O presente estudo foi realizado com 258 mulheres, com e sem sintomas de candidíase vulvovaginal, atendidas no Centro de Saúde Geraldo Paula Souza, da Faculdade de Saúde Pública da USP. Leveduras foram isoladas em 162 mulheres, sendo que 34% foram de mulheres assintomáticas, 34% com sintomas de candidíase vulvovaginal primária (CVV) e 32% com candidíase vulvovaginal recorrente (CVVR). As espécies mais isoladas foram C . albicans, C. parapsilosis, C. glabrata e C. tropicalis. Espécies como C. metapsilosis e C. haemulonii também foram encontradas. A produção de proteinase foi vista em 88% das amostras e de fosfolipase foi de 39%. A sensibilidade in vitro aos antifúngicos foi realizada pelo Etest e, nos isolados resistentes a anfotericina B, fluconazol e itraconazol foram realizados ensaios de microdiluição (CLSIM27S3) e EUCAST EDef7.1, que confirmaram a diminuição da sensibilidade ao itraconazol em isolados de C. parapsilosis (1); C. guilliermondii (1), C. glabrata (3) e Trichosporon spp (1). A diminuição da sensibilidade ao fluconazol foi observada em isolados de C. parapsilosis (1), C. glabrata (3), C. krusei e Rhodotorula spp (1). As leveduras do grupo das CVVRs foram as que apresentaram menor sensibilidade. Em 61 isolados de várias espécies foi realizada a cariotipagem em campo pulsado (PFGE) e não foram observadas similaridade entre elas. Os dados obtidos reforçam a importância da realização de exames laboratoriais que permitam identificar as espécies presentes no conteúdo vaginal, de modo a nortear a escolha terapêutica. / This study was conducted with 258 women, with and without symptoms of vulvovaginal candidiasis, seen at the Health Center \"Geraldo Paula Souza\", School of Public Health of USP. Yeasts were isolated in 162 women, 34% of women were asymptomatic, 34% with primary symptoms of vulvovaginal candidiasis (VVC) and 32% with recurrent vulvovaginal candidiasis (CVVR). The species were more isolated C. albicans, C. parapsilosis, C. glabrata and C. tropicalis. Species such as C. metapsilosis and C. haemulonii were also found. The production of proteinase was seen in 88% of the samples and phospholipase was 39%. Sensitivity \"in vitro\" Antifungal was by the \"Etest\" and in isolates resistant to amphotericin B, fluconazole and itraconazole microdilution tests were performed (CLSIM27S3) and EUCAST EDef7.1, which confirmed the decreased sensitivity to itraconazole in isolates C. parapsilosis (1), C. guilliermondii (1), C. glabrata (3) and Trichosporon spp (1). The decreased sensitivity to fluconazole was observed in isolates of C. parapsilosis (1), C. glabrata (3), C. krusei and Rhodotorula spp (1). Yeasts of the group CVVRs were those who had lowest sensitivity. In 61 isolated from various species karyotyping was performed pulsed field (PFGE) and there were no similarity between them. The data emphasize the importance of laboratory tests to identify the species present in the vaginal content in order to guide the therapeutic choice.

EPECa apresenta padrões de aderência localizado-like (LAL), agregativo (AA), difuso (DA), indeterminado ou são não aderentes (NA) em células epiteliais in vitro. Como esses fenótipos de aderência são também observados em outros patotipos de E. coli, o objetivo foi pesquisar nas EPECa a presença de genes de adesinas encontrados em outras E. coli patogênicas e analisar comparativamente por proteoma os extratos protéicos dos isolados BA320 (LAL), Ec292/84 (AA), 9100-83 (DA) e BA4013 (NA). Neste estudo, observou-se a presença de diferentes estruturas filamentosas ancoradas a superfície nos quatro isolados e a presença dos genes fimA, fimH, papA, ecpA, ldaH, pilS, daaC, sfpA, lpfAO113 e os variantes polimórficos (lpfA1 e lpfA2). Por proteômica foram identificadas as proteínas H-NS, OmpX, Usp, FucU, MglB e uma possível proteína filamentosa nos isolados de fenótipos de adesão LAL, AA e DA. Concluiu-se que, os genes das fímbrias tipo 1 e ECP são altamente prevalentes nas EPECa e as proteínas identificadas podem estar associadas ao processo de adesão das bactérias. / aEPEC is classified according to its adhesion in vitro pattern in localized-like (LAL), aggregative (AA), diffuse (DA), and indeterminate adherence patterns as well as nonadherent (NA) strain. Since some aEPEC display the adherence phenotype observed for other pathotypes of E. coli, the aim was to investigate, in aEPEC, the presence of adhesin genes present in other pathogenic E. coli and analyze, by comparative proteomic analyses, the protein extracts isolated from BA320 (LAL), Ec292/84 (AA), 9100-83 (DA) and BA4013 (NA). We observed the presence of different filamentous structures anchored to aEPEC surface and presence of fimA, fimH, papA, ecpA, ldaH, pilS, daaC, sfpA, lpfAO113 genes and polymorphic variants (lpfA1 and lpfA2). By proteomic analyses the proteins H-NS, OmpX, FucU, MglB were identified and a putative filamentous protein was found in aEPEC with the phenotypes LAL, AA and DA. We conclude that the genes encoding type 1 fimbriae and ECP pilus are highly prevalent in aEPEC, and the proteins identified can be associated to bacterial adhesion processes.

O diagnóstico da leishmaniose tegumentar (LT) baseia-se em critérios clínicos e epidemiológicos podendo ser confirmado por exames laboratoriais de rotina como a pesquisa direta do parasito por microscopia e a intradermorreação de Montenegro. Atualmente, os métodos moleculares, principalmente a reação da cadeia da polimerase (PCR), têm sido considerados para aplicação em amostras clínicas, devido a sua alta sensibilidade e especificidade. Este trabalho teve como objetivo a padronização e validação das técnicas de PCR-RFLP com diferentes iniciadores (kDNA, its1, hsp70 e prp1), visando o diagnóstico e a identificação das espécies de Leishmania presentes em amostras de DNA provenientes de lesões de pele ou mucosa de 140 pacientes com suspeita de leishmaniose tegumentar. Para tal, realizamos ensaios de: 1) sensibilidade das PCRs com os diferentes iniciadores, 2) especificidade dos ensaios utilizando DNAs de diferentes espécies de referência de Leishmania, de tripanossomatídeos inferiores e de fungos, 3) validação das técnicas de PCR-RFLP com os iniciadores estudados em amostras de DNA de lesões de pele ou mucosas de pacientes com LT. Os resultados dos ensaios de limiar de detecção das PCR (sensibilidade) mostraram que os quatro iniciadores do estudo foram capazes de detectar o DNA do parasito, porém em quantidades distintas: até 500 fg com os iniciadores para kDNA e its1, até 400 fg com hsp70 e até 5 ng com prp1. Quanto à especificidade dos iniciadores, não houve amplificação dos DNAs fúngicos. Por outro lado, nos ensaios com os iniciadores para kDNA e hsp70, verificamos amplificação do fragmento esperado em amostras de DNA de tripanossomatídeos. Nos ensaios com its1 e prp1, o padrão de amplificação com os DNAs de tripanossomatídeos foi diferente do apresentado pelas espécies de Leishmania. Verificou-se nos ensaios de validação que o PCR-kDNA detectou o parasito em todas as 140 amostras de DNA de pacientes e, assim, foi utilizado como critério de inclusão das amostras. A PCR-its1 apresentou menor sensibilidade, mesmo após a reamplificação com o mesmo iniciador (85,7% ou 120/140 amostras). Para os ensaios da PCR-hsp70, as amostras de DNA foram amplificadas com Repli G, para obter uma sensibilidade de 68,4% (89/140 amostras). A PCR-prp1 não detectou o parasito em amostras de DNA dos pacientes. Quanto aos ensaios para a identificação da espécie presente na lesão, a PCR-kDNA-RFLP-HaeIII e a PCR-its1- RFLP-HaeIII permitem a distinção de L. (L.) amazonensis das outras espécies pertencentes ao subgênero Viannia. A PCR-hsp70-RFLP-HaeIII-BstUI, apesar de potencialmente ser capaz de identificar as seis espécies de Leishmania analisadas, quando utilizada na avaliação das amostras humanas permitiu apenas a identificação de L. (V.) braziliensis. No entanto, é uma técnica com várias etapas e de difícil execução, o que pode inviabilizar o seu uso rotineiro em centros de referência em diagnósticos. Assim, recomendamos o uso dessa metodologia apenas em locais onde várias espécies de Leishmania sejam endêmicas. Finalmente, os resultados indicam que o kDNA-PCR devido à alta sensibilidade apresentada e facilidade de execução pode ser empregada como exame de rotina nos centros de referência, permitindo a confirmação ou exclusão da LT. / The diagnosis of cutaneous leishmaniasis is based on clinical and epidemiological criteria and can be confirmed by routine laboratory tests such as direct detection of parasites by microscopy and by Montenegro skin test. Currently, the molecular methods, especially the polymerase chain reaction (PCR) have been considered for use in clinical samples due to its high sensitivity and specificity. This study aimed to standardize and validate the PCR-RFLP techniques with different primers (kDNA, its1, hsp70 and prp1) for the diagnosis and identification of Leishmania species present in DNA samples from skin or mucosal lesions of 140 patients with suspected cutaneous leishmaniasis. The following assays were performed to evaluate the 1) sensitivity of the PCRs with different pairs of primers, 2) specificity of the markers using DNAs of various species of Leishmania, lower trypanosomatids and fungi, 3) validate the PCR-RFLP techniques with DNA samples from skin or mucosal lesions of patients with LT. The results of the PCR detection threshold tests (sensitivity) showed that the four study pairs of primers were able to detect the DNA of the parasite, but in different quantities: up to 500 fg with kDNA and its1, 400 fg with hsp70 and up to 5 ng with prp1. Regarding the specificity of the primers, no amplification was observed with fungal DNA. On the other hand, the expected fragments for kDNA and hsp70 PCR were amplified with DNA of trypanosomatids. In its1 and prp1- PCR the pattern of amplification with the DNA of trypanosomatids was different of the one observed for species of Leishmania. In validation assays of PCR-kDNA protocol the parasite was detected in all 140 DNA samples from patients and it was used as inclusion criteria of the samples. The its1-PCR showed lower sensitivity even after reamplification (85.7% or 120/140 samples). The hsp70-PCR validation test was done with DNA samples amplified with Repli G, we obtained a sensitivity of 68.4% (89/140 samples). The PCR-prp1 did not detect the parasite in DNA samples from patients. Concern the tests for the identification of species present in the lesion, PCR-RFLP kDNA-HaeIII and PCR-RFLP ITS1-HaeIII enable distinction L. (L.) amazonensis from the other species belonging to the subgenus Viannia. The PCR-RFLP hsp70-BstUI, HaeIII, although potentially able to identify the six species of Leishmania studied, when it was used in the evaluation of only human samples, it identified only L. (V.) braziliensis. However, PCR-RFLP hsp70-BstUI, HaeIII is a technique with several stages and difficult to implement, which can derail your routine use in referral centers for diagnosis. Thus, we recommend using this method only in places where various Leishmania species are endemic. Finally, our results indicate that kDNA-PCR due to the high sensitivity and ease of execution could be used as a routine examination in reference centers, allowing the confirmation or exclusion of LT.

A vinca (Catharanthus roseus) é uma planta perene, arbustiva, pertencente à família Apocinaceae, cujas folhas e raízes possuem propriedades medicinais. A presença de sintoma de mosaico e deformação foliar em plantas dessa espécie, associados com a presença de partículas alongadas e flexuosas, característica de vírus pertencentes ao gênero Potyvirus, conduziu a estudos complementares para a identificação e caracterização desse vírus. No estudo da gama parcial de hospedeiras foram testadas 28 espécies, envolvendo oito famílias botânicas. Catharanthus roseus e Nicotiana benthamiana apresentaram sintomas de mosaico foliar e Chenopodium amaranticolor e C. quinoa apresentaram lesões locais cloróticas nas folhas inoculadas. A transmissão do vírus com afídeos foi avaliada com as espécies Aphis gossypii, Myzus nicotianae e Toxoptera citricidus. Apenas Aphis gossypii e Myzus nicotianae transmitiram o vírus. O antissoro policlonal produzido contra este potyvirus reagiu com o vírus homólogo e com o Passionfruit woodiness virus (PWV) e Cowpea aphid-borne mosaic virus (CABMV), mas não com o Lettuce mosaic virus (LMV), Papaya ringspot virus - type W (PRSV-W), Potato virus Y (PVY) e Zucchini yellow mosaic virus (ZYMV). O peso molecular da proteína capsidial (CP) foi de aproximadamente 34 kDa. A reação de PCR realizada com os oligonucleotídeos universais de potyvirus e oligonucleotídeos específicos posteriomente confeccionados amplificaram três fragmentos de aproximadamente 0,8, 1,0 e 1,4 Kb, os quais após o seqüênciamento geraram um fragmento de 1654 nucleotídeos (nt) da região 3' terminal do genoma, que inclui parte do gene da replicase viral (Nib), a região codificadora completa do gene da proteína capsidial (CP), seguida de 286 nt da região 3' não traduzida (3'NTR). A identidade da seqüência de nucleotídeos do gene da CP variou de 67,0 a 76,0%, quando comparada com as de outros membros da família Potyviridae. A maior identidade foi com o Omphalodes virus Y (76,0%). A identidade dos aminoácidos deduzidos da proteína capsidial variou de 62,0 a 71,0%, sendo a maior com East Asian Passiflora virus (71%). Para a região não traduzida (3'NTR) a identidade variou de 16,8 a 28,6%. Em conjunto esses dados indicam que este vírus é uma nova espécie dentro do gênero Potyvirus, para o qual se propõe o nome de Vírus do mosaico do Catharanthus (Catharanthus mosaic virus - CatMV). / Catharanthus roseus is known as the common periwinkle or Madagascar periwinkle. It is a perennial, evergreen herb in the family Apocynaceae, which was originally native to the island of Madagascar, although both name and classification are contradictory in some literature. The plants grow up to 80 cm high; have glossy, dark green leaves and bloom during summer. The flowers range from white to hot pink to purple. The species has historically been used in popular medicine to treat a wide assortment of human diseases, as it contains more than 150 useful alkaloids. Plants of C. roseus exhibiting mosaic symptoms followed by malformation of the leaf blades and flower variegation were collected from a garden at the University of São Paulo, School of Agriculture (Piracicaba, State of São Paulo, Brazil). Preliminary electron microscopy exams of negatively stained leaf sap revealed that the symptoms were associated with potyvirus-like particles. The objective of the present work was to obtain further biological, immunological and molecular data to better characterize this species of the genus Potyvirus, family Potyviridae. Of 28 plant species from eight botanical families inoculated mechanically with this potyvirus, only C. roseus and Nicotiana benthamiana developed systemic mosaic, whereas Chenopodium amaranticolor and C. quinoa exhibited only chlorotic local lesions. The virus was transmitted by Aphis gossypii and Myzus nicotianae, but not by Toxoptera citricidus. Polyclonal antiserum raised against this potyvirus reacted with the homologous virus, Passion fruit woodiness virus (PWV) and Cowpea aphid borne mosaic virus (CABMV) in PTA-ELISA. The molecular mass of the coat protein (CP) was approximately 34 kDa. RT-PCR from viral RNA amplified a fragment of approximately 1654 nucleotides (nt) at the 3'-terminal of the viral genome, containing portion of the replicase gene (Nib), the entire CP gene and the 3' untranslated region (3'UTR) (286 nt). When the nucleotide sequence of the CP gene was compared with other members of the Potyviridae family, identities varied from 67.0 to 76.0%. The highest identity was with Omphalodes virus Y. Identity of the deduced amino acid of the CP varied from 62.0 to 71.0%, with the highest for East Asian Passiflora virus. For the 3' UTR, identities varied from 16.8 to 28.6%. The name Catharanthus mosaic virus (CatMV) is proposed for this new potyvirus.

Estudo entomológico foi realizado nos limites extremos do município de São Paulo, que possuem cobertura vegetal significativa em forma de Unidades de Conservação representadas ao norte, pelo Parque Estadual da Cantareira (PEC), onde epizootias e casos humanos de febre amarela têm ocorrido nos últimos anos, e ao sul, pela Área de Proteção Ambiental (APA) Capivari Monos onde ocorrem casos assintomáticos de malária-bromélia. Mosquitos foram coletados no período de fevereiro de 2015 a abril de 2017, em sete ambientes com feições periurbana, intermediária e silvestre. Armadilhas CDC foram instaladas na copa e ao nível do solo, com objetivo de verificar a estratificação vertical das espécies de mosquitos. Aspiração e armadilha de Shannon complementaram as coletas de fêmeas ingurgitadas para verificação do comportamento alimentar por técnica de PCR. Nove oligonucleotídeos do citocromo B mitocondrial foram utilizados para este propósito. Riqueza, abundância, composição e equabilidade foram utilizados para verificar a diversidade dos ambientes. No total foram obtidos 10.070 espécimes de culicídeos adultos distribuídos em 95 espécies/categorias taxonômicas distribuídas em dezesseis gêneros. Na APA, foram identificadas 75 espécies/categorias taxonômicas e 7.472 espécimes e desse total 67% foram mais frequentes na copa. As espécies Culex (Culex) nigripalpus e Anopheles (Kerteszia) cruzii, ambas ocorrendo com maior frequência no estrato copa em todos os ambientes pesquisados. No PEC, 58 espécies/categorias taxonômicas e 2.598 espécimes foram coletados e 55% foi coletado no estrato solo. Wyeomyia (Prl.) confusa (solo), Culex (Mel.) vaxus (copa) e Limatus durhamii (solo) foram as mais abundantes. Com relação aos hábitos alimentares 386 amostras foram obtidas, Anopheles cruzii representou 70% (270), se alimentando principalmente em hospedeiro humano no estrato solo. A presença de culicídeos vetores evidenciam a alta importância epidemiológica dos ambientes estudados merecendo atenção das autoridades em saúde publica, dada a interação entre as espécies de mosquitos e suas fontes de repasto sanguíneo. / An entomological study was carried out in the extreme limits of the municipality of São Paulo, which have significant vegetation cover in the form of Conservation Units, represented in the north, by the State Park of the Cantareira (PEC), where epizootics and cases human of Yellow Fever have been occurred in the last years, and in the South by the Environmentally Protected Area Capivari Monos, where asymptomatic cases of malaria-bromelia have been occurred. Mosquitoes were collected from February 2015 to April 2017 in seven environments with peri-urban, intermediate and wild features. CDC Traps were installed in the canopy and at ground level, with the objective of verifying the vertical stratification of mosquito species. Aspiration and Shannon traps complemented the collection of engorged females to verify the feeding behavior by PCR technique. Nine mitochondrial cytochrome B oligonucleotides were used to this propose. Richness, abundance, composition and equability were used to verify the diversity of environments. In total, 10,070 adult culicidis were collected, comprising 95 species / taxonomic categories distributed in sixteen genera. At APA, there were 75 species / taxonomic species and 7,472 specimens and a total of 67% were more frequent in the canopy. The species Culex (Culex) nigripalpus and Anopheles (Kerteszia) cruzii, occurred more frequently and canopy stratum in all the environments surveyed. In the PEC, 58 species / taxonomic categories and 2,598 specimes were collected and 55% were collected in the ground strata. Wyeomyia (Prl.) confusa (ground), Culex (Mel.) vaxus (canopy) and Limatus durhamii (ground) were more abundant. Regarding the feeding habits, 386 samples were obtained, Anopheles cruzii represented 70% (270), feeding mainly on human host in the ground strata. The presence of vector culicids evidences the high epidemiological importance of the studied environments, deserving attention of the Public Health Authorities due to the presence and interaction of mosquito species and their sources of blood feeding.

A refeição de hospital é parte fundamental dos cuidados de pacientes.Uma dieta balanceada pode incentivar pacientes a comer de forma equilibrada dando-lhes os nutrientes que necessitam para se recuperarem em curto prazo de cirurgia ou doença. A irradiação gama é conhecida como o melhor método para destruir tanto os microrganismos patogênicos como os de deterioração, sem comprometer as propriedades nutricionais e a qualidade sensorial dos alimentos. Por conta disto, pode ser um método eficaz para elaboração de refeições apropriadas para pacientes imunodeprimidos. Neste trabalho, pratos prontos contendo arroz, carne grelhada e refogado de cenoura, foram submetidos a doses radapertizantes (30 kGy e 50 kGy) e armazenados a temperatura ambiente por até 90 dias. O tratamento controle permaneceu congelado pelo mesmo período. Os alimentos foram avaliados através de análises físico-química e microbiológicas por método molecular. O teor de umidade dos alimentos permaneceu inalterado por todo o período em todos os tratamentos. A irradiação provocou mudança de cor no arroz, favorecendo um tom amarelado e tornando-se ainda mais acentuado no decorrer do armazenamento. A cenoura teve a coloração caraterística vermelho-alaranjada reduzida com o tempo de armazenamento. No mesmo alimento, a irradiação reduziu o pH e o teor de carotenóides, ao passo que os compostos fenólicos decresceram durante o armazenamento. A carne grelhada conservou sua maciez, mas teve sua coloração alterada para uma tonalidade mais clara. Houve também uma pequena rancificação devido à radiação e também ao período de armazenamento. Por metodologia genônica, bactérias, com predominância dos gêneros Bacillus, Acinetobacter e Enterobacter, foram detectadas nos alimentos controle e até nos irradiados com a dose de 30 kGy. A dose de radiação segura para esterilização foi a de 50 kGy / Hospital food is an essential part of patient care. A good meal can encourage patients to eat well, giving them the nutrients they need to recover from surgery or illness. Gamma irradiation is well known to be the best method for destroying pathogenic and spoilage microorganisms without compromising the nutritional properties and sensory quality of the foods; it is also a method used for preparing foods for immunocompromised patients. In this work, ready-to-eat food containing rice, grilled meat and steamed carrot, was radappertizated with doses of 30 kGy and 50 kGy, and stored at room temperature for 90 days. The control treatment remained frozen for the same period. Analysis by physical-chemical molecular microbiological methods were used. The moisture of the foods remained unchanged through this period, in all treatments. Irradiation caused a yellowing of rice, which became more pronounced during the storage. The characteristic red-orange color of carrots was decreased during storage time. In the same food irradiation reduced the pH and content of carotenoids, while the phenolic compounds declined with the storage. Grilled meat retained its softness, but its color had/was changed to a lighter shade. There was also a small/some rancidity, due to radiation and also to the storage period. By genomic methodology, bacteria, predominantly of the genera Bacillus, Acinetobacter and Enterobacter, were detected in control and even in food irradiated with a dose of 30 kGy. The safe radiation dose for sterilization was 50 kGy.

A Mata Atlântica é reconhecida como área de prioridade de conservação na América do Sul, devido ao grande número de espécies endêmicas e constantes ameças à sua biodiversidade em decorrência da substituição da vegetação natural. Embora várias informações sobre a diversidade vegetal e animal estejam disponíveis, pouco se sabe sobre a diversidade de microorganismos existentes no solo desse bioma. A diversidade de fungos do solo foi avaliada em três unidades de conservação da Mata Atlântica do estado de São Paulo: Parque Estadual de Carlos Botelho (PECB), Estação Ecológica de Assis (EEA) e Parque Estadual da Ilha do Cardoso (PEIC). Ao todo, foram analisadas 90 amostras de solo, coletadas em épocas de alta e baixa pluviosidade, e sob a copa de três espécies arbóreas: Cabralea canjerana, Guapira opposita e Maytenus robusta. Foram utilizados métodos independentes (PCR-DGGE e pirosequenciamento) e um método dependente do cultivo (lavagem de solo e filtração de partículas) para a análise da diversidade e estrutura das comunidades de fungos do solo. Os resultados obtidos foram analisados conjuntamente com os dados de atributos químicos do solo e frações da matéria orgânica do solo a fim de verificar suas possíveis relações com as comunidades de fungos. Os resultados obtidos sugerem uma grande diversidade de fungos no solo da Mata Atlântica. Através do método de cultivo, um total de 142 espécies de fungos foi identificado nas três áreas, sendo que a estrutura das comunidades de fungos não foi influenciada pelas espécies arbóreas, mas sim pelas áreas e épocas de amostragem. As comunidades de fungos cultiváveis do PECB e do PEIC foram mais similares entre si do que em relação às comunidades de fungos do solo da EEA, assim como os valores dos atributos químicos do solo dessas áreas foram mais semelhantes entre si. Pelo método de PCR-DGGE, as estruturas das comunidades de fungos das três áreas sofreram influência das espécies arbóreas sob a copas das quais as amostras foram coletadas. Somente a estrutura das comunidades de fungos no solo do PEIC não sofreu influência da época de amostragem. Usando pirosequenciamento, foram obtidas 39.152 sequências da região ITS de fungos, as quais foram agrupadas em 1.800 Unidades Taxonômicas Operacionais (UTOs). A diversidade de fungos na EEA e no PEIC variou em função das espécies arbóreas e épocas de coleta. A análise de NMS de cada área amostrada indicou que as comunidades de fungos do solo são muito homogêneas. O filo Ascomycota foi mais frequentemente detectado, tanto usando metodologia dependente quanto independente de cultivo. De maneira geral, as comunidades de fungos cultiváveis apresentaram maior relação com atributos químicos do solo, áreas e épocas de coleta, e as comunidades de fungos acessadas por PCRDGGE mostraram maior relação com as épocas de coleta e espécies arbóreas sob as quais as amostras de solo foram coletadas. A análise dos metadados usando rede neural revelou uma dependência da diversidade de fungos em relação às concentrações de ácidos húmicos, ácidos fúlvicos e humina no solo, além do pH e concentração de matéria orgânica total. / Brazilian Atlantic Forest is recognized as a top priority for conservation in South America because of its large number of innate species and the threats for the biodiversity due to vegetation changes. Although a plethora of data on plant and animal diversity in the Atlantic Forest is available, the diversity of soil microorganisms in this biome is still mostly unknown. Therefore, soil fungi diversity was evaluated in three Atlantic Forest conservation areas of São Paulo state: Estação Ecológica de Assis (EEA), Parque Estadual de Carlos Botelho (PECB) and Parque Estadual da Ilha do Cardoso (PEIC). A total of 90 soil samples were analyzed, collected in two different seasons (high and low precipitation seasons), and under the canopy projection of three tree species: Cabralea canjerana, Guapira opposita and Maytenus robusta. Two independent cultivation methods (PCR-DGGE and pyrosequencing) and one dependent method (soil washing and particles filtration method) were used for the analysis of soil fungi diversity and community structure. The results of these methods were analyzed together with the data on soil chemical attributes and organic matter fractions in the same samples, in order to verify the possible relations with soil fungi communities. The results suggest a great diversity of soil fungi in the Atlantic Forest. Through the cultivation method, a total of 142 fungi species were identified for the three areas. The structure of fungi communities was not affected by the tree species, but were affected by the sampling areas and seasons. Cultivable fungi community in PECB and PEIC were more similar to each other than in EEAs soil fungi community. In addition, the values of the chemical properties of these areas were more similar to each other. The structure of soil fungi community accessed by PCR-DGGE showed that the three areas were influenced by the tree species under the canopy where the soil samples were collected. Only the structure of PEICs fungi communities was not influenced by the season. By means of pyrosequencing, 39,152 sequences were retained from the ITS rDNA region, which were clustered in 1,800 Operational Taxonomic Unities (OTUs). Fungal diversity in EEA and PECB areas was influenced by the tree species and seasons. NMS analysis of each sampled area showed that soil fungi communities are very homogenous. Ascomycota was the most frequent phylum detected by both dependent and independent cultivation methods. Overall, the communities of cultivable fungi were more related to soil chemical attributes, sampling areas and seasons. Fungal communities accessed by PCR-DGGE showed greater relation with the seasons and tree species where the soil samples were collected. Analysis of metadata using neural network revealed fungal diversity dependence of humic acids, fulvic acids and humin concentrations in soil, as well as pH and organic matter concentrations.

A detecção microscópica de gametócitos pode subestimar sua prevalência e induzir uma avaliação errônea do potencial de transmissão da malária em áreas endêmicas, mantendo desconhecida a proporção de indivíduos infectados que são potenciais transmissores da doença. Este trabalho teve como objetivo a padronização de métodos moleculares para detecção e quantificação de gametócitos de P. falciparum e P. vivax. Descrevemos um método de qRT-PCR, que tem como alvo transcritos do gene pvs25 e pfs25. Detectamos transcritos de pvs25 em 96,4% das amostras sanguíneas provenientes de indivíduos infectados por P. vivax. qRT-PCR foi mais sensível do que a RT-PCR convencional, que tem como alvo o mesmo gene. Descobrimos que a maioria (61,9%) dos portadores de gametócitos são assintomáticos ou tem parasitemias subpatentes e não teriam sido detectados pelas estratégias de controle de rotina da malária. Porém, esses portadores de gametócitos não identificados, geralmente possuem baixas densidades de gametócitos e contribuem com até 4% da carga global de gametócitos na comunidade. / The microscopic detection of gametocytes may underestimate their prevalence, leading to an inaccurate assessment of the potential for malaria transmission in receptive areas and a poor estimate of the proportion of infected individuals who are infectious. We aimed to standardize molecular methods for detection and quantification of gametocytes of Plasmodium falciparum and Plasmodium vivax. Here, we describe a qRT-PCR that targets transcripts of the mature gametocyte-specific pvs25 gene. We found mature gametocytes in 53 of 55 (96.4%) P. vivax infections diagnosed during an ongoing cohort study in a farming settlement located in the southern of Amazonas state. SYBR green qRT-PCR was more sensitive than a conventional RT-PCR that targets the same gene. Most (61.9%) gametocyte carriers were either asymptomatic or had subpatent parasitemias, and would have been missed by routine malaria control strategies. However, potentially undiagnosed gametocyte carriers usually had low-density infections and contributed up to 4% to the overall gametocyte burden in the community.

Xanthomonas citri subsp. malvacearum é o agente causal da mancha angular do algodoeiro, uma importante doença reportada em áreas de produção no Brasil e em todo o mundo. A partir da análise comparativa de sequências parciais do gene rpoB de linhagens de X. citri subsp. malvacearum, X. campestris pv. campestris, X. axonopodis pv. axonopodis e X. citri subsp. citri, desenhou-se o par de primers xam1R/2R. Foram testadas 19 espécies pertencentes ao gênero Xanthomonas, além de bactérias dos gêneros Acidovorax, Burkholderia, Erwinia, Pseudomonas e Ralstonia, e o produto de PCR específico de aproximadamente 560 pares de bases foi observado apenas para linhagens de X. citri subsp. malvacearum. Os primers desenhados mostraram-se altamente sensíveis, apresentando níveis de detecção de 8 ufc/ 5,0 L para suspensões da cultura pura da bactéria e 1,0 ng de DNA genômico de X. citri subsp. malvacearum. No isolamento, a partir de amostras de sementes sabidamente contaminadas, foram obtidas colônias bacterianas com características de morfologia e coloração semelhantes à X. citri subsp. malvacearum. Esses isolados foram submetidos a testes de coloração de Gram, hidrólise de amido, reação de hipersensibilidade (HR) em folhas de fumo e tomateiro, testes de patogenicidade em plantas de algodoeiro, amplificação com os primers específicos desenhados e sequenciamento do fragmento obtido e os resultados obtidos confirmaram a identificação dos mesmos como X. citri subsp. malvacearum. Experimentos combinados de BIO-PCR/nested-PCR foram realizados a partir do material obtido do processo de extração do patógeno das sementes contaminadas utilizando-se na primeira etapa de amplificação os primers correspondentes à parte do gene rpoB e na segunda etapa o produto da primeira amplificação e os primers específicos xam1F/2R. O resultado foi a observação de uma banda de aproximadamente 560 pb correspondente ao fragmento específico de X. citri subsp. malvacearum para todas as amostras testadas. Neste trabalho foi desenvolvido um teste de PCR específico para a detecção e identificação rápida e precisa dessa bactéria em amostras de sementes de algodoeiro. / Xanthomonas citri subsp. malvacearum is the causal agent of angular leaf spot of cotton an important disease reported in production areas in Brazil and worldwide. From the comparative analysis of partial rpoB gene sequences of X. citri subsp. malvacearum, X. campestris pv. campestris, X. axonopodis pv. axonopodis and X. citri subsp. citri strains, the pair of primers xam1F/2R was designed. Nineteen species of the genus Xanthomonas and isolates of the genera Acidovorax, Burkholderia, Erwinia, Pseudomonas and Ralstonia were tested and the specific PCR product of about 560 base pairs was observed only for strains of X. citri subsp. malvacearum. The primers were highly sensitive, with detection levels of 8 cfu/ 5.0 L for suspensions of pure culture of bacteria and 1.0 ng of genomic DNA of X. citri subsp. malvacearum. From contaminated seed samples, bacterial colonies were obtained with characteristic morphology and coloration similar to X. citri subsp. malvacearum. These isolates were tested for Gram stain, starch hydrolysis, hypersensitivity reaction (HR) on tobacco and tomato leaves, pathogenicity tests on cotton plants, amplification with the specific primers designed and sequencing of the fragment obtained. The results confirmed their identification as X. citri subsp. malvacearum. PCR experiments in combination of BIOPCR/ nested-PCR were performed with the material obtained from the extraction process of pathogen from seeds using in the first step of amplification primers corresponding to part of the rpoB gene and the second step the product of the first amplification and the specific primers xam1F/2R. The result was a band of approximately 560 bp corresponding to the specific fragment of X. citri subsp. malvacearum for all samples tested. In this work, a PCR test for the quick detection and accurate identification of this bacterium in seed samples of cotton were developed.

A Mata Atlântica é reconhecida como área de prioridade de conservação na América do Sul, devido ao grande número de espécies endêmicas e constantes ameças à sua biodiversidade em decorrência da substituição da vegetação natural. Embora várias informações sobre a diversidade vegetal e animal estejam disponíveis, pouco se sabe sobre a diversidade de microorganismos existentes no solo desse bioma. A diversidade de fungos do solo foi avaliada em três unidades de conservação da Mata Atlântica do estado de São Paulo: Parque Estadual de Carlos Botelho (PECB), Estação Ecológica de Assis (EEA) e Parque Estadual da Ilha do Cardoso (PEIC). Ao todo, foram analisadas 90 amostras de solo, coletadas em épocas de alta e baixa pluviosidade, e sob a copa de três espécies arbóreas: Cabralea canjerana, Guapira opposita e Maytenus robusta. Foram utilizados métodos independentes (PCR-DGGE e pirosequenciamento) e um método dependente do cultivo (lavagem de solo e filtração de partículas) para a análise da diversidade e estrutura das comunidades de fungos do solo. Os resultados obtidos foram analisados conjuntamente com os dados de atributos químicos do solo e frações da matéria orgânica do solo a fim de verificar suas possíveis relações com as comunidades de fungos. Os resultados obtidos sugerem uma grande diversidade de fungos no solo da Mata Atlântica. Através do método de cultivo, um total de 142 espécies de fungos foi identificado nas três áreas, sendo que a estrutura das comunidades de fungos não foi influenciada pelas espécies arbóreas, mas sim pelas áreas e épocas de amostragem. As comunidades de fungos cultiváveis do PECB e do PEIC foram mais similares entre si do que em relação às comunidades de fungos do solo da EEA, assim como os valores dos atributos químicos do solo dessas áreas foram mais semelhantes entre si. Pelo método de PCR-DGGE, as estruturas das comunidades de fungos das três áreas sofreram influência das espécies arbóreas sob a copas das quais as amostras foram coletadas. Somente a estrutura das comunidades de fungos no solo do PEIC não sofreu influência da época de amostragem. Usando pirosequenciamento, foram obtidas 39.152 sequências da região ITS de fungos, as quais foram agrupadas em 1.800 Unidades Taxonômicas Operacionais (UTOs). A diversidade de fungos na EEA e no PEIC variou em função das espécies arbóreas e épocas de coleta. A análise de NMS de cada área amostrada indicou que as comunidades de fungos do solo são muito homogêneas. O filo Ascomycota foi mais frequentemente detectado, tanto usando metodologia dependente quanto independente de cultivo. De maneira geral, as comunidades de fungos cultiváveis apresentaram maior relação com atributos químicos do solo, áreas e épocas de coleta, e as comunidades de fungos acessadas por PCRDGGE mostraram maior relação com as épocas de coleta e espécies arbóreas sob as quais as amostras de solo foram coletadas. A análise dos metadados usando rede neural revelou uma dependência da diversidade de fungos em relação às concentrações de ácidos húmicos, ácidos fúlvicos e humina no solo, além do pH e concentração de matéria orgânica total. / Brazilian Atlantic Forest is recognized as a top priority for conservation in South America because of its large number of innate species and the threats for the biodiversity due to vegetation changes. Although a plethora of data on plant and animal diversity in the Atlantic Forest is available, the diversity of soil microorganisms in this biome is still mostly unknown. Therefore, soil fungi diversity was evaluated in three Atlantic Forest conservation areas of São Paulo state: Estação Ecológica de Assis (EEA), Parque Estadual de Carlos Botelho (PECB) and Parque Estadual da Ilha do Cardoso (PEIC). A total of 90 soil samples were analyzed, collected in two different seasons (high and low precipitation seasons), and under the canopy projection of three tree species: Cabralea canjerana, Guapira opposita and Maytenus robusta. Two independent cultivation methods (PCR-DGGE and pyrosequencing) and one dependent method (soil washing and particles filtration method) were used for the analysis of soil fungi diversity and community structure. The results of these methods were analyzed together with the data on soil chemical attributes and organic matter fractions in the same samples, in order to verify the possible relations with soil fungi communities. The results suggest a great diversity of soil fungi in the Atlantic Forest. Through the cultivation method, a total of 142 fungi species were identified for the three areas. The structure of fungi communities was not affected by the tree species, but were affected by the sampling areas and seasons. Cultivable fungi community in PECB and PEIC were more similar to each other than in EEAs soil fungi community. In addition, the values of the chemical properties of these areas were more similar to each other. The structure of soil fungi community accessed by PCR-DGGE showed that the three areas were influenced by the tree species under the canopy where the soil samples were collected. Only the structure of PEICs fungi communities was not influenced by the season. By means of pyrosequencing, 39,152 sequences were retained from the ITS rDNA region, which were clustered in 1,800 Operational Taxonomic Unities (OTUs). Fungal diversity in EEA and PECB areas was influenced by the tree species and seasons. NMS analysis of each sampled area showed that soil fungi communities are very homogenous. Ascomycota was the most frequent phylum detected by both dependent and independent cultivation methods. Overall, the communities of cultivable fungi were more related to soil chemical attributes, sampling areas and seasons. Fungal communities accessed by PCR-DGGE showed greater relation with the seasons and tree species where the soil samples were collected. Analysis of metadata using neural network revealed fungal diversity dependence of humic acids, fulvic acids and humin concentrations in soil, as well as pH and organic matter concentrations.