As maiores taxas de câncer de esôfago no Brasil ocorrem no Rio Grande do Sul (18/100.000/ano para homens e 6/100.000/ano para mulheres em 2012), onde o carcinoma de células escamosas é o mais frequente. Além disso, a incidência de carcinoma de células escamosas de cabeça e pescoço (CCECP) também é significativa nesta região (11/100.000/ano para o câncer da cavidade oral e 10/100.000/ano para o câncer da laringe em homens em 2012). O tabagismo e o consumo de álcool são os principais fatores de risco tanto para o carcinoma de células escamosas do esôfago (CCEE), quanto para o CCECP. O papel do HPV no desenvolvimento de CCEE permanece controverso. Por outro lado, existem evidências de que o CCECP HPV+ é uma entidade distinta em comparação ao CCECP associado ao consumo de tabaco e de álcool. Com o objetivo de investigar a associação da infecção pelo HPV com o CCEE e o CCECP no sul do Brasil, foram avaliados, prospectivamente, as amostras de três grupos. O grupo 1 foi formado por pacientes com CCEE, onde foram avaliadas amostras do tumor e de áreas de mucosa esofágica sem tumor. O grupo 2 foi formado por pacientes com CCECP, onde foram avaliadas biópsias do tumor primário e de áreas da mucosa esofágica, tanto iodo positivas quanto iodo negativas. O grupo 3 foi formado por pacientes dispépticos, não fumantes/não alcoolistas, com mucosa esofágica de aspecto normal pela endoscopia digestiva alta, onde foram realizadas biópsias do esôfago médio. Com extremo cuidado para evitar a contaminação do DNA, foi utilizada a técnica de nested-PCR com os primers gerais MY09/MY11 e GP5/GP6 para pesquisar a presença do HPV em amostras de tecido fixado em formalina e armazenados em parafina. Nós planejamos a realização de genotipagem do produto final da PCR para 73 tipos de HPV. O Grupo 1 incluiu 51 amostras de CCEE e 51 amostras de áreas esofágicas não tumorais. No Grupo 2, haviam 37 pacientes com 35 biópsias do tumor primário, 32 de áreas iodo positivas do esôfago (27 normais e 5 esofagites) e 17 de áreas não coradas do esôfago (15 normais e 2 esofagites). Neste grupo, um paciente apresentou tumores sincrônicos de CCECP e CCEE. O Grupo 3 incluiu 37 pacientes, 35 com mucosa esofágica normal e 2 com esofagite leve. Em um total de 224 amostras, apenas 6 apresentaram material inadequado para análise pela PCR. O DNA do HPV foi negativo em todas as 218 amostras pela técnica de nested-PCR. Portanto, a análise de pacientes com CCEE e CCECP sugere que não há evidências de que o HPV esteja envolvido na carcinogênese do trato aerodigestivo superior no sul do Brasil. / The highest rates of esophageal cancer in Brazil occur in Rio Grande do Sul (18/100,000/year for men and 6/100,000/year for women in 2012), where squamous cell carcinoma is the most common. Furthermore, the incidence of head and neck squamous cell carcinoma (HNSCC) is significant in this region (11/100,000/year for cancer of the oral cavity and 10/100,000/year for laryngeal cancer in men in 2012). Tobacco smoking and alcohol consumption are the major risk factors for esophageal squamous cell carcinoma (ESCC) and HNSCC. The role of HPV in the development of ESCC remains controversial. Otherwise, there are some evidences that HPV-related HNSCC is a distinct entity compared with HNSCC associated with smoking and alcohol consumption. In order to investigate the association of HPV infection with ESCC and HNSCC in southern Brazil, we evaluated, prospectively, samples from three groups. Group 1 was formed by patients with ESCC where we evaluated esophageal samples from tumor and from nontumoral areas. Group 2 was formed by HNSCC patients. We assessed biopsies from primary tumor and esophageal biopsies from either iodine negative or positive areas. Group 3 was formed by dyspeptic patients, no smokers/non alcoholics, with normal appearing esophageal mucosa in Upper GI Endoscopy, where biopsies were taken from middle esophagus. With extreme care to prevent DNA contamination, we used nested PCR with the general primer sets MY09/MY11 and GP5/GP6 for HPV L1 in formalin fixed paraffin-embedded tissue. We planned to genotype the final PCR product for 73 HPV types. Group 1 included 51 samples from ESCC and 51 samples of esophageal non-tumoral areas. In Group 2, there were 37 patients with 35 biopsies taken from primary tumor, 32 from iodine positive esophageal areas (27 normal and 5 esophagitis) and 17 from unstained esophageal areas (15 normal and 2 esophagitis). In this group, 1 patient had synchronous tumors of HNSCC and ESCC. Group 3 included 37 patients, 35 with normal esophageal mucosa and 2 with mild esophagitis. A total of 224 samples fixed in formalin and stored in paraffin, only 6 samples showed inappropriate material for PCR analysis. HPV DNA was negative in all 218 samples. Therefore, we did not carry out the genotyping. In patients with ESCC and HNSCC from Southern Brazil, there is no evidence that HPV is involved in upper aerodigestive carcinogenesis.

A amplificação in vitro de DNA, utilizando reação em cadeia da polimerase (PCR), tem sido estudada como uma alternativa aos tradicionais métodos de detecção de micro-organismos contaminantes em tanques de armazenagem de biodiesel. Neste sentido, objetivou-se padronizar um método rápido e eficaz para detecção de Paecilomyces variotii utilizando-se a técnica de PCR e avaliar o desenvolvimento de P. variotii em amostras contendo diesel puro (B0), mistura diesel/biodiesel (B7) e biodiesel puro (B100). Em sistemas contendo meio mínimo mineral e misturas diesel/biodiesel, após 60 dias, verificou-se que o micro-organismo desenvolveu biomassa significativamente superior em B7 e B100 quando comparados a B0. A técnica de PCR foi capaz de detectar um mínimo de 103 esporos/mL de P. variotii em suspensão com água, correspondente a 0,0144 ng de DNA/μL, e demonstrou ausência de reações inespecíficas frente aos fungos Aspergillus fumigatus e Pseudallescheria boydii. Entretanto, o método mostrou-se ineficaz para detecção de P. variotii em amostras contendo diesel, biodiesel ou misturas de diesel/biodiesel. / The in vitro amplification of DNA using polymerase chain reaction (PCR), has been studied as an alternative to traditional methods for detecting microorganisms contaminating biodiesel storage tanks. In this sense, the aim of this study was to standardize a fast and effective method for detection of Paecilomyces variotii using the PCR technique and evaluate the development of P. variotii in samples containing pure diesel (B0), blend diesel/biodiesel (B7) and pure biodiesel (B100). In systems containing mineral minimal medium and diesel/biodiesel blends after 60 days, it was found that the microorganism biomass developed significantly higher in B7 and B100 when compared to B0. The PCR technique was able to detect a minimum of 103 spores/mL of P. variotii in suspension with water, corresponding to 0,0144 ng DNA/μL, and showed no nonspecific reactions against the fungi Aspergillus fumigatus and Pseudallescheria boydii. However, this method proved to be ineffective for the detection of P. variotii in samples containing diesel, biodiesel or diesel/biodiesel blends.

Amebas de vida livre (AVL) do gênero Acanthamoeba estão distribuídas mundialmente e habitam uma ampla variedade de nichos ambientais. Acanthamoeba pode ser considerada um importante veículo de patógenos humanos por abrigar inúmeras bactérias endossimbiontes. O presente trabalho teve como objetivo caracterizar o potencial patogênico de 12 isolados de Acanthamoeba previamente isoladas de estojos de lentes de contato e ductos de ar condicionado usando testes de osmotolerância e termotolerância, bem como caracterizar e identificar a comunidade de endossimbiontes presentes, utilizando duas técnicas de biologia molecular, a PCR (Reação em Cadeia da Polimerase) e DGGE (Eletroforese em Gel com Gradiente Desnaturante). Dentre os isolados estudados ¼ destes, foram considerados potencialmente patogênicos a partir dos testes de osmotolerância e termotolerância. Todos os isolados quando submetidos à PCR demonstraram a presença de endossimbiontes, sendo que todos continham bactéria do gênero Pseudomonas spp. Não foi possível confirmar a presença de microorganismos da família Legionellaceae bem como da ordem Chlamydiales. A DGGE possibilitou caracterizar a diversidade bacteriana nos isolados de Acanthamoeba, entretanto a identificação de bactérias através desta metodologia apresentou-se comprometida, sendo que apenas 2 espécies bacterianas, Paenibacillus glucanolyticus e Candidatus Protochlamydia amoebophila, foram identificadas, nos isolados A2 e A12 respectivamente. As demais bandas sequenciadas apresentaram similaridade para bactérias incultiváveis, sem que espécie ou gênero pudessem ser identificados. Os resultados deste primeiro estudo de identificação e caracterização de endossimbiontes em isolados de Acanthamoeba oriundas da cidade de Porto Alegre/RS confirmam a presença de isolados de Acanthamoeba carreadoras de endossimbiontes e demonstram que diferentes populações bacterianas estão internalizadas nessas amebas. / Free-living amoebae (AVL) of the genus Acanthamoeba are distributed worldwide and inhabit a wide variety of environmental niches. Acanthamoeba can be considered an important vehicle for human pathogens harbor numerous bacteria endosymbionts. This study aimed to characterize the pathogenic potential of Acanthamoeba isolates from 12 previously isolated from contact lens cases and air conditioning ducts using assessed by osmotolerance and temperature tolerance as well as identify and characterize the community of endosymbionts present, using two techniques molecular biology, PCR (Polymerase Chain Reaction) and DGGE (Denaturing Gradient Gel Electrophoresis). Among the isolates studied ¼ these were considered potentially pathogenic from tests osmotolerance and temperature tolerance. All strains when subjected to PCR demonstrated the presence of endosymbionts, all of which contained bacteria of the genus Pseudomonas spp. It was not possible to confirm the presence of microorganisms of family Legionellaceae and order Chlamydiales. The DGGE enabled characterization of bacterial diversity in the strains of Acanthamoeba, however the identification of bacteria using this methodology appeared compromised, with only two bacterial species, Paenibacillus glucanolyticus and Candidatus Protochlamydia amoebophila were identified in isolates A2 and A12 respectively. The other bands showed similarity to sequenced uncultivable bacteria, without which species or genus could be identified. The results of this first study of identification and characterization of endosymbionts in Acanthamoeba isolates deriving from the city of Porto Alegre / RS confirm the presence of strains of Acanthamoeba endosymbionts of carrier and show that different bacterial populations are internalized these amoebae.

Orientador: Ruben Pablo Schocken Iturrino / Banca: Luiz Augusto do Amaral / Banca: Alessandra Aparecida Medeiros / Resumo: Campylobacter sp é o patógeno mais envolvido em casos de infecção alimentar no mundo. Uma das principais fontes identificadas é a carne de frango, seja por má preparação antes do consumo ou contaminação cruzada durante sua manipulação. Atualmente, o mercado tem buscado produtos com alto valor agregado e algumas empresas tem utilizado o método de maturação, que consiste em manter o músculo da ave em baixa temperatura ambiente por determinado período de tempo até que enzimas naturais confiram à carne maior suculência e maciez. O objetivo deste estudo foi identificar se Campylobacter sp é um perigo biológico a ser considerado na Análise de Perigos e Pontos Críticos de Controle na produção de peito de frango maturado. Para isso, seis lotes de aves de integrados diferentes foram testados para a presença de Campylobacter coli, Campylobacter lari e Campylobacter jejuni antes do abate (n= 1500), pelo método PCR-RT Multiplex, utilizando um kit comercial. Em seguida, amostras dos respectivos lotes foram retiradas na Evisceração, antes e após o Ponto Crítico de Controle para contaminação fecal visível (n=30 cada etapa) e analisadas pelo método qPCR-RT Multiplex, para as três espécies, além de contagem total de coliformes e E. coli, utilizando Placa Petrifilm 3M®. Os mesmos parâmetros foram analisados antes e após o Pré-resfriamento, antes e após a Maturação e após o Congelamento, além de dois pontos da superfície de equipamentos em contato com produto (n = 30 por etapa e n=06, cada equipamento). Dos três sorotipos pesquisados, apenas Campylobacter jejuni e Campylobacter coli foram recuperados a partir das amostras. Apenas um dos seis lotes foi positivo para Campylobacter jejuni antes do abate, entretanto, ao menos um dos dois sorotipos identificados foi recuperado a partir de amostras coletadas dos demais lotes em uma das etapas do ... / Abstract: Campylobacter sp is the pathogen involved in most cases of foodborne diseases in the world. A major source is chicken meat due to poor preparation or cross-contamination during its handling. Nowadays, customers seek for chicken products with higher added value and some slaughterhouses have used aging procedures , which consists of keeping meat under low temperature for a certain period of time, untill natural enzymes confer more tenderness to it. The aim of this study was to identify whether Campylobacter sp is a biological hazard to be considered in the hazard analysis of aged chicken breast production. To do that, six flocks from different farms were tested for the presence of Campylobacter coli, Campylobacter jejuni and Campylobacter lari before slaughter (n=1500) using a commercial kit for Multiplex RT-PCR assay. Consecutively, samples from those flocks were taken at the evisceration before and after the Critical Control Point for visible ingesta contamination; before and after chilling; before and after aging (24 h) and after freezing, besides surface swabs of two equipments in contact with products. For each step thirty samples were gathered (n = 240) and six swabs per equipment (n = 12) to be analyzed by the Multiplex qRT-PCR method for the three Campylobacter serovars, including total coliforms and E. coli counts by Petrifilm plates. From the three serovars tested, Campylobacter jejuni and Campylobacter coli were recovered from the samples, but not Campylobacter lari. Although only one of the six flocks was pre-slaughter positive for Campylobacter jejuni, positive samples were recovered from all the other flocks, at least for one of the serovars tested in one of the steps. E.coli and total coliforms counts decreased significantly throughout process. The number of positive samples for one of the two species ... / Mestre

Introdução: O teste Xpert MTB / RIF está sendo cada vez mais utilizado em muitos países como diagnóstico inicial para a tuberculose (TB). Poucos estudos avaliaram o impacto do Xpert no diagnóstico em rotinas de programas de controle de TB no Brasil. O objetivo do presente estudo foi avaliar o impacto da introdução do Xpert MTB / RIF no diagnóstico de TB em uma cidade com alta incidência de TB no Brasil. Métodos: Incluímos pacientes avaliados com testes diagnósticos convencionais durante um ano antes da introdução do Xpert (grupo pré-Xpert) e pacientes avaliados usando Xpert durante um ano após a introdução do teste (grupo pós-Xpert). Resultados: 620 pacientes preencheram os critérios de inclusão (208 no grupo pré-Xpert e 412 no grupo pós-Xpert) e foram incluídos na análise. O tempo até o diagnóstico de TB foi menor no grupo pós-Xpert (0,7 dias, IQR: 0,5-1,0 dias) do que no grupo pré-Xpert (2,0 dias, IQR: 2,0-2,0 dias) (p <0,0001). Características atípicas da doença, como menor perda de peso, febre, dispneia, sudorese noturna e hemoptise; baciloscopia de escarro negativa; cultura negativa e radiografia de tórax atípica de TB foram mais comuns no grupo pós-Xpert do que no grupo pré-Xpert (p <0,0001 para todos). Conclusões: Observamos que a implementação do ensaio Xpert MTB / RIF, em rotinas de programas de controle de TB, melhora e facilita o diagnóstico de tuberculose, especialmente nos casos com manifestações da doença atípica. Esses resultados podem provavelmente ser generalizados para locais com incidência de TB similar. / Introduction: The receptor for advanced glycation end products (RAGE) is expressed in normal lungs and is upregulated during inflammation and infection. The interaction between AGEs and RAGE on the plasma membrane causes oxidative stress and apoptosis in lung cells. The objective of this study is to evaluate plasma levels of AGEs and its soluble receptor (sRAGE) in patients with active TB and healthy controls, and to investigate their relationship with food intake and nutritional status. Methods: Case-control study. AGE (carboxymethil lysine, CML) and RAGE were measured by Elisa. Nutritional assessment was performed by body mass index, triceps skin-fold thickness, mid-arm circumference, mid-arm muscle circumference, bioelectrical impedance analysis, and food frequency questionnaire. Results: 35 TB patients and 35 controls were included in the study. The mean S-RAGE levels were higher in TB patients than in controls (68.5 ± 28.1 vs 57.5 ± 24.0, p=0.046). Among cases that were current smokers, lower S-RAGE levels were associated with mortality (S-RAGE levels= 58.0 ± 36.5 [non-survivors] vs 71.3 ± 25.6 [survivors], p=0.006), and with weight loss (S-RAGE levels= 65.6 ± 27.4 [weight loss] vs 98.6 ± 16.7 [no weight loss], p=0.034). There was no statistically significant difference in CML levels and diet CML content between cases and controls. Malnutrition was more frequent in cases than in controls, but there was no correlation between nutritional parameters and CML or S-RAGE levels. Conclusions: TB patients had higher S-RAGE levels than controls. S-RAGE may play a role in disease manifestations and outcomes, being associated with weight loss and mortality.

Brucella sp. são causadoras de brucelose, zoonose de importância mundial, sendo sua identificação muito importante para programas de controle e erradicação ou para se realizar um rastreamento epidemiológico. Em caso de brucelose humana, o tratamento é feito com uma combinação de dois antimicrobianos, sendo a rifampicina uma das possibilidades nesta associação e frequentemente utilizada; porém há relatos de casos de resistência com este antimicrobiano. Este estudo teve como objetivos: (i) tipificar a coleção de cepas de Brucella sp. pertencentes à bacterioteca do Laboratório de Bacteriologia Animal, DeMIP, ICBS, por Bruce-Ladder; (ii) testar a susceptibilidade antimicrobiana para rifampicina pelos métodos E-test e microdiluição em caldo; (iii) realizar a avaliação do fenótipo de super expressão de bomba de efluxo; (iv) investigar os eventos moleculares que levam ao desenvolvimento do fenótipo de resistência através da análise do gene rpoB; (v) detectar a presença do gene bepC. A PCR Bruce-Ladder confirmou a identificação de todas as cepas de referência e de campo testadas e classificou todas as cepas de campo, isoladas de bovinos, como B. abortus. Houve divergência na Concentração Inibitória Mínima de microdiluição em caldo e E-test em 21% das cepas analisadas. Oito das 52 cepas testadas apresentaram susceptibilidade reduzida para rifampicina pelo método de diluição em caldo. Observamos redução da CIM na presença de carbonil cianida m-clorofenilhidrazona (cccp) das cepas com susceptibilidade reduzida a rifampicina indicando uma provável ação de bomba de efluxo nesta resistência. Encontramos duas mutações no gene rpoB que não estão envolvidas com o fenótipo de resistência. O gene bepC foi detectado em 100% das cepas testadas (susceptíveis e resistentes à rifampicina) indicando que não está relacionado ao fenótipo de resistência observado. / Brucella sp. are the causative agent of brucellosis, a zoonotic disease of global importance. Their correct identification is very important to help the control and eradication programs, or to carry out an epidemiological tracing. In the case of human brucellosis, treatment is done with a combination of two antimicrobials, rifampin being one of the possibilities in this association and commonly used; however there are case reports of resistance to this antibiotic. This study aims: (i) typing the Brucella strains collection belonging to the Laboratory of Animal Bacteriology, DeMIP, ICBS, by Bruce-Ladder; (ii) test its antimicrobial susceptibility to rifampin by E-test and microdilution broth methods; (iii) evaluate the phenotype of super expression of efflux pump; (iv) investigate the molecular events that can lead to the development of resistance analyzing the rpoB gene; and (v) detect the presence of the bepC gene. The Bruce-Ladder PCR confirmed the identification of all the reference and field strains tested and classified all strains isolated from cattle, as B. abortus. There was a divergent result in the minimum inhibitory concentration (MIC) between the microdilution broth test and E-test in 21% of the strains examined. Eight of 52 strains tested showed reduced susceptibility to rifampin by the broth dilution method. It was observed MIC reduction in the presence of carbonyl cianida m-clorofenilhidrazona with the strains with reduced susceptibility to rifampin, indicating a probable action of an efflux pump in this phenotype. We found two gene mutations in the rpoB gene who aren't involved with the resistance phenotype. The bepC gene was detected in 100% of the strains tested (susceptible and resistant to rifampicin) indicating that is not probably related to the phenotype of resistance observed.

Os antígenos plaquetários humanos são estruturas imunogênicas resultantes de alterações pontuais (SNP) que levam a substituição de um aminoácido a nível proteico. O objetivo deste estudo foi determinar a frequência alélica e genotípica do sistema HPA-1 a -5 e -15 em doadores de plaquetas do Estado do RS e comparar as frequências alélicas encontradas com as observadas em outras populações. A genotipagem HPA foi realizada através do método de PCR-SSP. Um total de 201 doadores de plaquetas foram incluídos no estudo sendo 167 caucasoides e 34 não caucasoides. O alelo “a” foi o mais frequente nos sistemas HPA-1 a -5 em ambos grupos. O genótipo HPA-15AB foi predominante sobre os genótipos homozigotos para este sistema. O teste exato de Fisher revelou diferença estatisticamente significativa para o sistema HPA-5. Houve maior prevalência do alelo HPA-5B no grupo não caucasoide. Para o grupo caucasoide, o método de neighbor-joining e a PCA revelaram proximidade genética entre este grupo e as populações europeias. De um modo geral, concluímos que as frequências alélicas para os sistemas HPA-1 a -5 e -15 encontradas em nosso grupo caucasoide são similares às descritas em populações europeias. Estes dados corroboram a formação étnica da população do RS. A maior frequência do alelo HPA-5b encontrada no grupo não caucasoide de nosso estudo indica a possibilidade de alosensibilização para pacientes que recebem transfusões de plaquetas não compatibilizadas geneticamente. / Human platelet antigens are immunogenic structures that result from single nucleotide polymorphisms (SNPs) leading to single amino acid substitutions. The present study sought to determine the allele and genotype frequencies of HPA-1 through 5 and HPA-15 in platelet donors from the state of Rio Grande do Sul, Brazil, and compare their allele frequencies to those observed in other populations. HPA genotyping was performed via the single specific primer-polymerase chain reaction (PCR-SSP) method. The study sample comprised 201 platelet donors (167 Caucasians and 34 non-Caucasians). Allele “a” was that most commonly found for HPA-1 through 5 in both groups. The HPA-15AB genotype predominated over homozygous genotypes of this system. Fisher’s exact test revealed statistically significant differences for the HPA-5 system, with a greater prevalence of the HPA- 5B allele in non-Caucasians. The neighbor-joining method and principal components analysis (PCA) revealed genetic proximity between the Caucasian group and European populations. We conclude that the allele frequencies of HPA-1 through 5 and HPA-15 found in our Caucasian sample are similar to those reported for European populations. These findings corroborate the ethnic makeup of the population of Rio Grande do Sul. The higher frequency of the HPA-5b allele found in the non-Caucasian group of our sample suggests the possibility of allosensitization in patients who receive platelet transfusions from genetically incompatible donors.

Submitted by Hiolanda Rêgo (hiolandarego@gmail.com) on 2016-01-08T16:41:23Z No. of bitstreams: 1 Dissertação_ICS_ Mila de Oliveira Hughes Veiga do Rosário.pdf: 1947891 bytes, checksum: 708dc7c2d506658689e6c76da939b9b6 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-01-08T16:41:24Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertação_ICS_ Mila de Oliveira Hughes Veiga do Rosário.pdf: 1947891 bytes, checksum: 708dc7c2d506658689e6c76da939b9b6 (MD5) / As bactérias redutoras de sulfato (BRS) são microrganismos responsáveis por diversos problemas em sistemas de água em campos petrolíferos, acarretando em elevados prejuízos econômicos. A identificação das BRS relacionadas com processos de biocorrosão na indústria petrolífera é de extrema importância para a implementação de estratégias de detecção, controle e monitoramento destes microrganismos, permitindo tratamentos mais eficazes. O objetivo deste trabalho foi realizar a identificação molecular de bactérias redutoras de sulfato isoladas de amostras de água produzida de um campo de petróleo situado no Recôncavo Baiano (Brasil). Foram utilizadas 20 amostras, dentre elas um microrganismo de referência da espécie Desulfovibrio vulgaris (ATCC 29579). A análise das sequências amplificadas por PCR da região codificante para o rRNA 16S e para a enzima sulfito redutase (DSR) demonstrou ser imprescindível e promoveu uma avaliação mais detalhada das culturas principalmente nos casos de contaminação, permitindo a identificação de três espécies de BRS pertencentes ao gênero Desulfovibrio (Desulfovibrio dechloracetivorans, Desulfovibrio alaskensis e Desulfovibrio vulgaris) e de uma bactéria redutora de enxofre Thermovirga lienii. O estudo contribuiu para o aumento de informações no banco de dados acerca das BRS, principalmente das sequências de DSR, fornecendo sequências da enzima sulfito redutase pertencentes às bactérias Desulfovibrio dechloracetivorans, e Desulfovibrio alaskensis, não encontradas durante a análise no GenBank do BLAST (NCBI).

Made available in DSpace on 2016-12-23T13:56:08Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertacao de Debora Maria Pires Goncalves Barreira.pdf: 7893356 bytes, checksum: 73f7565f4fa0af37c7e9308a6bf8d2dc (MD5) Previous issue date: 2008-12-19 / Noroviruses (NoVs) are a major etiological agent of sporadic acute gastroenteritis worldwide. The aim of this study were to detect, to quantify and to determine the genotype of NoVs from children up to three years old symptomatic (with gastroenteritis) and asymptomatic (without gastroenteritis), in the emergency room of Hospital Infantil Nossa Senhora Glória (HINSG), in Vitória-ES, between February 2003 and June 2004. NoVs were investigated by RT-PCR in a total of 319 fecal specimens from children up to three years old with (n=229) and without (n=90) acute diarrhea. NoVs were quantified by real time RT-PCR, sequenced and genotyped by phylogenetic analysis. NoVs were detected in 17% (40/229) and 13% (12/90) of symptomatic and asymptomatic children, respectively. Five NoVrotavirus A mixed infections were observed in symptomatic children. Out of the 52 positive strains, 51 were grouped as NoV GII and one as GI. Data from sequencing and phylogenetic analyses classified 20 strains into the following genotypes: GII/4 (9/13), GII/3 (1/13), GII/6 (2/13) and GII/14 (1/13) in symptomatic and GII/3 (6/7) and GII/8 (1/7) in asymptomatic children. The median RNA viral loads were 8.39 and 7.15 log10 copies/g of fecal specimens for symptomatic and asymptomatic children, respectively (p=0.011). NoV load was lower when it was present in a mixed infection with rotavirus A (p=0.0005). Vomiting and diarrhea were observed in 97.5% of the positive cases without association with viral load. This study demonstrates a great diversity of NoV strains circulating in this geographic area, and reports GII/8 and GII/14 in the American Continent for the first time. In addition, it confirms GII/4 as the most prevalent genotype in symptomatic children and identified GII/3 in an important frequency, especially in asymptomatic children. Furthermore, preliminary results show that symptomatic patients present a viral load that is significantly greater than asymptomatic children (p=0.011) and suggest that rotavirus A may have a suppressor effect on NoV replication when mixed infection occurs / Norovírus (NoVs) são importantes agentes etiológicos de gastroenterite aguda em todo o mundo. O objetivo deste estudo foi detectar, quantificar e determinar o genótipo de NoVs em crianças de até três anos de idade, sintomáticas (com gastroenterite aguda) e assintomáticas (sem gastroenterite aguda), atendidas no pronto socorro do Hospital Infantil Nossa Senhora Glória (HINSG), no período de fevereiro de 2003 a junho de 2004, na cidade de Vitória, Espírito Santo, Brasil. NoVs foram pesquisados por RT-PCR em um total de 319 amostras fecais de crianças com (n=229) e sem (n=90) sintomas de gastroenterite. RNA de NoVs foram quantificados por RT-PCR em tempo real, seqüenciados e submetidos a análise filogenética. NoVs foram detectados em 17% (40/229) e em 13% (12/90) de crianças sintomáticas e assintomáticas, respectivamente. Foram observadas cinco infecções mistas de NoV-rotavírus A nas crianças sintomáticas. Os genogrupos de NoVs foram caracterizados como: GII (51/52) e GI (1/52). Seqüenciamento e análises filogenéticas classificaram 20 cepas nos seguintes genótipos: 9 GII/4 (45%), 1 GII/3 (5%), 2 GII/6 (10%) e 1 GII/14 (5%) em crianças sintomáticas e 6 GII/3 (86%) e 1 GII/8 (14%) em crianças assintomáticas. A mediana da concentração de RNA viral foi de 8,39 versus 7,15 log10 cópias/g de fezes para crianças sintomáticas e assintomáticas, respectivamente (p=0,011). A concentração de NoVs foi menor quando presente em infecção mista com rotavirus (p=0,003). Vômito e diarréia foram observados em 97,5% dos casos positivos e não apresentaram associação com concentração viral. Este estudo demonstra uma grande diversidade de cepas de NoVs na área geográfica do estudo, evidencia GII/4 como o genótipo mais prevalente nas crianças sintomáticas e destaca GII/3 em uma importante frequência, especialmente em crianças assintomáticas. Ainda, revela os genótipos GII/8 e GII/14 pela primeira vez no continente americano. Os resultados preliminares mostram uma concentração fecal de NoVs em pacientes sintomáticos significantemente maior do que em pacientes assintomáticos e sugere que os rotavírus A podem ter uma ação supressora na replicação de NoVs quando ocorre em infecção mista

A tuberculose (TB) é uma doença infecto-contagiosa causada pelo complexo Mycobacteruim tuberculosis. A melhor forma de prevenção se baseia na detecção e na cura dos casos. Um diagnóstico acurado de TB seria essencial para a identificação e tratamento dos pacientes. O diagnóstico laboratorial recomendado baseia-se na baciloscopia e na cultura de material clínico. Novos métodos, os quais empregam técnica genética baseada na amplificação e detecção do DNA bacteriano ou do RNA, visam melhorar a velocidade, sensibilidade e especificidade da detecção da bactéria. O principal teste desse grupo é o método da reação da cadeia da polimerase (PCR). Entretanto, há discordância na literatura quanto as dados de validade da PCR aplicada ao diagnóstico de tuberculose. O presente estudo realizou uma meta-análise sobre o teste da PCR no diagnóstico de TB. O método estatístico usado estimou efeitos do teste entre os estudos primários. A sensibilidade e a especificidade foram calculadas de acordo com as suas definições: Sensibilidade = TPR, taxa de verdadeiros positivos e Especificidade = 1 FPR, onde FPR = taxa de falsos positivos. Calculamos os logit de TPR e FPR a soma e suas diferenças e fizemos uma back transformação aos eixos de TPR vs. FPR com posterior construção da curva SROC (Moses & Shapiro, 1993). A curva SROC representa uma estimativa da medida de acurácia do teste índice a qual é ajustada pelo ponto de corte tanto quanto pela interdependência dos valores de sensibilidade e especificidade obtidos de cada estudo. Foram localizados 1375 artigos através de busca base de dados do Medline no período de 1988 a 2000. Considerando os critérios de elegibilidade, foram aceitos 111 artigos. A caracterização dos estudos, a validade e a sua aplicabilidade foram apreciadas. A medida combinada de todos os estudos foi de 0,86 para a sensibilidade e 0,95 para a especificidade usando-se o método de efeitos aleatórios. A PCR in-house apresentou melhor performance do que a Amplicor. O AMTD obteve os maiores valores de acurácia possivelmente devido o rRNA apresentar múltiplas cópias por célula. Diante das evidências, a PCR se constitui num teste complementar para tuberculose devendo ter critérios próprios para a sua utilização. No entanto, este teste não contempla os atributos requeridos para a substituição da baciloscopia na rotina diagnóstica.