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Intérêt des lignées cellulaires de poisson en écotoxicologie pour l'étude de nouveaux biomarqueurs de génotoxicité

Kienzler, Aude 15 March 2013 (has links) (PDF)
Un contexte réglementaire de plus en plus strict en évaluation du risque écotoxicologique des milieux aquatiques exige de renforcer les outils d'évaluation. A ce titre, l'étude des biomarqueurs de génotoxicité doit être privilégiée, compte tenu du rôle central de l'ADN dans le fonctionnement du vivant. L'exposition à des agents génotoxiques peut générer des dommages par interaction directe avec l'ADN, mais aussi indirectement, en modulant l'efficacité des mécanismes de réparation de l'ADN, ou la régulation épigénétique de l'expression des gènes. Aujourd'hui, la plupart des biomarqueurs de génotoxicité visent les dommages primaires à l'ADN ou la mutagènicité mais les effets indirects sur sa fonctionnalité sont encore peu étudiés. Dans ce contexte, à l'issue d'une analyse bibliographique comprenant la rédaction d'une revue sur les mécanismes de réparation des dommages à l'ADN chez le poisson, ce travail visait au développement méthodologique de plusieurs biomarqueurs de génotoxicité à l'aide de trois lignées cellulaires pisciaires (RTL-W1, RTGill-W1 et PLHC-1). Pour ce faire, l'essai des comètes en conditions alcalines a été décliné sous plusieurs versions dans l'objectif d'utiliser une technique de base unique permettant la mesure complémentaire de plusieurs biomarqueurs de génotoxicité : les dommages primaires à l'ADN, les activités de réparation et le niveau de méthylation des cytosines du génome. Les résultats soulignent l'intérêt des trois lignées en évaluation de la génotoxicité 1) pour détecter in vitro de manière sensible des atteintes primaires à l'ADN de natures variées à de faibles concentrations grâce à un essai des comètes modifié par une étape de digestion enzymatique avec une glycosylase (Fpg), 2) pour évaluer l'influence des contaminants sur l'activité de réparation par excision de bases (BER) via la mesure de la capacité d'incision d'un ADN substrat porteur de lésions de type 8-oxoGua par des extraits cellulaires (essai BERc). Le niveau de méthylation des cytosines (5-meCyt) des lignées RTgill-W1et RTL-W1 a été mesuré par HPLC-MS-MS, leur valeur élevée permet d'envisager le paramètre méthylation comme biomarqueur potentiel. Ce volet nécessitera cependant des étapes de validations ultérieures car il n'a pas été techniquement possible de mettre au point un essai des comètes modifié pour la mesure du niveau de méthylation de l'ADN. Plusieurs activités de réparation des lignées RTgill-W1 et RTL-W1 ont été caractérisées et révèlent de bonnes aptitudes de réparation de type " Base Excision Repair " (BER) et " Photo Enzymatic Repair " (PER) et une plus faible capacité au " Nucleotide Excision Repair " (NER), soit un profil proche de celui décrit in vivo et sans différence marquée entre les deux lignées. Les biomarqueurs développés sur les lignées cellulaires de poisson au cours de ce travail ont également été appliqués à la mesure des effets génotoxiques d'effluents issus du lessivage de revêtements routiers.
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Vers les applications fiables basées sur des composants dynamiques

Santos da Gama, Kiev 06 October 2011 (has links) (PDF)
Les logiciels s'orientent de plus en plus vers des architectures évolutives, capables de s'adapter facilement aux changements et d'intégrer de nouvelles fonctionnalités. Ceci est important pour plusieurs classes d'applications qui ont besoin d'évoluer sans que cela implique d'interrompre leur exécution. Des plateformes dynamiques à composants autorisent ce type d'évolution à l'exécution, en permettant aux composants d'être chargés et exécutés sans requérir le redémarrage complet de l'application en service. Toutefois, la flexibilité d'un tel mécanisme introduit de nouveaux défis qui exigent de gérer les possibles erreurs dues à des incohérences dans le processus de mise à jour, ou en raison du comportement défectueux de composants survenant pendant l'exécution de l'application. Des composants tiers dont l'origine ou la qualité sont inconnus peuvent être considérées à priori comme peu fiables, car ils peuvent potentiellement introduire des défauts d'applications lorsqu'il est combiné avec d'autres composants. Nous sommes intéressés à la réduction de l'impact de ces composants considérés comme non fiables et qui sont susceptibles de compromettre la fiabilité de l'application en cours d'exécution. Cette thèse porte sur l'application de techniques pour améliorer la fiabilité des applications dynamiques à composants. Pour cela, nous proposons l'utilisation des frontières d'isolation pouvant fournir du contingentement de fautes. Le composant ainsi isolé ne perturbe pas le reste de l'application quand il est défaillant. Une telle approche peut être vu sous trois perspectives présentées: (i) l'isolement des composants dynamiques, régi par une politique d'exécution reconfigurable, (ii) l'autoréparation de conteneurs d'isolement, et (iii) l'utilisation des aspects pour séparer les préoccupations de fiabilité à partir du code fonctionnel.
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Étude des interactions entre les cellules progénitrices endothéliales et l’adiponectine

Lavoie, Véronique 11 1900 (has links)
No description available.
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Acidente do trabalho e reparação moral não pecuniária : uma perspectiva bioética /

Medeiros, Alexandre Alliprandino. January 2010 (has links)
Orientador: João Bosco Penna / Banca: Gustavo Filipe Barbosa Garcia / Banca: José Duarte Neto / Resumo: As vítimas de acidentes de trabalho, especialmente nas situações de óbitos e perdas de suas capacidades para o trabalho, ao movimentarem as estruturas de proteção, extrajudiciais e judiciais, têm, normalmente, respostas exclusivamente pecuniárias para a reparação dos males que lhes são impingidos. Várias são as causas que contribuem para que essa seja a realidade de tais trabalhadores, consubstanciando, a causa principal, o apego desmedido dos interlocutores sociais a paradigmas que não mais se afiguram adequados aos tempos presentes, ou ao menos não se harmonizam às aspirações sociais de justiça (paradigma do Estado Mínimo e não interventor, da supervalorização do dinheiro, do preconceito da ciência quanto ao religioso). Os danos morais, pela natureza que detêm, não são quantificáveis pelo critério exclusivamente pecuniário, de sorte que indenizações dessa espécie, quando muito, atenuam certos males, não possibilitando, todavia, a reparação integral desejada. Para que haja, de fato, uma reparação integral dos danos morais impostos àqueles que morreram ou tiveram ceifadas suas capacidades para o trabalho, faz-se necessária uma reparação de igual natureza à da lesão, ou seja, impõe-se uma reparação não pecuniária, mediante práticas e procedimentos que, levados a efeito diretamente por agentes públicos e privados, inclusive pelas pessoas responsáveis pelos danos, confiram aos trabalhadores lesados o resgate do padrão de dignidade perdido. A bioética e a ciência jurídica que lhe é correlata, o biodireito, pelos seus princípios inerentes (justiça, autonomia, beneficência e não maleficência), por lidarem com o respeito, ético, do ser humano, e porque imbuídas de preocupações não somente com o homem, mas com sua ambiência e com a responsabilidade deste homem para com as suas gerações futuras, em harmonia com os princípios... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Resume: Les victimes d'accidents de travail, spécialement dans les situations de décès et de pertes de leurs capacités pour le travail, quand mouvement les structures de protection, extrajudiciaires et judiciaires, elles ont, normalement, des réponses exclusivement pécuniaires pour la réparation des maux qui leur sont imposés. Plusieurs sont les causes qui contribuent pour que celui-là soit la réalité de tels travailleurs, en consolidant, la cause principale, l'attachement démesuré des interlocuteurs sociaux à des paradigmes qui ne se figurent plus ajustés aux temps présents, ou ne s'harmonisent le moindre pas aux aspirations sociales de justice (paradigme de l'État Minime et non interventeur, de la supervalorization de l'argent, du préjugé de la science quant au religieux). Les dommages moraux, par la nature qu'ils les retiennent, ne sont pas quantifiables par le critère exclusivement pécuniaire, de façon que des indemnisations de cette espèce, tout au plus, atténuent certains maux, tutefois n'en rendant pas possible la réparation intégrale envisagée. En fait, pour qu'il ait une réparation intégrale des dommages moraux imposés à ceux qui sont morts ou à ceux qui ont moissonné leurs capacités pour le travail, il faut une réparation de la même nature à celle de la blessure, c'est-à-dire, il s'impose une réparation non pécuniaire, face à des pratiques et des procédures qui, pris à l'effet directement par des agents publics et privés, de même par les personnes responsabilisés par les dommages, confèrent aux travailleurs blessés le rachat de la modèle de dignité perdue. La bioéthique, et la science juridique qui la corresponde, le biodroit, par leurs principes inhérents (justice, autonomie, bienveillance, non médisance), par traiter avec le respect, l'éthique, de l'autre être humain, et parce qu'ils sont pleins de préoccupations pas seulement... (Résumé complet accès életronique ci - dessous) / Mestre
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Génotoxicité et impact de nanoparticules de dioxyde de titane sur la réparation de l’ADN dans des cellules alvéolaires pulmonaires / Genotoxicity and impact of titanium dioxide nanoparticles on DNA repair in alveolar pulmonary cells

Biola-Clier, Mathilde 17 February 2016 (has links)
Le dioxyde de titane (TiO2) compte parmi les nanoparticules (NP) les plus produites dans le monde. Ce constat soulève la question de sa toxicité, en particulier par inhalation, voie d'exposition la plus probable en milieu professionnel. Il a été montré précédemment in vitro que ces NP induisent des dommages à l'ADN et réduisent l'activité de réparation de l'ADN. L'objectif est ici d'étudier les mécanismes de toxicité sous-jacents à l'aide de cellules épithéliales alvéolaires humaines A549 exposées à 1-100 µg/mL de NP de TiO2 pendant 4-48 h. L'expression de 40 gènes et de 6 protéines de réparation de l'ADN a été étudiée par RT-qPCR et western-blot. L'impact des NP de TiO2 sur des régulateurs amont comme la méthylation des promoteurs de certains de ces gènes, l'activité du protéasome et la signalisation cellulaire par phosphorylation a également été investigué. De plus les profils de cyto-/géno-toxicité et d'expression des gènes de réparation de l'ADN ont été comparés avec ceux des cellules épithéliales bronchiques BEAS-2B. Les résultats montrent une répression globale des gènes et des protéines dans l'ensemble des voies de réparation de l'ADN. Cette répression pourrait être due en partie à la répression de régulateurs transcriptionnels et à l'augmentation de la méthylation de certains promoteurs et de l'activité caspase du protéasome. Les NP de TiO2 engendrent par ailleurs une perturbation du phosphoprotéome. Invisible à l'échelle du phosphoprotéome entier, celle-ci impacte de nombreuses protéines impliquées dans divers processus cellulaires, reflétant les effets toxiques connus de ces NP. On note en particulier un impact sur le cycle cellulaire, mais pas sur la prolifération, ainsi que la dérégulation du niveau de phosphorylation de quelques protéines liées à la réparation de l'ADN. Enfin on relève des profils de cyto-/géno-toxicité et d'expression des gènes de réparation de l'ADN similaires dans les cellules A549 et BEAS-2B, ce qui renforce la pertinence de ces modèles dans le cadre de l'étude de la génotoxicité des nanomatériaux. Dans l'ensemble, ces données apportent de nouvelles pistes d'explication des mécanismes de toxicité des NP de TiO2, qui pourraient notamment expliquer la chute précédemment observée des capacités cellulaires de réparation de l'ADN. / Titanium dioxide (TiO2) belongs to the top nanoparticles (NPs) most produced worldwide. This raises the question of their impact on human health, especially through inhalation, which is the main exposure route in occupational settings. It was previously shown in vitro that these NPs induce DNA damage and impair DNA repair activity. The aim here is to study the underlying toxicity mechanisms, in human A549 epithelial alveolar cells exposed to 1-100 µg/ml TiO2 NPs during 4-48 h. The expression of 40 genes and 6 proteins involved in DNA repair was investigated by RT-qPCR and western-blotting. The impact of TiO2 NPs on upstream regulators such as the methylation rate of some corresponding gene promoters, proteasome activity and cellular signaling through phosphorylation was assayed as well. Moreover cyto-/geno-toxicity and DNA repair gene expression patterns were compared with those of BEAS-2B bronchial epithelial cells. Results show a global down-regulation of genes and proteins in all DNA repair pathways. This could be partly explained by the down-regulation of transcriptional regulators and increased gene promoter methylation and caspase-like proteasome activity. TiO2 NPs also scramble the phosphoproteome. While invisible on a global scale, this dysregulation affects numerous proteins involved in diverse cellular processes, which reflect the toxicity pathways reported for these NPs. Although cell proliferation is unaffected, a significant impact is observed on cell cycle, as well as on a few proteins involved in DNA repair. Finally cyto-/geno-toxicity and DNA repair gene expression profiles are similar in both A549 and BEAS-2B cells, thereby strengthening the relevance of using any of these cell lines in nanomaterial genotoxicity studies. On the whole these data bring novel insights into TiO2-NP toxicity mechanisms, which could especially explain the previously observed impairment of DNA repair activity.
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Les cyberdélits et le droit international privé / Cybertorts and private international law

Guiziou-Péronne, Géraldine 29 November 2013 (has links)
La notion de cyberdélit est analysée, dans le cadre de la thèse, sous l'angle de la responsabilité civile. Le champ de l'étude est ainsi circonscrit à trois types de délits civils : les atteintes aux droits de la personnalité, les atteintes aux droits de la propriété intellectuelle et à la concurrence déloyale. Ces délits commis par le biais de l'Internet posent de nombreuses difficultés aux règles de droit international privé, justifiant qu'une nouvelle façon de les appréhender soit proposée, tant sur le terrain de la compétence juridictionnelle que sur celui de la loi applicable. Les propositions sont de deux ordres. La première, se fondant sur les difficultés de localisation du délit, suggère une nouvelle méthode de localisation adaptée aux cyberdélits. En effet, les méthodes du droit positif, la méthode de localisation objective du délit ainsi que la méthode de la focalisation, s'avèrent inadéquates. Il est ainsi proposé une méthode de localisation fictive des cyberdélits. La seconde, prenant appui sur la position délicate des victimes de cyberdélits qui engagent une 1e action aux fins d'obtenir une réparation ou la cessation de l'illicite, suggère une protection de ces dernières. La pertinence d'une protection des victimes se fonde sur l'identification d'une asymétrie structurelle à l'égard, à la fois des prestataires techniques de l'Internet et des auteurs des faits illicites eux-mêmes. Des règles protectrices des victimes de cyberdélits s'imposent donc afin de rétablir un juste équilibre entre les parties. / The study focuses on the analysis of three different types of cybertorts : defamation, violation of the right to privacy and copyright infringements occurring on the Internet. Cybertorts are a recent phenomenon challenging conflict of laws rules. The difficulties arising from the application of traditional rules to these specific torts justify that a new way to deal with them be adopted as regards conflicts of laws rules and rules for jurisdiction. The proposals are dual. The first one builds on the difficulties of localization of cybertorts to suggest a new method. The positive methods based on an objective localization or on the target or destination of the website are inadequate. The study proposes a fictitious localization of cybertorts. The second one, building on the difficulties encountered by the victims of cybertorts when they act for the defense of their rights, suggests that they should be granted some protection. Indeed, the analysis shows the existence of an asymmetric relationship between the victim and the online intermediaries and the tortfeasor. Some protective rules appear to be necessary to strike a fair balance between the parties.
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Régulation immunitaire, angiogenèse et homéostasie tissulaire au cours des vascularites des gros vaisseaux / Regulation of immune response, angiogenesis and tissue repair in large vessel vasculitis

Desbois, Anne-Claire 11 October 2017 (has links)
Les vascularites des gros vaisseaux comprennent principalement la maladie de Takayasu et l'artérite à cellules géantes. Elles sont caractérisées par des lésions inflammatoires artérielles, associées à une néo-vascularisation adventitielle importante, une désorganisation architecturale de la paroi artérielle et des lésions fibrotiques, affectant l’aorte et ses principales branches. Ces maladies sont caractérisées par des réponses lymphocytaires Th1 et Th17 excessives et dérégulées. Actuellement, les mécanismes régulant la différenciation lymphocytaire, la réponse endothéliale et l’homéostasie tissulaire en contexte d’inflammation artérielle chronique ne sont pas suffisamment connus. Dans la 1ère partie de nos travaux, nous avons étudié le rôle de l’IL-33, cytokine sécrétée par les cellules endothéliales en cas de nécrose tissulaire, surexprimée dans les vascularites des gros vaisseaux et impliquée dans la régulation de la réponse immune. Nous avons mis en évidence le rôle immunomodulateur de l’IL-33 dans les vascularites des gros vaisseaux. Cette cytokine favorise en effet directement une différenciation Th2 et une augmentation des lymphocytes T régulateurs (Treg). L’IL-33 exerce également son action immunorégulatrice par le biais des mastocytes qui favorisent également une augmentation majeure des Treg en présence d’IL-33, probablement grâce à la sécrétion d’IL-2, essentielle à la survie et l’expansion des Treg et la sécrétion d’indoléamine 2,3 dioxygénase (IDO). L’IL-33 et les mastocytes ont également un rôle paradoxal en contexte inflammatoire, en favorisant les processus de néo-angiogenèse, d’activation endothéliale et d’augmentation de la perméabilité vasculaire, phénomènes participant au recrutement de cellules inflammatoires sur le site lésionnel. L’axe IL-33/ST2 et les mastocytes, via leurs actions pro-Th2, immunorégulatrice, et pro-angiogénique, sont également associés aux processus de réparation tissulaire, qui pourraient s’avérer délétères en cas d’inflammation persistante, en raison du développement de lésions de fibrose. Si l’IL-33 ne semble pas être directement responsable d’une activation ou d’une prolifération fibroblastique au niveau artériel, les mastocytes activés par du sérum de patients ayant une vascularite des gros vaisseaux conduisent en revanche à des modifications du phénotype fibroblastique et induisent une augmentation de production de collagène de type 1 et de fibronectine.Dans la 2ème partie de nos travaux, nous avons mis en évidence des profils de différenciation distincts des lymphocytes T CD4+ dans la maladie de Takayasu et l’artérite à cellules géantes. Nous avons démontré une augmentation des lymphocytes T folliculaires helper (Tfh) circulants dans la maladie de Takayasu. L’augmentation des Tfhc chez les patients ayant une maladie de Takayasu est associée à une augmentation des lymphocytes B circulants et à la présence d’organes lymphoïdes ectopiques aortiques. Les Tfhc des patients Takayasu gardent les propriétés fonctionnelles des lymphocytes Tfh tissulaires, puisqu’ils favorisent la prolifération des lymphocytes B ainsi que leur différenciation en cellules mémoires. Nos résultats suggèrent donc l’implication d’une coopération lymphocytaire B et T centrale dans la physiopathologie de la maladie de Takayasu, qui pourrait être associée à la présence de lymphocytes B auto-réactifs sécrétant des auto-anticorps. / Large vessel vasculitis (LVV) mainly include Takayasu arteritis (TA) and giant cell arteritis (GCA), which are characterized by arterial inflammatory lesions, associated with adventitial neo-angiogenesis and fibrotic lesions. They predominantly involve aorta and its major branches. These diseases are related to unbalanced Th1 and Th17 immune responses. The mechanisms regulating lymphocyte differentiation, endothelial response and tissue homeostasis in arterial inflammatory diseases are not sufficiently known. First, we have studied the role of IL-33, which is a cytokine secreted by endothelial cells in response to tissue necrosis and is involved in the regulation of immune response. We demonstrated the immunomodulatory impact of IL-33 and mast cells in LVV. IL-33 had a direct immunomodulatory impact by increasing Th2 and regulatory T cells in PBMC. IL-33 and MC further enhanced Th2 and regulatory responses by inducing a 6.1 fold increased proportion of Tregs through increased indoleamine 2 3-dioxygenase (IDO) and IL-2 secretion. IL-33 and mast cells also had a paradoxical impact in LVV, by promoting angiogenesis, endothelial activation and vascular permeability. IL-33 and mast cells, through Th2 and regulatory responses and angiogenesis, were associated with tissue repair and arterial fibrosis. Although IL-33 did not appear to directly lead to arterial fibroblast activation and proliferation, mast cells activated by LVV serum induced increased production of type 1 collagen and fibronectin by arterial fibroblasts. In the second part of our work, we have demonstrated distinct differentiation profiles of CD4 + T cells in TA and GCA. We demonstrated an increase in circulating T follicular helper lymphocytes (cTfh), defined as CXCR5+ CD4+ T cells, in TA. The increase of cTfh was associated with an increase in circulating B lymphocytes and the presence of tertiary lymphoid organs in TA aorta. CXCR5+ CD4+ T cells of TA patients helped B cells to differentiate into memory cells, to proliferate and to secrete type G immunoglobulins. Our data provide evidence of the key coordinated role of Tfh and B cells in tertiary lymphoid structures in TA and suggest an antigenic trigger.
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Mise en évidence d'une fonction non-transcriptionnelle du facteur de transcription homéotique Cdx2 / New non-transcriptional function of the homeotic transcription factor Cdx2

Soret, Christine 18 September 2014 (has links)
Le cancer colorectal (CCR) représente la 2ème cause de mortalité par cancer dans les pays industrialisés. De nouveaux traitements permettant de bloquer l’évolution de la maladie sont nécessaires. Il est donc important de mieux connaitre les acteurs impliqués dans la cancérogenèse. Lors du développement du cancer, des gènes suppresseurs de tumeur sont inhibés et des oncogènes sont activés, perturbant ainsi l’équilibre des cellules et les transformant. Au cours de ma thèse, je me suis intéressée à deux gènes homéotiques qui possèdent des rôles opposés dans les CCR. Cdx2 exerce un rôle suppresseur de tumeur, alors que HoxB7 agit comme un oncogène. Mon travail de thèse a permis (i) de mettre en évidence une nouvelle fonction non-transcriptionnelle de Cdx2 : inhibiteur de la réparation des cassures de l'ADN spécifiquement dans le côlon, (ii) et de révéler que le niveau d'expression des gènes Cdx2 et Hoxb7 au sein de la tumeur peut avoir une importance pour le choix du traitement des CCR. / Colorectal cancer is the 2nd cause of mortality by cancer in industrialized countries. New treatments allowing to prevent the evolution of the disease are needed. It is important to better understand the actors implicated in carcinogenesis. During cancer development, tumor suppressor genes are inhibited and oncogenes are activated, thus disrupting the homeostasis of the tissue and transforming the cells. During my thesis, I have been interested in two genes having two opposite functions in CCR : Cdx2 is a tumor suppressor while Hoxb7 acts as an oncogene. My work allows to highlight (i) a new non-transcriptional function of Cdx2 : inhibitor of the reparation of DNA breaks specifically in the colon, (ii) and that the expression level of Cdx2 and Hoxb7 genes inside the tumor can have an importance in the choice of the CCR treatment.
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Nanostructures d'ADN supportées sur billes magnétiques de nouveaux outils senseurs des systèmes de réparation de l'ADN / On beads fluorescent assays based on functionalized dna nanoprobes : new biosensors to monitor specific dna repair activities

Gines, Guillaume 04 October 2013 (has links)
Notre génome, véritable mode d'emploi de chaque cellule et organisme, est constamment menacé par de multiples agents endogènes ou exogènes qui endommagent la biomolécule d'ADN. Ces lésions résultantes, de nature diverse, sont notamment impliquées dans les processus de vieillissement cellulaire, de cancérogénèse et de mort cellulaire. Afin de contrer ces effets néfastes, les organismes ont développé différents systèmes de réparation de l'ADN capables de prendre en charge spécifiquement chaque type de dommages. Parmi ces voies métaboliques, la réparation par excision de base (BER) répare chaque jour des dizaines de milliers de dommages, incluant les bases alkylées, oxydées ou désaminées, les sites abasiques ou encore certaines cassures de brin. Dans le présent travail, nous exposons la mise au point d'un nouveau biocapteur pour la détection des activités enzymatiques du BER. L'outil se caractérise par un set de sondes nucléiques autocomplémentaires, fluorescentes ou pro-fluorescentes, immobilisées sur microbilles paramagnétiques. Chaque sonde est modifiée par l'introduction sélective d'une lésion, substrat d'une activité enzymatique ciblée (ADN N-glycosylase, AP-endonucléase). L'activité d'excision/incision de la lésion, conduit à la coupure de la sonde et à la déshybridation de la structure. L'analyse et la quantification du clivage spécifique est réalisée en fluorescence, soit à partir du surnageant par spectrofluorimétrie, soit des billes par cytométrie en flux. Ce dispositif permet la détection multiplexée des activités enzymatiques de protéines purifiées ou au sein d'extraits nucléaires. Egalement, des applications dans le criblage d'inhibiteurs de la réparation de l'ADN sont envisageables dans le cadre de recherches pré-cliniques. L'adaptation de ces tests in vitro à la détection de la réparation de l'ADN in cellulo a fait l'objet de développements préliminaires. / Our genome, which may be considered as the program of each cell and organism, is constantly threatened by multiple endogenous and exogenous agents that damage the DNA biomolecule. These lesions, that show a wide array of structures, are particularly involved in cell aging, carcinogenesis and cell death. To thwart these negative effects, organisms have developed various DNA repair pathways that take in charge the alterations in a specific manner. Among them, the base excision repair (BER) removes every day dozens of thousands of damages, including alkylated, oxidized or deaminated bases, abasic sites or single strand breaks. In this study, we present the development of a new biosensor for the detection of BER enzymatic activities. The tool is characterized by a set of (pro)fluorescent hairpin-shaped DNA probes, immobilized on paramagnetic beads. Each probe is modified by the selective insertion of a lesion, substrate for the targeted repair enzyme (DNA glycosylase, AP-endonuclease). The excision/incision activity of the lesion leads to the cleavage of the probe together with the dehybridization of the structure. The analysis and quantification of the repair process is carried out by direct fluorescence measurements from the supernatant, or by analysis of the functionalized beads by flow cytometry. This device allows the multiplexed enzymatic activities detection of purified proteins or within nuclear extracts. Applications to the screening of DNA repair inhibitors have been successfully initiated. Finally, the adaptation of these in vitro tests to in cellulo detection of DNA repair activities was investigated in preliminary studies.
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Architectures de réparation des mémoires pour des hautes densités des défauts / Memory repair architectures for high defect densities

Papavramidou, Panagiota 19 November 2014 (has links)
La miniaturisation technologique augmente la sensibilité des circuits intégrés auxdéfauts et nous observons à chaque nouvelle génération technologique une dégradation rapidedu rendement de fabrication et de la fiabilité. Les mémoires occupent la plus grande partie dela surface des SoCs et contiennent la vaste majorité des transistors. De plus, pour augmenterleur densité elles sont conçues de façon très serrée. Elles concentrent ainsi la plus grandepartie des défauts de fabrication et représentent aussi les parties les plus sensibles face auxperturbations. Elles sont par conséquent les parties des SoCs les plus affectées par ladégradation du rendement de fabrication et de la fiabilité. L’objectif de cette thèse est deproposer des architectures combinant de façon optimale : algorithmes de test, architecturesBIST, et codes correcteurs d’erreurs afin de proposer des solutions efficaces pourl’amélioration du rendement de fabrication et de la fiabilité des mémoires embarquées. / Nanometric scaling increases the sensitivity of integrated circuits to defects andperturbations. Thus, each new generation of manufacturing process is accompanied by a rapiddegradation of manufacturing yield and reliability. Embedded memories occupy the largestpart of the area of SoCs and comprise the vast majority of transistors. In addition, forincreasing the integration density, they are designed very tightly to the design and electricalrules. Hence, embedded memories concentrate the majority of the manufacturing defectsaffecting a SoC, and are also more sensitive to perturbations. Thus, they are the parts of theSoC the most affected by the deterioration of manufacturing yield and reliability. This thesisdevelops repair architectures optimally combining test algorithms, BIST architectures, anderror correcting codes, in order to propose effective solutions for improving themanufacturing yield and reliability of embedded memories affected by high defect densities.

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