Les buts de cette thèse étaient de définir les déterminants de la santé osseuse chez les jeunes femmes en surpoids et obèses et d'explorer les effets de deux programmes longitudinaux d'entraînement physique (force vs. endurance) sur les paramètres osseux chez les jeunes femmes en surpoids et obèses. Deux études préliminaires et six études principales ont été menées. La première étude préliminaire a montré que la VO2 max (L/mn) est un déterminant positif de la masse osseuse chez les enfants en surpoids. La deuxième étude préliminaire a démontré que l'IMC est un déterminant négatif du CSI, du BSI et de l'ISI chez les jeunes femmes. La première étude principale a montré que l'obésité est associée à de faibles valeurs de CSI, de BSI et d'ISI chez les jeunes femmes. La deuxième étude principale a montré que la VO2 max (ml/mn/kg) est positivement corrélée au CSI et à l'ISI chez les jeunes femmes. La troisième et la quatrième étude ont montré que la surcharge pondérale est associée à une augmentation du CMO et de la DMO mais pas du TBS et que le TBS est corrélé positivement à la VO2 max (L/mn). La cinquième étude principale chez 68 jeunes femmes en surpoids et obèses a montré que la détente verticale, la VO2 max (L/mn), la puissance maximale (watts) et la force maximale en demi-squat sont positivement corrélées aux paramètres osseux chez les jeunes femmes en surpoids et obèses. La sixième étude principale a montré que les deux types d'entrainement physique (force et endurance) sont efficaces pour augmenter le CMO CE et la DMO lombaire et diminuer le poids et la masse grasse. L'entrainement de force était aussi efficace pour l'augmentation du TBS et les indices de résistance osseuse du col fémoral (CSI, BSI et ISI). / The aims of this thesis were to define the determinants of bone health in young overweight and obese men and to explore the effects of two physical training programs (strength vs. endurance) on bone parameters in young overweight and obese women. Two preliminary studies and six main studies have been conducted. The first preliminary study has shown that VO2 max (L/mn) is a positive determinant of bone mass in overweight children. The second preliminary study has shown that BMI is a negative determinant of CSI, BSI and ISI in young women. The first main study has shown that obesity is associated with lower CSI, BSI and ISI values in young women. The second main study has shown that VO2 max (L/mn) is positively correlated to CSI and ISI in young women. The third and the fourth study have shown that being overweight is associated with higher BMC and BMD values but not with TBS values and that TBS is positively associated with VO2 max (L/mn). The fifth main study conducted on 68 young overweight and obese women has shown that vertical jump, VO2 max (L/min), maximal power (watts) and 1-RM half-squat are positively correlated with bone parameters in overweight and obese adult women. The sixth main study has shown that the two training programs (strength and endurance) are effective to increase whole body BMC and lumbar spine BMD, and to decrease body weight and fat mass. Strength training was also effective to increase TBS and composite indices of femoral neck strength (CSI, BSI and ISI)

A l’ère de l’objectif cible « 90-90-90 » de l’ONUSIDA de réduction de la pandémie liée à HIV, il est important d’évaluer régulièrement la cascade de prise en charge des personnes vivant avec le virus HIV afin d’en vérifier l’avancement et d’identifier d’éventuels obstacles à sa réalisation. Pour cela nous avons étudié tout d’abord efficacité du traitement antirétroviral (TAR) dans le sang de personnes nouvellement dépistées séropositives à Bamako (Mali). Dans un deuxième travail nous avons évalué la faisabilité des tests de charge virale et de résistance génotypique aux antirétroviraux à partir de sang total séché sur un support de type buvard (DBS). La troisième partie de nos travaux était consacrée à des aspects plus physiopathologiques avec l’évaluation du traitement sur les réservoirs salivaires et génitaux (patients de Bamako) et sur le microbiote vaginal, ainsi que l’étude du profil de résistance des souches archivées dans l’ADN cellulaire de biopsies rectales. Nous avons tout d’abord observé un taux important de perdus de vue à un an dans la cohorte de Bamako (environ 45%). Nous avons également constaté un taux élevé de résistance primaire aux ARV à Bamako et au Tchad (>15%). De manière rassurante, le succès virologique au bout de 1 an chez les personnes traitées était d’environ 90% ce qui correspond à l’objectif de l’ONUSIDA (3ème 90) et un faible niveau de mutations acquises a été observé chez ces personnes adhérentes au traitement. Nous avons démontré l’efficacité du TAR sur le compartiment salivaire et constaté une compartimentation du virus au niveau cervico-vaginal chez certaines femmes traitées (27%) présentant une excrétion virale au niveau vaginal avec une charge virale plasmatique indétectable et/ou des séquences génétiques différentes sur le gène pol entre le virus isolé dans la muqueuse et celui provenant du sang. De plus, une dysbiose était observée avant la mise sous traitement, avec normalisation de la flore sous TAR efficace. En ce qui concerne le travail sur les biopsies rectales, des profils similaires ont été observés entre la souche plasmatique majoritaire au moment de la mise sous TAR et celle archivée dans le rectum 1 à 5 ans après traitement. En conclusion, nos travaux apportent des informations nouvelles sur le déroulement des différentes étapes de la prise en charge de l’infection par HIV dans les pays en développement : tout d’abord une faible adhésion au traitement ce qui peut constituer un obstacle majeur à la réalisation du plan 90/90/90 ; une forte prévalence de la résistance primaire qui plaident en faveur de l’accessibilité aux différentes classes d’antirétroviraux et de leur utilisation rationnelle, de l’utilisation généralisée en routine des tests de charge virale et du développement d’un réseau de surveillance de la résistance aux ARV dans les pays à ressources limitées ; des données d’efficacité de traitement sur les réservoirs muqueux mettant en évidence l’existence d’une dysbiose et d’une compartimentation du virus au niveau génital ce qui pose le problème du risque résiduel de transmission chez certaines personnes, même sous ARV. / Regularly assess to UNAIDS cascade 90-90-90 is important to check the progress and identify any obstacles to its implementation. For this we first studied efficacy of antiretroviral treatment (ART) in the blood of newly diagnosed HIV-positive in Bamako (Mali).In a second work we evaluated the feasibility of viral load and genotypic resistance tests from dried blood spot (DBS). The third part of our work is dedicated to pathophysiological aspects with evaluation of treatment on salivary and genital reservoirs (Bamako patients) and on the vaginal microbiota, as well as the study of the resistance profile of the strains archived in cellular DNA of rectal biopsies. We observed a high rate of lost to follow-up at one year in the Bamako cohort (45%). We also found a high rate of ART primary resistance in Bamako and Chad (> 15%). Reassuringly, the virological success after 1 year of treated follow was about 90% in these adherents. We also demonstrated the efficacy of ART in the salivary compartment and found a compartmentalization of the virus at the cervico-vaginal level in some women under ART. In addition, a dysbiosis was observed before ART, and a normal flora under effective ART. Similar profiles were observed on the main strain isolated in blood at the time of diagnosis and on the archived strain in the rectum after 1 to 5 years of ART.In conclusion, our work provides new information on the progress of the treatment stages of HIV infection in developing countries: low adherence to treatment which can constitute a major obstacle to achieve the plan 90/90/90; a high prevalence of primary resistance advocating accessibility and rational use of different classes of antiretrovirals drugs, widespread routine use of viral load tests and the development of ARVs resistance surveillance network in resource-limited countries; treatment efficacy data on mucosal reservoirs revealing the existence of genital dysbiosis and viral compartmentalization, which raises the problem of the residual risk of transmission in some people, even under ARVs.

L’africanité des cultures caribéennes se résume-t-elle à de lointaines survivances, ou constitue-t-elle le fondement de ces cultures ? La littérature, miroir des peuples, peinture des cultures, et expression artistique, permet de percevoir la continuité culturelle et littéraire, entre le continent africain et sa diaspora caribéenne. La confrontation de romans, caribéens francophones et anglophones d’une part, africains de l’Afrique subsaharienne et de l’Afrique centrale d’autre part, révèle des traits culturels communs et des topoï littéraires d’une zone à l’autre : traumatismes coloniaux, protection et adaptation de l’héritage ancestral, valeurs spirituelles communes, problématiques linguistiques, peinture des luttes de résistance aux premiers rangs desquelles se retrouve l’écrivain lui-même. Cette étude comparatiste, qui puise parfois dans l’oraliture caribéenne et africaine, comme dans la littérature caribéenne hispanophone, invite à percevoir les expressions culturelles afro-caribéennes comme un prolongement des expressions culturelles africaines, offrant ainsi un plus large panorama du monde littéraire et culturel noir. De 1921 aux années 2000, l’analyse prend en compte les changements qu’ont connus les littératures africaines, caribéennes et les sociétés qu’elles représentent. Ces mutations ont-elles définitivement brisé l’ensemble civilisationnel africain, ont-elles rompu les liens culturels entre l’Afrique et les Amériques ? La lecture des romans du corpus présente un tableau, au contraire, homogène et cohérent des expressions culturelles et littéraires d’Afrique et de sa diaspora caribéenne, replaçant ainsi l’Afrique au centre de la culture caribéenne. / Can the africanity of caribbean cultures come down to distant survivals, or constitute the foundation of these cultures ? Literature, as a mirror of peoples, as a painting of cultures, as art, allows to perceive the cultural and literary continuity between the african continent and its caribbean diaspora. The comparison of english-speaking and french-speaking novels from the Caribbean and from West Africa and Central Africa shows common cultural features and literary topoi from one area to the other : colonial trauma, protection and adaptation of ancestral legacy, common spiritual values, linguistic problematics, paintings of resistance struggles in which the writer himself is in the frontline. This comparative study, which sometimes draws from caribbean and african oral literature, as from caribbean spanish-speaking literature, suggests that one should view the afro-caribbean cultural expressions as an extension of african cultural expressions, offering in this way a large panorama of the cultural and literary black world. From 1921 to the early years 2000, this analysis takes into account the changes of african and caribbean literatures and the societies they represent. Have the changes definitively broken the african civilizational unity, the cultural links between Africa and the Americas ? On the contrary, the reading of the novels of the corpus shows an homogeneous and coherent picture of cultural and literary expressions of Africa and its caribbean diaspora, so doing putting Africa back into the center of caribbean culture.

La politique dans trois pièces d´Hélène Cixous : L’Histoire (qu’on ne connaîtra jamais) (1994) ; L’Histoire terrible mais inachevée de Norodom Sihanouk, roi de Cambodge (1985) et La Ville parjure ou le réveil des Erinyes (1994). L´objectif est de mettre les pièces dans leur contexte historique, contemporain, politique et philosophique. Leur forme d’intervention est étudiée tout autant que la littérature, les archives, la théorie et le contexte qui les informent. Les questions plus générales de la dimension politique dans l’esthétique et les interventions du littéraire sur le champ politique ou idéologique sont aussi au centre de l´analyse. La lecture vise plus particulièrement à identifier les sources et les réalités sur lesquelles les pièces s’appuient (la crise politique et démocratique ; le colonialisme et l´impérialisme occidentaux ; la géopolitique et les guerres civiles et fratricides, tout comme les résistances à ces situations ou événements politiques/historiques) mais aussi les positions prises à leur égard ainsi que les enjeux décisifs qu’elles dégagent. La thèse est composée de deux parties : "La scène du Livre" et "La scène de l’Histoire". La première comporte un parti pris méthodologique ; elle s´ouvre sur une mise en perspective théorique et propose dans un deuxième chapitre l’analyse de L’Histoire (qu’on ne connaîtra jamais) en tant que mise en abyme de l´écriture théâtrale et de la fonction du poète face à l’Histoire. Dans la deuxième partie, l’accent est mis sur l’histoire et la politique contemporaines ainsi que sur les questions de pouvoir, de violence, de territorialité, de démocratie et de justice auxquelles L’Histoire terrible et La Ville parjure cherchent à répondre. L´étude met en évidence deux devoirs qui sous-tendent l´écriture théâtrale d´Hélène Cixous : d’une part, celui de la responsabilité devant la mémoire et, de l´autre, celui de la résistance critique à tout pouvoir injuste. / The thesis explores the role of history, memory, responsibility, and politics in three plays by Hélène Cixous: The History (We Will Never Know) (1994), The Terrible but Unfinished Story of Norodom Sihanouk, King of Cambodia (1985) and the Perjured City or the Awakening of the Erinyes (1994). The purpose is to put the plays in their philosophical and political contexts and to engage the questions they raise from literary, archival, and theoretical perspectives. The broader political and ideological dimensions of Cixous’s aesthetic and literary writing are also central to the analysis. The thesis specifically examines the historical and contemporary issues addressed in the plays, such as the crisis of the political order and democracy; colonial and imperial practices; the linkages between geopolitics, civil wars and genocides; and the various forms of individual and collective resistance to power. In addition, it analyzes the discourses and subject positions staked out by the participants in the narratives the plays describe. The thesis is divided into two parts: The first one, entitled "The Scene of the Book", opens with a methodological and theoretical chapter followed by an analysis of The History (We Will Never Know), with emphasis on the mise en abyme of the process of writing and the relationship between the poet and history. In the second part, "The Scene of History", the focus is on contemporary history and politics, using The Terrible but Unfinished Story of Norodom Sihanouk and the Perjured City as case studies, addressing issues of power, violence, territoriality, democracy and justice. The thesis stresses the dual obligation, underpinning the theatrical writings of Hélène Cixous: the responsibility toward memory and the duty to resist unjust power in all its forms.

La résistance bactérienne est une menace mondiale clairement établie. Les chercheurs se rassemblent afin de trouver de nouvelles solutions et des alternatives aux antibiotiques. Une des causes principales de cette menace est l’utilisation massive des antibiotiques. Il faut cesser d’avoir un recours déraisonné à leur usage. Au sein d’une population vieillissante, ce sont les personnes les plus vulnérables qui en payent le prix. Nous avons utilisé les outils de modélisation pour mieux comprendre les causes engendrant ce fléau. L'objectif de ce travail est de construire des modèles pharmacocinétique de population chez la personne âgée pour la vancomycine et la teicoplanine. À partir des modèles validés en amont ou bien issus de la littérature, des simulations ont été respectivement réalisées pour les glycopeptides et la ciprofloxacine dans le cas d’infections à Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline et à Pseudomonas aeruginosa. Elles ont permis de mettre en évidence que lorsque la concentration minimale inhibitrice (CMI) de la bactérie incriminée était proche de la valeur critique de sensibilité, les doses à administrer pour être efficace doivent être augmentées par rapport aux recommandations actuelles. Quant à la prévention de l’émergence de la résistance bactérienne, dans le cas de la ciprofloxacine et de la teicoplanine, les doses à administrer sont telles que la toxicité est inévitable. Les analyses faites aux moyens des simulations de Monte Carlo sur les antibiotiques étudiés ont permis de mieux comprendre les déterminants de la minimisation de l’émergence de la résistance bactérienne à savoir obtenir dans les plus brefs délais la CMI exacte de la bactérie en cause ainsi qu’une estimation des paramètres individuels du patient / Bacterial resistance is a clearly established global threat. Researchers are coming together to find new solutions and alternatives to antibiotics. One of the main causes is the massive use of antibiotics. The unreasonable recourse of their use must be stopped. The population is aging, so it is the most vulnerable people who pay the price. We have used modeling tools to better understand the causes of this scourge. The goal of this work is to construct population pharmacokinetic models in the elderly for vancomycin and teicoplanin. From models validated upstream or from the literature, simulations have been performed for glycopeptides and ciprofloxacin for methicillin-resistant Staphylococcus aureus and Pseudomonas aeruginosa infections, respectively. They showed that when the minimal inhibitory concentration (MIC) of the incriminated bacterium was close to the critical value of sensitivity, the doses to be administered in order to be effective have to be increased compared to current recommendations. As for the prevention of the emergence of bacterial resistance, in the case of ciprofloxacin and teicoplanin, the doses to be administered are so high that toxicity is unavoidable. Analyses using Monte Carlo simulations on the antibiotics studied provided a better understanding of the determinants of minimizing the emergence of bacterial resistance to obtain as quickly as possible the exact MIC of the bacteria and an estimation of individual patient parameters

Les légumineuses font parties des familles les plus cultivées à la fois pour l'alimentation humaine et pour l'alimentation animale. Une des maladies principales de la luzerne (Medicago sativa), plante fourragère la plus cultivée au monde, est la verticilliose causée par Verticillium alfalfae, un champignon du sol. Sans traitements phytosanitaires efficaces et pratiques pour les maladies causées par des pathogènes du sol, la protection des cultures passe par la sélection de variétés résistantes. Dans cette thèse, la légumineuse modèle Medicago truncatula a été utilisée afin d'identifier des gènes candidats à la résistance quantitative à Verticillium alfalfae V31-2 (Va V31-2). La première étape de ces travaux a révélé des sources de résistance à la souche Va V31-2 au sein de l'espèce M. truncatula. Pour cela, 261 lignées (dont 246 accessions issues du projet MtHapMap) ont été inoculées et le développement de flétrissements foliaires a été suivi pendant quatre semaines, suivi d'un réisolement du pathogène à partir des parties aériennes. Ces analyses ont révélé une grande biodiversité de réponse à la verticilliose au sein de l'espèce Medicago truncatula, avec une variabilité inter et intra-populations. Dans une seconde partie, des QTL pour la résistance partielle à la verticilliose ont été identifiés par génétique d'association (GWAS) permettant la découverte de nouveaux QTL de résistance à Va V31-2 et la confirmation de la présence d'un QTL majeur sur le chromosome 7 précédemment décrit. Selon les phénotypes de maladie utilisés pour l'étude de GWAS, les QTL détectés sont différents, ce qui suggère des contrôles génétiques différents pour l'évolution des symptômes de maladie et la colonisation des parties aériennes par Va V31-2. Une seconde analyse de GWAS menée sur 90 accessions de la population tunisienne Soliman a révélé des gènes candidats différents de ceux identifiés à partir de la collection MtHapmap, suggérant une possible adaptation locale. La validation fonctionnelle de gènes candidats pour la résistance partielle a été entamée, en privilégiant ceux situés sur le chromosome 7, à la convergence de différentes études génétiques. La mise en place d'un système d'inoculation in vitro de racines transgéniques a permis de révéler le rôle du gène Medtr7g070480 codant pour une protéine SEC14 dans la résistance à Va V31-2. L'extinction de l'expression de ce gène par microARN artificiel dans le génotype A17 (résistant) et F83005.5 (sensible) diminue la colonisation des racines par Va V31-2, alors que sa surexpression augmente la colonisation chez A17 : il s'agirait donc d'un gène de sensibilité. L'unique polymorphisme génétique entraînant une substitution non synonyme entre A17 et F83005.5 explique 18,5% de la variation du niveau de résistance observée au sein des 246 accessions MtHapmap. L'étude de l'expression racinaire du gène MtSEC14 24 heures après inoculation par Va V31-2 dans un panel de 14 accessions sensibles et résistantes n'a pas montré de différences significatives entre ces deux types d'accessions. En parallèle, des gènes orthologues aux gènes candidats à la résistance à V. alfalfae ont été identifiés chez d'autres plantes modèles (Lotus japonicus, Arabidopsis thaliana, Nicotiana sp.), puis la pathogénicité de Va V31-2 a été testée chez ces espèces en vue de leur éventuelle utilisation pour valider le rôle de ces gènes. Un unique orthologue à MtSEC14 a également été identifié chez Medicago sativa. Grâce à la synténie entre M. truncatula et M. sativa, nos travaux pourront très probablement être transférés à la luzerne cultivée. A notre connaissance, ces travaux mettent en évidence pour la première fois le rôle d'un gène de sensibilité dans une résistance partielle à un micro-organisme chez les Légumineuses. / Pathogens, animals and weeds are responsible for losses ranging from 20% to 40% of global agricultural yield. Legumes are the second most grown crops after cereals as human and animal food, and their yield is also affected by pathogens. Verticillium alfalfae is a soil-borne pathogen causing high yield losses in alfalfa fields (Medicago sativa), the most worldwide legume forage crop grown. To date, there is no chemical control and crop breeding is the best way to protect alfalfa against V. alfalfae. However, Medicago sativa has a complex genome (allogamous and tetraploid), therefore in this work the model legume Medicago truncatula (diploid and self-fertile) was used to investigate genetic mechanisms involved in V. alfalfae V31-2 (Va V31-2) resistance. First, several sources of resistance were identified in M. truncatula biodiversity by assessing disease symptoms development in 261 lines from the Mediterranean basin inoculated by V. alfalfae V31-2. Reisolation of V. alfalfae V31-2 in M. truncatula stems was also led. These analyses revealed a great biodiversity of M. truncatula response towards Va V31-2. A genome wide association study (GWAS) on various disease phenotypes pinpointed several quantitative trait loci (QTL): one of them colocalized with a previous major QTL on chromosome 7 detected on LR4 and LR5 RILs populations. Both phenotypic and genetic analyses thus suggest the occurrence of different resistance mechanisms in M. truncatula populations towards V. alfalfae. Resistant candidate genes towards Va V31-2 were also identified by GWAS using 90 accessions of M. truncatula Soliman Tunisian population. These candidate genes are different from the pinpointed candidate gene of our previous GWAS analysis. These results might underline a local adaptation towards Verticillium. Consistencies between GWAS results with previous QTL and transcriptomic data led us to perform the functional validation with the candidate genes localized on chromosome 7. An original in vitro inoculation system of M. truncatula transgenic roots was used to validate Medtr7g070480 (gene encoding a SEC14 protein) as a key player towards V. alfalfae V31.2 in M. truncatula. Silencing the SEC14 gene using artificial microRNA in A17 (resistant) and F83005.5 (susceptible) lines decreases Va V31-2 colonization rate on transgenic roots whereas overexpressing MtSEC14 increases the colonization rate in A17. This MtSEC14 gene appears as a disease susceptibility gene. Moreover, 18.5% of the disease variation in the studied M. truncatula accessions is explained by the unique non-synonymous polymorphism between A17 and F83005.5 in MtSEC14. Root expression patterns of the SEC14 gene one day after inoculation by Va V31-2 was also analyzed in response to inoculation among a panel of 14 susceptible and resistant M. truncatula accessions of diverse geographic origins. No significant differences were found. At the same time, orthologous resistance candidate genes towards Va V31.2 in several other model species (Lotus japonicus, Arabidopsis thaliana, Nicotiana sp.) were discovered. Pathogenicity of Va V31-2 in these species was monitored to use them as potential model for functional validation. Only one orthologous gene of MtSEC14 has been identified in Medicago sativa. Because of a great synteny between M. truncatula and M. sativa, our work could be useful for alfalfa breeding. In this work and for the first time, a susceptibility gene involved in a quantitative resistance against microorganisms in Legumes was identified.

Le complexe Mycobacterium abscessus (MABSC) fait partie des mycobactéries non tuberculeuses. C’est un pathogène opportuniste environnemental pouvant causer des infections pulmonaires chroniques, en particulier chez les patients atteints de mucoviscidose, et extra-pulmonaires sévères. Il est également résistant à la plupart des antibiotiques, et ne connait pas de traitement efficace. Il se divise en trois sous-espèces : Mycobacterium abscessus subsp. abscessus, Mycobacterium subsp. massiliense et Mycobacterium subsp. bolletii, Ces trois sous espèces possèdent des différences cliniques et de résistance aux antibiotiques, une identification sûre et rapide est don essentielle. De plus, son épidémiologie reste peu connue, notamment au sein des patients atteints de mucoviscidose.Dans un premier temps, nous avons évalué la performance d’identification au sein du MABSC et la caractérisation des principales résistances du kit Genotype NTM-DR. Celui-ci s’est révélé extrêmement efficace, avec une réussite de 100% d’identification de la sous-espèce mais aussi pour la caractérisation des résistances à la clarithromycine et à l’amikacine, qui sont les antibiotiques recommandés pour le traitement d’une infection à MABSC. Ce kit est donc une alternative rapide et robuste aux principales méthodes d’identification et de caractérisation de la résistance chez MABSC.Dans un second temps, nous avons testé l’efficacité de deux molécules différentes, la clofazimine et la tigecycline, en synergie. Une synergie a pu être mise en évidence sur 42 % des isolats, et la présence de clofazimine a permis d’abaisser la concentration minimale inhibitoire de la tigecycline pour 52 % des isolats. Cette association pourrait constituer une alternative thérapeutique efficace et mieux supportable pour le patient.Enfin, nous avons réalisé deux études épidémiologiques : au Vietnam, chez des patients possédant une condition pulmonaire inflammatoire, et en France, chez des patients atteints de la mucoviscidose dans cinq centres hospitaliers différents. En France, un suivi longitudinal a pu être réalisé sur 7 patients de deux centres différents.Le Vietnam présentait un grand nombre de Sequence Type (ST) nouveaux (29/38) ainsi qu’une grande diversité génotypique (0.72 pour 53 isolats). Une majorité de M. massiliense a été mis en évidence. De plus, des ST responsables d’épidémies dans différents pays ont aussi été retrouvés (ST 23 et ST 117). Trois complexes clonaux ont été identifiés, reflétant la grande diversité du complexe M. abscessus dans ce pays. Deux de ces complexes clonaux étaient constitués de M. abscessus subsp. massiliense contenaient les ST 23 et 117. Le grand nombre de nouveaux génotype est dû au manque de données au Vietnam, il s’agit là de la première étude épidémiologique dans ce pays.En France, on retrouvait un plus grand nombre de sequence type connus (20/31), certainement dû au nombre d’études existantes dans cette région. Une majorité de M. abscessus subsp. abscessus a été retrouvé. Sept sequence type d’importance épidémiologique ont été retrouvés, dont le ST 23. Le suivi longitudinal montre que : le risque d’infection exogène est grand ; le pool de génotypes à Brest est plus important qu’à Montpellier, même si les ST persistent chez un même patient, on ne peut exclure le risque d’une infection exogène. Enfin, l’analyse VNTR des isolats des cinq centres suggère une possible transmission nosocomiale ainsi que la diffusion de génotypes en France.En conclusion, ce travail de thèse a permis d’améliorer l’approche de l’identification et du traitement des infections du complexe M. abscessus, en plus d’explorer et de comparer son épidémiologie dans deux populations différentes. Nous montrons la présence ubiquitaire de certains génotypes d’importance cliniques, une grande diversité génotypique, une variabilité du portage chez le patient mucoviscidose ainsi qu’un risque d’infections exogènes et de transmission chez cette population. / The Mycobacterium abscessus complex is a nontuberculous mycobacteria. It is an environmental opportunistic pathogen that can cause chronic lung infections, especially in patients with cystic fibrosis, and severe extra-pulmonary infections. It is also resistant to most antibiotics, and does not have an effective treatment. It is divided into three subspecies: Mycobacterium abscessus subsp. abscessus, Mycobacterium subsp. massiliense and Mycobacterium subsp. bolletii, These three subspecies have clinical and antibiotic resistance differences, Thus, a safe and rapid identification is essential. In addition, little is known about its epidemiology, particularly among patients with cystic fibrosis.First, we assessed the identification performance within the M. abscessus complex and the characterization of the main resistances of a commercial assay (Genotype NTM-DR). The kit was highly efficient, with 100% success in identifying the subspecies and also in characterizing resistance to clarithromycin and amikacin, which are the recommended antibiotics for the treatment of complex M. abscessus infection. This kit is therefore a fast and robust alternative to the main methods for identifying and characterizing resistance in the M. abscessus complex.Secondly, we tested the efficacy of two different molecules, clofazimine and tigecycline, in synergy. Synergy was demonstrated in 42% of the isolates, and the presence of clofazimine reduced the minimum inhibitory concentration of tigecycline in 52% of the isolates. This combination could be an effective and more tolerable therapeutic alternative for the patient.Finally, we carried out two epidemiological studies: in Vietnam, in patients with inflammatory lung disease, and in France, in patients with cystic fibrosis in five different hospitals. In France, longitudinal follow-up was carried out on 7 patients from two different centres, Brest and Montpellier. Two different typing tools were used: MLST and VNTR.Vietnam had a large number of new Sequence Type (ST) (29/38) and a high genotypic diversity (0.72 for 53 isolates). A majority of M. abscessus subsp. massiliense was found. In addition, STs responsible for epidemics in different countries have also been found (ST 23 and ST 117). Three clonal complexes have been identified, reflecting the great diversity of the M. abscessus complex in this country. Two of these clonal complexes were composed of M. abscessus subsp. massiliense containing ST 23 and 117. The large number of new genotypes is due to the lack of data in Vietnam, this is the first epidemiological study in this country.In France, there was a greater number of known sequence type (20/31), certainly due to the number of existing studies in this region. A majority of M. abscessus subsp. abscessus was found. Seven sequence type of epidemiological importance were found, including ST 23. Longitudinal monitoring shows a high variability of the ST in Brest compared to Montpellier, which is confirmed by the VNTR. This follow-up shows that: the risk of exogenous infection is high; the genotype pool in Brest is greater than in Montpellier, even if STs persist in the same patient, the risk of exogenous infection cannot be excluded. Finally, the VNTR analysis of isolates from the five centres suggests possible nosocomial transmission and the spread of genotypes in France.In conclusion, this thesis work has improved the approach to the identification and treatment of M. abscessus complex infections, as well as exploring and comparing its epidemiology in two different populations. We show the ubiquitous presence of certain clinically important genotypes, a high genotypic diversity, a variability in carrying in the cystic fibrosis patient as well as a risk of exogenous infections and transmission in this population

Les exosomes sont des nanovésicules de 30 à 100nm sécrétées dans le milieuextracellulaire par une grande majorité de types cellulaires. Entourés d’une bicouchelipidique similaire aux radeaux lipidiques, ils contiennent des protéines, de l’ARNm et desmicroARNs. Récemment, il a été montré que les exosomes pourraient participer auxdialogues moléculaires inter-organes, au même titre que les protéines solubles (hormones etcytokines). Au cours de cette thèse, nous avons émis l’hypothèse que le muscle squelettiquepourrait utiliser les exosomes comme mode de communication intercellulaire, en plus desmyokines qu’il sécrète. Nous avons montré en couplant des techniques de microscopieélectronique, de génomique, de biologie cellulaire et moléculaire, et d’analysesprotéomiques, que le muscle était capable de sécréter des exosomes, dont la compositionvariait au cours de la myogenèse. De plus, nous avons montré que les exosomes sécrétéspar les cellules prolifératrices et différenciées avaient des rôles distincts au cours de ladifférenciation myogénique, via le transfert des microARNs notamment.En parallèle, nous nous sommes intéressés aux exosomes sécrétés par le musclesquelettique en situation d’insulino-résistance induite par du palmitate. En utilisant unedouble approche in vitro et in vivo, nous avons montrés que les exosomes sécrétés par lacellule musculaire insulino-résistante ont une morphologie et une composition luminalemodifiée. Enfin, ces exosomes sécrétés sembleraient transmettre un signal délétère àd’autres cellules musculaires différenciées, et aux autres tissus insulino-sensibles, comme lepancréas. / Exosomes are nanovesicles from 30 to 100nm, secreted into the extracellular spaceby a large majority of cell types. Surrounded by a lipid bilayer similar to lipid rafts, theycontain proteins, mRNA and microRNAs. Recently, it has been shown that exosomes maybe involved in inter-organs dialogues, as well as soluble proteins (hormones and cytokines).In this thesis, we hypothesized that skeletal muscle could use exosomes asintercellular communication mode, in addition to myokines. We have shown by couplingelectron microscopy techniques, genomics, molecular and cellular biology, and proteomicanalyzes, that the muscle was able to secrete exosomes, whose composition varied duringmyogenesis. In addition, we have shown that exosomes secreted by proliferating anddifferentiated cells have distinct roles during the myogenic differentiation, especially throughthe transfer of microRNAs. In parallel, we are interested in exosomes secreted by insulin resistant skeletalmuscle, induced by palmitate. Using a dual approach in vitro and in vivo, we have shown thatexosomes secreted by insulin-resistant muscle cells have a morphology and a luminalcomposition modified. Finally, these exosomes secreted seem to transmit a deleterioussignal to other differentiated muscle cells, and other insulin-sensitive tissues such as thepancreas.

La surexpression de protéines d’efflux, et tout particulièrement la P-glycoprotéine, est impliquée dans la multidrug résistance. Dans cette thèse, nous démontrons que le vandetanib, inhibiteur de tyrosine kinase, est à la fois substrat et inhibiteur de la P-glycoprotéine et qu’il est capable de réverser in vitro la résistance à la doxorubicine liée à la surexpression de la P-glycoprotéine.Nous nous sommes également intéressés à l’étude du passage transplacentaire du vandetanib et nous montrons que ce médicament traverse la barrière placentaire. / Overexpression of ABC transporters, especially P-glycoprotein, is involved in multidrug resistance. In this study, we demonstrate that vandetanib, a tyrosine kinase inhibitor, is both substrate and inhibitor of P-glycoprotein and is able to reverse in vitro resistance to doxorubicin, linked to overexpression of P-glycoprotein.We also studied the placental transfer of vandetanib and we show that this drug crosses the placenta.

Cette thèse recouvre une période de 15 ans de lutte contre la diffusion hospitalière des bactéries multi-résistantes aux antibiotiques (BMR) au sein d’un CHU parisien pilote. Elle intègre plusieurs études axées sur les outils informatiques de surveillance, la maîtrise de la transmission croisée, et le bon usage des antibiotiques. La configuration d'une base de données dédiée, concentrant l'ensemble des données de la résistance, doit intégrer des critères de requêtes épidémiologique précis, normalisés, et reproductibles. Des variations significatives du taux de Staphylococcus aureus résistant à la méticilline (SARM) ont été observées en fonction de la méthode d'élimination des doublons utilisée (de 27,6% à 33,8%), et l’extrapolation des résultats annuels à partir de données colligées sur des unités de temps plus courtes, mésestime la valeur annuelle de l’incidence du SARM (de -42% à +30%). Ces variations peuvent influer sur l'interprétation des indicateurs relatifs au SARM. L'alerte électronique BMR, en avertissant les soignants de la réadmission d'un patient porteur au sein de leur unité, a permis d'optimiser la compliance aux mesures de précautions contact complémentaires (15% avant vs 90,2% après), et de participer à la diminution de l’incidence du SARM (1,07 en 2002 vs 0,37 en 2012). Elle a également mis en évidence la forte pression de colonisation due aux patients SARM réadmis, 46% des patients porteurs étant réadmis au moins une fois dont les 2/3, moins de trois mois après leur sortie. En réanimation, 1/5 des patients sont porteurs d’Entérobactéries productrices de béta-lactamase à spectre étendu (EBLSE) et/ou hyperproductrices de céphalosporinase (HP-CASE), les taux de portage à l’admission étant respectivement de 79,2% et 48,1% rapportés à l’ensemble des patients porteurs. Aucune stratégie de dépistage n’assure une identification de 100% des patients porteurs, la discontinuité de portage au cours du séjour concernant la majorité des patients. Le remplacement de la ceftriaxone par le cefotaxime a permis de ralentir la progression de l'incidence des HP-CASE. Enfin, l’optimisation du dépistage des EBLSE par l'évaluation puis l'utilisation de robots et de milieux de culture dédiés, a permis de gérer l’inflation des échantillons de dépistage / This work describes 15 years of fight against the spread of multi-drug resistant bacteria (MRB) in a tertiary care hospital, and includes several published studies focused on monitoring systems, cross-transmission control, and antibiotics policy. Data processing plays a crucial role in monitoring MRB. The configuration of a dedicated database, concentrating all resistance data, has to include accurate, standardized, and reproducible epidemiological settings. Significant changes in the methicillin-resistant staphylococcus aureus (MRSA) rate were observed, according to the method used to remove duplicates (27.6% to 33.8%), and the extrapolation of annual results from data collected from shorter period length, underestimates the annual value of MRSA incidence (from -42% to + 30%). These variations may affect the interpretation of MRSA official indicators. The MRB electronic alert, used to warn the staff of the readmission of a previously known colonized patient, conducted to increase the compliance for implementation of infection control measures (15% before vs 90.2% after), and participated in reducing the MRSA incidence (1.07 in 2002 vs. 0.37 in 2012). It also highlighted the strong colonization pressure due to readmitted MRSA colonized patients, since 46% of them were readmitted at least once, readmissions occurring less than three months after discharge in 2/3 cases. In intensive care units, 1/5 patient are colonized by Enterobacteriaceae producing broad spectrum beta-lactamase (ESBL) and/or high level cephalosporinase (HL-CASE), rates at admission being respectively 79.2% and 48.1% when considering all colonized patients. No screening strategy is able to detect 100% of colonization situations, the discontinuity of colonization during the hospital stay concerning a majority of patients. A significant inflexion in the slope in the HL-CASE incidence curve occurred after the substitution of ceftriaxone by cefotaxime. Finally, the optimization of ESBL screening by the assessment and then the use of a robot and dedicated culture media, allowed managing the increased number of screening specimens