Made available in DSpace on 2015-10-06T13:02:46Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-07-17. Added 1 bitstream(s) on 2015-10-06T13:19:32Z : No. of bitstreams: 1 000849010.pdf: 646917 bytes, checksum: 6ff31432c39a9bdc92b648de138b7639 (MD5) / Visceral leishmaniasis (VL) control strategies in Brazil are based on the early detection and treatment of the patients, vector control by insecticide and the serological screening and euthanasia of positive dogs. Thus, canine visceral leishmaniasis (CVL) diagnosis must accurately identify canine reservoir hosts to ensure the efficiency of screening. Considering that the humoral immune response of dogs to natural Leishmania spp. infection is dependent on parasite load, our aim was to evaluate if outcomes of the diagnostic kits currently used in canine seroepidemiological surveys in Brazil (DPP-BioManguinhos™ rapid test and EIA-ELISA Indirect ELISA BioManguinhos™) could be related to the blood parasite loads in dogs. Six hundred and 10 dogs from the VL endemic region of Northwest São Paulo State were sampled for this evaluation. Positivity varied from 15.9 to 68.4% between diagnostic techniques, due to differences in test sensitivity and specificity. Overall, positive dogs had higher mean parasite loads than negative dogs. Nevertheless, the potential of transmission of the negative dogs shall be investigated

Made available in DSpace on 2015-10-06T13:02:52Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-04-09. Added 1 bitstream(s) on 2015-10-06T13:19:24Z : No. of bitstreams: 1 000847289_20151210.pdf: 109983 bytes, checksum: 0805da618c3e8c3448f6b9e2d227a33b (MD5) Bitstreams deleted on 2015-12-11T11:22:37Z: 000847289_20151210.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2015-12-11T11:23:16Z : No. of bitstreams: 1 000847289.pdf: 738165 bytes, checksum: af1a367e9d0c1700d0efba7690754147 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Cromossomos B, também conhecidos como supernumerários, são considerados elementos dispensáveis ao organismo. Porém, alguns estudos têm apresentado evidências de uma possível funcionalidade destes cromossomos extras. São encontrados em muitas espécies de eucariotos, entre elas, Astatotilapia latifasciata, ciclídeo africano que possui de 1 a 2 cromossomos B. Os ciclídeos têm sido muito utilizados como organismos modelo para estudos genéticos e genômicos. Análises genômicas em larga escala prévias envolveram sequenciamento por next generation (Illumina HiSeq sequencing) de genomas sem cromossomo B (B-) e com cromossomo B (B+) de A. latifasciata e uma forma variante do gene hnRNP Q-like (Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein Q-like) foi identificada. Esta sequência apresenta um alto número de cópias e características de retrogene no cromossomo B. Diante disso, foi objetivo do presente trabalho compreender a organização genômica, identificar os mecanismos de retro-inserção e fazer análises de expressão desta sequência, possibilitando um melhor entendimento da origem, evolução e possíveis efeitos deste cromossomo na espécie estudada. A partir de análises de bioinformática foram identificadas cópias variantes do gene hnRNP Q-like no genoma B+ e as regiões mais representativas foram selecionadas, de acordo com o grau de mutações, para demais estudos. Análises de fragmentos sequenciados e qPCR confirmaram que o gene possui maior número de cópias e ausência de íntrons no cromossomo B. Evidências de resquícios de domínios da transcriptase reversa de elementos transponíveis sugerem que o gene foi retroinserido no cromossomo B. Dados de qPCR em cDNA mostraram que, apesar de possuir mais cópias no genoma B+, o gene hnRNP Q-like não é diferencialmente expresso nos genomas B+ e B- / B chromosomes, also known as supernumerary, are considered dispensable elements to organisms. However, some studies have presented evidences of a possible functionality of this extras chromosomes. They are observed in many eukaryote species, such as in the African cichlid, Astatotilapia latifasciata, which might have one or two B chromosomes. Cichlids have been used as model organisms to genetics and genomics studies. Previous genomic analyses based on next generation sequencing (Illumina HiSeq sequencing) were realized in the whole genome without B chromosome (B-) and with B chromosomes (B+) of A. latifasciata and a variant form of hnRNP Q-like (Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein Q-like) gene was identified. This sequence presented a high copy number and characteristics of a retrogene in B chromosomes. Thus, the aim of this study consists in comprehend genomic organization, identify retroinsertion mechanisms and perform expression analyses of the hnRNP Q-like gene, making it possible a better understanding of origin, evolution and possible effects of this chromosomes in the studied species. Bioinformatics analyses identified variant copies of hnRNP Q-like gene in B+ genome and the higher and lower variable regions of the gene were selected, based in mutation rates, for further analysis. Analyses from sequenced fragments and qPCR confirmed gene has a higher number of copies and do not present introns in B chromosome. Evidences of transposable element relics with reverse transcriptase domains suggest gene was retroinserted in B chromosome. The data of qPCR in cDNA showed that the hnRNP Q-like gene is not differentially expressed in both genomes (with and without B chromosome)

Made available in DSpace on 2015-10-06T13:03:26Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-03-13. Added 1 bitstream(s) on 2015-10-06T13:18:31Z : No. of bitstreams: 1 000847587.pdf: 882405 bytes, checksum: 203a9f03040e737b3a41cc7bffeec3a9 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Staphylococcus aureus é comum em infecções intramamárias, que frequentemente se tornam crônicas, entre outros fatores, pela capacidade dessa bactéria em produzir biofilme. Objetivou-se verificar a capacidade produtora de biofilme em estirpes de S. aureus e Staphylococcus coagulase negativa (SCN), oriundas de mastite bovina clínica e subclínica. Um total de 100 cepas de S. aureus e 100 cepas de SCN foram isoladas de casos de mastites subclínicas e clínicas em duas propriedades do Estado de São Paulo. O teste de triagem da mastite subclínica foi o California Mastitis Test (CMT). Foi realizada Contagem de Células Somáticas (CCS) e cultivo microbiológico das amostras de leite. Pesquisou-se a presença de genes icaA, icaD e bap pela Reação em Cadeia pela Polimerase (Polimerase Chain Reaction - PCR) e caracterização fenotípica no ágar Vermelho Congo (VC) e teste de produção de biofilme em placas. Não houve relação entre a intensidade da reação ao CMT e a CCS. A média de CCS foi de 2,88±0,59 para S. aureus e 2,71±0,35 para SCN. Não houve significância estatísticas entre os valores de CCS para estirpes que continham a presença dos genes pesquisados. Porém as médias dos valores de CCS foram maiores nos isolados que continham tais genes. As frequências de icaA, icaD e bap em S. aureus foram de 82%, 83% e 58%, respectivamente. Observou-se que dos 83 isolados de S. aureus que apresentaram icaD, 82 (98,8%) também apresentaram icaA, com significância estatística no Teste Exato de Fischer (p<0,001). Na associação entre os genes icaA e bap, também foi observada associação significante pois das 82 estirpes que apresentaram icaA, foi possível observar a presença de bap em 56 (68,3%). Das 83 linhagens que continham o gene icaD em 56 (67,5%) delas, também foi detectada presença do gene bap. Não houve concordância entre os testes fenotípicos (K<0,2). A positividade no vermelho congo revelou que 25% das... / Staphylococcus aureus is common in intramammary infections, which often become chronic, among other factors, by the ability of this bacteria to produce biofilm. The objective was to verify the production of biofilm capacity in strains of S. aureus and coagulase negative Staphylococcus (CNS), derived from clinical and subclinical bovine mastitis. A total of 100 strains of S. aureus and 100 strains of CNS were isolated from cases of subclinical and clinical mastitis in two properties of São Paulo State. The screening test of subclinical mastitis was the California Mastitis Test (CMT). Somatic Cell Count (SCC) and microbiological culture of milk samples was performed. We researched the presence of icaA, icaD and bap genes by the Polymerase Chain Reaction (PCR) and phenotypic characterization on congo red agar (CRA) and biofilm production on plates. There was no observed relationship between the intensity of the reaction to the CMT and SCC. The mean of SCC was 2.88 ± 0.59 for S. aureus and 2.71 ± 0.35 for CNS. There was no significant statistical between SCC values for strains containing the presence of those researched genes. But the means of the CCS values were higher in isolates that containing such genes. The frequency icaA, icaD and bap in S. aureus were 82%, 83% and 58%, respectively. It was observed that the 83% of S. aureus isolates that had icaD, 82 (98.8%) also had icaA, with statistical significance in the Fischer's exact test (p <0.001). In association between icaA and bap genes, was also observed significant association, for the 82 strains that showed icaA, we observed the presence of bap in 56 (68.3%). Of the 83 strains that containing the icaD gene, 56 (67.5%) of them was also detected the presence of bap gene. There was no agreement between the phenotypic tests (K<0.2). The positivity on congo red agar revealed that 25% of S. aureus strains produced in vitro biofilm. In the adhesion test plates, this number was lower, with ... / FAPESP: 2013/14383-9

Made available in DSpace on 2015-10-06T13:03:30Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-07-01. Added 1 bitstream(s) on 2015-10-06T13:18:27Z : No. of bitstreams: 1 000848328.pdf: 656185 bytes, checksum: ba38e54af54213676e5d46fe3f460e40 (MD5) / A tuberculose é uma doença infectocontagiosa de caráter zoonótico de grande importância em saúde pública, sendo seu diagnóstico e o conhecimento de sua epidemiologia, peças fundamentais na sua prevenção e controle. Este trabalho objetivou a comparação entre métodos diagnósticos para tuberculose bovina. Foram realizados diagnósticos pelo cultivo microbiológico, caracterização histopatológica e identificação de bacilos álcool-ácido resistentes (BAAR) e identificação molecular da infecção por Mycobacterium bovis em bovinos adultos abatidos em matadourosfrigoríficos sob Serviço de Inspeção Federal (SIF) no Estado de São Paulo e posteriormente, os municípios de origem destes animais foram geoprocessados. Durante o abate, foram identificadas e coletadas amostras de linfonodos com lesões macroscópicas sugestivas de tuberculose. O diagnóstico pelo cultivo microbiológico foi realizado em meio de cultura sólido, a caracterização histopatológica pela coloração com hematoxilina eosina (HE), a identificação de BAAR pela coloração de Ziehl-Neelsen (ZN) e o diagnóstico pela identificação molecular foi realizado a partir de DNA extraído das lesões sugestivas de tuberculose pela reação em cadeia pela polimerase (PCR, nested PCR e multiplex PCR) e a partir de DNA extraído das colônias isoladas para identificação do M. bovis utilizando-se a PCR e a multiplex PCR. Dentre as lesões sugestivas de tuberculose observadas, 50% (25/50) foram identificadas em linfonodos retrofaríngeos e todas foram caracterizadas como caseosas. Houve crescimento de colônias características de M. bovis em 56% (28/50) das amostras, 64% (32/50) das amostras foram consideradas positivas pela coloração com HE e 52% (26/50) pela coloração confirmatória de ZN (identificação de BAAR). A PCR a partir de DNA extraído das lesões teciduais apresentou 38% (19/50) das amostras positivas e a PCR a partir de DNA extraído das... / Tuberculosis is a contagious infectious zoonotic disease of high importance in public health, which diagnosis and the epidemiology knowledge are essentials in this disease prevention and control. This study aimed to compare the different diagnostic tests for bovine tuberculosis. Microbiological culture, histopathological and molecular M. bovis diagnosis were made in adults bovines slaughtered in slaughterhouses under Inspection Federal Service - SIF in São Paulo State and after, the animals origin municipalities were geoprocessing. Samples of lymph nodes with macroscopic lesions suggestive of tuberculosis were identified and collected during the animals' slaughter. The microbiological diagnosis was made by culture in solid medium, histopathological characterization by staining with hematoxylin eosin (HE), identification of AFB by Ziehl-Neelsen (ZN) and the diagnosis by molecular identification was carried out from DNA extracted from the lesions suggestive of tuberculosis by polymerase chain reaction (PCR, nested PCR and multiplex PCR) and the DNA extracted from the colonies was isolated for M. bovis identification using PCR and multiplex PCR. Most injuries (50% - 25/50) was identified in retropharingeal and all of them were characterized as caseous. M. bovis colonies growth was characteristics in 56% (28/50) of the samples and64% (32/50) of the samples were positive by HE staining and 52% (26/50) for confirmatory ZN staining. The PCR directly from tissue showed 38% (19/50) of positive samples and the PCR from the colonies showed 56% (28/50) of positive samples. The kappa test (95%) between the diagnoses showed higher agreement between the molecular diagnostics of the colonies, followed by histopathological and molecular analysis of tuberculosis suggestive lesions toward the microbiological diagnosis. The highest sensitivity and specificity values were observed in the colonies molecular testing, followed by histopathological and ...

Made available in DSpace on 2015-10-06T13:03:32Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-02-21. Added 1 bitstream(s) on 2015-10-06T13:18:24Z : No. of bitstreams: 1 000849020.pdf: 1810469 bytes, checksum: 8cb36dbb1ddaf5d18fd121986ec0dad0 (MD5) / testicular neoplasms are sporadic findings. They are described as benign, but they can metastasize or express malignant features with the animal ageing, which makes necessary the better understanding of theses neoplasms behavior in dogs. The aim of this study was to characterize the immunoexpression of Ki-67, COX-2, MMP-9 and p53 in testicular neoplasms of fifty dogs, to verify the relation among histological pattern of the neoplasms and breed, age and testicular localization; and also to verify the immunoexpression of these markers in different types of testicular tumours. Ki-67, MMP-9 and p53 immunostaining were more intense in seminomas, whereas COX-2 presented a more intense staining in Leydig cell tumors. The histological and immunohistochemical analyses of the subtypes of canine seminomas, especially the diffuse seminoma, may result in significant differences which would allow the use of these markers as prognostic factors. The histopathological features associated with the day-history of the animals and with these markers may contribute to the characterization of the biological behavior of canine testicular neoplasms

Made available in DSpace on 2015-10-06T13:03:35Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-09-03. Added 1 bitstream(s) on 2015-10-06T13:18:21Z : No. of bitstreams: 1 000819068.pdf: 952868 bytes, checksum: 7410b5526acec730446d60283aed0de1 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / O presente estudo buscou detectar o herpesvirus felino tipo 1 (HVF-1) em fragmentos de conjuntiva de uma população de gatos pela técnica de PCR em tempo real. Além disso, procurou-se associar estes resultados aos sinais oculares verificados nestes animais. Para isso, foram utilizados 70 gatos, que conviviam em contato direto, provenientes de uma residência da cidade de Araçatuba, SP. Por meio de PCR em tempo real, foi detectado DNA de HVF-1 em 78,1% (25/32) dos gatos com ao menos um sinal ocular e em 26,3% (10/38) dos assintomáticos, totalizando uma prevalência de 50% (35/70) na amostra global. Nos animais com sinais de conjuntivite, em 60% (21/35) dos gatos positivos havia ao menos um destes sinais e nenhum destes nos 40% (14/35) restantes. Nos gatos com sinais de ceratite, em 49% (17/35) dos positivos havia ao menos um destes sinais e nenhum deste nos 51% (18/35) restantes. Foi detectada a presença de HVF-1 em todos (17/100%) os gatos com defeito epitelial corneal. Houve associação significativa entre a presença de ao menos um sinal ocular, ao menos um sinal de conjuntivite e de ceratite com os resultados do PCR. Em relação a cada sinal ocular, somente o defeito epitelial corneal e o blefarospasmo tiveram associação significativa com estes resultados e também estavam associados entre si, sugerindo que, nos gatos com sinais de ceratoconjuntivite, o defeito epitelial corneal pode ser um fator de influência ao surgimento do blefarospasmo. A elevada prevalência da infecção ocular por HVF-1 encontrada nos animais com sinais oculares sugere o agente como possível causador destas lesões / This study aimed to detect feline herpesvirus type 1 (FHV-1) in the conjunctival fragments of a cat population by PCR real-time. In addition, we sought to associate these results to ocular signs observed in these animals. For this, we used 70 cats that lived in direct contact, from a residence from Araçatuba, SP. By means of real-time PCR, DNA was detected FHV-1 in 78.1% (25/32) of cats with at least one ocular sign and 26.3% (10/38) of asymptomatic patients, a total prevalence 50% (35/70) in the sample. In animals with signs of conjunctivitis in 60% (21/35) cats were positive at least one of these signals and none of the 40% (14/35) remaining. In cats with signs of keratitis in 49% (17/35) were positive from at least one of the signals and none of the 51% (18/35) remaining. We have detected the presence of FHV-1 at all (17/100%) cats with corneal epithelial defect. There was a significant association between the presence of at least one eye sign, at least a sign of conjunctivitis and keratitis with PCR results. For each ocular sign, only the corneal epithelial defect and blepharospasm were significantly associated with these outcomes and also were associated with each other, suggesting that, in cats with signs of keratitis, corneal epithelial defect may be a factor influencing the emergence of blepharospasm. The high prevalence of ocular infection by FHV-1 found in animals with ocular signs suggested as a possible causative agent of these injuries

Made available in DSpace on 2015-10-06T13:03:36Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-08-21. Added 1 bitstream(s) on 2015-10-06T13:18:20Z : No. of bitstreams: 1 000848977.pdf: 1255909 bytes, checksum: e72eb452aeeef227b5ad181b4d572e4f (MD5) / Leishmaniasis are protozoan zoonotic diseases transmitted in the Americas by female sandflies of the genus Lutzomyia infected by Leishmania infantum chagasi during blood feeding. Although dogs are well established as the main reservoirs for the disease in urban areas, various reports of cats naturally infected worldwide may indicate an important role of this species in the disease cycle. Since the detection of circulating antibodies in infected cats is difficult, and infected cats in endemic areas are reportedly less likely to develop clinical signs when compared to dogs, this study aimed to evaluate cats living in endemic area by means of parasitological and serological (ELISA and IFAT), real time PCR and Montenegro skin test (MST), in order to use the later test to identify infected cats that did not develop antibody titers or clinical signs of the disease. For this purpose, 96 adult cats, regardless of sex, symptomatic or asymptomatic, from Araçatuba, São Paulo, were evaluated. Considering the results of qPCR and/or parasitological examination, the prevalence of infection in the evaluated population was 55.21% (53/96). Of the infected cats, 58.49% (31/53) were asymptomatic, 62.26% (33/53) females and 41.51% (22/53) aged between 1 and 3 years (p = 0.0002). Most of the infected cats had low antibody titers (37/53, 69.81%) and showed no clinical alterations (24/37, 64.86%). Only two (2.08%) were seroreactive by IFAT with titers of antibodies equal to 1:40. All 96 cats showed negative to MST with leishmanin of L. infantum chagasi (4.107 parasites/mL). Of these, 11 cats were selected and just one was positive to MST with leishmanin of L. (L.) amazonensis (107 parasites/mL). These findings indicate that qPCR demonstrated efficacy and should be used for visceral leishmaniasis diagnosis in cats and the MST, in the conditions in which it was tested, does not constitute a tool for identifying cats infected by L. infantum chagasi

Made available in DSpace on 2015-12-10T14:23:14Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-02-23. Added 1 bitstream(s) on 2015-12-10T14:29:31Z : No. of bitstreams: 1 000853353_20160401.pdf: 477077 bytes, checksum: 3fbebb8bad4f24900ae9405979963fe5 (MD5) Bitstreams deleted on 2016-04-01T11:49:41Z: 000853353_20160401.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2016-04-01T11:50:35Z : No. of bitstreams: 1 000853353.pdf: 1877326 bytes, checksum: 0800b485adb0e3c6151cb1cf5fd826ed (MD5) / O câncer de pulmão é a causa mais frequente de óbito por câncer, com 1,6 milhões de óbitos mundialmente, a cada ano. Apesar dos avanços nas estratégias de tratamento, o prognóstico dos pacientes com carcinoma pulmonar ainda é pobre. O desenvolvimento de drogas com alvos moleculares têm levado a um aumento, embora modesto, na sobrevida de pacientes com carcinomas pulmonares de células não pequenas (NSCLC), especialmente do subtipo histológico adenocarcinoma (AD). A identificação de vias moleculares como alvos terapêuticos é uma área promissora de investigação. Considerando que os miRNAs regulam a expressão gênica, os miRNAs têm o potencial de modular vias moleculares associadas à gênese e progressão do câncer. Investigamos alterações na expressão e ou mutações em sequências de miRNAs em AD pulmonar, utilizando plataformas de análise de sequenciamento de alto desempenho (Illumina) (N=17 AD e N=7 tecidos pulmonares histologicamente normais) e ensaios da PCR quantitativa em tempo real (RQ-PCR) (N=22 AD e N=9 N). A análise de miRNA-Seq identificou variações em nucleotídeos únicos (SNVs) bem como alterações na expressão de miRNAs em AD pulmonar. Três miRNAs (miR- 328, miR-574 e miR-99a) foram validados, com expressão aumentada (p<0,05) em AD comparado com N. Adicionalmente, realizamos uma meta-análise de dados da literatura em NSCLC, com o objetivo principal de comparar os dados da literatura com os nossos dados de miRNA-Seq em AD. Os miRNAs identificados na meta-análise foram utilizados em análises de predição de genes-alvo potencialmente regulados por miRNAs. Redes de interação proteica e vias moleculares relevantes em AD pulmonar foram identificadas. mRNAs-alvo identificados nas redes de interação foram validados por RQ-PCR em 57 amostras de 38 pacientes com NSCLC (N=30 NSCLC e N=27 N). Os resultados mostraram que 3 genes-alvo de miRNAs (PIK3R1, NOTCH1, KLF4), estavam frequentemente...

Made available in DSpace on 2015-12-10T14:23:59Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-04-24. Added 1 bitstream(s) on 2015-12-10T14:30:07Z : No. of bitstreams: 1 000852258.pdf: 1391953 bytes, checksum: 0d7e06938cd3251b6670b1cae39a85d1 (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Transcrição é o processo catalizado por um complexo enzimático, RNA polimerase (RNAP), responsável pela síntese de RNA mensageiro a partir de uma sequência de DNA. Diferentes estudos experimentais foram realizados para investigar esse processo, como técnicas bioquímicas, de pinça ótica ou magnética, microscopia de força atômica e fluorescência de molécula única. Com os estudos bioquímicos, por exemplo, sabe-se que várias RNAPs podem transcrever uma sequência simultaneamente. O número de diferentes moléculas depende da necessidade da célula, número de RNAP livres, regeneração do promotor e fatores de transcrição. Um dos sistemas mais investigados para o estudo desse processo é a síntese dos genes ribossomais em Escherichia coli. Os genes ribossomais são fundamentais na fisiologia dos organismos, são expressos abundantemente e existem evidências da aceleração da transcrição devido ao comportamento colaborativo entre as RNAPs. Neste trabalho, propomos simular a transcrição múltipla dos genes ribossomais em E. coli com o modelo estocástico e dependente de sequências desenvolvido em nosso laboratório. As reações químicas foram simuladas utilizando o algoritmo de Gillespie. Essa metodologia apresenta uma boa relação entre custo computacional e realismo biológico e inclui alguns parâmetros não utilizados em estudos teóricos prévios. O modelo considera o alongamento em back e forward tracking, identificando os sítios de pausas e colisões entre RNAPs, determinando o tempo de permanência e predizendo a ocorrência de transcrição abortiva ou a aceleração da transcrição devido ao fenômeno colaborativo entre múltiplas RNAPs. A sequência do operon ribossomal rrnB da E. coli foi simulada variando o número de RNAP (R), a força de interação entre RNAPs (F) e a concentração de nucleosídeo trifosfato ([NTP]). Nossos resultados mostraram-se promissores quando utilizamos uma... / The process that produces messenger RNAs from DNA sequences is called transcription, and these reactions are catalyzed by the RNA polimerase enzyme. Many different experimental techniques have been applied to investigate this process including biochemical techniques, optical and magnetic tweezers, atomic force microscopy and single molecule florescence. These biochemical process studies showed that many RNAP molecules operate simultaneously on a single DNA strand. The number of different molecules depends on cellular demands, concentration of free RNAPs, promoter strength and the presence of transcription factors. Escherichia coli ribosomal genes are a popular experimental model to investigate the transcription process. These genes are essential to cell physiology, and they are strongly expressed. There are evidences that some cellular mechanisms collaborate to accelerate their transcription. In this work we investigate the RNAP collaborative transcription in E. coli ribosomal genes using a stochastic and sequence dependent model proposed by our group. The chemical reactions were simulated using a model based on the Gillespie algorithm. This methodology is a good compromise between computational cost and biological realism and includes some ingredients that were missing in previous theoretical studies. The model considers back and forward tracking elongation and it identifies pauses by determining the dwell time on specific sites. The model also predicts abortive transcription and transcription acceleration due to collaborative RNAP interaction. The E. coli rrnB ribosomal operon sequence was simulated by varying (i) the number of RNAP (R) on the DNA strand, (ii) the interaction force between two colliding RNAPs (F) and (iii) the concentration of nucleoside triphosphate ([NTP]). Our results are promising for F =15 pN, R = 50 and [NTP] ... / CNPq: 2013/06683-2

Made available in DSpace on 2016-01-13T13:27:51Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-02-27. Added 1 bitstream(s) on 2016-01-13T13:33:22Z : No. of bitstreams: 1 000855701.pdf: 1569730 bytes, checksum: 3d2a8da3b6cbd65de62a52de0c54630d (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / O solo é o provável habitat do fungo patogênico Paracoccidioides spp., devido à detecção molecular deste patógeno neste tipo de amostra, associada à frequente infecção de trabalhadores rurais e isolamento em animais silvestres (Dasypus novemcinctus e Cabassous centralis). O presente estudo visou detectar e diferenciar as espécies Paracoccidioides brasiliensis (complexo) e Paracoccidioides lutzii no ambiente, pelas técnicas de Nested PCR, FISH, respectivamente, em amostras ambientais aerossóis e solo de tocas de tatus provenientes de áreas endêmicas para a Paracoccidioidomicose nas regiões Sudeste, Centro-Oeste e Norte brasileiras. Além da detecção ambiental de Paracoccidioides sp. por métodos moleculares, foi estudada a ocorrência de tatus infectados com P. lutzii no centro-oeste brasileiro, região de maior prevalência desta espécie, onde nenhum animal havia sido avaliado até o presente momento. Obtivemos a detecção positiva para ambas as espécies de Paracoccidioides por ambas as técnicas de detecção (Nested PCR e hibridização in situ), além da diferenciação por ITS (Internal Transcribed Spacer) pudemos visualizar os espécimes fúngicos em algumas amostras aerossóis. Acreditamos que os dados refletem a real ocorrência dos fungos em seu nicho, no entanto, o isolamento animal em tatus demonstrou-se negativo para 7 animais avaliados no trabalho, o que pode indicar que a relação da espécie P. lutzii com os tatus pode não ser a mesma com os casos de tatus infectados com P. brasiliensis em outras regiões brasileiras / Soil is probably the habitat of pathogenic fungi Paracoccidioides spp., due to the molecular detection of this pathogen in these samples, associated with the frequent of infection in rural workers and the isolation in wild animals (Dasypus novemcinctus and Cabassous centralis). This project aimed to detect and differentiate the species P. brasiliensis (complex) and P. lutzii in the environment, by the techniques of Nested PCR and FISH, respectively, in environmental aerosol samples and soil from armadillo's burrows, from endemic and non-endemic areas to Paracoccidioidomycosis in the Southeast, Midwest and North regions of Brazil. Besides the environmental detection of Paracoccidioides spp. by molecular methods, the occurrence of armadillos infected with P. lutzii the Brazilian center-west region with the highest prevalence of this kind, where no animals were evaluated at the present time will be studied. We achieved positive detection of both species of Paracoccidioides by both detection techniques (PCR and in situ hybridization), and further the differentiation by the ITS (Internal Transcribed Spacer) we could visualize fungal species in some aerosol samples also differentiating the two species. We believe of the data reflect the actual occurrence of fungi in their niche, however the animal isolation in armadillo's showed up negative for 7 animals evaluated at work, which indicated that the ratio of the species P. lutzii with armadillo may not be the same with cases of armadillo's infected with P. brasiliensis in other regions of Brazil / FAPESP: 2012/03233-3