Made available in DSpace on 2014-06-11T19:27:21Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2004-04-07Bitstream added on 2014-06-13T19:14:40Z : No. of bitstreams: 1 silveira_el_me_jabo.pdf: 655008 bytes, checksum: ac46de019a2703894b3c1bc37633b43c (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Métodos tradicionais de isolamento e cultivo limitam análises da diversidade microbiana no meio ambiente, pois acredita - se que aproximadamente 10% desses microrganismos possam ser cultivados. A ecologia microbiana molecular teve recentes progressos através da construção de bibliotecas metagenômicas, o que constitui uma poderosa abordagem para explorar a diversidade microbiana de solo fornecendo inclusive dados sobre os microrganismos não cultiváveis desse habitat. Este trabalho teve por objetivo comparar e estimar a diversidade de comunidades bacterianas, em solos de duas áreas, sendo solo de Floresta Nativa (SFN) e a outra sob arboreto com eucaliptos (SAE) de uma mesma região. Utilizando oligonucleotídeos iniciadores específicos, o gene 16S rRNA foi amplificado por PCR, os amplicons foram clonados em pGEMR-T e os clones obtidos seqüenciados parcialmente. No solo SFN foram analisados 231 clones e no solo SRE 248 clones. As seqüências obtidas foram submetidas à análise de similaridade de nucleotídeos com o banco de dados GenBank. Os filos bacterianos que mais se destacaram nos dois tipos de solo foram Acidobacteria e Proteobacteria. No solo SFN destacaram-se também as bactérias pertencentes ao filo Bacteroidetes e no solo SAE observou-se alta freqüência das bactérias Actinobacteria. Análises filogenéticas revelaram diferenças em ambos os solos, verificando através de índice de diversidade bacteriana observou-se que o solo sob eucalipto apresentou maior diversidade quando comparado ao solo sob de Floresta Nativa. / Traditional methods of isolation and culture limits the analyses of the microbian diversity in the environment, because it is believed - that approximately 10% of these microrganisms can be cultivated. The molecular microbian ecology have had recent progress through the construction of metagenomics Iibraries, what constitutes a powerful boarding to explore the microbian diversity of soil, also supplying information on the microrganisms that cannot be cultivated on this habitat. This work had the objective of stimate the diversity of bacterial communities, in two areas, an area of Native Forest (SFN) and the another one under eucalypts (SAE) of the same region. Using specific oligonucleotides starters, the gene 16S rRNA was amplified by PCR, amplicons had been cloned in pGEMR-T and the obtained clones were partial/y sequenced. In the soil SFN, 231 clones had been analyzed and 248 clones in the soil SAE. The sequences obtained were submitted to the nucleotides similarity analysis with the GenBank database. The bacterial phylum that was more evident in the two types de soil were Acidobacteria and Proteobacteria. In the soi! SFN the bacteria of the phylum Bacteroidetes were evident and in the soil SRE high frequency of the Actinobacteria bacteria was observed. Phylogenetic analyses reveled an extensive diversity in both soils, verified through diversity index differences in the bacterial communities in both areas, and that the area under eucalypt presented more diversity in relation to the area of Native Forest.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:27:21Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2003-07-04Bitstream added on 2014-06-13T18:31:25Z : No. of bitstreams: 1 luciano_rl_me_jabo.pdf: 288271 bytes, checksum: 77640cc158f0c12048ecdaf245801057 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Um método de diagnóstico baseado na associação entre as técnicas de RT-PCR e ELISA foi desenvolvido para a detecção do vírus da bronquite infecciosa das aves (VBI). Inicialmente, a especificidade e a sensibilidade analíticas dessa técnica, bem como dos métodos de RT-PCR e Nested-RT-PCR, foram determinadas, tendo-se demonstrado, para o primeiro parâmetro, apenas a detecção do VBI, enquanto que outros vírus heterólogos aviários testados, tais como pneumovírus aviário (APV / estirpe do grupo B), vírus da doença de Newcastle (NDV / estirpe La Sota) e vírus da doença de Gumboro (GDV - estirpe Lukert), não foram detectados. Quanto à avaliação da sensibilidade analítica dos métodos empregados neste estudo foi constatado que o RT-PCR-ELISA demonstrou ser 10 vezes mais sensível do que a RT-PCR, enquanto que a reação de Nested-PCR foi 100 vezes mais sensível que a RT-PCR e 10 vezes mais sensível que o RT-PCR-ELISA. A técnica de RT-PCR-ELISA, juntamente com os outros dois métodos de biologia molecular, foram aplicadas para a detecção das estirpes H-120 e A034 do VBI, em amostras de pulmão e traquéia obtidas de aves experimentalmente infectadas com essas duas estirpes virais. Os resultados obtidos nos diferentes métodos de biologia molecular foram comparados entre si e com a técnica padrão de isolamento viral em ovos embrionados, verificando-se que o RT-PCR-ELISA revelou-se tão específico quanto as técnicas de isolamento viral e Nested-PCR, porém foi menos sensível do que esses mesmos métodos na detecção do VBI. A técnica de RT-PCR-ELISA, utilizada pela primeira vez para o VBI, demonstrou o potencial de se constituir uma alternativa viável para um diagnóstico direto mais rápido e específico do VBI. / A molecular biology method for the detection of avian infectious bronchitis virus (IBV) was developed combining the reverse transcription and polymerase chain reaction (RT-PCR) with the enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA). Firstly, the analytical specificity and sensitivity of RT-PCR-ELISA, RT-PCR and Nested-RT-PCR were assessed. The specificity of these methods were confirmed since only IBV was detected, while other heterologous avian viral pathogens such as pneumovirus (Group B), Newcastle disease virus (LaSota strain) and gumboro disease virus (Lukert strain) were not detected by these techniques. The sensitivity of these methods was established, indicating that the RT-PCR-ELISA was about ten times more sensitive than conventional RT-PCR, while Nested-PCR was a hundred more sensitive than RT-PCR and ten times more sensitive than PCR-ELISA. The RT-PCR-ELISA and the two molecular biology methods were also applied for the detection of IBV strains H-120 and A034, in lung and tracheal tissue samples collected from experimentally infected chickens. The results of these different methods were also compared with the standard diagnostic technique, the virus isolation in chicken embryonated eggs, showing that RT-PCR-ELISA was as specific as virus isolation and Nested-PCR, however it was less sensitive than these methods for the IBV detection. The RT-PCR-ELISA, applied for the first time for IBV detection and direct diagnosis in tissue samples, can be potentially applied as an useful alternative for the rapid and specific diagnosis of IBV.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:27:21Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-05-08Bitstream added on 2014-06-13T18:56:01Z : No. of bitstreams: 1 santos_hl_me_jabo.pdf: 542105 bytes, checksum: 1ce4dad9a88f445cab5e1d85dfb59fa8 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / O feijoeiro desenvolve associação simbiótica nas raízes com a bactéria Rhizobium tropici, naturalmente ou via inoculação, propiciando a infecção das raízes da planta hospedeira e provocando a formação de nódulo onde ocorre a fixação do N2. Os genes bacterianos envolvidos na formação dos nódulos estão divididos em: 1) genes que especificam a composição bioquímica da superfície celular bacteriana e 2) genes relacionados à produção de polissacarídeos. Estirpes de rizóbio são eficientes produtores de EPS, tais moléculas estão envolvidos nos processos de infecção e fixação biológica do nitrogênio (FBN). Estirpes mutantes dessa bactéria têm um papel importante não só na fixação biológica do nitrogênio, como também, biotecnologicamente. Neste trabalho foi realizada a caracterização do potencial biotecnológico de microrganismos mutantes em relação a sua estirpe selvagem SEMIA 4080, por meio da análise de expressão gênica, por PCR em tempo real, dos genes fixN, nifH, exoZ, exoR e phbC, relacionados ao processo de FBN. Foram selecionados quatro mutantes construídos por inserção de transposons Tn5. Para a avaliação da expressão gênica, o RNA foi extraído nas fases lag, log e estacionária de crescimento bacteriano e também na fase de bacterióides, isolados de nódulo de feijoeiro inoculados com as estirpes mutantes e selvagem. Os dados de seqüenciamento revelam que a mutação não ocorreu no gene exoZ, gene para o qual a mutação foi direcionada. A mutação aparentemente não alterou a expressão dos genes relacionados à FBN, no entanto, os mutantes apresentaram menor eficiência na simbiose. Sendo assim, tais mutantes são recomendados na utilização biotecnológica, uma vez que apresentam maior produção de exopolissacarídeos em relação a sua estirpe selvagem / Plant bean develops symbiotic association with Rhizobium tropici bacteria both naturally or through inoculation, enabling the infection of roots of the host plant and triggering nodule formation where N2 fixation takes place. The bacterial genes involved in the formation of the nodules are divided into two classes: 1) genes that specify the biochemical composition of the bacterial cell surface and 2) genes related to the production of capsular polysaccharides. Rhizobia strains are efficient producers of exopolysaccharides and such exudates present complex structure involved in processes of infection and biological nitrogen fixation (BNF). This work focused on the characterization of the biotechnological potential of mutants in relation to their wild type SEMIA 4080, through gene expression analysis by real time PCR, gene fixN, nifH, exoZ, exoR and phbC, related to the process of BNF. Four mutants selected were constructed by insertion of transposons Tn5. For the evaluation of gene expression, RNA was extracted phases lag, log and stationary, bacterial growth phase and also in bacteroids isolated from nodules of bean plants inoculated with the mutant strains and wild type. The sequencing data revealed that the mutation not occur in exoZ gene, the gene to which mutation was directed. The mutation apparently did not alter the expression of genes related to BNF, however, the mutants were less efficient in symbiosis. Thus, these mutantes are recommended in the biotechnological utilization since a higher production of exopolysaccharides in relation to their wild type strain

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:27:21Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-02-27Bitstream added on 2014-06-13T18:31:20Z : No. of bitstreams: 1 lopes_em_me_jabo.pdf: 835472 bytes, checksum: 48c547e9e24f7be820745ae3b251a2e3 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / O Brasil é considerado mundialmente o segundo maior produtor de soja, com perspectiva para a safra de 2011 /2012 entre 72,18 e 73,29 milhões de hectares. Bactérias do tipo B.elkanii, fixadoras de nitrogênio, estabelecem uma relação simbiótica com a soja convertendo o nitrogênio atmosférico em amônia, que é o composto assimilável pela planta. Essas bactérias diazotróficas, do tipo Bradyrrizobium elkanii, têm a capacidade de sintetizar e acumular polihidroxibutirato (PHB), homopolímero de origem afilática com propriedades semelhantes aos dos polipropilenos utilizado para a produção de plástico biodegradável. Linhagens mutantes para o aumento na síntese e acúmulo de polímero foram desenvolvidas e testadas visando interesse biotecnológico da aplicação comercial das mesmas. O objetivo foi analisar a fixação biológica do nitrogênio (nifH e fixN ), conversão de amônia em aminoácidos (glnA e glnB) e acúmulo de polímero ( phbA, phbB e phbC) através da analise por PCR em tempo real. .As linhagens mutantes apresentaram expressão positiva e significativa para os genes de acúmulo e síntese de PHB in vitro; já em simbiose, apresentaram expressão negativa para os mesmos considerando a competição das vias de acúmulo de polímero e fixação biológica do nitrogênio. Frente ao potencial biotecnológico da aplicação industrial de polímeros de origem bacteriana, a análise por meio desta abordagem foi de fundamental importância para utilização futura e aprimoramento das linhagens mutantes de B. elkanii, bem como a análise expressão permitiu o conhecimento de interações metabólicas no processo de simbiose / Brazil is considered the world's second largest soybean producer, with prospects for the harvest of 2011/2012 between 72.18 and 73.29 million hectares. B.elkanii type bacteria, nitrogen fixing, establishing a symbiotic relationship with soybean converting atmospheric nitrogen into ammonia, which is the compound assimilated by the plant. These diazotroph, Bradyrrizobium elkanii type, have the ability to synthesize and accumulate polyhydroxybutyrate (PHB), homopolymer afilática source with similar properties to the polypropylenes used for the production of biodegradable plastics. Mutant strains for the increase in polymer synthesis and accumulation have been developed and tested in order biotechnological interest of commercial application of the same. The aim was to analyze the biological nitrogen fixation (nifH and fixN), conversion of ammonia into amino acids (glnA and glnB) and accumulation of polymer (phbA, phbB and phbC) by PCR analysis in real time. . The mutant strains exhibited significant and positive expression of genes for the synthesis of PHB accumulation and in vitro, whereas in symbiosis showed negative expression for them considering the competition of the process of accumulation of polymer and biological nitrogen fixation. Front of the biotechnological potential of the industrial application of polymers of bacterial origin, the analysis by this approach was crucial for future use and improvement of mutant strains of B. elkanii and expression analysis allowed the understanding of metabolic interactions in the process of symbiosis

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:27:22Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-02-22Bitstream added on 2014-06-13T20:35:47Z : No. of bitstreams: 1 sebastiao_fa_me_jabo.pdf: 674003 bytes, checksum: 55712af3de8f36c8c3d3b36dce7dcbc0 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Dentre as enfermidades de importância na piscicultura, destaca-se a columnariose, cujo agente etiológico é a Flavobacterium columnare, bactéria de ampla distribuição geográfica, responsável por um elevado número de mortalidade em peixes de várias espécies, principalmente em condições intensivas de criação. Visando o melhor conhecimento desta bactéria para desenvolvimento de métodos de diagnóstico e controle da doença, os objetivos deste estudo foram isolar, caracterizar bioquímica e molecularmente por PCR-RFLP do gene 16S rDNA de F. columnare, detectar fenotipicamente a formação de cápsulas destes isolados pelo teste Agar vermelho congo, e avaliar a composição do EPS quando produzidos por meio de cromatografia líquida de alta eficiência. Ao todo foram obtidos 37 isolados e a caracterização bioquímica indica que os isolamentos são classificados como F. columnare. O filograma gerado pela técnica de PCR-RFLP mostrou três principais ramificações entre os isolados de F. columnare. Os testes comprovaram que a presença de cápsula na célula bacteriana não está diretamente relacionada à formação de biofilme, e o monossacarídeo preponderante em F. columnare é a glicose.Portanto, a utilização da PCR-RFLP para a identificação da bactéria apresentou-se como ferramenta mais rápida que as técnicas bioquímicas atuais e os dados referentes a produção de biofilme são relevantes para futuros estudos que busquem métodos enzimáticos para impedimento da aderência e formação de biofilmes destes patógenos aquáticos em sistemas de aqüicultura e consequentemente a prevenção da columnariose / Columnaris disease stands out among the illnesses of importance in fish breeding, its etiological agent is Flavobacterium columnare, which has been recognized as a worldwide pathogen, responsible for high degree of mortality in many fish species, especially in conditions of intensive breed. Looking for a better knowledge of this bacteria and aiming to develop diagnosis methods and disease control, the objectives of this study were to isolate, to biochemistry and molecularly characterize by 16S rDNA gene PCR-RFLP of F. columnare, to detect phenotipically the formation of capsules by the agar Congo red method, and to evaluate the EPS composition by high-performance liquid chromatography. There were obtained 37 isolates and the biochemistry characterization indicated that the isolates were classified as F. columnare. The phylogenetic tree generated by PCR-RFLP technique showed three main branches among the F. columnare isolates. The presence of capsule on the bacterial cells has not a direct relationship to biofilm formation, and considering its composition it was observed that the preponderant monosaccharide is glucose. Therefore, the PCR-RFLP alternative to identify this bacteria presented itself as a faster tool than actual biochemical techniques and the results regarding to biofilm production are relevant to future studies that search for enzymatic methods to abolish the adherence and biofilm formation by this aquatic pathogen in aquaculture systems, and, consequently, columnaris disease prevention

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:27:23Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2006-06-30Bitstream added on 2014-06-13T19:55:58Z : No. of bitstreams: 1 machado_tro_me_jabo.pdf: 255795 bytes, checksum: 94bed73df71cf07445d3e1f703d8704c (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Um total de 109 cepas de Staphylococcus coagulase-negativa foi isolado de mastite bovina clinica e subclinica em 35 fazendas de leite situadas em 9 estados brasileiros no período de fevereiro a maio de 2005, elas foram investigadas em relação a sua susceptibilidade in vitro a diversos agentes antimicrobianos. Entre as cepas obtidas, a resistência a penicilina foi a mais freqüente (93,5%), seguida pela resistência a sulfonamida (88,9%), novobiocina (88,6%) e ampicilina (85,3%). Todas as cepas examinadas mostraram resistência a pelo menos 1 das drogas antimicrobianas testadas. Cepas apresentando resistência múltipla foram extremamente comuns, com 10,0% dos isolados apresentando resistência a todas as drogas antimicrobianas. Os resultados obtidos indicaram que as cepas de Staphylococcus coagulase-negativas isoladas no Brasil apresentaram um alto grau de resistência a antimicrobianos. Estes resultados são provavelmente uma conseqüência da pressão devido ao uso intensivo de drogas antimicrobianas e eles são um motivo de preocupação em relação a saúde pública. / A total of 109 strains of coagulase-negative Staphy/ococci were isolated from bovine clinical and subdinical mastitic cattle in 35 dairy farms, in 9 states of Brazil from february to may 2005, and investigated for in vitro susceptibility to several antimicrobial agents. Among the isolates, resistance to penicillin was most frequent (93.5%), followed by resistance to sulphonamide (88.9%), novobiocin (88.6%) and ampicillin (85.3%). Ali isolates exhibited resistance to at least 1 of the antimicrobial drugs tested. Multidrug resistant isolates were quite common, 10.0% of the isolates showing resistance to ali antimicrobial drugs tested. This indicates that coagulase-negative Staphy/ococci in 3razil exhibit a high degree of antimicrobial agents' resistance, probably as a :onsequence of the pressure of the intensive use of antimicrobial drugs, a practice that :onstitute a public health concem.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:27:25Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-08-30Bitstream added on 2014-06-13T20:35:56Z : No. of bitstreams: 1 000747716.pdf: 1078200 bytes, checksum: 97f3f112e9f85cc9db216ddfa42bed9a (MD5) / A pesca predatória vem ocasionando um enorme declínio de estoques e populações de inúmeras espécies marinhas. Tendo em vista a vulnerabilidade à exploração pesqueira da maioria das espécies de tubarões, associada às dificuldades de identificação morfológica devido às similaridades entre diversas espécies, agravada ainda, pela prática da pesca com a retirada de partes dos animais ainda antes dos desembarques, a geração de mecanismos alternativos de identificação de espécies são extremamente valiosos para oferecer uma ferramenta de controle e fiscalização da indústria pesqueira. No presente estudo foram desenvolvidos métodos de identificação simultânea, utilizando PCR – Multiplex para a identificação de espécies de tubarões com um importante valor econômico, sendo que as espécies analisadas foram divididas em seis grupos para serem aplicadas as técnicas de identificação. Com base na composição nucleotídica do gene mitocondrial ribossomal 16S de quatorze espécies de tubarões do Brasil, foram identificados os sítios polimórficos e desenhados primers espécie-especificos, para a utilização na identificação de espécies de tubarões espécimes desembarcados pela indústria pesqueira. A aplicação da metodologia resultou na caracterização de primers específicos que permitem a identificação particular de cada uma das espécies de tubarões Alopias superciliosus, Alopias vulpinus, Carcharhinus falciformes, Carcharhinus leucas, Carcharhinus longimanus, Carcharhinus plumbeus, Carcharhinus porosus, Carcharhinusn signatus, Galeocerdo cuvier, Isurus oxyhinchus, Isurus paucus, Prionace glauca, Rhizoprionodon lalandii e Rhizoprionodon porosus. Considera-se que a correta identificação do material desembarcado, que representaria o resultado da pesca das espécies de ocorrência na região, possa permitir o estabelecimento de estatísticas confiáveis nesta área, bem como... / The overfishing has caused a huge decline in stocks and populations of many marine species. Given the vulnerability to overfishing of most shark species, associated with difficulties in morphological identification due to similarities between different species, aggravated by the practice of fishing with the removal of parts of animals even before the landings, the generation of alternative mechanisms for species identification are extremely valuable to offer a tool to control and monitor the fishing industry. In this study we developed methods of simultaneous identification using PCR - Multiplex for identifying shark species with an important economic value, and the species were divided into six groups for application of identification techniques. Based on the nucleotide composition of the mitochondrial 16S ribosomal gene of fourteen species of Brazilian sharks, was identified polymorphic sites and species-specific primers designed for use in identification of species of sharks landed by the fishing industry. The application of the methodology resulted in the characterization of specific primers that allow the unique identification of each shark species Alopias superciliosus, Alopias vulpinus, Carcharhinus sickle, Carcharhinus leucas, Carcharhinus longimanus, Carcharhinus plumbeus, Carcharhinus porosus, signatus Carcharhinus, Galeocerdo cuvier, Isurus oxyhinchus, Isurus paucus, Prionace glauca, and Rhizoprionodon lalandii Rhizoprionodon porosus. It is considered that the correct identification of the material landed, which represent the result of fishing of the species occurring in the region, may permit the establishment of reliable statistics in this area, and make allowances for effective control and strict fishing, assisting in the preparation of proper plans and management of the fishery resources

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:27:29Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-02-25Bitstream added on 2014-06-13T20:16:58Z : No. of bitstreams: 1 granjasalcedo_yt_me_jabo.pdf: 276891 bytes, checksum: 22358badbfbfaba381bb3eec540d7e20 (MD5) / Este experimento teve como objetivo caracterizar o efeito de quatro relações V:C sobre a microbiologia do rúmen, os parâmetros de fermentação ruminal, consumo e digestibilidade aparente dos nutrientes em novilhos Nelore. Foram utilizados oito novilhos Nelore (280±8 kg PV), canulados no rúmen, distribuídos em um duplo quadrado latino 4x4 balanceados para o controle do efeito residual. O experimento foi dividido em 4 períodos de 21 dias cada. A diminuição da relação V:C 70:30 para 20:80 reduziu (P<0,05) a proporção relativa de Ruminococcus albus e Ruminococcus flavefaciens no ambiente ruminal, mas não comprometeu a população de Fibrobacter succinogenes (P<0,05) e aumentou a proporção de Selenomonas ruminantium (P<0,05), e de Streptococcus bovis (P<0,10). A população total de protozoários foi semelhante (206.33 x104/mL) em todas as relações V:C (P>0,05), em que o gênero Entodinium foi mais representativo (99,28%). Relações com até 60% de inclusão de concentrado não influenciaram o pH médio do rúmen (6,28) (P>0,05). A concentração ruminal total de AGCC, assim como a relação acetato: propionato não foram influenciados pelas relações V:C (P>0,05), mas na relação V20:C80 observou-se maior concentração de ácido propiônico (P>0,05). O consumo de FDNcp diminuiu com o aumento de concentrado e diminuição de volumoso nas dietas (P<0,05) e a relação 20:80 permitiu maior consumo de NDT (P<0,05). A digestibilidade da MS, MO e PB foi menor na relação 70:30 (P<0,05). Dietas com maior proporção de concentrado, geram um pH ruminal baixo, e inibem o crescimento das bactérias celulolíticas R. Albus e R. Flavefaciens, aumentam a concentração de ácido propiônico e a proporção de S. Ruminantium no rúmen / This experiment aimed to characterize the effect of four forage:concentrate (F:C) ratios on the microbiology of the rumen, ruminal fermentation parameters, consumption and nutrient digestibility in Nellore steers. Eight Nellore steers (280 ± 8 kg BW), cannulated in the rumen, were distributed in a double 4x4 Latin Square balanced for control of residual effect. The experiment was divided into 4 periods of 21 days each. The decrease of the ratio F:C 70:30 to 20:80 decreased (P <0.05) the relative proportion of Ruminococcus albus, Ruminococcus flavefaciens in the rumen, but did not affect population of Fibrobacter succinogenes (P <0.05) and increased the proportion of Selenomonas ruminantium (P <0.05), and Streptococcus bovis (P <0.10). The total protozoa population were similar (206.33 x104/mL) in all ratios F:C (P> 0.05), whith the most representative genus being Entodinium (99.28%). With up to 60% of concentrate did not influence the average rumen pH (6.28) (P> 0.05). The total rumen SCFA concentration, and the acetate: propionate ratio were not influenced by the ratio F:C (P> 0.05), however the F20: C80 ratio resulted in higher concentration of propionic acid (P> 0.05 ). NDFap consumption decreased with decreasing F:C ratio (P <0.05) and the ratio 20:80 allowed dietary TDN intake (P <0.05). The digestibility of DM, OM and CP was lower in the 70:30 (P <0.05). Diets with more concentrate, generate a low ruminal pH and inhibit the growth of cellulolytic bacteria R. Albus and R. Flavefaciens, increases the propionic acid concentration and the proportion of S. Ruminantium in the rumen

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:27:56Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-03-16Bitstream added on 2014-06-13T20:36:37Z : No. of bitstreams: 1 bueno_rc_me_botfm_parcial.pdf: 184986 bytes, checksum: b4cc84cead8ca822c1ea62e1786a52da (MD5) Bitstreams deleted on 2015-03-20T11:45:13Z: bueno_rc_me_botfm_parcial.pdf,Bitstream added on 2015-03-20T11:45:48Z : No. of bitstreams: 1 000703048.pdf: 4139830 bytes, checksum: 4590a1be2f4cbb732b2d65f21b421cde (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Neste estudo foi proposto (1) validar a assinatura genética de metástase previamente identificada pelo grupo para cinco genes candidatos (POLR1B, IKBKB, TRIP10, PGM5 e ATM), identificados como centrais em redes biológicas e correlacionar os dados de expressão com os dados clínicos e histopatológicos das pacientes; (2) confirmar o valor prognóstico do gene ATM e o seu mecanismo de regulação pelo miR-203, miR-421, miR- 576-5p, miR-664, miR-26a, miR-26b e miR-18a. Foi utilizada a metodologia de RT-qPCR em 63 amostras de carcinomas mamários (CM) e 5 de tecido mamário normal. Foram observadas correlações positivas entre os níveis de expressão dos genes detectados pela técnica de microarray e RT-qPCR, embora sem significância estatística. Não foram observadas diferenças significativas na expressão destes genes nos CM quando comparados às amostras de mama normais. Nas comparações entre os níveis de expressão e as características clínicas e histopatológicas pode-se observar que os genes IKBKB, POLR1B e PGM5 apresentaram aumento significativo de expressão em tumores ER positivos. Foram observadas diminuições significativas dos transcritos de IKBKB, TRIP10, PGM5 e ATM em tumores HER2 positivos; para os genes PGM5 e ATM houve uma diminuição significativa de expressão nos tumores grau III. A análise da expressão proteica do ATM foi realizada por imunoistoquímica em 926 amostras de CM organizadas em quatro plataformas de microarranjos de tecidos. Foi verificada a diminuição da expressão da proteína ATM nos tumores quando comparados com a amostra de tecido mamário normal e sua diminuição estava associada a tumores de alto grau e metástase à distância. Pacientes com tumores ATM-negativos apresentaram diminuição do tempo de sobrevida livre de doença e de... / The present study aimed: 1) to validate the genetic signatures of metastasis previously detected by our group for five candidate genes (POLR1B, IKBKB, TRIP10, PGM5, and ATM), identified as central in biological networks, and to correlate the findings with clinical-histopathological data; 2) to confirm the prognostic value of the ATM gene and its mechanism of regulation by miR-203, miR-421, miR-576-5p, miR-664, miR-26a, miR- 26b and miR-18a. Sixty-three breast carcinomas (BC) samples and 5 normal breast tissue samples were evaluated by RT-qPCR. Positive correlations were observed between the gene expression levels detected by microarray and RT-qPCR, although not statistically significant. There was no significant difference between BC and normal samples. Overexpression of IKBKB, POLR1B, and PGM5 genes were significantly associated with ER positive tumours. Significant downexpression of IKBKB, TRIP10, PGM5 and ATM transcripts were observed in HER2-positive tumours. PGM5 and ATM downexpression were statistically associated with grade III tumours. ATM protein expression was evaluated by immunohistochemistry in 926 BC samples organized into four tissue microarray platforms. A decreased ATM protein expression was observed in tumours when compared to normal tissue as well as with high grade tumours and distant metastasis. Patients with ATM-negative tumours showed a decrease of diseasefree survival and overall survival. After multivariate analysis, ATM revealed to be an independent prognostic marker in BC and have been associated with lower risk of metastasis and death by disease (P<0.001, HR=0.535, and P<0.001, HR=0.534, respectively). A negative correlation between the transcript levels of ATM and the miR- 664 (P=0.035, r=-0.293), and miR-421 (P=0.075 e r=-0.249, respectively) was verified. The miR-26a... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:27:57Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-05-24Bitstream added on 2014-06-13T20:36:38Z : No. of bitstreams: 1 castanheira_tll_me_jabo.pdf: 1011727 bytes, checksum: 6802e0d2b98dfe51ff07bd14ac18d497 (MD5) / O microambiente do tecido mamário é regido desde o seu desenvolvimento embrionário por uma complexa rede de citocinas, como o TNF-, o IFN-, a IL-4 e a IL-10, e de componentes celulares. O desequilíbrio entre a resposta destas citocinas e a presença de células inflamatórias como macrófagos e linfócitos T estão correlacionados com a malignidade dos tumores de mama em mulheres, auxiliando na progressão e metastatização dos carcinomas mamários. O objetivo deste estudo foi caracterizar a malignidade dos tumores de mama na espécie canina, por meio da expressão destas citocinas pela técnica quantitativa de RT-PCR em tempo real e da densidade de células inflamatórias pela técnica de imuno-histoquímica. A expressão das citocinas e a densidade do infiltrado inflamatório foram comparadas em cada um dos grupos experimentais, através de análise de variância, utilizando-se como teste de comparação de médias, contrastes ortogonais, com nível de significância de 5%. O coeficiente de correlação de Spearman foi empregado para a análise de correlação entre as variáveis das citocinas, leucócitos e outros dados secundários. As maiores expressões de TNF-, IL-4 e IL-10 e a presença de macrófagos e linfócitos T ocorreram nos carcinomas mamários, demonstrando que este conjunto de citocinas e células inflamatórias quando presentes no microambiente tumoral favorecem a progressão e malignização tumoral / The microenvironment of the breast tissue is governed since his embrionary development by a complex cytokine network including TNF-, IFN-, IL-4 and IL-10, and cellular components. The imbalance between the response of these cytokines and inflammatory cells such as macrophages and lymphocytes had been correlated with the malignancy of breast tumors in women aiding in the progression and metastasis of breast carcinomas. The aim of this study was to characterize the malignancy of breast tumors in dogs through the expression of these cytokines by the technique of quantitative real time RT-PCR and the density of the inflammatory cells in canine mammary tissues by immunohistochemistry. The cytokine expression and density of inflammatory infiltrate were compared in each experimental groups, using analysis of variance, taking as tests of comparison of means, orthogonal contrasts, with a significance level of 5%. The Spearman rank correlation coefficient was used to analyze the correlation between the variables of cytokines, leukocyte, and others secondary data. The highest expression of TNF-, IL-4 and IL-10 and the presence of macrophages and T lymphocytes occurred in breast carcinomas, demonstrating that this set of cytokines and inflammatory cells present in the tumor microenvironment can promote tumor progression, and malignancy