Made available in DSpace on 2014-06-11T19:35:13Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-11-23Bitstream added on 2014-06-13T20:46:15Z : No. of bitstreams: 1 carneiro_dmvf_dr_botfmvz.pdf: 1096976 bytes, checksum: d797cd50d6dfd4ae9ee39278aaf3fdc4 (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Entre os diferentes tipos de patógenos que podem ser transmitidos pelo leite e produtos lácteos, Staphylococcus aureus é um dos mais importantes. Então, torna-se fundamental sua pesquisa em produtos lácteos destinados ao consumo humano. A presente tese investigou 100 amostras de leite do tanque de expansão de 50 fazendas leiteiras no Oeste de Santa Catarina, usando o método de cultivo em Baird-Parker, obtendo 42% de amostras positivas para a presença do agente. A análise das condições de manejo de ordenha não apresentou correlação com a presença do agente nas amostras de leite. A metodologia de referência para detecção de S. aureus recomenda a utilização do ágar Baird-Parker (BP). No entanto, outros meios de cultura podem produzir resultados em um tempo mais curto, como Petrifilm® Staph Express Count System (PSE) e da Reação em Cadeia pela Polimerase (PCR). Assim, este estudo também teve como objetivo comparar a eficiência desta metodologia para a detecção de S. aureus no leite dos tanques. Os resultados mostraram que a PCR – utilizando os primers Sa442- 1 e Sa442-2 – não apresenta limiares de Sensibilidade (53,8), Especificidade (36,5) VPP (23), VPN (69,2), Acurácia (41,0) e Coeficiente de Kappa (-0,067) que justifiquem a sua utilização como método de detecção de S. aureus em amostras de leite de tanque, quando comparado ao cultivo microbiológico em BP. Resultado semelhante foi obtido com o uso do método PSE (100; 14,9; 29,2; 100; 37; 0,083 respectivamente), cuja baixa Especificidade sugeriu incluir também outros estafilococos coagulase-positivos não S. aureus. Investigou-se também a presença de resíduos de antibióticos com Delvotest®. No entanto, não pôde ser estabelecida a correlação entre os resultados dos exames microbiológicos e PCR com os resultados de resíduos de antimicrobianos, devido à ausência desses resíduos nas amostras de leite avaliadas / Among the different types of pathogens that can be transmitted by milk and dairy products, Staphylococcus aureus is one of the most important. Then, it becomes fundamental its research in dairy products for human consumption. The present thesis investigated 100 samples of bulk tank milk from 50 dairy farms in the western parto of Santa Catarina, by using the method of cultivation in Baird- Parker, obtaining 42% positive samples to the presence of the agent. The analysis of the management conditions of milking doesn't showed correlaction with the presence of S. aureus in the milk samples. The reference methodology for Staphylococcus aureus detection recommends the use of the Baird-Parker agar (BP). However, others culture media may produce results in a more shorter time, as Petrifilm® Staph Express Count System (PSE) and the Polymerase Chain Reaction (PCR). So, this study also aimed to compare the efficiency of the fore cited methodology for the detection of Staphylococcus aureus in bulk tank milk. The findings showed that PCR – using the primers Sa442-1 e Sa442-2 - doesn't show thresholds of sensitivity (53,8), specificity (36,5), PVP (23), PVN (69,2), Accuracy (41,0) and Kappa Coefficient (-0,067) that justify their use as a method of detection of S. aureus in bulk tank milk samples, when compared to microbiological cultivation in BP. Similar results were obtained with the use of PSE method (100; 14,9; 29,2; 100; 37; 0,083 respectivelly), whose low threshold of Specificity (14,9) suggested include also other staphylococci coagulase-positive other than S. aureus. In addition, antibiotic residues were investigated with Delvotest®. However, could not be established the correlation between the results of microbiological tests and PCR with the results of antimicrobial residues, due to the absence of these residues in the milk samples evaluated

Made available in DSpace on 2015-04-09T12:28:12Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-01-08Bitstream added on 2015-04-09T12:48:01Z : No. of bitstreams: 1 000814188.pdf: 395966 bytes, checksum: d0832ef4329f94bdc184304b06e73b7f (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / There are few reports of neurological disorders in dogs with visceral leishmaniasis, with or without the participation of other opportunistic agents. The aim fo the present study was to investigate, by Real Time PCR, the presence of Leishmania sp. in the brain of dogs naturally affected by visceral leishmaniasis (VL). We evaluated 24 dogs with VL, of whom two were asymptomatic and two had also neurological symptoms. DNA was amplified in the brain of 23/24 (95.8%) dogs. The parasite load ranged from 2-16964 amastigotes/mL with a median of 116 parasites/mL and mean and standard deviation of 1166 ± 3546 parasites/mL. The average number of parasites in dogs with VL with neurological disorders, in dogs without neurological alterations and in asymptomatic dogs were, respectively, 2010, 1119 and 772 parasites/mL. These results demonstrate that the parasite has the ability to penetrate into the nervous system and should contribute to the development of neurological lesions / FAPESP: 2011/2227-0

Made available in DSpace on 2015-04-09T12:28:12Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-06-13Bitstream added on 2015-04-09T12:48:01Z : No. of bitstreams: 1 000814079.pdf: 449763 bytes, checksum: 35a86182a6a6ea1a298c0d76125e9c24 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / tuberculose bovina é uma enfermidade infectocontagiosa granulomatosa crônica de carácter zoonótico causada pelo Mycobacterium bovis. Essa bactéria pertence ao complexo Mycobacterium tuberculosis que corresponde a um grupo de micobactérias filogeneticamente relacionadas, que apresentam considerável dificuldade no diagnóstico direto em amostras teciduais. O objetivo do presente trabalho foi avaliar linfonodos por meio de diagnóstico histopatológico e molecular, visando à detecção direta do agente em tecido. Durante a linha de inspeção de abate em frigorífico, foram selecionados 150 linfonodos com lesões macroscópicas sugestivas de tuberculose. Na análise histológica pela coloração de Hematoxilia-Eosina (HE), 100% das amostras apresentaram lesões microscópicas compatíveis com tuberculose. A coloração de Zielh-Neelsen (ZN) evidenciou a presença de bacilos álcool ácido resistentes (BAAR) em 6 (4%) amostras. O método de extração para a análise molecular apresentou bons resultados, mas a amplificação dos fragmentos de DNA dos genes hsp65 e IS6110 resultaram em baixa sensibilidade. Contudo a reamplificação do gene IS6110, resultou em positividade de 63,3%, indicando que a dificuldade do diagnóstico molecular em amostras teciduais esta relacionada a quantidade reduzida de bactérias presentes nas amostras. Palavras-chave: diagnóstico, histopatologia, Mycobacterium, reação em cadeia da polmerase, tecidos / Bovine tuberculosis is a chronic granulomatous infectious disease of zoonotic nature caused by Mycobacterium bovis. This bacterium belongs to the Mycobacterium tuberculosis complex which corresponds to a group of phylogenetically related mycobacteria, which have considerable difficulty in diagnosing directly in tissue samples. The objective of this study was to evaluate lymph nodes through histopathologic diagnosis and molecular targeting the direct detection of the agent in tissue. During the inspection line slaughter in a fridge, we selected 150 nodes with macroscopic lesions suggestive of tuberculosis. In histological analysis by staining Hematoxilia-eosin (HE), 100% of the samples had microscopic lesions compatible with tuberculosis. The coloring Zielh-Neelsen (ZN) revealed the presence of acid- resistant bacilli (AFB) in 6 (4%) samples. The extraction method for molecular analysis showed good results, but the amplification of DNA fragments of hsp65 genes and IS6110 resulted in low sensitivity. However, the reamplification of IS6110 gene resulted in 63.3% positivity, indicating the difficulty of tissue samples for molecular diagnosis related to this reduced amount of bacteria present in samples

Made available in DSpace on 2015-04-09T12:28:12Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-01-08Bitstream added on 2015-04-09T12:48:01Z : No. of bitstreams: 1 000814210.pdf: 741951 bytes, checksum: f3cd07eaf72ae06779a4848293410751 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / presente estudo teve por objetivo pesquisar a ocorrência de infecção por Leishmania spp. em 491 cães domiciliados no município de Florianópolis, Santa Catarina, região até então considerada indene para leishmaniose visceral, mas que apresenta notificação de casos autóctones da doença canina no ano de 2011. A soroprevalência na população avaliada foi de 0,4% (2/491) por ELISA indireto e 4,09% (24/491) por RIFI. A concordância entre as técnicas sorológicas foi fraca (k=0,069). Somente um cão apresentou sororeatividade em ambos os métodos sorológicos. No mesmo animal foi amplificado o DNA de Leishmania sp. no sangue total, por PCR convencional e PCR em Tempo Real. Não foi possível realizar o sequenciamento do material amplificado e, deste modo, determinar a espécie de Leishmania envolvida. Os resultados do presente estudo salientam a necessidade de uma investigação epidemiológica minuciosa no município / The aim of the present study was to investigate the occurrence of Leishmania infantum chagasi infection in 491 dogs living in Florianópolis, Santa Catarina, a region considered non-endemic for visceral leishmaniasis, but with notification of autochthonous of canine cases in 2011. The seroprevalence in this population was 0.4% (2/491) by ELISA and 4.09% (24/491) by IFAT. There was a poor agreement between the serological techniques (k = 0.069). Only one dog presented seroreactivity in both serological methods. In the same animal Leishmania sp. DNA was amplified from whole a blood sample by conventional PCR and Real- Time PCR. It was not possible to sequence the amplicons and, thereby, to determine the Leishmania specie involved. The results of this study highlight the necessity of epidemiological investigation in the county / FAPESP: 2010/17168-3

Made available in DSpace on 2015-04-09T12:28:16Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-07-15Bitstream added on 2015-04-09T12:47:49Z : No. of bitstreams: 1 000817020.pdf: 534648 bytes, checksum: 11c69d3fa68bf1f916051c710c3dd25f (MD5) / Campylobacter sp é o patógeno mais envolvido em casos de infecção alimentar no mundo. Uma das principais fontes identificadas é a carne de frango, seja por má preparação antes do consumo ou contaminação cruzada durante sua manipulação. Atualmente, o mercado tem buscado produtos com alto valor agregado e algumas empresas tem utilizado o método de maturação, que consiste em manter o músculo da ave em baixa temperatura ambiente por determinado período de tempo até que enzimas naturais confiram à carne maior suculência e maciez. O objetivo deste estudo foi identificar se Campylobacter sp é um perigo biológico a ser considerado na Análise de Perigos e Pontos Críticos de Controle na produção de peito de frango maturado. Para isso, seis lotes de aves de integrados diferentes foram testados para a presença de Campylobacter coli, Campylobacter lari e Campylobacter jejuni antes do abate (n= 1500), pelo método PCR-RT Multiplex, utilizando um kit comercial. Em seguida, amostras dos respectivos lotes foram retiradas na Evisceração, antes e após o Ponto Crítico de Controle para contaminação fecal visível (n=30 cada etapa) e analisadas pelo método qPCR-RT Multiplex, para as três espécies, além de contagem total de coliformes e E. coli, utilizando Placa Petrifilm 3M®. Os mesmos parâmetros foram analisados antes e após o Pré-resfriamento, antes e após a Maturação e após o Congelamento, além de dois pontos da superfície de equipamentos em contato com produto (n = 30 por etapa e n=06, cada equipamento). Dos três sorotipos pesquisados, apenas Campylobacter jejuni e Campylobacter coli foram recuperados a partir das amostras. Apenas um dos seis lotes foi positivo para Campylobacter jejuni antes do abate, entretanto, ao menos um dos dois sorotipos identificados foi recuperado a partir de amostras coletadas dos demais lotes em uma das etapas do ... / Campylobacter sp is the pathogen involved in most cases of foodborne diseases in the world. A major source is chicken meat due to poor preparation or cross-contamination during its handling. Nowadays, customers seek for chicken products with higher added value and some slaughterhouses have used aging procedures , which consists of keeping meat under low temperature for a certain period of time, untill natural enzymes confer more tenderness to it. The aim of this study was to identify whether Campylobacter sp is a biological hazard to be considered in the hazard analysis of aged chicken breast production. To do that, six flocks from different farms were tested for the presence of Campylobacter coli, Campylobacter jejuni and Campylobacter lari before slaughter (n=1500) using a commercial kit for Multiplex RT-PCR assay. Consecutively, samples from those flocks were taken at the evisceration before and after the Critical Control Point for visible ingesta contamination; before and after chilling; before and after aging (24 h) and after freezing, besides surface swabs of two equipments in contact with products. For each step thirty samples were gathered (n = 240) and six swabs per equipment (n = 12) to be analyzed by the Multiplex qRT-PCR method for the three Campylobacter serovars, including total coliforms and E. coli counts by Petrifilm plates. From the three serovars tested, Campylobacter jejuni and Campylobacter coli were recovered from the samples, but not Campylobacter lari. Although only one of the six flocks was pre-slaughter positive for Campylobacter jejuni, positive samples were recovered from all the other flocks, at least for one of the serovars tested in one of the steps. E.coli and total coliforms counts decreased significantly throughout process. The number of positive samples for one of the two species ...

Made available in DSpace on 2015-04-09T12:28:26Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-02-24Bitstream added on 2015-04-09T12:47:34Z : No. of bitstreams: 1 000811282_20150601.pdf: 131221 bytes, checksum: 37d9e5b1bc0273fa6cc2ce6f5bf00d58 (MD5) Bitstreams deleted on 2015-06-03T11:42:44Z: 000811282_20150601.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2015-06-03T11:44:10Z : No. of bitstreams: 1 000811282.pdf: 1753519 bytes, checksum: 7f919a5df0f18678b466896d5ce5923c (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / O carcinoma epidermóide de laringe é um dos mais comuns a atingir a região da cabeça e pescoço, representando cerca de 25% dos tumores malignos que acometem essa área e 2% de todas as doenças malignas. Os recursos terapêuticos utilizados são as cirurgias, terapias por irradiação e quimioterapia, porém são considerados altamente invasivos. Por isso, algumas plantas vêm sendo utilizadas no tratamento do câncer, na tentativa de amenizar os danos causados pelos métodos convencionais. Uma dessas tem despertado interesse científico, a Euphorbia tirucalli, conhecida popularmente como aveloz. Essa planta é utilizada no tratamento de asma, úlceras, verrugas e possui princípios ativos com atividades biológicas comprovadas cientificamente como, antimutagênica, anti-inflamatória e anticancerígena. Em função da importância da fração antitumoral do látex da E. tirucalli, o presente trabalho teve como objetivo avaliar a influência desse fitoterápico nas células de carcinoma epidermóide de laringe (Hep-2), sobre a morfologia, proliferação celular e expressão gênica. As células Hep-2 foram cultivadas em meio completo (MEM 10%), e tratadas nas seguintes concentrações do aveloz (0,25; 2,5; 25 e 250 μg/mL), para avaliar o possível efeito dessa planta nos tempos de 1, 3, 5 e 7 dias. Após análises estatísticas do teste de proliferação celular, foi efetuado um novo cultivo para extração do RNA e realização da técnica de Hibridização Subtrativa Rápida (RaSH). Os genes com expressão alterada, encontrados na técnica de RaSH, foram analisados por bancos de dados Gene Ontology (GO) e Ingenuity Systems© (IPA). A validação de cinco genes encontrados como diferencialmente expressos foi realizada por PCR quantitativo em tempo real. Após o tratamento com o aveloz, a morfologia das células não sofreu alterações, quando comparada com amostras controles. No teste de proliferação celular, as células apresentaram ... / The larynx squamous cell carcinoma is the most common to hit the head and neck, representing about 25% of malignant tumors that affect this area and 2% of all malignancies. Therapeutic resources used are surgery, chemotherapy and radiation therapies, but are considered highly invasive. Therefore, some plants had been used in the treatment of cancer, in an attempt to soften the damage caused by conventional methods. One of these has attracted scientific interest, the Euphorbia tirucalli, known popularly as aveloz. This plant is used in the treatment of asthma, ulcers, warts and has active principles with activities scientifically proven as antimutagenic, anti-inflammatory and anticancer. Due of the importance the antitumoral fraction of the latex the E. tirucalli, the present study aimed to evaluate the influence of herbal of the larynx squamous cell carcinoma (Hep-2), on the morphology, cell proliferation and gene expression. The Hep-2 cells were cultured in complete medium (MEM 10%), and treated in the following concentrations of the aveloz (0,25; 2,5; 25 e 250 μg/mL) to evaluate the possible effects of this plant in 1, 3, 5 and 7 days. After statistical analysis of the test cell proliferation, was made a new culture for RNA extraction and realization of the Rapid Subtractive Hybridization technique (RaSH). The genes with altered expression, found in RaSH technique, were analyzed databases Gene Ontology (GO) and Ingenuity Systems© (IPA). The validation of the five differentially expressed genes found was performed by real time quantitative PCR. The aveloz treatment did not change the cell morphology compared with control samples and decreased the cell growth, with results more statistically significant on day 3 at a concentration of 25 μg/mL. Therefore, these parameters were chosen to continue with the methods. The RaSH approach detected change in expression of some genes, including ANXA1, TCEA1, NGFRAP1, ITPR1 and CD55, which are ... / FAPESP: 2012/07853-6

Made available in DSpace on 2015-05-14T16:53:30Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-08-29Bitstream added on 2015-05-14T16:58:45Z : No. of bitstreams: 1 000828932.pdf: 760604 bytes, checksum: c30674cef7dfc0506331193c0c9efe70 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Devido às diversas formas de apresentação clínica e aos sinais clínicos comuns com outras afecções, o diagnóstico laboratorial do CDV (Canine distemper virus) se torna necessário. A RT-PCR seguida da NESTED com amostras de urina é atualmente a técnica mais recomendada para o diagnóstico do CDV. No Capítulo 2, foi desenvolvida a técnica de One-Step-RT-qPCR utilizando o sistema de detecção Syber Green I. Foram testados e comparados três kits comerciais (Sigma®, Promega® e Qiagen®). Foi determinada a sensibilidade analítica de dois sistemas de detecção (Sistema A e Sistema B) utilizando uma curva padrão de RNA sintético. Os três kits comerciais testados detectaram o vírus em 100% das urinas provenientes de animais sintomáticos e o kit da Qiagen® mostrou melhores resultados de reação. O Sistema A detectou aproximadamente 10 cópias de RNA por microlitro e no Sistema B detectou 100 cópias de RNA por microlitro na RT-qPCR e 10 cópias por microlitro quando seguida da NESTED-qPCR. No Capítulo 3 foram desenvolvidos três imunoconjugados de microesferas de poliestireno (MP) utilizando anticorpos policlonais hiperimunes anti-CDV (IgY, IgG e Proteína A+IgG) para o preparo de RNA e aplicação na RT-qPCR. A aplicação dos conjugados foi comparada ao método convencional de extração de RNA por kit comercial. Os conjugados foram padronizados e a sensibilidade analítica foi determinada através de curva padrão de RNA sintético. A sensibilidade diagnóstica foi determinada utilizando-se conjugado com IgY, MP sem anticorpos conjugados e urina adsorvida diretamente nos tubos de qPCR / The diagnosis of canine distemper is usually based on clinical suspicion of the disease. However, due to the different clinical forms of the disease and other disorders common to clinical signs, the laboratory diagnosis is necessary. The RT-PCR followed by NESTED is currently the method used to diagnosis of CDV (Canine Distemper Virus). The Chapter 2 aimed to standardized the technique of One-Step RT-qPCR-using Syber Green I system. Three commercial kits (Sigma®, Promega® and Qiagen®) were tested and compared. Analytical sensitivity of two detection systems (System A and System B) was determined using a standard curve. The three commercial kits tested detected the virus in 100% of samples from symptomatic dogs and the kit of Qiagen® showed better results. The System A detected approximately 10 RNA copies/μL and System B detected approximately 100 RNA copies/ μL in RT-qPCR and 10 RNA copies/ μL when followed by NESTED-qPCR. In Chapter 3 three immunoconjugates were developed with polystyrene microspheres (PM) using polyclonal hyperimmune anti-CDV antibody (IgY, IgG and protein A+IgG) to prepare RNA to canine distemper molecular diagnosis and comparison with the conventional method of RNA extraction by commercial kit. Conjugates were standardized and the analytical sensitivity was determined by standard curve. The diagnostic sensitivity was determined using IgY-conjugated, PM without conjugated antibodies and urine adsorption directly qPCR in tubes / FAPESP: 2011/50889-9

Made available in DSpace on 2015-06-17T19:34:31Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-02-06. Added 1 bitstream(s) on 2015-06-18T12:48:41Z : No. of bitstreams: 1 000831916_20160206.pdf: 112802 bytes, checksum: ab469a2967fddd117429a39b27723454 (MD5) Bitstreams deleted on 2016-02-10T15:55:07Z: 000831916_20160206.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2016-02-10T15:55:45Z : No. of bitstreams: 1 000831916.pdf: 3397060 bytes, checksum: 8fdf8471abaa6fa3e7d5431cd8932cbb (MD5) / Com a intensificação da piscicultura brasileira, caracterizada por densidade de estocagem cada vez maior, especialmente em tanques-rede, tem-se observado um número crescente de enfermidades, principalmente de origem bacteriana, ocasionando alta mortalidade e prejuízos econômicos expressivos em todas as fases da criação. Um dos problemas relacionados ao controle de enfermidades na piscicultura é o uso constante e equivocado de antimicrobianos e quimioterápicos nas criações, que provocam problemas de resistência bacteriana e impactos ambientais que comprometem a qualidade do produto final. Assim, a busca por alternativas rápidas e eficazes de diagnóstico são cada vez mais necessárias, uma vez que contribuem para o controle de enfermidades antes que estas provoquem sinais clínicos irreversíveis e taxas de mortalidade elevada. Em vista disso, o diagnóstico molecular, representado pelas técnicas da Reação em Cadeia da Polimerase (PCR) e suas variações, tais como sequenciamento e PCR em tempo real, constituem alternativas a serem exploradas. Desse modo, os objetivos deste trabalho foram: a) adaptar a metodologia de PCR de colônia aliada ao sequenciamento do gene 16S rRNA para bactérias que causam doenças em peixes, b) determinar a sensibilidade aos antimicrobianos florfenicol e oxitetraciclina dos gêneros bacterianos de maior frequencia, c) validar testes de PCR em tempo real para detecção e quantificação de Aeromonas hydrophila e Streptococcus agalactiae e avaliar sua especificidade e sensibilidade analítica d) aplicar a metologia validada no diagnóstico de infecções por esses patógenos em grupos de tilapias infectadas experimentalmente. Nas metodologias desenvolvidas, buscou-se redução de custos e tempo para diagnóstico. Os resultados encontrados demonstraram que a PCR de colônia apresentou redução de custos e tempo quando comparada às técnicas tradicionais de isolamento, identificação bioquímica ... / With the intensification of the Brazilian fish farming, characterized by increasing density storage, especially in cages, it has been observed a growing number of diseases, mainly bacterial, causing high mortality and significant economic losses in all phases of breedin. One of the problems related to the control of diseases in fish farming is the constant misuse of antibiotics and chemotherapeutics that cause problems of bacterial resistance and environmental impacts which affect the quality of the final product. Thus, the search for rapid and effective diagnostic alternative is increasingly necessary, since they contribute to control of diseases before they cause irreversible clinical signs and high mortality rates. In view of this, the molecular diagnostic techniques represented by the Polymerase Chain Reaction (PCR) and its variations, such as sequencing and real time PCR, constitute alternatives to be explored. Thus, the objectives of this work were: a) adapting the methodology of colony PCR coupled with sequencing of the 16S rRNA gene for bacteria that cause disease in fish, b) determine the sensitivity to antimicrobial florfenicol and oxytetracycline bacterial genera of higher frequency, c) validate real-time PCR assay for detection and quantification of Aeromonas hydrophila and Streptococcus agalactiae and to evaluate its sensitivity and analytical specificity d) applying the validated Methodology for the diagnosis of infections caused by these pathogens in infected experimentally tilapias groups. In the developed methodologies, we attempted to reduce costs and time to diagnosis. The results showed that: colony PCR showed a reduction of costs and time compared to traditional isolation techniques, biochemical identification, DNA extraction and conventional PCR; the alliance of colony PCR and 16S rRNA gene sequencing allowed identification of all tested bacterial pathogens, not being necessary the design of specific ...

Made available in DSpace on 2015-06-17T19:34:33Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-10-09. Added 1 bitstream(s) on 2015-06-18T12:48:37Z : No. of bitstreams: 1 000830930_20161009.pdf: 528336 bytes, checksum: 2584c6b09449ed93f647987c98b7c1c6 (MD5) Bitstreams deleted on 2016-10-10T12:18:28Z: 000830930_20161009.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2016-10-10T12:19:00Z : No. of bitstreams: 1 000830930.pdf: 2248627 bytes, checksum: accddf23493d2bfab5e3f401310fb7d7 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Alterações epigenéticas, incluindo as alterações da metilação do DNA, das modificações de histonas e da atividade de RNAs não codificadores, são eventos frequentes em células tumorais e estão associados às mudanças da estrutura da cromatina e dos níveis de expressão gênica. O gene RASSF1, localizado em 3p21.3, é responsável pela transcrição de sete variantes a partir de regiões promotoras distintas, associadas a duas ilhas CpG. Dentre os transcritos estão RASSF1A e RASSF1C, codificados por regiões promotoras diferentes, e que têm sido descritos na literatura como codificadores de proteínas com funções celulares opostas: RASSF1A é caracterizado como supressor tumoral e é frequentemente silenciado por metilação anormal em vários tipos de câncer, enquanto RASSF1C tem sido associado a atividades oncogênicas, e não há relatos de metilação de ilha CpG associada à sua região promotora. Com a finalidade de investigar uma possível associação entre parâmetros clínicos e histopatológicos em pacientes diagnosticadas com câncer de mama e o padrão de metilação de RASSF1A e RASSF1C, foram analisadas 84 amostras de carcinomas mamários pela técnica de MS-PCR (Methylation-Specific Polymerase Chain Reaction). Para RASSF1A, foi encontrada uma frequência de metilação de 84,5% das amostras, enquanto que para RASSF1C todas as amostras apresentaram alelos exclusivamente não-metilados, o que sugere uma regulação de expressão diferente da observada para RASSF1A. Devido ao fato de 75 das 84 amostras utilizadas serem diagnosticadas como carcinomas ductais invasivos, as análises estatísticas incluíram apenas esse subtipo histológico. Não foi encontrada diferença estatística significativa para as características clínicas/histopatológicas e presença/ausência de metilação de RASSF1A. Foi também analisado o padrão de metilação das ilhas CpGde RASSF1 em 17 linhagens celulares derivadas de carcinomas ... / Alterações epigenéticas, incluindo as alterações da metilação do DNA, das modificações de histonas e da atividade de RNAs não codificadores, são eventos frequentes em células tumorais e estão associados às mudanças da estrutura da cromatina e dos níveis de expressão gênica. O gene RASSF1, localizado em 3p21.3, é responsável pela transcrição de sete variantes a partir de regiões promotoras distintas, associadas a duas ilhas CpG. Dentre os transcritos estão RASSF1A e RASSF1C, codificados por regiões promotoras diferentes, e que têm sido descritos na literatura como codificadores de proteínas com funções celulares opostas: RASSF1A é caracterizado como supressor tumoral e é frequentemente silenciado por metilação anormal em vários tipos de câncer, enquanto RASSF1C tem sido associado a atividades oncogênicas, e não há relatos de metilação de ilha CpG associada à sua região promotora. Com a finalidade de investigar uma possível associação entre parâmetros clínicos e histopatológicos em pacientes diagnosticadas com câncer de mama e o padrão de metilação de RASSF1A e RASSF1C, foram analisadas 84 amostras de carcinomas mamários pela técnica de MS-PCR (Methylation-Specific Polymerase Chain Reaction). Para RASSF1A, foi encontrada uma frequência de metilação de 84,5% das amostras, enquanto que para RASSF1C todas as amostras apresentaram alelos exclusivamente não-metilados, o que sugere uma regulação de expressão diferente da observada para RASSF1A. Devido ao fato de 75 das 84 amostras utilizadas serem diagnosticadas como carcinomas ductais invasivos, as análises estatísticas incluíram apenas esse subtipo histológico. Não foi encontrada diferença estatística significativa para as características clínicas/histopatológicas e presença/ausência de metilação de RASSF1A. Foi também analisado o padrão de metilação das ilhas CpGde RASSF1 em 17 linhagens celulares derivadas de ...

Made available in DSpace on 2015-06-17T19:34:33Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-09-15. Added 1 bitstream(s) on 2015-06-18T12:48:37Z : No. of bitstreams: 1 000831296_20150915.pdf: 712631 bytes, checksum: c611834a7a54c590d534dbfa5c08e1dc (MD5) Bitstreams deleted on 2015-09-15T11:21:48Z: 000831296_20150915.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2015-09-15T11:22:39Z : No. of bitstreams: 1 000831296.pdf: 1949173 bytes, checksum: beeb683c24b9380e93e17d2eaac28060 (MD5) / O gene SFN (stratifin; 14-3-3sigma) atua como um gene supressor tumoral cuja expressão é induzida em resposta a danos ao DNA, promovendo o bloqueio do ciclo celular no checkpoint G2/M. A inativação ou redução da expressão gênica por hipermetilação de sua ilha CpG foi apontada como um mecanismo comum a vários tipos de cânceres humanos e também foi associada com resposta ao tratamento. O objetivo desse estudo foi caracterizar alterações genéticas e epigenéticas do gene SFN em carcinomas mamários primários e investigar a sua relação com parâmetros clínicos e histopatológicos. Em adição, linhagens derivadas de epitélio mamário normal e de carcinomas mamários foram utilizadas para a caracterização do efeito do número de cópias e do padrão de metilação do DNA na expressão gênica e para o estudo do efeito combinado do tratamento com o agente desmetilante 5-Aza-dC (5-Aza-2'-Desoxicitidina) e da exposição à radiação nas taxas de sobrevivência celular. O padrão de metilação do DNA foi determinado por MS-PCR (Methylation Specific-Polimerase Chain Reaction), após modificação do DNA por bissulfito de sódio, em uma série de 84 carcinomas mamários (76 ductais infiltrantes, 5 lobulares infiltrantes, 1 metaplásico, 1 apócrino e 1 papilífero) , bem como em um painel de 20 linhagens celulares (3 normais e 17 derivadas de carcinomas). O número de cópias foi determinado por qPCR (quantitative Polimerase Chain Reaction) em 82 destas amostras. Os níveis de expressão do transcrito foram avaliados por RT-qPCR em 8 linhagens celulares selecionadas com base no número de cópias, padrão de metilação e o status da proteína p53. O efeito da exposição à radiação ionizante, em uma única dose de 4 Gy em intervalos de tempo de 12, 24, 48 e 72h foi estudado através do ensaio de MTT (3-[4,5-dimethylthiazol-2-yl]-2,5-diphenyltetrazolium bromide) em três linhagens celulares (T47D, MDA-MB-231 e MDA-MB-436) ... / The SFN gene (Stratifin; 14-3-3 sigma) plays roles as a tumor suppressor gene and its expression is induced in response to DNA damage by disabling the cell cycle arrest at the G2/M checkpoint. Inactivation or down-regulation of gene expression levels has been generally attributed to the hypermethylation of its CpG island, identified as a common mechanism in a variety of human cancers, also associated to treatment response. The aim of the present study was to characterize epigenetics and genetics alterations of the SFN gene in primary breast cancer and to investigate the relationship with clinical and histopatological variables. In addition, cell lines derived from normal breast and breast cancer tissues, were employed to identify the effect of copy number dosage and DNA methylation pattern in gene expression, besides the study of combined response to 5-Aza-dC (5-Aza-2'-Deoxycytidine) and radiation exposure on cell survival. After sodium bisulfite modification, the DNA methylation pattern was determined by Methylation-Specific Polymerase Chain Reaction (MS-PCR) in a series of 84 Breast cancer samples (76 infiltrating ductal carcinomas, 5 infiltrating lobular, 1 metaplasic, 1 apocrine and 1 papillary) as well as in a panel of 20 human cell lines (3 derived from normal breast and 17 from breast cancer). SFN copy number was performed using relative quantification, by qPCR (quantitative Polimerase Chain Reaction) in 82 samples. Transcript levels were evaluated by RT-qPCR within a selection of 8 cell lines, based on DNA methylation, SFN copy number dosage and p53 status. Ionizing radiation effect was studied through MTT (3-[4,5-dimethylthiazol-2-yl]-2,5-diphenyltetrazolium bromide) assay, by using a single dose of 4 Gy at different time intervals (12, 24, 48 and 72h) in tree cell lines (T47D, MDA-MB-231 e MDA-MB-436) treated or not with 5-Aza-dC. SFN methylation was observed in 79% of primary breast cancer, while copy number alterations ...