Submitted by Nuzia Santos (nuzia@cpqrr.fiocruz.br) on 2015-04-08T13:34:00Z No. of bitstreams: 1 Dissertacao_DIP_JanainadeMouraFreire.pdf: 5984147 bytes, checksum: 0307f6bd7decdd19b3cf8165ec5f0460 (MD5) / Approved for entry into archive by Nuzia Santos (nuzia@cpqrr.fiocruz.br) on 2015-04-08T13:34:11Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertacao_DIP_JanainadeMouraFreire.pdf: 5984147 bytes, checksum: 0307f6bd7decdd19b3cf8165ec5f0460 (MD5) / Approved for entry into archive by Nuzia Santos (nuzia@cpqrr.fiocruz.br) on 2015-04-08T16:14:07Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertacao_DIP_JanainadeMouraFreire.pdf: 5984147 bytes, checksum: 0307f6bd7decdd19b3cf8165ec5f0460 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-04-08T16:14:07Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertacao_DIP_JanainadeMouraFreire.pdf: 5984147 bytes, checksum: 0307f6bd7decdd19b3cf8165ec5f0460 (MD5) Previous issue date: 2014 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisa René Rachou. Belo Horizonte, MG, Brasil / A comunidade indígena Xakriabá, localizada no município de São João das Missões, norte de Minas Gerais/Brasil, tem registrado casos de leishmaniose tegumentar americana (LTA) desde 2001. O presente estudo teve como objetivo descrever os casos identificados desde Junho de 2008 a setembro de 2010 , bem como acompanhar a evolução a evolução clínica dos casos até 12 meses após o fim do tratamento. Os casos suspeitos foram identificados em um levantamento da população e pelos agentes de saúde indígenas. Após a assinatura do Termo de Consentimento Livre e Esclarecido, os pacientes foram entrevistados e avaliados clinicamente, e as informações foram registradas em questionários estruturados e pré-codificados. O diagnóstico foi confirmado por testes intradérmicos de reação (IDR), exames parasitológicos ( exame direto, fragmento de biópsia ou aspirado cultura e técnicas moleculares ( PCR- RFLP). Os diagnósticos confirmados foram aqueles que testou positivo para pelo menos um dos testes. Hematológica , testes bioquímicos e eletrocardiograma (ECG) foram realizados antes, durante e no final do tratamento com antimónio pentavalente meglumina. Doses de 15 mg/kg/dia durante 20 dias (leishmaniose cutânea) e 20 mg/kg/dia durante 30 dias ( leishmaniose mucosa) foram utilizados . Entre os 94 pacientes com lesões cutâneas avaliadas, 89 foram confirmados como LTA e 60 tratados e monitorados. os casos vieram de cinco áreas existentes, com maior ocorrência nas áreas conhecidas como "Brejo Mata Fome" (47,5% casos) e "Itapicuru" ( 43,8% dos casos). A distribuição dos casos foi semelhante entre os homens (51,7%) e mulheres (48,3%) . Idade dos pacientes variou de 1 a 72 anos, com a mediana de 18 anos. Os casos ocorreram predominantemente entre os trabalhadores rurais que ganham menos de um salário mínimo. Maioria dos pacientes apresentava lesões atípicas (70,1%) e uma única lesão (60,7%). O tempo entre o início da lesão eo diagnóstico variou de menos de um mês até 72 meses. Não houve contra-indicações para o uso de antimônio pentavalente. Sessenta pacientes foram tratados e, após o 20 º dia, 24 (40,0%) apresentavam lesões que foram completamente epitelizadas enquanto outros apresentaram os parcialmente cicatrizadas. Esses dois grupos foram comparados por características demográficas, co-infecções, número, tamanho, aparência e localização das lesões, tempo de início dos sintomas, infecções bacterianas, uso de medicamentos caseiros ou comerciais, tamanho de endurecimento, a descontinuidade do tratamento , resultados de testes de diagnóstico e genótipos de Leishmania braziliensis. Após 20 dias de tratamento, epitelização completa esteve associada a lesões parcialmente epitelizadas no primeiro exame clínico (OR = 6,5, IC 95 % = 2,0-21,7) e infecção bacteriana (OR = 0,1, IC 95 % = 0,0-0,7) . Uma avaliação realizada 90 dias após o final do tratamento indicou que 44 pacientes (73,3%) apresentaram lesões completamente epitelizadas. Quando estes pacientes foram comparados aos com lesões não-cicatrizadas houve uma associação entre a falha do tratamento e LTA anterior no passado (OR = 8,2, IC 95% = 1,5-46,3), uso de medicação caseira (OR = 7,10 , IC 95 % = 1,6-71,9) e tempo de início dos sintomas superior a 8 meses (OR = 6,3, IC95% = 1,1-36,7). Seis ( 10%) recidivas foram observados casos. Entre os 60 pacientes tratados, 35 não havia completado um ano de monitoramento, no momento da análise de dados. Esperamos que com este estudo possa ampliar o conhecimento a respeito de LTA e contribuir para a melhoria do diagnóstico e tratamento da a doença na comunidade indígena Xakriabá. / The Xakriabá indigenous community located in the municipality of São João das Missões, north of Minas Gerais has recorded, since 2001, cases of American cutaneous leishmaniasis (ACL). This study aimed to describe the cases identified from June 2008 to September 2010, as well as treat and monitor their clinical course for 12 months after the end of treatment. Suspected cases were identified in a population survey and by indigenous health agents. After signing the Informed Consent Form, patients were interviewed and clinically evaluated, and the information was recorded in structured and pre-coded questionnaires. The diagnosis was confirmed by intradermal reaction assays (IDR), parasitological exams (direct examination, fragment from biopsy or aspirate culture and molecular techniques (PCR-RFLP). The confirmed diagnoses were those which tested positive for at least one of the tests. Hematological, biochemical and electrocardiographic (ECG) tests were performed before, during and at the end of treatment with pentavalent antimony Meglumine. Doses of 15 mg / kg / day for 20 days (cutaneous leishmaniasis) and 20 mg / kg / day for 30 days (mucosal leishmaniasis) were used. Among the 94 patients with skin lesions evaluated, 89 were confirmed as LTA and 60 treated and monitored. The cases came from five existing areas, with higher occurrence in the areas known as “Brejo Mata Fome" (47.5% cases) and "Itapicuru "(43.8% cases). The distribution of cases was similar among men (51.7%) and women (48.3%). Patients’ ages ranged from 1 to 72 years old, with the median of 18. The cases occurred predominantly among rural workers earning less than the minimum wage. Most of the patients presented atypical lesions (70.1%) and a single lesion (60.7%). The time between the onset of injury and diagnosis ranged from less than one month to 72 months. There were no contraindications for using pentavalent antimony. Sixty patients were treated, and after the 20th day, 24 (40.0%) presented lesions which were completely epithelialized while others presented partially healed ones. These two groups were compared for demographic characteristics, co-infections, number, size, appearance and location of lesions, time of onset of symptoms, bacterial infections, use of homemade or commercial medications, size of induration, discontinuation of treatment, results of diagnostic tests and Leishmania braziliensis genotypes. After 20 days of treatment, complete epithelialization was associated with lesions partially epithelialized in the first clinical examination (OR = 6.5, CI 95% = 2.0-21.7) and bacterial infection (OR = 0.1, CI 95% = 0.0-0.7). An evaluation carried out 90 days after the end of the treatment indicated that 44 patients (73.3%) presented completely epithelialized lesions. When these patients were compared to the nonhealed ones, there was an association between treatment failure and previous LTA in the past (OR = 8.2, IC 95% = 1.5-46.3), use of homemade medication (OR = 7.10, CI 95% = 1.6-71.9) and time of onset of symptoms greater than 8 months (OR = 6.3, CI95%= 1.1-36.7). Six (10%) relapses cases were observed. Among the 60 patients treated, 35 had not completed one year of monitoring at the time of data analysis. The objective of this study is to expand knowledge regarding LTA and to contribute to improving the diagnosis and treatment of the disease in the Xakriabá indigenous community.

Submitted by Nuzia Santos (nuzia@cpqrr.fiocruz.br) on 2015-04-09T13:13:52Z No. of bitstreams: 1 Dissertacao_RosanaSilvaLana-1.pdf: 5071591 bytes, checksum: 7c24aa2bae0d59273791b3e4b3bf4b12 (MD5) / Approved for entry into archive by Nuzia Santos (nuzia@cpqrr.fiocruz.br) on 2015-04-09T13:14:02Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertacao_RosanaSilvaLana-1.pdf: 5071591 bytes, checksum: 7c24aa2bae0d59273791b3e4b3bf4b12 (MD5) / Approved for entry into archive by Nuzia Santos (nuzia@cpqrr.fiocruz.br) on 2015-04-09T13:14:12Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertacao_RosanaSilvaLana-1.pdf: 5071591 bytes, checksum: 7c24aa2bae0d59273791b3e4b3bf4b12 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-04-09T13:14:12Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertacao_RosanaSilvaLana-1.pdf: 5071591 bytes, checksum: 7c24aa2bae0d59273791b3e4b3bf4b12 (MD5) Previous issue date: 2014 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisa René Rachou. Belo Horizonte, MG, Brasil / A proposta deste estudo foi avaliar a transmissão das leishmanioses no município de Jaboticatubas, Serra do Cipó, região turística de Minas Gerais. Para tal, foram realizados estudos entomológicos e de reservatórios urbanos da doença. Para os estudos entomológicos foram selecionados oito bairros, levando-se em consideração a ocorrência de casos humanos, e colocadas armadilhas luminosas do tipo HP, no peridomicílio de 10 residências, durante três noites consecutivas por mês, entre maio de 2012 a abril de 2013. A fauna flebotomínica estudada foi composta de 3.104 exemplares, sendo bastante diversificada com 17 espécies do gênero Lutzomyia e duas fêmeas do gênero Brumptomyia. Com relação às espécies de importância médica e também numerosas, ressaltamos o encontro de Lu. whitmani (33,80%), Lu. Intermédia (14,60%) e Lu. longipalpis (7,96%). A taxa de infecção natural geral dos flebotomíneos por Leishmania foi de 3,40%. Foram analisados 249 “pools” de diferentes espécies de flebotomíneos, dentre estes 32 estavam positivos. Para o estudo da taxa de infecção canina, realizou-se inquérito censitário em cães domiciliados em área urbana do município. Foram coletadas 1.105 amostras de soros que foram testadas por meio do DPP® e as positivas confirmadas as infecções através do Ensaio Imunoenzimático ELISA, obtendo-se a taxa média de prevalência canina de 7,78%. Dos 86 cães positivos, foi escolhida uma amostra aleatória de 11 deles, que foram necropsiados e com as amostras de biópsia de tecidos obtidas foram realizados “imprints”, cultura de parasitos e PCR. Foi realizado o georreferenciamento na zona urbana de todos os casos caninos e humanos de leishmanioses dos últimos 6 anos, e construído um mapa mostrando a distribuição dos casos. A PCR de aspirado medular apresentou maior positividade (63,60%) em relação à pele (9,00%). Já nos “imprints”, a taxa de positividade da pele foi de 36,36% e de medula 0%. Quanto à cultura de aspirados de medula óssea, a positividade foi de 27,27%. Nossos resultados indicam a urbanização das leishmanioses no município, devido à alta densidade vetorial e infecção por Leishmania, expressiva taxa média de prevalência de infecção canina e recentes registros de casos humanos, Portanto, é importante intensificar as ações de controle a fim de evitar que o problema se agrave no município. / The purpose of this study was to evaluate the transmission of leishmaniasis in Jaboticatubas, Serra do Cipó, tourist region of Minas Gerais. For this, entomological studies and urban reservoirs of the disease were conduzed. To entomological studies eight districts were selected, taking into account the occurrence of human cases, and light traps HP type were placed in the outdoors in10 homes for three consecutive nights per month from May 2012 to April 2013. The sand flies studied consisted of 3,104 specimes, quite diverse with 17 species of Lutzomyia and two females of the genus Brumptomyia. With regard to species of medical importance and also numerous, emphatize the meeting of Lu.whitmani (33.80 %), Lu. intermedia (14.60%) and Lu. longipalpis (7.96 %). The general rate of natural infection of sand flies by Leishmania was 3.40%. 249 "pools" of different sandfly species, among them 32 were positive. To study the rate of canine infection was held census survey among domestic dogs in urban area. 1,105 serum samples were tested by the DPP® and confirmed positive infections by ELISA immunoenzymatic assay, obtaining the average prevalence of canine 7.78%. Of the 86 positive dogs, was selected a random sample of 11 of them , which were necropsied and samples of biopsy tissue obtained were performed " imprints ", culture of parasites and PCR . Georeferencing was conducted in urban areas of all canine and human leishmaniasis cases in the last 6 years, and built up a map showing the distribution of cases. The PCR of marrow aspirate showed a higher positivity (63.60%) compared to skin (9.00%) While the "imprints", the positivity rate of skin was 36.36 % and 0 % marrow. As for the culture of marrow aspirates, the positivity was 27.27%. Our results indicate the urbanization of leishmaniasis in the municipality due to high vector density and infection by Leishmania, expressive average rate of prevalence canine infection and recent records of human cases, therefore, is important to intensify control actions in order to prevent the problem from getting worse in the municipality.

Submitted by Nuzia Santos (nuzia@cpqrr.fiocruz.br) on 2015-04-15T16:26:15Z No. of bitstreams: 1 Dissertacao_MariaVitóriaAssumpçãoMourão (1).pdf: 1293649 bytes, checksum: 77059bdd9914c6dfe5771a713c8af94b (MD5) / Approved for entry into archive by Nuzia Santos (nuzia@cpqrr.fiocruz.br) on 2015-04-15T16:26:23Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertacao_MariaVitóriaAssumpçãoMourão (1).pdf: 1293649 bytes, checksum: 77059bdd9914c6dfe5771a713c8af94b (MD5) / Approved for entry into archive by Nuzia Santos (nuzia@cpqrr.fiocruz.br) on 2015-04-15T16:26:32Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertacao_MariaVitóriaAssumpçãoMourão (1).pdf: 1293649 bytes, checksum: 77059bdd9914c6dfe5771a713c8af94b (MD5) / Made available in DSpace on 2015-04-15T16:26:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertacao_MariaVitóriaAssumpçãoMourão (1).pdf: 1293649 bytes, checksum: 77059bdd9914c6dfe5771a713c8af94b (MD5) Previous issue date: 2014 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisa René Rachou. Belo Horizonte, MG, Brasil / No Brasil, observa-se aumento dos casos de leishmaniose visceral (LV) nos últimos anos, associado à alta letalidade. É necessária a identificação de indicadores sensíveis e específicos que reconheçam precocemente a gravidade e possibilitem intervenção imediata e adequada. O objetivo do presente estudo prospectivo foi correlacionar parâmetros clínicos e laboratoriais e carga parasitária à evolução da LV em crianças. Foram incluídas 48 crianças com diagnóstico de LV, internadas no Hospital Infantil João Paulo II, em Belo Horizonte, de junho de 2010 a junho de 2011. Os pacientes foram avaliados clinicamente e tiveram amostras de sangue periférico coletadas antes (T0), entre 10 e 15 dias (T1) e entre 40 e 60 dias (T2) após início do tratamento. Nestas amostras, a carga parasitária foi quantificada por PCR quantitativa em tempo real (qPCR), sendo o gene alvo a SSU rRNA de Leishmania. Evolução grave foi definida como internação em UTI ou administração de amina vasoativa, ventilação mecânica ou hemotransfusão. As manifestações clínicas mais observadas à admissão foram febre, palidez e hepatosplenomegalia, associado à pancitopenia, elevação das aminotransferases hepáticas e hipoalbuminemia. A positividade da RIFI e dos testes rápidos Kalazar Detect® e Diamed-IT Leish® foi de 66,7%, 85,4% e 100%, respectivamente. Observou-se elevada positividade (100%) em exames de PCR convencional em sangue periférico e aspirado de medula óssea. Como tratamento específico, administrou-se Glucantime® em 45,8%, anfotericina B desoxicolato em 35,5%, anfotericina B lipossomal em 8,3% e associação de anfotericina B lipossomal e Glucantime® em 10,4% dos pacientes. Considerou-se que 56,2% das crianças apresentaram evolução grave, mas sem nenhum óbito. Em T2, todos apresentavam melhora clínica. A classificação por critérios de gravidade proposta pelo Ministério da Saúde em 2006 foi aplicada à admissão, não apresentando boa acurácia para detecção de casos com evolução grave. O qPCR apresentou bom desempenho e foi positivo em todas as crianças em T0. Observou-se variação ampla da carga parasitária em T0, não correlacionada a características clínicas e laboratoriais, a critérios de gravidade e escores preditores de óbito à admissão e à evolução grave durante a internação. Redução significativa do número de cópias do fragmento gênico foi constatada em T1 e T2, que não variou de acordo com a medicação usada. Identificaram-se como fatores de risco para evolução grave idade menor do que 12 meses, taquidispneia, infecção, hepatomegalia volumosa, anemia, plaquetopenia e hipoalbuminemia à admissão. / In Brazil, there is an increasing number of cases of visceral leishmaniasis (VL) in recent years, associated to a high case-fatality rate. It is necessary to identify sensitive and specific clinical factors that may prompt to adequate and immediate intervention. The purpose of this prospective study was to correlate clinical and laboratory parameters and parasite load with clinical outcome in children with VL. Forty-eight children diagnosed with VL and hospitalized in Hospital Infantil João Paulo II, in Belo Horizonte, Brazil, were included from June 2010 to June 2011. The patients were assessed clinically and peripheral blood samples were obtained before (T0), from 10 to 15 (T1) and from 40 to 60 days (T2) after starting treatment. In these samples, the parasite load was quantified by real-time quantitative PCR (qPCR) using as molecular target the SSU rRNA gene of Leishmania. Severe outcome was defined as admission in intensive care unit, administration of vasoactive amines, mechanical ventilation or blood transfusion. The most frequently observed features were fever, pallor and hepatosplenomegaly associated with pancytopenia, elevated liver aminotransferases and hypoalbuminemia. The positivity of IFAT and of the rapid tests Kalazar Detect® and Diamed-IT Leish® was 66,7%, 85,4% e 100%, respectively. There was a high positive rate (100%) in conventional PCR in peripheral blood and bone marrow aspirates. The drugs used for specific therapy were Glucantime® in 45,8%, amphotericin B deoxycholate in 35,5%, liposomal amphotericin B in 8,3% and combination of liposomal amphotericin B and Glucantime® in 10,4% of the patients. It was considered that 56,2% of the children presented severe outcome but no deaths occurred. At T2, all patients had clinical improvement. The classification of severity proposed by the Ministry of Health in 2006, applied at admission, showed low accuracy for detection of severe cases. The quantitative PCR assay presented high performance and was positive in all children in T0. There was a wide variation in parasite load at T0 and no correlation was observed with clinical and laboratory features, with severity at admission and with severe outcome. Significant decrease in the number of copies of the gene fragment was found in T1 and T2, which did not vary according to the drug used. The identified risk factors for severe outcome were children younger than 12 months and the presence of tachydyspnea, infection, hepatomegaly, anemia, thrombocytopenia and hypoalbuminemia at admission.

Made available in DSpace on 2015-06-01T19:28:10Z (GMT). No. of bitstreams: 2 520.pdf: 2031351 bytes, checksum: 2899314c9f4b140c9fd13eebe3fea1e6 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2011 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas Aggeu Magalhães. Recife, PE, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas Aggeu Magalhães. Recife, PE, Brasil / Diante da alta frequência com que Aeromonas spp foram isoladas de fezes de pacientes durante um surto de diarréia em São Bento do Una, PE, e tendo em vista que seu papel na etiologia de infecções intestinais ainda não tenha sido comprovado, o potencial patogênicodessas bactérias foi avaliado através da pesquisa de possíveis genes de virulência, da sua capacidade de aderir em células animais e de formar biofilme. Também foi pesquisada a região intergênica espaçadora (ISR) 16S-23S na tentativa de encontrar um perfil clonal entre essas bactérias, além do gene 16S. Diante da dificuldade na identificação laboratorial do gênero Aeromonas, foi desenvolvida e padronizada uma duplex-PCR. Dentre os 106 isolados clínicos e 19 ambientais, os genes lip, exu, gcat e flaA/B foram encontrados respectivamente em 84,9 por cento e 100 por cento, 85,8 por cento e 94,7 por cento, 100 por cento e 100 por cento e 84 por cento e 89,5 por cento das amostras. O gene aerA foi encontrado em menor frequência tanto nos isolados clínicos como nos ambientais (47,2 por cento/36,8 por cento). As cepas de Aeromonas testadas apresentaram aderência difusa em células HEp-2 mas não foram capazes de formar biofilme em placa. A ISR 16S-23S dessas bactérias revelou nove perfis diferentes, enquanto a análise do gene 16S mostrou o mesmo perfil para os diferentes ribotipos encontrados. A duplex-PCR foi reprodutível e específica para o gênero Aeromonas e após sua validação poderá ser utilizada como diagnóstico complementar dessas bactérias. Embora tenham apresentado um alto potencial patogênico, as cepas de Aeromonas isoladas durante o surto de diarréia ocorrido em São Bento do Una, não provêm de um mesmo clone e, portanto, não podem ser responsabilizadas como a causa do surto, sugerindo que essas bactérias eram parte da microbiota intestinal transitória dos indivíduos infectados. Por outro lado, e tendo em vista a preocupação que a comunidade científica tem demonstrado a respeito de Aeromonas, considerada patógeno emergente, são necessários outros estudos para tentar definir o papel desses microrganismos em processos diarréicos

Submitted by Nuzia Santos (nuzia@cpqrr.fiocruz.br) on 2015-04-10T19:15:34Z No. of bitstreams: 2 Dissertacao_LaraCottaAmaral.pdf: 1571356 bytes, checksum: d96cdf3ef9b085b1c5f6bb55657eaaac (MD5) Dissertacao_LaraCottaAmaral.pdf: 1571356 bytes, checksum: d96cdf3ef9b085b1c5f6bb55657eaaac (MD5) / Approved for entry into archive by Nuzia Santos (nuzia@cpqrr.fiocruz.br) on 2015-04-10T19:15:44Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertacao_LaraCottaAmaral.pdf: 1571356 bytes, checksum: d96cdf3ef9b085b1c5f6bb55657eaaac (MD5) Dissertacao_LaraCottaAmaral.pdf: 1571356 bytes, checksum: d96cdf3ef9b085b1c5f6bb55657eaaac (MD5) / Approved for entry into archive by Nuzia Santos (nuzia@cpqrr.fiocruz.br) on 2015-04-10T19:15:54Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertacao_LaraCottaAmaral.pdf: 1571356 bytes, checksum: d96cdf3ef9b085b1c5f6bb55657eaaac (MD5) Dissertacao_LaraCottaAmaral.pdf: 1571356 bytes, checksum: d96cdf3ef9b085b1c5f6bb55657eaaac (MD5) / Made available in DSpace on 2015-04-10T19:15:54Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertacao_LaraCottaAmaral.pdf: 1571356 bytes, checksum: d96cdf3ef9b085b1c5f6bb55657eaaac (MD5) Dissertacao_LaraCottaAmaral.pdf: 1571356 bytes, checksum: d96cdf3ef9b085b1c5f6bb55657eaaac (MD5) Previous issue date: 2014 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisa René Rachou. Belo Horizonte, MG, Brasil / O diagnóstico adequado de malária permanece como um dos pilares dos programas de controle da doença no mundo, já que um diagnóstico eficiente permite a identificação precoce de casos e definição do esquema terapêutico, contribuindo para interrupção do ciclo biológico do parasito. A microscopia óptica (MO), atual diagnóstico de referência para malária, tem apresentado limitações, principalmente em casos de co-infecções e baixas parasitemias. Assim sendo, busca-se por técnicas mais sensíveis e específicas para auxiliar a MO, sendo os métodos baseados na reação em cadeia da polimerase (PCR) considerados mais adequados para identificação de indivíduos com infecção submicroscópica. Entretanto, os vários protocolos de PCR apresentados até o momento tem se baseado no gene da subunidade menor do RNA ribossomal 18S dos plasmódios (18S rRNA), que se encontra em poucas cópias no genoma destes parasitos. Recentemente, foram descritas sequências não ribossomais para identificação de Plasmodium vivax (Pvr47) e Plasmodium falciparum (Pfr364), sendo estas sequências promissoras para o diagnóstico molecular de malária. Baseando-se nestes achados, este trabalho propôs o desenvolvimento de um protocolo de Real-Time PCR para validar os alvos Pvr47 e Pfr364 para o diagnóstico de malária vivax e falciparum, respectivamente, com ênfase em infecções mistas e baixas parasitemias. Após padronização com sucesso da técnica de Real-Time PCR (RT-LAMAL), a mesma foi comparada a três outros protocolos moleculares, sendo duas técnicas baseadas no gene 18S rRNA – Nested-PCR (Snounou et al., 1993) e Real-Time PCR (Mangold et al., 2005) – e uma PCR convencional baseada nos alvos Pvr47/Pfr364 (Demas et al., 2011). Para avaliar os protocolos quanto aos seus limites de detecção de infecções únicas e mistas por P. vivax e P. falciparum, foram realizadas titulações de misturas artificiais com diferentes concentrações dos parasitos. Os resultados obtidos nesta etapa revelaram que a PCR-Demas e RT-LAMAL apresentaram os menores limites de detecção para P. vivax e P. falciparum, tanto em infecções únicas quanto mistas, e que o protocolo de RT-Mangold foi incapaz de detectar coinfecções. Posteriormente, os protocolos foram avaliados para o diagnóstico de malária em amostras de campo, incluindo área não endêmica (n=117) e área endêmica para malária (n=163). Os resultados revelaram que os protocolos de RTMangold, PCR-Demas e RT-LAMAL foram mais eficientes na detecção de parasitemias submicroscópicas, porém, o protocolo de RT-Mangold novamente mostrou ser incapaz de detectar infecções mistas. Em conjunto, os dados obtidos demonstraram que os alvos Pvr47/Pfr364 foram mais adequados para o diagnóstico molecular de malária vivax e falciparum do que o gene 18S rRNA. Contudo, o protocolo aqui desenvolvido (RT-LAMAL) se mostra em vantagem à PCR-Demas, com maior rapidez na obtenção de resultados, dispensando a revelação em gel de agarose e uso de brometo de etídeo, além de diminuir a possibilidade de contaminação de reagentes e amostras. Portanto, conclui-se que a RT-LAMAL possui grande potencial para o diagnóstico molecular de certeza de pacientes com infecções mistas e baixas parasitemias. / Accurate diagnosis of malaria remains as one of the pillars for prevention and control of the disease. An efficient diagnostic test may allow early case detection and appropriate treatment, therefore contributing to the interruption of malaria transmission cycle. Because the optical microscopy (OM) – the gold standard of malaria diagnosis – presents significant limitations, mainly in cases of co-infections and low parasitemias, it seems to be essential to develop a more sensitive and specific diagnostic tool. In this context, methods based on the polymerase chain reaction (PCR) seem to be more suitable for detecting individuals with submicroscopic malaria infections. Unfortunately, the majority of PCR-based methods still rely on the 18S rRNA gene targets, present in few copies in the parasite genome. Recently, new target DNA sequences were described for the identification of Plasmodium vivax (Pvr47) and Plasmodium falciparum (Pfr364). Due to the importance of these findings, the goal of the present study was to validate the Pvr47 and Pfr364 targets for the diagnosis of vivax and falciparum malaria, focusing on the development of a real-time PCR for detection of mixed infection and sub-microscopic parasitemia. After successful standardization of the Real-Time PCR (RT-LAMAL), this-PCR protocol was compared with three well-established PCR protocols, two of them relied on the gene 18S rRNA – Nested-PCR (Snounou et al., 1993) and Real-Time PCR (Mangold et al., 2005) -- and a third protocol based on the Pvr47/Pfr364 as target for a conventional PCR assay (Demas et al., 2011). In order to evaluate these different PCR-protocols in terms of their limit of detection, titrations of artificial mixtures of DNA plasmodial were performed. The results revealed that the PCRDemas and RT-LAMAL presented the lowest limit of detection for either single or mixed P. vivax and P. falciparum infections. In addition, the RT-Mangold protocol was unable to detect co-infections. To further evaluate the performance of these four PCR protocols for diagnosis of malaria in the field, we analyzed samples from malaria-endemic areas (n=163) as well as from non-endemic area (n = 117). While the results confirmed that PCR-Demas and RT-LAMAL protocols as being more appropriate for the diagnosis of submicroscopic infection, the data demonstrated again that the RT-Mangold protocol was unable to detect mixed infections. Together, the data confirmed Pvr47/Pfr364 targets as more suitable for molecular diagnosis of P. vivax and P. falciparum. Of interest, the Real-time PCR developed here (RTLAMAL) offers several advantages over the traditional PCR-Demas, including faster processing time and decreased risk of contamination. In conclusion, that RT-LAMAL has great potential for molecular diagnosis of patients with mixed infections and low levels of parasitemia.

Submitted by Nuzia Santos (nuzia@cpqrr.fiocruz.br) on 2015-04-14T14:03:09Z No. of bitstreams: 1 Roberta Carvalho Ferreira - Avaliação da colonização de Trypanosoma cruzi e Trypanosoma rangeli no trato intestinal de Rhodnius prolixus - 2014.pdf: 1324987 bytes, checksum: b6cd417c99954e8fdca43e7c13cf5538 (MD5) / Approved for entry into archive by Nuzia Santos (nuzia@cpqrr.fiocruz.br) on 2015-04-14T14:03:19Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Roberta Carvalho Ferreira - Avaliação da colonização de Trypanosoma cruzi e Trypanosoma rangeli no trato intestinal de Rhodnius prolixus - 2014.pdf: 1324987 bytes, checksum: b6cd417c99954e8fdca43e7c13cf5538 (MD5) / Approved for entry into archive by Nuzia Santos (nuzia@cpqrr.fiocruz.br) on 2015-04-14T14:03:30Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Roberta Carvalho Ferreira - Avaliação da colonização de Trypanosoma cruzi e Trypanosoma rangeli no trato intestinal de Rhodnius prolixus - 2014.pdf: 1324987 bytes, checksum: b6cd417c99954e8fdca43e7c13cf5538 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-04-14T14:03:30Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Roberta Carvalho Ferreira - Avaliação da colonização de Trypanosoma cruzi e Trypanosoma rangeli no trato intestinal de Rhodnius prolixus - 2014.pdf: 1324987 bytes, checksum: b6cd417c99954e8fdca43e7c13cf5538 (MD5) Previous issue date: 2014 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisa René Rachou. Belo Horizonte, MG, Brasil / Os parasitos Trypanosoma rangeli e Trypanosoma cruzi entram no tubo digestivo do vetor através do repasto sanguíneo e o intestino médio anterior (IMA) é o local onde se dão as primeiras interações parasito-hospedeiro. Sendo assim, a colonização do IMA de Rhodnius prolixus por T. cruzi (cepa CL) e T. rangeli (cepa CHOACHI) foi avaliada no presente estudo. Inicialmente, o estabelecimento da infecção em ninfas infectadas com epimastigotas de cultura ou tripomastigotas sanguíneas foi comparativamente avaliado. A avaliação de diferentes parâmetros mostrou que a dinâmica de colonização foi diferente dependendo da forma do parasito utilizada para a infecção em ambas as espécies. Dessa forma, a avaliação da dinâmica de colonização dos parasitos no intestino de insetos infectados foi realizada com tripomastigotas sanguíneas, as formas naturalmente presentes no hospedeiro vertebrado. Além disso, a porção do trato intestinal onde ocorre a diferenciação das formas tripomastigotas para epimastigotas foi determinada para as duas espécies. Para infecções por T. rangeli, a diminuição gradativa no número de tripomastigotas no IMA e o concomitante aparecimento de formas intermediárias e epimastigotas a partir do primeiro dia pós-infecção (pi) indicaram que a sua diferenciação acontece nessa porção do intestino. No caso de infecções por T. cruzi, a presença de apenas formas tripomastigotas e intermediárias no IMA e a presença de formas intermediárias e epimastigotas no intestino médio posterior (IMP) dos insetos sugere que a sua diferenciação ocorre no IMP do vetor. A quantificação dos parasitos mostrou uma redução de mais de 80% nas populações de T. cruzi nas primeiras 24 horas pi. A primeira hipótese para avaliar esta redução seria a de que os parasitos estariam cruzando rapidamente o IMA e estabelecendo a infecção no IMP dos insetos. Entretanto, o reduzido número de parasitos encontrado no IMP não corroborou a hipótese. Na segunda hipótese, os parasitos poderiam estar aderidos ao epitélio do IMA e por essa razão não teriam sido quantificados nas contagens a fresco. A ausência de parasitos no IMA através da quantificação por qPCR, associada a análise do epitélio intestinal em miscroscópio, sugerem fortemente que o parasito não se adere ao epitélio intestinal do IMA. Finalmente, a possibilidade dos parasitos estarem sendo eliminados do IMA nestas primeiras horas pi foi avaliada. A significativa redução no número de parasitos incubados com diferentes tecidos de R. prolixus, particularmente com o IMA de insetos recém-alimentados, sugere que uma parte significativa da população de T. cruzi que entra no vetor juntamente com o repasto é eliminada por fatores presentes no IMA do inseto. Em conclusão, o presente estudo mostrou que embora T. cruzi e T. rangeli apresentem formas infectivas similares, os parasitos utilizam diferentes estratégias para iniciar a infecção nos seus hospedeiros invertebrados. / Trypanosoma rangeli and Trypanosoma cruzi enter the vector’s intestinal tract together with the bloodmeal and the anterior midgut is the first compartment they interact with. Therefore, in the present study, the colonization of Rhodnius prolixus anterior midgut by T. cruzi (CL strain) and T. rangeli (CHOACHI strain) was evaluated. Initially, the parasite establishment was compared in the anterior midgut of nymphs infected with culture epimastigotes versus blood trypomastigotes. The evaluation of different parameters showed that the colonization dynamics was different according to the parasite development stage used in the infection, for both species. Thereby, the next objective was to evaluate the anterior midgut colonization in insects infected with blood trypomastigotes, which are the forms naturally present in the vertebrate host. Additionally, the midgut portion where trypomastigotes differentiate into epimastigotes was determined for both flagellates. In T. rangeli infections, the gradual decrease in trypomastigote numbers and the finding of intermediate and epimastigote forms 24 hours (pi) in the anterior midgut indicates that the differentiation of the parasite occurs in this portion of the midgut. During T. cruzi infections, only trypomastigote and intermediate forms were observed in the anterior midgut, and the finding of intermediate and epimastigote forms in the posterior midgut suggests that its differentiation occurs in the insect’s posterior midgut. The parasite quantification showed that T. cruzi populations in the anterior midgut were reduced in about 80% during the first 24 hours pi. The first hypothesis to be tested evaluated wheter parasites rapidly crossed the anterior midgut and established infection in the posterior midgut. However, the low amount of parasites in the posterior midgut did not confirm this hypothesis. The other hypothesis suggests that parasites could be attached to the anterior midgut epithelium and, therefore, could not be quantified by the fresh counts. However, absence of parasites in the anterior midgut by qPCR and the analysis of the intestinal epithelium in the microscope showed that no parasites were attached to the anterior midgut at that period time point. Finally, the third hypothesis evaluated the possibility that parasites could have been killed in the anterior midgut during the first 24 hours pi. The reduction in number of parasites incubated with different tissues of R. prolixus, particularly with anterior midguts from blood fed insects indicates that a significant part of the T. cruzi population ingested with the blood meal is eliminated by factors present in the vector’s anterior midgut. In conclusion, this study showed that although T. cruzi and T. rangeli present similar infective forms, the parasites present different strategies to initiate the infection on their invertebrate hosts.

Made available in DSpace on 2015-06-12T13:55:09Z (GMT). No. of bitstreams: 2 462.pdf: 1936396 bytes, checksum: 04bba025d07d06eee03a3b5eb14ad34e (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2012 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas Aggeu Magalhães. Recife, PE, Brasil / A tuberculose (TB) é um dos grandes problemas de saúde pública mundial devido às suas altas taxas de morbimortalidade e índices de transmissão, apesar de existir tratamento e medidas eficazes de controle da doença. O diagnóstico precoce associado a uma terapêutica adequada é essencial para a eficácia dos programas públicos de controle. As técnicas diagnósticas, baciloscopia e cultura, utilizadas de rotina para a detecção do Mycobacterium tuberculosis em amostras clínicas são falhas em sensibilidade e na demora da obtenção dos resultados, respectivamente. A cultura é considerada o método padrão-ouro para avaliar a viabilidade do bacilo em pacientes com tuberculose em vigência de tratamento específico, porém, por ser laboriosa e necessitar de pelo menos 4 semanas para o crescimento do bacilo, dificulta bastante o monitoramento clínico e a resposta do paciente às drogas tuberculostáticas. Neste contexto, os métodos moleculares vêm sendo desenvolvidos com destaque para a tecnologia da reação em cadeia da polimerase (PCR) destacando a Transcrição Reversa seguida de PCR quantitativa em tempo real (RT-qPCR) utilizando o RNA mensageiro que expressa bem a viabilidade bacilar. Neste trabalho foi analisado o desempenho da RT-qPCR utilizando como alvo o gene 85B do Mycobacterium tuberculosis na detecção e resposta ao tratamento específico da tuberculose pulmonar. Foi realizada uma padronização com diferentes concentrações dos primers e sonda desenhados por Desjardin et al, (1999). Construiu-se uma curva padrão de DNA plasmidial gerando um limite de detecção de 10pg/1x10 e-6 (7x10 e7 cópias/reação), epson = 106, R2= 0,98 por cento, e slope= -3,18. O sistema foi avaliado em 98 pacientes com suspeita de TB pulmonar apresentando uma sensibilidade de 91,07 por cento e especificidade de 97,61 por cento, quando comparado à cultura. Em 56 pacientes com tuberculose pulmonar acompanhados durante 30 dias de tratamento específico verificou-se que a RT-qPCR e a cultura apresentaram uma excelente concordância, tendo sido observado um declínio de bacilos viáveis nos dias 15 e 30 após o início da terapêutica na maioria deles. Desta forma, os resultados encontrados sugerem que a RT-qPCR é uma ferramenta que pode ser utilizada no monitoramento clínico e terapêutico, como sinalizador de resistência bacteriana e indicador do período de transmissibilidade do M. tuberculosis em pacientes com TB pulmonar submetidos a tratamento específico

Made available in DSpace on 2015-10-16T12:52:52Z (GMT). No. of bitstreams: 2 monique_campos_ini_mest_2014.pdf: 312415 bytes, checksum: 120ed5a2ca6efa0020e1e67a2556df00 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2015-06-10 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto de Pesquisa Clínica Evandro Chagas. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / A leishmaniose visceral (LV) representa um importante problema de saúde pública no Brasil. Podem acometer os seres humanos e mamíferos silvestres e domésticos, sob a forma de doenças infecciosas crônicas com uma ampla gama de manifestações clínicas. O diagnóstico laboratorial é requerido para confirmar a suspeita clínica. Atualmente as técnicas moleculares baseadas na reação em cadeia da polimerase (PCR) têm demonstrado alta especificidade e sensibilidade. Na literatura existem diversos relatos da utilização da PCR com diferentes tipos de material clínico, alvos moleculares, conservação das amostras. Alguns autores consideram amostras congeladas mais vantajosas em relação às amostras fixadas em formol e embebidas em parafina (FFPE). No entanto, muitos pesquisadores defendem a importância das amostras FFPE devido à facilidade de conservação e possibilidade de utilização da PCR em estudos retrospectivos. O objetivo desse projeto foi avaliar a acurácia da qPCR realizada em amostras de pele íntegra congelada e parafinada. Trata-se de um estudo de validação, com 50 amostras de tecido congelado e 50 de tecido parafinado, provenientes de cães da cidade de Belém-PA. De cada animal foram coletados fragmentos de pele íntegra, sendo um dos fragmentos congelado e outro conservado por parafinização. As amostras de pele íntegra analisadas foram coletadas da região escapular utilizando punch de 3 mm. A qPCR foi orientada para alvos do kDNA da espécie Leishmania infantum A extração de DNA de amostras de pele íntegra FFPE foi realizada com o \201Ckit\201D comercial QIAamp® DNA FFPE Tissue (Qiagen, Califórnia, USA) de acordo com as recomendações do fabricante e para as amostras de tecido congelado foi utilizado o \201Ckit\201D IllustraTM Tissue & Cells Genomicprep Mini spin (GE Healthcare), seguindo as recomendações contidas no \201Ckit\201D. Os resultados obtidos demonstraram índices de sensibilidade e especificidade para as amostras FFPE de 63,7% e de 77,8%. Para as amostras congeladas foram de 100% e 45,9%, respectivamente. O índice Kappa obtido foi considerado fraco. A recuperação/concentração de DNA nas amostras FFPE foi baixa, mas os resultados obtidos indicam sensibilidade e especificidade moderados, demonstrando que é possível o diagnóstico da leishmaniose visceral canina com amostras FFPE / Visceral leishmaniasis (VL) is a significant public health problem in Brazil. It affects humans, wild and domestic mammals, in the form of chr onic infectious disease with a wide range of clinical manifestations. Laboratory diagnosis is required to confirm the clinical suspicion of VL. Currently, molecular techniques based on polymerase chain reaction (PCR) have shown high specificity and sensitivity. Some authors consider more advantageous the use of frozen samples in PCR due to the better quality of DNA, in relation to that of fixed in formalin and embedded in paraffin (FFPE) samples. Howeve r, many researchers argue describe the importance of FFPE samples, due to the facility of conservation and the possibility of using PCR in retrospective studies. The aim of this study was to evaluate the accuracy of the quantitative polymerase chain reaction (qPCR) performed on intact frozen and FFPE skin samples. This is a validation study with 50 fr esh tissue samples and 50 FFPE tissues of dogs from Belém-PA. From each animal fragments of intact skin were collected, being one of the frozen fragments and another saved by paraffinization. The samples analyzed were collected from intact skin of the scapular region us ing a 3 mm punch. The qPCR was oriented targets kDNA of Leishmania infantum . The DNA extraction from FFPE samples of normal skin was performed with the QIAamp ® DNA FFPE Tissu e kit (Qiagen, California, USA) "kit" business according to the manufacturer's recomme ndations and for samples of frozen tissue the "kit" used was IllustraTM Tissue & Cells Genomicprep Mini spin (GE Healthcare), according to the manufacturer's recommendations in "kit". The results showed sensitivity and specificity for FFPE samples of 63.7 % and 77.8 %. For frozen samples were 100% and 45.9 %, respectively. The Kappa index obtained was considered weak. The recovery/concentration of DNA in FFPE samples was low, but the results indicate moderate sensitivity and specificity, demonstrating that it is possible th e diagnosis of canine visceral leishmaniasis from FFPE samples.

Made available in DSpace on 2015-10-21T12:25:06Z (GMT). No. of bitstreams: 2 moyra_portilho_ioc_mest_2013.pdf: 2657721 bytes, checksum: ac38c443da941a1c7b8e800b3c858856 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2015-04-14 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / A detecção e quantificação do DNA do vírus da hepatite B (HBV) são importantes para o diagnóstico da infecção, definição e monitoramento do tratamento antiviral. Entretanto o diagnóstico molecular é difícil em áreas remotas ou com poucos recursos devido ao custo dos métodos comerciais e pouca infra-estrutura para coleta, armazenamento e transporte de amostras de sangue. O objetivo deste estudo foi desenvolver um método para quantificação do DNA do HBV em amostras de soro e fluido oral, e avaliar um método qualitativo \201Cin house\201D para detecção do DNA do HBV em comparação com métodos comerciais disponíveis no mercado. Amostras pareadas de soro e fluido oral foram obtidas de 116 indivíduos, onde 66 eram reagentes para HBsAg no soro e 50 não apresentavam nenhum marcador sorológico no soro. As amostras de soro foram submetidas a testes imunoenzimáticos para detecção de marcadores sorológicos do HBV (HBsAg, anti-HBc, anti-HBs, anti-HBcIgM, anti-HBe e HBeAg) e ao PCR em tempo real para quantificação do DNA do HBV (COBAS TaqMan HBV, Roche). O DNA do HBV foi extraído utilizando o conjunto de reagentes \201CHigh Pure Viral Nucleic Acid kit\201D (Roche Diagnostics, EUA) em amostras de soro e \201CRTP® DNA/RNA Virus Mini kit\201D (Invitek, Alemanha) para amostras de fluido oral Para a detecção qualitativa do HBV foi realizada uma PCR com iniciadores para o gene do core, e para detecção quantitativa do HBV foi utilizada a metodologia de PCR em tempo real com sondas TaqMan® na plataforma Line-Gene 9600 (Bioer Serves Life, Canada). Para obtenção da curva de quantificação foi construído um plasmídeo recombinante obtido a partir de amostras padrão do painel de quantificação do HBV (Optiquant HBV, Acrometrix, Life Technologis, EUA). As seguintes condições da PCR em tempo real foram avaliadas: concentração de DNA (5 e 7,5\03BCL), temperatura de hibridização (60°C e 62°C), e números de ciclos (40 e 45 ciclos). A sensibilidade analítica da PCR em tempo real foi estimada em 10 cópias de HBV DNA/mL e a faixa de quantificação abrangeu cerca de 8 logs de 10. Para quantificação do DNA do HBV em soro e fluido oral foi necessário o aumento da temperatura de hibridização, e para o fluido oral também foi necessário o aumento da concentração de DNA (7,5 \03BCL) e do número de ciclos (45). Entre as amostras de soro HBsAg reagentes, 64 foram quantificadas pela PCR em tempo real comercial e 28 pelo teste quantitativo \201Cin house\201D com carga viral média igual a 3,993 ± 1,922 e 3,761± 1,829 log cópias de HBV DNA/mL (r=0,7643; p<0,0001), respectivamente, e concordância de 37,87% Por outro lado, 8 amostras de fluido oral amplificaram pelo método quantitativo \201Cin house\201D, com carga viral média igual a 4,459 ± 1,127 log cópias de HBV DNA/mL (r=- 0,2994; p= 0,9453). A PCR qualitativa \201Cin house\201D foi capaz de detectar o DNA do HBV em 50 amostras de soro HBsAg reagentes apresentando 75% de concordância com o teste comercial quantitativo (p=1,000), porém somente uma amostra de fluido oral foi detectada por este método. Concluímos que as metodologias qualitativa e quantitativa para detecção do DNA do HBV analisadas neste estudo apresentaram boa eficiência em amostras de soro, porém não foram eficientes em amostras de fluido oral. Estas metodologias podem ser bastante úteis para detecção molecular do HBV em áreas com recursos limitados / The detection and quantification of the DNA of Hepa titis B virus (HBV) are important to diagnose the infection, determine and monitore the antiviral treatment. However, the molecular diagnosis is difficult in remote areas or presenting low resources, because of the cost of commercial methods and few infrastructu re for collection, storage and transport of blood samples. The objective of this s tudy was to develop a method for quantification of HBV DNA in serum and oral fluid s amples, and to evaluate an in house qualitative method for HBV DNA detection compared t o commercial methods available in the market. Paired serum and oral fluid were obtain ed from 116 individuals, where 66 were HBsAg reactive in their sera and 50 did not pr esent any HBV serological marker in sera. Serum samples were submitted to enzyme immuno assays for detection of HBV serological markers (HBsAg, anti-HBc, anti-HBs, ant i-HBcIgM, HBeAg and anti-HBe) and quantified by commercial real time PCR (COBAS® TaqM an HBV Test, Roche Diagnostics, EUA). HBV DNA was extracted using the commercial kit "High Pure Viral Nucleic Acid Kit" (Roche Diagnostics, USA) in serum samples and "RTP ® DNA / RNA Virus Mini Kit" (Invitek, Germany) for oral fluid s amples. For HBV qualitative detection it was employed a PCR using primers for Core gene, and for quantitative detection of HBV it was employed a real time PCR methodology with Ta qMan ® probes in the Line-Gene 9600 (Bioer Serves Life, Canada) platform. To obtai n the quantification curve, a recombinant plasmid was constructed using standard quantification panel of HBV (Optiquant HBV, Acrometrix, Life Technologis, USA). The following PCR conditions were evaluated in real time PCR: DNA concentration (7.5 and 5 μL), annealing temperature (60° C and 62° C), number of cycles (cycles 40 and 45). The analytical sensitivity of real- time PCR was estimated at 10 HBV DNA copies/mL and the quantitation range comprised about 8 logs of 10. For quantification of HBV DNA in serum and oral fluid, it was necessary to increase the annealing temperature , and for oral fluid, it was also necessary to increase the concentration of DNA (7.5 μL) and the number of cycles (45). Among HBsAg reactive serum samples, 64 were quantif ied by commercial real time PCR and 28 by “in house” quantitative test, with mean v iral load equal to 3,993 ± 1,922 e 3,761± 1,829 log copies of HBV DNA/mL (r=0,7643; p< 0,0001), respectively, and concordance of 66.6%. Moreover, eight oral fluid sa mples were amplified by quantitative "in house" method, with average viral load equal to 4,459 ± 1,127 log copies of HBV DNA/mL (r=-0.2994, p=0,9453). The qualitative "in h ouse" PCR was able to detect HBV DNA in 50 HBsAg reactive serum samples, showing 75% of agreement with the commercial test (p=1.000), but only 1 oral fluid sa mple has been detected by this method. We concluded that the qualitative and quant itative methods for the detection of HBV DNA analyzed in this study presented good effic iency in serum samples, but they were not effective among oral fluid samples. These methodologies can be useful for molecular detection of HBV in areas with limited re sources

Made available in DSpace on 2015-10-21T12:25:08Z (GMT). No. of bitstreams: 2 kerla_monteiro_ioc_mest_2014.pdf: 3052462 bytes, checksum: 30bf40773ca5991e3c3f964f2d53fca8 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2015-06-10 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Doenças febris agudas são comuns e frequentemente associadas com agentes infecciosos em países tropicais como o Brasil. Com manifestações clínicas inespecíficas de difícil diferenciação com uma série de doenças endêmicas como dengue, leptospirose e outras doenças fatais, a febre maculosa brasileira (FMB) raramente tem sido considerada no diagnóstico, fato que, com o consequente retardo no tratamento antimicrobiano específico, tem determinado a elevada letalidade frequentemente observada em nosso país. A dengue é uma das doenças infecciosas mais importantes e frequentes no Brasil, onde epidemias são relatadas periodicamente no estado do Rio de Janeiro. Durante surtos de dengue, a possibilidade de erros no diagnóstico, devido à semelhança clínica, é uma realidade e a FMB deve ser considerada no diagnóstico diferencial de pacientes com febre, cefaleia e exantema. Neste contexto, considerando a hipótese de que a FMB, uma zoonose negligenciada transmitida por carrapatos, por falta de suspeita clínica, possa não ter sido identificada durante o surto de dengue ocorrido nos anos de 2010-2011, um estudo retrospectivo foi realizado com base em dados secundários e em amostras acondicionadas em laboratório de saúde pública Amostras de sangue de pacientes com suspeita de dengue, mas que foram descartadas sorologicamente para dengue durante o período de janeiro de 2010 a junho de 2011, no estado do Rio de Janeiro, foram submetidas à amplificação por PCR usando primers rickettsianos específicos para genes gltA e rOmpA. A partir dos critérios de elegibilidade preconizados, somente 319 amostras, dos 4.343 casos identificados, foram submetidas à pesquisa de FMB. Rickettsia rickettsii foi identificada em dois casos fatais no município do Rio de Janeiro e ambos pacientes apresentavam quadro clínico inespecífico sem exantema, cujo óbito ocorreu antes do sétimo dia de doença. Estes resultados comprovam a importância de incluir a FMB no diagnóstico diferencial da dengue, especialmente em regiões onde têm sido relatados casos desta zoonose, cuja letalidade é elevada, na ausência de tratamento específico precoce / Acute febrile disease s are common and often associated with infectious agents in tropical countries such as Brazil. With nonspecific clinical manifestations and hard to differentiate with a number of endemic disea ses such as dengue, leptospirosis , and other fatal diseases, Brazilian S potted F ever (BSF) has rarely been considered in the diagnosis, fact that with the consequent delay in the specific antimicrobial treatment, has determined high lethality often observe d in our country. Dengue is one of the most important and frequent infectious diseases in Brazil, where epidemics are reported periodically in the State of Rio de Janeiro. During dengue fever outbreaks, the possibility of errors in diagnosis d ue to clinica l similarity, BSF should be considered in the differential diagnosis of patients with fever, headache , and rash. In this context, considering the hypothesis that BSF , a neglected zoonosis transmitted by ticks, for lack of clinical suspicion, may not have b een identified during the dengue outbreak occurred in the years 2010 - 2011, a retrospective study was performed based on secondary data and samples placed in public health laboratory. Blood samples from patients with suspected dengue that were serologically discarded during the period of January 2010 to June 2011 in the state of Rio de Janeiro, were subjected to PCR amplification using specific rickettsial primers for gltA and rOmpA genes . From the eligibility criteria preconi z ed, only 3 19 samples of 4,319 c ases identified were submitted to BSF research . Rickettsia rickettsii was identified in two fatal cases in the city of Rio de Janeiro and both patients had nonspecific clinical picture without rash, whose death occurred before the seventh day of illness. T hese results demonstrate the importance of including BSF in the differential diagnosis of dengue, specially in regions where cases of this zoonotic disease have been reported , whose lethality is high in the absence of early specific treatment