Nous avons l’habitude de penser que l’organisme pluricellulaire, comme un certain homme et un certain cheval, est un modèle de l’individu. Toutefois, la philosophie contemporaine des sciences de la vie propose un certain nombre de définitions de l’individualité biologique qui provoquent des débats sans fin. Nous proposons une analyse historique des modifications de la notion d’individu qui ne vise pas à régler les débats, mais à comprendre la diversité des pensées portant sur cette notion. Nous commençons par analyser la découverte de la régénération du polype d’eau douce, faite au milieu du XVIIIe siècle par Abraham Trembley. Nous arrivons à mettre en lumière la rénovation philosophique effectuée au début de XXe siècle par Henri Bergson. L’histoire de la notion d’individu biologique présente des pensées qui transforment l’évidence en problématique. L’invention et la réinterprétation des concepts biologiques comme l’organisme, la cellule, la division du travail, le milieu, la sélection naturelle et la vie, permettent à la pensée biologique de remettre en cause la définition étymologique du terme d’individu, l’identification de l’individu et de l’organisme et la possibilité même de déterminer le niveau d’organisation correspondant à l’individu. La pluralité des concepts d’individu ne signifie pas qu’il faille renoncer à l’usage du terme en biologie. Au contraire, elle permet de mettre au jour l’ontologie impliquée dans les théories biologiques pour poser en termes précis les problèmes biologiques et philosophiques. La pensée de l’individualité biologique ouvre un vaste champ de recherche où les philosophes et les biologistes ont à travailler ensemble. / From a commonsense perspective, the multicellular organisms such as men and horses are thought of as typical examples of biological individuals. But contemporary philosophers of biology present a number of definitions of biological individuality which stimulate an intense debate over deciding the level of organization to which the biological individuality corresponds. This research proposes a historical analysis, which doesn’t aim to solve the conceptual issues, but to understand the diversity of biological thinking about individuality. From the regeneration of the polyp discovered by Abraham Trembley in the middle of the 18th century to the philosophical renovation achieved by Henri Bergson at the beginning of the 20th century, the biological thinking called into question the basis on which the notion of biological individuality was built. The invention and the reinterpretation of the concepts such as the organism, the cell, the division of labor, the milieu, the natural selection and the life, allowed to ask if the biological individuality can be defined as indivisibility, secondly if it can be identified with the organism, and finally if one can determine the level of organization to which the biological individuality corresponds. The diversity of concepts of biological individuality doesn’t mean that this term is dispensable for the biological research. It allows to present the biological and philosophical problems in more precise terms, so that the biologists and philosophers can cooperate to tackle them.

Les cancers colorectaux (CCR) constituent un véritable problème de santé publique. En France, en 2015, ils se situent au 3ème rang des cancers et au 2ème rang des décès par cancer, en raison d’un diagnostic souvent tardif et de réponses variables aux thérapeutiques. L’amélioration des tests de dépistage ces vingt dernières années n’a pas significativement réduit la morbi/mortalité liée au CCR et une meilleure caractérisation des différents sous-types moléculaires reste importante pour l’identification de nouveaux biomarqueurs. Les tumeurs colorectales sont hétérogènes tant sur le plan clinico-pathologique que moléculaire, issues de différentes voies de cancérogenèse. Les tumeurs de la voie festonnée représentent 20 à 30% des CCR. Elles sont caractérisées par une instabilité épigénétique (CpG Island Methylation Phenotype, CIMP), une instabilité microsatellitaire (MSI) et des mutations fréquentes du gène BRAF. Sur le plan phénotypique, ce sont des tumeurs volontiers mucisécrétantes surexprimant les mucines MUC2 et MUC5AC. L’identification précoce de leurs précurseurs reste actuellement un enjeu, d’autant que la séquence carcinogénétique des tumeurs festonnées serait particulièrement rapide.Dans cette étude, nous avons déterminé les caractéristiques clinico-pathologiques et moléculaires d’une série de cancers et polypes colorectaux et évalué l’intérêt des gènes de mucines MUC2 et MUC5AC pour classer les polypes festonnés et identifier les lésions précurseurs des cancers CIMP/MSI.L’étude a porté sur 418 CCR et 330 polypes coliques, incluant 218 polypes festonnés et 112 adénomes conventionnels, dont nous avons déterminé le profil moléculaire (mutations KRAS/BRAF, MSI, CIMP, méthylation MGMT, MLH1), ainsi que le profil d’expression et de méthylation des gènes de mucines MUC2 et MUC5AC. Les résultats ont été comparés aux données cliniques et anatomo-pathologiques.Nous montrons que l’hypométhylation du gène MUC5AC est un marqueur spécifique des CCR CIMP/MSI, indépendant des données clinico-pathologiques. De plus, nous montrons que l’hypométhylation de MUC5AC est un évènement précoce qui est spécifiquement associé aux polypes hyperplasiques de type microvésiculaire (MVHP) et adénomes festonnés sessiles (SSA), suggérant une filiation entre ces deux lésions, qui seraient les précurseurs des CCR CIMP/MSI. L’hypométhylation de MUC5AC était par ailleurs très spécifique des lésions festonnées mutées BRAF, CIMP ou MSI.En conclusion, nos résultats suggèrent un rôle de la mucine MUC5AC dans le développement des tumeurs coliques de la voie festonnée. L’hypométhylation du gène MUC5AC est un évènement précoce qui pourrait avoir un intérêt pour le diagnostic des polypes festonnés, en particulier lorsque la morphologie est ambiguë, et pour l’identification précoce des lésions à potentiel malin. De plus, nos résultats suggèrent que certains MVHP pourraient progresser en SSA et en CCR CIMP/MSI, d’où l’importance de réaliser des biopsies des polypes festonnés lors de l'endoscopie afin de repérer le sous-type microvésiculaire parmi les polypes hyperplasiques colorectaux, qui pourrait, bénéficier d’une surveillance minimale. / Colorectal cancer (CRC) is a major public health problem yet it remains the third most common and the second deadliest cancer for both men and women in the United States and in Europe, owing to diagnosis at advanced stage and variable response to the treatments. However, the incidence and mortality appear to be steadily declining in countries with programmatic screening and it remains critical to characterize CRC molecular subtypes to identify new biomarkers. CRC display a wide clinicopathological and molecular heterogeneity and arise from different carcinogenesis pathway. Approximately 20% to 30% of CRC occur by the means of the serrated neoplasia pathway. CRC from the serrated pathway are associated with frequent epigenetic instability (CIMP, CpG island methylator phenotype) which causes most sporadic microsatellite instability (MSI) CRC through epigenetic inactivation of MLH1 and frequent BRAF mutation. CRC from the serrated pathway frequently display a mucinous pattern and are prone to express secreted mucins MUC2 and MUC5AC. Early identification of serrated pathway precursor lesions is currently challenging since the progression to adenocarcinoma in this pathway is particularly brief.We assessed in this study clinicopathological and molecular features of colorectal carcinomas and polyps and we analyzed the interest of mucin genes MUC2 and MUC5AC to classify serrated polyps and to identify the precursor lesions of CIMP/MSI carcinomas._x000D_A series of 418 CRC and 330 polyps was included in the study, with 218 serrated polyps and 112 conventional adenomas. We assessed the molecular profile (KRAS/BRAF mutations, MSI, CIMP, MGMT methylation, MLH1) and the expression and methylation profile of MUC2 and MUC5AC genes and further correlation with clinical and pathological data were performed.We show that MUC5AC hypomethylation is a specific marker of CIMP/MSI CRC, independently of other clinical or pathological factors. We show moreover than MUC5AC hypomethylation is an early event of carcinogenesis, specific to microvesicular hyperplastic polyps (MVHP) and sessile serrated adenoma (SSA) suggesting a filiation between these two lesions and also a progression of MVHP to SSA, SSA with dysplasia, and then to MSI/CIMP CRC. MUC5AC hypomethylation was moreover highly specific of BRAF mutated, CIMP or MSI serrated lesions.In conclusion, our results suggest that the MUC5AC mucin is involved/plays a role in the development/progression of colorectal tumors of the serrated pathway. MUC5AC hypomethylation occurs early during carcinogenesis and may be of interest for the diagnosis of serrated polyp especially in the presence of ambiguous morphology and to early detection of polyps carrying a malignant potential. Our results suggest moreover that some MVHP may progress to SSA and CIMP/MSI CRCs highlighting the importance to perform biopsy of serrated polyps during endoscopy to identify microvesicular subtype among colorectal hyperplastic polyps, which could require a minimal surveillance.

L’interrogation efficace d’images en utilisant un système de recherche d’image est un problème qui a attiré l’attention de la communauté de recherche depuis une longue période. Dans le domaine médical, les images sont de plus en plus produites en grandes quantités en raison de leur intérêt croissant pour de nombreuses pratiques médicales comme le diagnostic, la rédaction de rapports et l’enseignement. Cette thèse propose un système d’annotation et recherche sémantique d’images gastroentérologiques basé sur une nouvelle ontologie des polypes qui peut être utilisée pour aider les médecins à décider comment traiter un polype. La solution proposée utilise une ontologie de polype et se base sur une adaptation des raisonnements standard des logiques de description pour permettre une construction semi-automatique de requêtes et d’annotation d’images. Une deuxième contribution de ce travail consiste dans la proposition d’une nouvelle approche pour le calcul de réponses relaxées des requêtes ontologiques basée sur une notion de distance entre un individu donné et une requête donnée. Cette distance est calculée en comptant le nombre d’opérations élémentaires à appliquer à une ABox afin de rendre un individu donné x, une réponse correcte à une requête. Ces opérations élémentaires sont l’ajout à ou la suppression d’une ABox, d’assertions sur des concepts atomiques (ou leur négation) et/ou des rôles atomiques. La thèse propose plusieurs sémantiques formelles pour la relaxation de requêtes et étudie les problèmes de décision et d’optimisation sous-jacents. / Querying efficiently images using an image retrieval system is a long standing and challenging research problem.In the medical domain, images are increasingly produced in large quantities due their increasing interests for many medical practices such as diagnosis, report writing and teaching. This thesis proposes a semantic-based gastroenterological images annotation and retrieval system based on a new polyp ontology that can be used to support physicians to decide how to deal with a polyp. The proposed solution uses a polyp ontology and rests on an adaptation of standard reasonings in description logic to enable semi automatic construction of queries and image annotation.A second contribution of this work lies in the proposition of a new approach for computing relaxed answers of ontological queries based on a notion of an edit distance of a given individual w.r.t. a given query. Such a distance is computed by counting the number of elementary operations needed to be applied to an ABox in order to make a given individual a correct answer to a given query. The considered elementary operations are adding to or removing from an ABox, assertions on atomic concept, a negation of an atomic concept or an atomic role. The thesis proposes several formal semantics for such query approximation and investigates the underlying decision and optimisation problems.

Durant toute sa vie, Samuel Taylor Coleridge, poète et philosophe romantique anglais, a consigné ses pensées et ses réflexions sous forme de fragments dans des Notebooks, aujourd’hui regroupés dans cinq volumes. Derrière cette écriture mosaïque se dessine l’histoire d’un esprit nourri d’une insatiable curiosité pour le monde naturel et la psyché humaine. Libre de toute contrainte de structure et de genre, l’espace des Notebooks est peut-être celui qui s’ajuste le mieux au rythme si particulier de la pensée du poète. Ces textes se donnent ainsi à lire comme le reflet d’une pensée en constante évolution, qui sans cesse digresse, explore des possibles, ouvre des voies inexplorées. Cette thèse se propose donc de tenter d’en saisir les variations par une approche rythmanalytique du corpus d’étude. L’écriture des premiers carnets est essentiellement nomade, elle témoigne d’un plaisir de pérégriner, de s’ouvrir à la texture du monde. Elle se nourrit de l’énergie d’un corps en mouvement et d’une volonté d’habiter poétiquement l’espace. Toutefois, au fil du temps, le regard du poète semble peu à peu substituer le diffus et le nocturne à l’espace géopoétique ; l’écriture des Carnets se replie sur l’intime de l’être et se teinte de mélancolie. L’écriture de la mélancolie ne serait-elle pas dès lors l’envers sombre de l’écriture nomade, une écriture qui se nourrit de l’énergie du désir et de l’angoisse, et qui ne cesse de s’enrouler sur elle-même pour tendre vers ce point obscur ? Néanmoins, la mélancolie des Carnets n’est jamais synonyme d’effondrement ou de néant, elle n’appelle pas le vide mais, bien au contraire, trouve sa source d’inspiration dans une formidable vitalité pour faire advenir au jour de la parole ce qui ne se donne à voir que dans l’obscurité de la nuit. / During all his life, the English poet and romantic philosopher Samuel Taylor Coleridge secretly kept his thoughts and reflections in his Notebooks, which have been published in five volumes. This mosaic writing tells the story of a mind fed on an insatiable appetite and curiosity for the natural world and the human mind. Freed from any structural or generic constraint, the Notebooks certainly offered the poet a scriptural space well-suited for the rhythm of his thought. These texts can thus be read as the reflection of a mind constantly evolving, digressing, exploring new areas and opening new vistas. This work is an attempt to seize the variations of the Coleridgian thought by approaching rhythmically the first three volumes of the Notebooks. The writing of his first notebooks is essentially nomadic and asserts the pleasure of wandering through the natural world and delving into its texture. It feeds upon the energy of a body exploring space and of a mind struggling to inhabit the world poetically. Yet, as time passes, the poet’s gaze seems to linger more on the nocturnal sky than on the natural space. The writing of the Notebooks is then no longer the poetic substrate of the early days; it turns inward, loaded with melancholy. The writing of melancholy could therefore be seen as the darker side of the nomadic writing, one that feeds upon the energy of desire and anxiety, that takes a circumvoluted path towards this “dark spot”. Nevertheless, melancholy does not mean the annihilation of the self nor does it call for hollowness. Its source of inspiration resides in the vital force of creation which strives to bring to the light of speech that which can only be glimpsed at in the darkness of the night.