Bacillus cereus est une bactérie sporulante pathogène largement disséminée dans la nature. Les propriétés de résistance de ses spores aux traitements appliqués dans la chaîne de transformation des aliments font de B. cereus un contaminant à l’origine de toxi-infections alimentaires. La température est considérée comme l’un des facteurs environnementaux majeurs influençant la résistance de la spore. La variabilité des propriétés des spores liée à des modifications profondes dans leur structure contribue à une incertitude sur l’efficacité des processus de décontamination. Ce travail de thèse avait pour objectif de caractériser le mécanisme d’assemblage des enveloppes de la spore en fonction de la température de sporulation, en particulier le rôle de la protéine morphogénétique CotE chez B. cereus. La protéine CotE est retrouvée en abondance dans les spores produites à 20°C, une température suboptimale, par rapport à celles produites à 37°C, température optimale de croissance de la souche ATCC14579. La protéine CotE est détectée dans les tuniques et l’exosporium, structures protectrices de la spore. L’observation en microscopie électronique à transmission de spores d’un mutant DcotE révèle un problème d’assemblage de l’exosporium à 37°C et 20°C, mais également un défaut d’assemblage des tuniques à 20°C, ce qui suggère un rôle fondamental de CotE dans la mise en place de ces deux enveloppes, dépendant de la température de sporulation. Par microscopie à fluorescence, nous avons montré la cinétique de production de la protéine CotE au cours de la sporulation ainsi que sa localisation finale dans la spore mature, qui ne sont pas significativement impactées par la température de formation des spores. Nos résultats suggèrent également que la protéine CotE puisse créer le lien maintenant l’exosporium au contact des tuniques et du cortex. Enfin, nous avons montré que la protéine CotE est impliquée dans la germination et la résistance physique et chimique des spores. / Spores of the pathogenic bacterium Bacillus cereus are widespread in the environment and responsible of foodborne poisonings. Spores are a major concern to public health because of high resistance to treatments applied in food processing operations. Sporulation temperature is a main environmental factor that influences spore resistance properties. The variability of the conditions in which spores are formed during the sporulation process deeply modified their structure and consequently the efficiency of decontamination treatments. The aim of this work was to study the mechanism of spore layers assembly as a function of the sporulation temperature, and more precisely the role of the CotE protein in B. cereus. This morphogenetic protein is more detected in spores formed at 20°C, a suboptimal growth temperature than at 37°C, the optimal growth temperature, of the ATCC14579 strain. Observations in transmission electronic microscopy of DcotE spores revealed an assembly default of the spore exosporium at 37°C and 20°C but also of the spore coat at 20°C, suggesting that CotE has a role in the assembly of both layers, depending of the sporulation temperature. By fluorescence microscopy, we evidenced the kinetics of CotE production during sporulation and its final localization in mature spore, which are not dependent on the temperature of spore formation. Our results suggest that CotE could make a link to maintain the exosporium close to coat and cortex structures. Finally we showed that CotE also plays a role in germination and resistance properties of B. cereus spores to physical and chemical treatments.

La maladie de taches noires (TN ; champignon Leptosphaeria lindquistii) est une maladie importante en France. L'étude présentée dans cette thèse fournit des informations utiles sur l’épidémiologie de TN et sur la résistance quantitative du tournesol contre TN. Des expérimentations ont été menées sur petites parcelles au champ, plantes adultes (serre), et plantules (phytotron) pour (1) caractériser la dynamique spatiotemporelle de TN, (2) identifier les traits morphologiques affectant TN via des processus d’esquive de la maladie et en utilisant une procédure standardisée d'évaluation de la maladie, et (3) identifier des prédicteurs de résistance quantitative à TN. Cette étude suggère que (1) TN est associée à des épidémies monocycliques dans le sud ouest de la France, (2) les niveaux faibles de TN sont associés à des plantes ayant un grand nombre de feuilles vertes et de de grande taille, et (3) des prédicteurs de résistance quantitative à BS peuvent être identifiés expérimentalement. / Phoma black stem (BS) is caused by the fungus Leptosphaeria lindquistii, and is an important disease in France. The study presented in this dissertation provides useful information on BS epidemiology and sunflower quantitative resistance against the disease. Experiments were conducted on plants grown in small plots (field), adult plants (greenhouse), and seedlings (growth chamber) in order to (1) characterize the spatiotemporal dynamics of BS, (2) identify morphological traits affecting BS through disease escape processes and utilizing a standardised disease assessment procedure, and (3) identify predictors of quantitative resistance to BS. This study suggests that (1) BS is primarily associated to monocyclic epidemics in south west France, (2) low BS levels are associated with sunflower plants characterized by a large number of green leaves and large height, and (3) predictors of quantitative resistance to BS can be experimentally identified.

L’objectif de cette thèse est d’aboutir à une meilleure compréhension des mécanismes de ségrégation du bore aux joints de grains austénitiques (γGB) et de leur effet sur la décomposition de l’austénite. En effet, l’addition de très faibles quantités de bore comme élément d’alliage permet d’augmenter de manière remarquable la résistance mécanique des aciers à très haute résistance. Cet effet est lié à l’état du bore aux γGBs qui décale la cinétique de décomposition de l’austénite.Tout d’abord, la distribution du bore dans la microstructure a été identifiée de manière très précise à l’aide des analyses de la même zone par Nano-SIMS et par MEB. De plus, le couplage de la sonde atomique tomographique et du Nano-SIMS a apporté une meilleure quantification de l’état du bore dans la microstructure. Ces études ont été réalisées après différents traitements thermiques qui ont été conçus spécifiquement pour étudier séparément chaque mécanisme. L’ensemble de ces résultats permet d’écarter la contribution de la ségrégation hors équilibre et confirme la présence d’un équilibre local entre les γGBs et la solution solide dans leurs voisinages. Par conséquent, le niveau de ségrégation du bore aux γGBs est contrôlé par l’état de précipitation des borures qui définit la concentration du bore en solution solide.Par ailleurs, des mesures de DRX in situ et de dilatomètrie ont été effectuées afin de suivre les cinétiques de formation de la bainite. Les résultats montrent que la cinétique de formation de la bainite est retardée en augmentant la quantité de bore ségrégé, par contre l’augmentation de la taille de grain austénitique l’accélère. / The aim of this thesis is to lead to a better understanding of the mechanisms of boron segregation at austenite grain boundaries (γGB) and its effect on the austenite decomposition. Indeed, the small quantity of boron as alloying element remarkably improves the mechanical resistance of the advanced high strength steels. This effect is related to the boron state at γGBs, which delays the kinetics of austenite decomposition.The boron distribution in the microstructure was precisely identified thanks to the analyses of the same field by using correlative nano-SIMS and SEM. In addition, the coupling of APT and nano-SIMS provided a better quantification of the boron state in the microstructure. These studies were performed after different heat treatments, which were specifically designed to study separately each mechanism. The results excludes the contribution of non-equilibrium segregation mechanism on boron segregation at γGBs and confirm the local equilibrium between the γGBs and the solid solution at the γGBs vicinity. Consequently, the level of boron segregation at γGBs is controlled by boride precipitation, which controls the concentration of boron in solid solution.Measurements of in situ XRD and the dilatometry were performed in order to follow the kinetics of bainite formation. The specific heat treatments were applied before bainite formation in order to study the effect of boron segregated amount at γGBs and the austenite grain size. These results show that the kinetics of bainitic transformation is delayed by the increase of boron segregated amount. Whereas, the increasing of austenite grain size accelerates the kinetics of bainitic transformation.

Les usages politiques du passé de la Résistance sont au cœur de cette thèse. Cette recherche n’entend donc pas se centrer sur la Résistance au sens strict, mais sur les formes d’instrumentalisation de ce passé, au sein d’un groupe : le Parti Communiste Français. Parmi les passés choisis par le PCF, la Résistance occupe une place déterminante, en raison du réel engagement communiste dans l’armée des ombres, ainsi qu’en raison du brevet de patriotisme qu’elle offrait à une formation créditée d’une fidélité aveugle à Moscou. La participation des communistes à l’épopée résistante leur a permis de reconquérir de la crédibilité et de consolider leur position dans un espace public où ils risquaient d’être disqualifiés en raison des positions adoptées par le parti en 1939-1941. La pluralité des significations attachées à ce passé et la fluidité des interprétations attribuées ont permis l’adaptation à la réalité dans laquelle agissaient les communistes. Ainsi, il a été possible de répondre aux objectifs divers que s’assignait le PCF. La période étudiée s’ouvre en 1944, avec la libération d’une grande partie du territoire français, même si la guerre n’est alors pas finie. L’étude s’achève avec l’année 1974, date significative que signale le XXXème anniversaire de la Libération dans le contexte national de la fin des Trente Glorieuses. / The political exploitation of its involvement in the resistance movement is the subject of this thesis. The objective of this study is not the Resistance per se but how it was used for political purposes by the French Communist Party. The Resistance is an essential period for the FCP not only because of its real involvement in the Resistance movement but also because this involvement was used to hide its blind alliance to Moscow. The involvement of the FCP in the Resistance allowed it to regain credibility and to strengthen its position in despite the errors committed between 1939 and 1941. The multiple interpretations and exploitations of its involvement in the Resistance were adapted by the party according to its political objectives and needs in any given moment. The historical period of this research begin in 1944 with the Liberation and ends in 1974, the 30th Anniversary of this date.

L’acrodysostose est une chondrodysplasie associant une petite taille et des anomalies des extrémités et de la face. Les mécanismes moléculaires sous-jacents ont récemment été identifiés, et deux types d’acrodysostose sont individualisés : 1) l’acrodysostose avec résistance hormonale (acroR1a), en lien avec des mutations du gène PRKAR1A, codant pour une sous-unité régulatrice de la PKA et 2) l’acrodysostose « sans » résistance hormonale (acroPDE), en lien avec des mutations du gène PDE4D, codant pour la phosphodiestérase 4D. Dans les deux cas, il existe une altération de la voie de signalisation de l’AMPc entraînant une résistance au PTHrp à l’origine du phénotype osseux des patients, similaire à celui observé dans la PHP 1a due à des mutations inactivatrices du gène GNAS, codant pour la protéine Gsα. Je me suis intéressée dans ce travail aux mécanismes cellulaires à l’origine du phénotype de l’acroPDE et pouvant expliquer ses différences phénotypiques avec l’acroR1a et la PHP1a. Ces trois pathologies offrent un outil précieux pour l’étude de la voie de signalisation des RCPG puisqu’elles sont toutes dues à un défaut génétique altérant cette voie, mais s’exprimant cliniquement de façon différente bien que proche, notamment en ce qui concerne les résistances hormonales autres que celle du PTHrp dans les chondrocytes. Dans la première partie, afin de mettre en évidence une spécificité tissulaire pouvant expliquer les différences d’expression phénotypique de ces mutations, j’ai utilisé deux modèles cellulaires humains, des fibroblastes et la lignée HEK293, et observé les effets de l’inhibition sélective de la PDE4 par du rolipram à différentes étapes de la voie de signalisation, après stimulation par deux agonistes, la PTH et la PGE2. Les résultats indiquent que l’impact du rolipram est d’autant plus important que la stimulation par l’agoniste est faible. La modulation du signal par la PDE4 dépend donc à la fois du type cellulaire et de l’intensité initiale du stimulus par l’agoniste. Dans la seconde partie, pour comparer plus directement l’effet des mutations de ces trois gènes au niveau cellulaire, j’ai réalisé une étude détaillée du phénotype des fibroblastes de témoins et de patients atteints de PHP1a, d’acroR1a et d’acroPDE, à différentes étapes de la voie de signalisation, après stimulation par la PTH et la PGE2, et en présence ou non d’inhibiteur des PDE. Il n’existe pas de différence significative dans l’expression des transcrits ou la traduction des protéines impliquées dans la voie de signalisation dans les différents groupes de fibroblastes. En revanche, l’effet de l’inhibition des PDE4 sur la quantité d’AMPc intracellulaire est plus important dans les fibroblastes mutés PDE4D, allant dans le sens de mutations activatrices. Nous n’avons pas pu mettre en évidence de différence significative dans la phosphorylation de CREB dans ce modèle. Et enfin, dans la 3ème partie, je présente la mise au point d’une technique de BRET permettant l’étude fonctionnelle des différentes mutations de PDE4D connues pour être responsables d’acroPDE. Les résultats sont en faveur d’un caractère activateur des mutations de PDE4D à l’origine d’une dégradation plus rapide d’AMPc aboutissant à une diminution de l’activité PKA. En conclusion, ces résultats concordent à montrer que les mutations de PDE4D sont activatrices, augmentant ainsi la dégradation de l’AMPc ce qui serait à l’origine des résistances hormonales. Ce phénomène est d’autant plus important dans les situations où l’augmentation d’AMPc est modeste, expliquant probablement l’absence de résistance hormonale dans certains tissus. Bien sûr, ces résultats sont à pondérer par le fait qu’il existe de nombreuses autres phosphodiestérases pouvant compenser ces phénomènes, qu’il existe une troisième voie d’utilisation de l’AMPc (Epac), et qu’il faudrait poursuivre les investigations notamment en étudiant les phénomènes de compartimentalisation de la cellule pour élucider ces mécanismes. / No abstract

La diffusion des bactéries multirésistantes aux antibiotiques associée à une diminution du nombre de nouveaux antibiotiques représente un véritable enjeu de santé publique. De nos jours, un vieil antibiotique, la colistine, connait un récent regain d’intérêt, constituant parfois la seule alternative thérapeutique. La colistine est, alors, qualifiée d’antibiotique de « dernier recours ». Cependant, il a été constaté l’apparition de souches résistantes à la colistine. L’objectif principal de ce travail de thèse a été d’étudier le(s) mécanisme(s) de résistance à la colistine chez K. pneumoniae. Afin de mener à bien notre projet, nous nous sommes intéressés à deux aspects de la problématique. Dans un premier temps, nous avons cherché à mieux comprendre ce mécanisme, en associant une étude génotypique à une étude phénotypique. Et dans un second temps, nous avons cherché des alternatives thérapeutiques, en évaluant différentes associations antibiotiques / The global spread of multidrug-resistant Gram-negative bacteria associated with a decrease in the number of new antibiotic therapies is a major public health issue. Colistin is often referred to as the "last-resort" antibiotic, used as the only therapeutic alternative for MDR Gram-negative bacteria infection, which explains the current renewal of interest in this antimicrobial agent. However, the appearance of colistin-resistant bacterial strains has been already observed. The main objective of this PhD work was to study the colistin resistance mechanism (s) in K. pneumoniae by looking at two aspects of the problem. Firstly, we sought to better understand this mechanism, associating a genotypic study with a phenotypic study. Next, we looked for therapeutic alternatives, by evaluating different antibiotic combinations

Dans ce travail, nous avons voulu apporter notre contribution dans le domaine de la recherche sur les poux humains, afin d’en savoir plus sur l’origine et la phylogéographie des clades, les pathogènes qui leurs sont associés et comprendre les mécanismes impliqués dans la résistance à l’ivermectine. Nous avons obtenu des résultats concrets dans chacune des thématiques abordées. En effet, nous avons (i) pour la première fois rapporté la présence de clade B au Moyen-Orient datant de plus de 2000 ans, supportant une origine asiatique pour ce clade, (ii) mis en évidence l'existence d'un nouveau clade mitochondrial (Clade F), (iii) mis en place une nouvelle technique de PCR en temps réel pour l’identification moléculaire rapide des clades de poux, (iv) mis en évidence chez des poux de tête la présence de l’ADN de plusieurs bactéries, dont plusieurs bactéries qui ne sont pas habituellement vectorisées par les poux telles que Coxiella burnetii, Rickettsia aeschlimannii et de potentielles nouvelles espèces de genre Anaplasma et Ehrlichia ont été détectées pour la première fois chez les poux. Enfin, nous rapportons des données nouvelles sur la résistance des poux à l’ivermectine : (v) en mettant en évidence la présence de trois mutations non-synonymes au niveau de GluCl des poux cliniquement résistants à l’ivermectine, (vi) et en démontrant, pour la première fois, chez une population de poux de laboratoire résistante à l’ivermectine qu’une répression significative de la complexine est à l’origine de la résistance. Cette découverte représente la première évidence liant la complexine à la résistance aux insecticides. / In this thesis, we are interested in studying human lice and we aimed to learn more about the origin and phylogeography of clades, lice-borne associated pathogens and to investigate potential mechanisms underlying resistance to ivermectin in lice. We obtained concrete results that have led to scientific publications. Indeed, (i) we reported for the first time the existence of the clade B in the Middle East, dating approximately to 2,000 years old, supporting an Asian origin for this clade, (ii) we highlighted the existence of a sixth mitochondrial clade (Clade F), (iii) we developed a new qPCR for a quick molecular identification of all the known clades of lice, (iv) we identified the presence of the DNA of several bacterial pathogens in head lice, among which several bacteria are not usually associated with lice, such as Coxiella burnetii, Rickettsia aeschlimannii, Borrelia theileri and potential new species from the Anaplasma and Ehrlichia. We finally, investigated mechanisms underlying resistance to ivermectin in lice: (v) we have identified, for the first time, the occurrence of three non-synonymous mutations in GluCl gene in clinically confirmed ivermectin resistant head lice, (vi) and we have identified the involvement of neuronal protein, a complexin, in laboratory ivermectin-selected resistant lice. This finding represents the first evidence linking complexin to insecticide resistance.

Il s’agit d’analyser un schéma complexe qui ne peut pas être la relation de deux univers diamétralement antithétique, déjà dans les faits, mais aussi dans les idées, entre une gendarmerie vouée à l’Etat, la collaboration, l’ordre ou la loi et des maquis prolongement d’une Nation, de résistances, du désordre, de hors-la-loi. Ce doctorat veut comprendre comment les mondes de l’ordre conventionnel et du désordre coexistent, à l’intérieur d’un même milieu, voire d’un même lieu. Les interactions avec la population rurale sont alors au cœur de notre réflexion. / It is about analysing a complex scheme of interactions that cannot be reduced to the relation between two opposed worlds, the opposition in actions and ideas between the collaborating, state devoted, law abiding and the resistants, the hand of a Nation, the outlaws. That is to say the doctorate is trying to find out how legal order and disorder coexisted within the same milieu sometimes even in the same place. Our reflexion is centred on the social interaction with the rural population.

Les buts de cette thèse étaient de définir les déterminants de la santé osseuse chez les jeunes femmes en surpoids et obèses et d'explorer les effets de deux programmes longitudinaux d'entraînement physique (force vs. endurance) sur les paramètres osseux chez les jeunes femmes en surpoids et obèses. Deux études préliminaires et six études principales ont été menées. La première étude préliminaire a montré que la VO2 max (L/mn) est un déterminant positif de la masse osseuse chez les enfants en surpoids. La deuxième étude préliminaire a démontré que l'IMC est un déterminant négatif du CSI, du BSI et de l'ISI chez les jeunes femmes. La première étude principale a montré que l'obésité est associée à de faibles valeurs de CSI, de BSI et d'ISI chez les jeunes femmes. La deuxième étude principale a montré que la VO2 max (ml/mn/kg) est positivement corrélée au CSI et à l'ISI chez les jeunes femmes. La troisième et la quatrième étude ont montré que la surcharge pondérale est associée à une augmentation du CMO et de la DMO mais pas du TBS et que le TBS est corrélé positivement à la VO2 max (L/mn). La cinquième étude principale chez 68 jeunes femmes en surpoids et obèses a montré que la détente verticale, la VO2 max (L/mn), la puissance maximale (watts) et la force maximale en demi-squat sont positivement corrélées aux paramètres osseux chez les jeunes femmes en surpoids et obèses. La sixième étude principale a montré que les deux types d'entrainement physique (force et endurance) sont efficaces pour augmenter le CMO CE et la DMO lombaire et diminuer le poids et la masse grasse. L'entrainement de force était aussi efficace pour l'augmentation du TBS et les indices de résistance osseuse du col fémoral (CSI, BSI et ISI). / The aims of this thesis were to define the determinants of bone health in young overweight and obese men and to explore the effects of two physical training programs (strength vs. endurance) on bone parameters in young overweight and obese women. Two preliminary studies and six main studies have been conducted. The first preliminary study has shown that VO2 max (L/mn) is a positive determinant of bone mass in overweight children. The second preliminary study has shown that BMI is a negative determinant of CSI, BSI and ISI in young women. The first main study has shown that obesity is associated with lower CSI, BSI and ISI values in young women. The second main study has shown that VO2 max (L/mn) is positively correlated to CSI and ISI in young women. The third and the fourth study have shown that being overweight is associated with higher BMC and BMD values but not with TBS values and that TBS is positively associated with VO2 max (L/mn). The fifth main study conducted on 68 young overweight and obese women has shown that vertical jump, VO2 max (L/min), maximal power (watts) and 1-RM half-squat are positively correlated with bone parameters in overweight and obese adult women. The sixth main study has shown that the two training programs (strength and endurance) are effective to increase whole body BMC and lumbar spine BMD, and to decrease body weight and fat mass. Strength training was also effective to increase TBS and composite indices of femoral neck strength (CSI, BSI and ISI)

A l’ère de l’objectif cible « 90-90-90 » de l’ONUSIDA de réduction de la pandémie liée à HIV, il est important d’évaluer régulièrement la cascade de prise en charge des personnes vivant avec le virus HIV afin d’en vérifier l’avancement et d’identifier d’éventuels obstacles à sa réalisation. Pour cela nous avons étudié tout d’abord efficacité du traitement antirétroviral (TAR) dans le sang de personnes nouvellement dépistées séropositives à Bamako (Mali). Dans un deuxième travail nous avons évalué la faisabilité des tests de charge virale et de résistance génotypique aux antirétroviraux à partir de sang total séché sur un support de type buvard (DBS). La troisième partie de nos travaux était consacrée à des aspects plus physiopathologiques avec l’évaluation du traitement sur les réservoirs salivaires et génitaux (patients de Bamako) et sur le microbiote vaginal, ainsi que l’étude du profil de résistance des souches archivées dans l’ADN cellulaire de biopsies rectales. Nous avons tout d’abord observé un taux important de perdus de vue à un an dans la cohorte de Bamako (environ 45%). Nous avons également constaté un taux élevé de résistance primaire aux ARV à Bamako et au Tchad (>15%). De manière rassurante, le succès virologique au bout de 1 an chez les personnes traitées était d’environ 90% ce qui correspond à l’objectif de l’ONUSIDA (3ème 90) et un faible niveau de mutations acquises a été observé chez ces personnes adhérentes au traitement. Nous avons démontré l’efficacité du TAR sur le compartiment salivaire et constaté une compartimentation du virus au niveau cervico-vaginal chez certaines femmes traitées (27%) présentant une excrétion virale au niveau vaginal avec une charge virale plasmatique indétectable et/ou des séquences génétiques différentes sur le gène pol entre le virus isolé dans la muqueuse et celui provenant du sang. De plus, une dysbiose était observée avant la mise sous traitement, avec normalisation de la flore sous TAR efficace. En ce qui concerne le travail sur les biopsies rectales, des profils similaires ont été observés entre la souche plasmatique majoritaire au moment de la mise sous TAR et celle archivée dans le rectum 1 à 5 ans après traitement. En conclusion, nos travaux apportent des informations nouvelles sur le déroulement des différentes étapes de la prise en charge de l’infection par HIV dans les pays en développement : tout d’abord une faible adhésion au traitement ce qui peut constituer un obstacle majeur à la réalisation du plan 90/90/90 ; une forte prévalence de la résistance primaire qui plaident en faveur de l’accessibilité aux différentes classes d’antirétroviraux et de leur utilisation rationnelle, de l’utilisation généralisée en routine des tests de charge virale et du développement d’un réseau de surveillance de la résistance aux ARV dans les pays à ressources limitées ; des données d’efficacité de traitement sur les réservoirs muqueux mettant en évidence l’existence d’une dysbiose et d’une compartimentation du virus au niveau génital ce qui pose le problème du risque résiduel de transmission chez certaines personnes, même sous ARV. / Regularly assess to UNAIDS cascade 90-90-90 is important to check the progress and identify any obstacles to its implementation. For this we first studied efficacy of antiretroviral treatment (ART) in the blood of newly diagnosed HIV-positive in Bamako (Mali).In a second work we evaluated the feasibility of viral load and genotypic resistance tests from dried blood spot (DBS). The third part of our work is dedicated to pathophysiological aspects with evaluation of treatment on salivary and genital reservoirs (Bamako patients) and on the vaginal microbiota, as well as the study of the resistance profile of the strains archived in cellular DNA of rectal biopsies. We observed a high rate of lost to follow-up at one year in the Bamako cohort (45%). We also found a high rate of ART primary resistance in Bamako and Chad (> 15%). Reassuringly, the virological success after 1 year of treated follow was about 90% in these adherents. We also demonstrated the efficacy of ART in the salivary compartment and found a compartmentalization of the virus at the cervico-vaginal level in some women under ART. In addition, a dysbiosis was observed before ART, and a normal flora under effective ART. Similar profiles were observed on the main strain isolated in blood at the time of diagnosis and on the archived strain in the rectum after 1 to 5 years of ART.In conclusion, our work provides new information on the progress of the treatment stages of HIV infection in developing countries: low adherence to treatment which can constitute a major obstacle to achieve the plan 90/90/90; a high prevalence of primary resistance advocating accessibility and rational use of different classes of antiretrovirals drugs, widespread routine use of viral load tests and the development of ARVs resistance surveillance network in resource-limited countries; treatment efficacy data on mucosal reservoirs revealing the existence of genital dysbiosis and viral compartmentalization, which raises the problem of the residual risk of transmission in some people, even under ARVs.