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TGMACK, avaliação de um novo teste molecular para o diagnóstico da leishmaniose visceral /

Silva, Amanda Evelyn da. January 2017 (has links)
Orientador: Marcia Aparecida Silva Graminha / Banca: Paulo Inácio da Costa / Banca; Rosangela Zacarias Machado / Resumo: Leishmania spp. são protozoários pertencentes à família Trypanosomatidae e agentes etiológicos das leishmanioses. Estima-se que estão em risco de contrair leishmanioses 350 milhões de pessoas em 98 países em diferentes continentes. Dentre as manifestações clínicas existentes, leishmaniose cutânea, mucocutânea e visceral, esta última é a mais severa e apresenta o maior número de óbitos. A Leishmania infantum é o agente causador da leishmaniose visceral nas Américas, na China e na bacia do Mediterrâneo, apresentando o cão como reservatório de importância epidemiológica. A Leishmania é um modelo experimental biológico que vem sendo explorado por vários pesquisadores ao redor do mundo, e isso tem proporcionado estudos por meio de tecnologias genômicas, proteômicas e metabolômicas. Muitas das sequências estudadas dentro desse grupo de parasitos são conservadas e são gênero ou, até mesmo, espécie específicas e têm sido utilizadas para diagnósticos moleculares. Para esse último são requeridos testes de alta sensibilidade e especificidade. De modo a proporcionar maior sensibilidade aos testes, novas ferramentas baseadas em métodos moleculares estão sendo desenvolvidas. Dentro desse contexto, este estudo visa avaliar a aplicação de um gene específico para L. infantum, denominado TGMACK na utilização em diagnóstico molecular de leishmaniose visceral canina, por meio de técnicas de PCR (Reação em Cadeia da Polimerase) convencional e em tempo real. Este trabalho revelou que o gene em est... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Leishmania spp. are protozoa belonging to the family Trypanosomatidae and etiological agents of leishmaniasis. It is estimated that 350 million people are at risk of contracting leishmaniasis in 98 countries on different continents. Among the existing clinical manifestations, cutaneous, mucocutaneous and visceral leishmaniasis, the latter is the most severe and presents the highest number of deaths. Leishmania infantum is the causative agent of visceral leishmaniasis in the Americas, China and the Mediterranean Basin, presents the dog as a reservoir of epidemiological importance. Leishmania is an experimental biological model that has been explored by several researchers around the world, and this is an example for the genome, proteomics and metabolomics technologies. Many of the sequences studied within the parasite group are conserved and are genus or even specific species and have been difficult for molecular diagnostics. For the latter, tests of high sensitivity and specificity are required. In order to provide more information on testing, new tools based on molecular methods are being developed. In the context, this study aims to evaluate an application of a specific gene for L. infantum, denominated TGMACK in the use in molecular diagnosis of canine / human visceral leishmaniasis, by means of PCR (Polymerase Chain Reaction) techniques. This work revealed that the gene under study is specific especies for the L. infantum, and there is no cross-reaction with other parasit... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre
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HPV-16 DNA detection in fresh tissue, saliva and plasma of patients with oral leukoplakia by real time PCR /

Tomo, Saygo. January 2018 (has links)
Orientador: Glauco Issamu Miyahara / Coorientador: Daniel Galera Bernabé / Coorientadora: Kellen Cristine Tjioe / Banca: Maria José Hitomi Nagata / Banca: Luciana Estevam Simonato de Oliveira / Resumo: Objetivo: Avaliar a presença do HPV-16 em tecido fresco, saliva e plasma sanguíneo de pacientes com leucoplasia bucal pela real time PCR na região noroeste do estado de São Paulo, Brasil. Pacientes e métodos: Trinta e sete pacientes com diagnóstico de leucoplasia bucal foram incluídos no estudo. Destes, foram obtidos dados sociodemográficos, clinicopatológicos, estilo de vida e amostras de tecido fresco, sangue e saliva que foram armazenados a -80ºC para posterior análise molecular. Os materiais obtidos destes pacientes foram submetidos à detecção do DNA viral pela técnica da real time PCR com sonda específica para o HPV-16. Resultados: Dos 37 pacientes incluídos no estudo, 64,8% eram homens e a idade variou de 25 a 82 anos, com uma média de 58,72 anos. Dezesseis pacientes (43,2%) eram idosos e 43,2%, adultos de meia idade, e apenas 13,6%, adultos jovens. A maioria dos pacientes era fumante (72,9%), sendo que 16,3% eram ex-fumantes e 10,8%, não fumantes. Da mesma forma, a maioria (62,2%) era etilista, 21,6%, ex-etilistas e 16,2%, não-etilistas. Vinte e sete por cento das lesões apresentaram algum grau de displasia epitelial. A detecção do HPV-16 pela PCR em tempo real não foi positiva para nenhuma amostra, resultando em um índice de 0% de detecção. Conclusão: O HPV-16 não foi identificado na população estudada. No entanto, outros subtipos do HPV de baixo e alto risco podem estar associados à ocorrência de leucoplasia bucal nesta população, o que requer novas investigações. Es... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Objective: To evaluate the prevalence of HPV-16 DNA detection in fresh tissue, saliva and blood plasma from patients with oral leukoplakia by the real time PCR in the northwest region of the São Paulo state, Brazil. Patients and methods: Thirty-seven patients diagnosed with oral leukoplakia were included in the study. Sociodemographic, clinicopathologic and lifestyle data, fresh tissue, saliva and blood plasma samples were collected. Biologic material was stored at -80ºC and then submitted to viral DNA detection by the real time PCR technique with a probe specific for HPV-16. Results: Of the 37 patients included in the study, 64.8% were men, and the age ranged from 25 to 82 years, with a mean of 58.72. Sixteen patients (43.2%) were elderly, 43.2% were middle-aged adults, and only 13.6% were young adults. Most patients were smokers (72.9%), 16.3% were former smokers, and 10.8% were non-smokers. Most patients (62.2%) were current drinkers, 21.6% were ex-drinkers and 16.2% were non-drinkers. Twenty seven percent of the lesions presented some degree of dysplasia. HPV-16 detection by real-time PCR was not positive for any sample, resulting in a 0% detection rate. Conclusion: The HPV-16 was not identified in the population studied. However, other low and high-risk HPV subtypes might be associated to the occurrence of oral leukoplakia in this population, which requires further investigations. Broader epidemiological studies are required to clarify the geographic variability in the p... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre
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Comparação da prevalência do HPV-16 em pacientes com carcinoma espinocelular de boca e lesões potencialmente malignas bucais /

Ferreira, Lígia Lavezo. January 2017 (has links)
Orientador: Glauco Issamu Miyahara / Coorientador: Daniel Galera Bernabé / Coorientadora: Sandra Helena Penha de Oliveira / Banca: Eder Ricardo Biasoli / Banca: Marcelo Macedo Crivelini / Banca: Laurindo Moacir Sassi / Banca: Luciana Estevam Simonato / Resumo: O papilomavírus humano (HPV) subtipo 16 é um fator de risco para o desenvolvimento do carcinoma espinocelular (CEC) de orofaringe. No entanto, o papel do mesmo na carcinogênese oral, bem como a associação com as lesões potencialmente malignas, permanece controverso. O objetivo deste estudo foi comparar a prevalência do HPV-16, em amostras de tecido fresco, obtidas de 27 pacientes com CEC oral, 37 pacientes com leucoplasia bucal, 24 pacientes com líquen plano bucal (LPB) e 32 pacientes controle, correlacionando a presença do HPV com as variáveis clínico-patológicas em uma população da região noroeste do estado de São Paulo - Brasil. Realizouse a extração do DNA das amostras e a verificação da presença do HPV-16 por meio da Real-Time Polymerase Chain Reaction. Todas as amostras foram negativas para o HPV-16 nos quatro grupos estudados. Conclui-se que a ausência do HPV-16 nas amostras de CEC bucal, leucoplasia e LPB indica que a infecção pelo mesmo não é comum e não representa um fator de risco importante na carcinogênese oral na população da região noroeste do estado de São Paulo - Brasil. / Abstract: Human Papillomavirus (HPV), specially subtype 16, is a known risk factor for the oropharyngeal squamous cell carcinoma (SCC) development. However, HPV role in oral carcinogenesis, as well as in potentially malignant oral lesions remains controversial. The goal of the present study was to compare the HPV- 16 prevalence, in fresh tissue samples obtained from 27 oral SCC patients, 34 oral leukoplakia (OL) patients, 24 oral lichen planus (OLP) patients and 32 control patients, correlating HPV presence with the clinicopathological variables in a population from northwest region of the Sao Paulo state - Brazil. DNA extraction was carried out and all samples were submitted to Real-Time PCR for HPV-16 DNA detection. We found that all fresh tissue samples of oral SCC, OL, OLP and oral normal mucosa were negative for HPV-16. We conclude that HPV-16 absence in oral SCC, OL and OLP samples indicates that its infection is uncommon and does not represent an important risk factor in oral carcinogenesis in the population from northwest region of the Sao Paulo state - Brazil / Doutor
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Caracterização dos diferentes transcritos produzidos pelo locus HJURP (HollidayJunctionRecognizing-Protein) em células de glioblastoma /

Petitto Netto, Renato. January 2018 (has links)
Orientador: Valeria Valente / Banca: Josane de Freitas Sousa / Banca: Cleslei Fernando Zanelli / Resumo: O glioblastoma (GBM) é o tipo mais comum e mortal de tumor cerebral, sendo que os pacientes apresentam uma sobrevida média de apenas 14 meses. O tratamento é realizado com remoção cirúrgica da massa tumoral, seguida de radioterapia e quimioterapia, porém sua eficácia é muito reduzida devido a acelerada atividade proliferativa e elevada resistência das células tumorais aos agentes genotóxicos. Dados do nosso grupo sustentam a hipótese de que este quadro pode estar associado em parte ao ganho de competência na atividade de reparo de DNA. Demonstramos anteriormente que, a HJURP (HollidayJunctionRecognizing Protein), uma proteína envolvida em reparo de DNA e montagem da cromatina centromérica, está superexpressa nos astrocitomas e que seus altos níveis de expressão estão correlacionados com o pior prognóstico dos pacientes. Dados da literatura evidenciam a existência de três RNAs mensageiros para o locus HJURP. O maior deles, denominado hjurp1, apresenta 9 éxons e codifica a isoformaprotéica A, que contém 748 aminoácidos. Os transcritos 2 e 3 apresentam deleção de alguns éxons, codificando proteínas hipoteticamente menores. Embora existam vários cDNAs depositados no GenBank que corroboram a expressão destes três mRNAs, não há dados na literatura sobre seu padrão de expressão ou a funcionalidade destas isoformas. Sendo assim, neste projeto avaliamos a expressão dos diferentes transcritos do locus HJURP em células de GBM, amostras de diferentes graus de astrocitoma, pares de... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Glioblastoma (GBM) is the most common and lethal brain tumor in humans, with a median survival rate of ~ 14 months. Standard optimized treatment implies in surgery, followed by radiation and chemotherapy, but it has low efficacy due to tumor fast proliferative activity and high resistance against genotoxic agents. Preliminary data from our group showed that HJURP (Holliday Junction Recognizing Protein), a protein which plays a central role in chromatin assembly and is related to take part in double-stranded DNA breaks (DSBs) repair, is overexpressed in astrocytomas. High levels of this protein have been associated with patient pour prognosis. According to the literature, three transcript variants are predicted to encode HJURP gene. The variant (2) and (3) differ from the main splice variant (1) by the exclusion of some exons, generated by exon skipping. Although many cDNA sequences have been deposited on GeneBank database, it is still unclear their functions and expression pattern among tumors. Thus, in this work, we aimed to evaluate the expression of the three variants of HJURP gene in GBM cells, patient samples of different grades of astrocytoma, and different tumor and non-tumor cell lines. Expression of all transcripts was confirmed by conventional PCR in non-tumoral astrocytes (ACBRI371) and GBM cell lines (U87MG, U138MG, and U251MG). However, T98G and U343MG showed a distinct pattern. The variant (1) was detected in both cell lines, but the variant (3) was only detectable in T98G cells. Using quantitative PCR (q-PCR) we demonstrated that all transcripts were expressed at higher levels in GBM cells than in non-tumoral astrocytes. As we expected, T98G showed the highest levels of HJURP expression (variants 1,2 and 3). We also observed that variant (1) is more abundant in the cell lines. Albeit, there was an overall increase... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre
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Identificação de Brucella sp. isoladas no Brasil por Bruce-Ladder e estudo de susceptibilidade de cepas de B. abortus e B. canis à rifampicina / Identification of Brucella spp. isolated in Brazil by Bruce-Ladder and study of susceptibility of strains of B. abortus and B. canis rifampicin

Lopes, Ester Souza January 2014 (has links)
Brucella sp. são causadoras de brucelose, zoonose de importância mundial, sendo sua identificação muito importante para programas de controle e erradicação ou para se realizar um rastreamento epidemiológico. Em caso de brucelose humana, o tratamento é feito com uma combinação de dois antimicrobianos, sendo a rifampicina uma das possibilidades nesta associação e frequentemente utilizada; porém há relatos de casos de resistência com este antimicrobiano. Este estudo teve como objetivos: (i) tipificar a coleção de cepas de Brucella sp. pertencentes à bacterioteca do Laboratório de Bacteriologia Animal, DeMIP, ICBS, por Bruce-Ladder; (ii) testar a susceptibilidade antimicrobiana para rifampicina pelos métodos E-test e microdiluição em caldo; (iii) realizar a avaliação do fenótipo de super expressão de bomba de efluxo; (iv) investigar os eventos moleculares que levam ao desenvolvimento do fenótipo de resistência através da análise do gene rpoB; (v) detectar a presença do gene bepC. A PCR Bruce-Ladder confirmou a identificação de todas as cepas de referência e de campo testadas e classificou todas as cepas de campo, isoladas de bovinos, como B. abortus. Houve divergência na Concentração Inibitória Mínima de microdiluição em caldo e E-test em 21% das cepas analisadas. Oito das 52 cepas testadas apresentaram susceptibilidade reduzida para rifampicina pelo método de diluição em caldo. Observamos redução da CIM na presença de carbonil cianida m-clorofenilhidrazona (cccp) das cepas com susceptibilidade reduzida a rifampicina indicando uma provável ação de bomba de efluxo nesta resistência. Encontramos duas mutações no gene rpoB que não estão envolvidas com o fenótipo de resistência. O gene bepC foi detectado em 100% das cepas testadas (susceptíveis e resistentes à rifampicina) indicando que não está relacionado ao fenótipo de resistência observado. / Brucella sp. are the causative agent of brucellosis, a zoonotic disease of global importance. Their correct identification is very important to help the control and eradication programs, or to carry out an epidemiological tracing. In the case of human brucellosis, treatment is done with a combination of two antimicrobials, rifampin being one of the possibilities in this association and commonly used; however there are case reports of resistance to this antibiotic. This study aims: (i) typing the Brucella strains collection belonging to the Laboratory of Animal Bacteriology, DeMIP, ICBS, by Bruce-Ladder; (ii) test its antimicrobial susceptibility to rifampin by E-test and microdilution broth methods; (iii) evaluate the phenotype of super expression of efflux pump; (iv) investigate the molecular events that can lead to the development of resistance analyzing the rpoB gene; and (v) detect the presence of the bepC gene. The Bruce-Ladder PCR confirmed the identification of all the reference and field strains tested and classified all strains isolated from cattle, as B. abortus. There was a divergent result in the minimum inhibitory concentration (MIC) between the microdilution broth test and E-test in 21% of the strains examined. Eight of 52 strains tested showed reduced susceptibility to rifampin by the broth dilution method. It was observed MIC reduction in the presence of carbonyl cianida m-clorofenilhidrazona with the strains with reduced susceptibility to rifampin, indicating a probable action of an efflux pump in this phenotype. We found two gene mutations in the rpoB gene who aren't involved with the resistance phenotype. The bepC gene was detected in 100% of the strains tested (susceptible and resistant to rifampicin) indicating that is not probably related to the phenotype of resistance observed.
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Papilomavírus humano na lesão primária e na mucosa esofágica de pacientes com carcinoma de células escamosas do trato aerodigestivo superior

Antunes, Luís Carlos Moreira January 2013 (has links)
As maiores taxas de câncer de esôfago no Brasil ocorrem no Rio Grande do Sul (18/100.000/ano para homens e 6/100.000/ano para mulheres em 2012), onde o carcinoma de células escamosas é o mais frequente. Além disso, a incidência de carcinoma de células escamosas de cabeça e pescoço (CCECP) também é significativa nesta região (11/100.000/ano para o câncer da cavidade oral e 10/100.000/ano para o câncer da laringe em homens em 2012). O tabagismo e o consumo de álcool são os principais fatores de risco tanto para o carcinoma de células escamosas do esôfago (CCEE), quanto para o CCECP. O papel do HPV no desenvolvimento de CCEE permanece controverso. Por outro lado, existem evidências de que o CCECP HPV+ é uma entidade distinta em comparação ao CCECP associado ao consumo de tabaco e de álcool. Com o objetivo de investigar a associação da infecção pelo HPV com o CCEE e o CCECP no sul do Brasil, foram avaliados, prospectivamente, as amostras de três grupos. O grupo 1 foi formado por pacientes com CCEE, onde foram avaliadas amostras do tumor e de áreas de mucosa esofágica sem tumor. O grupo 2 foi formado por pacientes com CCECP, onde foram avaliadas biópsias do tumor primário e de áreas da mucosa esofágica, tanto iodo positivas quanto iodo negativas. O grupo 3 foi formado por pacientes dispépticos, não fumantes/não alcoolistas, com mucosa esofágica de aspecto normal pela endoscopia digestiva alta, onde foram realizadas biópsias do esôfago médio. Com extremo cuidado para evitar a contaminação do DNA, foi utilizada a técnica de nested-PCR com os primers gerais MY09/MY11 e GP5/GP6 para pesquisar a presença do HPV em amostras de tecido fixado em formalina e armazenados em parafina. Nós planejamos a realização de genotipagem do produto final da PCR para 73 tipos de HPV. O Grupo 1 incluiu 51 amostras de CCEE e 51 amostras de áreas esofágicas não tumorais. No Grupo 2, haviam 37 pacientes com 35 biópsias do tumor primário, 32 de áreas iodo positivas do esôfago (27 normais e 5 esofagites) e 17 de áreas não coradas do esôfago (15 normais e 2 esofagites). Neste grupo, um paciente apresentou tumores sincrônicos de CCECP e CCEE. O Grupo 3 incluiu 37 pacientes, 35 com mucosa esofágica normal e 2 com esofagite leve. Em um total de 224 amostras, apenas 6 apresentaram material inadequado para análise pela PCR. O DNA do HPV foi negativo em todas as 218 amostras pela técnica de nested-PCR. Portanto, a análise de pacientes com CCEE e CCECP sugere que não há evidências de que o HPV esteja envolvido na carcinogênese do trato aerodigestivo superior no sul do Brasil. / The highest rates of esophageal cancer in Brazil occur in Rio Grande do Sul (18/100,000/year for men and 6/100,000/year for women in 2012), where squamous cell carcinoma is the most common. Furthermore, the incidence of head and neck squamous cell carcinoma (HNSCC) is significant in this region (11/100,000/year for cancer of the oral cavity and 10/100,000/year for laryngeal cancer in men in 2012). Tobacco smoking and alcohol consumption are the major risk factors for esophageal squamous cell carcinoma (ESCC) and HNSCC. The role of HPV in the development of ESCC remains controversial. Otherwise, there are some evidences that HPV-related HNSCC is a distinct entity compared with HNSCC associated with smoking and alcohol consumption. In order to investigate the association of HPV infection with ESCC and HNSCC in southern Brazil, we evaluated, prospectively, samples from three groups. Group 1 was formed by patients with ESCC where we evaluated esophageal samples from tumor and from nontumoral areas. Group 2 was formed by HNSCC patients. We assessed biopsies from primary tumor and esophageal biopsies from either iodine negative or positive areas. Group 3 was formed by dyspeptic patients, no smokers/non alcoholics, with normal appearing esophageal mucosa in Upper GI Endoscopy, where biopsies were taken from middle esophagus. With extreme care to prevent DNA contamination, we used nested PCR with the general primer sets MY09/MY11 and GP5/GP6 for HPV L1 in formalin fixed paraffin-embedded tissue. We planned to genotype the final PCR product for 73 HPV types. Group 1 included 51 samples from ESCC and 51 samples of esophageal non-tumoral areas. In Group 2, there were 37 patients with 35 biopsies taken from primary tumor, 32 from iodine positive esophageal areas (27 normal and 5 esophagitis) and 17 from unstained esophageal areas (15 normal and 2 esophagitis). In this group, 1 patient had synchronous tumors of HNSCC and ESCC. Group 3 included 37 patients, 35 with normal esophageal mucosa and 2 with mild esophagitis. A total of 224 samples fixed in formalin and stored in paraffin, only 6 samples showed inappropriate material for PCR analysis. HPV DNA was negative in all 218 samples. Therefore, we did not carry out the genotyping. In patients with ESCC and HNSCC from Southern Brazil, there is no evidence that HPV is involved in upper aerodigestive carcinogenesis.
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Detecção de Paecilomyces variotii pela técnica de PCR / Detection of Paecilomyces variotii by the pcr technique

Gassen, Jorge January 2012 (has links)
A amplificação in vitro de DNA, utilizando reação em cadeia da polimerase (PCR), tem sido estudada como uma alternativa aos tradicionais métodos de detecção de micro-organismos contaminantes em tanques de armazenagem de biodiesel. Neste sentido, objetivou-se padronizar um método rápido e eficaz para detecção de Paecilomyces variotii utilizando-se a técnica de PCR e avaliar o desenvolvimento de P. variotii em amostras contendo diesel puro (B0), mistura diesel/biodiesel (B7) e biodiesel puro (B100). Em sistemas contendo meio mínimo mineral e misturas diesel/biodiesel, após 60 dias, verificou-se que o micro-organismo desenvolveu biomassa significativamente superior em B7 e B100 quando comparados a B0. A técnica de PCR foi capaz de detectar um mínimo de 103 esporos/mL de P. variotii em suspensão com água, correspondente a 0,0144 ng de DNA/μL, e demonstrou ausência de reações inespecíficas frente aos fungos Aspergillus fumigatus e Pseudallescheria boydii. Entretanto, o método mostrou-se ineficaz para detecção de P. variotii em amostras contendo diesel, biodiesel ou misturas de diesel/biodiesel. / The in vitro amplification of DNA using polymerase chain reaction (PCR), has been studied as an alternative to traditional methods for detecting microorganisms contaminating biodiesel storage tanks. In this sense, the aim of this study was to standardize a fast and effective method for detection of Paecilomyces variotii using the PCR technique and evaluate the development of P. variotii in samples containing pure diesel (B0), blend diesel/biodiesel (B7) and pure biodiesel (B100). In systems containing mineral minimal medium and diesel/biodiesel blends after 60 days, it was found that the microorganism biomass developed significantly higher in B7 and B100 when compared to B0. The PCR technique was able to detect a minimum of 103 spores/mL of P. variotii in suspension with water, corresponding to 0,0144 ng DNA/μL, and showed no nonspecific reactions against the fungi Aspergillus fumigatus and Pseudallescheria boydii. However, this method proved to be ineffective for the detection of P. variotii in samples containing diesel, biodiesel or diesel/biodiesel blends.
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Identificação e diferenciação do Mycobacterium tuberculosis pela amplificação do DNA das regiões intergênicas dos operons inhA e pIC

Bica, Claudia Giuliano January 2003 (has links)
Entre as doenças causadas por bactérias do gênero Mycobacterium, a tuberculose por M. tuberculosis é a mais conhecida. O diagnóstico da doença é feito utilizando-se um conjunto de exames que possibilitam a identificação da mesma (WATT, 2000). Contudo, sabe-se que o diagnóstico combinado de microscopia direta e com o posterior isolamento em meio de cultivo é o “padrão-ouro”. A principal desvantagem desse método é que tal bactéria possui um crescimento lento (cerca de 8 semanas). Recentemente, a detecção de doenças através da técnica de reação em cadeia da polimerase (PCR) tem proporcionado avanços significativos no diagnóstico. O uso da amplificação específica de genes, para identificar a M. tuberculosis, tais como rDNA 16S, IS6110 ou a região intergênica senX3-regX3, tem apresentado algumas restrições, ao nível de confiabilidade e sensibilidade, para a aplicação da técnica de PCR. O presente estudo mostra a construção e a aplicação de um novo alvo para a aplicação da PCR no diagnóstico da tuberculose, baseado no ensaio da diferença de organização gênica do operon plcA, B e C diferenciando a M. tuberculosis das demais micobactérias. Neste trabalho, foram examinadas 273 amostras de pacientes com suspeita de tuberculose, sendo estas submetidas ao estudo comparativo da técnica de PCR versus cultivo (padrão ouro). A PCR amplificou fragmentos de 439pb. Os resultados mostram 93,7% de acurácia para PCR/Cultivo (p<000,1), 93,1% de sensibilidade com intervalo de confiança de 88,7-96,0 e especificidade de 96,4% com intervalo de confiança de 96,4-99,4. O valor da estatística Kappa (k) foi de 0,82 com erro padrão de 0,041, demonstrando um alinhamento quase perfeito para a verificação do grau de concordância entre os testes. Desta forma, o uso desta nova região para a amplificação da PCR se mostra uma importante e confiável ferramenta no diagnóstico específico da tuberculose. Outra região que compreende parte dos genes mbaA e inhA foi utilizada para diferenciar o Complexo tuberculosis do Complexo avium. Porém, novos experimentos serão necessários para o emprego desta região como uma ferramenta de diagnóstico.
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Avaliação do efeito da virginiamicina na prevenção da doença periodontal bovina : monitoramento da microbiota oral associada à doença /

Ramos, Thamiris Naiasha Minari January 2018 (has links)
Orientador: Iveraldo dos Santos Dutra / Coorientador: Elerson Gaetti Jardim Junior / Banca: Ana Carolina Borsanelli / Banca: Luiz Augusto do Amaral / Resumo: As doenças periodontais provocam inflamações dos tecidos de proteção e sustentação dos dentes. Na gengivite e gengivite necrosante, que são percursores da periodontite, a inflamação está associada à formação do biofilme bacteriano e à resposta imune do hospedeiro. O objetivo geral do presente trabalho foi avaliar a eficácia da virginiamicina no controle da gengivite e gengivite necrosante em bezerros, com destaque para o monitoramento da microbiota subgengival associada à doença e da condição periodontal que caracterizam essas enfermidades. Dez bezerros, randomizados e distribuídos em dois grupos, foram mantidos sob o mesmo manejo em pastejo rotacionado em área recém-reformada de Panicum maximum var. Massai e Mombaça. Por 18 semanas consecutivas, um dos grupos (Grupo Virginiamicina, n=5) recebeu via top-dressing, diariamente, 340 mg de Virginiamicina, enquanto o Grupo Controle (n=5) não recebeu o produto. A avaliação clínica da cavidade bucal do Grupo Controle (n=5) e do Grupo Virginiamicina (n=5), foi realizada semanalmente, enquanto que a coleta de material para a avaliação microbiológica foi quinzenal. Na avaliação microbiológica, pela reação da cadeia da polimerase (PCR) utilizou-se os iniciadores de vinte e cinco microrganismos: Actinomyces israelii, Actinomyces naeslundii, Archae, Eikenella corrodens, Campylobacter spp., Fusobacterium nucleatum, Fusobacterium necrophorum, Mollicutes, Parvimonas micra, Porphyromonas asaccharolytica, Porphyromonas endodontalis, Porphyromo... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Periodontal diseases cause inflammation of the protective and supporting tissues of the teeth. In gingivitis and necrotizing gingivitis, which are precursors of periodontitis, inflammation is associated with the formation of the bacterial biofilm and the immune response of the host. The general objective of the present study was to evaluate the efficacy of virginiamycin in the control of gingivitis and necrotizing gingivitis in calves, with emphasis on the monitoring of the subgengival microbiota associated with the disease and the periodontal condition that characterize these diseases. Ten calves, randomized and distributed in two groups, were kept under the same management in rotational grazing in a newly reformed area of Panicum maximum var. Massai and Mombasa. For 18 consecutive weeks, one of the groups (Virginiamycin group, n = 5) received topical dressing daily 340 mg of Virginiamycin, while the control group (n = 5) received no product. The clinical evaluation of the oral cavity of the Control Group (n = 5) and the Virginiamicina Group (n = 5) was performed weekly, while the material collection for the microbiological evaluation was biweekly. In the microbiological evaluation, primers of twenty-five microorganisms were used: Actinomyces israelii, Actinomyces naeslundii, Archae, Eikenella corrodens, Campylobacter spp., Fusobacterium nucleatum, Fusobacterium necrophorum, Mollicutes, Parvimonas micra, Porphyromonas asaccharolytica, Porphyromonas endodontalis, Porphyromona... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre
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Detecção e caracterização molecular de Bartonella spp. em moscas Streblidae e ácaros Macronyssidae e Spinturnicidae parasitas de quirópteros /

Amaral, Renan Bressianini do. January 2018 (has links)
Orientador: Marcos Rogério André / Banca: Paulo Eduardo Neves Ferreira Velho / Banca: Daniel Guariz Pinheiro / Resumo: Dentre os ectoparasitas encontrados em morcegos, destacam-se as mocas Streblidae e ácaros Macronyssidae e e Spinturnicidae. A família Streblidae compreende um grupo monofilético de dípteros hematófagos Hippoboscoidea que parasitam morcegos. Enquanto ácaros da família Spinturnicidae são ectoparasitas exclusivos de quirópteros, aqueles da família Macronyssidae também parasitam outras espécies de mamíferos. Embora a ocorrência de Bartonella spp. tenha sido relatada em morcegos amostrados na Europa, África, Ásia e América Central e do Sul, poucos são os estudos acerca da ocorrência e diversidade genética de Bartonella spp. em moscas Hippoboscoidea e ácaros parasitas de quirópteros. O presente trabalho teve como objetivo investigar a ocorrência e traçar inferências filogenéticas de Bartonella spp. em moscas Streblidae e ácaros de Spinturnicidae e Macronyssidae parasitas de morcegos no Brasil. Entre maio de 2011 a abril de 2012 e setembro de 2013 a dezembro de 2014, 404 moscas de Streblidae, 100 Macronyssidaes e 100 ácaros de Spinturnicidae foram coletadas de duas localidades no município de Nova Iguaçu, estado do Rio de Janeiro, no sudeste do Brasil. Todos os 20 pools de ácaros e 202 (50%) mostraram-se positivos na PCR para o gene endógeno cox-1 de invertebrados. Quarenta (19,8%) de 202 moscas Streblidae foram positivas para Bartonella spp. em ensaios de qPCR baseados no gene nuoG. : 6/32 (18%) Paratrichobius longicrus, 7/24 (29%) Strebla guajiro, 2/5 (40%) Aspidoptera phyllostoma... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Among the ectoparasites found in bats, stand out Streblidae flies and Macronyssidae and Spinturnicidae mites. The Streblidae family comprises a monophyletic group of Hippoboscoidea hematophagous dipterans that parasitize bats. While mites of the Spinturnicidae family are ectoparasites unique to chiropterans, those of the Macronyssidae family also parasitize other species of mammals. Although the occurrence of Bartonella spp. has been reported in bats sampled in Europe, Africa, Asia and Central and South America, there are few studies on the occurrence and genetic diversity of Bartonella spp. in Hippoboscoidea flies and mites parasites of bats. This study aimed to investigate the occurrence and perform phylogenetic inferences of Bartonella spp. in Streblidae flies and Spinturnicidae and Macronyssidae mites parasites of bats in Brazil. Between May 2011 to April 2012 and September 2013 to December 2014, 404 Streblidae flies, 100 Macronyssidae and 100 Spinturnicidae mites were collected from two locations in the district of Nova Iguaçu, state of Rio de Janeiro, in southeastern Brazil. All 20 mite pools and 202 (50%) Streblidae flies showed to be positive in PCR assays targeting cox-1 gene. Forty (19.8%) of 202 Streblidae flies were positive for Bartonella spp. in qPCR assays based on the nuoG gene: Paratrichobius longicrus, 7/24 (29%) Strebla guajiro, 2/5 (40%) Aspidoptera phyllostomatis, 5/43 (11%) Aspidoptera falcata, 1/10 (10%) Trichobius anducei, 1/4 (25%) Megistopoda aranea ... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

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