Submitted by Sara Ribeiro (sara.ribeiro@ucb.br) on 2017-06-02T12:47:54Z No. of bitstreams: 1 MarianaRochaMaximianoDissertacaoParcial2015.pdf: 459398 bytes, checksum: b2185a3a3375dbb7ac1ed82fc658146b (MD5) / Approved for entry into archive by Sara Ribeiro (sara.ribeiro@ucb.br) on 2017-06-02T12:48:21Z (GMT) No. of bitstreams: 1 MarianaRochaMaximianoDissertacaoParcial2015.pdf: 459398 bytes, checksum: b2185a3a3375dbb7ac1ed82fc658146b (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-02T12:48:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 MarianaRochaMaximianoDissertacaoParcial2015.pdf: 459398 bytes, checksum: b2185a3a3375dbb7ac1ed82fc658146b (MD5) Previous issue date: 2015-06-18 / Sclerotinia sclerotiorum, the causal agent of white mold, is a plant pathogenic fungus that has a characteristic feature, production of sclerotia, resistance structures that can be viable for up to 10 years in the soil, with ability to initiate a new cycle of infection under favorable conditions. The disease control methods are based on integrated management practices, including biological and chemical control. The proteomic study of this interaction may be a strategy for studying this pathosystem, however, the small amount of mycelium produced during the infectious process in vivo greatly limits the study of this pathosystem using this strategy. The main goals of this work were the development and validation of a culture medium that would partially mimic the host and allow the production of large amounts of micelium for in vitro studies of this pathosystem. For this purpose, a protocol was established for the production of culture media prepared with leaf extract of the hosts. These media were inoculated with sclerotia of the monosporic isolate SS 200 of S. sclerotiorum and the differential expression of effectors and candidate effectors of virulence of the fungus was evaluated by qPCR. The results showed that a large amount of micelia grew in the media and effector genes and candidate effector genes were induced in these media. These results indicate that the proposed culture media can be used to study the in vitro interaction between S. sclerotiorum and several plant hosts and that they can be useful especially in proteomic studies. / Sclerotinia sclerotiorum, agente causal do mofo branco, ?? um fungo fitopatog??nico que possui uma caracter??stica marcante, a produ????o de escler??dios, estruturas de resist??ncia que podem ser vi??veis por at?? 10 anos no solo, com capacidade de iniciar um novo ciclo de infec????o em condi????es favor??veis. Os m??todos de controle da doen??a baseiam-se em pr??ticas de manejo integrado, incluindo controle biol??gico e qu??mico. O estudo prote??mico desta intera????o pode ser uma estrat??gia para o estudo deste patossistema, entretanto, a pequena quantidade de mic??lio produzido pelo pat??geno durante o processo infeccioso in vivo limita bastante o estudo deste patossistema utilizando esta estrat??gia. Os objetivos deste trabalho foram o desenvolvimento e valida????o de um meio de cultura que mimetizasse parcialmente o hospedeiro e permitisse a produ????o de grande quantidade de massa micelial para estudos in vitro desse patossistema. Para tal, foi estabelecido um protocolo para a produ????o de meios de cultura, preparados a partir de extratos foliares dos hospedeiros. Estes meios foram inoculados com escler??dios do isolado monosp??rico de S. sclerotiorum SS 200 e a express??o diferencial de genes efetores e candidatos a efetores de virul??ncia do fungo foi avaliada por qPCR. Os resultados mostraram que em todos os meios testados houve crescimento de grande quantidade de massa micelial e que os meios foram capazes de induzir a express??o de genes efetores e candidatos a efetores. Portanto, os resultados indicam que os meios propostos podem ser usados no estudo da intera????o in vitro de S. sclerotiorum com v??rios hospedeiros, especialmente em estudos prote??micos.

Made available in DSpace on 2015-04-14T14:51:01Z (GMT). No. of bitstreams: 1 423837.pdf: 3323767 bytes, checksum: 8540f43fe0c310d46371629da67c4e9a (MD5) Previous issue date: 2010-03-03 / Originalmente conceituava-se a mielina como uma inova??o evolutiva exclusiva dos vertebrados com mand?bulas, capaz de permitir o aumento na velocidade de transmiss?o de impulsos nervosos gra?as ? transmiss?o saltat?ria. Este conceito tem sido desafiado pela identifica??o de estruturas morfologicamente equivalentes ? mielina em grupos independentes de invertebrados, incluindo anel?deos e crust?ceos capazes de garantir propaga??o de impulsos nervosos em velocidades superiores ? de vertebrados. At? o presente momento, a maioria das descri??es da mielina dos invertebrados ? baseada em dados morfol?gicos e mostram lamelas com variados graus de compacta??o e origem celular, envolvendo espiralmente ou concentricamente ax?nios de diversos calibres nos ap?ndices corporais ou cord?es nervosos destes animais. Para estabelecer as origens evolutivas da mielina e a rela??o intergrupo, elementos important?ssimos, como a descri??o das prote?nas componentes, est?o faltando. Este trabalho teve como objetivo realizar uma an?lise do conte?do prot?ico da mielina do camar?o Litopenaeus vannamei. Para identificar as prote?nas componentes das lamelas da mielina uma sub-fra??o enriquecida em mielina preparada a partir do cord?o nervoso ventral de animais adultos foi submetida ? an?lise prote?mica pela t?cnica de identifica??o multidimensional de prote?nas (MudPit). MudPit foi escolhido para otimizar a chance de detec??o de prote?nas carregadas ou transmebranas, que n?o s?o detectadas por 2D-PAGE. Dos 23668 pept?deos detectados, 311 prote?nas foram identificadas atrav?s do emprego dos algoritmos Mascot e Blast, entre as quais prote?nas constituintes do sistema nervoso previamente reportadas nas fra??es de mielina de vertebrados. Quando prote?nas t?picas da mielina de vertebrados foram procuradas, apenas pept?deos relacionados ? prote?na proteolip?dica (PLP) foram identificados. Uma busca complementar por seq??ncias de PLP no banco de dados de ESTs de L. vannamei resultou na identifica??o de seq??ncias adicionais. Estes achados demonstram que as prote?nas presentes na mielina do L. vannamei refletem um perfil semelhante a fra??es de mielina de vertebrados, e tamb?m a identifica??o de seq??ncias relacionadas a PLP, uma das prote?nas mais abundantes na mielina dos tetr?podes, pela primeira vez. Com base na identifica??o de m?ltiplos pept?deos correspondendo a dom?nios imunoglobulina t?picos de prote?nas de ades?o na fra??o de mielina do camar?o, utilizamos um anticorpo capaz de reconhecer as duas isoformas da glicoprote?na associada ? mielina (MAG) de mam?feros em cortes de cord?o nervoso de L. vannamei. Os resultados demonstraram uma liga??o espec?fica que dever?o ser explorados com estrat?gias complementares a fim de se confirmar a identidade do ant?geno presente na mielina do camar?o. Estes resultados sugerem a presen?a de prote?nas com caracter?sticas pr?ximas ?s j? descritas na mielina dos vertebrados na mielina de L. vannamei. Estes achados, somados a estrat?gias complementares, podem contribuir para o melhor entendimento do surgimento da mielina ao longo da evolu??o e da rela??o entre os grupos de animais que apresentam mielina.

Made available in DSpace on 2015-04-14T14:51:22Z (GMT). No. of bitstreams: 1 444695.pdf: 624430 bytes, checksum: e4547549fd33f8db2dfcdef98c9ca071 (MD5) Previous issue date: 2012-08-31 / The two parasites in the genus Angionstrongylus that cause disease in humans are Angiostrongylus costarisensis and Angiostrongylus cantonensis. They have different target organs: A. costarisensis is located in the mesentery and causes eosinophilic ileocolitis, whereas A. cantonensis is a neurotropic parasite responsible for eosinophilic meningoencephalitis. Based on several indications that the sexual maturation is associated with increased pathogenesis in angiostrongylid worms, proteomic analysis was performed on A. cantonensis protein samples, to describe differential protein expression between 21 and 42 days post infection. Triplicated bidimensional electrophoresis was submitted to analysis and 11 proteins were found to be exclusively expressed after sexual maturation. Acetate kinase was the only protein that could be identified after mass spectrometry (LC-MS/MS). Since acetate is an important end-product of the energy metabolism among many parasites but not among their mammalian hosts, acetate formation is an attractive target for the development of new anti-parasitic drugs. Furthermore, studying the adaptations in parasite metabolisms can result in an increased understanding of the host-parasite interaction. This data open opportunities for control interventions and new strategies for molecular diagnosis. / Os principais parasitos do g?nero Angionstrongylus que causam doen?a nos seres humanos s?o Angiostrongylus costarisensis e Angiostrongylus cantonensis. Eles t?m distintos ?rg?os alvos: A. costarisensis est? localizado no mesent?rio e causa ileocolite eosinof?lica, enquanto que A. cantonensis ? um parasita neurotr?pico respons?vel pela meningoencefalite eosinof?lica. Com base em v?rias evid?ncias de que a matura??o sexual est? associada ao aumento da patog?nese em vermes deste g?nero, uma an?lise prote?mica foi realizada em vermes de A. cantonensis para descrever a express?o diferencial de prote?nas entre 21 e 42 dias ap?s a infec??o. Eletroforese bidimensional em triplicata foi submetida ? an?lise e 11 prote?nas foram encontradas exclusivamente expressas ap?s a matura??o sexual. A acetato quinase foi a ?nica prote?na identificada por espectrometria de massa (LC-MS/MS). O acetato ? um importante produto final do metabolismo energ?tico de muitos parasitos, mas n?o de seus hospedeiros mam?feros. Sendo assim, ? um alvo atrativo para o desenvolvimento de novas drogas anti-parasit?rias. Al?m do mais, o estudo das adapta??es no metabolismo do parasito pode resultar em uma maior compreens?o da rela??o parasito-hospedeiro. Este trabalho abre oportunidades para interven??es de controle e novas estrat?gias de diagn?stico molecular.

Submitted by Jorge Silva (jorgelmsilva@ufrrj.br) on 2017-05-04T18:36:57Z No. of bitstreams: 1 2016 - CRISTINA SANTOS DA SILVA.pdf: 3106410 bytes, checksum: 18949ec17e0df834beb420705591824d (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-04T18:36:57Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016 - CRISTINA SANTOS DA SILVA.pdf: 3106410 bytes, checksum: 18949ec17e0df834beb420705591824d (MD5) Previous issue date: 2016-03-31 / CAPES / Chagas? Disease or American trypanosomiasis is an important parasitic disease in the Americas and is still considered one of the major neglected tropical diseases affecting millions of people worldwide due to lack of effective control. Thus, it has a significant impact on human health. This disease has its epidemiology conditioned by triatomines and mammals and its etiological agent is the protozoan Trypanosoma cruzi.Investigations on the adaptation mechanisms, gene regulation and parasite interaction vs. vector evolved, which proves the need for the use of molecular tools for the study and elucidation on adaptive changes in these parasites. Recently, it was found evidence where studies indicate that the expression of T. cruzi?s antioxidant enzymes such as cytosolic peroxiredoxin (TcCPx), mitochondrial peroxiredoxin (TcMPx), (TcAPX) and trypanothione synthetase (TXNI, TXNII), superoxide dismutase (SOD A and SOD B) can be part of parasite?s protective system and indicate factors related to different levels of virulence of the etiological agent.Thus, proteomics analysis and evaluation of the expression of antioxidant enzymes from different subcellular compartments can corroborate to the studies related to virulence indices and expression of proteins involved in this process. In this sense, the objectives of this study were to evaluate the morphology of the isolated samples SMM98, SMM36 and SMM1, analyze beyond the proteomic profile, the expression of antioxidant enzymes (TcCPx; TcMPx; TcAPx; TcTXNI; TcTXNII, SOD A and SOD B) and observe the redox status expression using isolates SMM36 and SMM98 in comparison with strains TCC, Silvio and DM28c. The results showed different morphology from the isolated, high levels of virulence, varied protein profile comparison between SMM98 isolated and SMM36, when treated with NAC and Heme changes were observed in the development of the parasites, indicating the participation of the Redox Status of the Rio de Janeiro used in this study. / A doen?a de Chagas ou tripanossom?ase americana ? uma importante doen?a parasit?ria nas Am?ricas e ainda hoje ? considerada uma das principais doen?as tropicais negligenciadas acometendo milh?es de pessoas no mundo devido ? falta de controle efetivo. Desta forma, apresenta um impacto significativo sobre a sa?de humana. Esta enfermidade tem sua epidemiologia condicionada pelos triatom?neos e os mam?feros e tem como agente etiol?gico o protozo?rio Trypanosoma cruzi.Investiga??es sobre os mecanismos de adapta??o, regula??o g?nica e intera??o parasito x vetor evolu?ram, o que comprova a necessidade da utiliza??o de ferramentas moleculares para o estudo e elucida??es sobre as mudan?as adaptativas ocorridas nestes parasitos. Recentemente evid?ncias surgiram neste sentido, onde estudos indicam que a express?o de enzimas antioxidantes do T. cruzi tais como: peroxirredoxinas citos?lica (TcCPx), mitocondriais (TcMPx), (TcAPX) e tripanotiona sintetase (TXNI, TXNII), super?xido dismutase (SOD A e SOD B) podem fazer parte do sistema protetivo do parasito e indicar fatores relacionados aos diferentes n?veis de virul?ncia deste agente etiol?gico. Desta forma, an?lises prote?mica e avalia??o da express?o de enzimas antioxidantes de diferentes compartimentos subcelulares podem corroborar para com os estudos relacionados aos ?ndices de virul?ncia e express?o de prote?nas envolvidas neste processo. Neste sentido, os objetivos deste trabalho foram avaliar a morfologia dos isolados das amostras SMM98, 36 e 1, analisar al?m do perfil prote?mico, a express?o de enzimas antioxidantes (TcCPx; TcMPx; TcAPx; TcTXNI; TcTXNII, SOD A e SOD B) e observar a express?o do status redox utilizando os isolados SMM36 e SMM98 em compara??o com as cepas TCC, Silvio e DM28c. Os resultados obtidos demonstraram aspectos morfol?gicos diferenciados dentre os isolados, n?veis de virul?ncia elevados, perfil de prote?nas variados quando comparados entre os isolados SMM98 e SMM36. E, quando tratados com Heme e NAC foram observadas altera??es no desenvolvimento dos parasitos, denotando a participa??o do Status Redox frente aos isolados do Rio de Janeiro utilizados neste estudo.

Submitted by Rodrigo Martins Cruz (rodrigo.cruz@ufvjm.edu.br) on 2016-01-12T17:40:07Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 22974 bytes, checksum: 99c771d9f0b9c46790009b9874d49253 (MD5) lucio_flavio_macedo_mota.pdf: 1719975 bytes, checksum: 3893bff470fc397394ef7bd5048cfde3 (MD5) / Approved for entry into archive by Rodrigo Martins Cruz (rodrigo.cruz@ufvjm.edu.br) on 2016-01-12T17:40:32Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 22974 bytes, checksum: 99c771d9f0b9c46790009b9874d49253 (MD5) lucio_flavio_macedo_mota.pdf: 1719975 bytes, checksum: 3893bff470fc397394ef7bd5048cfde3 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-01-12T17:40:32Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 22974 bytes, checksum: 99c771d9f0b9c46790009b9874d49253 (MD5) lucio_flavio_macedo_mota.pdf: 1719975 bytes, checksum: 3893bff470fc397394ef7bd5048cfde3 (MD5) Previous issue date: 2014 / Funda??o de Amparo ? Pesquisa do estado de S?o Paulo (FAPESP) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Cient?fico e Tecnol?gico (CNPq) / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior (CAPES) / Objetivou-se avaliar a influ?ncia da express?o da leptina e relacionar as concentra??es de leptina plasm?tica com as caracter?sticas de desenvolvimento corporal, mudan?as no proteoma do m?sculo Longissumus dorsi e o impacto o modelo na estima??o de equa??es de predi??o de consumo de alimentos em bovinos Nelore e no ranking de desempenho alimentar, utilizando diferentes modelos para a estimativa do consumo alimentar residual (CAR). Foi utilizado um total de 97 animais classificados para alto e baixo CAR, medidos para caracter?sticas de ingest?o, crescimento, efici?ncia alimentar, concentra??o plasm?tica de leptina e caracter?sticas de carca?a. Foram abatidos 20 animais classificados para alto e baixo CAR e coletadas amostras do m?sculo Longissimus dorsi, para an?lise da express?o do gene leptina e prote?mica. Os modelos utilizados para estima??o do CAR foram o modelo atualmente em uso e modelos que inclu?ram medidas de ultrassom de m?sculo e espessura de gordura. As amostras de prote?nas extra?das do m?sculo Longissimus dorsi foram separadas em duas etapas: a primeira etapa de separa??o das prote?nas foi realizada por migra??o eletrofor?tica em tira de IPG (Immobilized pH Gel) at? o ponto isoel?trico; a segunda, realizada pela migra??o eletrofor?tica das prote?nas focalizadas na tira de IPG (primeira dimens?o) e em seguida, em gel de acrilamida de acordo com o peso molecular (segunda dimens?o). Ap?s as an?lises dos g?is 2-D, os spots diferencialmente expressos nos grupos de CAR foram excisados para an?lise por dessor??o a laser, assistida por matriz MALDI TOF/TOF. As an?lises estat?sticas foram realizadas utilizando o procedimento MIXED do SAS, as estimativas de correla??o fenot?pica, utilizando o procedimento CORR e a compara??o dos valores de express?o entre as classes de CAR,utilizando o procedimentoCONTRAST do procedimento MIXED. Animais classificados para baixo CAR apresentaram maior express?o do gene leptina (2,80) e maior concentra??o plasm?tica (11,48) deste gene em bovinos Nelore. Os n?veis mais elevados de leptina podem estar envolvidos na redu??o da ingest?o de alimentos em animais classificados para baixo CAR, indicando ser um regulador na diferen?a de consumo de alimentos pelos animais. Embora os modelos de CAR tenham apresentado diferen?as na estima??o, as correla??es entre cada um dos modelos indicaram que estes n?o foram diferentes uns dos outros na classifica??o dos animais para efici?ncia alimentar. A maior express?o de fibras de contra??o lenta em bovinos mais eficientes ocorre devido a uma redu??o preferencial das fibras musculares de contra??o r?pida, como uma adapta??o para melhor lidar com a redu??o da exig?ncia nutricional, por apresentar diferen?as no perfil metab?lico da contra??o muscular. No entanto, a varia??o na efici?ncia do modelo que inclui os par?metros de composi??o corporal ? muito importante, sugerindo que a composi??o corporal pode ser fundamental para explicar a varia??o no consumo de alimentos e que ele precisa ser inclu?do no modelo de c?lculo do CAR. / Disserta??o (Mestrado) ? Programa de P?s-Gradua??o em Zootecnia, Universidade Federal dos Vales do Jequitinhonha e Mucuri, 2014. / ABSTRACT The objectives were to evaluate the effects of leptin expression and to correlate plasma leptin concentrations with corporal development traits, changes in proteomics of the Longissumus dorsi muscle, and the impact of the model approach in estimating predicting equations for feed intake in Nellore animals and in feed performance ranking using different models for the estimation of residual feed intake (RFI). A total of 97 animals, classified for high and low RFI, measured for intake, growth, feed efficiency, plasma leptin concentration, and carcass traits, was utilized. Twenty animals classified for high and low RFI were slaughtered, and Longissimus dorsi muscle was sampled to analyze leptin gene expression and proteomics. Models utilized for RFI estimation were the current model used, and models which included muscle ultrasound and fat thickness measurement. Protein samples of Longissimus dorsi muscle were separated into two stages: the first stage of proteins separation was performed by electrophoretic migration in IPG (Immobilized pH Gel) strip until the isoelectric point; the second, performed by electrophoretic migration of the proteins in the focused IPG strip (first dimension) and then, in acrylamide gel according to the molecular weight (second dimension). After analysis of 2-D gels, spots differentially expressed in RFI groups were excised for analysis by laser desorption assisted by MALDI TOF / TOF matrix. Statistical analyzes were achieved by using the MIXED procedure of SAS, estimation of phenotypic correlation, using the CORR procedure, and comparison of expression values ??among RFI classes, using the CONTRAST procedure of the MIXED procedure. Low RFI animals had greater expression of leptin gene (2.80) and greater plasma concentration (11.48) in Nellore animals. Greater levels of leptin can be involved in the reduction of feed intake in low RFI animals, indicating to be a regulator on feed intake. Although RFI models were different in estimating values, correlations among each model indicate that they were not different in classifying animals for feed efficiency. The greater expression of slow-twitch fibers in more efficient cattle is due to preferential reduction of the fast twitch muscle fibers, as an adaptation to better deal with reduced nutritional requirement because it shows differences in the metabolic profile of muscle contraction. Nonetheless, variation in efficiency of the model that includes body composition parameters is important, suggesting that body composition can be critical to explain variations in feed intake and it must be included in the RFI model.

Submitted by Automa??o e Estat?stica (sst@bczm.ufrn.br) on 2018-02-21T21:54:36Z No. of bitstreams: 1 GabrielleMacedoPereira_TESE.pdf: 7916343 bytes, checksum: 47f4f16d292c186e81c42187080b1343 (MD5) / Approved for entry into archive by Arlan Eloi Leite Silva (eloihistoriador@yahoo.com.br) on 2018-02-23T21:04:51Z (GMT) No. of bitstreams: 1 GabrielleMacedoPereira_TESE.pdf: 7916343 bytes, checksum: 47f4f16d292c186e81c42187080b1343 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-02-23T21:04:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 GabrielleMacedoPereira_TESE.pdf: 7916343 bytes, checksum: 47f4f16d292c186e81c42187080b1343 (MD5) Previous issue date: 2017-08-25 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior (CAPES) / O bioma Caatinga ? exclusivamente brasileiro, marcado pelo clima semi?rido. Este bioma se destaca pelo alto ?ndice de endemismo e desconhecimento cient?fico ao seu respeito. Para sobreviver neste ambiente, as plantas desenvolveram mecanismos intr?nsecos de percep??o dos sinais ambientais externos e suas respectivas respostas metab?licas. Dentre as esp?cies de ocorr?ncia no bioma Caatinga, como fonte de alcaloides bioativos, destaca-se Erythroxylum pungens, que apresenta potencial pouco explorado. Assim, o objetivo deste trabalho ? investigar o proteoma total e o perfil metab?lico de E. pungens, aliado ? bioprospec??o de alcaloides trop?nicos com potencial citot?xico. Para isso, no cap?tulo 1 identificou-se, por espectrometria de massas, sete alcaloides trop?nicos conhecidos; 3-(2-metilbutiriloxi)tropan-6, 7-diol como tamb?m 3-(2-metilbutiriloxi)nortropan-6, 7-diol foram isolados e caracterizado por RMN 1D e 2D pela primeira vez. N,N-Dimetil-1-H-indol-3-etanamina foi isolado e caracterizado a partir de ra?zes de E. pungens. Al?m disso, verificou-se que alcaloides isolados de E. pungens, frente a cinco linhagens celulares, apontaram potencial seletivo de 3-(2-metilbutiriloxi)tropan-6, 7-diol contra c?lulas de tumorais de pr?stata. Para melhor conhecer a esp?cie e, com vistas na produ??o de alcaloides trop?nicos, trabalhou-se o proteoma e perfil alcalo?dico no cap?tulo 2. Dessa forma foi poss?vel identificar 1746 prote?nas nas folhas, 1779 no caule e 1026 na raiz de E. pungens. Atrav?s da recupera??o dos termos no Gene Ontology, observou-se os processos nos quais estas prote?nas est?o envolvidas, verificando o mesmo perfil de processos para os tr?s ?rg?os de E. pungens, com destaque para respostas a estresses bi?ticos, abi?ticos, qu?micos, al?m das respostas ao estresse oxidativo. Foram observados n?veis significativos de prote?nas envolvidas na fotoss?ntese das folhas de E. pungens, fotorrespira??o, al?m prote?nas relacionadas ?s respostas ao estresse: prote?nas da fam?lia 14-3-3, peroxidases, catalases, super?xido-dismutase e prote?nas de choque t?rmico, que tamb?m podem atuar no turnover prote?co. Ainda foram identificadas cinco prote?nas hom?logas a tropinona redutase na folha, e produ??o de alcaloide em todos os ?rg?os. No cap?tulo 3, por meio do experimento com esp?cimes de E. pungens submetidas a estresse h?drico por suspens?o de rega em casa de vegeta??o, notou-se que esta esp?cie investe no aumento de prote?nas relacionadas ?s respostas ao estresse h?drico, aumenta significativamente o teor de prolina livre no citosol. Ademais, mat?m a produ??o de alcaloides que parecem estar mais relacionado a fase de desenvolvimento da planta. Com isso, os resultados deste trabalho busca contribuir para a fitoqu?mica e fisiologia de E. pungens, assim como promove o uso racional da esp?cie, e consequentemente a conserva??o do bioma Caatinga. / Caatinga biome is exclusive brazilian, marked by semi-arid climate. This biome stands out for the high endemism index and scientific unfamiliarity.To survive in this environment with peculiar edaphoclimatic conditions, plants show evolution of intrinsic mechanisms of external environmental signals perception and their respectives metabolic responses. Among the occurrence genera in Caatinga biome, as bioactive alkaloids source, the Erythroxylum pungens species, which has unexplored potential, is outstanding. Thus, the objective of this work is to investigate total proteome and metabolic fingerprint of E. pungens, together with tropane alkaloids bioprospection with cytotoxic potential. For this, in chapter 1 it was possible to identify, by mass spectrometry, seven known tropane alkaloids; 3-(2-methylbutyryloxy)tropan-6, 7-diol as well as 3-(2-methylbutyryloxy)tropan-6, 7-diol were isolated and characterized by 1D and 2D NMR for the first time. N,N-Dimethyl-1-H-indol-3-ethanamine was isolated and characterized from roots of E. punctures. In addition, it was found that alkaloids isolated from E. pungens, against five cell lines, indicated selective potential of 3-(2-methylbutyryloxy)tropan-6, 7-diol against prostate tumor cells. In chapter 2, it was possible to identify 1746 proteins in the leaves, 1779 in the stem and 1026 in the root of E. pungens. Through the recovery of the GO terms, it was possible to evaluate processes in which these proteins are involved, verifying the same process profile for three organs of E. pungens, with emphasis on biotic, abiotic, chemical stress responses, as well as responses to oxidative stress. Were observed significant proteins levels involved in photosynthesis of E. pungens leaves, photorespiration, as well as many proteins related to stress responses: proteins from 14-3-3 family, peroxidases, catalases, superoxide dismutase and shock proteins, which can also act on protein turnover. Were still identificated five proteins homologous to tropinone reductase, and alkaloid production in all organs suggesting that even under chronic stress conditions, E. pungens maintains the production of these metabolites. In chapter 3, through specimens submission experiment of E. pungens to water stress by irrigation suspension in greenhouse, it was observed that this species invest in the increase of proteins related to the responses to water stress, it significantly increases free proline content in cytosol which functions as an important osmoprotector. Furthermore, maintains alkaloids production that appear to be more related to development stage of the plant than stress condition in which it is inserted. The results of this work seek to contribute to knowledge of E. pungens phytochemistry and physiology, as well as to promote the species and consequently conservation of Caatinga biome.

Submitted by Automa??o e Estat?stica (sst@bczm.ufrn.br) on 2018-03-21T11:48:14Z No. of bitstreams: 1 JonathasDiegoLimaSantos_TESE.pdf: 8935214 bytes, checksum: 86433d89608ea11b99ac2a3911f14149 (MD5) / Approved for entry into archive by Arlan Eloi Leite Silva (eloihistoriador@yahoo.com.br) on 2018-03-23T11:23:51Z (GMT) No. of bitstreams: 1 JonathasDiegoLimaSantos_TESE.pdf: 8935214 bytes, checksum: 86433d89608ea11b99ac2a3911f14149 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-03-23T11:23:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 JonathasDiegoLimaSantos_TESE.pdf: 8935214 bytes, checksum: 86433d89608ea11b99ac2a3911f14149 (MD5) Previous issue date: 2017-12-15 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior (CAPES) / Chromobcterium violaceum (C. violaceum) ? uma bact?ria Gram-negativa, encontrada em regi?es tropicais e subtropicais, considerada organismo modelo de vida livre. Alguns estudos prote?micos realizados com esta bact?ria demonstraram sua capacidade de adapta??o a desafios ambientais, como alta concentra??o de ferro e exposi??o ao estresse oxidativo. No entanto, nenhum estudo foi feito com esta esp?cie submetida ? microgravidade simulada (MGS), ou seja, em condi??es em que a gravidade ? artificialmente reduzida para menos de 1xg. Estudos MGS podem ser importantes para entender as modula??es em n?vel molecular sofridas pelos organismos vivos. Portanto, o objetivo deste estudo foi caracterizar a resposta de C. violaceum, como organismo modelo de vida livre, cultivado em MGS, usando t?cnicas de prote?mica para entender como a bact?ria responde a esse estresse. A MGS foi conseguida por meio da rota??o do vessel ao redor do eixo horizontal perpendicular ao vetor gravitacional nos sistemas de cultura de c?lulas rotativas - Rotating Cell Culture Systems ? (RCCS4). MGS foi conduzido a uma velocidade de 40 rpm por um per?odo de 12 horas para obter a curva de crescimento a cada 2 horas. Prote?nas totais foram extra?das de amostras de cultura de c?lulas bacteriana coletada ?s 5 e 12 horas, correspondendo as fases exponenciais inicial (MG5) e tardia (MG12), respectivamente, tendo a curva de crescimento como refer?ncia. Ap?s a tripsiniza??o, as amostras foram analisadas em espectr?metro de massas Q-TOF. Como resultado um total de 212 prote?nas durante ?s 5h de crescimento e 192 ?s 12h foram detectadas, das quais 144 delas foram comuns em ambos os per?odos. No proteoma de C. violaceum obitido em 5h de crescimento 195 prote?nas foram identificadas em gravidade normal (GN5) e 155 prote?nas foram identificadas em MG5, sendo 18 upreguladas, 19 downreguladas e 17 expressas somente na condi??o de MG5. No proteoma obtido em 12h de crescimento, 165 prote?nas foram identificadas em gravidade normal (GN12) e 173 em MG12, das quais, 17 foram upreguladas, 22 downreguladas e 28 expressas somente na condi??o de MG12 Al?m disso, foi poss?vel identificar 25 prote?nas com fun??o desconhecida em MG5 e MG12. Utilizando ferramentas computacionais foi poss?vel construir redes de intera??es prote?na-prote?na (PPI) e as sub-redes contendo grupo de prote?nas com fun??es correlacionadas, analisar vias metab?licas, processos biol?gicos, contexto gen?mico e busca por dom?nios conservados e sequ?ncias hom?logas de prote?nas com fun??o desconhecida. Como resultado, identificamos sub-redes relacionadas com a bioss?ntese de prote?nas, regula??o da transcri??o e tradu??o, resposta ao estresse e metabolismo energ?tico, conclu?mos que as respostas celulares associadas ? express?o diferencial induzida pela MGS levaram ? diminui??o do crescimento de C. violaceum, acompanhado pela regula??o negativa de prote?nas relacionadas com processos transcricionais, traducionais e libera??o de energia por vias aer?bicas e pela regula??o positiva de prote?nas envolvidas no estresse oxidativo, na via anaer?bica e na sobreviv?ncia celular. / Chromobcterium violaceum (C.violaceum) is a Gram-negative bacteria, which has been found at tropical and subtropical regions, considered a free living model organism. Some proteomic studies performed with this bacterium have demonstrated its ability to adapt to environmental challenges such as high iron concentration and oxidative stress exposure. However, no study was made with this specie submitted to simulated microgravity (SMG), that is, under conditions in which the gravity is artificially reduced to less than 1xg. MGS studies may be important in understanding the molecular-level modulations undergone by living organisms. Therefore, the aim of this study was to characterize the response of C. violaceum, as free-living model organism, cultured at MGS, using proteomics techniques in order to understand how this bacterium response to this stress. The SMG was achieved by rotating the vessel around the horizontal axis perpendicular to the gravitational vector in Rotating Cell Culture Systems (RCCS4). SMG was conducted at a speed of 40 rpm for a period of 12 hours to obtain the growth curve every 2 hours. Total protein extraction was made in two times: 5 and 12 hours, corresponding to early (MG5) and late (MG12) exponential phase, respectively, taking the growth curve as a reference. After trypsinization, samples were analyzed with Q-TOF mass spectrometer. As a result a total of 212 proteins during 5h of growth and 192 at 12h were detected, of which 144 of them were common in both periods. We detected 155 proteins during MG5, from which 18 proteins were upregulated, 19 down-regulated and 17 proteins were exclusive when compared to GN5. In the proteome obtained in 12h of growth, 165 proteins were identified in normal gravity (GN12) and 173 in MG12, of which, 17 were upregulated, 22 were downregulated and 28 expressed only in MG12 condition. In addition, it was possible to identify 25 proteins with unknown function in MG5 and MG12. Using computational tools it was possible to construct networks of protein-protein interactions (PPI) and sub-networks containing group of proteins with correlated functions, to analyze metabolic pathways, biological processes, genomic context and search for conserved domains and homologous sequences of proteins with unknown function . As a result, we identified sub-networks related to protein biosynthesis, transcription regulation and translation, stress response and energetic metabolism, we conclude that the cellular responses associated with differential expression induced by MGS led to a decrease in the growth of C. violaceum, accompanied by the negative regulation of proteins related to transcriptional, translational and energy release by aerobic pathways and by the positive regulation of proteins involved in oxidative stress, anaerobic pathway and cell survival.

Submitted by Automa??o e Estat?stica (sst@bczm.ufrn.br) on 2017-08-10T11:14:59Z No. of bitstreams: 1 WalicyranisonPlinioDaSilva_TESE.pdf: 1746736 bytes, checksum: 438a1971df141eaacfe425498424e81e (MD5) / Approved for entry into archive by Arlan Eloi Leite Silva (eloihistoriador@yahoo.com.br) on 2017-08-10T13:58:15Z (GMT) No. of bitstreams: 1 WalicyranisonPlinioDaSilva_TESE.pdf: 1746736 bytes, checksum: 438a1971df141eaacfe425498424e81e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-08-10T13:58:15Z (GMT). No. of bitstreams: 1 WalicyranisonPlinioDaSilva_TESE.pdf: 1746736 bytes, checksum: 438a1971df141eaacfe425498424e81e (MD5) Previous issue date: 2017-03-30 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior (CAPES) / Em certas circunst?ncias, Candida albicans pode passar de colonizante para infectante e, como na candid?ase oral. A morfog?nese de C. albicans, bem como sua capacidade de combater o estresse oxidativo no interor de c?lulas fagoc?ticas, ? um fator essencial para a invas?o tecidual e estabelecimento da infec??o. Devido ao baixo arsenal antif?ngico dispon?vel no mercado e o constante surgimento de cepas resistentes, faz-se necess?ria a pesquisa de novas fontes terap?uticas, principalmente oriundas de produtos naturais. No presente estudo foram selecionados 48 isolados cl?nicos de C. albicans oriundos da cavidade bucal de pacientes transplantados renais. A fra??o acetato de etila de Eugenia uniflora foi utilizada na concentra??o de 1000 ?g/mL para avaliar a a??o comparativa (tratada e n?o tratada com extrato) sobre a fagocitose e morfog?nese de C. albicans. Foi realizado o ensaio de resist?ncia ao ataque de neutr?filos polimorfonucleares. O isolado 111R, de alta capacidade filamenta??o foi utilizado para avalia??o do perfil prot?ico por meio de an?lise prote?mica, bem como da intera??o com prote?nas diretamente associadas ? morfog?nese. A resposta ? infec??o foi observada em modelo murino de candid?ase oral e a a??o t?xica do extrato de E. uniflora foi observada em ensaio de MTT. O extrato de E. uniflora reduziu significativamente a capacidade de fagocitose de C. albicans (m?dia total de 120.36 ? 36.71 vs. 44.68 ? 19.84). Trinta e nove prote?nas foram identificadas na an?lise prote?mica, relacionadas ? gera??o de energia, metabolismo de prote?nas e glicose, divis?o celular, transporte citoplasm?tico, metabolismo de ?cidos nucl?icos, estrutura celular e resposta ao estresse. Importantes prote?nas relacionadas com a forma??o do citoesqueleto foram reguladas negativamente nas c?lulas tratadas. Houve instala??o de infec??o na cavidade oral dos camundongos e a infec??o foi atenuada quando C. albicans foi pr?-incubada na presen?a do extrato de E. uniflora e quando o extrato foi aplicado na cavidade oral ap?s a instala??o da infec??o. Este resultado foi condizente com a redu??o na contagem de UFC (2.36 vs. 1.85 Log10 CFU/ml) e a atenua??o dos danos teciduais observados na an?lise histopatol?gica. O extrato de E. uniflora n?o foi t?xico para c?lulas humanas mesmo em concentra??es 8x acima da utilizada nos experimentos. A fra??o acetato de etila de E. uniflora poder? causar danos ? parede celular e prote?nas essenciais ao metabolismo de C. albicans, afetando prote?nas relacionadas ? estrutura celular, reduzindo a capacidade pl?stica de filamenta??o, atenuando a a??o invasiva em modelo animal, sem causar efeito t?xico em c?lulas humanas, podendo ser uma futura alternativa terap?utica para o tratamento de infec??es por Candida. / Under certain circumstances, Candida albicans may switch a colonizing to a infecting yeast, such as in oral candidiasis. Morphogenesis in C. albicans, besides its ability to combat the oxidative stress inside phagocytic cells is an essential step for tissue invasion and establishment of infection. Due to the reduced drug arsenal used for treatment of fungal infections and the constant emergence of resistant strains, it is mandatory to search for new therapeutic sources, mainly from natural products. In the present study, 48 clinical isolates of C. albicans from the oral cavity of renal transplant recipients were selected. In order to evaluate the comparative action (treated and untreated cellst) on phagocytosis and morphogenesis of C. albicans, the ethyl acetate fraction of Eugenia uniflora extract was used at a concentration of 1000 ?g/mL. Resistance of C. albicans to polymorphonuclear neutrophils was carried out. The isolate 111R, a highly filamentous strain was used to evaluate protein profiling through proteomic analysis, as well as the interaction with proteins directly associated with morphogenesis. The in vivo response to infection was observed in murine model of oral candidiasis and the toxic action of E. uniflora extract was observed in the MTT assay. E. uniflora extract significantly reduced the phagocytosis of C. albicans (Mean 120.36 ? 36.71 vs. 44.68 ? 19.84). Thirty-nine proteins, related to energy generation, protein and glucose metabolism, cell division, cytoplasmic transport, nucleic acid metabolism, cell structure and stress response were identified with proteomics analysis. Important proteins directly related with cytoesqueleton formation were down regulated on treated cells. The infection in the oral cavity of the mice was established and it was attenuated when both C. albicans cells were either preincubated in the presence of E. uniflora extract or when the extract was applied to the surface of the oral cavity after infection. These results were consistent with the reduction in CFU countings (2.36 vs. 1.85 Log10 CFU/ml) and attenuation of tissue damages observed in the histopathologycal analysis. E. uniflora extract was non-toxic to human cells even at concentrations 8 fold hugher than the one used in the experiments. The ethyl acetate fraction of E. uniflora may act act damaging and metabolism essential proteinsmainly related to cellular structure, reducing the plastic capacity of filamentation and attenuating infection in a murine modell model, without causing any toxic effect on human cells, suggesting that it may be a future therapeutic alternative for the treatment of Candida infections.

Submitted by Ricardo Cedraz Duque Moliterno (ricardo.moliterno@uefs.br) on 2016-07-20T00:37:17Z No. of bitstreams: 1 Tese_final_ MARCHI.MNG.pdf: 2477043 bytes, checksum: 875c56fb9a49e8316ee438fe52b80636 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-07-20T00:37:17Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese_final_ MARCHI.MNG.pdf: 2477043 bytes, checksum: 875c56fb9a49e8316ee438fe52b80636 (MD5) Previous issue date: 2016-05-04 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior - CAPES / The family Cactaceae has approximately 100 genera and 1500 species predominantly American and distributed by a wide variety of climates and ecosystems. Due to the high singularity in terms of genres and endemic species as well as the potential use of these plants for various purposes, studies on the in vitro propagation and ex situ conservation of these species must be established. Thus, the aim of this study was to understand the anatomical, physiological and molecular changes associated with the propagation and conservation in vitro Discocactus zehntneri subsp boomianus and Stephanocereus leutezlburgii, species endemic cactus of Bahia with ornamental potential. The regulators applied not exceeded the control in the induction of shoots/explant in both species and for S. luetzelburgii combination of cytokinins and auxins hiperidricos increased the percentage of shoots that did not survive after acclimatization. Normal shoots of this species have 100% survival in ex vitro conditions. The callus formation was enhanced by adding auxin to the nutrient medium for the two species analyzed and calluses with potential for in vitro morphogenesis were obtained. The proteomic analysis revealed the marker proteins differential expression of somatic embryogenesis in two strains of S. luetetzelburgii calluses. The protocol for cryopreservation D. zehntneri shoots was not effective, however the seed storage either in liquid nitrogen conditions as for ultrafreezer maintained physiological quality after storage for 360 and 180 days, respectively. Osmotic agents were effective in inhibiting in vitro growth of the species for a year without loss of viability. / A fam?lia Cactaceae apresenta cerca de 100 g?neros e 1500 esp?cies predominantemente americanas e distribu?das por uma ampla diversidade de climas e ecossistemas. Devido ? alta singularidade em termos de g?neros e esp?cies end?micas bem como o uso potencial destas plantas para diversas finalidades, estudos acerca da propaga??o in vitro e conserva??o ex situ dessas esp?cies devem ser estabelecidos. Desta forma, o objetivo geral deste trabalho foi compreender as mudan?as anat?micas, fisiol?gicas e moleculares associadas ? propaga??o e conserva??o in vitro de Discocactus zehntneri subsp boomianus e Stephanocereus leutezlburgii, esp?cies de cact?ceas end?micas da Bahia com potencial ornamental. Os reguladores aplicados n?o superaram o controle na indu??o de brotos/explante em ambas as esp?cies e para S. luetzelburgii a combina??o de citocininas e auxinas aumentaram o percentual de brotos hiperidricos que n?o sobreviveram ap?s a aclimatiza??o. Brotos normais dessa esp?cie apresentaram 100% de sobreviv?ncia em condi??es ex vitro. A calog?nese foi potencializada pela adi??o de auxinas ao meio nutritivo para as duas esp?cies analisadas e calos com potencial para morfog?nese in vitro foram obtidos. A an?lise prote?mica revelou a express?o diferencial de prote?nas marcadoras da embriog?nese som?tica em duas linhagens de calos de S. luetetzelburgii. O protocolo para criopreserva??o de brotos de D. zehntneri n?o foi eficiente, no entanto a armazenamento de sementes tanto em condi??es de nitrog?nio l?quido quanto em ultrafreezer mantiveram a qualidade fisiol?gica ap?s o armazenamento por 360 e 180 dias, respectivamente. Os agentes osm?ticos foram eficientes em inibir o crescimento in vitro da esp?cie por um ano sem perda na viabilidade.