Made available in DSpace on 2016-06-15T17:47:46Z (GMT). No. of bitstreams: 2 sadia_ali_ioc_mest_2012.pdf: 2556754 bytes, checksum: 4021afcde5f4b6bf66a9b56032439b23 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2012 / Made available in DSpace on 2016-07-05T23:52:49Z (GMT). No. of bitstreams: 3 sadia_ali_ioc_mest_2012.pdf.txt: 336057 bytes, checksum: f697a3227b778cfb3d4acd605c43b9c9 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) sadia_ali_ioc_mest_2012.pdf: 2556754 bytes, checksum: 4021afcde5f4b6bf66a9b56032439b23 (MD5) Previous issue date: 2012 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / O sarampo é uma doença exantemática viral, altamente infecciosa, causada por um vírus da família Paramyxoviridae, gênero Morbillivirus que, apesar de estar disponível uma vacina, segura e eficaz contra a doença, esta ainda constitui uma importante causa de morbidade e mortalidade infantil em muitos países em desenvolvimento. Embora exista apenas um tipo antigênico do vírus do sarampo, estudos de caracterização genética dos vírus de tipo selvagem permitiram a identificação oito subtipos (A-H) e 24 genótipos. O Brasil eliminou a transmissão autóctone do vírus do sarampo a partir do ano 2000. A partir de então foram confirmados vários casos de sarampo importados ou relacionados a importações, principalmente do genótipo D4. A epidemiologia molecular dos vírus do sarampo baseada nas análises da região C-terminal da nucleoproteína tem demonstrado uma diversidade limitada entre as cepas circulantes, dificultando dessa forma a determinação da origem dos vírus usando apenas essa região. O objetivo deste trabalho foi caracterizar geneticamente os genótipos D4 dos vírus do sarampo detectados no Brasil no período de 2003 a 2012, e para tal, as sequências da proteína H completa e do gene Nparcial foram analisadas Os casos positivos para o genótipo D4 foram previamente identificados pela amplificação dos 450nt da região C-terminal da proteína N por RT-PCR, as sequências completas do gene H destas amostras foram diretamente amplificadas por RT-PCR a partir das amostras clínicas e posteriormente sequenciado. As análises filogenéticas da sequência de nucleotídeos do gene N e do gene H completo mostraram que os vírus do sarampo genótipo D4 detectados no Brasil podem ser resultado de várias importações de diferentes variantes do mesmo genótipo que circulam na Europa. Foram identificadas mutações nas sequências de aminoácidos tanto do gene N parcial como do gene H completo dos genótipos D4 dos vírus do sarampo detectados no Brasil. Estas mutações parecem não alterar as propriedades antigênicas e imunológicas do vírus / Measles is a highly infectious viral exanthem of the family Paramyxoviridae, genus Morbillivirus. Despite the availability of a safe and effective vaccine, measles infection continues to be an important cause of infantile morbidity and mortality in developing countries. Although there is only one antigenic type of the measles virus, genetic characterisation of the wild-type virus identified 8 subtypes (A-H), with a total of 24 genotypes being recognised. From 2000, the indigenous transmission of the measles virus has been eliminated in Brazil. Since then, several cases of imported measles, or cases associated with importations, were confirmed, principally of genotype D4. The molecular epidemiology of the measles virus based on analyses of the C-terminal region of the nucleoprotein has demonstrated a limited diversity between circulating strains, making it difficult to determine the origin of the virus by this genomic region alone. The objective of this study was to genetically characterise the D4 genotype of measles viruses detected in Brazil from 2003 to 2012 by analysing sequences from the complete H gene and partial N gene of the virus Cases positive for measles genotype D4 were previously identified by the amplification of a 450nt of the C-terminal region of the N protein by RT-PCR. The complete H gene from these samples was amplified by RT-PCR directly from clinical samples and subsequently sequenced. Phylogenetic analysis of the nucleotide sequences of the N gene and the complete H gene demonstrated that the measles D4 genotype detected in Brazil may have been a result of several importations of different variants of the same genotype circulating in Europe. Mutations were identified in the amino acid sequences of the N gene and complete H gene but they do not appear to change the immunological and antigenic properties of the virus

Made available in DSpace on 2016-06-23T12:19:35Z (GMT). No. of bitstreams: 2 vanessa_costa_ioc_mest_2016.pdf: 1636709 bytes, checksum: f1482445c5dbfcfc935910c2f44a235f (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2016 / Made available in DSpace on 2016-07-05T23:52:48Z (GMT). No. of bitstreams: 3 vanessa_costa_ioc_mest_2016.pdf.txt: 178420 bytes, checksum: 70440b235431b251767ee3d5db881d5a (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) vanessa_costa_ioc_mest_2016.pdf: 1636709 bytes, checksum: f1482445c5dbfcfc935910c2f44a235f (MD5) Previous issue date: 2016 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto de Comunicação e Informação Científica e Tecnológica em Saúde. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Um dos fatores limitantes da eficácia da terapia antiviral no tratamento da infecção pelo vírus da Hepatite C (HCV) com o uso de inibidores de protease (IP) é o surgimento de resistência causada por mutações pontuais. Objetivo: Analisar a prevalência de mutações na região da serino-protease da NS3 associadas à resistência aos IP em pacientes infectados pelos subtipos 1a e 1b do HCV. Métodos: Extração de RNA viral, reação de PCR com primers específicos para cada subtipo e purificação seguida pela reação de sequenciamento nucleotídico foram realizadas. As sequências obtidas abrangendo os nucleotídeos 3466-3961 do genoma do HCV foram editadas no programa MEGA 6.0. As substituições observadas nas posições de aminoácidos associadas à resistência aos IP foram relacionadas após submissão ao site geno2pheno. Resultados: Um total de 65 amostras (Subtipo 1a: n=47; Subtipo 1b: n=18) de pacientes não-respondedores ao tratamento prévio por terapia dupla IFN/RBV (n=8) ou terapia tripla com IP boceprevir ou telaprevir (n=15) e virgens de tratamento (n=42) foram sequenciadas As mutações V36M/L e R155K foram observadas apenas no subtipo 1a, em 33,3% e 4,7% respectivamente, dos pacientes não-respondedores à terapia dupla/tripla. Em pacientes virgens de tratamento, a mutação V36M foi observada em uma (3,8%) sequência do subtipo 1a e a T54S em uma (6,25%) do subtipo 1b. A mutação Q80K associada à resistência ao Simeprevir não foi observada em nenhuma sequência do subtipo 1a neste estudo, porém foi detectada pela primeira vez no Brasil em uma sequência do subtipo 1b de paciente virgem de tratamento. Conclusão: Os dados desse trabalho destacam que os isolados brasileiros do HCV apresentam um padrão distinto de polimorfismos associados à resistência ao simeprevir em comparação a outros países, evidenciando que não há necessidade de incorporação de testes de resistência pré-tratamento para pacientes infectados por subtipos 1a e 1b do HCV / One of the limiting factors of the effectiveness of the antiviral therapy of hepatitis C virus (HCV) infection with the use of protease inhibitors (PI) is the emergence of resistance due to point mutations. Aim: To analyze the prevalence of mutations in the HCV NS3 serine protease associated with PI resistance in patients infected with subtypes 1a and 1b of HCV. Methods: Viral RNA extraction, PCR reactions with specific primers for each subtype and purification followed by nucleotide sequencing reaction were performed. The obtained sequences covering nucleotides 3466-3961 of the HCV genome were analyzed by MEGA 6.0 program. The substitutions observed in the amino acid positions associated with PI resistance were related after submission to the site geno2pheno. Results: A total of 65 samples (subtype 1a: n=47; subtype 1b: n=18) of non-responding patients to previous treatment by dual therapy IFN/RBV (n=8) or triple therapy with PI boceprevir or telaprevir (n=15) and treatment-naïve patients (n=42) were sequenced. V36M/L and R155K mutations were observed only in the subtype 1a, in 33.3% and 4.7%, respectively, of non-responders to double/triple therapy In treatment-naive patients, V36M mutation was observed in one (3.8%) sequence of subtype 1a and T54S in one (6.25%) of subtype 1b. The Q80K mutation associated with resistance to simeprevir was not observed in any sequence subtype 1a in this study, but was for the first time detected in Brazil in a subtype 1b sequence of a treatment-naive patient. Conclusion: Data from this study point out that the Brazilian isolates of HCV have a distinct pattern of polymorphisms associated with resistance to simeprevir in comparison to other countries, showing that there is no need to incorporate pretreatment resistance tests for infected patients with subtypes 1a and 1b of HCV

Made available in DSpace on 2016-07-13T19:09:02Z (GMT). No. of bitstreams: 2 myllena_melo_ioc_dout_2015.pdf: 11571962 bytes, checksum: c96336caf2f321525cb5b9c9f73f9f0e (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2015 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Ensaios de PCR para o diagnóstico e monitoramento da carga parasitária em pacientes acometidos pela doença de Chagas são realizados a partir de DNA recuperado de sangue periférico. Uma perspectiva seria a possibilidade do uso de soro para a detecção e quantificação de DNA de T. cruzi, aproveitando amostras coletadas para triagem sorológica em laboratórios de referência e bancos de sangue. Outra limitação é que o diagnóstico molecular com os alvos mais comumente utilizados (kDNA, DNA Satélite) não é capaz de identificar as linhagens do parasito. Tem sido relatada uma baixa sensibilidade para alguns marcadores de genotipagem de T. cruzi quando aplicados diretamente em sangue de pacientes crônicos, uma vez que são cópias únicas ou distribuídos em baixa frequência no genoma do parasito. Estudos baseados em famílias multigênicas, como as proteínas de superfície (trans-sialidases), sugerem que estas sejam capazes de reunir cepas/isolados de T. cruzi em grupos biologicamente distintos, visando sua caracterização. A presença de sítios polimórficos nas regiões não traduzidas (UTRs) dos genes de trans-sialidases (TS), além de representar uma estratégia de sobrevivência do parasito ao estresse ambiental, propicia o uso destas regiões como potenciais marcadores moleculares para tipagem de T. cruzi. Este trabalho avaliou o potencial uso do soro e do segmento 5\2019 UTR de TS de T. cruzi, em ensaios de quantificação de DNA e genotipagem do parasito, respectivamente Neste sentido, empregamos a PCR em Tempo Real (qPCR) multiplex para a detecção/quantificação de T. cruzi em amostras pareadas de soro e sangue de 40 pacientes com a doença crônica. Para avaliar o uso da 5\2019 UTR de TS como marcador molecular de genotipagem, utilizamos um painel de cepas/clones de T. cruzi, representantes das seis DTUs (Unidades Discretas de Tipagem). Após amplificação do segmento contendo parte da 5\2019 UTR e uma porção da região codificante de TS das diferentes cepas/clones, e posterior sequenciamento por método capilar (SANGER), realizamos a análise composicional das sequências. Em seguida, novos iniciadores foram desenhados para os ensaios de COLD-PCR HRM (High Resolution Melting). Os resultados da qPCR revelaram sensibilidade de detecção de 95% e 97% para soro e sangue, respectivamente, e especificidade de 100% para ambos os tipos de amostras. As medianas de carga parasitária em soro e sangue, também não demonstraram diferenças significativas, sendo de 1,12 e 1,23 equivalentes parasito/mL, respectivamente, o que reproduz a baixa parasitemia observada nos pacientes com doença de Chagas crônica. A partir das análises composicionais das sequências de 5\2019 UTR de TS obtidas pelo método capilar, identificamos blocos conservados e sítios polimórficos entre as linhagens, porém não foi possível gerar assinaturas genômicas associadas à caracterização em DTUs. O sequenciamento New Generation Sequencing do segmento 5\2018 UTR de TS permitiu a caracterização das cepas/clones em seis DTUs, como demonstrado na árvore filogenética construída a partir de 4.568.225 sequências Os ensaios de COLD-PCR HRM, direcionados para diferentes seções do segmento 5\2019 UTR de TS, foram eficientes em agrupar cepas/clones em duas variantes, sugerindo uma associação com os ciclos de transmissão, virulência e evolução populacional destes parasitos. Os resultados gerados no presente estudo sugerem o uso de soro para o diagnóstico molecular da infecção pelo T. cruzi em laboratórios de referência, responsáveis pela manutenção de sorotecas, bem como demonstram o potencial discriminatório do alvo 5\2019 UTR de trans-sialidases para ser explorado em ensaios de genotipagem do parasito diretamente de amostras clínicas e biológicas, acoplado ao sequenciamento High Throughput dos produtos amplificados, como ferramenta complementar à pesquisa diagnóstica da doença de Chagas / Abstract: PCR-based assays for molecular diagnosis and to evaluate Trypanosoma cruzi load in patients with Chagas disease are usually performed with DNA recovered from peripheral blood samples. One promising approach would be the use of patients\2019 serum for the detection and quantification of T. cruzi DNA, as it would make possible to take advantage of the same samples collected for serological screening in blood banks and reference laboratories. Another limitation is that molecular diagnosis with the most common molecular targets (kDNA and Satellite DNA) is not suitable for identifying the infecting parasite strain. A low sensitivity of some T. cruzi genotyping markers has been reported, when those are applied directly to blood of chronic patients, since they are represented as a single copy or present low frequencies in the parasite genome. Studies based on multigene families, such as the surface proteins (trans-sialidase), suggested the ability of those genes to cluster strains/isolates of T. cruzi into biologically distinct groups. The presence of polymorphic sites in the untranslated regions (UTRs) of trans-sialidase genes (TS), as well as represents a parasite\2019s survival strategy to environmental stress, it promotes the use of these regions as potential molecular markers for T. cruzi typing. This study evaluated the potential use of serum and the segment 5' UTR of TS, as new approaches for DNA quantification and T. cruzi genotyping, respectively We used multiplex Real-Time PCR (qPCR) for detecting/quantifying parasites in serum and blood paired samples from 40 chronic Chagas disease patients. In order to investigate the potential use of 5' UTR of TS sequences as molecular markers for genotyping, we used a panel of T. cruzi strains/clones, representative of the six DTUs (Discrete Typing Units). Following amplification of the segment containing part of the 5' UTR and a portion of the TS coding region from different strains/clones and sequencing by capillary method (Sanger), we carried out the compositional analysis of the sequences. New primers were designed for the HRM COLD-PCR tests (High Resolution Melting). The qPCR results showed detection sensitivities of 95% and 97% for serum and blood, respectively, and a specificity of 100% for both sample types. The median of parasite load in blood and serum also showed no significant differences, with 1.12 and 1.23 parasite equivalents/mL respectively, which reproduces the low parasitemia observed in chronic Chagas disease patients. From the compositional analysis of the 5\2019 UTR of TS sequences obtained by capillary method, we identified conserved blocks and polymorphic sites, but no genomic signatures associated to the characterization into distinct DTUs were observed. New Generation Sequencing of the segment 5' UTR of TS allowed the characterization of strains/clones in six DTUs, as shown by the phylogenetic tree generated by the analysis of 4.568.225 sequences HRM COLD-PCR assays targeted to different sections of the segment 5' UTR of TS were effective for clustering the strains/clones in two variants, suggesting an association with the transmission cycles, virulence and evolution of these parasite populations. The set of evidences gathered in this study, reinforces the potential use of serum for molecular diagnosis of T. cruzi infection, in reference laboratories responsible for maintaining serum bank, as well as, indicates a discriminatory potential of 5\2019 UTR of TS, regarding the six DTUs, to be explored in genotyping assays directly from clinical and biological samples, associated to High Throughput sequencing of amplicons, as a complementary tool for diagnostic researches in Chagas disease

Submitted by Angelo Silva (asilva@icict.fiocruz.br) on 2016-07-13T18:29:36Z No. of bitstreams: 2 license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) 71830.pdf: 2736652 bytes, checksum: 9835f8cf2dae1d7296d4ade3aacbc556 (MD5) / Approved for entry into archive by Anderson Silva (avargas@icict.fiocruz.br) on 2016-08-24T14:07:59Z (GMT) No. of bitstreams: 2 71830.pdf: 2736652 bytes, checksum: 9835f8cf2dae1d7296d4ade3aacbc556 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-08-24T14:07:59Z (GMT). No. of bitstreams: 2 71830.pdf: 2736652 bytes, checksum: 9835f8cf2dae1d7296d4ade3aacbc556 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2016 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Atualmente, os vírus entéricos, principalmente os norovírus humanos (NoV), são descritos como os principais causadores de surtos de doenças transmitidas por alimentos (DTA), especialmente os de rápido preparo e consumo, como frutas e frios. Devido às baixas concentrações de vírus entéricos em amostras de alimentos, é necessário dispor de um método de detecção rápido e eficiente que permita esclarecer surtos de origem alimentar e implementar medidas de prevenção quando necessárias. Este estudo teve como objetivo adaptar e avaliar a metodologia de floculação orgânica com leite desnatado para recuperação de vírus em frutas e queijos, comparando sucesso e eficiência de recuperação viral com outras metodologias previamente estabelecidas, assim como avaliar a qualidade microbiológica destes alimentos em municípios do Estado do Rio de Janeiro incluindo a pesquisa de vírus gastroentéricos. Ensaios de contaminação artificial em morangos, tomates e queijos foram realizados para recuperação de NoV GII.4 e norovírus murino 1 (MNV-1). O método de floculação orgânica por leite se mostrou eficiente para recuperação de NoV a partir de morangos e tomates quando comparado com métodos de polietileno glicol (PEG) e filtração por membranas carregadas negativamente. Entretanto, não se mostrou eficiente na recuperação viral em queijos, quando comparado com o método de extração direta por TRIzol® Para avaliação da qualidade microbiológica destes alimentos, 270 amostras (90 de cada matriz) obtidas comercialmente foram concentradas por floculação orgânica (morangos e tomates) e TRIzol® (queijos). Todas as amostras foram testadas por PCR quantitativo (qPCR) para investigação de NoV GI, GII e adenovírus humanos (HAdV). MNV-1 foi utilizado com sucesso como controle interno de processo em todas as reações. NoV foram identificados apenas nas amostras de queijos, enquanto a presença de HAdV foi observada em frutas e queijos. Adicionalmente foram realizadas analises bacteriológicas que revelaram coliformes termotolerantes em amostras de morangos e queijos. Nas amostras de queijos também se observou contaminação por Staphyloccocus coagulase positiva, abaixo dos padrões determinados pela legislação brasileira. Concluindo, os resultados obtidos neste estudo apresentam a metodologia de floculação orgânica como alternativa de baixo custo, para frutas, e o uso do TRIzol® em queijos que auxiliarão na vigilância laboratorial de surtos, gerando informações que permitam uma estimativa mais exata da proporção de surtos de NoV atribuídos a transmissão de origem alimentar / Currently, enteric víruses, primarily human norovírus (NoV), are described as the main cause of foodborne disease outbreaks (FBD), especially those of rapid preparation and consumption, like fruits and dairy. Due to the low concentrations of enteric vírus in food samples, it is necessary to have a fast and efficient detection method that allows to elucidate foodborne outbreaks and to implement preventive measures when necessary. This study aimed to adapt and evaluate the skimmed milk organic flocculation methodology for vírus recovery in fruits and cheeses, comparing success and the efficiency of viral recovery with other previously established methods, and assess the microbiological quality of food in the State of the Rio de Janeiro municipalities including gastroenteric vírus. Artificially contaminated strawberries, tomatoes and cheeses were evaluated for NoV GII.4 and murine norovírus 1 (MNV-1) recovery. The organic flocculation method was efficient for the NoV recovery from strawberries and tomatoes as compared to polyethylene glycol (PEG) and filtration negatively charged membranes. However, this methodology was not efficient for viral recovery in cheese when compared with the method of direct extraction by TRIzol® To evaluate the microbiological quality of food, 270 samples (90 of each matrix) commercially obtained were concentrated by organic flocculation (strawberries and tomatoes) and TRIzol® (cheese). All samples were assayed by quantitative PCR (qPCR) for investigation NoV GI, GII and human adenovírus (HAdV). MNV-1 was successfully used as an internal control process in all reactions. NoV were identified only in the cheeses samples, while the presence of HAdV was observed in fruits and cheese. In addition bacteriological analysis revealed that fecal coliforms in samples of strawberries and cheese. In cheese samples was also observed contamination for Staphylococcus coagulase positive below the Standards Brazilian. In conclusion, the results of this study present a skimmed milk organic flocculation methodology as a low cost alternative, for fruits, and the use of TRIzol® in cheeses that can assist in laboratory surveillance of outbreaks, generating information for a more accurate estimate of the proportion of NoV outbreaks attributed to foodborne transmission

Submitted by Nuzia Santos (nuzia@cpqrr.fiocruz.br) on 2016-09-08T13:19:05Z No. of bitstreams: 1 Tese_DIP_CristianideCastilhoSanguinette - T_97.pdf: 18450256 bytes, checksum: 4cda2f86042db8ee71128cabc8d9436b (MD5) / Approved for entry into archive by Nuzia Santos (nuzia@cpqrr.fiocruz.br) on 2016-09-08T18:05:56Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Tese_DIP_CristianideCastilhoSanguinette - T_97.pdf: 18450256 bytes, checksum: 4cda2f86042db8ee71128cabc8d9436b (MD5) / Made available in DSpace on 2016-09-08T18:05:56Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese_DIP_CristianideCastilhoSanguinette - T_97.pdf: 18450256 bytes, checksum: 4cda2f86042db8ee71128cabc8d9436b (MD5) Previous issue date: 2015 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas René Rachou. Belo Horizonte, MG, Brasil / As leishmanioses são um complexo de doenças e sua epidemiologia somente pode ser compreendida pelo conhecimento de todos os elos que compõem seu ciclo de transmissão, como reservatórios, vetores e espécies de parasitos envolvidos e suas relações ecológicas. O objetivo deste trabalho foi estudar a epidemiologia das leishmanioses no distrito de Barra do Guaicui, município de Várzea da Palma, Minas Gerais. Foram realizadas no ano de 2012 cinco coletas de flebotomíneos em 24 casas da área urbana e doze coletas durante os anos de 2013 e 2014 em três ambientes distintos (urbano, transição e mata), utilizando armadilhas luminosas HP. As fêmeas coletadas foram identificadas e submetidas à verificação de infecção natural pela dissecção do tubo digestório e a detecção de DNA do parasito (LnPCR) em amostras individuais. Para o segundo período de estudo foram verificados e comparados os padrões de distribuição, a riqueza, uniformidade, e abundância dos flebotomíneos nas diferentes áreas. Para o estudo dos hospedeiros silvestres e sinantrópicos de Leishmania foram instaladas duas armadilhas, uma do tipo Sherman e outra do tipo gaiola, em cada uma das casas amostradas para o ano de 2012 e, além destes pontos foram definidas três trilhas, com 15 armadilhas tipo Sherman e 15 tipo gaiola por trilha, em área limítrofe ao perímetro urbano. No ano de 2013 as coletas de pequenos mamíferos foram conduzidasnos mesmos pontos de coleta dos flebotomíneos e utilizando a mesma metodologia. O estudo da infecção dos pequenos mamíferos foi realizado utilizando técnicas moleculares. Um total de 5.831 flebotomíneos pertencentes a quinze espécies e oito gêneros foi coletado e identificado. A espécie mais prevalente foi Nyssomyia intermedia, seguida de Lutzomyia longipalpis, importantes vetoras dos agentes etiológicos da forma tegumentar e visceral em humanos, respectivamente. A área urbana teve a maior abundância enquanto a área de transição teve a maior diversidade e uniformidade de espécies. Nyssomyia intermedia foi a espécie mais abundante na área urbana, enquanto Evandromyia evandroi foi a mais abundante na área de transição e Ev. lenti na área silvestre. Nenhuma forma flagelada foi encontrada pela técnica da dissecção. Foi detectada a presença de DNA de Leishmania nas seguintes espécies: Ny. intermedia (0,9%), Lu. longipalpis (2,9%), Ev. termitophila (3,0%), Ev. sallesi (1,8%), Ev. evandroi (1,5%), Ev. neivai (1,1%), Ev lenti (0,9%) e Ev. walkeri (9,0%) todas com DNA de parasitos do complexo Le. braziliensis. Nyssomyia intermedia (0,3%), Ev. evandroi (1,5%), Ev. lenti (1,8%), Ev. sallesi (1,2%), Lu. longipalpis (0,58%), Ny. neivai (1,1%) e Psathyromyia lutziana (33,3%) apresentaram positividade para parasitos do complexo Le. donovani. Das 47 amostras positivas para a presença de DNA de Leishmania, 34 (72,3%) eram provenientes da área urbana, três (6,4%) da área de transição e dez (21,3%) da área de mata. A fauna de pequenos mamíferos foi composta pelas espécies Rattus rattus (19,4%), Didelphis albiventris (44,4%) e Thricomys apereoides (36,1%). Rattus rattus foi capturado apenas na área urbana, T. apereoides apenas na área silvestre e D. albiventris nos três ambientes amostrados. As duas últimas espécies foram encontradas infectadas por Le. braziliensis na área de mata e na de transição, respectivamente. Nossos resultados contribuem para a compreensão do processo gradual de sinantropização das espécies de flebotomíneos encontradas no estado de Minas Gerais, demostrando que o município de Várzea da Palma apresenta todas as características necessárias para a expansão das leishmanioses, visceral e tegumentar. / Leishmaniasis are a complex of diseases and their epidemiology is understood only if all the links that compound its transmission cycle are known, such as reservoirs, vectors and parasites species and their ecological relationships. The aim of this research was to study the epidemiology of leishmaniasis in the District of Barra do Guaicui, municipality of Varzea da Palma, Minas Gerais State, Brazil. Five collections of phlebotomines were performed in 2012 in 24 houses in the urban area and another twelve collections from 2013 to 2014 in three distinct environments (urban, transition and wild forest), utilizing HP light traps. The collected females were identified and submitted to natural infection assessment through dissection of the digestive tract and parasite DNA detection (LnPCR) in individual samples. For the second period of study it was verified and compared the distribution richness, uniformity and abundance of sand flies in the different areas. For the study of wild and synanthropic hosts of Leishmania two traps were installed in each house sampled during 2012 and three tracks in a boundary area of urban perimeter were set, with 15 Sherman traps and 15 “cage” traps per track. Collections of small mammals were performed in 2013, in the same collections points of sand flies and with the same methodology used in 2012. The detection of Leishmania infection in small mammals was carried out through molecular techniques. A total of 5.831 phlebotomines belonging to fifteen species and eight genera were collected and identified. The most frequent species was Nyssomyia intermedia followed by Lutzomyia longipalpis, which are important vectors of the etiologic agents of cutaneous and visceral leishmaniasis in humans, respectively. The urban area had the highest abundance while the transition area has the highest diversity and uniformity of species. Nyssomyia intermedia was the most abundant species of the urban area, while Evandromyia evandroi was the most abundant in the transition area and Ev. lenti in the wild area. No flagellate forms were found by the dissection technique. Leishmania DNA was detected in the following species: Ny. intermedia (0,9%), Lu. longipalpis (2,9%), Ev. termitophila (3,0%), Ev. sallesi (1,8%), Ev. evandroi (1,5%), Ev. neivai (1,1%), Ev lenti (0,9%) and Ev. walkeri (9,0%), all of them with DNA of Le. braziliensis complex. Nyssomyia intermedia (0,3%), Ev. evandroi (1,5%), Ev. lenti (1,8%), Ev. sallesi (1,2%), Lu. longipalpis (0,58%), Ny. neivai (1,1%) and Psathyromyia lutziana (33,3%) presented positivity for the Le. donovani complex. Out of 47 Leishmania positive samples, 34 (72,3%) were from the urban area, three (6,4%) from the transition area and ten (21,3%) from the wild area. The small mammals fauna was composed by the species Rattus rattus (19,4%), Thricomys apereoides (36,1%) and Didelphis albiventris (44,4%) . Rattus rattus was captured exclusively in urban area, T. apereoides only in the forest area and D. albiventris in the three environments. The last two animals were found infected by Le. braziliensis in the wild and transitional areas, respectively. Our results contributes to understand the gradual process of synanthropism of the sand flies species found in the state of Minas Gerais, demonstrating that the municipality of Varzea da Palma has all the necessary characteristics for the expansion of leishmaniasis, visceral and cutaneous.

Submitted by Gilvan Almeida (gilvan.almeida@icict.fiocruz.br) on 2016-09-20T14:28:59Z No. of bitstreams: 2 license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) 71971.pdf: 8611077 bytes, checksum: d7c7d933929609de42dfd8e3199d51cf (MD5) / Approved for entry into archive by Anderson Silva (avargas@icict.fiocruz.br) on 2016-10-03T13:30:02Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) 71971.pdf: 8611077 bytes, checksum: d7c7d933929609de42dfd8e3199d51cf (MD5) / Made available in DSpace on 2016-10-03T13:30:02Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) 71971.pdf: 8611077 bytes, checksum: d7c7d933929609de42dfd8e3199d51cf (MD5) / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / De acordo com a Organização Mundial da Saúde (OMS), as Doenças Tropicais Negligenciadas (DTNs), como a doença de Chagas, tripanossomíase africana, entre outras, afetam cerca de 1 bilhão de pessoas no mundo. Apesar do impacto causado por estas doenças, as mesmas continuam sendo pouco estudadas. O reino Protista, ao qual os agentes etiológicos dessas doenças pertencem, incluem espécies de importância veterinária que causam muitas perdas para a indústria pecuária. Com os avanços da genética molecular, técnicas como a genotipagem estão sendo usado cada vez mais utilizadas para o estudo de protozoários parasitos. Genes ortólogos conservados em protozoários podem ser utilizados como loci para genotipagem desses protozoários, de modo a obter uma melhor caracterização interespecífica. Neste estudo, foram utilizadas técnicas de PCR singleplex e multiplex para a genotipagem de 16 espécies de protozoários de três diferentes gêneros: Trypanosoma spp., Leishmania spp. (classe Kinetoplastea) e Plasmodium spp. (filo Apicomplexa). Como metodologia de biologia molecular foram utilizados PCR e sequenciamento, bem como em bioinformática, onde foi utilizado filogenia molecular. Para esta finalidade, foram desenhados 39 pares de iniciadores degenerados e usados com o DNA genômico de espécies de protozoários de dois grupos: filo Apicomplexa e classe Kinetoplastea, em seguida, as reações de PCR foram realizadas a fim de padronizar as reações para um PCR multiplex. Além disso, os seguintes parasitos de importância para a saúde pública: T. cruzi, Leishmania braziliensis, L. amazonensis, L. guyanensis, Plasmodium falciparum e P. Vivax, foram utilizados neste trabalho A partir dos 39 pares de iniciadores, 9 pares foram selecionados compreendendo 7 loci para o presente estudo: metionil-tRNA sintetase, leucil-tRNA sintetase, seril-tRNA sintetase, subunidade U5 snRNP do spliceossomo, mismatch repair ATPase, triosefosfato isomerase e GTP-binding protein. Os testes a partir de diluições seriadas dos DNAs de Trypanosoma spp., Leishmania spp. e Plasmodium spp., onde mostraram uma sensibilidade de até 1 pg/\03BCL de DNA (para o locus Leucyl-tRNA synthetase em Trypanosoma e Leishmania). A reação inicial de PCR singleplex padronizada foi eficiente para todos os loci, o que proporcionou o desenho da reação de PCR multiplex, onde o melhor resultado foi a reação número 5, a qual foi utilizada um conjunto de iniciadores dos genes GTP-binding protein, U5 snRNP spliceosome subunit e Leucyl-tRNA synthetase, que quando integrados permitiram a genotipagem multilocus de tripanossomatídeos dos gêneros Leishmania spp. e Trypanosoma spp. A metodologia aplicada para a genotipagem destas espécies de parasitas foi bem-sucedida, e pode-se destacar após a observação de conjunto de resultados que o melhor locus em termos de especificidade, sensibilidade e fidelidade aos dados encontrados na literatura, foi Leucyl-tRNA synthetase, que apresentou resultados satisfatórios em todas as análises / According to the World Health Organization (WHO), Neglected Tropical Diseases (NTDs), examples being Chagas disease, African trypanosomiasis, among others, affect about 1 billion people in the world. However, they are little studied, despite its great impact on health. Also, they include species of veterinary importance that cause great harm to the livestock industry. The kingdom Protista, containing etiological agents of NTDs, they include species of veterinary importance and that cause great harm to the livestock industry. With advances in molecular genetics, techniques such as genotyping are being used increasingly used for the study of parasitic protozoans. Orthologous genes conserved in protozoa can be used as loci for genotyping, in order to obtain a better interspecific characterization. In this study, we used singleplex and multiplex PCR techniques for genotyping of 16 species of three different genus of protozoans: Trypanosoma spp., Leishmania spp. (class Kinetoplastea) e Plasmodium spp. (phylum Apicomplexa). As molecular biology methods were used PCR and sequencing of PCR fragments, as well as bioinformatics, using molecular phylogeny. For this purpose, were designed 39 degenerated primers for species of 2 groups: phylum Apicomplexa and class Kinetoplastea, then, the PCR reactions were performed with the aim of standardizing multiplex PCR reactions. Moreover, parasites of importance to public health such as Trypanosoma cruzi, Leishmania braziliensis, L. amazonensis, L. guyanensis, Plasmodium falciparum and P. vivax were used in this study Based on the 39 pairs of primers, 9 pairs were selected comprising 7 loci for this study: methionyl-tRNA synthetase, leucyl-tRNA synthetase, seryl-tRNA synthetase, subunit U5 snRNP the spliceosome, mismatch repair ATPase, triosephosphate isomerase, and GTP- binding protein. The tests from serial dilutions of DNA from Trypanosoma spp., Leishmania spp. and Plasmodium spp., which showed a sensitivity of up to 1 pg/\03BCL DNA (for Leucyl-tRNA synthetase locus on Trypanosoma and Leishmania). The initial standardized singleplex PCR reaction was efficient for all loci, which resulted in the design of multiplex PCR reaction, where the best result was the number 5 reaction which was used a set of primers of the GTP-binding protein genes, U5 snRNP spliceosome subunit and Leucyl-tRNA synthetase, which when integrated allowed genotyping trypanosomatides multilocus of the genus Leishmania spp. and Trypanosoma spp. The methodology used for genotyping of these parasite species was successful, and can highlight after observation of the result set that the best locus in terms of specificity, sensitivity and fidelity to data found in literature, was LeucyltRNA synthetase, which showed satisfactory results in all analyzes

Submitted by Gilvan Almeida (gilvan.almeida@icict.fiocruz.br) on 2016-10-11T17:33:25Z No. of bitstreams: 2 license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) 72052.pdf: 1837714 bytes, checksum: cf69bd1db44cd16b914fb1a4bf1b07fe (MD5) / Approved for entry into archive by Anderson Silva (avargas@icict.fiocruz.br) on 2016-10-13T18:33:35Z (GMT) No. of bitstreams: 2 72052.pdf: 1837714 bytes, checksum: cf69bd1db44cd16b914fb1a4bf1b07fe (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-10-13T18:33:35Z (GMT). No. of bitstreams: 2 72052.pdf: 1837714 bytes, checksum: cf69bd1db44cd16b914fb1a4bf1b07fe (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Hoje em dia, a obesidade constitui-se num sério problema mundial de saúde e tem sido a maior causa de morbidade e mortalidade associada ao aumento do risco para algumas doenças comuns, como diabetes mellitus tipo 2, doenças cardiovasculares, hipertensão, certas formas de câncer e síndromes metabólica. O aumento de peso surge através de ações conjuntas dos fatores ambientais e genéticos, em particular naqueles que já são geneticamente predispostos. Alguns estudos vêm investigando os fatores genéticos que predispõem a obesidade, porém os resultados ainda não são bem compreendidos. O presente trabalho tem como objetivo analisar alguns dos polimorfismos dos genes que codificam citocinas pró-inflamatórias e anti-inflamatórias, quimiocinas e adipocitocinas. O estudo desses genes pode ajudar a definir um perfil de risco associado ao desenvolvimento de processos inflamatórios na obesidade e trazer expectativas de um desenvolvimento mais efetivo de prevenção e intervenção terapêutica. O estudo está sendo realizado a partir de 190 obesos e 180 eutróficos. As análises dos polimorfismos foram realizadas utilizando técnicas de biologia molecular tais como: PCR convencional, PCR-RFLP e PCR em tempo real O sequenciamento foi realizado para a validação dos resultados encontrados por PCR convencional e RFLP. Resultados preliminares mostraram que no polimorfismo rs7799039, localizado na região promotora do gene LEP, o alelo G (selvagem) é um fator de risco para os obesos (\03C72=19,19, p<0,001; OR=1,974). Outro polimorfismo (rs2167270) do mesmo gene apresentou o alelo mutado A como um fator de risco para a obesidade (\03C72=8,24; p=0,04). Entretanto foram observados resultados significativos para a associação de outros polimorfismos nos genes IL-6 (rs1800795) e IL-10 (rs1800872), com comorbidades em obesos. Contudo, nossas análises revelaram que o polimorfismo rs1800795 do gene IL-6 está influenciando a variável bioquímica LDL nos obesos (p= 0,02) e este pode ser um fator de risco para a SM. A deleção de 14pb no polimorfismo rs3917887 do gene MCP-1 apresenta efeitos significantes em variáveis como o IMC, HDL e LDL (p=0,03, p=0,04 e p=0,05, respectivamente) e da Proteína C Reativa (PCR) nos obesos. Além disso, análises baseadas na concentração da Proteína C-Reativa revelaram que os polimorfismos estudados podem estar associados ao risco de inflamação visto em obesos / Abstract: Nowadays, obesity constitutes a serious global health problem and has been a major cause of morbidity and mortality associated with an increased risk for some common diseases such as type 2 diabetes, cardiovascular disease, hypertension, certain forms of cancer and metabolic syndrome (MS). Weight gain comes through joint actions of environmental and genetic factors, particularly to whom are already genetically predisposed. Some studies have investigated the genetic factors that predispose to obesity, but the results are not yet well understood. This study aims to analyze some of the polymorphisms of genes encoding proinflammatory cytokines, anti-inflammatory cytokines, chemokines and adipocytokines. The study of these genes can help define a risk profile associated with the development of inflammation in obesity and bring expectations of a more effective development of preventive and therapeutic intervention. The study is being conducted from 190 obese and 180 normal weight. The analyzes of the polymorphisms were carried out using molecular biology techniques such as conventional PCR, PCR-RFLP and PCR in real time Preliminary results showed that in the polimorfism rs7799039, located in the promoter region of the LEP gene, the allele G (wild) is a risk factor for obesity (\03C72 = 19.19, p <0.001; OR = 1,974), another polymorphism (rs2167270 ) also into the same gene show the mutated allele as a risk factor for obesity (\03C72 = 8.24; p = 0.04). However we did not show significant results for an association of polymorphisms in other genes such as IL-6 (rs1800797), IL-10 (rs1800872), TNF-\03B1 (rs180629) and MCP-1 (rs3917887) for the development of other co-morbidities in obese. However our analyzes revealed that the rs1800795 polymorphism of the IL-6 gene is influencing LDL in obese patients (p = 0.02) and this can be a risk factor for MS. On the other hand, deletion of 14pb in rs3917887 polymorphism of MCP-1 gene show significant effects on variables such as BMI, HDL and LDL (p = 0.03, p = 0.04 and p = 0.05 respectively) and Protein C-reactive (PCR) in obeses. Furthermore, analysis based on the concentration of the PCR revealed that the studied polymorphisms may be associated with the risk of inflammation in obese subjects

BEZERRA, Daniela da Silva. “Análise da viabilidade e expressão de genes de virulência de Streptococcus mutans em lesões dentinárias de crianças com cárie precoce da infância”. 2014. 74 f. Tese (Doutorado em Odontologia) - Faculdade de Farmácia, Odontologia e Enfermagem, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2014. / Submitted by denise santos (denise.santos@ufc.br) on 2015-05-26T15:07:47Z No. of bitstreams: 1 2014_tese_dsbezerra.pdf: 8252613 bytes, checksum: 8661237a83bb54c5fcb6ed84904a2523 (MD5) / Approved for entry into archive by denise santos(denise.santos@ufc.br) on 2015-05-26T15:10:58Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2014_tese_dsbezerra.pdf: 8252613 bytes, checksum: 8661237a83bb54c5fcb6ed84904a2523 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-05-26T15:10:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2014_tese_dsbezerra.pdf: 8252613 bytes, checksum: 8661237a83bb54c5fcb6ed84904a2523 (MD5) Previous issue date: 2014 / Early childhood caries (ECC) is characterized by the presence of one or more lesions on dental surface of children under 6 years old, being considered a public health issue. Streptococcus mutans (SM) is considered the main etiologic agent of the disease and has several virulence features that allow its survival in the oral cavity and, therefore, its selection under environmental stress situations. In this context, this research had as objectives; (a) to describe a method of total RNA extraction and purification to conduct studies on bacterial gene expression from in vivo dentine caries lesions (Chapter 01); (b) to identify and quantify the metabolically active SM and analyze the expression of its virulence genes atpD, fabM, nox, pdhA and aguD on active and arrested dentin lesions (Chapter 02). Twenty-nine samples of active dentin caries and 16 samples of arrested dentin lesions were collected from children with ECC. The samples were submitted to extraction and purification of total RNA through a customized method, based on the use of a mechanical lysis and a commercial extraction kit and submitted to reverse transcriptase (RT) reaction to obtain complementary DNA (cDNA). Next, to demonstrate the primers specificity for the virulence genes on in vivo samples, 06 cDNA samples were submitted to Sanger’s sequencing for each primer. After verifying the specificity, RT-qPCR (quantitative real-time reverse transcription polymerase chain reaction) were executed for all the samples. The results showed that the bacterial RNA could be extracted in appropriate quantity and quality through the customized protocol, making its use on gene expression studies on dentin affected by caries (Chapter 01). The RT-qPCR results showed that, despite the low quantification, if compared to total streptococci and total bacteria, SM was detected as metabolically active with similar quantification on active and arrested lesions (p>0.05). Despite that, a higher expression of the virulence genes pdhA and aguD was detected on arrested lesions (p≤0,05) (Chapter 02). It was concluded that after standardization of an effective RNA extraction technique, reactions of RT-qPCR were efficiently executed for SM identification, quantification, and gene expression on samples of human dentin affected by caries. This bacterium proved to be viable, however, only inactive lesions showed larger expression of the genes pdhA and aguD, probably to make its metabolic activity viable, even in unfavorable survival conditions. / A cárie precoce da infância (CPI) é caracterizada pela presença de uma ou mais lesões em superfície dentária de crianças menores de 6 anos de idade, sendo considerada um problema de saúde pública. Streptococcus mutans (SM) é considerado o principal agente etiológico da doença e possui vários atributos de virulência que permitem sua sobrevivência na cavidade oral e, portanto, sua seleção em situações de estresse nesse ambiente. Neste contexto, este trabalho teve por objetivos: (a) padronizar um método de extração e purificação de RNA total para viabilizar estudos de expressão gênica bacteriana de lesões de cárie dentinária in vivo (capítulo 1); (b) identificar e quantificar SM metabolicamente ativo e analisar a expressão dos genes de virulência atpD, fabM, nox, pdhA e aguD em lesões dentinárias ativas e inativas (capítulo 2). Foi realizada a coleta de 29 amostras de dentina cariada ativa e de 16 amostras de lesões dentinárias inativas de crianças com CPI. As amostras foram submetidas à extração e purificação do RNA total por um método padronizado, com base no uso de lise mecânica e kit de extração comercial e, em seguida, submetidas às reações de transcrição reversa (RT) para obtenção do DNA complementar (cDNA). Com o intuito de comprovação da especificidade dos primers para os genes de virulência de SM em amostras in vivo, 06 amostras de cDNA foram amplificadas e submetidas ao sequenciamento de Sanger para cada primer. Após verificação da especificidade, reações em cadeia da polimerase quantitativa em tempo real da transcrição reversa (RT-qPCR) foram executadas para todas as amostras. Os resultados obtidos mostraram que o RNA bacteriano pôde ser extraído em adequada quantidade e qualidade pelo protocolo padronizado, viabilizando seu uso em estudos de expressão de genes bacterianos em dentina cariada (Capítulo 01). Os resultados da RT-qPCR mostraram que, apesar da baixa quantificação em relação aos estreptococos e bactérias totais, SM viáveis foram detectados com quantificação semelhante em lesões ativas e inativas (p>0.05). Apesar disso, maior expressão dos genes de virulência pdhA e aguD foi detectada nas lesões inativas (p≤0,05) (Capítulo 02). Concluiu-se que, após padronização de uma técnica eficaz de extração de RNA, reações de RT-qPCR foram executadas com eficiência para identificação, quantificação e expressão gênica de SM em amostras de dentina humana cariada. SM estavam viáveis nos dois grupos de lesões, porém só nas lesões dentinárias inativas mostraram maior expressão dos genes pdhA e aguD, provavelmente para viabilizar sua atividade metabólica nas condições menos favoráveis à sua sobrevivência, inerentes a este substrato.

CRUZ, J. N. M. C. Estudo da prevalência dos genótipos e mutações de resistência associadas aos antivirais em pacientes com hepatite B crônica atendidos nos serviços de referência do Estado do Ceará. 2015. 86 f. Dissertação (Mestrado em Patologia) - Faculdade de Medicina, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2015. / Submitted by Erika Fernandes (erikaleitefernandes@gmail.com) on 2016-01-25T13:45:09Z No. of bitstreams: 1 2015_dis_jnmcruz.pdf: 963661 bytes, checksum: a5ede67c0a7089849113b951a9684ebc (MD5) / Approved for entry into archive by Erika Fernandes(erikaleitefernandes@gmail.com) on 2016-01-25T13:45:21Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2015_dis_jnmcruz.pdf: 963661 bytes, checksum: a5ede67c0a7089849113b951a9684ebc (MD5) / Made available in DSpace on 2016-01-25T13:45:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2015_dis_jnmcruz.pdf: 963661 bytes, checksum: a5ede67c0a7089849113b951a9684ebc (MD5) Previous issue date: 2015-09-25 / Infection with hepatitis B virus (VHB) is a serious public health problem. An estimated 450 million chronic carriers worldwide, where at least 600,000 people die annually from diseases related to hepatitis B. Viral load, HBe seroconversion-antiHBe, and specific genotype and viral mutations are acquired factors influence the progression of the disease. The aim of this study was to investigate the prevalence of VHB resistance mutations associated with antiviral and evaluate the genotype distribution in a sample of 142 patients with chronic hepatitis B, treated in the State of Ceará referral hospitals. Patients were considered reactive serum HBsAg for at least six months. Serological tests were performed by electrochemiluminescence (EQL), ABBOTT laboratory for HBsAg, HBeAg and anti-HBe. The results of the serological screening showed that all samples: 142 (100%) were reactive serum HBsAg (IgG), 87 (61.0%) were negative to serum and serum HBeAg to anti-HBe reagent, 55 (39, 0%) are seroreactive for HBe and serum non-reactive for anti-HBe. The quantitation of viremia (viral load) was performed by real time PCR (QPCR) in LACEN-EC. The viral load varied between the limits (2067 IU / ml to 3.41 billion IU / ml), with a median of 70 403 IU / ml. Eighty-eight (62%) of all samples were submitted to analysis of mutations associated with treatment and genotyping the Hepatitis laboratory of the FIOCRUZ-RJ, screened for sequencing as quality criteria and routine laboratory biosafety this. The identification of genotypes in the population studied showed the following distribution: F: 47 (53.4%) of A: 34 (38.6%), the D: 4 (4.6%), E: 2 ( 2.3%) and G 1 (1.1%). And the following mutations were detected: L180M (n = 10 / 9.9%), M204V (n = 8 / 7.9%), M204I (n = 4/4%), G173L (n = 1/1%) , T169L (n = 1/1%), T184I (n = 1/1%), L80V (n = 1/1%) while 74.3% showed no change. In the study it was observed that the F genotype (53.4%) was the most prevalent in the research population of Indian origin, followed by genotype (38.6%) due to migration of African slaves. And, the higher frequency of the detected mutations are associated with nucleoside inhibitors and nucleotides, especially lamivudine. / A infecção pelo vírus da hepatite B (VHB) é um grave problema de saúde pública. Estimam-se em 450 milhões os portadores crônicos no mundo, em que pelo menos 600 mil pessoas morrem anualmente por doenças relacionadas com o vírus da hepatite B. A carga viral, soroconversão HBe – anti-HBe, genótipo e mutações virais específicas e adquiridas são fatores que influenciam a progressão dessa doença. O objetivo do presente estudo foi investigar a prevalência de mutações de resistência do VHB associada aos antivirais e avaliar a distribuição genotípica numa amostragem de 142 pacientes com hepatite B crônica, atendidos nos hospitais de referência do Estado do Ceará. Foram realizadas sorologias por eletroquimioluminescência (EQL), laboratório ABBOTT para HBsAg, HBeAg e anti-HBe. O resultado da triagem sorológica no total das amostras mostrou que: 142 (100%) foram sororeagentes para HBsAg (IgG), 87(61,0%) foram soro não reagentes para HBeAg e soro reagentes para anti-HBe, 55(39,0%) são soros reagentes para HBe e soro não reagente para anti-HBe. A quantificação da viremia (carga viral) foi realizada por PCR em tempo real (QPCR), no LACEN-CE. A carga viral variou entre os limites de (2.067 UI/mL a 3.410.000.000 UI/mL), com mediana de 70.403 UI/mL. Oitenta e oito (62%) do total das amostras foram submetidas à pesquisa de mutações associadas ao tratamento e genotipagem no laboratório de hepatites da FIOCRUZ-RJ, triadas para sequenciamento conforme critérios de qualidade e biossegurança de rotina desse laboratório. A identificação dos genótipos na população estudada apresentou a seguinte distribuição: F: 47 (53,4%), A: 34 (38,6%), D: 4(4,6%), E: 2(2,3%) e genótipo G: 1(1,1%). E as seguintes mutações foram detectadas: L180M (n=10 / 9,9%), M204V (n=8 / 7,9%), M204I (n=4 / 4%), G173L (n=1 / 1%), T169L (n=1 / 1%), T184I (n=1 / 1%), L80V (n=1 / 1%) enquanto que 74,3% não apresentaram mutações. No estudo foi observado que o genótipo F(53,4%) foi o mais prevalente na população pesquisada de origem indígena, seguido do genótipo A (38,6%) devido à migração de escravos africanos. E, que a maior frequência das mutações detectadas está associada a inibidores de nucleosídeos e nucleotídeos, principalmente a lamivudina.

Os poliomavírus humanos JC (JCV) e BK (BKV) pertencentes a família Polyomaviridae, são ubíquos na população humana. Seguida da infecção primária, a reativação destes vírus pode ocasionar nefropatia e rejeição do enxerto em pacientes transplantados renais. Além da importância clínica desses vírus, estudos têm sido feitos em diversas regiões do mundo no sentido de avaliar a detecção de JCV e BKV como possíveis indicadores de poluição fecal em ambientes hídricos. Este interesse surgiu após ser demonstrado que esses vírus são eliminados pela urina de seres humanos, além de ter sido observado que a ausência dos marcadores microbiológicos tradicionais na água não garante a ausência de vírus neste mesmo ambiente. Este estudo foi conduzido para acessar a distribuição e circulação do JCV e BKV em pacientes transplantados renais e indivíduos saudáveis e em águas superficiais de Porto Alegre, Rio Grande do Sul. Para alcançar este objetivo duas reações em cadeia da polimerase do tipo nested (nPCRs) foram otimizadas. Dentre as amostras clínicas 92 urinas constituíram o grupo de pacientes transplantados renais, enquanto que 88 urinas foram coletadas de indivíduos saudáveis, estabelecendo o grupo controle. As amostras ambientais foram coletadas de um grande corpo hídrico, o Arroio Dilúvio, e da maior estação de tratamento de esgoto (ETE) da região, a ETE São João – Navegantes, ambos localizados em Porto Alegre. Desta amostragem, 14 foram coletadas no arroio e 16 na ETE, totalizando 30 amostras de águas superficiais. O DNA das amostras foi extraído e submetido às nPCRs. Os produtos de amplificação foram selecionados, sequenciados e submetidos à análise filogenética. Entre as amostras de urina, o DNA de BKV foi encontrado em maior frequência nos pacientes transplantados renais (65,2 %) do que nos indivíduos saudáveis (32,9 %) (p<0,001). Por outro lado o JCV foi igualmente detectado em ambos os grupos de indivíduos. Considerando todas as amostras de água analisadas, 40 % foram positivas para JCV, enquanto 20 % foram positivas para BKV. Todos os genótipos de JCV e BKV encontrados nas amostras de água foram também encontrados nas amostras de urina, enquanto o contrário não foi observado. Este trabalho reforçou a importância da detecção do BKV em transplantados renais para impedir o desenvolvimento de complicações póstransplante induzidas por este vírus. Além disso, foi demonstrada a importância dos poliomavírus, principalmente do JCV, como contaminante no ambiente hídrico, o que sugere que esse vírus poderia ser escolhido como um marcador adicional de poluição fecal de origem humana em águas superficiais. / The human polyomaviruses JC (JCV) and BK (BKV), members of the Polyomaviridae family, are widespread in the human population. Following the primary infection, virus reactivation may lead to nephropathy and graft rejection in renal transplant patients (RTPs). In addition, JCV and BKV have been evaluated as potential indicators of fecal pollution in environmental waters. This is particularly interesting because these viruses are excreted by human urine, and because the absence of the traditional microbial indicators of environmental does not ensure the absence of human’s pathogenic viruses in water. This study was carried out to access the distribution of BK and JC polyomaviruses in urine samples collected from RTPs and healthy individuals and in superficial waters of Porto Alegre, Rio Grande do Sul. To achieve these objectives two nested polymerase chain reactions (nPCRs) were optimized. Ninety two and 88 urine samples were collected from RTPs and healthy individuals, respectively. The environmental samples were collected from a large canalized water stream, Arroio Dilúvio, and from a large sewage treatment plant (STP), the STP São João – Navegantes, both located in Porto Alegre. Fourteen samples were collected from Arroio Dilúvio and 16 from the STP, in total 30 superficial water samples were analyzed. The viral DNA was extracted and submitted to the nPCRs. The amplicons were selected, sequenced and submitted to phylogenetic analysis. A higher frequency of BKV was found in the urine samples of RTPs (65.2 %) comparing with the control group (32.9 %) (p<0.001). JCV DNA was equally detected in both groups. Considering all the water samples analyzed, 40 % were JCV positive, while 20 % of the samples were BKV positive. All the JCV and BKV genotypes found in the water samples were found in the urine samples, and the opposite was not observed. This study strengthens the importance of BKV detection in RTPs to prevent the developed of pos-transplant complications. Analyzing the water samples, both polyomaviruses were found, and JCV was more frequent as a fecal contaminant, being a possible choice as an additional indicator of human fecal pollution in superficial waters.