a positive association with tumor aggressiveness in women with sporadic breast cancer (p = 0.039 and p = 0.005, respectively). Our data suggest that invasive cancers may be associated with increased immune cells infiltration and inflammation in the tumor microenvironment mediated by both CCR2 receptor and HLA-G molecule.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:06Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-02-08Bitstream added on 2014-06-13T19:33:16Z : No. of bitstreams: 1 prioli_ra_me_jabo.pdf: 689132 bytes, checksum: 17eaeca002f2374370af36bb9266bcc4 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Os objetivos deste trabalho foram a padronização de metodologia alternativa de genotipagem do SNP AY_731081:g.1900T>C do gene CD14 equino por PCR-RFLP, bem como a caracterização em equinos da raça Mangalarga deste e de outros dois polimorfismos, o AY_005808: c.1530A>G do TLR4 e o AX_463789: g.133T>C do Cε, a fim de promover o embasamento necessário para futuras pesquisas visando associação entre marcadores de DNA e características relacionadas à fisiologia do sistema imune na raça. Para tanto, foram utilizados 151 animais Mangalarga, de ambos os sexos e de idades variadas, representativos da população do estado de São Paulo. O método de PCR-RFLP mostrou-se adequado para a genotipagem do SNP AY_731081: g.1900T>C do gene CD14 equino. Entretanto, tal polimorfismo provavelmente não ocorre em equinos Mangalarga, impossibilitando estudos de associação com o marcador na raça. Os parâmetros genético-populacionais obtidos para os polimorfismos AY_005808:c.1530A>G do gene TLR4 e o AX_463789:g.133T>C do gene Cε demonstraram a possibilidade de realização de pesquisas visando a associação entre os marcadores e características relacionadas ao sistema imune na raça Mangalarga / The objective of this work was to contribute to the molecular characterization of the equine Mangalarga, aiming at future studies on the association of DNA polymorphisms and traits associated with the immune system physiology of this equine breed. An alternative PCR-RFLP genotyping method was developed for the SNP AY_731081:g.1900T>C, in the gene CD14. Furthermore, this SNP plus the AY_005808: c.1530A>G, in the gene TLR4, and the AX_463789: g.133T>C, in the gene Cε, were used to analyze 151 Mangalarga individuals. The analyzed horses are representative of the São Paulo State population and consisted of male and female animals of several ages. The PCR-RLP method has been demonstrated to be suitable for equine genotyping using the SNP AY_731081: g.1900T>C of the gene CD14. However, this polymorphism is apparently absent in the Mangalarga breed. The population genetic data obtained for the polymorphisms AY_005808:c.1530A>G, of the gene TLR4, and the AX_463789:g.133T>C, in the gene Cε, indicated the feasibility of these SNPs for further studies aiming at the association of molecular markers with traits related to the immune system of the Mangalarga horse breed

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:14Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008-08-21Bitstream added on 2014-06-13T20:43:00Z : No. of bitstreams: 1 paduan_ks_dr_botib.pdf: 813357 bytes, checksum: f3c9241a583eb2b4877a44aae97a66eb (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Aedes aegypti é o principal vetor dos vírus dengue e representa cada vez mais um problema de saúde pública. O uso de inseticidas de origem orgânica ou inorgânica é uma das metodologias mais adotadas como parte do controle de vetores, entretanto, processos de resistência têm sido detectados freqüentemente. O desenvolvimento de ferramentas moleculares tem facilitado o entendimento das relações entre o vetor, patógeno e o homem. Os marcadores genéticos mais utilizados em estudos de genética de populações geralmente representam um trabalho laboratorial intenso e, em alguns casos, são limitados pela quantidade de DNA genômico extraído por indivíduo. Recentemente, a tecnologia disponível, permitiu o desenvolvimento dos marcadores SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms) que correspondem a diferenças de um único nucleotídeo na seqüência de DNA. Assim, o presente trabalho objetivou desenvolver marcadores SNPs localizados em genes nucleares, do mosquito Ae. aegypti, para aplicação na genotipagem de populações deste vetor no Brasil. Para tanto, foram investigada seqüencias em dezoito genes nucleares de dezesseis populações do Ae. aegypti, e nove destes genes foram selecionados para a presença de SNPs. Os oito marcadores mais polimórficos foram utilizados na caracterização de três populações do mosquito anteriormente analisadas utilizando-se as técnicas de RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) e seqüenciamento de genes mitocondriais. Os resultados obtidos com os SNPs mostraram um alto grau de polimorfismo intra e inter populacional, mais significativo quando comparado com os estudos realizados anteriormente, além da presença de duas diferentes linhagens genéticas entre as populações geográficas estudadas. / Aedes aegypti is the primary vector of dengue fever virus and it represents a major problem of Public Health. The use of insecticides of organic or inorganic origin is one of the more accepted methodologies as part of this control, however, resistance processes have been detected constantly. The development of molecular tools has made possible the understanding of the relationships among vector, pathogen and man. The genetic markers more used in studies of genetics populations usually represent an intense laboratorial work and in some cases they are limited for the amount of genomic DNA extracted by individual. Recently, the available technology, allowed the development of the markers SNPs (Single Nucleotide Polymorphism) that correspond to differences of a single nucleotide in the sequence of DNA. Thus, this work aims to develop of SNPs markers in nuclear genes of the Ae. aegypti for application in genotyping of populations of this vector in Brazil. For so much, were investigated sequences in eighteen nuclear genes of sixteen populations of Ae. aegypti, and nine of this genes were selected to presence of the SNPs. Eight more polymorphic markers were used in the characterization of three populations of the mosquito previously analyzed using the techniques of RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) and sequencing of mitochondrial genes. Results obtained with the SNPs showed a high degree of polymorphic intra and interpopulations, more significantly when compared with the prior studies, besides the presence of two different genetic lineages distributed among the studied geographical populations.

Orientador: Humberto Tonhati / Coorientador: Marcelo Cervini / Banca: Maria Elisabete Jorge Amaral / Banca: Joslaine Noely dos Santos Gonçalves Cyrillo / Resumo: O gene responsável pela codificação do hormônio leptina tem sido associado à produção de leite, e diversos polimorfismos encontrados nesse gene foram associados a características produtivas em bovinos. O objetivo do presente estudo foi a identificação do polimorfismo LEP-1620 (A/G) no gene bubalino da leptina e suas possíveis associações com as produções de leite, gordura, proteína e porcentagens de gordura e proteína. Foram coletadas amostras de pelo da cauda de 200 búfalas, e após a extração do DNA as amostras foram genotipadas pela técnica PCR-RFLP. Três amostras foram sequenciadas e foi encontrado um SNP na posição 70 do íntron 2 do gene da leptina, caracterizado pela substituição de um A por um G. As médias das produções mensais de leite, gordura, proteína e as porcentagens de gordura e proteína foram avaliadas em um modelo misto. Os genótipos encontrados (AA, AG, GG) foram positivamente associados às características porcentagem de gordura e de proteína (p<0,05), sendo que os animais AA apresentaram médias superiores para as características. As curvas de lactação para as características produção de leite e porcentagens de gordura e proteína apresentaram trajetórias semelhantes para os três genótipos. Esses resultados indicam que o polimorfismo LEP-1620 (A/G) pode ser utilizado futuramente como marcador molecular para as características porcentagem de gordura e proteína do leite de búfalas / Abstract: The gene responsible for encoding the hormone leptin has been associated with milk production, and several polymorphisms of this gene were associated with production traits in cattle. The aim of the present study was to identify the LEP-1620 (A/G) polymorphism in the buffalo leptin gene and its possible associations with milk, fat and protein yield, and fat and protein percentages. Samples of tail hair from 200 buffalo cows were collected, and after DNA extraction the samples were genotyped by PCR-RFLP. Three samples were sequenced and an SNP was found at position 70 of intron 2 in the leptin gene, characterized by the substitution of an A for a G. The means from monthly milk, fat and protein yield and falt and protein percentages were evaluated by a mixed model. The genotypes found (AA, AG, GG) were positively associated with fat and protein percentages (p<0,005), and the AA animals showed the highest means for this traits. The lactation curves for milk yield and fat and protein percentages showed similar trajectories for the three genotypes. These results indicate that the LEP-1620 (A/G) polymorphism can be used in the future as a molecular marker for fat and protein percentages traits of buffalo cow's milk / Mestre