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Micose fungoide hipocromiante: estudo epidemiológico e análise patogenética dos mecanismos da hipopigmentação / Hypopigmented mycosis fungoides: epidemiological study and pathogenetical analysis of hypopigmentation mechanismsFabricio Cecanho Furlan 25 April 2013 (has links)
INTRODUÇÃO: A variante hipocromiante da micose fungoide - MF - (MFh) apresenta características peculiares, como a predileção por indivíduos jovens e melanodérmicos e curso clínico crônico. Estudos especulam a patogênese da hipocromia comparando-a à do vitiligo. No Brasil, faltam dados que permitam conhecer sua importância na saúde pública. O presente trabalho visou avaliar a epidemiologia, a histopatologia e a imunofenotipagem de uma amostra de pacientes com diagnóstico de MFh e propor hipóteses dos mecanismos patogênicos da hipocromia, além de comparar pacientes portadores de lesões hipocrômicas exclusivas com aqueles portadores de outras formas de MF com lesões hipocrômicas concomitantes. MÉTODOS: Foram selecionados pacientes do Ambulatório de Linfomas Cutâneos do Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo e classificados em três grupos: A (21 portadores apenas de lesões hipocrômicas); B (15 portadores de outras formas de MF com lesões hipocrômicas concomitantes) e C (8 pacientes com diagnóstico de MF clássica, estes apenas para avaliações histológica e imuno-histoquímica). Foram obtidos dados clinicoepidemiológicos e realizadas análises histológica e imuno-histoquímica de biópsias das lesões e de pele normal, como controle. Para o estudo imuno-histoquímico foram utilizados os marcadores para imunofenotipagem da neoplasia, Melan-A, tirosinase, SCF, CD117 e MITF. RESULTADOS: Do total de pacientes acompanhados naquele ambulatório, os pacientes com MF portadores de lesões hipocrômicas corresponderam a 16%. As medianas das idades de início da doença e dos tempos de história foram de, no grupo A 25 anos e 8 anos; no grupo B, 29 anos e 13 anos, respectivamente; houve predomínio de indivíduos melanodérmicos , acometimento do sexo feminino e a maioria dos pacientes encontrava-se em estágios iniciais da doença em ambos os grupos. A avaliação histológica revelou achados semelhantes, como epidermotropismo de linfócitos atípicos e infiltrado dérmico linfomonocitário nas lesões hipocrômicas e não-hipocrômicas. O imunofenótipo CD8+ do infiltrado neoplásico epidérmico foi mais frequente no grupo A, ao passo que os grupos B e C apresentaram mais casos com imunofenótipo CD4+. A avaliação da função melanocítica das lesões hipocrômicas do grupo A revelou diminuição significativa da imunomarcação dos melanócitos por todos marcadores em comparação à pele normal e às lesões do grupo C. Em relação ao grupo B, não houve diferenças para as lesões hipocrômicas, não-hipocrômicas e pele normal, quando avaliadas dentro do próprio grupo (exceto para Melan A). A expressão de SCF pelos queratinócitos foi irregular sobretudo nas lesões hipocrômicas. DISCUSSÃO: Os pacientes com lesões hipocrômicas apresentaram características semelhantes (idade precoce, predomínio do sexo feminino, doença indolente). Mostrou-se que indivíduos melanodérmicos tem maior chance de apresentar lesões hipocrômicas. Além da redução de melanócitos e do receptor melanocítico CD117 em relação à pele normal já demonstradas previamente, mostrou-se, como no vitiligo, a redução da expressão do MITF, fator vital para a função e sobrevida do melanócito. Além disso, também se explicitou desbalanço da produção de citocinas melanogênicas pelos queratinócitos. CONCLUSÃO: A presença de lesões hipocrômicas pode ser considerada um marcador de bom prognóstico na MF. Diferentes mecanismos, como ação celular citotóxica e a alteração do microambiente da unidade epidérmica, colaboram para hipocromia das lesões da MFh / INTRODUCTION: The hypopigmented variant of mycosis fungoides - MF - (MFh) presents specific characteristics, such as a predilection for young and melanodermic individuals, and chronic clinical course. Studies speculate the pathogenesis of the hypopigmentation comparing it to vitiligo\'s. In Brazil, the lack of data prevents the knowledge of its importance in public health. This study aimed to evaluate the epidemiology, the histopathology and the immunophenotyping of a sample of patients diagnosed with MFh and to propose hypotheses of the pathogenic mechanisms of hypopigmentation, in addition to comparing exclusive hypopigmented lesion-bearer patients with those bearing other types of MF with concomitant hypopigmented lesions. METHODS: Patients were selected from the Cutaneous Lymphoma Clinic, from Hospital das Clínicas, Faculdade de Medicina, Universidade de São Paulo and classified in three groups: A (21 hypopigmented only lesion- bearers); B (15 bearers of other types of MF with concomitant hypopigmented lesion) and C (8 patients diagnosed with classical MF, being those only for histology and immunohistochemistry evaluations). Clinical- epidemiological data were obtained and histology and immunohistochemistry analyses of lesion biopsies and normal skin, as a control, were made. For the immunohistochemistry study, the markers for immunophenotyping the neoplasm, Melan-A, tyrosinase, SCF, CD117 and MITF were used. RESULTS: Of the total number of patients treated at that clinic, the MF patients bearing hypopigmented lesions were 16%. The medians of the age of disease onset and the medical history time were 25 years and 8 years in group A; 29 years and 13 years in group B, respectively; there were a predominance of melanodermic individuals, involvement of the female sex, and the majority of the patients were in early stages of the disease in both groups. The histological evaluation revealed similar findings, such as epidermotropism of atypical lymphocytes and lympho-monocytic dermal infiltrate in hypopigmented and non-hypopigmented lesions. The CD8+ immunophenotype of the epidermal neoplastic infiltrate was more frequent in group A, while groups B and C showed more cases of CD4+ immunophenotype. The evaluation of the melanocytic function of the hypopigmented lesions in group A revealed a significant decrease of immunostaining of the melanocytes by all markers when compared to normal skin and group C lesions. Regarding group B, there were no differences to hypopigmented and non-hypopigmented lesions and normal skin, when evaluated within the group itself (except for Melan A). The SCF expression by the keratinocytes was irregular especially in hypopigmented lesions. DISCUSSION: Patients with hypopigmented lesions showed similar characteristics (early age, female sex predominance, indolent disease). It has been showed that melanodermic subjects are more likely to have hypopigmented lesions. In addition to the previously-showed reduction of melanocytes and CD117 melanocytic receptor related to normal skin, it has been showed, as in vitiligo, the reduction of MITF expression, a vital factor for the function and survival of the melanocyte. Besides that, it has been also made explicit a production imbalance of melanogenic cytokines by the keratinocytes. CONCLUSION: The presence of hypopigmented lesions can be considered a marker of good prognosis in MF. Different mechanisms, such as cytotoxic cellular action and the change of the microenvironment of the epidermal unit, collaborate for the hypopigmentation of the lesions of MFh
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Detecção de regiões de massa por análise bilateral adaptada à densidade da mama utilizando índices de similaridade e redes neurais convolucionais / Detection of Mass Regions by Bilateral Analysis Adapted to Breast Density using Similarity and Convolutional Neural NetworksDiniz , João Otávio Bandeira 03 February 2017 (has links)
Submitted by Rosivalda Pereira (mrs.pereira@ufma.br) on 2017-05-30T21:09:57Z
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Previous issue date: 2017-02-03 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Breast cancer is the type of cancer that most affects women and is one of the leading
causes of death worldwide. Aiming to aid the detection and diagnosis of this pathology,
several techniques in the image area are being created serving as a second opinion. It is
known that mammograms of the left and right breast present a high degree of symmetry,
and when there is a sudden difference between the pairs, it can be considered suspicious.
It is also emphasized that the breast can present different density of the tissue and this
can be a factor that makes difficult the detection and diagnosis of the lesions. Thus,
the objective of this work is to develop an automatic methodology for the detection of
mass regions in pairs of digitized mammograms adapted to breast density, using image
processing and species comparison techniques to determine asymmetric regions in the
breasts together with neural convolutional networks for Classification of breast density
and regions in masses and not masses. The proposed methodology is divided into two
phases: training phase and test phase. In the training phase will be created three models
using convolutional neural networks, the first able to classify the breast as density and
the last two to classify regions of mass and non-mass in dense and non-dense breasts.The
steps are in aligning the breasts so that it is possible to make a comparison between
the pairs. When comparing, asymmetric regions will be segmented, these regions will
undergo a process of reduction of false positives in order to eliminate regions that are
not masses. Before classifying the remaining regions, the breasts undergo the process of
density classification by the model obtained in the training phase. Finally, for each type
of breast, a model will classify the regions segmented into masses and not masses. The
methodology presented excellent results, in the non-dense breasts reaching sensitivity of
91.56 %, specificity of 90.73 %, accuracy of 91.04 % and rate of 0.058 false positives per
image. Dense breasts showed 90.36 % sensitivity, 96.35 % specificity, 94.84 % accuracy
and 0.027 false positives per image. The results show that the methodology is promising
and can be used to compose a CAD system, serving as a second option for the expert in
the task of detecting mass regions. / O cãncer de mama é o tipo de câncer que mais acomete as mulheres e uma das principais
causas de morte em todo o mundo. Visando auxiliar a detecção e diagnóstico desta
patologia, diversas técnicas na érea de imagem estão sendo criadas servindo como um
auxílio ao especialista. Sabe-se que mamografias esquerda e direita apresentam alto grau
simetria, e quanto há uma diferença brusca entre os pares, pode-se considerar algo de
suspeito. Ressalta-se também que a mama pode apresentar densidade diferente do tecido e
isso pode ser um fator que dificulte na detecção e diagnóstico das lesões. Assim, o objetivo
deste trabalho é desenvolver uma metodologia automática de detecção de regiões de
massa em pares de mamografias digitalizadas adaptada à densidade da mama, utilizando
técnicas de processamento de imagens e comparação de espécies para determinar regiões
assimétricas nas mamas juntamente com redes neurais convolucionais para classificação
de densidade da mama e de regiões em massas e não massas. A metodologia proposta é
dividida em duas fases: fase de treinamento e fase de teste. Na fase de treinamento serão
criados três modelos utilizando redes neurais convolucionais, o primeiro capaz de classificar
a mama quanto a densidade e os dois últimos classificam regiões de massa e não massa
em mamas densas e não densas. Na fase de teste, imagens de mamografia da base DDSM
passarão por várias etapas a fim de segmentar regiões assimétricas que serão posteriormente
classificadas. As etapas resumem-se em alinhar as mamas para que seja possível fazer uma
comparação entre os pares. Ao comparar, serão segmentadas regiões assimétricas, essas
regiões passarão por processo de redução de falsos positivos a fim de eliminar regiões que
não são massas. Antes de classificar as regiões restantes, as mamas passam pelo processo
de classificação de densidade pelo modelo obtido na fase de treinamento. Por fim, para
cada tipo de mama, um modelo irá classificar as regiões segmentadas em massas e não
massas. O método proposto apresentou resultados promissores, nas mamas não densas
atingiu sensibilidade de 91,56%, especificidade de 90,73%, 91,04% de acurácia e taxa de
0,058 falsos positivos por imagem. As mamas densas, apresentaram resultados de 90,36%
de sensibilidade, 96,35% de especificidade, 94,84% de acurácia e 0,027 falsos positivos por
imagem. Os resultados mostram que a metodologia é promissora e pode ser utilizada para
compor um sistema CAD na tarefa de detectar regiões de massas.
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Relação entre níveis de células T CD4+ e pressão seletiva nos genes env e vif do HIV-1 subtipos B e CPEREIRA, Raimundo Cristovão Ferreira 31 August 2015 (has links)
Submitted by Cássio da Cruz Nogueira (cassionogueirakk@gmail.com) on 2017-01-26T14:08:26Z
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Previous issue date: 2015-08-31 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Estudos anteriores mostraram haver uma relação direta entre níveis de linfócitos T CD4+ e taxas evolutivas do HIV-1 (DIAZ et al., 2008; LEMEY et al., 2007; NOSTROM et al., 2014). Além disso, outros fatores também afetam a variabilidade do no gene env: por exemplo ação de anticorpos neutralizantes - Nabs (FROST et al., 2005), a variação nos sítios de glicosilação (LEAL et al., 2012; LEAL et al., 2008), a ligação nos receptores da célula alvo (i.e., CD4, CXCR4, CCR5), e ainda, a escolha dos receptores CCR5 para CXCR4 (MILD et al., 2013). Com isso a relação entre diversificação viral e níveis células T CD4+ no gene env pode ser circunstancial. O gene vif, por outro lado, é mais conservado e não sujeito ao viés presente no gene env (i.e., sítios de glicosilação, etc.). Assim, para estudar a influência dos níveis de células T CD4+ na variabilidade do HIV, foi usado a estimativa do regime seletivo (dN e dS) através do modelo de códons e análise filogenética de indivíduos não relacionados (inter-hospedeiro). Foram utilizadas sequências do HIV-1 de indivíduos não correlacionados, obtidas a partir do banco de dados de Los Alamos. As sequências foram separadas em categorias de níveis de linfócitos T CD4, e posteriormente analisadas. A análise mostrou não haver relação direta entre os níveis de células T CD4+ e as taxas evolutivas em gp120 e no gene vif do HIV-1 dos subtipos B e C em uma abordagem populacional. / Previous studies have shown a direct relationship between levels of CD4+ Tlymphocytes and evolutionary rates of HIV-1 (DIAZ et al, 2008; LEMEY et al, 2007; NOSTROM et al, 2014.). Other factors also affect the variability of the env gene: for example function of neutralizing antibodies - Nabs (FROST et al., 2005), the variation in glycosylation sites; (LEAL et al, 2012 LEAL et al., 2008), binding to target cell receptors (i.e, CD4, CXCR4, CCR5), and also the switch from CCR5 to CXCR4 receptor (MILD et al., 2013). Thus, the relationship between viral levels diversification and CD4 + T cells in the env gene can be circumstantial. The vif gene, on the other hand, it is retained and not subject to bias present in the env gene (i.e, glycosylation sites, etc.). Thus, to study the influence of CD4 + T cells levels in HIV variability, the estimate of the selective regimes was used (Nonsynonymous Substitutions - dN and Synonymous Substitutions - dS) by a codon-based model and phylogenetic analysis of unrelated individuals (inter-host). HIV-1 sequences were used of the not-correlated individuals, obtained from the Los Alamos Database. The sequences were separated into CD4+ levels of categories and then analyzed. The analysis revealed no direct correlation between CD4+ T cell levels and evolutionary rates in gp120 and vif gene from HIV-1, subtypes B and C in a population approach.
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Universalidade e ortogonalidade em espaços de Hilbert de reprodução / Universality and orthogonality in reproducing Kernel Hilbert spacesBarbosa, Victor Simões 19 February 2013 (has links)
Neste trabalho analisamos o papel das funções layout de um núcleo positivo definido K sobre um espaço topológico de Hausdor E com relação a duas propriedades específicas: a universalidade de K e a ortogonalidade no espaço de Hilbert de reprodução de K a partir de suportes disjuntos. As funções layout sempre existem mas podem não ser únicas. De uma maneira geral, a função layout e uma aplicação que transfere, convenientemente, informações do espaço E para um espaço com produto interno de dimensão alta, onde métodos lineares podem ser usados. Tanto a universalidade quanto a ortogonalidade pressupõem a continuidade do núcleo. O primeiro conceito exige que para cada compacto não vazio X de E, o conjunto de \"seções\" {K(., y) : y \'PERTENCE\' X} seja total no espaço de todas as funções contínuas com domínio X, munido da topologia da convergência uniforme. Um dos resultados principais do trabalho caracteriza a universalidade de um núcleo K através de uma propriedade de universalidade semelhante da função layout. A ortogonalidade a partir de suportes disjuntos almeja então a ortogonalidade de quaisquer duas funções do espaço de Hilbert de reprodução de K quando seus suportes não se intersectam / We analyze the role of feature maps of a positive denite kernel K acting on a Hausdorff topological space E in two specific properties: the universality of K and the orthogonality in the reproducing kernel Hilbert space of K from disjoint supports. Feature maps always exist but may not be unique. A feature map may be interpreted as a kernel based procedure that maps the data from the original input space E into a potentially higher dimensional \"feature space\" in which linear methods may then be used. Both properties, universality and orthogonality from disjoint supports, make sense under continuity of the kernel. Universality of K is equivalent to the fundamentality of {K(. ; y) : y \'IT BELONGS\' X} in the space of all continuous functions on X, with the topology of uniform convergence, for all nonempty compact subsets X of E. One of the main results in this work is a characterization of the universality of K from a similar concept for the feature map. Orthogonality from disjoint supports seeks the orthogonality of any two functions in the reproducing kernel Hilbert space of K when the functions have disjoint supports
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Classificação de anomalias e redução de falsos positivos em sistemas de detecção de intrusão baseados em rede utilizando métodos de agrupamento / Anomalies classification and false positives reduction in network intrusion detection systems using clustering methodsFerreira, Vinícius Oliveira [UNESP] 27 April 2016 (has links)
Submitted by VINÍCIUS OLIVEIRA FERREIRA null (viniciusoliveira@acmesecurity.org) on 2016-05-18T20:29:41Z
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Previous issue date: 2016-04-27 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Os Sistemas de Detecção de Intrusão baseados em rede (NIDS) são tradicionalmente divididos em dois tipos de acordo com os métodos de detecção que empregam, a saber: (i) detecção por abuso e (ii) detecção por anomalia. Aqueles que funcionam a partir da detecção de anomalias têm como principal vantagem a capacidade de detectar novos ataques, no entanto, é possível elencar algumas dificuldades com o uso desta metodologia. Na detecção por anomalia, a análise das anomalias detectadas pode se tornar dispendiosa, uma vez que estas geralmente não apresentam informações claras sobre os eventos maliciosos que representam; ainda, NIDSs que se utilizam desta metodologia sofrem com a detecção de altas taxas de falsos positivos. Neste contexto, este trabalho apresenta um modelo para a classificação automatizada das anomalias detectadas por um NIDS. O principal objetivo é a classificação das anomalias detectadas em classes conhecidas de ataques. Com essa classificação pretende-se, além da clara identificação das anomalias, a identificação dos falsos positivos detectados erroneamente pelos NIDSs. Portanto, ao abordar os principais problemas envolvendo a detecção por anomalias, espera-se equipar os analistas de segurança com melhores recursos para suas análises. / Network Intrusion Detection Systems (NIDS) are traditionally divided into two types according to the detection methods they employ, namely (i) misuse detection and (ii) anomaly detection. The main advantage in anomaly detection is its ability to detect new attacks. However, this methodology has some downsides. In anomaly detection, the analysis of the detected anomalies is expensive, since they often have no clear information about the malicious events they represent; also, it suffers with high amounts of false positives
detected. In this context, this work presents a model for automated classification of anomalies detected by an anomaly based NIDS. Our main goal is the classification of the detected anomalies in well-known classes of attacks. By these means, we intend the clear identification of anomalies as well as the identification of false positives erroneously detected by NIDSs. Therefore, by addressing the key issues surrounding anomaly based
detection, our main goal is to equip security analysts with best resources for their analyses.
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Métodos para detecção de outliers em séries de preços do índice de preços ao consumidorLyra, Taíse Ferraz 24 February 2014 (has links)
Submitted by Taíse Ferraz Lyra (taise.lyra@fgv.br) on 2014-05-14T15:24:28Z
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Previous issue date: 2014-02-24 / Outliers are observations that appear to be inconsistent with the others. Also called atypical, extreme or aberrant values, these inconsistencies can be caused, for instance, by political changes or economic crises, unexpected cold or heat waves, and measurement or typing errors. Although outliers are not necessarily incorrect values, they can distort the results of an analysis and lead researchers to erroneous conclusions if they are related to measurement or typing errors. The objective of this research is to study and compare different methods for detecting abnormalities in the price series from the Consumer Price Index (Índice de Preços ao Consumidor - IPC), calculated by the Brazilian Institute of Economy (Instituto Brasileiro de Economia - IBRE) from Getulio Vargas Foundation (Fundação Getulio Vargas - FGV). The IPC measures the price variation of a fixed set of goods and services, which are part of customary expenses for families with income levels between 1 and 33 monthly minimum wages and is mainly used as an indice of reference to evaluate the purchasing power of consumer. In addition to the method currently used by price analysts in IBRE, the study also considered variations of the IBRE Method, the Boxplot Method, the SIQR Boxplot Method, the Adjusted Boxplot Method, the Resistant Fences Method, the Quartile Method, the Modified Quartile Method, the Median Absolute Deviation Method and the Tukey Algorithm. These methods wre applied to data of the munucipalities Rio de Janeiro and São Paulo. In order to analyze the performance of each method, it is necessary to know the real extreme values in advance. Therefore, in this study, it was assumed that prices which were discarded or changed by analysts in the critical process were the real outliers. The method from IBRE is correlated with altered or discarded prices by analysts. Thus, the assumption that the changed or discarded prices by the analysts are the real outliers can influence the results, causing the method from IBRE be favored compared to other methods. However, thus, it is possible to compute two measurements by which the methods are evaluated. The first is the method’s accuracy score, which displays the proportion of detected real outliers. The second is the number of false-positive produced by the method, that tells how many values needed to be flagged to detect a real outlier. As higher the hit rate generated by the method and as the lower the amount of false positives produced therefrom, the better the performance of the method. Therefore, it was possible to construct a ranking relative to the performance of the methods, identifying the best among those analyzed. In the municipality of Rio de Janeiro, some of the variations of the method from IBRE showed equal or superior to the original method performances. As for the city of São Paulo, the method from IBRE showed the best performance. It is argued that a method correctly detects an outlier when it signals a real outlier as an extreme value. The method with the highest accuracy score and with smaller number of false-positive was from IBRE. For future investigations, we hope to test the methods in data obtained from simulation and from widely used data bases, so that the assumption related to the discarded or changed prices, during the critical process, does not alter the results. / Outliers são observações que parecem ser inconsistentes com as demais. Também chamadas de valores atípicos, extremos ou aberrantes, estas inconsistências podem ser causadas por mudanças de política ou crises econômicas, ondas inesperadas de frio ou calor, erros de medida ou digitação, entre outras. Outliers não são necessariamente valores incorretos, mas, quando provenientes de erros de medida ou digitação, podem distorcer os resultados de uma análise e levar o pesquisador à conclusões equivocadas. O objetivo deste trabalho é estudar e comparar diferentes métodos para detecção de anormalidades em séries de preços do Índice de Preços ao Consumidor (IPC), calculado pelo Instituto Brasileiro de Economia (IBRE) da Fundação Getulio Vargas (FGV). O IPC mede a variação dos preços de um conjunto fixo de bens e serviços componentes de despesas habituais das famílias com nível de renda situado entre 1 e 33 salários mínimos mensais e é usado principalmente como um índice de referência para avaliação do poder de compra do consumidor. Além do método utilizado atualmente no IBRE pelos analistas de preços, os métodos considerados neste estudo são: variações do Método do IBRE, Método do Boxplot, Método do Boxplot SIQR, Método do Boxplot Ajustado, Método de Cercas Resistentes, Método do Quartil, do Quartil Modificado, Método do Desvio Mediano Absoluto e Algoritmo de Tukey. Tais métodos foram aplicados em dados pertencentes aos municípios Rio de Janeiro e São Paulo. Para que se possa analisar o desempenho de cada método, é necessário conhecer os verdadeiros valores extremos antecipadamente. Portanto, neste trabalho, tal análise foi feita assumindo que os preços descartados ou alterados pelos analistas no processo de crítica são os verdadeiros outliers. O Método do IBRE é bastante correlacionado com os preços alterados ou descartados pelos analistas. Sendo assim, a suposição de que os preços alterados ou descartados pelos analistas são os verdadeiros valores extremos pode influenciar os resultados, fazendo com que o mesmo seja favorecido em comparação com os demais métodos. No entanto, desta forma, é possível computar duas medidas através das quais os métodos são avaliados. A primeira é a porcentagem de acerto do método, que informa a proporção de verdadeiros outliers detectados. A segunda é o número de falsos positivos produzidos pelo método, que informa quantos valores precisaram ser sinalizados para um verdadeiro outlier ser detectado. Quanto maior for a proporção de acerto gerada pelo método e menor for a quantidade de falsos positivos produzidos pelo mesmo, melhor é o desempenho do método. Sendo assim, foi possível construir um ranking referente ao desempenho dos métodos, identificando o melhor dentre os analisados. Para o município do Rio de Janeiro, algumas das variações do Método do IBRE apresentaram desempenhos iguais ou superiores ao do método original. Já para o município de São Paulo, o Método do IBRE apresentou o melhor desempenho. Em trabalhos futuros, espera-se testar os métodos em dados obtidos por simulação ou que constituam bases largamente utilizadas na literatura, de forma que a suposição de que os preços descartados ou alterados pelos analistas no processo de crítica são os verdadeiros outliers não interfira nos resultados.
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Caracterização in situ da resposta imune granulomatosa à Leishmania braziliensis em lesões dérmicas crônicas no primata Macaca mulattaLemos, Camila Souza January 2010 (has links)
Submitted by Anderson Silva (avargas@icict.fiocruz.br) on 2012-10-22T16:59:52Z
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Previous issue date: 2010 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil. / Para desvendar a fisiopatologia da leishmaniose humana, é necessário um
melhor entendimento de como a Leishmania é capaz de sobreviver por anos em
granulomas imunologicamente ativos. Neste estudo, utilizamos o modelo de
infecção macaco Rhesus-Leishmania braziliensis (Macaca mulatta) de
leishmaniose cutânea (LC), como um meio de avaliar a utilidade do sistema
primata no estudo da resposta inflamatória crônica granulomatosa desenvolvida
pelo hospedeiro tanto na forma auto-resolutiva quanto na forma persistente da
doença. Nossos achados reforçam a noção de que existe uma interação entre o
sistema imune do hospedeiro e a capacidade patogênica do parasita no
resultado clínico da infecção por Leishmania. De acordo com os casos
documentados de LC em humanos induzida por L.braziliensis, as infecções
experimentais neste modelo induzem a célula “T-helper” tipo 1 (Th1) mediando-a
inflamação e levando a formação de granulomas bem organizados, consistindo
de todos os tipos celulares específicos encontrados nos granulomas humanos.
Nós mostramos que os leucócitos polimorfonucleares são decisivos para
controle do parasita nos eventos iniciais da inflamação in vivo. Ademais,
fagócitos mononucleares que fagocitam granulócitos apoptóticos parasitados
parecem ser a chave principal no estabelecimento da infecção nos macacos. A
formação do granuloma verificada nos animais é direcionada por diversos
mediadores inflamatórios que são importantes para o desenvolvimento das
células Th1 e da função de macrófagos efetores. A análise cinética da resposta
inflamatória revelou variados marcadores fenotípicos de células positivas para
CD3, CD4, CD8, CD20, CD68, Foxp3 e HLA-DR. Digno de nota, agregados de
células B CD20+ foram encontrados na lesão crônica, o qual serve como um
substrato morfológico para orquestrarem ou modularem o desenvolvimento da
resposta duradoura na infecção persistente. Nossos achados indicam que
ambos os subgrupos de células regulatórias CD4 Foxp3+ e Foxp3- expressando
interleucina-10 previne a erradicação da L. braziliensis da pele inflamada, desse
modo, suprimindo uma eventual resposta curativa em macacos com LC
persistente. Esses resultados apontam a viabilidade do uso desse modelo para
elucidar, totalmente, os mecanismos moleculares das células t regulatórias
mediadoras da supressão na resposta imune efetora, resultando assim o
crescimento descontrolado do granuloma durante a leishmaniose, o que é
necessário ser considerado em qualquer estratégia proposta para o controle
terapêutico dessa importante doença inflamatória. / In order to unravel the physiopathology of leishmaniasis in humans, it is
necessary to better understand how Leismania are able to survive for years
within immunologicallyactive granulomas. In the present study, we used a
Leishmania braziliensis-macaque (Macaca mulatta) infection model of cutaneous
leishmaniasis (CL) as a means of assessing the usefulness of this primate
system to study the host inflammatory granulomatous response involved in both
healing and non-healing forms of the disease. Our findings reinforce the notion
that an interplay exists between the host immune system and the pathogenic
capability of the parasite in the clinical outcome of leishmanial infection.
Consistent with documented cases of human L. braziliensis CL, experimental
infections induced a T-helper cell type 1 (Th1)-mediated inflammation leading to
the formation of well organized granulomas, consisting of all the specific cell
types found within human granulomas. We provide evidence that
polymorphonuclear neutrophil leukocytes are decisive for parasite containment
by early inflammatory events in vivo. Furthermore, scavenger mononuclear
phagocytes engulfing most of the parasite-laden apoptotic granulocytes are likely
to be key players in establishing the infection in macaques. We show that
granuloma formation in macaques is orchestrated by diverse inflammatory
mediators that are important for Th1-cell development and macrophage effector
functions. A kinetic analysis of the inflammatory response revealed marked
variation in the number of positive cells for CD3, CD4, CD8, CD20, CD68, Foxp3,
and HLA-DR phenotypes. Of note, CD20+ dense B-cell aggregates were found in
chronic lesions, which might serve as a morphological substrate for the
orchestration of the enduring host response to persistent infection. Our findings
indicate that both Foxp3+ and Foxp3- CD4+ regulatory T-cell (Treg) subsets
expressing interleukin-10 might prevent clearance of L. braziliensis from the
inflamed skin, thereby eventually suppressing the healing response in macaques
with long-standing CL. These results point to the feasibility of using this model to
fully elucidate the molecular mechanisms of Treg-mediated suppression leading
to the uncontrolled growth of granulomas occurring in leishmaniasis, which will
need to be considered in any strategy designed for therapeutic control of this
important inflammatory disease.
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Epidemiologia da colonização e infecção microbiana em Unidade de Terapia Intensiva Neonatal: abordagem clínica e molecular / Epidemiology of colonization and microbial infection in Neonatal Intensive Care Unit: clinical and molecular approachBarbosa, Thaís Alves [UNESP] 29 February 2016 (has links)
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Previous issue date: 2016-02-29 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / A necessidade de permanência em Unidade de Terapia Intensiva Neonatal (UTIN) simboliza um dos principais fatores desencadeantes de colonização e infecção. Sabe-se que logo após o nascimento, inicia-se a colonização bacteriana do neonato pelo contato com a microbiota materna, dos profissionais de saúde ou a partir da exposição ambiental. Recém-nascidos (RNs), que permanecem em tratamento intensivo, possuem predisposição aumentada para infecção posteriormente à colonização. A maior sobrevida e o prolongamento do período de internação dos neonatos têm proporcionado uma elevação nas taxas de infecções, principalmente em UTINs. Objetivos: Estudar a epidemiologia da colonização e infecção microbiana em uma coorte de neonatos admitidos em uma UTIN com abordagem clínica e molecular. Metodologia: Foram incluídos no estudo todos os neonatos admitidos na UTIN, nascidos no HC da FMB, por um período de um ano, e assim coletadas amostras de aspirado traqueal, como também por meio de swabs estéreis dos sítios nasal e anal e acompanhamento do recém-nascido até o desfecho final (alta da UTI ou óbito). Micro-organismos isolados foram submetidos à identificação e ao teste de sensibilidade às drogas antimicrobianas para a determinação da concentração inibitória mínima (CIM) pela técnica de E-test. Dentre os Staphylococcus spp. que apresentarem resistência à meticilina foi determinado o tipo de cassete cromossômico estafilocócico mec (SCCmec). Para a pesquisa de clones prevalentes na unidade, foi realizada a caracterização dos clusters pela técnica de eletroforese em gel de campo pulsado (PFGE). Resultados: Os resultados revelaram maior incidência de infecção (27,8%) e colonização por Staphylococcus epidermidis principalmente na mucosa nasal (56,4%). Na mucosa anal predominou a colonização por Serratia marcescens (26,8%). Os resultados evidenciaram cepas de S. epidermidis resistentes a sulfametoxazol-trimetoprim, e S.epidermidis e Enterococcus faecalis resistentes a quinopristina/dalfopristina. Das 402 amostras de Staphylococcus spp. estudadas, 204 (50,7%) apresentaram o gene mecA, com uma maior frequência de isolados provenientes da mucosa nasal, sendo detectados 47 isolados albergando o SCCmec tipo I, 12 carreando o SCCmec tipo II, 77 carreando o SCCmectipo III e 43 albergando o SCCmec tipo IV. A tipagem molecular para determinação dos clusters pela técnica de PFGE demonstrou a presença de isolados de diferentes RNs, com perfis idênticos ou alta taxa de similaridade, sugestivo de contaminação cruzada. Além disso, isolados obtidos do mesmo RN, porém, de sítios diferentes também se apresentaram como idênticos, comprovando que o micro-organismo que colonizava o RN no momento da coleta também era o agente infeccioso. A análise estatística revelou que o processo de colonização pode ser considerado fator de risco para infecção, com um risco de três vezes mais quando comparado com RNs não colonizados. Dentre os fatores de risco para colonização a utilização de nutrição parenteral e cateter central de inserção periférica (PICC) aumentaram o risco em seis vezes mais e quatro vezes mais, respectivamente. Conclusão: Os achados deste trabalho podem auxiliar na escolha antimicrobiana adequada visto que o processo de colonização ocorre posteriormente ao nascimento e que a terapia empírica muitas vezes é necessária. O conhecimento do perfil microbiológico da unidade possibilita a criação de protocolos antimicrobianos adequados para prevenção e tratamento de IRAS, objetivando melhoria na qualidade da assistência prestada. Para tanto, salienta-se a importância de implementação de culturas de vigilância, que auxiliam a comissão de controle de IRAS, e a equipe assistencial na elaboração de medidas a serem adotadas. / The need to stay in the Neonatal Intensive Care Unit (NICU) represents one of the main factors of colonization and infection. It is known that, soon after birth, bacterial colonization of the newborn starts from contact with maternal microbiota, health professionals, or from environmental exposure. Newborns (NBs) who remain in intensive care have a greater predisposition to infection after the colonization. The longer survival and prolonged hospitalization of NBs have led to an increase in infection rates, especially in NICUs. Objectives: To study the epidemiology of colonization and microbial infection in a cohort of neonates admitted to a NICU with a clinical and molecular approach. Methodology: All neonates born in the University Hospital of Botucatu Medical School admitted to the NICU for one year were included in the study. Tracheal aspirate samples were collected, as well as samples of the nasal and anal sites by using sterile swabs. The NBs were followed up until the final outcome – ICU discharge or death. Isolated mircroorganisms were submitted to identification and were tested for antimicrobial drug susceptibility in order to determine the minimum inhibitory concentration (MIC) by the E-test. The type of staphylococcal cassette chromosome mec (SCCmec) was determined among the methicillin-resistant Staphylococcus spp. For the research on prevalent clones in the unit, the characterization of clusters was performed by pulsed-field gel electrophoresis (PFGE). Results: The results showed higher incidence of infection (27.8%) and colonization by Staphylococcus epidermidis mainly in the nasal mucosa (56.4%). The colonization by Serratia marcescens was predominant in the anal mucosa (26.8%). The results showed S. epidermidis resistant to trimethoprim-sulfamethoxazole, and S. epidermidis and Enterococcus faecalis resistant to quinopristin-dalfopristin. From the 402 samples of Staphylococcus spp. studied, 204 (50.7%) had the mecA gene, more frequently isolated from the nasal mucosa. There were 47 isolates harboring SCCmec type I, 12 carrying SCCmec type II, 77 carrying SCCmec type III, and 43 harboring SCCmec type IV. Molecular typing to determine the clusters by the PFGE technique demonstrated the presence of isolates of different NBs with either identical or high similarity profiles, which suggests cross-contamination. In addition, isolates from the same NB but of different sites also presented as identical, proving that the microorganism that colonized the NB at the time of collection was also the infectious agent. The statistical analysis revealed that the colonization process can be considered a risk factor for infection with a three times greater risk compared to non-colonized NBs. Among the risk factors for colonization, the use of parenteral nutrition and peripherally-inserted central catheter (PICC) increased the risk six times and four times, respectively. Conclusion: The findings of this study can assist in the appropriate antimicrobial choice as the colonization process occurs after the birth and the empirical therapy is often required. Knowing the microbiological profile of the unit allows to create proper antimicrobial protocols for preventing and treating healthcare-associated infections (HCAIs) aiming to improve the quality of the care provided. To this end, the implementation of surveillance cultures which help the HCAI control commission as well as the care team to develop the measures to be adopted is very important. / FAPESP: 2013/12482-0
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Caracterização molecular de bastonetes Gram positivos irregulares e actinomicetos aeróbios obtidos de espécimes clínicos, de ensaios de esterilidade e de áreas limpas / Molecular characterization of irregular Gram positive rods and aerobic actinomycetes obtained from clinical specimens, sterility tests and clean roomsPaulo Victor Pereira Baio 28 May 2013 (has links)
Os bastonetes Gram positivos irregulares (BGPIs) compõem um grupo de espécies bacterianas com ampla diversidade fenotípica e que podem estar presente no meio ambiente, na microbiota humana e de animais. A identificação acurada de BGPIs em nível de gênero e espécie empregando métodos bioquímicos convencionais é bastante limitada, sendo recomendado, portanto, o uso de técnicas moleculares. No presente estudo, foram identificadas amostras de BGPIs oriundas de espécimes clínicos de humanos, de produtos farmacêuticos e de áreas limpas através da análise de sequencias do gene 16S rRNA e de outros genes conservados (housekeeping genes). Os resultados obtidos pelo sequenciamento dos genes 16S rRNA e rpoB demonstraram C. striatum multi-resistente (MDR) como responsável por surto epidêmico em ambiente hospitalar da cidade do Rio de Janeiro. Quinze cepas de C. striatum foram isoladas em cultura pura a partir de secreção traqueal de pacientes adultos submetidos a procedimentos de entubação endotraqueal. A análise por eletroforese em gel de campo pulsado (PFGE) indicou a presença de quatro perfis moleculares, incluindo dois clones relacionados com cepas MDR (PFGE I e II). Os dados demonstram a predominância de PFGE I entre cepas MDR isoladas de unidades de terapia intensiva e enfermarias cirúrgicas. Uma potencial ligação causal entre a morte e a infecção por C. striatum MDR (PFGE tipos I e II) foi observada em cinco casos. Adicionalmente, acreditamos que este seja o primeiro estudo de identificação de espécies de Nocardia relacionadas com infecções humanas pela análise da sequencia multilocus (MLSA) no Brasil. Diferente dos dados observados na literatura (1970 a 2013) e obtidos pelos testes fenotípicos convencionais, a caracterização molecular de quatro lócus (gyrB-16S-secA1-hsp65) permitiu a identificação das espécies N. nova, N. cyriacigeorgica, N. asiatica e N. exalbida/gamkensis relacionadas com quadros de nocardiose em humanos. Cepas de N. nova isoladas de diferentes materiais clínicos de um único paciente apresentaram padrões de susceptibilidade antimicrobianos idênticos e dois perfis PFGE, indicando a possibilidade de quadros de co-infecção por N. nova em humanos. Em outra etapa da investigação, amostras de BGPIs obtidos de ambientes de salas limpas que não puderam ser identificadas por critérios convencionais foram submetidas a análise da sequência do gene 16S rRNA e caracterizadas 95,83% em nível de gênero e 35,42% em espécies. Para gêneros mais encontrados no estudo, foram analisados os genes rpoB e recA de dezessete cepas de Microbacterium e utilizado o MLSA para a identificação de sete cepas identificadas como Streptomyces. Os ensaios permitiram a identificação de três cepas de Microbacterium e de uma única amostra de Streptomyces ao nível de espécie. A análise da sequencia do gene rpoB também se mostrou eficaz na identificação de espécies de cepas de Corynebacterium. Finalmente, para as cepas ambientais pertencentes à classe Actinobacteria os dados morfológicos, bioquímicos e genotípicos permitiram documentar a cepa 3117BRRJ como representante de uma nova espécie do gênero Nocardioides, para o qual o nome Nocardioides brasiliensis sp. nov. e as cepas 3712BRRJ e 3371BRRJ como representante de um novo gênero e espécie para o qual o nome Guaraldella brasiliensis nov. foi proposto. / Irregular Gram positive rods (coryneform bacteria; IGPRs) comprise a group of species that has a wide phenotypic diversity and makes the conventional identification limited and that may be present in the environment, humans and animals hosts. In order to provide further accurate identification of these microorganisms in a genus and species terms it is recommended the use of molecular methods. In this study, we analyzed the 16S rRNA gene sequences and other conserved genes (housekeeping) in order to elucidate the identification of clinical isolates, pharmaceutical and clean room areas. We have documented a nosocomial outbreak caused by multidrug-resistant (MDR) C. striatum in Rio de Janeiro. C. striatum identification was confirmed by 16S rRNA and rpoB gene sequencing. C. striatum was mostly isolated in pure culture from tracheal aspirates of adults undergoing endotracheal intubation procedures. The analysis by pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) indicated the presence of four PFGE profiles, including two related clones of MDR strains (PFGE I and II). The data demonstrated the predominance of PFGE I, mostly isolated from patients of intensive care units and surgical wards. A potential causal link between death and MDR C. striatum (PFGE I and II) infection was observed in five cases. We also performed the identification of Nocardia species of human infections by multilocus sequence analysis (MLSA) and characterized their antimicrobial and phenotypic profiles. An overview from 1970 to 2013 of the case reports on Nocardia species related to human infections, except mycetomas, in Brazil, was also accomplished. Molecular characterization by four-locus (gyrB-16S-secA1-hsp65) has provided the species identification N. nova, N. cyriacigeorgica, N. asiatica and N. exalbida/gamkensis. N. nova strains isolated from different clinical specimens of one patient showed identical antimicrobial susceptibility patterns. PFGE analysis performed to determine the genetic relatedness of these N. nova strains two distinct profiles, which were designated A and B. This is the first report on identification of Nocardia species by MLSA in Brazil. The IGPRs obtained in clean room environments that could not be identified by conventional criteria were studied by 16S rRNA gene sequence analysis that allowed the identification of 95.83% at genus level and of 35.42% at the species level. The most common genus found in the clean room environments were Microbacterium and Streptomyces. The analysis of rpoB and recA genes sequence of seventeen Microbacterium strains contributed to the identification of three strains at species level. MLSA of seven Streptomyces strains identified a single sample at the species level. Moreover, the rpoB gene sequence analysis was effective in identifying Corynebacterium strains at species level. A new genus and species were found among clean room environmental strains belonging to the Actinobacteria class. Based on the morphological, genotypic and biochemical data presented in this study the 3117BRRJ strain represent a novel specie of the genus Nocardioides, for which the name Nocardioides brasiliensis sp. nov. was proposed and the 3712BRRJ and 3371BRRJ represent a new genus and species for which the name Guaraldella brasiliensis nov. were proposed.
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Imunogenicidade de vacinas de DNA codificando peptídeos conservados e promíscuos do HIV-1, em camundongos BALB/c / Immunogenicity of DNA vaccines encoding conserved and promiscuous HIV-1 peptides, in BALB/c miceRafael Ribeiro Almeida 10 June 2011 (has links)
A pandemia de AIDS é um dos principais problemas de saúde pública no mundo e demanda o desenvolvimento de uma vacina eficaz. Uma abordagem vacinal ideal, baseada em resposta celular contra o HIV-1, deveria induzir uma resposta imune mediada tanto por células T CD4+ quanto CD8+. A diversidade genética do HIV-1 é uma grande preocupação para o desenvolvimento de uma vacina e sequências consenso têm sido utilizadas a fim de contornar a barreira imposta por essa diversidade. A escolha apropriada dos antígenos a comporem as construções vacinas também é relevante, visto que proteínas como Gag e Vif têm se mostrado bastante imunogênicas, enquanto alguns trabalhos têm demonstrado que Env possui características imunossupressoras e que respostas celulares contra esse antígeno podem ser danosas aos indivíduos vacinados. Nosso grupo demonstrou que uma vacina de DNA (HIVBr18) codificando 18 peptídeos para linfócitos T CD4+, promíscuos (capazes de se ligarem a múltiplas moléculas HLA-DR) e conservados na sequência consenso do subtipo B do HIV-1 foi capaz de induzir uma resposta celular ampla, polifuncional e de longa duração em camundongos BALB/c e transgênicos para moléculas HLA. Neste trabalho identificamos 34 peptídeos potencialmente reconhecidos por linfócitos T CD4+, promíscuos e conservados na sequência consenso dos consensos do grupo M do HIV-1. Uma vacina de DNA (HIVBr27) codificando 27 dos 34 peptídeos (exceto os 7 peptídeos de Env identificados) induziu uma resposta mais ampla e de maior magnitude que a vacina HIVBr18 em camundongos BALB/c. Além disso, a vacina HIVBr27 induziu maior frequência de linfócitos T CD4+ e CD8+ polifuncionais, capazes de proliferar e produzir as citocinas IFN-gama e TNF-alfa. Desenvolvemos também uma vacina de DNA (HIVenv7) codificando os 7 peptídeos de Env do HIV-1 identificados. A co-imunização de HIVenv7+HIVBr27 reduziu a amplitude da resposta celular contra peptídeos codificados pela vacina HIVBr27. Além disso, a co-imunização reduziu a magnitude da resposta e a frequência de linfócitos T CD4+ e CD8+ polifuncionais contra o pool de 27 peptídeos codificados por essa vacina. A vacina HIVBr27, desenhada para induzir uma resposta de linfócitos T CD4+ ampla e intensa contra peptídeos promíscuos e conservados da sequência consenso dos consensos do grupo M do HIV-1, é mais imunogênica e mais completa que a vacina HIVBr18, tendo potencial de conferir, em grande cobertura populacional, imunidade contra os diversos subtipos circulantes do vírus. O fenômeno observado na co-imunização com HIVenv7 sugere que a inclusão do envelope em imunógenos contra o HIV-1 possa ser prejudicial. Por outro lado, isto faz desse plasmídeo um alvo promissor para terapias imunológicas que visem indução de imunossupressão / The AIDS pandemic is a worldwide major public health problem and requires the development of an effective vaccine. An ideal vaccine approach based on cellular immune responses against HIV-1 should induce an immune response mediated by both CD4+ and CD8+ T cells. HIV-1 genetic diversity is a major concern for developing a vaccine and consensus sequences have been used to circumvent the barrier posed by this diversity. The appropriate choice of antigens to compose the vaccines is also relevant, since proteins such as Gag and Vif have been shown to be immunogenic, while some studies have shown that Env has immunosuppressive characteristics and cellular responses against this antigen can be harmful to vaccinated individuals. Our group has demonstrated that a DNA vaccine (HIVBr18) encoding promiscuous multiple HLA-DR binding, conserved B-subtype HIV-1 CD4+ T cell epitopes was able to induce a broad, polyfunctional and long lasting T cell response in BALB/c and HLA transgenic mice. In this work we identified 34 promiscuous and conserved sequences within the group M HIV-1 consensus of the consensus sequence, potentially recognized by CD4+ T cells. A DNA vaccine (HIVBr27) encoding 27 of the 34 peptides (except the 7 Env identified peptides) induced a broader and higher magnitude T cell response than HIVBr18 vaccine in BALB/c mice. Moreover, the vaccine HIVBr27 induced a higher frequency of polyfunctional CD4+ and CD8+ T cells, able to proliferate and produce the cytokines IFN-gama and TNF-alfa. We also developed a DNA vaccine (HIVenv7) encoding the 7 HIV-1 Env identified peptides. Co-immunization with HIVenv7+HIVBr27 reduced the breadth of the cellular immune response against the HIVBr27 encoded peptides. Besides, co-imunization reduced the magnitude of the response and the frequency of polyfunctional CD4+ and CD8+ T cells against the pool of 27 peptides encoded by this vaccine. The HIVBr27 vaccine, designed to induce a broad and intense CD4+ T cell response against promiscuous and conserved peptides within the group M HIV-1 consensus of the consensus sequence, is more immunogenic and more complete than the vaccine HIVBr18, having the potential to provide, with wide population coverage, immunity against various circulating subtypes of the virus. The phenomenon observed in the co-immunization with HIVenv7 suggests that the inclusion of the envelope in immunogens against HIV-1 may be harmful. On the other hand, these results suggest that HIVenv7 is a promising target for immune therapies aimed at inducing immunosuppression
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