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Detecção do operon ica da produção de biofilme, gene mecA de resistência à oxacilina e identificação de espécies de Staphylococcus spp. diretamente dos frascos de hemoculturas pela técnica de PCR multiplex

Rocchetti, Taisa Trevizani [UNESP] 19 February 2014 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2014-11-10T11:09:45Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-02-19Bitstream added on 2014-11-10T11:58:27Z : No. of bitstreams: 1 000790238.pdf: 2127036 bytes, checksum: b9b9441469c5121308bed247ca78c0ac (MD5) / Na última década houve uma clara mudança na etiologia da sepse. Dados recentes do National Healthcare Safety Network (NHSN) mostram que os cocos Gram-positivos têm ultrapassado os bacilos Gram-negativos como os principais agentes etiológicos e os Estafilococos coagulase negativa (ECN) se tornaram os agentes mais frequentes. Entretanto a maioria dos laboratórios clínicos não identifica esses microrganismos a nível de espécies devido à necessidade de realização de uma série de provas bioquímicas. A aplicação de técnic as de biologia molecular, entre elas a reação em cadeia da polimerase (PCR) para a identificação de bactérias se mostrou uma técnica promissora devido a sua rapidez, acurácia e sensibilidade. Assim, este trabalho objetivou avaliar a eficiência, acurácia e sensibilidade da técnica de PCR multiplex para a detecção do gênero e de espécies de Staphylococcus spp. mais encontradas em hemoculturas, do operon ica de produção de biofilme e da presença do gene mecA de resistência à oxacilina diretamente dos frascos de hemocultivo. Foram analisadas 371 amostras de hemoculturas, positivas para o gênero Staphylococcus obtidas de pacientes atendidos no HC da Faculdade de Medicina de Botucatu (FMB). As amostras foram isoladas e identificadas por testes bioquímicos convencionais e simultaneamente o DNA bacteriano foi extraído diretamente das hemoculturas e destes realizou-se o PCR multiplex. Das 371 amostras estudadas 85 (23,0%) foram de S. aureus e 286 (77,0%) ECN. Dos ECN 152 (53,1%) foram identificados como S. epidermidis, 36 (12,6%) S. haemolyticus, 36 (12,6%) S. hominis, 23 (8,0%) S. capitis, 18 (6,3%) S. warneri, 7 S. caprae, 5 S. simulans, dois S. lugdunensis, dois S. cohnii, um S. saprophyticus, um S. schleiferi, um S. xylosus e concomitantemente um S. haemolyticus e S. hominis, e um S. haemolyticus e S. epidermidis. Das 85 amostras de S. aureus, 43 (50,6%) se mostraram resistentes à oxacilina pelo ... / A clear shift in the etiology of sepse has occurred in the last decade. Recent data from the National Healthcare Safety Network (NHSN) show that Gram-positive cocci have exceeded Gram-negative bacilli as the major etiological agents. In this respect, coagulase-negative staphylococci (CoNS) have become the most frequent. However, most clinical laboratories do not identify these microorganisms to species level due to the need for a series of biochemical tests. The application of molecular biology techniques, including the polymerase chain reaction (PCR), for bacterial identification proved to be promising due to their speed, accuracy and sensitivity. The aim of this study was to evaluate the efficiency, accuracy and sensitivity of multiplex PCR for the detection of Staphylococcus spp. frequently found in blood cultures, investigation of the ica operon involved in biofilm formation and the mecA gene encoding oxacillin resistance, and direct detection of major CoNS species in blood culture flasks. A total of 371 blood culture samples positive for Staphylococcus spp. obtained from patients seen at the Hospital of the Botucatu School of Medicine (FMB) were analyzed. The strains were isolated and identified by conventional biochemical tests. Simultaneously, bacterial DNA was extracted directly from the blood cultures for multiplex PCR. S. aureus was isolated from 85 (23%) of the 371 samples studied and CoNS from 286 (77%). Among the latter, 152 (53.1%) isolates were identified as S. epidermidis, 36 (12.6%) as S. haemolyticus, 36 (12.6%) as S. hominis, 23 (8%) as S. capitis, 18 (6.3%) as S. warneri, 7 as S. caprae, 5 as S. simulans, two as S. lugdunensis, two as S. cohnii, one as S. saprophyticus, one as S. schleiferi, and one as S. xylosus. S. haemolyticus and S. hominis were concomitantly identified in one sample and S. haemolyticus and S. epidermidis in another. Forty-three (50.6%) of the 85 S. aureus strains were resistant to oxacillin in ...
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Investigação da expressão gênica diferencial em resposta aos efeitos da proteína anti-inflamatória Anexina A1 nas células de carcinoma de colo de útero

Prates, Janesly [UNESP] 24 February 2014 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2014-11-10T11:09:51Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-02-24Bitstream added on 2014-11-10T11:57:53Z : No. of bitstreams: 1 000790767_20150601.pdf: 444707 bytes, checksum: 830665f133c6d3cdd131f8ffb76781ba (MD5) Bitstreams deleted on 2015-06-03T11:42:33Z: 000790767_20150601.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2015-06-03T11:44:01Z : No. of bitstreams: 1 000790767.pdf: 2134328 bytes, checksum: 89d2a1a1d1daf534470cf52e0d1f3cda (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / O carcinoma de colo de útero, também denominado câncer cervical, é o segundo tipo de câncer mundialmente mais frequente em mulheres, sendo a quarta causa de morte em países em desenvolvimento. A carcinogênese de colo de útero está relacionada com alterações genéticas, infecção pelo Papilomavirus Humano (HPV), angiogênese e processos inflamatórios. A idéia de que a inflamação está envolvida na tumorigênese é apoiada pela observação de que surge frequentemente em áreas de inflamação crônica. Por outro lado, a resposta inflamatória é controlada pela ação de mediadores anti-inflamatórios, que atuam para manter a homeostasia da resposta imunológica e prevenir a lesão tecidual. Entre esses mediadores destacamos a anexina-A1 (ANXA1), proteína de 37 kDa, que é expressa pelas células tumorais e atua como moduladora do processo inflamatório. Diante dessas considerações, investigamos, in vitro, a influência dessa proteína nas células SiHa sobre a morfologia, proliferação e expressão gênica e proteica. Para isso foi cultivada a linhagem celular SiHa em meio completo e tratada com o peptídeo ANXA1Ac2-26 para avaliar o efeito dessa proteína nos tempos de 2, 4, 24, 48 e 72 horas na morfologia e proliferação celular. Os resultados mostraram que o peptídeo não alterou a morfologia das células SiHa, no entanto diminuiu a proliferação celular, evidenciando o tempo de 72 horas como o mais significante pelas análises estatísticas, seguido de um novo cultivo para posterior análise imunocitoquímica ultraestrutural, extração de RNA e desenvolvimento da técnica de Hibridização Subtrativa Rápida (RaSH). A validação dos seis genes diferencialmente expressos foi realizada por PCR quantitativo em tempo real (RT-qPCR). A expressão da proteina ANXA1 foi observada diminuida nas células SiHa tratadas com o peptídeo pelas análises imunocitoquímicas ultraestruturais. A técnica de RaSH resultou em 82 genes .. / Carcinoma of the cervix, also called cervical cancer is the second most common cancer in women worldwide and is the fourth leading cause of death in developing countries. The cervical carcinogenesis is related to genetic alterations, infection with Human Papillomavirus (HPV), angiogenesis and inflammation. The idea that inflammation is involved in tumorigenesis is supported by the observation that often arises in areas of chronic inflammation. Furthermore, the inflammatory response is controlled by the action of anti- inflammatory mediators that act to maintain homeostasis of the immune response and prevent tissue damage. Among these mediators is included annexin A1 (ANXA1), a protein of 37 kDa, which is expressed by tumor cells and acts as a modulator of the inflammatory process. Given these considerations, we investigated in vitro the influence of this protein in SiHa cells on the morphology, proliferation and gene and protein expression. In order to realize this aim, the cell line SiHa was cultured in complete medium and treated with the peptide ANXA1Ac2 -26 to evaluate the effect of this protein on times 2, 4, 24, 48 and 72 hours in morphology and cell proliferation. The results showed that the peptide did not alter the morphology of SiHa cells, but decreased cell proliferation, indicating the time 72 hours as the most significant by statistical analysis, followed by a further cultivation for subsequent ultrastructural immunocytochemical analysis, RNA extraction, and development of technical Rapid Subtractive Hybridization (RaSH). The validation of six differentially expressed genes was performed by quantitative real-time PCR (RT- qPCR). The expression of ANXA1 was decrease in cells treated with the peptide observed by ultrastructural immunocytochemical analysis. The RaSH technique resulted in 82 differentially expressed genes after treatment with ANXA1Ac2 -26. Six of these genes (HIF1A, ID1, LDHA, NCOA3, RAB13, TPT1), because their ... / FAPESP: 12/08177-4
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Caracterização molecular da microbiota e morfologia intestinal da tilápia-do-Nilo (Oreochromis niloticus) após suplementação dietética com mananoligossacarídeo (MOS)

Sotrati, Vanessa Vidoti [UNESP] 27 May 2014 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2014-11-10T11:09:55Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-05-27Bitstream added on 2014-11-10T11:57:42Z : No. of bitstreams: 1 000792121.pdf: 1190856 bytes, checksum: 0f251d4fdf8889b54bf6e23ee681a546 (MD5) / A intensificação na produção da tilápia ocasionou enfermidades bacterianas frequentes principalmente pela elevada densidade de estocagem e manejo estressante. Esse quadro ocasiona o uso desenfreado e sem critérios de antimicrobianos, produzindo um produto com qualidade final duvidosa e danos ao meio ambiente. Uma alternativa promissora para prevenir enfermidades na piscicultura é a alimentação dos peixes com o mananoligossacarídeo (MOS), que promove a adsorção de agentes patógenos no intestino, melhorando a saúde do animal. Assim, o objetivo deste trabalho foi avaliar o uso do mananoligossacarídeo na caracterização da microbiota e morfologia intestinal da tilápia-do-nilo (Oreochromis niloticus) durante 45 dias de alimentação. Após sete dias de suplementação com mananoligossacarídeo, os peixes alimentados com a ração contendo a partir de 2 g kg-1 do suplemento apresentaram menor número de bactérias aeróbias totais (p<0,05) no intestino quando comparados ao grupo controle e a porcentagem dessas bactérias foi reduzida quanto maior foi o tempo de alimentação (p<0,05). Os peixes alimentados com todos os níveis de suplementação com mananoligossacarídeo demonstraram maior porcentagem de bactérias anaeróbias e Bacillus sp. no intestino (p<0,05) e o maior número dessas bactérias foi observada no grupo alimentado com 15 g kg-1 (bactérias anaeróbias) e com 8 g kg-1 (Bacillus) após 45 dias. A análise histológica do intestino das tilápias alimentadas com 10 g kg-1 de mananoligossacarídeo, durante sete dias mostrou microvilos com largura, altura e altura total das vilosidades superiores a dos peixes alimentados com os demais níveis de suplementação e o grupo controle (p>0,05), enquanto a maior espessura das vilosidades foi observada nos peixes alimentados com 8 g kg-1 de mananoligossacarídeo, no mesmo período de alimentação, porém a largura das ... / The intensification of tilapia production caused bacterial diseases frequent especially for high density storage and stressful handling. This scene brings unbridled and indiscriminate use of antimicrobials, producing a final product with dubious quality and damage to the environment. A promising alternative to prevent diseases in fish farming is the use of mannan oligosaccharide (MOS) in fish diet, which promotes the adsorption of pathogens in the intestine, improving the health of the animal. The aim of this study was to evaluate the use of mannan oligosaccharide in the characterization of the microbiota and intestinal morphology of Nile tilapia for 45 days of feeding. After seven days of mannan oligosaccharide supplementation, fish fed with diet containing 2 g kg-1 of the supplement had the lowest number of total aerobic bacteria (p<0.05) in the intestine when compared to the control group and the percentage of these bacteria was reduced the longer the feeding time (p <0.05). Fish fed all levels of mannan oligosaccharide supplementation showed a higher percentage of anaerobic bacteria and Bacillus sp. in the intestine (p<0.05) and the increasing number of these bacteria was observed in the group fed with 15 g kg-1 (anaerobic bacteria) and 8 g kg-1 (Bacillus) after 45 days. Histological analysis of tilapia intestine fed 10 g kg-1 mannan oligosaccharide for seven days showed microvilli width, height and total height superior to other levels of supplementation and the control group (p> 0.05), while the greater thickness of villi was observed in the fish diet with 8 g kg-1 mannan oligosaccharide in the same feeding period, however the villi width in period of 45 days in diet supplemented with 8 g Kg-1 mannan oligosaccharide it was significance in relation to control (p<0.05). The add of mannan oligosaccahride in diet of Oreochromis niloticus, from level of inclusion 2 g Kg-1 is able ...
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Quantificação de microrganismos ruminais de novilhos alimentados com cana-de-açúcar ou feno de tifton com diferentes relações volumoso:concentrado

Ribeiro Júnior, Carlos Stefenson [UNESP] 22 April 2014 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2014-11-10T11:10:00Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-04-22Bitstream added on 2014-11-10T11:57:23Z : No. of bitstreams: 1 000791240.pdf: 1034820 bytes, checksum: 4b0b273b843efc0acef3c24358ec0816 (MD5) / Objetivou-se com este estudo caracterizar as alterações na microbiota ruminal, parâmetros ruminais, consumo, digestibilidade das dietas e a eficiência de síntese microbiana, em novilhos Nelore confinados alimentados com diferentes relações volumoso:concentrado, utilizando como fontes de volumoso o feno de Tifton 85 ou cana-de-açúcar. Foram realizados dois experimentos, no experimento 1 utilizou a cana-de-açúcar como fonte de volumoso e no experimento 2 utilizou-se o feno de tifton 85 como volumoso. Em ambos os experimentos foram testadas diferentes relações V:C (70:30; 60:40; 40:60 e 20:80). Em cada experimento, utilizaram-se oito novilhos Nelore (331±8 kg PV), cânulados no rumen, distribuídos em duplo quadrado latino 4x4 balanceados para o controle do efeito residual. No experimento 1 (cana-de-açúcar), o aumento da proporção de concentrado na dieta reduziu a população de Fibrobacter succinogenes e Ruminococus flavefaciens, e aumentou a população de Selenomonas ruminantium e Megasphaera elsdenii, porém o CDFDN não foi alterado. O aumento da participação de carboidratos não estruturais na dieta favoreceu a síntese de proteína microbiana e reduziu a população de bactérias fibrolíticas. A cana-de-açúcar como fonte de volumoso em dieta com proporções crescente de concentrado pode otimizar a síntese de proteína microbiana sem alterar digestibilidade da fibra. No experimento 2 (feno de Tifton 85), o aumento da proporção de concentrado na dieta reduziu a população de Fibrobacter succinogenes, Ruminococus flavefaciens e Ruminococcus albus e aumentou a população de Selenomonas ruminantium e Megasphaera elsdenii e Streptococcus bovis e o CDFDN diminuiu com o aumento da proporção de concentrado na dieta. Feno de Tifton 85 em dietas com altas proporções de concentrado pode minimizar o risco de distúrbios ruminais em novilhos confinados / This trial aimed to characterize the changes in ruminal microbiota, ruminal fermentation, intake, diet digestibility and microbial efficiency in Nellore steers fed with different forage:concentrate proportions, using as sources of forage Tifton 85 hay or sugar cane. Two experiments were conducted: in experiment 1 the sugar cane was used as forage source and in Experiment 2 the Tifton 85 hay was used as forage source. In both experiments were tested different F:C proportions (70:30, 60:40, 40:60 and 20:80). On each experiment were usedeight Nellore steers ( 331 ± 8 kg BW) cannulated in the rumen, in a double latin square 4x4 balanced to control the residual effect. In experiment 1 (sugar cane), increasing the proportion of concentrate in the diet reduced the population of Fibrobacter succinogenes and Ruminococus flavefaciens, and increased the population of Selenomonas ruminantium and Megasphaera elsdenii, but the digestibility of NDF has not changed. The increased participation of non-structural carbohydrates in the diet favored microbial protein synthesis and reduced the population of fibrolytic bacteria. The use of sugar cane as forage source associated with the increases of concentrate proportions in the diet can optimize microbial protein synthesis without change the fiber digestibility. In experiment 2 (Tifton 85 hay), increasing the proportion of concentrate in the diet reduced the population of Fibrobacter succinogenes, Ruminococcus albus and Ruminococus flavefaciens and increased the population of Selenomonas ruminantium, Megasphaera elsdenii and Streptococcus bovis and the digestibility of NDF decreased when increases the proportion of concentrate in the diet. Tifton 85 hay in diets with high proportions of concentrate can minimize the risk of ruminal disorders in feedlot steers
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Perfil de resistência antimicrobiana e análise de Enterococcus spp. isolados de alimentos em Porto Alegre, RS

Riboldi, Gustavo Pelicioli January 2007 (has links)
Enterococcus spp são microrganismos que colonizam o trato gastrintestinal de humanos. Estes microrganismos podem ser também encontrados em alimentos, onde possuem um papel benéfico durante a maturação de determinados produtos fermentados. Enterococos eram consideradas bactérias de baixa virulência; no entanto, estes microrganismos, recentemente, assumiram uma importância clínica, sendo considerados patógenos oportunistas para humanos. Esta característica dualista do microrganismo se tornou um motivo de discussão constante entre a classe científica no mundo todo. O objetivo desse estudo foi determinar a distribuição e o perfil de resistência antimicrobiana de Enterococcus spp. isolados de diferentes fontes de alimentos da cidade de Porto Alegre, RS, Brasil.Linhagens isoladas de vegetais, carne e produtos lácteos foram submetidas a análises morfológicas, bioquímicas e de identificação molecular utilizando a técnica de PCR e as linhagens positivas foram analisadas quanto à susceptibilidade a 12 antimicrobianos utilizados na clínica ou na pecuária. Ainda, estas amostras foram analisadas quanto à diversidade genotípica pela utilização da técnica de RAPD-PCR. A análise estatística dos perfis de RAPD-PCR obtidos para as amostras verificou uma presença de 42 padrões de banda diferenciados e 6 perfis diferentes de RAPD-PCR. Relacionando os testes fenotípicos clássicos previamente realizados, somente um perfil agrupou todas as linhagens de mesma espécie. Os dados aqui descritos sugerem atenção especial aos microrganismos provenientes de todos os três grupos de alimentos utilizados como fonte de isolamento, principalmente devido à presença de linhagens com altos níveis de resistência a antimicrobianos, incluindo aqueles de maior relevância clínica como agentamicina, estreptomicina, ampicilina e vancomicina. Além disso, análises dos dados de RAPD-PCR demonstraram uma variabilidade genética entre as linhagens de enterococos provenientes de diferentes fontes de alimentos. / Enterococcus spp. are commensal microorganisms, which colonize the gastrointestinal tract in humans. These microorganisms are natural microbiotic compounds in foods, playing a beneficial role during the maturation of some fermented products. Enterococci presents, generally, relative low virulence. However, these organisms have recently assumed major importance in clinical microbiology as well. They are considered emerging pathogens for humans, with Enterococcus faecalis causing human enterococcal infections at high rates, and these dualistic characteristics have turned a subject of constant debate worldwide.The aim of the present study was to determine the species distribution and the antimicrobial resistance profiles of enterococci isolated from several food in Porto Alegre, RS, Brazil. Strains isolated from vegetables, meat and dairy products were submitted to morphological, biochemical and molecular identification using PCR technique, and positive strains were submitted to antimicrobial susceptibility tests using twelve clinical and agricultural antimicrobians. Furthermore, we investigated the genotypic diversity of enterococci strains. Randomly amplified polymorphic DNA (RAPD)-PCR was used to study the genetic variability, which distinguished closely related isolates. After numerical analyses of the RAPD-PCR profiles obtained with M13 primer, 42 different patterns were obtained. Six different RAPD profiles were recorded for the enterococcal isolates. According to previous species determination by phenotypical tests, only one cluster associated all strains from the same species. Our data suggest a special attention to strains isolated from all the three groups of food in analysis, especially due to the presence of enterococci resistant to high level and a wide range of clinical antimicrobians thatinclude gentamycin, streptomycin, ampicillin and vancomycin. Results of the present study suggest that there is some genotypic variability within strains of enterococci deriving from several food sources in Southern Brazil.
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Detecção de bordetella pertussis e bordetella parapertussis através da técnica da reação em cadeia da polimerase e análise de prevalência no Hospital de Clínicas de Porto Alegre

Martins, Daniela de Souza January 2006 (has links)
Resumo não disponível.
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Marcadores biológicos nos episódios agudos do transtorno do humor bipolar

Cunha, Angelo Batista Miralha da January 2008 (has links)
Objetivo: Em nossos estudos objetivamos investigar os níveis séricos de BDNF e também da PCR em pacientes bipolares durante a mania, a depressão e a eutimia, comparando com controles normais. Método: Somente pacientes com THB tipo I, diagnóstico confirmado através da SCID I, tiveram seus sintomas maníacos e depressivos analisados através das escalas Young (YMRS) e Hamilton (HDRS). Os pacientes foram considerados eutímicos com score menor que 7 em ambas as escalas. O grupo controle foi composto por voluntários correspondentes em idade e gênero com os pacientes bipolares. Resultados: Nível sérico do BDNF estavam diminuídos em maníacos (p=0,019) e depressivos (p=0,027), quando comparados com eutímicos e controles. O nível sérico do BDNF foi negativamente correlacionado com a gravidade dos sintomas maníacos (r= -0,37,p=0,005) e depressivos (r= -0,30, p=0,033). Já o nível sérico da PCR estava aumentado em pacientes no episódio maníaco, quando comparados com pacientes deprimidos, eutímicos e com controles normais (p=0,001). Conclusão: Nos pacientes com THB tem sido demonstrado evidências de disfunção mitocondrial, aumento dos marcadores do estresse oxidativo, ativação de mecanismos inflamatórios, danos ao DNA e apoptose. Atualmente sabemos que o sistema imune, através das citocinas, e o sistema nervoso, através dos fatores neurotróficos, modulam o crescimento e a diferenciação celular. Nossos achados sugerem o envolvimento do BDNF na fisiopatologia do THB e do sistema inflamatório na fase maníaca do THB. / Objective: In our studies we investigated the serum levels of BDNF and PCR in bipolar patients during mania, depression and euthimic episodes, comparing to normal controls. Method: Only bipolar patients type I with confirmed diagnostic through SCID I instrument had their manic and depressive symptoms analyzed through the Young (YMRS) and Hamilton (HDRS) scales. The patients were considered euthimic when they scored less than 7 in both scales. The control group was formed by volunteers with corresponding age and gender to the bipolar patients. Results: Serum levels of BDNF were diminished in manic (p=0,019) and depressive (p=0,027) patients, when compared to euthimics and controls. Serum levels of BDNF were negatively correlated with the severity of the manic (r=-0,37, p=0,005) and depressive (r=- 0,30, p=0,033) symptoms. The serum levels of PCR were increased in patients in manic episode, when compared to depressed, euthimic and normal controls (p=0,001). Conclusion: Evidences of mitochondrial dysfunction, increase of oxidative stress, activation of inflammatory mechanisms, DNA damage and apoptosis have been demonstrated in patientes with Bipolar Disorder. Nowadays we know that the immune system, through the cytokines, and the nervous system, through the neurotrophic factors, modulate the cellular growth and differentiation. Our findings suggest the involvement of BDNF in the pathofisiology of bipolar disorder and of the inflammatory system in the manic phase of bipolar disorder.
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Detecção de infecções latentes por herpesvírus bovino 1 e 5 em gânglios trigêmeos de bovinos através da técnica de reação em cadeia da polimerase / Detection of bovine herpesvirus 1 and 5 latent infections in trigeminal ganglia of bovines by the polymerase chain reaction

Campos, Fabrício Souza January 2009 (has links)
Infecções pelos herpesvírus bovinos 1 (BoHV-1) e 5 (BoHV-5) têm sido sistematicamente detectadas em rebanhos bovinos brasileiros. Entretanto, por causa da alta similaridade antigênica entre estes dois vírus e a falta de testes sorológicos específicos, a prevalência de cada um deles é atualmente desconhecida. Com o objetivo de detectar e diferenciar infecções latentes causadas por BoHV-1 e/ou BoHV-5, gânglios trigêmeos de 200 bovinos foram coletados e analisados para a presença de DNA viral. As amostras foram coletadas em um frigorífico localizado no município de Capão do Leão, Rio Grande do Sul. Uma PCR semi quantitativa foi desenvolvida, otimizada e utilizada para detectar o DNA viral em gânglios. Para diferenciar entre infecções por BoHV-1 e BoHV-5, duas nested PCR tipo-específicas foram desenvolvidas e utilizadas. Além disto, as amostras de soros obtidas foram submetidas a testes de neutralização viral (VN) para detecção de anticorpos. O DNA de BoHV-1 e/ou BoHV-5 foi detectado em 87% dos animais. Os resultados das nested PCRs revelaram que 82,8% dos animais positivos estavam latentemente infectados com BoHV-1 e 93,1%, com BoHV-5. Além disto, foi detectada uma alta proporção de animais co-infectados com os dois vírus (75,9 %). Por outro lado, os resultados das VN mostraram que somente 49,5% dos animais apresentaram anticorpos anti-virais. Este é o primeiro estudo que utiliza testes moleculares para detectar infecções latentes por BoHV-1 e/ou BoHV-5 em gânglios de um grande número de animais e mostra uma alta proporção de co-infecções por estes dois vírus em bovinos. / Bovine herpesvirus 1 (BoHV-1) and 5 (BoHV-5) infections have been consistently detected in Brazilian bovine herds. However, mainly because of their high antigenic similarity and the lack of specific serologic tests for both viruses, the prevalence of each of these viruses is currently unknown. Aiming the detection and differentiation of latent infections caused by BoHV-1 and/or BoHV-5, we collected trigeminal ganglia of 200 bovines and analyzed them for the presence of viral DNA. The samples were collected in an abattoir located in Capão do Leão, Rio Grande do Sul. A semi quantitative PCR was developed, optimized and used to detect the viral DNA in ganglia. To differentiate between BoHV-1 and BoHV-5 infections, two type-specific nested PCR were developed and performed. In addition, for the detection of anti-viral antibodies, serum samples were submitted to the virus neutralizing test (VNT). DNA of BoHV-1 and/or BoHV-5 was detected in 87% of the animals. The results of the nested PCRs reveled that 82.8% of the bovines were latently infected with BoHV-1 and 93.1%, with BoHV-5. Moreover, we detected a high proportion of co-infected animals (75.9 %). On the other hand, the results of the VNT indicated that only 49.5% of the animals had anti-viral antibodies. This is the first study that applies molecular tests to detect latent infection by either BoHV-1 and/or BoHV-5 in ganglia of a high number of animals and shows such a high proportion of coinfections of these two viruses in bovines.
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Detecção de herpesvírus bovino tipo 1 (BoHV-1) e tipo 5 (BoHV-5) em amostras de sêmen e construção de um BoHV-5 com uma deleção do gene UL49.5 / Detection of bovine herpesvirus 1 and 5 in semen from brazilian bulls & contruction of a ul49.5 gene deleted BoHV-5 sample

Oliveira, Martha Trindade January 2011 (has links)
Herpesvírus bovino tipo 1 (BoHV-1) e 5 (BoHV-5) são importantes patógenos que podem afetar os tratos respiratório e genital e o sistema nervoso central de bovinos. Visando iniciar um estudo sobre a distribuição destes vírus em sêmen de bovinos no Brasil, foi realizada a detecção de BoHV-1 e 5 em amostras de sêmen através de duas reações em cadeia da polimerase do tipo nested (nPCRs) espécie-específicas. Foram testadas 53 amostras de sêmen fresco e 23 amostras de sêmen em palheta coletados de touros de dois estados brasileiros. DNA de BoHV-5 foi detectado em todas as amostras e 34 dessas também foram positivas para BoHV-1. Em cinco amostras de sêmen fresco e em 13 amostras de sêmen em palheta foi possível isolar BoHV-1 e/ou BoHV-5 infeccioso. Demonstramos, assim, que ambos os tipos virais foram detectados em amostras de sêmen de bovinos brasileiros, destacando a importância de se monitorar a presença desses agentes em sêmen de touros, para reduzir o risco de transmissão dessas viroses. Além disso, com o objetivo de contribuir com o controle destas infecções no território brasileiro, nesse estudo também se propôs a construção de um vírus recombinante com deleção do gene UL49.5, que codifica uma proteína de evasão imune, a partir de uma amostra de BoHV-5 gE-, gI- e US9-. Para isso, foi construído um cassete de deleção contendo o gene UL49.5 mutado que foi co-transfectado com DNA viral em células eucarióticas de bovinos. Até o momento não foi possível isolar vírus recombinantes, entretanto, vários parâmetros de transfecção foram aqui otimizados, o que facilitará a futura obtenção deste recombinante. / Bovine herpesvirus 1 (BoHV-1) and 5 (BoHV-5) are important pathogens of the respiratory and genital tract of cattle and may also affect the central nervous system. Aiming begin the study of the distribution of these viruses in semen of Brazilian bulls, it was performed here the detection of BoHV-1 and 5 in semen samples by two species-specific nested polymerase chain reactions (nPCRs). Fifty three fresh semen samples and 23 frozen semen samples from two Brazilian states were tested. DNA of BoHV-5 was detected in all samples and 34 of these were positive for BoHV-1 as well. In addition, in 5 fresh semen samples and 13 frozen semen samples infectious BoHV-1 and /or BoHV-5 was isolated. Thus, we demonstrated that both viruses are detected in Brazilian semen samples, highlighting the importance of search for these agents in bull semen to reduce the risk of transmitting these viruses. Moreover, in order to contribute with control of these infections in Brazilian territory, this study also aims to make a recombinant virus with a deletion in the UL49.5 gene, which codes for an immune evasion protein, in a BoHV-5 gE-, gI- and US9- sample. To achieve this, a deletion cassette with a mutated UL49.5 gene was built and co-transfected with viral DNA in eukaryotic bovine cells. Hitherto no recombinant virus was isolated; however, many transfection parameters were optimized, favoring the achievement of the recombinant.
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Identificação e diferenciação do Mycobacterium tuberculosis pela amplificação do DNA das regiões intergênicas dos operons inhA e pIC

Bica, Claudia Giuliano January 2003 (has links)
Entre as doenças causadas por bactérias do gênero Mycobacterium, a tuberculose por M. tuberculosis é a mais conhecida. O diagnóstico da doença é feito utilizando-se um conjunto de exames que possibilitam a identificação da mesma (WATT, 2000). Contudo, sabe-se que o diagnóstico combinado de microscopia direta e com o posterior isolamento em meio de cultivo é o “padrão-ouro”. A principal desvantagem desse método é que tal bactéria possui um crescimento lento (cerca de 8 semanas). Recentemente, a detecção de doenças através da técnica de reação em cadeia da polimerase (PCR) tem proporcionado avanços significativos no diagnóstico. O uso da amplificação específica de genes, para identificar a M. tuberculosis, tais como rDNA 16S, IS6110 ou a região intergênica senX3-regX3, tem apresentado algumas restrições, ao nível de confiabilidade e sensibilidade, para a aplicação da técnica de PCR. O presente estudo mostra a construção e a aplicação de um novo alvo para a aplicação da PCR no diagnóstico da tuberculose, baseado no ensaio da diferença de organização gênica do operon plcA, B e C diferenciando a M. tuberculosis das demais micobactérias. Neste trabalho, foram examinadas 273 amostras de pacientes com suspeita de tuberculose, sendo estas submetidas ao estudo comparativo da técnica de PCR versus cultivo (padrão ouro). A PCR amplificou fragmentos de 439pb. Os resultados mostram 93,7% de acurácia para PCR/Cultivo (p<000,1), 93,1% de sensibilidade com intervalo de confiança de 88,7-96,0 e especificidade de 96,4% com intervalo de confiança de 96,4-99,4. O valor da estatística Kappa (k) foi de 0,82 com erro padrão de 0,041, demonstrando um alinhamento quase perfeito para a verificação do grau de concordância entre os testes. Desta forma, o uso desta nova região para a amplificação da PCR se mostra uma importante e confiável ferramenta no diagnóstico específico da tuberculose. Outra região que compreende parte dos genes mbaA e inhA foi utilizada para diferenciar o Complexo tuberculosis do Complexo avium. Porém, novos experimentos serão necessários para o emprego desta região como uma ferramenta de diagnóstico.

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